ＥＳ細胞の識別マーカー
【課題】
ある細胞、胚性幹細胞が存在するかどうか、および未分化細胞が多能性または未分化性を有するかどうかのマーカーとして使用することができる遺伝子を入手すること。
【解決手段】
本発明は、Ｐｓｂｐ遺伝子という多能性を有する場合であれば未分化状態に従来より正確に発現するタンパク質を発見し本発明を完成するに至った。したがって、本発明は、胚性幹細胞と、胚性癌腫細胞とを識別することができるマーカーを生産する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；およびＣ）Ｂ）工程で選択された細胞から、該Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程、を包含する、方法を提供する。
ある細胞、胚性幹細胞が存在するかどうか、および未分化細胞が多能性または未分化性を有するかどうかのマーカーとして使用することができる遺伝子を入手すること。
【解決手段】
本発明は、Ｐｓｂｐ遺伝子という多能性を有する場合であれば未分化状態に従来より正確に発現するタンパク質を発見し本発明を完成するに至った。したがって、本発明は、胚性幹細胞と、胚性癌腫細胞とを識別することができるマーカーを生産する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；およびＣ）Ｂ）工程で選択された細胞から、該Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程、を包含する、方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
胚性幹細胞と、胚性癌腫細胞とを識別することができるマーカーを生産する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；および
Ｃ）Ｂ）工程で選択された細胞から、該Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記複合体からＳｏｘエレメントに特異的に結合する成分を取り出す工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記取り出す工程は、Ｏｃｔａｍｅｒ／Ｓｏｘ結合配列を有するＤＮＡとキャリアとの複合体と、前記細胞に由来する成分とを接触させることを包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記キャリアは、ラテックスまたはフェライトビーズを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞は、幹細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞は、胚性幹細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞は、Ｒ１胚性幹細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記複合体がＮａｎｏｇのＳｏｘエレメントに結合するかどうかを判定する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｓｏｘエレメントは、核酸配列としてＴＡＣＡＡＴＧを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子は核酸配列としてＴＡＣＡＡＴＧを含む核酸分子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記Ｏｃｔ４に特異的な因子は、抗Ｏｃｔ４抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子は、抗Ｓｏｘ２抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複合体から、Ｓｏｘ２でもＯｃｔ４でもない分子を分離する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＳｏｘでもＯｃｔ４でもない分子の分離は、電気泳動、免疫学的手段、クロマトグラフィー、ＤＮＡタンパク質アフィニティー解析、マススペクトトメトリー解析からなる群より選択される１以上の手段を用いて行われる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞に由来成分の提供は、核抽出物を提供することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得ることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記因子は、放射標識される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分を選択する工程は、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分と比較することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分は、胚性癌腫細胞に由来する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記胚性癌腫細胞は、Ｆ９細胞である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１に記載の方法によって調製される、タンパク質複合体。
【請求項２２】
請求項４に記載の方法によって調製される、タンパク質。
【請求項２３】
請求項２２に記載のタンパク質のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項２４】
請求項１３に記載の方法によって調製される、タンパク質。
【請求項２５】
請求項２４に記載のタンパク質をコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項２６】
胚性幹細胞と、胚性癌腫細胞とを識別することができるマーカー。
【請求項２７】
前記マーカーは、Ｏｃｔ４エレメントには結合しない、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項２８】
前記マーカーは、Ｓｏｘエレメントに結合する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項２９】
前記マーカーは：
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；および
Ｃ）Ｂ）工程で選択された細胞から、Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程、
を包含する、方法によって調製される、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３０】
前記マーカーは：
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；
Ｃ）Ｂ）工程で選択された細胞から、Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程；および
Ｄ）該複合体からＳｏｘエレメントに特異的に結合する成分を取り出す工程、
を包含する、方法によって調製される、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３１】
Ｎａｎｏｇ／Ｓｔｍ１の転写を促進する活性を有する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３２】
前記転写の促進は、Ｏｃｔ４との相互作用に起因する、請求項３１に記載のマーカー。
【請求項３３】
多分化能の有無を判定すること能力を有する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３４】
前記多分化能は、前記胚性幹細胞にあるが、前記胚性癌腫細胞にはない能力を包含する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３５】
Ｏｃｔ４との相互作用は、Ｓｏｘ２よりも強いことを特徴とする、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３６】
タンパク質である、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３７】
タンパク質複合体である、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３８】
識別可能な標識で標識される、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３９】
請求項２６に記載のマーカーに対して特異的な因子。
【請求項４０】
前記因子は、抗体である、請求項３９に記載の因子。
【請求項４１】
請求項２６に記載の因子がタンパク質であり、該タンパク質をコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項４２】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、核酸カセット。
【請求項４３】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項４４】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、細胞。
【請求項４５】
請求項４１に記載の核酸分子で形質転換される、細胞。
【請求項４６】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、組織。
【請求項４７】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、臓器。
【請求項４８】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、生物体。
【請求項４９】
請求項４１に記載の核酸分子がｍＲＮＡとして発現される、細胞。
【請求項５０】
請求項４１に記載の核酸分子にストリンジェント条件下でハイブリダイズし、かつ生物学的活性を有するポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体をコードする核酸分子。
【請求項５１】
前記生物学的活性は、Ｓｏｘエレメントとの相互作用、Ｏｃｔ４との相互作用およびＳｏｘ２との競合作用からなる群より選択される、請求項５０に記載の核酸分子。
【請求項５２】
少なくとも１０の連続するヌクレオチド長を有する、請求項４９に記載の核酸分子。
【請求項５３】
請求項５０に記載の核酸分子に対して特異的な因子。
【請求項５４】
前記因子は、核酸分子、ポリペプチド、脂質、糖鎖、有機低分子およびそれらの複合分子からなる群より選択される、請求項５３に記載の因子。
【請求項５５】
前記因子は、少なくとも８の連続するヌクレオチド長を有する核酸分子である、請求項５３に記載の因子。
【請求項５６】
前記因子は、核酸分子であり、プライマーとして使用される、請求項５３に記載の因子。
【請求項５７】
前記因子は、プローブとして使用される、請求項５３に記載の因子。
【請求項５８】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得る、請求項５３に記載の因子。
【請求項５９】
前記標識は、蛍光、リン光、化学発光、放射能、酵素基質反応および抗原抗体反応からなる群より選択される技法を利用する、請求項５８に記載の因子。
【請求項６０】
（ｉ）請求項２６に記載のマーカーがポリペプチドであり、該マーカーのアミノ酸配列または該アミノ酸配列において、１以上のアミノ酸が置換、付加および欠失からなる群より選択される少なくとも１つの変異を有し、かつ、生物学的活性を有する、ポリペプチド；または
（ｉｉ）（ｉ）の配列のスプライス変異体または対立遺伝子変異体、種相同体である、ポリペプチド；
を含む、ポリペプチド。
【請求項６１】
少なくとも３の連続するアミノ酸配列を有する、請求項６０に記載のポリペプチド。
【請求項６２】
請求項６０に記載のポリペプチドに対して特異的に結合する、因子。
【請求項６３】
前記因子は、核酸分子、ポリペプチド、脂質、糖鎖、有機低分子およびそれらの複合分子からなる群より選択される、請求項６２に記載の因子。
【請求項６４】
前記因子は、抗体またはその誘導体である、請求項６２に記載の因子。
【請求項６５】
前記因子は、プローブとして使用される、請求項６２に記載の因子。
【請求項６６】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得る、請求項６２に記載の因子。
【請求項６７】
前記標識は、蛍光、リン光、化学発光、放射能、酵素基質反応および抗原抗体反応からなる群より選択される技法を利用する、請求項６６に記載の因子。
【請求項６８】
細胞の未分化状態を判定するための組成物であって、該組成物は、
Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子を含む、組成物。
【請求項６９】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７０】
前記細胞は、幹細胞である、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７１】
前記細胞は、胚性癌腫細胞、胚性幹細胞、多能性幹細胞、単能性幹細胞、および組織幹細胞を含む、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７２】
前記細胞は、遺伝子改変されたものかまたは遺伝子改変されていないものである、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７３】
細胞の未分化状態を判定する方法であって、
（Ｉ）判定されるべき細胞を提供する工程；
（ＩＩ）Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子を、該細胞に接触させる工程；および
（ＩＩＩ）該因子と該Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物との特異的反応を検出することによって、該ＰＳＢＰ遺伝子が該細胞において発現しているかどうかを確認する工程、
を包含し、ここで、該細胞における該ＰＳＢＰ遺伝子の発現は、細胞が未分化状態にあることを示す、方法。
【請求項７４】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項７０に記載の組成物。
【請求項７５】
前記未分化状態は、全能性を含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
さらに、他の幹細胞マーカーが発現しているかどうかを確認する工程を包含する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７７】
前記他の幹細胞マーカーは、Ｏｃｔ４および／またはＮａｎｏｇ／Ｓｔｍ１を含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記Ｎａｎｏｇ／Ｓｔｍ１遺伝子は、配列番号１に示される配列を含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
未分化状態の細胞を調製する方法であって、
（Ｉ）未分化状態の細胞を含むかまたは含むと予測されるサンプルを提供する工程；
（ＩＩ）Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子を、該サンプルに接触させる工程；
（ＩＩＩ）該ＰＳＢＰ遺伝子が該サンプル中の細胞において発現しているかどうかを確認する工程；および
（ＩＶ）該ＰＳＢＰ遺伝子が発現している細胞を分離または濃縮する工程、
を包含する、方法。
【請求項８０】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記未分化状態は、全能性を含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
細胞の分化状態を判定するキットであって、
（ａ）Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子；および
（ｂ）該ＰＳＢＰ遺伝子が該細胞において発現しているかどうかを確認するための手段、
を備える、キット。
【請求項８３】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８４】
前記分化状態は、多能性を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８５】
前記分化状態は、全能性を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８６】
さらに、他の幹細胞マーカーが発現しているかどうかを確認する手段を備える、請求項８２に記載のキット。
【請求項８７】
前記他の幹細胞マーカーは、Ｏｃｔ４および／またはＳｔｍ１遺伝子を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８８】
試料中の胚性幹細胞の存在を検出する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供する工程であって、該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、胚性幹細胞であることの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項８９】
前記胚性幹細胞は、胚性癌腫細胞から識別される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記細胞は、Ｒ１胚性幹細胞である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
前記Ｏｃｔ４に特異的な因子は、抗Ｏｃｔ４抗体である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子は、抗Ｓｏｘ２抗体である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９３】
Ｓｏｘ２が発現しているかどうかを確認する工程であって、該Ｓｏｘ２が発現していないことは、前記試料中に胚性幹細胞が含まれていることをさらに確証付ける、工程をさらに包含する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９４】
前記細胞に由来成分の提供は、核抽出物を提供することを包含する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９５】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得ることを特徴とする、請求項８８に記載の方法。
【請求項９６】
前記因子は、放射標識される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９７】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分を選択する工程は、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分と比較することを包含する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９８】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分は、胚性癌腫細胞に由来する、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記胚性癌腫細胞は、Ｆ９細胞である、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
試料中の多分化能の状態を検出する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供する工程であって、該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、多分化能を有することの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項１０１】
Ｓｏｘ２の発現量を測定し、該Ｓｏｘ２の発現量と前記Ｓｏｘ２に特異的な因子でスーパーシフトしない量とを比較して、該Ｓｏｘ２に特異的な因子でスーパーシフトしない量の該Ｓｏｘ２に対する相対比が多いことは、前記試料に含まれる細胞の多分化能が高いことの指標である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記因子は、抗体を含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
試料中の胚性幹細胞の存在を検出するためのキットであって、
Ａ）細胞に由来する成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供する手段；
Ｂ）該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、胚性幹細胞であることの指標であることを示す、指示書、
を備える、キット。
【請求項１０４】
試料中の多分化能の状態を検出するためのキットであって、
Ａ）細胞に由来する成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供するための手段、
Ｂ）該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、多分化能を有することの指標であることを示す、指示書、
を備える、キット。
【請求項１】
胚性幹細胞と、胚性癌腫細胞とを識別することができるマーカーを生産する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；および
Ｃ）Ｂ）工程で選択された細胞から、該Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記複合体からＳｏｘエレメントに特異的に結合する成分を取り出す工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記取り出す工程は、Ｏｃｔａｍｅｒ／Ｓｏｘ結合配列を有するＤＮＡとキャリアとの複合体と、前記細胞に由来する成分とを接触させることを包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記キャリアは、ラテックスまたはフェライトビーズを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞は、幹細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞は、胚性幹細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞は、Ｒ１胚性幹細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記複合体がＮａｎｏｇのＳｏｘエレメントに結合するかどうかを判定する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｓｏｘエレメントは、核酸配列としてＴＡＣＡＡＴＧを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子は核酸配列としてＴＡＣＡＡＴＧを含む核酸分子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記Ｏｃｔ４に特異的な因子は、抗Ｏｃｔ４抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子は、抗Ｓｏｘ２抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複合体から、Ｓｏｘ２でもＯｃｔ４でもない分子を分離する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＳｏｘでもＯｃｔ４でもない分子の分離は、電気泳動、免疫学的手段、クロマトグラフィー、ＤＮＡタンパク質アフィニティー解析、マススペクトトメトリー解析からなる群より選択される１以上の手段を用いて行われる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞に由来成分の提供は、核抽出物を提供することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得ることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記因子は、放射標識される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分を選択する工程は、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分と比較することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分は、胚性癌腫細胞に由来する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記胚性癌腫細胞は、Ｆ９細胞である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１に記載の方法によって調製される、タンパク質複合体。
【請求項２２】
請求項４に記載の方法によって調製される、タンパク質。
【請求項２３】
請求項２２に記載のタンパク質のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項２４】
請求項１３に記載の方法によって調製される、タンパク質。
【請求項２５】
請求項２４に記載のタンパク質をコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項２６】
胚性幹細胞と、胚性癌腫細胞とを識別することができるマーカー。
【請求項２７】
前記マーカーは、Ｏｃｔ４エレメントには結合しない、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項２８】
前記マーカーは、Ｓｏｘエレメントに結合する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項２９】
前記マーカーは：
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；および
Ｃ）Ｂ）工程で選択された細胞から、Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程、
を包含する、方法によって調製される、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３０】
前記マーカーは：
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をゲルシフトアッセイに供し、Ｏｃｔ４に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトが見られるが、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分が由来する細胞を選択する工程；
Ｃ）Ｂ）工程で選択された細胞から、Ｏｃｔ４に特異的な因子に特異的な複合体を取り出す工程；および
Ｄ）該複合体からＳｏｘエレメントに特異的に結合する成分を取り出す工程、
を包含する、方法によって調製される、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３１】
Ｎａｎｏｇ／Ｓｔｍ１の転写を促進する活性を有する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３２】
前記転写の促進は、Ｏｃｔ４との相互作用に起因する、請求項３１に記載のマーカー。
【請求項３３】
多分化能の有無を判定すること能力を有する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３４】
前記多分化能は、前記胚性幹細胞にあるが、前記胚性癌腫細胞にはない能力を包含する、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３５】
Ｏｃｔ４との相互作用は、Ｓｏｘ２よりも強いことを特徴とする、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３６】
タンパク質である、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３７】
タンパク質複合体である、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３８】
識別可能な標識で標識される、請求項２６に記載のマーカー。
【請求項３９】
請求項２６に記載のマーカーに対して特異的な因子。
【請求項４０】
前記因子は、抗体である、請求項３９に記載の因子。
【請求項４１】
請求項２６に記載の因子がタンパク質であり、該タンパク質をコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項４２】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、核酸カセット。
【請求項４３】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項４４】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、細胞。
【請求項４５】
請求項４１に記載の核酸分子で形質転換される、細胞。
【請求項４６】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、組織。
【請求項４７】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、臓器。
【請求項４８】
請求項４１に記載の核酸分子を含む、生物体。
【請求項４９】
請求項４１に記載の核酸分子がｍＲＮＡとして発現される、細胞。
【請求項５０】
請求項４１に記載の核酸分子にストリンジェント条件下でハイブリダイズし、かつ生物学的活性を有するポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体をコードする核酸分子。
【請求項５１】
前記生物学的活性は、Ｓｏｘエレメントとの相互作用、Ｏｃｔ４との相互作用およびＳｏｘ２との競合作用からなる群より選択される、請求項５０に記載の核酸分子。
【請求項５２】
少なくとも１０の連続するヌクレオチド長を有する、請求項４９に記載の核酸分子。
【請求項５３】
請求項５０に記載の核酸分子に対して特異的な因子。
【請求項５４】
前記因子は、核酸分子、ポリペプチド、脂質、糖鎖、有機低分子およびそれらの複合分子からなる群より選択される、請求項５３に記載の因子。
【請求項５５】
前記因子は、少なくとも８の連続するヌクレオチド長を有する核酸分子である、請求項５３に記載の因子。
【請求項５６】
前記因子は、核酸分子であり、プライマーとして使用される、請求項５３に記載の因子。
【請求項５７】
前記因子は、プローブとして使用される、請求項５３に記載の因子。
【請求項５８】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得る、請求項５３に記載の因子。
【請求項５９】
前記標識は、蛍光、リン光、化学発光、放射能、酵素基質反応および抗原抗体反応からなる群より選択される技法を利用する、請求項５８に記載の因子。
【請求項６０】
（ｉ）請求項２６に記載のマーカーがポリペプチドであり、該マーカーのアミノ酸配列または該アミノ酸配列において、１以上のアミノ酸が置換、付加および欠失からなる群より選択される少なくとも１つの変異を有し、かつ、生物学的活性を有する、ポリペプチド；または
（ｉｉ）（ｉ）の配列のスプライス変異体または対立遺伝子変異体、種相同体である、ポリペプチド；
を含む、ポリペプチド。
【請求項６１】
少なくとも３の連続するアミノ酸配列を有する、請求項６０に記載のポリペプチド。
【請求項６２】
請求項６０に記載のポリペプチドに対して特異的に結合する、因子。
【請求項６３】
前記因子は、核酸分子、ポリペプチド、脂質、糖鎖、有機低分子およびそれらの複合分子からなる群より選択される、請求項６２に記載の因子。
【請求項６４】
前記因子は、抗体またはその誘導体である、請求項６２に記載の因子。
【請求項６５】
前記因子は、プローブとして使用される、請求項６２に記載の因子。
【請求項６６】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得る、請求項６２に記載の因子。
【請求項６７】
前記標識は、蛍光、リン光、化学発光、放射能、酵素基質反応および抗原抗体反応からなる群より選択される技法を利用する、請求項６６に記載の因子。
【請求項６８】
細胞の未分化状態を判定するための組成物であって、該組成物は、
Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子を含む、組成物。
【請求項６９】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７０】
前記細胞は、幹細胞である、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７１】
前記細胞は、胚性癌腫細胞、胚性幹細胞、多能性幹細胞、単能性幹細胞、および組織幹細胞を含む、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７２】
前記細胞は、遺伝子改変されたものかまたは遺伝子改変されていないものである、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７３】
細胞の未分化状態を判定する方法であって、
（Ｉ）判定されるべき細胞を提供する工程；
（ＩＩ）Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子を、該細胞に接触させる工程；および
（ＩＩＩ）該因子と該Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物との特異的反応を検出することによって、該ＰＳＢＰ遺伝子が該細胞において発現しているかどうかを確認する工程、
を包含し、ここで、該細胞における該ＰＳＢＰ遺伝子の発現は、細胞が未分化状態にあることを示す、方法。
【請求項７４】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項７０に記載の組成物。
【請求項７５】
前記未分化状態は、全能性を含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
さらに、他の幹細胞マーカーが発現しているかどうかを確認する工程を包含する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７７】
前記他の幹細胞マーカーは、Ｏｃｔ４および／またはＮａｎｏｇ／Ｓｔｍ１を含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記Ｎａｎｏｇ／Ｓｔｍ１遺伝子は、配列番号１に示される配列を含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
未分化状態の細胞を調製する方法であって、
（Ｉ）未分化状態の細胞を含むかまたは含むと予測されるサンプルを提供する工程；
（ＩＩ）Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子を、該サンプルに接触させる工程；
（ＩＩＩ）該ＰＳＢＰ遺伝子が該サンプル中の細胞において発現しているかどうかを確認する工程；および
（ＩＶ）該ＰＳＢＰ遺伝子が発現している細胞を分離または濃縮する工程、
を包含する、方法。
【請求項８０】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記未分化状態は、全能性を含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
細胞の分化状態を判定するキットであって、
（ａ）Ｐｓｂｐ遺伝子またはＰＳＢＰ遺伝子産物に特異的に反応する因子；および
（ｂ）該ＰＳＢＰ遺伝子が該細胞において発現しているかどうかを確認するための手段、
を備える、キット。
【請求項８３】
前記ＰＳＢＰ遺伝子は、請求項４１に記載される核酸分子を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８４】
前記分化状態は、多能性を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８５】
前記分化状態は、全能性を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８６】
さらに、他の幹細胞マーカーが発現しているかどうかを確認する手段を備える、請求項８２に記載のキット。
【請求項８７】
前記他の幹細胞マーカーは、Ｏｃｔ４および／またはＳｔｍ１遺伝子を含む、請求項８２に記載のキット。
【請求項８８】
試料中の胚性幹細胞の存在を検出する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供する工程であって、該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、胚性幹細胞であることの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項８９】
前記胚性幹細胞は、胚性癌腫細胞から識別される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記細胞は、Ｒ１胚性幹細胞である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
前記Ｏｃｔ４に特異的な因子は、抗Ｏｃｔ４抗体である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子は、抗Ｓｏｘ２抗体である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９３】
Ｓｏｘ２が発現しているかどうかを確認する工程であって、該Ｓｏｘ２が発現していないことは、前記試料中に胚性幹細胞が含まれていることをさらに確証付ける、工程をさらに包含する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９４】
前記細胞に由来成分の提供は、核抽出物を提供することを包含する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９５】
前記因子は、標識されているかまたは標識され得ることを特徴とする、請求項８８に記載の方法。
【請求項９６】
前記因子は、放射標識される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９７】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトしない成分を選択する工程は、Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分と比較することを包含する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９８】
前記Ｓｏｘ２に特異的な因子を用いた場合にスーパーシフトする成分は、胚性癌腫細胞に由来する、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記胚性癌腫細胞は、Ｆ９細胞である、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
試料中の多分化能の状態を検出する方法であって、
Ａ）細胞に由来する成分を提供する工程；
Ｂ）該成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供する工程であって、該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、多分化能を有することの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項１０１】
Ｓｏｘ２の発現量を測定し、該Ｓｏｘ２の発現量と前記Ｓｏｘ２に特異的な因子でスーパーシフトしない量とを比較して、該Ｓｏｘ２に特異的な因子でスーパーシフトしない量の該Ｓｏｘ２に対する相対比が多いことは、前記試料に含まれる細胞の多分化能が高いことの指標である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記因子は、抗体を含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
試料中の胚性幹細胞の存在を検出するためのキットであって、
Ａ）細胞に由来する成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供する手段；
Ｂ）該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、胚性幹細胞であることの指標であることを示す、指示書、
を備える、キット。
【請求項１０４】
試料中の多分化能の状態を検出するためのキットであって、
Ａ）細胞に由来する成分をＯｃｔ４に特異的な因子およびＳｏｘ２に特異的な因子を用いてゲルシフトアッセイに供するための手段、
Ｂ）該Ｏｃｔ４に特異的な因子ではスーパーシフトが見られるが、該Ｓｏｘ２に特異的な因子ではスーパーシフトしないことは、多分化能を有することの指標であることを示す、指示書、
を備える、キット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【公開番号】特開２００６−４２６６３（Ｐ２００６−４２６６３Ａ）
【公開日】平成１８年２月１６日（２００６．２．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−２２７１５４（Ｐ２００４−２２７１５４）
【出願日】平成１６年８月３日（２００４．８．３）
【出願人】（５０３３４１６７５）株式会社リプロセル (13)
【出願人】（５０４１３２２７２）国立大学法人京都大学 (1,269)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１８年２月１６日（２００６．２．１６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年８月３日（２００４．８．３）
【出願人】（５０３３４１６７５）株式会社リプロセル (13)
【出願人】（５０４１３２２７２）国立大学法人京都大学 (1,269)
【Ｆターム（参考）】
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