心臓血管障害および薬物応答に関連した遺伝子多型、それらの検出方法および用途
本発明は、心臓血管障害、特に、心筋梗塞および脳卒中のような急性冠状動脈事象に関連する遺伝子多型、ならびに、スタチンでの心臓血管障害の処置に対する個体の応答に関連する遺伝子多型の発見に基づく。特に、本発明は、多型を含む核酸分子、このような核酸分子によってコードされる改変タンパク質、多型核酸分子およびタンパク質を検出するための試薬、ならびに核酸分子およびタンパク質を用いる方法、ならびにこれらの検出のための試薬の使用方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
心臓血管障害を発症する変更された危険性、またはスタチン処置に対する変更された応答可能性を有する個体を同定するための方法であって、該方法が、該個体の核酸において、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つに一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、該個体における心臓血管障害を発症する変更された危険性、またはスタチン処置に対する変更された応答可能性と関連する、方法。
【請求項２】
前記変更された危険性が、心臓血管障害を発症する上昇した危険性、または、スタチン処置に対する上昇した応答可能性である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記心臓血管障害が、心筋梗塞および脳卒中からなる群より選択される急性冠状動脈事象である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記個体が、以前に急性冠状動脈事象を有した、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記変更された危険性が、心臓血管障害を発症する減少した危険性、または、スタチン処置に対する減少した応答可能性である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記スタチン処置が、プラバスタチンでの処置を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ＳＮＰが、表６〜１５に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、以下：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項９】
少なくとも８個の連続したヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、ここで、該ヌクレオチドの一つが、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列、またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）である、核酸分子。
【請求項１０】
前記ＳＮＰが、表３および４に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項９に記載の単離された核酸分子。
【請求項１１】
配列番号５１８〜１０３４のアミノ酸配列のいずれか一つをコードする、単離された核酸分子。
【請求項１２】
配列番号５１８〜１０３４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載のポリペプチド、もしくはその抗原結合フラグメントに特異的に結合する、抗体。
【請求項１４】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項１３に記載の抗体。
【請求項１５】
増幅されたポリヌクレオチドであって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、約１６ヌクレオチドと約１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、ポリヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１５に記載の増幅されたポリヌクレオチドであって、ここで、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１７】
配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つの一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸分子に、特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
８〜７０ヌクレオチドの長さである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
請求項１７に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、表５（配列番号８５，０９１〜８５，７０２）に記載のプライマー配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項２２】
核酸中の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、該キットが、請求項１７のポリヌクレオチド、緩衝剤、および酵素を備える、キット。
【請求項２３】
核酸分子中の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するための方法であって、該方法が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいてＳＮＰに特異的にハイブリダイズする試薬と、試験サンプルとを接触させる工程；ならびにハイブリダイズした二重鎖の形成を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法であって、以下：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項２５】
改変ポリペプチドを検出するための方法であって、該方法が、試験サンプル中の配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つにおける一塩基多型（ＳＮＰ）によりコードされる改変ポリペプチドと、試薬とを接触させる工程、および該試薬の該ポリペプチドへの結合を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２６】
心臓血管障害を治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項１２に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。
【請求項２７】
個体における心臓血管障害を処置するための方法であって、該方法は、表１〜１５に開示されるＳＮＰ部位からなる群より選択される１以上のＳＮＰ部位に存在する対立遺伝子によって予測されるようなスタチン処置に対する該個体の応答可能性に基づいて、有効量のスタチンを該個体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項１】
心臓血管障害を発症する変更された危険性、またはスタチン処置に対する変更された応答可能性を有する個体を同定するための方法であって、該方法が、該個体の核酸において、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つに一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する工程を包含し、ここで、該ＳＮＰの存在が、該個体における心臓血管障害を発症する変更された危険性、またはスタチン処置に対する変更された応答可能性と関連する、方法。
【請求項２】
前記変更された危険性が、心臓血管障害を発症する上昇した危険性、または、スタチン処置に対する上昇した応答可能性である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記心臓血管障害が、心筋梗塞および脳卒中からなる群より選択される急性冠状動脈事象である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記個体が、以前に急性冠状動脈事象を有した、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記変更された危険性が、心臓血管障害を発症する減少した危険性、または、スタチン処置に対する減少した応答可能性である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記スタチン処置が、プラバスタチンでの処置を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ＳＮＰが、表６〜１５に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、以下：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項９】
少なくとも８個の連続したヌクレオチドを含む単離された核酸分子であって、ここで、該ヌクレオチドの一つが、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列、またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）である、核酸分子。
【請求項１０】
前記ＳＮＰが、表３および４に記載のＳＮＰからなる群より選択される、請求項９に記載の単離された核酸分子。
【請求項１１】
配列番号５１８〜１０３４のアミノ酸配列のいずれか一つをコードする、単離された核酸分子。
【請求項１２】
配列番号５１８〜１０３４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載のポリペプチド、もしくはその抗原結合フラグメントに特異的に結合する、抗体。
【請求項１４】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項１３に記載の抗体。
【請求項１５】
増幅されたポリヌクレオチドであって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、約１６ヌクレオチドと約１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、ポリヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１５に記載の増幅されたポリヌクレオチドであって、ここで、前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１７】
配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つの一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸分子に、特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
８〜７０ヌクレオチドの長さである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１７に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
請求項１７に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、表５（配列番号８５，０９１〜８５，７０２）に記載のプライマー配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項２２】
核酸中の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、該キットが、請求項１７のポリヌクレオチド、緩衝剤、および酵素を備える、キット。
【請求項２３】
核酸分子中の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するための方法であって、該方法が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つにおいてＳＮＰに特異的にハイブリダイズする試薬と、試験サンプルとを接触させる工程；ならびにハイブリダイズした二重鎖の形成を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法であって、以下：対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択されるプロセスにより検出が実施される、方法。
【請求項２５】
改変ポリペプチドを検出するための方法であって、該方法が、試験サンプル中の配列番号１〜５１７および１０３５〜８５，０９０のヌクレオチド配列のいずれか一つにおける一塩基多型（ＳＮＰ）によりコードされる改変ポリペプチドと、試薬とを接触させる工程、および該試薬の該ポリペプチドへの結合を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２６】
心臓血管障害を治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項１２に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。
【請求項２７】
個体における心臓血管障害を処置するための方法であって、該方法は、表１〜１５に開示されるＳＮＰ部位からなる群より選択される１以上のＳＮＰ部位に存在する対立遺伝子によって予測されるようなスタチン処置に対する該個体の応答可能性に基づいて、有効量のスタチンを該個体に投与する工程を包含する、方法。
【図１】
【公表番号】特表２００９−５１９７０３（Ｐ２００９−５１９７０３Ａ）
【公表日】平成２１年５月２１日（２００９．５．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５４１７１３（Ｐ２００６−５４１７１３）
【出願日】平成１６年１１月２４日（２００４．１１．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３９５７６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５６８３７
【国際公開日】平成１７年６月２３日（２００５．６．２３）
【出願人】（５０５２８７５４２）アプレラ コーポレイション (8)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年５月２１日（２００９．５．２１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年１１月２４日（２００４．１１．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３９５７６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０５６８３７
【国際公開日】平成１７年６月２３日（２００５．６．２３）
【出願人】（５０５２８７５４２）アプレラ コーポレイション (8)
【Ｆターム（参考）】
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