細胞の増殖を阻害するための細胞変性物質としての特異的ＤＮＡ分子を含む細胞の使用法
本発明は、細胞の増殖を阻害することができる細胞変性物質としての特異的ＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法に関するものであり、前記阻害は、これらの増殖細胞が上述したＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られる。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての特異的ＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法に関するものであり、前記阻害は、これらの増殖細胞が上述のＤＮＡ分子を含む前記細胞に接触したときに得られる。
【背景技術】
【０００２】
ガン治療のために現状で用いられている薬剤は、腫瘍を根絶するためには十分に効果的ではなく、非腫瘍細胞に対する強い毒性を有していることが多い。腫瘍を標的とすることのできる、かつ／または腫瘍細胞の薬剤耐性の問題を回避することのできる新たな薬剤は研究途上である。ガンの中では、結腸ガンの発症率と死亡率が高く、特に欧州と合衆国では５年生存率が低い。
【０００３】
近年の研究は、ガンの治療または予防を目的とした乳酸菌の使用に関係するものである（米国特許出願公開第２００５１０８０３３号明細書および米国特許出願公開第２００４１２０９６３号明細書）。関与する作用のメカニズムは分かっていないが、乳酸菌によって付与される保護は、腸管微生物叢によって発ガン物質の産生が減少すること、および／または、乳酸菌によるこれらの発ガン物質の除去に由来している可能性がある。
【０００４】
抗生物質および抗真菌物質については、感染の原因となっている細菌および真菌の耐性に関する多くの問題のために、現状で用いられている薬剤の効果が低下している。したがって、新たなクラスの薬剤が必要とされている。
【０００５】
現状で利用されている抗炎症薬は非常に効果的であるが、特に長期の利用において毒性の副作用を有しており、このことは、炎症性疾患に罹患している患者にとっての主要な問題となっている。
【０００６】
ＤＳＭ６６０１としても知られるプロバイオティクスＮｉｓｓｌｅ１９１７は、Ａｒｄｅｙｐｈａｒｍ社によってＭｕｔａｆｌｏｒ（登録商標）としてドイツで市販されている大腸菌株である。Ｍｕｔａｆｌｏｒ（登録商標）は、回復期にある潰瘍性大腸炎の治療のためのものである。
【０００７】
独国特許第１０２０９９５８号明細書は、炎症性皮膚疾患およびリウマチ性疾患の治療を目的とした、消炎剤としてのＤＳＭ６６０１株の使用法に関するものである。
【０００８】
独国特許第１０１２６２８４号明細書は、腸管侵入性細菌、または、サルモネラ菌、リステリア菌、赤痢菌、エルシニア菌および侵入性大腸菌のような他の微生物に関連する病気の予防および治療を目的とした、ＤＳＭ６６０１大腸菌株の使用法に関するものである。
【０００９】
国際公開第９９／２６６４２号パンフレットは、獣医学における、病原性真菌が関与する、微生物を原因とする下痢の予防および治療を目的とした薬剤を産生するための、ＤＳＭ６６０１株の使用法に関するものである。
【００１０】
大腸菌は、グラム陰性桿菌による感染の最も一般的な原因である。それは、女性における地域感染型の尿路感染、および入院中の患者の間での院内感染の病因であることが多い（１）。この病原体の多能性は、さまざまな毒性因子の産生から生じる（２）。病原菌は、防御系を乗り越え、生存を確実にするために、宿主細胞の基本的な機能を操る手段を発達させてきた（３）。宿主細胞周期を標的とし、感染した細胞が成長し分裂するか、あるいは死ぬかということに影響を与え得る、新たに特徴付けられている細菌毒性因子（周期モジュリン（ｃｙｃｌｏｍｏｄｕｌｉｎ）と呼ばれる）が増えてきている（４）。これら周期モジュリンは、毒素、エフェクター、ポリケチド、またはポリケチド−ペプチド複合体である可能性がある。
【００１１】
非リボソームペプチドは、アミド窒素のアシル化、グリコシル化、エピマー化、複素環化、またはＮ−メチル化によって修飾されていることの多い直鎖、環状、または分岐ペプチドであり、ＮＲＰＳ（非リボソームペプチド合成酵素）によって産生される。多くの非リボソームペプチドが薬剤として用いられている（たとえば、シクロスポリンＡ、ブレオマイシンなど）。
【００１２】
ポリケチドは、特に細菌中で、ＰＫＳ（ポリケチド合成酵素）酵素によって産生される非常に有用な活性化合物である。ポリケチドは、抗生物質（たとえばエリスロマイシンＡ）、抗真菌物質（アンフォテリンＢ）、抗腫瘍剤（ドキソルビシン）などとして、臨床的に幅広く利用されてきている。
【００１３】
ＮＲＰＳ酵素およびＰＫＳ酵素は両方ともモジュール構造を有しており、各モジュールは機能的な構成要素である。得られる産物は、酵素におけるモジュールの順序と数から推定することができる。
【００１４】
天然のポリケチド−ペプチド複合体はＮＲＰＳ−ＰＫＳ系によって産生される。化学反応によるポリケチドおよびポリケチド−ペプチド複合体の合成は非常に複雑であり、これらの化合物は通常、分子生物学によって産生される。
【００１５】
薬剤としてポリケチド−ペプチド複合体を用いることの利点は、該複合体が通常、タンパク質よりも免疫原性が低いということである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１６】
本発明の主要な目的は、細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての特性を前記細胞に付与する特異的なＤＮＡ分子をゲノム中に含む、天然細胞または形質転換細胞を提供することであり、前記阻害は、これらの増殖細胞が上述のＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られる。
【００１７】
本発明のさらなる目的は、ヒトを含むほ乳類におけるガン性または非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有用な薬学的組成物を提供することである。
【００１８】
本発明のもう一つの目的は、単離されたＤＮＡ分子、前記ＤＮＡ分子を含んだベクター、前記ベクターによって形質転換された宿主細胞、および前記宿主細胞を含む薬学的組成物を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１９】
本発明は、回復期にある潰瘍性大腸炎または慢性的な便秘を治療する薬剤の調製を目的とした、番号６６０１でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株の使用を除く、ゲノム中にＤＮＡ分子を含んだ細胞の使用法に関するものであり、該ＤＮＡ分子は、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
を細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質として含んでおり、該阻害は、これらの増殖細胞が上述したＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られるものである。
【００２０】
「ゲノム中にＤＮＡ分子を含む」という表現は、前記ＤＮＡ分子が染色体またはレプリコン内に組み込まれて細胞内に存在することを意味する。
【００２１】
「レプリコン」は、それ自身の制御下で複製することのできるあらゆる遺伝因子を指す。レプリコンは、たとえば、プラスミド、コスミド、または細菌人工染色体（ＢＡＣ）である。
【００２２】
「細胞変性物質」という表現は、細胞増殖の不可逆的な阻害を誘発する物質を指す。
【００２３】
細胞増殖の阻害は、細胞増殖試験、たとえば、ＤＮＡ合成の際のＢｒｄＵの取り込みに基づく従来のテスト、あるいは、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）、放射線で標識したＤＮＡ前駆体の取り込み、細胞集団の分裂指数のスコアリング、または細胞集団の全質量の増加（成長曲線）もしくはタンパク質合成率の増加のスコアリングによる細胞集団のＤＮＡ含量の分析のような、その他のテストによって評価することができる。
【００２４】
「誘導タンパク質」という表現は、上述した配列のタンパク質に相同的であり、同一の活性を有するタンパク質に関するものである。相同タンパク質は、上述したタンパク質との少なくとも７５％、特徴的には少なくとも９０％、より特徴的には少なくとも９５％の同一性を有する。
【００２５】
上記で定義したヌクレオチド配列はＤＮＡであり、好ましくは二本鎖ＤＮＡである。ＯＲＦ（オープンリーディングフレーム）という用語はタンパク質をコードするヌクレオチド配列を指す。
【００２６】
タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはＤＮＡは、ｍＲＮＡに転写されるヌクレオチド配列であり、ｍＲＮＡはその後、対応するタンパク質に翻訳される。タンパク質のコード配列は開始コドン（メチオニンまたはバリン）および終止コドンを含み得る。
【００２７】
本発明はまた、相同なヌクレオチド配列にも関するものであり、該配列は、上記で説明したヌクレオチド配列と少なくとも７５％の同一性を有し、特徴的には少なくとも９０％、さらに特徴的には少なくとも９５％の同一性を有しており、同一の活性を有するタンパク質をコードしている。
【００２８】
相同なヌクレオチド配列は、特徴的には遺伝コードの縮重によって上記で説明したタンパク質をコードする。
【００２９】
「Ｐ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有するタンパク質」とは、一過的なＤＮＡ−タンパク質の連結を形成することでゲノムＤＮＡ分子への外来ＤＮＡの組み込みを触媒するタンパク質を意味する。このインテグラーゼをコードする遺伝子は細胞変性効果には必要とされない。
【００３０】
「チオエステラーゼ活性を有するタンパク質」とは、エステル結合を触媒するタンパク質を意味する（Ａｒｃｈ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９８ Ｍａｙ；１６９（５）：４０４−１０）。
【００３１】
「βラクタマーゼ活性を有するタンパク質」とは、ベータ・ラクタム化合物の加水分解を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１９９１ Ｊｕｌ ２０；２２０（２）：４３５−５５）。
【００３２】
「ポリケチド合成酵素活性を有するタンパク質」とは、ポリケチドの合成を触媒する調節タンパク質を意味する（Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００４ Ｍａｒ １９；３０３（５６６５）：１８０５−１０）。
【００３３】
「非リボソームペプチド合成酵素活性を有するタンパク質」とは、非リボソームペプチドの合成を触媒する調節タンパク質を意味する（Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００４ Ｍａｒ １９；３０３（５６６５）：１８０５−１０）。
【００３４】
「ＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有するタンパク質」とは、排出トランスポーターとして機能するＭＡＴＥファミリーの膜貫通タンパクを意味する（Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９９ Ｊａｎ；３１（１）：３９４−５）。
【００３５】
Ｂｒｏｗｎら（１９９９，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３１，３９３−３９５）は、トランスポーターの多剤毒性化合物排出（ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ａｎｄ ｔｏｘｉｃ ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｅｘｔｒｕｓｉｏｎ：ＭＡＴＥ）ファミリーと呼ばれる第五のファミリーを定義した。ＭＡＴＥファミリーは、１２の推定膜貫通領域が存在することと、その他の多剤トランスポータースーパーファミリーに特異的な「シグネチャー配列」が存在しないことを特徴としている。ＭＡＴＥタンパク質は、二つのファミリーメンバーである、腸炎ビブリオのＮｏｒＭと、その相同体である大腸菌のＹｄｅＨの遺伝的特徴付けに基づき、プロトン依存性の排出トランスポーターとして機能すると考えられている。大腸菌におけるこれらのタンパク質の発現は、さまざまな抗生物質および抗菌剤に抵抗力を付与するが、該抵抗力は、原形質膜を隔ててのプロトン勾配の維持に依存している。ＭＡＴＥ遺伝子は細菌および植物において豊富であり、シロイヌナズナ遺伝子は少なくとも５４のＭＡＴＥファミリーメンバーを含んでいるが、ほ乳類では発見されていない。ＮｏｒＭおよびＹｄｅＨの他には、これらのタンパク質に関して利用可能な機能的情報は非常に少ない。
【００３６】
「アミダーゼ活性を有するタンパク質」とは、アミドを加水分解するタンパク質を意味する（Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ．１９９１ Ｆｅｂ １６；１０８８（２）：２２５−３３）。
【００３７】
「マロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有するタンパク質」とは、マロニル−ＣｏＡからアシルキャリアータンパク質へのマロニル部分の転移を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９９５ Ｊｕｎ ２；２７０（２２）：１２９６１−４）。
【００３８】
「アシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有するタンパク質」とは、アシル−ＣｏＡチオエステルの脱水素化を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９８９ Ｓｅｐ ２５；２６４（２７）：１６３２１−３１）。
【００３９】
「Ｄ−アラニルキャリアータンパク質活性を有するタンパク質」とは、アラニル基を結合するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９９５ Ｊｕｎ ３０；２７０（２６）：１５５９８−６０６）。
【００４０】
「３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有するタンパク質」とは、ヒドロキシアシル−ＣｏＡ−チオエステルの脱水素化を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９８９ Ｓｅｐ ２５；２６４（２７）：１６３２１−３１）。
【００４１】
「ＬｕｘＲ様調節因子活性を有するタンパク質」とは、翻訳を活性化させるＬｕｘＲファミリーのタンパク質を意味する（Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１９９４ Ｊａｎ；１７６（２）：２６９−７５）。
【００４２】
「４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有するタンパク質」とは、補酵素Ａから非リボソームペプチド合成酵素およびポリケチド合成酵素のｐｐ結合ドメインへ４’−ホスホパンテテイン部分を転移させるタンパク質を意味する（Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．１９９６ Ｎｏｖ；３（１１）：９２３−３６）。
【００４３】
「トランスポザーゼ活性を有するタンパク質」とは、部位特異的なＤＮＡの組換えに関与するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１９８６ Ｆｅｂ；１６５（２）：３４１−７）。
【００４４】
本発明はまた、上記で定義した細胞の使用法にも関するものであり、該使用法は、
−配列番号１４５、１４７もしくは１４９、および随意に配列番号１、ならびに／または配列番号１３９、１４１もしくは１４３、ならびに／または配列番号１５１、１５３もしくは１５５、ならびに／または配列番号１５７、１５９もしくは１６１、ならびに／または配列番号１６３、１６５および１６７が、５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること、
−配列番号５、７もしくは９、配列番号１１、１３、１５もしくは１７、配列番号１９、２１、２３もしくは２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７、配列番号４７、４９、５１もしくは５３、配列番号５５、５７、５９もしくは６１、配列番号６３、６５、６７もしくは６９、配列番号７１、７３、７５もしくは７７、配列番号７９、８１、８３もしくは８５、配列番号８７、８９、９１もしくは９３、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７、および随意に配列番号３、ならびに／または配列番号３９、４１、４３もしくは４５が、先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること
を特徴としている。
【００４５】
「先の鎖に相補的な鎖」という表現は、前記鎖が、ワトソン−クリックの相互作用によって先の鎖のセンスヌクレオチドと水素結合を形成することのできる、相補的なオリゴヌクレオチドであることを意味する。二本鎖ＤＮＡの相補的な鎖は逆平行である。
【００４６】
非対称的な形状のために、ＤＮＡ鎖は識別可能な方向を有している。ＤＮＡ鎖は５’から３’の方向で読まれ、「５’」という用語はＤＮＡ鎖のリン酸末端を指し、「３’」という用語はＤＮＡ鎖の−ＯＨ末端を指す。
【００４７】
ＲＮＡはＲＮＡポリメラーゼによって５’→３’の方向で合成され、該ＲＮＡポリメラーゼはしたがって、３’→５’の方向でＤＮＡ鋳型を読み取る。
【００４８】
一つの実施態様において、本発明は、さらに特徴的には、配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする。
【００４９】
好ましい実施態様では、本発明はさらに特徴的には、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００５０】
もう一つの好ましい実施態様では、本発明は、さらに特徴的には、配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００５１】
本発明はさらに、天然状態においてゲノム中に上記で定義したＤＮＡ分子を含む細胞の、上述した使用法にも関するものである。
【００５２】
「天然状態において」という表現は、前記ＤＮＡ分子を天然では含まず、人為的介入によって前記ＤＮＡで形質転換された細胞とは逆に、前記ＤＮＡ分子が天然で細胞内に存在していることを意味する。
【００５３】
本発明は、より特徴的には、細菌細胞または真菌細胞から選択される上記で定義した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００５４】
本発明は、より特徴的には、
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、上記で定義した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００５５】
本発明はまた、配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含む、６６０１という番号でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株に対応する細胞の、上述の使用法にも関するものである。
【００５６】
本発明はまた、上記で定義したＤＮＡ分子で形質転換されている、前記ＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上述した使用法にも関するものである。
【００５７】
物理的形質転換、特にエレクトロポレーション、または、ポリエチレングリコール処理あるいはリン酸カルシウム沈殿のような化学的形質転換などの、当技術分野でよく知られた方法により、細胞を前記ＤＮＡ分子で形質転換する。
【００５８】
本発明はさらに、細菌細胞または真菌細胞から選択される、上記で定義した前記ＤＮＡ分子で形質転換した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００５９】
より特徴的には、本発明は、
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、上記で定義した前記ＤＮＡ分子で形質転換した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００６０】
本発明は、ガン性または非ガン性の増殖細胞から選択される細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての、上記で定義した細胞の上述の使用法に関するものである。
【００６１】
また、本発明は、ヒトを含むほ乳類における、ガン性または非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６２】
より特徴的には、本発明は、脳、肺、扁平上皮細胞、膀胱、胃、膵臓、胸部、頭部、頸部、腎臓（ｒｅｎａｌ）、腎臓（ｋｉｄｎｅｙ）、卵巣、前立腺、結腸直腸、食道、婦人科系、または甲状腺のガンのようなガンの予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６３】
また本発明は、より特徴的には、良性の皮膚の過形成（乾癬）または前立腺の過形成（良性の前立腺肥大）、腎臓病（増殖性糸球体腎炎および糖尿病が誘発する腎臓病）のような、非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６４】
本発明はまた、より特徴的には、炎症性皮膚疾患および皮膚炎のような炎症性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６５】
本発明はまた、単離されたＤＮＡ分子にも関するものであり、該ＤＮＡ分子は、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
からなるか、またはこれらを含んでいる。
【００６６】
もう一つの実施態様によると、本発明は、配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする。
【００６７】
好ましい実施態様によると、本発明は、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００６８】
もう一つの好ましい実施態様では、本発明は、さらに特徴的には、配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００６９】
本発明はまた、上記で定義したＤＮＡ分子を含む、ファージミド、コスミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、または酵母人工染色体（ＹＡＣ）のような、形質導入可能なクローニングベクターに関するものである。
【００７０】
「ベクター」は、その他の遺伝子配列または遺伝要素を結合し得るレプリコンであり、したがって前記遺伝子配列または遺伝要素はレプリコンと同時に複製される。
【００７１】
プロモーター、エンハンサー、翻訳開始シグナル、ポリアデニル化シグナル、ターミネーターなどのようなさまざまな遺伝子調節制御エレメントをベクターに組み込むことで、宿主細胞におけるＤＮＡ分子の発現を促進することができる。
【００７２】
さらに、本発明は上記で定義したベクターで形質転換した宿主細胞に関するものである。
【００７３】
本発明による宿主細胞は、原核宿主細胞、特に大腸菌のような細菌細胞、または真核細胞を含む。
【００７４】
宿主細胞は、エレクトロポレーション、ポリエチレングリコール処理、リン酸カルシウム沈殿などの、当技術分野において良く知られた形質転換方法によって形質転換される。
【００７５】
本発明は、細菌細胞または真菌細胞から選択される、上記で定義した宿主細胞に関するものである。
【００７６】
本発明は、より特徴的には、
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、上記で定義した宿主細胞に関するものである。
【００７７】
もう一つの実施態様によると、本発明は、上記で定義した宿主細胞を生理学的に受容可能な担体との組み合わせで含んでいる薬学的組成物に関するものである。
【００７８】
また、本発明は、経口投与、局所投与、直腸投与、または膣投与に適した形状をした、上記で定義した薬学的組成物にも関するものである。
【００７９】
本発明の好ましい実施態様によると、細胞は薬学的組成物の中で凍結乾燥され、該薬学的組成物は、好ましくは、経口投与を目的としたカプセルおよび膣投与または直腸投与を目的とした座薬として製剤される。
【００８０】
薬学的組成物は、水、緩衝生理食塩水、エタノール、ポリオール（たとえばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、グリセリンゼラチン、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、オイル、清浄剤、懸濁剤、または適切なこれらの組み合わせのような、許容可能な担体とともに適切に製剤される。
【００８１】
本発明はさらに、上記で定義した薬学的組成物に関するものであり、上記で定義した細胞の投与量が１０６個と１０１１個の細胞の間に含まれ、一日二回、毎日、週二回、毎週、月二回、または毎月投与されることを特徴としている。
【００８２】
細胞の投与量および投与の長さは、所望の効果を実現するために必要な薬学的組成物の最低限のものである。
【００８３】
本発明は、細胞変性物質として振る舞う細胞のスクリーニングを目的としたプローブとしての、上記で定義したＤＮＡ分子またはそれらの断片の使用法に関するものである。
【図面の簡単な説明】
【００８４】
【図１】上皮（ＨｅＬａ）細胞との相互作用の際の、生存している大腸菌によって誘発された形態変化。生存しているＥｘＰＥＣのＩＨＥ３０３４株または研究所内のＤＨ１０Ｂ株を直接ＨｅＬａ細胞に加えた。コントロールはＨｅＬａ細胞に細菌を加えていないものを示す。４時間の共培養の後、細菌を洗浄し、細胞をさらに７２時間にわたってゲンタマイシンとインキュベートした（上パネル）。その他の実験では、相互作用培地で成長したＩＨＥ３０３４の細菌の上澄みを細胞変性活性について検査した（下パネル）。また細菌は、細胞の１ｍｍ上にある０．２μｍの透過性の膜によって分離されたインサート内でも培養し（「インサート」）、または、細菌は細胞に加える前に１００℃で殺した（「熱殺菌」）。ギムザ染色された細胞の顕微鏡写真を同一の倍率で撮影した。バー＝１００μｍ。
【図２】５４ｋｂのｐｋｓアイランドの概略的なマップ。細胞変性効果の消失という結果をもたらすＩＨＥ３０３４株およびＳＰ１５株へのトランスポゾン挿入の位置は、それぞれ黒と灰色のフラッグで示している。遺伝子産物がペプチド−ポリケチド合成および細胞変性効果に関与するＯＲＦは灰色で示している。細胞変性効果に厳密には必要ではないＯＲＦは白で示し、トランスポザーゼおよびインテグラーゼのＯＲＦは黒で示している。ＯＲＦの指定は以下でＯＲＦの記号で示している。予測されるタンパク質機能が示される。ｐｐｔ：ホスホパンテテイン基転移酵素、ｎｒｐｓ−ｐｋｓ：非リボソームペプチド合成酵素−ポリケチド合成酵素、ｐｋｓ：ポリケチド合成酵素、ｈｃｄｈ：ヒドロキシアシルｃｏＡ脱水素酵素、ａｃｐ：アシルキャリアータンパク質、ｄｈｇ：αβ脱水素酵素、ａｔ：アシル転移酵素、ａｍ：アミダーゼ、ｔｅ：チオエステラーゼ。ドメイン予測プログラムＰＦＡＭ、ＰＳＩ／ＰＨＩ−ＢＬＡＳＴ、ＳＥＡＲＣＨ ＮＲＰＳ−ＰＫＳ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｉｉ．ｒｅｓ．ｉｎ／ｓｅａｒｃｈａｌｌ．ｈｔｍｌ）、およびＮＲＰＳ予測装置（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ａｂ．ｉｎｆｏｒｍａｔｉｋ．ｕｎｉ−ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ．ｄｅ／ｔｏｏｌｂｏｘ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ？ｖｉｅｗ＝ｄｏｍａｉｎｐｒｅｄ）を組み合わせて用いることで、ＮＲＰＳとＰＫＳのドメイン構造を分析した。Ａ：アデニル化、ＡＣＰ／ＰＣＰ：ホスホパンテテイン／アシルキャリアー、ＡＴ：アシル転移酵素、Ｃ：縮合、Ｃｙ：環化、ＤＨ：脱水素酵素、ＥＲ：エノイル還元酵素、ＫＲ：ケトアシル還元酵素、ＫＳ：ケトアシル合成酵素、ＯＸ：酸化。
【図３】ＤＮＡ損傷カスケードの活性化と、ｐｋｓアイランド＋大腸菌に曝されたＨｅＬａ細胞における細胞周期の停止。図３Ａ：ＨｅＬａ細胞を二重チミジンブロックによってＧ１／Ｓに同調させ（「同調」）、あるいは、同調させないままとし（「非同調」）、それから細胞を、ｐｋｓＢＡＣを有する研究所のＤＨ１０Ｂ株（ＢＡＣｐｋｓ）または空のベクターを有する研究所のＤＨ１０Ｂ株（ＢＡＣベクター）に４時間にわたって曝した。感染の多重度（ＭＯＩ）はＨｅＬａ細胞あたり１００個の細菌である。細胞周期の進行は、細胞ＤＮＡの染色と、感染後の任意の時間におけるフローサイトメトリーによって観察した。図３Ｂ：Ｇ１／Ｓ同調ＨｅＬａ細胞を前と同様に感染させ、ＤＮＡ損傷経路の主要な構成要素（ｐＡＴＭ、ｐＣＨｋ２、およびｐＣｄｋｌ）の活性化を、感染の４８時間後に、タンパク質のリン酸化された形を認識する抗体を用い、ウェスタンブロッティングによって検査した。ポジティブコントロールとして、ＤＮＡ損傷カスケード応答を活性化することで共に知られるエトポシドおよび精製したＣＤＴで細胞を処理した。未処理の細胞（コントロール）も示している。アクチンはタンパク質ローディングコントロールとして示している。図３Ｃ：Ｇ１／Ｓ同調ＨｅＬａ細胞を前と同様に感染させるかまたはエトポシドで処理し、曝露の４８時間後、Ｃｄｃ２５Ｃの細胞内局在性を間接免疫蛍光法および共焦点顕微鏡法によって観察した。形質転換した細胞においてはＣｄｃ２５の細胞質への隔離が見られた一方で、コントロールにおいてはＣｄｃ２５Ｃが分裂中の細胞の核で見られた（矢印）。図３Ｄ：Ｇ１／Ｓ同調ＨｅＬａ細胞を前と同様に感染させ、４２時間インキュベートし、さらに１．５ｍＭのカフェインで６時間処理したか、またはしなかった。細胞周期の分布を、ヨウ化プロピジウムを用いたフローサイトメトリーによって分析することで、ＤＮＡ含量と、４ｎの集団のＧ２細胞から有糸分裂細胞を判別するための有糸分裂のリンタンパク質（ＭＰＭ−２）に対する抗体とを評価した。有糸分裂細胞のパーセンテージは二変量解析で示している。
【図４】ｐｋｓアイランド＋大腸菌への曝露が宿主ＤＮＡの二本鎖の切断を誘発した。図４Ａ：ＨｅＬａ細胞を、ＢＡＣｐｋｓまたは空ベクター（ＢＡＣベクター）を有するＤＨ１０Ｂ（ＭＯＩ＝１００）に曝し、感染の４時間後、リン酸化Ｈ２ＡＸ（γＨ２ＡＸ）およびＤＮＡに関して間接免疫蛍光法によって検査した。図４Ｂ：ＨｅＬａ細胞を所与の量（ＭＯＩ２０、１００、および５００）の細菌で感染させ、４時間後にγＨ２ＡＸを免疫染色し、フローサイトメトリーによって定量した。図４Ｃ：ＨｅＬａ細胞を図４Ａにあるように感染させるか、またはエトポシドで処理し、そして、アガロース内へ埋め込み、溶解し、破壊されたＤＮＡの核からの移動を可能にする中性条件の電界にかけた（中性コメットアッセイ）。ＤＮＡを染色し、蛍光顕微鏡によって検査した。図４Ｄ：ＨｅＬａ細胞を図４Ｂにあるように感染させるか、またはエトポシドでよって処理し、コメットアッセイを行い、コメットテイルのモーメントの平均を測定した。ＭＯＩ＝２０のＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝されたＨｅＬａ細胞の単層が細胞の５０％未満を形質転換したのに対し、ＭＯＩ＝１００および５００では細胞の１００％が形質転換した（データは図示せず）。
【図５】完全なｐｋｓアイランドを有するＢＡＣ（ＢＡＣｐｋｓ）を有する研究所のＤＨ１０Ｂ株によるＨｅＬａ細胞の一過的な感染では、３日のうちに細胞体と核が肥大した一方で、細胞は分裂しなかった。完全なｐｋｓアイランドを有するＢＡＣにおけるｐｐｔ遺伝子の定方向突然変異（ｐｐｔ突然変異体）は細胞変性活性を無効にした。感染していないＨｅＬａ細胞（コントロール）、空ベクター（ＢＡＣベクター）を有する研究所のＤＨ１０Ｂ株によって感染したＨｅＬａ細胞、および生きているＥｘＰＥＣのＩＨＥ３０３４株によって感染したＨｅＬａ細胞も示している。
【図６】腸内細菌科におけるｐｋｓアイランドの分布の分析。図６Ａ：参考株の大腸菌株収集物（ＥＣＯＲ）におけるｐｋｓアイランドの検出。ｐｋｓアイランド陽性株は灰色で影をつけた。図６Ｂ：ｃｏｌｉＢＡＳＥデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｃｏｌｉｂａｓｅ．ｂｈａｍ．ａｃ．ｕｋ／）に含まれる大腸菌、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｐｐ．）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、およびエルシニア菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｓｐｐ．）の完全なゲノム配列においてｐｋｓアイランド（またはそのオルソログ）が生じる頻度の概略図。各ＯＲＦは、スケールバーで示すように（ｃｏｌｉＢＡＳＥゲノムブラウザ）、遺伝子のオルソログを含む比較に含まれる大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ ｓｐｐ．）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌａ ｓｐｐ．）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、およびエルシニア菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｓｐｐ．）のゲノムのパーセンテージに応じて色分けしている。ｐｋｓアイランドの染色体の位置を示している。
【図７】インビトロの成長条件下におけるｐｋｓアイランドの選択された遺伝子の転写をＲＴ−ＰＣＲで分析した。ｃｌｂＡ（ホスホパンテテイン基転移酵素、ＯＲＦ２０）、ｃｌｂＢ（ポリケチド合成酵素、ＯＲＦ１８）、ｃｌｂＣ（ポリケチド合成酵素、ＯＲＦ１７）、およびｃｌｂＤ（３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素、ＯＲＦ１６）の転写レベルを半定量ＲＴ−ＰＣＲで分析した。ＨｅＬａ細胞の存在下（＋共培養）または不存在下（−共培養）でインビトロで成長した細菌細胞からＲＮＡを抽出した。ＲＴ−ＰＣＲ分析用に指示されているように、単離したＲＮＡの連続希釈を用いることで、さまざまな成長条件間での転写レベルを比較した。
【図８】上皮細胞におけるｃｏｌｉｂａｃｔｉｎによるＧ２チェックポイントの活性化モデル。Ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎは、ｐｋｓアイランドを有する大腸菌株に曝された真核宿主細胞では、直接的または間接的にＤＮＡ二本鎖の切断（ＤＳＢ）を引き起こした。この損傷はＡＴＭ−Ｃｈｋ２シグナル伝達経路を活性化し、Ｃｄｃ２５Ｃの細胞質への隔離およびＣｄｋ１の脱リン酸化の欠如をもたらし、場合によってはＧ２のブロックという結果になる。関与するリン酸化はアステリスクで示している。
【図９】大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株（「ＷＴ」）またはＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株（「ＭＴ」）を接種したラットの体重。
【図１０】大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株（「ＷＴ」）またはＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株（「ＭＴ」）を接種したラットの排泄物における攻撃株の存在（細菌数、選択培地におけるコロニー形成単位）。
【図１１】大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株（「ＷＴ」）またはＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株（「ＭＴ」）を接種したラットの結腸におけるＤＭＨ誘導の４５日目の異常腺窩巣（ＡＣＦ）の数。＊有意差（フィッシャーの最小有意差検定、ｐ＜０．０２）
【実施例１】
【００８５】
Ｉ）発現産物が細胞に対する細胞変性効果を有する遺伝子クラスターの同定
実験方法
細菌株およびプラスミド
この研究に用いた原型の大腸菌株を表１に列挙する。７２の大腸菌の参考株からなる集合を、さまざまな宿主およびさまざまな地理的位置から単離した（ＥＣＯＲ株収集物、Ｈ．Ｏｃｈｍａｎ，Ｒ．Ｋ．Ｓｅｌａｎｄｅｒ，Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ １５７，６９０（Ｆｅｂ．１９８４））。５５の腸病原性大腸菌の分離株、９７の腸外病原性大腸菌の分離株、および３２の排泄物の株の収集物は、Ｉｎｓｔｉｔｕｔ ｆｕｒ Ｍｏｌｅｋｕｌａｒｅ Ｉｎｆｅｋｔｉｏｎｓｂｉｏｌｏｇｉｅの株収集物に属しており、該収集物は、病原性大腸菌または非病原性大腸菌における病原性アイランドの分布を研究するために既に用いられている（Ｕ．Ｄｏｂｒｉｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ７０，６３６５（Ｎｏｖ，２００２）、Ｇ．Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ７２，５９９３（Ｏｃｔ，２００４））。
【００８６】
【表１】
【００８７】
ＤＮＡシーケンシングおよび配列分析
ＨｉｎｄＩＩＩで部分的に消化しサイズ分離した、大腸菌ＩＨＥ３０３４のゲノムＤＮＡを、以前に説明されているように（Ｃ．Ｂｕｃｈｒｉｅｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６７，４８５１（Ｓｅｐ，１９９９））ｐＢｅｌｏＢＡＣ１１ベクター内にクローニングしてＢＡＣ（細菌人工染色体）ライブラリーを調製した。ＮｏｔＩによって消化した、ランダムにピックアップしたＢＡＣプラスミドの代表的なサンプルをＰＦＧＥ分析して判断したところ、インサートのサイズ分布は７０から１５０ｋｂの範囲であり、平均サイズは１００ｋｂであった。このライブラリーをＰＣＲでスクリーニングした。大腸菌ＩＨＥ３０３４株のｐｋｓアイランド全体と隣接領域をカバーするＢＡＣクローン１１／２を以下のようにシーケンシングした。小さなインサートライブラリー（２〜２．５ｋｂ）をコスミドＤＮＡの機械的な剪断によって作成した（Ｐ．Ｊ．Ｏｅｆｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２４，３８７９（Ｏｃｔ １５，１９９６））。Ｔ４ポリメラーゼによる末端修復の後、断片をｐＴＺ１９Ｒベクターにライゲーションした。その結果得られたプラスミドを、ＡＢＩ−３７７自動ＤＮＡシーケンサー（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で両方の末端からシーケンシングした。アセンブリの後、残っているギャップを、プラスミドのクローン上でのプライマーウォーキング法によって埋めた。ＳＴＡＤＥＮソフトウェアパッケージに実装されているＰｈｒａｐソフトウェアを用いて配列データを集約し、編集した（Ｒ．Ｓｔａｄｅｎ，Ｋ．Ｆ．Ｂｅａｌ，Ｊ．Ｋ．Ｂｏｎｆｉｅｌｄ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １３２，１１５（２０００））。完全なｐｋｓアイランドのヌクレオチド配列をＥＭＢＬデータベースに供した。相同性の調査を、国立バイオテクノロジー情報センターのＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ、およびＰＨＩ−ＢＬＡＳＴプログラムを用いて実施した（Ｓ．Ｆ．Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２５，３３８９（Ｓｅｐ １，１９９７））。
【００８８】
クローニング方法および突然変異誘発方法
ＥＺ：：ＴＮ Ｋａｎ−２キット（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）を用いて、ＥｘＰＥＣのＩＨＥ３０３４株およびＳＰ１５株のトランスポゾン突然変異体ライブラリーを作製した。選択した突然変異体の挿入位置は、ＡＰ−ＰＣＲ、およびＰＣＲ産物のシーケンシングによって決定した。
標的遺伝子における突然変異株を、λＲｅｄ組換えを用いて操作した（Ｋ．Ａ．Ｄａｔｓｅｎｋｏ，Ｂ．Ｌ．Ｗａｎｎｅｒ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９７，６６４０（Ｊｕｎ ６，２０００））。突然変異誘発のプライマーは表２に記載している。フランキングプライマーを用いたＰＣＲによって突然変異誘発の成功を確認した。これらのプライマーは表３に記載している。
ＩＨＥ３０３４株におけるＰＡＩの欠失を、λｒｅｄ組換えを介してアイランドの上流および下流に挿入されたＦＲＴ部位に対するＦｌｐリコンビナーゼの作用によって得た。第一のＦＲＴ部位は、ＰＫＳ１＿ｎｅｗとＰＫＳ１．１＿ｎｏＦＲＴ＿ｐＫＤ３のプライマー対を用いてｐＫＤ３から増幅されたＰＣＲ産物を用いてＯＲＦ１の上流に染色体レベルで挿入した。第二のＦＲＴ部位は、ＰＫＳ２＿ｎｅｗおよびＰＫＳ２．１＿ｎｏＦＲＴ＿ｐＫＤ４のプライマーを用いてｐＫＤ３から増幅されたＰＣＲ産物を用いてＯＲＦ２２の下流に染色体レベルで挿入した。欠失の成功は、サザンブロット分析およびフランキングプライマーｐｋｓ−ｉｓｌａｎｄｌｅｆｔ．１／２、ｐｋｓ−ｉｓｌａｎｄｒｉｇｈｔ．１／２、ＯＲＦ９−１０．１／２を用いたＰＣＲによって確認した（表４）。
【００８９】
【表２】
【００９０】
【表３】
【００９１】
【表４】
【００９２】
突然変異体の相補性のための遺伝子クローニングは、ｈｉｇｈ ｆｉｄｅｌｉｔｙ ＰＣＲ増幅（ＤｅｅｐＶｅｎｔ、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）と、ｐＣＲ−Ｓｃｒｉｐｔ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）またはｐＣＲ−Ｂｌｕｎｔ ＩＩ−ＴＯＰＯ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）へのクローニングによって行った。必要であれば、遺伝子を適切なベクター（ｐＡＳＫ７５、ｐＢＲＳＫ）へサブクローニングした。
【００９３】
さまざまな大腸菌分離株におけるｐｋｓアイランドの検出。
ＥＣＯＲおよびＩＭＩＢ株収集物の株におけるｐｋｓアイランドの存在を、表５にまとめたプライマー対を用いたＰＣＲによって分析した。
【００９４】
【表５】
【００９５】
転写レベルの分析
転写レベルは限界希釈ＲＴ−ＰＣＲ法を用いて判定した。感染のさまざまな時点において標準的な方法を用いて細菌ＲＮＡを単離した。４μｇのＲＮＡ（ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）から逆転写したｃＤＮＡの連続希釈物（１〜１２８×１０−２）に対してＰＣＲを実施した。転写レベルを、相互作用培地のみ（ＤＭＥＭ、５％ＦＣＳ、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ）において同一の条件の下で成長した細菌の転写レベルと比較した。プライマー配列は表６にまとめている。
【００９６】
【表６】
【００９７】
細胞の培養、処理、および感染
ＨｅＬａ細胞、ＣＨＯ細胞、Ａ３７５細胞、およびＣａｃｏ−２細胞を、１０％ウシ胎児血清（ＦＣＳ）と５０μｇ／ｍｌのゲンタマイシンを添加したダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ）における連続継代によって維持した。Ｇ１／ＳにおけるＨｅＬａ細胞の同調を、ダブルチミジンブロックによって得た（２ｍＭのチミジンにおける１９時間のインキュベーションの後、チミジンなしで９時間のインキュベーションを行い、さらに２ｍＭのチミジンと１６時間のインキュベーションを行った）。エトポシドを４０μＭで４時間加えることで、コントロール細胞におけるＤＮＡ二本鎖の切断を誘発した。ＡＴＭ／ＡＴＲを阻害するために、カフェイン処理を１．５ｍＭで８時間行った。細菌感染のためには、大腸菌の一晩のＬＢ培養物を相互作用培地（ＤＭＥＭ、５％ＦＣＳ、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ）で希釈し、細胞培養物（〜５０％のコンフルエンス）を、感染多重度１００で、あるいはテキストで指示されているように感染させた。細胞は接種の４時間後に３〜６回洗浄し、分析まで、１０％ＦＣＳ、２００μｇ／ｍｌのゲンタマイシンを含むＤＭＥＭ中でインキュベートした。インサートの検査のために、細菌を０．２μｍのＡｎｏｐｏｒｅメンブレンＳｔｒｉｐ Ｉｎｓｅｒｔ（Ｎｕｎｃ）を用いて細胞から分離した。
【００９８】
免疫蛍光顕微鏡検査法
形態の通常の視覚化のためにギムザ染色を用いた。細胞骨格の検査のために、４％のホルムアルデヒドを含むＰＢＳで細胞を固定し、０．１％のトリトンを含むＰＢＳで透過処理し、３％のＢＳＡを含むＰＢＳで飽和させ、そしてローダミン−ファロイジン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）によってＦ−アクチンを標識し、微小管をラットの抗αチューブリン（Ｓｅｒａ−ｌａｂ）で、続いてＦＩＴＣ共役型のウサギ抗ラット抗体（Ｖｅｃｔｏｒ）で染色し、そしてＤＮＡをＤＡＰＩ（ＶｅｃｔａＳｈｉｅｌｄ、Ｖｅｃｔｏｒ）で標識した。Ｈ２ＡＸのリン酸化を明らかにするために、細胞を９５％のメタノールと５％の酢酸で固定し、マウスのモノクローナル抗ホスホＨ２ＡＸ抗体（Ｕｐｓｔａｔｅ）で、続いてヤギ抗マウスＦＩＴＣ抗体（Ｚｙｍｅｄ）で飽和、染色した。画像は、ＤＦＣ３００ＦＸデジタルカメラを備えたＬｅｉｃａ ＤＭＲＢ蛍光顕微鏡を用いて得た。Ｃｄｃ２５Ｃの細胞内局在性に関しては、細胞を３．７％のホルムアルデヒドを含むＰＢＳにおいて、４℃で３０分間固定し、０．２５％のトリトン−Ｘ１００を含むＰＢＳによって５分間、かつ１００％の冷たいメタノールにおけるインキュベートによって−２０℃で１０分間透過処理し、抗Ｃｄｃ２５Ｃ抗体（Ｃ２０、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ）で、続いてＦＩＴＣ共役型の二次抗体（Ｚｙｍｅｄ）で飽和、染色した。画像は、Ｏｌｙｍｐｕｓ ＩＸ７０共焦点顕微鏡およびＦｌｕｏｖｉｅｗソフトウェアＦＶ５００を用いて得たのだが、共焦点の絞りは〜０．６μｍのａｚの光学的厚みを達成するようにセットした。
【００９９】
ウェスタンブロット分析
ＨｅＬａ細胞を回収し、４〜８×１０５個の細胞を１００μｌの１×Ｌａｅｍｌｉローディングバッファーに懸濁させ、５秒間超音波処理することでＤＮＡを切断し、そして５分間１００℃で加熱した。タンパク質を４〜１２％または３〜８％のＮｕＰａｇｅ勾配ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で分離し、ニトロセルロース膜に移し、１０％のミルク緩衝液で飽和させ、抗ホスホＡＴＭ、抗ホスホＣｈｋ２（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、抗アクチン（ＩＣＮ）で、続いてＨＲＰ共役型の二次抗体および化学発光オートラジオグラフィー（Ｌｕｍｉｇｌｏ、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を用いて精査した。タンパク質ローディングは抗アクチンウェスタンブロットを用いて標準化した。
【０１００】
細胞周期およびフローサイトメトリー分析
細胞はトリプシン処理によって回収した。有糸分裂のＭＰＭ−２抗原の染色のために、細胞を、９０％のメタノールを含むＰＢＳにおいて−２０℃で１時間インキュベートし、１％のＢＳＡを含むＰＢＳで飽和させ、そして抗ＭＰＭ−２抗体（Ｕｐｓｔａｔｅ）で、続いてＦＩＴＣ共役型の二次抗体（Ｚｙｍｅｄ）で染色した。リン酸化したＨ２ＡＸの染色のために、細胞を３．７％のホルムアルデヒドを含むＰＢＳにおいて３７℃で１０分間固定し、９０％の氷程度に冷たいメタノールにおいて３０分間透過処理し、抗ホスホＨ２ＡＸ（Ｕｐｓｔａｔｅ）で、続いてＦＩＴＣ共役型の二次抗体（Ｚｙｍｅｄ）で飽和、染色した。細胞は、場合によっては１０μｇ／ｍｌのヨウ化プロピジウム、１ｍｇ／ｍｌのＲＮＡｓｅを含むＰＢＳに懸濁させ、最も少ない１０４個の細胞におけるＤＮＡ／抗原含量をＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒフローサイトメーター（Ｂｅｃｋｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）によって分析した。
【０１０１】
コメットアッセイ
細胞をトリプシン処理によって回収し、アガロースに埋め込み、Ｔｒｅｖｉｇｅｎ ＣｏｍｅｔＡｓｓａｙキットを用いて単細胞ゲル電気泳動（コメット）アッセイを行った。電気泳動の条件は、ＴＢＥ（中性）緩衝液において２Ｖ／ｃｍで４分間であった。コメット画像は、Ｌｅｉｃａ ＤＭＲＢ蛍光顕微鏡を用いて得、コメットテイルのモーメントはＳｃｉｏｎ Ｉｍａｇｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ４．０．３，ｐｌｕｇｉｎ ＳｃｉｏｎＣｏｍｅｔ１．３）によって定量した。
【０１０２】
結果
この研究では、本発明者は、大腸菌株には培養された真核細胞においてメガロサイトーシス（ｍｅｇａｌｏｃｙｔｏｓｉｓ）の表現型を誘発するものがあることを観察したが、該表現型は、細胞体および核の肥大化と有糸分裂の欠如とを特徴としており（図１）、これは細胞増殖の不可逆的な阻害の指標である。この細胞変性効果は培養されたさまざまなほ乳類細胞（ＨｅＬａ、Ｃａｃｏ−２、ＣＨＯ、Ａ３７５）の一過性の感染において観察された。この効果は、新生児髄膜炎（たとえばＩＨＥ３０３４およびＳＰ１５）、尿路感染（たとえばＪ９６およびＣＦＴ０７３）から単離された原型のヒト病原性大腸菌株によって誘発され、また、片利共生株によっても同様に誘発されたが、研究所のＫ−１２株、腸管病原性大腸菌（Ｅ２３４８／６９）、または腸管出血性大腸菌（ＥＤＬ９３３、Ｓａｋａｉ）によっては誘発されなかった。細胞変性活性は接触依存性であり、細菌が０．２μｍの透過性の膜によってＨｅＬａ細胞から隔てられているときには観察されなかった（図１）。さらに、熱殺菌された細菌、細菌培養の上澄み、外膜小胞画分、外膜画分、および全細胞溶解物は細胞毒性ではなかった（図１）。この効果は、細胞膨化致死毒素（５）、周期阻害因子（６）、細胞壊死因子（７）のような、宿主の細胞周期を変えることが知られている毒素の産生、あるいは、α溶血素（８）の産生によっては説明できず、また、これらの毒素遺伝子のない株または操作された突然変異株はＨｅＬａ細胞に対して細胞変性作用を有したままであった。
【０１０３】
この表現型に関与する細菌遺伝子を同定するために、本発明者は、培養した真核細胞においてメガロサイトーシスの表現型を誘発する二つの大腸菌株（ＩＨＥ３０３４およびＳＰ１５）において、トランスポゾン突然変異体を生成した。細胞変性効果の誘発の消失について、５０００の突然変異体をスクリーニングした。両方の株にあるネガティブ突然変異体は、５４ｋｂの染色体領域にクラスター化するトランスポゾンを有していた（図２）。この領域はゲノムアイランド（ＧＥＩ）の典型的な特徴を示し、該領域を、大腸菌における、移動性の外来ＤＮＡエレメントにとっての頻度の高い組み込みホットスポットであるａｓｎＷのｔＲＮＡ遺伝子座に挿入した（２）。このゲノムアイランドは５３．１％のＧ＋Ｃ含量を示し、１６ｂｐの重複配列に隣接され、そしてＰ４様インテグラーゼ遺伝子を染色体の挿入部位の下流に有する。このゲノムアイランドを新生児髄膜炎株ＩＨＥ３０３４（登録番号ＡＭ２２９６７８）および尿路病原性株５３６（登録番号ＣＰ００２４７）においてシーケンシングした。ＳＰ１５株（９）と片利共生株Ｎｉｓｓｌｅ１９１７（１０）の対応する染色体領域についてのサンプルのシーケンシングによって、これらの株において同様に同一のＧＥＩが存在することが確認された。得られたＤＮＡ配列を、エラーを修正するための選択された領域の再シーケンシングの後に完全な対応を示す、ＣＦＴ０７３株（１１）の公開されている配列と比較した。メガロサイトーシスの表現型の誘発に対するこのゲノムアイランドの関与を確認するために、ＩＨＥ３０３４株においてアイランド全体を欠失させ、非細胞変性性の突然変異体となるようにした。さらに、ＩＨＥ３０３４株のゲノムＢＡＣライブラリーをスクリーニングし、完全なゲノムアイランドを有する二つのＢＡＣクローン、ＢＡＣ１１（インサート〜６７ｋｂ）およびＢＡＣ１８（インサート〜７６ｋｂ）を同定した。ＢＡＣ１１またはＢＡＣ１８を有する研究所の大腸菌ＤＨ１０Ｂ株は、親株であるＩＨＥ３０３４と同様、一過的に感染させた細胞においてはメガロサイトーシスと増殖の停止とを引き起こしたのに対し、空のＢＡＣベクターを有するＤＨ１０Ｂはいかなる細胞変性効果も誘発しなかった（図５）。
【０１０４】
大腸菌種におけるこのゲノムアイランドの分布をテストするために、本発明者は、５５の腸内病原性大腸菌株（腸管侵入性、腸管病原性、腸管出血性、腸管毒素原性、および腸管凝集性の大腸菌）、９７の腸管外病原性大腸菌株（ＥｘＰＥＣ）、および健康な個体の排泄物から単離した３２の株を含む、１９０の大腸菌分離株の調査を行った。ＰＣＲスクリーニングにより、このゲノムアイランドが腸内病原性大腸菌株には存在しないが、ＥｘＰＥＣ分離株と排泄物の分離株にはそれぞれ５３％と３４％存在することが示された。さらに、大腸菌の六つの主要な系統群（Ａ、Ｂ１、Ｃ、Ｅ、Ｄ、およびＢ２）の株を含む完全なＥＣＯＲ収集物のＰＣＲスクリーニングは、このゲノムアイランドがＢ２群に限定され、Ｂ２群においては幅広く分布することを示した（図６Ａ）。この系統群は、片利共生株（１２）と腸管外病原性株（１３）を含んでいる。さらに、Ｂ２系統群のＥｘＰＥＣ株についてのこのゲノムアイランドの特異性は、遺伝子が大腸菌のさまざまな病原型とその他の腸内細菌科におけるオルソログの存在に応じて色分けされる、大腸菌ＣＦＴ０７３の環状ゲノムの図表示でも示された（図６Ｂ）。このゲノムアイランドとＢ２系統群の株との密接な関係は、該関係がこの群のメンバーによって得られることと、したがって安定して遺伝継承されることを示している。
【０１０５】
このゲノムアイランド上でコードされるＯＲＦの推定される酵素機能を同定した（図２および表７）。このゲノムアイランドは、以下ではｐｋｓアイランドと呼ぶが、非タンパク質性の、ペプチド−ポリケチド複合体化合物に対する合成機構をコードする。この機構は、３つの非リボソームペプチド巨大合成酵素（ｍｅｇａｓｙｎｔｈａｓｅ）（ＮＲＰＳ）、３つのポリケチチド巨大合成酵素（ＰＫＳ）、および２つの複合ＮＲＰＳ／ＰＫＳ巨大合成酵素で構成される。ＮＲＰＳおよびＰＫＳは幅広く多くの機能を有する酵素であり、該酵素は、幅広い構造的活性および生物学的活性を有する非常に多様なペプチドとポリケチドを産生する細菌および菌類で見られる（１４、１５）。これらの分子は薬学および農産業によって広く用いられており、そこには、抗生物質（たとえばエリスロマイシン）、免疫抑制剤（たとえばシクロスポリン、ラパマイシン）、抗寄生虫剤（たとえばアベルメクチン）、および抗腫瘍剤（たとえばドキソルビシン、エポチロン、ブレオマイシン）が含まれる。また、ホスホパンテテイン基転移酵素（ＮＲＰＳ−ＰＫＳ酵素の翻訳後活性化に必要とされる）、チオエステラーゼ（終結酵素として作用する）、および７種の推定されるアクセサリー酵素、テイラー酵素、編集酵素の遺伝子も該遺伝子座にコードされている（表７）。大腸菌におけるこれらＰＫＳおよびＮＲＰＳの機能を知るために、それらのドメイン構造をコンピュータ内で分析し（図２）、典型的ではあるが複雑なモジュール構造を明らかにした。注目すべきは、ＣｌｂＫにおけるチアゾール形成ＮＲＰＳモジュールである（複素環化、システイン特異的アデニル化、酸化、およびペプチジルキャリアドメインで構成される）。チアゾール環は、臨床的に重要な多くの天然産物に共通の特徴的なファーマコフォアであり、たとえばペプチド−ポリケチドブレオマイシンの場合にＤＮＡを挿入するなど（１６）、重要な機能的エレメントである。
【０１０６】
本発明者は、ＢＡＣ１８を有するＤＨ１０Ｂ（ｐＢＡＣｐｋｓ）におけるｐｋｓアイランド遺伝子のシステマチックな突然変異生成を実施した。さまざまなＰＫＳおよびＮＲＰＳ、ＰＰＴａｓｅ、チオエステラーゼ、ならびに推定されるアクセサリー酵素およびテイラー酵素をコードする９つの遺伝子のうち８つが、接触依存性の細胞変性効果を誘発するために必要とされることが分かった。ＭＡＴＥファミリー（１７）の推定上の排出ポンプをコードする遺伝子の突然変異のみ、細胞変性活性を変えることがなかったのだが、これはおそらく、染色体上のどこかにコードされているその他の排出ポンプがこの突然変異を保護している可能性があることによる（図２、表７）。ＲＴ−ＰＣＲ実験は、遺伝子がインビトロ条件下で、また宿主細胞との接触中に転写されることを示した（図７）。これらの遺伝子分析は全体で、大腸菌のｐｋｓアイランドが、大腸菌Ｋ−１２の遺伝的背景において、本発明者が「Ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎ」という名称を提案している細胞毒性のポリケチド−ペプチド複合体化合物の生合成および送達に必要かつ十分であることを示している。
【０１０７】
【表７】
【０１０８】
ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎの作用様態を特徴付けるための過程において、本発明者は、細胞変性性の大腸菌株に一過的に曝した真核細胞の細胞周期を検査した。フローサイトメトリー分析は、大きな細胞の核が４ｎのＤＮＡ含量を有することを示した（図３Ａ）。この所見は、感染した細胞の培養物において有糸分裂がないことと併せて（図１）、形質転換された細胞がＧ２／Ｍ移行時にブロックされることを示している。細胞がＧ１／Ｓ移行時で同調されその後細菌に曝される経時変化の実験では、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞がＤＮＡ合成（Ｓ）期に４８時間もかかり、場合によってはＧ２／Ｍに滞留したのに対し、コントロールの細胞はＳ期を１２時間未満で抜け、通常の細胞周期を続けたことを示した（図３Ａ）。これらの所見によって、本発明者は、ＤＮＡの損傷に応答して細胞周期を停止させるチェックポイントが活性化されているかどうか実験することとした（１８）。興味深いことに、ＤＮＡ損傷応答における中心的なタンパク質であるＡＴＭは（１９）、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞では活性化されたが（Ｓｅｒ１９８１でリン酸化された）、ＤＨ１０Ｂベクターに曝された細胞では活性化されなかった（図３Ｂ）。ウェスタンブロット分析は、ＡＴＭのリン酸化がＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓへ曝した４時間後という早さで検出され得ることを示した（図示せず）。ＡＴＭのシグナル伝達物質Ｃｈｋ２も活性化され、そのリン酸化された形が検出された（図３Ｂ）。Ｃｈｋ２はＣｄｃ２５タンパク質をリン酸化することが知られており、１４−３−３タンパク質による細胞質保留により不活性化されるという結果になった。実際、本発明者は、Ｃｄｃ２５Ｃが、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞の核からは除去されるのに対し、分裂するコントロール細胞は核のＣｄｃ２５Ｃを有していることを観察した（図３Ｃ）。Ｃｄｃ２５ホスファターゼの核移行は、鍵となる有糸分裂誘導因子Ｃｄｋ１の脱リン酸化を活性化するために必要である。核のＣｄｃ２５Ｃの排除と一致して、本発明者は、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞において、Ｇ２／Ｍブロックの説明となる、高いレベルのＣｄｋ１の不活性のリン酸化（Ｔｙｒ−１５）形態を観察した（図３Ｂ）。ＤＮＡ損傷のカスケードがｃｏｌｉｂａｃｔｉｎによって活性化されるさらなる証拠は、ＡＴＭを阻害することで得られた。ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝されたＨｅＬａ細胞を、ＡＴＭ／ＡＴＲ阻害剤であるカフェイン（２０）を用いて処理した。４ｎの集団における有糸分裂リンタンパク質（ＭＰＭ−２）陽性細胞の増加によって証明されるように、多くの細胞がＭ期に再び入ったため、Ｇ２ブロックはカフェイン処理によって軽減された（図３Ｄ）。これらの結果は全体として、ＡＴＭの活性化によって開始されるＤＮＡ損傷シグナルカスケードが、ｐｋｓアイランドを有する大腸菌に曝すことによって十分に活性化されることを示している。
【０１０９】
ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎがＤＮＡ損傷を生じさせるかどうかをさらに調べるために、本発明者はヒストンＨ２ＡＸのリン酸化を観察した。リン酸化したＨ２ＡＸ（γＨ２ＡＸ）の発生は、ＤＮＡ損傷物質に曝された後に細胞内で生じるＤＮＡ二本鎖切断の数の、感受性がある定量的なマーカーである（２１）。ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓによるＨｅＬａ細胞の一過的な感染により、４時間以内に強いγＨ２ＡＸの核シグナルが得られたが、ＤＨ１０Ｂベクターでは得られなかった（図４Ａ）。ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに感染した細胞集団のγＨ２ＡＸシグナルは、用量依存性の応答にしたがって増加し、１００％の細胞を形質転換するために十分な細菌感染量で飽和に達した（図４Ｂ）。同様の結果が感染したＣＨＯ細胞とＣａｃｏ−２細胞でも得られた。感染細胞におけるＤＮＡ鎖の切断の発生をさらにテストするため、本発明者は、中性の単細胞ゲル電気泳動（コメット）アッセイを行った。細菌に曝した４時間後、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞ではＤＮＡの損傷を検出することができたが、ＤＨ１０Ｂベクターでは検出されなかった（図４Ｃ）。コメットテイルのモーメントは、感染させるＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓの細菌数とともに増加し（図４Ｄ）、このことは、ＤＮＡ二本鎖切断の量が増加したことを示した。本発明者は、ｐｋｓアイランド＋大腸菌へ曝すことによって宿主のＤＮＡ二本鎖の切断が誘発され、ＤＮＡ損傷経路の応答が活性化され、Ｇ２での宿主細胞周期の停止に至るという結論を得た（図８）。
【０１１０】
結論としては、単一のゲノムアイランドを有している大腸菌株は病原性分離株および片利共生分離株の両方に広く分布しており、上皮細胞との一過的な接触によるＤＮＡ二本鎖の切断を誘発する。このゲノムアイランドは大腸菌の片利共生株であるＮｉｓｓｌｅ１９１７に存在し、前記株は、マウスおよびヒトにおける優れたコロニー形成因子であり、潰瘍性大腸炎などの腸疾患に対するプロバイオティックな治療として広く使用されている（２２）（２３）（２４）。これらの細菌は腸ガンの発生の素因を構成するか、または、ガンの新規な治療法の創出に役立つものである（２７）。
【実施例２】
【０１１１】
ＩＩ）結腸直腸ガンを予防または抑制するための使用に対する、大腸菌が有するｐｋｓアイランドの評価
ｐｋｓアイランドが陽性の大腸菌株および同系のｐｋｓアイランドが突然変異した株をラットに投与し、化学的に誘発した結腸ガンモデルにおいて比較した。この結腸での発ガンの齧歯類のモデルは広く使われており、ヒトにおける予防の有効性をうまく予測するものである（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，２００５，４１：１９１１）。
【０１１２】
方法
用いた攻撃用の株は大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７（ｐｋｓアイランド陽性）と、ｐｋｓアイランドを記載の通りに削除した（Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００６，３１３：８４８）Ｎｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓである。５００マイクログラム／ｍｌのストレプトマイシンを添加した寒天培地に置くことにより、自然発生的なストレプトマイシン耐性について両方の株を選別した。
【０１１３】
動物の飼育は、実験研究で用いられる動物に対する欧州理事会のガイドラインにしたがった。２０頭の雌のフィッシャー３４４ラットをＩｆｆａ Ｃｒｅｄｏ（リヨン、フランス）から４週齢で入手した。ラットは、個別のステンレス鋼製のワイヤ底のケージにランダムに配分し、２２℃で１２時間の明暗サイクルに維持されている部屋に入れた。ラットは、水道水と、標準的な低カルシウム（２０μｍｏｌ／ｇ）のＡＩＮ−７６飼料（ＵＰＡＥ、ＩＮＲＡ、ジュイ、フランス）を自由摂取とした。
【０１１４】
５日間の馴致の後、ラットに発ガン物質ＤＭＨ（１，２−ジメチルヒドラジン、１５０ｍｇ／体重ｋｇ）を腹腔内注射した。７日後、これらのラットをランダムに２つの実験群、すなわち大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株を投与された「ＷＴ」群と、Ｎｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株を投与された「ＭＴ」群に割り振った。各ラットには、六週間の間、週に三回、胃への強制投与によって、１０ｅ９個の生きた細菌を含むリン酸緩衝生理食塩水内の１ｍｌの新鮮な接種材料を与えた。
【０１１５】
体重は実験を通して毎週測定した。攻撃用の株でのラットのコロニー形成を観察するために、排泄物のサンプルを毎週回収し、希釈し、ストレプトマイシンを添加したＭａｃ Ｃｏｎｋｅｙの寒天プレートで培養した。
【０１１６】
ＤＭＨの注射から４５日目に、すべてのラットをランダムな順番でＣＯ２での窒息によって安楽死させた。結腸を摘出し、Ｋｒｅｂｓ緩衝液で洗浄し、縦に開いてから１０％の緩衝ホルマリンで固定した。その後、異常腺窩巣（ＡＣＦ）をＢｉｒｄの方法にしたがってスコアリングし（Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔ．，１９８７，３７：１４７）、結腸をメチレンブルー（０．１％）を用いて６分間染色し、３２倍の倍率で粘膜側を観察した。ＡＣＦのスコアリングは、処理群を知らない二人の研究者によって二重に「盲検」で行った。
【０１１７】
結果および結論
二つの実験群の間で体重増加の有意な差は見られなかった（図９）。
【０１１８】
二つの実験群は同様のレベルで攻撃用の株を排除した。Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株およびＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株の両方が、実験を通して１０ｅ５ＣＦＵ／ｇより多く残った（図１０）。
【０１１９】
Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株を投与されたマウスは、Ｎｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株を付与されたラットにおける異常腺窩巣（ＡＣＦ）の数に比べて、ＤＭＨに誘発されたＡＣＦの数が有意に減少した（図１１）。
【０１２０】
この結果は、結腸直腸の発ガン物質の増加に対する防御能力が、ｐｋｓアイランドの存在によって大腸菌に与えられることを示している。
【０１２１】
この動物実験の結果は、ｐｋｓアイランドを有する大腸菌をプロバイオティックとして利用することによって結腸直腸ガンを予防または抑制し得ることを示している。
【実施例３】
【０１２２】
ＩＩＩ）腸内細菌科のメンバー間でのｐｋｓアイランドの分布
本発明者は、ＰＣＲによってさまざまな腸内細菌におけるｐｋｓアイランドを検出しようと試みた。これまでは、ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎの決定基は大腸菌の分離株でのみ検出することができていた。
【０１２３】
試験した大腸菌株（ｎ＝４２１）、ｐｋｓ陽性：９０（ＥＣＯＲ群Ｂ２のＥｘＰＥＣおよび排泄物の分離株のみ）。ポリケチドｃｏｌｉｂａｃｔｉｎも発現するｐｋｓ陽性の株の中には、非溶血性のいくつかの排泄物の分離株（「片利共生株」）が含まれる。それらは、現在では、たとえば、細胞毒性壊死因子および細胞膨化致死毒素といったその他の細菌性周期モジュリンをコードする遺伝子に関してスクリーニングされ、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株の代替物として使用することもできる。
【０１２４】
腸内細菌科のファミリーに属する以下の分離株はｐｋｓ陰性である。
【０１２５】
【表８】
【０１２６】
本発明者は、ある種のクレブシエラ株においてｃｏｌｉｂａｃｔｉｎのｐｋｓ遺伝子クラスターを検出することができた。２２の異なるクレブシエラ分離株を試験し、それらのうち５つが、ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎ遺伝子のさまざまな部分をカバーする８つのスクリーニングＰＣＲ反応のうち少なくとも７つに対して陽性であった。
【実施例４】
【０１２７】
ＩＶ）シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｕｔｉｄａ）におけるｐｋｓアイランドの異種発現
大腸菌およびシュードモナス・プチダにおける組換えを可能にするシャトルベクターｐＭＥ６０３０を、ｐＢＥＬＯＢＡＣ１１ｐｋｓを用いて組換えた。後者のＢＡＣベクターは、新生児髄膜炎の大腸菌分離株ＩＨＥ３０３４の完全なｐｋｓアイランドを含むＤＮＡインサートを有する。ｐＭＥ６０３０とｐＢＥＬＯＢＡＣ１１ｐｋｓの共挿入物をシュードモナス・プチダのＫＴ２２７０株内に形質転換した。この株はポリケチドを発現せず、その完全なゲノム配列は公的に入手可能である。
【０１２８】
ｐＭＥ６０３０：：ｐＢＥＬＯＢＡＣ１１ｐｋｓの共挿入物によるシュードモナス・プチダのＫＴ２２７０株の形質転換において、得られた形質転換体はｃｏｌｉｂａｃｔｉｎ陽性の大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株で得られるものと同様の細胞変性効果を示す。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０１２９】
【特許文献１】米国特許出願公開第２００５１０８０３３号明細書
【特許文献２】米国特許出願公開第２００４１２０９６３号明細書
【特許文献３】独国特許第１０２０９９５８号明細書
【特許文献４】独国特許第１０１２６２８４号明細書
【０１３０】
参考文献
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２０． Ｊ．Ｎ．Ｓａｒｋａｒｉａ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５９， ４３７５（Ｓｅｐ，１９９９）．
２１． Ｅ．Ｐ．Ｒｏｇａｋｏｕ， Ｄ．Ｒ．Ｐｉｌｃｈ， Ａ．Ｈ．Ｏｒｒ， Ｖ．Ｓ．Ｉｖａｎｏｖａ， Ｗ．Ｍ．Ｂｏｎｎｅｒ， Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２７３， ５８５８（Ｍａｒ，１９９８）．
２２． Ｗ．Ｋｒｕｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｇｕｔ ５３， １６１７（Ｎｏｖ，２００４）．
２３． Ｈ．Ａ．Ｍａｌｃｈｏｗ， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２５， ６５３（Ｄｅｃ，１９９７）．
２４． Ｂ．Ｊ．Ｒｅｍｂａｃｋｅｎ， Ａ．Ｍ．Ｓｎｅｌｌｉｎｇ， Ｐ．Ｍ．Ｈａｗｋｅｙ， Ｄ．Ｍ．Ｃｈａｌｍｅｒｓ， Ａ．Ｔ．Ａｘｏｎ， Ｌａｎｃｅｔ ３５４， ６３５（Ａｕｇ ２１，１９９９）．
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【技術分野】
【０００１】
本発明は、細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての特異的ＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法に関するものであり、前記阻害は、これらの増殖細胞が上述のＤＮＡ分子を含む前記細胞に接触したときに得られる。
【背景技術】
【０００２】
ガン治療のために現状で用いられている薬剤は、腫瘍を根絶するためには十分に効果的ではなく、非腫瘍細胞に対する強い毒性を有していることが多い。腫瘍を標的とすることのできる、かつ／または腫瘍細胞の薬剤耐性の問題を回避することのできる新たな薬剤は研究途上である。ガンの中では、結腸ガンの発症率と死亡率が高く、特に欧州と合衆国では５年生存率が低い。
【０００３】
近年の研究は、ガンの治療または予防を目的とした乳酸菌の使用に関係するものである（米国特許出願公開第２００５１０８０３３号明細書および米国特許出願公開第２００４１２０９６３号明細書）。関与する作用のメカニズムは分かっていないが、乳酸菌によって付与される保護は、腸管微生物叢によって発ガン物質の産生が減少すること、および／または、乳酸菌によるこれらの発ガン物質の除去に由来している可能性がある。
【０００４】
抗生物質および抗真菌物質については、感染の原因となっている細菌および真菌の耐性に関する多くの問題のために、現状で用いられている薬剤の効果が低下している。したがって、新たなクラスの薬剤が必要とされている。
【０００５】
現状で利用されている抗炎症薬は非常に効果的であるが、特に長期の利用において毒性の副作用を有しており、このことは、炎症性疾患に罹患している患者にとっての主要な問題となっている。
【０００６】
ＤＳＭ６６０１としても知られるプロバイオティクスＮｉｓｓｌｅ１９１７は、Ａｒｄｅｙｐｈａｒｍ社によってＭｕｔａｆｌｏｒ（登録商標）としてドイツで市販されている大腸菌株である。Ｍｕｔａｆｌｏｒ（登録商標）は、回復期にある潰瘍性大腸炎の治療のためのものである。
【０００７】
独国特許第１０２０９９５８号明細書は、炎症性皮膚疾患およびリウマチ性疾患の治療を目的とした、消炎剤としてのＤＳＭ６６０１株の使用法に関するものである。
【０００８】
独国特許第１０１２６２８４号明細書は、腸管侵入性細菌、または、サルモネラ菌、リステリア菌、赤痢菌、エルシニア菌および侵入性大腸菌のような他の微生物に関連する病気の予防および治療を目的とした、ＤＳＭ６６０１大腸菌株の使用法に関するものである。
【０００９】
国際公開第９９／２６６４２号パンフレットは、獣医学における、病原性真菌が関与する、微生物を原因とする下痢の予防および治療を目的とした薬剤を産生するための、ＤＳＭ６６０１株の使用法に関するものである。
【００１０】
大腸菌は、グラム陰性桿菌による感染の最も一般的な原因である。それは、女性における地域感染型の尿路感染、および入院中の患者の間での院内感染の病因であることが多い（１）。この病原体の多能性は、さまざまな毒性因子の産生から生じる（２）。病原菌は、防御系を乗り越え、生存を確実にするために、宿主細胞の基本的な機能を操る手段を発達させてきた（３）。宿主細胞周期を標的とし、感染した細胞が成長し分裂するか、あるいは死ぬかということに影響を与え得る、新たに特徴付けられている細菌毒性因子（周期モジュリン（ｃｙｃｌｏｍｏｄｕｌｉｎ）と呼ばれる）が増えてきている（４）。これら周期モジュリンは、毒素、エフェクター、ポリケチド、またはポリケチド−ペプチド複合体である可能性がある。
【００１１】
非リボソームペプチドは、アミド窒素のアシル化、グリコシル化、エピマー化、複素環化、またはＮ−メチル化によって修飾されていることの多い直鎖、環状、または分岐ペプチドであり、ＮＲＰＳ（非リボソームペプチド合成酵素）によって産生される。多くの非リボソームペプチドが薬剤として用いられている（たとえば、シクロスポリンＡ、ブレオマイシンなど）。
【００１２】
ポリケチドは、特に細菌中で、ＰＫＳ（ポリケチド合成酵素）酵素によって産生される非常に有用な活性化合物である。ポリケチドは、抗生物質（たとえばエリスロマイシンＡ）、抗真菌物質（アンフォテリンＢ）、抗腫瘍剤（ドキソルビシン）などとして、臨床的に幅広く利用されてきている。
【００１３】
ＮＲＰＳ酵素およびＰＫＳ酵素は両方ともモジュール構造を有しており、各モジュールは機能的な構成要素である。得られる産物は、酵素におけるモジュールの順序と数から推定することができる。
【００１４】
天然のポリケチド−ペプチド複合体はＮＲＰＳ−ＰＫＳ系によって産生される。化学反応によるポリケチドおよびポリケチド−ペプチド複合体の合成は非常に複雑であり、これらの化合物は通常、分子生物学によって産生される。
【００１５】
薬剤としてポリケチド−ペプチド複合体を用いることの利点は、該複合体が通常、タンパク質よりも免疫原性が低いということである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１６】
本発明の主要な目的は、細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての特性を前記細胞に付与する特異的なＤＮＡ分子をゲノム中に含む、天然細胞または形質転換細胞を提供することであり、前記阻害は、これらの増殖細胞が上述のＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られる。
【００１７】
本発明のさらなる目的は、ヒトを含むほ乳類におけるガン性または非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有用な薬学的組成物を提供することである。
【００１８】
本発明のもう一つの目的は、単離されたＤＮＡ分子、前記ＤＮＡ分子を含んだベクター、前記ベクターによって形質転換された宿主細胞、および前記宿主細胞を含む薬学的組成物を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１９】
本発明は、回復期にある潰瘍性大腸炎または慢性的な便秘を治療する薬剤の調製を目的とした、番号６６０１でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株の使用を除く、ゲノム中にＤＮＡ分子を含んだ細胞の使用法に関するものであり、該ＤＮＡ分子は、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
を細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質として含んでおり、該阻害は、これらの増殖細胞が上述したＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られるものである。
【００２０】
「ゲノム中にＤＮＡ分子を含む」という表現は、前記ＤＮＡ分子が染色体またはレプリコン内に組み込まれて細胞内に存在することを意味する。
【００２１】
「レプリコン」は、それ自身の制御下で複製することのできるあらゆる遺伝因子を指す。レプリコンは、たとえば、プラスミド、コスミド、または細菌人工染色体（ＢＡＣ）である。
【００２２】
「細胞変性物質」という表現は、細胞増殖の不可逆的な阻害を誘発する物質を指す。
【００２３】
細胞増殖の阻害は、細胞増殖試験、たとえば、ＤＮＡ合成の際のＢｒｄＵの取り込みに基づく従来のテスト、あるいは、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）、放射線で標識したＤＮＡ前駆体の取り込み、細胞集団の分裂指数のスコアリング、または細胞集団の全質量の増加（成長曲線）もしくはタンパク質合成率の増加のスコアリングによる細胞集団のＤＮＡ含量の分析のような、その他のテストによって評価することができる。
【００２４】
「誘導タンパク質」という表現は、上述した配列のタンパク質に相同的であり、同一の活性を有するタンパク質に関するものである。相同タンパク質は、上述したタンパク質との少なくとも７５％、特徴的には少なくとも９０％、より特徴的には少なくとも９５％の同一性を有する。
【００２５】
上記で定義したヌクレオチド配列はＤＮＡであり、好ましくは二本鎖ＤＮＡである。ＯＲＦ（オープンリーディングフレーム）という用語はタンパク質をコードするヌクレオチド配列を指す。
【００２６】
タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはＤＮＡは、ｍＲＮＡに転写されるヌクレオチド配列であり、ｍＲＮＡはその後、対応するタンパク質に翻訳される。タンパク質のコード配列は開始コドン（メチオニンまたはバリン）および終止コドンを含み得る。
【００２７】
本発明はまた、相同なヌクレオチド配列にも関するものであり、該配列は、上記で説明したヌクレオチド配列と少なくとも７５％の同一性を有し、特徴的には少なくとも９０％、さらに特徴的には少なくとも９５％の同一性を有しており、同一の活性を有するタンパク質をコードしている。
【００２８】
相同なヌクレオチド配列は、特徴的には遺伝コードの縮重によって上記で説明したタンパク質をコードする。
【００２９】
「Ｐ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有するタンパク質」とは、一過的なＤＮＡ−タンパク質の連結を形成することでゲノムＤＮＡ分子への外来ＤＮＡの組み込みを触媒するタンパク質を意味する。このインテグラーゼをコードする遺伝子は細胞変性効果には必要とされない。
【００３０】
「チオエステラーゼ活性を有するタンパク質」とは、エステル結合を触媒するタンパク質を意味する（Ａｒｃｈ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９８ Ｍａｙ；１６９（５）：４０４−１０）。
【００３１】
「βラクタマーゼ活性を有するタンパク質」とは、ベータ・ラクタム化合物の加水分解を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１９９１ Ｊｕｌ ２０；２２０（２）：４３５−５５）。
【００３２】
「ポリケチド合成酵素活性を有するタンパク質」とは、ポリケチドの合成を触媒する調節タンパク質を意味する（Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００４ Ｍａｒ １９；３０３（５６６５）：１８０５−１０）。
【００３３】
「非リボソームペプチド合成酵素活性を有するタンパク質」とは、非リボソームペプチドの合成を触媒する調節タンパク質を意味する（Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００４ Ｍａｒ １９；３０３（５６６５）：１８０５−１０）。
【００３４】
「ＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有するタンパク質」とは、排出トランスポーターとして機能するＭＡＴＥファミリーの膜貫通タンパクを意味する（Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９９ Ｊａｎ；３１（１）：３９４−５）。
【００３５】
Ｂｒｏｗｎら（１９９９，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３１，３９３−３９５）は、トランスポーターの多剤毒性化合物排出（ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ａｎｄ ｔｏｘｉｃ ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｅｘｔｒｕｓｉｏｎ：ＭＡＴＥ）ファミリーと呼ばれる第五のファミリーを定義した。ＭＡＴＥファミリーは、１２の推定膜貫通領域が存在することと、その他の多剤トランスポータースーパーファミリーに特異的な「シグネチャー配列」が存在しないことを特徴としている。ＭＡＴＥタンパク質は、二つのファミリーメンバーである、腸炎ビブリオのＮｏｒＭと、その相同体である大腸菌のＹｄｅＨの遺伝的特徴付けに基づき、プロトン依存性の排出トランスポーターとして機能すると考えられている。大腸菌におけるこれらのタンパク質の発現は、さまざまな抗生物質および抗菌剤に抵抗力を付与するが、該抵抗力は、原形質膜を隔ててのプロトン勾配の維持に依存している。ＭＡＴＥ遺伝子は細菌および植物において豊富であり、シロイヌナズナ遺伝子は少なくとも５４のＭＡＴＥファミリーメンバーを含んでいるが、ほ乳類では発見されていない。ＮｏｒＭおよびＹｄｅＨの他には、これらのタンパク質に関して利用可能な機能的情報は非常に少ない。
【００３６】
「アミダーゼ活性を有するタンパク質」とは、アミドを加水分解するタンパク質を意味する（Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ．１９９１ Ｆｅｂ １６；１０８８（２）：２２５−３３）。
【００３７】
「マロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有するタンパク質」とは、マロニル−ＣｏＡからアシルキャリアータンパク質へのマロニル部分の転移を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９９５ Ｊｕｎ ２；２７０（２２）：１２９６１−４）。
【００３８】
「アシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有するタンパク質」とは、アシル−ＣｏＡチオエステルの脱水素化を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９８９ Ｓｅｐ ２５；２６４（２７）：１６３２１−３１）。
【００３９】
「Ｄ−アラニルキャリアータンパク質活性を有するタンパク質」とは、アラニル基を結合するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９９５ Ｊｕｎ ３０；２７０（２６）：１５５９８−６０６）。
【００４０】
「３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有するタンパク質」とは、ヒドロキシアシル−ＣｏＡ−チオエステルの脱水素化を触媒するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９８９ Ｓｅｐ ２５；２６４（２７）：１６３２１−３１）。
【００４１】
「ＬｕｘＲ様調節因子活性を有するタンパク質」とは、翻訳を活性化させるＬｕｘＲファミリーのタンパク質を意味する（Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１９９４ Ｊａｎ；１７６（２）：２６９−７５）。
【００４２】
「４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有するタンパク質」とは、補酵素Ａから非リボソームペプチド合成酵素およびポリケチド合成酵素のｐｐ結合ドメインへ４’−ホスホパンテテイン部分を転移させるタンパク質を意味する（Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．１９９６ Ｎｏｖ；３（１１）：９２３−３６）。
【００４３】
「トランスポザーゼ活性を有するタンパク質」とは、部位特異的なＤＮＡの組換えに関与するタンパク質を意味する（Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１９８６ Ｆｅｂ；１６５（２）：３４１−７）。
【００４４】
本発明はまた、上記で定義した細胞の使用法にも関するものであり、該使用法は、
−配列番号１４５、１４７もしくは１４９、および随意に配列番号１、ならびに／または配列番号１３９、１４１もしくは１４３、ならびに／または配列番号１５１、１５３もしくは１５５、ならびに／または配列番号１５７、１５９もしくは１６１、ならびに／または配列番号１６３、１６５および１６７が、５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること、
−配列番号５、７もしくは９、配列番号１１、１３、１５もしくは１７、配列番号１９、２１、２３もしくは２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７、配列番号４７、４９、５１もしくは５３、配列番号５５、５７、５９もしくは６１、配列番号６３、６５、６７もしくは６９、配列番号７１、７３、７５もしくは７７、配列番号７９、８１、８３もしくは８５、配列番号８７、８９、９１もしくは９３、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７、および随意に配列番号３、ならびに／または配列番号３９、４１、４３もしくは４５が、先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること
を特徴としている。
【００４５】
「先の鎖に相補的な鎖」という表現は、前記鎖が、ワトソン−クリックの相互作用によって先の鎖のセンスヌクレオチドと水素結合を形成することのできる、相補的なオリゴヌクレオチドであることを意味する。二本鎖ＤＮＡの相補的な鎖は逆平行である。
【００４６】
非対称的な形状のために、ＤＮＡ鎖は識別可能な方向を有している。ＤＮＡ鎖は５’から３’の方向で読まれ、「５’」という用語はＤＮＡ鎖のリン酸末端を指し、「３’」という用語はＤＮＡ鎖の−ＯＨ末端を指す。
【００４７】
ＲＮＡはＲＮＡポリメラーゼによって５’→３’の方向で合成され、該ＲＮＡポリメラーゼはしたがって、３’→５’の方向でＤＮＡ鋳型を読み取る。
【００４８】
一つの実施態様において、本発明は、さらに特徴的には、配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする。
【００４９】
好ましい実施態様では、本発明はさらに特徴的には、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００５０】
もう一つの好ましい実施態様では、本発明は、さらに特徴的には、配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００５１】
本発明はさらに、天然状態においてゲノム中に上記で定義したＤＮＡ分子を含む細胞の、上述した使用法にも関するものである。
【００５２】
「天然状態において」という表現は、前記ＤＮＡ分子を天然では含まず、人為的介入によって前記ＤＮＡで形質転換された細胞とは逆に、前記ＤＮＡ分子が天然で細胞内に存在していることを意味する。
【００５３】
本発明は、より特徴的には、細菌細胞または真菌細胞から選択される上記で定義した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００５４】
本発明は、より特徴的には、
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、上記で定義した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００５５】
本発明はまた、配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含む、６６０１という番号でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株に対応する細胞の、上述の使用法にも関するものである。
【００５６】
本発明はまた、上記で定義したＤＮＡ分子で形質転換されている、前記ＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上述した使用法にも関するものである。
【００５７】
物理的形質転換、特にエレクトロポレーション、または、ポリエチレングリコール処理あるいはリン酸カルシウム沈殿のような化学的形質転換などの、当技術分野でよく知られた方法により、細胞を前記ＤＮＡ分子で形質転換する。
【００５８】
本発明はさらに、細菌細胞または真菌細胞から選択される、上記で定義した前記ＤＮＡ分子で形質転換した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００５９】
より特徴的には、本発明は、
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、上記で定義した前記ＤＮＡ分子で形質転換した細胞の、上述の使用法に関するものである。
【００６０】
本発明は、ガン性または非ガン性の増殖細胞から選択される細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての、上記で定義した細胞の上述の使用法に関するものである。
【００６１】
また、本発明は、ヒトを含むほ乳類における、ガン性または非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６２】
より特徴的には、本発明は、脳、肺、扁平上皮細胞、膀胱、胃、膵臓、胸部、頭部、頸部、腎臓（ｒｅｎａｌ）、腎臓（ｋｉｄｎｅｙ）、卵巣、前立腺、結腸直腸、食道、婦人科系、または甲状腺のガンのようなガンの予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６３】
また本発明は、より特徴的には、良性の皮膚の過形成（乾癬）または前立腺の過形成（良性の前立腺肥大）、腎臓病（増殖性糸球体腎炎および糖尿病が誘発する腎臓病）のような、非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６４】
本発明はまた、より特徴的には、炎症性皮膚疾患および皮膚炎のような炎症性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、上記で定義した細胞の使用法に関するものである。
【００６５】
本発明はまた、単離されたＤＮＡ分子にも関するものであり、該ＤＮＡ分子は、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
からなるか、またはこれらを含んでいる。
【００６６】
もう一つの実施態様によると、本発明は、配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする。
【００６７】
好ましい実施態様によると、本発明は、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００６８】
もう一つの好ましい実施態様では、本発明は、さらに特徴的には、配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の、上記で定義した使用法に関するものであり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする。
【００６９】
本発明はまた、上記で定義したＤＮＡ分子を含む、ファージミド、コスミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、または酵母人工染色体（ＹＡＣ）のような、形質導入可能なクローニングベクターに関するものである。
【００７０】
「ベクター」は、その他の遺伝子配列または遺伝要素を結合し得るレプリコンであり、したがって前記遺伝子配列または遺伝要素はレプリコンと同時に複製される。
【００７１】
プロモーター、エンハンサー、翻訳開始シグナル、ポリアデニル化シグナル、ターミネーターなどのようなさまざまな遺伝子調節制御エレメントをベクターに組み込むことで、宿主細胞におけるＤＮＡ分子の発現を促進することができる。
【００７２】
さらに、本発明は上記で定義したベクターで形質転換した宿主細胞に関するものである。
【００７３】
本発明による宿主細胞は、原核宿主細胞、特に大腸菌のような細菌細胞、または真核細胞を含む。
【００７４】
宿主細胞は、エレクトロポレーション、ポリエチレングリコール処理、リン酸カルシウム沈殿などの、当技術分野において良く知られた形質転換方法によって形質転換される。
【００７５】
本発明は、細菌細胞または真菌細胞から選択される、上記で定義した宿主細胞に関するものである。
【００７６】
本発明は、より特徴的には、
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、上記で定義した宿主細胞に関するものである。
【００７７】
もう一つの実施態様によると、本発明は、上記で定義した宿主細胞を生理学的に受容可能な担体との組み合わせで含んでいる薬学的組成物に関するものである。
【００７８】
また、本発明は、経口投与、局所投与、直腸投与、または膣投与に適した形状をした、上記で定義した薬学的組成物にも関するものである。
【００７９】
本発明の好ましい実施態様によると、細胞は薬学的組成物の中で凍結乾燥され、該薬学的組成物は、好ましくは、経口投与を目的としたカプセルおよび膣投与または直腸投与を目的とした座薬として製剤される。
【００８０】
薬学的組成物は、水、緩衝生理食塩水、エタノール、ポリオール（たとえばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、グリセリンゼラチン、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、オイル、清浄剤、懸濁剤、または適切なこれらの組み合わせのような、許容可能な担体とともに適切に製剤される。
【００８１】
本発明はさらに、上記で定義した薬学的組成物に関するものであり、上記で定義した細胞の投与量が１０６個と１０１１個の細胞の間に含まれ、一日二回、毎日、週二回、毎週、月二回、または毎月投与されることを特徴としている。
【００８２】
細胞の投与量および投与の長さは、所望の効果を実現するために必要な薬学的組成物の最低限のものである。
【００８３】
本発明は、細胞変性物質として振る舞う細胞のスクリーニングを目的としたプローブとしての、上記で定義したＤＮＡ分子またはそれらの断片の使用法に関するものである。
【図面の簡単な説明】
【００８４】
【図１】上皮（ＨｅＬａ）細胞との相互作用の際の、生存している大腸菌によって誘発された形態変化。生存しているＥｘＰＥＣのＩＨＥ３０３４株または研究所内のＤＨ１０Ｂ株を直接ＨｅＬａ細胞に加えた。コントロールはＨｅＬａ細胞に細菌を加えていないものを示す。４時間の共培養の後、細菌を洗浄し、細胞をさらに７２時間にわたってゲンタマイシンとインキュベートした（上パネル）。その他の実験では、相互作用培地で成長したＩＨＥ３０３４の細菌の上澄みを細胞変性活性について検査した（下パネル）。また細菌は、細胞の１ｍｍ上にある０．２μｍの透過性の膜によって分離されたインサート内でも培養し（「インサート」）、または、細菌は細胞に加える前に１００℃で殺した（「熱殺菌」）。ギムザ染色された細胞の顕微鏡写真を同一の倍率で撮影した。バー＝１００μｍ。
【図２】５４ｋｂのｐｋｓアイランドの概略的なマップ。細胞変性効果の消失という結果をもたらすＩＨＥ３０３４株およびＳＰ１５株へのトランスポゾン挿入の位置は、それぞれ黒と灰色のフラッグで示している。遺伝子産物がペプチド−ポリケチド合成および細胞変性効果に関与するＯＲＦは灰色で示している。細胞変性効果に厳密には必要ではないＯＲＦは白で示し、トランスポザーゼおよびインテグラーゼのＯＲＦは黒で示している。ＯＲＦの指定は以下でＯＲＦの記号で示している。予測されるタンパク質機能が示される。ｐｐｔ：ホスホパンテテイン基転移酵素、ｎｒｐｓ−ｐｋｓ：非リボソームペプチド合成酵素−ポリケチド合成酵素、ｐｋｓ：ポリケチド合成酵素、ｈｃｄｈ：ヒドロキシアシルｃｏＡ脱水素酵素、ａｃｐ：アシルキャリアータンパク質、ｄｈｇ：αβ脱水素酵素、ａｔ：アシル転移酵素、ａｍ：アミダーゼ、ｔｅ：チオエステラーゼ。ドメイン予測プログラムＰＦＡＭ、ＰＳＩ／ＰＨＩ−ＢＬＡＳＴ、ＳＥＡＲＣＨ ＮＲＰＳ−ＰＫＳ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｉｉ．ｒｅｓ．ｉｎ／ｓｅａｒｃｈａｌｌ．ｈｔｍｌ）、およびＮＲＰＳ予測装置（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ａｂ．ｉｎｆｏｒｍａｔｉｋ．ｕｎｉ−ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ．ｄｅ／ｔｏｏｌｂｏｘ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ？ｖｉｅｗ＝ｄｏｍａｉｎｐｒｅｄ）を組み合わせて用いることで、ＮＲＰＳとＰＫＳのドメイン構造を分析した。Ａ：アデニル化、ＡＣＰ／ＰＣＰ：ホスホパンテテイン／アシルキャリアー、ＡＴ：アシル転移酵素、Ｃ：縮合、Ｃｙ：環化、ＤＨ：脱水素酵素、ＥＲ：エノイル還元酵素、ＫＲ：ケトアシル還元酵素、ＫＳ：ケトアシル合成酵素、ＯＸ：酸化。
【図３】ＤＮＡ損傷カスケードの活性化と、ｐｋｓアイランド＋大腸菌に曝されたＨｅＬａ細胞における細胞周期の停止。図３Ａ：ＨｅＬａ細胞を二重チミジンブロックによってＧ１／Ｓに同調させ（「同調」）、あるいは、同調させないままとし（「非同調」）、それから細胞を、ｐｋｓＢＡＣを有する研究所のＤＨ１０Ｂ株（ＢＡＣｐｋｓ）または空のベクターを有する研究所のＤＨ１０Ｂ株（ＢＡＣベクター）に４時間にわたって曝した。感染の多重度（ＭＯＩ）はＨｅＬａ細胞あたり１００個の細菌である。細胞周期の進行は、細胞ＤＮＡの染色と、感染後の任意の時間におけるフローサイトメトリーによって観察した。図３Ｂ：Ｇ１／Ｓ同調ＨｅＬａ細胞を前と同様に感染させ、ＤＮＡ損傷経路の主要な構成要素（ｐＡＴＭ、ｐＣＨｋ２、およびｐＣｄｋｌ）の活性化を、感染の４８時間後に、タンパク質のリン酸化された形を認識する抗体を用い、ウェスタンブロッティングによって検査した。ポジティブコントロールとして、ＤＮＡ損傷カスケード応答を活性化することで共に知られるエトポシドおよび精製したＣＤＴで細胞を処理した。未処理の細胞（コントロール）も示している。アクチンはタンパク質ローディングコントロールとして示している。図３Ｃ：Ｇ１／Ｓ同調ＨｅＬａ細胞を前と同様に感染させるかまたはエトポシドで処理し、曝露の４８時間後、Ｃｄｃ２５Ｃの細胞内局在性を間接免疫蛍光法および共焦点顕微鏡法によって観察した。形質転換した細胞においてはＣｄｃ２５の細胞質への隔離が見られた一方で、コントロールにおいてはＣｄｃ２５Ｃが分裂中の細胞の核で見られた（矢印）。図３Ｄ：Ｇ１／Ｓ同調ＨｅＬａ細胞を前と同様に感染させ、４２時間インキュベートし、さらに１．５ｍＭのカフェインで６時間処理したか、またはしなかった。細胞周期の分布を、ヨウ化プロピジウムを用いたフローサイトメトリーによって分析することで、ＤＮＡ含量と、４ｎの集団のＧ２細胞から有糸分裂細胞を判別するための有糸分裂のリンタンパク質（ＭＰＭ−２）に対する抗体とを評価した。有糸分裂細胞のパーセンテージは二変量解析で示している。
【図４】ｐｋｓアイランド＋大腸菌への曝露が宿主ＤＮＡの二本鎖の切断を誘発した。図４Ａ：ＨｅＬａ細胞を、ＢＡＣｐｋｓまたは空ベクター（ＢＡＣベクター）を有するＤＨ１０Ｂ（ＭＯＩ＝１００）に曝し、感染の４時間後、リン酸化Ｈ２ＡＸ（γＨ２ＡＸ）およびＤＮＡに関して間接免疫蛍光法によって検査した。図４Ｂ：ＨｅＬａ細胞を所与の量（ＭＯＩ２０、１００、および５００）の細菌で感染させ、４時間後にγＨ２ＡＸを免疫染色し、フローサイトメトリーによって定量した。図４Ｃ：ＨｅＬａ細胞を図４Ａにあるように感染させるか、またはエトポシドで処理し、そして、アガロース内へ埋め込み、溶解し、破壊されたＤＮＡの核からの移動を可能にする中性条件の電界にかけた（中性コメットアッセイ）。ＤＮＡを染色し、蛍光顕微鏡によって検査した。図４Ｄ：ＨｅＬａ細胞を図４Ｂにあるように感染させるか、またはエトポシドでよって処理し、コメットアッセイを行い、コメットテイルのモーメントの平均を測定した。ＭＯＩ＝２０のＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝されたＨｅＬａ細胞の単層が細胞の５０％未満を形質転換したのに対し、ＭＯＩ＝１００および５００では細胞の１００％が形質転換した（データは図示せず）。
【図５】完全なｐｋｓアイランドを有するＢＡＣ（ＢＡＣｐｋｓ）を有する研究所のＤＨ１０Ｂ株によるＨｅＬａ細胞の一過的な感染では、３日のうちに細胞体と核が肥大した一方で、細胞は分裂しなかった。完全なｐｋｓアイランドを有するＢＡＣにおけるｐｐｔ遺伝子の定方向突然変異（ｐｐｔ突然変異体）は細胞変性活性を無効にした。感染していないＨｅＬａ細胞（コントロール）、空ベクター（ＢＡＣベクター）を有する研究所のＤＨ１０Ｂ株によって感染したＨｅＬａ細胞、および生きているＥｘＰＥＣのＩＨＥ３０３４株によって感染したＨｅＬａ細胞も示している。
【図６】腸内細菌科におけるｐｋｓアイランドの分布の分析。図６Ａ：参考株の大腸菌株収集物（ＥＣＯＲ）におけるｐｋｓアイランドの検出。ｐｋｓアイランド陽性株は灰色で影をつけた。図６Ｂ：ｃｏｌｉＢＡＳＥデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｃｏｌｉｂａｓｅ．ｂｈａｍ．ａｃ．ｕｋ／）に含まれる大腸菌、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｐｐ．）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、およびエルシニア菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｓｐｐ．）の完全なゲノム配列においてｐｋｓアイランド（またはそのオルソログ）が生じる頻度の概略図。各ＯＲＦは、スケールバーで示すように（ｃｏｌｉＢＡＳＥゲノムブラウザ）、遺伝子のオルソログを含む比較に含まれる大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ ｓｐｐ．）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌａ ｓｐｐ．）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、およびエルシニア菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｓｐｐ．）のゲノムのパーセンテージに応じて色分けしている。ｐｋｓアイランドの染色体の位置を示している。
【図７】インビトロの成長条件下におけるｐｋｓアイランドの選択された遺伝子の転写をＲＴ−ＰＣＲで分析した。ｃｌｂＡ（ホスホパンテテイン基転移酵素、ＯＲＦ２０）、ｃｌｂＢ（ポリケチド合成酵素、ＯＲＦ１８）、ｃｌｂＣ（ポリケチド合成酵素、ＯＲＦ１７）、およびｃｌｂＤ（３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ脱水素酵素、ＯＲＦ１６）の転写レベルを半定量ＲＴ−ＰＣＲで分析した。ＨｅＬａ細胞の存在下（＋共培養）または不存在下（−共培養）でインビトロで成長した細菌細胞からＲＮＡを抽出した。ＲＴ−ＰＣＲ分析用に指示されているように、単離したＲＮＡの連続希釈を用いることで、さまざまな成長条件間での転写レベルを比較した。
【図８】上皮細胞におけるｃｏｌｉｂａｃｔｉｎによるＧ２チェックポイントの活性化モデル。Ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎは、ｐｋｓアイランドを有する大腸菌株に曝された真核宿主細胞では、直接的または間接的にＤＮＡ二本鎖の切断（ＤＳＢ）を引き起こした。この損傷はＡＴＭ−Ｃｈｋ２シグナル伝達経路を活性化し、Ｃｄｃ２５Ｃの細胞質への隔離およびＣｄｋ１の脱リン酸化の欠如をもたらし、場合によってはＧ２のブロックという結果になる。関与するリン酸化はアステリスクで示している。
【図９】大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株（「ＷＴ」）またはＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株（「ＭＴ」）を接種したラットの体重。
【図１０】大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株（「ＷＴ」）またはＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株（「ＭＴ」）を接種したラットの排泄物における攻撃株の存在（細菌数、選択培地におけるコロニー形成単位）。
【図１１】大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株（「ＷＴ」）またはＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株（「ＭＴ」）を接種したラットの結腸におけるＤＭＨ誘導の４５日目の異常腺窩巣（ＡＣＦ）の数。＊有意差（フィッシャーの最小有意差検定、ｐ＜０．０２）
【実施例１】
【００８５】
Ｉ）発現産物が細胞に対する細胞変性効果を有する遺伝子クラスターの同定
実験方法
細菌株およびプラスミド
この研究に用いた原型の大腸菌株を表１に列挙する。７２の大腸菌の参考株からなる集合を、さまざまな宿主およびさまざまな地理的位置から単離した（ＥＣＯＲ株収集物、Ｈ．Ｏｃｈｍａｎ，Ｒ．Ｋ．Ｓｅｌａｎｄｅｒ，Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ １５７，６９０（Ｆｅｂ．１９８４））。５５の腸病原性大腸菌の分離株、９７の腸外病原性大腸菌の分離株、および３２の排泄物の株の収集物は、Ｉｎｓｔｉｔｕｔ ｆｕｒ Ｍｏｌｅｋｕｌａｒｅ Ｉｎｆｅｋｔｉｏｎｓｂｉｏｌｏｇｉｅの株収集物に属しており、該収集物は、病原性大腸菌または非病原性大腸菌における病原性アイランドの分布を研究するために既に用いられている（Ｕ．Ｄｏｂｒｉｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ７０，６３６５（Ｎｏｖ，２００２）、Ｇ．Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ７２，５９９３（Ｏｃｔ，２００４））。
【００８６】
【表１】
【００８７】
ＤＮＡシーケンシングおよび配列分析
ＨｉｎｄＩＩＩで部分的に消化しサイズ分離した、大腸菌ＩＨＥ３０３４のゲノムＤＮＡを、以前に説明されているように（Ｃ．Ｂｕｃｈｒｉｅｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ６７，４８５１（Ｓｅｐ，１９９９））ｐＢｅｌｏＢＡＣ１１ベクター内にクローニングしてＢＡＣ（細菌人工染色体）ライブラリーを調製した。ＮｏｔＩによって消化した、ランダムにピックアップしたＢＡＣプラスミドの代表的なサンプルをＰＦＧＥ分析して判断したところ、インサートのサイズ分布は７０から１５０ｋｂの範囲であり、平均サイズは１００ｋｂであった。このライブラリーをＰＣＲでスクリーニングした。大腸菌ＩＨＥ３０３４株のｐｋｓアイランド全体と隣接領域をカバーするＢＡＣクローン１１／２を以下のようにシーケンシングした。小さなインサートライブラリー（２〜２．５ｋｂ）をコスミドＤＮＡの機械的な剪断によって作成した（Ｐ．Ｊ．Ｏｅｆｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２４，３８７９（Ｏｃｔ １５，１９９６））。Ｔ４ポリメラーゼによる末端修復の後、断片をｐＴＺ１９Ｒベクターにライゲーションした。その結果得られたプラスミドを、ＡＢＩ−３７７自動ＤＮＡシーケンサー（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で両方の末端からシーケンシングした。アセンブリの後、残っているギャップを、プラスミドのクローン上でのプライマーウォーキング法によって埋めた。ＳＴＡＤＥＮソフトウェアパッケージに実装されているＰｈｒａｐソフトウェアを用いて配列データを集約し、編集した（Ｒ．Ｓｔａｄｅｎ，Ｋ．Ｆ．Ｂｅａｌ，Ｊ．Ｋ．Ｂｏｎｆｉｅｌｄ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １３２，１１５（２０００））。完全なｐｋｓアイランドのヌクレオチド配列をＥＭＢＬデータベースに供した。相同性の調査を、国立バイオテクノロジー情報センターのＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ、およびＰＨＩ−ＢＬＡＳＴプログラムを用いて実施した（Ｓ．Ｆ．Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２５，３３８９（Ｓｅｐ １，１９９７））。
【００８８】
クローニング方法および突然変異誘発方法
ＥＺ：：ＴＮ Ｋａｎ−２キット（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）を用いて、ＥｘＰＥＣのＩＨＥ３０３４株およびＳＰ１５株のトランスポゾン突然変異体ライブラリーを作製した。選択した突然変異体の挿入位置は、ＡＰ−ＰＣＲ、およびＰＣＲ産物のシーケンシングによって決定した。
標的遺伝子における突然変異株を、λＲｅｄ組換えを用いて操作した（Ｋ．Ａ．Ｄａｔｓｅｎｋｏ，Ｂ．Ｌ．Ｗａｎｎｅｒ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９７，６６４０（Ｊｕｎ ６，２０００））。突然変異誘発のプライマーは表２に記載している。フランキングプライマーを用いたＰＣＲによって突然変異誘発の成功を確認した。これらのプライマーは表３に記載している。
ＩＨＥ３０３４株におけるＰＡＩの欠失を、λｒｅｄ組換えを介してアイランドの上流および下流に挿入されたＦＲＴ部位に対するＦｌｐリコンビナーゼの作用によって得た。第一のＦＲＴ部位は、ＰＫＳ１＿ｎｅｗとＰＫＳ１．１＿ｎｏＦＲＴ＿ｐＫＤ３のプライマー対を用いてｐＫＤ３から増幅されたＰＣＲ産物を用いてＯＲＦ１の上流に染色体レベルで挿入した。第二のＦＲＴ部位は、ＰＫＳ２＿ｎｅｗおよびＰＫＳ２．１＿ｎｏＦＲＴ＿ｐＫＤ４のプライマーを用いてｐＫＤ３から増幅されたＰＣＲ産物を用いてＯＲＦ２２の下流に染色体レベルで挿入した。欠失の成功は、サザンブロット分析およびフランキングプライマーｐｋｓ−ｉｓｌａｎｄｌｅｆｔ．１／２、ｐｋｓ−ｉｓｌａｎｄｒｉｇｈｔ．１／２、ＯＲＦ９−１０．１／２を用いたＰＣＲによって確認した（表４）。
【００８９】
【表２】
【００９０】
【表３】
【００９１】
【表４】
【００９２】
突然変異体の相補性のための遺伝子クローニングは、ｈｉｇｈ ｆｉｄｅｌｉｔｙ ＰＣＲ増幅（ＤｅｅｐＶｅｎｔ、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）と、ｐＣＲ−Ｓｃｒｉｐｔ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）またはｐＣＲ−Ｂｌｕｎｔ ＩＩ−ＴＯＰＯ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）へのクローニングによって行った。必要であれば、遺伝子を適切なベクター（ｐＡＳＫ７５、ｐＢＲＳＫ）へサブクローニングした。
【００９３】
さまざまな大腸菌分離株におけるｐｋｓアイランドの検出。
ＥＣＯＲおよびＩＭＩＢ株収集物の株におけるｐｋｓアイランドの存在を、表５にまとめたプライマー対を用いたＰＣＲによって分析した。
【００９４】
【表５】
【００９５】
転写レベルの分析
転写レベルは限界希釈ＲＴ−ＰＣＲ法を用いて判定した。感染のさまざまな時点において標準的な方法を用いて細菌ＲＮＡを単離した。４μｇのＲＮＡ（ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）から逆転写したｃＤＮＡの連続希釈物（１〜１２８×１０−２）に対してＰＣＲを実施した。転写レベルを、相互作用培地のみ（ＤＭＥＭ、５％ＦＣＳ、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ）において同一の条件の下で成長した細菌の転写レベルと比較した。プライマー配列は表６にまとめている。
【００９６】
【表６】
【００９７】
細胞の培養、処理、および感染
ＨｅＬａ細胞、ＣＨＯ細胞、Ａ３７５細胞、およびＣａｃｏ−２細胞を、１０％ウシ胎児血清（ＦＣＳ）と５０μｇ／ｍｌのゲンタマイシンを添加したダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ）における連続継代によって維持した。Ｇ１／ＳにおけるＨｅＬａ細胞の同調を、ダブルチミジンブロックによって得た（２ｍＭのチミジンにおける１９時間のインキュベーションの後、チミジンなしで９時間のインキュベーションを行い、さらに２ｍＭのチミジンと１６時間のインキュベーションを行った）。エトポシドを４０μＭで４時間加えることで、コントロール細胞におけるＤＮＡ二本鎖の切断を誘発した。ＡＴＭ／ＡＴＲを阻害するために、カフェイン処理を１．５ｍＭで８時間行った。細菌感染のためには、大腸菌の一晩のＬＢ培養物を相互作用培地（ＤＭＥＭ、５％ＦＣＳ、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ）で希釈し、細胞培養物（〜５０％のコンフルエンス）を、感染多重度１００で、あるいはテキストで指示されているように感染させた。細胞は接種の４時間後に３〜６回洗浄し、分析まで、１０％ＦＣＳ、２００μｇ／ｍｌのゲンタマイシンを含むＤＭＥＭ中でインキュベートした。インサートの検査のために、細菌を０．２μｍのＡｎｏｐｏｒｅメンブレンＳｔｒｉｐ Ｉｎｓｅｒｔ（Ｎｕｎｃ）を用いて細胞から分離した。
【００９８】
免疫蛍光顕微鏡検査法
形態の通常の視覚化のためにギムザ染色を用いた。細胞骨格の検査のために、４％のホルムアルデヒドを含むＰＢＳで細胞を固定し、０．１％のトリトンを含むＰＢＳで透過処理し、３％のＢＳＡを含むＰＢＳで飽和させ、そしてローダミン−ファロイジン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）によってＦ−アクチンを標識し、微小管をラットの抗αチューブリン（Ｓｅｒａ−ｌａｂ）で、続いてＦＩＴＣ共役型のウサギ抗ラット抗体（Ｖｅｃｔｏｒ）で染色し、そしてＤＮＡをＤＡＰＩ（ＶｅｃｔａＳｈｉｅｌｄ、Ｖｅｃｔｏｒ）で標識した。Ｈ２ＡＸのリン酸化を明らかにするために、細胞を９５％のメタノールと５％の酢酸で固定し、マウスのモノクローナル抗ホスホＨ２ＡＸ抗体（Ｕｐｓｔａｔｅ）で、続いてヤギ抗マウスＦＩＴＣ抗体（Ｚｙｍｅｄ）で飽和、染色した。画像は、ＤＦＣ３００ＦＸデジタルカメラを備えたＬｅｉｃａ ＤＭＲＢ蛍光顕微鏡を用いて得た。Ｃｄｃ２５Ｃの細胞内局在性に関しては、細胞を３．７％のホルムアルデヒドを含むＰＢＳにおいて、４℃で３０分間固定し、０．２５％のトリトン−Ｘ１００を含むＰＢＳによって５分間、かつ１００％の冷たいメタノールにおけるインキュベートによって−２０℃で１０分間透過処理し、抗Ｃｄｃ２５Ｃ抗体（Ｃ２０、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ）で、続いてＦＩＴＣ共役型の二次抗体（Ｚｙｍｅｄ）で飽和、染色した。画像は、Ｏｌｙｍｐｕｓ ＩＸ７０共焦点顕微鏡およびＦｌｕｏｖｉｅｗソフトウェアＦＶ５００を用いて得たのだが、共焦点の絞りは〜０．６μｍのａｚの光学的厚みを達成するようにセットした。
【００９９】
ウェスタンブロット分析
ＨｅＬａ細胞を回収し、４〜８×１０５個の細胞を１００μｌの１×Ｌａｅｍｌｉローディングバッファーに懸濁させ、５秒間超音波処理することでＤＮＡを切断し、そして５分間１００℃で加熱した。タンパク質を４〜１２％または３〜８％のＮｕＰａｇｅ勾配ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で分離し、ニトロセルロース膜に移し、１０％のミルク緩衝液で飽和させ、抗ホスホＡＴＭ、抗ホスホＣｈｋ２（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、抗アクチン（ＩＣＮ）で、続いてＨＲＰ共役型の二次抗体および化学発光オートラジオグラフィー（Ｌｕｍｉｇｌｏ、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を用いて精査した。タンパク質ローディングは抗アクチンウェスタンブロットを用いて標準化した。
【０１００】
細胞周期およびフローサイトメトリー分析
細胞はトリプシン処理によって回収した。有糸分裂のＭＰＭ−２抗原の染色のために、細胞を、９０％のメタノールを含むＰＢＳにおいて−２０℃で１時間インキュベートし、１％のＢＳＡを含むＰＢＳで飽和させ、そして抗ＭＰＭ−２抗体（Ｕｐｓｔａｔｅ）で、続いてＦＩＴＣ共役型の二次抗体（Ｚｙｍｅｄ）で染色した。リン酸化したＨ２ＡＸの染色のために、細胞を３．７％のホルムアルデヒドを含むＰＢＳにおいて３７℃で１０分間固定し、９０％の氷程度に冷たいメタノールにおいて３０分間透過処理し、抗ホスホＨ２ＡＸ（Ｕｐｓｔａｔｅ）で、続いてＦＩＴＣ共役型の二次抗体（Ｚｙｍｅｄ）で飽和、染色した。細胞は、場合によっては１０μｇ／ｍｌのヨウ化プロピジウム、１ｍｇ／ｍｌのＲＮＡｓｅを含むＰＢＳに懸濁させ、最も少ない１０４個の細胞におけるＤＮＡ／抗原含量をＦＡＣＳｃａｌｉｂｕｒフローサイトメーター（Ｂｅｃｋｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）によって分析した。
【０１０１】
コメットアッセイ
細胞をトリプシン処理によって回収し、アガロースに埋め込み、Ｔｒｅｖｉｇｅｎ ＣｏｍｅｔＡｓｓａｙキットを用いて単細胞ゲル電気泳動（コメット）アッセイを行った。電気泳動の条件は、ＴＢＥ（中性）緩衝液において２Ｖ／ｃｍで４分間であった。コメット画像は、Ｌｅｉｃａ ＤＭＲＢ蛍光顕微鏡を用いて得、コメットテイルのモーメントはＳｃｉｏｎ Ｉｍａｇｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ４．０．３，ｐｌｕｇｉｎ ＳｃｉｏｎＣｏｍｅｔ１．３）によって定量した。
【０１０２】
結果
この研究では、本発明者は、大腸菌株には培養された真核細胞においてメガロサイトーシス（ｍｅｇａｌｏｃｙｔｏｓｉｓ）の表現型を誘発するものがあることを観察したが、該表現型は、細胞体および核の肥大化と有糸分裂の欠如とを特徴としており（図１）、これは細胞増殖の不可逆的な阻害の指標である。この細胞変性効果は培養されたさまざまなほ乳類細胞（ＨｅＬａ、Ｃａｃｏ−２、ＣＨＯ、Ａ３７５）の一過性の感染において観察された。この効果は、新生児髄膜炎（たとえばＩＨＥ３０３４およびＳＰ１５）、尿路感染（たとえばＪ９６およびＣＦＴ０７３）から単離された原型のヒト病原性大腸菌株によって誘発され、また、片利共生株によっても同様に誘発されたが、研究所のＫ−１２株、腸管病原性大腸菌（Ｅ２３４８／６９）、または腸管出血性大腸菌（ＥＤＬ９３３、Ｓａｋａｉ）によっては誘発されなかった。細胞変性活性は接触依存性であり、細菌が０．２μｍの透過性の膜によってＨｅＬａ細胞から隔てられているときには観察されなかった（図１）。さらに、熱殺菌された細菌、細菌培養の上澄み、外膜小胞画分、外膜画分、および全細胞溶解物は細胞毒性ではなかった（図１）。この効果は、細胞膨化致死毒素（５）、周期阻害因子（６）、細胞壊死因子（７）のような、宿主の細胞周期を変えることが知られている毒素の産生、あるいは、α溶血素（８）の産生によっては説明できず、また、これらの毒素遺伝子のない株または操作された突然変異株はＨｅＬａ細胞に対して細胞変性作用を有したままであった。
【０１０３】
この表現型に関与する細菌遺伝子を同定するために、本発明者は、培養した真核細胞においてメガロサイトーシスの表現型を誘発する二つの大腸菌株（ＩＨＥ３０３４およびＳＰ１５）において、トランスポゾン突然変異体を生成した。細胞変性効果の誘発の消失について、５０００の突然変異体をスクリーニングした。両方の株にあるネガティブ突然変異体は、５４ｋｂの染色体領域にクラスター化するトランスポゾンを有していた（図２）。この領域はゲノムアイランド（ＧＥＩ）の典型的な特徴を示し、該領域を、大腸菌における、移動性の外来ＤＮＡエレメントにとっての頻度の高い組み込みホットスポットであるａｓｎＷのｔＲＮＡ遺伝子座に挿入した（２）。このゲノムアイランドは５３．１％のＧ＋Ｃ含量を示し、１６ｂｐの重複配列に隣接され、そしてＰ４様インテグラーゼ遺伝子を染色体の挿入部位の下流に有する。このゲノムアイランドを新生児髄膜炎株ＩＨＥ３０３４（登録番号ＡＭ２２９６７８）および尿路病原性株５３６（登録番号ＣＰ００２４７）においてシーケンシングした。ＳＰ１５株（９）と片利共生株Ｎｉｓｓｌｅ１９１７（１０）の対応する染色体領域についてのサンプルのシーケンシングによって、これらの株において同様に同一のＧＥＩが存在することが確認された。得られたＤＮＡ配列を、エラーを修正するための選択された領域の再シーケンシングの後に完全な対応を示す、ＣＦＴ０７３株（１１）の公開されている配列と比較した。メガロサイトーシスの表現型の誘発に対するこのゲノムアイランドの関与を確認するために、ＩＨＥ３０３４株においてアイランド全体を欠失させ、非細胞変性性の突然変異体となるようにした。さらに、ＩＨＥ３０３４株のゲノムＢＡＣライブラリーをスクリーニングし、完全なゲノムアイランドを有する二つのＢＡＣクローン、ＢＡＣ１１（インサート〜６７ｋｂ）およびＢＡＣ１８（インサート〜７６ｋｂ）を同定した。ＢＡＣ１１またはＢＡＣ１８を有する研究所の大腸菌ＤＨ１０Ｂ株は、親株であるＩＨＥ３０３４と同様、一過的に感染させた細胞においてはメガロサイトーシスと増殖の停止とを引き起こしたのに対し、空のＢＡＣベクターを有するＤＨ１０Ｂはいかなる細胞変性効果も誘発しなかった（図５）。
【０１０４】
大腸菌種におけるこのゲノムアイランドの分布をテストするために、本発明者は、５５の腸内病原性大腸菌株（腸管侵入性、腸管病原性、腸管出血性、腸管毒素原性、および腸管凝集性の大腸菌）、９７の腸管外病原性大腸菌株（ＥｘＰＥＣ）、および健康な個体の排泄物から単離した３２の株を含む、１９０の大腸菌分離株の調査を行った。ＰＣＲスクリーニングにより、このゲノムアイランドが腸内病原性大腸菌株には存在しないが、ＥｘＰＥＣ分離株と排泄物の分離株にはそれぞれ５３％と３４％存在することが示された。さらに、大腸菌の六つの主要な系統群（Ａ、Ｂ１、Ｃ、Ｅ、Ｄ、およびＢ２）の株を含む完全なＥＣＯＲ収集物のＰＣＲスクリーニングは、このゲノムアイランドがＢ２群に限定され、Ｂ２群においては幅広く分布することを示した（図６Ａ）。この系統群は、片利共生株（１２）と腸管外病原性株（１３）を含んでいる。さらに、Ｂ２系統群のＥｘＰＥＣ株についてのこのゲノムアイランドの特異性は、遺伝子が大腸菌のさまざまな病原型とその他の腸内細菌科におけるオルソログの存在に応じて色分けされる、大腸菌ＣＦＴ０７３の環状ゲノムの図表示でも示された（図６Ｂ）。このゲノムアイランドとＢ２系統群の株との密接な関係は、該関係がこの群のメンバーによって得られることと、したがって安定して遺伝継承されることを示している。
【０１０５】
このゲノムアイランド上でコードされるＯＲＦの推定される酵素機能を同定した（図２および表７）。このゲノムアイランドは、以下ではｐｋｓアイランドと呼ぶが、非タンパク質性の、ペプチド−ポリケチド複合体化合物に対する合成機構をコードする。この機構は、３つの非リボソームペプチド巨大合成酵素（ｍｅｇａｓｙｎｔｈａｓｅ）（ＮＲＰＳ）、３つのポリケチチド巨大合成酵素（ＰＫＳ）、および２つの複合ＮＲＰＳ／ＰＫＳ巨大合成酵素で構成される。ＮＲＰＳおよびＰＫＳは幅広く多くの機能を有する酵素であり、該酵素は、幅広い構造的活性および生物学的活性を有する非常に多様なペプチドとポリケチドを産生する細菌および菌類で見られる（１４、１５）。これらの分子は薬学および農産業によって広く用いられており、そこには、抗生物質（たとえばエリスロマイシン）、免疫抑制剤（たとえばシクロスポリン、ラパマイシン）、抗寄生虫剤（たとえばアベルメクチン）、および抗腫瘍剤（たとえばドキソルビシン、エポチロン、ブレオマイシン）が含まれる。また、ホスホパンテテイン基転移酵素（ＮＲＰＳ−ＰＫＳ酵素の翻訳後活性化に必要とされる）、チオエステラーゼ（終結酵素として作用する）、および７種の推定されるアクセサリー酵素、テイラー酵素、編集酵素の遺伝子も該遺伝子座にコードされている（表７）。大腸菌におけるこれらＰＫＳおよびＮＲＰＳの機能を知るために、それらのドメイン構造をコンピュータ内で分析し（図２）、典型的ではあるが複雑なモジュール構造を明らかにした。注目すべきは、ＣｌｂＫにおけるチアゾール形成ＮＲＰＳモジュールである（複素環化、システイン特異的アデニル化、酸化、およびペプチジルキャリアドメインで構成される）。チアゾール環は、臨床的に重要な多くの天然産物に共通の特徴的なファーマコフォアであり、たとえばペプチド−ポリケチドブレオマイシンの場合にＤＮＡを挿入するなど（１６）、重要な機能的エレメントである。
【０１０６】
本発明者は、ＢＡＣ１８を有するＤＨ１０Ｂ（ｐＢＡＣｐｋｓ）におけるｐｋｓアイランド遺伝子のシステマチックな突然変異生成を実施した。さまざまなＰＫＳおよびＮＲＰＳ、ＰＰＴａｓｅ、チオエステラーゼ、ならびに推定されるアクセサリー酵素およびテイラー酵素をコードする９つの遺伝子のうち８つが、接触依存性の細胞変性効果を誘発するために必要とされることが分かった。ＭＡＴＥファミリー（１７）の推定上の排出ポンプをコードする遺伝子の突然変異のみ、細胞変性活性を変えることがなかったのだが、これはおそらく、染色体上のどこかにコードされているその他の排出ポンプがこの突然変異を保護している可能性があることによる（図２、表７）。ＲＴ−ＰＣＲ実験は、遺伝子がインビトロ条件下で、また宿主細胞との接触中に転写されることを示した（図７）。これらの遺伝子分析は全体で、大腸菌のｐｋｓアイランドが、大腸菌Ｋ−１２の遺伝的背景において、本発明者が「Ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎ」という名称を提案している細胞毒性のポリケチド−ペプチド複合体化合物の生合成および送達に必要かつ十分であることを示している。
【０１０７】
【表７】
【０１０８】
ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎの作用様態を特徴付けるための過程において、本発明者は、細胞変性性の大腸菌株に一過的に曝した真核細胞の細胞周期を検査した。フローサイトメトリー分析は、大きな細胞の核が４ｎのＤＮＡ含量を有することを示した（図３Ａ）。この所見は、感染した細胞の培養物において有糸分裂がないことと併せて（図１）、形質転換された細胞がＧ２／Ｍ移行時にブロックされることを示している。細胞がＧ１／Ｓ移行時で同調されその後細菌に曝される経時変化の実験では、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞がＤＮＡ合成（Ｓ）期に４８時間もかかり、場合によってはＧ２／Ｍに滞留したのに対し、コントロールの細胞はＳ期を１２時間未満で抜け、通常の細胞周期を続けたことを示した（図３Ａ）。これらの所見によって、本発明者は、ＤＮＡの損傷に応答して細胞周期を停止させるチェックポイントが活性化されているかどうか実験することとした（１８）。興味深いことに、ＤＮＡ損傷応答における中心的なタンパク質であるＡＴＭは（１９）、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞では活性化されたが（Ｓｅｒ１９８１でリン酸化された）、ＤＨ１０Ｂベクターに曝された細胞では活性化されなかった（図３Ｂ）。ウェスタンブロット分析は、ＡＴＭのリン酸化がＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓへ曝した４時間後という早さで検出され得ることを示した（図示せず）。ＡＴＭのシグナル伝達物質Ｃｈｋ２も活性化され、そのリン酸化された形が検出された（図３Ｂ）。Ｃｈｋ２はＣｄｃ２５タンパク質をリン酸化することが知られており、１４−３−３タンパク質による細胞質保留により不活性化されるという結果になった。実際、本発明者は、Ｃｄｃ２５Ｃが、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞の核からは除去されるのに対し、分裂するコントロール細胞は核のＣｄｃ２５Ｃを有していることを観察した（図３Ｃ）。Ｃｄｃ２５ホスファターゼの核移行は、鍵となる有糸分裂誘導因子Ｃｄｋ１の脱リン酸化を活性化するために必要である。核のＣｄｃ２５Ｃの排除と一致して、本発明者は、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞において、Ｇ２／Ｍブロックの説明となる、高いレベルのＣｄｋ１の不活性のリン酸化（Ｔｙｒ−１５）形態を観察した（図３Ｂ）。ＤＮＡ損傷のカスケードがｃｏｌｉｂａｃｔｉｎによって活性化されるさらなる証拠は、ＡＴＭを阻害することで得られた。ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝されたＨｅＬａ細胞を、ＡＴＭ／ＡＴＲ阻害剤であるカフェイン（２０）を用いて処理した。４ｎの集団における有糸分裂リンタンパク質（ＭＰＭ−２）陽性細胞の増加によって証明されるように、多くの細胞がＭ期に再び入ったため、Ｇ２ブロックはカフェイン処理によって軽減された（図３Ｄ）。これらの結果は全体として、ＡＴＭの活性化によって開始されるＤＮＡ損傷シグナルカスケードが、ｐｋｓアイランドを有する大腸菌に曝すことによって十分に活性化されることを示している。
【０１０９】
ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎがＤＮＡ損傷を生じさせるかどうかをさらに調べるために、本発明者はヒストンＨ２ＡＸのリン酸化を観察した。リン酸化したＨ２ＡＸ（γＨ２ＡＸ）の発生は、ＤＮＡ損傷物質に曝された後に細胞内で生じるＤＮＡ二本鎖切断の数の、感受性がある定量的なマーカーである（２１）。ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓによるＨｅＬａ細胞の一過的な感染により、４時間以内に強いγＨ２ＡＸの核シグナルが得られたが、ＤＨ１０Ｂベクターでは得られなかった（図４Ａ）。ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに感染した細胞集団のγＨ２ＡＸシグナルは、用量依存性の応答にしたがって増加し、１００％の細胞を形質転換するために十分な細菌感染量で飽和に達した（図４Ｂ）。同様の結果が感染したＣＨＯ細胞とＣａｃｏ−２細胞でも得られた。感染細胞におけるＤＮＡ鎖の切断の発生をさらにテストするため、本発明者は、中性の単細胞ゲル電気泳動（コメット）アッセイを行った。細菌に曝した４時間後、ＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓに曝された細胞ではＤＮＡの損傷を検出することができたが、ＤＨ１０Ｂベクターでは検出されなかった（図４Ｃ）。コメットテイルのモーメントは、感染させるＤＨ１０Ｂ ｐＢＡＣｐｋｓの細菌数とともに増加し（図４Ｄ）、このことは、ＤＮＡ二本鎖切断の量が増加したことを示した。本発明者は、ｐｋｓアイランド＋大腸菌へ曝すことによって宿主のＤＮＡ二本鎖の切断が誘発され、ＤＮＡ損傷経路の応答が活性化され、Ｇ２での宿主細胞周期の停止に至るという結論を得た（図８）。
【０１１０】
結論としては、単一のゲノムアイランドを有している大腸菌株は病原性分離株および片利共生分離株の両方に広く分布しており、上皮細胞との一過的な接触によるＤＮＡ二本鎖の切断を誘発する。このゲノムアイランドは大腸菌の片利共生株であるＮｉｓｓｌｅ１９１７に存在し、前記株は、マウスおよびヒトにおける優れたコロニー形成因子であり、潰瘍性大腸炎などの腸疾患に対するプロバイオティックな治療として広く使用されている（２２）（２３）（２４）。これらの細菌は腸ガンの発生の素因を構成するか、または、ガンの新規な治療法の創出に役立つものである（２７）。
【実施例２】
【０１１１】
ＩＩ）結腸直腸ガンを予防または抑制するための使用に対する、大腸菌が有するｐｋｓアイランドの評価
ｐｋｓアイランドが陽性の大腸菌株および同系のｐｋｓアイランドが突然変異した株をラットに投与し、化学的に誘発した結腸ガンモデルにおいて比較した。この結腸での発ガンの齧歯類のモデルは広く使われており、ヒトにおける予防の有効性をうまく予測するものである（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，２００５，４１：１９１１）。
【０１１２】
方法
用いた攻撃用の株は大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７（ｐｋｓアイランド陽性）と、ｐｋｓアイランドを記載の通りに削除した（Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００６，３１３：８４８）Ｎｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓである。５００マイクログラム／ｍｌのストレプトマイシンを添加した寒天培地に置くことにより、自然発生的なストレプトマイシン耐性について両方の株を選別した。
【０１１３】
動物の飼育は、実験研究で用いられる動物に対する欧州理事会のガイドラインにしたがった。２０頭の雌のフィッシャー３４４ラットをＩｆｆａ Ｃｒｅｄｏ（リヨン、フランス）から４週齢で入手した。ラットは、個別のステンレス鋼製のワイヤ底のケージにランダムに配分し、２２℃で１２時間の明暗サイクルに維持されている部屋に入れた。ラットは、水道水と、標準的な低カルシウム（２０μｍｏｌ／ｇ）のＡＩＮ−７６飼料（ＵＰＡＥ、ＩＮＲＡ、ジュイ、フランス）を自由摂取とした。
【０１１４】
５日間の馴致の後、ラットに発ガン物質ＤＭＨ（１，２−ジメチルヒドラジン、１５０ｍｇ／体重ｋｇ）を腹腔内注射した。７日後、これらのラットをランダムに２つの実験群、すなわち大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株を投与された「ＷＴ」群と、Ｎｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株を投与された「ＭＴ」群に割り振った。各ラットには、六週間の間、週に三回、胃への強制投与によって、１０ｅ９個の生きた細菌を含むリン酸緩衝生理食塩水内の１ｍｌの新鮮な接種材料を与えた。
【０１１５】
体重は実験を通して毎週測定した。攻撃用の株でのラットのコロニー形成を観察するために、排泄物のサンプルを毎週回収し、希釈し、ストレプトマイシンを添加したＭａｃ Ｃｏｎｋｅｙの寒天プレートで培養した。
【０１１６】
ＤＭＨの注射から４５日目に、すべてのラットをランダムな順番でＣＯ２での窒息によって安楽死させた。結腸を摘出し、Ｋｒｅｂｓ緩衝液で洗浄し、縦に開いてから１０％の緩衝ホルマリンで固定した。その後、異常腺窩巣（ＡＣＦ）をＢｉｒｄの方法にしたがってスコアリングし（Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔ．，１９８７，３７：１４７）、結腸をメチレンブルー（０．１％）を用いて６分間染色し、３２倍の倍率で粘膜側を観察した。ＡＣＦのスコアリングは、処理群を知らない二人の研究者によって二重に「盲検」で行った。
【０１１７】
結果および結論
二つの実験群の間で体重増加の有意な差は見られなかった（図９）。
【０１１８】
二つの実験群は同様のレベルで攻撃用の株を排除した。Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株およびＮｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株の両方が、実験を通して１０ｅ５ＣＦＵ／ｇより多く残った（図１０）。
【０１１９】
Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株を投与されたマウスは、Ｎｉｓｓｌｅ１９１７Δｐｋｓ株を付与されたラットにおける異常腺窩巣（ＡＣＦ）の数に比べて、ＤＭＨに誘発されたＡＣＦの数が有意に減少した（図１１）。
【０１２０】
この結果は、結腸直腸の発ガン物質の増加に対する防御能力が、ｐｋｓアイランドの存在によって大腸菌に与えられることを示している。
【０１２１】
この動物実験の結果は、ｐｋｓアイランドを有する大腸菌をプロバイオティックとして利用することによって結腸直腸ガンを予防または抑制し得ることを示している。
【実施例３】
【０１２２】
ＩＩＩ）腸内細菌科のメンバー間でのｐｋｓアイランドの分布
本発明者は、ＰＣＲによってさまざまな腸内細菌におけるｐｋｓアイランドを検出しようと試みた。これまでは、ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎの決定基は大腸菌の分離株でのみ検出することができていた。
【０１２３】
試験した大腸菌株（ｎ＝４２１）、ｐｋｓ陽性：９０（ＥＣＯＲ群Ｂ２のＥｘＰＥＣおよび排泄物の分離株のみ）。ポリケチドｃｏｌｉｂａｃｔｉｎも発現するｐｋｓ陽性の株の中には、非溶血性のいくつかの排泄物の分離株（「片利共生株」）が含まれる。それらは、現在では、たとえば、細胞毒性壊死因子および細胞膨化致死毒素といったその他の細菌性周期モジュリンをコードする遺伝子に関してスクリーニングされ、大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株の代替物として使用することもできる。
【０１２４】
腸内細菌科のファミリーに属する以下の分離株はｐｋｓ陰性である。
【０１２５】
【表８】
【０１２６】
本発明者は、ある種のクレブシエラ株においてｃｏｌｉｂａｃｔｉｎのｐｋｓ遺伝子クラスターを検出することができた。２２の異なるクレブシエラ分離株を試験し、それらのうち５つが、ｃｏｌｉｂａｃｔｉｎ遺伝子のさまざまな部分をカバーする８つのスクリーニングＰＣＲ反応のうち少なくとも７つに対して陽性であった。
【実施例４】
【０１２７】
ＩＶ）シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｕｔｉｄａ）におけるｐｋｓアイランドの異種発現
大腸菌およびシュードモナス・プチダにおける組換えを可能にするシャトルベクターｐＭＥ６０３０を、ｐＢＥＬＯＢＡＣ１１ｐｋｓを用いて組換えた。後者のＢＡＣベクターは、新生児髄膜炎の大腸菌分離株ＩＨＥ３０３４の完全なｐｋｓアイランドを含むＤＮＡインサートを有する。ｐＭＥ６０３０とｐＢＥＬＯＢＡＣ１１ｐｋｓの共挿入物をシュードモナス・プチダのＫＴ２２７０株内に形質転換した。この株はポリケチドを発現せず、その完全なゲノム配列は公的に入手可能である。
【０１２８】
ｐＭＥ６０３０：：ｐＢＥＬＯＢＡＣ１１ｐｋｓの共挿入物によるシュードモナス・プチダのＫＴ２２７０株の形質転換において、得られた形質転換体はｃｏｌｉｂａｃｔｉｎ陽性の大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株で得られるものと同様の細胞変性効果を示す。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０１２９】
【特許文献１】米国特許出願公開第２００５１０８０３３号明細書
【特許文献２】米国特許出願公開第２００４１２０９６３号明細書
【特許文献３】独国特許第１０２０９９５８号明細書
【特許文献４】独国特許第１０１２６２８４号明細書
【０１３０】
参考文献
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２３． Ｈ．Ａ．Ｍａｌｃｈｏｗ， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２５， ６５３（Ｄｅｃ，１９９７）．
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２５． Ｌ．Ｖ．Ｈｏｏｐｅｒ， Ｊ．Ｉ．Ｇｏｒｄｏｎ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９２， １１１５（Ｍａｙ，２００１）．
２６． Ｋ．Ｋ．Ｋｈａｎｎａ， Ｓ．Ｐ．Ｊａｃｋｓｏｎ， Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２７， ２４７（Ｍａｒ，２００１）．
２７． Ａ．Ｊ．Ｌａｘ， Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ３， ３４３（Ａｐｒ，２００５）．
２８． Ｋ．Ｊ．Ｗｅｉｓｓｍａｎ， Ｐ．Ｆ．Ｌｅａｄｌａｙ， Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ３， ９２５（Ｄｅｃ，２００５）．
２９． Ｌ．Ｈ．Ｄｕ， Ｃ．Ｓａｎｃｈｅｚ， Ｂ．Ｓｈｅｎ， Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ３， ７８（Ｊａｎ，２００１）．
【特許請求の範囲】
【請求項１】
回復期にある潰瘍性大腸炎または慢性的な便秘を治療する薬剤の調製を目的とした、番号６６０１でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株の使用を除く、ゲノム中にＤＮＡ分子を含んだ細胞の使用法であって、該ＤＮＡ分子が、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
を細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質として含んでおり、該阻害は、これらの増殖細胞が上述したＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られるものである使用法。
【請求項２】
請求項１で定義したＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
−配列番号１４５、１４７もしくは１４９、および随意に配列番号１、ならびに／または配列番号１３９、１４１もしくは１４３、ならびに／または配列番号１５１、１５３もしくは１５５、ならびに／または配列番号１５７、１５９もしくは１６１、ならびに／または配列番号１６３、１６５および１６７が、５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること、
−配列番号５、７もしくは９、配列番号１１、１３、１５もしくは１７、配列番号１９、２１、２３もしくは２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７、配列番号４７、４９、５１もしくは５３、配列番号５５、５７、５９もしくは６１、配列番号６３、６５、６７もしくは６９、配列番号７１、７３、７５もしくは７７、配列番号７９、８１、８３もしくは８５、配列番号８７、８９、９１もしくは９３、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７、および随意に配列番号３、ならびに／または配列番号３９、４１、４３もしくは４５が、先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること
を特徴とする、請求項１に記載の使用法。
【請求項３】
配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする、
請求項１または請求項２に記載の使用法。
【請求項４】
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１または請求項２に記載の細胞の使用法。
【請求項５】
配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列、
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１または請求項２に記載の細胞の使用法。
【請求項６】
天然状態においてゲノム中に請求項１〜請求項５のいずれか一つで定義したＤＮＡ分子を含む細胞の、請求項１〜請求項５のいずれか一つに記載の使用法。
【請求項７】
細菌細胞または真菌細胞から選択される細胞の、請求項６に記載の使用法。
【請求項８】
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される細胞の、請求項６または請求項７に記載の使用法。
【請求項９】
配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含む、６６０１という番号でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株に対応する、請求項６〜請求項８のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１０】
ゲノム中に請求項１〜請求項５のいずれか一つで定義したＤＮＡ分子を含む細胞の使用法であって、前記細胞が前記ＤＮＡ分子によって形質転換される、請求項１〜請求項５のいずれか一つに記載の使用法。
【請求項１１】
細菌細胞または真菌細胞から選択される細胞の、請求項１０に記載の使用法。
【請求項１２】
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される細胞の、請求項１０または請求項１１に記載の使用法。
【請求項１３】
ガン性または非ガン性の増殖細胞から選択される細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての、請求項１〜請求項１２のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１４】
ヒトを含むほ乳類におけるガン性または非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物を調製することを目的とした、請求項１〜請求項１３のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１５】
脳、肺、扁平上皮細胞、膀胱、胃、膵臓、胸部、頭部、頸部、腎臓（ｒｅｎａｌ）、腎臓（ｋｉｄｎｅｙ）、卵巣、前立腺、結腸直腸、食道、婦人科系、または甲状腺のガンのようなガンの予防または治療を目的とした、請求項１〜請求項１４のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１６】
良性の皮膚の過形成（乾癬）または前立腺の過形成（前立腺肥大）、腎臓病（増殖性糸球体腎炎および糖尿病が誘発する腎臓病）のような非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療を目的とした、請求項１〜請求項１４のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１７】
炎症性皮膚疾患および皮膚炎のような炎症性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、請求項１〜請求項１４のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１８】
単離されたＤＮＡ分子であり、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
からなるか、またはこれらを含んでいる、単離されたＤＮＡ分子。
【請求項１９】
配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする、
請求項１８に記載の単離されたＤＮＡ分子。
【請求項２０】
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子であり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１８に記載の単離されたＤＮＡ分子。
【請求項２１】
配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列
からなるか、またはこれらを含むＤＮＡ分子であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１８に記載の単離されたＤＮＡ分子。
【請求項２２】
請求項１８〜請求項２１のいずれか一つに記載のＤＮＡ分子を含む、ファージミド、コスミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、または酵母人工染色体（ＹＡＣ）のような、形質導入可能なクローニングベクター。
【請求項２３】
請求項２２に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項２４】
細菌細胞または真菌細胞から選択される、請求項２３に記載の宿主細胞。
【請求項２５】
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、請求項２３または請求項２４に記載の宿主細胞。
【請求項２６】
請求項２３〜請求項２５のいずれか一つに記載の宿主細胞を生理学的に許容可能な担体と組み合わせて含む薬学的組成物。
【請求項２７】
経口投与、局所投与、直腸投与、膣投与に適した形状をした、請求項２６に記載の薬学的組成物。
【請求項２８】
請求項１８または請求項１９に記載の細胞の投与量が１０６個と１０１１個の細胞の間に含まれ、一日二回、毎日、週二回、毎週、月二回、または毎月投与されることを特徴とする、請求項２６または請求項２７に記載の薬学的組成物。
【請求項２９】
細胞変性物質として振る舞う細胞のスクリーニングを目的としたプローブとしての、請求項１８〜請求項２１のいずれか一つに記載のＤＮＡ分子またはそれらの断片の使用法。
【請求項１】
回復期にある潰瘍性大腸炎または慢性的な便秘を治療する薬剤の調製を目的とした、番号６６０１でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株の使用を除く、ゲノム中にＤＮＡ分子を含んだ細胞の使用法であって、該ＤＮＡ分子が、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
を細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質として含んでおり、該阻害は、これらの増殖細胞が上述したＤＮＡ分子を含む前記細胞と接触したときに得られるものである使用法。
【請求項２】
請求項１で定義したＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
−配列番号１４５、１４７もしくは１４９、および随意に配列番号１、ならびに／または配列番号１３９、１４１もしくは１４３、ならびに／または配列番号１５１、１５３もしくは１５５、ならびに／または配列番号１５７、１５９もしくは１６１、ならびに／または配列番号１６３、１６５および１６７が、５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること、
−配列番号５、７もしくは９、配列番号１１、１３、１５もしくは１７、配列番号１９、２１、２３もしくは２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７、配列番号４７、４９、５１もしくは５３、配列番号５５、５７、５９もしくは６１、配列番号６３、６５、６７もしくは６９、配列番号７１、７３、７５もしくは７７、配列番号７９、８１、８３もしくは８５、配列番号８７、８９、９１もしくは９３、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７、および随意に配列番号３、ならびに／または配列番号３９、４１、４３もしくは４５が、先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられていること
を特徴とする、請求項１に記載の使用法。
【請求項３】
配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする、
請求項１または請求項２に記載の使用法。
【請求項４】
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１または請求項２に記載の細胞の使用法。
【請求項５】
配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含むＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列、
を含むＤＮＡ分子をゲノム中に含む細胞の使用法であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１または請求項２に記載の細胞の使用法。
【請求項６】
天然状態においてゲノム中に請求項１〜請求項５のいずれか一つで定義したＤＮＡ分子を含む細胞の、請求項１〜請求項５のいずれか一つに記載の使用法。
【請求項７】
細菌細胞または真菌細胞から選択される細胞の、請求項６に記載の使用法。
【請求項８】
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される細胞の、請求項６または請求項７に記載の使用法。
【請求項９】
配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列を含む、６６０１という番号でＤＳＭに寄託された大腸菌Ｎｉｓｓｌｅ１９１７株に対応する、請求項６〜請求項８のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１０】
ゲノム中に請求項１〜請求項５のいずれか一つで定義したＤＮＡ分子を含む細胞の使用法であって、前記細胞が前記ＤＮＡ分子によって形質転換される、請求項１〜請求項５のいずれか一つに記載の使用法。
【請求項１１】
細菌細胞または真菌細胞から選択される細胞の、請求項１０に記載の使用法。
【請求項１２】
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される細胞の、請求項１０または請求項１１に記載の使用法。
【請求項１３】
ガン性または非ガン性の増殖細胞から選択される細胞の増殖を阻害することのできる細胞変性物質としての、請求項１〜請求項１２のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１４】
ヒトを含むほ乳類におけるガン性または非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物を調製することを目的とした、請求項１〜請求項１３のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１５】
脳、肺、扁平上皮細胞、膀胱、胃、膵臓、胸部、頭部、頸部、腎臓（ｒｅｎａｌ）、腎臓（ｋｉｄｎｅｙ）、卵巣、前立腺、結腸直腸、食道、婦人科系、または甲状腺のガンのようなガンの予防または治療を目的とした、請求項１〜請求項１４のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１６】
良性の皮膚の過形成（乾癬）または前立腺の過形成（前立腺肥大）、腎臓病（増殖性糸球体腎炎および糖尿病が誘発する腎臓病）のような非ガン性の過剰増殖性疾患の予防または治療を目的とした、請求項１〜請求項１４のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１７】
炎症性皮膚疾患および皮膚炎のような炎症性疾患の予防または治療に有効な薬学的組成物の調製を目的とした、請求項１〜請求項１４のいずれか一つに記載の細胞の使用法。
【請求項１８】
単離されたＤＮＡ分子であり、
−随意に、配列番号２の配列のタンパク質をコードする配列番号１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１）、あるいは、配列番号１の配列のタンパク質をコードするかまたはＰ４様バクテリオファージインテグラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４の配列のタンパク質をコードする配列番号３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２）、あるいは、配列番号４の配列のタンパク質をコードする、配列番号３から誘導された配列、ならびに
−配列番号６の配列のタンパク質をコードする配列番号５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３）、あるいは、配列番号８の配列のタンパク質をコードする配列番号７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ａ）、あるいは、配列番号１０の配列のタンパク質をコードする配列番号９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ３ｂ）、あるいは、配列番号６、８もしくは１０の配列のタンパク質をコードするかまたはチオエステラーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５、７もしくは９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４）、あるいは、配列番号１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ａ）、あるいは、配列番号１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｂ）、あるいは、配列番号１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ４ｃ）、あるいは、配列番号１２、１４、１６もしくは１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはβラクタマーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１、１３、１５もしくは１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５）、あるいは、配列番号２２の配列のタンパク質をコードする配列番号２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ａ）、あるいは、配列番号２４の配列のタンパク質をコードする配列番号２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｂ）、あるいは、配列番号２６の配列のタンパク質をコードする配列番号２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ５ｃ）、あるいは、配列番号２０、２２、２４もしくは２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１９、２１、２３もしくは２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号２８の配列のタンパク質をコードする配列番号２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６）、あるいは、配列番号３０の配列のタンパク質をコードする配列番号２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ａ）、あるいは、配列番号３２の配列のタンパク質をコードする配列番号３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｂ）、あるいは、配列番号３４の配列のタンパク質をコードする配列番号３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｃ）、あるいは、配列番号３６の配列のタンパク質をコードする配列番号３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｄ）、あるいは、配列番号３８の配列のタンパク質をコードする配列番号３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ６ｅ）、あるいは、配列番号２８、３０、３２、３４、３６もしくは３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号２７、２９、３１、３３、３５もしくは３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号４０の配列のタンパク質をコードする配列番号３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７）、あるいは、配列番号４２の配列のタンパク質をコードする配列番号４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ａ）、あるいは、配列番号４４の配列のタンパク質をコードする配列番号４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｂ）、あるいは、配列番号４６の配列のタンパク質をコードする配列番号４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ７ｃ）、あるいは、配列番号４０、４２、４４もしくは４６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＭＡＴＥ様排出ポンプ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号３９、４１、４３もしくは４５から誘導された配列、ならびに
−配列番号４８の配列のタンパク質をコードする配列番号４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８）、あるいは、配列番号５０の配列のタンパク質をコードする配列番号４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ａ）、あるいは、配列番号５２の配列のタンパク質をコードする配列番号５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｂ）、あるいは、配列番号５４の配列のタンパク質をコードする配列番号５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ８ｃ）、あるいは、配列番号４８、５０、５２もしくは５４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアミダーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号４７、４９、５１もしくは５３から誘導された配列、ならびに
−配列番号５６の配列のタンパク質をコードする配列番号５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９）、あるいは、配列番号５８の配列のタンパク質をコードする配列番号５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ａ）、あるいは、配列番号６０の配列のタンパク質をコードする配列番号５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｂ）、あるいは、配列番号６２の配列のタンパク質をコードする配列番号６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ９ｃ）、あるいは、配列番号５６、５８、６０もしくは６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号５５、５７、５９もしくは６１から誘導された配列、ならびに
−配列番号６４の配列のタンパク質をコードする配列番号６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０）、あるいは、配列番号６６の配列のタンパク質をコードする配列番号６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ａ）、あるいは、配列番号６８の配列のタンパク質をコードする配列番号６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｂ）、あるいは、配列番号７０の配列のタンパク質をコードする配列番号６９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１０ｃ）、あるいは、配列番号６４、６６、６８もしくは７０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号６３、６５、６７もしくは６９から誘導された配列、ならびに
−配列番号７２の配列のタンパク質をコードする配列番号７１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１）、あるいは、配列番号７４の配列のタンパク質をコードする配列番号７３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ａ）、あるいは、配列番号７６の配列のタンパク質をコードする配列番号７５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｂ）、あるいは、配列番号７８の配列のタンパク質をコードする配列番号７７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１１ｃ）、あるいは、配列番号７２、７４、７６もしくは７８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７１、７３、７５もしくは７７から誘導された配列、ならびに
−配列番号８０の配列のタンパク質をコードする配列番号７９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２）、あるいは、配列番号８２の配列のタンパク質をコードする配列番号８１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ａ）、あるいは、配列番号８４の配列のタンパク質をコードする配列番号８３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｂ）、あるいは、配列番号８６の配列のタンパク質をコードする配列番号８５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１２ｃ）、あるいは、配列番号８０、８２、８４もしくは８６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号７９、８１、８３もしくは８５から誘導された配列、ならびに
−配列番号８８の配列のタンパク質をコードする配列番号８７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３）、あるいは、配列番号９０の配列のタンパク質をコードする配列番号８９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ａ）、あるいは、配列番号９２の配列のタンパク質をコードする配列番号９１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｂ）、あるいは、配列番号９４の配列のタンパク質をコードする配列番号９３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１３ｃ）、あるいは、配列番号８８、９０、９２もしくは９４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはマロニル−ＣｏＡ−アシル基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号８７、８９、９１もしくは９３から誘導された配列、ならびに
−配列番号９６の配列のタンパク質をコードする配列番号９５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４）、あるいは、配列番号９８の配列のタンパク質をコードする配列番号９７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ａ）、あるいは、配列番号１００の配列のタンパク質をコードする配列番号９９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｂ）、あるいは、配列番号１０２の配列のタンパク質をコードする配列番号１０１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１４ｃ）、あるいは、配列番号９６、９８、１００もしくは１０２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはアシル−ＣｏＡ−脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号９５、９７、９９もしくは１０１から誘導された配列、ならびに
−配列番号１０４の配列のタンパク質をコードする配列番号１０３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５）、あるいは、配列番号１０６の配列のタンパク質をコードする配列番号１０５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ａ）、あるいは、配列番号１０８の配列のタンパク質をコードする配列番号１０７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｂ）、あるいは、配列番号１１０の配列のタンパク質をコードする配列番号１０９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１５ｃ）、あるいは、配列番号１０４、１０６、１０８もしくは１１０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＤ−アラニルキャリアータンパク質活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１０３、１０５、１０７もしくは１０９から誘導された配列、ならびに
−配列番号１１２の配列のタンパク質をコードする配列番号１１１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６）、あるいは、配列番号１１４の配列のタンパク質をコードする配列番号１１３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ａ）、あるいは、配列番号１１６の配列のタンパク質をコードする配列番号１１５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｂ）、あるいは、配列番号１１８の配列のタンパク質をコードする配列番号１１７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１６ｃ）、あるいは、配列番号１１２、１１４、１１６もしくは１１８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡ脱水素酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１１、１１３、１１５もしくは１１７から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２０の配列のタンパク質をコードする配列番号１１９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７）、あるいは、配列番号１２２の配列のタンパク質をコードする配列番号１２１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ａ）、あるいは、配列番号１２４の配列のタンパク質をコードする配列番号１２３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｂ）、あるいは、配列番号１２６の配列のタンパク質をコードする配列番号１２５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１７ｃ）、あるいは、配列番号１２０、１２２、１２４もしくは１２６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１１９、１２１、１２３もしくは１２５から誘導された配列、ならびに
−配列番号１２８の配列のタンパク質をコードする配列番号１２７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８）、あるいは、配列番号１３０の配列のタンパク質をコードする配列番号１２９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ａ）、あるいは、配列番号１３２の配列のタンパク質をコードする配列番号１３１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｂ）、あるいは、配列番号１３４の配列のタンパク質をコードする配列番号１３３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｃ）、あるいは、配列番号１３６の配列のタンパク質をコードする配列番号１３５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｄ）、あるいは、配列番号１３８の配列のタンパク質をコードする配列番号１３７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１８ｅ）、あるいは、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６もしくは１３８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは非リボソームペプチド合成酵素活性およびポリケチド合成酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５もしくは１３７から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１４０の配列のタンパク質をコードする配列番号１３９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９）、あるいは、配列番号１４２の配列のタンパク質をコードする配列番号１４１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ａ）、あるいは、配列番号１４４の配列のタンパク質をコードする配列番号１４３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ１９ｂ）、あるいは、配列番号１４０、１４２もしくは１４４の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはＬｕｘＲ様調節因子活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１３９、１４１もしくは１４３から誘導された配列、ならびに
−配列番号１４６の配列のタンパク質をコードする配列番号１４５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０）、あるいは、配列番号１４８の配列のタンパク質をコードする配列番号１４７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ａ）、あるいは、配列番号１５０の配列のタンパク質をコードする配列番号１４９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２０ｂ）、あるいは、配列番号１４６、１４８もしくは１５０の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたは４−ホスホパンテテイン基転移酵素活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１４５、１４７もしくは１４９から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５２の配列のタンパク質をコードする配列番号１５１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１）、あるいは、配列番号１５４の配列のタンパク質をコードする配列番号１５３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ａ）、あるいは、配列番号１５６の配列のタンパク質をコードする配列番号１５５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２１ｂ）、あるいは、配列番号１５２、１５４もしくは１５６の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＡの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５１、１５３もしくは１５５から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１５８の配列のタンパク質をコードする配列番号１５７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２）、あるいは、配列番号１６０の配列のタンパク質をコードする配列番号１５９のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ａ）、あるいは、配列番号１６２の配列のタンパク質をコードする配列番号１６１のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２２ｂ）、あるいは、配列番号１５８、１６０もしくは１６２の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼのサブユニットＢの活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１５７、１５９もしくは１６１から誘導された配列、ならびに
−随意に、配列番号１６４の配列のタンパク質をコードする配列番号１６３のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３）、あるいは、配列番号１６６の配列のタンパク質をコードする配列番号１６５のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ａ）、あるいは、配列番号１６８の配列のタンパク質をコードする配列番号１６７のヌクレオチド配列（ＯＲＦ２３ｂ）、あるいは、配列番号１６４、１６６もしくは１６８の配列のタンパク質をそれぞれコードするかまたはトランスポザーゼ活性を有する誘導タンパク質をコードする、配列番号１６３、１６５もしくは１６７から誘導された配列、
からなるか、またはこれらを含んでいる、単離されたＤＮＡ分子。
【請求項１９】
配列番号１７０のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１、配列番号１３９、１４１または１４３、配列番号１４５、１４７または１４９、配列番号１５１、１５３または１５５、配列番号１５７、１５９または１６１、ならびに配列番号１６３、１６５および１６７、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列、
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号２のタンパク質、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質、配列番号１５２、１５４または１５６のタンパク質、配列番号１５８、１６０または１６２のタンパク質、ならびに配列番号１６４、１６６および１６８のタンパク質をコードする、
請求項１８に記載の単離されたＤＮＡ分子。
【請求項２０】
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号１４５、１４７または１４９、および配列番号１３９、１４１または１４３、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向で位置づけられた、配列番号３、５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号３９、４１、４３または４５、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにその相補的な配列
からなるか、またはこれらを含む、単離されたＤＮＡ分子であり、
前記ＤＮＡ分子は、配列番号４のタンパク質、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４０、４２、４４または４６のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、配列番号１３０、１４２または１４４のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１８に記載の単離されたＤＮＡ分子。
【請求項２１】
配列番号１６９のヌクレオチド配列とその相補的な配列からなるＤＮＡ分子のように、
−５’−３’鎖において５’→３’の方向で位置づけられている配列番号１４５、１４７または１４９、
−先の鎖に相補的な３’−５’鎖において５’→３’の方向に位置づけられている、配列番号５、７または９、配列番号１１、１３、１５または１７、配列番号１９、２１、２３または２５、配列番号２７、２９、３１、３３、３５または３７、配列番号４７、４９、５１または５３、配列番号５５、５７、５９または６１、配列番号６３、６５、６７または６９、配列番号７１、７３、７５または７７、配列番号７９、８１、８３または８５、配列番号８７、８９、９１または９３、配列番号９５、９７、９９または１０１、配列番号１０３、１０５、１０７または１０９、配列番号１１１、１１３、１１５または１１７、配列番号１１９、１２１、１２３または１２５、および配列番号１２７、１２９、１３１、１３３、１３５または１３７、
ならびにそれらの相補的な配列
からなるか、またはこれらを含むＤＮＡ分子であり、
前記ＤＮＡ分子が、配列番号６、８または１０のタンパク質、配列番号１２、１４、１６または１８のタンパク質、配列番号２０、２２、２４または２６のタンパク質、配列番号２８、３０、３２、３４、３６または３８のタンパク質、配列番号４８、５０、５２または５４のタンパク質、配列番号５６、５８、６０または６２のタンパク質、配列番号６４、６６、６８または７０のタンパク質、配列番号７２、７４、７６または７８のタンパク質、配列番号８０、８２、８４または８６のタンパク質、配列番号８８、９０、９２または９４のタンパク質、配列番号９６、９８、１００または１０２のタンパク質、配列番号１０４、１０６、１０８または１１０のタンパク質、配列番号１１２、１１４、１１６または１１８のタンパク質、配列番号１２０、１２２、１２４または１２６のタンパク質、配列番号１２８、１３０、１３２、１３４、１３６または１３８のタンパク質、および配列番号１４６、１４８または１５０のタンパク質をコードする、
請求項１８に記載の単離されたＤＮＡ分子。
【請求項２２】
請求項１８〜請求項２１のいずれか一つに記載のＤＮＡ分子を含む、ファージミド、コスミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、または酵母人工染色体（ＹＡＣ）のような、形質導入可能なクローニングベクター。
【請求項２３】
請求項２２に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項２４】
細菌細胞または真菌細胞から選択される、請求項２３に記載の宿主細胞。
【請求項２５】
−大腸菌のようなエシェリキア属の細菌、
−ネズミチフス菌およびチフス菌のようなサルモネラ属の細菌、
−乳酸菌、
−ストレプトミセス属の細菌、
−酵母細胞、
から選択される、請求項２３または請求項２４に記載の宿主細胞。
【請求項２６】
請求項２３〜請求項２５のいずれか一つに記載の宿主細胞を生理学的に許容可能な担体と組み合わせて含む薬学的組成物。
【請求項２７】
経口投与、局所投与、直腸投与、膣投与に適した形状をした、請求項２６に記載の薬学的組成物。
【請求項２８】
請求項１８または請求項１９に記載の細胞の投与量が１０６個と１０１１個の細胞の間に含まれ、一日二回、毎日、週二回、毎週、月二回、または毎月投与されることを特徴とする、請求項２６または請求項２７に記載の薬学的組成物。
【請求項２９】
細胞変性物質として振る舞う細胞のスクリーニングを目的としたプローブとしての、請求項１８〜請求項２１のいずれか一つに記載のＤＮＡ分子またはそれらの断片の使用法。
【図１】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図４Ｄ】
【図５】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【公表番号】特表２０１０−５０３３８０（Ｐ２０１０−５０３３８０Ａ）
【公表日】平成２２年２月４日（２０１０．２．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５０８３９１（Ｐ２００９−５０８３９１）
【出願日】平成１９年５月１０日（２００７．５．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００７／０５４５４０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／１２８８３８
【国際公開日】平成１９年１１月１５日（２００７．１１．１５）
【出願人】（５０５１２９０７９）アンスティテュ ナシオナル ドゥ ラ ルシェルシュ アグロノミック (15)
【氏名又は名称原語表記】ＩＮＳＴＩＴＵＴ ＮＡＴＩＯＮＡＬ ＤＥ ＬＡ ＲＥＣＨＥＲＣＨＥ ＡＧＲＯＮＯＭＩＱＵＥ
【出願人】（５０８３３３６８６）
【氏名又は名称原語表記】ＢＡＹＥＲＩＳＣＨＥ ＪＵＬＩＵＳ−ＭＡＸＩＭＩＬＩＡＮＳ−ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＡＴ ＷＵＲＺＢＵＲＧ
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年２月４日（２０１０．２．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年５月１０日（２００７．５．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２００７／０５４５４０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／１２８８３８
【国際公開日】平成１９年１１月１５日（２００７．１１．１５）
【出願人】（５０５１２９０７９）アンスティテュ ナシオナル ドゥ ラ ルシェルシュ アグロノミック (15)
【氏名又は名称原語表記】ＩＮＳＴＩＴＵＴ ＮＡＴＩＯＮＡＬ ＤＥ ＬＡ ＲＥＣＨＥＲＣＨＥ ＡＧＲＯＮＯＭＩＱＵＥ
【出願人】（５０８３３３６８６）
【氏名又は名称原語表記】ＢＡＹＥＲＩＳＣＨＥ ＪＵＬＩＵＳ−ＭＡＸＩＭＩＬＩＡＮＳ−ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＡＴ ＷＵＲＺＢＵＲＧ
【Ｆターム（参考）】
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