機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法
【課題】異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含んでいても、ＰＣＲ等による増幅を容易に行うことのできる機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法を提供すること。
【解決手段】置換基が塩基から脱離可能であるように導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子；置換基が塩基から脱離可能であるように導入されてなる、前記機能性分子の製造に用いられる機能性分子合成用アミダイド；機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、所望の機能性分子を選別する選別工程と、選別された機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、前記増幅工程前に、前記選別された機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含む標的物質解析方法；である。
【解決手段】置換基が塩基から脱離可能であるように導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子；置換基が塩基から脱離可能であるように導入されてなる、前記機能性分子の製造に用いられる機能性分子合成用アミダイド；機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、所望の機能性分子を選別する選別工程と、選別された機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、前記増幅工程前に、前記選別された機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含む標的物質解析方法；である。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、標的物質に対して親和性を示し、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの広い分野で好適であり、特に蛋白質の解析に好適な機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
人間の全遺伝子情報が既に明らかになった。その結果、研究者や科学者の興味の中心は遺伝子産物である蛋白質の解析に移行している。蛋白質の解析においては、対象となる個々の蛋白質に対してアフィニティーを有する分子を得ることによって、初めて実質的な解析が可能になるといっても過言ではない。しかしながら、細胞中には非常に多種類の蛋白質が存在し、そのアミノ酸配列や構造が未知であるものも多い。
ある特定の蛋白質に対してアフィニティーを有する分子を得る最も一般的な手法は、動物の免疫系を用い、アフィニティー抗体を作製する方法である。しかし、この方法では動物を用いるため、多量の蛋白質や多大な工程、費用が必要となり、しかもある特定の物質に対するアフィニティー抗体は生成されないという欠点があった。
【０００３】
このような問題を解決するために、生物に依存しないアプタマー法（別名：ＳＥＬＥＸ法）も提案されているが、この方法で得られる分子は、特定の蛋白質に対しては強い相互作用を示すものの、必ずしも全ての蛋白質に応用可能なものではなかった。そこで本発明者らは、前記アプタマー法を改良し、修飾核酸類似体を用いた修飾アプタマー法を提案している（特許文献１参照）。しかしながら、この修飾アプタマー法においては、異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む修飾核酸類似体を用いるため、標的物質とアフィニティーを有する修飾核酸類似体を増幅しようとした際には、個々の置換基の特性を考慮しなくてはならず、良好なＰＣＲ増幅条件を選定することが困難であった。また、標的物質に強く結合する修飾核酸類似体ほどＰＣＲで増幅しにくいという欠点もあり、更なる改良が望まれていた。
【０００４】
【特許文献１】国際公開第２００３／０７８６２３号パンフレット
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
本発明は、従来における前記問題を解決し、以下の目的を達成することを課題とする。即ち、本発明は、蛋白質の解析等の広い分野で好適であり、異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、ＰＣＲ等による増幅を容易に行うことのできる機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
前記課題を解決するための手段としては、後述の付記に記載の通りである。即ち、
本発明の機能性分子は、塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含み、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。前記機能性分子では、標的物質との結合に関与する前記置換基を、例えば標的物質との結合の後に、アンモニア処理等を行うことにより前記塩基から脱離することができる。そのため、前記機能性分子は、例えば異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、アンモニア処理等を行うことによりそれらの置換基を前記塩基から脱離することができ（前記機能性分子が天然の核酸と同様な構造となる）、各々の置換基の影響を考慮することなく、ＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能となる。
【０００７】
本発明の機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子を製造するためのアミダイドであり、置換基が塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。前記機能性分子合成用アミダイドでは、標的物質との結合に関与する前記置換基が、例えば標的物質との結合の後に、アンモニア処理等を行うことにより前記塩基から脱離可能であるように前記塩基に導入されてなる。そのため、前記機能性分子合成用アミダイドを用いることによれば、アンモニア処理等を行うことにより前記置換基を脱離することができ、そのためＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能な本発明の前記機能性分子を製造することが可能となる。
また、前記機能性分子合成用アミダイドは、前記置換基が更に保護基で保護されていてもよい。この場合、前記保護基は、前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で（例えばアセトニトリル中でのＤＢＵ処理等により）脱保護可能であることが好ましい。前記機能性分子合成用アミダイドを用いて前記機能性分子を製造する際に、前記置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基の脱保護を行うことにより、標的物質との結合に関与する前記置換基が安定して残存した、本発明の前記機能性分子を製造することが可能となる。
【０００８】
本発明の標的物質解析方法は、本発明の前記機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子（本発明の前記機能性分子）を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含み、前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする。前記標的物質解析方法では、前記選別工程後、前記増幅工程前に、アンモニア処理等を行うことにより前記機能性分子から前記置換基を脱離する。これにより、前記機能性分子は、天然の核酸と同様な構造となり、置換基の影響を考慮することなく、ＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能となる。
また、前記標的物質解析方法では、前記機能性分子の合成の際に、前記機能性分子合成用アミダイドの置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で（例えばアセトニトリル中でのＤＢＵ処理等により）保護基の脱保護を行うことが好ましい。前記脱保護は、前記置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることから、標的物質との結合に関与する前記置換基はこの段階では安定して残存する。このため、続く、標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程を、安定に行うことが可能となる。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によると、従来における前記問題を解決することができ、蛋白質の解析等の広い分野で好適であり、異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、ＰＣＲ等による増幅を容易に行うことのできる機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法を提供することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
（機能性分子）
本発明の機能性分子は、塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。
【００１１】
＜置換基＞
前記置換基は、その末端に脱離され易い構造を有してなり、前記脱離され易い構造を介して前記塩基に導入されている。前記脱離され易い構造としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、芳香族カルボン酸構造、脂肪族カルボン酸構造などが好ましい。また、前記塩基がアデニン（Ａ）又はシトシン（Ｃ）である場合には、前記脱離され易い構造としては芳香族カルボン酸構造が好ましく、前記塩基がグアニン（Ｇ）である場合には、前記脱離され易い構造としては脂肪族カルボン酸構造が好ましい。
前記芳香族カルボン酸構造の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、４−(アルキルカルボキシルアミノメチル）安息香酸、４−（（２−アルキルカルボキシルアミノ)エトキシ)安息香酸などが挙げられる。前記脂肪族カルボン酸構造の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Ｎ−アルキルカルボキシルβ−アラニン、Ｎ−アルキルカルボキシルピペリジンカルボン酸などが挙げられる。
【００１２】
前記置換基は、前記したような脱離され易い構造を介して前記塩基に導入されていれば、その他の構造については特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、天然又は非天然のアミノ酸、金属錯体、蛍光色素、酸化還元色素、スピンラベル体、水素原子、炭素数１〜１０のアルキル基、下記式（１）〜（１０）で表される基などの構造を含むことができる。
【００１３】
【化３】
【００１４】
前記天然又は非天然のアミノ酸としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、バリン、ロイシン、イソロイシン、アラニン、アルギニン、グルタミン、リジン、アスパラギン酸、グルタミン酸、プロリン、システイン、スレオニン、メチオニン、ヒスチジン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、アスパラギン、グリシン、セリンなどが挙げられる。
前記金属錯体としては、金属イオンに配位子が配位した化合物であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Ｒｕビピリジル錯体、フェロセン錯体、ニッケルイミダゾール錯体などが挙げられる。
前記蛍光色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、フルオレセイン系列、ローダミン系列、エオシン系列、ＮＢＤ系列等の蛍光色素などが挙げられる。
前記酸化還元色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ロイコアニリン、ロイコアントシアニン等のロイコ色素などが挙げられる。
前記スピンラベル体としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、鉄Ｎ−（ジチオカルボキシ）サルコシン（ｓａｒｃｏｓｉｎｅ）、ＴＥＭＰＯ（テトラメチルピペリジン）誘導体などが挙げられる。
前記炭素数１〜１０のアルキル基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基、ペンチル基、ネオペンチル基、ヘキシル基、シクロヘキシル基、オクチル基、ノニル基、デシル基などが挙げられる。
これらは、置換基で更に置換されていてもよい。
【００１５】
＜塩基＞
前記塩基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、ウラシル（Ｕ）などが挙げられる。また、前記塩基に前記置換基が導入される位置としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、アデニン塩基の６位、シトシン塩基の６位、グアニン塩基の２位などが好ましい。
【００１６】
＜脱離＞
前記置換基は、前記塩基から脱離可能であるように導入されていれば、その脱離方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アンモニア処理による方法、ＮａＯＨ等によるアルカリ処理による方法、ふっ酸及びフッ化物塩処理による方法、ヒドラジン処理による方法、光照射による方法などが挙げられる。これらの中でも、アンモニア処理による方法が、特に好ましい。
前記アンモニア処理時のアンモニア濃度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、１〜３０％が好ましく、１０〜３０％がより好ましく、２０〜３０％が特に好ましい。前記アンモニア処理時の温度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば０〜８０℃が好ましく、２５〜６０℃がより好ましく、５０〜５５℃が特に好ましい。前記アンモニア処理の時間としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば１５分間〜２４時間が好ましく、１〜１６時間がより好ましく、４〜８時間が特に好ましい。
【００１７】
更に、前記置換基は、前記したような脱離方法では脱離可能であるが、一方で、後述するような脱保護方法（例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により脱保護を行う方法、より具体的には、アセトニトリル中でＤＢＵ（１，８−ジアザビシクロ[５．４．０]−７−ウンデセン）により処理を行う方法）では脱離されないことが好ましい。前記したような脱保護方法により前記置換基が脱離されてしまうと、前記機能性分子を所望の標的物質と結合させる前に（前記機能性分子の製造時に）、前記標的物質との結合に必要な置換基が失われてしまい、前記標的物質との結合を行うことができなくなることがある。
【００１８】
＜製造＞
前記機能性分子は、例えば、後述する本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いることにより好適に製造することができる。前記機能性分子の製造方法については、後述する本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目に詳述するものとする。
【００１９】
＜構成＞
前記機能性分子は、複数のヌクレオチド単位から構成されてなり、その少なくとも一部に、前記したような、塩基に脱離可能に導入された置換基を有する修飾ヌクレオチド単位を含む。
前記機能性分子を構成するヌクレオチド単位の個数としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、１０〜２００個が好ましく、２０〜１００個がより好ましく、３０〜８０個が特に好ましい。なお、前記機能性分子を構成するヌクレオチド単位のうち、前記したような置換基を有する修飾ヌクレオチド単位の割合としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。また、前記機能性分子は、類似ＤＮＡ配列及び類似ＲＮＡ配列のいずれであってもよく、また、前記類似ＤＮＡ配列及び類似ＲＮＡ配列は一本鎖であってもよいし二本鎖であってもよい。
【００２０】
＜効果＞
前記機能性分子は、標的物質との結合に関与する置換基が、塩基に脱離可能に導入されているため、標的物質との結合後、アンモニア処理等によって前記置換基を前記塩基から脱離することによって、天然核酸と同様な構造とすることができ、その結果、前記機能性分子をＰＣＲ等により容易に増幅することが可能となる。なお、本発明においては、前記機能性分子について、置換基を有する状態のもの、及び、置換基が脱離された後の状態のもの（天然核酸と同様な状態のもの）のいずれをも「機能性分子」と称し、文脈に応じて適宜使い分けるものとする。
従来の機能性分子では、その構造に異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む場合、各々の置換基の特性を考慮してＰＣＲ増幅条件の選定を行う必要があり、そのため、至適ＰＣＲ増幅条件の選定が非常に困難であった。これに対して、本発明の前記機能性分子によれば、その構造に異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、それらの置換基をアンモニア処理等によって一度に脱離し、天然核酸と同様な構造とすることができるために、容易に至適ＰＣＲ増幅条件を選定することが可能となる。
【００２１】
（機能性分子合成用アミダイド）
本発明の機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子の製造に用いられるアミダイドであって、下記一般式（Ｉ）で表され、置換基Ｙが塩基Ｘから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。
【００２２】
【化４】
ただし、前記一般式（Ｉ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【００２３】
ここで、前記「置換基」、前記「塩基」、前記「脱離」としては、前記した本発明の機能性分子の項目に記載した通りである。
【００２４】
また、前記機能性分子合成用アミダイドは、機能性分子合成時における置換基Ｙの不要な反応を防ぐ目的から、前記置換基Ｙが更に保護基Ｚで保護されてなる、下記一般式（ＩＩ）で表される機能性分子合成用アミダイドであってもよい。
【００２５】
【化５】
ただし、前記一般式（ＩＩ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｚは保護基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【００２６】
＜保護基＞
前記機能性分子合成用アミダイドが前記保護基Ｚを有する場合、前記保護基Ｚは、前記置換基Ｙを脱離しない条件下で脱保護可能であることが好ましく、前記保護基としては、例えば、フルオレニルメチルカルボニル基、β−シアノエチルカルボニル基などが挙げられる。前記置換基Ｙを脱離しない条件下で前記保護基Ｚが脱保護可能であれば、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造における脱保護時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
【００２７】
＜脱保護＞
前記置換基Ｙを脱離せず、前記保護基Ｚを脱保護する方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法、テトラブチルアンモニウムフルオライド処理による方法などが挙げられる。これらの中でも、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法が、特に好ましい。前記非プロトン性溶媒としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、ＤＭＦ（Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド）、Ｎ−メチルピロリドンなどが挙げられる。また、前記嵩高い塩基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＤＢＵ（１，８−ジアザビシクロ[５．４．０]−７−ウンデセン）、ＤＢＮ（１，５−ジアザビシクロ[４．３．０]−５−ノネン）、テトラメチルグアニジンなどが挙げられる。これらの中でも、前記保護基は、前記アセトニトリル中、前記ＤＢＵにより脱保護可能であることが好ましい。また、この場合、前記保護基の脱保護に要するＤＢＵ濃度としては、０．５Ｍ以下が好ましく、０．１Ｍ以下がより好ましく、０．０１Ｍ以下が特に好ましい。前記脱保護に要する時間としては、８時間以内が好ましく、１時間以内がより好ましく、１５分間以内が特に好ましい。
【００２８】
＜具体例＞
前記機能性分子合成用アミダイドの具体例としては、例えば、下記構造式（１）〜（５）のいずれかで表されるものなどが挙げられるが、前記機能性分子合成用アミダイドとしては、これらに限定されるものではない。
【００２９】
【化６】
【００３０】
【化７】
【００３１】
【化８】
【００３２】
【化９】
【００３３】
【化１０】
【００３４】
＜機能性分子合成用アミダイドの製造＞
前記機能性分子合成用アミダイドの製造方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、後述する実施例に記載の合成方法等により製造することができる。
【００３５】
＜機能性分子の製造＞
前記機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子の製造に好適に利用可能である。
前記機能性分子合成用アミダイドを用いて前記機能性分子を製造する方法としては、特に制限はなく、例えば、公知の核酸合成方法を適宜利用することができる。具体的には、例えば、前記機能性分子合成用アミダイドの単量体を用い、ジエステル法、トリエステル法、ホスファイト法、ホスホロアミダイト法、Ｈ−ホスホネート法、チオホスファイト法などにより、前記機能性分子合成用アミダイドの二量体や三量体等のオリゴマーを合成し、これらを重合する方法などが挙げられる。前記オリゴマーを重合する方法としても、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＤＮＡシンセサイザー（ＤＮＡ自動合成装置）を用いる方法などが好適に挙げられる。
【００３６】
なお、前記機能性分子合成用アミダイドのオリゴマーの具体例として、例えば、下記構造式（６）〜（１０）のいずれかで表されるもの（いずれも二量体）などが挙げられるが、前記オリゴマーとしては、これらに限定されるものではない。
【００３７】
【化１１】
【００３８】
【化１２】
【００３９】
【化１３】
【００４０】
【化１４】
【００４１】
【化１５】
【００４２】
前記機能性分子の製造においては、前記重合により前記機能性分子を合成した後、前記機能性分子合成用アミダイドに付されていた前記保護基の脱保護を行うことが好ましい。この場合には、前記したように、前記脱保護は、前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることが好ましい。前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基が脱保護されることにより、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
【００４３】
前記機能性分子の製造には、前記機能性分子合成用アミダイドが少なくとも一部に用いられていれば、特に制限はなく、目的に応じて更にその他のアミダイドが用いられていてもよい。前記その他のアミダイドとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、中でも、前記したような、前記機能性分子合成用アミダイドの置換基が脱離されない程度の緩やかな条件下で、保護基の脱保護が可能なアミダイドを使用することが好ましい。このようなアミダイドとしては、例えば、特願２００７−０００５７６号明細書に記載の核酸類似体合成用アミダイド（例えば、後述する実施例に示すＩＩＩａ、ＩＩＩｇ、ＩＩＩｃ）などを用いることができる。
【００４４】
＜効果＞
前記機能性分子合成用アミダイドは、置換基がアンモニア処理等によって塩基から容易に脱離する構造を有しているため、これを用いて機能性分子を合成することにより、例えば標的物質との結合後に、前記置換基を脱離することができ、そのためＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能な、本発明の前記機能性分子を提供することができる。
また、好ましくは、前記機能性分子合成用アミダイドは、前記置換基が更に保護基で保護されてなり、かつ前記保護基が前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で脱保護可能であるために、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造における脱保護時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することができる。
【００４５】
（標的物質解析方法）
本発明の標的物質解析方法は、本発明の前記機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子（本発明の前記機能性分子）を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程と、必要に応じてその他の工程とを含み、前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする。
前記標的物質解析方法における、前記「ランダムプール作製工程」、前記「選別工程」、前記「増幅工程」、及び前記「その他の工程」の各工程は、例えば、国際公開第２００３／０７８６２３号パンフレットの内容を参照して好適に行うことができる。具体的には、例えば、以下のようにして行うことができる。
【００４６】
＜ランダムプール作製工程＞
前記ランダムプール作製工程は、前記機能性分子合成用アミダイドから機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製する工程である。
ここで、前記「機能性分子合成用アミダイド」、前記「機能性分子」、及び前記「機能性分子合成用アミダイドから機能性分子を合成する方法（機能性分子の製造方法）」としては、前記した本発明の機能性分子の項目、及び本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目にそれぞれ記載した通りである。前記のようにして機能性分子を合成した結果、得られた機能性分子を含む反応物は、精製・分離等することなくそのまま、機能性分子のランダムプールとして使用可能である。
【００４７】
なお、前記ランダムプール作製工程においては、前記機能性分子を合成した後に、前記機能性分子合成用アミダイドにおける保護基の脱保護が行われることが好ましい。この場合には、前記したように、前記脱保護は、前記機能性分子合成用アミダイドにおける置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることが好ましい。前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基が脱保護されることにより、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
前記保護基の脱保護の方法としては、前記置換基が脱離しない条件で行うことのできる方法であれば特に制限はなく、前記保護基及び前記置換基の種類等に応じて適宜選択することができ、例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法、テトラブチルアンモニウムフルオライド処理による方法などが挙げられる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。これらの中でも、前記脱保護の方法としては、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法が、特に好ましい。
前記「非プロトン性溶媒」、前記「嵩高い塩基」、及び前記「非プロトン性溶媒中での前記嵩高い塩基による処理の方法」の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、前記した本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目に記載した通りである。
【００４８】
＜選別工程＞
前記選別工程は、前記ランダムプール作製工程において作製された前記機能性分子のランダムプールの中から、所望の標的物質と親和性のある機能性分子を選別する工程である。前記選別の方法としては、特に制限はなく、目的に応じて公知の方法から適宜選択することができ、例えば、アフィニティークロマトグラフィー、フィルター結合、液−液分割、ろ過、ゲルシフト、密度勾配遠心分離などの各種方法が挙げられる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。これらの中でも、前記選別の方法としては、アフィニティークロマトグラフィーが、特に好ましい。
【００４９】
なお、前記標的物質としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、タンパク質、リポタンパク質、糖タンパク質、ポリペプチド、脂質、多糖類、リポ多糖類、核酸、ホルモン、環境ホルモン、細胞、ウィルス、薬物、これらの複合体などが好適に挙げられる。
【００５０】
＜脱離工程＞
前記脱離工程は、本発明の標的物質解析方法において特徴的な工程であり、後述する増幅工程前に行われる。前記脱離工程では、例えば前記選別工程で選別された機能性分子から、置換基を脱離する。増幅工程前に前記置換基の脱離が行われることにより、前記機能性分子は天然核酸と同様な構造となり、ＰＣＲ等による増幅が容易となる。
【００５１】
前記置換基の脱離の方法としては、特に制限はなく、前記置換基の種類等に応じて適宜選択することができ、例えば、アンモニア処理による方法、ＮａＯＨ等によるアルカリ処理による方法、ふっ酸及びフッ化物塩処理による方法、ヒドラジン処理による方法、光照射による方法などが挙げられる。これらの中でも、アンモニア処理による方法が、特に好ましい。これらは１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。
前記「アンモニア処理」の具体的な方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、本発明の前記機能性分子の項目に記載した通りである。
また、前記置換基を脱離した結果、その脱離箇所において、別の種類の基への置換が生じる場合もあるが、ＰＣＲ等の進行を妨げず、前記機能性分子が増幅可能であれば、このような別の種類の基が生じていても構わない。
【００５２】
―保護基の脱保護方法と置換基の脱離方法との組合せ―
なお、前記ランダムプール作製工程における前記脱保護方法と、前記脱離工程における前記脱離方法との組み合わせとしては、前記置換基を脱離すること無しに脱保護を行うことが可能な脱保護方法と、その後、残存した前記置換基を脱離することが可能な脱離方法との組み合わせであれば、特に制限はなく、使用する機能性分子合成用アミダイドの構造等に応じて適宜選択することができる。例えば、前記組み合わせとしては、脱保護方法が非プロトン性溶媒中での嵩高い塩基による処理（例えば、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理）であり、脱離方法がアンモニア処理である組み合わせ；脱保護方法がテトラブチルアンモニウムフルオライド処理であり、脱離方法が光照射である組み合わせ；などが好ましい。
また、例えば温度や時間等の反応条件を調整することにより、前記脱保護を、前記置換基が脱離されない程度の緩やかな条件で行うことができる場合には、前記脱保護方法と前記脱離方法とを、同じ種類の方法を用いて行うこともできる。
【００５３】
＜増幅工程＞
前記増幅工程は、前記選別工程により選別した前記機能性分子の塩基配列を決定すること等を目的に、前記機能性分子を増幅する工程である。前記増幅工程において、前記機能性分子は、前もって行われた前記脱離工程により、前記置換基が脱離され、天然核酸と同様な状態となっているために、ＰＣＲ等の増幅条件の選定が非常に容易である。
そのため、前記増幅の方法としては、対象となる前記機能性分子のオリゴヌクレオチド配列の数を増やすことができれば、特に制限はなく、当該技術分野において公知の方法の中から適宜選択することができ、例えば、ＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、ＬＣＲ（Ｌｉｇａｓｅ ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、３ＳＲ（Ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）法、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ＩＣＡＮ法、ＬＡＭＰ法などが挙げられる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。
また、前記機能性分子の塩基配列の決定方法としても、特に制限はなく、当該技術分野において公知の方法の中から適宜選択することができ、例えば、遺伝子クローニングによる方法、チェーンターミネーター法、サンガー法、ジデオキシ法等によるＤＮＡシーケンサー（ＤＮＡ塩基配列自動決定装置）などを利用することができる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。
【００５４】
＜その他の工程＞
前記その他の工程としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、翻訳工程などが挙げられる。
前記翻訳工程は、例えば、前記増幅工程で決定した前記機能性分子の塩基配列を翻訳し、前記標的物質との親和性を有した機能性分子の構造を確認する工程である。前記翻訳は、例えば、国際公開第２００３／０７８６２３号パンフレットの記載を参照して行うことができる。
例えば、予め前記機能性分子合成用アミダイドの二量体や三量体等のオリゴマーに導入させた置換基の種類を、対応表（オリゴマーの塩基配列と、置換基の種類との対応表）等で定めておく。次いで、前記オリゴマーを重合させることにより得られた前記機能性分子を、標的物質と結合させ、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、前記機能性分子から置換基を脱離し、ＰＣＲ増幅、シーケンシング（塩基配列決定）を行う。前記塩基配列の結果から、前記機能性分子に導入されていた置換基の種類を、前記対応表等に基づいて確認（翻訳）することができ、これに基づき、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を複製等することが可能となる。
【００５５】
＜効果＞
本発明の標的物質解析方法では、前記増幅工程の前に、前記機能性分子の置換基を脱離する前記脱離工程を含むため、前記増幅工程の際には、前記機能性分子は、天然核酸と同様な状態となっており、したがって、ＰＣＲ等により容易に前記機能性分子を増幅し、その塩基配列を確認、分析等することができる。
更に、本発明の標的物質解析方法では、好ましくは、前記ランダムプール作製工程において、前記機能性分子合成用アミダイドの前記保護基を前記置換基が脱離しない条件下で脱保護する。そのため、前記選別工程の際には、前記標的物質との結合に関与する置換基は、前記機能性分子の表面に露出した状態で安定に残存しており、そのため、前記機能性分子と前記標的物質との結合を安定に行うことができる。
このように、本発明の標的物質解析方法では、好ましくは、前記保護基及び前記置換基が二段階で外され、そのため、全体を通して標的物質の解析を安定かつ効率的に行うことができる（一段階目：ランダムプール作製工程における保護基の脱保護、二段階目：脱離工程における置換基の脱離）。
【００５６】
［用途］
本発明の機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法は、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの様々な分野で好適であると考えられる。例えば、特定の代謝系に関与する蛋白質に親和性のある分子を同定することにより、多機能薬品、高精度ドラッグデリバリーを行う物質を提供することができると考えられる。また、特定のＤＮＡ配列に親和性のある分子を同定することにより、一連の遺伝子の発現量を制御することができるようになり、遺伝子産物の相互作用を解き明かすことができると期待される。更に、反応中間体をミミックした分子に親和性のある分子を同定することにより、不安定な反応中間体を経由する多段階反応を、効率よく進めることができるようになると考えられる。
【実施例】
【００５７】
以下、本発明の実施例について説明するが、本発明はこれらの実施例に何ら限定されるものではない。
【００５８】
（実施例１：機能性分子合成用アミダイドの合成）
本発明の機能性分子合成用アミダイド（ＩＸＬｙｓ（前記構造式（１））、ＩＸＬｅｕ（前記構造式（２））、ＩＸＰｈｅ（前記構造式（３））、ＩＸＧｌｕ（前記構造式（４））、ＸＶＩ（前記構造式（５）））、及び前記機能性分子合成用アミダイドを用いたアミダイド二量体（ＸＩＩＬｅｕ（前記構造式（６））、ＸＩＩＰｈｅ（前記構造式（７））、ＸＩＩＧｌｕ（前記構造式（８））、ＸＩＩＬｙｓ（前記構造式（９））、ＸＩＸ（前記構造式（１０）））を、それぞれ以下のようにして合成した。
【００５９】
【化１６】
【００６０】
【化１７】
【００６１】
＜Ｉａ、Ｉｇ、Ｉｃの合成＞
Ｎメチルアミノ酪酸塩酸塩７．６８ｇ（５０ｍｍｏｌ）を５０ｍＬの水に溶かし、ＮａＨＣＯ３４．２０ｇ（５０ｍｍｏｌ）を加え、１０分間攪拌した。この溶液に炭酸９−フルオレニルメチルスクシンイミジル１３．４９ｇ（４０ｍｍｏｌ）、アセトニトリル１００ｍＬ、及び硫酸水素テトラブチルアンモニウム０．１４ｇ（０．４ｍｍｏｌ）を加え、室温で２日間攪拌した。溶液を減圧濃縮した後、塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、脱水アセトニトリルで２回共沸した後、脱水塩化メチレンで共沸した。残渣を２００ｍＬの脱水塩化メチレンに溶かし、０℃でＮ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド４．１３ｇ（２０ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。不溶物をろ過した後、減圧濃縮し、残渣Ａを得た。
デオキシヌクレオシド（ｄＡ、ｄＧ、又はｄＣ、２０ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を３回行った。残渣を１００ｍＬの脱水ピリジンで懸濁し、０℃でトリメチルクロロシラン８．４５ｍＬ（６６ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した後、再び０℃に冷却し、本溶液を残渣Ａに導入した。反応混合物を、室温で２時間攪拌した。氷冷下、２０ｍＬの水を加え、室温で一晩攪拌した。本溶液を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物Ｉａ ６．９１ｇ（６０％）、Ｉｇ ９．４３ｇ（８０％）、Ｉｃ ８．８０ｇ（８０％）を得た。
【００６２】
【化１８】
【００６３】
＜ＩＩａ、ＩＩｇ、ＩＩｃの合成＞
Ｉａ、Ｉｇ、又はＩｃ、１０ｍｍｏｌを脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を５０ｍＬの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド３．３６ｇ（１０．５ｍｍｏｌ）を加え、室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール１０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９８：２→９：１）にて精製し、目的物ＩＩａ ７．９２ｇ（９１％）、ＩＩｇ ８．３５ｇ（９４％）、ＩＩｃ ７．６４ｇ（９０％）を得た。
【００６４】
【化１９】
【００６５】
＜ＩＩＩａ、ＩＩＩｇ、ＩＩＩｃの合成＞
ＩＩａ、ＩＩｇ又はＩＩｃ、５ｍｍｏｌを脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３０．５ｍｇ（０．２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．０５ｍＬ（６．０ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．２３ｍＬ（５．５ｍｍｏｌ）の５ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃（ＩＩａ、ＩＩｃ）又は室温（ＩＩｇ）で２時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を２５ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で５００ｍＬのヘキサンに１５分間以上かけ滴下した。不溶物をろ過し、冷ヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＩＩａ ５．２２ｇ（９７％）、ＩＩＩｇ ５．２２ｇ（９６％）、ＩＩＩｃ ４．７０ｇ（９４％）を得た。
【００６６】
【化２０】
【００６７】
＜ＩＶａ、ＩＶｇ、ＩＶｃの合成＞
ＩＩａ、ＩＩｇ、又はＩＩｃ、５ｍｍｏｌを脱水ジオキサンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２５ｍＬの脱水ジオキサンに溶解し、１０℃でジメチルアミノピリジン４８．９ｍｇ（０．４ｍｍｏｌ）、ジシクロヘキシルカルボジイミド２．０６ｇ（１０ｍｍｏｌ）、及びレブリン酸１．０２ｍＬ（１０ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。反応溶液に２ｍＬのメタノールを加え、３０分間攪拌した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５ｍＬのジクロロメタンで懸濁し、不溶物をろ過した。濾液を減圧濃縮し、残渣を１００ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、２ｍＬのトリフロロ酢酸を加え、０℃で２時間攪拌した後、１０ｍＬの脱水メタノール及び５ｍＬの脱水ピリジンを加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。反応混合物を水で洗浄し、ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９８：２→４：１）にて精製し、目的物ＩＶａ ３．００ｇ（８９％）、ＩＶｇ ２．９６ｇ（８６％）、ＩＶｃ ２．９５ｇ（９１％）を得た。
【００６８】
【化２１】
【００６９】
＜Ｖの合成＞
４−（ＦＭＯＣ−アミノメチル）安息香酸２８．０ｇ（７５ｍｍｏｌ）を３７５ｍＬの脱水ジクロロメタンに懸濁し、アルゴン雰囲気下、オキサリルクロリド１２．９ｍＬ（１５０ｍｍｏｌ）、及びジメチルフォルムアミド０．１２ｍＬ（１．５ｍｍｏｌ）を加え、室温で７時間攪拌した。反応溶液を減圧濃縮し、残渣に脱水トルエンを加えた後、減圧濃縮し、残渣Ａを得た。
デオキシアデノシン１水和物２４．２ｇ（９０ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を３回行った。残渣を３７５ｍＬの脱水ピリジンで懸濁し、０℃でトリメチルクロロシラン３８．０ｍＬ（２９７ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した後、再び０℃に冷却し、本溶液を残渣Ａに導入した。反応混合物を４時間以上かけ室温に昇温し、室温で一晩攪拌した。氷冷下、７５ｍＬの水を加え、室温で８時間攪拌した。本溶液を減圧濃縮した。残渣を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９：１→４：１）にて精製し、目的物Ｖ １５．５ｇ（３４％）、少量のＶ’と思われる不純物を含むＶ １８．２ｇ、粗収率７４％を得た。
【００７０】
＜ＶＩの合成＞
Ｖ １５．５ｇ（２５．５ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１３０ｍＬの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド９．０９ｇ（２６．８ｍｍｏｌ）を加え、室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール２５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（酢酸エチル−エタノール３９：１→１９：１）にて精製し、目的物ＶＩ ２１．３ｇ（９２％）を得た。
同様の手法で，少量のＶ’を含むＶ １８．２ｇからはＶＩ ２２．４ｇを得た。よって２段階収率６４％でＶＩを得た。
【００７１】
＜ＶＩＩの合成＞
ＶＩ １．８２ｇ（２．０ｍｍｏｌ）を脱水ジオキサンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１５ｍＬの脱水ジオキサンに溶解し、１０℃でジメチルアミノピリジン１９．５ｍｇ（０．１６ｍｍｏｌ）、ジシクロヘキシルカルボジイミド８２５ｍｇ（４．０ｍｍｏｌ）、及びレブリン酸０．４１ｍＬ（４．１ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。反応溶液に２ｍＬのメタノールを加え、３０分間攪拌した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を２ｍＬのジクロロメタンで懸濁し、不溶物をろ過した。濾液を減圧濃縮し、残渣を４０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、０．８ｍＬのトリフロロ酢酸を加え、０℃で２時間攪拌した後、４ｍＬの脱水メタノール、及び２ｍＬの脱水ピリジンを加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。反応混合物を水で洗浄し、ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９８：２→９：１）にて精製し、目的物ＶＩＩ １．１５ｇ（８２％）を得た。
【００７２】
＜ＩＸＬｙｓの合成＞
ＶＩ ４．５４ｇ（５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３０．５ｍｇ（０．２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．１３ｍＬ（６．５ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．３４ｍＬ（６．０ｍｍｏｌ）の５ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃で２時間、攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を６０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で５００ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＬｙｓ ５．２３ｇ（９４％）を得た。
【００７３】
【化２２】
【００７４】
＜ＶＩＩＩＬｅｕの合成＞
ＶＩ ８．２０ｇ（９．１２ｍｍｏｌ）を４６ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン１．６３ｍＬ（１０．９ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌し、反応混合物Ａを得た。
４−メチル吉草酸１．３８ｍＬ（１０．９ｍｍｏｌ）を３３ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、Ｎ−ヒドロキシこはく酸イミド１．３９ｇ（１２．０ｍｍｏｌ）を加え、氷冷下、ジシクロヘキシルカルボジイミド２．３７ｇ（１１．５ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。不溶物を濾別し、濾液を反応混合物Ａに加えた。反応混合物を室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→１７：３）にて精製し、目的物ＶＩＩＩＬｅｕ ５．０３ｇ（７０％）を得た。
【００７５】
＜ＩＸＬｅｕの合成＞
ＶＩＩＩＬｅｕ ３．９２ｇ（５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３０．５ｍｇ（０．２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．１３ｍＬ（６．５ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．３４ｍＬ（６．０ｍｍｏｌ）の５ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃で２時間、攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を６０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、５００ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＬｅｕ ４．７４ｇ（９７％）を得た。
【００７６】
＜ＸＬｅｕの合成＞
ＩＸＬｅｕ ４．１９ｇ（４．２５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２１ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａを得た。ＩＶａ ２．８６ｇ（４．２５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２１ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール１．４９ｇ（２１．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール２．１ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン８９ｍＬ、ピリジン２６ｍＬ及び水１３ｍＬに溶解し、ヨウ素３．７７ｇ（１４．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に３８０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム９．３７ｇ（７４．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約２５ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＬｅｕ ４．３８ｇ（６６％）を得た。
【００７７】
＜ＸＩＬｅｕの合成＞
ＸＬｅｕ ４．１８ｇ（２．６６ｍｍｏｌ）を２７ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物１．２９ｍＬ（２６．７ｍｍｏｌ）の希釈溶液２７ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で２０分間攪拌した。氷冷下、アセトン２６ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→１７：３）にて精製し、目的物ＸＩＬｅｕ ３．０５ｇ（７９％）を得た。
【００７８】
＜ＸＩＩＬｅｕの合成＞
ＸＩＬｅｕ ８７０ｍｇ（０．５９ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を６．０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３．６ｍｇ（０．０２９ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１３９μＬ（０．８０ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１５８ｍＬ（０．６２９ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、０℃で３時間攪拌した。続いてメタノール０．６ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液を酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を９ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、５９ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＬｅｕ ８８５ｍｇ（８９％）を得た。
【００７９】
【化２３】
【００８０】
＜ＶＩＩＩＰｈｅの合成＞
ＶＩ ８．０６ｇ（８．８７ｍｍｏｌ）を４５ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン１．５９ｍＬ（１０．６ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌し、反応混合物Ａを得た。
Ｎ−ヒドロキシこはく酸イミド１．３８ｇ（１１．７ｍｍｏｌ）の３２ｍＬ脱水ジクロロメタン溶液に、トリエチルアミン１．７２ｍＬ（１２．４ｍｍｏｌ）を加え、氷冷下、フェニルアセチルクロリド１．４１ｍＬ（１０．６ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。本溶液を反応混合物Ａに加えた。反応混合物を室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＶＩＩＩＰｈｅ ６．７９ｇ（８６％）を得た。
【００８１】
＜ＩＸＰｈｅの合成＞
ＶＩＩＩＰｈｅ ４．８３ｇ（６ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を４８ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３７ｍｇ（０．３０ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．３６ｍＬ（７．８ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．６１ｍＬ（７．２ｍｍｏｌ）の１２ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃で２時間攪拌した。続いてメタノール６ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を６０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、６００ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＰｈｅ ５．５１ｇ（ｑｕａｎｔ）を得た。
【００８２】
＜ＸＰｈｅの合成＞
ＩＸＰｈｅ ４．９０ｇ（４．８７ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２５ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａを得た。ＩＶｃ ３．１４ｇ（４．８７ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２５ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール１．７１ｇ（２４．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール２．５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン１０２ｍＬ、ピリジン３０ｍＬ、及び水１５ｍＬに溶解し、ヨウ素４．３３ｇ（１７．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に４４０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム１０．７ｇ（８５．２ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約３０ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→１７：３）にて精製し、目的物ＸＰｈｅ ５．１０ｇ（６７％）を得た。
【００８３】
＜ＸＩＰｈｅの合成＞
ＸＰｈｅ ４．８５ｇ（３．１０ｍｍｏｌ）を３１ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物１．５０ｍＬ（２６．７ｍｍｏｌ）の希釈溶液３１ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で２０分間攪拌した。氷冷下、アセトン３０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物ＸＩＰｈｅ ４．０５ｇ（８９％）を得た。
【００８４】
＜ＸＩＩＰｈｅの合成＞
ＸＩＰｈｅ １．００ｇ（０．６８ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を７．０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン５．６ｍｇ（０．０３４ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１５４μＬ（０．８８ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１８２μＬ（０．８２ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、０℃で３時間攪拌した。続いてメタノール０．７ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液を酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を１０ｍＬの酢酸エチル：ジクロロメタン＝４：１に溶解し、−３０℃で、６８ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＰｈｅ ８９０ｍｇ（７８％）を得た。
【００８５】
【化２４】
【００８６】
＜ＶＩＩＩＧｌｕの合成＞
ＶＩ ２．４９ｇ（２．７４ｍｍｏｌ）を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン０．４１ｍＬ（２．７４ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌した。反応混合物に、トリフロロ酢酸２４５μＬ及びトリエチルアミン２３０μＬのジクロロメタン１０ｍＬ希釈溶液を加え、反応混合物Ａを得た。
モノフルオレニルメチルクルタレート１．０２ｇ（３．２９ｍｍｏｌ）及びＮ−ヒドロキシこはく酸イミド４１７ｍｇ（３．６２ｍｍｏｌ）の１０ｍＬ脱水ジクロロメタン溶液に、氷冷下、ジシクロヘキシルカルボジイミド７１２ｍｇ（３．４５ｍｍｏｌ）を加え、室温で３時間攪拌した。不溶物を濾別し、濾液を反応混合物Ａに加えた。反応混合物を室温にて２時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＶＩＩＩＧｌｕ １．８６ｇ（６９％）を得た。
【００８７】
＜ＩＸＧｌｕの合成＞
ＶＩＩＩＧｌｕ ４９０ｍｇ（０．５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３．１ｍｇ（２５μｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１２８μＬ（０．７５ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１３４μＬ（０．６ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で２時間攪拌した。続いてメタノール２ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を４ｍＬのトルエンに溶解し、−３０℃で５０ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＧｌｕ ５４８ｍｇ（９３％）を得た。
【００８８】
＜ＸＧｌｕの合成＞
ＶＩＩＩＧｌｕ ２．９１ｇ（２．９７ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Ａを得た。５’−（２−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミジル）−３’レブロイルチミジン１．９３ｇ（３．５６ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１５ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール１．０４ｇ（１４．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール１．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン５６ｍＬ、ピリジン１６ｍＬ、及び水８ｍＬに溶解し、ヨウ素２．６４ｇ（１０．４ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に２５０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム６．５４ｇを加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約１５ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９７：３→９：１）にて精製し、目的物ＸＧｌｕ ３．６７ｇ（８６％）を得た。
【００８９】
＜ＸＩＧｌｕの合成＞
ＸＧｌｕ ３．６７ｇ（２．５６ｍｍｏｌ）を２０ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物１．２ｍＬの希釈溶液３０ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で１０分間攪拌した。氷冷下、アセトン２０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物ＸＩＧｌｕ ２．８１ｇ（８２％）を得た。
【００９０】
＜ＸＩＩＧｌｕの合成＞
ＸＩＧｌｕ ６００ｍｇ（０．４５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン２．７ｍｇ（０．０２３ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１１５μＬ（０．６７ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１２０μＬ（０．５４ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で３時間攪拌した。続いてメタノール０．９ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５．５ｍＬのジクロロメタンに溶解し、−３０℃で、５０ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＧｌｕ ６５５ｍｇ（９５％）を得た。
【００９１】
【化２５】
【００９２】
＜ＸＬｙｓの合成＞
ＶＩＩ １．００ｇ（１．４２ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１５ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、５’−（２−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミジル）−チミジン１．２５ｇ（１．６８ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物にテトラゾール４９７ｍｇ（７．１０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール０．５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン４２ｍＬ、ピリジン１２ｍＬ、及び水６ｍＬに溶解し、ヨウ素１．２６ｇ（４．９７ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に１２０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム３．１２ｇを加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約１１ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９７：３→９：１）にて精製し、目的物ＸＬｙｓ １．７３ｇ（８９％）を得た。
【００９３】
＜ＸＩＬｙｓの合成＞
ＸＬｙｓ １．７２ｇ（１．２６ｍｍｏｌ）を１０ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物５８０μＬの希釈溶液１５ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で１０分間攪拌した。氷冷下、アセトン１０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→９：３）にて精製し、目的物ＸＩＬｙｓ １．３３ｇ（８３％）を得た。
【００９４】
＜ＸＩＩＬｙｓの合成＞
ＸＩＬｙｓ １．３２ｇ（１．０４ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン６．４ｍｇ（０．０５２ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１１５μＬ（０．６７ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト２７０μＬ（１．５７ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で４時間攪拌した。続いてメタノール２．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を８．０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、１０４ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＬｙｓ １．１６ｇ（７６％）を得た。
【００９５】
【化２６】
【００９６】
＜ＸＩＩＩの合成＞
ＦＭＯＣ−β−アラニン１２．５ｇ（４０ｍｍｏｌ）を２００ｍＬの脱水塩化メチレンに溶かし、０℃でＮ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド４．１３ｇ（２０ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。不溶物をろ過した後、減圧濃縮し、残渣Ａを得た。
デオキシグアノシン１水和物５．７１ｇ（２０ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を３回行った。残渣を１００ｍＬの脱水ピリジンで懸濁し、０℃でトリメチルクロロシラン８．４５ｍＬ（６６ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した後、再び０℃に冷却し、本溶液を残渣Ａに導入した。反応混合物を室温で２時間攪拌した。氷冷下、２０ｍＬの水を加え、室温で一晩攪拌した。本溶液を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物ＸＩＩＩ ８．９０ｇ（７９％）を得た。
【００９７】
＜ＸＩＶの合成＞
ＸＩＩＩ ８．４１ｇ（１５ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を７５ｍＬの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド５．３４ｇ（１５．８ｍｍｏｌ）を加え、室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール１５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＩＶ １１．５ｇ（８９％）を得た。
【００９８】
＜ＸＶの合成＞
ＸＩＶ ７．１３ｇ（８．２７ｍｍｏｌ）を１７ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、トリエチルシラン１．５８ｍＬ、及びジアザビシクロウンデセン１．２４ｍＬ（８．２７ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌した。反応混合物にトリフロロ酢酸７６２μＬ及びピリジン４０１μＬの脱水ジクロロメタン５ｍＬ希釈溶液を加え、反応混合物Ａを得た。
４−（ＦＭＯＣ−アミノメチル）安息香酸３．３５ｇ（９．９２ｍｍｏｌ）を４０ｍＬの脱水ジクロロメタンに懸濁し、アルゴン雰囲気下、オキサリルクロリド１．７０ｍＬ（１８．８ｍｍｏｌ）、及びジメチルフォルムアミド１５μＬ（０．１９ｍｍｏｌ）を加え、室温で一晩攪拌した。反応溶液を減圧濃縮し、残渣に脱水トルエンを加えた後、減圧濃縮した。残渣を５０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール１．６１ｇ（１１．９ｍｍｏｌ）を加えた後、氷冷し、ピリジン１．２０ｍＬを加えた。室温で１時間攪拌後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、１２ｍＬ脱水ジクロロメタンを用いて反応混合物Ａに加え、室温で３時間攪拌した。続いてメタノール１０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＶ ５．２０ｇ（６３％）を得た。
【００９９】
＜ＸＶＩの合成＞
ＸＶ ５．１０ｇ（５．１２ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を４０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３１ｍｇ（０．２６ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．３ｍＬ（７．６ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．３ｍＬ（５．８ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で２時間攪拌した。続いてメタノール１５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５５ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、５１５ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＶＩ ５．７８ｇ（９４％）を得た。
【０１００】
＜ＸＶＩＩの合成＞
ＸＶＩ ２．１３ｇ（１．７８ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Ａを得た。ＩＶｃ １．１５ｇ（１．７８ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を、８ｍＬの脱水ジクロロメタンを用いて溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール６２３ｍｇ（８．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。続いてメタノール１．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン２８ｍＬ、ピリジン８ｍＬ、及び水４ｍＬに溶解し、ヨウ素１．６ｇ（６．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に１００ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム４．０ｇを加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約１０ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＶＩＩ ２．０９ｇ（６７％）を得た。
【０１０１】
＜ＸＶＩＩＩの合成＞
ＸＶＩＩ １．９２ｇ（１．１０ｍｍｏｌ）を１２ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物０．５１ｍＬの希釈溶液１４ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で１０分間攪拌した。氷冷下、アセトン１０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９３：７→１７：３）にて精製し、目的物ＸＶＩＩＩ １．５４ｇ（８５％）を得た。
【０１０２】
＜ＸＩＸの合成＞
ＸＶＩＩＩ ８３０ｍｇ（０．５０ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３．１ｍｇ（０．０２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１０３μＬ（０．６０ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１２３μＬ（０．５５ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で３時間攪拌した。続いてメタノール１．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５ｍＬのジクロロメタンに溶解し、−３０℃で、５０ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＸ ８８２ｍｇ（９５％）を得た。
【０１０３】
＜各化合物の構造確認＞
前記各化合物の構造確認を、以下のようにして行った。結果を図１〜４１に示す。なお、前記Ｉ〜ＩＩＩの各化合物の構造確認結果は、特願２００７−０００５７６号明細書に記載の通りである。
［ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ］
脂溶性化合物については、Ｄｉｔｈｒａｎｏｌ １０ｍｇ／ｍＬ アセトン溶液８μＬと、サンプル希釈液（２０ｐｍｏｌ／Ｌが目安）２μＬを混合し、Ｍａｓｓｉｖｅ Ｔａｒｇｅｔに１μＬを展開し、測定した。検量線用内部標準としてはＤｉｔｈｒａｎｏｌマトリックスを用いた。
水溶性のオリゴヌクレオチドについては、まずサンプルの希釈液を水素イオン型イオン交換樹脂にて処理した。別にクエン酸一水素二アンモニウム（ＤＡＣ）と３−ヒドロキシピコリン酸（ＨＰＡ）の１：１混合水溶液１μＬを、あらかじめＴＯＦ−ＭＳターゲットＡｎｃｈｏｒＣｈｉｐに展開し、更にサンプル液１μＬを混合し、ゆっくりと風乾した後に測定した。検量線用標準物質としては規定の検量線用ペプチド混合サンプルを用いた。
[１Ｈ−ＮＭＲ]
各サンプル約５ｍｇを重溶媒に溶解し、測定した。内部標準は重溶媒ピークを基準とした。
[３１Ｐ−ＮＭＲ]
外部標準としてＰＰｈ３を用い、−６．２ｐｐｍを基準として測定した。ＢＣＭにて測定を行った。
【０１０４】
（実施例２：アセトニトリル中でのＤＢＵ処理による脱保護の確認）
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて核酸類似体を合成した後、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理を行うことにより、保護基（一段階目の基）が外れ、所望の置換基を有する核酸類似体（機能性分子）が合成できていることを以下のようにして確認した。
【０１０５】
【化２７】
【０１０６】
まず、前記実施例１で得られる化合物Ｖ（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ１、図４２）１．７ｍＭ、及び１０ｍＭ ＤＢＵ（１０％ＤＭＦ、９０％アセトニトリル）溶液を室温で１５分間静置し、反応混合物を得た（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ２、図４３）。更に、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ２のメインピークを分取した後、０．１Ｍ ＨＣｌ条件で、９０℃、５分間静置し、反応混合物を得た（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３、図４４）。
【０１０７】
次に、市販のＣ３ＳＳ−ＣＰＧに、通常のＤＮＡ自動合成サイクルにより、前記実施例１で得られたＩＸＬｙｓアミダイドを用いて１残基合成し、ＣＰＧに０．０１Ｍ ＤＢＵアセトニトリル溶液５ｍＬを１時間かけて流した後、アセトニトリル、続けて水で洗浄し、０．１Ｍ トリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン塩酸塩−トリス（ヒドロキシメチル）アミノエタン緩衝溶液ｐＨ＝７．０（ＴＣＥＰ−Ｔｒｉｓ ｐＨ＝７．０）０．２５ｍＬを１時間かけて流し、溶液を回収した（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ４、図４５）。前記溶液（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ４）を１０倍希釈した後、０．１Ｍ ＨＣｌ条件で、９０℃、５分間静置し、反応混合物を得た（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５、図４６）。
【０１０８】
ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３の反応混合物とＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５の反応混合物とではほぼ同様なＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔが得られたが、確認のため、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３の反応混合物とＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５の反応混合物を混合した溶液について、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔを確認した（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ６、図４７）。
結果、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３の反応混合物とＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５の反応混合物は一致した。したがって、本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて核酸類似体を合成した後、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理を行うことにより保護基（一段階目の基）が外れ、所望の置換基を含有する核酸類似体（機能性分子）が合成できることが確認できた。
【０１０９】
（実施例３：アンモニア処理による脱離の確認）
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子の置換基（二段階目の基）が、アンモニア処理によって脱離可能であり、これにより、前記機能性分子が容易にＰＣＲで増幅可能となることを以下のようにして確認した。
【０１１０】
ＤＮＡ合成機を用い、以下の配列：ＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＧＣＴＧＡＡ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＧＣＴ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＡＣＣＡＴＣＡＴＣＡＣＣＡＴＣＴＴ（８０量体、配列番号：１（配列表中には、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ部位のみを表示））を合成した。「Ｖ」としては、ＩＩＩｇ、ＩＩＩｃの等量混合アミダイドを、「８」としては、ＸＩＩＬｅｕ、ＸＩＩＰｈｅ、ＸＩＩＧｌｕ、ＸＩＩＬｙｓ、ＸＩＸの等量混合アミダイドを用いた。
合成した類似ＤＮＡランダムミックスは、アセトニトリル中、０．０１Ｍジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）溶液を流すことにより脱保護を行い、０．１ ＴＣＥＰ−ｔｒｉｓ ｐＨ−７．０ ２５０μＬ水溶液により固相担体から切り出し、得られたＳＨ末端類似ＤＮＡ溶液に０．５Ｍマレインイミド水溶液を加えた。ＣＴＴＣＡＣＣＴＴＣ（配列番号：２）オリゴマー修飾レジンを用いることにより、修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）を粗精製し、ＤＮＡ濃度をλ＝２６０で概算した。
【０１１１】
上記で得られた修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）に、２倍量（Ｖ／Ｖ）の２８％アンモニア水を加え、５５℃で８時間加熱してアンモニア処理を行い、置換基の脱離を行った。得られた溶液を減圧濃縮した。
【０１１２】
上記で得られた各々の修飾類似ＤＮＡ溶液（アンモニア処理、アンモニア未処理）を、図４８に記載の各段階に希釈し、ＰＣＲ（６０サイクル）により増幅した。
【０１１３】
図４８の結果から、アンモニア処理を行った修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）でのみ、正常な８０量体付近のバンドが確認できた（レーン３〜６）。このことから、本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子では、アンモニア処理により置換基の脱離を行うことができ、そのため、ＰＣＲで容易に増幅することができるようになることが示された。
【０１１４】
また、前記機能性分子のＰＣＲ等の過程で、各アミダイドのダイマーコードが変化しないことを、以下のようにして確認した。
上記と同様にして、以下の配列：ＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＧＡＧＴＣＡＡＣＧ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＧＣＴ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＧＧＡＡＡＴＣＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴＣＴＴＣ（配列番号：３（配列表中には、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ部位のみを表示））を合成し、固相単体から修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）を回収した。粗精製し、アンモニア水処理し、ＰＣＲ増幅した後に、ＰＣＲ産物を用いて、クローニング及びシーケンシングをした結果の一部を図４９に示す。図４９から分かるように、ＸＩＩＬｅｕ（ＡＡ）、ＸＩＩＰｈｅ（ＡＣ）、ＸＩＩＧｌｕ（ＡＴ）、ＸＩＩＬｙｓ（ＴＡ）、ＸＩＸ（ＧＣ）の混合アミダイドを使用した前記「８」に相当する残基では、各アミダイドに対応するＡＡ、ＡＣ、ＡＴ、ＴＡ、ＧＣのみが出現しており、このことから、各アミダイドのダイマーコードはＰＣＲ、クローニング及びシーケンシングの過程によって変化しないことが確認できた。
即ち、本発明によれば、例えば、予め各ダイマーアミダイドに導入させた置換基の種類をダイマーコード対応表（ダイマーアミダイドの塩基配列と、置換基の種類との対応表）等で定めておき、前記ダイマーアミダイドから合成された前記機能性分子を標的物質と結合させ、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、前記機能性分子から置換基を脱離し、ＰＣＲ増幅、シーケンシング（塩基配列決定）を行うことで、前記機能性分子に導入されていた置換基の種類を前記ダイマーコード対応表等から確認することができ、これに基づき、前記機能性分子を複製等することが可能となる。
【０１１５】
（実施例４：標的物質解析方法）
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子が、標的物質の解析に好適であることを以下のようにして確認した。
【０１１６】
下記表１で示す５種類のダイマーアミダイド（実施例１で合成されたもの）を用い、以下の修飾類似ＤＮＡランダム配列を合成した。前記ダイマーアミダイドで合成させる部位をＮｐＮｐで示す。
［修飾類似ＤＮＡランダム配列］
ｔｔａｔｃａａｃａａａａｔａｃｔｃｃａａｔｔｇａｃｔ（ＮｐＮｐＧ／Ｃｐ）７ｇｃｔ（ＮｐＮｐＧ／Ｃｐ）７ｔｔｃｇａａａｇａｔｃｃｃａａｃｇａａａａｇｐ（ＣＨ２）３ＳＨ（配列番号：４（配列表中には、ａ、ｃ、ｇ、ｔ部位のみを表示））
【０１１７】
【表１】
【０１１８】
前記修飾類似ＤＮＡランダム配列は、ＤＮＡ自動合成機（アプライド３９１Ａ）で合成した。なお、前記修飾類似ＤＮＡランダム配列中、「ａ」、「ｇ」、「ｃ」、「ｔ」部分には下記に示すａ、ｇ、ｃ、ｔアミダイドをそれぞれ用い、「Ｇ／Ｃ」部分には下記で示したｇアミダイド、ｃアミダイドの何れかを用い、「ＮｐＮｐ」部分には前記表１に示す５種の混合ダイマーアミダイドを用いた。
【０１１９】
【化２８】
【０１２０】
合成した修飾類似ＤＮＡランダム配列ミックス（機能性分子のランダムプール）は、アセトニトリル中、０．０１Ｍジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）溶液を流すことにより脱保護を行い、０．１Ｍ ＤＴＴ水溶液により固相担体から切り出した。
【０１２１】
末端ビオチン化修飾及びエンテロキナーゼ切断部位を持つＧＦＰタンパク質溶液をアビジンレジンに湿潤させ、洗浄することによりＧＦＰ結合レジンを作成した。次に、上記修飾類似ＤＮＡランダム配列ミックス（機能性分子のランダムプール） ５０ｎｍｏｌ ２００μＬを室温で一晩反応させることにより、修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）−ＧＦＰ−ストレプトアビジン−ビオチン修飾レジンを作成し、５０℃で、１ｍＬ ５０ｍＭ ＮａＣｌ、１ｍＭ ＭｇＣｌ２、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ １０ｍＭ ｐＨ＝８．５で１０回以上洗浄し、洗浄液に修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）が存在しないことを、定量ＰＣＲを用いて確認した。
次に、本レジンにエンテロキナーデを作用させて、ＧＦＰ流出を蛍光により確認した。ＧＦＰを含有する溶液を用い、アンモニア水を加え、加熱して、アンモニア処理を行った。その後、アンモニアを減圧除去した。
【０１２２】
ＴＴＡＴＣＡＡＣＡＡＡＡＴＡＣＴＣＣＡＡＴＴＧ（配列番号：５）、及びＣＴＴＴＴＣＧＴＴＧＧＧＡＴＣＴＴＴＣ（配列番号：６）をプライマーとしてＰＣＲを行い、ＤＮＡを増幅した。ゲル電気泳動を掛け、精製した後、更にＰＣＲ増幅した。生成物を、定法に従いクローニングし、１００クローンについて配列を決定した。従来の手法では、飛び飛びに入れた固定配列、及びダイマーコーディングルールを満たす配列は約１％であり、その配列について詳細を検討していた。しかしながら、本実施例の手法（本発明の標的物質解析方法）を用いることで、９０％以上のクローンについて飛び飛びに入れた固定配列、及びダイマーコーディングルールを満たすことが判った。即ち、９０％以上のクローンがデコード（翻訳、解読）出来ることがわかった。予め定めたダイマーコード対応表（表１）によりデコード（翻訳、解読）した後、ＤＮＡ自動合成装置により修飾類似ＤＮＡを合成（複製）し、各々ＧＦＰとの結合解離定数を求めた。その結果、２０配列がＫｄ＝１０−７以下であることが確認できた。
【０１２３】
以上の結果から、本発明の機能性分子を用いた標的物質解析方法（本発明の標的物質解析方法）によれば、標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、アンモニア処理を行い前記機能性分子の置換基を脱離することによって、前記機能性分子を容易にＰＣＲで増幅することが可能となり、全体として標的物質の解析を効率的に行うことができるようになることが示された。
【０１２４】
本発明の好ましい態様を付記すると、以下の通りである。
（付記１） 塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子。
（付記２） 置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基に導入されてなる付記１に記載の機能性分子。
（付記３） 置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造を介して塩基に導入されてなり、かつ前記塩基がアデニン及びシトシンのいずれかである付記１から２のいずれかに記載の機能性分子。
（付記４） 置換基が、前記置換基中の脂肪族カルボン酸構造を介して塩基に導入されてなり、かつ前記塩基がグアニンである付記１から２のいずれかに記載の機能性分子。
（付記５） 置換基が、アンモニア処理により脱離可能である付記１から４のいずれかに記載の機能性分子。
（付記６） 置換基が、アンモニア処理により脱離可能であり、かつアセトニトリル中でのＤＢＵ処理では脱離されない付記１から５のいずれかに記載の機能性分子。
（付記７） 異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む付記１から６のいずれかに記載の機能性分子。
（付記８） 付記１から７のいずれかに記載の機能性分子の製造に用いられる下記一般式（Ｉ）で表される機能性分子合成用アミダイドであって、置換基Ｙが塩基Ｘから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子合成用アミダイド。
【０１２５】
【化２９】
ただし、前記一般式（Ｉ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
（付記９） 置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基Ｘに導入されてなる付記８に記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１０） 置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の芳香族カルボン酸構造を介して塩基Ｘに導入されてなり、かつ前記塩基Ｘがアデニン及びシトシンのいずれかである付記８から９のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１１） 置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の脂肪族カルボン酸構造を介して塩基Ｘに導入されてなり、かつ前記塩基Ｘがグアニンである付記８から９のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１２） 置換基Ｙが、アンモニア処理により脱離可能である付記８から１１のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１３） 置換基Ｙが、アンモニア処理により脱離可能であり、かつアセトニトリル中でのＤＢＵ処理では脱離されない付記８から１２のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１４） 置換基Ｙが更に保護基Ｚで保護されてなる、下記一般式（ＩＩ）で表される付記８から１３のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
【０１２６】
【化３０】
ただし、前記一般式（ＩＩ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｚは保護基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
（付記１５） 置換基Ｙを脱離しない条件下で保護基Ｚを脱保護可能である付記１４に記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１６） 保護基Ｚが、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理により脱保護可能である付記１４から１５のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１７） 付記８から１６のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、
前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする標的物質解析方法。
（付記１８） 機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成する際に、機能性分子合成用アミダイドの置換基を脱離しない条件下で保護基の脱保護を行う付記１７に記載の標的物質解析方法。
【産業上の利用可能性】
【０１２７】
本発明の機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法は、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの広い分野で好適であり、特に蛋白質の解析に好適である。
【図面の簡単な説明】
【０１２８】
【図１】図１は、実施例１における化合物ＩＶａの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２】図２は、実施例１における化合物ＩＶｇの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３】図３は、実施例１における化合物ＩＶｃの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４】図４は、実施例１における化合物Ｖの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図５】図５は、実施例１における化合物ＶＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図６】図６は、実施例１における化合物ＶＩＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図７】図７は、実施例１における化合物ＶＩＩＩＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図８】図８は、実施例１における化合物ＶＩＩＩＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図９】図９は、実施例１における化合物ＶＩＩＩＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１０】図１０は、実施例１における化合物ＩＸＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１１】図１１は、実施例１における化合物ＩＸＬｙｓの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１２】図１２は、実施例１における化合物ＩＸＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１３】図１３は、実施例１における化合物ＩＸＬｅｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１４】図１４は、実施例１における化合物ＩＸＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１５】図１５は、実施例１における化合物ＩＸＰｈｅの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１６】図１６は、実施例１における化合物ＩＸＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１７】図１７は、実施例１における化合物ＩＸＧｌｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１８】図１８は、実施例１における化合物ＸＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１９】図１９は、実施例１における化合物ＸＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２０】図２０は、実施例１における化合物ＸＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２１】図２１は、実施例１における化合物ＸＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２２】図２２は、実施例１における化合物ＸＩＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２３】図２３は、実施例１における化合物ＸＩＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２４】図２４は、実施例１における化合物ＸＩＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２５】図２５は、実施例１における化合物ＸＩＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２６】図２６は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２７】図２７は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｙｓの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２８】図２８は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２９】図２９は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｅｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３０】図３０は、実施例１における化合物ＸＩＩＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３１】図３１は、実施例１における化合物ＸＩＩＰｈｅの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３２】図３２は、実施例１における化合物ＸＩＩＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３３】図３３は、実施例１における化合物ＸＩＩＧｌｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３４】図３４は、実施例１における化合物ＸＩＩＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３５】図３５は、実施例１における化合物ＸＩＶの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３６】図３６は、実施例１における化合物ＸＶの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３７】図３７は、実施例１における化合物ＸＶＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３８】図３８は、実施例１における化合物ＸＶＩの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３９】図３９は、実施例１における化合物ＸＶＩＩＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４０】図４０は、実施例１における化合物ＸＩＸの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４１】図４１は、実施例１における化合物ＸＩＸの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４２】図４２は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ１である。
【図４３】図４３は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ２である。
【図４４】図４４は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３である。
【図４５】図４５は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ４である。
【図４６】図４６は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５である。
【図４７】図４７は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ６である。
【図４８】図４８は、実施例３における各群の修飾類似ＤＮＡ（アンモニア処理及びアンモニア未処理）サンプルのＰＣＲ結果を示す電気泳動像である。
【図４９】図４９は、実施例３においてシーケンシングを行った結果の一部を示す配列図である（配列番号：７〜配列番号：１６）。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、標的物質に対して親和性を示し、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの広い分野で好適であり、特に蛋白質の解析に好適な機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
人間の全遺伝子情報が既に明らかになった。その結果、研究者や科学者の興味の中心は遺伝子産物である蛋白質の解析に移行している。蛋白質の解析においては、対象となる個々の蛋白質に対してアフィニティーを有する分子を得ることによって、初めて実質的な解析が可能になるといっても過言ではない。しかしながら、細胞中には非常に多種類の蛋白質が存在し、そのアミノ酸配列や構造が未知であるものも多い。
ある特定の蛋白質に対してアフィニティーを有する分子を得る最も一般的な手法は、動物の免疫系を用い、アフィニティー抗体を作製する方法である。しかし、この方法では動物を用いるため、多量の蛋白質や多大な工程、費用が必要となり、しかもある特定の物質に対するアフィニティー抗体は生成されないという欠点があった。
【０００３】
このような問題を解決するために、生物に依存しないアプタマー法（別名：ＳＥＬＥＸ法）も提案されているが、この方法で得られる分子は、特定の蛋白質に対しては強い相互作用を示すものの、必ずしも全ての蛋白質に応用可能なものではなかった。そこで本発明者らは、前記アプタマー法を改良し、修飾核酸類似体を用いた修飾アプタマー法を提案している（特許文献１参照）。しかしながら、この修飾アプタマー法においては、異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む修飾核酸類似体を用いるため、標的物質とアフィニティーを有する修飾核酸類似体を増幅しようとした際には、個々の置換基の特性を考慮しなくてはならず、良好なＰＣＲ増幅条件を選定することが困難であった。また、標的物質に強く結合する修飾核酸類似体ほどＰＣＲで増幅しにくいという欠点もあり、更なる改良が望まれていた。
【０００４】
【特許文献１】国際公開第２００３／０７８６２３号パンフレット
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
本発明は、従来における前記問題を解決し、以下の目的を達成することを課題とする。即ち、本発明は、蛋白質の解析等の広い分野で好適であり、異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、ＰＣＲ等による増幅を容易に行うことのできる機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
前記課題を解決するための手段としては、後述の付記に記載の通りである。即ち、
本発明の機能性分子は、塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含み、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。前記機能性分子では、標的物質との結合に関与する前記置換基を、例えば標的物質との結合の後に、アンモニア処理等を行うことにより前記塩基から脱離することができる。そのため、前記機能性分子は、例えば異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、アンモニア処理等を行うことによりそれらの置換基を前記塩基から脱離することができ（前記機能性分子が天然の核酸と同様な構造となる）、各々の置換基の影響を考慮することなく、ＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能となる。
【０００７】
本発明の機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子を製造するためのアミダイドであり、置換基が塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。前記機能性分子合成用アミダイドでは、標的物質との結合に関与する前記置換基が、例えば標的物質との結合の後に、アンモニア処理等を行うことにより前記塩基から脱離可能であるように前記塩基に導入されてなる。そのため、前記機能性分子合成用アミダイドを用いることによれば、アンモニア処理等を行うことにより前記置換基を脱離することができ、そのためＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能な本発明の前記機能性分子を製造することが可能となる。
また、前記機能性分子合成用アミダイドは、前記置換基が更に保護基で保護されていてもよい。この場合、前記保護基は、前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で（例えばアセトニトリル中でのＤＢＵ処理等により）脱保護可能であることが好ましい。前記機能性分子合成用アミダイドを用いて前記機能性分子を製造する際に、前記置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基の脱保護を行うことにより、標的物質との結合に関与する前記置換基が安定して残存した、本発明の前記機能性分子を製造することが可能となる。
【０００８】
本発明の標的物質解析方法は、本発明の前記機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子（本発明の前記機能性分子）を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含み、前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする。前記標的物質解析方法では、前記選別工程後、前記増幅工程前に、アンモニア処理等を行うことにより前記機能性分子から前記置換基を脱離する。これにより、前記機能性分子は、天然の核酸と同様な構造となり、置換基の影響を考慮することなく、ＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能となる。
また、前記標的物質解析方法では、前記機能性分子の合成の際に、前記機能性分子合成用アミダイドの置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で（例えばアセトニトリル中でのＤＢＵ処理等により）保護基の脱保護を行うことが好ましい。前記脱保護は、前記置換基が脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることから、標的物質との結合に関与する前記置換基はこの段階では安定して残存する。このため、続く、標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程を、安定に行うことが可能となる。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によると、従来における前記問題を解決することができ、蛋白質の解析等の広い分野で好適であり、異なる置換基を有する複数種の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、ＰＣＲ等による増幅を容易に行うことのできる機能性分子、及び前記機能性分子の合成に使用される機能性分子合成用アミダイド、並びにそれらを用いた標的物質解析方法を提供することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
（機能性分子）
本発明の機能性分子は、塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。
【００１１】
＜置換基＞
前記置換基は、その末端に脱離され易い構造を有してなり、前記脱離され易い構造を介して前記塩基に導入されている。前記脱離され易い構造としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、芳香族カルボン酸構造、脂肪族カルボン酸構造などが好ましい。また、前記塩基がアデニン（Ａ）又はシトシン（Ｃ）である場合には、前記脱離され易い構造としては芳香族カルボン酸構造が好ましく、前記塩基がグアニン（Ｇ）である場合には、前記脱離され易い構造としては脂肪族カルボン酸構造が好ましい。
前記芳香族カルボン酸構造の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、４−(アルキルカルボキシルアミノメチル）安息香酸、４−（（２−アルキルカルボキシルアミノ)エトキシ)安息香酸などが挙げられる。前記脂肪族カルボン酸構造の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Ｎ−アルキルカルボキシルβ−アラニン、Ｎ−アルキルカルボキシルピペリジンカルボン酸などが挙げられる。
【００１２】
前記置換基は、前記したような脱離され易い構造を介して前記塩基に導入されていれば、その他の構造については特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、天然又は非天然のアミノ酸、金属錯体、蛍光色素、酸化還元色素、スピンラベル体、水素原子、炭素数１〜１０のアルキル基、下記式（１）〜（１０）で表される基などの構造を含むことができる。
【００１３】
【化３】
【００１４】
前記天然又は非天然のアミノ酸としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、バリン、ロイシン、イソロイシン、アラニン、アルギニン、グルタミン、リジン、アスパラギン酸、グルタミン酸、プロリン、システイン、スレオニン、メチオニン、ヒスチジン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、アスパラギン、グリシン、セリンなどが挙げられる。
前記金属錯体としては、金属イオンに配位子が配位した化合物であれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Ｒｕビピリジル錯体、フェロセン錯体、ニッケルイミダゾール錯体などが挙げられる。
前記蛍光色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、フルオレセイン系列、ローダミン系列、エオシン系列、ＮＢＤ系列等の蛍光色素などが挙げられる。
前記酸化還元色素としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ロイコアニリン、ロイコアントシアニン等のロイコ色素などが挙げられる。
前記スピンラベル体としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、鉄Ｎ−（ジチオカルボキシ）サルコシン（ｓａｒｃｏｓｉｎｅ）、ＴＥＭＰＯ（テトラメチルピペリジン）誘導体などが挙げられる。
前記炭素数１〜１０のアルキル基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、ｔｅｒｔ−ブチル基、ペンチル基、ネオペンチル基、ヘキシル基、シクロヘキシル基、オクチル基、ノニル基、デシル基などが挙げられる。
これらは、置換基で更に置換されていてもよい。
【００１５】
＜塩基＞
前記塩基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、ウラシル（Ｕ）などが挙げられる。また、前記塩基に前記置換基が導入される位置としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、アデニン塩基の６位、シトシン塩基の６位、グアニン塩基の２位などが好ましい。
【００１６】
＜脱離＞
前記置換基は、前記塩基から脱離可能であるように導入されていれば、その脱離方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アンモニア処理による方法、ＮａＯＨ等によるアルカリ処理による方法、ふっ酸及びフッ化物塩処理による方法、ヒドラジン処理による方法、光照射による方法などが挙げられる。これらの中でも、アンモニア処理による方法が、特に好ましい。
前記アンモニア処理時のアンモニア濃度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、１〜３０％が好ましく、１０〜３０％がより好ましく、２０〜３０％が特に好ましい。前記アンモニア処理時の温度としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば０〜８０℃が好ましく、２５〜６０℃がより好ましく、５０〜５５℃が特に好ましい。前記アンモニア処理の時間としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば１５分間〜２４時間が好ましく、１〜１６時間がより好ましく、４〜８時間が特に好ましい。
【００１７】
更に、前記置換基は、前記したような脱離方法では脱離可能であるが、一方で、後述するような脱保護方法（例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により脱保護を行う方法、より具体的には、アセトニトリル中でＤＢＵ（１，８−ジアザビシクロ[５．４．０]−７−ウンデセン）により処理を行う方法）では脱離されないことが好ましい。前記したような脱保護方法により前記置換基が脱離されてしまうと、前記機能性分子を所望の標的物質と結合させる前に（前記機能性分子の製造時に）、前記標的物質との結合に必要な置換基が失われてしまい、前記標的物質との結合を行うことができなくなることがある。
【００１８】
＜製造＞
前記機能性分子は、例えば、後述する本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いることにより好適に製造することができる。前記機能性分子の製造方法については、後述する本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目に詳述するものとする。
【００１９】
＜構成＞
前記機能性分子は、複数のヌクレオチド単位から構成されてなり、その少なくとも一部に、前記したような、塩基に脱離可能に導入された置換基を有する修飾ヌクレオチド単位を含む。
前記機能性分子を構成するヌクレオチド単位の個数としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、例えば、１０〜２００個が好ましく、２０〜１００個がより好ましく、３０〜８０個が特に好ましい。なお、前記機能性分子を構成するヌクレオチド単位のうち、前記したような置換基を有する修飾ヌクレオチド単位の割合としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。また、前記機能性分子は、類似ＤＮＡ配列及び類似ＲＮＡ配列のいずれであってもよく、また、前記類似ＤＮＡ配列及び類似ＲＮＡ配列は一本鎖であってもよいし二本鎖であってもよい。
【００２０】
＜効果＞
前記機能性分子は、標的物質との結合に関与する置換基が、塩基に脱離可能に導入されているため、標的物質との結合後、アンモニア処理等によって前記置換基を前記塩基から脱離することによって、天然核酸と同様な構造とすることができ、その結果、前記機能性分子をＰＣＲ等により容易に増幅することが可能となる。なお、本発明においては、前記機能性分子について、置換基を有する状態のもの、及び、置換基が脱離された後の状態のもの（天然核酸と同様な状態のもの）のいずれをも「機能性分子」と称し、文脈に応じて適宜使い分けるものとする。
従来の機能性分子では、その構造に異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む場合、各々の置換基の特性を考慮してＰＣＲ増幅条件の選定を行う必要があり、そのため、至適ＰＣＲ増幅条件の選定が非常に困難であった。これに対して、本発明の前記機能性分子によれば、その構造に異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む場合であっても、それらの置換基をアンモニア処理等によって一度に脱離し、天然核酸と同様な構造とすることができるために、容易に至適ＰＣＲ増幅条件を選定することが可能となる。
【００２１】
（機能性分子合成用アミダイド）
本発明の機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子の製造に用いられるアミダイドであって、下記一般式（Ｉ）で表され、置換基Ｙが塩基Ｘから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする。
【００２２】
【化４】
ただし、前記一般式（Ｉ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【００２３】
ここで、前記「置換基」、前記「塩基」、前記「脱離」としては、前記した本発明の機能性分子の項目に記載した通りである。
【００２４】
また、前記機能性分子合成用アミダイドは、機能性分子合成時における置換基Ｙの不要な反応を防ぐ目的から、前記置換基Ｙが更に保護基Ｚで保護されてなる、下記一般式（ＩＩ）で表される機能性分子合成用アミダイドであってもよい。
【００２５】
【化５】
ただし、前記一般式（ＩＩ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｚは保護基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【００２６】
＜保護基＞
前記機能性分子合成用アミダイドが前記保護基Ｚを有する場合、前記保護基Ｚは、前記置換基Ｙを脱離しない条件下で脱保護可能であることが好ましく、前記保護基としては、例えば、フルオレニルメチルカルボニル基、β−シアノエチルカルボニル基などが挙げられる。前記置換基Ｙを脱離しない条件下で前記保護基Ｚが脱保護可能であれば、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造における脱保護時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
【００２７】
＜脱保護＞
前記置換基Ｙを脱離せず、前記保護基Ｚを脱保護する方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法、テトラブチルアンモニウムフルオライド処理による方法などが挙げられる。これらの中でも、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法が、特に好ましい。前記非プロトン性溶媒としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、ＤＭＦ（Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド）、Ｎ−メチルピロリドンなどが挙げられる。また、前記嵩高い塩基としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＤＢＵ（１，８−ジアザビシクロ[５．４．０]−７−ウンデセン）、ＤＢＮ（１，５−ジアザビシクロ[４．３．０]−５−ノネン）、テトラメチルグアニジンなどが挙げられる。これらの中でも、前記保護基は、前記アセトニトリル中、前記ＤＢＵにより脱保護可能であることが好ましい。また、この場合、前記保護基の脱保護に要するＤＢＵ濃度としては、０．５Ｍ以下が好ましく、０．１Ｍ以下がより好ましく、０．０１Ｍ以下が特に好ましい。前記脱保護に要する時間としては、８時間以内が好ましく、１時間以内がより好ましく、１５分間以内が特に好ましい。
【００２８】
＜具体例＞
前記機能性分子合成用アミダイドの具体例としては、例えば、下記構造式（１）〜（５）のいずれかで表されるものなどが挙げられるが、前記機能性分子合成用アミダイドとしては、これらに限定されるものではない。
【００２９】
【化６】
【００３０】
【化７】
【００３１】
【化８】
【００３２】
【化９】
【００３３】
【化１０】
【００３４】
＜機能性分子合成用アミダイドの製造＞
前記機能性分子合成用アミダイドの製造方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、後述する実施例に記載の合成方法等により製造することができる。
【００３５】
＜機能性分子の製造＞
前記機能性分子合成用アミダイドは、本発明の前記機能性分子の製造に好適に利用可能である。
前記機能性分子合成用アミダイドを用いて前記機能性分子を製造する方法としては、特に制限はなく、例えば、公知の核酸合成方法を適宜利用することができる。具体的には、例えば、前記機能性分子合成用アミダイドの単量体を用い、ジエステル法、トリエステル法、ホスファイト法、ホスホロアミダイト法、Ｈ−ホスホネート法、チオホスファイト法などにより、前記機能性分子合成用アミダイドの二量体や三量体等のオリゴマーを合成し、これらを重合する方法などが挙げられる。前記オリゴマーを重合する方法としても、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、ＤＮＡシンセサイザー（ＤＮＡ自動合成装置）を用いる方法などが好適に挙げられる。
【００３６】
なお、前記機能性分子合成用アミダイドのオリゴマーの具体例として、例えば、下記構造式（６）〜（１０）のいずれかで表されるもの（いずれも二量体）などが挙げられるが、前記オリゴマーとしては、これらに限定されるものではない。
【００３７】
【化１１】
【００３８】
【化１２】
【００３９】
【化１３】
【００４０】
【化１４】
【００４１】
【化１５】
【００４２】
前記機能性分子の製造においては、前記重合により前記機能性分子を合成した後、前記機能性分子合成用アミダイドに付されていた前記保護基の脱保護を行うことが好ましい。この場合には、前記したように、前記脱保護は、前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることが好ましい。前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基が脱保護されることにより、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
【００４３】
前記機能性分子の製造には、前記機能性分子合成用アミダイドが少なくとも一部に用いられていれば、特に制限はなく、目的に応じて更にその他のアミダイドが用いられていてもよい。前記その他のアミダイドとしては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、中でも、前記したような、前記機能性分子合成用アミダイドの置換基が脱離されない程度の緩やかな条件下で、保護基の脱保護が可能なアミダイドを使用することが好ましい。このようなアミダイドとしては、例えば、特願２００７−０００５７６号明細書に記載の核酸類似体合成用アミダイド（例えば、後述する実施例に示すＩＩＩａ、ＩＩＩｇ、ＩＩＩｃ）などを用いることができる。
【００４４】
＜効果＞
前記機能性分子合成用アミダイドは、置換基がアンモニア処理等によって塩基から容易に脱離する構造を有しているため、これを用いて機能性分子を合成することにより、例えば標的物質との結合後に、前記置換基を脱離することができ、そのためＰＣＲ増幅を容易に行うことが可能な、本発明の前記機能性分子を提供することができる。
また、好ましくは、前記機能性分子合成用アミダイドは、前記置換基が更に保護基で保護されてなり、かつ前記保護基が前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で脱保護可能であるために、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造における脱保護時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することができる。
【００４５】
（標的物質解析方法）
本発明の標的物質解析方法は、本発明の前記機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子（本発明の前記機能性分子）を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程と、必要に応じてその他の工程とを含み、前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする。
前記標的物質解析方法における、前記「ランダムプール作製工程」、前記「選別工程」、前記「増幅工程」、及び前記「その他の工程」の各工程は、例えば、国際公開第２００３／０７８６２３号パンフレットの内容を参照して好適に行うことができる。具体的には、例えば、以下のようにして行うことができる。
【００４６】
＜ランダムプール作製工程＞
前記ランダムプール作製工程は、前記機能性分子合成用アミダイドから機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製する工程である。
ここで、前記「機能性分子合成用アミダイド」、前記「機能性分子」、及び前記「機能性分子合成用アミダイドから機能性分子を合成する方法（機能性分子の製造方法）」としては、前記した本発明の機能性分子の項目、及び本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目にそれぞれ記載した通りである。前記のようにして機能性分子を合成した結果、得られた機能性分子を含む反応物は、精製・分離等することなくそのまま、機能性分子のランダムプールとして使用可能である。
【００４７】
なお、前記ランダムプール作製工程においては、前記機能性分子を合成した後に、前記機能性分子合成用アミダイドにおける保護基の脱保護が行われることが好ましい。この場合には、前記したように、前記脱保護は、前記機能性分子合成用アミダイドにおける置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で行われることが好ましい。前記置換基を脱離しない程度の緩やかな条件下で前記保護基が脱保護されることにより、標的物質との結合に必要な置換基が、前記標的物質との結合前に（前記機能性分子の製造時に）失われてしまうことがなく、安定して前記標的物質と結合可能な前記機能性分子を製造することが可能となる。
前記保護基の脱保護の方法としては、前記置換基が脱離しない条件で行うことのできる方法であれば特に制限はなく、前記保護基及び前記置換基の種類等に応じて適宜選択することができ、例えば、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法、テトラブチルアンモニウムフルオライド処理による方法などが挙げられる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。これらの中でも、前記脱保護の方法としては、非プロトン性溶媒中で嵩高い塩基により処理を行う方法が、特に好ましい。
前記「非プロトン性溶媒」、前記「嵩高い塩基」、及び前記「非プロトン性溶媒中での前記嵩高い塩基による処理の方法」の具体例としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、前記した本発明の機能性分子合成用アミダイドの項目に記載した通りである。
【００４８】
＜選別工程＞
前記選別工程は、前記ランダムプール作製工程において作製された前記機能性分子のランダムプールの中から、所望の標的物質と親和性のある機能性分子を選別する工程である。前記選別の方法としては、特に制限はなく、目的に応じて公知の方法から適宜選択することができ、例えば、アフィニティークロマトグラフィー、フィルター結合、液−液分割、ろ過、ゲルシフト、密度勾配遠心分離などの各種方法が挙げられる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。これらの中でも、前記選別の方法としては、アフィニティークロマトグラフィーが、特に好ましい。
【００４９】
なお、前記標的物質としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、タンパク質、リポタンパク質、糖タンパク質、ポリペプチド、脂質、多糖類、リポ多糖類、核酸、ホルモン、環境ホルモン、細胞、ウィルス、薬物、これらの複合体などが好適に挙げられる。
【００５０】
＜脱離工程＞
前記脱離工程は、本発明の標的物質解析方法において特徴的な工程であり、後述する増幅工程前に行われる。前記脱離工程では、例えば前記選別工程で選別された機能性分子から、置換基を脱離する。増幅工程前に前記置換基の脱離が行われることにより、前記機能性分子は天然核酸と同様な構造となり、ＰＣＲ等による増幅が容易となる。
【００５１】
前記置換基の脱離の方法としては、特に制限はなく、前記置換基の種類等に応じて適宜選択することができ、例えば、アンモニア処理による方法、ＮａＯＨ等によるアルカリ処理による方法、ふっ酸及びフッ化物塩処理による方法、ヒドラジン処理による方法、光照射による方法などが挙げられる。これらの中でも、アンモニア処理による方法が、特に好ましい。これらは１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。
前記「アンモニア処理」の具体的な方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、本発明の前記機能性分子の項目に記載した通りである。
また、前記置換基を脱離した結果、その脱離箇所において、別の種類の基への置換が生じる場合もあるが、ＰＣＲ等の進行を妨げず、前記機能性分子が増幅可能であれば、このような別の種類の基が生じていても構わない。
【００５２】
―保護基の脱保護方法と置換基の脱離方法との組合せ―
なお、前記ランダムプール作製工程における前記脱保護方法と、前記脱離工程における前記脱離方法との組み合わせとしては、前記置換基を脱離すること無しに脱保護を行うことが可能な脱保護方法と、その後、残存した前記置換基を脱離することが可能な脱離方法との組み合わせであれば、特に制限はなく、使用する機能性分子合成用アミダイドの構造等に応じて適宜選択することができる。例えば、前記組み合わせとしては、脱保護方法が非プロトン性溶媒中での嵩高い塩基による処理（例えば、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理）であり、脱離方法がアンモニア処理である組み合わせ；脱保護方法がテトラブチルアンモニウムフルオライド処理であり、脱離方法が光照射である組み合わせ；などが好ましい。
また、例えば温度や時間等の反応条件を調整することにより、前記脱保護を、前記置換基が脱離されない程度の緩やかな条件で行うことができる場合には、前記脱保護方法と前記脱離方法とを、同じ種類の方法を用いて行うこともできる。
【００５３】
＜増幅工程＞
前記増幅工程は、前記選別工程により選別した前記機能性分子の塩基配列を決定すること等を目的に、前記機能性分子を増幅する工程である。前記増幅工程において、前記機能性分子は、前もって行われた前記脱離工程により、前記置換基が脱離され、天然核酸と同様な状態となっているために、ＰＣＲ等の増幅条件の選定が非常に容易である。
そのため、前記増幅の方法としては、対象となる前記機能性分子のオリゴヌクレオチド配列の数を増やすことができれば、特に制限はなく、当該技術分野において公知の方法の中から適宜選択することができ、例えば、ＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、ＬＣＲ（Ｌｉｇａｓｅ ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、３ＳＲ（Ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）法、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ＩＣＡＮ法、ＬＡＭＰ法などが挙げられる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。
また、前記機能性分子の塩基配列の決定方法としても、特に制限はなく、当該技術分野において公知の方法の中から適宜選択することができ、例えば、遺伝子クローニングによる方法、チェーンターミネーター法、サンガー法、ジデオキシ法等によるＤＮＡシーケンサー（ＤＮＡ塩基配列自動決定装置）などを利用することができる。これらは、１種単独で行ってもよいし、２種以上を行ってもよい。
【００５４】
＜その他の工程＞
前記その他の工程としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、翻訳工程などが挙げられる。
前記翻訳工程は、例えば、前記増幅工程で決定した前記機能性分子の塩基配列を翻訳し、前記標的物質との親和性を有した機能性分子の構造を確認する工程である。前記翻訳は、例えば、国際公開第２００３／０７８６２３号パンフレットの記載を参照して行うことができる。
例えば、予め前記機能性分子合成用アミダイドの二量体や三量体等のオリゴマーに導入させた置換基の種類を、対応表（オリゴマーの塩基配列と、置換基の種類との対応表）等で定めておく。次いで、前記オリゴマーを重合させることにより得られた前記機能性分子を、標的物質と結合させ、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、前記機能性分子から置換基を脱離し、ＰＣＲ増幅、シーケンシング（塩基配列決定）を行う。前記塩基配列の結果から、前記機能性分子に導入されていた置換基の種類を、前記対応表等に基づいて確認（翻訳）することができ、これに基づき、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を複製等することが可能となる。
【００５５】
＜効果＞
本発明の標的物質解析方法では、前記増幅工程の前に、前記機能性分子の置換基を脱離する前記脱離工程を含むため、前記増幅工程の際には、前記機能性分子は、天然核酸と同様な状態となっており、したがって、ＰＣＲ等により容易に前記機能性分子を増幅し、その塩基配列を確認、分析等することができる。
更に、本発明の標的物質解析方法では、好ましくは、前記ランダムプール作製工程において、前記機能性分子合成用アミダイドの前記保護基を前記置換基が脱離しない条件下で脱保護する。そのため、前記選別工程の際には、前記標的物質との結合に関与する置換基は、前記機能性分子の表面に露出した状態で安定に残存しており、そのため、前記機能性分子と前記標的物質との結合を安定に行うことができる。
このように、本発明の標的物質解析方法では、好ましくは、前記保護基及び前記置換基が二段階で外され、そのため、全体を通して標的物質の解析を安定かつ効率的に行うことができる（一段階目：ランダムプール作製工程における保護基の脱保護、二段階目：脱離工程における置換基の脱離）。
【００５６】
［用途］
本発明の機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法は、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの様々な分野で好適であると考えられる。例えば、特定の代謝系に関与する蛋白質に親和性のある分子を同定することにより、多機能薬品、高精度ドラッグデリバリーを行う物質を提供することができると考えられる。また、特定のＤＮＡ配列に親和性のある分子を同定することにより、一連の遺伝子の発現量を制御することができるようになり、遺伝子産物の相互作用を解き明かすことができると期待される。更に、反応中間体をミミックした分子に親和性のある分子を同定することにより、不安定な反応中間体を経由する多段階反応を、効率よく進めることができるようになると考えられる。
【実施例】
【００５７】
以下、本発明の実施例について説明するが、本発明はこれらの実施例に何ら限定されるものではない。
【００５８】
（実施例１：機能性分子合成用アミダイドの合成）
本発明の機能性分子合成用アミダイド（ＩＸＬｙｓ（前記構造式（１））、ＩＸＬｅｕ（前記構造式（２））、ＩＸＰｈｅ（前記構造式（３））、ＩＸＧｌｕ（前記構造式（４））、ＸＶＩ（前記構造式（５）））、及び前記機能性分子合成用アミダイドを用いたアミダイド二量体（ＸＩＩＬｅｕ（前記構造式（６））、ＸＩＩＰｈｅ（前記構造式（７））、ＸＩＩＧｌｕ（前記構造式（８））、ＸＩＩＬｙｓ（前記構造式（９））、ＸＩＸ（前記構造式（１０）））を、それぞれ以下のようにして合成した。
【００５９】
【化１６】
【００６０】
【化１７】
【００６１】
＜Ｉａ、Ｉｇ、Ｉｃの合成＞
Ｎメチルアミノ酪酸塩酸塩７．６８ｇ（５０ｍｍｏｌ）を５０ｍＬの水に溶かし、ＮａＨＣＯ３４．２０ｇ（５０ｍｍｏｌ）を加え、１０分間攪拌した。この溶液に炭酸９−フルオレニルメチルスクシンイミジル１３．４９ｇ（４０ｍｍｏｌ）、アセトニトリル１００ｍＬ、及び硫酸水素テトラブチルアンモニウム０．１４ｇ（０．４ｍｍｏｌ）を加え、室温で２日間攪拌した。溶液を減圧濃縮した後、塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、脱水アセトニトリルで２回共沸した後、脱水塩化メチレンで共沸した。残渣を２００ｍＬの脱水塩化メチレンに溶かし、０℃でＮ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド４．１３ｇ（２０ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。不溶物をろ過した後、減圧濃縮し、残渣Ａを得た。
デオキシヌクレオシド（ｄＡ、ｄＧ、又はｄＣ、２０ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を３回行った。残渣を１００ｍＬの脱水ピリジンで懸濁し、０℃でトリメチルクロロシラン８．４５ｍＬ（６６ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した後、再び０℃に冷却し、本溶液を残渣Ａに導入した。反応混合物を、室温で２時間攪拌した。氷冷下、２０ｍＬの水を加え、室温で一晩攪拌した。本溶液を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物Ｉａ ６．９１ｇ（６０％）、Ｉｇ ９．４３ｇ（８０％）、Ｉｃ ８．８０ｇ（８０％）を得た。
【００６２】
【化１８】
【００６３】
＜ＩＩａ、ＩＩｇ、ＩＩｃの合成＞
Ｉａ、Ｉｇ、又はＩｃ、１０ｍｍｏｌを脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を５０ｍＬの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド３．３６ｇ（１０．５ｍｍｏｌ）を加え、室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール１０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９８：２→９：１）にて精製し、目的物ＩＩａ ７．９２ｇ（９１％）、ＩＩｇ ８．３５ｇ（９４％）、ＩＩｃ ７．６４ｇ（９０％）を得た。
【００６４】
【化１９】
【００６５】
＜ＩＩＩａ、ＩＩＩｇ、ＩＩＩｃの合成＞
ＩＩａ、ＩＩｇ又はＩＩｃ、５ｍｍｏｌを脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３０．５ｍｇ（０．２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．０５ｍＬ（６．０ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．２３ｍＬ（５．５ｍｍｏｌ）の５ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃（ＩＩａ、ＩＩｃ）又は室温（ＩＩｇ）で２時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を２５ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で５００ｍＬのヘキサンに１５分間以上かけ滴下した。不溶物をろ過し、冷ヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＩＩａ ５．２２ｇ（９７％）、ＩＩＩｇ ５．２２ｇ（９６％）、ＩＩＩｃ ４．７０ｇ（９４％）を得た。
【００６６】
【化２０】
【００６７】
＜ＩＶａ、ＩＶｇ、ＩＶｃの合成＞
ＩＩａ、ＩＩｇ、又はＩＩｃ、５ｍｍｏｌを脱水ジオキサンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２５ｍＬの脱水ジオキサンに溶解し、１０℃でジメチルアミノピリジン４８．９ｍｇ（０．４ｍｍｏｌ）、ジシクロヘキシルカルボジイミド２．０６ｇ（１０ｍｍｏｌ）、及びレブリン酸１．０２ｍＬ（１０ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。反応溶液に２ｍＬのメタノールを加え、３０分間攪拌した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５ｍＬのジクロロメタンで懸濁し、不溶物をろ過した。濾液を減圧濃縮し、残渣を１００ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、２ｍＬのトリフロロ酢酸を加え、０℃で２時間攪拌した後、１０ｍＬの脱水メタノール及び５ｍＬの脱水ピリジンを加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。反応混合物を水で洗浄し、ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９８：２→４：１）にて精製し、目的物ＩＶａ ３．００ｇ（８９％）、ＩＶｇ ２．９６ｇ（８６％）、ＩＶｃ ２．９５ｇ（９１％）を得た。
【００６８】
【化２１】
【００６９】
＜Ｖの合成＞
４−（ＦＭＯＣ−アミノメチル）安息香酸２８．０ｇ（７５ｍｍｏｌ）を３７５ｍＬの脱水ジクロロメタンに懸濁し、アルゴン雰囲気下、オキサリルクロリド１２．９ｍＬ（１５０ｍｍｏｌ）、及びジメチルフォルムアミド０．１２ｍＬ（１．５ｍｍｏｌ）を加え、室温で７時間攪拌した。反応溶液を減圧濃縮し、残渣に脱水トルエンを加えた後、減圧濃縮し、残渣Ａを得た。
デオキシアデノシン１水和物２４．２ｇ（９０ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を３回行った。残渣を３７５ｍＬの脱水ピリジンで懸濁し、０℃でトリメチルクロロシラン３８．０ｍＬ（２９７ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した後、再び０℃に冷却し、本溶液を残渣Ａに導入した。反応混合物を４時間以上かけ室温に昇温し、室温で一晩攪拌した。氷冷下、７５ｍＬの水を加え、室温で８時間攪拌した。本溶液を減圧濃縮した。残渣を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９：１→４：１）にて精製し、目的物Ｖ １５．５ｇ（３４％）、少量のＶ’と思われる不純物を含むＶ １８．２ｇ、粗収率７４％を得た。
【００７０】
＜ＶＩの合成＞
Ｖ １５．５ｇ（２５．５ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１３０ｍＬの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド９．０９ｇ（２６．８ｍｍｏｌ）を加え、室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール２５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（酢酸エチル−エタノール３９：１→１９：１）にて精製し、目的物ＶＩ ２１．３ｇ（９２％）を得た。
同様の手法で，少量のＶ’を含むＶ １８．２ｇからはＶＩ ２２．４ｇを得た。よって２段階収率６４％でＶＩを得た。
【００７１】
＜ＶＩＩの合成＞
ＶＩ １．８２ｇ（２．０ｍｍｏｌ）を脱水ジオキサンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１５ｍＬの脱水ジオキサンに溶解し、１０℃でジメチルアミノピリジン１９．５ｍｇ（０．１６ｍｍｏｌ）、ジシクロヘキシルカルボジイミド８２５ｍｇ（４．０ｍｍｏｌ）、及びレブリン酸０．４１ｍＬ（４．１ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。反応溶液に２ｍＬのメタノールを加え、３０分間攪拌した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を２ｍＬのジクロロメタンで懸濁し、不溶物をろ過した。濾液を減圧濃縮し、残渣を４０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、０．８ｍＬのトリフロロ酢酸を加え、０℃で２時間攪拌した後、４ｍＬの脱水メタノール、及び２ｍＬの脱水ピリジンを加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。反応混合物を水で洗浄し、ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９８：２→９：１）にて精製し、目的物ＶＩＩ １．１５ｇ（８２％）を得た。
【００７２】
＜ＩＸＬｙｓの合成＞
ＶＩ ４．５４ｇ（５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３０．５ｍｇ（０．２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．１３ｍＬ（６．５ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．３４ｍＬ（６．０ｍｍｏｌ）の５ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃で２時間、攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を６０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で５００ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＬｙｓ ５．２３ｇ（９４％）を得た。
【００７３】
【化２２】
【００７４】
＜ＶＩＩＩＬｅｕの合成＞
ＶＩ ８．２０ｇ（９．１２ｍｍｏｌ）を４６ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン１．６３ｍＬ（１０．９ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌し、反応混合物Ａを得た。
４−メチル吉草酸１．３８ｍＬ（１０．９ｍｍｏｌ）を３３ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、Ｎ−ヒドロキシこはく酸イミド１．３９ｇ（１２．０ｍｍｏｌ）を加え、氷冷下、ジシクロヘキシルカルボジイミド２．３７ｇ（１１．５ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。不溶物を濾別し、濾液を反応混合物Ａに加えた。反応混合物を室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→１７：３）にて精製し、目的物ＶＩＩＩＬｅｕ ５．０３ｇ（７０％）を得た。
【００７５】
＜ＩＸＬｅｕの合成＞
ＶＩＩＩＬｅｕ ３．９２ｇ（５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３０．５ｍｇ（０．２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．１３ｍＬ（６．５ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．３４ｍＬ（６．０ｍｍｏｌ）の５ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃で２時間、攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を６０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、５００ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＬｅｕ ４．７４ｇ（９７％）を得た。
【００７６】
＜ＸＬｅｕの合成＞
ＩＸＬｅｕ ４．１９ｇ（４．２５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２１ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａを得た。ＩＶａ ２．８６ｇ（４．２５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２１ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール１．４９ｇ（２１．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール２．１ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン８９ｍＬ、ピリジン２６ｍＬ及び水１３ｍＬに溶解し、ヨウ素３．７７ｇ（１４．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に３８０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム９．３７ｇ（７４．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約２５ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＬｅｕ ４．３８ｇ（６６％）を得た。
【００７７】
＜ＸＩＬｅｕの合成＞
ＸＬｅｕ ４．１８ｇ（２．６６ｍｍｏｌ）を２７ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物１．２９ｍＬ（２６．７ｍｍｏｌ）の希釈溶液２７ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で２０分間攪拌した。氷冷下、アセトン２６ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→１７：３）にて精製し、目的物ＸＩＬｅｕ ３．０５ｇ（７９％）を得た。
【００７８】
＜ＸＩＩＬｅｕの合成＞
ＸＩＬｅｕ ８７０ｍｇ（０．５９ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を６．０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３．６ｍｇ（０．０２９ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１３９μＬ（０．８０ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１５８ｍＬ（０．６２９ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、０℃で３時間攪拌した。続いてメタノール０．６ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液を酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を９ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、５９ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＬｅｕ ８８５ｍｇ（８９％）を得た。
【００７９】
【化２３】
【００８０】
＜ＶＩＩＩＰｈｅの合成＞
ＶＩ ８．０６ｇ（８．８７ｍｍｏｌ）を４５ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン１．５９ｍＬ（１０．６ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌し、反応混合物Ａを得た。
Ｎ−ヒドロキシこはく酸イミド１．３８ｇ（１１．７ｍｍｏｌ）の３２ｍＬ脱水ジクロロメタン溶液に、トリエチルアミン１．７２ｍＬ（１２．４ｍｍｏｌ）を加え、氷冷下、フェニルアセチルクロリド１．４１ｍＬ（１０．６ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。本溶液を反応混合物Ａに加えた。反応混合物を室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＶＩＩＩＰｈｅ ６．７９ｇ（８６％）を得た。
【００８１】
＜ＩＸＰｈｅの合成＞
ＶＩＩＩＰｈｅ ４．８３ｇ（６ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を４８ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３７ｍｇ（０．３０ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．３６ｍＬ（７．８ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．６１ｍＬ（７．２ｍｍｏｌ）の１２ｍＬ塩化メチレン溶液を１５分間以上かけ滴下した。混合溶液を０℃で２時間攪拌した。続いてメタノール６ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を６０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、６００ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＰｈｅ ５．５１ｇ（ｑｕａｎｔ）を得た。
【００８２】
＜ＸＰｈｅの合成＞
ＩＸＰｈｅ ４．９０ｇ（４．８７ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２５ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａを得た。ＩＶｃ ３．１４ｇ（４．８７ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２５ｍＬの脱水アセトニトリルに溶解し、溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール１．７１ｇ（２４．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール２．５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン１０２ｍＬ、ピリジン３０ｍＬ、及び水１５ｍＬに溶解し、ヨウ素４．３３ｇ（１７．０ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に４４０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム１０．７ｇ（８５．２ｍｍｏｌ）を加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約３０ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→１７：３）にて精製し、目的物ＸＰｈｅ ５．１０ｇ（６７％）を得た。
【００８３】
＜ＸＩＰｈｅの合成＞
ＸＰｈｅ ４．８５ｇ（３．１０ｍｍｏｌ）を３１ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物１．５０ｍＬ（２６．７ｍｍｏｌ）の希釈溶液３１ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で２０分間攪拌した。氷冷下、アセトン３０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物ＸＩＰｈｅ ４．０５ｇ（８９％）を得た。
【００８４】
＜ＸＩＩＰｈｅの合成＞
ＸＩＰｈｅ １．００ｇ（０．６８ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を７．０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン５．６ｍｇ（０．０３４ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１５４μＬ（０．８８ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１８２μＬ（０．８２ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、０℃で３時間攪拌した。続いてメタノール０．７ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液を酢酸エチルで希釈し、水で洗浄した。酢酸エチル溶液を減圧濃縮し、残渣を１０ｍＬの酢酸エチル：ジクロロメタン＝４：１に溶解し、−３０℃で、６８ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＰｈｅ ８９０ｍｇ（７８％）を得た。
【００８５】
【化２４】
【００８６】
＜ＶＩＩＩＧｌｕの合成＞
ＶＩ ２．４９ｇ（２．７４ｍｍｏｌ）を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジアザビシクロウンデセン０．４１ｍＬ（２．７４ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌した。反応混合物に、トリフロロ酢酸２４５μＬ及びトリエチルアミン２３０μＬのジクロロメタン１０ｍＬ希釈溶液を加え、反応混合物Ａを得た。
モノフルオレニルメチルクルタレート１．０２ｇ（３．２９ｍｍｏｌ）及びＮ−ヒドロキシこはく酸イミド４１７ｍｇ（３．６２ｍｍｏｌ）の１０ｍＬ脱水ジクロロメタン溶液に、氷冷下、ジシクロヘキシルカルボジイミド７１２ｍｇ（３．４５ｍｍｏｌ）を加え、室温で３時間攪拌した。不溶物を濾別し、濾液を反応混合物Ａに加えた。反応混合物を室温にて２時間攪拌した。続いてメタノール５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＶＩＩＩＧｌｕ １．８６ｇ（６９％）を得た。
【００８７】
＜ＩＸＧｌｕの合成＞
ＶＩＩＩＧｌｕ ４９０ｍｇ（０．５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３．１ｍｇ（２５μｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１２８μＬ（０．７５ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１３４μＬ（０．６ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で２時間攪拌した。続いてメタノール２ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を４ｍＬのトルエンに溶解し、−３０℃で５０ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＩＸＧｌｕ ５４８ｍｇ（９３％）を得た。
【００８８】
＜ＸＧｌｕの合成＞
ＶＩＩＩＧｌｕ ２．９１ｇ（２．９７ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Ａを得た。５’−（２−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミジル）−３’レブロイルチミジン１．９３ｇ（３．５６ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１５ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール１．０４ｇ（１４．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール１．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン５６ｍＬ、ピリジン１６ｍＬ、及び水８ｍＬに溶解し、ヨウ素２．６４ｇ（１０．４ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に２５０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム６．５４ｇを加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約１５ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９７：３→９：１）にて精製し、目的物ＸＧｌｕ ３．６７ｇ（８６％）を得た。
【００８９】
＜ＸＩＧｌｕの合成＞
ＸＧｌｕ ３．６７ｇ（２．５６ｍｍｏｌ）を２０ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物１．２ｍＬの希釈溶液３０ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で１０分間攪拌した。氷冷下、アセトン２０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物ＸＩＧｌｕ ２．８１ｇ（８２％）を得た。
【００９０】
＜ＸＩＩＧｌｕの合成＞
ＸＩＧｌｕ ６００ｍｇ（０．４５ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン２．７ｍｇ（０．０２３ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１１５μＬ（０．６７ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１２０μＬ（０．５４ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で３時間攪拌した。続いてメタノール０．９ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５．５ｍＬのジクロロメタンに溶解し、−３０℃で、５０ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＧｌｕ ６５５ｍｇ（９５％）を得た。
【００９１】
【化２５】
【００９２】
＜ＸＬｙｓの合成＞
ＶＩＩ １．００ｇ（１．４２ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１５ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、５’−（２−シアノエチルジイソプロピルホスホロアミジル）−チミジン１．２５ｇ（１．６８ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物にテトラゾール４９７ｍｇ（７．１０ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した。続いてメタノール０．５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン４２ｍＬ、ピリジン１２ｍＬ、及び水６ｍＬに溶解し、ヨウ素１．２６ｇ（４．９７ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に１２０ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム３．１２ｇを加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約１１ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９７：３→９：１）にて精製し、目的物ＸＬｙｓ １．７３ｇ（８９％）を得た。
【００９３】
＜ＸＩＬｙｓの合成＞
ＸＬｙｓ １．７２ｇ（１．２６ｍｍｏｌ）を１０ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物５８０μＬの希釈溶液１５ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で１０分間攪拌した。氷冷下、アセトン１０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→９：３）にて精製し、目的物ＸＩＬｙｓ １．３３ｇ（８３％）を得た。
【００９４】
＜ＸＩＩＬｙｓの合成＞
ＸＩＬｙｓ １．３２ｇ（１．０４ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン６．４ｍｇ（０．０５２ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１１５μＬ（０．６７ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト２７０μＬ（１．５７ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で４時間攪拌した。続いてメタノール２．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を８．０ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、１０４ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＩＬｙｓ １．１６ｇ（７６％）を得た。
【００９５】
【化２６】
【００９６】
＜ＸＩＩＩの合成＞
ＦＭＯＣ−β−アラニン１２．５ｇ（４０ｍｍｏｌ）を２００ｍＬの脱水塩化メチレンに溶かし、０℃でＮ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド４．１３ｇ（２０ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。不溶物をろ過した後、減圧濃縮し、残渣Ａを得た。
デオキシグアノシン１水和物５．７１ｇ（２０ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンで懸濁し、減圧濃縮する操作を３回行った。残渣を１００ｍＬの脱水ピリジンで懸濁し、０℃でトリメチルクロロシラン８．４５ｍＬ（６６ｍｍｏｌ）を加え、室温で１時間攪拌した後、再び０℃に冷却し、本溶液を残渣Ａに導入した。反応混合物を室温で２時間攪拌した。氷冷下、２０ｍＬの水を加え、室温で一晩攪拌した。本溶液を塩化メチレンで希釈し、水で洗浄した。塩化メチレン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→４：１）にて精製し、目的物ＸＩＩＩ ８．９０ｇ（７９％）を得た。
【００９７】
＜ＸＩＶの合成＞
ＸＩＩＩ ８．４１ｇ（１５ｍｍｏｌ）を脱水ピリジンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を７５ｍＬの脱水ピリジンに溶解し、氷冷下、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド５．３４ｇ（１５．８ｍｍｏｌ）を加え、室温にて４時間攪拌した。続いてメタノール１５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＩＶ １１．５ｇ（８９％）を得た。
【００９８】
＜ＸＶの合成＞
ＸＩＶ ７．１３ｇ（８．２７ｍｍｏｌ）を１７ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、トリエチルシラン１．５８ｍＬ、及びジアザビシクロウンデセン１．２４ｍＬ（８．２７ｍｍｏｌ）を加え、室温にて３時間攪拌した。反応混合物にトリフロロ酢酸７６２μＬ及びピリジン４０１μＬの脱水ジクロロメタン５ｍＬ希釈溶液を加え、反応混合物Ａを得た。
４−（ＦＭＯＣ−アミノメチル）安息香酸３．３５ｇ（９．９２ｍｍｏｌ）を４０ｍＬの脱水ジクロロメタンに懸濁し、アルゴン雰囲気下、オキサリルクロリド１．７０ｍＬ（１８．８ｍｍｏｌ）、及びジメチルフォルムアミド１５μＬ（０．１９ｍｍｏｌ）を加え、室温で一晩攪拌した。反応溶液を減圧濃縮し、残渣に脱水トルエンを加えた後、減圧濃縮した。残渣を５０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール１．６１ｇ（１１．９ｍｍｏｌ）を加えた後、氷冷し、ピリジン１．２０ｍＬを加えた。室温で１時間攪拌後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、１２ｍＬ脱水ジクロロメタンを用いて反応混合物Ａに加え、室温で３時間攪拌した。続いてメタノール１０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール４９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＶ ５．２０ｇ（６３％）を得た。
【００９９】
＜ＸＶＩの合成＞
ＸＶ ５．１０ｇ（５．１２ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタン混合溶液に溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を４０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３１ｍｇ（０．２６ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１．３ｍＬ（７．６ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１．３ｍＬ（５．８ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で２時間攪拌した。続いてメタノール１５ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液を減圧濃縮し、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５５ｍＬの酢酸エチルに溶解し、−３０℃で、５１５ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄した。濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＶＩ ５．７８ｇ（９４％）を得た。
【０１００】
＜ＸＶＩＩの合成＞
ＸＶＩ ２．１３ｇ（１．７８ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を２０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、溶液Ａを得た。ＩＶｃ １．１５ｇ（１．７８ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリル、脱水ジクロロメタンに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を、８ｍＬの脱水ジクロロメタンを用いて溶液Ａに加えた。反応混合物にテトラゾール６２３ｍｇ（８．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で２時間攪拌した。続いてメタノール１．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。残渣をテトラヒドロフラン２８ｍＬ、ピリジン８ｍＬ、及び水４ｍＬに溶解し、ヨウ素１．６ｇ（６．３ｍｍｏｌ）を加え、室温で３０分間攪拌した。反応混合物に１００ｍＬのジクロロメタンを加え、亜硫酸ナトリウム４．０ｇを加え、室温で１５分間攪拌した。反応混合物に約１０ｇの硫酸ナトリウムを加え、よく攪拌した後、不溶物を濾過した。不溶物をろ過し、濾液を減圧濃縮し、得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール１９：１→９：１）にて精製し、目的物ＸＶＩＩ ２．０９ｇ（６７％）を得た。
【０１０１】
＜ＸＶＩＩＩの合成＞
ＸＶＩＩ １．９２ｇ（１．１０ｍｍｏｌ）を１２ｍＬのピリジンに溶解し、氷冷下、ヒドラジン１水和物０．５１ｍＬの希釈溶液１４ｍＬ（ピリジン：酢酸＝３：２）を加え、室温で１０分間攪拌した。氷冷下、アセトン１０ｍＬを加え、０℃で１０分間攪拌した後、ジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮した。得られた残渣を中圧クロマトグラフィー（ジクロロメタン−エタノール９３：７→１７：３）にて精製し、目的物ＸＶＩＩＩ １．５４ｇ（８５％）を得た。
【０１０２】
＜ＸＩＸの合成＞
ＸＶＩＩＩ ８３０ｍｇ（０．５０ｍｍｏｌ）を脱水アセトニトリルに溶解し、減圧濃縮を３回行った。残渣を１０ｍＬの脱水ジクロロメタンに溶解し、氷冷下、ジメチルアミノピリジン３．１ｍｇ（０．０２５ｍｍｏｌ）、ジイソプロピルエチルアミン１０３μＬ（０．６０ｍｍｏｌ）を加え、２−シアノエチルジイソプロピルクロロホスホロアミジト１２３μＬ（０．５５ｍｍｏｌ）を加えた。混合溶液を、室温で３時間攪拌した。続いてメタノール１．０ｍＬを加え、３０分間攪拌した。反応溶液をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。ジクロロメタン溶液を減圧濃縮し、残渣を５ｍＬのジクロロメタンに溶解し、−３０℃で、５０ｍＬのヘキサンに滴下した。不溶物をろ過し、ｃｏｌｄヘキサンで洗浄し、濾物から減圧下、溶媒を除くことにより、目的物ＸＩＸ ８８２ｍｇ（９５％）を得た。
【０１０３】
＜各化合物の構造確認＞
前記各化合物の構造確認を、以下のようにして行った。結果を図１〜４１に示す。なお、前記Ｉ〜ＩＩＩの各化合物の構造確認結果は、特願２００７−０００５７６号明細書に記載の通りである。
［ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ］
脂溶性化合物については、Ｄｉｔｈｒａｎｏｌ １０ｍｇ／ｍＬ アセトン溶液８μＬと、サンプル希釈液（２０ｐｍｏｌ／Ｌが目安）２μＬを混合し、Ｍａｓｓｉｖｅ Ｔａｒｇｅｔに１μＬを展開し、測定した。検量線用内部標準としてはＤｉｔｈｒａｎｏｌマトリックスを用いた。
水溶性のオリゴヌクレオチドについては、まずサンプルの希釈液を水素イオン型イオン交換樹脂にて処理した。別にクエン酸一水素二アンモニウム（ＤＡＣ）と３−ヒドロキシピコリン酸（ＨＰＡ）の１：１混合水溶液１μＬを、あらかじめＴＯＦ−ＭＳターゲットＡｎｃｈｏｒＣｈｉｐに展開し、更にサンプル液１μＬを混合し、ゆっくりと風乾した後に測定した。検量線用標準物質としては規定の検量線用ペプチド混合サンプルを用いた。
[１Ｈ−ＮＭＲ]
各サンプル約５ｍｇを重溶媒に溶解し、測定した。内部標準は重溶媒ピークを基準とした。
[３１Ｐ−ＮＭＲ]
外部標準としてＰＰｈ３を用い、−６．２ｐｐｍを基準として測定した。ＢＣＭにて測定を行った。
【０１０４】
（実施例２：アセトニトリル中でのＤＢＵ処理による脱保護の確認）
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて核酸類似体を合成した後、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理を行うことにより、保護基（一段階目の基）が外れ、所望の置換基を有する核酸類似体（機能性分子）が合成できていることを以下のようにして確認した。
【０１０５】
【化２７】
【０１０６】
まず、前記実施例１で得られる化合物Ｖ（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ１、図４２）１．７ｍＭ、及び１０ｍＭ ＤＢＵ（１０％ＤＭＦ、９０％アセトニトリル）溶液を室温で１５分間静置し、反応混合物を得た（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ２、図４３）。更に、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ２のメインピークを分取した後、０．１Ｍ ＨＣｌ条件で、９０℃、５分間静置し、反応混合物を得た（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３、図４４）。
【０１０７】
次に、市販のＣ３ＳＳ−ＣＰＧに、通常のＤＮＡ自動合成サイクルにより、前記実施例１で得られたＩＸＬｙｓアミダイドを用いて１残基合成し、ＣＰＧに０．０１Ｍ ＤＢＵアセトニトリル溶液５ｍＬを１時間かけて流した後、アセトニトリル、続けて水で洗浄し、０．１Ｍ トリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン塩酸塩−トリス（ヒドロキシメチル）アミノエタン緩衝溶液ｐＨ＝７．０（ＴＣＥＰ−Ｔｒｉｓ ｐＨ＝７．０）０．２５ｍＬを１時間かけて流し、溶液を回収した（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ４、図４５）。前記溶液（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ４）を１０倍希釈した後、０．１Ｍ ＨＣｌ条件で、９０℃、５分間静置し、反応混合物を得た（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５、図４６）。
【０１０８】
ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３の反応混合物とＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５の反応混合物とではほぼ同様なＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔが得られたが、確認のため、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３の反応混合物とＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５の反応混合物を混合した溶液について、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔを確認した（ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ６、図４７）。
結果、ＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３の反応混合物とＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５の反応混合物は一致した。したがって、本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて核酸類似体を合成した後、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理を行うことにより保護基（一段階目の基）が外れ、所望の置換基を含有する核酸類似体（機能性分子）が合成できることが確認できた。
【０１０９】
（実施例３：アンモニア処理による脱離の確認）
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子の置換基（二段階目の基）が、アンモニア処理によって脱離可能であり、これにより、前記機能性分子が容易にＰＣＲで増幅可能となることを以下のようにして確認した。
【０１１０】
ＤＮＡ合成機を用い、以下の配列：ＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＧＣＴＧＡＡ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＧＣＴ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＡＣＣＡＴＣＡＴＣＡＣＣＡＴＣＴＴ（８０量体、配列番号：１（配列表中には、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ部位のみを表示））を合成した。「Ｖ」としては、ＩＩＩｇ、ＩＩＩｃの等量混合アミダイドを、「８」としては、ＸＩＩＬｅｕ、ＸＩＩＰｈｅ、ＸＩＩＧｌｕ、ＸＩＩＬｙｓ、ＸＩＸの等量混合アミダイドを用いた。
合成した類似ＤＮＡランダムミックスは、アセトニトリル中、０．０１Ｍジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）溶液を流すことにより脱保護を行い、０．１ ＴＣＥＰ−ｔｒｉｓ ｐＨ−７．０ ２５０μＬ水溶液により固相担体から切り出し、得られたＳＨ末端類似ＤＮＡ溶液に０．５Ｍマレインイミド水溶液を加えた。ＣＴＴＣＡＣＣＴＴＣ（配列番号：２）オリゴマー修飾レジンを用いることにより、修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）を粗精製し、ＤＮＡ濃度をλ＝２６０で概算した。
【０１１１】
上記で得られた修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）に、２倍量（Ｖ／Ｖ）の２８％アンモニア水を加え、５５℃で８時間加熱してアンモニア処理を行い、置換基の脱離を行った。得られた溶液を減圧濃縮した。
【０１１２】
上記で得られた各々の修飾類似ＤＮＡ溶液（アンモニア処理、アンモニア未処理）を、図４８に記載の各段階に希釈し、ＰＣＲ（６０サイクル）により増幅した。
【０１１３】
図４８の結果から、アンモニア処理を行った修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）でのみ、正常な８０量体付近のバンドが確認できた（レーン３〜６）。このことから、本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子では、アンモニア処理により置換基の脱離を行うことができ、そのため、ＰＣＲで容易に増幅することができるようになることが示された。
【０１１４】
また、前記機能性分子のＰＣＲ等の過程で、各アミダイドのダイマーコードが変化しないことを、以下のようにして確認した。
上記と同様にして、以下の配列：ＧＡＡＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＧＧＡＧＴＣＡＡＣＧ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＧＣＴ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８Ｖ８８ＶＧＧＡＡＡＴＣＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴＣＴＴＣ（配列番号：３（配列表中には、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ部位のみを表示））を合成し、固相単体から修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）を回収した。粗精製し、アンモニア水処理し、ＰＣＲ増幅した後に、ＰＣＲ産物を用いて、クローニング及びシーケンシングをした結果の一部を図４９に示す。図４９から分かるように、ＸＩＩＬｅｕ（ＡＡ）、ＸＩＩＰｈｅ（ＡＣ）、ＸＩＩＧｌｕ（ＡＴ）、ＸＩＩＬｙｓ（ＴＡ）、ＸＩＸ（ＧＣ）の混合アミダイドを使用した前記「８」に相当する残基では、各アミダイドに対応するＡＡ、ＡＣ、ＡＴ、ＴＡ、ＧＣのみが出現しており、このことから、各アミダイドのダイマーコードはＰＣＲ、クローニング及びシーケンシングの過程によって変化しないことが確認できた。
即ち、本発明によれば、例えば、予め各ダイマーアミダイドに導入させた置換基の種類をダイマーコード対応表（ダイマーアミダイドの塩基配列と、置換基の種類との対応表）等で定めておき、前記ダイマーアミダイドから合成された前記機能性分子を標的物質と結合させ、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、前記機能性分子から置換基を脱離し、ＰＣＲ増幅、シーケンシング（塩基配列決定）を行うことで、前記機能性分子に導入されていた置換基の種類を前記ダイマーコード対応表等から確認することができ、これに基づき、前記機能性分子を複製等することが可能となる。
【０１１５】
（実施例４：標的物質解析方法）
本発明の機能性分子合成用アミダイドを用いて合成された本発明の機能性分子が、標的物質の解析に好適であることを以下のようにして確認した。
【０１１６】
下記表１で示す５種類のダイマーアミダイド（実施例１で合成されたもの）を用い、以下の修飾類似ＤＮＡランダム配列を合成した。前記ダイマーアミダイドで合成させる部位をＮｐＮｐで示す。
［修飾類似ＤＮＡランダム配列］
ｔｔａｔｃａａｃａａａａｔａｃｔｃｃａａｔｔｇａｃｔ（ＮｐＮｐＧ／Ｃｐ）７ｇｃｔ（ＮｐＮｐＧ／Ｃｐ）７ｔｔｃｇａａａｇａｔｃｃｃａａｃｇａａａａｇｐ（ＣＨ２）３ＳＨ（配列番号：４（配列表中には、ａ、ｃ、ｇ、ｔ部位のみを表示））
【０１１７】
【表１】
【０１１８】
前記修飾類似ＤＮＡランダム配列は、ＤＮＡ自動合成機（アプライド３９１Ａ）で合成した。なお、前記修飾類似ＤＮＡランダム配列中、「ａ」、「ｇ」、「ｃ」、「ｔ」部分には下記に示すａ、ｇ、ｃ、ｔアミダイドをそれぞれ用い、「Ｇ／Ｃ」部分には下記で示したｇアミダイド、ｃアミダイドの何れかを用い、「ＮｐＮｐ」部分には前記表１に示す５種の混合ダイマーアミダイドを用いた。
【０１１９】
【化２８】
【０１２０】
合成した修飾類似ＤＮＡランダム配列ミックス（機能性分子のランダムプール）は、アセトニトリル中、０．０１Ｍジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）溶液を流すことにより脱保護を行い、０．１Ｍ ＤＴＴ水溶液により固相担体から切り出した。
【０１２１】
末端ビオチン化修飾及びエンテロキナーゼ切断部位を持つＧＦＰタンパク質溶液をアビジンレジンに湿潤させ、洗浄することによりＧＦＰ結合レジンを作成した。次に、上記修飾類似ＤＮＡランダム配列ミックス（機能性分子のランダムプール） ５０ｎｍｏｌ ２００μＬを室温で一晩反応させることにより、修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）−ＧＦＰ−ストレプトアビジン−ビオチン修飾レジンを作成し、５０℃で、１ｍＬ ５０ｍＭ ＮａＣｌ、１ｍＭ ＭｇＣｌ２、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ １０ｍＭ ｐＨ＝８．５で１０回以上洗浄し、洗浄液に修飾類似ＤＮＡ（機能性分子）が存在しないことを、定量ＰＣＲを用いて確認した。
次に、本レジンにエンテロキナーデを作用させて、ＧＦＰ流出を蛍光により確認した。ＧＦＰを含有する溶液を用い、アンモニア水を加え、加熱して、アンモニア処理を行った。その後、アンモニアを減圧除去した。
【０１２２】
ＴＴＡＴＣＡＡＣＡＡＡＡＴＡＣＴＣＣＡＡＴＴＧ（配列番号：５）、及びＣＴＴＴＴＣＧＴＴＧＧＧＡＴＣＴＴＴＣ（配列番号：６）をプライマーとしてＰＣＲを行い、ＤＮＡを増幅した。ゲル電気泳動を掛け、精製した後、更にＰＣＲ増幅した。生成物を、定法に従いクローニングし、１００クローンについて配列を決定した。従来の手法では、飛び飛びに入れた固定配列、及びダイマーコーディングルールを満たす配列は約１％であり、その配列について詳細を検討していた。しかしながら、本実施例の手法（本発明の標的物質解析方法）を用いることで、９０％以上のクローンについて飛び飛びに入れた固定配列、及びダイマーコーディングルールを満たすことが判った。即ち、９０％以上のクローンがデコード（翻訳、解読）出来ることがわかった。予め定めたダイマーコード対応表（表１）によりデコード（翻訳、解読）した後、ＤＮＡ自動合成装置により修飾類似ＤＮＡを合成（複製）し、各々ＧＦＰとの結合解離定数を求めた。その結果、２０配列がＫｄ＝１０−７以下であることが確認できた。
【０１２３】
以上の結果から、本発明の機能性分子を用いた標的物質解析方法（本発明の標的物質解析方法）によれば、標的物質と親和性を有する機能性分子を選別した後に、アンモニア処理を行い前記機能性分子の置換基を脱離することによって、前記機能性分子を容易にＰＣＲで増幅することが可能となり、全体として標的物質の解析を効率的に行うことができるようになることが示された。
【０１２４】
本発明の好ましい態様を付記すると、以下の通りである。
（付記１） 塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子。
（付記２） 置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基に導入されてなる付記１に記載の機能性分子。
（付記３） 置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造を介して塩基に導入されてなり、かつ前記塩基がアデニン及びシトシンのいずれかである付記１から２のいずれかに記載の機能性分子。
（付記４） 置換基が、前記置換基中の脂肪族カルボン酸構造を介して塩基に導入されてなり、かつ前記塩基がグアニンである付記１から２のいずれかに記載の機能性分子。
（付記５） 置換基が、アンモニア処理により脱離可能である付記１から４のいずれかに記載の機能性分子。
（付記６） 置換基が、アンモニア処理により脱離可能であり、かつアセトニトリル中でのＤＢＵ処理では脱離されない付記１から５のいずれかに記載の機能性分子。
（付記７） 異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む付記１から６のいずれかに記載の機能性分子。
（付記８） 付記１から７のいずれかに記載の機能性分子の製造に用いられる下記一般式（Ｉ）で表される機能性分子合成用アミダイドであって、置換基Ｙが塩基Ｘから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子合成用アミダイド。
【０１２５】
【化２９】
ただし、前記一般式（Ｉ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
（付記９） 置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基Ｘに導入されてなる付記８に記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１０） 置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の芳香族カルボン酸構造を介して塩基Ｘに導入されてなり、かつ前記塩基Ｘがアデニン及びシトシンのいずれかである付記８から９のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１１） 置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の脂肪族カルボン酸構造を介して塩基Ｘに導入されてなり、かつ前記塩基Ｘがグアニンである付記８から９のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１２） 置換基Ｙが、アンモニア処理により脱離可能である付記８から１１のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１３） 置換基Ｙが、アンモニア処理により脱離可能であり、かつアセトニトリル中でのＤＢＵ処理では脱離されない付記８から１２のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１４） 置換基Ｙが更に保護基Ｚで保護されてなる、下記一般式（ＩＩ）で表される付記８から１３のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
【０１２６】
【化３０】
ただし、前記一般式（ＩＩ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｚは保護基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
（付記１５） 置換基Ｙを脱離しない条件下で保護基Ｚを脱保護可能である付記１４に記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１６） 保護基Ｚが、アセトニトリル中でのＤＢＵ処理により脱保護可能である付記１４から１５のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
（付記１７） 付記８から１６のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、
前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする標的物質解析方法。
（付記１８） 機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成する際に、機能性分子合成用アミダイドの置換基を脱離しない条件下で保護基の脱保護を行う付記１７に記載の標的物質解析方法。
【産業上の利用可能性】
【０１２７】
本発明の機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法は、薬品、ドラッグデリバリー、バイオセンサー、遺伝子の発現量の制御、遺伝子異常による疾病の克服、遺伝子により翻訳される蛋白質の機能解明、反応触媒の開発などの広い分野で好適であり、特に蛋白質の解析に好適である。
【図面の簡単な説明】
【０１２８】
【図１】図１は、実施例１における化合物ＩＶａの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２】図２は、実施例１における化合物ＩＶｇの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３】図３は、実施例１における化合物ＩＶｃの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４】図４は、実施例１における化合物Ｖの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図５】図５は、実施例１における化合物ＶＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図６】図６は、実施例１における化合物ＶＩＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図７】図７は、実施例１における化合物ＶＩＩＩＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図８】図８は、実施例１における化合物ＶＩＩＩＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図９】図９は、実施例１における化合物ＶＩＩＩＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１０】図１０は、実施例１における化合物ＩＸＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１１】図１１は、実施例１における化合物ＩＸＬｙｓの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１２】図１２は、実施例１における化合物ＩＸＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１３】図１３は、実施例１における化合物ＩＸＬｅｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１４】図１４は、実施例１における化合物ＩＸＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１５】図１５は、実施例１における化合物ＩＸＰｈｅの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１６】図１６は、実施例１における化合物ＩＸＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１７】図１７は、実施例１における化合物ＩＸＧｌｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１８】図１８は、実施例１における化合物ＸＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図１９】図１９は、実施例１における化合物ＸＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２０】図２０は、実施例１における化合物ＸＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２１】図２１は、実施例１における化合物ＸＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２２】図２２は、実施例１における化合物ＸＩＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２３】図２３は、実施例１における化合物ＸＩＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２４】図２４は、実施例１における化合物ＸＩＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２５】図２５は、実施例１における化合物ＸＩＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２６】図２６は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｙｓの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２７】図２７は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｙｓの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２８】図２８は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｅｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図２９】図２９は、実施例１における化合物ＸＩＩＬｅｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３０】図３０は、実施例１における化合物ＸＩＩＰｈｅの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３１】図３１は、実施例１における化合物ＸＩＩＰｈｅの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３２】図３２は、実施例１における化合物ＸＩＩＧｌｕの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３３】図３３は、実施例１における化合物ＸＩＩＧｌｕの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３４】図３４は、実施例１における化合物ＸＩＩＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３５】図３５は、実施例１における化合物ＸＩＶの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３６】図３６は、実施例１における化合物ＸＶの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３７】図３７は、実施例１における化合物ＸＶＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３８】図３８は、実施例１における化合物ＸＶＩの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図３９】図３９は、実施例１における化合物ＸＶＩＩＩの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４０】図４０は、実施例１における化合物ＸＩＸの１Ｈ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４１】図４１は、実施例１における化合物ＸＩＸの３１Ｐ−ＮＭＲスペクトルである。
【図４２】図４２は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ１である。
【図４３】図４３は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ２である。
【図４４】図４４は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ３である。
【図４５】図４５は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ４である。
【図４６】図４６は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ５である。
【図４７】図４７は、実施例２におけるＨＰＬＣ Ｃｈａｒｔ６である。
【図４８】図４８は、実施例３における各群の修飾類似ＤＮＡ（アンモニア処理及びアンモニア未処理）サンプルのＰＣＲ結果を示す電気泳動像である。
【図４９】図４９は、実施例３においてシーケンシングを行った結果の一部を示す配列図である（配列番号：７〜配列番号：１６）。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子。
【請求項２】
置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基に導入されてなる請求項１に記載の機能性分子。
【請求項３】
置換基が、アンモニア処理により脱離可能である請求項１から２のいずれかに記載の機能性分子。
【請求項４】
異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む請求項１から３のいずれかに記載の機能性分子。
【請求項５】
請求項１から４のいずれかに記載の機能性分子の製造に用いられる下記一般式（Ｉ）で表される機能性分子合成用アミダイドであって、置換基Ｙが塩基Ｘから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子合成用アミダイド。
【化１】
ただし、前記一般式（Ｉ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【請求項６】
置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基Ｘに導入されてなる請求項５に記載の機能性分子合成用アミダイド。
【請求項７】
置換基Ｙが更に保護基Ｚで保護されてなり、下記一般式（ＩＩ）で表される請求項５から６のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
【化２】
ただし、前記一般式（ＩＩ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｚは保護基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【請求項８】
置換基Ｙを脱離しない条件下で保護基Ｚを脱保護可能である請求項７に記載の機能性分子合成用アミダイド。
【請求項９】
請求項５から８のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、
前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする標的物質解析方法。
【請求項１０】
機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成する際に、置換基を脱離しない条件下で保護基の脱保護を行う請求項９に記載の標的物質解析方法。
【請求項１】
塩基に置換基が導入された修飾ヌクレオチド単位を含む機能性分子であって、前記置換基が前記塩基から脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子。
【請求項２】
置換基が、前記置換基中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基に導入されてなる請求項１に記載の機能性分子。
【請求項３】
置換基が、アンモニア処理により脱離可能である請求項１から２のいずれかに記載の機能性分子。
【請求項４】
異なる置換基を有する二種以上の修飾ヌクレオチド単位を含む請求項１から３のいずれかに記載の機能性分子。
【請求項５】
請求項１から４のいずれかに記載の機能性分子の製造に用いられる下記一般式（Ｉ）で表される機能性分子合成用アミダイドであって、置換基Ｙが塩基Ｘから脱離可能であるように導入されてなることを特徴とする機能性分子合成用アミダイド。
【化１】
ただし、前記一般式（Ｉ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【請求項６】
置換基Ｙが、前記置換基Ｙ中の芳香族カルボン酸構造及び脂肪族カルボン酸構造のいずれかを介して塩基Ｘに導入されてなる請求項５に記載の機能性分子合成用アミダイド。
【請求項７】
置換基Ｙが更に保護基Ｚで保護されてなり、下記一般式（ＩＩ）で表される請求項５から６のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイド。
【化２】
ただし、前記一般式（ＩＩ）中、Ｘは塩基を表し、Ｙは置換基を表し、Ｚは保護基を表し、Ｑは水素原子又は水酸基を表す。
【請求項８】
置換基Ｙを脱離しない条件下で保護基Ｚを脱保護可能である請求項７に記載の機能性分子合成用アミダイド。
【請求項９】
請求項５から８のいずれかに記載の機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成し、前記機能性分子のランダムプールを作製するランダムプール作製工程と、前記ランダムプールから標的物質と親和性を有する機能性分子を選別する選別工程と、前記標的物質と親和性を有する機能性分子を増幅する増幅工程とを含む標的物質解析方法であって、
前記増幅工程前に、前記標的物質と親和性を有する機能性分子から置換基を脱離する脱離工程を含むことを特徴とする標的物質解析方法。
【請求項１０】
機能性分子合成用アミダイドを用いて機能性分子を合成する際に、置換基を脱離しない条件下で保護基の脱保護を行う請求項９に記載の標的物質解析方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【公開番号】特開２００８−２３０９８５（Ｐ２００８−２３０９８５Ａ）
【公開日】平成２０年１０月２日（２００８．１０．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−６９３７８（Ｐ２００７−６９３７８）
【出願日】平成１９年３月１６日（２００７．３．１６）
【出願人】（０００００５２２３）富士通株式会社 (25,993)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２０年１０月２日（２００８．１０．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年３月１６日（２００７．３．１６）
【出願人】（０００００５２２３）富士通株式会社 (25,993)
【Ｆターム（参考）】
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