本発明は、システイン含有スカフォールドおよび／またはタンパク、および、そのようなシステイン含有産物を担持するか、および／または発現する発現ベクター、宿主細胞、および提示システムを提供する。本発明はさらに、そのような産物のライブラリーの設計法、そのようなライブラリーをスクリーニングして、標的分子に対し結合特異性を示す実体を生成する方法を提供する。さらに、本発明によって、本発明のシステイン含有産物を含む製薬組成物が提供される。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
３５以下のアミノ酸を有するポリペプチドを含む、非天然システイン（Ｃ）−含有タンパクであって、
前記ポリペプチドのアミノ酸の少なくとも１０％がシステインであり、
スカフォールド内のシステインを対合させることによって、少なくとも二つのジスルフィド結合が形成され、かつ前記対合は、３を超える複合指数を生成する、非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項２】
約６０個以下のアミノ酸を有するポリペプチドを含む、非天然システイン（Ｃ）−含有タンパクであって、
前記ポリペプチドのアミノ酸の少なくとも１０％はシステインであり、
ポリペプチドに含まれるシステインを対合させることによって、少なくとも四つのジスルフィド結合が形成され、かつ前記対合は、４を超える複合指数を生成する、非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項３】
複合指数が６よりも大きい、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項４】
複合指数が１０よりも大きい、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項５】
標的分子に特異的に結合する、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項６】
約５０℃よりも高い温度で加熱された後も標的結合能を維持する、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項７】
約８０℃よりも高い温度で加熱された後も標的結合能を維持する、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項８】
約１００℃よりも高い温度で、かつ０．１秒を超える間、加熱された後も標的結合能を維持する、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項９】
標識類、エフェクター類、抗体類、および半減期延長成分から成る群から選ばれる成分に接合される、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１０】
モノマーである、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１１】
マルチマーである、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１２】
前記タンパクが一タイプのスカフォールドを含む、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１３】
前記タンパクが一を超えるタイプのスカフォールドを含む、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１４】
前記タンパクが、標的結合部位および半減期延長成分を含む、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１５】
前記タンパクが、標的に結合する反復単位を含む、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１６】
前記タンパクが、血清アルブミン、ＩｇＧ、赤血球、および血清に接触可能なタンパクから成る群から選ばれる半減期延長成分を含む、請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１７】
対応する天然システイン（Ｃ）−含有タンパクまたはスカフォールドの天然標的とは異なる標的に対して特異的結合性を示す、非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク。
【請求項１８】
２０−６０個のアミノ酸から成る単一ドメインを含む非天然タンパクであって、３個以上のジスルフィドを有し、ヒトの血清暴露タンパクに結合し、かつ５％未満の脂肪族アミノ酸を有する、前記非天然タンパク。
【請求項１９】
２０−６０個のアミノ酸から成る単一ドメインを含む非天然タンパクであって、３個以上のジスルフィドを有し、ヒトの血清暴露タンパクに結合し、かつＴ−エピトーププログラムにおいてデータベースのタンパクの平均の９０％よりも低いスコアを有する、前記非天然タンパク。
【請求項２０】
請求項１、２、１８、または１９に記載の非天然タンパクから成るライブラリー。
【請求項２１】
請求項２０のライブラリーを提示する遺伝子パッケージ。
【請求項２２】
標的と、遺伝子パッケージの上に提示される外来ポリペプチドとの間の特異的相互作用の存在を検出する方法であって、
（ａ）請求項２０の遺伝子パッケージの提示を準備する工程、
（ｂ）安定なポリペプチド−標的複合体を生成するのに好適な条件下で遺伝子パッケージを標的と接触させる工程、および
（ｃ）遺伝子パッケージにおいて安定なポリペプチド−標的複合体の形成を検出し、それによって特異的相互作用の存在を検出する工程、
を含む、前記方法。
【請求項２３】
所望の性質を有するポリペプチドを提示する遺伝子パッケージを単離する工程をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
請求項１または２に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有タンパク、および、製薬学的に受容可能な担体を含む製薬組成物。
【請求項２５】
標的分子に対して結合特異性を示す非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールドであって、Ｃ^{１−２，３−４}、Ｃ^{１−３，２−４}、およびＣ^{１−４，２−３}から成る群から選ばれるパターンに従って、スカフォールド内システインを対合させることによって形成される二つのジスルフィド結合を有するポリペプチドを含み、前式において、ハイフンで結ばれる二つの数字は、ポリペプチドのＮ末端から数えて、どの二つのシステインがペア形成をしてジスルフィド結合を形成するかを示す、前記非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項２６】
標的分子に対して結合特異性を示す非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールドであって、
【化１】

から成る群から選ばれるパターンに従って、スカフォールド内システインを対合させることによって形成される三つのジスルフィド結合を有するポリペプチドを含み、前式において、ハイフンで結ばれる二つの数字は、ポリペプチドのＮ末端から数えて、どの二つのシステインがペア形成をしてジスルフィド結合を形成するかを示す、前記非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項２７】
標的分子に対して結合特異性を示す非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールドであって、下記：
【化２】

から選ばれるパターンに従って、スカフォールド内システインを対合させることによって形成される少なくとも四つのジスルフィド結合を有するポリペプチドを含み、
前式において、ハイフンで結ばれる二つの数字は、ポリペプチドのＮ末端から数えて、どの二つのシステインがペア形成をしてジスルフィド結合を形成するかを示す、前記非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項２８】
約５０℃よりも高い温度で加熱された後も標的結合能を維持する、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項２９】
約８０℃よりも高い温度で加熱された後も標的結合能を維持する、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３０】
約１００℃よりも高い温度で、かつ０．１秒を超える間、加熱された後も標的結合能を維持する、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３１】
標識類、エフェクター類、および抗体類から成る群から選ばれる成分に接合される、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３２】
モノマーである、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３３】
半減期延長成分を含む、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３４】
前記半減期延長成分が、血清アルブミン、ＩｇＧ、赤血球、および、血清に接触可能なタンパクから成る群から選ばれる、請求項３３に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３５】
対応する天然システイン（Ｃ）−含有タンパクまたはスカフォールドの天然標的とは異なる標的に対して特異的結合性を示す、請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド。
【請求項３６】
請求項２５、２６、または２７に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールドから成るライブラリー。
【請求項３７】
請求項３６のライブラリーを提示する遺伝子パッケージ。
【請求項３８】
標的と、遺伝子パッケージの上に提示される外来ポリペプチドとの間の特異的相互作用の存在を検出する方法であって、
（ｄ）請求項３７の遺伝子パッケージの提示を準備する工程、
（ｅ）安定なポリペプチド−標的複合体を生成するのに好適な条件下で遺伝子パッケージを標的と接触させる工程、および
（ｆ）遺伝子パッケージにおいて安定なポリペプチド−標的複合体の形成を検出し、それによって特異的相互作用の存在を検出する工程、
を含む、前記方法。
【請求項３９】
所望の性質を有するポリペプチドを提示する遺伝子パッケージを単離する工程をさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記遺伝子パッケージがファージである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記ファージが繊維状ファージである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】
非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールドを生産する方法であって、
請求項２５−２７のいずれか一項に記載の非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールドをコードする核酸を含む宿主細胞を準備する工程、
前記核酸から、前記スカフォールドの発現を実現する条件下で、前記宿主細胞を適切な培養媒体において培養する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４３】
前記媒体から前記スカフォールドを回収する工程をさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】
請求項２５、２６、または２７に記載の前記非天然システイン（Ｃ）−含有スカフォールド、および製薬学的に受容可能な担体を含む製薬組成物。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１】

【図４２】

【図４３】

【図４４】

【図４５】

【図４６】

【図４７】

【図４８】

【図４９】

【図５０】

【図５１】

【図５２】

【図５３】

【図５４】

【図５５】

【図５６】

【図５７】

【図５８】

【図５９】

【図６０】

【図６１】

【図６２】

【図６３】

【図６４】

【図６５】

【図６６】

【図６７】

【図６８】

【図６９】

【図７０】

【図７１】

【図７２】

【図７３】

【図７４】

【図７５】

【図７６】

【図７７】

【図７８】

【図７９】

【図８０】

【図８１】

【図８２】

【図８３】

【図８４】

【図８５】

【図８６】

【図８７】

【図８８】

【図８９】

【図９０】

【図９１】

【図９２】

【図９３】

【図９４】

【図９５】

【図９６】

【図９７】

【図９８】

【図９９】

【図１００】

【図１０１】

【図１０２】

【図１０３】

【図１０４】

【図１０５】

【図１０６】

【図１０７】

【図１０８】

【図１０９】

【図１１０】

【図１１１】

【図１１２】


【図１１３】

【図１１４】

【図１１５】

【図１１６】

【図１１７】

【図１１８】

【図１１９】

【図１２０】

【図１２１】

【図１２２】

【図１２３】

【図１２４】

【図１２５】

【図１２６】

【図１２７】

【図１２８】

【図１２９】

【図１３０】

【図１３１】

【図１３２】

【図１３３】

【図１３４】

【図１３５】

【図１３６】

【図１３７】

【図１３８】

【図１３９】

【図１４０】

【図１４１】

【図１４２】

【図１４３】

【図１４４】

【図１４５】

【図１４６】

【図１４７】

【図１４８】

【図１４９】

【図１５０】

【図１５１】

【図１５２】

【図１５３】

【図１５４】

【図１５５】

【図１５６】

【図１５７】

【図１５８】

【図１５９】

【図１６０】

【図１６１】

【図１６２】

【図１６３】

【図１６４】

【図１６５】

【図１６６】

【図１６７】

【図１６８】

【図１６９】

【図１７０】

【公表番号】特表２００９−５０９５３５（Ｐ２００９−５０９５３５Ａ）
【公表日】平成２１年３月１２日（２００９．３．１２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５３３５７４（Ｐ２００８−５３３５７４）
【出願日】平成１８年９月２７日（２００６．９．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０３７７１３
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０３８６１９
【国際公開日】平成１９年４月５日（２００７．４．５）
【出願人】（５０８０９１４１０）アムニクス，　インコーポレイテッド (4)
【Ｆターム（参考）】