定量分析のための質量標識
本発明は、独特な標識試薬又は独特な標識試薬のセットを使用する質量分析によって分析物を調べるための方法、混合物、キット及び／又は組成物に関する。標識試薬は、異性体又は同重体であることができ、標識した分析物の多重分析に適した混合物を製造するのに使用できる。この分析物は、あらゆる分子であることができる。この分析物の非限定的な例としては、以下に限定されないが、タンパク質、ペプチド、オリゴヌクレオチド、糖質、脂質、ステロイド、アミノ酸及び１，５００ダルトン未満の小分子が挙げられる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
次式：
【化１】
で表される少なくとも２つの異なる化合物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有するキットであって、式中、それぞれの異なる化合物について独立して、
ＲＧは、求核性基又は求電子性基であるか、あるいは分析物と求核性基又は求電子性基との反応生成物であり；
ｒは、０〜１の整数であり；
Ｓ’は、固体支持体又は親和性リガンドに結合された切断可能なリンカーであり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基をＲＧに結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ
【化２】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり；並びに
ＲＰは、それぞれの化合物について固有の総質量を有し、及びＬＫは、それぞれの化合物についての該ＲＰの間の固有の総質量の差を、それぞれの化合物についての該ＲＰ及びＬＫの総質量の総計が同じであるように補う、それぞれの化合物について固有の総質量を有する、キット。
【請求項２】
ＲＰが、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキルであるか、あるいはヘテロアリール又はヘテロシクロアルキル基で置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はへテロ脂肪族基である、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
前記連結部分ＬＫ５が、次の構造式：
【化３】
で表される基であるか；又は該基のアイソトポローグである、請求項１に記載のキット。
【請求項４】
前記化合物の少なくとも１つが、
【化４】
であるか又はそのアイソトポローグである、請求項１に記載のキット。
【請求項５】
前記キットの全ての化合物が同重体である、請求項１に記載のキット。
【請求項６】
前記化合物が同重体異性体である、請求項５に記載のキット。
【請求項７】
前記化合物が同重体アイソトポローグである、請求項５に記載のキット。
【請求項８】
前記キットのそれぞれの化合物が固有の同位体コード化レポーターを含有する、請求項１に記載のキット。
【請求項９】
ＲＰが場合により置換されるピペラジニルを含み、かつＬＫがアリール又はシクロアルキルであるか、あるいはアリール又はシクロアルキルで置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はへテロ脂肪族基である、請求項１に記載のキット。
【請求項１０】
ＲＧが求核性基又は求電子性基である、請求項１に記載のキット。
【請求項１１】
ＲＧが、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、Ｎ−ヒドロキシスルホスクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、２−ニトロフェニルエステル、４−ニトロフェニルエステル、２，４−ジニトロフェニルエステル、２，４−ジハロフェニルエステル、混合した無水物、マレイミド、ハロゲン化アルキル、α−ハロ−アシルのハロゲン化アリール、ハロゲン化トリチル、及びハロゲン化シリルからなる群から選択される求電子性基である、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
ＲＧが、アミン、ヒドロキシル、及びチオールからなる群から選択される求核性基である、請求項１０に記載のキット。
【請求項１３】
ｒが０である、請求項１に記載のキット。
【請求項１４】
Ｓ’で表される切断可能なリンカーが前記固体支持体に結合される、請求項１に記載のキット。
【請求項１５】
前記キットのそれぞれの異なる化合物が、任意の他の異なる化合物が固定化される支持体とは区別される支持体に固定化される、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
前記キットのそれぞれの異なる化合物が前記固体支持体上に別々の配列位置で固定化され、それによって該キットが前記異なる化合物のアレイライブラリーである、請求項１５に記載のキット。
【請求項１７】
前記固体支持体が、ポリスチレン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリフルオロエチレン、ポリエチレンオキシ、ポリアクリルアミド、ガラス、シリカ、制御細孔ガラス（ＣＰＧ）、又は逆相シリカを含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項１８】
ＲＧが分析物と求核性基又は求電子性基との反応生成物である、請求項１７に記載のキット。
【請求項１９】
ＲＧが求核性基又は求電子性基と分析物との反応の生成物でありかつ該分析物がタンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、脂質、ステロイド又は１５００ダルトン未満の小分子である、請求項１に記載のキット。
【請求項２０】
結合Ｘ及びＹの両方が、解離エネルギーレベルに供された場合に前記化合物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、請求項１に記載のキット。
【請求項２１】
ＲＰが、解離エネルギーレベルに供された場合に前記化合物の少なくとも一部分においてサブフラグメント化する、請求項１に記載のキット。
【請求項２２】
複数の標識分析物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有する混合物であって、次式：
【化５】
で表される複数の標識分析物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有する混合物であって、式中、それぞれの標識分析物について独立して、
ｒは、０〜１の整数であり；
Ｓ’は、固体支持体又は親和性リガンドに結合された切断可能なリンカーであり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基を−分析物に結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ：
【化６】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり；並びに
ＲＰは、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有し、及びＬＫは、それぞれの標識分析物についての該ＲＰの間の固有の総質量の差を、それぞれの標識分析物についての該ＲＰ及びＬＫの総質量の総計が同じであるように補う、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有する、混合物。
【請求項２３】
それぞれの−分析物が、タンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、糖質、脂質、ステロイド、アミノ酸又は１５００ダルトン未満の小分子である、請求項２２に記載の混合物。
【請求項２４】
それぞれのＲＰが、前記分析物が由来する試料を同定する固有の同位体コードを含む、請求項２２に記載の混合物。
【請求項２５】
次式：
【化７】
で表される同位体濃縮化合物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態であって、式中、
ＲＧは、求核性基又は求電子性基であるか、あるいは分析物と求核性基又は求電子性基との反応生成物であり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基をＲＧに結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ：
【化８】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり、かつ
該化合物の少なくとも２個の原子が重原子同位体で同位体濃縮される、同位体濃縮化合物、あるいはその塩形態及び／又は水和物形態。
【請求項２６】
ＲＰ及びＬＫそれぞれが、少なくとも１個の重原子同位体を含む、請求項２５に記載の同位体濃縮化合物。
【請求項２７】
ＲＰ及びＬＫそれぞれが、少なくとも２個の重原子同位体を含む、請求項２５に記載の同位体濃縮化合物。
【請求項２８】
ＲＰ及びＬＫそれぞれが、少なくとも３個の重原子同位体を含む、請求項２５に記載の同位体濃縮化合物。
【請求項２９】
ａ）それぞれ１つ以上の分析物を含有する２つ以上の試料を、異なる標識試薬と反応させ、それによってそれぞれ１つ以上の標識分析物を含有する２つ以上の別々に標識された試料を生成する工程であって、該標識試薬は、次式：
【化９】
で表されるか、あるいはその塩形態及び／又は水和物形態であり、式中、それぞれの標識試薬について独立して、
ＲＧは、求核性基又は求電子性基であり；
ｒは、０〜１の整数であり；
Ｓ’は、固体支持体又は親和性リガンドに結合された切断可能なリンカーであり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基をＲＧに結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ：
【化１０】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり；並びに
ＲＰは、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有し、及びＬＫは、それぞれの標識分析物についての該ＲＰの間の固有の総質量の差を、それぞれの標識分析物についての該ＲＰ及びＬＫの総質量の総計が同じであるように補う、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有する、工程；ならびに
ｂ）２つ以上の該標識された試料又はその部分と、場合により１つ以上の較正標準とを混合し、それによって混合物を製造する工程、
を包含する、方法。
【請求項３０】
前記２つ以上の試料が酵素消化反応の生成物である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
それぞれの試料が分離プロセスからの画分である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記１つ以上の分析物が、タンパク質、核酸分子、糖質、脂質、ステロイド、アミノ酸、又は１５００ダルトン未満の小分子である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
前記１つ以上の分析物がペプチドである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
前記１つ以上の別々に標識された分析物それぞれが、その由来する試料を同定する固有のレポーターを含有する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３５】
さらに、
ｃ）試料混合物又はその画分について第１の質量分光分析を行う工程；
ｄ）該第１の質量分光分析からの標識分析物の、選択された質量電荷比の選択イオンを解離エネルギーレベルまで処理し、それによって該選択イオンの少なくとも一部の特徴的イオン及びイオン化娘フラグメントイオンを形成する工程；ならびに
ｅ）該選択イオン、該特徴的イオン及び該娘フラグメントイオン、又はこれらの画分の第２の質量分析を行う工程、
を包含する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
さらに、ｆ）前記第２の質量分析におけるそれぞれの特徴的イオン部分の総質量及び相対量並びに前記娘フラグメントイオンの総質量を測定する工程を包含する、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
さらに、標識分析物の選択イオンについて異なる選択された質量電荷比で工程（ｄ）〜（ｆ）を１回以上反復する工程を包含する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
さらに、工程（ｃ）〜（ｆ）を１回以上反復する工程を包含し、それぞれの回で前記試料混合物の異なる画分を用いる、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記レポーターが、前記分析物を調べるために使用される条件下で実質的にサブフラグメント化しない、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
前記レポーターが、前記分析物を調べるために使用される条件下でサブフラグメント化する、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
選択された質量電荷比の前記選択イオンに関連する前記標識分析物の同一性が、前記娘フラグメントイオンの分析によって決定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項４２】
前記第２の質量分析におけるそれぞれの特徴的イオンの相対量が、その他の特徴的イオンに対して測定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項４３】
前記同定された分析物に関連するそれぞれの特徴的イオンの相対量が、前記混合物を形成するために加えられるそれぞれの試料の量と関連付けられ、それによって該混合物を形成するために組み合わせられる２つ以上の該試料のそれぞれの中の該分析物の相対量を測定する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
（ｉ）前記混合物が、さらに、前記同定される分析物のための少なくとも１つの較正標準の既知量を含有し、且つそれぞれの特徴的イオンの絶対量が、該較正標準に関連する特徴的イオンの量に関して測定される；ならびに
（ｉｉ）該混合物のそれぞれの異なる試料中の該同定される分析物の絶対量が、それぞれの特徴的イオンの量に関して測定される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
さらに、工程（ｄ）〜（ｆ）を、標識分析物の選択イオンについて異なる選択された質量電荷比で１回以上反復し、それによって前記混合物を形成するために組み合わせられた前記試料の２つ以上のそれぞれの中の１つ以上のその他の分析物の相対量を同定及び／又は測定する工程を包含する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
さらに、工程（ｄ）〜（ｆ）を、標識分析物の選択イオンについて異なる選択された質量電荷比で１回以上反復し、それによって前記混合物を形成するために組み合わせられた前記試料の２つ以上のそれぞれの中の１つ以上のその他の分析物の絶対量を同定及び／又は測定する工程を包含する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
構造式ＶＩ：
【化１１】
で表される化合物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有するキットであって、式中、
ＲＰ６及びＬＫ６は、それぞれ独立して、ヘテロアリール又はヘテロシクロアルキルであるか、あるいはヘテロアリール又はヘテロシクロアルキルで置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はヘテロ脂肪族基であり、ＲＰ６又はＬＫ６の少なくとも１つは、場合により置換される核酸塩基、あるいは場合により置換される核酸塩基で置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はヘテロ脂肪族基を含み；
ＲＰ６及びＬＫ６の任意の置換基は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース、又はホスフェートから選択され；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルであり；
Ｘは、レポーターの原子とＬＫ６との間の結合であり；及び
Ｙは、リンカーの原子とＲＧの原子との間の結合であり、
ＲＰ６及びＬＫ６の少なくとも１つは、１個以上の重原子同位体で同位体濃縮される、
キット。
【請求項４８】
ＬＫ６のみが核酸塩基である、請求項４７に記載のキット。
【請求項４９】
少なくとも１つの化合物が、構造式：
【化１２】
で表され、式中、
Ｘは、Ｒ５とＲ６とを結合し及びＹはＲ７とＲＧとを結合し；
Ｒ５は、−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（ＮＨ）−、又は−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（ＮＲ２）−であり、
ＲＺは、場合によりヘテロ原子を含有していてもよい１〜８個の炭素原子を含有するアルキル基であるか、又は場合により置換されるアリール基であり、該アルキル基又はアリール基の炭素原子は、独立して、連結された水素、重水素及び／又はフッ素原子を含有し；並びに
この場合のそれぞれのＪは、同一であるか又は異なり、Ｈ、重水素（Ｄ）、Ｒｚ、ＯＲｚ、ＳＲｚ、ＮＨＲｚ、Ｎ（Ｒｚ）２、フッ素、塩素、臭素又はヨウ素であり；
Ｒ６及びＲ７は、それぞれ独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース、又はホスフェートであり；この場合のそれぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；並びに
Ｒ８及びＲ９は、それぞれ独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、又はハロゲン化アルキルである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
前記化合物の少なくとも１つが：
【化１３】
又はそのアイソトポローグである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５１】
少なくとも１つの化合物が、構造式Ｉ：
【化１４】
で表される、請求項１に記載のキットであって、式中：
ＲＰ１は、構造式Ａ：
【化１５】
（式中、
環Ａは、芳香族であり；
それぞれのＺは、独立してＣＨ、ＣＲ２、又はＮであり、但し、２個以下の基ＺがＮであることを条件とし；
ｎは１又は２であり；
それぞれのＲ２は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、又は−Ｔ−Ｒ３から選択され；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルである）
で表されるレポーター基であり、
ＬＫ１は、連結部分ＬＫ５であり；
Ｘは、前記レポーターの原子とＬＫ１の間の結合であり；並びに
Ｙは、前記リンカーの原子とＲＧの原子の間の結合であり、
ＲＰ１及びＬＫ１の少なくとも１つは、１個以上の重原子同位体で同位体濃縮される、
キット。
【請求項５２】
環Ａが６員環である、請求項５１に記載のキット。
【請求項５３】
環Ａのオルト位又はパラ位の前記基ＺのいずれかがＣ−Ｔ−Ｒ３である、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
環Ａのオルト位又はパラ位の前記基ＺのいずれかがＣ−ＮＨＣ（Ｏ）−Ｒ３又はＣ−ＮＨＳＯ２−Ｒ３であり、かつそれぞれのＲ３が独立して場合により置換されるアルキル基である、請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】
ＲＰ１が構造式Ａ−１：
【化１６】
で表される、請求項５１に記載のキット。
【請求項５６】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩ：
【化１７】
で表され、式中：
ＲＰ２は、構造式Ｂ：
【化１８】
で表されるレポーター基であり、
環Ｂは、であり；
ｎは、１又は２であり；
それぞれのＷは、独立して、Ｏ、Ｓ又はＮＲ４であり；
それぞれのＷ’は、独立して、ＣＨ２、ＣＨＲ２、Ｃ（Ｒ２）２、Ｃ（Ｏ）又はＣ＝Ｎ−Ｒ４であり；
Ｑは、ＣＨ又はＣＲ２であり；
Ｑは、ＣＨ又はＣＲ２であり；
それぞれのＲ２は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、又は−Ｔ−Ｒ３から選択され；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルであり；
ＬＫ２は、連結部分ＬＫ５であり；
Ｘは、前記レポーターの原子とＬＫ２の間の結合であり；並びに
Ｙは、前記リンカーの原子とＲＧの原子の間の結合であり、
ＲＰ２及びＬＫ２の少なくとも１つは、１個以上の重原子同位体で同位体濃縮される、請求項１に記載のキット。
【請求項５７】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩ−ｄ：
【化１９】
で表される、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩ−ｅ：
【化２０】
で表される、請求項５６に記載のキット。
【請求項５９】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩＩ：
【化２１】
で表され、式中：
ＲＰ３は、構造式Ｃ：
【化２２】
で表されるレポーター基であり；
Ｒｘ及びＲｙのそれぞれは、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、又はヘテロアルキルであり、Ｒｘ及びＲｙの任意の置換基は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース又はホスフェートから選択され、あるいはＲｘ及びＲｙは一緒になって環Ｃ’：
【化２３】
を形成し；
環Ｃ’は、ヘテロアリール又はヘテロシクロアルキルであり、環Ｃ’の置換基は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース又はホスフェートであり；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルであり；
ＬＫ３は、連結部分ＬＫ５であり；
Ｘは、前記レポーターの原子とＬＫ３の間の結合であり；並びに
Ｙは、前記リンカーの原子とＲＧの原子の間の結合であり、
ＲＰ３及びＬＫ３の少なくとも１つは、１個又はそれ以上の重原子同位体で同位体濃縮される、請求項１に記載のキット。
【請求項６０】
環Ｃ’が、構造式ＩＩＩ−ｃ：
【化２４】
（式中、ｑは０〜６の整数であり及びＬＫ３はカルボニル基を含む）
で表される、請求項５９に記載のキット。
【請求項１】
次式：
【化１】
で表される少なくとも２つの異なる化合物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有するキットであって、式中、それぞれの異なる化合物について独立して、
ＲＧは、求核性基又は求電子性基であるか、あるいは分析物と求核性基又は求電子性基との反応生成物であり；
ｒは、０〜１の整数であり；
Ｓ’は、固体支持体又は親和性リガンドに結合された切断可能なリンカーであり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基をＲＧに結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ
【化２】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり；並びに
ＲＰは、それぞれの化合物について固有の総質量を有し、及びＬＫは、それぞれの化合物についての該ＲＰの間の固有の総質量の差を、それぞれの化合物についての該ＲＰ及びＬＫの総質量の総計が同じであるように補う、それぞれの化合物について固有の総質量を有する、キット。
【請求項２】
ＲＰが、ヘテロアリール、ヘテロシクロアルキルであるか、あるいはヘテロアリール又はヘテロシクロアルキル基で置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はへテロ脂肪族基である、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
前記連結部分ＬＫ５が、次の構造式：
【化３】
で表される基であるか；又は該基のアイソトポローグである、請求項１に記載のキット。
【請求項４】
前記化合物の少なくとも１つが、
【化４】
であるか又はそのアイソトポローグである、請求項１に記載のキット。
【請求項５】
前記キットの全ての化合物が同重体である、請求項１に記載のキット。
【請求項６】
前記化合物が同重体異性体である、請求項５に記載のキット。
【請求項７】
前記化合物が同重体アイソトポローグである、請求項５に記載のキット。
【請求項８】
前記キットのそれぞれの化合物が固有の同位体コード化レポーターを含有する、請求項１に記載のキット。
【請求項９】
ＲＰが場合により置換されるピペラジニルを含み、かつＬＫがアリール又はシクロアルキルであるか、あるいはアリール又はシクロアルキルで置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はへテロ脂肪族基である、請求項１に記載のキット。
【請求項１０】
ＲＧが求核性基又は求電子性基である、請求項１に記載のキット。
【請求項１１】
ＲＧが、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、Ｎ−ヒドロキシスルホスクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、２−ニトロフェニルエステル、４−ニトロフェニルエステル、２，４−ジニトロフェニルエステル、２，４−ジハロフェニルエステル、混合した無水物、マレイミド、ハロゲン化アルキル、α−ハロ−アシルのハロゲン化アリール、ハロゲン化トリチル、及びハロゲン化シリルからなる群から選択される求電子性基である、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
ＲＧが、アミン、ヒドロキシル、及びチオールからなる群から選択される求核性基である、請求項１０に記載のキット。
【請求項１３】
ｒが０である、請求項１に記載のキット。
【請求項１４】
Ｓ’で表される切断可能なリンカーが前記固体支持体に結合される、請求項１に記載のキット。
【請求項１５】
前記キットのそれぞれの異なる化合物が、任意の他の異なる化合物が固定化される支持体とは区別される支持体に固定化される、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
前記キットのそれぞれの異なる化合物が前記固体支持体上に別々の配列位置で固定化され、それによって該キットが前記異なる化合物のアレイライブラリーである、請求項１５に記載のキット。
【請求項１７】
前記固体支持体が、ポリスチレン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリフルオロエチレン、ポリエチレンオキシ、ポリアクリルアミド、ガラス、シリカ、制御細孔ガラス（ＣＰＧ）、又は逆相シリカを含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項１８】
ＲＧが分析物と求核性基又は求電子性基との反応生成物である、請求項１７に記載のキット。
【請求項１９】
ＲＧが求核性基又は求電子性基と分析物との反応の生成物でありかつ該分析物がタンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、脂質、ステロイド又は１５００ダルトン未満の小分子である、請求項１に記載のキット。
【請求項２０】
結合Ｘ及びＹの両方が、解離エネルギーレベルに供された場合に前記化合物の少なくとも一部分においてフラグメント化する、請求項１に記載のキット。
【請求項２１】
ＲＰが、解離エネルギーレベルに供された場合に前記化合物の少なくとも一部分においてサブフラグメント化する、請求項１に記載のキット。
【請求項２２】
複数の標識分析物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有する混合物であって、次式：
【化５】
で表される複数の標識分析物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有する混合物であって、式中、それぞれの標識分析物について独立して、
ｒは、０〜１の整数であり；
Ｓ’は、固体支持体又は親和性リガンドに結合された切断可能なリンカーであり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基を−分析物に結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ：
【化６】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり；並びに
ＲＰは、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有し、及びＬＫは、それぞれの標識分析物についての該ＲＰの間の固有の総質量の差を、それぞれの標識分析物についての該ＲＰ及びＬＫの総質量の総計が同じであるように補う、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有する、混合物。
【請求項２３】
それぞれの−分析物が、タンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、糖質、脂質、ステロイド、アミノ酸又は１５００ダルトン未満の小分子である、請求項２２に記載の混合物。
【請求項２４】
それぞれのＲＰが、前記分析物が由来する試料を同定する固有の同位体コードを含む、請求項２２に記載の混合物。
【請求項２５】
次式：
【化７】
で表される同位体濃縮化合物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態であって、式中、
ＲＧは、求核性基又は求電子性基であるか、あるいは分析物と求核性基又は求電子性基との反応生成物であり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基をＲＧに結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ：
【化８】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり、かつ
該化合物の少なくとも２個の原子が重原子同位体で同位体濃縮される、同位体濃縮化合物、あるいはその塩形態及び／又は水和物形態。
【請求項２６】
ＲＰ及びＬＫそれぞれが、少なくとも１個の重原子同位体を含む、請求項２５に記載の同位体濃縮化合物。
【請求項２７】
ＲＰ及びＬＫそれぞれが、少なくとも２個の重原子同位体を含む、請求項２５に記載の同位体濃縮化合物。
【請求項２８】
ＲＰ及びＬＫそれぞれが、少なくとも３個の重原子同位体を含む、請求項２５に記載の同位体濃縮化合物。
【請求項２９】
ａ）それぞれ１つ以上の分析物を含有する２つ以上の試料を、異なる標識試薬と反応させ、それによってそれぞれ１つ以上の標識分析物を含有する２つ以上の別々に標識された試料を生成する工程であって、該標識試薬は、次式：
【化９】
で表されるか、あるいはその塩形態及び／又は水和物形態であり、式中、それぞれの標識試薬について独立して、
ＲＧは、求核性基又は求電子性基であり；
ｒは、０〜１の整数であり；
Ｓ’は、固体支持体又は親和性リガンドに結合された切断可能なリンカーであり；
Ｘ及びＹは、それぞれ結合であり、Ｘは、ＲＰ及びＬＫのそれぞれの原子又は任意の置換基に結合し、それによってＲＰをＬＫに連結し、且つＹは、ＬＫの原子又は任意の置換基をＲＧに結合し；
ＲＰ及びＬＫは、それぞれ任意に及び独立して置換され、ＲＰは、レポーター基であり及びＬＫは、構造式Ｅ：
【化１０】
（式中、それぞれのｎは、独立して、１〜３の整数であり、及びそれぞれのＲは、独立して、Ｈ、Ｄ、アルキル基、ヘテロアルキル基、アリール基、ヘテロアリール基、又はハロ基である）
で表される連結部分ＬＫ５であり；並びに
ＲＰは、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有し、及びＬＫは、それぞれの標識分析物についての該ＲＰの間の固有の総質量の差を、それぞれの標識分析物についての該ＲＰ及びＬＫの総質量の総計が同じであるように補う、それぞれの標識分析物について固有の総質量を有する、工程；ならびに
ｂ）２つ以上の該標識された試料又はその部分と、場合により１つ以上の較正標準とを混合し、それによって混合物を製造する工程、
を包含する、方法。
【請求項３０】
前記２つ以上の試料が酵素消化反応の生成物である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
それぞれの試料が分離プロセスからの画分である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記１つ以上の分析物が、タンパク質、核酸分子、糖質、脂質、ステロイド、アミノ酸、又は１５００ダルトン未満の小分子である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
前記１つ以上の分析物がペプチドである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
前記１つ以上の別々に標識された分析物それぞれが、その由来する試料を同定する固有のレポーターを含有する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３５】
さらに、
ｃ）試料混合物又はその画分について第１の質量分光分析を行う工程；
ｄ）該第１の質量分光分析からの標識分析物の、選択された質量電荷比の選択イオンを解離エネルギーレベルまで処理し、それによって該選択イオンの少なくとも一部の特徴的イオン及びイオン化娘フラグメントイオンを形成する工程；ならびに
ｅ）該選択イオン、該特徴的イオン及び該娘フラグメントイオン、又はこれらの画分の第２の質量分析を行う工程、
を包含する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
さらに、ｆ）前記第２の質量分析におけるそれぞれの特徴的イオン部分の総質量及び相対量並びに前記娘フラグメントイオンの総質量を測定する工程を包含する、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
さらに、標識分析物の選択イオンについて異なる選択された質量電荷比で工程（ｄ）〜（ｆ）を１回以上反復する工程を包含する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
さらに、工程（ｃ）〜（ｆ）を１回以上反復する工程を包含し、それぞれの回で前記試料混合物の異なる画分を用いる、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記レポーターが、前記分析物を調べるために使用される条件下で実質的にサブフラグメント化しない、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
前記レポーターが、前記分析物を調べるために使用される条件下でサブフラグメント化する、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
選択された質量電荷比の前記選択イオンに関連する前記標識分析物の同一性が、前記娘フラグメントイオンの分析によって決定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項４２】
前記第２の質量分析におけるそれぞれの特徴的イオンの相対量が、その他の特徴的イオンに対して測定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項４３】
前記同定された分析物に関連するそれぞれの特徴的イオンの相対量が、前記混合物を形成するために加えられるそれぞれの試料の量と関連付けられ、それによって該混合物を形成するために組み合わせられる２つ以上の該試料のそれぞれの中の該分析物の相対量を測定する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
（ｉ）前記混合物が、さらに、前記同定される分析物のための少なくとも１つの較正標準の既知量を含有し、且つそれぞれの特徴的イオンの絶対量が、該較正標準に関連する特徴的イオンの量に関して測定される；ならびに
（ｉｉ）該混合物のそれぞれの異なる試料中の該同定される分析物の絶対量が、それぞれの特徴的イオンの量に関して測定される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
さらに、工程（ｄ）〜（ｆ）を、標識分析物の選択イオンについて異なる選択された質量電荷比で１回以上反復し、それによって前記混合物を形成するために組み合わせられた前記試料の２つ以上のそれぞれの中の１つ以上のその他の分析物の相対量を同定及び／又は測定する工程を包含する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
さらに、工程（ｄ）〜（ｆ）を、標識分析物の選択イオンについて異なる選択された質量電荷比で１回以上反復し、それによって前記混合物を形成するために組み合わせられた前記試料の２つ以上のそれぞれの中の１つ以上のその他の分析物の絶対量を同定及び／又は測定する工程を包含する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
構造式ＶＩ：
【化１１】
で表される化合物あるいはその塩形態及び／又は水和物形態を含有するキットであって、式中、
ＲＰ６及びＬＫ６は、それぞれ独立して、ヘテロアリール又はヘテロシクロアルキルであるか、あるいはヘテロアリール又はヘテロシクロアルキルで置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はヘテロ脂肪族基であり、ＲＰ６又はＬＫ６の少なくとも１つは、場合により置換される核酸塩基、あるいは場合により置換される核酸塩基で置換又は中断された線状又は分岐脂肪族又はヘテロ脂肪族基を含み；
ＲＰ６及びＬＫ６の任意の置換基は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース、又はホスフェートから選択され；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルであり；
Ｘは、レポーターの原子とＬＫ６との間の結合であり；及び
Ｙは、リンカーの原子とＲＧの原子との間の結合であり、
ＲＰ６及びＬＫ６の少なくとも１つは、１個以上の重原子同位体で同位体濃縮される、
キット。
【請求項４８】
ＬＫ６のみが核酸塩基である、請求項４７に記載のキット。
【請求項４９】
少なくとも１つの化合物が、構造式：
【化１２】
で表され、式中、
Ｘは、Ｒ５とＲ６とを結合し及びＹはＲ７とＲＧとを結合し；
Ｒ５は、−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（ＮＨ）−、又は−Ｃ（Ｊ）２−Ｃ（ＮＲ２）−であり、
ＲＺは、場合によりヘテロ原子を含有していてもよい１〜８個の炭素原子を含有するアルキル基であるか、又は場合により置換されるアリール基であり、該アルキル基又はアリール基の炭素原子は、独立して、連結された水素、重水素及び／又はフッ素原子を含有し；並びに
この場合のそれぞれのＪは、同一であるか又は異なり、Ｈ、重水素（Ｄ）、Ｒｚ、ＯＲｚ、ＳＲｚ、ＮＨＲｚ、Ｎ（Ｒｚ）２、フッ素、塩素、臭素又はヨウ素であり；
Ｒ６及びＲ７は、それぞれ独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース、又はホスフェートであり；この場合のそれぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；並びに
Ｒ８及びＲ９は、それぞれ独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、又はハロゲン化アルキルである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
前記化合物の少なくとも１つが：
【化１３】
又はそのアイソトポローグである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５１】
少なくとも１つの化合物が、構造式Ｉ：
【化１４】
で表される、請求項１に記載のキットであって、式中：
ＲＰ１は、構造式Ａ：
【化１５】
（式中、
環Ａは、芳香族であり；
それぞれのＺは、独立してＣＨ、ＣＲ２、又はＮであり、但し、２個以下の基ＺがＮであることを条件とし；
ｎは１又は２であり；
それぞれのＲ２は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、又は−Ｔ−Ｒ３から選択され；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルである）
で表されるレポーター基であり、
ＬＫ１は、連結部分ＬＫ５であり；
Ｘは、前記レポーターの原子とＬＫ１の間の結合であり；並びに
Ｙは、前記リンカーの原子とＲＧの原子の間の結合であり、
ＲＰ１及びＬＫ１の少なくとも１つは、１個以上の重原子同位体で同位体濃縮される、
キット。
【請求項５２】
環Ａが６員環である、請求項５１に記載のキット。
【請求項５３】
環Ａのオルト位又はパラ位の前記基ＺのいずれかがＣ−Ｔ−Ｒ３である、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
環Ａのオルト位又はパラ位の前記基ＺのいずれかがＣ−ＮＨＣ（Ｏ）−Ｒ３又はＣ−ＮＨＳＯ２−Ｒ３であり、かつそれぞれのＲ３が独立して場合により置換されるアルキル基である、請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】
ＲＰ１が構造式Ａ−１：
【化１６】
で表される、請求項５１に記載のキット。
【請求項５６】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩ：
【化１７】
で表され、式中：
ＲＰ２は、構造式Ｂ：
【化１８】
で表されるレポーター基であり、
環Ｂは、であり；
ｎは、１又は２であり；
それぞれのＷは、独立して、Ｏ、Ｓ又はＮＲ４であり；
それぞれのＷ’は、独立して、ＣＨ２、ＣＨＲ２、Ｃ（Ｒ２）２、Ｃ（Ｏ）又はＣ＝Ｎ−Ｒ４であり；
Ｑは、ＣＨ又はＣＲ２であり；
Ｑは、ＣＨ又はＣＲ２であり；
それぞれのＲ２は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、−Ｒ３、又は−Ｔ−Ｒ３から選択され；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルであり；
ＬＫ２は、連結部分ＬＫ５であり；
Ｘは、前記レポーターの原子とＬＫ２の間の結合であり；並びに
Ｙは、前記リンカーの原子とＲＧの原子の間の結合であり、
ＲＰ２及びＬＫ２の少なくとも１つは、１個以上の重原子同位体で同位体濃縮される、請求項１に記載のキット。
【請求項５７】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩ−ｄ：
【化１９】
で表される、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩ−ｅ：
【化２０】
で表される、請求項５６に記載のキット。
【請求項５９】
少なくとも１つの化合物が、構造式ＩＩＩ：
【化２１】
で表され、式中：
ＲＰ３は、構造式Ｃ：
【化２２】
で表されるレポーター基であり；
Ｒｘ及びＲｙのそれぞれは、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、又はヘテロアルキルであり、Ｒｘ及びＲｙの任意の置換基は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース又はホスフェートから選択され、あるいはＲｘ及びＲｙは一緒になって環Ｃ’：
【化２３】
を形成し；
環Ｃ’は、ヘテロアリール又はヘテロシクロアルキルであり、環Ｃ’の置換基は、独立して、水素、重水素、−ＯＨ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＮＯ２、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアルキル、−Ｒ３、−Ｔ−Ｒ３、リボース、デオキシリボース又はホスフェートであり；
それぞれのＲ３は、独立して、水素、重水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロアリール、又はヘテロアラルキルであり；
Ｔは、−Ｏ−、−ＮＲ４−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ４−、−ＮＲ４ＳＯ２−、−ＳＯ２ＮＲ４−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−ＮＲ４Ｃ（Ｏ）Ｏ−、又は−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４−であり；
それぞれのＲ４は、独立して、水素、重水素、アルキル、ヘテロアルキル、アリール、又はアラルキルであり；
ＬＫ３は、連結部分ＬＫ５であり；
Ｘは、前記レポーターの原子とＬＫ３の間の結合であり；並びに
Ｙは、前記リンカーの原子とＲＧの原子の間の結合であり、
ＲＰ３及びＬＫ３の少なくとも１つは、１個又はそれ以上の重原子同位体で同位体濃縮される、請求項１に記載のキット。
【請求項６０】
環Ｃ’が、構造式ＩＩＩ−ｃ：
【化２４】
（式中、ｑは０〜６の整数であり及びＬＫ３はカルボニル基を含む）
で表される、請求項５９に記載のキット。
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８Ａ】
【図２８Ｂ】
【図２９Ａ】
【図２９Ｂ】
【図２９Ｃ】
【図２９Ｄ】
【図２９Ｅ】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図２Ｂ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８Ａ】
【図２８Ｂ】
【図２９Ａ】
【図２９Ｂ】
【図２９Ｃ】
【図２９Ｄ】
【図２９Ｅ】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【公表番号】特表２００９−５２６９９８（Ｐ２００９−５２６９９８Ａ）
【公表日】平成２１年７月２３日（２００９．７．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５５５３３７（Ｐ２００８−５５５３３７）
【出願日】平成１９年２月１５日（２００７．２．１５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／００３９９０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／１００５０６
【国際公開日】平成１９年９月７日（２００７．９．７）
【出願人】（５０５１２３６９７）アプライド バイオシステムズ インコーポレイテッド (21)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年７月２３日（２００９．７．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年２月１５日（２００７．２．１５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／００３９９０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／１００５０６
【国際公開日】平成１９年９月７日（２００７．９．７）
【出願人】（５０５１２３６９７）アプライド バイオシステムズ インコーポレイテッド (21)
【Ｆターム（参考）】
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