説明

細胞表面タンパク質相同体をコードするアシドフィルス菌核酸配列及びその使用

【課題】グラム陽性菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質は、他の細胞又は化合物への付着、構造安定性の提供、並びに環境の刺激に対する応答を含めた多くの様々な機能を果たす。細菌の表面タンパク質は、宿主内での生存と、細胞の増殖及び分裂とに重要である。さらに、免疫促進、変調、又は増進が開始されることも多く、プロバイオティック産物を開発するため、これらのタンパク質の単離及び特性分析の提供。
【解決手段】細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の核酸分子及びポリペプチド、並びにそれらの断片及び変種を開示する。細胞壁、細胞表面、及び分泌物の融合タンパク質、抗原性ペプチド、並びに、細胞壁、細胞表面、及び分泌物に対する抗体も包含される。該核酸分子を含有する組換え体発現ベクター、及びこれらの発現ベクターが導入された宿主細胞、該ポリペプチドを生成する方法、及びそれらの使用法も開示する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下の群より選択される単離された核酸分子:
a)配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列を含む核酸分子;
b)配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、活性を保持しているポリペプチドをコードする核酸分子;
c)配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;
d)配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、活性を保持しているポリペプチドをコードする核酸分子;及び
e)a)からd)のいずれかの相補体。
【請求項2】
請求項1に記載の核酸分子を含むプラスミド。
【請求項3】
異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項2に記載のプラスミド。
【請求項4】
請求項2に記載のプラスミドを含有する宿主細胞。
【請求項5】
細菌宿主細胞である、請求項4に記載の宿主細胞。
【請求項6】
以下からなる群より選択される単離されたポリペプチド:
a)配列番号:58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
b)配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド;
c)配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;
d)配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80%同一であるヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド。
【請求項7】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項8】
請求項6に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項9】
ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項4に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが以下からなる群より選択される方法。
a)配列番号:58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
b)配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド;
c)配列番号:58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド;及び
d)配列番号:57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80%の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド。
【請求項10】
試料中における請求項6に記載のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物と、前記試料を接触させるステップと;前記化合物が、前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定するステップとを含む方法。
【請求項11】
ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
宿主の免疫系を変調する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを前記宿主に導入することを含む方法。
【請求項13】
免疫系の変調が、宿主のサイトカイン産生を改変することを含む、請求項12に記載の方法。
【請求項14】
免疫系の変調が、抗炎症活性を改変することを含む、請求項12に記載の方法。
【請求項15】
宿主の免疫系を変調する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記宿主に導入することを含む方法。
【請求項16】
宿主のタンパク質又は化合物の発現を変化させる方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを前記宿主に導入することを含む方法。
【請求項17】
宿主のタンパク質又は化合物の発現を変化させる方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記宿主に導入することを含む方法。
【請求項18】
対象における胃腸障害を治療する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記対象に導入することを含む方法。
【請求項19】
胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸管症候群、下痢、抗生物質関連の下痢、便秘、及び小腸細菌過増殖からなる群より選択される、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
対象における感染の発生を予防又は抑制する方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを発現する微生物を前記対象に導入することを含む方法。
【請求項21】
改変された付着特性を微生物が保持するのを可能にする方法であって、請求項6に記載のポリペプチドを前記微生物に導入することを含む方法。
【請求項22】
微生物が、上皮細胞に付着できる、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
以下を含む異種核酸分子を含む微生物宿主細胞:
a)配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列;
b)配列番号57、69、1、3、5、7、9、11、13、15、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、59、61、63、65、67、71、73、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305又は307のヌクレオチド配列に少なくとも80%の配列同一性を有し、ムチンに結合するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
c)配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
d)配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
e)配列番号58、70、2、4、6、8、10、12、14、16、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、60、62、64、66、68、72、74、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304又は306のアミノ酸配列に少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列であって、前記ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列。
【請求項24】
細菌宿主細胞である、請求項23に記載の微生物宿主細胞。
【請求項25】
細菌細胞が、乳酸菌である、請求項24に記載の微生物宿主細胞。
【請求項26】
乳酸菌が、ラクトバチルス・アシドフィルスである、請求項25に記載の微生物宿主細胞。


【図1】
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【公開番号】特開2011−135873(P2011−135873A)
【公開日】平成23年7月14日(2011.7.14)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−190(P2011−190)
【出願日】平成23年1月4日(2011.1.4)
【分割の表示】特願2006−513298(P2006−513298)の分割
【原出願日】平成16年4月23日(2004.4.23)
【出願人】(598139601)ノース・キャロライナ・ステイト・ユニヴァーシティ (11)
【Fターム(参考)】