新規の特異的細胞結合剤
本発明は幹細胞のグリカン構造に対する特異的結合剤のための試薬および方法を記載する。さらに本発明は、幹細胞の表面上の特異的グリカンエピトープに対するさらなる結合試薬のスクリーニングに関する。グリカン構造の好ましい結合剤としては酵素、レクチンおよび抗体等のタンパク質などが挙げられる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
間葉系細胞調製物の状態を評価する方法であって、前記調製物中の伸長グリカン構造、または、少なくとも２つの、グリカン構造の群の存在を検出するステップを含み、前記グリカン構造またはグリカン構造の群は、幹細胞の状態の分析および／または幹細胞の操作のための式Ｔ１
であり、Ｘは結合位置であり、
Ｒ１、Ｒ２、およびＲ６はＯＨまたはグリコシド結合した単糖残基シアル酸、好ましくはＮｅｕ５Ａｃα２またはＮｅｕ５Ｇｃα２、最も好ましくはＮｅｕ５Ａｃα２であり；
Ｒ３はＯＨまたはグリコシド結合した単糖残基Ｆｕｃα１（Ｌ−フコース）またはＮ−アセチル（Ｎ−アセトアミド、ＮＣＯＣＨ３）であり；
Ｒ４はＨ、ＯＨまたはグリコシド結合した単糖残基Ｆｕｃα１（Ｌ−フコース）であり、Ｒ４がＨである場合、Ｒ５はＯＨであり、Ｒ４がＨではない場合、Ｒ５はＨであり；
Ｒ７はＮ−アセチルまたはＯＨであり；
Ｘは前記細胞由来の天然オリゴ糖主鎖構造、好ましくはＮ−グリカン、Ｏ−グリカンもしくは糖脂質構造であり、またはｎが０である場合、Ｘは無であり；
Ｙはリンカ基、好ましくはＯ−グリカンおよびＯ−結合末端オリゴ糖および糖脂質のための酸素、ならびにＮ−グリカンのためのＮ、またはｎが０である場合、無であり；
Ｚは担体構造、好ましくは細胞により産生された天然担体であり、例えばタンパク質または脂質であって、好ましくは担体上のセラミドもしくは分岐グリカンコア構造、またはＨであり；
アーチはガラクトピラノシルからの結合が左側の残基の３位または４位いずれかに対するものであること、およびＲ４構造が他の４または３位にあることを表し；
ｎは０または１の整数であり、ｍは１ないし１０００、好ましくは１ないし１００、および最も好ましくは１ないし１０の整数（担体上のグリカンの数）であり、
ただし、
Ｒ２およびＲ３のうち１つはＯＨまたはＲ３はＮ−アセチルであり、
左側の第１の残基が右側の残基の４位に結合する場合、Ｒ６はＯＨであり、
ＸはＧａｌα４Ｇａｌβ４Ｇｌｃではなく、（ＳＳＥＡ−３または４のコア構造）またはＲ３はフコシルであり、
前記細胞調製物は胚性幹細胞調製物であり、
ならびに、前記グリカン構造が伸長構造である場合、ここで、前記結合剤は前記構造およびさらに少なくとも１つの還元末端伸長エピトープ、好ましくは式Ｅ１：
ＡｘＨｅｘ（ＮＡｃ）ｎの単糖エピトープ（Ｘおよび／またはＹを置換）に結合し、Ａはアノマー構造アルファまたはベータであり、ｘは結合位置２、３または６であり；およびＨｅｘはヘキソピラノシル残基Ｇａｌ、またはＭａｎであり、ｎは０または１の整数であり、
ｎが１である場合、ＡｘＨｅｘＮＡｃはβ４ＧａｌＮＡｃまたはβ６ＧａｌＮＡｃであり、
ただし、
ＨｅｘがＭａｎである場合、ＡｘＨｅｘはβ２Ｍａｎであり、
ＨｅｘがＧａｌである場合、ＡｘＨｅｘはβ３Ｇａｌまたはβ６Ｇａｌまたはα３Ｇａｌまたはα４Ｇａｌであり、
または、
前記結合剤エピトープはさらに還元末端伸長エピトープ、
還元末端ＧａｌＮＡｃα含有構造に結合するＳｅｒ／Ｔｈｒもしくは、
Ｇａｌβ４Ｇｌｃ含有構造に結合するβＣｅｒに結合し、前記グリカン構造は関連するまたは混入した細胞集団から決定される幹細胞集団であることを特徴とする方法。
【請求項２】
幹細胞の状態の分析のための、および／または幹細胞の操作のための方法であって、幹細胞の試料から伸長グリカン構造または少なくとも２つのグリカン構造を検出するステップを含み、前記グリカン構造は：末端ラクトサミン構造
（Ｒ１）ｎ１Ｇａｌ（ＮＡｃ）ｎ３β３／４（Ｆｕｃα４／３）ｎ２ＧｌｃＮＡｃβＲであって、Ｒ１はＧａｌβ４ＧｌｃＮＡｃに結合するＦｕｃα２、またはＳＡα３、またはＳＡα６であり、ＲはＮ−グリカン、Ｏ−グリカンおよび／または糖脂質の還元末端コア構造である、末端ラクトサミン構造、
または、構造
（ＳＡα３）ｎ１Ｇａｌβ３（ＳＡα６）ｎ２ＧａｌＮＡｃであって、
ｎ１、ｎ２およびｎ３は０または１であって構造の存在または非存在を表し、
式中、ＳＡはシアル酸である構造、
または、分岐エピトープ
Ｇａｌβ３（ＧｌｃＮＡｃβ６）ＧａｌＮＡｃ、または
Ｒ１Ｇａｌβ４（Ｒ３）ＧｌｃＮＡｃβ６（Ｒ２Ｇａｌβ３）ＧａｌＮＡｃであって、
Ｒ１およびＲ２は独立に無またはＳＡα３であり；およびＲ３は独立に無またはＦｕｃα３である分岐エピトープ、
または、Ｎ−結合グリカンのコア構造中のＭａｎβ４ＧｌｃＮＡｃ構造；またはエピトープＧａｌβ４Ｇｌｃ、
または末端マンノース、
または末端ＳＡα３／６Ｇａｌであって、ＳＡはシアル酸であり、ただし
ｉ）幹細胞は癌細胞株の細胞ではない
末端ＳＡα３／６Ｇａｌからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法において、前記結合物質が式Ｔ８Ｅベータ
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−３／４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβｘＨｅｘ（ＮＡｃ）ｐ
の構造を認識し、
ｘは結合位置２、３、または６であり、
ｍ、ｎおよびｐは独立に０または１の整数であり、
ＭおよびＮは単糖残基であって
ｉ）独立に無（その位置における遊離水酸基）
および／または
ｉｉ）Ｇａｌの３位または／およびＧｌｃＮＡｃの６位に結合するシアル酸であるＳＡ
および／または
ｉｉｉ）ＧａｌがＧｌｃＮＡｃの他の位置（４または３）に結合する場合に、Ｇａｌの２位および／またはＧｌｃＮＡｃの３もしくは４位に結合するＦｕｃ（Ｌ−フコース）残基であり、
ただし、ｍ、ｎおよびｐは独立に０または１であり、
Ｈｅｘはヘキソピラノシル残基ＧａｌまたはＭａｎであり、
ただし、
ｐが１の場合、βｘＨｅｘＮＡｃはβ６ＧａｌＮＡｃであり、
ｐが０の場合、ＨｅｘはＭａｎであり、かつβｘＨｅｘはβ２Ｍａｎであり、またはＨｅｘはＧａｌであり、かつβｘＨｅｘはβ３Ｇａｌもしくはβ６Ｇａｌであることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記結合物質が
式Ｔ１０Ｅ
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβｘＨｅｘ（ＮＡｃ）ｐのＩＩ型ラクトサミンを基盤とする構造を認識し、
ただし、
ｐが１である場合、βｘＨｅｘＮＡｃはβ６ＧａｌＮＡｃであり、
ｐが０である場合、ＨｅｘはＭａｎであり、かつβｘＨｅｘはβ２Ｍａｎであり、または、ＨｅｘはＧａｌであり、かつβｘＨｅｘはβ６Ｇａｌであることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法において、前記結合物質が式Ｔ１０ＥＭａｎ：
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ
のＩＩ型ラクトサミンを基盤とする構造を認識し、変数は請求項２の式Ｔ８Ｅベータに対して記載されるものと同様であることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法において、前記構造がＧａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、ＳＡα６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項５に記載の方法において、前記構造がＨＩＩ型構造Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎであることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項５に記載の方法において、前記構造がＬｅｗｉｓ ｘ構造Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎであることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項４に記載の方法において、前記結合物質が
式Ｔ１０ＥＧａｌ（ＮＡｃ）：
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβ６Ｇａｌ（ＮＡｃ）ｐ
のＩＩ型ラクトサミンを認識し、変数は請求項２の式Ｔ８Ｅベータに対して記載されるものと同様であることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法において、前記構造が、
Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６Ｇａｌ、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３／６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４（Ｆｕｃａ３）ＧｌｃＮＡｃβ６（ＲＧａｌβ３）ＧａｌＮＡｃからなる群より選択され、ＲはＳＡα３または無であることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記結合物質が、
式Ｔ９Ｅ
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−３［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ
のＩ型ラクトサミンを基盤とした構造を認識することを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法において、前記構造が、
Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）βＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、ＳＡα３Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１１に記載の方法において、前記構造がＨＩ型構造Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３ＧａｌまたはＩ型ＬＡｃＮＡｃ−構造Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌであることを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１ないし１３のいずれか１項に記載の方法において、前記検出が、前記調製物における少なくとも１種のグリカン構造の量または存在を特異的結合物質または管理された結合剤により分析することによって行われることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１ないし１３のいずれか１項に記載の方法において、前記構造が少なくとも１個のＦｕｃα残基を有することを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項２に記載の方法において、前記伸長オリゴ糖構造が（ＳＡα３）０または１Ｇａｌβ３／４（Ｆｕｃα４／３）ＧｌｃＮＡｃ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃα／βおよびＦｕｃα２Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）０または１ＧｌｃＮＡｃβからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項２のいずれかに記載の方法において、前記の伸長オリゴ糖が、Ｇａｌβ４Ｇｌｃ、Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃ、Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃ、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ、Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ、Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃβ／α、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ、ＧａｌＮＡｃβ４ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４Ｇｌｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃβ／α、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ、ＳＡα６Ｇａｌβ４Ｇｌｃ、ＳＡα６Ｇａｌβ４Ｇｌｃβ、ＳＡα６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ、Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ａ）、ＳＡα３Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （シアリル−Ｌｅｗｉｓ ａ）、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃ （Ｈ−１型）、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ｂ）、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ （２型ラクトサミン基盤）、Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ｘ）、ＳＡα３Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （シアリル−Ｌｅｗｉｓ ｘ）、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ （Ｈ−２型）およびＦｕｃα２Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ｙ）からなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１ないし１７のいずれかに記載の方法において、当該方法が少なくとも１つの末端ＭａｎαＭａｎ−構造で共に用いられることを特徴とする方法。
【請求項１９】
請求項１ないし１８のいずれかに記載の方法において、前記検出がモノクローナル抗体、グリコシダーゼ、グリコシル転移酵素、植物レクチン、動物レクチンおよびそれらのペプチド模倣物からなる群より選択される組み替えタンパク質である結合剤により行われることを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法において、前記結合物質がＧＦ２８７、ＧＦ２７９、ＧＦ２８８、ＧＦ２８４、ＧＦ２８３、ＧＦ２８６、ＧＦ２９０、ＧＦ２８９、ＧＦ２７５、ＧＦ２７６、ＧＦ２７７、ＧＦ２７８、ＧＦ２９７、ＧＦ２９８、ＧＦ３０２、ＧＦ３０３、ＧＦ３０５、ＧＦ２９６、ＧＦ３００、ＧＦ３０４、ＧＦ３０７、ＧＦ３５３、およびＧＦ３５４からなる群より選択される抗体と同一のエピトープに結合することを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１９に記載の方法において、前記結合物質がＧＦ２８７、ＧＦ２７９、ＧＦ２８８、ＧＦ２８４、ＧＦ２８３、ＧＦ２８６、ＧＦ２９０、ＧＦ２８９、ＧＦ２７５、ＧＦ２７６、ＧＦ２７７、ＧＦ２７８、ＧＦ２９７、ＧＦ２９８、ＧＦ３０２、ＧＦ３０３、ＧＦ３０５、ＧＦ２９６、ＧＦ３００、ＧＦ３０４、ＧＦ３０７、ＧＦ３５３、ＧＦ３５４、およびＧＦ３６７からなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１９に記載の方法において、前記組み替えタンパク質が少なくとも部分的に２つの単糖構造および前記単糖残基間の結合構造を認識する高特異性結合剤であることを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項１９に記載の方法において、前記結合剤が、生体材料または他の細胞型を含む細胞材料を含む試料からヒト幹細胞を選別または選択するために用いられることを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項１９に記載の方法において、前記結合剤が、異なるヒト幹細胞型間の選別または選択のために用いられることを特徴とする方法。
【請求項２５】
請求項１９に記載の方法において、選別または選択ステップがＦＡＣＳまたは細胞集団を濃縮するための任意の他の手段により行われることを特徴とする方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法により得られた細胞集団。
【請求項２７】
請求項２４に記載の方法において、前記細胞調製物が血液関連細胞集団からなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項２８】
請求項１に記載の方法において、分析されるべき細胞の量が１０３ないし１０６の細胞であることを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記グリカン構造がＮ−グリカンコア構造を有するＮ−グリカンを含むＮ−グリカンサブグライコーム中に存在し、前記Ｎ−グリカンがＮ−グリコシダーゼにより細胞から遊離できることを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項２９に記載の方法において、前記Ｎ−グリカンコア構造がＭａｎβ４ＧｌｃＮＡｃβ４（Ｆｕｃα６）ｎＧｌｃＮＡｃであり、ｎが０または１であることを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記グリカン構造が、Ｏ−グリカンコア構造を有するＯ−グリカンを含むＯ−グリカンサブグライコーム中に存在し、または前記グリカン構造が、糖脂質コア構造を有する糖脂質を含む糖脂質サブグライコーム中に存在し、前記グリカンがグリコシルセラミダーゼにより遊離できることを特徴とする方法。
【請求項３２】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記グリカン構造の群が本明細書の表および図に示される特異的な量のオリゴ糖を含むことを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項１ないし３２のいずれかに記載の方法において、前記細胞調製物の細胞表面グライコームの存在または非存在が検出されることを特徴とする方法。
【請求項３４】
請求項１ないし３３のいずれかに記載の方法において、前記細胞調製物が前記細胞調製物の細胞集団内の混入する構造、時間依存的変化または細胞集団の状態の変化に関して、前記細胞調製物内のグリカンの質量分析を用いたグリコシル化分析により、評価／検出されることを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法において、前記細胞状態が、細胞培養中または細胞精製中に、低温における細胞貯蔵もしくは操作と関連して、または細胞の凍結保存と関連して、制御されることを特徴とする方法。
【請求項３６】
請求項３４に記載の方法において、細胞状態の時間依存的変化が、前記細胞の栄養状態、前記細胞培養の密集度（ｃｏｎｆｌｕｅｎｃｙ）、前記細胞の密度、前記細胞の遺伝的安定性の変化、前記細胞構造の完全性もしくは細胞齢、または前記細胞に影響する化学的、物理的、もしくは生化学的要素に依存すことを特徴とする方法。
【請求項３７】
哺乳動物細胞の集団内の幹細胞を同定、分析、選択または単離するための方法であって、結合剤または結合物質の使用を含み、前記結合剤／結合物質は請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造またはグリカン構造群に結合し、前記構造は、
（ｉ）幹細胞上／内における発現、およびフィーダ細胞または分化した細胞における発現の非存在または低発現を示し；
（ｉｉ）幹細胞における発現の非存在または低発現、およびフィーダ細胞または分化した細胞における発現または高発現または主な発現を示し；
（ｉｉｉ）幹細胞の亜集団における発現を示し；または、
（ｉｖ）分化した幹細胞の亜集団における発現を示す；
ことを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項３７に記載の方法において、前記幹細胞が全能性、多能性または多分化能であることを特徴とする方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法において、前記胚幹細胞結合剤が多能性または多分化能間葉系幹細胞の同定のために用いられ、前記方法がさらに同定された多能性または多分化能幹細胞を回収のために選択するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項４０】
請求項３９に記載の方法において、前記選択された多能性または多分化能幹細胞を哺乳動物細胞の集団から分離するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法において、前記分離された多能性または多分化能幹細胞を単離するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項４２】
請求項４０に記載の方法において、前記細胞集団が臍帯血、胚体液（ｅｍｂｒｙｏｎａｌ ｂｏｄｙ ｆｌｕｉｄｓ）、胚組織試料、胚組織培養物、細胞株および非間葉系成体起源の細胞培養物より選択されることを特徴とする方法。
【請求項４３】
請求項４０に記載の方法において、前記幹細胞が成体幹細胞、胚幹細胞または胎児起源の幹細胞、好ましくは母親細胞集団内のヒト胎児起源のものであることを特徴とする方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法において、前記幹細胞が脱分化した体細胞であることを特徴とする方法。
【請求項４５】
請求項１記載の方法において、前記抗体がポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、および抗体フラグメントからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項４６】
請求項１のいずれかに記載の方法において、前記結合剤が管理された結合剤であることを特徴とする方法。
【請求項４７】
請求項１のいずれかに記載の方法において、前記結合剤が、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造の少なくとも１つのエピトープに特異的な、抗体、レクチン、またはグリコシダーゼの、少なくとも前記グリカン構造の結合部位を含み、前記グリカン構造が幹細胞および／または分化した細胞に付着することを特徴とする方法。
【請求項４８】
哺乳動物の体液または組織からの胚幹細胞の同定、選択または分析のための方法であって、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造の少なくとも１つのエピトープに特異的な抗体、レクチン、またはグリコシダーゼを得るステップと、前記抗体、レクチンまたはグリコシダーゼを幹細胞と接触させてこのような細胞を同定、選択、単離および／または分析するステップとを含むことを特徴とする方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法により単離される哺乳動物幹細胞。
【請求項５０】
請求項１ないし１８のいずれかのグリカン構造に対する選択的幹細胞結合剤を同定するための方法が、
幹細胞内／上の特異的発現ならびにフィーダ細胞および／または分化した体細胞内／上の発現の非存在を示すグリカン構造を選択するステップと、幹細胞内／上の前記グリカン構造への前記結合剤の結合を確認するステップとを含むことを特徴とする方法。
【請求項５１】
試料内の幹細胞の濃縮および検出のためのキットであって、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造を検出するための結合剤を含む少なくとも１つの試薬と、前記試薬を用いて幹細胞の濃縮を行うための説明書とを含み、任意に幹細胞の濃縮を行うための手段を含むことを特徴とするキット。
【請求項５２】
請求項５１記載のキットにおいて、前記試薬が検出可能なトレーサで標識されことを特徴とするキット。
【請求項５３】
幹細胞、および幹細胞上の請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造と結合する結合剤を有する、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造を含む組成物。
【請求項５４】
幹細胞調製物の状態を評価する方法であって、前記調製物中のグリカン構造またはグリカン構造の群の存在を検出するステップを含み、前記グリカン構造またはグリカン構造の群が式Ｔ１１：
［Ｍ］ｍＧａｌβ１−ｘ［Ｎα］ｎＨｅｘ（ＮＡｃ）ｐ
によるものであり、
ｍ、ｎおよびｐは独立に０または１の整数であり、
ＨｅｘはＧａｌまたはＧｌｃであり、Ｘは結合位置であり；
ＭおよびＮは単糖残基であって、独立に無（前記位置の遊離水酸基）であり、
ならびに／または 、
Ｇａｌの３位もしくは／およびＨｅｘＮＡｃの６位に結合したシアル酸であるＳＡα、
Ｇａｌの３もしくは４位に結合したＧａｌα、または
Ｇａｌの４位に結合するＧａｌＮＡｃβ、ならびに／または
Ｇａｌの２位；および／もしくは、Ｇａｌが他の位置（４または３）に結合し、ＨｅｘＮＡｃがＧｌｃＮＡｃである場合、ＨｅｘＮＡｃの３もしくは４位；または、Ｇａｌが他の位置（３）に結合する場合、Ｇｌｃの３位；に結合したＦｕｃ（Ｌ−フコース）残基であり、
ただし、ｍおよびｎの合計は２であり
好ましくはｍおよびｎは独立に０または１であり、ならびに
ＭがＧａｌαである場合、Ｇａｌβ１に結合するシアル酸は存在せず、ならびに
ｎは０であり、ｘは好ましくは４であり、
ＭがＧａｌＮＡｃβである場合、Ｇａｌβ１にα６結合するシアル酸は存在せず、ｎは０であり、ｘは４であることを特徴とする方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法において、前記構造が式Ｔ１２：
［Ｍ］［ＳＡα３］ｎＧａｌβ１−４Ｇｌｃ（ＮＡｃ）ｐ
によるものであり、
ｎおよびｐは独立に０または１の整数であり、
ＭはＧａｌの３もしくは４位に結合したＧａｌα、またはＧａｌの４位に結合したＧａｌＮＡｃβであり、および／またはＳＡαはＧａｌの３位に結合したシアル酸分岐であり、
ＭがＧａｌαである場合、Ｇａｌβ１に結合するシアル酸は存在しない（ｎは０である）ことを特徴とする方法。
【請求項５６】
請求項５４または５５に記載の方法において、前記構造がグロボトリオース（Ｇｂ３）非還元末端の末端構造Ｇａｌα４Ｇａｌを含むことを特徴とする方法。
【請求項５７】
新規標的／マーカ構造を含む幹細胞からの細胞成分の単離のための、請求項１ないし５６のいずれかに記載の結合剤分子の使用。
【請求項５８】
請求項５７に記載の使用において、前記単離された細胞成分が遊離グリカン、またはタンパク質もしくは脂質もしくはその断片に結合したグリカンであることを特徴とする使用。
【請求項５９】
請求項５７ないし５８に記載の結合剤分子を用いる次のステップを含む、細胞成分を単離するための方法であって、
１）幹細胞試料を提供するステップと、
２）本発明の結合剤分子を対応する標的構造に接触させるステップと、
３）前記結合剤および標的構造の複合体を少なくとも細胞材料の一部から単離するステップと、
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６０】
請求項５９に記載の方法により産生される標的構造組成物であって、幹細胞において、または幹細胞に特徴的な割合で特異的に発現する、前記結合剤構造に対応するグリカン構造およびペプチドまたはタンパク質エピトープを含む糖タンパク質または糖ペプチドを含み、前記組成物が請求項に記載の方法によって産生されることを特徴とする標的構造組成物。
【請求項６１】
複数のオリゴ糖の本質的に純粋なオリゴ糖グライコーム組成の分析のための方法であって、式
ＮｅｕＡｃｍＮｅｕＧｃｎＨｅｘｏＨｅｘＮＡｃｐｄＨｅｘｑＨｅｘＡｒＰｅｎｓＡｃｔＭｏｄＸｘ （Ｉ）
による単糖組成を含み、ｍ、ｎ、ｏ、ｐ、ｑ、ｒ、ｓ、ｔ、およびｘは≧０および約１００未満の値の独立の整数であり、ただし各グリカンマス成分（ｇｌｙｃａｎ ｍａｓｓ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ）に対して主鎖単糖変数ｏ、ｐ、またはｒのうち少なくとも２つは≧１であり、
Ｈｅｘはヘキソースを表し、Ｐｅｎはペントースを表し、ＭｏｄＸは修飾を表し、前記方法は、
ａ）単離されたヒト幹細胞試料を提供するステップと；
ｂ）前記幹細胞試料から全グリカンまたは全グリカン群を遊離させるステップ、または前記幹細胞試料から遊離グリカンを抽出するステップと；
ｃ）前記試料からグライコームを単離するステップと；
ｄ）質量分析プロファイリングにより組成を分析するステップと；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６２】
請求項６１または１に記載の方法において、当該方法が質量分析プロファイルの定量的な比較を伴い、前記方法が抗体、酵素および／またはレクチン等の結合分子による分析のためのマーカの選択に用いられることを特徴とする方法。
【請求項６３】
細胞表面上の本質的にグライコーム組成の分析のための方法であって、
ａ）単離されたヒト幹細胞試料を提供するステップと；
ｂ）前記細胞試料を、前記グライコーム組成内のグリカン構造またはグリカン構造群を認識する少なくとも１種の結合分子と接触させるステップと；
ｃ）結合した結合分子の量を分析するステップと；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６４】
請求項６２または６３に記載の方法であって、前記方法が群：
ａ）マンノース型構造、特にアルファ−Ｍａｎ構造、
ｂ）α３−シアル化および／またはフコシル化構造、
ｃ）Ｇａｌ／ＧａｌＮａｃ結合特異性、好ましくはＧａｌ１−３／ＧａｌＮＡｃ１−３結合特異性、より好ましくはＰＮＡに類似のＧａｌβ１−３／ＧａｌＮＡｃβ１−３結合特異性、
からの１つまたはいくつかの構造に対する結合特異性を有する好ましい結合分子を含むことを特徴とする方法。
【請求項６５】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記検出が、モノクローナル抗体、グリコシダーゼ、グリコシル転移酵素、植物レクチン、動物レクチンまたはそれらのペプチド模倣物からなる群より選択される組み替えタンパク質である結合剤により行われることを特徴とする方法。
【請求項６６】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記組み替えタンパク質が、少なくとも部分的に２つの単糖構造と前記単糖残基間の結合構造とを認識する高特異性結合剤であることを特徴とする方法。
【請求項６７】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記結合剤が、異なるヒト幹細胞型間の選別または選択のために用いられることを特徴とする方法。
【請求項６８】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記結合剤が、胚性幹細胞およびフィーダ細胞集団の選別または選択のために用いられることを特徴とする方法。
【請求項６９】
請求項６１または６２に記載の方法において、当該方法が：
ａ）前記分析のためのグリカンを含んだ幹細胞試料を調製するステップと；
ｂ）前記幹細胞試料から全グリカンまたは全グリカン群を遊離するステップ、または前記幹細胞試料から遊離グリカンを抽出するステップと；
ｃ）任意にグリカンを修飾するステップと；
ｄ）前記試料の生体材料からグリカン画分／画分群を精製するステップと；
ｅ）任意にグリカンを修飾するステップと；
ｆ）前記遊離されたグリカンの組成を質量分析により分析するステップと；
ｇ）任意に、遊離されたグリカンに関するデータを定量的に示し、前記定量的データセットを他の幹細胞試料からの他のデータセットと比較するステップと；
ｈ）前記遊離されたグリカンに関するデータを定量的または定性的に他の幹細胞試料から生成されたデータと比較するステップと；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項７０】
Ｎ−グリカンコアマーカ構造であって、二糖エピトープが、
式ＣＧＮ：
［Ｍａｎα３］ｎ１（Ｍａｎα６）ｎ２Ｍａｎβ４ＧｌｃＮＡｃβ４（Ｆｕｃα６）ｎ３ＧｌｃＮＡｃｘＲ
のＮ−結合グリカンのコア構造におけるＭａｎβ４ＧｌｃＮＡｃ構造であり、
ｎ１、ｎ２およびｎ３は０または１の整数であり、独立に残基の存在または非存在を表し、
非還元末端の末端Ｍａｎα３／Ｍａｎα６−残基は、幹細胞の状態の分析および／または幹細胞の操作のための、複合型、特に二分岐構造に、またはマンノース型（高Ｍａｎおよび／または低Ｍａｎ）に、またはハイブリッド型構造に伸長してよく、ｘＲはβＡｓｎもしくはβＡｓｎ−ペプチドもしくはβＡｓｎ−タンパク質等のタンパク質もしくはペプチドに結合するＮ−グリカンの還元末端構造、またはＮ−グリカンの遊離還元末端、またはヒト胚幹細胞の分析のために生成された前記還元の化学的誘導体を表すことを特徴とするＮ−グリカンコアマーカ構造。
【請求項７１】
請求項７０に記載のマーカ構造を含むＮ−グリカンコアであって、前記構造が式Ｍ２：
［Ｍα２］ｎ１［Ｍα３］ｎ２｛［Ｍα２］ｎ３［Ｍα６）］ｎ４｝［Ｍα６］ｎ５｛［Ｍα２］ｎ６［Ｍα２］ｎ７［Ｍα３］ｎ８｝Ｍβ４ＧＮβ４［｛Ｆｕｃα６｝］ｍＧＮｙＲ２
のマンノース型グリカンであり、
ｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４、ｎ５、ｎ６、ｎ７、ｎ８、およびｍは独立に０または１のいずれかであり；ただしｎ２が０である場合、ｎ１も０であり；ｎ４が０である場合、ｎ３も０であり；ｎ５が０である場合、ｎ１、ｎ２、ｎ３およびｎ４も０であり；ｎ７が０である場合、ｎ６も０であり；ｎ８が０である場合、ｎ６およびｎ７も０であり；
ｙはアノマー結合構造αおよび／もしくはβまたは誘導体化アノマー炭素からの結合であり、
Ｒ２は還元末端水酸基、化学的還元末端誘導体、または、タンパク質由来のアスパラギンＮ−グリコシドアミノ酸および／もしくはペプチドを含むアスパラギンＮ−グリコシド等の天然アスパラギンＮ−グリコシド誘導体であり；
［］はｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４、ｎ５、ｎ６、ｎ７、ｎ８、およびｍの値によって存在するかまたは存在しないかのいずれかである決定基を表し；
｛｝は前記構造中の分岐を表し；
前記構造は任意に高マンノース構造であり、さらにグルコース残基またはｎ６で表されるマンノース残基に結合する残基で置換されることを特徴とするＮ−グリカンコア。
【請求項７２】
請求項７１に記載の方法であって、少なくとも１つの構造の量が分化中の幹細胞における減少または増加によって変化し、前記構造が単糖
ＨｎＮ２Ｆｍ組成Ｈに対応し、Ｈはヘキソース、好ましくはＭａｎまたはＧｌｃであり、ＮはＮ−アセチルヘキソサミン、好ましくはＧｌｃＮＡｃであり、Ｆはデオキシヘキソース、好ましくはフコースであり、ｎは１ないし１１の整数であり、ｍは０または１であることを特徴とする方法。
【請求項７３】
請求項７２に記載の方法において、前記構造が、その由来する分化した細胞よりも間葉系幹細胞と関連することを特徴とする方法。
【請求項７４】
請求項７２または７３に記載の方法において、前記構造の量が、間葉系幹細胞において、その分化したバリアントよりも増加することを特徴とする方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法において、前記構造が、間葉系幹細胞に特異的な単糖組成を表す表に示されることを特徴とする方法。
【請求項７６】
請求項７２または７３に記載の方法において、前記構造の量が間葉系幹細胞において、その分化したバリアントよりも減少することを特徴とする方法。
【請求項７７】
請求項７６に記載の方法において、表中に示されるものが間葉系幹細胞に特異的な単糖組成を示すことを特徴とする方法。
【請求項７８】
請求項７０に記載の方法において、前記構造が式ＧＮβ２：
［Ｒ１ＧＮβ２］ｎ１［Ｍα３］ｎ２｛［Ｒ３］ｎ３［ＧＮβ２］ｎ４Ｍα６｝ｎ５Ｍβ４ＧＮＸｙＲ２のの複合型Ｎ−グリカンであり、任意に、Ｍα６、Ｍα３、またはＭβ４に結合する１または２または３個の式［ＲｘＧＮβｚ］ｎｘのさらなる分岐を有し、Ｒｘは各分岐で異なっていてよく、
ｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４、ｎ５およびｎｘは独立に０または１のいずれかであり、
ただしｎ２が０である場合、ｎ１は０であり、ｎ３が１および／またはｎ４が１である場合、ｎ５も１であり、少なくともｎ１もしくはｎ４は１、またはｎ３は１であり；
ｎ４が０であり、かつｎ３が１である場合、Ｒ３はマンノース型置換基または無であり、Ｘはグリコシド結合二糖エピトープβ４（Ｆｕｃα６）ｎＧＮであり、ここでｎは０もしくは１、またはＸは無であり、
ｙはアノマー結合構造αおよび／もしくはβ、または誘導体化アノマー炭素からの結合であり、
Ｒ１、ＲＸおよびＲ３は独立に、コア構造に結合する１、２または３個の天然置換基を表し、
Ｒ２は還元末端水酸基、化学的還元末端誘導体、または、タンパク質由来のアスパラギンＮ−グリコシドアミノ酸および／もしくはペプチドを含むアスパラギンＮ−グリコシド等の天然アスパラギンＮ−グリコシド誘導体であり、
［］は直鎖配列中に存在するまたは存在しない基を表し、｛｝が更に存在しても存在しなくてもよい分岐を表すことを特徴とする方法。
【請求項７９】
請求項７８に記載の方法において、前記構造はそれに由来する分化した細胞よりも胚性幹細胞と関連することを特徴とする方法。
【請求項８０】
請求項７９に記載の方法において、前記構造が、Ｈ６Ｎ５、およびＨ６Ｎ５Ｆ１等の大型の複合型Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ４Ｆ１、Ｈ５Ｎ４Ｆ２、およびＨ５Ｎ４Ｆ３等の二分岐サイズ複合型Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｉｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ４Ｆ２、Ｈ５Ｎ４Ｆ３、およびＨ４Ｎ５Ｆ３等の複合フコシル化Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｉｖの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ４Ｎ３、およびＨ４Ｎ３Ｆ１等の単分岐型Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｖｉｉの群に属し、
または、構造が、Ｈ４Ｎ５Ｆ３等の末端ＨｅｘＮＡｃ Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｖｉｉｉの群に属し、
または、前記構造が、胚性幹細胞よりも、胚幹細胞に由来する分化した胚性幹細胞と関連し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ６Ｆ２、Ｈ３Ｎ４、Ｈ３Ｎ５、Ｈ４Ｎ４Ｆ２、Ｈ４Ｎ５Ｆ２、Ｈ４Ｎ４、Ｈ４Ｎ５Ｆ１、Ｈ２Ｎ４Ｆ１、Ｈ３Ｎ５Ｆ１、およびＨ３Ｎ４Ｆ１等の末端ＨｅｘＮＡｃ Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｉｖの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ３Ｎ３、Ｈ３Ｎ３Ｆ１、およびＨ２Ｎ３Ｆ１等の末端ＨｅｘＮＡｃ単分岐Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ５Ｆ１、Ｈ５Ｎ５、およびＨ５Ｎ５Ｆ３等のＨ＝Ｎ型末端ＨｅｘＮＡｃ Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ４Ｎ３Ｆ２等の複合フコシル化単分岐型Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｉｘの群に属し、
または、前記構造が、胚性幹細胞よりも、胚幹細胞に由来する分化した胚性幹細胞と関連する、ハイブリッド型Ｎ−グリカンであり、
または、前記構造が、Ｈ６Ｎ４、およびＨ７Ｎ４等の伸長ハイブリッド型Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖｉｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ３Ｆ１、Ｈ５Ｎ３、Ｈ６Ｎ３Ｆ１、およびＨ６Ｎ３等のハイブリッド型Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖの群に属することを特徴とする方法。
【請求項８１】
請求項７０に記載のＮ−グリカンコアマーカ構造において、Ｍａｎα３／Ｍａｎα６残基が複合型、特に二分岐構造に伸長し、ｎ３が１であり、Ｍａｎβ４ＧｌｃＮＡｃエピトープがＧｌｃＮＡｃ置換または置換群を含むことを特徴とするＮ−グリカンコアマーカ構造。
【請求項８２】
ヒト血液関連、好ましくは造血、幹細胞調製物および／または混入細胞集団の状態を評価する方法であって、伸長グリカン構造、または、少なくとも２つの、前記調製物中のグリカン構造の群の存在を検出するステップを含み、前記グリカン構造またはグリカンの群Ｔｎおよびシアリル−Ｔｎ構造は、式ＭＵＣ
（Ｒ）ｎГαλＮＡχα（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）ｍ
によるものであり、ｎおよびｍは独立に０または１であり、ＲはＳＡα６またはＧａｌβ３であり、ＳＡはシアル酸、好ましくはＮｅｕ５Ａｃであり、ＲがＧａｌβ３の場合、ｎは１であり、
好ましくはＴｎ抗原：
（ＳＡα６）ｎＧａｌＮＡｃα（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）ｍ、
によるものであり、ｎおよびｍは独立に０または１であり、ＳＡはシアル酸、好ましくはＮｅｕ５Ａｃであり、
またはＴＦ抗原
Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃα（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）ｍ
によるものであることを特徴とする方法。
【請求項１】
間葉系細胞調製物の状態を評価する方法であって、前記調製物中の伸長グリカン構造、または、少なくとも２つの、グリカン構造の群の存在を検出するステップを含み、前記グリカン構造またはグリカン構造の群は、幹細胞の状態の分析および／または幹細胞の操作のための式Ｔ１
であり、Ｘは結合位置であり、
Ｒ１、Ｒ２、およびＲ６はＯＨまたはグリコシド結合した単糖残基シアル酸、好ましくはＮｅｕ５Ａｃα２またはＮｅｕ５Ｇｃα２、最も好ましくはＮｅｕ５Ａｃα２であり；
Ｒ３はＯＨまたはグリコシド結合した単糖残基Ｆｕｃα１（Ｌ−フコース）またはＮ−アセチル（Ｎ−アセトアミド、ＮＣＯＣＨ３）であり；
Ｒ４はＨ、ＯＨまたはグリコシド結合した単糖残基Ｆｕｃα１（Ｌ−フコース）であり、Ｒ４がＨである場合、Ｒ５はＯＨであり、Ｒ４がＨではない場合、Ｒ５はＨであり；
Ｒ７はＮ−アセチルまたはＯＨであり；
Ｘは前記細胞由来の天然オリゴ糖主鎖構造、好ましくはＮ−グリカン、Ｏ−グリカンもしくは糖脂質構造であり、またはｎが０である場合、Ｘは無であり；
Ｙはリンカ基、好ましくはＯ−グリカンおよびＯ−結合末端オリゴ糖および糖脂質のための酸素、ならびにＮ−グリカンのためのＮ、またはｎが０である場合、無であり；
Ｚは担体構造、好ましくは細胞により産生された天然担体であり、例えばタンパク質または脂質であって、好ましくは担体上のセラミドもしくは分岐グリカンコア構造、またはＨであり；
アーチはガラクトピラノシルからの結合が左側の残基の３位または４位いずれかに対するものであること、およびＲ４構造が他の４または３位にあることを表し；
ｎは０または１の整数であり、ｍは１ないし１０００、好ましくは１ないし１００、および最も好ましくは１ないし１０の整数（担体上のグリカンの数）であり、
ただし、
Ｒ２およびＲ３のうち１つはＯＨまたはＲ３はＮ−アセチルであり、
左側の第１の残基が右側の残基の４位に結合する場合、Ｒ６はＯＨであり、
ＸはＧａｌα４Ｇａｌβ４Ｇｌｃではなく、（ＳＳＥＡ−３または４のコア構造）またはＲ３はフコシルであり、
前記細胞調製物は胚性幹細胞調製物であり、
ならびに、前記グリカン構造が伸長構造である場合、ここで、前記結合剤は前記構造およびさらに少なくとも１つの還元末端伸長エピトープ、好ましくは式Ｅ１：
ＡｘＨｅｘ（ＮＡｃ）ｎの単糖エピトープ（Ｘおよび／またはＹを置換）に結合し、Ａはアノマー構造アルファまたはベータであり、ｘは結合位置２、３または６であり；およびＨｅｘはヘキソピラノシル残基Ｇａｌ、またはＭａｎであり、ｎは０または１の整数であり、
ｎが１である場合、ＡｘＨｅｘＮＡｃはβ４ＧａｌＮＡｃまたはβ６ＧａｌＮＡｃであり、
ただし、
ＨｅｘがＭａｎである場合、ＡｘＨｅｘはβ２Ｍａｎであり、
ＨｅｘがＧａｌである場合、ＡｘＨｅｘはβ３Ｇａｌまたはβ６Ｇａｌまたはα３Ｇａｌまたはα４Ｇａｌであり、
または、
前記結合剤エピトープはさらに還元末端伸長エピトープ、
還元末端ＧａｌＮＡｃα含有構造に結合するＳｅｒ／Ｔｈｒもしくは、
Ｇａｌβ４Ｇｌｃ含有構造に結合するβＣｅｒに結合し、前記グリカン構造は関連するまたは混入した細胞集団から決定される幹細胞集団であることを特徴とする方法。
【請求項２】
幹細胞の状態の分析のための、および／または幹細胞の操作のための方法であって、幹細胞の試料から伸長グリカン構造または少なくとも２つのグリカン構造を検出するステップを含み、前記グリカン構造は：末端ラクトサミン構造
（Ｒ１）ｎ１Ｇａｌ（ＮＡｃ）ｎ３β３／４（Ｆｕｃα４／３）ｎ２ＧｌｃＮＡｃβＲであって、Ｒ１はＧａｌβ４ＧｌｃＮＡｃに結合するＦｕｃα２、またはＳＡα３、またはＳＡα６であり、ＲはＮ−グリカン、Ｏ−グリカンおよび／または糖脂質の還元末端コア構造である、末端ラクトサミン構造、
または、構造
（ＳＡα３）ｎ１Ｇａｌβ３（ＳＡα６）ｎ２ＧａｌＮＡｃであって、
ｎ１、ｎ２およびｎ３は０または１であって構造の存在または非存在を表し、
式中、ＳＡはシアル酸である構造、
または、分岐エピトープ
Ｇａｌβ３（ＧｌｃＮＡｃβ６）ＧａｌＮＡｃ、または
Ｒ１Ｇａｌβ４（Ｒ３）ＧｌｃＮＡｃβ６（Ｒ２Ｇａｌβ３）ＧａｌＮＡｃであって、
Ｒ１およびＲ２は独立に無またはＳＡα３であり；およびＲ３は独立に無またはＦｕｃα３である分岐エピトープ、
または、Ｎ−結合グリカンのコア構造中のＭａｎβ４ＧｌｃＮＡｃ構造；またはエピトープＧａｌβ４Ｇｌｃ、
または末端マンノース、
または末端ＳＡα３／６Ｇａｌであって、ＳＡはシアル酸であり、ただし
ｉ）幹細胞は癌細胞株の細胞ではない
末端ＳＡα３／６Ｇａｌからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法において、前記結合物質が式Ｔ８Ｅベータ
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−３／４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβｘＨｅｘ（ＮＡｃ）ｐ
の構造を認識し、
ｘは結合位置２、３、または６であり、
ｍ、ｎおよびｐは独立に０または１の整数であり、
ＭおよびＮは単糖残基であって
ｉ）独立に無（その位置における遊離水酸基）
および／または
ｉｉ）Ｇａｌの３位または／およびＧｌｃＮＡｃの６位に結合するシアル酸であるＳＡ
および／または
ｉｉｉ）ＧａｌがＧｌｃＮＡｃの他の位置（４または３）に結合する場合に、Ｇａｌの２位および／またはＧｌｃＮＡｃの３もしくは４位に結合するＦｕｃ（Ｌ−フコース）残基であり、
ただし、ｍ、ｎおよびｐは独立に０または１であり、
Ｈｅｘはヘキソピラノシル残基ＧａｌまたはＭａｎであり、
ただし、
ｐが１の場合、βｘＨｅｘＮＡｃはβ６ＧａｌＮＡｃであり、
ｐが０の場合、ＨｅｘはＭａｎであり、かつβｘＨｅｘはβ２Ｍａｎであり、またはＨｅｘはＧａｌであり、かつβｘＨｅｘはβ３Ｇａｌもしくはβ６Ｇａｌであることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記結合物質が
式Ｔ１０Ｅ
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβｘＨｅｘ（ＮＡｃ）ｐのＩＩ型ラクトサミンを基盤とする構造を認識し、
ただし、
ｐが１である場合、βｘＨｅｘＮＡｃはβ６ＧａｌＮＡｃであり、
ｐが０である場合、ＨｅｘはＭａｎであり、かつβｘＨｅｘはβ２Ｍａｎであり、または、ＨｅｘはＧａｌであり、かつβｘＨｅｘはβ６Ｇａｌであることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法において、前記結合物質が式Ｔ１０ＥＭａｎ：
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ
のＩＩ型ラクトサミンを基盤とする構造を認識し、変数は請求項２の式Ｔ８Ｅベータに対して記載されるものと同様であることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法において、前記構造がＧａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、ＳＡα６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎ、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項５に記載の方法において、前記構造がＨＩＩ型構造Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎであることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項５に記載の方法において、前記構造がＬｅｗｉｓ ｘ構造Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ２Ｍａｎであることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項４に記載の方法において、前記結合物質が
式Ｔ１０ＥＧａｌ（ＮＡｃ）：
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−４［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβ６Ｇａｌ（ＮＡｃ）ｐ
のＩＩ型ラクトサミンを認識し、変数は請求項２の式Ｔ８Ｅベータに対して記載されるものと同様であることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法において、前記構造が、
Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６Ｇａｌ、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３／６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃβ６ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４（Ｆｕｃａ３）ＧｌｃＮＡｃβ６（ＲＧａｌβ３）ＧａｌＮＡｃからなる群より選択され、ＲはＳＡα３または無であることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記結合物質が、
式Ｔ９Ｅ
［Ｍα］ｍＧａｌβ１−３［Ｎα］ｎＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ
のＩ型ラクトサミンを基盤とした構造を認識することを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法において、前記構造が、
Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）βＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌ、ＳＡα３Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１１に記載の方法において、前記構造がＨＩ型構造Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３ＧａｌまたはＩ型ＬＡｃＮＡｃ−構造Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ３Ｇａｌであることを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１ないし１３のいずれか１項に記載の方法において、前記検出が、前記調製物における少なくとも１種のグリカン構造の量または存在を特異的結合物質または管理された結合剤により分析することによって行われることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１ないし１３のいずれか１項に記載の方法において、前記構造が少なくとも１個のＦｕｃα残基を有することを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項２に記載の方法において、前記伸長オリゴ糖構造が（ＳＡα３）０または１Ｇａｌβ３／４（Ｆｕｃα４／３）ＧｌｃＮＡｃ、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃα／βおよびＦｕｃα２Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）０または１ＧｌｃＮＡｃβからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項２のいずれかに記載の方法において、前記の伸長オリゴ糖が、Ｇａｌβ４Ｇｌｃ、Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃ、Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃ、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ、Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ、Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃβ／α、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ、ＧａｌＮＡｃβ４ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４Ｇｌｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃβ、ＳＡα３Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃβ／α、ＳＡα３Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ、ＳＡα６Ｇａｌβ４Ｇｌｃ、ＳＡα６Ｇａｌβ４Ｇｌｃβ、ＳＡα６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ、ＳＡα６Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃβ、Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ａ）、ＳＡα３Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （シアリル−Ｌｅｗｉｓ ａ）、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３ＧｌｃＮＡｃ （Ｈ−１型）、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ｂ）、Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ （２型ラクトサミン基盤）、Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ｘ）、ＳＡα３Ｇａｌβ３（Ｆｕｃα４）ＧｌｃＮＡｃ （シアリル−Ｌｅｗｉｓ ｘ）、Ｆｕｃα２Ｇａｌβ４ＧｌｃＮＡｃ （Ｈ−２型）およびＦｕｃα２Ｇａｌβ４（Ｆｕｃα３）ＧｌｃＮＡｃ （Ｌｅｗｉｓ ｙ）からなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１ないし１７のいずれかに記載の方法において、当該方法が少なくとも１つの末端ＭａｎαＭａｎ−構造で共に用いられることを特徴とする方法。
【請求項１９】
請求項１ないし１８のいずれかに記載の方法において、前記検出がモノクローナル抗体、グリコシダーゼ、グリコシル転移酵素、植物レクチン、動物レクチンおよびそれらのペプチド模倣物からなる群より選択される組み替えタンパク質である結合剤により行われることを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法において、前記結合物質がＧＦ２８７、ＧＦ２７９、ＧＦ２８８、ＧＦ２８４、ＧＦ２８３、ＧＦ２８６、ＧＦ２９０、ＧＦ２８９、ＧＦ２７５、ＧＦ２７６、ＧＦ２７７、ＧＦ２７８、ＧＦ２９７、ＧＦ２９８、ＧＦ３０２、ＧＦ３０３、ＧＦ３０５、ＧＦ２９６、ＧＦ３００、ＧＦ３０４、ＧＦ３０７、ＧＦ３５３、およびＧＦ３５４からなる群より選択される抗体と同一のエピトープに結合することを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１９に記載の方法において、前記結合物質がＧＦ２８７、ＧＦ２７９、ＧＦ２８８、ＧＦ２８４、ＧＦ２８３、ＧＦ２８６、ＧＦ２９０、ＧＦ２８９、ＧＦ２７５、ＧＦ２７６、ＧＦ２７７、ＧＦ２７８、ＧＦ２９７、ＧＦ２９８、ＧＦ３０２、ＧＦ３０３、ＧＦ３０５、ＧＦ２９６、ＧＦ３００、ＧＦ３０４、ＧＦ３０７、ＧＦ３５３、ＧＦ３５４、およびＧＦ３６７からなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１９に記載の方法において、前記組み替えタンパク質が少なくとも部分的に２つの単糖構造および前記単糖残基間の結合構造を認識する高特異性結合剤であることを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項１９に記載の方法において、前記結合剤が、生体材料または他の細胞型を含む細胞材料を含む試料からヒト幹細胞を選別または選択するために用いられることを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項１９に記載の方法において、前記結合剤が、異なるヒト幹細胞型間の選別または選択のために用いられることを特徴とする方法。
【請求項２５】
請求項１９に記載の方法において、選別または選択ステップがＦＡＣＳまたは細胞集団を濃縮するための任意の他の手段により行われることを特徴とする方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法により得られた細胞集団。
【請求項２７】
請求項２４に記載の方法において、前記細胞調製物が血液関連細胞集団からなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項２８】
請求項１に記載の方法において、分析されるべき細胞の量が１０３ないし１０６の細胞であることを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記グリカン構造がＮ−グリカンコア構造を有するＮ−グリカンを含むＮ−グリカンサブグライコーム中に存在し、前記Ｎ−グリカンがＮ−グリコシダーゼにより細胞から遊離できることを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項２９に記載の方法において、前記Ｎ−グリカンコア構造がＭａｎβ４ＧｌｃＮＡｃβ４（Ｆｕｃα６）ｎＧｌｃＮＡｃであり、ｎが０または１であることを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記グリカン構造が、Ｏ−グリカンコア構造を有するＯ−グリカンを含むＯ−グリカンサブグライコーム中に存在し、または前記グリカン構造が、糖脂質コア構造を有する糖脂質を含む糖脂質サブグライコーム中に存在し、前記グリカンがグリコシルセラミダーゼにより遊離できることを特徴とする方法。
【請求項３２】
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法において、前記グリカン構造の群が本明細書の表および図に示される特異的な量のオリゴ糖を含むことを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項１ないし３２のいずれかに記載の方法において、前記細胞調製物の細胞表面グライコームの存在または非存在が検出されることを特徴とする方法。
【請求項３４】
請求項１ないし３３のいずれかに記載の方法において、前記細胞調製物が前記細胞調製物の細胞集団内の混入する構造、時間依存的変化または細胞集団の状態の変化に関して、前記細胞調製物内のグリカンの質量分析を用いたグリコシル化分析により、評価／検出されることを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法において、前記細胞状態が、細胞培養中または細胞精製中に、低温における細胞貯蔵もしくは操作と関連して、または細胞の凍結保存と関連して、制御されることを特徴とする方法。
【請求項３６】
請求項３４に記載の方法において、細胞状態の時間依存的変化が、前記細胞の栄養状態、前記細胞培養の密集度（ｃｏｎｆｌｕｅｎｃｙ）、前記細胞の密度、前記細胞の遺伝的安定性の変化、前記細胞構造の完全性もしくは細胞齢、または前記細胞に影響する化学的、物理的、もしくは生化学的要素に依存すことを特徴とする方法。
【請求項３７】
哺乳動物細胞の集団内の幹細胞を同定、分析、選択または単離するための方法であって、結合剤または結合物質の使用を含み、前記結合剤／結合物質は請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造またはグリカン構造群に結合し、前記構造は、
（ｉ）幹細胞上／内における発現、およびフィーダ細胞または分化した細胞における発現の非存在または低発現を示し；
（ｉｉ）幹細胞における発現の非存在または低発現、およびフィーダ細胞または分化した細胞における発現または高発現または主な発現を示し；
（ｉｉｉ）幹細胞の亜集団における発現を示し；または、
（ｉｖ）分化した幹細胞の亜集団における発現を示す；
ことを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項３７に記載の方法において、前記幹細胞が全能性、多能性または多分化能であることを特徴とする方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法において、前記胚幹細胞結合剤が多能性または多分化能間葉系幹細胞の同定のために用いられ、前記方法がさらに同定された多能性または多分化能幹細胞を回収のために選択するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項４０】
請求項３９に記載の方法において、前記選択された多能性または多分化能幹細胞を哺乳動物細胞の集団から分離するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法において、前記分離された多能性または多分化能幹細胞を単離するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項４２】
請求項４０に記載の方法において、前記細胞集団が臍帯血、胚体液（ｅｍｂｒｙｏｎａｌ ｂｏｄｙ ｆｌｕｉｄｓ）、胚組織試料、胚組織培養物、細胞株および非間葉系成体起源の細胞培養物より選択されることを特徴とする方法。
【請求項４３】
請求項４０に記載の方法において、前記幹細胞が成体幹細胞、胚幹細胞または胎児起源の幹細胞、好ましくは母親細胞集団内のヒト胎児起源のものであることを特徴とする方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法において、前記幹細胞が脱分化した体細胞であることを特徴とする方法。
【請求項４５】
請求項１記載の方法において、前記抗体がポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、および抗体フラグメントからなる群より選択されることを特徴とする方法。
【請求項４６】
請求項１のいずれかに記載の方法において、前記結合剤が管理された結合剤であることを特徴とする方法。
【請求項４７】
請求項１のいずれかに記載の方法において、前記結合剤が、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造の少なくとも１つのエピトープに特異的な、抗体、レクチン、またはグリコシダーゼの、少なくとも前記グリカン構造の結合部位を含み、前記グリカン構造が幹細胞および／または分化した細胞に付着することを特徴とする方法。
【請求項４８】
哺乳動物の体液または組織からの胚幹細胞の同定、選択または分析のための方法であって、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造の少なくとも１つのエピトープに特異的な抗体、レクチン、またはグリコシダーゼを得るステップと、前記抗体、レクチンまたはグリコシダーゼを幹細胞と接触させてこのような細胞を同定、選択、単離および／または分析するステップとを含むことを特徴とする方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法により単離される哺乳動物幹細胞。
【請求項５０】
請求項１ないし１８のいずれかのグリカン構造に対する選択的幹細胞結合剤を同定するための方法が、
幹細胞内／上の特異的発現ならびにフィーダ細胞および／または分化した体細胞内／上の発現の非存在を示すグリカン構造を選択するステップと、幹細胞内／上の前記グリカン構造への前記結合剤の結合を確認するステップとを含むことを特徴とする方法。
【請求項５１】
試料内の幹細胞の濃縮および検出のためのキットであって、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造を検出するための結合剤を含む少なくとも１つの試薬と、前記試薬を用いて幹細胞の濃縮を行うための説明書とを含み、任意に幹細胞の濃縮を行うための手段を含むことを特徴とするキット。
【請求項５２】
請求項５１記載のキットにおいて、前記試薬が検出可能なトレーサで標識されことを特徴とするキット。
【請求項５３】
幹細胞、および幹細胞上の請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造と結合する結合剤を有する、請求項１ないし１８のいずれかに記載のグリカン構造を含む組成物。
【請求項５４】
幹細胞調製物の状態を評価する方法であって、前記調製物中のグリカン構造またはグリカン構造の群の存在を検出するステップを含み、前記グリカン構造またはグリカン構造の群が式Ｔ１１：
［Ｍ］ｍＧａｌβ１−ｘ［Ｎα］ｎＨｅｘ（ＮＡｃ）ｐ
によるものであり、
ｍ、ｎおよびｐは独立に０または１の整数であり、
ＨｅｘはＧａｌまたはＧｌｃであり、Ｘは結合位置であり；
ＭおよびＮは単糖残基であって、独立に無（前記位置の遊離水酸基）であり、
ならびに／または 、
Ｇａｌの３位もしくは／およびＨｅｘＮＡｃの６位に結合したシアル酸であるＳＡα、
Ｇａｌの３もしくは４位に結合したＧａｌα、または
Ｇａｌの４位に結合するＧａｌＮＡｃβ、ならびに／または
Ｇａｌの２位；および／もしくは、Ｇａｌが他の位置（４または３）に結合し、ＨｅｘＮＡｃがＧｌｃＮＡｃである場合、ＨｅｘＮＡｃの３もしくは４位；または、Ｇａｌが他の位置（３）に結合する場合、Ｇｌｃの３位；に結合したＦｕｃ（Ｌ−フコース）残基であり、
ただし、ｍおよびｎの合計は２であり
好ましくはｍおよびｎは独立に０または１であり、ならびに
ＭがＧａｌαである場合、Ｇａｌβ１に結合するシアル酸は存在せず、ならびに
ｎは０であり、ｘは好ましくは４であり、
ＭがＧａｌＮＡｃβである場合、Ｇａｌβ１にα６結合するシアル酸は存在せず、ｎは０であり、ｘは４であることを特徴とする方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法において、前記構造が式Ｔ１２：
［Ｍ］［ＳＡα３］ｎＧａｌβ１−４Ｇｌｃ（ＮＡｃ）ｐ
によるものであり、
ｎおよびｐは独立に０または１の整数であり、
ＭはＧａｌの３もしくは４位に結合したＧａｌα、またはＧａｌの４位に結合したＧａｌＮＡｃβであり、および／またはＳＡαはＧａｌの３位に結合したシアル酸分岐であり、
ＭがＧａｌαである場合、Ｇａｌβ１に結合するシアル酸は存在しない（ｎは０である）ことを特徴とする方法。
【請求項５６】
請求項５４または５５に記載の方法において、前記構造がグロボトリオース（Ｇｂ３）非還元末端の末端構造Ｇａｌα４Ｇａｌを含むことを特徴とする方法。
【請求項５７】
新規標的／マーカ構造を含む幹細胞からの細胞成分の単離のための、請求項１ないし５６のいずれかに記載の結合剤分子の使用。
【請求項５８】
請求項５７に記載の使用において、前記単離された細胞成分が遊離グリカン、またはタンパク質もしくは脂質もしくはその断片に結合したグリカンであることを特徴とする使用。
【請求項５９】
請求項５７ないし５８に記載の結合剤分子を用いる次のステップを含む、細胞成分を単離するための方法であって、
１）幹細胞試料を提供するステップと、
２）本発明の結合剤分子を対応する標的構造に接触させるステップと、
３）前記結合剤および標的構造の複合体を少なくとも細胞材料の一部から単離するステップと、
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６０】
請求項５９に記載の方法により産生される標的構造組成物であって、幹細胞において、または幹細胞に特徴的な割合で特異的に発現する、前記結合剤構造に対応するグリカン構造およびペプチドまたはタンパク質エピトープを含む糖タンパク質または糖ペプチドを含み、前記組成物が請求項に記載の方法によって産生されることを特徴とする標的構造組成物。
【請求項６１】
複数のオリゴ糖の本質的に純粋なオリゴ糖グライコーム組成の分析のための方法であって、式
ＮｅｕＡｃｍＮｅｕＧｃｎＨｅｘｏＨｅｘＮＡｃｐｄＨｅｘｑＨｅｘＡｒＰｅｎｓＡｃｔＭｏｄＸｘ （Ｉ）
による単糖組成を含み、ｍ、ｎ、ｏ、ｐ、ｑ、ｒ、ｓ、ｔ、およびｘは≧０および約１００未満の値の独立の整数であり、ただし各グリカンマス成分（ｇｌｙｃａｎ ｍａｓｓ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ）に対して主鎖単糖変数ｏ、ｐ、またはｒのうち少なくとも２つは≧１であり、
Ｈｅｘはヘキソースを表し、Ｐｅｎはペントースを表し、ＭｏｄＸは修飾を表し、前記方法は、
ａ）単離されたヒト幹細胞試料を提供するステップと；
ｂ）前記幹細胞試料から全グリカンまたは全グリカン群を遊離させるステップ、または前記幹細胞試料から遊離グリカンを抽出するステップと；
ｃ）前記試料からグライコームを単離するステップと；
ｄ）質量分析プロファイリングにより組成を分析するステップと；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６２】
請求項６１または１に記載の方法において、当該方法が質量分析プロファイルの定量的な比較を伴い、前記方法が抗体、酵素および／またはレクチン等の結合分子による分析のためのマーカの選択に用いられることを特徴とする方法。
【請求項６３】
細胞表面上の本質的にグライコーム組成の分析のための方法であって、
ａ）単離されたヒト幹細胞試料を提供するステップと；
ｂ）前記細胞試料を、前記グライコーム組成内のグリカン構造またはグリカン構造群を認識する少なくとも１種の結合分子と接触させるステップと；
ｃ）結合した結合分子の量を分析するステップと；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項６４】
請求項６２または６３に記載の方法であって、前記方法が群：
ａ）マンノース型構造、特にアルファ−Ｍａｎ構造、
ｂ）α３−シアル化および／またはフコシル化構造、
ｃ）Ｇａｌ／ＧａｌＮａｃ結合特異性、好ましくはＧａｌ１−３／ＧａｌＮＡｃ１−３結合特異性、より好ましくはＰＮＡに類似のＧａｌβ１−３／ＧａｌＮＡｃβ１−３結合特異性、
からの１つまたはいくつかの構造に対する結合特異性を有する好ましい結合分子を含むことを特徴とする方法。
【請求項６５】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記検出が、モノクローナル抗体、グリコシダーゼ、グリコシル転移酵素、植物レクチン、動物レクチンまたはそれらのペプチド模倣物からなる群より選択される組み替えタンパク質である結合剤により行われることを特徴とする方法。
【請求項６６】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記組み替えタンパク質が、少なくとも部分的に２つの単糖構造と前記単糖残基間の結合構造とを認識する高特異性結合剤であることを特徴とする方法。
【請求項６７】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記結合剤が、異なるヒト幹細胞型間の選別または選択のために用いられることを特徴とする方法。
【請求項６８】
請求項６２または６３に記載の方法において、前記結合剤が、胚性幹細胞およびフィーダ細胞集団の選別または選択のために用いられることを特徴とする方法。
【請求項６９】
請求項６１または６２に記載の方法において、当該方法が：
ａ）前記分析のためのグリカンを含んだ幹細胞試料を調製するステップと；
ｂ）前記幹細胞試料から全グリカンまたは全グリカン群を遊離するステップ、または前記幹細胞試料から遊離グリカンを抽出するステップと；
ｃ）任意にグリカンを修飾するステップと；
ｄ）前記試料の生体材料からグリカン画分／画分群を精製するステップと；
ｅ）任意にグリカンを修飾するステップと；
ｆ）前記遊離されたグリカンの組成を質量分析により分析するステップと；
ｇ）任意に、遊離されたグリカンに関するデータを定量的に示し、前記定量的データセットを他の幹細胞試料からの他のデータセットと比較するステップと；
ｈ）前記遊離されたグリカンに関するデータを定量的または定性的に他の幹細胞試料から生成されたデータと比較するステップと；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項７０】
Ｎ−グリカンコアマーカ構造であって、二糖エピトープが、
式ＣＧＮ：
［Ｍａｎα３］ｎ１（Ｍａｎα６）ｎ２Ｍａｎβ４ＧｌｃＮＡｃβ４（Ｆｕｃα６）ｎ３ＧｌｃＮＡｃｘＲ
のＮ−結合グリカンのコア構造におけるＭａｎβ４ＧｌｃＮＡｃ構造であり、
ｎ１、ｎ２およびｎ３は０または１の整数であり、独立に残基の存在または非存在を表し、
非還元末端の末端Ｍａｎα３／Ｍａｎα６−残基は、幹細胞の状態の分析および／または幹細胞の操作のための、複合型、特に二分岐構造に、またはマンノース型（高Ｍａｎおよび／または低Ｍａｎ）に、またはハイブリッド型構造に伸長してよく、ｘＲはβＡｓｎもしくはβＡｓｎ−ペプチドもしくはβＡｓｎ−タンパク質等のタンパク質もしくはペプチドに結合するＮ−グリカンの還元末端構造、またはＮ−グリカンの遊離還元末端、またはヒト胚幹細胞の分析のために生成された前記還元の化学的誘導体を表すことを特徴とするＮ−グリカンコアマーカ構造。
【請求項７１】
請求項７０に記載のマーカ構造を含むＮ−グリカンコアであって、前記構造が式Ｍ２：
［Ｍα２］ｎ１［Ｍα３］ｎ２｛［Ｍα２］ｎ３［Ｍα６）］ｎ４｝［Ｍα６］ｎ５｛［Ｍα２］ｎ６［Ｍα２］ｎ７［Ｍα３］ｎ８｝Ｍβ４ＧＮβ４［｛Ｆｕｃα６｝］ｍＧＮｙＲ２
のマンノース型グリカンであり、
ｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４、ｎ５、ｎ６、ｎ７、ｎ８、およびｍは独立に０または１のいずれかであり；ただしｎ２が０である場合、ｎ１も０であり；ｎ４が０である場合、ｎ３も０であり；ｎ５が０である場合、ｎ１、ｎ２、ｎ３およびｎ４も０であり；ｎ７が０である場合、ｎ６も０であり；ｎ８が０である場合、ｎ６およびｎ７も０であり；
ｙはアノマー結合構造αおよび／もしくはβまたは誘導体化アノマー炭素からの結合であり、
Ｒ２は還元末端水酸基、化学的還元末端誘導体、または、タンパク質由来のアスパラギンＮ−グリコシドアミノ酸および／もしくはペプチドを含むアスパラギンＮ−グリコシド等の天然アスパラギンＮ−グリコシド誘導体であり；
［］はｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４、ｎ５、ｎ６、ｎ７、ｎ８、およびｍの値によって存在するかまたは存在しないかのいずれかである決定基を表し；
｛｝は前記構造中の分岐を表し；
前記構造は任意に高マンノース構造であり、さらにグルコース残基またはｎ６で表されるマンノース残基に結合する残基で置換されることを特徴とするＮ−グリカンコア。
【請求項７２】
請求項７１に記載の方法であって、少なくとも１つの構造の量が分化中の幹細胞における減少または増加によって変化し、前記構造が単糖
ＨｎＮ２Ｆｍ組成Ｈに対応し、Ｈはヘキソース、好ましくはＭａｎまたはＧｌｃであり、ＮはＮ−アセチルヘキソサミン、好ましくはＧｌｃＮＡｃであり、Ｆはデオキシヘキソース、好ましくはフコースであり、ｎは１ないし１１の整数であり、ｍは０または１であることを特徴とする方法。
【請求項７３】
請求項７２に記載の方法において、前記構造が、その由来する分化した細胞よりも間葉系幹細胞と関連することを特徴とする方法。
【請求項７４】
請求項７２または７３に記載の方法において、前記構造の量が、間葉系幹細胞において、その分化したバリアントよりも増加することを特徴とする方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法において、前記構造が、間葉系幹細胞に特異的な単糖組成を表す表に示されることを特徴とする方法。
【請求項７６】
請求項７２または７３に記載の方法において、前記構造の量が間葉系幹細胞において、その分化したバリアントよりも減少することを特徴とする方法。
【請求項７７】
請求項７６に記載の方法において、表中に示されるものが間葉系幹細胞に特異的な単糖組成を示すことを特徴とする方法。
【請求項７８】
請求項７０に記載の方法において、前記構造が式ＧＮβ２：
［Ｒ１ＧＮβ２］ｎ１［Ｍα３］ｎ２｛［Ｒ３］ｎ３［ＧＮβ２］ｎ４Ｍα６｝ｎ５Ｍβ４ＧＮＸｙＲ２のの複合型Ｎ−グリカンであり、任意に、Ｍα６、Ｍα３、またはＭβ４に結合する１または２または３個の式［ＲｘＧＮβｚ］ｎｘのさらなる分岐を有し、Ｒｘは各分岐で異なっていてよく、
ｎ１、ｎ２、ｎ３、ｎ４、ｎ５およびｎｘは独立に０または１のいずれかであり、
ただしｎ２が０である場合、ｎ１は０であり、ｎ３が１および／またはｎ４が１である場合、ｎ５も１であり、少なくともｎ１もしくはｎ４は１、またはｎ３は１であり；
ｎ４が０であり、かつｎ３が１である場合、Ｒ３はマンノース型置換基または無であり、Ｘはグリコシド結合二糖エピトープβ４（Ｆｕｃα６）ｎＧＮであり、ここでｎは０もしくは１、またはＸは無であり、
ｙはアノマー結合構造αおよび／もしくはβ、または誘導体化アノマー炭素からの結合であり、
Ｒ１、ＲＸおよびＲ３は独立に、コア構造に結合する１、２または３個の天然置換基を表し、
Ｒ２は還元末端水酸基、化学的還元末端誘導体、または、タンパク質由来のアスパラギンＮ−グリコシドアミノ酸および／もしくはペプチドを含むアスパラギンＮ−グリコシド等の天然アスパラギンＮ−グリコシド誘導体であり、
［］は直鎖配列中に存在するまたは存在しない基を表し、｛｝が更に存在しても存在しなくてもよい分岐を表すことを特徴とする方法。
【請求項７９】
請求項７８に記載の方法において、前記構造はそれに由来する分化した細胞よりも胚性幹細胞と関連することを特徴とする方法。
【請求項８０】
請求項７９に記載の方法において、前記構造が、Ｈ６Ｎ５、およびＨ６Ｎ５Ｆ１等の大型の複合型Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ４Ｆ１、Ｈ５Ｎ４Ｆ２、およびＨ５Ｎ４Ｆ３等の二分岐サイズ複合型Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｉｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ４Ｆ２、Ｈ５Ｎ４Ｆ３、およびＨ４Ｎ５Ｆ３等の複合フコシル化Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｉｖの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ４Ｎ３、およびＨ４Ｎ３Ｆ１等の単分岐型Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｖｉｉの群に属し、
または、構造が、Ｈ４Ｎ５Ｆ３等の末端ＨｅｘＮＡｃ Ｎ−グリカンであるｈＥＳＣ−ｖｉｉｉの群に属し、
または、前記構造が、胚性幹細胞よりも、胚幹細胞に由来する分化した胚性幹細胞と関連し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ６Ｆ２、Ｈ３Ｎ４、Ｈ３Ｎ５、Ｈ４Ｎ４Ｆ２、Ｈ４Ｎ５Ｆ２、Ｈ４Ｎ４、Ｈ４Ｎ５Ｆ１、Ｈ２Ｎ４Ｆ１、Ｈ３Ｎ５Ｆ１、およびＨ３Ｎ４Ｆ１等の末端ＨｅｘＮＡｃ Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｉｖの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ３Ｎ３、Ｈ３Ｎ３Ｆ１、およびＨ２Ｎ３Ｆ１等の末端ＨｅｘＮＡｃ単分岐Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ５Ｆ１、Ｈ５Ｎ５、およびＨ５Ｎ５Ｆ３等のＨ＝Ｎ型末端ＨｅｘＮＡｃ Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ４Ｎ３Ｆ２等の複合フコシル化単分岐型Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｉｘの群に属し、
または、前記構造が、胚性幹細胞よりも、胚幹細胞に由来する分化した胚性幹細胞と関連する、ハイブリッド型Ｎ−グリカンであり、
または、前記構造が、Ｈ６Ｎ４、およびＨ７Ｎ４等の伸長ハイブリッド型Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖｉｉｉの群に属し、
または、前記構造が、Ｈ５Ｎ３Ｆ１、Ｈ５Ｎ３、Ｈ６Ｎ３Ｆ１、およびＨ６Ｎ３等のハイブリッド型Ｎ−グリカンであるＤｉｆｆ−ｖの群に属することを特徴とする方法。
【請求項８１】
請求項７０に記載のＮ−グリカンコアマーカ構造において、Ｍａｎα３／Ｍａｎα６残基が複合型、特に二分岐構造に伸長し、ｎ３が１であり、Ｍａｎβ４ＧｌｃＮＡｃエピトープがＧｌｃＮＡｃ置換または置換群を含むことを特徴とするＮ−グリカンコアマーカ構造。
【請求項８２】
ヒト血液関連、好ましくは造血、幹細胞調製物および／または混入細胞集団の状態を評価する方法であって、伸長グリカン構造、または、少なくとも２つの、前記調製物中のグリカン構造の群の存在を検出するステップを含み、前記グリカン構造またはグリカンの群Ｔｎおよびシアリル−Ｔｎ構造は、式ＭＵＣ
（Ｒ）ｎГαλＮＡχα（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）ｍ
によるものであり、ｎおよびｍは独立に０または１であり、ＲはＳＡα６またはＧａｌβ３であり、ＳＡはシアル酸、好ましくはＮｅｕ５Ａｃであり、ＲがＧａｌβ３の場合、ｎは１であり、
好ましくはＴｎ抗原：
（ＳＡα６）ｎＧａｌＮＡｃα（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）ｍ、
によるものであり、ｎおよびｍは独立に０または１であり、ＳＡはシアル酸、好ましくはＮｅｕ５Ａｃであり、
またはＴＦ抗原
Ｇａｌβ３ＧａｌＮＡｃα（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）ｍ
によるものであることを特徴とする方法。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【公表番号】特表２０１０−５１６２４１（Ｐ２０１０−５１６２４１Ａ）
【公表日】平成２２年５月２０日（２０１０．５．２０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５４５９６７（Ｐ２００９−５４５９６７）
【出願日】平成２０年１月１８日（２００８．１．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＦＩ２００８／０５００１９
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０８７２６０
【国際公開日】平成２０年７月２４日（２００８．７．２４）
【出願人】（５０９２０５２５０）
【出願人】（５０９２０５２６１）グリコス フィンランド リミテッド (5)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年５月２０日（２０１０．５．２０）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年１月１８日（２００８．１．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＦＩ２００８／０５００１９
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０８７２６０
【国際公開日】平成２０年７月２４日（２００８．７．２４）
【出願人】（５０９２０５２５０）
【出願人】（５０９２０５２６１）グリコス フィンランド リミテッド (5)
【Ｆターム（参考）】
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