【課題】分析物の検出、定量及び増幅用の新規の組成物および方法を得る。
【解決手段】分析物の核酸アレイおよびライブラリーをこのような組成物および方法に有用に組入れる。ユニバーサルディテクションエレメントおよびシグナル伝達体などを使用して分析物を検出し、必要であるか所望する場合、更に定量する。ターゲット分析物の増幅もまた、本発明の組成物および方法によってもたらされる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
分析物のライブラリーからなる組成物であって、前記分析物は核酸のアレイにハイブリダイズし、前記核酸は固体支持体に固定化もしくは不動化され、前記分析物は内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）と前記ＵＤＴに付着したユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とからなり、前記ＵＤＥは前記分析物の存在もしくは量またはＵＤＥのＵＤＴへの付着を示すシグナルを発生する組成物。
【請求項２】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれかにて改変される請求項４または５に記載の組成物。
【請求項７】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項７に記載の組成物。
【請求項１０】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記内在性のＵＤＴが３′ポリＡセグメント、５′キャップ、２次的構造、、コンセンサス配列および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１に記載の組成物。
【請求項１６】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項４に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項１に記載の組成物。
【請求項１８】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１７に記載の組成物。
【請求項２０】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
分析物のライブラリーからなる組成物であって、前記分析物は核酸のアレイにハイブリダイズされ、前記核酸は固体支持体に固定化もしくは不動化され、前記分析物は非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）と前記ＵＤＴにハイブリダイズされたユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とからなり、前記ＵＤＥは前記分析物の存在もしくは量を検出するシグナルを直接的もしくは間接的に発生する組成物。
【請求項２２】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２１に記載の組成物。
【請求項２４】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項２１に記載の組成物。
【請求項２５】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれかで改変される請求項２４または２５に記載の組成物。
【請求項２７】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項２１に記載の組成物。
【請求項２８】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項２７に記載の組成物。
【請求項３０】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項２１に記載の組成物。
【請求項３１】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項２１に記載の組成物。
【請求項３２】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項３１に記載の組成物。
【請求項３３】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がホモ重合化された配列からなる請求項２１に記載の組成物。
【請求項３４】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がヘテロ重合化された配列からなる請求項２１に記載の組成物。
【請求項３５】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項２１に記載の組成物。
【請求項３６】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項２１に記載の組成物。
【請求項３８】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３７に記載の組成物。
【請求項３９】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３７に記載の組成物。
【請求項４０】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
分析物のライブラリーからなり、前記分析物は核酸のアレイにハイブリダイズされ、前記核酸は固体支持体に固定化もしくは不動化され、前記分析物と前記核酸との間の前記ハイブリダイズは複合体形成領域を発生すると共に、前記組成物はさらに前記領域に複合化されたシグナル発生体を含むことを特徴とする組成物。
【請求項４２】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４１に記載の組成物。
【請求項４４】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項４１に記載の組成物。
【請求項４５】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項４４に記載の組成物。
【請求項４６】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項４４または４５に記載の組成物。
【請求項４７】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項４１に記載の組成物。
【請求項４８】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項４７に記載の組成物。
【請求項４９】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項４７に記載の組成物。
【請求項５０】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項４１に記載の組成物。
【請求項５１】
前記核酸が、前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項４１に記載の組成物。
【請求項５２】
前記核酸が化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項４１に記載の組成物。
【請求項５３】
複合体形成のための前記領域がＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＰＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＰＮＡハイブリッドよりなる群から選択される請求項４１に記載の組成物。
【請求項５４】
前記領域に複合化された前記シグナル発生体が蛋白質および挿入物よりなる群から選択される請求項４１に記載の組成物。
【請求項５５】
前記蛋白質が、ダブルストランド核酸に優先的に結合する核酸結合蛋白質からなる請求項５４に記載の組成物。
【請求項５６】
前記核酸結合蛋白質が抗体からなる請求項５５に記載の組成物。
【請求項５７】
前記抗体は、核酸ハイブリッドに対し特異性であり、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＰＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＰＮＡハイブリッドよりなる群から選択される請求項５６に記載の組成物。
【請求項５８】
前記挿入物が臭化エチジウム、臭化ジエチジウム、アクリジンオレンジおよびＳＹＢＲグリーンよりなる群から選択される請求項５４に記載の組成物。
【請求項５９】
前記蛋白質が直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項４１に記載の組成物。
【請求項６０】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項５９に記載の組成物。
【請求項６１】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項５９に記載の組成物。
【請求項６２】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項６１に記載の組成物。
【請求項６３】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーであって、意図する前記核酸のそれぞれは少なくとも１種の内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を含むライブラリーと、
（ｉｉｉ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｃ）前記ＵＤＥを前記ＵＤＴと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｄ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、前記複数の意図する核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項６４】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項６４または６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項６３に記載の方法。
【請求項７１】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項６３に記載の方法。
【請求項７２】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項６３に記載の方法。
【請求項７４】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項６３に記載の方法。
【請求項７５】
前記内在性のＵＤＴが３′ポリＡセグメント、５′キャップ、２次的構造、、コンセンサス配列および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項６３に記載の方法。
【請求項７６】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項６３に記載の方法。
【請求項７８】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項６４に記載の方法。
【請求項７９】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項６３に記載の方法。
【請求項８０】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項６３に記載の方法。
【請求項８４】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーであって、意図する前記核酸のそれぞれは少なくとも１種の内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を含むライブラリーと、
（ｉｉｉ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ＵＤＥを前記ＵＤＴと核酸分析物の前記アレイで接触させて、１またはそれ以上の複合体を形成し、
（ｃ）核酸分析物の前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｄ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、前記複数の意図する核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項８５】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項８５または８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項８４に記載の方法。
【請求項８９】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項８４に記載の方法。
【請求項９２】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項８４に記載の方法。
【請求項９３】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項８４に記載の方法。
【請求項９５】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項８４に記載の方法。
【請求項９６】
前記内在性のＵＤＴが３′ポリＡセグメント、５′キャップ、２次的構造、コンセンサス配列および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項８４に記載の方法。
【請求項９７】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項８４に記載の方法。
【請求項９９】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項８４に記載の方法。
【請求項１０１】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項８４に記載の方法。
【請求項１０５】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーであって、意図する前記核酸のそれぞれは少なくとも１種の内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を含み、前記非内在性のＵＤＴは前記核酸分析物に付着するライブラリーと、
（ｉｉｉ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｃ）前記ＵＤＥを前記ＵＤＴと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｄ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより前記複数の意図する核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項１０６】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項１０６または１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１０】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１３】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１４】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１６】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１７】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がホモ重合化された配列からなる群から選択される請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１８】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がヘテロ重合化された配列からなる群から選択される請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１９】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチドおよび前記その改変形態物よりなる群から選択される請求項１０５に記載の方法。
【請求項１２０】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項１０５に記載の方法。
【請求項１２２】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２４】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１２６】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーであって、意図する前記核酸のそれぞれは少なくとも１種の非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を含み、前記非内在性のＵＤＴは前記核酸分析物に付着するライブラリーと、
（ｉｉｉ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ＵＤＥを前記ＵＤＴと核酸分析物の前記ライブラリーで接触させて、１もしくはそれ以上の複合体を形成し、
（ｃ）前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｄ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、前記複数の意図する核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項１２７】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２８】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項１２７または１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項１２６に記載の方法。
【請求項１３１】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３３】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項１２６に記載の方法。
【請求項１３４】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項１２６に記載の方法。
【請求項１３５】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択される生物資源から得られる請求項１２６に記載の方法。
【請求項１３７】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１２６に記載の方法。
【請求項１３８】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がホモ重合化された配列からなる請求項１２６に記載の方法。
【請求項１３９】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がヘテロ重合化された配列からなる請求項１２６に記載の方法。
【請求項１４０】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項１２６に記載の方法。
【請求項１４１】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４２】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項１２６に記載の方法。
【請求項１４３】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４５】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項１２６に記載の方法。
【請求項１４７】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）１もしくはそれ以上のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を核酸に付着させる手段と、
（ｉｖ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ＵＤＴ（ｉｉｉ）を核酸分析物の前記ライブラリー（ｉｉ）に付着させ、
（ｃ）前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、前記意図する核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｄ）前記ＵＤＥを前記ＵＤＴと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｅ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する前記複数の核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項１４８】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項１４８または１４９に記載の方法。
【請求項１５１】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５２】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５４】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５５】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５６】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５８】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５９】
前記付着手段が、ポリＡ−ポリメラーゼおよび末端転写酵素よりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化された配列を付加する請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６０】
前記付着手段が、ＤＮＡリガーゼおよびＲＮＡリガーゼよりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化もしくはヘテロ重合化された配列を付加する請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６１】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６２】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６４】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１６３に記載の方法。
【請求項１６５】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１６３に記載の方法。
【請求項１６６】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６８】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）１もしくはそれ以上のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を核酸に付着させる手段と、
（ｉｖ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ＵＤＴ（ｉｉｉ）を核酸分析物の前記ライブラリー（ｉｉ）に付着させ、
（ｃ）前記ＵＤＥを前記ＵＤＴと核酸分析物の前記ライブラリーで接触して、１もしくはそれ以上の複合体を形成し、
（ｄ）前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、前記意図する核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｅ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する前記複数の核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項１６９】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７１】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項１６９または１７０に記載の方法。
【請求項１７２】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７３】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７５】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７６】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７７】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項１７６に記載の方法。
【請求項１７８】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択される生物資源から得られる請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７９】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１６８に記載の方法。
【請求項１８０】
前記付着手段が、ポリＡ−ポリメラーゼおよび末端転写酵素よりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化された配列を付加する請求項１６８に記載の方法。
【請求項１８１】
前記付着手段が、ＤＮＡリガーゼおよびＲＮＡリガーゼよりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化もしくはヘテロ重合化された配列を付加する請求項１６８に記載の方法。
【請求項１８２】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項１６８に記載の方法。
【請求項１８３】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１８２に記載の方法。
【請求項１８４】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項１６８に記載の方法。
【請求項１８５】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８７】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８８】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項１６８に記載の方法。
【請求項１８９】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的な固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）複合体形成のための核酸ハイブリッドにより形成される領域に結合すると共にシグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とを提供し、
（ｂ）前記ライブラリー（ｉｉ）を核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズして、意図する前記核酸が存在する場合には複合体形成領域を提供するハイブリッドを形成し、
（ｃ）前記ＵＤＥを前記ハイブリッドと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｄ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、前記複数の意図する核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項１９０】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９１】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項１９０または１９１に記載の方法。
【請求項１９３】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９４】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項１９３に記載の方法。
【請求項１９５】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項１９３に記載の方法。
【請求項１９６】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９７】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９８】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項１８９に記載の方法。
【請求項２００】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項１８９に記載の方法。
【請求項２０１】
複合体形成のための前記領域がＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＰＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＰＮＡハイブリッドよりなる群から選択される請求項１８９に記載の方法。
【請求項２０２】
前記領域に複合化された前記シグナル形成物質が蛋白質および挿入物よりなる群から選択される請求項１８９に記載の方法。
【請求項２０３】
前記蛋白質がダブルストランド核酸に優先的に結合する核酸結合蛋白質からなる請求項２０２に記載の方法。
【請求項２０４】
前記核酸結合蛋白質が抗体からなる請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０５】
前記抗体は、核酸ハイブリッドに対し特異性であり、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＰＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＰＮＡハイブリッドよりなる群から選択される請求項２０４に記載の方法。
【請求項２０６】
前記挿入物が臭化エチジウム、臭化ジエチジウム、アクリジンオレンジおよびＳＹＢＲグリーンよりなる群から選択される請求項２０２に記載の方法。
【請求項２０７】
前記蛋白質が直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項１８９に記載の方法。
【請求項２０８】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１０】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１１】
１回もしくはそれ以上の洗浄工程を含む請求項１８９に記載の方法。
【請求項２１２】
核酸分析物コピーのライブラリーからなり、前記第１の核酸コピーは核酸のアレイにハイブリダイズされ、前記核酸は固体支持体に固定化もしくは不動化され、前記第１の核酸コピーは内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）と前記ＵＤＴに付着したユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とからなり、前記ＵＤＥは直接的もしくは間接的にシグナルを発生して前記分析物の存在もしくは量を検出する組成物。
【請求項２１３】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２１４】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２１５】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２１６】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２１５に記載の組成物。
【請求項２１７】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つにて改変される請求項２１５または２１６に記載の組成物。
【請求項２１８】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２１９】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項２１８に記載の組成物。
【請求項２２０】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項２１８に記載の組成物。
【請求項２２１】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２２２】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２２３】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項２２２に記載の組成物。
【請求項２２４】
前記内在性のＵＤＴがポリＴセグメント、２次的構造、コンセンサス配列および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２２５】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２２４に記載の組成物。
【請求項２２６】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２２７】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２２６に記載の組成物。
【請求項２２８】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項２１２に記載の組成物。
【請求項２２９】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２２８に記載の組成物。
【請求項２３０】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２２８に記載の組成物。
【請求項２３１】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項２３０に記載の組成物。
【請求項２３２】
第１の核酸コピーのライブラリーからなる組成物であって、前記第１の核酸コピーは核酸のアレイにハイブリダイズされ、前記核酸は固体支持体に固定化もしくは不動化され、前記第１の核酸コピーは１もしくはそれ以上の非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）と前記ＵＤＴに付着した１もしくはそれ以上のユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）とからなり、前記ＵＤＥは直接的もしくは間接的にシグナルを発生して前記分析物の存在もしくは量を検出し、前記ＵＤＴは（ｉ）前記第１の核酸コピーの５′末端に位置すると共にオリゴＴセグメントもしくは配列に隣接せず、または（ｉｉ）前記第１の核酸コピーの３′末端に位置し、または（ｉｉｉ）その（ｉ）と（ｉｉ）との両者のいずれかである組成物。
【請求項２３３】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２３４】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２３５】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２３６】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２３５に記載の組成物。
【請求項２３７】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項２３５または２３６に記載の組成物。
【請求項２３８】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２３９】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項２３８に記載の組成物。
【請求項２４０】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項２３８に記載の組成物。
【請求項２４１】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２４２】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２４３】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項２４２に記載の組成物。
【請求項２４４】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がホモ重合化された配列からなる請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２４５】
前記非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）がヘテロ重合化された配列からなる請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２４６】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２４７】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２４６に記載の組成物。
【請求項２４８】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２４９】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２４８に記載の組成物。
【請求項２５０】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２４８に記載の組成物。
【請求項２５１】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項２５０に記載の組成物。
【請求項２５２】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸と部分的もしくは全体的に同一の固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含有しうる核酸分析物のライブラリーであって、前記意図する核酸のそれぞれは少なくとも１種の内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を含むライブラリーと、
（ｉｉｉ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）と、
（ｉｖ）分析物の前記核酸の核酸コピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記核酸分析物の全部もしくは１部に相補的である１もしくはそれ以上の第１の核酸コピーを合成すると共に、前記ＵＤＴの全部もしくは１部に相補的である配列を合成して相補的ＵＤＴを形成し、
（ｃ）前記第１の核酸コピーを前記核酸のアレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、前記意図する核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｄ）前記ＵＤＥを前記第１の核酸コピーの前記相補的ＵＤＴと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｅ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する前記複数の核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項２５３】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項２５２に記載の方法。
【請求項２５４】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２５３に記載の方法。
【請求項２５５】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項２５３または２５４に記載の方法。
【請求項２５６】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項２５２に記載の方法。
【請求項２５７】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項２５６に記載の方法。
【請求項２５８】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項２５６に記載の方法。
【請求項２５９】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６０】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６１】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項２６０に記載の方法。
【請求項２６２】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６３】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６４】
前記内在性のＵＤＴがポリＴセグメント、２次的構造、コンセンサス配列および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６５】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２６４に記載の方法。
【請求項２６６】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６７】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２６６に記載の方法。
【請求項２６８】
前記ＵＤＥがシグナルを直接的もしくは間接的に発生する請求項２５２に記載の方法。
【請求項２６９】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７０】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７１】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項２７０に記載の方法。
【請求項２７２】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項２５２に記載の方法。
【請求項２７３】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸と部分的もしくは全体的に同一の固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量化しようとする意図する核酸を含有しうる核酸分析物のライブラリーであって、前記意図する核酸のそれぞれは少なくとも１種の内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を含むライブラリーと、
（ｉｉｉ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）と、
（ｉｖ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記核酸分析物の１もしくはそれ以上の第１の核酸コピーを合成し、
（ｃ）前記ＵＤＥを前記第１の核酸コピーにおける前記ＵＤＴと接触させて、１もしくはそれ以上の複合体を形成し、
（ｄ）前記第１の核酸コピーを前記核酸のアレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて前記意図する核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｅ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する前記複数の核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項２７４】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項２７３に記載の方法。
【請求項２７５】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２７４に記載の方法。
【請求項２７６】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項２７４または２７５に記載の方法。
【請求項２７７】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項２７３に記載の方法。
【請求項２７８】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項２７７に記載の方法。
【請求項２７９】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項２７７に記載の方法。
【請求項２８０】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８１】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８２】
前記核酸が化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８３】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８４】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８５】
前記内在性のＵＤＴがポリＴセグメント、２次的構造、コンセンサス配列および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８６】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２８５に記載の方法。
【請求項２８７】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物、ポリペプチド、多糖類、合成ポリマーおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２７３に記載の方法。
【請求項２８８】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２８７に記載の方法。
【請求項２８９】
前記ＵＤＥがシグナルを直接的もしくは間接的に発生する請求項２７３に記載の方法。
【請求項２９０】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２８９に記載の方法。
【請求項２９１】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２８９に記載の方法。
【請求項２９２】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項２９１に記載の方法。
【請求項２９３】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項２８２に記載の方法。
【請求項２９４】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸と部分的もしくは全体的に同一な固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）１もしくはそれ以上の非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を核酸に付着させる手段と、
（ｉｖ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）と、
（ｖ）前記核酸分析物のコピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記非内在性のＵＤＴを前記核酸分析物の３′末端、前記第１核酸分析物の５′末端、または前記核酸分析物の前記３′末端および前記５′末端の両者に付着させ、
（ｃ）前記核酸分析物の１もしくはそれ以上の第１の核酸コピーを合成し、
（ｄ）前記第１の核酸コピーを核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｅ）前記ＵＤＥを前記第１の核酸コピーのＵＤＴと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｆ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する複数の前記核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項２９５】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項２９４に記載の方法。
【請求項２９６】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項２９５に記載の方法。
【請求項２９７】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項２９５または２９６に記載の方法。
【請求項２９８】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項２９４に記載の方法。
【請求項２９９】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項２９８に記載の方法。
【請求項３００】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項２９８に記載の方法。
【請求項３０１】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０２】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０３】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項３０２に記載の方法。
【請求項３０４】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０５】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０６】
前記付着手段が、ポリＡポリメラーゼおよび末端転写酵素よりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化された配列を付加する請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０７】
前記付着手段が、ＤＮＡリガーゼおよびＲＮＡリガーゼよりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化もしくはヘテロ重合化された配列を付加する請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０８】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物および改変形態物よりなる群から選択される請求項２９４に記載の方法。
【請求項３０９】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３０８に記載の方法。
【請求項３１０】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項２９４に記載の方法。
【請求項３１１】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３１０に記載の方法。
【請求項３１２】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３１０に記載の方法。
【請求項３１３】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項３１２に記載の方法。
【請求項３１４】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項２９４に記載の方法。
【請求項３１５】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸と部分的もしくは全体的に同一な固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）１もしくはそれ以上の非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を核酸に付着させる手段と、
（ｉｖ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）と、
（ｖ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記非内在性のＵＤＴを前記核酸分析物の３′末端、前記第１核酸分析物の５′末端、または前記核酸分析物の前記３′末端および前記５′末端の両者に付着させ、
（ｃ）前記核酸分析物の１もしくはそれ以上の第１の核酸コピーを合成し、
（ｄ）前記ＵＤＥを前記第１の核酸コピーのＵＤＴと接触させて、複合体を形成し、
（ｅ）前記第１の核酸コピーを核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｆ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する複数の前記核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項３１６】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項３１５に記載の方法。
【請求項３１７】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３１６に記載の方法。
【請求項３１８】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項３１６または３１７に記載の方法。
【請求項３１９】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２０】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項３１９に記載の方法。
【請求項３２１】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項３１９に記載の方法。
【請求項３２２】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２３】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２４】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項３２３に記載の方法。
【請求項３２５】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２６】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２７】
前記付着手段が、ポリＡポリメラーゼおよび末端転写酵素よりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化された配列を付加する請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２８】
前記付着手段が、ＤＮＡリガーゼおよびＲＮＡリガーゼよりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化もしくはヘテロ重合化された配列を付加する請求項３１５に記載の方法。
【請求項３２９】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項３１５に記載の方法。
【請求項３３０】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３２９に記載の方法。
【請求項３３１】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項３１５に記載の方法。
【請求項３３２】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３３１に記載の方法。
【請求項３３３】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３３１に記載の方法。
【請求項３３４】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項３３３に記載の方法。
【請求項３３５】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項３１５に記載の方法。
【請求項３３６】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、（ａ）（ｉ）意図する前記核酸と部分的もしくは全体的に同一な固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）１もしくはそれ以上の非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を核酸に付着させる手段と、
（ｉｖ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）と、
（ｖ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記核酸分析物の１もしくはそれ以上の第１の核酸コピーを合成し、
（ｃ）前記非内在性のＵＤＴを前記核酸コピーの３′末端、前記第１の核酸コピーの５′末端、または前記核酸コピーの前記３′末端および前記５′末端の両者に付着させ、
（ｄ）前記第１の核酸コピーを核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｅ）前記ＵＤＥを前記第１の核酸コピーのＵＤＴと接触させて、前記アレイに結合した複合体を形成し、
（ｆ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する複数の前記核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項３３７】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項３３６に記載の方法。
【請求項３３８】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３３７に記載の方法。
【請求項３３９】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項３３７または３３８に記載の方法。
【請求項３４０】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項３３６に記載の方法。
【請求項３４１】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項３４０に記載の方法。
【請求項３４２】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項３４０に記載の方法。
【請求項３４３】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項３３６に記載の方法。
【請求項３４４】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項３３６に記載の方法。
【請求項３４５】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項３４４に記載の方法。
【請求項３４６】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項３３６に記載の方法。
【請求項３４７】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３３６に記載の方法。
【請求項３４８】
前記付着手段が、末端転写酵素を介しホモ重合化された配列を付加する請求項３３６に記載の方法。
【請求項３４９】
前記付着手段が、ＤＮＡリガーゼおよびＲＮＡリガーゼよりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化もしくはヘテロ重合化された配列を付加する請求項３３６に記載の方法。
【請求項３５０】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項３３６に記載の方法。
【請求項３５１】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３５０に記載の方法。
【請求項３５２】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項３３６に記載の方法。
【請求項３５３】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３５２に記載の方法。
【請求項３５４】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３５２に記載の方法。
【請求項３５５】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項３５４に記載の方法。
【請求項３５６】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項３３６に記載の方法。
【請求項３５７】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸と部分的もしくは全体的に同一な固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）１もしくはそれ以上の非内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）を核酸に付着させる手段と、
（ｉｖ）シグナルを直接的もしくは間接的に発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥ）と、
（ｖ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記核酸分析物の１もしくはそれ以上の第１の核酸コピーを合成し、
（ｃ）前記非内在性のＵＤＴを前記第１の核酸コピーの３′末端、前記第１の核酸コピーの５′末端、または前記第１の核酸コピーの前記３′末端および前記５′末端の両者に付着させ、
（ｄ）前記ＵＤＥを前記第１の核酸コピーのＵＤＴと接触させて複合体を形成し、
（ｅ）前記第１の核酸コピーを核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドを形成し、
（ｆ）前記アレイに結合したＵＤＥから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することにより、意図する複数の前記核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項３５８】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項３５７に記載の方法。
【請求項３５９】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３５８に記載の方法。
【請求項３６０】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項３５８または３５９に記載の方法。
【請求項３６１】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項３５７に記載の方法。
【請求項３６２】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項３６１に記載の方法。
【請求項３６３】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項３６１に記載の方法。
【請求項３６４】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項３５７に記載の方法。
【請求項３６５】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項３５７に記載の方法。
【請求項３６６】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項３６５に記載の方法。
【請求項３６７】
前記分析物のライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項３５７に記載の方法。
【請求項３６８】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３５７に記載の方法。
【請求項３６９】
前記付着手段が、末端転写酵素介しホモ重合化された配列を付加する請求項３５７に記載の方法。
【請求項３７０】
前記付着手段が、ＤＮＡリガーゼおよびＲＮＡリガーゼよりなる群から選択される酵素を介しホモ重合化もしくはヘテロ重合化された配列を付加する請求項３５７に記載の方法。
【請求項３７１】
前記ＵＤＥが核酸、核酸類似物およびその改変形態物よりなる群から選択される請求項３５７に記載の方法。
【請求項３７２】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３７１に記載の方法。
【請求項３７３】
前記ＵＤＥが直接的もしくは間接的にシグナルを発生する請求項３５７に記載の方法。
【請求項３７４】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３７３に記載の方法。
【請求項３７５】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３７３に記載の方法。
【請求項３７６】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項３７５に記載の方法。
【請求項３７７】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項３５７に記載の方法。
【請求項３７８】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）意図する前記核酸に相補的でありかつ固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）核酸ハイブリッドにより形成された複合体形成領域に結合し、直接或いは間接的に信号を発生するユニバーサルディテクションエレメント（ＵＤＥｓ）と、
（ｉｖ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成する重合化手段とを設け、
（ｂ）前記核酸分析物の１もしくはそれ以上の核酸コピーを合成し、
（ｃ）前記第１の核酸コピーを核酸の前記アレイ（ｉ）とハイブリダイズさせて、意図する前記核酸が存在する場合にはハイブリッドでありかつ複合体形成領域を提供するハイブリッドを形成し、
（ｄ）前記ＵＤＥｓを前記ハイブリッドに接触させて、前記アレイに結合する複合体を形成し、
（e）前記アレイに結合したＵＤＥｓから発生するシグナルの量を検出もしくは測定することで、意図する複数の前記核酸を検出もしくは定量する方法。
【請求項３７９】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される請求項３７８に記載の方法。
【請求項３８０】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項３７９に記載の方法。
【請求項３８１】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項３７９または３８０に記載の方法。
【請求項３８２】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項３７８に記載の方法。
【請求項３８３】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項３８２に記載の方法。
【請求項３８４】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項３８２に記載の方法。
【請求項３８５】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項３７８に記載の方法。
【請求項３８６】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化される請求項３７８に記載の方法。
【請求項３８７】
前記核酸が化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項３８６に記載の方法。
【請求項３８８】
前記分析物のライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項３７８に記載の方法。
【請求項３８９】
前記分析物がゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３７８に記載の方法。
【請求項３９０】
複合体形成のための前記領域がＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＰＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＰＮＡハイブリッドよりなる群から選択される請求項３７８に記載の方法。
【請求項３９１】
前記領域に複合化される前記シグナル形成物質が蛋白質および挿入物よりなる群から選択される請求項３７８に記載の方法。
【請求項３９２】
前記蛋白質が優先的にダブルストランド核酸に結合する核酸結合蛋白質からなる請求項３９１に記載の方法。
【請求項３９３】
前記核酸結合蛋白質が抗体からなる請求項３９２に記載の方法。
【請求項３９４】
前記抗体がＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＰＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＰＮＡハイブリッドよりなる群から選択される核酸ハイブリッドに特異性である請求項３９３に記載の方法。
【請求項３９５】
前記挿入物が臭化エチジウム、臭化ジエチジウム、アクリジンオレンジおよびＳＹＢＲグリーンよりなる群から選択される請求項３９１に記載の方法。
【請求項３９６】
前記蛋白質がシグナルを直接的もしくは間接的に発生する請求項３９１に記載の方法。
【請求項３９７】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３９６に記載の方法。
【請求項３９８】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項３９６に記載の方法。
【請求項３９９】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項３９８に記載の方法。
【請求項４００】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項３７８に記載の方法。
【請求項４０１】
インビボ複製が実質的に不可能であると共に非内在性のホモ重合化された配列を持たないダブルストランド核酸のライブラリーからなり、前記核酸は試料から得られたライブラリーの内在性の配列に部分的もしくは全体的に相補的もしくは同一である配列を含み、前記ダブルストランド核酸は前記ダブルストランドの１端部に近位する少なくとも１つの内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）と前記ダブルストランドの他端部に近位する少なくとも１つの非内在性のプロダクションセンターとを含む組成物。
【請求項４０２】
前記試料が器官、組織および細胞よりなる群から選択される生物資源からなる請求項４０１に記載の組成物。
【請求項４０３】
核酸の前記ライブラリーがゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から得られる請求項４０１に記載の組成物。
【請求項４０４】
前記内在性のＵＤＴが３′ポリＡセグメント、コンセンサス配列またはその両者よりなる群から選択される請求項４０１に記載の組成物。
【請求項４０５】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４０１に記載の組成物。
【請求項４０６】
前記プロダクションセンターがプライマー結合部位、ＲＮＡプロモータまたは両者の組合せよりなる群から選択される請求項４０１に記載の組成物。
【請求項４０７】
前記ＲＮＡプロモータがファージプロモータからなる請求項４０６に記載の組成物。
【請求項４０８】
前記ファージプロモータがＴ３、Ｔ７およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項４０７に記載の組成物。
【請求項４０９】
インビボ複製が実質的に不可能であるダブルストランド核酸のライブラリーからなり、前記核酸が試料から得られたライブラリーの内在性の配列に対し部分的もしくは全体的に相補的もしくは同一である配列からなり、前記ダブルストランド核酸は前記ダブルストランドの１端部に近位する少なくとも４個（４）の非内在性のヌクレオチドと前記ダブルストランドの他端部に近位する非内在性のプロダクションセンターとを含む組成物。
【請求項４１０】
前記試料が器官、組織および細胞よりなる群から選択される生物資源からなる請求項４０９に記載の組成物。
【請求項４１１】
核酸の前記ライブラリーがゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、アンスプライストＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から得られる請求項４０９に記載の組成物。
【請求項４１２】
３′ポリＡセグメント、コンセンサス配列またはその両者よりなる群から選択される１もしくはそれ以上の内在性のＵＤＴをさらに含む請求項４０９に記載の組成物。
【請求項４１３】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４１２に記載の組成物。
【請求項４１４】
前記少なくとも４種（４）の非内在性のヌクレオチドがホモポリマーである請求項４０９に記載の組成物。
【請求項４１５】
前記非内在性のプロダクションセンターがプライマー結合部位、ＲＮＡプロモータまたはその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４０９に記載の組成物。
【請求項４１６】
前記ＲＮＡプロモータがファージプロモータからなる請求項４１５に記載の組成物。
【請求項４１７】
前記ファージプロモータがＴ３、Ｔ７およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項４１６に記載の組成物。
【請求項４１８】
固体支持体に固定されたダブルストランド核酸のライブラリーからなり、前記核酸が試料から得られるライブラリーの内在性の配列に部分的もしくは全体的に相補的もしくは同一である配列を含み、さらに前記核酸が前記ダブルストランドの１端部に近位する非内在性の核酸の少なくとも１つの第１配列セグメントと前記ダブルストランドの他端部に近位する少なくとも１つの第２配列セグメントとを含み、前記第２配列セグメントが少なくとも１つのプロダクションセンターを含む組成物。
【請求項４１９】
前記固体支持体がビーズからなる請求項４１８に記載の組成物。
【請求項４２０】
前記ビーズが磁性である請求項４１９に記載の組成物。
【請求項４２１】
前記試料が器官、組織および細胞よりなる群から選択される生物資源からなる請求項４１８に記載の組成物。
【請求項４２２】
核酸の前記ライブラリーがゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、アンスプライストＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から得られる請求項４１８に記載の組成物。
【請求項４２３】
３′ポリＡセグメント、コンセンサス配列またはその両者よりなる群から選択される１もしくはそれ以上の内在性のＵＤＴをさらに含む請求項４１８に記載の組成物。
【請求項４２４】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４２３に記載の組成物。
【請求項４２５】
前記非内在性のプロダクションセンターがプライマー結合部位、ＲＮＡプロモータまたはその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４１８に記載の組成物。
【請求項４２６】
前記ＲＮＡプロモータがファージプロモータからなる請求項４２５に記載の組成物。
【請求項４２７】
前記ファージプロモータがＴ３、Ｔ７およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項４２６に記載の組成物。
【請求項４２８】
固体支持体に付着したダブルストランド核酸のライブラリーからなり、前記核酸は部分的または全体的に試料から得られるライブラリーの内在性の配列に相補的または同一である配列を含み、前記ダブルストランド核酸は前記ダブルストランドの１端部に近位する少なくとも１つの内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）と前記ダブルストランドの他端部に近位する少なくとも１つの非内在性のプロダクションセンターを含む組成物。
【請求項４２９】
前記固体支持体がビーズからなる請求項４２８に記載の組成物。
【請求項４３０】
前記ビーズが磁性である請求項４２９に記載の組成物。
【請求項４３１】
前記試料が器官、組織および細胞よりなる群から選択される生物資源からなる請求項４２８に記載の組成物。
【請求項４３２】
核酸の前記ライブラリーがゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、アンスプライストＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から得られる請求項４２８に記載の組成物。
【請求項４３３】
３′ポリＡセグメント、コンセンサス配列またはその両者よりなる群から選択される１もしくはそれ以上の内在性のＵＤＴをさらに含む請求項４２８に記載の組成物。
【請求項４３４】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４３３に記載の組成物。
【請求項４３５】
前記非内在性のプロダクションセンターがプライマー結合部位、ＲＮＡプロモータまたはその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４２８に記載の組成物。
【請求項４３６】
前記ＲＮＡプロモータがファージプロモータからなる請求項４３５に記載の組成物。
【請求項４３７】
前記ファージプロモータがＴ３、Ｔ７およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項４３６に記載の組成物。
【請求項４３８】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）部分的または全体的に前記意図する核酸の配列に同一もしくは相補的である固定化もしくは不動化した核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成する重合化手段であって、この重合化手段は第１セットのプライマーと第２セットのプライマーとを含み、前記第２セットのプライマーは少なくとも２つのセグメントを含み、３′末端における第１セグメントはランダム配列を含み、第２セグメントは少なくとも１つの形成センタを含む重合化手段と、
（ｉｖ）核酸コピーを等温性もしくは平衡の条件下で合成する手段とを設け、
（ｂ）核酸分析物の前記ライブラリーを前記第１セットのプライマーと接触させて複数の第１の結合体を形成させ、
（ｃ）前記結合した第１セットのプライマーを前記核酸分析物により与えられたテンプレート配列により伸長されて前記分析物の第１のコピーを形成し、
（ｄ）前記伸長した第１のコピーを前記第２セットのプライマーと接触させて複数の第２結合物質を形成し、
（ｅ）前記結合した第２セットのプライマーを前記伸長した第１のコピーにより与えられたテンプレート配列により伸長させて伸長第１のコピーと伸長第２セットのプライマーとからなる複数の複合体を形成し、
（ｆ）前記複合体における前記第２セットのプライマーのプロダクションセンターから等温性若しくは平衡条件下で１もしくはそれ以上の核酸コピーを合成し、
（ｇ）工程（ｆ）で形成された前記核酸コピーを工程（ａ）（ｉ）で形成された前記核酸のアレイにハイブリダイズし、
（ｈ）工程（ｇ）で得られた前記ハイブリダイズコピーを検出もしくは定量する方法。
【請求項４３９】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される要因よりなる請求項４３８に記載の方法。
【請求項４４０】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４１】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項４３９または４４０に記載の方法。
【請求項４４２】
前記核酸アレイを固体支持体に固定化もしくは不動化させる請求項４３８に記載の方法。
【請求項４４３】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項４４２に記載の方法。
【請求項４４４】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項４４３に記載の方法。
【請求項４４５】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項４４３に記載の方法。
【請求項４４６】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項４４２に記載の方法。
【請求項４４７】
前記核酸を前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化させる請求項４４２に記載の方法。
【請求項４４８】
前記核酸を化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化させる請求項４４７に記載の方法。
【請求項４４９】
核酸分析物の前記ライブラリーが器官、組織もしくは細胞よりなる群から選択された生物資源から得られる請求項４３８に記載の方法。
【請求項４５０】
核酸分析物の前記ライブラリーがゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、スプライスしていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から得られる請求項４３８に記載の方法。
【請求項４５１】
前記第１セットのプライマーが内在性のＵＤＴに相補的である請求項４３８に記載の方法。
【請求項４５２】
前記内在性のＵＤＴが３′ポリＡセグメント、コンセンサス配列およびその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４３８に記載の方法。
【請求項４５３】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピーの繰返しおよび前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４５２に記載の方法。
【請求項４５４】
前記プロダクションセンターがプライマー結合部位、ＲＮＡプロモータまたはその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４３８に記載の方法。
【請求項４５５】
前記ＲＮＡプロモータがファージプロモータからなる請求項４５４に記載の方法。
【請求項４５６】
前記ファージプロモータがＴ３、Ｔ７およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項４５５に記載の方法。
【請求項４５７】
前記ハイブリダイズ核酸コピーがこれに付着もしくは一体化された１もしくはそれ以上のシグナル形成物質をさらに含む請求項４３８に記載の方法。
【請求項４５８】
前記シグナル形成物質がシグナルを直接的もしくは間接的に発生する請求項４５７に記載の方法。
【請求項４５９】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４５８に記載の方法。
【請求項４６０】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４５８に記載の方法。
【請求項４６１】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項４６０に記載の方法。
【請求項４６２】
工程（ｃ）から得られた第１のコピーをそのテンプレートから分離する工程をさらに含み、工程（ｂ）を反復する請求項４３８に記載の方法。
【請求項４６３】
工程（ｆ）から得られた伸長した第２セットのプライマーをそのテンプレートから分離する工程をさらに含み、工程（ｅ）を反復する請求項４３８に記載の方法。
【請求項４６４】
工程（ｇ）を反復して行う請求項４３８に記載の方法。
【請求項４６５】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項４３８に記載の方法。
【請求項４６６】
等温性もしくは平衡の条件下で核酸コピーを合成する前記手段がＲＮＡ転写、ストランド・置換・増幅および２次的構造増幅よりなる群から選択される１もしくはそれ以上により行われる請求項４３８に記載の方法。
【請求項４６７】
ライブラリーにおける意図する複数の核酸を検出もしくは定量する方法であって、
（ａ）（ｉ）部分的もしくは全体的に前記意図する核酸の配列に同一もしくは相補的である固定化もしくは不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出もしくは定量しようとする意図する核酸を含む可能性のある核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）前記核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、前記重合化手段は第１セットのプライマーと第２セットのプライマーとを含み、前記第１セットのプライマーは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む重合化手段と、
（ｉｖ）等温性もしくは平衡の条件下で核酸コピーを合成する手段とを設け、
（ｂ）前記核酸分析物のライブラリーを前記第１セットのプライマーと接触させて複数の第１の結合体を形成し、
（ｃ）前記結合した第１セットのプライマーを前記核酸分析物により与えられたテンプレート配列により伸長させて前記分析物の第１のコピーを形成し、
（ｄ）前記第１のコピーを少なくとも４種（４）もしくはそれ以上の非内在性のホモポリマーヌクレオチドにより伸長させ、
（ｅ）前記伸長した第１のコピーを前記第２セットのプライマーと接触させて複数の第２結合物質を複合体を形成し、
（ｆ）前記複合した前記第２セットのプライマーを前記伸長した第１のコピーにより与えられたテンプレート配列により伸長させて伸長第１のコピーと伸長第２セットのプライマーとからなる複数の複合体を形成し、
（ｇ）前記複合体における前記第２セットのプライマーのプロダクションセンターから等温性もしくは平衡な条件下で１もしくはそれ以上の核酸コピーを合成し、
（ｈ）工程（ｇ）で形成された前記核酸コピーを工程（ａ）（ｉ）で与えられた核酸の前記アレイにハイブリダイズし、
（ｉ）工程（ｈ）で得られた前記ハイブリダイズされたコピーを検出もしくは定量する方法。
【請求項４６８】
前記核酸アレイがＤＮＡ、ＲＮＡおよびその類似物よりなる群から選択される要因よりなる請求項４６７に記載の方法。
【請求項４６９】
前記類似物がＰＮＡからなる請求項４６８に記載の方法。
【請求項４７０】
前記核酸もしくは類似物が糖部分、燐酸塩部分もしくは塩基部分のいずれか１つで改変される請求項４６８または４６９に記載の方法。
【請求項４７１】
前記核酸アレイを固体支持体に固定化もしくは不動化させる請求項４６７に記載の方法。
【請求項４７２】
前記固体支持体が多孔質もしくは非多孔質である請求項４７１に記載の方法。
【請求項４７３】
前記多孔質固体支持体がポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項４７２に記載の方法。
【請求項４７４】
前記非多孔質固体支持体がガラスもしくはプラスチックからなる請求項４７２に記載の方法。
【請求項４７５】
前記固体支持体が透過性、半透過性、遮光性又は反射性である請求項４７１に記載の方法。
【請求項４７６】
前記核酸が前記固体支持体に直接的もしくは間接的に固定化もしくは不動化させる請求項４７１に記載の方法。
【請求項４７７】
前記核酸が、化学リンカーもしくは結合アームにより前記固体支持体に間接的に固定化もしくは不動化される請求項４７１に記載の方法。
【請求項４７８】
核酸分析物の前記ライブラリーが器官、組織および細胞よりなる群から選択される生物学的供給源から得られる請求項４６７に記載の方法。
【請求項４７９】
核酸分析物の前記ライブラリーがゲノムＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、アンスプライスドＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡおよび前記の任意の組合せよりなる群から得られる請求項４６７に記載の方法。
【請求項４８０】
前記第１セットのプライマーが、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つもしくはそれ以上の配列をさらに含む請求項４６７に記載の方法。
【請求項４８１】
前記内在性のＵＤＴが３′ポリＡセグメント、コンセンサス配列およびその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４６７に記載の方法。
【請求項４８２】
前記コンセンサス配列がポリＡ付加のためのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４８１に記載の方法。
【請求項４８３】
前記プロダクションセンターがプライマー結合部位、ＲＮＡプロモータまたはその両者の組合せよりなる群から選択される請求項４６７に記載の方法。
【請求項４８４】
前記ＲＮＡプロモータがファージプロモータからなる請求項４８３に記載の方法。
【請求項４８５】
前記ファージプロモータがＴ３、Ｔ７およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項４８４に記載の方法。
【請求項４８６】
前記伸長工程（ｄ）にて４種もしくはそれ以上の非内在性のホモ重合化ヌクレオチドを末端転写酵素により付加する請求項４６７に記載の方法。
【請求項４８７】
前記ハイブリダイズした核酸コピーが、これに付着もしくは組込まれた１種もしくはそれ以上のシグナル発生体をさらに含む請求項４６７に記載の方法。
【請求項４８８】
前記シグナル発生体がシグナルを直接的もしくは間接的に発生する請求項４８７に記載の方法。
【請求項４８９】
前記直接的シグナル発生が蛍光性化合物、燐光性化合物、化学蛍光性化合物、キレート性化合物、電子高密度化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４８８に記載の方法。
【請求項４９０】
前記間接的シグナル発生が抗体、抗原、ハプテン、リセプタ、ホルモン、リガンド、酵素および前記の任意の組合せよりなる群から選択される請求項４８９に記載の方法。
【請求項４９１】
前記酵素が蛍光反応、発色性反応および化学蛍光性反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項４９０に記載の方法。
【請求項４９２】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項４６７に記載の方法。
【請求項４９３】
等温もしくは平衡の条件下で核酸コピーを合成する前記手段がＲＮＡ転写、ストランド・置換・増幅および第２構造増幅よりなる群から選択される１つもしくはそれ以上の要員により行われる請求項４６７に記載の方法。
【請求項４９４】
工程（ｃ）から得られた第１のコピーをそのテンプレートから分離すると共に工程（ｂ）を繰返す工程をさらに含む請求項４６７に記載の方法。
【請求項４９５】
工程（ｆ）から得られた伸長した第２セットのプライマーをそのテンプレートから分離すると共に工程（ｅ）を繰返す工程をさらに含む請求項４６７に記載の方法。
【請求項４９６】
工程（ｇ）を繰返して行う請求項４６７に記載の方法。
【請求項４９７】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸の配列と、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセットおよびプライマーの第２のセットを含み、ここで該第１のセットが少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段と、
（ｉｖ）プライマーの該第２のセットの少なくとも１つのセグメントまたは配列に相補的なポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットと、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド（ｉｖ）の該セットを連結するための手段を提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して、該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）該オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セットａ）（ｉｖ）を工程ｃ）において形成した該第１のコピーの３´末端に連結して、複数の連結された生成物を生成し、
ｅ）プライマーの該第２のセットと、該連結された生成物とを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｆ）工程ｄ）において形成された該連結された生成物によって提供されるテンプレート配列によって、プライマーの該結合された第２のセットを伸長して、該連結された生成物およびプライマーの該伸長された第２のセットを含む複数の複合体を形成し、
ｇ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｈ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｇ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｉ）工程ｈ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項４９８】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される構成要員を含む請求項４９７に記載の方法。
【請求項４９９】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項４９８に記載の方法。
【請求項５００】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項４９８または４９９に記載の方法。
【請求項５０１】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項４９７に記載の方法。
【請求項５０２】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項５０１に記載の方法。
【請求項５０３】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項５０２に記載の方法。
【請求項５０４】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項５０２に記載の方法。
【請求項５０５】
前記固体支持体が、透明性、半透明性、不透明性、または反射性である請求項５０１に記載の方法。
【請求項５０６】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項５０１に記載の方法。
【請求項５０７】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項５０６に記載の方法。
【請求項５０８】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項４９７に記載の方法。
【請求項５０９】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項４９７に記載の方法。
【請求項５１０】
前記プライマーの第１のセットがさらに、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項４９７に記載の方法。
【請求項５１１】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項４９７に記載の方法。
【請求項５１２】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５１１に記載の方法。
【請求項５１３】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項４９７に記載の方法。
【請求項５１４】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項５１３に記載の方法。
【請求項５１５】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項５１４に記載の方法。
【請求項５１６】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは取り込まれる１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項４９７に記載の方法。
【請求項５１７】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項５１６に記載の方法。
【請求項５１８】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５１７に記載の方法。
【請求項５１９】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５１７に記載の方法。
【請求項５２０】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項５１９に記載の方法。
【請求項５２１】
前記重合化手段が、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩ、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプト（Ｓｅｎｓｉｓｃｒｉｐｔ）、およびオムニスクリプト（Ｏｍｎｉｓｃｒｉｐｔ）よりなる群から選択される請求項４９７に記載の方法。
【請求項５２２】
前記連結する手段がＴ４ ＤＮＡリガーゼを含む請求項４９７に記載の方法。
【請求項５２３】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項４９７に記載の方法。
【請求項５２４】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項４９７に記載の方法。
【請求項５２５】
工程ｇ）が反復して行われる請求項４９７に記載の方法。
【請求項５２６】
等温または平衡な条件下で核酸の核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次構造増幅よりなる群から選択される１つ以上によって行われる請求項４９７に記載の方法。
【請求項５２７】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸の配列と、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセットおよびプライマーの第２のセットを含み、ここで該第２のセットは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段と、
（ｉｖ）プライマーの該第２のセットの少なくとも１つのセグメントまたは配列に相補的なオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットと、
（ｖ）オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セット（ｉｖ）を連結するための手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セットａ）（ｉｖ）を工程ｃ）において形成された該第１のコピーの３´末端に連結して複数の連結された生成物を形成し、
ｅ）プライマーの該第２のセットと、該連結された生成物とを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｆ）工程ｄ）において形成された該連結された生成物により提供されるテンプレート配列によって、プライマーの該結合された第２のセットを伸長して、該連結された生成物およびプライマーの該伸長された第２のセットを含む複数の複合体を形成し、
ｇ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｈ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｇ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｉ）工程ｈ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項５２８】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される構成要員を含む請求項５２７に記載の方法。
【請求項５２９】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項５２８に記載の方法。
【請求項５３０】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項５２８または５２９に記載の方法。
【請求項５３１】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項５２７に記載の方法。
【請求項５３２】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項５３１に記載の方法。
【請求項５３３】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項５３２に記載の方法。
【請求項５３４】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項５３２に記載の方法。
【請求項５３５】
前記固体支持体が、透明性、半透明性、不透明性、または反射性である請求項５３１に記載の方法。
【請求項５３６】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項５３１に記載の方法。
【請求項５３７】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項５３６に記載の方法。
【請求項５３８】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項５２７に記載の方法。
【請求項５３９】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５２７に記載の方法。
【請求項５４０】
前記プライマーの第１のセットが、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項５２７に記載の方法。
【請求項５４１】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項５２７に記載の方法。
【請求項５４２】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５４１に記載の方法。
【請求項５４３】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項５２７に記載の方法。
【請求項５４４】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項５４３に記載の方法。
【請求項５４５】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項５４４に記載の方法。
【請求項５４６】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは結合される１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項５２７に記載の方法。
【請求項５４７】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項５４６に記載の方法。
【請求項５４８】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５４７に記載の方法。
【請求項５４９】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５４７に記載の方法。
【請求項５５０】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項５４９に記載の方法。
【請求項５５１】
前記重合化手段が、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩ、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプト（Ｓｅｎｓｉｓｃｒｉｐｔ）、およびオムニスクリプト（Ｏｍｎｉｓｃｒｉｐｔ）よりなる群から選択される請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５２】
前記連結手段がＴ４ ＤＮＡリガーゼを含む請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５３】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次構造増幅よりなる群から選択される１つ以上によって行われる請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５４】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５５】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５６】
工程ｇ）が反復して行われる請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５７】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次構造増幅よりなる群から選択される１つ以上によって行われる請求項５２７に記載の方法。
【請求項５５８】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸の配列と、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセット、プライマーの第２のセット、およびプラスミドの第３のセットを含み、ここでプライマーの該第１のセットは、固体支持体に固定化または不動化され、該第３のセットは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、結合されたプライマーの第１のセットを形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）プライマーの該第２のセットと、該伸長された第１のコピーとを接触して、結合されたプライマーの第２のセットを形成し、
ｅ）該伸長された第１のコピーによって提供されるテンプレート配列によって結合されたプライマーの該第２のセットを伸長して、該核酸分析物の第２のコピーを形成し、
ｆ）プライマーの該第３のセットと、該第２のコピーとを接触して、第３の結合体を形成する、複数の結合されたプライマーの第３のセットを形成し、
ｇ）プライマーの該伸長された第２のセットによって提供されるテンプレート配列によって結合されたプライマーの該第３のセットを伸長して、第３のコピーおよび少なくとも１つのプロダクションセンターを含むハイブリッドを形成し、
ｈ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｉ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｉ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｊ）工程ｉ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項５５９】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される構成要員を含む請求項５５８に記載の方法。
【請求項５６０】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項５５９に記載の方法。
【請求項５６１】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項５５９または５６０に記載の方法。
【請求項５６２】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項５５８に記載の方法。
【請求項５６３】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項５６２に記載の方法。
【請求項５６４】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項５６３に記載の方法。
【請求項５６５】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項５６３に記載の方法。
【請求項５６６】
前記固体支持体が、透明性、半透明性、不透明性、または反射性である請求項５６２に記載の方法。
【請求項５６７】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項５６２に記載の方法。
【請求項５６８】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項５６２に記載の方法。
【請求項５６９】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７０】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７１】
前記プライマーの第１のセットが、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７２】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７３】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５７２に記載の方法。
【請求項５７４】
ここで前記第２のセットのプライマーがランダムなプライマーである請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７５】
工程ｃ）の後にプライマー結合部位を添加する工程ｃ´）をさらに包含する請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７６】
プライマーの前記第２のセットが該プライマー結合部位に相補的である請求項５７５に記載の方法。
【請求項５７７】
前記プライマー結合部位がＴ４ ＤＮＡリガーゼまたは末端転移酵素の手段によって付加される請求項５７５に記載の方法。
【請求項５７８】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項５５８に記載の方法。
【請求項５７９】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項５７８に記載の方法。
【請求項５８０】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項５７９に記載の方法。
【請求項５８１】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは結合される１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項５５８に記載の方法。
【請求項５８２】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項５８１に記載の方法。
【請求項５８３】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５８２に記載の方法。
【請求項５８４】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５８２に記載の方法。
【請求項５８５】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項５８４に記載の方法。
【請求項５８６】
前記重合化手段が、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩ、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプト（Ｓｅｎｓｉｓｃｒｉｐｔ）、およびオムニスクリプト（Ｏｍｎｉｓｃｒｉｐｔ）よりなる群から選択される請求項５５８に記載の方法。
【請求項５８７】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項５５８に記載の方法。
【請求項５８８】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項５５８に記載の方法。
【請求項５８９】
工程ｇ）が反復して行われる請求項５５８に記載の方法。
【請求項５９０】
工程ｅ）において得られたプライマーの前記伸長された第２のセットを分離する工程ｆ´）をさらに包含する、請求項５５８に記載の方法。
【請求項５９１】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項５５８に記載の方法。
【請求項５９２】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項５５８に記載の方法。
【請求項５９３】
工程ｇ）が反復して行われる請求項５５８に記載の方法。
【請求項５９４】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次構造増幅よりなる群から選択される１つ以上によって行われる請求項５５８に記載の方法。
【請求項５９５】
プライマーの前記第２のセットが、プライマーの第３のセットにおける前記プロダクションセンターと核酸配列が異なる少なくとも１つのプロダクションセンターを含む請求項５９４に記載の方法。
【請求項５９６】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸の配列と、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセット、プライマーの第２のセット、ここでプライマーの該第１のセットは、固体支持体に固定化または不動化され、該第２のセットは少なくとも２つのセグメントを含む、第１のセグメントは３´末端にてランダムな配列を含み、および第２のセグメントは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段と、
ｉｖ）等温または平行な条件下で核酸コピーを合成するための手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）プライマーの該第２のセットと、該伸長された第１のコピーとを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｅ）該伸長された第１のコピーによって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第２のセットを伸長して、伸長された第１のコピーおよびプライマーの伸長された第２のセットを含む複数の複合体を形成し、
ｆ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｇ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｆ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｈ）工程ｇ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項５９７】
前記固体支持体がビーズを含む請求項５９６に記載の方法。
【請求項５９８】
前記ビーズが磁性である請求項５９７に記載の方法。
【請求項５９９】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される構成要員を含む請求項５９６に記載の方法。
【請求項６００】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項５９９に記載の方法。
【請求項６０１】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項５９９または６００に記載の方法。
【請求項６０２】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項５９６に記載の方法。
【請求項６０３】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項６０２に記載の方法。
【請求項６０４】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項６０３に記載の方法。
【請求項６０５】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項６０３に記載の方法。
【請求項６０６】
前記固体支持体が、透明性、半透明性、不透明性、または反射性である請求項６０２に記載の方法。
【請求項６０７】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項６０２に記載の方法。
【請求項６０８】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項６０７に記載の方法。
【請求項６０９】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項５９６に記載の方法。
【請求項６１０】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項５９６に記載の方法。
【請求項６１１】
前記プライマーの第１のセットが、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項５９６に記載の方法。
【請求項６１２】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項５９６に記載の方法。
【請求項６１３】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６１２に記載の方法。
【請求項６１４】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項５９６に記載の方法。
【請求項６１５】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項６１４に記載の方法。
【請求項６１６】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項６１５に記載の方法。
【請求項６１７】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは取り込まれる１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項５９６に記載の方法。
【請求項６１８】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項６１７に記載の方法。
【請求項６１９】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６１８に記載の方法。
【請求項６２０】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６１８に記載の方法。
【請求項６２１】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項６２０に記載の方法。
【請求項６２２】
前記重合化手段が、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩ、Ｅ.ｃｏｌｉ ＤＮＡ ＰｏｌＩのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプト（Ｓｅｎｓｉｓｃｒｉｐｔ）、およびオムニスクリプト（Ｏｍｎｉｓｃｒｉｐｔ）よりなる群から選択される請求項５９６に記載の方法。
【請求項６２３】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項５９６に記載の方法。
【請求項６２４】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項５９６に記載の方法。
【請求項６２５】
工程ｇ）が反復して行われる請求項５９６に記載の方法。
【請求項６２６】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次構造増幅よりなる群から選択される１つ以上によって行われる請求項５９６に記載の方法。
【請求項６２７】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセットおよびプライマーの第２のセットを含み、ここでプライマーの該第１のセットは固体支持体に固定化または不動化され、プライマーの該第１のセットが少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段と、
（ｉｖ）等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長し、
ｄ）少なくとも４つ以上の非内在性の同種重合体ヌクレオチドによって該第１のコピーを伸長し、
ｅ）プライマーの該第２のセットと、該伸長された第１のコピーとを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｆ）該伸長された第１のコピーによって提供されるテンプレート配列によって、プライマーの該結合された第２のセットを伸長して、伸長された第１のコピーおよびプライマーの伸長された第２のセットを含む複数の複合体を形成し、
ｇ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｈ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｇ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｉ）工程ｈ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項６２８】
前記固体支持体がビーズを含む請求項６２７に記載の方法。
【請求項６２９】
前記ビーズが磁性である請求項６２８に記載の方法。
【請求項６３０】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択されるメンバーを含む請求項６２７に記載の方法。
【請求項６３１】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項６３０に記載の方法。
【請求項６３２】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項６３０または６３１に記載の方法。
【請求項６３３】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項６２７に記載の方法。
【請求項６３４】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項６３３に記載の方法。
【請求項６３５】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項６３４に記載の方法。
【請求項６３６】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項６３４に記載の方法。
【請求項６３７】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項６３３に記載の方法。
【請求項６３８】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項６３３に記載の方法。
【請求項６３９】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項６３８に記載の方法。
【請求項６４０】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項６２７に記載の方法。
【請求項６４１】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６２７に記載の方法。
【請求項６４２】
前記プライマーの第１のセットがさらに、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項６２７に記載の方法。
【請求項６４３】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項６２７に記載の方法。
【請求項６４４】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６４３に記載の方法。
【請求項６４５】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項６２７に記載の方法。
【請求項６４６】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項６４５に記載の方法。
【請求項６４７】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項６４６に記載の方法。
【請求項６４８】
前記伸長する工程ｄ）において、４つ以上の非内在性の同種重合体ヌクレオチドが末端転写酵素によって付加される請求項６２７に記載の方法。
【請求項６４９】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは取り込まれる１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項６２７に記載の方法。
【請求項６５０】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項６４９に記載の方法。
【請求項６５１】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６５０に記載の方法。
【請求項６５２】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６５０に記載の方法。
【請求項６５３】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項６５２に記載の方法。
【請求項６５４】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項６２７に記載の方法。
【請求項６５５】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項６２７に記載の方法。
【請求項６５６】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項６２７に記載の方法。
【請求項６５７】
工程ｇ）が反復して行われる請求項６２７に記載の方法。
【請求項６５８】
等温または平衡な条件下で核酸の核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次的構造増幅よりなる群から選択される１つ以上のメンバーによって行われる請求項６２７に記載の方法。
【請求項６５９】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセットおよびプライマーの第２のセットを含み、ここでプライマーの該第１のセットは、固体支持体に固定化または不動化され、該第１のセットは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段と、
（ｉｖ）プライマーの該第２のセットの少なくとも１つのセグメントまたは配列に相補的なオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットと、
（ｖ）オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セット（ｉｖ）をライゲートするための手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セットａ）（ｉｖ）を工程ｃ）において形成された該第１のコピーの３´末端にライゲートして複数のライゲートされた生成物を形成し、
ｅ）プライマーの該第２のセットと、該ライゲートされた生成物とを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｆ）工程ｄ）において形成された該ライゲートされた生成物により提供されるテンプレート配列によって、プライマーの該結合された第２のセットを伸長して、該ライゲートされた生成物およびプライマーの該伸長された第２のセットを含む複数の複合体を形成し、
ｇ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｈ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｇ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｉ）工程ｈ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項６６０】
前記固体支持体がビーズを含む請求項６５９に記載の方法。
【請求項６６１】
前記ビーズが磁性である請求項６６０に記載の方法。
【請求項６６２】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択されるメンバーを含む請求項６５９に記載の方法。
【請求項６６３】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項６６２に記載の方法。
【請求項６６４】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項６６２または６６３に記載の方法。
【請求項６６５】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項６５９に記載の方法。
【請求項６６６】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項６６５に記載の方法。
【請求項６６７】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項６６６に記載の方法。
【請求項６６８】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項６６６に記載の方法。
【請求項６６９】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項６６５に記載の方法。
【請求項６７０】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項６６５に記載の方法。
【請求項６７１】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項６６５に記載の方法。
【請求項６７２】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項６５９に記載の方法。
【請求項６７３】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６５９に記載の方法。
【請求項６７４】
前記プライマーの第１のセットが、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項６５９に記載の方法。
【請求項６７５】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項６５９に記載の方法。
【請求項６７６】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６７５に記載の方法。
【請求項６７７】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項６５９に記載の方法。
【請求項６７８】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項６７７に記載の方法。
【請求項６７９】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項６７８に記載の方法。
【請求項６８０】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは結合される１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項６５９に記載の方法。
【請求項６８１】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項６８０に記載の方法。
【請求項６８２】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６８１に記載の方法。
【請求項６８３】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６８２に記載の方法。
【請求項６８４】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項６８３に記載の方法。
【請求項６８５】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項６５９に記載の方法。
【請求項６８６】
前記ライゲートする手段がＴ４ＤＮＡリガーゼを含む請求項６５９に記載の方法。
【請求項６８７】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項６５９に記載の方法。
【請求項６８８】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項６５９に記載の方法。
【請求項６８９】
工程ｇ）が反復して行われる請求項６５９に記載の方法。
【請求項６９０】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次的構造増幅よりなる群から選択される１つ以上のメンバーによって行われる請求項６５９に記載の方法。
【請求項６９１】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセットおよびプライマーの第２のセットを含み、プライマーの該第１のセットは、固体支持体に固定化または不動化され、およびここで該第２のセットは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段と、
（ｉｖ）プライマーの該第２のセットの少なくとも１つのセグメントまたは配列に相補的なオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットと、
（ｖ）オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セット（ｉｖ）をライゲートするための手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの該セットａ）（ｉｖ）を工程ｃ）において形成された該第１のコピーの３´末端にライゲートして、複数のライゲートされた生成物を形成し、
ｅ）プライマーの該第２のセットと、該ライゲートされた生成物とを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｆ）工程ｄ）において形成された該ライゲートされた生成物により提供されるテンプレート配列によって、プライマーの該結合された第２のセットを伸長して、該ライゲートされた生成物およびプライマーの該伸長された第２のセットを含む複数の複合体を形成し、
ｇ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｈ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｇ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｉ）工程ｈ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項６９２】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項６９１に記載の方法。
【請求項６９３】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項６９１に記載の方法。
【請求項６９４】
工程ｇ）が反復して行われる請求項６９１に記載の方法。
【請求項６９５】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次的構造増幅よりなる群から選択される１つ以上のメンバーによって行われる請求項６９１に記載の方法。
【請求項６９６】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一または相補的な固定化または不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセット、プライマーの第２のセット、およびプラスミドの第３のセットを含み、プライマーの該第１のセットは、固体支持体に固定化または不動化され、およびここで該第３のセットは少なくとも１つのプロダクションセンターを含む、重合化手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、複数の第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの該結合された第１のセットを伸長して該分析物の第１のコピーを形成し、
ｄ）プライマーの該第２のセットと、該伸長された第１のコピーとを接触して、複数の第２の結合体を形成し、
ｅ）該伸長された第１のコピーによって提供されるテンプレート配列によって該結合されたプライマーの第２のセットを伸長して、プライマーの伸長された第２のセットを形成し、
ｆ）工程ｅ）において得られたプライマーの該伸長された第２のセットを分離し、
ｇ）プライマーの該第３のセットと、プライマーの該伸長された第２のセットとを接触して複数の第３の結合体を形成し、
ｈ）プライマーの該伸長された第２のセットによって提供されるテンプレート配列によって該第３の結合体を伸長して、該伸長された第３の結合体およびプライマーの該伸長されたセットを含む複数の複合体を形成し、
ｉ）等温または平衡な条件下で、該複合体中のプライマーの該第２のセットにおけるプロダクションセンターから、１つ以上の核酸コピーを合成し、
ｊ）工程ａ）（ｉ）において提供される該核酸の配列に、工程ｉ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｋ）工程ｊ）において得られた該ハイブリダイズされたコピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項６９７】
前記固体支持体がビーズを含む請求項６９６に記載の方法。
【請求項６９８】
前記ビーズが磁性である請求項６６０に記載の方法。
【請求項６９９】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択されるメンバーを含む請求項６９６に記載の方法。
【請求項７００】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項６９９に記載の方法。
【請求項７０１】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項６９９または７００に記載の方法。
【請求項７０２】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項６９６に記載の方法。
【請求項７０３】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項７０２に記載の方法。
【請求項７０４】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項７０３に記載の方法。
【請求項７０５】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項７０３に記載の方法。
【請求項７０６】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項７０３に記載の方法。
【請求項７０７】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項７０３に記載の方法。
【請求項７０８】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項７０７に記載の方法。
【請求項７０９】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、且つ生物資源に由来するものである請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１０】
核酸分析物の前記ライブラリーが、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１１】
前記プライマーの第１のセットが、内在性のユニバーサルディテクションターゲット（ＵＤＴ）に相補的な１つ以上の配列を含む請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１２】
前記内在性のＵＤＴが、３´ポリＡセグメント、コンセンサス配列、および両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１３】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７１２に記載の方法。
【請求項７１４】
前記プライマーの第２のセットがランダムなプライマーである請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１５】
工程ｃ）の後にプライマー結合部位を付加する工程ｃ´）をさらに包含する請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１６】
プライマーの前記第２のセットが前記プライマー結合部位に相補的である請求項７１５に記載の方法。
【請求項７１７】
前記プライマー結合部位がＴ４ＤＮＡリガーゼまたは末端転写酵素によって付加される請求項７１５に記載の方法。
【請求項７１８】
前記プロダクションセンターが、プライマー結合部位、ＲＮＡプロモーター、または両方の組み合わせよりなる群から選択される請求項６９６に記載の方法。
【請求項７１９】
前記ＲＮＡプロモーターがファージプロモーターを含む請求項７１８に記載の方法。
【請求項７２０】
前記ファージプロモーターが、Ｔ３、Ｔ７、およびＳＰ６よりなる群から選択される請求項７１９に記載の方法。
【請求項７２１】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは取り込まれる１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項６９６に記載の方法。
【請求項７２２】
前記シグナル伝達体がシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項７２１に記載の方法。
【請求項７２３】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７２２に記載の方法。
【請求項７２４】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７２２に記載の方法。
【請求項７２５】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項７２４に記載の方法。
【請求項７２６】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項７２６に記載の方法。
【請求項７２７】
工程ｃ）から得られた第１のコピーをそれらのテンプレートから分離し、そして工程ｂ）を反復する工程をさらに包含する請求項６９６に記載の方法。
【請求項７２８】
工程ｆ）から得られたプライマーの伸長された第２のセットを分離し、そして工程ｅ）を反復する工程をさらに包含する請求項６９６に記載の方法。
【請求項７２９】
工程ｇ）が反復して行われる請求項６９６に記載の方法。
【請求項７３０】
等温または平衡な条件下で核酸コピーを合成するための前記手段が、ＲＮＡ転写、ストランド置換増幅、および２次的構造増幅よりなる群から選択される１つ以上のメンバーによって行われる請求項６９６に記載の方法。
【請求項７３１】
前記プライマーの第２のセットが、プライマーの第３のセットにおける前記プロダクションセンターとヌクレオチド配列が異なる少なくとも１つのプロダクションセンターを含む６９６に記載の方法。
【請求項７３２】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一な固定化または不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセットを含む、重合化手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、核酸分析物の該ライブラリーとを接触して、第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの第１のセットの該結合されたセットを伸長して該分析物の第１の核酸コピーを形成し、
ｄ）該分析物から該第１の核酸コピーを分離し、
ｅ）所望の量の第１の核酸コピーが合成されるまで工程ｂ）、ｃ）、ｄ）を繰返し、
ｆ）工程ｉ）において提供される核酸の該配列に、工程ｅ）において形成された該核酸コピーをハイブリダイズし、
ｇ）工程ｆ）において得られた該ハイブリダイズされた第１の核酸コピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項７３３】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項７３２に記載の方法。
【請求項７３４】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項４に記載の方法。
【請求項７３５】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項７３３または７３４に記載の方法。
【請求項７３６】
前記核酸配列が固体支持体に固定化もしくは不動化される請求項７３２に記載の方法。
【請求項７３７】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項７３６に記載の方法。
【請求項７３８】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項７３７に記載の方法。
【請求項７３９】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項７３６に記載の方法。
【請求項７４０】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項７３６に記載の方法。
【請求項７４１】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項７３６に記載の方法。
【請求項７４２】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項７４１に記載の方法。
【請求項７４３】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択され、且つ生物資源に由来するものである請求項７３２に記載の方法。
【請求項７４４】
前記核酸分析物が、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７３２に記載の方法。
【請求項７４５】
前記核酸分析物が、ポリＴセグメント、２次的構造、コンセンサス配列、および上述の組み合わせよりなる群から選択される内在性のＵＤＴを含む、請求項７３２に記載の方法。
【請求項７４６】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７４５に記載の方法。
【請求項７４７】
ポリＡポリメラーゼ、末端転写酵素、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ、Ｔ４ＲＮＡリガーゼ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される酵素手段によって、前記核酸分析物または前記第１のコピーに１つ以上の非内在性のＵＤＴを付加する工程をさらに包含する請求項７３２に記載の方法。
【請求項７４８】
前記提供するまたは接触する工程において、プライマーの第１のセットが１つ以上のＵＤＴを含む請求項７３２に記載の方法。
【請求項７４９】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項７３２に記載の方法。
【請求項７５０】
さらなる量の酵素が工程ｄ）の後にまたは反復する工程ｄ）の後に添加される請求項７４９に記載の方法。
【請求項７５１】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは結合される１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項７３２に記載の方法。
【請求項７５２】
前記ＵＤＥがシグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項７４８に記載の方法。
【請求項７５３】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７５２に記載の方法。
【請求項７５４】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７５２に記載の方法。
【請求項７５５】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項７５４に記載の方法。
【請求項７５６】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量するための方法であって、
ａ）（ｉ）該目的の核酸の配列に、部分または全体が同一な固定化または不動化された核酸のアレイと、
（ｉｉ）検出または定量されることを求められる目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該核酸分析物の核酸コピーを合成するための重合化手段であって、該重合化手段は、プライマーの第１のセット、プライマーの第２のセットを含む、重合化手段と、
（ｉｖ）核酸の３´末端への配列の付加のための手段とを提供し、
ｂ）プライマーの該第１のセットと、該核酸分析物とを接触して、第１の結合体を形成し、
ｃ）該核酸分析物によって提供されるテンプレート配列によってプライマーの第１のセットの該結合されたセットを伸長して該分析物の第１の核酸コピーを形成し、
ｄ）該第１の核酸コピーの３´末端への非テンプレート由来の配列の付加によって該第１の核酸コピーを伸長し、
ｅ）プライマーの該第２のセットと、該伸長された第１の核酸コピーとを接触して第２の結合体を形成し、
ｆ）該伸長された第１の核酸コピーによって提供されるテンプレート配列によってプライマーの第２のセットの該結合されたセットを伸長して、第２の核酸コピーを形成し、
ｇ）伸長された第１の核酸コピーから該第２の核酸コピーを分離し、
ｈ）所望の量の第２の核酸コピーが合成されるまで工程ｅ）、ｆ）、ｇ）を繰返し、
ｉ）工程（ｉ）において提供される核酸の該配列に、工程ｈ）において形成された該第２の核酸コピーをハイブリダイズし、
ｊ）工程ｉ）において得られた該ハイブリダイズされた第２の核酸コピーのいずれかを検出または定量する方法。
【請求項７５７】
前記核酸配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択されるメンバーを含む請求項７５６に記載の方法。
【請求項７５８】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項７５７に記載の方法。
【請求項７５９】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項７５７または７５８に記載の方法。
【請求項７６０】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項７５６に記載の方法。
【請求項７６１】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項７６０に記載の方法。
【請求項７６２】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項７６０に記載の方法。
【請求項７６３】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項７５８に記載の方法。
【請求項７６４】
前記核酸が直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項７５６に記載の方法。
【請求項７６５】
前記核酸は化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項７６４に記載の方法。
【請求項７６６】
核酸分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択され、かつ生物資源に由来するものである請求項７５８に記載の方法。
【請求項７６７】
前記核酸分析物が、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、スプライスされていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７５８に記載の方法。
【請求項７６８】
前記核酸分析物が、ポリＴセグメント、２次的構造、コンセンサス配列、および上述の組み合わせよりなる群から選択される内在性のＵＤＴを含む、請求項７５８に記載の方法。
【請求項７６９】
前記コンセンサス配列が、ポリＡ付加についてのシグナル配列、スプライスエレメント、マルチコピー反復、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７６８に記載の方法。
【請求項７７０】
ポリＡポリメラーゼ、末端転写酵素、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ、Ｔ４ＲＮＡリガーゼ、および上述の任意の組み合わせから選択される酵素手段によって、前記核酸分析物、前記第１のコピー、または前記第２のコピーに１つ以上の非内在性のＵＤＴを付加する工程をさらに包含する請求項７５８に記載の方法。
【請求項７７１】
前記提供するまたは接触する工程において、プライマーの第１のセットまたはプライマーの第２のセットまたは両方が、１つ以上のＵＤＴを含む請求項７５８に記載の方法。
【請求項７７２】
前記伸長工程ｄ）が、末端転写酵素、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ、Ｔ４ＲＮＡリガーゼ、および上述の任意の組み合わせから選択される酵素手段によって行われる請求項７５８に記載の方法。
【請求項７７３】
前記重合化手段がイー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項７５８に記載の方法。
【請求項７７４】
さらなる量の酵素が添加される請求項７７３に記載の方法。
【請求項７７５】
前記ハイブリダイズされた核酸コピーがさらにそれに付着されるかまたは取り込まれる１つ以上のシグナル伝達体を含む請求項７５８に記載の方法。
【請求項７７６】
前記シグナル体が、シグナルを直接的にまたは間接的に発生する請求項７７５に記載の方法。
【請求項７７７】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７７６に記載の方法。
【請求項７７８】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項７７６に記載の方法。
【請求項７７９】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項７７８に記載の方法。
【請求項７８０】
ｉ）請求項１７５０の工程ｃ）において生成される核酸コピーを前記分析物から分離する工程、およびｍ）所望の量の伸長された第１の核酸コピーが合成されるまで工程ｂ）、ｃ）、およびｋ）を反復する工程を包含する請求項７５６に記載の方法。
【請求項７８１】
ｉ）請求項７５０の工程ｄ）において生成される伸長された第１の核酸コピーを前記分析物から分離する工程、およびｍ）所望の量の伸長された第１の核酸コピーが合成されるまで工程ｂ）、ｃ）、ｄ）、およびｌ）を反復する工程を包含する請求項７５６に記載の方法。
【請求項７８２】
前記プライマーの第１のセットが固体支持体に付着される請求項７５６に記載の方法。
【請求項７８３】
前記固体支持体がビーズを含む請求項７８２に記載の方法。
【請求項７８４】
前記ビーズが磁性である請求項７８３に記載の方法。
【請求項７８５】
分離した領域を含む固体表面のアレイを含む組成物であって、該分離した領域の少なくとも２つがそれぞれ、
核酸プライマーの第１のセットと、
核酸プライマーの第２のセットとを含み、
核酸プライマーの該第１のセットにおけるヌクレオチド配列は、核酸プライマーの該第２のセットにおけるヌクレオチド配列と異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列は、少なくとも１つの塩基が互いに異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列は、実質的に同じであるかまたは同一である組成物。
【請求項７８６】
固体表面の前記配列は、Ｄ１がＤ２よりも少ないように設計／合成され、該Ｄ１は、領域の第１のセットの部分である核酸プライマーと、同じ領域の第２のセットの部分である核酸プライマーとの間の該配置上の物理的な距離であり、Ｄ２は第１のセットの核酸プライマーについてのサンプル中の該核酸におけるプライマー結合部位の配列と、第２のセットにおける核酸プライマーについてのサンプル中の該核酸におけるプライマー結合部位の相補物との間のサンプル中核酸上の物理的な距離である請求項７８５に記載の組成物。
【請求項７８７】
該核酸プライマーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項７８５に記載の組成物。
【請求項７８８】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項７８７に記載の組成物。
【請求項７８９】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項７８７または７８８に記載の組成物。
【請求項７９０】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項７８５に記載の組成物。
【請求項７９１】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項７８９に記載の組成物。
【請求項７９２】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項７９０に記載の組成物。
【請求項７９３】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項７８５に記載の組成物。
【請求項７９４】
核酸プライマーが直接的または間接的に、前記固体表面に固定化または不動化される請求項７８５に記載の組成物。
【請求項７９５】
前記核酸プライマーは化学リンカーまたは結合アーム連結アームによって、当該固体表面に間接的に固定化または不動化される請求項７９４に記載の組成物。
【請求項７９６】
複数の分離した領域を含む固体表面のアレイを含む組成物であって、該分離した領域の少なくとも２つがそれぞれ、
核酸プライマーの第１のセットと、
核酸プライマーの第２のセットとを含み、
核酸プライマーの該第１のセットにおけるヌクレオチド配列は、核酸プライマーの第２のセットにおけるヌクレオチド配列と異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列は実質的に互いに異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列は実質的に同じであるかまたは同一である組成物。
【請求項７９７】
固体表面の前記配列は、Ｄ１がＤ２よりも少ないように設計／合成され、該Ｄ１は、領域の第１のセットの部分である核酸プライマーと、同じ領域の第２のセットの部分である核酸プライマーとの間の該配列上の物理的な距離であり、Ｄ２は第１のセットの核酸プライマーについてのサンプル中の該核酸におけるプライマー結合部位の配列と、第２のセットにおける核酸プライマーについてのサンプル中の該核酸におけるプライマー結合部位の相補物との間のサンプル中核酸上の物理的な距離である請求項７９５に記載の組成物。
【請求項７９８】
該核酸プライマーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項７８６記載の組成物。
【請求項７９９】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項７９８に記載の組成物。
【請求項８００】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項７９８または７９９に記載の組成物。
【請求項８０１】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項７９６に記載の組成物。
【請求項８０２】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８０１に記載の組成物。
【請求項８０３】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項７９６に記載の組成物。
【請求項８０４】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項７９６に記載の組成物。
【請求項８０５】
核酸プライマーが直接的または間接的に、前記固体表面に固定化または不動化される請求項７９６に記載の組成物。
【請求項８０６】
前記核酸プライマーは化学リンカーまたは結合アームによって、当該固体表面に間接的に固定化または不動化される請求項８０５に記載の組成物。
【請求項８０７】
ライブラリー中の目的の核酸の２つ以上のコピーを生成するための方法であって、
ａ）（ｉ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つがそれぞれ、
（１）核酸プライマーの第１のセットと、
（２）核酸プライマーの第２のセットとを含み、
核酸プライマーの該第１のセットにおけるヌクレオチド配列は、核酸プライマーの該第２のセットにおけるヌクレオチド配列と異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列は少なくとも１つの塩基が実質的に互いに異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列は実質的に同じであるかまたは同一である固体表面のアレイと、
（ｉｉ）目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該目的の核酸の核酸コピーを合成するための重合化手段とを提供し、
ｂ）該目的の核酸における相補的な配列と、該第１のセットのプライマーとを接触し、
ｃ）該目的の核酸をテンプレートとして使用して第１のセットにおける該プライマーを伸長して、伸長された第１のプライマーを生成し、
ｄ）該伸長された第１のプライマーにおける相補的な配列と、該第２のセットにおけるプライマーとを接触し、
ｅ）該伸長された第１のプライマーを使用して第２のセットにおける該プライマーを伸長して、該伸長された第２のプライマーを生成し、
ｆ）該伸長された第２のプライマーにおける相補的な配列と、第１のセットにおけるプライマーとを接触し、
ｇ）該伸長された第２のプライマーをテンプレートとして使用して、第１のセットにおける該プライマーを伸長して、伸長された第１のプライマーを生成し、
ｈ）上述のｄ）からｇ）までの工程を１回以上反復する工程を含む方法。
【請求項８０８】
該核酸プライマーが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８０７に記載の方法。
【請求項８０９】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８０８に記載の方法。
【請求項８１０】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８０８または８０９に記載の方法。
【請求項８１１】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８０７に記載の方法。
【請求項８１２】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８１１に記載の方法。
【請求項８１３】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８１１に記載の方法。
【請求項８１４】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８０７に記載の方法。
【請求項８１５】
核酸プライマーが直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項８０７に記載の方法。
【請求項８１６】
前記核酸プライマーは化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項８１５に記載の方法。
【請求項８１７】
分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項８０７に記載の方法。
【請求項８１８】
前記分析物が、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、接合されていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８０７に記載の方法。
【請求項８１９】
前記重合化手段が、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項６００に記載の方法。
【請求項８２０】
ライブラリー中の複数の目的の核酸を検出または定量化するための方法であって、
ａ）（ｉ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つがそれぞれ、
（１）核酸プライマーの第１のセットと、
（２）核酸プライマーの第２のセットとを含み、
核酸プライマーの該第１のセットにおけるヌクレオチド配列は、核酸プライマーの該第２のセットにおけるヌクレオチド配列と異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第１のセットのヌクレオチド配列は少なくとも１つの塩基が互いに異なり、
第１の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列および第２の分離した領域の核酸プライマーの第２のセットのヌクレオチド配列は実質的に同じであるかまたは同一である固体表面のアレイと、
（ｉｉ）目的の核酸を含み得る核酸分析物のライブラリーと、
（ｉｉｉ）該目的の核酸の核酸コピーを合成するための重合化手段と、
（ｉｖ）核酸に付着され得るか、または核酸に取り込まれ得る非放射性のシグナル発生手段とを提供し、
ｂ）該目的の核酸における相補的な配列と、該第１のセットのプライマーとを接触し、
ｃ）該目的の核酸をテンプレートとして使用して第１のセットにおける該プライマーを伸長して、伸長された第１のプライマーを生成し、
ｄ）該伸長された第１のプライマーにおける相補的な配列と、該第２のセットにおけるプライマーとを接触し、
ｅ）該伸長された第１のプライマーをテンプレートとして使用して第２のセットにおける該プライマーを伸長して、伸長された第２のプライマーを生成し、
ｆ）該伸長された第２のプライマーにおける相補的な配列と、第１のセットにおけるプライマーとを接触し、
ｇ）該伸長された第２のプライマーをテンプレートとして使用して、第１のセットにおける該プライマーを伸長して、伸長された第１のプライマーを生成し、
ｈ）上述のｄ）からｇ）までの工程を１回以上反復し、
ｉ）上述の工程ｃ）、ｅ）、ｇ）、およびｈ）における該伸長されたプライマーのいずれかに付着された或いはその中に取り込まれた該非放射性シグナル発生手段によって、検出または定量化する方法。
【請求項８２１】
前記核酸プライマーが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８２０に記載の方法。
【請求項８２２】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８２１に記載の方法。
【請求項８２３】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８２１または８２２に記載の方法。
【請求項８２４】
前記固体支持体が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８２０に記載の方法。
【請求項８２５】
前記多孔性固体支持体が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８２４に記載の方法。
【請求項８２６】
前記非多孔性の固体支持体が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８２４に記載の方法。
【請求項８２７】
前記固体支持体が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８２０に記載の方法。
【請求項８２８】
核酸プライマーが直接的または間接的に、前記固体支持体に固定化または不動化される請求項８２０に記載の方法。
【請求項８２９】
前記核酸プライマーは化学リンカーまたは結合アームによって前記固体支持体に対して間接的に固定化または不動化される請求項８２８に記載の方法。
【請求項８３０】
分析物の前記ライブラリーが、器官、組織、および細胞よりなる群から選択される、生物資源に由来する請求項８２０に記載の方法。
【請求項８３１】
前記分析物が、ゲノムＤＮＡ、エピソームＲＮＡ、接合されていないＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ＳｎＲＮＡ、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８２０に記載の方法。
【請求項８３２】
前記重合化手段が、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉ、イー・コリＤＮＡＰｏｌ Ｉのクレノーフラグメント、Ｂｓｔ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＬＶ逆転写酵素、ＭｕＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＨＩＶ−１逆転写酵素、ＨＩＶ−２逆転写酵素、センシスクリプトおよびオムニスクリプトよりなる群から選択される請求項８２０に記載の方法。
【請求項８３３】
前記非放射性シグナル発生手段が、ラベル化ヌクレオチド、挿入色素、普遍的な検出エレメント、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８２０に記載の方法。
【請求項８３４】
前記伸長されたプライマーがさらに、それに付着された或いはその中に取り込まれた１又はそれ以上のシグナル発生体を含む請求項８２０に記載の方法。
【請求項８３５】
前記シグナル発生体が、直接的にまたは間接的にシグナルを作製する請求項８３４に記載の方法。
【請求項８３６】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８３５に記載の方法。
【請求項８３７】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８３５に記載の方法。
【請求項８３８】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項８３７に記載の方法。
【請求項８３９】
複数の分離した領域を含む固体表面のアレイを含む組成物であって、該分離した領域の少なくとも２つは、
核酸部分と、
非核酸部分とを含むキメラ組成物を含み、
第１の分離した領域の該核酸部分は第２の分離した領域の核酸部分と同じ配列を有し、該非核酸部分は目的の分析物に対する結合親和性を有する組成物。
【請求項８４０】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８３９に記載の組成物。
【請求項８４１】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８４０に記載の組成物。
【請求項８４２】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８４０または８４１に記載の組成物。
【請求項８４３】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８３９に記載の組成物。
【請求項８４４】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８４３に記載の組成物。
【請求項８４５】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８４３に記載の組成物。
【請求項８４６】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８３９に記載の組成物。
【請求項８４７】
核酸部分が直接的または間接的に、前記固体表面に固定化または不動化される請求項８３９に記載の組成物。
【請求項８４８】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８３９に記載の組成物。
【請求項８４９】
複数の分離した領域を含む固体表面のアレイを含む組成物であって、該分離した領域の少なくとも２つは、
該分離した領域に固定化または不動化される核酸の相補的な配列にハイブリダイズされるキメラ組成物を含み、該キメラ組成物は、
核酸部分と、
非核酸部分とを含み、
該核酸部分は少なくとも１つの配列を含み、該非核酸部分は目的の分析物に対する結合親和性を有し、該非核酸部分がペプチドまたは蛋白質である場合、該核酸部分は、該ペプチドまたは蛋白質をコードする配列に対して同一または相補的配列のいずれも含まない組成物。
【請求項８５０】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８４９に記載の組成物。
【請求項８５１】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８５０に記載の組成物。
【請求項８５２】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８５０に記載の組成物。
【請求項８５３】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８４９に記載の組成物。
【請求項８５４】
前記固定化または不動化された核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８４９に記載の組成物。
【請求項８５５】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８５４に記載の組成物。
【請求項８５６】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８５４または８５５に記載の組成物。
【請求項８５７】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８４９に記載の組成物。
【請求項８５８】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８５７に記載の組成物。
【請求項８５９】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８５７または８５８に記載の組成物。
【請求項８６０】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８４９に記載の組成物。
【請求項８６１】
目的の分析物を検出または定量化するための方法であって、
１）ａ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つは：核酸部分；および非核酸部分を含むキメラ組成物を含み；第１の分離した領域の該核酸部分は第２の分離した領域の核酸部分と同じ配列を有し、該非核酸部分は目的の分析物に対する結合親和性を有する、固体表面のアレイと、
ｂ）該目的の分析物の１つ以上を含むか、または含むことが予測されるサンプルと、
ｃ）シグナル発生手段とを提供し、
２）サンプルｂ）と配列ａ）とを、該非核酸部分への該分析物の結合を許容する条件下で、接触させ、
３）該シグナル発生手段と該結合された分析物とを接触させ、
４）該分析物の存在を検出または定量化する方法。
【請求項８６２】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８６１に記載の方法。
【請求項８６３】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８６２に記載の方法。
【請求項８６４】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８６２に記載の方法。
【請求項８６５】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８６１に記載の方法。
【請求項８６６】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８６１に記載の方法。
【請求項８６７】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８６６に記載の方法。
【請求項８６８】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８６６または８６７に記載の方法。
【請求項８６９】
前記核酸部分は、前記固体表面に直接的または間接的に固定化または不動化される請求項８６１に記載の方法。
【請求項８７０】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８６１に記載の方法。
【請求項８７１】
前記シグナル発生手段が、直接的なシグナル発生手段および間接的なシグナル発生手段を含む請求項８６１に記載の方法。
【請求項８７２】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８７１に記載の方法。
【請求項８７３】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８７１に記載の方法。
【請求項８７４】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項８７３に記載の方法。
【請求項８７５】
目的の分析物を検出または定量化するための方法であって、
１）ａ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つは：核酸部分；および非核酸部分を含むキメラ組成物を含み；第１の分離した領域の該核酸部分は第２の分離した領域の核酸部分と同じ配列を有し、該非核酸部分は目的の分析物に対する結合親和性を有する固体表面のアレイと、
ｂ）該目的の分析物の１つ以上を含むか、または含むことが予測されるサンプルと、
ｃ）シグナル発生手段とを提供し、
２）該シグナル発生手段で該目的の分析物をラベルし、
３）該ラベルされた分析物と配列ａ）とを、該非核酸部分への該ラベル化された分析物の結合を許容する条件下で接触させ、
４）該分析物の存在を検出または定量化する方法。
【請求項８７６】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８７５に記載の方法。
【請求項８７７】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８７６に記載の方法。
【請求項８７８】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８７６に記載の方法。
【請求項８７９】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８７６に記載の方法。
【請求項８８０】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８７５に記載の方法。
【請求項８８１】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８８０に記載の方法。
【請求項８８２】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８８０または８８１に記載の方法。
【請求項８８３】
前記核酸部分は、前記固体表面に直接的または間接的に固定化または不動化される請求項８７５に記載の方法。
【請求項８８４】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８７５に記載の方法。
【請求項８８５】
前記シグナル発生手段が、直接的なシグナル発生手段および間接的なシグナル発生手段を含む請求項８７５に記載の方法。
【請求項８８６】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８８５に記載の方法。
【請求項８８７】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８８５に記載の方法。
【請求項８８８】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項８８７に記載の方法。
【請求項８８９】
目的の分析物を検出または定量化するための方法であって、
１）ａ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つは該分離した領域に固定化または不動化された核酸部分を含む、固体表面のアレイと、
ｂ）ｉ）核酸部分と、
ｉｉ）非核酸部分とを含むキメラ組成物であって、
該核酸部分は、少なくとも１つの配列を有し、該非核酸部分は目的の分析物に対する結合親和性を有し、該非核酸部分がペプチドまたは蛋白質である場合、該核酸部分は、該ペプチドまたは蛋白質をコードする配列に同一または相補的な配列のいずれも含まないキメラ組成物と、
ｃ）該目的の分析物の１つ以上を含むか、または含むことが予測されるサンプルと、
ｄ）シグナル発生手段とを提供し、
２）キメラ組成物と該配列とを接触して、該キメラ組成物の核酸部分を該配列に固定化または不動化された相補的な核酸にハイブリダイズし、
３）サンプルと該配列とを、該非核酸部分への該分析物の結合を許容する条件下で接触させ、
４）該シグナル発生手段と該結合された分析物とを接触させ、
５）該分析物の存在を検出または定量化する方法。
【請求項８９０】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項８８９に記載の方法。
【請求項８９１】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項８９０に記載の方法。
【請求項８９２】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項８９０に記載の方法。
【請求項８９３】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項８８９に記載の方法。
【請求項８９４】
前記固定化または不動化された核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８８９に記載の方法。
【請求項８９５】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８９４に記載の方法。
【請求項８９６】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８９４または８９５に記載の方法。
【請求項８９７】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項８８９に記載の方法。
【請求項８９８】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項８９７に記載の方法。
【請求項８９９】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項８９７または８９８に記載の方法。
【請求項９００】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項８８９に記載の方法。
【請求項９０１】
前記シグナル発生手段は、直接的なシグナル発生手段および間接的なシグナル発生手段を含む請求項８８９に記載の方法。
【請求項９０２】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９０１に記載の方法。
【請求項９０３】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９０１に記載の方法。
【請求項９０４】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項９０３に記載の方法。
【請求項９０５】
目的の分析物を検出または定量化するための方法であって、
１）ａ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つは、該分離した領域に固定化または不動化された核酸部分を含む、固体表面のアレイと、
ｂ）ｉ）核酸部分と、
ｉｉ）非核酸部分とを含むキメラ組成物であって、
該核酸部分は、少なくとも１つの配列を含み、ここで該非核酸部分は、目的の分析物に対する結合親和性を有し、該非核酸部分がペプチドまたは蛋白質である場合、該核酸部分は、該ペプチドまたは蛋白質をコードする配列に同一または相補的配列のいずれも含まないキメラ組成物と、
ｃ）該目的の分析物を含むか、または含むことが予測されるサンプルと、
ｄ）シグナル発生手段とを提供し、
２）該非核酸部分に該分析物を結合することを許容する条件下で、該サンプルｂ）と該キメラ組成物とを接触させ、
３）該キメラ組成物と該配列とを接触して、該キメラ組成物の核酸部分を該配列に固定化または不動化された相補的な核酸にハイブリダイズし、
４）該シグナル発生手段と該結合された分析物とを接触させ、
５）該分析物の存在を検出または定量化する方法。
【請求項９０６】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項９０５に記載の方法。
【請求項９０７】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項９０６に記載の方法。
【請求項９０８】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項９０６に記載の方法。
【請求項９０９】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項９０５に記載の方法。
【請求項９１０】
前記固定化または不動化された核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項９０５に記載の方法。
【請求項９１１】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項９１０に記載の方法。
【請求項９１２】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項９１０または９１１に記載の方法。
【請求項９１３】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項９０５に記載の方法。
【請求項９１４】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項９１３に記載の方法。
【請求項９１５】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項９１３または９１４に記載の方法。
【請求項９１６】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９０５に記載の方法。
【請求項９１７】
前記シグナル発生手段は、直接的なシグナル発生手段および間接的なシグナル発生手段を含む請求項９０５に記載の方法。
【請求項９１８】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９１７に記載の方法。
【請求項９１９】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９１７に記載の方法。
【請求項９２０】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項９１９に記載の方法。
【請求項９２１】
目的の分析物を検出または定量化するための方法であって、
１）ａ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つは、該分離した領域に固定化または不動化された核酸部分を含む、固体表面のアレイと、
ｂ）ｉ）核酸部分と、
ｉｉ）非核酸部分とを含むキメラ組成物であって、
該核酸部分は、少なくとも１つの配列を含み、ここで該非核酸部分は、目的の分析物に対する結合親和性を有し、該非核酸部分がペプチドまたは蛋白質である場合、該核酸部分は該ペプチドまたは蛋白質をコードする配列に同一または相補的配列のいずれも含まないキメラ組成物と、
ｃ）該目的の分析物の１つ以上を含むか、または含むことが予測されるサンプルと、
ｄ）シグナル発生手段とを提供し、
２）該キメラ組成物と該配列とを接触して、該キメラ組成物の核酸部分を該配列に固定化または不動化された相補的な核酸部分にハイブリダイズし、
３）該シグナル発生手段で該分析物をラベルし、
４）ラベルされた分析物と該配列とを接触して、該分析物を該非核酸部分に結合し、
５）該分析物の存在を検出または定量化する方法。
【請求項９２２】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項９２１に記載の方法。
【請求項９２３】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項９２２に記載の方法。
【請求項９２４】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項９２２に記載の方法。
【請求項９２５】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項９２１に記載の方法。
【請求項９２６】
前記固定化または不動化された核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項９２１に記載の方法。
【請求項９２７】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項９２６に記載の方法。
【請求項９２８】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項９２６または９２７に記載の方法。
【請求項９２９】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項９２１に記載の方法。
【請求項９３０】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項９２９に記載の方法。
【請求項９３１】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項９２９または９３０に記載の方法。
【請求項９３２】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９２１に記載の方法。
【請求項９３３】
前記シグナル発生手段は、直接的なシグナル発生手段および間接的なシグナル発生手段を含む請求項９２１に記載の方法。
【請求項９３４】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９３３に記載の方法。
【請求項９３５】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９３３に記載の方法。
【請求項９３６】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項９３５に記載の方法。
【請求項９３７】
目的の分析物を検出または定量化するための方法であって、
１）ａ）複数の分離した領域を含む固体表面のアレイであって、該分離した領域の少なくとも２つは、該分離した領域に固定化または不動化された核酸部分を含む、固体表面のアレイと、
ｂ）ｉ）核酸部分と、
ｉｉ）非核酸部分とを含むキメラ組成物であって、
該核酸部分は、少なくとも１つの配列を含み、該非核酸部分は目的の分析物に対する結合親和性を有し、該非核酸部分がペプチドまたは蛋白質である場合、該核酸部分は該ペプチドまたは蛋白質をコードする配列に同一または相補的配列のいずれも含まないキメラ組成物と、
ｃ）該目的の分析物を含むか、または含むことが予測されるサンプルと、
ｄ）シグナル発生手段とを提供し、
２）該シグナル発生手段で該目的の分析物をラベルし、
３）該ラベルされた分析物と該キメラ配列とを接触して、該分析物を該非核酸部分に結合し、
４）該キメラ組成物と該配列とを接触して、該キメラ組成物の核酸部分を、該配列に固定化または不動化された相補的な核酸にハイブリダイズし、
５）該分析物の存在を検出または定量化する方法。
【請求項９３８】
前記固体表面が多孔性であるか、または非多孔性である請求項９３７に記載の方法。
【請求項９３９】
前記多孔性固体表面が、ポリアクリルアミドおよびアガロースよりなる群から選択される請求項９３８に記載の方法。
【請求項９４０】
前記非多孔性の固体表面が、ガラスまたはプラスチックを含む請求項９３８に記載の方法。
【請求項９４１】
前記固体表面が、透明、半透明、不透明、または反射性である請求項９３７に記載の方法。
【請求項９４２】
前記固定化または不動化された核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項９３７に記載の方法。
【請求項９４３】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項９４２に記載の方法。
【請求項９４４】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項９４２または９４３に記載の方法。
【請求項９４５】
前記核酸部分は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびその類似物よりなる群から選択される請求項９３７に記載の方法。
【請求項９４６】
前記類似物がＰＮＡを含む請求項９４５に記載の方法。
【請求項９４７】
前記核酸または類似物が、糖部、リン酸部、または塩基部のいずれか１つで修飾される請求項９４５または９４６に記載の方法。
【請求項９４８】
前記非核酸部分は、ペプチド、蛋白質、リガンド、酵素、基質、ホルモン、受容体、薬物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９３７に記載の方法。
【請求項９４９】
前記シグナル発生手段は、直接的なシグナル発生手段および間接的なシグナル発生手段を含む請求項９３７に記載の方法。
【請求項９５０】
前記直接的なシグナル発生が、蛍光化合物、リン光化合物、化学発光化合物、キレート化化合物、電子高密度な化合物、磁性化合物、挿入化合物、エネルギー伝達化合物、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９４９に記載の方法。
【請求項９５１】
前記間接的なシグナル発生が、抗体、抗原、ハプテン、受容体、ホルモン、リガンド、酵素、および上述の任意の組み合わせよりなる群から選択される請求項９４９に記載の方法。
【請求項９５２】
前記酵素が、蛍光発生反応、色素生成反応、および化学発光反応よりなる群から選択される反応を触媒する請求項９５１に記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【公開番号】特開２００８−１７８５３（Ｐ２００８−１７８５３Ａ）
【公開日】平成２０年１月３１日（２００８．１．３１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−２４１６２０（Ｐ２００７−２４１６２０）
【出願日】平成１９年９月１８日（２００７．９．１８）
【分割の表示】特願２００２−１９２７７１（Ｐ２００２−１９２７７１）の分割
【原出願日】平成１４年７月１日（２００２．７．１）
【出願人】（５０２２３７３５３）エンゾー　ライフ　サイエンセズ　インコーポレイテッド (3)
【Ｆターム（参考）】