核酸ベースのシグナルトランスデューサーを含む立体構造的に敏感なプローブを有する標的検出システム
本発明は、試料内で少なくとも一つの標的因子を検出するシステムに関するもので、該システムは、一般的に、標的因子の存在が、プローブ立体構造の検出可能な変化と関連づけられるように考案された少なくとも一つのプローブを含む。該プローブは好ましくは、前記標的因子と前記プローブとの連合を、あるハイブリダイゼーション状態から他のハイブリダイゼーション状態に検出可能に転換することによって報知する、立体構造的に反応するシグナルトランスデューサーを含む。本発明は、生物学的、産業的、そして環境的試料において標的因子を迅速に検出するための用途を含む重要な用途に広く活用することができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
a)それぞれ独立して約3〜150個のヌクレオチドを有し、相互に実質的に相補的であることから第1ハイブリダイズした二重鎖(first hybridized duplex)を形成する第1対象配列及び第1相補配列からなる第1核酸配列対;
b)前記第1対象配列と前記第1相補配列のうち少なくとも一つに接合されており、少なくとも一つの標的因子と特異的に相互作用する少なくとも一つの認識要素;及び
c)必要に応じて、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の量の関数としてその大きさが示される特徴的シグナルを発生する少なくとも一つの検出可能なラベル;からなる構成成分のうち少なくとも一つ、好ましくは全部を作動可能に連結された状態に含むプローブであって、
前記標的因子が存在するときに、前記標的因子と前記認識要素との前記相互作用により前記第1ハイブリダイズした二重鎖の量が、前記標的因子が存在しないときの量に比べて変化することによって前記特徴的シグナルが変化するプローブ。
【請求項2】
前記プローブは、第2対象配列と第2相補配列とからなる競争する核酸配列である第2核酸配列対をさらに含むプローブであって、
前記第2対象配列と前記第2相補配列はそれぞれ独立して約3〜150個のヌクレオチドを有し、相互に実質的に相補的であることから第2ハイブリダイズした二重鎖(second hybridized duplex)を形成し;
前記第1対象配列と前記第2対象配列は、一つの対象配列内に含まれていながら、少なくとも一つのヌクレオチドからなる重複領域を有し、
前記標的因子が存在するときに、前記標的因子と前記認識要素との前記相互作用により、前記標的因子が存在しないときに比べて前記第1ハイブリダイズした二重鎖及び前記第2ハイブリダイズした二重鎖のいずれか一つの量は減少し、残り一つの量は増加することによって、前記特徴的シグナルが変化する請求項1に記載のプローブ。
【請求項3】
前記認識要素が、前記重複領域を除いた前記第1対象配列、または前記第1相補配列に接合されている請求項2に記載のプローブ。
【請求項4】
前記対象配列及び前記相補配列が、DNA、RNA、PNA、及びDNAとRNAとの混合物からなる群より選ばれる請求項1及び2のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項5】
前記認識要素がプローブリガンドであり、前記標的因子が前記プローブリガンドに特異的に結合しうる受容体因子である請求項1に記載の親和性プローブ。
【請求項6】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記受容体因子が前記プローブリガンドに結合することによって少なくとも1℃減少する請求項5に記載の親和性プローブ。
【請求項7】
前記プローブリガンドが、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている請求項5に記載の親和性プローブ。
【請求項8】
前記連結要素が、化学結合(chemical bond)、二価原子(divalent atom)、二価の化学部分(divalent chemical moiety)、及び多価の化学部分(multivalent chemical moiety)からなる群より選ばれる請求項7に記載の親和性プローブ。
【請求項9】
前記プローブリガンドが、化学的リガンド(chemical ligand)、生化学的リガンド(biochemical ligand)、抗原、抗体、抗体断片、酵素、酵素の基質、酵素の基質または阻害剤、ホルモン(hormone)、抗生剤(antibiotic)、麻薬(narcotic)、毒素(toxin)、ポリペプチド(polypeptide)、タンパク質、タンパク質断片、標的配列(targeting sequence)、トランジットペプチド(transit peptide)、糖タンパク質(glycoprotein)、脂質(lipid)、リン脂質(phospholipid)、多糖(polysaccaharide)、炭水化物(carbohydrate)、核酸、及びペプチド核酸(peptide nucleic acid)からなる群より選ばれる請求項5に記載の親和性プローブ。
【請求項10】
前記認識要素は、不安定化因子と少なくとも一つの切断部位とを含むプローブ基質であり、前記標的因子は、切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子であり、前記切断部位の第1末端は、前記不安定化因子に接合されており、前記切断部位の第2末端は、前記第1対象配列または第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている請求項1に記載の切断性プローブ。
【請求項11】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記切断部位が前記反応誘発因子により切断されることによって少なくとも1℃増加する請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項12】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項13】
前記不安定化因子が、前記切断部位の前記第1末端とリンカーにより共有結合または非共有結合的に連結されている請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項14】
前記不安定化因子が、ビオチン(biotin)に結合するストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体であり、前記ビオチンは、前記切断部位の第1末端にリンカーにより共有結合で連結されている請求項13に記載の切断性プローブ。
【請求項15】
前記リンカーが、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項13に記載の切断性プローブ。
【請求項16】
前記切断部位が、プロテアーゼ(protease)、エンドヌクレアーゼ(endonuclease)、リパーゼ(lipase)、またはグリコシダーゼ(glycosidase)によって特異的に切断される請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項17】
前記切断部位が、へパラナーゼ−1(heparanase-1)によって特異的に切断される請求項16に記載の切断性プローブ。
【請求項18】
前記切断部位が、哺乳類またはウイルスのプロテアーゼによって特異的に切断される請求項16に記載の切断性プローブ。
【請求項19】
前記切断部位が、ヒト病原体(human pathogen)と関連するプロテアーゼによって特異的に切断される請求項16に記載の切断性プローブ。
【請求項20】
前記プロテアーゼが、サイトメガロウイルス(cytomegalovirus:CMV)、単純ヘルペスウイルス(herpes simplex virus:HSV)、肝炎ウイルス(hepatitis virus)、マラリア原虫(plasmodium)、ヒト免疫不全ウイルス(human immunodeficiency virus:HIV)、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス(Kaposi's sarcoma-associated herpes virus:KSHV)、黄熱ウイルス(yellow fever virus)、フラビウイルス(flavivirus)、またはライノウイルス(rhinovirus)から発現するプロテアーゼである請求項19に記載の切断性プローブ。
【請求項21】
前記プロテアーゼが、セリン型(serine-type)、システイン型(cystein-type)、またはアスパラギン酸型(aspartate-type)プロテアーゼである請求項18に記載の切断性プローブ。
【請求項22】
前記マラリア原虫は、ピー.ファルシパルム(P.falciparum)であり、前記プロテアーゼは、プラスメプシン(plasmepsin)I及びIIのいずれかである請求項20に記載の切断性プローブ。
【請求項23】
前記切断部位が、HSVの成熟したプロテアーゼ(maturational protease)によって特異的に切断される請求項20に記載の切断性プローブ。
【請求項24】
前記肝炎ウイルス(hepatitis virus)がC型肝炎ウイルスである請求項20に記載の切断性プローブ。
【請求項25】
前記ヒト病原体が酵母(yeast)、細菌(bacterium)、真菌類(fungi)、線虫(nematode)、ウイルス(virus)、または原生動物(protozoa)である請求項19に記載の切断性プローブ。
【請求項26】
前記切断部位が、血液凝固(blood coagulation)、アポトーシス(apoptosis)、アルツハイマー病(Alzheimer's disease)、または細胞外マトリックス(extracellular matrix)と関連している哺乳類のプロテアーゼによって特異的に切断される請求項18に記載の切断性プローブ。
【請求項27】
前記認識要素は、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている少なくとも一つの反応部位を含むプローブ基質であり、前記標的因子は、不安定化因子を前記反応部位に特異的に接合しうる反応誘発因子である請求項1に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項28】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記不安定化因子が前記反応誘発因子により接合されることによって少なくとも1℃減少する請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項29】
前記連結要素が、化学結合(chemical bond)、二価原子(divalent atom)、二価の化学部分(divalent chemical moiety)、及び多価の化学部分(multivalent chemical moiety)からなる群より選ばれる請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項30】
前記不安定化因子が、前記反応誘発因子の存在下で前記反応部位に共有結合で連結されうる少なくとも一つの反応基を有するタンパク質またはタンパク質複合体である請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項31】
前記不安定化因子が、少なくとも一つの前記反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)である請求項30に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項32】
前記反応部位が、リガーゼ(ligase)により前記不安定化因子に接合される請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項33】
前記リガーゼが、ポリヌクレオチドリガーゼ(polynucleotide ligase)、アミノアシルtRNAリガーゼ(aminoacyl tRNA ligase)、及びビオチンタンパク質リガーゼ(biotin protein ligase)からなる群より選ばれる請求項32に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項34】
前記認識要素は、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている少なくとも一つの反応部位を含むプローブ基質であり、前記標的因子は、前記反応部位を、不安定化因子が接合しうる接合部位に特異的に変換させうる反応誘発因子である請求項1に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項35】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記不安定化因子が前記反応誘発因子により接合されることによって少なくとも1℃減少する請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項36】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項37】
前記不安定化因子が、前記接合部位に特異的に結合しうるタンパク質またはタンパク質複合体である請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項38】
前記不安定化因子が、前記接合部位に自発的にまたは連結試薬の存在下で共有結合で連結されうる少なくとも一つの反応基を有するタンパク質またはタンパク質複合体である請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項39】
前記不安定化因子が、少なくとも一つの前記反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項38に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項40】
前記反応部位が、トランスフェラーゼ(transferase)により特異的に変換する請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項41】
前記トランスフェラーゼが、キナーゼ(kinase)及びアセチル-CoAトランスフェラーゼ(acetyl-CoA transferase)からなる群より選ばれる請求項40に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項42】
前記キナーゼが、c-AMP依存性プロテインキナーゼ(c-AMP dependent protein kinase:PKA)、カゼインキナーゼI(casein kinase I:CKI)、カゼインキナーゼII(casein kinase II:CKII)、グリコーゲンシンターゼキナーゼ3(glycogen synthase kinase 3:GSK−3)、cdc2プロテインキナーゼ(cdc2 protein kinase)、カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(calmodulin-dependent protein kinase II:CaMKII)、インスリン受容体(insulin receptor:INSR)、マイトジェン-活性化プロテインキナーゼ(mitogen-activated protein kinase:MAPK)、cGMP-依存性プロテインキナーゼ(cGMP-dependent protein kinase:cGPK)、ホスホリラーゼキナーゼ(phosphorylase kinase:PhK)、プロテインキナーゼC(protein kinase C:PKC)、p34 cdc2プロテインキナーゼ(p34 cdc2 protein kinase)、減数分裂-活性化ミエリン塩基性プロテインキナーゼ(meiosis-activated myelin basic protein kinase:p44 mpk)、平滑筋ミオシン軽鎖キナーゼ(smooth muscle myosin light chain kinase)、表皮成長因子受容体キナーゼ(epidermal growth factor receptor kinase:EGF−RK)、及びプロテインチロシンキナーゼpp60c-src(protein tyrosine kinase pp60c-src:PTK)からなる群より選ばれる請求項41に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項43】
前記反応部位が、キナーゼに特異的な部位であり、前記接合部位が、前記キナーゼにより付着されたリン酸基を含む請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項44】
前記不安定化因子が、前記キナーゼにより付着された前記リン酸基を有する前記接合部位に特異的に結合しうる抗体または受容体である請求項43に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項45】
前記リン酸基は、チオリン酸基(thiophosphate)であり、前記不安定化因子は、連結試薬の存在下で前記接合部位に共有結合で連結されうるヨードアセチル基(iodoacetyl)またはチオル基(thiol)のような少なくとも一つの反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項43に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項46】
前記不安定化因子が、二価陽イオン性(dicataionic)、三価陽イオン性(tricataionic)、または多価陽イオン性(polycataionic)金属イオンを含んでいる合成高分子またはその類似体からなるナノ粒子(nanoparticle)、ミクロ粒子(microparticle)、ビーズ(bead)、または膜(membrane)であって、前記リン酸基を有する前記接合部位に特異的に結合しうる請求項43に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項47】
前記認識要素は、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている少なくとも一つの反応部位を含むプローブ基質であり、前記標的因子は、不安定化因子が接合されうる前記反応部位を、非接合性部位に特異的に変換させうる反応誘発因子である請求項1に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項48】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記不安定化因子が接合されることによって少なくとも1℃減少する請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項49】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項50】
前記不安定化因子が、前記反応部位に特異的に結合しうるタンパク質またはタンパク質複合体である請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項51】
前記不安定化因子が、前記反応部位に自発的にまたは連結試薬の存在下で共有結合で連結されうる少なくとも一つの反応基を有するタンパク質またはタンパク質複合体である請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項52】
前記不安定化因子が、少なくとも一つの前記反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項51に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項53】
前記反応部位が、ホスファターゼ(phosphatase)により特異的に脱リン酸化しうるリン酸基を有する部位である請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項54】
前記ホスファターゼが、プロテインチロシンホスファターゼ(protein tyrosine phosphatase)、二重特異性ホスファターゼ(dual specificity phosphatase)及びプロテインSer/Thrホスファターゼ(protein Ser/Thr phosphatase)のようなリン酸化プロテインホスファターゼ(phosphoprotein phosphatase);ホスファチジルイノシトール-3,4-二リン酸4-ホスファターゼ(phosphatidylinositol-3,4-biphosphate 4-phosphatase)、ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸3-ホスファターゼ(phosphatidylinositol-3,4,5-triphosphate 3-phosphatase)、SH2ドメイン含有イノシトールホスファターゼ(SH2 domain-containing inositol phosphatase:SHIP)及び膜-会合リン脂質ホスファターゼ(membrane-assocated phospholipid phosphatase)のようなリン脂質ホスファターゼ(phospholipid phosphatase);ポリヌクレオチド3'-ホスファターゼ(polynucleotide 3'-phosphatase)及びポリヌクレオチド5'-ホスファターゼ(polynucleotide 5'-phosphatase)のようなポリヌクレオチドホスファターゼ(polynucleotide phosphatase);からなる群より選ばれる請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項55】
前記不安定化因子が、前記リン酸基を有する前記反応部位に特異的に結合しうる抗体または受容体である請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項56】
前記リン酸基は、チオリン酸基(thiophosphate)であり、前記不安定化因子は、連結試薬の存在下で前記反応部位に共有結合で連結されうるヨードアセチル基(iodoacetyl)またはチオル基(thiol)のような少なくとも一つの反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項57】
前記不安定化因子が、二価陽イオン性(dicataionic)、三価陽イオン性(tricataionic)、または多価陽イオン性(polycataionic)金属イオンを含んでいる合成高分子またはその類似体からなるナノ粒子(nanoparticle)、ミクロ粒子(microparticle)、ビーズ(bead)、または膜(membrane)であって、前記リン酸基を有する前記反応部位に特異的に結合しうる請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項58】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の親和性プローブ。
【請求項59】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項58に記載の親和性プローブ。
【請求項60】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項58に記載の親和性プローブ。
【請求項61】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項60に記載の親和性プローブ。
【請求項62】
前記標的因子が存在しないときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の切断性プローブ。
【請求項63】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項62に記載の切断性プローブ。
【請求項64】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項62に記載の切断性プローブ。
【請求項65】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項64に記載の切断性プローブ。
【請求項66】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項67】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項66に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項68】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項66に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項69】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項68に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項70】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項71】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項70に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項72】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項70に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項73】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項72に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項74】
前記標的因子が存在しないときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項75】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項74に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項76】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項74に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項77】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項76に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項78】
前記検出可能なラベルが、蛍光体、発光体、放射線同位元素、酵素、抗体、抗原、電気化学的ラベルからなる群より選ばれる非相互作用性ラベルである請求項1に記載のプローブ。
【請求項79】
前記プローブは、前記第1対象配列を含む第1分子及び前記第1相補配列を含む第2分子からなる二分子プローブであって、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1及び第2分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項78に記載のプローブ。
【請求項80】
前記第1分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第2分子に共有結合で連結されている請求項79に記載のプローブ。
【請求項81】
前記第2分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1分子に共有結合で連結されている請求項79に記載のプローブ。
【請求項82】
前記検出可能なラベルが、二本鎖核酸に優先的に結合しうるインターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項1に記載のプローブ。
【請求項83】
前記プローブは、前記第1対象配列を含む第1分子と前記第1相補配列を含む第2分子とを含む請求項82に記載のプローブ。
【請求項84】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項83に記載のプローブ。
【請求項85】
前記第1対象配列及び前記第1相補配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項82に記載のプローブ。
【請求項86】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項85に記載のプローブ。
【請求項87】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項85に記載のプローブ。
【請求項88】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5'から3'方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項87に記載のプローブ。
【請求項89】
支持体に固定化されている請求項85に記載のプローブ。
【請求項90】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1対象配列に接合されている第1ラベル部分と、前記第1相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項91】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項90に記載のプローブ。
【請求項92】
前記プローブが、前記第1ラベル部分を含んでいる前記第1対象配列を含む第1分子と、前記第2ラベル部分を含んでいる前記第1相補配列を含む第2分子とからなる二分子プローブである請求項90に記載のプローブ。
【請求項93】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項92に記載のプローブ。
【請求項94】
前記プローブが、前記第1対象配列及び前記第1相補配列がループ部分により共有結合で連結されている単分子プローブである請求項90に記載のプローブ。
【請求項95】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項94に記載のプローブ。
【請求項96】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項94に記載のプローブ。
【請求項97】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5'から3'方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項96に記載のプローブ。
【請求項98】
支持体に固定化されている請求項94に記載のプローブ。
【請求項99】
前記プローブは単分子プローブであって、前記第1対象配列と前記第1相補配列とがループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第1及び第2ラベル部分を含む相互作用性ラベル対を含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項100】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項99に記載のプローブ。
【請求項101】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項99に記載のプローブ。
【請求項102】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項101に記載のプローブ。
【請求項103】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項99に記載のプローブ。
【請求項104】
前記第1及び第2ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項99に記載のプローブ。
【請求項105】
支持体に固定化されている請求項99に記載のプローブ。
【請求項106】
前記プローブは、前記第1対象配列の5'末端に共有結合で連結された5'アーム配列(5'arm sequence)と、前記第1対象配列の3'末端に共有結合で連結された3'アーム配列(3'arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1対象配列が前記第1相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stemd duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項107】
前記プローブは、前記第1相補配列の5’末端に共有結合で連結された5’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された3’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1対象配列が前記第1相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と、前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項108】
前記プローブは、前記第1対象配列の5'末端に共有結合で連結された第1の5’アーム配列(first 5'arm sequence)と前記第1対象配列の3'末端に共有結合で連結された第1の3’アーム配列(first 3'arm sequence)とからなる第1アーム配列対と、前記第1相補配列の5'末端に共有結合で連結された第2の5’アーム配列(second 5’arm sequence)と前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された第2の3’アーム配列(second 3’arm sequence)とからなる第2アーム配列対と、からなる2対の核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1対象配列が前記第1相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記第1アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第1ステム二重鎖(first stem duplex)を形成し、前記第2アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第2ステム二重鎖(second stemd duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記第1の5’アーム配列に接合された第1ラベル部分と前記第1の3’アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる第1ラベル対と、前記第2の5’アーム配列に接合された第3ラベル部分と前記第2の3’アーム配列に接合された第4ラベル部分とからなる第2ラベル対と、からなる2対の相互作用性ラベル対を含み、前記第1ステム二重鎖が形成されるときに前記第1ラベル対が相互作用し、前記第2ステム二重鎖が形成されるときに前記第2ラベル対が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項109】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項106ないし108のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項110】
前記プローブは、前記第1対象配列を含む第1分子及び前記第1相補配列を含む第2分子からなる二分子プローブである請求項106ないし108のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項111】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項110に記載のプローブ。
【請求項112】
前記プローブは、少なくとも前記第1対象配列を含む第1構成要素及び少なくとも前記第1相補配列を含む第2構成要素がループ部分により共有結合で連結されている単分子プローブである請求項106ないし108のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項113】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項112に記載のプローブ。
【請求項114】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項112に記載のプローブ。
【請求項115】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項114に記載のプローブ。
【請求項116】
支持体に固定化されている請求項112に記載のプローブ。
【請求項117】
前記検出可能なラベルが、蛍光体、発光体、放射線同位元素、酵素、抗体、抗原、電気化学的ラベルからなる群より選ばれる非相互作用性ラベルである請求項2に記載のプローブ。
【請求項118】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子からなる三分子プローブであって、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1、第2及び第3分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項117に記載のプローブ。
【請求項119】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第2及び第3分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されており、仮に、両分子ともラベルされているなら、各分子が相異なるラベルを有する請求項118に記載のプローブ。
【請求項120】
前記第1分子が支持体に固定化されている請求項119に記載のプローブ。
【請求項121】
前記第2または第3分子のいずれかが支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第1分子に共有結合で連結されている請求項118に記載のプローブ。
【請求項122】
前記プローブは、前記第1及び第2相補配列のうち一つと前記対象配列とを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1及び第2分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項117に記載のプローブ。
【請求項123】
前記ループ部分が、第1配列の5'または3'末端のいずれかを第2配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項122に記載のプローブ。
【請求項124】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項122に記載のプローブ。
【請求項125】
前記第1配列、前記ループ部分、及び前記第2配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項124に記載のプローブ。
【請求項126】
前記第1分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第2分子に共有結合で連結されている請求項122に記載のプローブ。
【請求項127】
前記第2分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第1分子に共有結合で連結されている請求項122に記載のプローブ。
【請求項128】
前記検出可能なラベルが、二本鎖核酸に優先的に結合しうるインターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項2に記載のプローブ。
【請求項129】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子を含む請求項128に記載のプローブ。
【請求項130】
前記第2または第3分子が支持体に固定化されている請求項129に記載のプローブ。
【請求項131】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1対象配列に接合されている第1ラベル部分と、前記第1相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項132】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第2対象配列に接合されている第1ラベル部分と、前記第2相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項133】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、第1ラベル対と第2ラベル対とからなる2対の相異なる相互作用性ラベル対を含むプローブであって、前記第1ラベル対は、前記第1対象配列に接合されている第1ラベル部分と前記第1相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含み、前記第2ラベル対は、前記第2対象配列に接合されている第3ラベル部分と前記第2相補配列に接合されている第4ラベル部分とを含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに前記第1及び第2ラベル部分が相互作用し、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに前記第3及び第4ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項134】
前記第1及び第3ラベル部分が同じ部分である請求項133に記載のプローブ。
【請求項135】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項136】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子からなる三分子プローブである請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項137】
前記第1、第2及び第3分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項136に記載のプローブ。
【請求項138】
前記プローブは、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列のうち二つを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項139】
前記ループ部分が、第1配列の5'または3'末端のいずれかを第2配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項138に記載のプローブ。
【請求項140】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項138に記載のプローブ。
【請求項141】
第1配列、前記ループ部分及び第2配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項140に記載のプローブ。
【請求項142】
前記第1または第2分子が、支持体に固定化されている請求項138に記載のプローブ。
【請求項143】
前記プローブは、単分子プローブであって、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列が少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されている請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項144】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項143に記載のプローブ。
【請求項145】
前記第1相補配列、第1ループ部分、前記対象配列、第2ループ部分及び前記第2相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項144に記載のプローブ。
【請求項146】
前記対象配列、第1ループ部分、前記第1相補配列、第2ループ部分及び前記第2相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項144に記載のプローブ。
【請求項147】
前記対象配列、第1ループ部分、前記第2相補配列、第2ループ部分及び前記第1相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項144に記載のプローブ。
【請求項148】
支持体に固定化されている請求項143に記載のプローブ。
【請求項149】
前記プローブは、単分子プローブであって、前記対象配列、前記第1相補配列、及び前記第2相補配列が少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含み、各ラベル対は、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第1及び第2ラベル部分を含み、前記第1または第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項150】
前記第1及び第2ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項149に記載のプローブ。
【請求項151】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項149に記載のプローブ。
【請求項152】
支持体に固定化されている請求項149に記載のプローブ。
【請求項153】
前記プローブは、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列のうち二つを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列がループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルは、少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含み、各ラベル対は、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第1及び第2ラベル部分を含み、前記第1または第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項154】
前記第1及び第2ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項153に記載のプローブ。
【請求項155】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項153に記載のプローブ。
【請求項156】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項153に記載のプローブ。
【請求項157】
前記プローブは、前記第1相補配列の5’末端に共有結合で連結された5’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された3’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1相補配列が前記第1対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と、前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項158】
前記プローブは、前記第2相補配列の5’末端に共有結合で連結された5’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第2相補配列の3’末端に共有結合で連結された3’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第2相補配列が前記第2対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と、前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項159】
前記プローブは、前記第1相補配列の5’末端に共有結合で連結された第1の5’アーム配列(first 5’arm sequence)と前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された第1の3’アーム配列(first 3’arm sequence)とからなる第1アーム配列対と、前記第2相補配列の5’末端に共有結合で連結された第2の5’アーム配列(second 5’arm sequence)と前記第2相補配列の3’末端に共有結合で連結された第2の3’アーム配列(second 3’arm sequence)とからなる第2アーム配列対と、からなる2対の核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1相補配列が前記第1対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記第1アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第1ステム二重鎖(first stem duplex)を形成し、前記第2相補配列が前記第2対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記第2アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第2ステム二重鎖(second stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記第1の5’アーム配列に接合された第1ラベル部分と前記第1の3’アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる第1ラベル対と、前記第2の5’アーム配列に接合された第3ラベル部分と前記第2の3’アーム配列に接合された第4ラベル部分とからなる第2ラベル対と、からなる2対の相互作用性ラベル対を含み、前記第1ステム二重鎖が形成されるときに前記第1ラベル対が相互作用し、前記第2ステム二重鎖が形成されるときに前記第2ラベル対が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項160】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項161】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子からなる三分子プローブである請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項162】
前記第1、第2及び第3分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項161に記載のプローブ。
【請求項163】
前記プローブは、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列のうち二つを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項164】
前記第1及び第2分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項163に記載のプローブ。
【請求項165】
前記プローブは単分子プローブであって、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子が、少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されている請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項166】
支持体に固定化されている請求項165に記載のプローブ。
【請求項167】
プローブリガンドに必要に応じて結合しうる少なくとも一つの標的受容体因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項5によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的受容体因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項168】
少なくとも一つの標的リガンドの試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、前記プローブリガンド及び前記標的リガンドと結合しうる受容体因子の存在下で 請求項5によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的リガンドがない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項169】
切断部位を特異的に切断しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項10によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項170】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項27によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項171】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項34によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項172】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項47によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項173】
プローブリガンドへの受容体因子の結合に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記受容体因子の存在下で請求項5によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的候補化合物がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項174】
切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子の存在下で請求項10によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項175】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項27によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項176】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項34によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項177】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子と不安定化因子の存在下で請求項47によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項178】
前記確認する段階が、前記特徴的シグナルの大きさを測定することを含む請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項179】
前記確認する段階が、前記特徴的シグナルの大きさを時間の関数として測定することを含む請求項178に記載のアッセイ。
【請求項180】
標的を持っていない対照群試料を、請求項5によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項167,168及び173のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項181】
標的を持っていない対照群試料を、請求項10によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項169及び174のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項182】
標的を持っていない対照群試料を、請求項27によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項170及び175のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項183】
標的を持っていない対照群試料を、請求項34によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項171及び176のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項184】
標的を持っていない対照群試料を、請求項47によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項172及び177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項185】
前記検出温度が、前記受容体因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃低い請求項167,168及び173のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項186】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃高い請求項169及び174のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項187】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃低い請求項170,171,175及び176のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項188】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃高い請求項172及び177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項189】
前記プローブが、少なくとも一つの非相互作用性ラベルを有する二分子プローブまたは三分子プローブである請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項190】
前記プローブは固定化したプローブでなく、前記確認する段階が、ハイブリダイズした種とハイブリダイズしていない種を分離することを含む請求項189に記載のアッセイ。
【請求項191】
前記プローブは固定化したプローブであり、前記確認する段階が、非結合の種を洗浄することを含む請求項189に記載のアッセイ。
【請求項192】
前記検出可能なラベルが、インターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項193】
前記プローブは固定化したプローブでなく、前記確認する段階が、ハイブリダイズした種とハイブリダイズしていない種を分離することを含む請求項192に記載のアッセイ。
【請求項194】
前記プローブは固定化したプローブであり、前記確認する段階が、非結合の種を洗浄することを含む請求項192に記載のアッセイ。
【請求項195】
前記プローブが、少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含むプローブである請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項196】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体の対または発光体と消光体の対である請求項195に記載のアッセイ。
【請求項197】
前記プローブが単分子プローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項198】
前記プローブが二分子プローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項199】
前記プローブが三分子プローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項200】
前記プローブが固定化したプローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項201】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項202】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブを細胞、または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項201に記載のアッセイ。
【請求項203】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項173に記載のアッセイ。
【請求項204】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブと前記標的化合物を前記細胞または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項203に記載のアッセイ。
【請求項205】
前記受容体因子が、前記細胞または組織の内部もしくは外部に存在する受容体である請求項204に記載のアッセイ。
【請求項206】
前記受容体因子が、受容体タンパク質をコードするベクトルを導入することによって、前記細胞または組織の内部で組み換え的に発現された前記受容体タンパク質である請求項204に記載のアッセイ。
【請求項207】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項174ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項208】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブと前記標的化合物を前記細胞または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項207に記載のアッセイ。
【請求項209】
前記反応誘発因子が、前記細胞または組織の内部もしくは外部に存在する酵素である請求項208に記載のアッセイ。
【請求項210】
前記反応誘発因子が、酵素をコードするベクトルを導入することによって、前記細胞または組織の内部で組み換え的に発現される酵素である請求項209に記載のアッセイ。
【請求項211】
プローブリガンドに必要に応じて結合しうる少なくとも一つの標的受容体因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項58によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的受容体因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項212】
少なくとも一つの標的リガンドの試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、前記プローブリガンド及び前記標的リガンドと結合しうる受容体因子の存在下で請求項58によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的リガンドがない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項213】
切断部位を特異的に切断しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項62によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項214】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項66によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項215】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項70によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項216】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項73によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度で前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項217】
プローブリガンドへの受容体因子の結合に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記受容体因子の存在下で請求項58によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的候補化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項218】
切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子の存在下で請求項62によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項219】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子と不安定化因子の存在下で請求項66によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項220】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項70によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項221】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項73によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項222】
請求項1及び2のいずれか一項による少なくとも一つのプローブと、少なくとも一つの標的因子または標的リガンドを検出するか、または、前記標的因子及び前記認識要素の相互作用を阻害または増強させる阻害剤または増強剤を検出するためのアッセイを行うための説明書と、を含むキット。
【請求項223】
塩、緩衝溶液、ヌクレアーゼ(nuclease)阻害剤、酵素または酵素結合ラベルの基質、受容体因子、反応誘発因子、標的因子として作用する受容体タンパク質または酵素をコードするベクトル、及び連結試薬からなる群より選ばれる一つ以上の試薬をさらに含む請求項211に記載のキット。
【請求項224】
in vivoまたはin situアッセイを実行するのに適している一つ以上の成分をさらに含むキットであって、前記成分は、透過誘導因子(permeabilizing agent)及びリボゾーム前駆体(liposome precursor)からなる群より選ばれ、前記プローブを細胞内に導入するために必要な成分である請求項211に記載のキット。
【請求項225】
前記プローブが固定化したプローブである請求項211に記載のキット。
【請求項226】
異なる標的因子を有し、同一支持体の予め定められた位置に固定化されている、本発明による少なくとも一つの追加的な固定化したプローブを含む請求項214に記載のキット。
【請求項227】
同一の標的因子を有し、同一の支持体の予め定められた異なる位置に固定化されている、本発明による少なくとも一つの追加的な固定化したプローブを含む請求項214に記載のキット。
【請求項228】
請求項1または2による少なくとも一つのプローブを含む標的検出システム。
【請求項1】
a)それぞれ独立して約3〜150個のヌクレオチドを有し、相互に実質的に相補的であることから第1ハイブリダイズした二重鎖(first hybridized duplex)を形成する第1対象配列及び第1相補配列からなる第1核酸配列対;
b)前記第1対象配列と前記第1相補配列のうち少なくとも一つに接合されており、少なくとも一つの標的因子と特異的に相互作用する少なくとも一つの認識要素;及び
c)必要に応じて、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の量の関数としてその大きさが示される特徴的シグナルを発生する少なくとも一つの検出可能なラベル;からなる構成成分のうち少なくとも一つ、好ましくは全部を作動可能に連結された状態に含むプローブであって、
前記標的因子が存在するときに、前記標的因子と前記認識要素との前記相互作用により前記第1ハイブリダイズした二重鎖の量が、前記標的因子が存在しないときの量に比べて変化することによって前記特徴的シグナルが変化するプローブ。
【請求項2】
前記プローブは、第2対象配列と第2相補配列とからなる競争する核酸配列である第2核酸配列対をさらに含むプローブであって、
前記第2対象配列と前記第2相補配列はそれぞれ独立して約3〜150個のヌクレオチドを有し、相互に実質的に相補的であることから第2ハイブリダイズした二重鎖(second hybridized duplex)を形成し;
前記第1対象配列と前記第2対象配列は、一つの対象配列内に含まれていながら、少なくとも一つのヌクレオチドからなる重複領域を有し、
前記標的因子が存在するときに、前記標的因子と前記認識要素との前記相互作用により、前記標的因子が存在しないときに比べて前記第1ハイブリダイズした二重鎖及び前記第2ハイブリダイズした二重鎖のいずれか一つの量は減少し、残り一つの量は増加することによって、前記特徴的シグナルが変化する請求項1に記載のプローブ。
【請求項3】
前記認識要素が、前記重複領域を除いた前記第1対象配列、または前記第1相補配列に接合されている請求項2に記載のプローブ。
【請求項4】
前記対象配列及び前記相補配列が、DNA、RNA、PNA、及びDNAとRNAとの混合物からなる群より選ばれる請求項1及び2のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項5】
前記認識要素がプローブリガンドであり、前記標的因子が前記プローブリガンドに特異的に結合しうる受容体因子である請求項1に記載の親和性プローブ。
【請求項6】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記受容体因子が前記プローブリガンドに結合することによって少なくとも1℃減少する請求項5に記載の親和性プローブ。
【請求項7】
前記プローブリガンドが、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている請求項5に記載の親和性プローブ。
【請求項8】
前記連結要素が、化学結合(chemical bond)、二価原子(divalent atom)、二価の化学部分(divalent chemical moiety)、及び多価の化学部分(multivalent chemical moiety)からなる群より選ばれる請求項7に記載の親和性プローブ。
【請求項9】
前記プローブリガンドが、化学的リガンド(chemical ligand)、生化学的リガンド(biochemical ligand)、抗原、抗体、抗体断片、酵素、酵素の基質、酵素の基質または阻害剤、ホルモン(hormone)、抗生剤(antibiotic)、麻薬(narcotic)、毒素(toxin)、ポリペプチド(polypeptide)、タンパク質、タンパク質断片、標的配列(targeting sequence)、トランジットペプチド(transit peptide)、糖タンパク質(glycoprotein)、脂質(lipid)、リン脂質(phospholipid)、多糖(polysaccaharide)、炭水化物(carbohydrate)、核酸、及びペプチド核酸(peptide nucleic acid)からなる群より選ばれる請求項5に記載の親和性プローブ。
【請求項10】
前記認識要素は、不安定化因子と少なくとも一つの切断部位とを含むプローブ基質であり、前記標的因子は、切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子であり、前記切断部位の第1末端は、前記不安定化因子に接合されており、前記切断部位の第2末端は、前記第1対象配列または第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている請求項1に記載の切断性プローブ。
【請求項11】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記切断部位が前記反応誘発因子により切断されることによって少なくとも1℃増加する請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項12】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項13】
前記不安定化因子が、前記切断部位の前記第1末端とリンカーにより共有結合または非共有結合的に連結されている請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項14】
前記不安定化因子が、ビオチン(biotin)に結合するストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体であり、前記ビオチンは、前記切断部位の第1末端にリンカーにより共有結合で連結されている請求項13に記載の切断性プローブ。
【請求項15】
前記リンカーが、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項13に記載の切断性プローブ。
【請求項16】
前記切断部位が、プロテアーゼ(protease)、エンドヌクレアーゼ(endonuclease)、リパーゼ(lipase)、またはグリコシダーゼ(glycosidase)によって特異的に切断される請求項10に記載の切断性プローブ。
【請求項17】
前記切断部位が、へパラナーゼ−1(heparanase-1)によって特異的に切断される請求項16に記載の切断性プローブ。
【請求項18】
前記切断部位が、哺乳類またはウイルスのプロテアーゼによって特異的に切断される請求項16に記載の切断性プローブ。
【請求項19】
前記切断部位が、ヒト病原体(human pathogen)と関連するプロテアーゼによって特異的に切断される請求項16に記載の切断性プローブ。
【請求項20】
前記プロテアーゼが、サイトメガロウイルス(cytomegalovirus:CMV)、単純ヘルペスウイルス(herpes simplex virus:HSV)、肝炎ウイルス(hepatitis virus)、マラリア原虫(plasmodium)、ヒト免疫不全ウイルス(human immunodeficiency virus:HIV)、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス(Kaposi's sarcoma-associated herpes virus:KSHV)、黄熱ウイルス(yellow fever virus)、フラビウイルス(flavivirus)、またはライノウイルス(rhinovirus)から発現するプロテアーゼである請求項19に記載の切断性プローブ。
【請求項21】
前記プロテアーゼが、セリン型(serine-type)、システイン型(cystein-type)、またはアスパラギン酸型(aspartate-type)プロテアーゼである請求項18に記載の切断性プローブ。
【請求項22】
前記マラリア原虫は、ピー.ファルシパルム(P.falciparum)であり、前記プロテアーゼは、プラスメプシン(plasmepsin)I及びIIのいずれかである請求項20に記載の切断性プローブ。
【請求項23】
前記切断部位が、HSVの成熟したプロテアーゼ(maturational protease)によって特異的に切断される請求項20に記載の切断性プローブ。
【請求項24】
前記肝炎ウイルス(hepatitis virus)がC型肝炎ウイルスである請求項20に記載の切断性プローブ。
【請求項25】
前記ヒト病原体が酵母(yeast)、細菌(bacterium)、真菌類(fungi)、線虫(nematode)、ウイルス(virus)、または原生動物(protozoa)である請求項19に記載の切断性プローブ。
【請求項26】
前記切断部位が、血液凝固(blood coagulation)、アポトーシス(apoptosis)、アルツハイマー病(Alzheimer's disease)、または細胞外マトリックス(extracellular matrix)と関連している哺乳類のプロテアーゼによって特異的に切断される請求項18に記載の切断性プローブ。
【請求項27】
前記認識要素は、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている少なくとも一つの反応部位を含むプローブ基質であり、前記標的因子は、不安定化因子を前記反応部位に特異的に接合しうる反応誘発因子である請求項1に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項28】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記不安定化因子が前記反応誘発因子により接合されることによって少なくとも1℃減少する請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項29】
前記連結要素が、化学結合(chemical bond)、二価原子(divalent atom)、二価の化学部分(divalent chemical moiety)、及び多価の化学部分(multivalent chemical moiety)からなる群より選ばれる請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項30】
前記不安定化因子が、前記反応誘発因子の存在下で前記反応部位に共有結合で連結されうる少なくとも一つの反応基を有するタンパク質またはタンパク質複合体である請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項31】
前記不安定化因子が、少なくとも一つの前記反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)である請求項30に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項32】
前記反応部位が、リガーゼ(ligase)により前記不安定化因子に接合される請求項27に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項33】
前記リガーゼが、ポリヌクレオチドリガーゼ(polynucleotide ligase)、アミノアシルtRNAリガーゼ(aminoacyl tRNA ligase)、及びビオチンタンパク質リガーゼ(biotin protein ligase)からなる群より選ばれる請求項32に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項34】
前記認識要素は、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている少なくとも一つの反応部位を含むプローブ基質であり、前記標的因子は、前記反応部位を、不安定化因子が接合しうる接合部位に特異的に変換させうる反応誘発因子である請求項1に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項35】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記不安定化因子が前記反応誘発因子により接合されることによって少なくとも1℃減少する請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項36】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項37】
前記不安定化因子が、前記接合部位に特異的に結合しうるタンパク質またはタンパク質複合体である請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項38】
前記不安定化因子が、前記接合部位に自発的にまたは連結試薬の存在下で共有結合で連結されうる少なくとも一つの反応基を有するタンパク質またはタンパク質複合体である請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項39】
前記不安定化因子が、少なくとも一つの前記反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項38に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項40】
前記反応部位が、トランスフェラーゼ(transferase)により特異的に変換する請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項41】
前記トランスフェラーゼが、キナーゼ(kinase)及びアセチル-CoAトランスフェラーゼ(acetyl-CoA transferase)からなる群より選ばれる請求項40に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項42】
前記キナーゼが、c-AMP依存性プロテインキナーゼ(c-AMP dependent protein kinase:PKA)、カゼインキナーゼI(casein kinase I:CKI)、カゼインキナーゼII(casein kinase II:CKII)、グリコーゲンシンターゼキナーゼ3(glycogen synthase kinase 3:GSK−3)、cdc2プロテインキナーゼ(cdc2 protein kinase)、カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(calmodulin-dependent protein kinase II:CaMKII)、インスリン受容体(insulin receptor:INSR)、マイトジェン-活性化プロテインキナーゼ(mitogen-activated protein kinase:MAPK)、cGMP-依存性プロテインキナーゼ(cGMP-dependent protein kinase:cGPK)、ホスホリラーゼキナーゼ(phosphorylase kinase:PhK)、プロテインキナーゼC(protein kinase C:PKC)、p34 cdc2プロテインキナーゼ(p34 cdc2 protein kinase)、減数分裂-活性化ミエリン塩基性プロテインキナーゼ(meiosis-activated myelin basic protein kinase:p44 mpk)、平滑筋ミオシン軽鎖キナーゼ(smooth muscle myosin light chain kinase)、表皮成長因子受容体キナーゼ(epidermal growth factor receptor kinase:EGF−RK)、及びプロテインチロシンキナーゼpp60c-src(protein tyrosine kinase pp60c-src:PTK)からなる群より選ばれる請求項41に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項43】
前記反応部位が、キナーゼに特異的な部位であり、前記接合部位が、前記キナーゼにより付着されたリン酸基を含む請求項34に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項44】
前記不安定化因子が、前記キナーゼにより付着された前記リン酸基を有する前記接合部位に特異的に結合しうる抗体または受容体である請求項43に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項45】
前記リン酸基は、チオリン酸基(thiophosphate)であり、前記不安定化因子は、連結試薬の存在下で前記接合部位に共有結合で連結されうるヨードアセチル基(iodoacetyl)またはチオル基(thiol)のような少なくとも一つの反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項43に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項46】
前記不安定化因子が、二価陽イオン性(dicataionic)、三価陽イオン性(tricataionic)、または多価陽イオン性(polycataionic)金属イオンを含んでいる合成高分子またはその類似体からなるナノ粒子(nanoparticle)、ミクロ粒子(microparticle)、ビーズ(bead)、または膜(membrane)であって、前記リン酸基を有する前記接合部位に特異的に結合しうる請求項43に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項47】
前記認識要素は、前記第1対象配列または前記第1相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されている少なくとも一つの反応部位を含むプローブ基質であり、前記標的因子は、不安定化因子が接合されうる前記反応部位を、非接合性部位に特異的に変換させうる反応誘発因子である請求項1に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項48】
前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記不安定化因子が接合されることによって少なくとも1℃減少する請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項49】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項50】
前記不安定化因子が、前記反応部位に特異的に結合しうるタンパク質またはタンパク質複合体である請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項51】
前記不安定化因子が、前記反応部位に自発的にまたは連結試薬の存在下で共有結合で連結されうる少なくとも一つの反応基を有するタンパク質またはタンパク質複合体である請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項52】
前記不安定化因子が、少なくとも一つの前記反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項51に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項53】
前記反応部位が、ホスファターゼ(phosphatase)により特異的に脱リン酸化しうるリン酸基を有する部位である請求項47に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項54】
前記ホスファターゼが、プロテインチロシンホスファターゼ(protein tyrosine phosphatase)、二重特異性ホスファターゼ(dual specificity phosphatase)及びプロテインSer/Thrホスファターゼ(protein Ser/Thr phosphatase)のようなリン酸化プロテインホスファターゼ(phosphoprotein phosphatase);ホスファチジルイノシトール-3,4-二リン酸4-ホスファターゼ(phosphatidylinositol-3,4-biphosphate 4-phosphatase)、ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸3-ホスファターゼ(phosphatidylinositol-3,4,5-triphosphate 3-phosphatase)、SH2ドメイン含有イノシトールホスファターゼ(SH2 domain-containing inositol phosphatase:SHIP)及び膜-会合リン脂質ホスファターゼ(membrane-assocated phospholipid phosphatase)のようなリン脂質ホスファターゼ(phospholipid phosphatase);ポリヌクレオチド3'-ホスファターゼ(polynucleotide 3'-phosphatase)及びポリヌクレオチド5'-ホスファターゼ(polynucleotide 5'-phosphatase)のようなポリヌクレオチドホスファターゼ(polynucleotide phosphatase);からなる群より選ばれる請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項55】
前記不安定化因子が、前記リン酸基を有する前記反応部位に特異的に結合しうる抗体または受容体である請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項56】
前記リン酸基は、チオリン酸基(thiophosphate)であり、前記不安定化因子は、連結試薬の存在下で前記反応部位に共有結合で連結されうるヨードアセチル基(iodoacetyl)またはチオル基(thiol)のような少なくとも一つの反応基を有する修飾されたビオチン(biotin)に結合しているストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体である請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項57】
前記不安定化因子が、二価陽イオン性(dicataionic)、三価陽イオン性(tricataionic)、または多価陽イオン性(polycataionic)金属イオンを含んでいる合成高分子またはその類似体からなるナノ粒子(nanoparticle)、ミクロ粒子(microparticle)、ビーズ(bead)、または膜(membrane)であって、前記リン酸基を有する前記反応部位に特異的に結合しうる請求項53に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項58】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の親和性プローブ。
【請求項59】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項58に記載の親和性プローブ。
【請求項60】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項58に記載の親和性プローブ。
【請求項61】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項60に記載の親和性プローブ。
【請求項62】
前記標的因子が存在しないときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の切断性プローブ。
【請求項63】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項62に記載の切断性プローブ。
【請求項64】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項62に記載の切断性プローブ。
【請求項65】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項64に記載の切断性プローブ。
【請求項66】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項67】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項66に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項68】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項66に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項69】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項68に記載の第I型連結性プローブ。
【請求項70】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項71】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項70に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項72】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項70に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項73】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項72に記載の第II型連結性プローブ。
【請求項74】
前記標的因子が存在しないときに、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が、前記第1ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項2に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項75】
前記標的因子が存在しないときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃低い請求項74に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項76】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が、前記第2ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項74に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項77】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が前記第2ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも1℃高い請求項76に記載の第II(−)型連結性プローブ。
【請求項78】
前記検出可能なラベルが、蛍光体、発光体、放射線同位元素、酵素、抗体、抗原、電気化学的ラベルからなる群より選ばれる非相互作用性ラベルである請求項1に記載のプローブ。
【請求項79】
前記プローブは、前記第1対象配列を含む第1分子及び前記第1相補配列を含む第2分子からなる二分子プローブであって、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1及び第2分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項78に記載のプローブ。
【請求項80】
前記第1分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第2分子に共有結合で連結されている請求項79に記載のプローブ。
【請求項81】
前記第2分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1分子に共有結合で連結されている請求項79に記載のプローブ。
【請求項82】
前記検出可能なラベルが、二本鎖核酸に優先的に結合しうるインターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項1に記載のプローブ。
【請求項83】
前記プローブは、前記第1対象配列を含む第1分子と前記第1相補配列を含む第2分子とを含む請求項82に記載のプローブ。
【請求項84】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項83に記載のプローブ。
【請求項85】
前記第1対象配列及び前記第1相補配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項82に記載のプローブ。
【請求項86】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項85に記載のプローブ。
【請求項87】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項85に記載のプローブ。
【請求項88】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5'から3'方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項87に記載のプローブ。
【請求項89】
支持体に固定化されている請求項85に記載のプローブ。
【請求項90】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1対象配列に接合されている第1ラベル部分と、前記第1相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項91】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項90に記載のプローブ。
【請求項92】
前記プローブが、前記第1ラベル部分を含んでいる前記第1対象配列を含む第1分子と、前記第2ラベル部分を含んでいる前記第1相補配列を含む第2分子とからなる二分子プローブである請求項90に記載のプローブ。
【請求項93】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項92に記載のプローブ。
【請求項94】
前記プローブが、前記第1対象配列及び前記第1相補配列がループ部分により共有結合で連結されている単分子プローブである請求項90に記載のプローブ。
【請求項95】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項94に記載のプローブ。
【請求項96】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項94に記載のプローブ。
【請求項97】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5'から3'方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項96に記載のプローブ。
【請求項98】
支持体に固定化されている請求項94に記載のプローブ。
【請求項99】
前記プローブは単分子プローブであって、前記第1対象配列と前記第1相補配列とがループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第1及び第2ラベル部分を含む相互作用性ラベル対を含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項100】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項99に記載のプローブ。
【請求項101】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項99に記載のプローブ。
【請求項102】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項101に記載のプローブ。
【請求項103】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項99に記載のプローブ。
【請求項104】
前記第1及び第2ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項99に記載のプローブ。
【請求項105】
支持体に固定化されている請求項99に記載のプローブ。
【請求項106】
前記プローブは、前記第1対象配列の5'末端に共有結合で連結された5'アーム配列(5'arm sequence)と、前記第1対象配列の3'末端に共有結合で連結された3'アーム配列(3'arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1対象配列が前記第1相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stemd duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項107】
前記プローブは、前記第1相補配列の5’末端に共有結合で連結された5’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された3’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1対象配列が前記第1相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と、前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項108】
前記プローブは、前記第1対象配列の5'末端に共有結合で連結された第1の5’アーム配列(first 5'arm sequence)と前記第1対象配列の3'末端に共有結合で連結された第1の3’アーム配列(first 3'arm sequence)とからなる第1アーム配列対と、前記第1相補配列の5'末端に共有結合で連結された第2の5’アーム配列(second 5’arm sequence)と前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された第2の3’アーム配列(second 3’arm sequence)とからなる第2アーム配列対と、からなる2対の核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1対象配列が前記第1相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記第1アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第1ステム二重鎖(first stem duplex)を形成し、前記第2アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第2ステム二重鎖(second stemd duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記第1の5’アーム配列に接合された第1ラベル部分と前記第1の3’アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる第1ラベル対と、前記第2の5’アーム配列に接合された第3ラベル部分と前記第2の3’アーム配列に接合された第4ラベル部分とからなる第2ラベル対と、からなる2対の相互作用性ラベル対を含み、前記第1ステム二重鎖が形成されるときに前記第1ラベル対が相互作用し、前記第2ステム二重鎖が形成されるときに前記第2ラベル対が相互作用する請求項1に記載のプローブ。
【請求項109】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項106ないし108のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項110】
前記プローブは、前記第1対象配列を含む第1分子及び前記第1相補配列を含む第2分子からなる二分子プローブである請求項106ないし108のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項111】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項110に記載のプローブ。
【請求項112】
前記プローブは、少なくとも前記第1対象配列を含む第1構成要素及び少なくとも前記第1相補配列を含む第2構成要素がループ部分により共有結合で連結されている単分子プローブである請求項106ないし108のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項113】
前記ループ部分が、前記第1対象配列の5'または3'末端のいずれかを前記第1相補配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項112に記載のプローブ。
【請求項114】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項112に記載のプローブ。
【請求項115】
前記第1対象配列、前記ループ部分、及び前記第1相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項114に記載のプローブ。
【請求項116】
支持体に固定化されている請求項112に記載のプローブ。
【請求項117】
前記検出可能なラベルが、蛍光体、発光体、放射線同位元素、酵素、抗体、抗原、電気化学的ラベルからなる群より選ばれる非相互作用性ラベルである請求項2に記載のプローブ。
【請求項118】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子からなる三分子プローブであって、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1、第2及び第3分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項117に記載のプローブ。
【請求項119】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第2及び第3分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されており、仮に、両分子ともラベルされているなら、各分子が相異なるラベルを有する請求項118に記載のプローブ。
【請求項120】
前記第1分子が支持体に固定化されている請求項119に記載のプローブ。
【請求項121】
前記第2または第3分子のいずれかが支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第1分子に共有結合で連結されている請求項118に記載のプローブ。
【請求項122】
前記プローブは、前記第1及び第2相補配列のうち一つと前記対象配列とを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1及び第2分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項117に記載のプローブ。
【請求項123】
前記ループ部分が、第1配列の5'または3'末端のいずれかを第2配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項122に記載のプローブ。
【請求項124】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項122に記載のプローブ。
【請求項125】
前記第1配列、前記ループ部分、及び前記第2配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項124に記載のプローブ。
【請求項126】
前記第1分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第2分子に共有結合で連結されている請求項122に記載のプローブ。
【請求項127】
前記第2分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第1分子に共有結合で連結されている請求項122に記載のプローブ。
【請求項128】
前記検出可能なラベルが、二本鎖核酸に優先的に結合しうるインターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項2に記載のプローブ。
【請求項129】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子を含む請求項128に記載のプローブ。
【請求項130】
前記第2または第3分子が支持体に固定化されている請求項129に記載のプローブ。
【請求項131】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第1対象配列に接合されている第1ラベル部分と、前記第1相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項132】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第2対象配列に接合されている第1ラベル部分と、前記第2相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項133】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、第1ラベル対と第2ラベル対とからなる2対の相異なる相互作用性ラベル対を含むプローブであって、前記第1ラベル対は、前記第1対象配列に接合されている第1ラベル部分と前記第1相補配列に接合されている第2ラベル部分とを含み、前記第2ラベル対は、前記第2対象配列に接合されている第3ラベル部分と前記第2相補配列に接合されている第4ラベル部分とを含み、前記第1ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに前記第1及び第2ラベル部分が相互作用し、前記第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに前記第3及び第4ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項134】
前記第1及び第3ラベル部分が同じ部分である請求項133に記載のプローブ。
【請求項135】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項136】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子からなる三分子プローブである請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項137】
前記第1、第2及び第3分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項136に記載のプローブ。
【請求項138】
前記プローブは、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列のうち二つを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項139】
前記ループ部分が、第1配列の5'または3'末端のいずれかを第2配列の5'または3'末端のいずれかに連結する請求項138に記載のプローブ。
【請求項140】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項138に記載のプローブ。
【請求項141】
第1配列、前記ループ部分及び第2配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項140に記載のプローブ。
【請求項142】
前記第1または第2分子が、支持体に固定化されている請求項138に記載のプローブ。
【請求項143】
前記プローブは、単分子プローブであって、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列が少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されている請求項131ないし133のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項144】
前記ループ部分が、約4〜100個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項143に記載のプローブ。
【請求項145】
前記第1相補配列、第1ループ部分、前記対象配列、第2ループ部分及び前記第2相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項144に記載のプローブ。
【請求項146】
前記対象配列、第1ループ部分、前記第1相補配列、第2ループ部分及び前記第2相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項144に記載のプローブ。
【請求項147】
前記対象配列、第1ループ部分、前記第2相補配列、第2ループ部分及び前記第1相補配列が、5’から3’方向または3'から5'方向に順次に共有結合で連結されている請求項144に記載のプローブ。
【請求項148】
支持体に固定化されている請求項143に記載のプローブ。
【請求項149】
前記プローブは、単分子プローブであって、前記対象配列、前記第1相補配列、及び前記第2相補配列が少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含み、各ラベル対は、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第1及び第2ラベル部分を含み、前記第1または第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項150】
前記第1及び第2ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項149に記載のプローブ。
【請求項151】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項149に記載のプローブ。
【請求項152】
支持体に固定化されている請求項149に記載のプローブ。
【請求項153】
前記プローブは、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列のうち二つを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列がループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルは、少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含み、各ラベル対は、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第1及び第2ラベル部分を含み、前記第1または第2ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項154】
前記第1及び第2ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項153に記載のプローブ。
【請求項155】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項153に記載のプローブ。
【請求項156】
前記第1または第2分子が支持体に固定化されている請求項153に記載のプローブ。
【請求項157】
前記プローブは、前記第1相補配列の5’末端に共有結合で連結された5’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された3’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1相補配列が前記第1対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と、前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項158】
前記プローブは、前記第2相補配列の5’末端に共有結合で連結された5’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第2相補配列の3’末端に共有結合で連結された3’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第2相補配列が前記第2対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は約3〜35個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記5'アーム配列に接合された第1ラベル部分と、前記3'アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第1及び第2ラベル部分が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項159】
前記プローブは、前記第1相補配列の5’末端に共有結合で連結された第1の5’アーム配列(first 5’arm sequence)と前記第1相補配列の3’末端に共有結合で連結された第1の3’アーム配列(first 3’arm sequence)とからなる第1アーム配列対と、前記第2相補配列の5’末端に共有結合で連結された第2の5’アーム配列(second 5’arm sequence)と前記第2相補配列の3’末端に共有結合で連結された第2の3’アーム配列(second 3’arm sequence)とからなる第2アーム配列対と、からなる2対の核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第1相補配列が前記第1対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記第1アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第1ステム二重鎖(first stem duplex)を形成し、前記第2相補配列が前記第2対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記第2アーム配列対は、約3〜35個の相補的な塩基対を有する第2ステム二重鎖(second stem duplex)を形成し;
前記検出可能なラベルは、前記第1の5’アーム配列に接合された第1ラベル部分と前記第1の3’アーム配列に接合された第2ラベル部分とからなる第1ラベル対と、前記第2の5’アーム配列に接合された第3ラベル部分と前記第2の3’アーム配列に接合された第4ラベル部分とからなる第2ラベル対と、からなる2対の相互作用性ラベル対を含み、前記第1ステム二重鎖が形成されるときに前記第1ラベル対が相互作用し、前記第2ステム二重鎖が形成されるときに前記第2ラベル対が相互作用する請求項2に記載のプローブ。
【請求項160】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項161】
前記プローブは、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子からなる三分子プローブである請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項162】
前記第1、第2及び第3分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項161に記載のプローブ。
【請求項163】
前記プローブは、前記対象配列、前記第1相補配列及び前記第2相補配列のうち二つを含む第1分子と、残りの配列を含む第2分子とからなる二分子プローブであって、前記第1分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項164】
前記第1及び第2分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項163に記載のプローブ。
【請求項165】
前記プローブは単分子プローブであって、前記対象配列を含む第1分子、前記第1相補配列を含む第2分子、及び前記第2相補配列を含む第3分子が、少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されている請求項157ないし159のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項166】
支持体に固定化されている請求項165に記載のプローブ。
【請求項167】
プローブリガンドに必要に応じて結合しうる少なくとも一つの標的受容体因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項5によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的受容体因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項168】
少なくとも一つの標的リガンドの試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、前記プローブリガンド及び前記標的リガンドと結合しうる受容体因子の存在下で 請求項5によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的リガンドがない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項169】
切断部位を特異的に切断しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項10によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項170】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項27によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項171】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項34によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項172】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)前記試料を、請求項47によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項173】
プローブリガンドへの受容体因子の結合に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記受容体因子の存在下で請求項5によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的候補化合物がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項174】
切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子の存在下で請求項10によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項175】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項27によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項176】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項34によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項177】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
a)標的化合物を、前記反応誘発因子と不安定化因子の存在下で請求項47によるプローブと接触させる段階;及び
b)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項178】
前記確認する段階が、前記特徴的シグナルの大きさを測定することを含む請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項179】
前記確認する段階が、前記特徴的シグナルの大きさを時間の関数として測定することを含む請求項178に記載のアッセイ。
【請求項180】
標的を持っていない対照群試料を、請求項5によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項167,168及び173のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項181】
標的を持っていない対照群試料を、請求項10によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項169及び174のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項182】
標的を持っていない対照群試料を、請求項27によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項170及び175のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項183】
標的を持っていない対照群試料を、請求項34によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項171及び176のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項184】
標的を持っていない対照群試料を、請求項47によるプローブと接触させる段階と、前記検出温度において前記特徴的シグナルの大きさを測定する段階と、をさらに含むアッセイであって、前記確認する段階が、前記対照群試料の特徴的シグナルの大きさと前記試料の特徴的シグナルの大きさとの差を計算することを含む請求項172及び177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項185】
前記検出温度が、前記受容体因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃低い請求項167,168及び173のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項186】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃高い請求項169及び174のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項187】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃低い請求項170,171,175及び176のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項188】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第1ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも5℃高い請求項172及び177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項189】
前記プローブが、少なくとも一つの非相互作用性ラベルを有する二分子プローブまたは三分子プローブである請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項190】
前記プローブは固定化したプローブでなく、前記確認する段階が、ハイブリダイズした種とハイブリダイズしていない種を分離することを含む請求項189に記載のアッセイ。
【請求項191】
前記プローブは固定化したプローブであり、前記確認する段階が、非結合の種を洗浄することを含む請求項189に記載のアッセイ。
【請求項192】
前記検出可能なラベルが、インターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項193】
前記プローブは固定化したプローブでなく、前記確認する段階が、ハイブリダイズした種とハイブリダイズしていない種を分離することを含む請求項192に記載のアッセイ。
【請求項194】
前記プローブは固定化したプローブであり、前記確認する段階が、非結合の種を洗浄することを含む請求項192に記載のアッセイ。
【請求項195】
前記プローブが、少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含むプローブである請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項196】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体の対または発光体と消光体の対である請求項195に記載のアッセイ。
【請求項197】
前記プローブが単分子プローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項198】
前記プローブが二分子プローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項199】
前記プローブが三分子プローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項200】
前記プローブが固定化したプローブである請求項195に記載のアッセイ。
【請求項201】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項167ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項202】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブを細胞、または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項201に記載のアッセイ。
【請求項203】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項173に記載のアッセイ。
【請求項204】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブと前記標的化合物を前記細胞または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項203に記載のアッセイ。
【請求項205】
前記受容体因子が、前記細胞または組織の内部もしくは外部に存在する受容体である請求項204に記載のアッセイ。
【請求項206】
前記受容体因子が、受容体タンパク質をコードするベクトルを導入することによって、前記細胞または組織の内部で組み換え的に発現された前記受容体タンパク質である請求項204に記載のアッセイ。
【請求項207】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項174ないし177のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項208】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブと前記標的化合物を前記細胞または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項207に記載のアッセイ。
【請求項209】
前記反応誘発因子が、前記細胞または組織の内部もしくは外部に存在する酵素である請求項208に記載のアッセイ。
【請求項210】
前記反応誘発因子が、酵素をコードするベクトルを導入することによって、前記細胞または組織の内部で組み換え的に発現される酵素である請求項209に記載のアッセイ。
【請求項211】
プローブリガンドに必要に応じて結合しうる少なくとも一つの標的受容体因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項58によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的受容体因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項212】
少なくとも一つの標的リガンドの試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、前記プローブリガンド及び前記標的リガンドと結合しうる受容体因子の存在下で請求項58によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的リガンドがない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項213】
切断部位を特異的に切断しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項62によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項214】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項66によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項215】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項70によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項216】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)前記試料を、請求項73によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度で前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項217】
プローブリガンドへの受容体因子の結合に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記受容体因子の存在下で請求項58によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的候補化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項218】
切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子の存在下で請求項62によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項219】
反応部位の共有結合を特異的に誘発しうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子と不安定化因子の存在下で請求項66によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項220】
反応部位を接合部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項70によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項221】
反応部位を非接合性部位へ特異的に変換させうる少なくとも一つの反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
c)標的化合物を、前記反応誘発因子及び不安定化因子の存在下で請求項73によるプローブと接触させる段階;及び
d)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階;を含むアッセイ。
【請求項222】
請求項1及び2のいずれか一項による少なくとも一つのプローブと、少なくとも一つの標的因子または標的リガンドを検出するか、または、前記標的因子及び前記認識要素の相互作用を阻害または増強させる阻害剤または増強剤を検出するためのアッセイを行うための説明書と、を含むキット。
【請求項223】
塩、緩衝溶液、ヌクレアーゼ(nuclease)阻害剤、酵素または酵素結合ラベルの基質、受容体因子、反応誘発因子、標的因子として作用する受容体タンパク質または酵素をコードするベクトル、及び連結試薬からなる群より選ばれる一つ以上の試薬をさらに含む請求項211に記載のキット。
【請求項224】
in vivoまたはin situアッセイを実行するのに適している一つ以上の成分をさらに含むキットであって、前記成分は、透過誘導因子(permeabilizing agent)及びリボゾーム前駆体(liposome precursor)からなる群より選ばれ、前記プローブを細胞内に導入するために必要な成分である請求項211に記載のキット。
【請求項225】
前記プローブが固定化したプローブである請求項211に記載のキット。
【請求項226】
異なる標的因子を有し、同一支持体の予め定められた位置に固定化されている、本発明による少なくとも一つの追加的な固定化したプローブを含む請求項214に記載のキット。
【請求項227】
同一の標的因子を有し、同一の支持体の予め定められた異なる位置に固定化されている、本発明による少なくとも一つの追加的な固定化したプローブを含む請求項214に記載のキット。
【請求項228】
請求項1または2による少なくとも一つのプローブを含む標的検出システム。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35A】
【図35B】
【図35C】
【図35D】
【図35E】
【図35F】
【図36】
【図37】
【図38A】
【図38B】
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【図38E】
【図38F】
【図39】
【図40】
【図41A】
【図41B】
【図42A】
【図42B】
【図43A】
【図43B】
【図43C】
【図43D】
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【図43F】
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【図44D】
【図45】
【図46】
【図47A】
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【図48】
【図49A】
【図49B】
【図2】
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【図8】
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【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
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【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
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【図22】
【図23】
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【図29】
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【図31】
【図32】
【図33】
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【図35A】
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【図35C】
【図35D】
【図35E】
【図35F】
【図36】
【図37】
【図38A】
【図38B】
【図38C】
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【図38F】
【図39】
【図40】
【図41A】
【図41B】
【図42A】
【図42B】
【図43A】
【図43B】
【図43C】
【図43D】
【図43E】
【図43F】
【図44A】
【図44B】
【図44C】
【図44D】
【図45】
【図46】
【図47A】
【図47B】
【図48】
【図49A】
【図49B】
【公表番号】特表2006−513701(P2006−513701A)
【公表日】平成18年4月27日(2006.4.27)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2004−542913(P2004−542913)
【出願日】平成15年10月11日(2003.10.11)
【国際出願番号】PCT/KR2003/002101
【国際公開番号】WO2004/033476
【国際公開日】平成16年4月22日(2004.4.22)
【出願人】(505134279)アーラム バイオシステムズ インコーポレイテッド (2)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成18年4月27日(2006.4.27)
【国際特許分類】
【出願日】平成15年10月11日(2003.10.11)
【国際出願番号】PCT/KR2003/002101
【国際公開番号】WO2004/033476
【国際公開日】平成16年4月22日(2004.4.22)
【出願人】(505134279)アーラム バイオシステムズ インコーポレイテッド (2)
【Fターム(参考)】
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