モナチンの立体異性体およびそれらの前駆体の生成のためのポリペプチドおよび生合成経路
モナチン、およびR,Rモナチン、S,Rモナチン、その塩のごときモナチンのある種の立体異性体は、ポリペプチドおよび生合成経路を用いて生成される。これらのポリペプチドおよび生合成経路は、さらに、いくつかの生合成経路を含むある種のモナチン合成経路において形成された中間体であるR−2−ヒドロキシ−2−(インドール−3−イルメチル)−4−ケトグルタル酸の生成に有用である。
【化1】
【化1】
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
L−トリプトファンからインドール−3−ピルビン酸(「I3P」)を生成し、
I3Pから少なくともRモナチン前駆体(「R−MP」)を含むモナチン前駆体(「MP」)を生成し、
次いでMPからモナチンを生成すること
を含む経路を介してモナチンまたはその塩を生成することを含むことを特徴とする方法であって、
モナチンは、少なくともR,Rモナチンを含み、
L−トリプトファンからのI3Pの生成は、モナチン前駆体、モナチン、またはその双方よりもL−トリプトファンに対するより高い活性、より高い特異性、またはその双方を有する1つまたは複数の第1の酵素によって促進され、該1つまたは複数の第1の酵素は、L−トリプトファンアミノトランスフェラーゼ、L−芳香族アミノトランスフェラーゼ、L−アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、およびL−アミノ酸オキシダーゼならびにその組合せから選ばれ、
該R−MPからの該R,Rモナチンの生成は、D−アミノトランスフェラーゼおよびD−アミノ酸デヒドロゲナーゼまたはその組合せから選ばれる1つまたは複数の第3の酵素によって促進される該方法。
【請求項2】
該1つまたは複数の第1の酵素が、シノリゾビウム・メリロティTatA、HEXAspCP9T/R122G、およびその組合せから選ばれることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項3】
該1つまたは複数の第1の酵素が、モナチン前駆体、モナチン、またはその双方に対して制限された活性、制限された特異性、またはその双方を有し、該1つまたは複数の第2の酵素が、S−アルファ−ケト酸モナチンに対して制限された活性、制限された特異性、またはその双方を有していてもよいことを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項4】
該D−アミノ酸デヒドロゲナーゼが、D−AADH−101、D−AADH−102、D−AADH−103、D−AADH−105、D−AADH−106、D−AADH−107、D−AADH−108、およびその組合せから選ばれ、
該D−アミノトランスフェラーゼが、
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼのうちの1つまたは複数から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼの活性を有する酵素、
b)a)の酵素のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、または
d)a〜cの組合せ
であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項5】
該バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼが、受入番号NP−243677に挙げられるアミノ酸配列を含み;
該バチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼが、イー・コリF37Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY96Fに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY165Lに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリR98Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL108Rに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL110Hに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、およびイー・コリR41Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼから選ばれ;
該ハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼが、配列番号99であり;
ATCC7063からの該D−アミノトランスフェラーゼが、配列番号87であることを特徴とする請求項4に記載の方法。
【請求項6】
生成された該R,Rモナチンが、生成された全モナチンの少なくとも約60重量%であることを特徴とする請求項3に記載の方法。
【請求項7】
R−MPが、化学的アルドール縮合反応においてI3Pから生成されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項8】
I3PからのR−MPの生成が、R−MPをS−モナチン前駆体(「S−MP」)に対して約1:1よりも大きな比で生成する1つまたは複数の第2の酵素によって促進されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項9】
該1つまたは複数の第2の酵素が、a)シノリゾビウム・メリロティHMGアルドラーゼからのアルドラーゼ、b)a)の相同体、c)a)に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、d)配列番号22または配列番号104に示される配列を有するアルドラーゼ、およびe)その組合せから選ばれる、R特異的アルドラーゼ活性を有する酵素であることを特徴とする請求項8に記載の方法。
【請求項10】
該1つまたは複数の第3の酵素が、S−アルファ−ケト酸モナチンまたはインドール−3−ピルビン酸についてよりもR−モナチン前駆体に対するより高い活性、より高い特異性、またはその双方を有し、該1つまたは複数の第2の酵素が、S−アルファ−ケト酸モナチンまたはインドール−3−ピルビン酸に対する制限された活性、制限された特異性、またはその双方を有していてもよいことを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項11】
D−アミノトランスフェラーゼおよびD−アミノ酸デヒドロゲナーゼから選ばれる1つまたは複数の第1の酵素を用いてMP組成物からR,Rモナチンを生成することを含み、少なくともR−MPを含む該MP組成物および該1つまたは複数の酵素が、S−MPよりもR−MPからモナチンへの変換を選択的に促進することを特徴とする方法。
【請求項12】
1つまたは複数の酵素が、バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼおよびバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッド、ならびにその組合せから選ばれることを特徴とする請求項11に記載の方法。
【請求項13】
L−トリプトファンからインドール−3−ピルビン酸(「I3P」)を生成し、
I3PからMP組成物を生成すること
をさらに含み、
LトリプトファンからのI3Pの生成が、L−トリプトファンアミノトランスフェラーゼ、L−芳香族アミノトランスフェラーゼ、L−アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、L−アミノ酸オキシダーゼ、およびその組合せから選ばれる1つまたは複数の第2の酵素によって促進され、
I3PからのMP組成物の生成が、1つまたは複数の非立体特異性アルドラーゼによって促進されることを特徴とする請求項12に記載の方法。
【請求項14】
モナチンを生成するための経路におけるある反応の生成物を、モナチンを生成するための経路における他の反応の反応物として再生するための方法であって、
L−トリプトファンが反応してI3Pを生成する場合に、アルファ−ケト基質からL−アミノ酸を生成し、
アミノ酸ラセマーゼを用いてL−アミノ酸をD−アミノ酸に変換し、
I3PからMPを生成し、
MPを反応させてモナチンを形成し、次いで
MPが反応してモナチンを形成する場合に、D−アミノ酸からアルファ−ケト基質を再生成することを含み、
アルファ−ケト基質は、アルファ−ケトグルタル酸、オキサロ酢酸、ピルビン酸、およびその組合せから選ばれ、
アミノ酸ラセマーゼは、アルファ−ケト基質がピルビン酸である場合、アラニンラセマーゼであり、アルファ−ケト基質がアルファ−ケトグルタル酸である場合、グルタミン酸ラセマーゼであり、アルファ−ケト基質がオキサロ酢酸である場合、アスパラギン酸ラセマーゼであることを特徴とする該方法。
【請求項15】
該アラニンラセマーゼが、バチルス・ステアロサーモフィルスからのアラニンラセマーゼおよびゲオバチルス・ステアロテルモフィルスからのアラニンラセマーゼの熱安定性相同体から選ばれ、該グルタミン酸ラセマーゼが、L.ブレビスグルタミン酸ラセマーゼおよびP.ペントサセウスグルタミン酸ラセマーゼから選ばれ、該アスパラギン酸ラセマーゼはBioCatalytics社のASPR−101であることを特徴とする請求項14に記載の方法。
【請求項16】
I3PからのMPの生成が、R−MPをS−MPに対して約1:1よりも大きな比で優先的に生成する1つまたは複数のアルドラーゼ酵素によって促進されることを特徴とする請求項14に記載の方法。
【請求項17】
1つまたは複数のアルドラーゼ酵素が、R特異的アルドラーゼ酵素であることを特徴とする請求項16に記載の方法。
【請求項18】
L−アミノ酸および立体反転アミノトランスフェラーゼの存在下でR−MPを反応させてR,Rモナチンを生成することを含み、L−アミノ酸は、L−アスパラギン酸、L−アラニン、およびL−グルタミン酸から選ばれることを特徴とする方法。
【請求項19】
トリプトファンからI3Pを生成し、I3PからR−MPを含むMPを生成することをさらに含むことを特徴とする請求項18に記載の方法。
【請求項20】
アミノトランスフェラーゼ酵素がトリプトファンからI3Pを生成することを促進し、アルドラーゼ酵素がI3PからR−MPを生成することを促進することを特徴とする請求項19に記載の方法。
【請求項21】
アルドラーゼ酵素が、R−MPをS−MPに対して1:1よりも大きな比で優先的に生成することを特徴とする請求項19に記載の方法。
【請求項22】
アルドラーゼ酵素がR特異的アルドラーゼ酵素であることを特徴とする請求項19に記載の方法。
【請求項23】
平衡反応に対してモナチンの収量を増加させるための方法であって、
アルファ−ケト基質およびL−アミノトランスフェラーゼ酵素の存在下でトリプトファンを反応させてI3Pを生成し、アルファ−ケト基質が反応してL−アミノ酸を形成し、
I3Pを反応させてMPを生成し、
MPを反応させてモナチンを生成し、次いで
不可逆的反応でL−アミノ酸を反応させることによって、平衡経路からL−アミノ酸生成物を除去すること
を含むことを特徴とする該方法。
【請求項24】
アルファ−ケト基質がオキサロ酢酸であり、L−アミノ酸生成物がL−アスパラギン酸であり、不可逆的反応が、アスパラギン酸4−デカルボキシラーゼの存在下でL−アスパラギン酸を反応させてL−アラニンおよび二酸化炭素を生成するものであることを特徴とする請求項23に記載の方法。
【請求項25】
L−アミノ酸生成物を、R−MP反応のためのD−アミノ酸基質に変換することをさらに含むことを特徴とする請求項23に記載の方法。
【請求項26】
L−アミノ酸生成物がL−アラニンであり、L−アラニンが、アラニンラセマーゼ活性を有する酵素を用いてD−アラニンに変換されることを特徴とする請求項25に記載の方法。
【請求項27】
アルファ−ケト基質が、オキサロ酢酸およびアルファ−ケトグルタル酸ならびにその組合せから選ばれ、
アルファ−ケト基質がオキサロ酢酸である場合、L−アミノ酸生成物はL−アスパラギン酸であり、不可逆的反応が、アスパラギン酸デカルボキシラーゼの存在下でL−アスパラギン酸を反応させてベータアラニンおよび二酸化炭素を生成するものであり、
アルファ−ケト基質がアルファ−ケトグルタル酸である場合、L−アミノ酸生成物はL−グルタミン酸であり、不可逆的反応が、グルタミン酸デカルボキシラーゼの存在下でL−グルタミン酸を反応させて4−アミノブタン酸および二酸化炭素を生成するものであることを特徴とする請求項23に記載の方法。
【請求項28】
経路におけるある工程で生成されたL−アミノ酸生成物を経路における他の工程で有用なD−アミノ酸基質に変換することを含む経路でモナチンを生成することを含み、経路は、
L−アミノトランスフェラーゼを用いてL−トリプトファンからI3Pを生成し、
アルファ−ケトグルタル酸の反応によってL−アミノ酸生成物としてL−グルタミン酸を生成し、該アルファ−ケトグルタル酸反応はL−トリプトファン反応と共役し、
L−アラニンアミノトランスフェラーゼを用いて、L−グルタミン酸とピルビン酸を反応させることによってL−アラニンを生成し、
I3PからR−MPを生成し、
アラニンラセマーゼを用いてL−アラニンからD−アミノ酸基質としてD−アラニンを生成し、
MPと共に基質としてD−アラニンを用いて、モナチンおよびピルビン酸を形成することを含むことを特徴とする方法。
【請求項29】
アルドラーゼ酵素がI3PからR−MPを生成することを促進することを特徴とする請求項28に記載の方法。
【請求項30】
アルドラーゼ酵素がR特異的アルドラーゼ酵素であり、R,Rモナチンが生成されることを特徴とする請求項29に記載の方法。
【請求項31】
アルドラーゼ酵素がR−MPをS−MPに対して約1:1よりも大きな比で生成し、R,Rモナチンが生成されることを特徴とする請求項29に記載の方法。
【請求項32】
L−トリプトファンからD−トリプトファンを生成し、
D−トリプトファンからI3Pを生成し、
I3PからR−MPを生成し、次いで
R−MPからモナチンを生成することを含む経路を介してR,Rモナチンまたはその塩を生成することを含むことを特徴とする方法であって、
L−トリプトファンからのD−トリプトファンの生成は、トリプトファンラセマーゼ、トリプトファンラセマーゼの活性を有するラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有するラセマーゼ、およびその組合せから選ばれる1つまたは複数の酵素によって促進され、
トリプトファンラセマーゼの活性を有するラセマーゼは、配列番号41に対応し、Y354C突然変異、Y354T突然変異、Y354G突然変異、Y354L突然変異、Y354N突然変異、Y354S突然変異、Y354I突然変異、Y354M突然変異、Y354P突然変異、ならびにY354A、M35V、およびR195Hの突然変異の組合せから選ばれる突然変異を有するアラニンラセマーゼ、配列番号43のアラニンラセマーゼ、配列番号41に対応し、M35C突然変異、F66E突然変異、Y354A突然変異、およびP197L突然変異ならびにその組合せから選ばれる突然変異を有するアラニンラセマーゼから選ばれ、
広域特異性アミノ酸ラセマーゼは、
a)配列番号120の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Y396C突然変異を有する、配列番号120に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号128の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号128に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ビブリオ・フィシェリからのアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号AAW85230.1のアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号YP_204118のアラニンラセマーゼ、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス・プチダ(シュードモナス・ストリアタとしても知られている)から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号116の配列を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Genbank受入番号ZP_00898332.1 GI:82735470の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC4683からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号204に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダKT2440から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダNBRC12996から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC7966からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス株2150から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オレオボランスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オーレオファシエンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダ12633から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.フルオレッセンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダSCRC744から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.グラベオレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.ストリアタAKU083から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ジャンデイから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC49572からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号194の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ソブリアから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC35994からの広域特異性ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号192の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、L383M突然変異を有する、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、L383M突然変異を有する、ATCC14486からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号195を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号196を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号201を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号202を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、D76N突然変異を有する、エロモナス・キャビエからのアミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、D76N突然変異を有する、配列番号179に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ハイドロフィラから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号146を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号155の部分配列を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、およびその活性断片、
b)a)の広域特異性アミノ酸ラセマーゼのいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列およびその活性断片を含む酵素、
c)Genbank受入番号AB096176によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ラセマーゼがI384M突然変異を含むような置換を有する、Genbank受入番号AB096176に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号119によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号127によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、CP 000020.1 GI:59478708の領域800842..802053によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、NC_006840によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、KT2440 Bar DNAによってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ラセマーゼがY396C突然変異を含むような置換を有する、配列番号119に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ラセマーゼがI384M突然変異を含むような置換を有する、配列番号127に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号154を含む配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、NZ_AALM01000002ヌクレオチド53173..54402によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号140に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、ラセマーゼがI384M突然変異を含むような置換を有する、配列番号140に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、配列番号178に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、ラセマーゼがL383M突然変異を含むような置換を有する、配列番号178に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、配列番号193に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、配列番号176に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、ならびに
d)c)の広域特異性アミノ酸ラセマーゼをコードする遺伝子のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素
から選ばれ、
R−MPからのR,Rモナチンの生成は、広域特異性を有するD−アミノトランスフェラーゼによって促進される該方法。
【請求項33】
D−トリプトファンからのインドール−3−ピルビン酸の生成が1つまたは複数の酵素によって促進され、R−モナチン前駆体からのR,Rモナチンの生成がD−トリプトファンからのインドール−3−ピルビン酸の生成を促進する酵素と同じ1つまたは複数の酵素によって促進されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項34】
R−MPからのR,Rモナチンの生成が、
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼのうちの1つまたは複数から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼの活性を有する酵素、
b)a)の酵素のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、または
d)a〜cの組合せ
から選ばれる広域特異性D−アミノトランスフェラーゼによって促進されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項35】
I3PからのR−MPの生成が、R−MPをS−MPに対して1:1よりも大きな比で優先的に生成するアルドラーゼ酵素によって促進されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項36】
アルドラーゼ酵素がR特異的アルドラーゼ酵素であることを特徴とする請求項35に記載の方法。
【請求項37】
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異の組合せ、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異の組合せから選ばれる突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼ、
b)a)のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有し、突然変異を有する配列を含む酵素、
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、およびバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼから選ばれるD−アミノトランスフェラーゼ、ならびに
d)a)〜c)の組合せ
から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼを用いてD−トリプトファンをアミノ基転移することを含むことを特徴とする方法。
【請求項38】
モナチンを生成することをさらに含み、少なくとも1つの精製工程をさらに含み、該R,Rモナチンが、全有機化合物の少なくとも約60重量%の純度の程度まで精製されることを特徴とする請求項37に記載の方法。
【請求項39】
生成されたモナチンの少なくとも約75重量%が、R,Rモナチンであることを特徴とする請求項37に記載の方法。
【請求項40】
生成されたモナチンの少なくとも約80重量%が、R,Rモナチンであることを特徴とする請求項37に記載の方法。
【請求項41】
a)配列番号86のD−アミノトランスフェラーゼ、
b)配列番号86に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、
c)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの二重突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの二重突然変異、またはその組合せから選ばれる1つまたは複数の突然変異を含む配列番号86のD−アミノトランスフェラーゼ
d)c)のD−アミノトランスフェラーゼに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含み、1つまたは複数の突然変異を有するD−アミノトランスフェラーゼ、
e)配列番号87のD−アミノトランスフェラーゼ、ならびに
f)配列番号87に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含むD−アミノトランスフェラーゼ
から選ばれる単離D−アミノトランスフェラーゼ。
【請求項42】
a)配列番号151、配列番号155、配列番号192、ならびにその活性断片および相同体、配列番号179ならびにその活性断片および相同体、配列番号177ならびにその活性断片および相同体、ならびに配列番号194ならびにその活性断片および相同体を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ならびに
b)配列番号151、配列番号155、配列番号192およびその活性断片、配列番号179およびその活性断片、配列番号177およびその活性断片、ならびに配列番号194およびその活性断片に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ酵素
から選ばれる単離広域特異性アミノ酸ラセマーゼ。
【請求項43】
配列番号99を含むハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼおよびその相同体ならびに配列番号99に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含むハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ酵素から選ばれる単離ハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ。
【請求項44】
イー・コリF37Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY96Fに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY165Lに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリR98Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL108Rに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL110Hに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリR41Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼから選ばれた、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有する単離されたバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ。
【請求項45】
配列番号43を含むラセマーゼならびに配列番号43に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含み、M35C、F66E、およびY354Aの突然変異を有するラセマーゼ酵素から選ばれる単離ラセマーゼ。
【請求項46】
配列番号154を含む核酸、配列番号154に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号150を含む核酸、配列番号150に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号191を含む核酸、配列番号191に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号195を含む核酸、配列番号195に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号196を含む核酸、配列番号196に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号178を含む核酸、配列番号178に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号176を含む核酸、配列番号176に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号193を含む核酸、および配列番号193に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸から選ばれる単離核酸。
【請求項47】
LトリプトファンおよびDトリプトファン、D−アミノトランスフェラーゼの活性を有する1つまたは複数の酵素、トリプトファンラセマーゼ、トリプトファンラセマーゼの活性を有するラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有するラセマーゼから選ばれる1つまたは複数の酵素、ならびにR特異的アルドラーゼの活性を有する1つまたは複数の酵素のうちの1つまたは複数を含む無細胞組成物。
【請求項48】
R−モナチン前駆体、L−トリプトファン、D−アミノ酸、およびモナチン前駆体またはモナチンのいずれかよりもL−トリプトファンに対するより高い活性、より高い特異性、またはその双方を有する1つまたは複数の酵素を含み、該1つまたは複数の第1の酵素は、L−トリプトファンアミノトランスフェラーゼ、L−芳香族アミノトランスフェラーゼ、L−アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、L−アミノ酸オキシダーゼ、および立体反転アミノトランスフェラーゼから選ばれ、組成物は、D−アミノトランスフェラーゼおよびD−アミノ酸デヒドロゲナーゼから選ばれる1つまたは複数の酵素、R特異的アルドラーゼ活性を有する1つまたは複数の酵素、アラニンラセマーゼ、グルタミン酸ラセマーゼ、およびアスパラギン酸ラセマーゼから選ばれる1つまたは複数の酵素を含んでいていてもよい組成物。
【請求項49】
R,Rモナチンが、0.01%〜0.1%(容量/容量)界面活性剤および1%〜10%(容量/容量)ポリオールから選ばれる1つまたは複数の界面活性剤の存在下で生成されることを特徴とする請求項38に記載の方法。
【請求項50】
D−アミノトランスフェラーゼが、ピリドキサール−5’−リン酸の存在下で精製されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項51】
酵素が、固体担体上に固定化されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項52】
1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼの存在下でモナチン前駆体を反応させて、モナチンを生成することを含み、1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼは、
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異の組合せ、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異の組合せまたはその組合せから選ばれる突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼ、
b)a)の酵素のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有し、突然変異を含むD−アミノトランスフェラーゼ酵素、ならびに
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC4978からのD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、またはその組合せから選ばれる1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼ
から選ばれることを特徴とする方法。
【請求項53】
(a)tnaT遺伝子、(b)改変フェニルアラニンパーミアーゼタンパク質、(c)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼ、(d)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分およびフェニルアラニンパーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分を有するキメラタンパク質、(e)D−アミノ酸デアシラーゼ、ならびに(f)tRNAtrpおよび適切なD−アミノ酸デアシラーゼのうちの1つまたは複数を発現または過剰発現するように、モナチンを生成する微生物を遺伝子操作し、該微生物を用いて該モナチンを生成することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項54】
最小量のLアミノ酸のみを含有する培地中で、モナチンを生成する微生物を成長させ、該モナチンを生成することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項55】
モナチンを生成している微生物からのインドール3ピルビン酸の分泌を阻止または低減することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項56】
モナチンを生成している微生物によるインドール3ピルビン酸の取り込みを増加させることを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項57】
インドール3ピルビン酸がモナチンを生成している微生物内で分解されるのを阻止または低減することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項58】
モナチンを生成するように遺伝子操作された微生物のバイオマスを生成し、次いで該微生物でモナチンオペロンを誘導することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項59】
モナチンを生成している微生物のための成長培地中でDトリプトファン以外のD−アミノ酸の使用を最小化することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項60】
Dトリプトファンの取り込みの阻害が起こる閾値未満のレベルで、モナチンを生成する微生物のための成長培地中にDトリプトファンを提供し、該モナチンを生成することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項61】
(a)tnaT遺伝子、(b)改変フェニルアラニンパーミアーゼタンパク質、(c)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼ、(d)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分およびフェニルアラニンパーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分を有するキメラタンパク質、(e)D−アミノ酸デアシラーゼ、ならびに(f)tRNAtrpおよび適切なD−アミノ酸デアシラーゼのうちの1つまたは複数を発現または過剰発現するように遺伝子操作された、モナチンを生成する微生物。
【請求項62】
モナチン前駆体と、T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、F200MおよびT243Nの突然変異、またはその組合せを有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼから選ばれる1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼとを反応させることを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項63】
モナチン前駆体と、T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、F200MおよびT243Nの突然変異、またはその組合せを有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼのうちの1つまたは複数から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼとを反応させること
を含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項64】
該配列同一性パーセントが少なくとも95%であることを特徴とする請求項63に記載の方法。
【請求項65】
モナチン前駆体と、バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC4978からのD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、またはその組合せから選ばれる1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼとを反応させること
を含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項66】
ビブリオ・フィシェリからのアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号AAW85230.1のアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号YP_204118のアラニンラセマーゼ、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号116を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Genbank受入番号ZP_00898332.1 GI:82735470の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC4683からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号204に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC7966からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス株2150から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オレオボランスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オーレオファシエンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.フルオレッセンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.グラベオレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.ストリアタAKU083から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、アミノ酸24〜409を含有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ジャンデイから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC49572からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号194の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ソブリアから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC35994からの広域特異性ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号192の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、L383M突然変異を有する、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、L383M突然変異を有する、ATCC14486からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号195を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号196を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号201を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号202を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、D76N突然変異を有する、エロモナス・キャビエからのアミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、D76N突然変異を有する、配列番号179に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ハイドロフィラから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号146を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号155を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、その活性断片、およびその組合せから選ばれる1つまたは複数の酵素を利用することを含む、
(a)LトリプトファンからDトリプトファンまたは(b)DトリプトファンからLトリプトファンを生成することを含むことを特徴とする方法。
【請求項67】
ビブリオ・フィシェリからのアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号AAW85230.1のアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号YP_204118のアラニンラセマーゼ、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号116を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Genbank受入番号ZP_00898332.1 GI:82735470の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC4683からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号204に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC7966からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス株2150から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オレオボランスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オーレオファシエンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.フルオレッセンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.グラベオレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.ストリアタAKU083から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、アミノ酸24〜409を含有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ジャンデイから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC49572からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号194の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ソブリアから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC35994からの広域特異性ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号192の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、L383M突然変異を有する、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、L383M突然変異を有する、ATCC14486からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号195を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号196を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号201を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号202を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、D76N突然変異を有する、エロモナス・キャビエからのアミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、D76N突然変異を有する、配列番号179に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ハイドロフィラから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号146を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号155を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、その活性断片から選ばれる1つまたは複数の広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む1つまたは複数の酵素を利用することを含む、
(a)LトリプトファンからDトリプトファンまたは(b)DトリプトファンからLトリプトファンを生成することを含むことを特徴とする方法。
【請求項68】
該配列同一性パーセントが少なくとも95%であることを特徴とする請求項67に記載の方法。
【請求項69】
ピリドキサール−5’−リン酸の存在下でD−アミノトランスフェラーゼを精製することを含むことを特徴とする方法。
【請求項1】
L−トリプトファンからインドール−3−ピルビン酸(「I3P」)を生成し、
I3Pから少なくともRモナチン前駆体(「R−MP」)を含むモナチン前駆体(「MP」)を生成し、
次いでMPからモナチンを生成すること
を含む経路を介してモナチンまたはその塩を生成することを含むことを特徴とする方法であって、
モナチンは、少なくともR,Rモナチンを含み、
L−トリプトファンからのI3Pの生成は、モナチン前駆体、モナチン、またはその双方よりもL−トリプトファンに対するより高い活性、より高い特異性、またはその双方を有する1つまたは複数の第1の酵素によって促進され、該1つまたは複数の第1の酵素は、L−トリプトファンアミノトランスフェラーゼ、L−芳香族アミノトランスフェラーゼ、L−アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、およびL−アミノ酸オキシダーゼならびにその組合せから選ばれ、
該R−MPからの該R,Rモナチンの生成は、D−アミノトランスフェラーゼおよびD−アミノ酸デヒドロゲナーゼまたはその組合せから選ばれる1つまたは複数の第3の酵素によって促進される該方法。
【請求項2】
該1つまたは複数の第1の酵素が、シノリゾビウム・メリロティTatA、HEXAspCP9T/R122G、およびその組合せから選ばれることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項3】
該1つまたは複数の第1の酵素が、モナチン前駆体、モナチン、またはその双方に対して制限された活性、制限された特異性、またはその双方を有し、該1つまたは複数の第2の酵素が、S−アルファ−ケト酸モナチンに対して制限された活性、制限された特異性、またはその双方を有していてもよいことを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項4】
該D−アミノ酸デヒドロゲナーゼが、D−AADH−101、D−AADH−102、D−AADH−103、D−AADH−105、D−AADH−106、D−AADH−107、D−AADH−108、およびその組合せから選ばれ、
該D−アミノトランスフェラーゼが、
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼのうちの1つまたは複数から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼの活性を有する酵素、
b)a)の酵素のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、または
d)a〜cの組合せ
であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項5】
該バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼが、受入番号NP−243677に挙げられるアミノ酸配列を含み;
該バチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼが、イー・コリF37Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY96Fに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY165Lに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリR98Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL108Rに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL110Hに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、およびイー・コリR41Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼから選ばれ;
該ハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼが、配列番号99であり;
ATCC7063からの該D−アミノトランスフェラーゼが、配列番号87であることを特徴とする請求項4に記載の方法。
【請求項6】
生成された該R,Rモナチンが、生成された全モナチンの少なくとも約60重量%であることを特徴とする請求項3に記載の方法。
【請求項7】
R−MPが、化学的アルドール縮合反応においてI3Pから生成されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項8】
I3PからのR−MPの生成が、R−MPをS−モナチン前駆体(「S−MP」)に対して約1:1よりも大きな比で生成する1つまたは複数の第2の酵素によって促進されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項9】
該1つまたは複数の第2の酵素が、a)シノリゾビウム・メリロティHMGアルドラーゼからのアルドラーゼ、b)a)の相同体、c)a)に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、d)配列番号22または配列番号104に示される配列を有するアルドラーゼ、およびe)その組合せから選ばれる、R特異的アルドラーゼ活性を有する酵素であることを特徴とする請求項8に記載の方法。
【請求項10】
該1つまたは複数の第3の酵素が、S−アルファ−ケト酸モナチンまたはインドール−3−ピルビン酸についてよりもR−モナチン前駆体に対するより高い活性、より高い特異性、またはその双方を有し、該1つまたは複数の第2の酵素が、S−アルファ−ケト酸モナチンまたはインドール−3−ピルビン酸に対する制限された活性、制限された特異性、またはその双方を有していてもよいことを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項11】
D−アミノトランスフェラーゼおよびD−アミノ酸デヒドロゲナーゼから選ばれる1つまたは複数の第1の酵素を用いてMP組成物からR,Rモナチンを生成することを含み、少なくともR−MPを含む該MP組成物および該1つまたは複数の酵素が、S−MPよりもR−MPからモナチンへの変換を選択的に促進することを特徴とする方法。
【請求項12】
1つまたは複数の酵素が、バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼおよびバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッド、ならびにその組合せから選ばれることを特徴とする請求項11に記載の方法。
【請求項13】
L−トリプトファンからインドール−3−ピルビン酸(「I3P」)を生成し、
I3PからMP組成物を生成すること
をさらに含み、
LトリプトファンからのI3Pの生成が、L−トリプトファンアミノトランスフェラーゼ、L−芳香族アミノトランスフェラーゼ、L−アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、L−アミノ酸オキシダーゼ、およびその組合せから選ばれる1つまたは複数の第2の酵素によって促進され、
I3PからのMP組成物の生成が、1つまたは複数の非立体特異性アルドラーゼによって促進されることを特徴とする請求項12に記載の方法。
【請求項14】
モナチンを生成するための経路におけるある反応の生成物を、モナチンを生成するための経路における他の反応の反応物として再生するための方法であって、
L−トリプトファンが反応してI3Pを生成する場合に、アルファ−ケト基質からL−アミノ酸を生成し、
アミノ酸ラセマーゼを用いてL−アミノ酸をD−アミノ酸に変換し、
I3PからMPを生成し、
MPを反応させてモナチンを形成し、次いで
MPが反応してモナチンを形成する場合に、D−アミノ酸からアルファ−ケト基質を再生成することを含み、
アルファ−ケト基質は、アルファ−ケトグルタル酸、オキサロ酢酸、ピルビン酸、およびその組合せから選ばれ、
アミノ酸ラセマーゼは、アルファ−ケト基質がピルビン酸である場合、アラニンラセマーゼであり、アルファ−ケト基質がアルファ−ケトグルタル酸である場合、グルタミン酸ラセマーゼであり、アルファ−ケト基質がオキサロ酢酸である場合、アスパラギン酸ラセマーゼであることを特徴とする該方法。
【請求項15】
該アラニンラセマーゼが、バチルス・ステアロサーモフィルスからのアラニンラセマーゼおよびゲオバチルス・ステアロテルモフィルスからのアラニンラセマーゼの熱安定性相同体から選ばれ、該グルタミン酸ラセマーゼが、L.ブレビスグルタミン酸ラセマーゼおよびP.ペントサセウスグルタミン酸ラセマーゼから選ばれ、該アスパラギン酸ラセマーゼはBioCatalytics社のASPR−101であることを特徴とする請求項14に記載の方法。
【請求項16】
I3PからのMPの生成が、R−MPをS−MPに対して約1:1よりも大きな比で優先的に生成する1つまたは複数のアルドラーゼ酵素によって促進されることを特徴とする請求項14に記載の方法。
【請求項17】
1つまたは複数のアルドラーゼ酵素が、R特異的アルドラーゼ酵素であることを特徴とする請求項16に記載の方法。
【請求項18】
L−アミノ酸および立体反転アミノトランスフェラーゼの存在下でR−MPを反応させてR,Rモナチンを生成することを含み、L−アミノ酸は、L−アスパラギン酸、L−アラニン、およびL−グルタミン酸から選ばれることを特徴とする方法。
【請求項19】
トリプトファンからI3Pを生成し、I3PからR−MPを含むMPを生成することをさらに含むことを特徴とする請求項18に記載の方法。
【請求項20】
アミノトランスフェラーゼ酵素がトリプトファンからI3Pを生成することを促進し、アルドラーゼ酵素がI3PからR−MPを生成することを促進することを特徴とする請求項19に記載の方法。
【請求項21】
アルドラーゼ酵素が、R−MPをS−MPに対して1:1よりも大きな比で優先的に生成することを特徴とする請求項19に記載の方法。
【請求項22】
アルドラーゼ酵素がR特異的アルドラーゼ酵素であることを特徴とする請求項19に記載の方法。
【請求項23】
平衡反応に対してモナチンの収量を増加させるための方法であって、
アルファ−ケト基質およびL−アミノトランスフェラーゼ酵素の存在下でトリプトファンを反応させてI3Pを生成し、アルファ−ケト基質が反応してL−アミノ酸を形成し、
I3Pを反応させてMPを生成し、
MPを反応させてモナチンを生成し、次いで
不可逆的反応でL−アミノ酸を反応させることによって、平衡経路からL−アミノ酸生成物を除去すること
を含むことを特徴とする該方法。
【請求項24】
アルファ−ケト基質がオキサロ酢酸であり、L−アミノ酸生成物がL−アスパラギン酸であり、不可逆的反応が、アスパラギン酸4−デカルボキシラーゼの存在下でL−アスパラギン酸を反応させてL−アラニンおよび二酸化炭素を生成するものであることを特徴とする請求項23に記載の方法。
【請求項25】
L−アミノ酸生成物を、R−MP反応のためのD−アミノ酸基質に変換することをさらに含むことを特徴とする請求項23に記載の方法。
【請求項26】
L−アミノ酸生成物がL−アラニンであり、L−アラニンが、アラニンラセマーゼ活性を有する酵素を用いてD−アラニンに変換されることを特徴とする請求項25に記載の方法。
【請求項27】
アルファ−ケト基質が、オキサロ酢酸およびアルファ−ケトグルタル酸ならびにその組合せから選ばれ、
アルファ−ケト基質がオキサロ酢酸である場合、L−アミノ酸生成物はL−アスパラギン酸であり、不可逆的反応が、アスパラギン酸デカルボキシラーゼの存在下でL−アスパラギン酸を反応させてベータアラニンおよび二酸化炭素を生成するものであり、
アルファ−ケト基質がアルファ−ケトグルタル酸である場合、L−アミノ酸生成物はL−グルタミン酸であり、不可逆的反応が、グルタミン酸デカルボキシラーゼの存在下でL−グルタミン酸を反応させて4−アミノブタン酸および二酸化炭素を生成するものであることを特徴とする請求項23に記載の方法。
【請求項28】
経路におけるある工程で生成されたL−アミノ酸生成物を経路における他の工程で有用なD−アミノ酸基質に変換することを含む経路でモナチンを生成することを含み、経路は、
L−アミノトランスフェラーゼを用いてL−トリプトファンからI3Pを生成し、
アルファ−ケトグルタル酸の反応によってL−アミノ酸生成物としてL−グルタミン酸を生成し、該アルファ−ケトグルタル酸反応はL−トリプトファン反応と共役し、
L−アラニンアミノトランスフェラーゼを用いて、L−グルタミン酸とピルビン酸を反応させることによってL−アラニンを生成し、
I3PからR−MPを生成し、
アラニンラセマーゼを用いてL−アラニンからD−アミノ酸基質としてD−アラニンを生成し、
MPと共に基質としてD−アラニンを用いて、モナチンおよびピルビン酸を形成することを含むことを特徴とする方法。
【請求項29】
アルドラーゼ酵素がI3PからR−MPを生成することを促進することを特徴とする請求項28に記載の方法。
【請求項30】
アルドラーゼ酵素がR特異的アルドラーゼ酵素であり、R,Rモナチンが生成されることを特徴とする請求項29に記載の方法。
【請求項31】
アルドラーゼ酵素がR−MPをS−MPに対して約1:1よりも大きな比で生成し、R,Rモナチンが生成されることを特徴とする請求項29に記載の方法。
【請求項32】
L−トリプトファンからD−トリプトファンを生成し、
D−トリプトファンからI3Pを生成し、
I3PからR−MPを生成し、次いで
R−MPからモナチンを生成することを含む経路を介してR,Rモナチンまたはその塩を生成することを含むことを特徴とする方法であって、
L−トリプトファンからのD−トリプトファンの生成は、トリプトファンラセマーゼ、トリプトファンラセマーゼの活性を有するラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有するラセマーゼ、およびその組合せから選ばれる1つまたは複数の酵素によって促進され、
トリプトファンラセマーゼの活性を有するラセマーゼは、配列番号41に対応し、Y354C突然変異、Y354T突然変異、Y354G突然変異、Y354L突然変異、Y354N突然変異、Y354S突然変異、Y354I突然変異、Y354M突然変異、Y354P突然変異、ならびにY354A、M35V、およびR195Hの突然変異の組合せから選ばれる突然変異を有するアラニンラセマーゼ、配列番号43のアラニンラセマーゼ、配列番号41に対応し、M35C突然変異、F66E突然変異、Y354A突然変異、およびP197L突然変異ならびにその組合せから選ばれる突然変異を有するアラニンラセマーゼから選ばれ、
広域特異性アミノ酸ラセマーゼは、
a)配列番号120の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Y396C突然変異を有する、配列番号120に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号128の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号128に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ビブリオ・フィシェリからのアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号AAW85230.1のアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号YP_204118のアラニンラセマーゼ、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス・プチダ(シュードモナス・ストリアタとしても知られている)から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号116の配列を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Genbank受入番号ZP_00898332.1 GI:82735470の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC4683からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号204に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダKT2440から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダNBRC12996から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC7966からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス株2150から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オレオボランスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オーレオファシエンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダ12633から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.フルオレッセンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.プチダSCRC744から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.グラベオレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.ストリアタAKU083から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ジャンデイから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC49572からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号194の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ソブリアから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC35994からの広域特異性ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号192の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、L383M突然変異を有する、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、L383M突然変異を有する、ATCC14486からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号195を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号196を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号201を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号202を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、D76N突然変異を有する、エロモナス・キャビエからのアミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、D76N突然変異を有する、配列番号179に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ハイドロフィラから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号146を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号155の部分配列を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、およびその活性断片、
b)a)の広域特異性アミノ酸ラセマーゼのいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列およびその活性断片を含む酵素、
c)Genbank受入番号AB096176によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ラセマーゼがI384M突然変異を含むような置換を有する、Genbank受入番号AB096176に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号119によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号127によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、CP 000020.1 GI:59478708の領域800842..802053によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、NC_006840によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、KT2440 Bar DNAによってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ラセマーゼがY396C突然変異を含むような置換を有する、配列番号119に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ラセマーゼがI384M突然変異を含むような置換を有する、配列番号127に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号154を含む配列によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、NZ_AALM01000002ヌクレオチド53173..54402によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号140に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、ラセマーゼがI384M突然変異を含むような置換を有する、配列番号140に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、配列番号178に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、ラセマーゼがL383M突然変異を含むような置換を有する、配列番号178に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、配列番号193に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、配列番号176に対応する核酸配列によってコードされた広域特異性ラセマーゼ、ならびに
d)c)の広域特異性アミノ酸ラセマーゼをコードする遺伝子のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素
から選ばれ、
R−MPからのR,Rモナチンの生成は、広域特異性を有するD−アミノトランスフェラーゼによって促進される該方法。
【請求項33】
D−トリプトファンからのインドール−3−ピルビン酸の生成が1つまたは複数の酵素によって促進され、R−モナチン前駆体からのR,Rモナチンの生成がD−トリプトファンからのインドール−3−ピルビン酸の生成を促進する酵素と同じ1つまたは複数の酵素によって促進されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項34】
R−MPからのR,Rモナチンの生成が、
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼのうちの1つまたは複数から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼの活性を有する酵素、
b)a)の酵素のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、または
d)a〜cの組合せ
から選ばれる広域特異性D−アミノトランスフェラーゼによって促進されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項35】
I3PからのR−MPの生成が、R−MPをS−MPに対して1:1よりも大きな比で優先的に生成するアルドラーゼ酵素によって促進されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項36】
アルドラーゼ酵素がR特異的アルドラーゼ酵素であることを特徴とする請求項35に記載の方法。
【請求項37】
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異の組合せ、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異の組合せから選ばれる突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼ、
b)a)のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有し、突然変異を有する配列を含む酵素、
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、およびバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼから選ばれるD−アミノトランスフェラーゼ、ならびに
d)a)〜c)の組合せ
から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼを用いてD−トリプトファンをアミノ基転移することを含むことを特徴とする方法。
【請求項38】
モナチンを生成することをさらに含み、少なくとも1つの精製工程をさらに含み、該R,Rモナチンが、全有機化合物の少なくとも約60重量%の純度の程度まで精製されることを特徴とする請求項37に記載の方法。
【請求項39】
生成されたモナチンの少なくとも約75重量%が、R,Rモナチンであることを特徴とする請求項37に記載の方法。
【請求項40】
生成されたモナチンの少なくとも約80重量%が、R,Rモナチンであることを特徴とする請求項37に記載の方法。
【請求項41】
a)配列番号86のD−アミノトランスフェラーゼ、
b)配列番号86に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む酵素、
c)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの二重突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの二重突然変異、またはその組合せから選ばれる1つまたは複数の突然変異を含む配列番号86のD−アミノトランスフェラーゼ
d)c)のD−アミノトランスフェラーゼに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含み、1つまたは複数の突然変異を有するD−アミノトランスフェラーゼ、
e)配列番号87のD−アミノトランスフェラーゼ、ならびに
f)配列番号87に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含むD−アミノトランスフェラーゼ
から選ばれる単離D−アミノトランスフェラーゼ。
【請求項42】
a)配列番号151、配列番号155、配列番号192、ならびにその活性断片および相同体、配列番号179ならびにその活性断片および相同体、配列番号177ならびにその活性断片および相同体、ならびに配列番号194ならびにその活性断片および相同体を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ならびに
b)配列番号151、配列番号155、配列番号192およびその活性断片、配列番号179およびその活性断片、配列番号177およびその活性断片、ならびに配列番号194およびその活性断片に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ酵素
から選ばれる単離広域特異性アミノ酸ラセマーゼ。
【請求項43】
配列番号99を含むハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼおよびその相同体ならびに配列番号99に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含むハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ酵素から選ばれる単離ハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ。
【請求項44】
イー・コリF37Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY96Fに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリY165Lに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリR98Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL108Rに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL110Hに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリL127Yに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、イー・コリR41Kに対応する突然変異を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼから選ばれた、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有する単離されたバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ。
【請求項45】
配列番号43を含むラセマーゼならびに配列番号43に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含み、M35C、F66E、およびY354Aの突然変異を有するラセマーゼ酵素から選ばれる単離ラセマーゼ。
【請求項46】
配列番号154を含む核酸、配列番号154に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号150を含む核酸、配列番号150に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号191を含む核酸、配列番号191に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号195を含む核酸、配列番号195に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号196を含む核酸、配列番号196に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号178を含む核酸、配列番号178に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号176を含む核酸、配列番号176に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸、配列番号193を含む核酸、および配列番号193に対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを含む核酸から選ばれる単離核酸。
【請求項47】
LトリプトファンおよびDトリプトファン、D−アミノトランスフェラーゼの活性を有する1つまたは複数の酵素、トリプトファンラセマーゼ、トリプトファンラセマーゼの活性を有するラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有するラセマーゼから選ばれる1つまたは複数の酵素、ならびにR特異的アルドラーゼの活性を有する1つまたは複数の酵素のうちの1つまたは複数を含む無細胞組成物。
【請求項48】
R−モナチン前駆体、L−トリプトファン、D−アミノ酸、およびモナチン前駆体またはモナチンのいずれかよりもL−トリプトファンに対するより高い活性、より高い特異性、またはその双方を有する1つまたは複数の酵素を含み、該1つまたは複数の第1の酵素は、L−トリプトファンアミノトランスフェラーゼ、L−芳香族アミノトランスフェラーゼ、L−アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、L−アミノ酸オキシダーゼ、および立体反転アミノトランスフェラーゼから選ばれ、組成物は、D−アミノトランスフェラーゼおよびD−アミノ酸デヒドロゲナーゼから選ばれる1つまたは複数の酵素、R特異的アルドラーゼ活性を有する1つまたは複数の酵素、アラニンラセマーゼ、グルタミン酸ラセマーゼ、およびアスパラギン酸ラセマーゼから選ばれる1つまたは複数の酵素を含んでいていてもよい組成物。
【請求項49】
R,Rモナチンが、0.01%〜0.1%(容量/容量)界面活性剤および1%〜10%(容量/容量)ポリオールから選ばれる1つまたは複数の界面活性剤の存在下で生成されることを特徴とする請求項38に記載の方法。
【請求項50】
D−アミノトランスフェラーゼが、ピリドキサール−5’−リン酸の存在下で精製されることを特徴とする請求項32に記載の方法。
【請求項51】
酵素が、固体担体上に固定化されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項52】
1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼの存在下でモナチン前駆体を反応させて、モナチンを生成することを含み、1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼは、
a)T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異の組合せ、F200M突然変異、F200Y突然変異、ならびにF200MおよびT243Nの突然変異の組合せまたはその組合せから選ばれる突然変異を有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼ、
b)a)の酵素のいずれかに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有し、突然変異を含むD−アミノトランスフェラーゼ酵素、ならびに
c)バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC4978からのD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、またはその組合せから選ばれる1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼ
から選ばれることを特徴とする方法。
【請求項53】
(a)tnaT遺伝子、(b)改変フェニルアラニンパーミアーゼタンパク質、(c)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼ、(d)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分およびフェニルアラニンパーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分を有するキメラタンパク質、(e)D−アミノ酸デアシラーゼ、ならびに(f)tRNAtrpおよび適切なD−アミノ酸デアシラーゼのうちの1つまたは複数を発現または過剰発現するように、モナチンを生成する微生物を遺伝子操作し、該微生物を用いて該モナチンを生成することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項54】
最小量のLアミノ酸のみを含有する培地中で、モナチンを生成する微生物を成長させ、該モナチンを生成することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項55】
モナチンを生成している微生物からのインドール3ピルビン酸の分泌を阻止または低減することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項56】
モナチンを生成している微生物によるインドール3ピルビン酸の取り込みを増加させることを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項57】
インドール3ピルビン酸がモナチンを生成している微生物内で分解されるのを阻止または低減することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項58】
モナチンを生成するように遺伝子操作された微生物のバイオマスを生成し、次いで該微生物でモナチンオペロンを誘導することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項59】
モナチンを生成している微生物のための成長培地中でDトリプトファン以外のD−アミノ酸の使用を最小化することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項60】
Dトリプトファンの取り込みの阻害が起こる閾値未満のレベルで、モナチンを生成する微生物のための成長培地中にDトリプトファンを提供し、該モナチンを生成することを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項61】
(a)tnaT遺伝子、(b)改変フェニルアラニンパーミアーゼタンパク質、(c)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼ、(d)一般的な芳香族アミノ酸パーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分およびフェニルアラニンパーミアーゼタンパク質の活性を付与する、配列の少なくともその部分を有するキメラタンパク質、(e)D−アミノ酸デアシラーゼ、ならびに(f)tRNAtrpおよび適切なD−アミノ酸デアシラーゼのうちの1つまたは複数を発現または過剰発現するように遺伝子操作された、モナチンを生成する微生物。
【請求項62】
モナチン前駆体と、T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、F200MおよびT243Nの突然変異、またはその組合せを有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼから選ばれる1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼとを反応させることを含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項63】
モナチン前駆体と、T243S突然変異、T243N突然変異、N100A突然変異、T243Q突然変異、T243NおよびN100Aの突然変異、F200M突然変異、F200Y突然変異、F200MおよびT243Nの突然変異、またはその組合せを有する、配列番号86に対応するD−アミノトランスフェラーゼのうちの1つまたは複数から選ばれるD−アミノトランスフェラーゼに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼとを反応させること
を含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項64】
該配列同一性パーセントが少なくとも95%であることを特徴とする請求項63に記載の方法。
【請求項65】
モナチン前駆体と、バチルス・ハロデュランスD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼとバチルス・スファエリクスD−アミノトランスフェラーゼのハイブリッドであるハイブリッドD−アミノトランスフェラーゼ、ジオバチルス・ステアロサーモフィルスD−アミノトランスフェラーゼ、バチルス・リケニホルミスD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC4978からのD−アミノトランスフェラーゼ、ATCC7063からのD−アミノトランスフェラーゼ、D−アミノトランスフェラーゼ活性を有するバチルス・リケニホルミス分岐鎖アミノトランスフェラーゼ、またはその組合せから選ばれる1つまたは複数のD−アミノトランスフェラーゼとを反応させること
を含むことを特徴とする、モナチンまたはその塩を生成するための方法。
【請求項66】
ビブリオ・フィシェリからのアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号AAW85230.1のアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号YP_204118のアラニンラセマーゼ、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号116を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Genbank受入番号ZP_00898332.1 GI:82735470の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC4683からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号204に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC7966からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス株2150から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オレオボランスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オーレオファシエンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.フルオレッセンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.グラベオレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.ストリアタAKU083から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、アミノ酸24〜409を含有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ジャンデイから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC49572からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号194の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ソブリアから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC35994からの広域特異性ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号192の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、L383M突然変異を有する、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、L383M突然変異を有する、ATCC14486からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号195を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号196を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号201を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号202を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、D76N突然変異を有する、エロモナス・キャビエからのアミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、D76N突然変異を有する、配列番号179に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ハイドロフィラから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号146を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号155を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、その活性断片、およびその組合せから選ばれる1つまたは複数の酵素を利用することを含む、
(a)LトリプトファンからDトリプトファンまたは(b)DトリプトファンからLトリプトファンを生成することを含むことを特徴とする方法。
【請求項67】
ビブリオ・フィシェリからのアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号AAW85230.1のアラニンラセマーゼ、Genbank受入番号YP_204118のアラニンラセマーゼ、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号116を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、Genbank受入番号ZP_00898332.1 GI:82735470の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC4683からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号204の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、I384M突然変異を有する、配列番号204に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、ATCC7966からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、シュードモナス株2150から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オレオボランスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.オーレオファシエンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.フルオレッセンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.グラベオレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、P.ストリアタAKU083から単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、アミノ酸24〜409を含有する、シュードモナス・タエトロレンスから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号204のアミノ酸24〜409を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ジャンデイから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC49572からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号194の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ソブリアから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、ATCC35994からの広域特異性ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号192の広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、L383M突然変異を有する、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、L383M突然変異を有する、ATCC14486からの広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号195を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号196を含む遺伝子によってコードされた広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号201を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、配列番号202を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、D76N突然変異を有する、エロモナス・キャビエからのアミノ酸ラセマーゼに対応する酵素、D76N突然変異を有する、配列番号179に対応する広域特異性アミノ酸ラセマーゼの活性を有する酵素、エロモナス・ハイドロフィラから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号177のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号146を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、エロモナス・キャビエから単離された広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号179のアミノ酸22〜408を含有する広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号155を含む広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、配列番号151の広域特異性アミノ酸ラセマーゼ、その活性断片から選ばれる1つまたは複数の広域特異性アミノ酸ラセマーゼに対して少なくとも90%の配列同一性パーセントを有する配列を含む1つまたは複数の酵素を利用することを含む、
(a)LトリプトファンからDトリプトファンまたは(b)DトリプトファンからLトリプトファンを生成することを含むことを特徴とする方法。
【請求項68】
該配列同一性パーセントが少なくとも95%であることを特徴とする請求項67に記載の方法。
【請求項69】
ピリドキサール−5’−リン酸の存在下でD−アミノトランスフェラーゼを精製することを含むことを特徴とする方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9A】
【図9B】
【図10A】
【図10B】
【図11】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9A】
【図9B】
【図10A】
【図10B】
【図11】
【公表番号】特表2010−507367(P2010−507367A)
【公表日】平成22年3月11日(2010.3.11)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−533566(P2009−533566)
【出願日】平成19年10月19日(2007.10.19)
【国際出願番号】PCT/US2007/081932
【国際公開番号】WO2008/085575
【国際公開日】平成20年7月17日(2008.7.17)
【出願人】(500159680)カーギル・インコーポレイテッド (30)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成22年3月11日(2010.3.11)
【国際特許分類】
【出願日】平成19年10月19日(2007.10.19)
【国際出願番号】PCT/US2007/081932
【国際公開番号】WO2008/085575
【国際公開日】平成20年7月17日(2008.7.17)
【出願人】(500159680)カーギル・インコーポレイテッド (30)
【Fターム(参考)】
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