遺伝子疾患の検出方法
本発明は、遺伝子疾患の検出に有用な方法を提供する。方法は、関心対象座の対立遺伝子の配列を決定する段階、および関心対象座における対立遺伝子比率を定量する段階を含む。この比率は、染色体異常の有無を示す。また、本発明は胎児の染色体異常を検出するための非侵襲的方法を提供する。本発明は、胎児ＤＮＡの配列を決定するための非侵襲的方法として特に有用である。本発明は、試料から遊離のＤＮＡを単離する方法をさらに提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
０．０００１〜０．０３％、０．０３〜０．０５％、０．０５〜０．０８％、０．０８〜０．１％、０．１〜０．３％、０．３〜０．５％、０．５〜０．７％、０．７〜０．９％、０．９〜１．２％、１．２〜１．５％、１．５〜２％、および２〜３％からなる群より選択される濃度のホルマリンが添加された核酸含有試料から、遊離の核酸を単離する段階を含む、分析目的で試料を調製するための方法。
【請求項２】
試料を、ヒト、非ヒト、哺乳類、爬虫類、畜牛、ネコ、イヌ、ヤギ、イノシシ、ブタ、サル、類人猿、ゴリラ、雄牛、雌牛、クマ、ウマ、ヒツジ、家禽、マウス、ラット、魚類、イルカ、クジラ、およびサメからなる群より選択される供給源から得る、請求項１記載の方法。
【請求項３】
試料をヒト供給源から得る、請求項２記載の方法。
【請求項４】
試料を、細胞、胎児細胞、組織、血液、血清、血漿、唾液、尿、涙、膣分泌物、臍帯血、絨毛膜、羊水、胚組織、リンパ液、脳脊髄液、粘膜分泌物、腹腔液、腹水、糞便、または身体浸出物からなる群より選択される供給源から得る、請求項１記載の方法。
【請求項５】
試料が血液である、請求項４記載の方法。
【請求項６】
血液が妊娠女性に由来する、請求項５記載の方法。
【請求項７】
血液を、胎児が０〜４週、４〜８週、８〜１２週、１２〜１６週、１６〜２０週、２０〜２４週、２４〜２８週、２８〜３２週、３２〜３６週、３６〜４０週、４０〜４４週、４４〜４８週、４８〜５２週、および５２週超からなる群より選択される胎齢にあるヒト妊娠女性から得る、請求項６記載の方法。
【請求項８】
試料を、血液由来の血漿から得る、請求項７記載の方法。
【請求項９】
試料中のホルマリン濃度が０．１％である、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
核酸の単離が、遠心分離の段階を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
遠心分離の段階を、制動力をゼロに設定した遠心分離器で行う、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
遠心分離の段階を、０〜５０ｒｐｍ、５０〜１００ｒｐｍ、１００〜２００ｒｐｍ、２００〜３００ｒｐｍ、３００〜４００ｒｐｍ、４００〜５００ｒｐｍ、５００〜６００ｒｐｍ、６００〜７００ｒｐｍ、７００〜８００ｒｐｍ、８００〜９００ｒｐｍ、９００〜１０００ｒｐｍ、１０００〜２０００ｒｐｍ、２０００〜３０００ｒｐｍ、３０００〜４０００ｒｐｍ、４０００〜５０００ｒｐｍ、５０００〜６０００ｒｐｍ、６０００〜７０００ｒｐｍ、７０００〜８０００ｒｐｍ、および８０００ｒｐｍ超からなる群より選択される速度で行う、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから、試料における対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）増幅された遺伝子座とＧｅｎｅＣＨＩＰアレイのハイブリダイゼーション；
（３）ＧｅｎｅＣＨＩＰアレイの洗浄；
（４）検出用試薬によるＧｅｎｅＣＨＩＰアレイの染色；および
（５）ＧｅｎｅＣＨＩＰアレイのスキャニング。
【請求項１４】
（ａ）（１）の増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
染色法が、ストレプトアビジン・フィコエリトリンおよびビオチン化抗ストレプトアビジンを含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１７】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）アンプリコンの断片化；
（３）断片化されたアンプリコンとＣｏｄｅＬｉｎｋアレイのハイブリダイゼーション；
（４）ヌクレオチドを取り込ませるための伸長反応；ならびに
（５）取り込まれたヌクレオチドの検出。
【請求項１８】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
アンプリコンの断片化が、エキソヌクレアーゼ消化によるものである、請求項１７記載の方法。
【請求項２１】
取り込まれたヌクレオチドが、ジデオキシヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドである、請求項１７記載の方法。
【請求項２２】
取り込まれたヌクレオチドを、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、および検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識する、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
標識ヌクレオチドを蛍光分子で標識する、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、ビーズアレイ技術の使用を含む段階。
【請求項２５】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）（ａ）において使用されなかった試薬の脱リン酸化；
（３）（ｂ）の産物のインビトロ転写反応；
（４）（ｃ）の産物のＲＮａｓｅ Ａ消化；
（５）（ｄ）の産物とＣｌｅａｎＲｅｓｉｎの混合；
（６）（ｅ）の産物の、ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰへのトランスファー；ならびに
（７）ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰの分析。
【請求項２６】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
脱リン酸化反応に、シュリンプアルカリホスファターゼを使用する、請求項２５記載の方法。
【請求項２９】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）（ａ）において使用されなかった試薬の脱リン酸化；
（３）プライマーと対象遺伝子座のハイブリダイゼーション；
（４）ヌクレオチドの取り込み；
（５）（ｄ）の産物とＣｌｅａｎＲｅｓｉｎの混合；
（６）（ｅ）の産物のＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰへのトランスファー；ならびに
（７）ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰの分析。
【請求項３０】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
脱リン酸化反応にシュリンプアルカリホスファターゼを使用する、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
プライマーのハイブリダイゼーションが、対象遺伝子座に隣接したものである、請求項２９記載の方法。
【請求項３４】
取り込まれたヌクレオチドが、ジデオキシヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドである、請求項２９記載の方法。
【請求項３５】
取り込まれたヌクレオチドが、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、ならびに検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識される、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
標識ヌクレオチドが蛍光分子で標識される、請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）（１）の産物のエキソヌクレアーゼ処理；
（３）（２）の１本鎖ＤＮＡの、オリゴヌクレオチドへのアニール；
（４）（３）でアニールした鋳型およびプライマーを用いての、ヌクレオチドの取り込み；
（５）取り込まれたヌクレオチドの検出。
【請求項３８】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
プライマーが、対象遺伝子座に隣接したハイブリッドを形成する、請求項３７記載の方法。
【請求項４１】
取り込まれたヌクレオチドが、ジデオキシヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドである、請求項３７記載の方法。
【請求項４２】
取り込み反応が、２種類の終結ヌクレオチド、および２種類の非終結ヌクレオチドを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項４３】
取り込まれたヌクレオチドが、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、ならびに検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識される、請求項４１記載の方法。
【請求項４４】
終結ヌクレオチドが、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、ならびに検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識される、請求項４２記載の方法。
【請求項４５】
標識ヌクレオチドが蛍光分子で標識される、請求項４３記載の方法。
【請求項４６】
終結ヌクレオチドが蛍光分子で標識される、請求項４４記載の方法。
【請求項４７】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）増幅反応が、フォワードプライマー、リバースプライマー、およびアンプリコンの領域内にある対象遺伝子座とアニールするプローブを含む増幅反応であり、さらに、プローブが、プローブの一方の末端にレポーター色素を、プローブのもう一方の末端にクエンチング色素を含むプローブである、対象遺伝子座の増幅；ならびに
（２）そのＰＣＲ産物の量を元に特定の遺伝子配列の有無を判定する、ＰＣＲ産物の検出。
【請求項４８】
増幅がＰＣＲによるものである、請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
プローブが、レポーター色素を５’末端に、クエンチング色素を３’末端に含む、請求項４７記載の方法。
【請求項５０】
ＰＣＲ産物を、ＡＢＩ ７７００配列検出システムを用いて検出する、請求項４７記載の方法。
【請求項５１】
細胞溶解阻害剤が試料に添加されている、請求項１３、１７、２４、２５、２９、３７、および４７のいずれか一項記載の方法。
【請求項５２】
細胞溶解阻害剤が、０．０００１〜０．０３％、０．０３〜０．０５％、０．０５〜０．０８％、０．０８〜０．１％、０．１〜０．３％、０．３〜０．５％、０．５〜０．７％、０．７〜０．９％、０．９〜１．２％、１．２〜１．５％、１．５〜２％、および２〜３％からなる群より選択されるパーセンテージのホルマリンである、請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
試料中のホルマリン濃度が０．１％である、請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
組成物中の全遊離ＤＮＡにおける遊離の胎児ＤＮＡのパーセンテージが、約１５〜１６％の胎児ＤＮＡ、約１６〜１７％の胎児ＤＮＡ、約１７〜１８％の胎児ＤＮＡ、約１８〜１９％の胎児ＤＮＡ、約１９〜２０％の胎児ＤＮＡ、約２０〜２１％の胎児ＤＮＡ、約２１〜２２％の胎児ＤＮＡ、約２２〜２３％の胎児ＤＮＡ、約２３〜２４％の胎児ＤＮＡ、約２４〜２５％の胎児ＤＮＡ、約２５〜３５％の胎児ＤＮＡ、約３５〜４５％の胎児ＤＮＡ、約４５〜５５％の胎児ＤＮＡ、約５５〜６５％の胎児ＤＮＡ、約６５〜７５％の胎児ＤＮＡ、約７５〜８５％の胎児ＤＮＡ、約８５〜９０％の胎児ＤＮＡ、約９０〜９１％の胎児ＤＮＡ、約９１〜９２％の胎児ＤＮＡ、約９２〜９３％の胎児ＤＮＡ、約９３〜９４％の胎児ＤＮＡ、約９４〜９５％の胎児ＤＮＡ、約９５〜９６％の胎児ＤＮＡ、約９６〜９７％の胎児ＤＮＡ、約９７〜９８％の胎児ＤＮＡ、約９８〜９９％の胎児ＤＮＡ、および約９９〜９９．７％の胎児ＤＮＡからなる群より選択される、胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む組成物。
【請求項５５】
組成物中の全遊離ＤＮＡにおける遊離の胎児ＤＮＡのパーセンテージが、約１５〜１６％の胎児ＤＮＡ、約１６〜１７％の胎児ＤＮＡ、約１７〜１８％の胎児ＤＮＡ、約１８〜１９％の胎児ＤＮＡ、約１９〜２０％の胎児ＤＮＡ、約２０〜２１％の胎児ＤＮＡ、約２１〜２２％の胎児ＤＮＡ、約２２〜２３％の胎児ＤＮＡ、約２３〜２４％の胎児ＤＮＡ、約２４〜２５％の胎児ＤＮＡ、約２５〜３５％の胎児ＤＮＡ、約３５〜４５％の胎児ＤＮＡ、約４５〜５５％の胎児ＤＮＡ、約５５〜６５％の胎児ＤＮＡ、約６５〜７５％の胎児ＤＮＡ、約７５〜８５％の胎児ＤＮＡ、約８５〜９０％の胎児ＤＮＡ、約９０〜９１％の胎児ＤＮＡ、約９１〜９２％の胎児ＤＮＡ、約９２〜９３％の胎児ＤＮＡ、約９３〜９４％の胎児ＤＮＡ、および約９４〜９５％の胎児ＤＮＡからなる群より選択される、胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む組成物。
【請求項５６】
組成物中の全遊離ＤＮＡにおける遊離の胎児ＤＮＡのパーセンテージが、約１５〜１６％の胎児ＤＮＡ、約１６〜１７％の胎児ＤＮＡ、約１７〜１８％の胎児ＤＮＡ、約１８〜１９％の胎児ＤＮＡ、約１９〜２０％の胎児ＤＮＡ、約２０〜２１％の胎児ＤＮＡ、約２１〜２２％の胎児ＤＮＡ、約２２〜２３％の胎児ＤＮＡ、約２３〜２４％の胎児ＤＮＡ、約２４〜２５％の胎児ＤＮＡ、約２５〜３５％の胎児ＤＮＡ、約３５〜４５％の胎児ＤＮＡ、約４５〜５５％の胎児ＤＮＡ、約５５〜６５％の胎児ＤＮＡ、約６５〜７５％の胎児ＤＮＡ、約７５〜８５％の胎児ＤＮＡ、約８５〜９０％の胎児ＤＮＡ、約９０〜９１％の胎児ＤＮＡ、約９１〜９２％の胎児ＤＮＡ、約９２〜９３％の胎児ＤＮＡ、約９３〜９４％の胎児ＤＮＡ、および約９４〜９５％の胎児ＤＮＡからなる群より選択される、胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む組成物を分析する段階を含む、出生前診断法。
【請求項１】
０．０００１〜０．０３％、０．０３〜０．０５％、０．０５〜０．０８％、０．０８〜０．１％、０．１〜０．３％、０．３〜０．５％、０．５〜０．７％、０．７〜０．９％、０．９〜１．２％、１．２〜１．５％、１．５〜２％、および２〜３％からなる群より選択される濃度のホルマリンが添加された核酸含有試料から、遊離の核酸を単離する段階を含む、分析目的で試料を調製するための方法。
【請求項２】
試料を、ヒト、非ヒト、哺乳類、爬虫類、畜牛、ネコ、イヌ、ヤギ、イノシシ、ブタ、サル、類人猿、ゴリラ、雄牛、雌牛、クマ、ウマ、ヒツジ、家禽、マウス、ラット、魚類、イルカ、クジラ、およびサメからなる群より選択される供給源から得る、請求項１記載の方法。
【請求項３】
試料をヒト供給源から得る、請求項２記載の方法。
【請求項４】
試料を、細胞、胎児細胞、組織、血液、血清、血漿、唾液、尿、涙、膣分泌物、臍帯血、絨毛膜、羊水、胚組織、リンパ液、脳脊髄液、粘膜分泌物、腹腔液、腹水、糞便、または身体浸出物からなる群より選択される供給源から得る、請求項１記載の方法。
【請求項５】
試料が血液である、請求項４記載の方法。
【請求項６】
血液が妊娠女性に由来する、請求項５記載の方法。
【請求項７】
血液を、胎児が０〜４週、４〜８週、８〜１２週、１２〜１６週、１６〜２０週、２０〜２４週、２４〜２８週、２８〜３２週、３２〜３６週、３６〜４０週、４０〜４４週、４４〜４８週、４８〜５２週、および５２週超からなる群より選択される胎齢にあるヒト妊娠女性から得る、請求項６記載の方法。
【請求項８】
試料を、血液由来の血漿から得る、請求項７記載の方法。
【請求項９】
試料中のホルマリン濃度が０．１％である、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
核酸の単離が、遠心分離の段階を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
遠心分離の段階を、制動力をゼロに設定した遠心分離器で行う、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
遠心分離の段階を、０〜５０ｒｐｍ、５０〜１００ｒｐｍ、１００〜２００ｒｐｍ、２００〜３００ｒｐｍ、３００〜４００ｒｐｍ、４００〜５００ｒｐｍ、５００〜６００ｒｐｍ、６００〜７００ｒｐｍ、７００〜８００ｒｐｍ、８００〜９００ｒｐｍ、９００〜１０００ｒｐｍ、１０００〜２０００ｒｐｍ、２０００〜３０００ｒｐｍ、３０００〜４０００ｒｐｍ、４０００〜５０００ｒｐｍ、５０００〜６０００ｒｐｍ、６０００〜７０００ｒｐｍ、７０００〜８０００ｒｐｍ、および８０００ｒｐｍ超からなる群より選択される速度で行う、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから、試料における対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）増幅された遺伝子座とＧｅｎｅＣＨＩＰアレイのハイブリダイゼーション；
（３）ＧｅｎｅＣＨＩＰアレイの洗浄；
（４）検出用試薬によるＧｅｎｅＣＨＩＰアレイの染色；および
（５）ＧｅｎｅＣＨＩＰアレイのスキャニング。
【請求項１４】
（ａ）（１）の増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
染色法が、ストレプトアビジン・フィコエリトリンおよびビオチン化抗ストレプトアビジンを含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１７】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）アンプリコンの断片化；
（３）断片化されたアンプリコンとＣｏｄｅＬｉｎｋアレイのハイブリダイゼーション；
（４）ヌクレオチドを取り込ませるための伸長反応；ならびに
（５）取り込まれたヌクレオチドの検出。
【請求項１８】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
アンプリコンの断片化が、エキソヌクレアーゼ消化によるものである、請求項１７記載の方法。
【請求項２１】
取り込まれたヌクレオチドが、ジデオキシヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドである、請求項１７記載の方法。
【請求項２２】
取り込まれたヌクレオチドを、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、および検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識する、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
標識ヌクレオチドを蛍光分子で標識する、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、ビーズアレイ技術の使用を含む段階。
【請求項２５】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）（ａ）において使用されなかった試薬の脱リン酸化；
（３）（ｂ）の産物のインビトロ転写反応；
（４）（ｃ）の産物のＲＮａｓｅ Ａ消化；
（５）（ｄ）の産物とＣｌｅａｎＲｅｓｉｎの混合；
（６）（ｅ）の産物の、ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰへのトランスファー；ならびに
（７）ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰの分析。
【請求項２６】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
脱リン酸化反応に、シュリンプアルカリホスファターゼを使用する、請求項２５記載の方法。
【請求項２９】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）（ａ）において使用されなかった試薬の脱リン酸化；
（３）プライマーと対象遺伝子座のハイブリダイゼーション；
（４）ヌクレオチドの取り込み；
（５）（ｄ）の産物とＣｌｅａｎＲｅｓｉｎの混合；
（６）（ｅ）の産物のＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰへのトランスファー；ならびに
（７）ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰの分析。
【請求項３０】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
脱リン酸化反応にシュリンプアルカリホスファターゼを使用する、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
プライマーのハイブリダイゼーションが、対象遺伝子座に隣接したものである、請求項２９記載の方法。
【請求項３４】
取り込まれたヌクレオチドが、ジデオキシヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドである、請求項２９記載の方法。
【請求項３５】
取り込まれたヌクレオチドが、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、ならびに検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識される、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
標識ヌクレオチドが蛍光分子で標識される、請求項３５記載の方法。
【請求項３７】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）対象遺伝子座の増幅；
（２）（１）の産物のエキソヌクレアーゼ処理；
（３）（２）の１本鎖ＤＮＡの、オリゴヌクレオチドへのアニール；
（４）（３）でアニールした鋳型およびプライマーを用いての、ヌクレオチドの取り込み；
（５）取り込まれたヌクレオチドの検出。
【請求項３８】
増幅法が、ポリメラーゼ連鎖反応、自律的配列反応、リガーゼ連鎖反応、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅、ポリメラーゼ連鎖反応およびリガーゼ連鎖反応、Ｑ−ベータファージによる増幅、鎖置換増幅、ならびにスプライス・オーバーラップ伸長ポリメラーゼ連鎖反応からなる群より選択される、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
増幅法がＰＣＲによるものである、請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
プライマーが、対象遺伝子座に隣接したハイブリッドを形成する、請求項３７記載の方法。
【請求項４１】
取り込まれたヌクレオチドが、ジデオキシヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドである、請求項３７記載の方法。
【請求項４２】
取り込み反応が、２種類の終結ヌクレオチド、および２種類の非終結ヌクレオチドを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項４３】
取り込まれたヌクレオチドが、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、ならびに検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識される、請求項４１記載の方法。
【請求項４４】
終結ヌクレオチドが、放射性分子、蛍光分子、抗体、抗体断片、ハプテン、炭水化物、ビオチン、ビオチン誘導体、リン光部分、発光部分、電気化学発光部分、色部分、ならびに検出可能な電子スピン共鳴、静電容量、比誘電率、または電気伝導度を有する部分からなる群より選択される分子によって標識される、請求項４２記載の方法。
【請求項４５】
標識ヌクレオチドが蛍光分子で標識される、請求項４３記載の方法。
【請求項４６】
終結ヌクレオチドが蛍光分子で標識される、請求項４４記載の方法。
【請求項４７】
以下の段階を含む、試料における染色体異常を検出するための方法：
（ａ）鋳型ＤＮＡから対象遺伝子座の対立遺伝子の配列を決定する、以下を含む段階：
（１）増幅反応が、フォワードプライマー、リバースプライマー、およびアンプリコンの領域内にある対象遺伝子座とアニールするプローブを含む増幅反応であり、さらに、プローブが、プローブの一方の末端にレポーター色素を、プローブのもう一方の末端にクエンチング色素を含むプローブである、対象遺伝子座の増幅；ならびに
（２）そのＰＣＲ産物の量を元に特定の遺伝子配列の有無を判定する、ＰＣＲ産物の検出。
【請求項４８】
増幅がＰＣＲによるものである、請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
プローブが、レポーター色素を５’末端に、クエンチング色素を３’末端に含む、請求項４７記載の方法。
【請求項５０】
ＰＣＲ産物を、ＡＢＩ ７７００配列検出システムを用いて検出する、請求項４７記載の方法。
【請求項５１】
細胞溶解阻害剤が試料に添加されている、請求項１３、１７、２４、２５、２９、３７、および４７のいずれか一項記載の方法。
【請求項５２】
細胞溶解阻害剤が、０．０００１〜０．０３％、０．０３〜０．０５％、０．０５〜０．０８％、０．０８〜０．１％、０．１〜０．３％、０．３〜０．５％、０．５〜０．７％、０．７〜０．９％、０．９〜１．２％、１．２〜１．５％、１．５〜２％、および２〜３％からなる群より選択されるパーセンテージのホルマリンである、請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
試料中のホルマリン濃度が０．１％である、請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
組成物中の全遊離ＤＮＡにおける遊離の胎児ＤＮＡのパーセンテージが、約１５〜１６％の胎児ＤＮＡ、約１６〜１７％の胎児ＤＮＡ、約１７〜１８％の胎児ＤＮＡ、約１８〜１９％の胎児ＤＮＡ、約１９〜２０％の胎児ＤＮＡ、約２０〜２１％の胎児ＤＮＡ、約２１〜２２％の胎児ＤＮＡ、約２２〜２３％の胎児ＤＮＡ、約２３〜２４％の胎児ＤＮＡ、約２４〜２５％の胎児ＤＮＡ、約２５〜３５％の胎児ＤＮＡ、約３５〜４５％の胎児ＤＮＡ、約４５〜５５％の胎児ＤＮＡ、約５５〜６５％の胎児ＤＮＡ、約６５〜７５％の胎児ＤＮＡ、約７５〜８５％の胎児ＤＮＡ、約８５〜９０％の胎児ＤＮＡ、約９０〜９１％の胎児ＤＮＡ、約９１〜９２％の胎児ＤＮＡ、約９２〜９３％の胎児ＤＮＡ、約９３〜９４％の胎児ＤＮＡ、約９４〜９５％の胎児ＤＮＡ、約９５〜９６％の胎児ＤＮＡ、約９６〜９７％の胎児ＤＮＡ、約９７〜９８％の胎児ＤＮＡ、約９８〜９９％の胎児ＤＮＡ、および約９９〜９９．７％の胎児ＤＮＡからなる群より選択される、胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む組成物。
【請求項５５】
組成物中の全遊離ＤＮＡにおける遊離の胎児ＤＮＡのパーセンテージが、約１５〜１６％の胎児ＤＮＡ、約１６〜１７％の胎児ＤＮＡ、約１７〜１８％の胎児ＤＮＡ、約１８〜１９％の胎児ＤＮＡ、約１９〜２０％の胎児ＤＮＡ、約２０〜２１％の胎児ＤＮＡ、約２１〜２２％の胎児ＤＮＡ、約２２〜２３％の胎児ＤＮＡ、約２３〜２４％の胎児ＤＮＡ、約２４〜２５％の胎児ＤＮＡ、約２５〜３５％の胎児ＤＮＡ、約３５〜４５％の胎児ＤＮＡ、約４５〜５５％の胎児ＤＮＡ、約５５〜６５％の胎児ＤＮＡ、約６５〜７５％の胎児ＤＮＡ、約７５〜８５％の胎児ＤＮＡ、約８５〜９０％の胎児ＤＮＡ、約９０〜９１％の胎児ＤＮＡ、約９１〜９２％の胎児ＤＮＡ、約９２〜９３％の胎児ＤＮＡ、約９３〜９４％の胎児ＤＮＡ、および約９４〜９５％の胎児ＤＮＡからなる群より選択される、胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む組成物。
【請求項５６】
組成物中の全遊離ＤＮＡにおける遊離の胎児ＤＮＡのパーセンテージが、約１５〜１６％の胎児ＤＮＡ、約１６〜１７％の胎児ＤＮＡ、約１７〜１８％の胎児ＤＮＡ、約１８〜１９％の胎児ＤＮＡ、約１９〜２０％の胎児ＤＮＡ、約２０〜２１％の胎児ＤＮＡ、約２１〜２２％の胎児ＤＮＡ、約２２〜２３％の胎児ＤＮＡ、約２３〜２４％の胎児ＤＮＡ、約２４〜２５％の胎児ＤＮＡ、約２５〜３５％の胎児ＤＮＡ、約３５〜４５％の胎児ＤＮＡ、約４５〜５５％の胎児ＤＮＡ、約５５〜６５％の胎児ＤＮＡ、約６５〜７５％の胎児ＤＮＡ、約７５〜８５％の胎児ＤＮＡ、約８５〜９０％の胎児ＤＮＡ、約９０〜９１％の胎児ＤＮＡ、約９１〜９２％の胎児ＤＮＡ、約９２〜９３％の胎児ＤＮＡ、約９３〜９４％の胎児ＤＮＡ、および約９４〜９５％の胎児ＤＮＡからなる群より選択される、胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む組成物を分析する段階を含む、出生前診断法。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図１Ｆ】
【図１Ｇ】
【図１Ｈ】
【図１Ｉ】
【図２】
【図３】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図７Ｅ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図８Ｄ】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｅ】
【図１Ｆ】
【図１Ｇ】
【図１Ｈ】
【図１Ｉ】
【図２】
【図３】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図６Ｄ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図７Ｅ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図８Ｄ】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【公表番号】特表２００６−５２１０８６（Ｐ２００６−５２１０８６Ａ）
【公表日】平成１８年９月２１日（２００６．９．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５６９１８９（Ｐ２００４−５６９１８９）
【出願日】平成１５年８月２９日（２００３．８．２９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７３０８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０７９０１１
【国際公開日】平成１６年９月１６日（２００４．９．１６）
【出願人】（５０４３３０８５６）ラブジェン， インコーポレイテッド (3)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年９月２１日（２００６．９．２１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年８月２９日（２００３．８．２９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７３０８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０７９０１１
【国際公開日】平成１６年９月１６日（２００４．９．１６）
【出願人】（５０４３３０８５６）ラブジェン， インコーポレイテッド (3)
【Ｆターム（参考）】
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