本発明は、試料の衝突エネルギーを調節する質量分析計に関する。質量スペクトル解析の間にイオンの断片化を制御するためのシステム、方法、またはコンピュータ使用可能な媒体が開示される。質量分析計内において開始衝突エネルギーが提供され、試料から生成された複数の前駆体イオンの少なくとも一つを断片化させて、複数の娘断片イオンを生産する。質量分析計内の、断片化していない前駆体イオンに関連するイオン電流および娘イオン断片に関連するイオン電流が測定される。そして、娘イオン断片の電流に対する、断片化していない前駆体イオンに関連するイオン電流の比率が測定される。質量分析計内で提供される衝突エネルギーが調節されて、比率が所定の範囲の値へと動かされる。
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質量分析計を使用した複合化合物の自動分析に有用な改良型システム、装置、方法、およびプログラミング。本発明によるシステム、装置、方法、およびプログラミングは、質量分析計を使用して実施される分析操作における質量分析計（１４、２１４）の制御装置（５４）による自動決定のために提供されるものであり、特に、分析操作は、スペクトロメータのユーザ、および物質を分析するための好適な工程または工程段階に関するデータベース（６６）または他のライブラリ情報により提供される化合物および／または物質の識別に基づく化合物内に含まれる、基本となる１つ以上の物質の分析のために適合される。
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１つ以上のイオン源を１つ以上の下流側デバイスへインターフェースするために質量分析において使用される多重デバイスインターフェース。該多重デバイスインターフェースは、多重極ロッドセットに印加される電位に依存して、入力ロッドセットまたは出力ロッドセットのどちらかとして構成される３つ以上の多重極ロッドセットを含む。入力ロッドセットとして構成される多重極ロッドセットは、１つ以上のイオン源に連結されることにより、該イオン源から生成されたイオンを受け入れて該イオンを出力多重極ロッドセットとして構成された少なくとも１つの多重極ロッドセットへ伝達する。該出力多重極ロッドセットは、下流側デバイスに連結され、生成されたイオンを該デバイスへ伝達できる。
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物質の質量分析のデータを取得するための方法およびシステム。方法は、物質をクロマトグラフィプロセスまたはその他の分離プロセスの対象にすることと、その出力をイオン化することと、イオン化された出力を再帰的な質量解析の対象にすることと、反復的な解析の間に取得されたデータに関する改良された処理および解析を提供することとを含んでいる。本発明の一局面にしたがうシステムは、イオン源と、選択された質量のイオンの解析が可能な質量分析器と、質量分析器から、複数の質量分析を表すデータを表している信号を受信し、上記信号を保持するように構成されている。
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本発明は、質量分光計の使用を通じて、物質を識別、および／または物質の識別を承認するためのシステム、方法、およびコンピュータプログラミングを提供する。既知の組成物の複数の検体が未知の組成物に加えられ、その組み合わせが分析される。分析の間に獲得されたデータは互いに比較される、および／または既知または見込みの参照データと比較される。未知の組成物から成る物質を識別するため、またはそのような物質の識別を承認するために、比較が使用される。
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粒子検出器または他の質量分析器を備えている質量分光計を使用して、データを収集するためのシステム、方法、およびコンピュータプログラミングが提供される。検出されたデータを格納するためのデータレコードを含んでいるツリーまたはアレイ構造のようなデータのコレクションは、揮発性または持続性のメモリに維持される。データは質量分析器から受信される。コレクションが、新たに獲得されたデータ信号に対応するデータレコードを含んでいるかどうかが決定される。コレクションが、新たに受信された記録に対応する記録を含んでいない場合には、新たな記録が増加される。いずれにせよ、受信されたデータレコードに対応する記録は、新たに獲得された信号の受信を反映するために更新される。
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物質の質量スペクトログラム・データを得るための方法と装置である。この方法は、（ａ）物質にクロマトグラフィ・プロセスを行ってその出力をイオン化し、（ｂ）出力の現在の質量スペクトログラムを得、（ｃ）ステップ（ｂ）で得た現在の質量スペクトルと出力の１つ以上の前に収集した質量スペクトルとを比較して速く立ち上がる質量信号を有する少なくとも１つのイオンを同定し、（ｄ）同定されたイオンをフラグメント化して、得られる質量スペクトルを記録する。質量分析計装置は、クロマトグラフィ・カラムと、質量分析計であって、クロマトグラフィ・カラムの出力をイオン化するためのイオン源を含み、選択された質量のイオンを分離し、フラグメント化し、質量分析する機能を有する質量分析計と、質量分析計を動作させるようプログラムされたデータ依存のデータ収集コントローラであって、出力の現在の質量スペクトログラムを得て、現在の質量スペクトルと出力の１つ以上の前に収集した質量スペクトルとを比較して速く立ち上がる質量信号を有する少なくとも１つのイオンを同定し、前記同定されたイオンをフラグメント化して、得られる質量スペクトルを記録するコントローラと、を含む。
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二次的な分析のためのサンプルまたは複数のサンプルを準備するための方法および装置が、開示される。単一のサンプル沈着装置、および多重のサンプル沈着装置が、示される。装置は、不連続な液滴の沈着によって、または継続的なトレースとして、サンプルの高スループットの沈着を提供することによってクロマトグラムを形成し得るシステムを可能にする。システムは、約１０Ｈｚ以上で、約１ＫＨｚを含むまでの周波数において動作するターゲットプレートに電圧を加えることによって、クロマトグラフから発出する流体をパルスすることによって、高分解能デジタル化を達成し得る。システムは、複数のカラムから来る流体を噴霧化し、継続的なトレースとして、それをターゲットプレート上に同時に収集することによって、アナログレコーディング（すなわち、無限の分解能に接近すること）を可能にする。
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捕捉されたジヒドロ葉酸還元酵素を収容する、ゾル−ゲル由来のモノリシックシリカカラムを、低分子混合物のフロンタルアフィニティクロマトグラフィーのために使用した。このカラムからの出力を、マトリックス分子（ＨＣＣＡ）を含有する第二のストリームと組み合わせ、そして従来のＭＡＬＤＩプロ−と上に直接沈着させ、このＭＡＬＤＩプレートを、コンピュータ制御されるｘ−ｙステージを介してカラムに対して移動させ、ＦＡＣ実行の半永久的な記録を作成した。ＭＡＬＤＩ ＭＳの使用は、ＦＡＣ法とＭＳ法との切り離しを可能にし、かなり高いイオン強度の緩衝液が、ＦＡＣ研究のために使用されることを可能にし、これにより、複数の実行にわたるタンパク質活性のより良好な保持が可能になった。
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質量分析計（３０）のためのイオンガイド（２４）は、質量/電荷比が異なるイオンを該イオンガイドから検出器又は他の対象物若しくは装置に向けて放出する手段を包含する。かかる放出手段は、該イオンを所望とするシーケンスで放出させる。該イオンは、それぞれの質量/電荷比に従って異なる速度で運動・移動するため、所望とする空間内の一点に所望とするシーケンスで、例えば質量分析計の検出器（５６）内に実質的に同時に到達することになる。
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