制限多様性配列を有する結合型ポリペプチド
本発明は、非常に制限されたアミノ酸配列多様性を含む変異型ＣＤＲを提供する。前記ポリペプチドは新規の抗原結合型ポリペプチドを同定するための母集団として用いることができる柔軟性のある単純な配列多様性の母集団を提供する。また、本発明は少なくともファージやウイルスコートタンパク質の一部などの異種性ポリペプチドとの融合ポリペプチドとして前記ポリペプチドを提供する。複数の前記ポリペプチドを含むライブラリもまた提供する。加えて、前記ポリペプチド及びライブラリを生成する及び使用するための方法と組成物を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
アミノ酸配列：
(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ
を有する変異型ＣＤＲＨ３領域を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝３〜２０であるポリペプチド。
【請求項２】
Ｘ１がコドンセットＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせによってコード化される、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
Ｘ１がコドンセットＴＭＴ及び／又はＫＭＴによってコード化される、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
アミノ酸配列が(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ−Ｄ−Ｙである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
ｎ＝７〜２０である、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項６】
Ｘ１が抗体４Ｄ５のＣＤＲＨ３のアミノ酸位置９５に一致する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項７】
アミノ酸配列：
Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−(Ｘ３)ｎ−Ｇ−Ｘ４−Ｔ−Ｘ５−Ｙ−Ａ
を有する変異型ＣＤＲＨ２を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４及び／又はＸ５は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝１〜２であるポリペプチド。
【請求項８】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
ｎ＝２である、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
アミノ酸配列：
Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−(Ｘ２)ｎ−Ｉ
を有する変異型ＣＤＲＨ１を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１及び／又はＸ２が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４であるポリペプチド。
【請求項１２】
コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１１に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
ｎ＝４である、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
アミノ酸配列：
Ｑ−Ｘ１−(Ｘ２)ｎ−Ｐ−Ｘ３−Ｔ−Ｆ
を有する変異型ＣＤＲＬ３を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１がＱであるか又は欠損しており、Ｘ２及び／又はＸ３は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４であるポリペプチド。
【請求項１６】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
ｎ＝４である、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
アミノ酸配列：
Ｙ−Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ
を有する変異型ＣＤＲＬ２を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１及び／又はＸ２は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるポリペプチド。
【請求項２０】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１９に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項２０に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
アミノ酸配列：
Ｓ−Ｑ−(Ｘ１)ｎ−Ｖ
を有する変異型ＣＤＲＬ１を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝３〜５であるポリペプチド。
【請求項２３】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項２２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２５】
ｎ＝５である、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
変異型ＣＤＲＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｌ１、Ｌ２及び／又はＬ３を含んでなるポリペプチドであり、該変異型ＣＤＲが溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に変異型アミノ酸を有し、該変異型アミノ酸が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるポリペプチド。
【請求項２７】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置９５、９６、９７、９８、９９、１００及び１００ａの少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ３を含んでなる、請求項１ないし６及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項２８】
ポリペプチドが、位置９５、９６、９７、９８、９９、１００及び１００とＣ末端配列ＡＭＤＹの間の位置の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ３を含んでなる、請求項１ないし６及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項２９】
変異型ＣＤＲＨ３が一以上の位置への挿入を含み、該一以上の位置が制限コドンセットによりコードされるアミノ酸を含む、請求項１ないし６及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３０】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置５０、５２、５３、５４、５６及び５８の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ２を含んでなる、請求項７ないし１０及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３１】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置２８、３０、３１、３２及び３３の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ１を含んでなる、請求項１１ないし１４及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３２】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置９２、９３、９４、９５及び９７の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＬ３を含んでなる、請求項１５ないし１８及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３３】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置５１及び５４の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＬ２を含んでなる、請求項１９ないし２１及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３４】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置２９、３０、３１、３２及び３３の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＬ１を含んでなる、請求項２２ないし２５及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３５】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１ないし３４の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３６】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項１ないし３５の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３７】
請求項１ないし３６の何れか一に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子を含んでなる核酸。
【請求項３８】
請求項３７に記載の核酸を含んでなるベクター。
【請求項３９】
複製可能な発現ベクターである、請求項３８に記載のベクター。
【請求項４０】
ベクターが、ｌａｃＺプロモータ系、アルカリホスファターゼｐｈｏＡプロモータ（Ａｐ）、バクテリオファージｌＰＬプロモータ（温度感受性プロモータ）、ｔａｃプロモータ、トリプトファンプロモータおよびバクテリオファージＴ７プロモータからなる群から選択されるポリペプチドに連結したプロモータ領域を有する、請求項３９に記載のベクター。
【請求項４１】
ウイルス表面上に表出される請求項１ないし３６の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなるウイルス。
【請求項４２】
複数の少なくとも１×１０４の請求項１ないし３６の何れか一に記載の異なるポリペプチド配列を含んでなるライブラリ。
【請求項４３】
請求項３９又は４０に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項４４】
さらに、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２又はＣＤＲＬ３からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４又は５の付加的な変異体ＣＤＲを含み、少なくとも一のＣＤＲが溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に変異型アミノ酸を有し、該変異型アミノ酸が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化される、請求項１ないし２５の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項４５】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項４４に記載のポリペプチド。
【請求項４６】
制限コドンセットが４又は４以下のアミノ酸をコードする、請求項４５に記載のポリペプチド。
【請求項４７】
制限コドンセットが２のアミノ酸のみをコードする、請求項４４ないし４６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項４８】
２のアミノ酸がＹ及びＳである、請求項４７に記載のポリペプチド。
【請求項４９】
変異型ＣＤＲＨ３を含み、付加的なＣＤＲがＣＤＲＨ１及び／又はＣＤＲＨ２である、請求項４４ないし４８の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項５０】
さらに、変異型軽鎖ＣＤＲを含む、請求項４９に記載のポリペプチド。
【請求項５１】
変異型軽鎖ＣＤＲがＣＤＲＬ３である、請求項５０に記載のポリペプチド。
【請求項５２】
さらに、変異型ＣＤＲＬ１及び／又はＣＤＲＬ２を含む、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５３】
ポリペプチドが重鎖抗体可変ドメインである、請求項１ないし３６及び４４ないし５２の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項５４】
（ａ）請求項１ないし１４の何れか一に記載のポリペプチドを含む重鎖抗体可変ドメイン；と
（ｂ）請求項１５ないし２５の何れか一に記載のポリペプチドを含む軽鎖抗体可変ドメイン：
を有する少なくとも二つの抗体可変ドメインを含んでなるポリペプチド。
【請求項５５】
さらに、重鎖抗体可変ドメインのＣ末端領域に連結した二量体化ドメインを含む、請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項５６】
二量体化ドメインがロイシンジッパードメイン又は少なくとも一のシステイン残基を含む配列を含む、請求項５５に記載のポリペプチド。
【請求項５７】
二量体化ドメインが抗体からのヒンジ領域及びロイシンジッパーを含む、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項５８】
二量体化ドメインが単一システインである、請求項５５に記載のポリペプチド。
【請求項５９】
請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなる融合ポリペプチドであり、該ポリペプチドを有する抗体可変ドメインが少なくとも一のウイルスコートタンパク質の一部と融合している融合ポリペプチド。
【請求項６０】
ウイルスコートタンパク質がタンパク質ｐＩＩＩ、主要コートタンパク質ｐＶＩＩＩ、Ｓｏｃ、Ｈｏｃ、ｇｐＤ、ｐｖ1およびそれらの変異体からなる群から選択されたものである、請求項５９に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６１】
さらに、可変ドメインとウイルスコートタンパク質との間に二量体化ドメインを含む、請求項５９に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６２】
可変ドメインが重鎖のものである、請求項６１に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６３】
さらに、ペプチドタグに融合した可変ドメインを含む、請求項５９に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６４】
可変ドメインが軽鎖のものである、請求項６３に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６５】
ペプチドタグがｇＤ、ｃ-ｍｙｃ、ポリ-ｈｉｓ、蛍光タンパク質およびＢ-ガラクトシダーゼからなる群から選択されたものである、請求項６３に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６６】
さらに、単一抗体鋳型から得られたＦＲ配列である、変異型ＣＤＲに一致する抗体可変ドメインのＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及び／又はＦＲ４を含む、請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項６７】
各々のＦＲが抗体４Ｄ５の配列（配列番号１）を有する、請求項６６に記載のポリペプチド。
【請求項６８】
請求項４４ないし６７の何れか一に記載のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチド分子を含む核酸。
【請求項６９】
請求項６８に記載の核酸を含むベクター。
【請求項７０】
複製可能な発現ベクターである、請求項６９に記載のベクター。
【請求項７１】
複製可能な発現ベクターが、Ｍ１３、ｆ１、ｆｄ、Ｐｆ３ファージ又はその誘導体、又はλ様ファージ、例えばλ、２１、ｐｈｉ８０、ｐｈｉ８１、８２、４２４、４３４など又はその誘導体である、請求項７０に記載のベクター。
【請求項７２】
ウイルス表面上に表出される請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなるウイルス。
【請求項７３】
複数の請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなり、少なくとも１×１０４の異なる抗体可変ドメイン配列を有するライブラリ。
【請求項７４】
請求項７０に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項７５】
複数のポリペプチドを有する組成物を生成する方法であり、
（ａ）ＣＤＲＨ１又はＣＤＲＨ２又はＣＤＲＨ３の変異型ＣＤＲの少なくとも一又はそれらの混合を含んでなるポリペプチド
（ｉ）変異型ＣＤＲＨ３を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ
を有し、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝３〜２０であるポリペプチド；
（ｉｉ）変異型ＣＤＲＨ２を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−（Ｘ３）ｎ−Ｇ−Ｘ４−Ｔ−Ｘ５−Ｙ−Ａ
を有し、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４及び／又はＸ５が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝１〜２であるポリペプチド；と
（ｉｉｉ）変異型ＣＤＲＨ１を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−（Ｘ２）ｎ−Ｉ
を有し、Ｘ１及び／又はＸ２が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝２〜４であるポリペプチド
を複数生成することを含む方法。
【請求項７６】
（ｉ）変異型ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２又はＣＤＲＬ３又はそれらの混合を含み、該変異型ＣＤＲが溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に変異を有し、該変異型アミノ酸が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化される複数のポリペプチドを生成する
ことをさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
ＣＤＲＬ１又はＣＤＲＬ２又はＣＤＲＬ３の変異型ＣＤＲの少なくとも一又はそれらの混合を含んでなるポリペプチド
（ｉ）変異型ＣＤＲＬ３を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｑ−Ｘ１−(Ｘ２)ｎ−Ｐ−Ｘ３−Ｔ−Ｆ
を有し、Ｘ１がＱであるか又は欠損しており、Ｘ２及び／又はＸ３は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４であるポリペプチド；
（ｉｉ）変異型ＣＤＲＬ２を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｙ−Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ
を有し、Ｘ１及び／又はＸ２は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるポリペプチド；と
（ｉｉｉ）変異型ＣＤＲＬ１を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｓ−Ｑ−(Ｘ１)ｎ−Ｖ
を有し、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝３〜５であるポリペプチド
を複数生成することを含む、請求項７５または７６の方法。
【請求項７８】
（ａ）請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドの複数を有する組成物を生成し；
（ｂ）前記組成物から標的抗原に結合するポリペプチド結合体を選別し；
（ｃ）非結合体からポリペプチド結合体を単離し；
（ｄ）単離したポリペプチド結合体から所望の親和性を有する結合体を同定する
ことを含む、標的抗原へ結合するポリペプチドの選別方法。
【請求項７９】
（ａ）請求項７３に記載の抗体可変ドメインのライブラリに標的抗原を接触させ；
（ｂ）非結合体から結合体を分離して、標的抗原の結合体を溶出して、そして約０．１ｎＭ〜１０００ｎＭの濃度の減少した量の標的抗原を含む溶液中で結合体をインキュベートし；
（ｃ）最も低い濃度の標的抗原に結合することができる、約０．１ｎＭ〜２００ｎＭの親和性を有する結合体を選別する
ことを含む、抗体可変ドメインのライブラリから標的抗原に結合する抗原結合可変ドメインを選別する方法。
【請求項８０】
標的抗原が、ＶＥＧＦ、ＩＧＦ-１、ニュートラビジン、マルトース結合タンパク質、アポトーシスタンパク質、エルビンＧＳＴ、インスリン又はＩｇＧである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
標的抗原の濃度が約１００〜２５０ｎＭである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
標的抗原の濃度が約２５〜１００ｎＭである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８３】
（ａ）請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリに固定した標的抗原を結合に適した条件下で接触させることによって標的抗原へのポリペプチド結合体を単離し；
（ｂ）非結合体からライブラリ中のポリペプチド結合体を分離して、標的抗原から結合体を溶出して結合体豊富なサブ集団を得て；
（ｃ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団を用いて（ａ）−（ｂ）の工程を少なくとも二度繰り返す
ことを含む、ポリペプチドのライブラリから標的抗原に結合するポリペプチドを選別する方法。
【請求項８４】
（ｆ）結合体が混合物を形成するのに適した条件下で０．１ｎＭ〜１０００ｎＭの範囲の濃縮した標識した標的抗原とともにポリペプチド結合体のサブ集団をインキュベートし；
（ｇ）標的抗原上の標識に結合する固定した作用剤を前記混合物に接触させ；
（ｈ）標識した標的抗原に結合したポリペプチド結合体を検出して、標識した標的抗原からポリペプチド結合体を溶出し；
（ｉ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団と前回の選別より低い濃度の標識標的抗原を用いて、（ｆ）〜（ｉ）の工程を少なくとも二度繰り返す
ことをさらに含む、請求項８３に記載の選別方法。
【請求項８５】
さらに、過剰量の非標識標的抗原を混合物に添加して、十分な時間インキュベートして標識標的抗原から親和性の低い結合体を溶出することを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
（ａ）請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリに少なくとも約０．１ｎＭ〜１０００ｎＭ濃度の標的抗原を接触させて、標的抗原へのポリペプチド結合体を単離し；
（ｂ）標的抗原からポリペプチド結合体を分離して、ポリペプチド結合体豊富なサブ集団を得て；
（ｃ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団と前回の選別より低い濃度の標的抗原を用いて（ａ）−（ｂ）の工程を少なくとも二度繰り返して、もっとも低い濃度の標的抗原に結合するポリペプチド結合体を単離する
ことを含む、標的抗原への高い親和性を有する結合体を単離する方法。
【請求項８７】
（ａ）結合に適した条件下にてライブラリに０．１ｎＭ〜１０００ｎＭの範囲の濃度の標識した標的抗原を接触させて、ポリペプチド結合体と標識した標的抗原との複合体を形成させ；
（ｂ）複合体を単離して、標識した標的抗原からポリペプチド結合体を分離して、結合体豊富なサブ集団を得て；
（ｃ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団と前回の選別より低い濃度の標的抗原を用いて（ａ）−（ｂ）の工程を少なくとも二度繰り返す
ことを含む、請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリからポリペプチド結合体を選別する方法。
【請求項８８】
さらに、ポリペプチド結合体と標的抗原の複合体に過剰な非標識標的抗原を加えることを含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
工程を二度繰り返し、第一回目の選別の標的の濃度が約１００ｎＭ〜２５０ｎＭであり、第二回目の選別では約２５ｎＭ〜１００ｎＭであり、第三回目の選別では約０．１ｎＭ〜２５ｎＭである、請求項８７に記載の方法。
【請求項９０】
（ａ）ポリペプチドと標的抗原との結合に適した条件下にて、ライブラリの第一試料を濃縮した標的抗原とともにインキュベートし；
（ｂ）標的抗原なしでライブラリの第二試料をインキュベートし；
（ｃ）ポリペプチドと固定した標的抗原との結合に適した条件下にて、第一及び第二試料のそれぞれと固定した標的抗原とを接触させ；
（ｄ）各々の試料について固定した標的抗原に結合したポリペプチドを検出し；
（ｅ）第二試料からの結合ポリペプチドの量に対する第一試料の結合ポリペプチドの量の割合を算出することによって、標的抗原に対するポリペプチドの親和性を測定する
ことを含む、請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリのスクリーニング方法。
【請求項９１】
（ａ）ＣＤＲＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｈ１、Ｈ２及びＨ３からなる群から選択した起源抗体の少なくとも１、２、３、４、５又はすべてのＣＤＲを含む起源抗体のうちの軽鎖可変ドメイン、重鎖可変ドメイン、又はその両方をコードするポリヌクレオチド配列を含んでなる発現ベクターを構築し；
（ｂ）１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットを用いて、溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に起源抗体の少なくとも１、２、３、４、５又はすべてのＣＤＲを変異させる
ことを含む方法。
【請求項９２】
変異型ＣＤＲＨ３が、アミノ酸配列：
(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ
を含み、Ｘ１は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝３〜２０である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
変異型ＣＤＲＨ２が、アミノ酸配列：
Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−(Ｘ３)ｎ−Ｇ−Ｘ４−Ｔ−Ｘ５−Ｙ−Ａ
を含み、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４及び／又はＸ５は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝１〜２である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９４】
変異型ＣＤＲＨ１が、アミノ酸配列：
Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−(Ｘ２)ｎ−Ｉ
を含み、Ｘ１及び／又はＸ２が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９５】
変異型ＣＤＲＬ３が、アミノ酸配列：
Ｑ−Ｘ１−(Ｘ２)ｎ−Ｐ−Ｘ３−Ｔ−Ｆ
を含み、Ｘ１がＱであるか又は欠損しており、Ｘ２及び／又はＸ３は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９６】
変異型ＣＤＲＬ２が、アミノ酸配列：
Ｙ−Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ
を含み、Ｘ１及び／又はＸ２は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９７】
変異型ＣＤＲＬ１が、アミノ酸配列：
Ｓ−Ｑ−(Ｘ１)ｎ−Ｖ
を含み、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝３〜５である、請求項９１に記載の方法。
【請求項１】
アミノ酸配列：
(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ
を有する変異型ＣＤＲＨ３領域を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝３〜２０であるポリペプチド。
【請求項２】
Ｘ１がコドンセットＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせによってコード化される、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
Ｘ１がコドンセットＴＭＴ及び／又はＫＭＴによってコード化される、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
アミノ酸配列が(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ−Ｄ−Ｙである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
ｎ＝７〜２０である、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項６】
Ｘ１が抗体４Ｄ５のＣＤＲＨ３のアミノ酸位置９５に一致する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項７】
アミノ酸配列：
Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−(Ｘ３)ｎ−Ｇ−Ｘ４−Ｔ−Ｘ５−Ｙ−Ａ
を有する変異型ＣＤＲＨ２を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４及び／又はＸ５は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝１〜２であるポリペプチド。
【請求項８】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
ｎ＝２である、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
アミノ酸配列：
Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−(Ｘ２)ｎ−Ｉ
を有する変異型ＣＤＲＨ１を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１及び／又はＸ２が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４であるポリペプチド。
【請求項１２】
コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１１に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
ｎ＝４である、請求項１２に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
アミノ酸配列：
Ｑ−Ｘ１−(Ｘ２)ｎ−Ｐ−Ｘ３−Ｔ−Ｆ
を有する変異型ＣＤＲＬ３を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１がＱであるか又は欠損しており、Ｘ２及び／又はＸ３は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４であるポリペプチド。
【請求項１６】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
ｎ＝４である、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
アミノ酸配列：
Ｙ−Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ
を有する変異型ＣＤＲＬ２を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１及び／又はＸ２は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるポリペプチド。
【請求項２０】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１９に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項２０に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
アミノ酸配列：
Ｓ−Ｑ−(Ｘ１)ｎ−Ｖ
を有する変異型ＣＤＲＬ１を含んでなるポリペプチドであり、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝３〜５であるポリペプチド。
【請求項２３】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項２２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２５】
ｎ＝５である、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
変異型ＣＤＲＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｌ１、Ｌ２及び／又はＬ３を含んでなるポリペプチドであり、該変異型ＣＤＲが溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に変異型アミノ酸を有し、該変異型アミノ酸が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるポリペプチド。
【請求項２７】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置９５、９６、９７、９８、９９、１００及び１００ａの少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ３を含んでなる、請求項１ないし６及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項２８】
ポリペプチドが、位置９５、９６、９７、９８、９９、１００及び１００とＣ末端配列ＡＭＤＹの間の位置の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ３を含んでなる、請求項１ないし６及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項２９】
変異型ＣＤＲＨ３が一以上の位置への挿入を含み、該一以上の位置が制限コドンセットによりコードされるアミノ酸を含む、請求項１ないし６及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３０】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置５０、５２、５３、５４、５６及び５８の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ２を含んでなる、請求項７ないし１０及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３１】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置２８、３０、３１、３２及び３３の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＨ１を含んでなる、請求項１１ないし１４及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３２】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置９２、９３、９４、９５及び９７の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＬ３を含んでなる、請求項１５ないし１８及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３３】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置５１及び５４の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＬ２を含んでなる、請求項１９ないし２１及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３４】
ポリペプチドが、カバットシステムに従って番号付けした位置２９、３０、３１、３２及び３３の少なくとも一の位置に変異型アミノ酸を有する変異型ＣＤＲＬ１を含んでなる、請求項２２ないし２５及び２６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３５】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項１ないし３４の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３６】
コドンセットがＴＭＴ及び／又はＫＭＴである、請求項１ないし３５の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項３７】
請求項１ないし３６の何れか一に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子を含んでなる核酸。
【請求項３８】
請求項３７に記載の核酸を含んでなるベクター。
【請求項３９】
複製可能な発現ベクターである、請求項３８に記載のベクター。
【請求項４０】
ベクターが、ｌａｃＺプロモータ系、アルカリホスファターゼｐｈｏＡプロモータ（Ａｐ）、バクテリオファージｌＰＬプロモータ（温度感受性プロモータ）、ｔａｃプロモータ、トリプトファンプロモータおよびバクテリオファージＴ７プロモータからなる群から選択されるポリペプチドに連結したプロモータ領域を有する、請求項３９に記載のベクター。
【請求項４１】
ウイルス表面上に表出される請求項１ないし３６の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなるウイルス。
【請求項４２】
複数の少なくとも１×１０４の請求項１ないし３６の何れか一に記載の異なるポリペプチド配列を含んでなるライブラリ。
【請求項４３】
請求項３９又は４０に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項４４】
さらに、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２又はＣＤＲＬ３からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４又は５の付加的な変異体ＣＤＲを含み、少なくとも一のＣＤＲが溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に変異型アミノ酸を有し、該変異型アミノ酸が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化される、請求項１ないし２５の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項４５】
制限コドンセットがＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＲＲＣ、ＲＳＡ、ＭＫＣ、ＹＭＴ、ＲＳＴ、ＫＭＴ、ＳＲＣ、ＭＲＴ、ＷＭＴ又はこれらの組み合わせである、請求項４４に記載のポリペプチド。
【請求項４６】
制限コドンセットが４又は４以下のアミノ酸をコードする、請求項４５に記載のポリペプチド。
【請求項４７】
制限コドンセットが２のアミノ酸のみをコードする、請求項４４ないし４６の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項４８】
２のアミノ酸がＹ及びＳである、請求項４７に記載のポリペプチド。
【請求項４９】
変異型ＣＤＲＨ３を含み、付加的なＣＤＲがＣＤＲＨ１及び／又はＣＤＲＨ２である、請求項４４ないし４８の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項５０】
さらに、変異型軽鎖ＣＤＲを含む、請求項４９に記載のポリペプチド。
【請求項５１】
変異型軽鎖ＣＤＲがＣＤＲＬ３である、請求項５０に記載のポリペプチド。
【請求項５２】
さらに、変異型ＣＤＲＬ１及び／又はＣＤＲＬ２を含む、請求項５１に記載のポリペプチド。
【請求項５３】
ポリペプチドが重鎖抗体可変ドメインである、請求項１ないし３６及び４４ないし５２の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項５４】
（ａ）請求項１ないし１４の何れか一に記載のポリペプチドを含む重鎖抗体可変ドメイン；と
（ｂ）請求項１５ないし２５の何れか一に記載のポリペプチドを含む軽鎖抗体可変ドメイン：
を有する少なくとも二つの抗体可変ドメインを含んでなるポリペプチド。
【請求項５５】
さらに、重鎖抗体可変ドメインのＣ末端領域に連結した二量体化ドメインを含む、請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項５６】
二量体化ドメインがロイシンジッパードメイン又は少なくとも一のシステイン残基を含む配列を含む、請求項５５に記載のポリペプチド。
【請求項５７】
二量体化ドメインが抗体からのヒンジ領域及びロイシンジッパーを含む、請求項５６に記載のポリペプチド。
【請求項５８】
二量体化ドメインが単一システインである、請求項５５に記載のポリペプチド。
【請求項５９】
請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなる融合ポリペプチドであり、該ポリペプチドを有する抗体可変ドメインが少なくとも一のウイルスコートタンパク質の一部と融合している融合ポリペプチド。
【請求項６０】
ウイルスコートタンパク質がタンパク質ｐＩＩＩ、主要コートタンパク質ｐＶＩＩＩ、Ｓｏｃ、Ｈｏｃ、ｇｐＤ、ｐｖ1およびそれらの変異体からなる群から選択されたものである、請求項５９に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６１】
さらに、可変ドメインとウイルスコートタンパク質との間に二量体化ドメインを含む、請求項５９に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６２】
可変ドメインが重鎖のものである、請求項６１に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６３】
さらに、ペプチドタグに融合した可変ドメインを含む、請求項５９に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６４】
可変ドメインが軽鎖のものである、請求項６３に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６５】
ペプチドタグがｇＤ、ｃ-ｍｙｃ、ポリ-ｈｉｓ、蛍光タンパク質およびＢ-ガラクトシダーゼからなる群から選択されたものである、請求項６３に記載の融合ポリペプチド。
【請求項６６】
さらに、単一抗体鋳型から得られたＦＲ配列である、変異型ＣＤＲに一致する抗体可変ドメインのＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及び／又はＦＲ４を含む、請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチド。
【請求項６７】
各々のＦＲが抗体４Ｄ５の配列（配列番号１）を有する、請求項６６に記載のポリペプチド。
【請求項６８】
請求項４４ないし６７の何れか一に記載のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチド分子を含む核酸。
【請求項６９】
請求項６８に記載の核酸を含むベクター。
【請求項７０】
複製可能な発現ベクターである、請求項６９に記載のベクター。
【請求項７１】
複製可能な発現ベクターが、Ｍ１３、ｆ１、ｆｄ、Ｐｆ３ファージ又はその誘導体、又はλ様ファージ、例えばλ、２１、ｐｈｉ８０、ｐｈｉ８１、８２、４２４、４３４など又はその誘導体である、請求項７０に記載のベクター。
【請求項７２】
ウイルス表面上に表出される請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなるウイルス。
【請求項７３】
複数の請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなり、少なくとも１×１０４の異なる抗体可変ドメイン配列を有するライブラリ。
【請求項７４】
請求項７０に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項７５】
複数のポリペプチドを有する組成物を生成する方法であり、
（ａ）ＣＤＲＨ１又はＣＤＲＨ２又はＣＤＲＨ３の変異型ＣＤＲの少なくとも一又はそれらの混合を含んでなるポリペプチド
（ｉ）変異型ＣＤＲＨ３を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ
を有し、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝３〜２０であるポリペプチド；
（ｉｉ）変異型ＣＤＲＨ２を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−（Ｘ３）ｎ−Ｇ−Ｘ４−Ｔ−Ｘ５−Ｙ−Ａ
を有し、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４及び／又はＸ５が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝１〜２であるポリペプチド；と
（ｉｉｉ）変異型ＣＤＲＨ１を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−（Ｘ２）ｎ−Ｉ
を有し、Ｘ１及び／又はＸ２が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝２〜４であるポリペプチド
を複数生成することを含む方法。
【請求項７６】
（ｉ）変異型ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２又はＣＤＲＬ３又はそれらの混合を含み、該変異型ＣＤＲが溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に変異を有し、該変異型アミノ酸が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化される複数のポリペプチドを生成する
ことをさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
ＣＤＲＬ１又はＣＤＲＬ２又はＣＤＲＬ３の変異型ＣＤＲの少なくとも一又はそれらの混合を含んでなるポリペプチド
（ｉ）変異型ＣＤＲＬ３を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｑ−Ｘ１−(Ｘ２)ｎ−Ｐ−Ｘ３−Ｔ−Ｆ
を有し、Ｘ１がＱであるか又は欠損しており、Ｘ２及び／又はＸ３は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４であるポリペプチド；
（ｉｉ）変異型ＣＤＲＬ２を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｙ−Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ
を有し、Ｘ１及び／又はＸ２は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるポリペプチド；と
（ｉｉｉ）変異型ＣＤＲＬ１を含んでなるポリペプチドが、アミノ酸配列：
Ｓ−Ｑ−(Ｘ１)ｎ−Ｖ
を有し、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝３〜５であるポリペプチド
を複数生成することを含む、請求項７５または７６の方法。
【請求項７８】
（ａ）請求項１ないし３１及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドの複数を有する組成物を生成し；
（ｂ）前記組成物から標的抗原に結合するポリペプチド結合体を選別し；
（ｃ）非結合体からポリペプチド結合体を単離し；
（ｄ）単離したポリペプチド結合体から所望の親和性を有する結合体を同定する
ことを含む、標的抗原へ結合するポリペプチドの選別方法。
【請求項７９】
（ａ）請求項７３に記載の抗体可変ドメインのライブラリに標的抗原を接触させ；
（ｂ）非結合体から結合体を分離して、標的抗原の結合体を溶出して、そして約０．１ｎＭ〜１０００ｎＭの濃度の減少した量の標的抗原を含む溶液中で結合体をインキュベートし；
（ｃ）最も低い濃度の標的抗原に結合することができる、約０．１ｎＭ〜２００ｎＭの親和性を有する結合体を選別する
ことを含む、抗体可変ドメインのライブラリから標的抗原に結合する抗原結合可変ドメインを選別する方法。
【請求項８０】
標的抗原が、ＶＥＧＦ、ＩＧＦ-１、ニュートラビジン、マルトース結合タンパク質、アポトーシスタンパク質、エルビンＧＳＴ、インスリン又はＩｇＧである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
標的抗原の濃度が約１００〜２５０ｎＭである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
標的抗原の濃度が約２５〜１００ｎＭである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８３】
（ａ）請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリに固定した標的抗原を結合に適した条件下で接触させることによって標的抗原へのポリペプチド結合体を単離し；
（ｂ）非結合体からライブラリ中のポリペプチド結合体を分離して、標的抗原から結合体を溶出して結合体豊富なサブ集団を得て；
（ｃ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団を用いて（ａ）−（ｂ）の工程を少なくとも二度繰り返す
ことを含む、ポリペプチドのライブラリから標的抗原に結合するポリペプチドを選別する方法。
【請求項８４】
（ｆ）結合体が混合物を形成するのに適した条件下で０．１ｎＭ〜１０００ｎＭの範囲の濃縮した標識した標的抗原とともにポリペプチド結合体のサブ集団をインキュベートし；
（ｇ）標的抗原上の標識に結合する固定した作用剤を前記混合物に接触させ；
（ｈ）標識した標的抗原に結合したポリペプチド結合体を検出して、標識した標的抗原からポリペプチド結合体を溶出し；
（ｉ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団と前回の選別より低い濃度の標識標的抗原を用いて、（ｆ）〜（ｉ）の工程を少なくとも二度繰り返す
ことをさらに含む、請求項８３に記載の選別方法。
【請求項８５】
さらに、過剰量の非標識標的抗原を混合物に添加して、十分な時間インキュベートして標識標的抗原から親和性の低い結合体を溶出することを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
（ａ）請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリに少なくとも約０．１ｎＭ〜１０００ｎＭ濃度の標的抗原を接触させて、標的抗原へのポリペプチド結合体を単離し；
（ｂ）標的抗原からポリペプチド結合体を分離して、ポリペプチド結合体豊富なサブ集団を得て；
（ｃ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団と前回の選別より低い濃度の標的抗原を用いて（ａ）−（ｂ）の工程を少なくとも二度繰り返して、もっとも低い濃度の標的抗原に結合するポリペプチド結合体を単離する
ことを含む、標的抗原への高い親和性を有する結合体を単離する方法。
【請求項８７】
（ａ）結合に適した条件下にてライブラリに０．１ｎＭ〜１０００ｎＭの範囲の濃度の標識した標的抗原を接触させて、ポリペプチド結合体と標識した標的抗原との複合体を形成させ；
（ｂ）複合体を単離して、標識した標的抗原からポリペプチド結合体を分離して、結合体豊富なサブ集団を得て；
（ｃ）場合によっては、すでに選別して得られた結合体のサブ集団と前回の選別より低い濃度の標的抗原を用いて（ａ）−（ｂ）の工程を少なくとも二度繰り返す
ことを含む、請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリからポリペプチド結合体を選別する方法。
【請求項８８】
さらに、ポリペプチド結合体と標的抗原の複合体に過剰な非標識標的抗原を加えることを含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
工程を二度繰り返し、第一回目の選別の標的の濃度が約１００ｎＭ〜２５０ｎＭであり、第二回目の選別では約２５ｎＭ〜１００ｎＭであり、第三回目の選別では約０．１ｎＭ〜２５ｎＭである、請求項８７に記載の方法。
【請求項９０】
（ａ）ポリペプチドと標的抗原との結合に適した条件下にて、ライブラリの第一試料を濃縮した標的抗原とともにインキュベートし；
（ｂ）標的抗原なしでライブラリの第二試料をインキュベートし；
（ｃ）ポリペプチドと固定した標的抗原との結合に適した条件下にて、第一及び第二試料のそれぞれと固定した標的抗原とを接触させ；
（ｄ）各々の試料について固定した標的抗原に結合したポリペプチドを検出し；
（ｅ）第二試料からの結合ポリペプチドの量に対する第一試料の結合ポリペプチドの量の割合を算出することによって、標的抗原に対するポリペプチドの親和性を測定する
ことを含む、請求項１ないし３６及び４４ないし５４の何れか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリのスクリーニング方法。
【請求項９１】
（ａ）ＣＤＲＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｈ１、Ｈ２及びＨ３からなる群から選択した起源抗体の少なくとも１、２、３、４、５又はすべてのＣＤＲを含む起源抗体のうちの軽鎖可変ドメイン、重鎖可変ドメイン、又はその両方をコードするポリヌクレオチド配列を含んでなる発現ベクターを構築し；
（ｂ）１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットを用いて、溶媒と接触しうる非常に多様な少なくとも一のアミノ酸位置に起源抗体の少なくとも１、２、３、４、５又はすべてのＣＤＲを変異させる
ことを含む方法。
【請求項９２】
変異型ＣＤＲＨ３が、アミノ酸配列：
(Ｘ１)ｎ−Ａ−Ｍ
を含み、Ｘ１は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化されるアミノ酸であり、ｎ＝３〜２０である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
変異型ＣＤＲＨ２が、アミノ酸配列：
Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−(Ｘ３)ｎ−Ｇ−Ｘ４−Ｔ−Ｘ５−Ｙ−Ａ
を含み、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４及び／又はＸ５は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝１〜２である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９４】
変異型ＣＤＲＨ１が、アミノ酸配列：
Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−(Ｘ２)ｎ−Ｉ
を含み、Ｘ１及び／又はＸ２が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９５】
変異型ＣＤＲＬ３が、アミノ酸配列：
Ｑ−Ｘ１−(Ｘ２)ｎ−Ｐ−Ｘ３−Ｔ−Ｆ
を含み、Ｘ１がＱであるか又は欠損しており、Ｘ２及び／又はＸ３は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝２〜４である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９６】
変異型ＣＤＲＬ２が、アミノ酸配列：
Ｙ−Ｘ１−Ａ−Ｓ−Ｘ２−Ｌ
を含み、Ｘ１及び／又はＸ２は１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９７】
変異型ＣＤＲＬ１が、アミノ酸配列：
Ｓ−Ｑ−(Ｘ１)ｎ−Ｖ
を含み、Ｘ１が１０又は１０以下のアミノ酸をコードする制限コドンセットによりコード化され、ｎ＝３〜５である、請求項９１に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８Ａ】
【図１８Ｂ】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２４Ｃ】
【図２４Ｄ】
【図２４Ｅ】
【図２４Ｆ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８Ａ】
【図１８Ｂ】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２４Ｃ】
【図２４Ｄ】
【図２４Ｅ】
【図２４Ｆ】
【公表番号】特表２００７−５０１０１１（Ｐ２００７−５０１０１１Ａ）
【公表日】平成１９年１月２５日（２００７．１．２５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５２２６０３（Ｐ２００６−５２２６０３）
【出願日】平成１６年７月２８日（２００４．７．２８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２４２１８
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１２５３１
【国際公開日】平成１７年２月１０日（２００５．２．１０）
【出願人】（５９６１６８３１７）ジェネンテック・インコーポレーテッド (372)
【氏名又は名称原語表記】ＧＥＮＥＮＴＥＣＨ，ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１月２５日（２００７．１．２５）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年７月２８日（２００４．７．２８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２４２１８
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０１２５３１
【国際公開日】平成１７年２月１０日（２００５．２．１０）
【出願人】（５９６１６８３１７）ジェネンテック・インコーポレーテッド (372)
【氏名又は名称原語表記】ＧＥＮＥＮＴＥＣＨ，ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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