トポイソメラーゼＩ阻害剤のための予測マーカー
本発明は、概して、癌療法および癌予防の分野に関する。より具体的には、本発明は、概して、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性を予測するための診断マーカーに関する。より具体的には、本発明は、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性、いくつかの実施形態では、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはトポテカンおよびイリノテカン等のＣＴＰ類似体およびその誘導体等のトポイソメラーゼＩ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性または耐性のレベルを識別および判断するために使用可能である方法、機械、コンピュータシステム、コンピュータ可読媒体、およびキットに関する。より具体的には、本発明は、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在、いくつかの実施形態では、トポイソメラーゼＩポリペプチドの残基セリン１０（Ｓ１０）におけるリン酸化を判断するために使用可能である方法、機械、コンピュータシステム、コンピュータ可読媒体、およびキットに関し、リン酸化の存在、具体的には、トポＩポリペプチドのセリン１０におけるリン酸化は、癌がトポＩ阻害剤に対して非反応であり得ることを示し、一方、リン酸化の非存在、具体的には、残基セリン１０（Ｓ１０）におけるリン酸化の非存在は、癌がトポＩ阻害剤に対して反応し得ることを示す。本発明の他の態様は、リン酸−セリン１０トポイソメラーゼＩ抗体および他のタンパク質結合部分、ならびにその使用に関する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２００８年３月３１日に出願された米国仮特許出願第６１／０７２，４９０号の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ１１９（ｅ）に基づく優先権を主張し、この仮特許出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、概して、癌療法および癌予防の分野に関する。より具体的には、本発明は、概して、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性と、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対する生体試料の感受性または耐性のレベルとを予測するための診断マーカーに関する。
【背景技術】
【０００３】
癌の化学療法に関連する主な問題のうちの１つは、同一の組織構造を有する個々の対象が、所定の薬剤または所定の治療プロトコルに同じように反応しないことにある。反応範囲は、乳癌等の化学療法感受性腫瘍であっても大きく変動し得る。薬剤投与量、薬剤の組み合わせ、および投与スケジュール、対象の年齢および状態、腫瘍局在性等の多くの薬物感受性の決定因子が周知であるが、所定の腫瘍の固有の感受性は、依然として評価するのが困難な重要な要因である。
【０００４】
処置の有効性を改善する戦略の１つとして、薬剤処置を腫瘍細胞の感受性の関数として個別化することが挙げられる。対象における薬剤の有効性の程度を予測する方法は、具体的には、薬剤および化学療法薬剤群に対する腫瘍細胞（生検中に採取される）の体外または生体外試験に基づく。このような戦略は、体内の化学療法感受性の予測が良好でなく、時間を要し、手動的であり、かつ費用が掛かるといういくつかの制限を有する。新しい癌のサブタイプの識別によって、より特異的で、より有効で、およびより毒性の低い治療の提供が見込まれる。この腫瘍サブセットは、一般的に使用される化学療法剤に対して難治性であるため、予後不良に関連する（Ｓｏｒｌｉｅ， ｅｔ ａｌ．， ２００１， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９８：１０８６９／非特許文献１）。治療目的を有効に標的とされ得る難治性癌に関連する具体的な分子経路における識別について、これまでほとんど進歩していない。
【０００５】
ヒトのトポイソメラーゼＩ（トポＩ）は、種々のＤＮＡトランスアクションに関与する必須かつ普遍的な酵素である。新しい種類の抗癌剤（カンプトセシン、本明細書において「ＣＰＴ」とも呼ばれる）の標的としてのトポＩの識別により、癌療法に関連するトポＩ構造−機能が急速に開発された。２つのＣＰＴ類似体であるトポテカンおよびイリノテカンは、現在、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、結腸、および卵巣癌、ならびに乳癌および子宮頸癌を含むいくつかの難治性癌における診療に使用されている。しかしながら、大部分の癌薬物のように、全ての患者が反応するとは限らず、この場合、患者の約３０％だけがトポＩ阻害剤に反応する。トポＩタンパク質レベルは、大部分の固形腫瘍において高く、そのため、トポＩレベルは、予測マーカーとして使用不可能である。加えて、トポＩは、ＣＰＴの特異的な標的であるが、トポＩの発現プロファイルは、予後指数を提供しない。臨床前研究に基づいて、これらの薬物に対する臨床的耐性が、（１）腫瘍における薬物の不十分な蓄積、または（２）トポＩの翻訳後修飾の結果であり得ることが考えられる。トポＩが、ユビキチンプロテアソーム経路（ＵＰＰ）によりＣＰＴに応答して細胞においてユビキチン化および分解することが実証されている。重要なことは、ＵＰＰ媒介分解の速度が、癌細胞が異なると変動し、ＣＰＴ感受性に相関することである。しかしながら、ＣＰＴに応答するトポＩのプロテアソーム分解に依存するユビキチン化の機構は、理解されていない。
【０００６】
一般的に使用される化学療法剤に対して難治性または無反応性である（具体的には、乳癌、肺癌、卵巣癌、脳癌、結腸癌、および前立腺癌等の上皮細胞癌において）腫瘍サブセットの満足な処置であって、対象が呈する無反応性を克服する処置が、本技術分野において大いに必要とされる。このような処置は、個体、特に、癌が特に一般的であり、かつ女性の個体において乳癌の発生率の高い高齢の個体の健康に劇的な影響を及ぼし得る。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｓｏｒｌｉｅ， ｅｔ ａｌ．， ２００１， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９８：１０８６９
【発明の概要】
【０００８】
本発明は、概して、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性を予測するための診断マーカーに関する。具体的には、本発明の一態様は、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性を判断するための方法に関する。具体的には、発明者は、トポＩが、ＤＮＡ−ＰＫによりＳ１０においてリン酸化し、ＢＲＡＣ１／ＢＡＲＤ１ヘテロ２量体およびその後続の分解によってそのユビキチン化することを本明細書において発見した。発明者は、トポＩのリン酸化の存在、具体的には、セリン１０（Ｓ１０）上のトポＩのリン酸化の存在が、迅速なトポＩ分解と、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはトポテカンおよびイリノテカン等のＣＴＰ類似体およびその誘導体等のトポＩ阻害剤に対する耐性とを示すことを発見した。したがって、本発明の一態様は、セリン１０上のトポＩのリン酸化の検出、すなわち、ＣＴＰおよびその類似体等のトポＩ阻害剤による薬物有効性の予後決定因子としての、癌を患っている対象からの生体試料におけるリン酸−トポＩ−Ｓ１０の検出に関する。
【０００９】
本発明の一態様は、トポイソメラーゼＩ阻害剤が癌を患っている対象に有効であるかを判断するための方法および組成物に関する。本発明の一態様は、トポＩポリペプチドのリン酸化の存在を判断するための方法に関し、トポＩポリペプチドのリン酸化の存在は、このような癌を患っている対象が、非リン酸化トポＩポリペプチドを含む癌を患っている対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して無反応（または、非反応）であり得ることを示す。本態様および本明細書に開示する全ての他の態様の一実施形態では、リン酸化は、トポＩポリペプチドのセリン残基のリン酸化であり、トポＩポリペプチドのセリン残基のリン酸化の存在は、癌が、トポＩ阻害剤に対して無反応（または非反応）であり得ることを示す。本態様および本明細書に開示する全ての他の態様の別の実施形態では、リン酸化は、トポＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）残基のリン酸化であり、トポＩポリペプチドのセリン１０残基（Ｓ１０）のリン酸化の存在は、癌を患っている対象が、対応する残基がリン酸化されない対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して無反応（または非反応）であり得ることを示す。本態様および本明細書に開示する全ての他の態様の別の実施形態では、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の欠如の検出、具体的には、セリン１０（Ｓ１０）上のトポＩポリペプチドのリン酸化の特定の欠如は、このような癌がトポＩ阻害剤に対して反応し得ることを示す。
【００１０】
いくつかの実施形態では、トポＩポリペプチドのセリン１０残基（Ｓ１０）のリン酸化の一存在は、癌を患っている対象が、対応する残基がリン酸化されない対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して無反応（または非反応）であり得ることを示す。本発明の一態様は、対象におけるＳ１０トポＩポリペプチドのリン酸化のレベルを格付けするステップに関する。例えば、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドのレベルは、非リン酸Ｓ１０トポＩポリペプチドに比べて、４つのレベルに分類または格付け可能であり、この場合、例えば、レベル１は、約０％レベルのリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドであり、対象が、トポＩ阻害剤に完全に反応し得ることを示し、レベル２は、約１０〜２５％レベルのリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドであり、対象が、トポＩ阻害剤に対して部分的に反応し得ることを示し、レベル３は、２５〜５０％のレベルのリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドであり、対象が、トポＩ阻害剤に対して非反応であり得ることを示し、レベル４は、５０％を上回る、例えば、少なくとも５０％、または少なくとも約６０％または少なくとも約７０％または少なくとも約８０％または少なくとも約９０％または少なくとも約１００％のリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの任意のレベルであり、対象が、トポＩ阻害剤に対して完全に無反応であり得ることを示す。言い換えると、対象がトポＩ阻害剤に対して反応する可能性は、非リン酸Ｓ１０トポＩポリペプチドの程度に比べて、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの程度で格付け可能であり、これは、４つのレベル、つまり、グレード１（０〜１０％）、２（１０〜２５％）、３（２５〜５０％）、または４（＞５０％）で格付け可能であり、この場合、レベル１は、対象がトポＩ阻害剤に対して反応し得ることを示し、レベル２は、レベル１に比べて、対象がトポＩ阻害剤に対して部分的に反応し得る（すなわち、約５０％以下の反応）ことを示し、レベル３は、対象が、レベル１に分類される対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して非反応であり得ること（すなわち、対象は、約１０％以下のトポＩ阻害剤の有効性を有する）ことを示し、レベル４は、レベル１に分類された対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して完全に非反応であり得ること（すなわち、対象は、約５％または約２％以下のトポＩ阻害剤の有効性を有する）ことを示す。他の実施形態では、４を上回るレベルの分類を使用することが可能であり、例えば、少なくとも５、または少なくとも６、または少なくとも７、または少なくとも８、または少なくとも９のレベルまたは９を上回る異なる分類レベルを使用することが可能である。
【００１１】
いくつかの実施形態では、対象が一定の既定の閾値レベルを上回って識別される場合、対象は、トポＩ阻害剤に対して非反応である得ると識別され得る。いくつかの実施形態では、既定の閾値レベルは、約レベル３であり、この場合、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの％（全トポＩポリペプチドからの）は、約２５％以上であり、対象は、３未満（すなわち、２５％未満）の閾値レベルを有する対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して非反応であり得る。したがって、いくつかの実施形態では、対象がトポＩ阻害剤に対して非反応であり得るかを識別するための既定の閾値レベルは２５％以上であり、この場合、全トポＩポリペプチドに対して２５％以上（すなわち、約少なくとも３０％または少なくとも約４０％または少なくとも約５０％または少なくとも約６０％以上）の％のリン酸−Ｓ１０トポＩ阻害剤を有する対象は、トポＩ阻害剤に対して非反応であると識別され、一方、全トポＩポリペプチドに対して２５％未満（すなわち、約２０％または約１０％または約５％または約２％未満）の％のリン酸−Ｓ１０トポＩ阻害剤を有する対象は、トポＩ阻害剤に対して反応するまたは部分的に反応すると識別される。
【００１２】
本発明の別の態様は、対象における癌を処置するための方法に関し、本方法は、対象からの癌細胞を含む生体対象におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、トポＩポリペプチドのリン酸化のレベルを検出するステップであって、具体的には、トポＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを検出するステップとを含み、トポＩポリペプチドが、例えば残基Ｓ１０においてリン酸化される場合、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別される。癌細胞は、一実施形態において、対象から採取され、本明細書に説明する方法、キット、機械、ならびにコンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒体によって試験される。
【００１３】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得ると識別される対象は、ＣＰＴ、またはトポテカンおよびイリノテカン等のその類似体等であるがこれらに限定されない治療的に有効な量のトポＩ阻害剤によって、単独で、または他の治療薬および／もしくは抗癌薬と組み合わせて処置可能である。
【００１４】
いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤は、例えば、ＣＰＴ、またはトポテカンおよびイリノテカン等のその類似体および誘導体に限られない化学療法薬剤であり、これらの用語は、本明細書において定義される。本発明の別の態様は、癌に罹患する対象または癌を発現する危険性を有する対象を処置および／または予防するための方法であって、トポＩポリペプチド（リン酸−トポＩ）のリン酸化の存在を判断するステップを含む方法を提供し、特定の実施形態では、本方法は、トポＩポリペプチド（リン酸（phosphor）−Ｓ１０−トポＩ）のセリン１０（Ｓ１０）残基におけるリン酸化の存在を判断するステップを含む。他の実施形態では、方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体を使用して、生体試料におけるトポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、リン酸−トポＩの存在、より具体的には、生体試料におけるリン酸−Ｓ１０−トポＩポリペプチドの存在を判断する。
【００１５】
一実施形態では、当業者に既知である任意の手段を使用して、トポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、対象の癌におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断することが可能である。したがって、本発明は、任意の体内検出方法、任意の生体外検出方法、または任意の体外検出方法を使用して、トポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、癌を患っている対象におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断することを包含する。いくつかの実施形態では、本方法は、当業者に一般に知られている高スループット自動免疫組織化学方法である。別の実施形態では、体内検出方法は、例えば、対象に対する抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体等の標識抗体であるがこれに限定されないものを対象に投与することによって、トポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、対象に存在する癌におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断することができ、標識抗体には、例えば、ルシフェラーゼ抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体等の放射性標識、または蛍光標識、または生物発光標識、または代替として、放射性標識ヌクレオチドが含まれ、検出モジュール、例えば、ＭＲＩ、ＣＡＴ走査、または他の体内撮像機械等の体内撮像カメラまたは機械を使用して、対象における抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体の存在を判断し、一実施形態では、検出モジュールからの出力データは、本明細書に開示するコンピュータシステムもしくはコンピュータ可読媒体を使用して分析され、または代替実施形態では、検出モジュールの出力データは、本明細書に説明する機械の比較モジュールに接続されるストレージモジュールによって受信される。
【００１６】
別の実施形態では、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポＩポリペプチドのリン酸化状態を、対象から採取した生体試料において判断することができ、生体試料は、生体試料におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポＩポリペプチドのリン酸化状態を判断する検出モジュールに配置され、検出モジュールの出力データは、本明細書に説明する機械の比較モジュールに接続されるストレージモジュールによって受信されるか、または代替実施形態では、検出モジュールの出力データは、本明細書に開示するコンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒体によって分析される。
【００１７】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示する方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体によってトポＩ阻害剤に対して非反応であると識別される対象には、トポＩ阻害剤以外の化学療法剤を含む医薬組成物が投与される。代替実施形態では、対象には、トポＩ阻害剤と、トポＩ阻害剤に対する対象の感受性を増加させる薬剤（本明細書において「トポＩ阻害剤感受性薬剤」と呼ばれる）とが投与可能であり、トポＩ阻害剤感受性薬剤は、トポＩポリペプチドの脱リン酸化を増加させることが可能であり、具体的には、トポＩポリペプチドセリン１０（Ｓ１０）の脱リン酸化を増加させることが可能である。別の実施形態では、トポＩ阻害剤感受性薬剤は、例えば抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体または拮抗薬または２−モリホリン−４−イル−ベンゾ［ｈ］クロメン−４−オンとしても既知であるＮＵ７０２６等であるがこれに限定されないＤＮＡ−ＰＫの阻害剤ならびにその誘導体および類似体等のトポＩポリペプチドのリン酸化を阻害する拮抗薬であることが可能である。したがって、本発明の一態様は、トポＩ阻害剤感受性薬剤と実質的に同時に、トポＩ阻害剤に対して非反応であると識別された対象にトポＩ阻害剤を同時投与するステップに関する。いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤を含むこのような医薬組成物は、単独で、またはトポＩ阻害剤（すなわち、トポＩポリペプチド上のＳ１０の脱リン酸化を増加させる薬剤等のトポＩ阻害剤感受性薬剤および／または抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体もしくはＤＮＡ−ＰＫの拮抗薬等のＳ１０上のトポＩリン酸化を阻害する薬剤）に対する対象の感受性を増加させる薬剤を含む医薬組成物の投与と実質的に同時、投与前、もしくは投与後に投与可能である。
【００１８】
本発明の一態様および本明細書に説明する全ての他の態様では、機械を使用して、生体試料におけるトポＩポリペプチドのリン酸化状態を判断することができ、例えば、対象からの生体試料に関するデータを入手するための機械は、生体試料を保持する生体試料容器と、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在を検出するように、例えば、出力データ、いくつかの実施形態では、コンピュータ可読媒体フォーマットの出力データを生成する生体試料におけるリン酸−Ｓ１０トポＩを検出するように構成される判断モジュールと、判断モジュールからの出力データを格納するように構成されるストレージ機器と、判断モジュールからの出力データを、格納された参照データおよび対照データ等のストレージ機器上に格納されるデータと比較するように適合される比較モジュールと、クライアントコンピュータにおいてユーザのために読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールとを備え、読み出されたコンテンツは、 （ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であって、例えば、読み出されたコンテンツは、リン酸−Ｓ１０トポＩの存在または非存在であることと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在、例えばリン酸−Ｓ１０トポＩの非存在と、（ｉｉｉ）リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポイソメラーゼＩのリン酸化の存在と、（ｉｖ）対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示す陽性試験結果（すなわち、陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陽性リン酸化状態）と、（ｖ）対象が、陽性リン酸化を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより反応し得ることを示す陰性試験結果（すなわち、陰性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陰性リン酸化状態）のうちの任意の１つまたは組み合わせを含む。
【００１９】
本発明の一態様は、対象がトポＩ阻害剤に対して反応するかを判断するために使用可能であるコンピュータシステムである。このようなある実施形態では、コンピュータシステムは、判断モジュールに接続され、生物標本に関する判断モジュールからの出力データを入手するように構成され、判断モジュールは、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在、例えば、対象内における、または対象から入手された生体試料におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断するように構成され、コンピュータシステムは、判断モジュールからの出力データならびに参照データを格納するように構成される（ａ）ストレージ機器を備え、ストレージ機器は、（ｂ）比較モジュールに接続され、比較モジュールは、一実施形態では、ストレージ機器上に格納される出力データを、格納された参照データと比較するように適合され、代替実施形態では、出力データをそれ自体を比較するように適合され、比較モジュールは、報告データを生成し、クライアントコンピュータ上でユーザのために読み出されたコンテンツ（すなわち、比較モジュールからの報告データ）のページを表示するための（ｃ）ディスプレイモジュールに接続され、読み出されたコンテンツは、（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であって、例えば、読み出されたコンテンツは、リン酸−Ｓ１０トポＩの存在または非存在であることと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在、例えばリン酸−Ｓ１０トポＩの非存在と、（ｉｉｉ）リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポイソメラーゼＩのリン酸化の存在と、（ｉｖ）対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示す陽性試験結果（すなわち、陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陽性リン酸化状態）と、（ｖ）対象が、陽性リン酸化を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより反応し得ることを示す陰性試験結果（すなわち、陰性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陰性リン酸化状態）であるのうちの任意の１つまたは組み合わせを含む。
【００２０】
いくつかの実施形態では、比較モジュールは、ストレージ機器上に格納された出力データを、それ自体または格納された参照データと比較し、陽性試験結果を示す陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態（すなわち、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在）を計算し、報告データを生成して、対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示し、比較モジュールからの報告データは、ディスプレイモジュールから読み出され、ディスプレイモジュール上に表示される。
【００２１】
本発明の一態様および本明細書に説明する全ての他の態様では、コンピュータ可読媒体を使用して、癌を患っている対象または癌の危険性のある対象からトポＩポリペプチドのリン酸化状態を判断することができ、例えば、コンピュータ可読媒体は、コンピュータ上で方法を実装するために判断モジュールおよび比較モジュールを含むソフトウェアモジュールを規定するために、コンピュータ可読命令がその上に記録され、上記方法は、 リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在または非存在等のトポＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在を測定した判断モジュールから参照データおよび出力データを格納するように構成されるストレージ機器と、報告データを生成する比較モジュールであって、ストレージ機器上に格納されたデータを比較するように、例えば、判断モジュールからの出力データを、それ自体または代替として参照データと比較するように適合される比較モジュールと、クライアントコンピュータ上において、ユーザのための、比較モジュールからの報告データである読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールとを備え、読み出されたコンテンツは、（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であって、例えば、読み出されたコンテンツは、リン酸−Ｓ１０トポＩの存在または非存在であることと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在、例えばリン酸−Ｓ１０トポＩの非存在と、（ｉｉｉ）リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポイソメラーゼＩのリン酸化の存在と、（ｉｖ）対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示す陽性試験結果（すなわち、陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陽性リン酸化状態）と、（ｖ）対象が、陽性リン酸化を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより反応し得ることを示す陰性試験結果（すなわち、陰性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陰性リン酸化状態）のうちの任意の１つまたは組み合わせを含む。
【００２２】
また、本発明の別の態様は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別する方法であって、少なくとも１つの癌細胞においてトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップであって、リン酸化の存在は、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在が検出される癌に比べて、トポイソメラーゼ阻害剤に対してより非反応であり得る癌を識別するステップを含む方法に関する。
【００２３】
本発明の別の態様は、対象における癌を処置するための方法であって、 （ｉ）対象から入手した癌細胞を含む生体試料においてトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのレベルを検出するステップであって、トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化される場合、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるか、またはトポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化されない場合、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るものとして識別されるステップと、（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗癌剤を対象に投与するステップであって、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるステップとを含む方法に関する。
【００２４】
いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤は、配列番号２のトポＩポリペプチドまたはその変異体の拮抗薬であり、トポＩポリペプチドの拮抗薬は、トポＩポリペプチドの遺伝子発現および／または生物活性を阻害する当業者に一般に知られる任意の薬剤であり、例えば、抗体、抗体フラグメント、小分子、ペプチド、タンパク質、アンチセンス核酸、リボソーム、ＰＮＡ、ｓｉＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、アプタマーおよびペプチドアプタマー、ならびにこれらの誘導体およびフラグメント等の薬剤が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本発明の方法に有用なトポＩポリペプチドの拮抗薬は、核酸ベースの阻害剤、核酸構造体、ペプチドベースの阻害剤、またはそれをコード化するトポＩポリペプチドもしくはポリヌクレオチドの小分子阻害剤であることが可能である。いくつかの実施形態では、核酸阻害剤は、例えば、ｓｉＲＮＡ分子またはアンチセンス構造体等のＲＮＡｉ（ＲＮＡ干渉）薬剤であり得る。例示的トポＩ阻害剤は、本明細書に開示され、ＣＰＴ、またはトポテカンおよびイリノテカン等のその類似体が含まれるが、これらに限定されない。本発明が、トポ阻害剤に何を使用するかにかかわらず、対象がトポＩ阻害剤に対して反応することを判断するための方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体を提供することが包含される。いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤は、治療的および予防的抗癌処置を含む抗癌処置として使用されるが、しかしながら、トポＩ阻害剤は、トポＩ阻害剤の使用が所望される非癌性の病気または疾患の処置、例えば、細胞死が所望の結果である任意の処置戦略に使用可能である。
【００２５】
本発明の別の態様は、配列番号１のリン酸化セリン残基もしくは配列番号４上のリン酸化セリン残基、または配列番号２のアミノ酸配列のポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）に対して特異親和性を有して結合する単離抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体を提供する。
【００２６】
本発明の別の態様は、トポＩ阻害剤に対する対象または癌もしくは癌細胞の感受性を増加させるための方法であって、トポＩ阻害剤の有効量と、トポＩ阻害剤感受性薬剤（すなわち、トポＩ阻害剤に対する癌細胞の感受性を増加させる薬剤）との有効量の組み合わせを、対象または癌細胞に投与するステップを含み、トポＩ阻害剤感受性薬剤には、例えば、トポＩポリペプチドのＳ１０の脱リン酸化を増加させる薬剤、および／または抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体もしくはＤＮＡ−ＰＫの拮抗薬等のＳ１０上のトポＩリン酸化を阻害する薬剤が含まれ得るが、これらに限定されない。
【００２７】
いくつかの実施形態では、開示される方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体は、対象がトポＩ阻害剤に対して反応し得るかを判断するのに有用であり、トポＩ阻害剤は、癌の処置に使用され、本発明は、ＳＣＬＣ癌、結腸癌、卵巣癌、または難治性癌、例えば、乳癌もしくは子宮頸癌から成る群から選択可能である腫瘍等であるがこれらに限定されない癌の予防および／または処置に有用である。他の実施形態では、本明細書に開示する方法での処置に有用である癌は、トポＩ阻害剤により処置可能な任意の癌であるか、またはトポＩ阻害剤による処置が望ましく、 消化管癌、胃癌、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭頸部癌、肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、リンパ腫、肉腫、原発性および転移性黒色腫、胸腺腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、神経系の癌、脳癌、骨髄癌、骨癌、腎臓癌、子宮癌、子宮頸癌、結腸癌、網膜癌、皮膚癌、膀胱癌、結腸癌、食道癌、精巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、消化管癌、歯肉癌、舌癌、腎臓癌、鼻咽頭癌、胃癌、子宮内膜癌および腸腫瘍細胞癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、および膵臓癌等の腺癌から成る群における任意の癌から選択可能である。具体的には、癌は、乳癌、例えば、トリプルネガティブサブタイプの乳癌である。一実施形態では、トポＩ阻害剤は、癌の処置に使用される。いくつかの実施形態では、癌は、上皮性起源であり、例えば、癌は、消化管癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭頸部癌、肺癌、小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、肝臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、および膀胱癌であるが、これらに限定されない。
【００２８】
本発明のいくつかの態様では、対象がトポＩ阻害剤に対して反応すると識別される場合、本明細書に開示するトポＩ阻害剤を含む医薬組成物は、単独で、または１つ以上の他の治療剤とともに投与可能である。例えば、癌の処置では、医薬組成物は、例えば、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、温熱療法、免疫療法、外科的切除、および当業者に一般に知られる代替の癌療法等の抗癌療法の投与と実質的に同時に、または投与後に投与可能である。このような抗癌療法は、本明細書に開示する医薬組成物の投与前、投与中、または投与後に投与可能である。いくつかの実施形態では、抗癌療法は、対象に１回または複数回投与される。
【００２９】
本明細書に説明する任意の方法または組成物が、任意の他の方法または組成物について実装可能であることが想定される。他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明白になる。しかしながら、本発明の精神および範囲内における種々の変更および修正が、この詳細な説明から明らかになることから、詳細な説明および具体的な例が、本発明の具体的な実施形態を示す一方で、例証のみとして提供されることを理解されたい。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１Ａ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ａは、ＨｅＬａ細胞核溶解物を、グルタチオンセファロースビーズに結合されるＧＳＴおよびＧＳＴ−トポＩで培養し、ＰＢＳによる広範な洗浄後、吸着質を高塩濃度緩衝液（３５０ｍＭおよび５００ｍＭ ＮａＣｌを含むＰＢＳ）で溶出したことを示す。吸着質をＳＤＳ−ＰＡＧＥおよび銀染色で分析した。タンパク質バンドを切断し、質量分析によるタンパク質識別のためにゲル内消化を行った。
【図１Ｂ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｂは、グルタチオンビーズに結合されるＧＳＴおよびＧＳＴ−トポＩを精製Ｋｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体（Ｋｕ７０／８０ヘテロ２量体を含有する）で培養し、吸着質を標示抗体（indicated antibody）による免疫ブロット法で分析したことを示す。トポＩＧＳＴに直接結合するタンパク質を判断するために、グルタチオンビーズに結合されるＧＳＴ−Ｋｕ７０およびＧＳＴ−Ｋｕ８０をトポＩタンパク質で培養した。
【図１Ｃ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｃは、抗トポＩによる免疫ブロット分析で吸着質を分析したことを示す。
【図１Ｄ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｄは、トポＩの特異的Ｋｕ７０結合領域を、トポＩフラグメントの培養により判断したことを示す。
【図１Ｅ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｅは、精製Ｋｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体によるグルタチオンビーズへの結合を示し、抗Ｋｕ７０抗体による免疫ブロット法により吸着質を分析した。
【図２Ａ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ａは、ＨｅＬａ細胞溶解物を、抗Ｋｕ７０、抗Ｋｕ８０、抗ＤＮＡ−ＰＫにより免疫沈降させたことを示す。
【図２Ｂ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｂは、抗トポＩによるＨｅＬａ細胞溶解物の免疫沈降と、抗Ｋｕ−８０による免疫ブロット法とを示す。
【図２Ｃ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｃは、抗トポＩによるＨｅＬａ細胞溶解物の免疫沈降と、抗Ｋｕ−７０による免疫ブロット法とを示す。
【図２Ｄ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｄは、抗ＢＲＣＡ１またはＰＩＲＳ（対照）によるＨｅＬａ細胞溶解物の免疫沈降と、抗トポＩによる免疫ブロット法とを示す。
【図２Ｅ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｅは、抗ＨＡによるＨｅＬａ細胞溶解物を発現するＨＡ−ＢＲＣＡ１の免疫沈降と、抗ＢＲＣＡ１による免疫ブロット法とを示す。沈殿物を標示抗体による免疫ブロット法で分析した。
【図３Ａ】ＤＮＡ−ＰＫがトポＩをリン酸化することを示す。精製ＧＳＴ−トポＩ（５μｇ；左レーン）を、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰまたは冷却ＡＴＰを含有するキナーゼ緩衝剤（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２および１０ｍＭ ＭｎＣｌ２）中でＤＮＡ−ＰＫにより３０℃で３０分間培養した。図３Ａは、反応生成物のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析とオートラジオグラフィー（左レーン）とを示す。また、図３Ａは、トポＩの非存在における同一の反応の対照（右レーン）としての比較も示す。図３Ａに示すＧＳＴ−トポＩタンパク質バンド（左レーン）を小片に切断し、トリプシン消化のために処理した。トリプシン消化されたトポＩペプチドを質量分析により分析した。
【図３Ｂ】ＤＮＡ−ＰＫがトポＩをリン酸化することを示す。精製ＧＳＴ−トポＩ（５μｇ；左レーン）を、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰまたは冷却ＡＴＰを含有するキナーゼ緩衝剤（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２および１０ｍＭ ＭｎＣｌ２）中でＤＮＡ−ＰＫにより３０℃で３０分間培養した。図３Ｂは、リン酸ペプチドをＩＭＡＣカラムにより濃縮してからＬＣ−ＭＳ−ＭＳ（Ｑ−Ｓｔａｒ，ＡＢＩ）により分析したことを示す。
【図４Ａ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ａは、抗ユビキチン抗体を使用する免疫ブロット分析を示す。グルタチオンビーズに結合されるＧＳＴ−トポＩをＤＮＡ−ＰＫでリン酸化した。キナーゼ反応を停止し、リン酸化トポＩの一部を子牛の腸ホスホリラーゼ（ＣＩＰ）で脱リン酸化した。リン酸化および脱リン酸化の両方のトポＩをキット（Ｂｏｓｔｏｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）を使用してユビキチン化し、反応を停止し、ビーズを洗浄し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ緩衝剤中でビーズを沸騰させてトポＩを希釈した。
【図４Ｂ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ｂは、抗ユビキチンによる希釈したトポＩの免疫ブロット法分析を示す。ＧｅｎｅＰｏｒｔｅｒ２キット（Ｇｅｎｅｌａｎｔｉｓ）を使用して一時的トランスフェクションによりＨｅＬａ細胞においてＧＦＰ−トポＩを発現した。一時的トランスフェクションの同一の方法を使用して、ＢＡＲＤ１およびＢＲＣＡ１を過剰発現した。ＧＦＰ−トポＩの発現およびＢＡＲＤ１の過剰発現ならびＧＦＰ−トポＩ単体の発現により陰性対照を確立した。
【図４Ｃ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ｃは、抗トポＩ抗体を使用する免疫ブロット法によるＧＦＰ−トポＩ分解の細胞融解物の分析を示す。
【図４Ｄ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ｄは、図４Ｃからの溶離試料１、２、および３中のトポＩの％を示す。
【図５Ａ】ＢＲＣＡ１依存ユビキチン化およびＢＴ４７４細胞におけるトポＩのプロテアソーム分解を示す。図５Ａは、ウイルス形質導入により送達されたｓｈＲＮＡによるＢＲＣＡ１のサイレンシングをＢＴ４７４細胞が受けたことを示す。
【図５Ｂ】ＢＲＣＡ１依存ユビキチン化およびＢＴ４７４細胞におけるトポＩのプロテアソーム分解を示す。図５Ｂは、ＢＲＣＡ１によりサイレンスされたおよびサイレンスされないＢＴ４７４細胞の抗トポＩによる免疫ブロット分析を示し、２時間および６時間のＣＰＴによる処置を示す。図５Ａおよび図５Ｂにおけるタンパク質レベルを、抗βアクチンによる細胞溶解物の免疫ブロット分析により判断した。
【図５Ｃ】ＢＲＣＡ１依存ユビキチン化およびＢＴ４７４細胞におけるトポＩのプロテアソーム分解を示す。図５Ｃは、０時間、３時間、および６時間のＣＰＴによる処理後の（図５Ｂ）、対照細胞と比べたｓｉＲＮＡ処置ｓｉＢＲＣＡ１細胞における％トポＩ発現レベルの定量化を示す。
【図６Ａ】Ｓ１０Ａ突然変異体をＤＮＡ−ＰＫによりリン酸化しないことを示す。精製ＧＳＴ−トポＩ（５μｇ；左レーン）およびＧＳＴ−トポＩＳ１０Ａ（突然変異体）（右レーン）を、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰまたは冷却ＡＴＰを含有するキナーゼ緩衝剤（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２および１０ｍＭ ＭｎＣｌ２）中で、３０℃で３０分間培養した。図６Ａは、反応生成物のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析およびオートラジオグラフィーを示す。
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２００８年３月３１日に出願された米国仮特許出願第６１／０７２，４９０号の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ１１９（ｅ）に基づく優先権を主張し、この仮特許出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、概して、癌療法および癌予防の分野に関する。より具体的には、本発明は、概して、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性と、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対する生体試料の感受性または耐性のレベルとを予測するための診断マーカーに関する。
【背景技術】
【０００３】
癌の化学療法に関連する主な問題のうちの１つは、同一の組織構造を有する個々の対象が、所定の薬剤または所定の治療プロトコルに同じように反応しないことにある。反応範囲は、乳癌等の化学療法感受性腫瘍であっても大きく変動し得る。薬剤投与量、薬剤の組み合わせ、および投与スケジュール、対象の年齢および状態、腫瘍局在性等の多くの薬物感受性の決定因子が周知であるが、所定の腫瘍の固有の感受性は、依然として評価するのが困難な重要な要因である。
【０００４】
処置の有効性を改善する戦略の１つとして、薬剤処置を腫瘍細胞の感受性の関数として個別化することが挙げられる。対象における薬剤の有効性の程度を予測する方法は、具体的には、薬剤および化学療法薬剤群に対する腫瘍細胞（生検中に採取される）の体外または生体外試験に基づく。このような戦略は、体内の化学療法感受性の予測が良好でなく、時間を要し、手動的であり、かつ費用が掛かるといういくつかの制限を有する。新しい癌のサブタイプの識別によって、より特異的で、より有効で、およびより毒性の低い治療の提供が見込まれる。この腫瘍サブセットは、一般的に使用される化学療法剤に対して難治性であるため、予後不良に関連する（Ｓｏｒｌｉｅ， ｅｔ ａｌ．， ２００１， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９８：１０８６９／非特許文献１）。治療目的を有効に標的とされ得る難治性癌に関連する具体的な分子経路における識別について、これまでほとんど進歩していない。
【０００５】
ヒトのトポイソメラーゼＩ（トポＩ）は、種々のＤＮＡトランスアクションに関与する必須かつ普遍的な酵素である。新しい種類の抗癌剤（カンプトセシン、本明細書において「ＣＰＴ」とも呼ばれる）の標的としてのトポＩの識別により、癌療法に関連するトポＩ構造−機能が急速に開発された。２つのＣＰＴ類似体であるトポテカンおよびイリノテカンは、現在、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、結腸、および卵巣癌、ならびに乳癌および子宮頸癌を含むいくつかの難治性癌における診療に使用されている。しかしながら、大部分の癌薬物のように、全ての患者が反応するとは限らず、この場合、患者の約３０％だけがトポＩ阻害剤に反応する。トポＩタンパク質レベルは、大部分の固形腫瘍において高く、そのため、トポＩレベルは、予測マーカーとして使用不可能である。加えて、トポＩは、ＣＰＴの特異的な標的であるが、トポＩの発現プロファイルは、予後指数を提供しない。臨床前研究に基づいて、これらの薬物に対する臨床的耐性が、（１）腫瘍における薬物の不十分な蓄積、または（２）トポＩの翻訳後修飾の結果であり得ることが考えられる。トポＩが、ユビキチンプロテアソーム経路（ＵＰＰ）によりＣＰＴに応答して細胞においてユビキチン化および分解することが実証されている。重要なことは、ＵＰＰ媒介分解の速度が、癌細胞が異なると変動し、ＣＰＴ感受性に相関することである。しかしながら、ＣＰＴに応答するトポＩのプロテアソーム分解に依存するユビキチン化の機構は、理解されていない。
【０００６】
一般的に使用される化学療法剤に対して難治性または無反応性である（具体的には、乳癌、肺癌、卵巣癌、脳癌、結腸癌、および前立腺癌等の上皮細胞癌において）腫瘍サブセットの満足な処置であって、対象が呈する無反応性を克服する処置が、本技術分野において大いに必要とされる。このような処置は、個体、特に、癌が特に一般的であり、かつ女性の個体において乳癌の発生率の高い高齢の個体の健康に劇的な影響を及ぼし得る。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｓｏｒｌｉｅ， ｅｔ ａｌ．， ２００１， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９８：１０８６９
【発明の概要】
【０００８】
本発明は、概して、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性を予測するための診断マーカーに関する。具体的には、本発明の一態様は、癌の処置におけるトポイソメラーゼＩ（トポＩ）阻害剤の有効性を判断するための方法に関する。具体的には、発明者は、トポＩが、ＤＮＡ−ＰＫによりＳ１０においてリン酸化し、ＢＲＡＣ１／ＢＡＲＤ１ヘテロ２量体およびその後続の分解によってそのユビキチン化することを本明細書において発見した。発明者は、トポＩのリン酸化の存在、具体的には、セリン１０（Ｓ１０）上のトポＩのリン酸化の存在が、迅速なトポＩ分解と、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはトポテカンおよびイリノテカン等のＣＴＰ類似体およびその誘導体等のトポＩ阻害剤に対する耐性とを示すことを発見した。したがって、本発明の一態様は、セリン１０上のトポＩのリン酸化の検出、すなわち、ＣＴＰおよびその類似体等のトポＩ阻害剤による薬物有効性の予後決定因子としての、癌を患っている対象からの生体試料におけるリン酸−トポＩ−Ｓ１０の検出に関する。
【０００９】
本発明の一態様は、トポイソメラーゼＩ阻害剤が癌を患っている対象に有効であるかを判断するための方法および組成物に関する。本発明の一態様は、トポＩポリペプチドのリン酸化の存在を判断するための方法に関し、トポＩポリペプチドのリン酸化の存在は、このような癌を患っている対象が、非リン酸化トポＩポリペプチドを含む癌を患っている対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して無反応（または、非反応）であり得ることを示す。本態様および本明細書に開示する全ての他の態様の一実施形態では、リン酸化は、トポＩポリペプチドのセリン残基のリン酸化であり、トポＩポリペプチドのセリン残基のリン酸化の存在は、癌が、トポＩ阻害剤に対して無反応（または非反応）であり得ることを示す。本態様および本明細書に開示する全ての他の態様の別の実施形態では、リン酸化は、トポＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）残基のリン酸化であり、トポＩポリペプチドのセリン１０残基（Ｓ１０）のリン酸化の存在は、癌を患っている対象が、対応する残基がリン酸化されない対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して無反応（または非反応）であり得ることを示す。本態様および本明細書に開示する全ての他の態様の別の実施形態では、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の欠如の検出、具体的には、セリン１０（Ｓ１０）上のトポＩポリペプチドのリン酸化の特定の欠如は、このような癌がトポＩ阻害剤に対して反応し得ることを示す。
【００１０】
いくつかの実施形態では、トポＩポリペプチドのセリン１０残基（Ｓ１０）のリン酸化の一存在は、癌を患っている対象が、対応する残基がリン酸化されない対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して無反応（または非反応）であり得ることを示す。本発明の一態様は、対象におけるＳ１０トポＩポリペプチドのリン酸化のレベルを格付けするステップに関する。例えば、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドのレベルは、非リン酸Ｓ１０トポＩポリペプチドに比べて、４つのレベルに分類または格付け可能であり、この場合、例えば、レベル１は、約０％レベルのリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドであり、対象が、トポＩ阻害剤に完全に反応し得ることを示し、レベル２は、約１０〜２５％レベルのリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドであり、対象が、トポＩ阻害剤に対して部分的に反応し得ることを示し、レベル３は、２５〜５０％のレベルのリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドであり、対象が、トポＩ阻害剤に対して非反応であり得ることを示し、レベル４は、５０％を上回る、例えば、少なくとも５０％、または少なくとも約６０％または少なくとも約７０％または少なくとも約８０％または少なくとも約９０％または少なくとも約１００％のリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの任意のレベルであり、対象が、トポＩ阻害剤に対して完全に無反応であり得ることを示す。言い換えると、対象がトポＩ阻害剤に対して反応する可能性は、非リン酸Ｓ１０トポＩポリペプチドの程度に比べて、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの程度で格付け可能であり、これは、４つのレベル、つまり、グレード１（０〜１０％）、２（１０〜２５％）、３（２５〜５０％）、または４（＞５０％）で格付け可能であり、この場合、レベル１は、対象がトポＩ阻害剤に対して反応し得ることを示し、レベル２は、レベル１に比べて、対象がトポＩ阻害剤に対して部分的に反応し得る（すなわち、約５０％以下の反応）ことを示し、レベル３は、対象が、レベル１に分類される対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して非反応であり得ること（すなわち、対象は、約１０％以下のトポＩ阻害剤の有効性を有する）ことを示し、レベル４は、レベル１に分類された対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して完全に非反応であり得ること（すなわち、対象は、約５％または約２％以下のトポＩ阻害剤の有効性を有する）ことを示す。他の実施形態では、４を上回るレベルの分類を使用することが可能であり、例えば、少なくとも５、または少なくとも６、または少なくとも７、または少なくとも８、または少なくとも９のレベルまたは９を上回る異なる分類レベルを使用することが可能である。
【００１１】
いくつかの実施形態では、対象が一定の既定の閾値レベルを上回って識別される場合、対象は、トポＩ阻害剤に対して非反応である得ると識別され得る。いくつかの実施形態では、既定の閾値レベルは、約レベル３であり、この場合、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの％（全トポＩポリペプチドからの）は、約２５％以上であり、対象は、３未満（すなわち、２５％未満）の閾値レベルを有する対象に比べて、トポＩ阻害剤に対して非反応であり得る。したがって、いくつかの実施形態では、対象がトポＩ阻害剤に対して非反応であり得るかを識別するための既定の閾値レベルは２５％以上であり、この場合、全トポＩポリペプチドに対して２５％以上（すなわち、約少なくとも３０％または少なくとも約４０％または少なくとも約５０％または少なくとも約６０％以上）の％のリン酸−Ｓ１０トポＩ阻害剤を有する対象は、トポＩ阻害剤に対して非反応であると識別され、一方、全トポＩポリペプチドに対して２５％未満（すなわち、約２０％または約１０％または約５％または約２％未満）の％のリン酸−Ｓ１０トポＩ阻害剤を有する対象は、トポＩ阻害剤に対して反応するまたは部分的に反応すると識別される。
【００１２】
本発明の別の態様は、対象における癌を処置するための方法に関し、本方法は、対象からの癌細胞を含む生体対象におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、トポＩポリペプチドのリン酸化のレベルを検出するステップであって、具体的には、トポＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを検出するステップとを含み、トポＩポリペプチドが、例えば残基Ｓ１０においてリン酸化される場合、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別される。癌細胞は、一実施形態において、対象から採取され、本明細書に説明する方法、キット、機械、ならびにコンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒体によって試験される。
【００１３】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得ると識別される対象は、ＣＰＴ、またはトポテカンおよびイリノテカン等のその類似体等であるがこれらに限定されない治療的に有効な量のトポＩ阻害剤によって、単独で、または他の治療薬および／もしくは抗癌薬と組み合わせて処置可能である。
【００１４】
いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤は、例えば、ＣＰＴ、またはトポテカンおよびイリノテカン等のその類似体および誘導体に限られない化学療法薬剤であり、これらの用語は、本明細書において定義される。本発明の別の態様は、癌に罹患する対象または癌を発現する危険性を有する対象を処置および／または予防するための方法であって、トポＩポリペプチド（リン酸−トポＩ）のリン酸化の存在を判断するステップを含む方法を提供し、特定の実施形態では、本方法は、トポＩポリペプチド（リン酸（phosphor）−Ｓ１０−トポＩ）のセリン１０（Ｓ１０）残基におけるリン酸化の存在を判断するステップを含む。他の実施形態では、方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体を使用して、生体試料におけるトポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、リン酸−トポＩの存在、より具体的には、生体試料におけるリン酸−Ｓ１０−トポＩポリペプチドの存在を判断する。
【００１５】
一実施形態では、当業者に既知である任意の手段を使用して、トポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、対象の癌におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断することが可能である。したがって、本発明は、任意の体内検出方法、任意の生体外検出方法、または任意の体外検出方法を使用して、トポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、癌を患っている対象におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断することを包含する。いくつかの実施形態では、本方法は、当業者に一般に知られている高スループット自動免疫組織化学方法である。別の実施形態では、体内検出方法は、例えば、対象に対する抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体等の標識抗体であるがこれに限定されないものを対象に投与することによって、トポＩポリペプチドのリン酸化状態、具体的には、対象に存在する癌におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断することができ、標識抗体には、例えば、ルシフェラーゼ抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体等の放射性標識、または蛍光標識、または生物発光標識、または代替として、放射性標識ヌクレオチドが含まれ、検出モジュール、例えば、ＭＲＩ、ＣＡＴ走査、または他の体内撮像機械等の体内撮像カメラまたは機械を使用して、対象における抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体の存在を判断し、一実施形態では、検出モジュールからの出力データは、本明細書に開示するコンピュータシステムもしくはコンピュータ可読媒体を使用して分析され、または代替実施形態では、検出モジュールの出力データは、本明細書に説明する機械の比較モジュールに接続されるストレージモジュールによって受信される。
【００１６】
別の実施形態では、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポＩポリペプチドのリン酸化状態を、対象から採取した生体試料において判断することができ、生体試料は、生体試料におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポＩポリペプチドのリン酸化状態を判断する検出モジュールに配置され、検出モジュールの出力データは、本明細書に説明する機械の比較モジュールに接続されるストレージモジュールによって受信されるか、または代替実施形態では、検出モジュールの出力データは、本明細書に開示するコンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒体によって分析される。
【００１７】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示する方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体によってトポＩ阻害剤に対して非反応であると識別される対象には、トポＩ阻害剤以外の化学療法剤を含む医薬組成物が投与される。代替実施形態では、対象には、トポＩ阻害剤と、トポＩ阻害剤に対する対象の感受性を増加させる薬剤（本明細書において「トポＩ阻害剤感受性薬剤」と呼ばれる）とが投与可能であり、トポＩ阻害剤感受性薬剤は、トポＩポリペプチドの脱リン酸化を増加させることが可能であり、具体的には、トポＩポリペプチドセリン１０（Ｓ１０）の脱リン酸化を増加させることが可能である。別の実施形態では、トポＩ阻害剤感受性薬剤は、例えば抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体または拮抗薬または２−モリホリン−４−イル−ベンゾ［ｈ］クロメン−４−オンとしても既知であるＮＵ７０２６等であるがこれに限定されないＤＮＡ−ＰＫの阻害剤ならびにその誘導体および類似体等のトポＩポリペプチドのリン酸化を阻害する拮抗薬であることが可能である。したがって、本発明の一態様は、トポＩ阻害剤感受性薬剤と実質的に同時に、トポＩ阻害剤に対して非反応であると識別された対象にトポＩ阻害剤を同時投与するステップに関する。いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤を含むこのような医薬組成物は、単独で、またはトポＩ阻害剤（すなわち、トポＩポリペプチド上のＳ１０の脱リン酸化を増加させる薬剤等のトポＩ阻害剤感受性薬剤および／または抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体もしくはＤＮＡ−ＰＫの拮抗薬等のＳ１０上のトポＩリン酸化を阻害する薬剤）に対する対象の感受性を増加させる薬剤を含む医薬組成物の投与と実質的に同時、投与前、もしくは投与後に投与可能である。
【００１８】
本発明の一態様および本明細書に説明する全ての他の態様では、機械を使用して、生体試料におけるトポＩポリペプチドのリン酸化状態を判断することができ、例えば、対象からの生体試料に関するデータを入手するための機械は、生体試料を保持する生体試料容器と、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在を検出するように、例えば、出力データ、いくつかの実施形態では、コンピュータ可読媒体フォーマットの出力データを生成する生体試料におけるリン酸−Ｓ１０トポＩを検出するように構成される判断モジュールと、判断モジュールからの出力データを格納するように構成されるストレージ機器と、判断モジュールからの出力データを、格納された参照データおよび対照データ等のストレージ機器上に格納されるデータと比較するように適合される比較モジュールと、クライアントコンピュータにおいてユーザのために読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールとを備え、読み出されたコンテンツは、 （ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であって、例えば、読み出されたコンテンツは、リン酸−Ｓ１０トポＩの存在または非存在であることと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在、例えばリン酸−Ｓ１０トポＩの非存在と、（ｉｉｉ）リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポイソメラーゼＩのリン酸化の存在と、（ｉｖ）対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示す陽性試験結果（すなわち、陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陽性リン酸化状態）と、（ｖ）対象が、陽性リン酸化を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより反応し得ることを示す陰性試験結果（すなわち、陰性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陰性リン酸化状態）のうちの任意の１つまたは組み合わせを含む。
【００１９】
本発明の一態様は、対象がトポＩ阻害剤に対して反応するかを判断するために使用可能であるコンピュータシステムである。このようなある実施形態では、コンピュータシステムは、判断モジュールに接続され、生物標本に関する判断モジュールからの出力データを入手するように構成され、判断モジュールは、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在、例えば、対象内における、または対象から入手された生体試料におけるリン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在を判断するように構成され、コンピュータシステムは、判断モジュールからの出力データならびに参照データを格納するように構成される（ａ）ストレージ機器を備え、ストレージ機器は、（ｂ）比較モジュールに接続され、比較モジュールは、一実施形態では、ストレージ機器上に格納される出力データを、格納された参照データと比較するように適合され、代替実施形態では、出力データをそれ自体を比較するように適合され、比較モジュールは、報告データを生成し、クライアントコンピュータ上でユーザのために読み出されたコンテンツ（すなわち、比較モジュールからの報告データ）のページを表示するための（ｃ）ディスプレイモジュールに接続され、読み出されたコンテンツは、（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であって、例えば、読み出されたコンテンツは、リン酸−Ｓ１０トポＩの存在または非存在であることと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在、例えばリン酸−Ｓ１０トポＩの非存在と、（ｉｉｉ）リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポイソメラーゼＩのリン酸化の存在と、（ｉｖ）対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示す陽性試験結果（すなわち、陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陽性リン酸化状態）と、（ｖ）対象が、陽性リン酸化を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより反応し得ることを示す陰性試験結果（すなわち、陰性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陰性リン酸化状態）であるのうちの任意の１つまたは組み合わせを含む。
【００２０】
いくつかの実施形態では、比較モジュールは、ストレージ機器上に格納された出力データを、それ自体または格納された参照データと比較し、陽性試験結果を示す陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態（すなわち、リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在）を計算し、報告データを生成して、対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示し、比較モジュールからの報告データは、ディスプレイモジュールから読み出され、ディスプレイモジュール上に表示される。
【００２１】
本発明の一態様および本明細書に説明する全ての他の態様では、コンピュータ可読媒体を使用して、癌を患っている対象または癌の危険性のある対象からトポＩポリペプチドのリン酸化状態を判断することができ、例えば、コンピュータ可読媒体は、コンピュータ上で方法を実装するために判断モジュールおよび比較モジュールを含むソフトウェアモジュールを規定するために、コンピュータ可読命令がその上に記録され、上記方法は、 リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在または非存在等のトポＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在を測定した判断モジュールから参照データおよび出力データを格納するように構成されるストレージ機器と、報告データを生成する比較モジュールであって、ストレージ機器上に格納されたデータを比較するように、例えば、判断モジュールからの出力データを、それ自体または代替として参照データと比較するように適合される比較モジュールと、クライアントコンピュータ上において、ユーザのための、比較モジュールからの報告データである読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールとを備え、読み出されたコンテンツは、（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であって、例えば、読み出されたコンテンツは、リン酸−Ｓ１０トポＩの存在または非存在であることと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在、例えばリン酸−Ｓ１０トポＩの非存在と、（ｉｉｉ）リン酸−Ｓ１０トポＩポリペプチドの存在等のトポイソメラーゼＩのリン酸化の存在と、（ｉｖ）対象が、陰性リン酸化状態を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより非反応であり得ることを示す陽性試験結果（すなわち、陽性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陽性リン酸化状態）と、（ｖ）対象が、陽性リン酸化を有する癌を患っている対象よりも、トポＩ阻害剤に対してより反応し得ることを示す陰性試験結果（すなわち、陰性Ｓ１０トポＩリン酸化状態等の陰性リン酸化状態）のうちの任意の１つまたは組み合わせを含む。
【００２２】
また、本発明の別の態様は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別する方法であって、少なくとも１つの癌細胞においてトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップであって、リン酸化の存在は、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在が検出される癌に比べて、トポイソメラーゼ阻害剤に対してより非反応であり得る癌を識別するステップを含む方法に関する。
【００２３】
本発明の別の態様は、対象における癌を処置するための方法であって、 （ｉ）対象から入手した癌細胞を含む生体試料においてトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、（ｉｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのレベルを検出するステップであって、トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化される場合、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるか、またはトポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化されない場合、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るものとして識別されるステップと、（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗癌剤を対象に投与するステップであって、癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるステップとを含む方法に関する。
【００２４】
いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤は、配列番号２のトポＩポリペプチドまたはその変異体の拮抗薬であり、トポＩポリペプチドの拮抗薬は、トポＩポリペプチドの遺伝子発現および／または生物活性を阻害する当業者に一般に知られる任意の薬剤であり、例えば、抗体、抗体フラグメント、小分子、ペプチド、タンパク質、アンチセンス核酸、リボソーム、ＰＮＡ、ｓｉＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、アプタマーおよびペプチドアプタマー、ならびにこれらの誘導体およびフラグメント等の薬剤が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本発明の方法に有用なトポＩポリペプチドの拮抗薬は、核酸ベースの阻害剤、核酸構造体、ペプチドベースの阻害剤、またはそれをコード化するトポＩポリペプチドもしくはポリヌクレオチドの小分子阻害剤であることが可能である。いくつかの実施形態では、核酸阻害剤は、例えば、ｓｉＲＮＡ分子またはアンチセンス構造体等のＲＮＡｉ（ＲＮＡ干渉）薬剤であり得る。例示的トポＩ阻害剤は、本明細書に開示され、ＣＰＴ、またはトポテカンおよびイリノテカン等のその類似体が含まれるが、これらに限定されない。本発明が、トポ阻害剤に何を使用するかにかかわらず、対象がトポＩ阻害剤に対して反応することを判断するための方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体を提供することが包含される。いくつかの実施形態では、トポＩ阻害剤は、治療的および予防的抗癌処置を含む抗癌処置として使用されるが、しかしながら、トポＩ阻害剤は、トポＩ阻害剤の使用が所望される非癌性の病気または疾患の処置、例えば、細胞死が所望の結果である任意の処置戦略に使用可能である。
【００２５】
本発明の別の態様は、配列番号１のリン酸化セリン残基もしくは配列番号４上のリン酸化セリン残基、または配列番号２のアミノ酸配列のポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）に対して特異親和性を有して結合する単離抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体を提供する。
【００２６】
本発明の別の態様は、トポＩ阻害剤に対する対象または癌もしくは癌細胞の感受性を増加させるための方法であって、トポＩ阻害剤の有効量と、トポＩ阻害剤感受性薬剤（すなわち、トポＩ阻害剤に対する癌細胞の感受性を増加させる薬剤）との有効量の組み合わせを、対象または癌細胞に投与するステップを含み、トポＩ阻害剤感受性薬剤には、例えば、トポＩポリペプチドのＳ１０の脱リン酸化を増加させる薬剤、および／または抗リン酸−Ｓ１０トポＩ抗体もしくはＤＮＡ−ＰＫの拮抗薬等のＳ１０上のトポＩリン酸化を阻害する薬剤が含まれ得るが、これらに限定されない。
【００２７】
いくつかの実施形態では、開示される方法、キット、機械、コンピュータシステム、およびコンピュータ可読媒体は、対象がトポＩ阻害剤に対して反応し得るかを判断するのに有用であり、トポＩ阻害剤は、癌の処置に使用され、本発明は、ＳＣＬＣ癌、結腸癌、卵巣癌、または難治性癌、例えば、乳癌もしくは子宮頸癌から成る群から選択可能である腫瘍等であるがこれらに限定されない癌の予防および／または処置に有用である。他の実施形態では、本明細書に開示する方法での処置に有用である癌は、トポＩ阻害剤により処置可能な任意の癌であるか、またはトポＩ阻害剤による処置が望ましく、 消化管癌、胃癌、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭頸部癌、肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、リンパ腫、肉腫、原発性および転移性黒色腫、胸腺腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、神経系の癌、脳癌、骨髄癌、骨癌、腎臓癌、子宮癌、子宮頸癌、結腸癌、網膜癌、皮膚癌、膀胱癌、結腸癌、食道癌、精巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、消化管癌、歯肉癌、舌癌、腎臓癌、鼻咽頭癌、胃癌、子宮内膜癌および腸腫瘍細胞癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、および膵臓癌等の腺癌から成る群における任意の癌から選択可能である。具体的には、癌は、乳癌、例えば、トリプルネガティブサブタイプの乳癌である。一実施形態では、トポＩ阻害剤は、癌の処置に使用される。いくつかの実施形態では、癌は、上皮性起源であり、例えば、癌は、消化管癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭頸部癌、肺癌、小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、肝臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、および膀胱癌であるが、これらに限定されない。
【００２８】
本発明のいくつかの態様では、対象がトポＩ阻害剤に対して反応すると識別される場合、本明細書に開示するトポＩ阻害剤を含む医薬組成物は、単独で、または１つ以上の他の治療剤とともに投与可能である。例えば、癌の処置では、医薬組成物は、例えば、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、温熱療法、免疫療法、外科的切除、および当業者に一般に知られる代替の癌療法等の抗癌療法の投与と実質的に同時に、または投与後に投与可能である。このような抗癌療法は、本明細書に開示する医薬組成物の投与前、投与中、または投与後に投与可能である。いくつかの実施形態では、抗癌療法は、対象に１回または複数回投与される。
【００２９】
本明細書に説明する任意の方法または組成物が、任意の他の方法または組成物について実装可能であることが想定される。他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明白になる。しかしながら、本発明の精神および範囲内における種々の変更および修正が、この詳細な説明から明らかになることから、詳細な説明および具体的な例が、本発明の具体的な実施形態を示す一方で、例証のみとして提供されることを理解されたい。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１Ａ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ａは、ＨｅＬａ細胞核溶解物を、グルタチオンセファロースビーズに結合されるＧＳＴおよびＧＳＴ−トポＩで培養し、ＰＢＳによる広範な洗浄後、吸着質を高塩濃度緩衝液（３５０ｍＭおよび５００ｍＭ ＮａＣｌを含むＰＢＳ）で溶出したことを示す。吸着質をＳＤＳ−ＰＡＧＥおよび銀染色で分析した。タンパク質バンドを切断し、質量分析によるタンパク質識別のためにゲル内消化を行った。
【図１Ｂ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｂは、グルタチオンビーズに結合されるＧＳＴおよびＧＳＴ−トポＩを精製Ｋｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体（Ｋｕ７０／８０ヘテロ２量体を含有する）で培養し、吸着質を標示抗体（indicated antibody）による免疫ブロット法で分析したことを示す。トポＩＧＳＴに直接結合するタンパク質を判断するために、グルタチオンビーズに結合されるＧＳＴ−Ｋｕ７０およびＧＳＴ−Ｋｕ８０をトポＩタンパク質で培養した。
【図１Ｃ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｃは、抗トポＩによる免疫ブロット分析で吸着質を分析したことを示す。
【図１Ｄ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｄは、トポＩの特異的Ｋｕ７０結合領域を、トポＩフラグメントの培養により判断したことを示す。
【図１Ｅ】Ｋｕ７０／８０がトポＩと会合することを示す。図１Ｅは、精製Ｋｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体によるグルタチオンビーズへの結合を示し、抗Ｋｕ７０抗体による免疫ブロット法により吸着質を分析した。
【図２Ａ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ａは、ＨｅＬａ細胞溶解物を、抗Ｋｕ７０、抗Ｋｕ８０、抗ＤＮＡ−ＰＫにより免疫沈降させたことを示す。
【図２Ｂ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｂは、抗トポＩによるＨｅＬａ細胞溶解物の免疫沈降と、抗Ｋｕ−８０による免疫ブロット法とを示す。
【図２Ｃ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｃは、抗トポＩによるＨｅＬａ細胞溶解物の免疫沈降と、抗Ｋｕ−７０による免疫ブロット法とを示す。
【図２Ｄ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｄは、抗ＢＲＣＡ１またはＰＩＲＳ（対照）によるＨｅＬａ細胞溶解物の免疫沈降と、抗トポＩによる免疫ブロット法とを示す。
【図２Ｅ】トポＩがＫｕ−ＤＮＡ−ＰＫ複合体およびＢＲＣＡ１と会合することを示す。図２Ｅは、抗ＨＡによるＨｅＬａ細胞溶解物を発現するＨＡ−ＢＲＣＡ１の免疫沈降と、抗ＢＲＣＡ１による免疫ブロット法とを示す。沈殿物を標示抗体による免疫ブロット法で分析した。
【図３Ａ】ＤＮＡ−ＰＫがトポＩをリン酸化することを示す。精製ＧＳＴ−トポＩ（５μｇ；左レーン）を、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰまたは冷却ＡＴＰを含有するキナーゼ緩衝剤（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２および１０ｍＭ ＭｎＣｌ２）中でＤＮＡ−ＰＫにより３０℃で３０分間培養した。図３Ａは、反応生成物のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析とオートラジオグラフィー（左レーン）とを示す。また、図３Ａは、トポＩの非存在における同一の反応の対照（右レーン）としての比較も示す。図３Ａに示すＧＳＴ−トポＩタンパク質バンド（左レーン）を小片に切断し、トリプシン消化のために処理した。トリプシン消化されたトポＩペプチドを質量分析により分析した。
【図３Ｂ】ＤＮＡ−ＰＫがトポＩをリン酸化することを示す。精製ＧＳＴ−トポＩ（５μｇ；左レーン）を、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰまたは冷却ＡＴＰを含有するキナーゼ緩衝剤（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２および１０ｍＭ ＭｎＣｌ２）中でＤＮＡ−ＰＫにより３０℃で３０分間培養した。図３Ｂは、リン酸ペプチドをＩＭＡＣカラムにより濃縮してからＬＣ−ＭＳ−ＭＳ（Ｑ−Ｓｔａｒ，ＡＢＩ）により分析したことを示す。
【図４Ａ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ａは、抗ユビキチン抗体を使用する免疫ブロット分析を示す。グルタチオンビーズに結合されるＧＳＴ−トポＩをＤＮＡ−ＰＫでリン酸化した。キナーゼ反応を停止し、リン酸化トポＩの一部を子牛の腸ホスホリラーゼ（ＣＩＰ）で脱リン酸化した。リン酸化および脱リン酸化の両方のトポＩをキット（Ｂｏｓｔｏｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）を使用してユビキチン化し、反応を停止し、ビーズを洗浄し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ緩衝剤中でビーズを沸騰させてトポＩを希釈した。
【図４Ｂ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ｂは、抗ユビキチンによる希釈したトポＩの免疫ブロット法分析を示す。ＧｅｎｅＰｏｒｔｅｒ２キット（Ｇｅｎｅｌａｎｔｉｓ）を使用して一時的トランスフェクションによりＨｅＬａ細胞においてＧＦＰ−トポＩを発現した。一時的トランスフェクションの同一の方法を使用して、ＢＡＲＤ１およびＢＲＣＡ１を過剰発現した。ＧＦＰ−トポＩの発現およびＢＡＲＤ１の過剰発現ならびＧＦＰ−トポＩ単体の発現により陰性対照を確立した。
【図４Ｃ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ｃは、抗トポＩ抗体を使用する免疫ブロット法によるＧＦＰ−トポＩ分解の細胞融解物の分析を示す。
【図４Ｄ】ＢＲＣＡ１がトポＩユビキチン化のＥ３リガーゼであることを示す。７００ｎｇのトポＩを、ユビキチン化緩衝剤（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．９）、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、２ｍＭ ＮａＦ、２ｍＭ ＡＴＰ、６０ｍＭ ＫＣｌ、１ｕＭ ユビキチン）中で、２００ｎＭ Ｅ１−Ｈｉｓ（Ｅ１）、５μＭ ＵｂｃＨ５ｃ−Ｈｉｓ（Ｅ２）、および２００ｎｇのＢＲＣＡ１−Ｆｌａｇ／ＢＡＲＤ１で培養し、３７℃で３０分間培養した。図４Ｄは、図４Ｃからの溶離試料１、２、および３中のトポＩの％を示す。
【図５Ａ】ＢＲＣＡ１依存ユビキチン化およびＢＴ４７４細胞におけるトポＩのプロテアソーム分解を示す。図５Ａは、ウイルス形質導入により送達されたｓｈＲＮＡによるＢＲＣＡ１のサイレンシングをＢＴ４７４細胞が受けたことを示す。
【図５Ｂ】ＢＲＣＡ１依存ユビキチン化およびＢＴ４７４細胞におけるトポＩのプロテアソーム分解を示す。図５Ｂは、ＢＲＣＡ１によりサイレンスされたおよびサイレンスされないＢＴ４７４細胞の抗トポＩによる免疫ブロット分析を示し、２時間および６時間のＣＰＴによる処置を示す。図５Ａおよび図５Ｂにおけるタンパク質レベルを、抗βアクチンによる細胞溶解物の免疫ブロット分析により判断した。
【図５Ｃ】ＢＲＣＡ１依存ユビキチン化およびＢＴ４７４細胞におけるトポＩのプロテアソーム分解を示す。図５Ｃは、０時間、３時間、および６時間のＣＰＴによる処理後の（図５Ｂ）、対照細胞と比べたｓｉＲＮＡ処置ｓｉＢＲＣＡ１細胞における％トポＩ発現レベルの定量化を示す。
【図６Ａ】Ｓ１０Ａ突然変異体をＤＮＡ−ＰＫによりリン酸化しないことを示す。精製ＧＳＴ−トポＩ（５μｇ；左レーン）およびＧＳＴ−トポＩＳ１０Ａ（突然変異体）（右レーン）を、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰまたは冷却ＡＴＰを含有するキナーゼ緩衝剤（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．４、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２および１０ｍＭ ＭｎＣｌ２）中で、３０℃で３０分間培養した。図６Ａは、反応生成物のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析およびオートラジオグラフィーを示す。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象からの生体試料に関するデータを入手するための機械であって、
ａ．前記生体試料を保持するための生体試料容器と、
ｂ．前記生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在を検出するように構成される判断モジュールと、
ｃ．前記判断モジュールから出力されたデータを格納するように構成されるストレージ機器と、
ｄ．前記ストレージ機器上に格納される前記データを対照データと比較するように適合される比較モジュールと、
ｅ．クライアントコンピュータ上にユーザのために読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（ｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（ｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（ｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（ｉｖ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える前記機械。
【請求項２】
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、請求項１に記載の機械。
【請求項３】
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを測定する、請求項１に記載の機械。
【請求項４】
リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、請求項２または３に記載の機械。
【請求項５】
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも１つのタンパク質結合部分と接触させる、請求項４に記載の機械。
【請求項６】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項５に記載の機械。
【請求項７】
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、請求項６に記載の機械。
【請求項８】
前記生体試料が、癌または少なくとも１つの癌細胞を含む、請求項１に記載の機械。
【請求項９】
前記癌細胞が、癌幹細胞である、請求項８に記載の機械。
【請求項１０】
前記生体試料が、組織試料、腫瘍試料、生検試料、生体外培養試料、生体外培養腫瘍試料、外科的に解離した組織試料、血液試料、血漿試料、癌試料、リンパ液試料、原発腹水料から成る群から選択される、請求項１に記載の機械。
【請求項１１】
前記癌が、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、結腸癌、卵巣癌、乳癌、および子宮頸癌から成る群から選択される、請求項８に記載の機械。
【請求項１２】
前記癌が、難治性癌である、請求項８に記載の機械。
【請求項１３】
前記癌が、消化管癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭部の扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頸部、肺、および食道の扁平上皮細胞癌、頭頸部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、脳癌、骨髄癌、骨癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、膀胱癌、結腸癌、食道癌、精巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、消化管癌、歯肉癌、舌癌、腎臓癌、鼻咽頭癌、胃癌、子宮内膜癌、ならびに腸腫瘍細胞癌の群から選択される、請求項８に記載の機械。
【請求項１４】
前記乳癌が、トリプルネガティブサブタイプ乳癌；またはエストロゲン受容体（ＥＲ）、前記プロゲステロン受容体（ＰＲ）の発現を欠く、およびＨｅｒ−２発現を欠く癌である、請求項１１に記載の機械。
【請求項１５】
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項１に記載の機械。
【請求項１６】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項１に記載の機械。
【請求項１７】
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、請求項１に記載の機械。
【請求項１８】
前記対象が、ヒト対象である、請求項１に記載の機械。
【請求項１９】
生物標本に関するデータを入手するためのコンピュータシステムであって、
（ａ）リン酸化情報を受信するように構成される判断モジュールであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのセリン１０（Ｓ１０）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記判断モジュールと、
（ｂ）前記判断モジュールからの出力されたデータを格納するように構成されるストレージ機器と、
（ｃ）前記ストレージ機器上に格納された前記データを参照データと比較し、かつ読み出されたコンテンツを提供するように適合される比較モジュールと、
（ｄ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（v）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（vｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（vｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（vｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える、前記コンピュータシステム。
【請求項２０】
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２１】
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを測定する、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２２】
リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、請求項２０または２１に記載のコンピュータシステム。
【請求項２３】
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも１つのタンパク質結合部分と接触させる、請求項２２に記載のコンピュータシステム。
【請求項２４】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項２３に記載のコンピュータシステム。
【請求項２５】
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、請求項２４に記載のコンピュータシステム。
【請求項２６】
前記生体試料が、癌または少なくとも１つの癌細胞を含む、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２７】
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２８】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項２７に記載のコンピュータシステム。
【請求項２９】
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項３０】
前記対象が、ヒト対象である、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項３１】
コンピュータ上で方法を実装するために判断モジュールおよび比較モジュールを含むソフトウェアモジュールを規定するために、コンピュータ可読命令がその上に記録されるコンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
（ａ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化情報に関するデータを格納するステップであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）前記判断モジュールからの出力されたトポイソメラーゼＩのセリン１０（Ｓ１０）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記ステップと、
（ｂ）前記ストレージ機器上に格納される前記データを参照データと、前記比較モジュールで比較し、読み出されたコンテンツを提供するステップと、
（ｃ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツを表示するステップであって、トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化レベルは、プロファイルであり、前記プロファイルは、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対する癌の反応性を示し、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の検出の非存在は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る癌を示し、１０％を上回るリン酸化の存在は、前記癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して無反応であり得ることを示すステップと、
を含む方法である、前記コンピュータ可読媒体。
【請求項３２】
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３３】
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを測定する、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３４】
前記リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、請求項３２および３３に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３５】
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも１つのタンパク質結合部分と接触させる、請求項３４に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３６】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項３５に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３７】
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３８】
前記生体試料が、癌または少なくとも１つの癌細胞を含む、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３９】
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項３１に記載のコンピュータシステム。
【請求項４０】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項３９に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４１】
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４２】
前記対象が、ヒト対象である、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４３】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１に記載の機械の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４４】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１に記載の機械の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４５】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１９に記載のコンピュータシステムの使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４６】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１９に記載のコンピュータシステムの使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４７】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４８】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４９】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別する方法であって、少なくとも１つの癌細胞におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップを含み、リン酸化の存在がトポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在が検出される癌に比べて、トポイソメラーゼ阻害剤に対してより非反応であり得る前記癌を識別する、前記方法。
【請求項５０】
対象における癌を処置するための方法であって、
（ｉ）前記対象から入手した癌細胞を含む生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのレベルを検出するステップであって、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化される場合、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であるものとして識別されるか、または前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化されない場合、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るものとして識別されるステップと、
（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗癌剤を対象に投与するステップであって、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるステップと、
を含む、前記方法。
【請求項５１】
前記トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化が、トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化である、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５３】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記対象が、ヒトである、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５５】
リン酸化トポイソメラーゼＩに対して特異親和性を有するタンパク質結合部分であって、前記リン酸化トポイソメラーゼＩが、前記セリン１０（Ｓ１０）アミノ酸残基においてリン酸基を含む、タンパク質結合部分。
【請求項５６】
前記タンパク質結合部分が、抗体またはそのフラグメントである、請求項５５に記載のタンパク質結合部分。
【請求項５７】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項５５に記載のタンパク質結合部分。
【請求項５８】
請求項４９または５０に記載の方法に従って、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別するための、請求項５５に記載のタンパク質結合部分の使用。
【請求項５９】
請求項５５に記載の前記タンパク質結合部分を含む、キット。
【請求項１】
対象からの生体試料に関するデータを入手するための機械であって、
ａ．前記生体試料を保持するための生体試料容器と、
ｂ．前記生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在を検出するように構成される判断モジュールと、
ｃ．前記判断モジュールから出力されたデータを格納するように構成されるストレージ機器と、
ｄ．前記ストレージ機器上に格納される前記データを対照データと比較するように適合される比較モジュールと、
ｅ．クライアントコンピュータ上にユーザのために読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（ｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（ｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（ｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（ｉｖ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える前記機械。
【請求項２】
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、請求項１に記載の機械。
【請求項３】
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを測定する、請求項１に記載の機械。
【請求項４】
リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、請求項２または３に記載の機械。
【請求項５】
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも１つのタンパク質結合部分と接触させる、請求項４に記載の機械。
【請求項６】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項５に記載の機械。
【請求項７】
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、請求項６に記載の機械。
【請求項８】
前記生体試料が、癌または少なくとも１つの癌細胞を含む、請求項１に記載の機械。
【請求項９】
前記癌細胞が、癌幹細胞である、請求項８に記載の機械。
【請求項１０】
前記生体試料が、組織試料、腫瘍試料、生検試料、生体外培養試料、生体外培養腫瘍試料、外科的に解離した組織試料、血液試料、血漿試料、癌試料、リンパ液試料、原発腹水料から成る群から選択される、請求項１に記載の機械。
【請求項１１】
前記癌が、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、結腸癌、卵巣癌、乳癌、および子宮頸癌から成る群から選択される、請求項８に記載の機械。
【請求項１２】
前記癌が、難治性癌である、請求項８に記載の機械。
【請求項１３】
前記癌が、消化管癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頭部の扁平上皮細胞癌（ＳＣＣ）、頸部、肺、および食道の扁平上皮細胞癌、頭頸部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、脳癌、骨髄癌、骨癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、膀胱癌、結腸癌、食道癌、精巣癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、膵臓癌、性器−膀胱癌、消化管癌、歯肉癌、舌癌、腎臓癌、鼻咽頭癌、胃癌、子宮内膜癌、ならびに腸腫瘍細胞癌の群から選択される、請求項８に記載の機械。
【請求項１４】
前記乳癌が、トリプルネガティブサブタイプ乳癌；またはエストロゲン受容体（ＥＲ）、前記プロゲステロン受容体（ＰＲ）の発現を欠く、およびＨｅｒ−２発現を欠く癌である、請求項１１に記載の機械。
【請求項１５】
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項１に記載の機械。
【請求項１６】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項１に記載の機械。
【請求項１７】
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、請求項１に記載の機械。
【請求項１８】
前記対象が、ヒト対象である、請求項１に記載の機械。
【請求項１９】
生物標本に関するデータを入手するためのコンピュータシステムであって、
（ａ）リン酸化情報を受信するように構成される判断モジュールであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩのセリン１０（Ｓ１０）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記判断モジュールと、
（ｂ）前記判断モジュールからの出力されたデータを格納するように構成されるストレージ機器と、
（ｃ）前記ストレージ機器上に格納された前記データを参照データと比較し、かつ読み出されたコンテンツを提供するように適合される比較モジュールと、
（ｄ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツのページを表示するためのディスプレイモジュールであって、
（v）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩポリペプチドの存在であり、および／または
（vｉ）前記読み出されたコンテンツが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の存在または非存在であり、および／または
（vｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るという信号であり、および／または
（vｉｉｉ）前記読み出されたコンテンツが、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在であり、前記対象がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であり得る信号である、前記ディスプレイモジュールと、
を備える、前記コンピュータシステム。
【請求項２０】
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２１】
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを測定する、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２２】
リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、請求項２０または２１に記載のコンピュータシステム。
【請求項２３】
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも１つのタンパク質結合部分と接触させる、請求項２２に記載のコンピュータシステム。
【請求項２４】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項２３に記載のコンピュータシステム。
【請求項２５】
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、請求項２４に記載のコンピュータシステム。
【請求項２６】
前記生体試料が、癌または少なくとも１つの癌細胞を含む、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２７】
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項２８】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項２７に記載のコンピュータシステム。
【請求項２９】
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項３０】
前記対象が、ヒト対象である、請求項１９に記載のコンピュータシステム。
【請求項３１】
コンピュータ上で方法を実装するために判断モジュールおよび比較モジュールを含むソフトウェアモジュールを規定するために、コンピュータ可読命令がその上に記録されるコンピュータ可読媒体であって、前記方法が、
（ａ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化情報に関するデータを格納するステップであって、前記リン酸化情報が、
（ｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベル、または
（ｉｉ）前記判断モジュールからの出力されたトポイソメラーゼＩのセリン１０（Ｓ１０）上のリン酸化が存在するか否か、
を含む、前記ステップと、
（ｂ）前記ストレージ機器上に格納される前記データを参照データと、前記比較モジュールで比較し、読み出されたコンテンツを提供するステップと、
（ｃ）前記ユーザのために前記読み出されたコンテンツを表示するステップであって、トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化レベルは、プロファイルであり、前記プロファイルは、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対する癌の反応性を示し、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の検出の非存在は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る癌を示し、１０％を上回るリン酸化の存在は、前記癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して無反応であり得ることを示すステップと、
を含む方法である、前記コンピュータ可読媒体。
【請求項３２】
前記判断モジュールが、トポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定する、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３３】
前記判断モジュールが、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化のレベルを測定する、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３４】
前記リン酸化のレベルが、タンパク質結合部分を使用して測定される、請求項３２および３３に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３５】
前記判断モジュールが、前記生体試料を少なくとも１つのタンパク質結合部分と接触させる、請求項３４に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３６】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項３５に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３７】
前記判断モジュールが、免疫ブロット分析、免疫組織化学的分析；ＥＬＩＳＡ、イソ型に特異的な化学的もしくは酵素的開裂、タンパク質配列、または質量分析から成る群から選択される方法を使用して、トポイソメラーゼＩのリン酸化の存在を検出する、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３８】
前記生体試料が、癌または少なくとも１つの癌細胞を含む、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項３９】
トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項３１に記載のコンピュータシステム。
【請求項４０】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項３９に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４１】
前記対象が、癌を患っているか、または癌を患っている可能性のあると認められる対象である、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４２】
前記対象が、ヒト対象である、請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４３】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１に記載の機械の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４４】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１に記載の機械の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４５】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１９に記載のコンピュータシステムの使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４６】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項１９に記載のコンピュータシステムの使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４７】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４８】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応する癌の可能性を識別するための請求項３１に記載のコンピュータ可読媒体の使用であって、前記機械がトポイソメラーゼＩポリペプチド上のセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化の非存在をそのディスプレイモジュールから表示する場合に、癌がトポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得る、前記使用。
【請求項４９】
トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別する方法であって、少なくとも１つの癌細胞におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップを含み、リン酸化の存在がトポイソメラーゼＩのリン酸化の非存在が検出される癌に比べて、トポイソメラーゼ阻害剤に対してより非反応であり得る前記癌を識別する、前記方法。
【請求項５０】
対象における癌を処置するための方法であって、
（ｉ）前記対象から入手した癌細胞を含む生体試料におけるトポイソメラーゼＩポリペプチドのリン酸化のレベルを測定するステップと、
（ｉｉ）トポイソメラーゼＩポリペプチドのレベルを検出するステップであって、前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化される場合、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であるものとして識別されるか、または前記トポイソメラーゼＩポリペプチドがリン酸化されない場合、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して反応し得るものとして識別されるステップと、
（ｉｉｉ）トポイソメラーゼＩ阻害剤以外の抗癌剤を対象に投与するステップであって、前記癌は、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応であると識別されるステップと、
を含む、前記方法。
【請求項５１】
前記トポイソメラーゼＩポリペプチドの前記リン酸化が、トポイソメラーゼＩポリペプチドのセリン１０（Ｓ１０）のリン酸化である、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記トポイソメラーゼＩ阻害剤が、カンプトセシン（ＣＰＴ）またはその類似体もしくは模倣剤である、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５３】
ＣＰＴの類似体が、トポテカンおよびイリノテカンから成る群から成る、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記対象が、ヒトである、請求項４９または５０に記載の方法。
【請求項５５】
リン酸化トポイソメラーゼＩに対して特異親和性を有するタンパク質結合部分であって、前記リン酸化トポイソメラーゼＩが、前記セリン１０（Ｓ１０）アミノ酸残基においてリン酸基を含む、タンパク質結合部分。
【請求項５６】
前記タンパク質結合部分が、抗体またはそのフラグメントである、請求項５５に記載のタンパク質結合部分。
【請求項５７】
前記タンパク質結合部分が、抗体；組み換え抗体、キメラ抗体、３重体、中心体、タンパク質結合剤、小分子、組み換えタンパク質、ペプチド、アプタマー、アビマー、およびこれらの誘導体またはフラグメントから成る群から選択される、請求項５５に記載のタンパク質結合部分。
【請求項５８】
請求項４９または５０に記載の方法に従って、トポイソメラーゼＩ阻害剤に対して非反応である癌の可能性を識別するための、請求項５５に記載のタンパク質結合部分の使用。
【請求項５９】
請求項５５に記載の前記タンパク質結合部分を含む、キット。
【公表番号】特表２０１１−５２３０３１（Ｐ２０１１−５２３０３１Ａ）
【公表日】平成２３年８月４日（２０１１．８．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５０３１０２（Ｐ２０１１−５０３１０２）
【出願日】平成２１年３月３１日（２００９．３．３１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３８９８１
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１２４０６４
【国際公開日】平成２１年１０月８日（２００９．１０．８）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
３．ウィンドウズ
４．Ｌｉｎｕｘ
５．ＵＮＩＸ
６．ＪＡＶＡ
７．イーサネット
８．ＰＥＮＴＩＵＭ
【出願人】（３０９０２０７０３）ボストン メディカル センター コーポレーション (4)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年８月４日（２０１１．８．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年３月３１日（２００９．３．３１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３８９８１
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１２４０６４
【国際公開日】平成２１年１０月８日（２００９．１０．８）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
３．ウィンドウズ
４．Ｌｉｎｕｘ
５．ＵＮＩＸ
６．ＪＡＶＡ
７．イーサネット
８．ＰＥＮＴＩＵＭ
【出願人】（３０９０２０７０３）ボストン メディカル センター コーポレーション (4)
【Ｆターム（参考）】
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