前立腺関連障害の予後診断及び治療のためのマイクロＲＮＡに基づく方法及び組成物
前立腺関連障害の診断、予後診断及び／又は治療のための方法及び組成物が開示されている。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象が前立腺関連障害を有する、又は発症するリスクがあるかどうかを診断する、前立腺癌関連障害を有する対象の予後を決定する、及び／又は前立腺関連障害を有する対象において前立腺関連障害を治療する方法であって、
該対象からの試験サンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含み、
ここで、対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルと比較した、該試験サンプル中の該バイオマーカーのレベルの変化が、該対象が該障害を有するか、又は発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項２】
該試験サンプル中の該少なくとも一つのバイオマーカーのレベルが、該対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルよりも低い、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該試験サンプル中の該少なくとも一つのバイオマーカーのレベルが、該対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルよりも高い請求項１に記載の方法。
【請求項４】
腫瘍組織及び非腫瘍組織間で差次的に発現される該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１１−表２に列挙されたｍｉＲ又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺腫瘍において上方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−１９６ａ−１／２、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−１９４−１／２、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３４ｂ、ｌｅｔ−７ｉ、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−４４９、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９２−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、又はそれらの機能的変異体から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺腫瘍において下方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−１３３ａ−ｌ、ｍｉＲ−１−２、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−７−１／２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−４８７、ｌｅｔ−７ｂ、又はそれらの機能的変異体から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
該少なくとも一つのバイオマーカーは、前立腺外疾患に関連し、図１２−表３に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１０１−１／２、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−１９６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３０ｃ−ｌ／２、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−１９５、ｌｅｔ−７ｆ−２、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−３７１、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−４１０及びｍｉＲ−４９１、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺腫瘍において、ｍｉＲ−１及び標的遺伝子転写体レベル間で逆相関を示し、図１３Ａ−表４Ａに列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−１９６ａ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−３６９、ｍｉＲ−４０９−３ｐ、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−４４８、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−５２０ h、及びｌｅｔ−７ｉ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−２８２−２、ｍｉＲ４９０及びｍｉＲ−５２０ｈ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、前立腺腫瘍におけるｍｉＲ−１８１ａと負の相関を示しているプローブセットを含み、該プローブセットが図１４−表５に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上を含む、前記方法。
【請求項１２】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、アンドロゲン応答性バイオマーカーであり、図１５−表６に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−１２６−５ｐ、ｍｉｒ−１８１ｂ−ｌクラスター、ｍｉＲ１８１ｃクラスター、ｍｉＲ−２１９−５ｐ及びｍｉＲ２２１クラスター、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１６−表７に列挙された一つ以上のアンドロゲンレセプター結合部位である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺癌において神経周囲の浸潤を伴った腫瘍中で上方調節されており、図２３−表９に列挙された、ｍｉＲ：ｍｉＲ−２２４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０（ａ／ｂ）、ｍｉＲ−１２５ｂ（−１／２）、ｍｉＲ−３０ａ／ｂ／ｃ−２／ｄ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−２４（−１／２）、ｍｉＲ−１５ａ−２、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−２７ａ／ｂ、ｍｉＲ−２６ａ（−１／２）、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−１５１、ｌｅｔ−７ｇ又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、ＰＮＴ腫瘍組織及び非ＰＮＴ腫瘍組織間で差次的に発現され、及び図２４−表１０に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前立腺腫瘍におけるダイサー及びＤＧＣＲ８、及び／又は高グリーソンスコアを有する腫瘍におけるダイサー及びアルゴノート−２をコードするＥＩＦ２Ｃ２の一つ以上の増加した発現を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
該サンプルが血液サンプルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
該サンプルが血清又は血漿血液サンプルの一つ以上を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
バイオマーカーであって、腫瘍組織及び非腫瘍組織間で差次的に発現され、図１１−表２に列挙されたｍｉＲ又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２０】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍において上方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ−１／２、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−１９６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−１９４−１／２、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３４ｂ、ｌｅｔ−７ｉ、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−４４９、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９２−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、又はそれらの機能的変異体から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２１】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍において下方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−１３３ａ−ｌ、ｍｉＲ−１−２、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−７−１／２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−４８７、ｌｅｔ−７ｂ、又はそれらの機能的変異体から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２２】
バイオマーカーであって、前立腺外疾患に関連し、図１２−表３に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１０１−１／２、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−１９６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３０ｃ−ｌ／２、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−１９５、ｌｅｔ−７ｆ−２、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−３７１、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−４１０及びｍｉＲ−４９１、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２３】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍においてｍｉＲ−１及び標的遺伝子転写体レベル間で逆相関を示し、図１３Ａ−表４Ａに列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２４】
バイオマーカーであって、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−１９６ａ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−３６９、ｍｉＲ−４０９−３ｐ、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−４４８、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−５２０ｈ、及びｌｅｔ−７ｉ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、前記バイオマーカー。
【請求項２５】
バイオマーカーであって、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−２８２−２、ｍｉＲ４９０及びｍｉＲ−５２０ｈ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、前記バイオマーカー。
【請求項２６】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍においてｍｉＲ−１８１ａと負の相関を示すプローブセットを含み、該プローブセットが、図１４−表５に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上を含む、前記バイオマーカー。
【請求項２７】
バイオマーカーであって、アンドロゲン応答性バイオマーカーであり、図１５−表６に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−１２６−５ｐ、ｍｉｒ−１８１ｂ−ｌクラスター、ｍｉＲ１８１ｃクラスター、ｍｉＲ−２１９−５ｐ及びｍｉＲ２２１クラスター、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２８】
バイオマーカーであって、図１６−表７に列挙された一つ以上のアンドロゲンレセプター結合部位、又はそれらの機能的変異体を含む、前記バイオマーカー。
【請求項２９】
バイオマーカーであって、図２３−表９に列挙された、前立腺癌で神経周囲の浸潤を有する腫瘍において上方調節されているｍｉＲ：ｍｉＲ−２２４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０（ａ／ｂ）、ｍｉＲ−１２５ｂ（−１／２）、ｍｉＲ−３０ａ／ｂ／ｃ−２／ｄ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−２４（−１／２）、ｍｉＲ−１５ａ−２、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−２７ａ／ｂ、ｍｉＲ−２６ａ（−１／２）、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−１５１、ｌｅｔ−７ｇ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項３０】
バイオマーカーであって、ＰＮＴ腫瘍組織及び非ＰＮＴ腫瘍組織間で差次的に発現され、図２４−表１０に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項３１】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍におけるダイサー及びＤＧＣＲ８、及び／又は高グリーソンスコアを有する腫瘍におけるダイサー及びアルゴノート−２をコードするＥＩＦ２Ｃ２；の一つ以上の増加した発現を含む、前記バイオマーカー。
【請求項３２】
前立腺腫瘍における特有のマイクロＲＮＡ発現シグネチャーであって、腫瘍マイクロＲＮＡプロセッシングを調節する一つ以上のバイオマーカーの発現の変化を含む、前記マイクロＲＮＡ発現シグネチャー。
【請求項３３】
前立腺腫瘍における標的ｍＲＮＡの転写体存在量及び／又はタンパク質発現に影響を及ぼす方法であって、それを必要とする対象において一つ以上のマイクロＲＮＡを調節解除することを含む、前記方法。
【請求項３４】
癌関連遺伝子のタンパク質発現を抑制することを含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項３５】
癌関連遺伝子のタンパク質発現を阻害するため、ｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上の発現を変化させることを含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項３６】
ヒト前立腺腫瘍で生じるマイクロＲＮＡ機能の変化を同定するための、マイクロＲＮＡ及びタンパク質コードＲＮＡの両方の大規模遺伝子発現プロファイリングの使用。
【請求項３７】
前立腺関連障害についての腫瘍遺伝子シグネチャーであって、以下：上方調節されたｍｉＲ−３２、続いてのｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−１９６ａ及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの；一つ以上；並びに／又は有意に下方制御されたｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０及びｍｉＲ−ｌ−１３３ａクラスターの一つ以上；を含む、前記腫瘍遺伝子シグネチャー。
【請求項３８】
低誤差で前立腺外疾患進展に関連する腫瘍シグネチャーであって、ｍｉＲ−１０１を含む、前記腫瘍シグネチャー。
【請求項３９】
該バイオマーカーが、前立腺腫瘍で増加した、前立腺腫瘍における宿主遺伝子発現を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
該バイオマーカーが、上方調節されたＣ９ｏｒｆ５及びＭＣＭ７の一つ以上を含み、その発現が、イントロン性マイクロＲＮＡ、それぞれｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの発現と相関する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項４１】
前立腺癌細胞中のＥ２Ｆ１及び／又はＣＤＫＮ１Ａ遺伝子を標的とするｍｉＲ−１０６ｂの使用、及び／又はＥ２Ｆ１及び／又はＣＤＫＮ１Ａ遺伝子のタンパク質発現を抑制することにおける使用。
【請求項４２】
前立腺癌細胞中のｍｉＲ−１の発現を変化させることによる、ＸＰ０６及びＰＴＫ９の一つ以上の調節。
【請求項４３】
哺乳類細胞中の標的とされたｍＲＮＡの分解及び／又は蓄積を導く、３’ＵＴＲ配列へのマイクロＲＮＡの結合の使用。
【請求項４４】
マイクロＲＮＡ標的遺伝子を予測する、ヒト組織におけるマイクロＲＮＡとｍＲＮＡ間の逆及び／又は正の相関の使用。
【請求項４５】
マイクロＲＮＡによって調節されているｍＲＮＡを同定する方法であって、ヒト組織中のマイクロＲＮＡ及びｍＲＮＡ発現の相関分析を行うことを含む、前記方法。
【請求項４６】
ｍｉＲ発現アンチセンス阻害剤であって、ｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上を含む、前記アンチセンス阻害剤。
【請求項４７】
前立腺障害又は疾患のオンコｍｉＲバイオマーカーであって、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３２、及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの一つ以上を含む、前記オンコｍｉＲバイオマーカー。
【請求項４８】
前立腺癌細胞中のタンパク質発現を調節するための方法であって、前立腺癌細胞中のｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３２、及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの一つ以上の発現を変調することを含む、前記方法。
【請求項４９】
前立腺癌細胞中のエクスポーチン−６及びＰＴＫ９の一つ以上の発現を阻止するための組成物であって、ｍｉＲ−１又はそれらの機能的変異体を含む、前記組成物。
【請求項５０】
Ｅ２Ｆ１及びｐ２１／ＷＡＦｌタンパク質レベルの一つ以上を調節することを、それを必要とする対象において行う方法であって、ｍｉＲ−１０６ｂ又はそれらの機能的変異体を使用することを含む、前記方法。
【請求項５１】
組成物であって、前立腺癌細胞におけるｐ２１／ＷＡＦｌ及び／又はＥ２Ｆ１タンパク質レベルを、それを必要とする対象において増加させるために有用なアンチセンスｍｉＲ−１０６ｂを含む、前記組成物。
【請求項５２】
請求項１に記載の方法であって、前立腺癌を有する対象の予後を決定することを含み、該対象からの試験サンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含んでおり、ここで：ｉ）該バイオマーカーは、前立腺癌の予後不良に関連し；そしてｉｉ）対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルと比較して、前立腺試験サンプル中の該少なくとも一つのバイオマーカーのレベルの変化は、予後不良を示す、前記方法。
【請求項５３】
請求項１に記載の方法であって、対象が前立腺癌を有するか、又は発症するリスクがあるかどうかを診断する方法を含み、（１）対象から得られた試験サンプルからのＲＮＡを逆転写して、標的オリゴデオキシヌクレオチドの組を提供すること；（２）該標的オリゴデオキシヌクレオチドを、ｍｉＲＮＡ特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズさせて該試験サンプルについてのハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること；及び、（３）該試験サンプルハイブリダイゼーションプロファイルと対照サンプルから生成されたハイブリダイゼーションプロファイルを比較することを含み、少なくとも一つのｍｉＲＮＡのシグナルの変化は、該対象が前立腺癌を有する、又は発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項５４】
該少なくとも一つのｍｉＲＮＡのシグナルが、対照サンプルから発生させたシグナルと比較して下方調節されており、及び／又は該少なくとも一つのｍｉＲＮＡのシグナルが、対照サンプルから生成されたシグナルと比較して上方調節されている、前記の請求項に記載の方法。
【請求項５５】
表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に列挙された群より選択される少なくとも一つのバイオマーカーのシグナルの変化が、該対象が予後不良の前立腺癌を有する、又は発症するリスクがあることを示す、前記の請求項に記載の方法。
【請求項５６】
対照細胞と比較して、少なくとも一つのバイオマーカーが対象の癌細胞で下方調節又は上方調節されている前立腺癌を有する対象において、前立腺癌を治療する方法であって、（１）該癌細胞中で該少なくとも一つのバイオマーカーが下方調節されている場合、該対象における癌細胞の増殖が抑制されるように、少なくとも一つの単離されたバイオマーカー、又は単離された変異体又はそれらの生物学的に活性な断片の有効量を該対象に投与すること；又は（２）該癌細胞中で該少なくとも一つのバイオマーカーが上方調節されている場合、該対象における癌細胞の増殖が抑制されるように、該少なくとも一つのバイオマーカーの発現を抑制するための少なくとも一つの化合物の有効量を該対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項５７】
対象の前立腺癌を治療する方法であって：（１）対照細胞と比較して、前立腺癌細胞中の少なくとも一つのバイオマーカーの量を決定すること；そして（２）（ｉ）もし、該癌細胞中で発現されたバイオマーカーの量が、対照細胞中で発現されたバイオマーカーの量よりも少ないならば、少なくとも一つの単離されたバイオマーカーの有効量を該対象に投与することにより；又は（ｉｉ）もし、該癌細胞中で発現されたバイオマーカーの量が、対照細胞中で発現されたバイオマーカーの量よりも多いならば、該少なくとも一つのバイオマーカーの発現を抑制するための少なくとも一つの化合物の有効量を該対象に投与することにより、
前立腺癌細胞中で発現されたバイオマーカーの量を変化させること；を含む、前記方法。
【請求項５８】
少なくとも一つの単離されたバイオマーカー及び薬学的に許容できる担体を含む、前立腺癌を治療するための医薬組成物。
【請求項５９】
該医薬組成物が、対照細胞と比較して前立腺癌細胞中で下方調節されているバイオマーカーに対応する、少なくとも一つの単離されたバイオマーカーをその中に含む、前記の請求項に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
該医薬組成物が、少なくとも一つのｍｉＲ発現阻害化合物及び薬学的に許容できる担体を含む、前記の請求項に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
抗前立腺癌剤を同定する方法であって、細胞に試験剤を与えること、そして前立腺癌細胞中の減少した発現レベルに関連する少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで、対照細胞と比較した、該細胞中のバイオマーカーのレベルの増加は、該試験剤が抗前立腺癌剤であることを示す、前記方法。
【請求項６２】
抗前立腺癌剤を同定する方法であって、細胞に試験剤を与えること、そして前立腺癌細胞中の増加した発現レベルに関連する少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで、対照細胞と比較した、該細胞中のバイオマーカーのレベルの減少は、該試験剤が抗前立腺癌剤であることを示す、前記方法。
【請求項６３】
前立腺癌関連疾患を予防する、診断する及び／又は治療するための療法の有効性を評価する方法であって：ｉ）その有効性が評価されている療法を動物に供すること；そしてｉｉ）表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを評価することにより、該疾患を治療する又は予防することについて試験されている治療の有効性のレベルを決定すること；を含む、前記方法。
【請求項６４】
該候補療法剤が、医薬組成物、栄養補助食品組成物及びホメオパシー組成物の一つ以上を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項６５】
評価されている療法が、ヒト対象での使用のためである、前記の請求項に記載の方法。
【請求項６６】
製品であって：表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前立腺癌関連疾患のためのマーカーに結合する少なくとも一つの捕捉試薬を含む、前記製品。
【請求項６７】
前立腺癌関連疾患を治療する療法剤の候補化合物をスクリーニングするためのキットであって、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーの一つ以上の試薬、及び少なくとも一つのバイオマーカーを発現している細胞を含む、前記キット。
【請求項６８】
該バイオマーカーの存在が、少なくとも一つのバイオマーカーと特異的に結合する抗体又は抗体断片を含む試薬を使用して検出される、前記の請求項に記載のキット。
【請求項６９】
個体における該疾患合併症を治療する、予防する、逆行させる、又は重症度を限定する医薬の製造のための、前立腺癌関連疾患応答シグナル伝達経路を妨害する剤の使用であって、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記使用。
【請求項７０】
前立腺癌関連疾患合併症を治療する、予防する、逆行させる、又は重症度を限定することを、それを必要とする個体で行う方法であって：少なくとも前立腺癌関連疾患応答カスケードを妨害する剤を該個体に投与することを含んでおり、該剤が、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記方法。
【請求項７１】
個体の前立腺癌関連疾患合併症を治療する、予防する、逆行させる、又は重症度を限定する医薬の製造のための、少なくとも前立腺癌関連疾患応答カスケードを妨害する剤の使用であって、該剤が、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記使用。
【請求項７２】
ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上のアンチセンス阻害剤を含む組成物。
【請求項７３】
前立腺障害を治療することを、それを必要とする対象において行う方法であって、前記の請求項の組成物の療法的に有効量を対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項７４】
該組成物が予防的に投与される、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７５】
該組成物の投与が、該障害の一つ以上の症状の発症を遅延させる、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７６】
該ペプチドの投与が、前立腺癌の発生を抑制する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７７】
該ペプチドの投与が、腫瘍増殖を抑制する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７８】
該ペプチドの投与が、感染を阻害する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７９】
生物学的サンプル中の前立腺癌の存在を検出する方法であって：ａ）前立腺癌を含有すると疑われる生物学的サンプルを、それらのためのマーカーに暴露すること；そしてｂ）もしあれば、該サンプル中の該マーカーの存在又は不存在を検出すること；を含む、前記方法。
【請求項８０】
該マーカーが検出可能な標識を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８１】
該対象からの生物学的サンプル中の該マーカーの量と、正常対象からの対応する生物学的サンプル中の該マーカーの量を比較することをさらに含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８２】
異なる時点で対象から複数の生物学的サンプルを集めること、及び各生物学的サンプル中の該マーカーの量を比較して、時間とともに該対象において該マーカーの量が増加している又は減少しているかどうかを決定することをさらに含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８３】
対象の前立腺癌を治療する方法であって、前立腺レセプターアゴニストの療法的有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項８４】
該レセプターアゴニストが、ｍｉＲ−ｌ、ｍｉＲ−２１及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上のアンチセンス阻害剤である、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８５】
前立腺癌の治療のための薬剤を製造するための使用であって、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に示したｍｉＲ、それらから派生する配列、こうしたｍｉＲの相補的配列、及びこうした相補的配列から派生する配列の内から選択される核酸分子を含む、前記使用。
【請求項８６】
該薬剤が、表２に列挙されたｍｉＲ、こうしたｍｉＲから派生する配列、こうしたｍｉＲの相補的配列、及びこうした相補的配列から派生する配列の中から選択される配列を示す核酸分子を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８７】
前立腺癌細胞の分化を誘発するために有効な療法剤又は療法剤の組み合わせを同定するためのインビトロの方法であって、ｉ）前立腺腫瘍に由来する細胞を培養すること、ｉｉ）該細胞株の培養培地に少なくとも一つの化合物を添加すること、ｉｉｉ）段階（ｉ）及び（ｉｉ）間の少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルの進展を分析すること、及びｉｖ）段階（ｉ）及び（ｉｉ）間のｍｉＲの発現レベルの変化を誘発する化合物又は化合物の組み合わせを同定する；段階を含む、前記方法。
【請求項８８】
段階（ｉｉｉ）が、少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルの分析を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８９】
段階（ｉｖ）が、少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルを変調する化合物又は化合物の組み合わせの同定を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項９０】
段階（ｉｖ）が、少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルを減少させる化合物又は化合物の組み合わせの同定を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項９１】
該化合物が癌の治療のための療法剤である、前記の請求項に記載の方法。
【請求項９２】
対象からの前立腺組織を分類する方法であって：ａ）試験細胞集団中の表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に列挙された群より選択される一つ以上の核酸配列の発現を測定すること、ここで、前記試験細胞集団中の少なくとも一つの細胞は、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に列挙された群より選択される一つ以上の核酸配列を発現することができる；ｂ）該核酸配列（単数又は複数）の発現と、前立腺癌分類が既知である少なくとも一つの細胞を含む参照細胞集団中の核酸配列（単数又は複数）の発現を比較すること；及びｃ）存在するならば、該試験細胞集団及び参照細胞集団中から成る群より選択される一つ以上の核酸配列の発現レベルの相違を同定し、それにより該対象の前立腺癌を分類すること；を含む、前記方法。
【請求項９３】
該参照細胞集団と比較して相違する該試験細胞集団における核酸（単数又は複数）の発現、該試験細胞集団が該参照細胞集団からの細胞とは異なった分類を有することを示す、請求項８６に記載の方法。
【請求項９４】
該参照細胞集団と比較して類似する該試験細胞集団における核酸（単数又は複数）の発現パターンが、該試験細胞集団が該参照細胞集団からの細胞と同一の分類を有することを示す、請求項８６に記載の方法。
【請求項９５】
該参照細胞集団が、複数の細胞又はデータベースである、請求項８６に記載の方法。
【請求項９６】
該参照細胞集団が：正常前立腺組織からの細胞集団として分類される参照細胞集団、良性前立腺組織からの細胞集団として分類される参照細胞集団、及び悪性前立腺組織からの細胞集団として分類される参照細胞集団；から成る群より選択される、前記の請求項に記載の方法。
【請求項１】
対象が前立腺関連障害を有する、又は発症するリスクがあるかどうかを診断する、前立腺癌関連障害を有する対象の予後を決定する、及び／又は前立腺関連障害を有する対象において前立腺関連障害を治療する方法であって、
該対象からの試験サンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含み、
ここで、対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルと比較した、該試験サンプル中の該バイオマーカーのレベルの変化が、該対象が該障害を有するか、又は発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項２】
該試験サンプル中の該少なくとも一つのバイオマーカーのレベルが、該対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルよりも低い、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該試験サンプル中の該少なくとも一つのバイオマーカーのレベルが、該対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルよりも高い請求項１に記載の方法。
【請求項４】
腫瘍組織及び非腫瘍組織間で差次的に発現される該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１１−表２に列挙されたｍｉＲ又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺腫瘍において上方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−１９６ａ−１／２、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−１９４−１／２、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３４ｂ、ｌｅｔ−７ｉ、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−４４９、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９２−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、又はそれらの機能的変異体から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺腫瘍において下方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−１３３ａ−ｌ、ｍｉＲ−１−２、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−７−１／２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−４８７、ｌｅｔ−７ｂ、又はそれらの機能的変異体から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
該少なくとも一つのバイオマーカーは、前立腺外疾患に関連し、図１２−表３に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１０１−１／２、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−１９６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３０ｃ−ｌ／２、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−１９５、ｌｅｔ−７ｆ−２、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−３７１、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−４１０及びｍｉＲ−４９１、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺腫瘍において、ｍｉＲ−１及び標的遺伝子転写体レベル間で逆相関を示し、図１３Ａ−表４Ａに列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−１９６ａ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−３６９、ｍｉＲ−４０９−３ｐ、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−４４８、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−５２０ h、及びｌｅｔ−７ｉ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−２８２−２、ｍｉＲ４９０及びｍｉＲ−５２０ｈ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、前立腺腫瘍におけるｍｉＲ−１８１ａと負の相関を示しているプローブセットを含み、該プローブセットが図１４−表５に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上を含む、前記方法。
【請求項１２】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、アンドロゲン応答性バイオマーカーであり、図１５−表６に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−１２６−５ｐ、ｍｉｒ−１８１ｂ−ｌクラスター、ｍｉＲ１８１ｃクラスター、ｍｉＲ−２１９−５ｐ及びｍｉＲ２２１クラスター、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、図１６−表７に列挙された一つ以上のアンドロゲンレセプター結合部位である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、前立腺癌において神経周囲の浸潤を伴った腫瘍中で上方調節されており、図２３−表９に列挙された、ｍｉＲ：ｍｉＲ−２２４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０（ａ／ｂ）、ｍｉＲ−１２５ｂ（−１／２）、ｍｉＲ−３０ａ／ｂ／ｃ−２／ｄ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−２４（−１／２）、ｍｉＲ−１５ａ−２、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−２７ａ／ｂ、ｍｉＲ−２６ａ（−１／２）、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−１５１、ｌｅｔ−７ｇ又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
該少なくとも一つのバイオマーカーが、ＰＮＴ腫瘍組織及び非ＰＮＴ腫瘍組織間で差次的に発現され、及び図２４−表１０に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前立腺腫瘍におけるダイサー及びＤＧＣＲ８、及び／又は高グリーソンスコアを有する腫瘍におけるダイサー及びアルゴノート−２をコードするＥＩＦ２Ｃ２の一つ以上の増加した発現を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
該サンプルが血液サンプルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
該サンプルが血清又は血漿血液サンプルの一つ以上を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
バイオマーカーであって、腫瘍組織及び非腫瘍組織間で差次的に発現され、図１１−表２に列挙されたｍｉＲ又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２０】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍において上方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ−１／２、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−１９６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−１９４−１／２、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３４ｂ、ｌｅｔ−７ｉ、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−４４９、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９２−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、又はそれらの機能的変異体から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２１】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍において下方調節されている、図１１−表２に列挙された一つ以上のｍｉＲ：ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−１３３ａ−ｌ、ｍｉＲ−１−２、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−７−１／２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−４８７、ｌｅｔ−７ｂ、又はそれらの機能的変異体から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２２】
バイオマーカーであって、前立腺外疾患に関連し、図１２−表３に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１０１−１／２、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−１９６ａ−ｌ／２、ｍｉＲ−３０ｃ−ｌ／２、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−１９５、ｌｅｔ−７ｆ−２、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−３７１、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−４１０及びｍｉＲ−４９１、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２３】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍においてｍｉＲ−１及び標的遺伝子転写体レベル間で逆相関を示し、図１３Ａ−表４Ａに列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２４】
バイオマーカーであって、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−１９６ａ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−３６９、ｍｉＲ−４０９−３ｐ、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−４４８、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−５２０ｈ、及びｌｅｔ−７ｉ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、前記バイオマーカー。
【請求項２５】
バイオマーカーであって、図１３Ｂ−表４Ｂに列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−２８２−２、ｍｉＲ４９０及びｍｉＲ−５２０ｈ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、前記バイオマーカー。
【請求項２６】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍においてｍｉＲ−１８１ａと負の相関を示すプローブセットを含み、該プローブセットが、図１４−表５に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上を含む、前記バイオマーカー。
【請求項２７】
バイオマーカーであって、アンドロゲン応答性バイオマーカーであり、図１５−表６に列挙されたｍｉＲ：ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−１２６−５ｐ、ｍｉｒ−１８１ｂ−ｌクラスター、ｍｉＲ１８１ｃクラスター、ｍｉＲ−２１９−５ｐ及びｍｉＲ２２１クラスター、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項２８】
バイオマーカーであって、図１６−表７に列挙された一つ以上のアンドロゲンレセプター結合部位、又はそれらの機能的変異体を含む、前記バイオマーカー。
【請求項２９】
バイオマーカーであって、図２３−表９に列挙された、前立腺癌で神経周囲の浸潤を有する腫瘍において上方調節されているｍｉＲ：ｍｉＲ−２２４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０（ａ／ｂ）、ｍｉＲ−１２５ｂ（−１／２）、ｍｉＲ−３０ａ／ｂ／ｃ−２／ｄ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−２４（−１／２）、ｍｉＲ−１５ａ−２、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−２７ａ／ｂ、ｍｉＲ−２６ａ（−１／２）、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１８１ａ−ｌ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−１５１、ｌｅｔ−７ｇ、又はそれらの機能的変異体の一つ以上から選択される、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項３０】
バイオマーカーであって、ＰＮＴ腫瘍組織及び非ＰＮＴ腫瘍組織間で差次的に発現され、図２４−表１０に列挙された遺伝子又はそれらの機能的変異体の一つ以上である、少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記バイオマーカー。
【請求項３１】
バイオマーカーであって、前立腺腫瘍におけるダイサー及びＤＧＣＲ８、及び／又は高グリーソンスコアを有する腫瘍におけるダイサー及びアルゴノート−２をコードするＥＩＦ２Ｃ２；の一つ以上の増加した発現を含む、前記バイオマーカー。
【請求項３２】
前立腺腫瘍における特有のマイクロＲＮＡ発現シグネチャーであって、腫瘍マイクロＲＮＡプロセッシングを調節する一つ以上のバイオマーカーの発現の変化を含む、前記マイクロＲＮＡ発現シグネチャー。
【請求項３３】
前立腺腫瘍における標的ｍＲＮＡの転写体存在量及び／又はタンパク質発現に影響を及ぼす方法であって、それを必要とする対象において一つ以上のマイクロＲＮＡを調節解除することを含む、前記方法。
【請求項３４】
癌関連遺伝子のタンパク質発現を抑制することを含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項３５】
癌関連遺伝子のタンパク質発現を阻害するため、ｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上の発現を変化させることを含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項３６】
ヒト前立腺腫瘍で生じるマイクロＲＮＡ機能の変化を同定するための、マイクロＲＮＡ及びタンパク質コードＲＮＡの両方の大規模遺伝子発現プロファイリングの使用。
【請求項３７】
前立腺関連障害についての腫瘍遺伝子シグネチャーであって、以下：上方調節されたｍｉＲ−３２、続いてのｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−１９６ａ及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの；一つ以上；並びに／又は有意に下方制御されたｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０及びｍｉＲ−ｌ−１３３ａクラスターの一つ以上；を含む、前記腫瘍遺伝子シグネチャー。
【請求項３８】
低誤差で前立腺外疾患進展に関連する腫瘍シグネチャーであって、ｍｉＲ−１０１を含む、前記腫瘍シグネチャー。
【請求項３９】
該バイオマーカーが、前立腺腫瘍で増加した、前立腺腫瘍における宿主遺伝子発現を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
該バイオマーカーが、上方調節されたＣ９ｏｒｆ５及びＭＣＭ７の一つ以上を含み、その発現が、イントロン性マイクロＲＮＡ、それぞれｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの発現と相関する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項４１】
前立腺癌細胞中のＥ２Ｆ１及び／又はＣＤＫＮ１Ａ遺伝子を標的とするｍｉＲ−１０６ｂの使用、及び／又はＥ２Ｆ１及び／又はＣＤＫＮ１Ａ遺伝子のタンパク質発現を抑制することにおける使用。
【請求項４２】
前立腺癌細胞中のｍｉＲ−１の発現を変化させることによる、ＸＰ０６及びＰＴＫ９の一つ以上の調節。
【請求項４３】
哺乳類細胞中の標的とされたｍＲＮＡの分解及び／又は蓄積を導く、３’ＵＴＲ配列へのマイクロＲＮＡの結合の使用。
【請求項４４】
マイクロＲＮＡ標的遺伝子を予測する、ヒト組織におけるマイクロＲＮＡとｍＲＮＡ間の逆及び／又は正の相関の使用。
【請求項４５】
マイクロＲＮＡによって調節されているｍＲＮＡを同定する方法であって、ヒト組織中のマイクロＲＮＡ及びｍＲＮＡ発現の相関分析を行うことを含む、前記方法。
【請求項４６】
ｍｉＲ発現アンチセンス阻害剤であって、ｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上を含む、前記アンチセンス阻害剤。
【請求項４７】
前立腺障害又は疾患のオンコｍｉＲバイオマーカーであって、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３２、及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの一つ以上を含む、前記オンコｍｉＲバイオマーカー。
【請求項４８】
前立腺癌細胞中のタンパク質発現を調節するための方法であって、前立腺癌細胞中のｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３２、及びｍｉＲ−１０６ｂ−２５クラスターの一つ以上の発現を変調することを含む、前記方法。
【請求項４９】
前立腺癌細胞中のエクスポーチン−６及びＰＴＫ９の一つ以上の発現を阻止するための組成物であって、ｍｉＲ−１又はそれらの機能的変異体を含む、前記組成物。
【請求項５０】
Ｅ２Ｆ１及びｐ２１／ＷＡＦｌタンパク質レベルの一つ以上を調節することを、それを必要とする対象において行う方法であって、ｍｉＲ−１０６ｂ又はそれらの機能的変異体を使用することを含む、前記方法。
【請求項５１】
組成物であって、前立腺癌細胞におけるｐ２１／ＷＡＦｌ及び／又はＥ２Ｆ１タンパク質レベルを、それを必要とする対象において増加させるために有用なアンチセンスｍｉＲ−１０６ｂを含む、前記組成物。
【請求項５２】
請求項１に記載の方法であって、前立腺癌を有する対象の予後を決定することを含み、該対象からの試験サンプル中の少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含んでおり、ここで：ｉ）該バイオマーカーは、前立腺癌の予後不良に関連し；そしてｉｉ）対照サンプル中の対応するバイオマーカーのレベルと比較して、前立腺試験サンプル中の該少なくとも一つのバイオマーカーのレベルの変化は、予後不良を示す、前記方法。
【請求項５３】
請求項１に記載の方法であって、対象が前立腺癌を有するか、又は発症するリスクがあるかどうかを診断する方法を含み、（１）対象から得られた試験サンプルからのＲＮＡを逆転写して、標的オリゴデオキシヌクレオチドの組を提供すること；（２）該標的オリゴデオキシヌクレオチドを、ｍｉＲＮＡ特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズさせて該試験サンプルについてのハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること；及び、（３）該試験サンプルハイブリダイゼーションプロファイルと対照サンプルから生成されたハイブリダイゼーションプロファイルを比較することを含み、少なくとも一つのｍｉＲＮＡのシグナルの変化は、該対象が前立腺癌を有する、又は発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項５４】
該少なくとも一つのｍｉＲＮＡのシグナルが、対照サンプルから発生させたシグナルと比較して下方調節されており、及び／又は該少なくとも一つのｍｉＲＮＡのシグナルが、対照サンプルから生成されたシグナルと比較して上方調節されている、前記の請求項に記載の方法。
【請求項５５】
表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に列挙された群より選択される少なくとも一つのバイオマーカーのシグナルの変化が、該対象が予後不良の前立腺癌を有する、又は発症するリスクがあることを示す、前記の請求項に記載の方法。
【請求項５６】
対照細胞と比較して、少なくとも一つのバイオマーカーが対象の癌細胞で下方調節又は上方調節されている前立腺癌を有する対象において、前立腺癌を治療する方法であって、（１）該癌細胞中で該少なくとも一つのバイオマーカーが下方調節されている場合、該対象における癌細胞の増殖が抑制されるように、少なくとも一つの単離されたバイオマーカー、又は単離された変異体又はそれらの生物学的に活性な断片の有効量を該対象に投与すること；又は（２）該癌細胞中で該少なくとも一つのバイオマーカーが上方調節されている場合、該対象における癌細胞の増殖が抑制されるように、該少なくとも一つのバイオマーカーの発現を抑制するための少なくとも一つの化合物の有効量を該対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項５７】
対象の前立腺癌を治療する方法であって：（１）対照細胞と比較して、前立腺癌細胞中の少なくとも一つのバイオマーカーの量を決定すること；そして（２）（ｉ）もし、該癌細胞中で発現されたバイオマーカーの量が、対照細胞中で発現されたバイオマーカーの量よりも少ないならば、少なくとも一つの単離されたバイオマーカーの有効量を該対象に投与することにより；又は（ｉｉ）もし、該癌細胞中で発現されたバイオマーカーの量が、対照細胞中で発現されたバイオマーカーの量よりも多いならば、該少なくとも一つのバイオマーカーの発現を抑制するための少なくとも一つの化合物の有効量を該対象に投与することにより、
前立腺癌細胞中で発現されたバイオマーカーの量を変化させること；を含む、前記方法。
【請求項５８】
少なくとも一つの単離されたバイオマーカー及び薬学的に許容できる担体を含む、前立腺癌を治療するための医薬組成物。
【請求項５９】
該医薬組成物が、対照細胞と比較して前立腺癌細胞中で下方調節されているバイオマーカーに対応する、少なくとも一つの単離されたバイオマーカーをその中に含む、前記の請求項に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
該医薬組成物が、少なくとも一つのｍｉＲ発現阻害化合物及び薬学的に許容できる担体を含む、前記の請求項に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
抗前立腺癌剤を同定する方法であって、細胞に試験剤を与えること、そして前立腺癌細胞中の減少した発現レベルに関連する少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで、対照細胞と比較した、該細胞中のバイオマーカーのレベルの増加は、該試験剤が抗前立腺癌剤であることを示す、前記方法。
【請求項６２】
抗前立腺癌剤を同定する方法であって、細胞に試験剤を与えること、そして前立腺癌細胞中の増加した発現レベルに関連する少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで、対照細胞と比較した、該細胞中のバイオマーカーのレベルの減少は、該試験剤が抗前立腺癌剤であることを示す、前記方法。
【請求項６３】
前立腺癌関連疾患を予防する、診断する及び／又は治療するための療法の有効性を評価する方法であって：ｉ）その有効性が評価されている療法を動物に供すること；そしてｉｉ）表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを評価することにより、該疾患を治療する又は予防することについて試験されている治療の有効性のレベルを決定すること；を含む、前記方法。
【請求項６４】
該候補療法剤が、医薬組成物、栄養補助食品組成物及びホメオパシー組成物の一つ以上を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項６５】
評価されている療法が、ヒト対象での使用のためである、前記の請求項に記載の方法。
【請求項６６】
製品であって：表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前立腺癌関連疾患のためのマーカーに結合する少なくとも一つの捕捉試薬を含む、前記製品。
【請求項６７】
前立腺癌関連疾患を治療する療法剤の候補化合物をスクリーニングするためのキットであって、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーの一つ以上の試薬、及び少なくとも一つのバイオマーカーを発現している細胞を含む、前記キット。
【請求項６８】
該バイオマーカーの存在が、少なくとも一つのバイオマーカーと特異的に結合する抗体又は抗体断片を含む試薬を使用して検出される、前記の請求項に記載のキット。
【請求項６９】
個体における該疾患合併症を治療する、予防する、逆行させる、又は重症度を限定する医薬の製造のための、前立腺癌関連疾患応答シグナル伝達経路を妨害する剤の使用であって、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記使用。
【請求項７０】
前立腺癌関連疾患合併症を治療する、予防する、逆行させる、又は重症度を限定することを、それを必要とする個体で行う方法であって：少なくとも前立腺癌関連疾患応答カスケードを妨害する剤を該個体に投与することを含んでおり、該剤が、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記方法。
【請求項７１】
個体の前立腺癌関連疾患合併症を治療する、予防する、逆行させる、又は重症度を限定する医薬の製造のための、少なくとも前立腺癌関連疾患応答カスケードを妨害する剤の使用であって、該剤が、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０の一つ以上に列挙された少なくとも一つのバイオマーカーを含む、前記使用。
【請求項７２】
ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３２及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上のアンチセンス阻害剤を含む組成物。
【請求項７３】
前立腺障害を治療することを、それを必要とする対象において行う方法であって、前記の請求項の組成物の療法的に有効量を対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項７４】
該組成物が予防的に投与される、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７５】
該組成物の投与が、該障害の一つ以上の症状の発症を遅延させる、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７６】
該ペプチドの投与が、前立腺癌の発生を抑制する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７７】
該ペプチドの投与が、腫瘍増殖を抑制する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７８】
該ペプチドの投与が、感染を阻害する、前記の請求項に記載の方法。
【請求項７９】
生物学的サンプル中の前立腺癌の存在を検出する方法であって：ａ）前立腺癌を含有すると疑われる生物学的サンプルを、それらのためのマーカーに暴露すること；そしてｂ）もしあれば、該サンプル中の該マーカーの存在又は不存在を検出すること；を含む、前記方法。
【請求項８０】
該マーカーが検出可能な標識を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８１】
該対象からの生物学的サンプル中の該マーカーの量と、正常対象からの対応する生物学的サンプル中の該マーカーの量を比較することをさらに含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８２】
異なる時点で対象から複数の生物学的サンプルを集めること、及び各生物学的サンプル中の該マーカーの量を比較して、時間とともに該対象において該マーカーの量が増加している又は減少しているかどうかを決定することをさらに含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８３】
対象の前立腺癌を治療する方法であって、前立腺レセプターアゴニストの療法的有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項８４】
該レセプターアゴニストが、ｍｉＲ−ｌ、ｍｉＲ−２１及びｍｉＲ−１０６ｂの一つ以上のアンチセンス阻害剤である、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８５】
前立腺癌の治療のための薬剤を製造するための使用であって、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に示したｍｉＲ、それらから派生する配列、こうしたｍｉＲの相補的配列、及びこうした相補的配列から派生する配列の内から選択される核酸分子を含む、前記使用。
【請求項８６】
該薬剤が、表２に列挙されたｍｉＲ、こうしたｍｉＲから派生する配列、こうしたｍｉＲの相補的配列、及びこうした相補的配列から派生する配列の中から選択される配列を示す核酸分子を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８７】
前立腺癌細胞の分化を誘発するために有効な療法剤又は療法剤の組み合わせを同定するためのインビトロの方法であって、ｉ）前立腺腫瘍に由来する細胞を培養すること、ｉｉ）該細胞株の培養培地に少なくとも一つの化合物を添加すること、ｉｉｉ）段階（ｉ）及び（ｉｉ）間の少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルの進展を分析すること、及びｉｖ）段階（ｉ）及び（ｉｉ）間のｍｉＲの発現レベルの変化を誘発する化合物又は化合物の組み合わせを同定する；段階を含む、前記方法。
【請求項８８】
段階（ｉｉｉ）が、少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルの分析を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項８９】
段階（ｉｖ）が、少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルを変調する化合物又は化合物の組み合わせの同定を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項９０】
段階（ｉｖ）が、少なくとも一つのｍｉＲの発現レベルを減少させる化合物又は化合物の組み合わせの同定を含む、前記の請求項に記載の方法。
【請求項９１】
該化合物が癌の治療のための療法剤である、前記の請求項に記載の方法。
【請求項９２】
対象からの前立腺組織を分類する方法であって：ａ）試験細胞集団中の表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に列挙された群より選択される一つ以上の核酸配列の発現を測定すること、ここで、前記試験細胞集団中の少なくとも一つの細胞は、表２、表３、表４Ａ、表４Ｂ、表５、表６、表７、表９又は表１０に列挙された群より選択される一つ以上の核酸配列を発現することができる；ｂ）該核酸配列（単数又は複数）の発現と、前立腺癌分類が既知である少なくとも一つの細胞を含む参照細胞集団中の核酸配列（単数又は複数）の発現を比較すること；及びｃ）存在するならば、該試験細胞集団及び参照細胞集団中から成る群より選択される一つ以上の核酸配列の発現レベルの相違を同定し、それにより該対象の前立腺癌を分類すること；を含む、前記方法。
【請求項９３】
該参照細胞集団と比較して相違する該試験細胞集団における核酸（単数又は複数）の発現、該試験細胞集団が該参照細胞集団からの細胞とは異なった分類を有することを示す、請求項８６に記載の方法。
【請求項９４】
該参照細胞集団と比較して類似する該試験細胞集団における核酸（単数又は複数）の発現パターンが、該試験細胞集団が該参照細胞集団からの細胞と同一の分類を有することを示す、請求項８６に記載の方法。
【請求項９５】
該参照細胞集団が、複数の細胞又はデータベースである、請求項８６に記載の方法。
【請求項９６】
該参照細胞集団が：正常前立腺組織からの細胞集団として分類される参照細胞集団、良性前立腺組織からの細胞集団として分類される参照細胞集団、及び悪性前立腺組織からの細胞集団として分類される参照細胞集団；から成る群より選択される、前記の請求項に記載の方法。
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７Ｂ】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図１７Ａ】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図４Ｂ】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図５Ｃ】
【図５Ｄ】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７Ｂ】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図１７Ａ】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【公表番号】特表２０１１−５１７２８３（Ｐ２０１１−５１７２８３Ａ）
【公表日】平成２３年６月２日（２０１１．６．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５４８９０４（Ｐ２０１０−５４８９０４）
【出願日】平成２１年２月２７日（２００９．２．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３５４７０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１０８８６０
【国際公開日】平成２１年９月３日（２００９．９．３）
【出願人】（５１０１４９４６０）ジ・オハイオ・ステイト・ユニバーシティ・リサーチ・ファウンデイション (10)
【出願人】（５０２００６７８２）アメリカ合衆国 (47)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年６月２日（２０１１．６．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年２月２７日（２００９．２．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３５４７０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１０８８６０
【国際公開日】平成２１年９月３日（２００９．９．３）
【出願人】（５１０１４９４６０）ジ・オハイオ・ステイト・ユニバーシティ・リサーチ・ファウンデイション (10)
【出願人】（５０２００６７８２）アメリカ合衆国 (47)
【Ｆターム（参考）】
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