腎細胞癌（ＲＣＣ）および他の固形腫瘍を診断するための方法、システムおよび設備。本発明は、疾患に罹患していないヒトと比較して、腎細胞癌または他の固形腫瘍を有する患者の末梢血において特異的に発現されている、多数の疾患遺伝子を同定する。これらの疾患遺伝子は、腎細胞癌または他の固形腫瘍の有無を検出するための代用的なマーカーとして用いられ得る。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも一つのヒトの末梢血試料を供給する工程；および
その少なくとも一つのヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較する工程を含む方法であって、その各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）と比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現されている：ただし、一つまたはそれ以上の遺伝子が単一の遺伝子からなるのであれば、その一つの遺伝子はＩＬ−１Ｂ、ＩＬ６、ＭＭＰ−９およびＦＣＧＲ３Ｂからなる群からは選ばれず、さらに一つまたはそれ以上の遺伝子が二つの遺伝子からなるのであれば、その二つの遺伝子はＩＬ１ＢおよびＩＬ６ではないところの、方法。
【請求項２】
固形腫瘍が、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌からなる群から選ばれるところの、請求項１記載の方法。
【請求項３】
末梢血試料が濃縮したＰＢＭＣを含むところの、請求項２記載の方法。
【請求項４】
末梢血試料が全血試料であるところの、請求項２記載の方法。
【請求項５】
発現プロフィールが定量的ＲＴ−ＰＣＲまたは免疫アッセイを用いて決定されるところの、請求項２記載の方法。
【請求項６】
少なくとも一つの基準の発現プロフィールが、疾患に罹患していないヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項７】
少なくとも一つの基準の発現プロフィールが、さらに固形腫瘍を有する患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の発現プロフィールを含むところの、請求項６記載の方法。
【請求項８】
一つまたはそれ以上の遺伝子が少なくとも二つの遺伝子を含み、ヒトの発現プロフィールが、加重多数決アルゴリズムを用いて少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較されるところの、請求項７記載の方法。
【請求項９】
各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトと比較して、他の固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現しているところの、請求項６記載の方法。
【請求項１０】
固形腫瘍および他の固形腫瘍が、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌からなる群から選ばれる異なる腫瘍であるところの、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、表４または表６から選ばれる少なくとも一つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、ストリンジェントな条件下で表２から選ばれる区分プローブ配列（ＣＰＳ）にハイブリダイズすることができるＲＮＡ転写産物を有する少なくとも一つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、ストリンジェントな条件下で資料Ａから選ばれる限定子にハイブリダイズすることができるＲＮＡ転写産物を有する少なくとも一つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、表４から選ばれる少なくとも二つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、二重または多重相関計量アルゴリズムを用いて識別可能な分類子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
非血液疾患を有するヒトの少なくとも一つの末梢血試料を供給する工程；および
少なくとも一つの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較する工程を含む方法であって、各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現しているところの方法。
【請求項１７】
非血液疾患が、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌からなる群から選ばれる固形腫瘍であるところの、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
基準のヒトの末梢血試料と比較して、非血液疾患の患者の末梢血試料において特異的に発現している遺伝子の同定方法であって、
非血液疾患の患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを提供する工程；
基準のヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の基準の発現プロフィールを提供する工程；
その発現プロフィールを基準の発現プロフィールと比較し、その基準のヒトと関連する非血液疾患の患者において特異的に発現している遺伝子を同定する工程
を含む、方法。
【請求項１９】
その各々が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している遺伝子のＲＮＡ転写産物、またはその相補体とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成能を有する一つまたはそれ以上のポリヌクレオチド；または
その各々が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している遺伝子によってコード化されるポリペプチドとの結合能を有する一つまたはそれ以上の抗体；
を含む、キット。
【請求項２０】
各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現しているところの、基準のヒトの末梢血試料における、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールを格納するメモリー；
少なくとも一つの基準の発現プロフィールと、目的とする発現プロフィールを比較することができるプログラム；および
該プログラムを実行することができる処理装置；
を含むシステム。

【公表番号】特表２００６−５１４５５４（Ｐ２００６−５１４５５４Ａ）
【公表日】平成１８年５月１１日（２００６．５．１１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−５１０３９３（Ｐ２００５−５１０３９３）
【出願日】平成１５年１１月２１日（２００３．１１．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３７４８１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０４８９３３
【国際公開日】平成１６年６月１０日（２００４．６．１０）
【出願人】（５９１０１１５０２）ワイス (573)
【氏名又は名称原語表記】Ｗｙｅｔｈ
【Ｆターム（参考）】