単球由来核酸および関連する組成物ならびに方法
【課題】抗原提示細胞の不適切な調節、発達、または生理機能の異常により引き起こされる医学的状態の診断および処置に有用な薬剤を提供すること。
【解決手段】種々の単球由来タンパク質をコードする核酸、ならびに精製されたタンパク質および特異的な抗体を含む、関連する組成物が、記載される。このような組成物の使用の方法もまた、提供される。提供される方法としては、サンプル中の特定の核酸を検出するための方法、サンプル中の特定の抗原成分を検出するための方法、および候補となる治療剤をスクリーニングするための方法が挙げられる。本発明は、活性化された単球から単離された新規の遺伝子および遺伝子産物の発見に基づく。
【解決手段】種々の単球由来タンパク質をコードする核酸、ならびに精製されたタンパク質および特異的な抗体を含む、関連する組成物が、記載される。このような組成物の使用の方法もまた、提供される。提供される方法としては、サンプル中の特定の核酸を検出するための方法、サンプル中の特定の抗原成分を検出するための方法、および候補となる治療剤をスクリーニングするための方法が挙げられる。本発明は、活性化された単球から単離された新規の遺伝子および遺伝子産物の発見に基づく。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、単球（免疫系で機能する細胞）中に見出される遺伝子に関連する組成物に関する。これらの遺伝子は、哺乳動物免疫系の発達、分化、および／または生理機能の制御において機能する。特に、本発明は、核酸、タンパク質、抗体、およびそれらを使用する方法を提供する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
単球は、単核食細胞系に属する食細胞であり、そして循環中に存在する。これらの細胞は骨髄を起源とし、そして一旦それらが分化すると、骨髄の区画に短期間のみ存在する。次いで、それらは循環に入り、そしてそこに比較的長期間（例えば、数日間）存在し得る。単球は、漏出として公知のプロセスによって組織および体腔に入り得、ここで、これらはマクロファージ、およびおそらく樹状細胞に分化する。炎症応答において、循環中の単球の数は倍加し得、そして増大した数の単球のうちの多くは、炎症部位に漏出する。単球およびそれらの機能の概説については、例えば、非特許文献１；非特許文献２を参照のこと。
【０００３】
抗原提示は、タンパク質様抗原が取り込まれ、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってプロセスされ、次いで認識されて免疫応答を開始する、細胞性の事象をいう。最も活性な抗原提示細胞は、マクロファージ（これは、単球からの直接的な発達産物である）；樹状細胞；および特定のＢ細胞として特徴付けられている。
【０００４】
マクロファージは、ほとんどの組織中で見出され、そして広範な種々のタンパク質抗原および微生物のインターナリゼーションにおいて高度に活性である。これらは、高度に発達したエンドサイトーシス活性を有し、そして免疫応答の開始において重要な多くの産物を分泌する。この理由のために、単球によって発現されるかまたは単球の活性化によって誘導される多くの遺伝子が、抗原の取り込み、プロセシング、提示、または生じる免疫応答の調節において重要であると考えられる。
【０００５】
免疫系の機能に対する単球の重要性に関わらず、これらの細胞は、それらが発現するタンパク質に関して、および多くのそれらの機能、特に、免疫応答の開始に関連するプロセスおよび機構（抗原のプロセシングおよび提示を含む）に関しての両方で、あまり特徴付けられていないままである。従って、例えば、抗原提示細胞の不適切な調節、発達、または生理機能の異常により引き起こされる医学的状態の診断および処置に有用な薬剤について、当該分野において必要性がある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｇａｌｌｉｎら（編）、１９８８、Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ：Ｂａｓｉｃ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ
【非特許文献２】ｖａｎ Ｆｕｒｔｈ（編）、１９８５、Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ Ｐｈａｇｏｃｙｔｅｓ：Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ、Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ、Ｍａｒｔｉｎｕｓ Ｎｉｊｈｏｆｆ、Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ、Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄ
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の要旨）
本発明は、特定の遺伝子産物の存在、量、分布および正常性（ｎｏｒｍａｌｃｙ）を決定するため、および特定の疾患状態を処置するための薬剤の発見を容易にするための組成物および方法を提供することにより、この必要性を満たす。
本発明は、活性化された単球から単離された新規の遺伝子および遺伝子産物の発見に基づく。
【０００８】
本発明は、配列番号１、３、５、７もしくは９において示される、少なくとも約１２ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１８ヌクレオチド、最も好ましくは少なくとも約２０〜３５ヌクレオチド、および最も好ましくは３５〜５５ヌクレオチドもしくはそれより多い連続性ヌクレオチドを含む単離された核酸配列、または配列番号２、４、６、８もしくは１０において示されるアミノ酸配列をコードする単離された核酸配列（完全なタンパク質コード配列、およびその相補体を含む）を提供する。本発明は、これらの配列の配列保存的改変体および機能保存的改変体を包含する。核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡ二重鎖、タンパク質−核酸（ＰＮＡ）、またはそれらの誘導体であり得る。本発明はまた、これらの配列を含む組換えＤＮＡベクター（ＤＮＡ発現ベクターを含む）；このようなベクターを含む細胞（細菌細胞、真菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞を含む）；ならびにこの配列によってコードされるＲＮＡおよびポリペプチドを含む発現産物を産生するための方法を包含する。
【０００９】
本発明のポリペプチド配列は、配列番号２、４、６、８または１０由来の少なくとも８アミノ酸残基、好ましくは少なくとも約１０アミノ酸残基、およびより好ましくは少なくとも約１２アミノ酸残基以上の連続性アミノ酸残基を包含する。機能保存的改変体およびホモログは、本発明の範囲に含まれる。
【００１０】
本発明はさらに、結合組成物、特に抗体、最も詳細には、配列番号２、４、６、８もしくは１０において示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはそれらの機能保存改変体もしくはホモログと特異的に結合するモノクローナル抗体を提供する。宿主動物において所望される結合特異性を有する抗体を産生するための方法もまた、提供される。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
（項目２）成熟タンパク質のアミノ酸配列を含む、項目１に記載のポリペプチド。
（項目３）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
（項目４）前記ヌクレオチド配列が前記成熟タンパク質をコードする、項目３に記載の核酸。
（項目５）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、または配列番号９において示されるヌクレオチド配列を含む、項目４に記載の核酸。
（項目６）項目１に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
（項目７）項目１に記載のポリペプチドに特異的に結合する、結合化合物。
（項目８）抗体または抗体フラグメントである、項目７に記載の結合化合物。
（項目９）前記抗体がモノクローナル抗体である、項目８に記載の結合化合物。
（項目１０）項目３に記載の核酸を含む、発現ベクター。
（項目１１）項目１０に記載のベクターを含む、宿主細胞。
（項目１２）ポリペプチドが発現される条件下で、項目１１に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、該ポリペプチドを組換え的に産生するためのプロセス。
（項目１３）サンプル中の特定の核酸配列を検出するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ｉ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、または配列番号９から選択される少なくとも８個の保存ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブと、特定の核酸配列を含むと疑われるサンプルとを、ハイブリッドが該プローブと該サンプル中の該特定の核酸との間に形成し得る条件下で接触させる工程；および
（ｉｉ）工程（ｉ）において形成される任意のハイブリッドを検出する工程、を包含し、ここで該ハイブリッドの検出は、該サンプル中の該特定の核酸配列の存在を示す、方法。
（項目１４）前記検出する工程の前に、前記サンプル中の前記特定の配列を増幅する工程をさらに包含する、項目１３に記載の方法。
（項目１５）サンプル中の特定の抗原成分を検出するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ｉ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列によってコードされる特定の抗原成分を含むと疑われるサンプルと、該成分に対して特異的な抗体とを、安定な抗原−抗体複合体が該抗体と該サンプル中の該抗原成分との間に形成し得る条件下で接触させる工程；および
（ｉｉ）工程（ｉ）において形成される任意の抗原−抗体複合体を検出する工程、
を包含し、ここで該抗原−抗体複合体の検出は、該サンプル中の該抗原成分の存在を示す、方法。
（項目１６）候補となる治療剤をスクリーニングするための方法であって、以下：
標的配列として、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列を有するポリペプチドを選択する工程；
試験化合物と該標的配列とを接触させる工程；および
候補となる治療剤として、該標的配列に結合する試験化合物を選択する工程、を包含する、方法。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
（発明の詳細な説明）
本明細書中で引用される全ての特許出願、特許、および刊行物の参考文献は、その全体が本明細書によって参考として本明細書中に援用される。
【００１２】
本発明を実施することにおいて、分子生物学、微生物学、および組換えＤＮＡの多くの従来の技術が使用される。このような技術は周知であり、そして例えば以下において十分に説明される：Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ、第Ｉ巻および第ＩＩ巻、１９８５（Ｄ．Ｎ．Ｇｌｏｖｅｒ編）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、１９８４、（Ｍ．Ｌ．Ｇａｉｔ編）；Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、１９８５、（ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ）；ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎおよびＴｒａｎｓｌａｔｉｏｎ、１９８４（ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ編）；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ、１９８６（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編）；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ、１９８６（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ）；Ｐｅｒｂａｌ、１９８４、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ；連続出版物、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ、１９８７（Ｊ．Ｈ．ＭｉｌｌｅｒおよびＭ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；およびＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ第１５４巻および第１５５巻（それぞれ、ＷｕおよびＧｒｏｓｓｍａｎ編、ならびにＷｕ編）。
【００１３】
（定義）
１．「単球由来」核酸または「単球由来」ポリペプチドは、その配列が本来単離された供給源をいう。
【００１４】
２．「核酸」または「ポリヌクレオチド」は、任意の長さのプリン含有ポリマーおよびピリミジン含有ポリマー（ポリリボヌクレオチドもしくはポリデオキシリボヌクレオチドまたは混合ポリリボ−ポリデオキシリボヌクレオチドのいずれか）をいう。これは、一本鎖分子および二本鎖分子（すなわち、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ならびに塩基をアミノ酸骨格と結合体化することにより形成される「タンパク質核酸」（ＰＮＡ））を含む。これはまた、改変された塩基を含む核酸を含む。
【００１５】
３．「コード配列」または「タンパク質コード配列」は、ｍＲＮＡに転写可能であり、そして／またはポリペプチドに翻訳可能なポリヌクレオチド配列である。コード配列の境界は、代表的的に、５’末端の翻訳開始コドンおよび３’末端の翻訳終結コドンによって決定される。
【００１６】
４．核酸配列の「相補体」は、本来の配列とのワトソン−クリック塩基対形成に関与する「アンチセンス」配列をいう。
【００１７】
５．「単離された」核酸または「単離された」ポリペプチドは、その本来の環境（例えば、それが天然に存在する場合のその自然環境）から除去された成分をいう。単離された核酸またはポリペプチドは、好ましくは約５０％未満、より好ましくは約７５％未満、および最も好ましくは約９０％未満の、それが本来結合していた細胞成分を含む。
【００１８】
６．指定された配列「に由来する」核酸配列またはポリペプチド配列は、その指定された配列の領域に対応する配列をいう。核酸配列について、これは、その配列に対して相同または相補的である配列、ならびに「配列保存的改変体」および「機能保存的改変体」を包含する。ポリペプチド配列について、これは、「機能保存的改変体」を含む。配列保存的改変体とは、所定のコドン位置における１つ以上のヌクレオチドの変化が、その位置にコードされるアミノ酸に変更を生じないものである。機能保存的改変体とは、ポリペプチドにおける所定のアミノ酸残基が、ネイティブなポリペプチドの全体的なコンフォメーションおよび機能を実質的に変更（（例えば、酸性、塩基性、疎水性などのような）同様の物理化学的特性を有するアミノ酸とのアミノ酸の置換が挙げられるがそれに限定されない）することなく変えられているものである。「機能保存」改変体はまた、指定されたポリペプチドに特異的な抗体を誘発する能力を有する任意のポリペプチドを含む。
【００１９】
７．「プローブ」は、標的中の配列とプローブ中の少なくとも１つの配列との相補性に起因して、標的領域における配列とハイブリッド構造を形成する核酸またはオリゴヌクレオチドをいう。
【００２０】
８．核酸は、核酸の少なくとも１つの鎖が、規定されたストリジェンシー条件下で別の核酸の鎖とアニーリングし得る場合、互いに「ハイブリダイズ可能」である。ハイブリダイゼーションのストリジェンシーは、例えば、以下により決定される：ａ）ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄が実施される温度、およびｂ）ハイブリダイゼーション溶液および洗浄溶液のイオン強度および極性（例えば、ホルムアミド）、ならびに他のパラメーター。ハイブリダイゼーションは、２つの核酸が実質的に相補的な配列を含むことを必要とする；しかし、ハイブリダイゼーションのストリジェンシーに依存して、ミスマッチが許容され得る。核酸をハイブリダイズさせるための適切なストリジェンシーは、核酸の長さおよび相補性の程度（当業者に周知の変数）に依存する。
【００２１】
９．「免疫原性成分」は、宿主動物における体液性免疫応答および／または細胞性免疫応答を誘発し得る部分である。
【００２２】
１０．「抗原成分」は、検出可能な抗原−抗体複合体を形成するために十分高い親和性でその特異的な抗体と結合する部分である。
【００２３】
１１．「サンプル」は、生物学的サンプル（例えば、個体からまたはインビトロの細胞培養構成物から単離された組織または流体）、ならびに実験室手順から得られたサンプルをいう。
【００２４】
本発明は、単球上に発現する哺乳動物タンパク質をコードする核酸配列を提供する。特定のヒト単球由来遺伝子および遺伝子産物が本明細書中で記載されるが、本発明は、他の供給源または哺乳動物種由来の、構造上（例えば、配列）関連している具体的なもの（多型改変体または個々の改変体を含む）を包含する。これらは、例えば配列における比較的わずかな変化（例えば、約５％より少ない）、および数における比較的わずかな変化（例えば、２０残基の置換より少ない、代表的には１５残基の置換より少ない、好ましくは１０残基の置換より少ない、およびより好ましくは５残基の置換より少ない）を示すタンパク質を含む。これらはまた、全長から短縮されたバージョンおよびこれらの配列の実質的なセグメントを含む融合タンパク質を含む。
【００２５】
ヒト単球細胞ライブラリーから単離され、そしてＦＤＦ０３と命名された遺伝子／遺伝子産物は、公開された国際出願ＷＯ ９８／２４９０６において以前に記載されており、この開示は、その全体が参考として本明細書中で援用される。このＦＤＦ０３遺伝子は、Ｉｇ様ドメインによって特徴付けられる細胞外部分を含むＩ型膜貫通タンパク質をコードし、このことは、この遺伝子がＩｇスーパーファミリーのレセプターメンバーをコードすることを示す。
【００２６】
配列番号１は、ヒトＦＤＦ０３タンパク質をコードする核酸配列を示す。ＦＤＦ０３タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２において示される。この推定コード領域は、約ヌクレオチド１５４〜ヌクレオチド１０６２にわたる。推定シグナル配列に対応するＮ末端疎水性配列は、約アミノ酸残基−１９（Ｍｅｔ）〜アミノ酸残基−１（Ｌｅｕ）にわたる。推定膜貫通セグメントに対応する内部疎水性（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ）配列は、約残基１７７（Ａｌａ）〜残基１９９（Ｌｅｕ）にわたる。この細胞外領域は、約１７０アミノ酸で、潜在的なＩｇ様ドメイン構造を有する。細胞内領域は、約８０残基である。配列分析は、ヒト由来のＧｅｎｂａｎｋクローンＨ２６０１０およびＲ５０３２７に対する類似性を示す。
【００２７】
４つのヒトＦＤＦ０３ホモログが、現在発見されている。
【００２８】
（ＦＤＦ０３−ΔＴＭ）
ＦＤＦ０３−デルタＴＭ（ＦＤＦ０３−ΔＴＭ）と命名された第２のヒトクローンは、選択的スプライシングにより生成されたヒトＦＤＦ０３の可溶性の形態のようである。ＦＤＦ０３−ΔＴＭをコードする核酸配列は、配列番号３において示される。ＦＤＦ０３−ΔＴＭタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号４において示される。
【００２９】
ＦＤＦ０３−ΔＴＭ分子のｃＤＮＡは、ＲＴ−ＰＣＲによるヒトＦＤＦ０３発現の分析の間、ＦＤＦ０３のｃＤＮＡと共に増幅される。ＦＤＦ０３遺伝子の５’−ＵＴＲおよび３’−ＵＴＲにおいて設計されるプライマー（ＦＤＦ０３−Ｕ２５：５’−ＡＣＡＧＣＣＣＴＣＴＴＣＧＧＡＧＣＣＴＣＡ（配列番号１１）およびＦＤＦ０３−Ｌ１１６６：５’−ＡＡＧＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＡＣＴＣＣＴＧＧ（配列番号１２））を用いて、およそ２００塩基対のより短いバンドが、ＰＭＡ／イオノマイシン活性化ＰＢＬ ｃＤＮＡからＲＴ−ＰＣＲによって増幅され、次いでゲル精製され、クローン化され、そして配列決定された。異なるクローンは、２３０個のアミノ酸のＩ型タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有する、９４３塩基対の同一の挿入物を含んだ。ＦＤＦ０３−ΔＴＭの推定アミノ酸配列は、ＦＤＦ０３の推定アミノ酸配列と完全に一致したが、ＦＤＦ０３の細胞外スレオニン富化領域および膜貫通領域ドメインを欠失する７３個のアミノ酸のギャップを含んだ。これは、ＦＤＦ０３の潜在的な疎水性シグナルペプチド、続いて細胞質内ドメインに連結された細胞外Ｉｇ様ドメインを有するタンパク質を生じる。ＦＤＦ０３配列でのｃＤＮＡアライメントは、未熟な（ｐｒｅｍａｔｕｒｅ）終結コドンを導入しないＦＤＦ０３−ΔＴＭ配列における２１９ヌクレオチドの欠失（ＦＤＦ０３ヌクレオチド６０８〜８２７）を同定し、このことは、この分子が選択的スプライシングの産物であることを示唆した。この分子は、ＦＤＦ０３の分泌可溶性形態であると考えられ、そしてＦＤＦ０３として同じリガンドと結合すると考えられる。
【００３０】
ＦＤＦ０３（配列番号２）およびＦＤＦ０３−ΔＴＭ（配列番号４）のタンパク質アライメントは、以下に示される。
【００３１】
【化１】
（ＦＤＦ０３−Ｓ１）
ＦＤＦ０３−Ｓｈｏｒｔ１（ＦＤＦ０３−Ｓ１）と命名された第３のクローンは、ＦＤＦ０３に対して相同なＩｇ様分子であるが、短い細胞質内ドメインおよび膜貫通ドメイン中に荷電した残基を有する。比較ＤＮＡおよびタンパク質分析は、選択的にスプライスされた産物ではなく、ＦＤＦ０３およびＦＤＦ０３Ｓ１に対する異なる遺伝子の存在を示唆する。ＦＤＦ０３−Ｓ１をコードする核酸配列は、配列番号５において示される。ＦＤＦ０３−Ｓ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６において示される。
【００３２】
ＦＤＦ０３−Ｓ１は、Ｉｇスーパーファミリーに属するＩ型膜貫通タンパク質である。ＦＤＦ０３−Ｓ１は、疎水性リーダー配列、それに続きＦＤＦ０３のＶ型Ｉｇドメイン構造に対して相同なＶ型Ｉｇドメイン構造（アミノ酸レベルで８８％の相同性）を有する細胞外領域（〜１７０残基）を含む。ＦＤＦ０３と異なり、ＦＤＦ０３−Ｓ１は、荷電したアミノ酸（Ｋ）を有する膜貫通ドメイン、およびＩＴＩＭまたはインターナリゼーションモチーフを有さない小さい細胞内テイル（１５残基）を保有する。ＦＤＦ０３−Ｓ１は、ＦＤＦ０３の活性化アイソフォームを表すと考えられ、そしてＤＡＰ１２のようなＩＴＩＭ保有分子と結合し得る。このアミノ酸配列は以下に示され、ここで、シグナルペプチドおよび膜貫通ドメインには下線が引かれている。荷電したアミノ酸であるリジン（Ｋ）（膜貫通ドメインにおける残基（矢印））は、別の鎖（例えば、ＤＡＰ１２）との結合を可能にし得る。
【００３３】
【化２】
ＦＤＦ０３（配列番号２）およびＦＤＦ０３−Ｓ１（配列番号６）のタンパク質アライメントは、以下に示される。
【００３４】
【化３】
分布研究（ＲＴ−ＰＣＲ）は、Ｂ細胞（休止しているプール＋活性化されたプール）、Ｔ細胞およびＰＢＬにおいて強い発現を示す。より低い発現が、単球、樹状細胞および顆粒球において観察された。
【００３５】
（ＦＤＦ０３−Ｍ１４）
ＦＤＦ０３−Ｍ１４と示される４番目のクローンは、選択的スプライシングによって産生される、ヒトＦＤＦ０３の潜在的に可溶性の形態である。ＦＤＦ０３−Ｍ１４をコードする核酸配列を、配列番号７に示す。ＦＤＦ０３−Ｍ１４タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号８に示す。この分子のｃＤＮＡは、ＲＴ−ＰＣＲによるヒトＦＤＦ０３発現の分析の間に、ＦＤＦ０３のｃＤＮＡと一緒に増幅された。ＦＤＦ０３遺伝子の５’−ＵＴＲおよび３’−ＵＴＲに設計されたプライマー（ＦＤＦ０３−Ｕ２５：５’−ＡＣＡＧＣＣＣＴＣＴＴＣＧＧＡＧＣＣＴＣＡ（配列番号１１）およびＦＤＦ０３−Ｌ１１６６：５’−ＡＧＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＡＣＴＣＣＴＧＧ（配列番号１２））を用いて、約２００塩基対のより短いバンドを、ＲＴ−ＰＣＲによって活性化ＰＢＬ ｃＤＮＡから増幅し、次いでゲル精製し、クローン化し、そして配列決定した。１つのクローン（Ｍ１４）は、１７５アミノ酸のＩ型タンパク質をコードするＯＲＦを有する９０８塩基対の挿入片を含んでいた。ＦＤＦ０３配列とのｃＤＮＡアライメントにより、ＦＤＦ０３−Ｍ１４配列における２５３ヌクレオチドの欠失（ＦＤＦ０３ヌクレオチド６０８〜８６１）が同定され、これは、ＦＤＦ０３の細胞外スレオニンリッチ領域、膜貫通ドメインおよび細胞質内ドメインの開始をコードする配列を欠失し、そしてＦＤＦ０３−Ｍ１４の６５５位に未熟な終結コドンを導入した。ＦＤＦ０３−Ｍ１４の推定アミノ酸配列は、潜在的な疎水性シグナルペプチド、続いてＦＤＦ０３の細胞外Ｉｇ様ドメインと完全に整合するがＦＤＦ０３とは異なるＣＯＯＨ−末端２４アミノ酸配列に連結した細胞外Ｉｇ様ドメインを有するタンパク質を生じた。この分子は、ＦＤＦ０３ ｍＲＮＡの選択的スプライシングの産物であり得る。
【００３６】
ＦＤＦ０３−ΔＴＭのように、この分子は、ＦＤＦ０３の分泌可溶性形態を示し得、そしてＦＤＦ０３と同じリガンドに結合し得る。アミノ酸配列を以下に示し、ここで、シグナル配列に下線を付す。
【００３７】
【化４】
ＦＤＦ０３（配列番号２）およびＦＤＦ０３−Ｍ１４（配列番号８）のタンパク質アライメントを以下に示す。
【００３８】
【化５】
（ＦＤＦ０３−Ｓ２）
ＦＤＦ０３−Ｓ２で示される５番目のクローンは、ＦＤＦ０３に相同なＩｇ様分子であるが、短い細胞質内ドメインおよび膜貫通ドメイン内の荷電残基を有する。この分子は、ＦＤＦ０３−Ｓ１に高度に相同であり、そして潜在的なＤＡＰ１２関連タンパク質である。ＦＤＦ０３−Ｓ２をコードする核酸配列を、配列番号９に示す。ＦＤＦ０３−Ｓ２タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号１０に示す。
【００３９】
この分子のｃＤＮＡを、ＦＤＦ０３−Ｓ２に特異的なプライマーを用いて増幅した。特異性は、ＦＤＦ０３−Ｓ２の５’ＵＴＲに設計された正方向プライマーを用いて得られる。ＦＤＦ０３−Ｓ２−正方向：５’−ＣＡＡＧＧ−ＧＡＴＡＡＡＡＡＧＧＣＡＣ（配列番号１３）（ＦＤＦ０３、ＦＤＦ０３ΔＴＭまたはＦＤＦ０３−Ｓ１を増幅しない）。ＦＤＦ０３−Ｓ２−逆方向：５’−ＡＡＣＴＣＴＣＣＴＣＣＡＧＴＣＧＧＴ（配列番号１４）（ＦＤＦ０３−Ｓ１を増幅し得るが、ＦＤＦ０３もＦＤＦ０３ΔＴＭも増幅し得ない）。
【００４０】
ＦＤＦ０３−Ｓ２は、Ｉｇスーパーファミリーに属するＩ型膜貫通タンパク質である。ＦＤＦ０３−Ｓ２は、疎水性リーダー配列、続いてＦＤＦ０３のＶ型Ｉｇドメイン構造に相同な（アミノ酸レベルで約８５％相同性）１つのＶ型Ｉｇドメイン構造を有する細胞外領域（約１７０残基）を含む。ＦＤＦ０３とは異なり、ＦＤＦ０３−Ｓ２は、荷電アミノ酸（Ｋ）を有する膜貫通ドメインを保持し、そしてＩＴＩＭも内在化モチーフも有さない小さな細胞内テイル（１５残基）を保持する。ＦＤＦ０３−Ｓ２は、ＦＤＦ０３−Ｓ１に高度に相同である（細胞外ドメインにおいて３アミノ酸異なり、そして膜貫通ドメインにおいて１アミノ酸が失われている）。ＦＤＦ０３−Ｓ１と同様に、ＦＤＦ０３−Ｓ２は、ＦＤＦ０３の活性化アイソフォームを示し得、ＤＡＰ１２のようなＩＴＡＭ保有分子と会合し得るる。
【００４１】
２つの推定開始コドンがインフレームで存在する（１１７位および３０９位）。最初の開始コドンは、典型的なＫｏｚａｋ配列に含まれない。最初の開始コドン（１１７位）においてインフレームで開始すると、別のＩｇ様ドメインが続く疎水性配列をコードしないため、以下に示す配列は、２番目の開始コドン（ヌクレオチド３０９）から推定している。以下に示す配列において、シグナルペプチドおよび膜貫通ドメインに下線を付す。膜貫通ドメインにおける荷電アミノ酸（リジン（Ｋ）残基（矢印））は、ＤＡＰ１２のような別の鎖との会合を可能にし得る。
【００４２】
【化６】
ＦＤＦ０３、ＦＤＦ０３−Ｓ１およびＦＤＦ０３−Ｓ２のタンパク質アライメントを以下に示す。
【００４３】
【化７】
分布の研究（ＲＴ−ＰＣＲ）によって、活性化樹状細胞（ＣＤ３４由来）、ＰＢＭＣ、単球および扁桃腺Ｂ細胞における発現が示される。
【００４４】
ヒトＩｇＶドメインおよびＴＣＲ Ｖドメインとのアライメントを以下に提供する。このアライメントは、ＦＤＦ０３の保存されたＶＤＪ構造を示す。
【００４５】
【化８】
ヒトゲノムＤＮＡクローンの研究は、第７染色体が、ＦＤＦ０３−Ｓ１特異的配列およびＦＤＦ０３特異的配列の両方を含むことを示し、これにより、この２つの分子が２つの異なる遺伝子によってコードされることが確認される。これらの研究はまた、ＦＤＦ０３−Ｓ１遺伝子およびＦＤＦ０３−Ｓ２遺伝子が、同じ遺伝子の２つの異なる対立遺伝子であることを示唆する。さらに、異なるドナー由来のゲノムＤＮＡ上のＳ１とＳ２との間の相違領域を取り囲むイントロン配列からのＰＣＲは、この遺伝子座におけるホモ接合体およびＳ１／Ｓ２ヘテロ接合体の存在を示す。従って、これらの２つのｃＤＮＡは、異なる対立遺伝子由来のようである。
【００４６】
ＦＤＦ０３遺伝子のゲノム構成により、ＦＤＦ０３−ΔＴＭが、選択的スプライシング（ヒンジ領域およびＴＭドメインをコードするエキソン３の欠失）によって産生されることが確認された。これはまた、ＦＤＦ０３−Ｍ１４の場合もそうである（エキソン３およびエキソン４の欠失）。
【００４７】
ＦＤＦ０３−Ｓ１／２の２つの形態は、集団マーカーとして有利に使用され得る。このタンパク質の２つの形態は、同じリガンド（例えば、ＮＫレセプターファミリーの場合のように）に結合も、または異なる親和性で結合もせず、従って、個体に、レセプター／リガンド相互作用に対する異なる応答を潜在的に提供する。
【００４８】
ヒト染色体７ｑ２２上のＦＤＦ０３（ΔＴＭ形態およびＭ１４形態を含む）をコードする遺伝子ならびにＦＤＦ０３−Ｓ１をコードする遺伝子の局在は、興味深い。なぜなら、この領域は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）のような骨髄ジストロフィー症候群（ｍｙｅｌｏｄｙｓｔｒｏｐｈｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）において頻繁に欠失しているからである。増殖性疾患における骨髄阻害性レセプターの可能な欠失の関係は、遺伝子治療における可能な用途を導く。
【００４９】
（核酸、ベクター、および宿主細胞）
本発明は、核酸配列、特に配列番号１、５、７もしくは９に示される核酸配列または配列番号２、４、６、８もしくは１０に示されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。本発明は、本明細書中に開示される個々の核酸配列の全体または部分を含む単離された核酸フラグメントを含む。本発明の核酸配列は、少なくとも約１２、好ましくは少なくとも約１８、より好ましくは少なくとも約２０〜３５そして最も好ましくは少なくとも約３５〜５５または完全なタンパク質コード配列もしくはその相補体を含む、それより多くの連続したヌクレオチドを含む。本発明は、これらの配列の配列保存的改変体および機能保存的改変体を含む。
【００５０】
本明細書中に開示される配列またはその部分配列のいずれかを含む核酸は、配列番号１、３、５、７および９に提供される核酸配列情報を用いて標準的な方法によって調製され得る。例えば、核酸は、例えば、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉら（１９８１、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０３：３１８５）のホスホルアミダイト固体支持体法、Ｙｏｏら（１９８９、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．７６４：１７０７８）の方法または他の周知の方法を用いて化学的に合成され得る。これは、合成オリゴヌクレオチドの対を含む一連のオリゴヌクレオチドカセットを順次連結することによってなされ得る。この核酸は、細胞から直接単離され得る。あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法が、化学的に合成された鎖またはゲノム材料のいずれかを鋳型として使用して、本発明の核酸を産生するために使用され得る。ＰＣＲに使用されるプライマーは、本明細書中に提供される配列情報を用いて合成され得、そしてさらに、適切な新規の制限部位を導入するために設計されて、望ましい場合、組換え発現に関して所定のベクター中への組み込みを容易にし得る。もちろん、遺伝暗号の縮重に起因して、多くの異なるヌクレオチド配列が、配列番号２、４、６、８もしくは１０、またはその部分配列によって定義されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし得る。コドンは、原核生物系または真核生物系における最適な発現のために選択され得る。そのような縮重改変体はまた、本発明によって含まれる。
【００５１】
コードされたポリペプチドは、ｐＵＣプラスミド、ｐＥＴプラスミド（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）またはｐＲＳＥＴまたはｐＲＥＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）のような多くの公知のベクター、そしてＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅならびに昆虫細胞系および哺乳動物細胞系のような多くの適切な宿主細胞を用いることによって、当業者に公知の方法を使用して発現され得る。ベクター／宿主の特定の選択は、本発明の実行に重要ではない。
【００５２】
本発明の核酸は、例えば、ペプチドまたはポリペプチドの組換え産生のための鋳型として、染色体マッピングに関して本明細書中に記載されるヒト遺伝子の検出のためのプローブおよびプライマーとして、ならびに他の哺乳動物種における相同遺伝子を同定するためのプローブとしてまたはＰＣＲプライマーを設計することに、使用を見出す。相同性は、実験的に決定され得る。あるいは、相同性分析は、計算的に実施され得る。本発明の実行において、別の哺乳動物種のゲノムとヌクレオチドレベルにおいて少なくとも約７０％ＤＮＡ配列相同性を共有する遺伝子は、その種において存在すると考えられる。遺伝子が、別の哺乳動物に存在することの決定は、当該分野で公知の任意の技術を使用して達成され得る。適切な技術としては、限定されないが、ゲノムＤＮＡへのハイブリダイゼーション、ゲノムライブラリーもしくはｃＤＮＡライブラリーへのコロニーハイブリダイゼーション、縮重プライマーもしくは遺伝子特異的プライマーおよび鋳型としてゲノムＤＮＡを用いたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、遺伝子補完、抗体交差反応性、またはインビトロにおける生化学的補完が挙げられる。
【００５３】
これらの技術の適用において、プローブと鋳型との間の異なるレベルの相同性を区別する条件が確立される。例えば、固定されたＤＮＡへのプローブのハイブリダイゼーション（サザンブロット、ドットブロットまたはコロニーハイブリダイゼーション形式のいずれかであろうと）に関して、緩衝液におけるＳＳＣ濃度の変化は、異なるレベルの相同性を有するハイブリッドの検出を可能にする（１×ＳＳＣは、０．１５Ｍ ＮａＣｌ−０．０１５Ｍ クエン酸ナトリウムである）。６Ｍ尿素および０．４％ドデシル硫酸ナトリウムを含む洗浄緩衝液において、２×ＳＳＣ、０．５×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣおよび０．０５×ＳＳＣの存在は、それぞれ少なくとも５５％＋５％、６５％＋５％、７５％＋５％、および＞８５％の閾値の相同性を有するハイブリッドの形成を可能にする。好ましくは、一旦、遺伝子がハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって別の生物体において同定されると、その遺伝子のＤＮＡ配列が直接決定される。
【００５４】
相同配列を検出するいくつかの方法は、特定の遺伝子のタンパク質コード配列全体のうちの一部分のみの同定または単離を生じ得ることが理解される。タンパク質コード配列全体は、例えば、鋳型としてｃＤＮＡを用いる配列決定反応を開始するためにその配列の公知の部分またはそのフラグメントをコードする単離された核酸を用いること（これには増幅した産物の配列決定が続く）によって、単離および同定され得る。開示された配列またはそのフラグメントをコードするこの単離された核酸はまた、より短い配列が一部を形成するタンパク質コード配列のさらなる完全なセグメント（ｓｅｇｍｅｎｔ）を含むクローンを同定するために、適切なｃＤＮＡライブラリーにハイブリダイズされ得る。次いで、タンパク質コード配列全体もしくはそのフラグメント、またはその配列の全体または部分をコードする核酸、または配列保存的なその改変体もしくは機能保存的なその改変体は、本発明の実行において用いられ得る。
【００５５】
同様の様式において、このタンパク質をコードする配列の５’隣接領域および３’隣接領域由来のさらなる配列（調節配列を含む）は、単離され、そしてヌクレオチド配列が決定され得る。
【００５６】
（ポリペプチド）
本明細書中に記載される天然に存在するポリペプチドおよび組換え形態のポリペプチドの両方（グリコシル化された形態およびグリコシル化されていない形態の両方を含む）は、本発明によって含まれる。機能保存的改変体を含む本発明のポリペプチドは、ヒト単球から、またはタンパク質コード配列が導入されかつ発現される異種の生物体または細胞（例えば、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、植物細胞および哺乳動物細胞）から単離され得る。本明細書中に記載されるタンパク質またはその部分はまた、他のタンパク質との融合体として発現され得る。ポリペプチドは、市販されている自動化された手順によって化学的に合成され得る（限定されないが、独占的（ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ）固相合成、部分的固相法、フラグメント縮合または古典的溶液合成が挙げられる）。ポリペプチドはまた、インビトロ翻訳によって有利に作製され得る。
【００５７】
ポリペプチド精製に関する方法は、当該分野で周知であり、限定されないが、分取用ディスクゲル電気泳動、等電点電気泳動、ショ糖密度勾配遠心、ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィーおよび分配クロマトグラフィー、ならびに向流分配が挙げられる。いくつかの目的に関して、タンパク質が、精製を容易にするさらなる配列タグ（限定されないが、例えば、ポリヒスチジン配列）を含む組換え系においてポリペプチドを産生することが好ましい。次いで、ポリペプチドは、適切な固相マトリックス上のクロマトグラフィーによって宿主細胞の粗製溶解物から精製され得る。あるいは、タンパク質に対して産生される抗体またはそのタンパク質に由来するペプチドに対して産生される抗体は、精製試薬として使用され得る。他の精製方法が可能である。
【００５８】
本発明はまた、本明細書中に特に開示されるポリペプチドの誘導体およびホモログを含む。いくつかの目的に関して、このポリペプチドをコードする核酸配列は、機能的に等価な分子（すなわち、機能保存的改変体）を提供する置換、付加、または欠失によって変更され得る。例えば、その配列内の１つ以上のアミノ酸残基は、類似した特性の別のアミノ酸（例えば、正に荷電したアミノ酸（アルギニン、リジンおよびヒスチジン）；負に荷電したアミノ酸（アスパラギン酸およびグルタミン酸）；極性中性アミノ酸；および非極性アミノ酸など）によって置換され得る。
【００５９】
単離されたポリペプチドは、例えば、リン酸化、硫酸化、アシル化または他のタンパク質修飾によって修飾され得る。これらはまた、検出可能なシグナルを提供することが可能な標識（放射性同位体および蛍光化合物を含むが、限定されない）を用いて直接的または間接的にのいずれかで改変され得る。
【００６０】
本発明のポリペプチドは、例えば、結合研究のため、修飾された分子の構築および発現のため、構造／機能研究のためならびにポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための使用を見出す。抗体の調製に関する免疫原性成分として、または結合剤研究の標的として有用なポリペプチドは、少なくとも５残基以上の長さである。好ましくは、このポリペプチドは、少なくとも約１２、より好ましくは少なくとも約２０、そして最も好ましくは少なくとも約３０残基以上を含む。これらのポリペプチドを得るための方法は、周知であり、そしてＩｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９８７（ＭａｙｅｒおよびＷａｌｅｒ編；Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）；Ｓｃｏｐｅｓ，１９８７，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，第２版（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．）およびＨａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９８６，Ｉ−ＩＶ巻（ＷｅｉｒおよびＢｌａｃｋｗｅｌｌ編）に説明される。
【００６１】
特異的な相互作用の結合パートナーの１つのメンバーが単離されると、対のパートナーを単離する方法が存在する。例えば、Ｇｅａｒｉｎｇら、１９８９、ＥＭＢＯ Ｊ．８：３６６７−３６７６を参照のこと。結合活性について多くのスクリーニング方法は、当業者に公知であり、そして本発明を実行するために使用され得る。例えば、発現ライブラリーは、タンパク質への特異的結合に関して、例えば、細胞ソーティングまたはこのような結合成分を発現する部分集団を検出するための他のスクリーニングによって、スクリーニングされ得る。例えば、Ｈｏら、１９９３、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：１１２６７−１１２７１を参照のこと。あるいは、パニング法が使用され得る。例えば、ＳｅｅｄおよびＡｒｕｆｆｏ、１９８７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：３３６５−３３６９を参照のこと。ツーハイブリッド選択システムもまた、利用可能なタンパク質配列を用いて適切な構築物の作製に適用され得る。例えば、ＦｉｅｌｄｓおよびＳｏｎｇ、１９８９、Ｎａｔｕｒｅ ３４０：２４５−２４６を参照のこと。自動化されたアッセイのいくつかの方法が、短い時間の間に何万という化合物をスクリーニングすることを可能にするために近年開発された。
【００６２】
（物理的改変体）
本発明はまた、配列番号２、４、６、８、または１０のアミノ酸配列と実質的なアミノ酸配列類似性を有するタンパク質またはペプチドを含む。置換を示す改変体（例えば、２０以下、好ましくは１０以下、そしてより好ましくは５以下の置換）が、含まれる。置換が保存的置換の場合、その改変体は、対応する天然配列のタンパク質と、免疫原性類似性または抗原性類似性あるいは交差反応性を共有する。天然の改変体としては、個体改変体、対立遺伝子改変体、多型改変体、系統改変体または種改変体が挙げられる。
【００６３】
アミノ酸配列類似性または配列同一性は、残基の一致を最適化することによって、必要であれば、要求されるようなギャップを導入することによって決定される。これは、一致として保存的置換を考慮する場合、変化する。保存的置換は、典型的に、以下の群内の置換を含む：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸；アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リジン、アルギニン；およびフェニルアラニン、チロシン。相同なアミノ酸配列には、各それぞれのタンパク質配列における天然の対立遺伝子改変体および種間の改変体を含む。典型的な相同なタンパク質またはペプチドは、関連するタンパク質のアミノ酸配列と、５０〜１００％類似性（ギャップが導入され得る場合）から７５〜１００％類似性（保存的置換が含まれる場合）を有する。同一性の尺度は、少なくとも約５０％、一般的には少なくとも６０％、より一般的には少なくとも６５％、通常は少なくとも７０％、より通常には少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、そしてより好ましくは少なくとも８０％、そして特に好ましい実施形態においては少なくとも８５％以上である。Ｎｅｅｄｌｅｈａｍら、１９７０、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３−４５３；Ｓａｎｋｏｆｆら、１９８３、Ｔｉｍｅ Ｗａｒｐｓ、Ｓｔｒｉｎｇ Ｅｄｉｔｓ，およびＭａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ：Ｔｈｅ ＴｈｅｏｒｙおよびＰｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ 第１章，Ａｄｄｉｓｏｎ−Ｗｅｓｌｅｙ Ｒｅａｄｉｎｇ，ＭＡ；およびＩｎｔｅｌｌｉＧｅｎｅｔｉｃｓ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡのソフトウェアパッケージ；およびＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ），Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩもまた参照のこと。
【００６４】
対応するタンパク質をコードする核酸は、典型的に、配列番号１、３、５、７、または９に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。例えば、それぞれのタンパク質をコードする核酸は、典型的に、配列番号１、３、５、７または９の核酸に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするが、誤った陽性ハイブリダイゼーションシグナルをほとんど提供しない。一般的に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨにおいてハイブリダイズされる配列についての、熱融点（Ｔｍ）よりも約１０℃より低くあるように選択される。Ｔｍは、５０％の標的配列が、完全に一致されたプローブに（規定されたイオン強度およびｐＨ下で）ハイブリダイズする温度である。典型的に、ストリンジェントな条件は、洗浄液の塩濃度がｐＨ７において約０．０２モル濃度であり、かつ温度が少なくとも５０℃である条件である。他の因子（なかでも、塩基組成および相補鎖の大きさ、ホルムアミドのような有機溶媒の存在、ならびに塩基ミスマッチの程度を含む）は、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに有意に影響を与え得る。好ましい実施形態は、４２℃、５０％ホルムアミドおよび２０〜５０ｍＭ ＮａＣｌにおいて、開示された配列に結合する核酸を含む。
【００６５】
単離された核酸は、ヌクレオチド置換、ヌクレオチド欠失、ヌクレオチド挿入およびヌクレオチドストレッチの逆位（ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｔｒｅｔｃｈ）によって容易に改変され得る。これらの改変は、これらの抗原、それらの誘導体、あるいはより高度に類似した生理学的活性、免疫原性活性または抗原性活性を有するタンパク質をコードする新規のＤＮＡ配列を生じる。
【００６６】
改変された配列は、変異抗原を産生するためまたは発現を増強するために使用され得る。増強された発現は、遺伝子増幅、転写の増加、翻訳の増加および他の機構に関与し得る。そのような変異タンパク質誘導体は、それぞれのタンパク質またはそのフラグメントの、あらかじめ決定された変異または部位特異的変異を含む。「変異タンパク質」は、他の点では上記のようなタンパク質の相同性の定義に入るが、欠失、置換または挿入のいずれかによって天然に見出されるようなタンパク質のアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。特に、「部位特異的変異タンパク質」は、一般的に、配列番号２、４、６、８または１０の配列を有するタンパク質と有意な類似性を有するタンパク質を含む。一般的に、改変体は、これらの配列と多くの物理化学的活性および生物学的活性（例えば、抗原性または免疫原性）を共有し、そして好ましい実施形態において開示される配列のうちのほとんどまたは全てを含む。
【００６７】
グリコシル化変更は、例えば、ポリペプチドの合成およびプロセシングの間にそのポリペプチドのグリコシル化のパターンを改変することによって作製されるか、またはさらなるプロセシングの過程において作製されるものを含む。これを達成するための特に好ましい方法は、ポリペプチドを正常にはそのようなプロセシングを提供する細胞由来のグリコシル化酵素（例えば、哺乳動物グリコシル化酵素）に曝すことによって達成される。脱グリコシル化酵素もまた、考慮される。他の軽度の改変（リン酸化アミノ酸残基（例えば、ホスホチロシン、ホスホセリン、またはホスホスレオニン）を含む）、または他の部分（リボシル基もしくは架橋試薬）を有する同一の一次アミノ酸配列のバージョンもまた包含される。置換を有するタンパク質もまた、実質的な免疫原性を残し、配列番号２、４、６、８または１０のタンパク質を認識する抗体を産生するために包含される。代表的には、これらのタンパク質は、開示された配列から２０未満の残基置換を含み、より代表的には、１０未満の置換、好ましくは、５未満、そしてより好ましくは、３未満である。あるいは、構造的ドメインで始まるおよび終わるタンパク質は、通常、抗原性および免疫交差性を残す。
【００６８】
誘導体の主要な群は、他のタンパク質またはポリペプチドと本明細書中に記載されるタンパク質またはそのフラグメントの共有結合性の結合体である。これらの誘導体は、Ｎ末端融合またはＣ末端融合のような組換え培養物中に合成され得るか、または、反応性側鎖（ｓｉｄｅ ｇｒｏｕｐ）を介する架橋タンパク質においてその有用性が当該分野において公知である薬剤の使用によって合成され得る。架橋剤を用いる好ましいタンパク質誘導体化部位は、遊離アミノ基、炭化水素部分、およびシステイン残基である。
【００６９】
これらのタンパク質とほかのホモログタンパク質または異種タンパク質との間の融合ポリペプチドはまた、提供される。異種ポリペプチドは、異なる表面マーカーの間の融合物であり得、例えば、ハイブリッドタンパク質を生じる。同様に、異種融合物は、誘導体タンパク質の特性または活性の組み合わせを示すように構築され得る。代表的な例は、レポーターポリペプチドの融合物（例えば、タンパク質のセグメントまたはドメインを有するルシフェラーゼ、例えば、レセプター結合セグメント）であり、その結果、融合タンパク質の存在または局在が容易に決定され得る。例えば、米国特許第４，８５９，６０９号を参照のこと。他の遺伝子融合パートナーとしては、細菌性βガラクトシダーゼ、ｔｒｐＥ、プロテインＡ、βラクタマーゼ、αアミラーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、および酵母α交配因子が挙げられる。Ｇｏｄｏｗｓｋｉら、１９８８、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：８１２−８１６を参照のこと。
【００７０】
このようなポリペプチドはまた、リン酸化、スルホン酸化、ビオチン化、または他の部分（特に、これらはリン酸基と類似の分子形態を有する）の付加または除去によって化学的に改変されたアミノ酸残基を有する。いくつかの実施形態において、これらの改変は、標識試薬に有用であるか、または、標的（例えば、親和性リガンド）の精製に働く。
【００７１】
本発明はまた、アミノ酸配列におけるバリエーションまたはグリコシル化以外のこれらのタンパク質の誘導体の使用を考慮する。このような誘導体は、化学部分との共有結合性の会合または集合性の会合を含み得る。このような誘導体は、一般に３つのクラスに分かれる：（１）塩、（２）側鎖および末端残基共有結合改変、および（３）例えば、細胞膜を有する吸着複合体。このような共有結合性誘導体または集合的誘導体は、免疫原として、免疫アッセイにおける試薬として、またはリガンドおよび他の結合リガンドのアフィニティ精製のための精製方法において有用である。例えば、タンパク質抗原は、当該分野において周知の方法によって、ブロモシアン活性化セファロースのような固体支持体に、共有結合によって固定化され得るか、または、アッセイにおける使用または抗体の精製のための、グルタルアルデヒド架橋を有するかまたは有さないポリオレフィン表面への吸着され得る。タンパク質はまた、検出可能基（例えば、クロラミンＴ手順による放射性ヨウ化）を用いて標識され得るか、希土キレート（ｒａｒｅ ｅａｒｔｈ ｃｈｅｌａｔｅ）に共有結合され得るか、または診断的アッセイにおける使用のための別の蛍光部分を結合され得る。これらのタンパク質の精製は、抗体の固定化によって達成され得る。
【００７２】
（抗体）
上記のような本発明の免疫原性成分は、標準的方法によって抗体を調整するための抗原として有用である。このような免疫原性成分は、より大きなポリペプチドのタンパク質分解性の切断によってか、または化学合成によって、または組換え技術によって産生され得、したがって、タンパク質分解性切断部位によって限定されない。好ましくは、より小さな免疫原性成分は、まず、架橋または免疫原性キャリア分子（すなわち、宿主動物における免疫学的応答を独立して誘発する特性を有する、本発明の免疫原性成分が共有結合され得る巨大分子）の結合によって、より免疫原性を示す。キャリア分子への架橋または結合が要求され得る。なぜなら、小ペプチドフラグメントは、時折ハプテン（抗体に特異的に結合し得るが、抗体産生を誘発し得ない分子、すなわち、免疫原性ではない）として働くからである。免疫原性のキャリア分子へのこのようなフラグメントの結合は、「キャリア効果」として一般に公知であるものによって、これらのフラグメントを免疫原性にする。
【００７３】
本発明に従う抗体は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含む。抗体は、本発明の免疫原性成分を用いる免疫によって、動物宿主において誘発され得、免疫細胞のインビトロでの免疫（感作）によって形成され得る。抗体の産生を誘発するために用いられる免疫原性成分は、ヒト細胞（例えば、ヒト単球）から単離され得るか、または化学的合成され得る。抗体はまた、適切な抗体コードＤＮＡを用いてプログラムされた組換え系において産生され得る。あるいは、抗体は、精製された重鎖および軽鎖の生化学的再構成によって構築され得る。
【００７４】
本発明の抗体は、以下を含むが、これらに限定されない標準法によって精製され得る：予備的ディスク−ゲル電気泳動、等電点電気泳動、ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィーおよび分配クロマトグラフィー、ならびに向流分配。抗体の精製法は、例えば、Ｔｈｅ Ａｒｔ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，１９８９，Ａｍｉｃｏｎ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，Ｗ．Ｒ．Ｇｒａｃｅ＆Ｃｏ．に開示される。一般的なタンパク質精製法は、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ、Ｒ．Ｋ．Ｓｃｏｐｅｓ編、１９８７、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹに記載される。
【００７５】
動物のワクチン接種に適切なアジュバントは、以下を含むが、これらに限定されない：Ａｄｊｕｖａｎｔ６５（ピーナッツ油、マンニドモノオレアート（ｍａｎｎｉｄｅ ｍｏｎｏｌｅａｔｅ）およびモノステアリン酸アルミニウムを含む）；フロイント完全アジュバントまたは不完全アジュバント；ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウムおよびミョウバン）；界面活性剤（例えば、ヘキサデシルアミン、オクタデシルアミン、リゾレシチン、ジメチルジオクタデシル−臭化アンモニウム、Ｎ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ’，Ｎ’−ビス（２−ヒドロキシメチル）プロパンジアミン、メトキシヘキサデシルグリセロールおよびプルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール）；ポリアニオン（例えば、ピラン、デキストラン、硫酸塩、ポリＩＣ、ポリアクリル酸およびカーボポル（ｃａｒｂｏｐｏｌ）；ペプチド（例えば、ムラミールジペプチド、ジメチルグリシンおよびツフシン；ならびに油乳濁液。免疫原性成分はまた、リポソームまたはほかの微小キャリアに組み込まれた後に投与され得る。アジュバントおよび免疫アッセイの種々の局面に関する情報は、例えば、Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎによる一連の、１９８７、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ、第３版、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋに開示される。
【００７６】
動物により産生され、このように免疫される血清は、直接使用され得る。あるいは、ＩｇＧ画分は、標準法（例えば、プラズマフォレシス）またはＩｇＧ特異的吸収剤（例えば、固定化プロテインＡ）を用いる吸収クロマトグラフィーを用いて、血清から分離され得る。
【００７７】
本発明の免疫原性成分に対するモノクローナル抗体を作製するために使用される本発明のハイブリドーマは、周知の技術によって作製される。一般には、このプロセスは、所望の抗体を産生するＢリンパ球との不死化細胞株の融合を含む。あるいは、不死化抗体産生細胞株を作製するための非融合技術が可能であり、本発明の範囲内にある（例えば、ウイルス誘導形質転換、Ｃａｓａｌｉら、１９８６、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３４：４７６）。不死化細胞株は、通常形質転換された哺乳動物細胞であり、特に、齧歯類、ウシ、およびヒト起源であるミエローマ細胞である。より好ましくは、ラットまたはマウスのミエローマ細胞株は、都合よくそして入手可能な物質として使用される。
【００７８】
免疫原性成分を注射した哺乳動物から適切なリンパ球を得るための技術は、周知である。一般に、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）は、ヒト起源の細胞が所望される場合に用いられるか、または脾臓細胞もしくはリンパ節細胞は、非ヒト哺乳動物供給源が所望される場合に用いられる。宿主動物は、好ましく精製された免疫原性成分の反復投薬を用いて注射され、そして、動物は、不死化細胞株との融合のために回収される前に、所望の抗体産生細胞を産生し得る。融合のための技術はまた、当該分野において周知であり、そして一般には、この細胞を融合剤（例えば、ポリエチレングリコール）と混合する工程を包含する。
【００７９】
ハイブリドーマは、標準的手順（例えば、ＨＡＴ（ヒポキサンチン−アミノプテリン−チミジン）選択）によって選択される。これらのハイブリドーマの中から、所望の抗体を分泌するハイブリドーマを、標準的免疫アッセイ（例えば、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫測定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）など）によって、これらの培養培地をアッセイすることによって選択される。抗体は、標準的タンパク質精製技術（Ｔｉｊｓｓｅｎ、１９８５、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）を用いて培地から回収される。
【００８０】
上記の任意の技術の適用における手引きのために、多くの参考文献が入手可能である：Ｋｏｈｌｅｒら、１９８０、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；Ｔｉｊｓｓｅｎ、１９８５、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ；Ｃａｍｐｂｅｌｌ、１９８４、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ；Ｈｕｒｒｅｌｌ，１９８２，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ、ＦＬ。モノクローナル抗体はまた、周知のファージライブラリーシステムを用いて作製され得る。
【００８１】
抗体フラグメントの使用および作製はまた、周知である（例えば、Ｆａｂフラグメント：Ｔｉｊｓｓｅｎ、１９８５、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ；Ｆｖフラグメント：Ｈｏｃｈｍａｎら、１９７３、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １２：１１３０；Ｓｈａｒｏｎら、１９７６．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １５：１５９１；Ｅｈｒｌｉｃｈら、米国特許第４，３５５，０２３号；および抗体半分分子：Ａｕｄｉｔｏｒｅ−Ｈａｒｇｒｅａｖｅｓ、米国特許第４，４７０，９２５号）。これらはまた、免疫アッセイにおいても有用であり得る。
【００８２】
ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体のいずれであっても、例えば、周知の方法によって固体支持体に結合される固定化形態において、これらの抗体は使用され、免疫親和性クロマトグラフィーによって免疫原性成分を単離かつ精製し得る。これらの抗体は、組織および細胞型分布を区別するためのプローブとして有用である。これらの抗体を使用して、特定の発現産物について発現ライブラリーをスクリーニングし得る。通常は、このような手順において用いられる抗体は、抗体結合によって抗体の存在を容易に検出し得る部分を用いて標識される。タンパク質に対する抗体は、個々のタンパク質を発現する特定の細胞集団成分の分析または同定のために使用され得る。本明細書中に記載されるタンパク質を発現する細胞の発現産物をアッセイすることによって、疾患（例えば、免疫無防備状態、単球枯渇状態、または単球の過剰産生）を診断し得る。タンパク質に対して惹起された抗体はまた、抗イディオタイプ抗体を惹起するために有用である。これらは、個々の抗原の発現に関連する種々の免疫学的状態を検出または診断するために有用である。本発明は、単球由来免疫原性成分を特異的に認識する抗体を包含する。このような抗体は、例えば、単球細胞成分の精製のための試薬として、または診断的適用において、都合よく用いられ得る。
【００８３】
（診断的適用）
本発明は、質的または量的な診断（すなわち、生物学的なサンプルにおける特定の成分の検出）のための臨床的設置に有用な組成物、方法およびキットを包含する。これらの適用は、核酸、ペプチド／ポリペプチド、または本明細書中に記載の成分に特異的な抗体を使用する。抗体ベースの診断法および核酸ベースの診断法（ＰＣＲベースの診断法を含む）の両方が意図される。サンプル中に存在する単球のレベルの検出は、特定の異常な疾患状態の診断のために重要である。例えば、組織またはリンパ系における単球の数の増加は、単球過形成、組織または移植拒否、あるいは炎症の存在を示し得る。小さい単球集団は、例えば、単球応答を正常化するために適切な処置を必要とし得る細菌感染またはウイルス感染に対する異常な反応を示し得る。
【００８４】
本発明のタンパク質の天然に存在する形態および組換え形態の両方は、そのタンパク質に対する結合活性に関して化合物をスクリーニングし得るキット及びアッセイ法において特に有用である。
【００８５】
核酸型の診断法において、分析されるサンプルは、核酸プローブに直接接触され得る。プローブは、少なくとも１２ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを含み、好ましくは、少なくとも１８、そして最も好ましくは、２０〜３５以上のヌクレオチド長である。あるいは、サンプルは処理され、本明細書中に含まれる核酸を抽出し得る。ＤＮＡを抽出するために使用される特定の方法は、この生物学的サンプルの性質に依存するということが理解される。このサンプルから生じた核酸は、ゲル電気泳動または他のサイズ分離技術に供され得、または、この核酸サンプルは、サイズ分離を伴わない適切な固体マトリックス上に固定化され得るか、またはＰＣＲに使用され得る。
【００８６】
抗体ベースの診断的適用に適切なキットは、代表的には１つ以上の以下の成分を含む：
（ｉ）抗体：これらの抗体は前もって標識され得る；あるいは、この抗体は未標識であり得、そして標識のための成分は、キットに分離された容器に含まれ得るか、または二次標識抗体が提供される；および
（ｉｉ）反応成分：このキットはまた、特定の免疫アッセイプロトコル（適用可能であれば、固相マトリクスおよび標準を含む）のために必要な他の適切に包装された試薬および物質を含む。
【００８７】
核酸ベースの診断的適用に適切なキットは、代表的には、以下の成分を含む：
（ｉ）プローブＤＮＡ：このプローブＤＮＡは前もって標識され得る：あるいは、このプローブは未標識であり得、そして標識のための成分は、キットに分離された容器に含まれ得る；および
（ｉｉ）ハイブリダイゼーション試薬：このキットはまた、特定のハイブリダイゼーションプロトコル（適用可能であれば、固相マトリクスおよび標準を含む）のために必要な他の適切に包装された試薬および物質を含む。
【００８８】
ＰＣＲベースの診断的キットもまた考慮され、そして本発明によって包含される。
【００８９】
上記でいわれるこれらのキットは、試験を行うための説明書を含み得る。さらに、好ましい実施形態において、診断的キットは、高出力および／または自動化の作業に適合され得る。
【００９０】
（治療的適用）
本発明はまた、顕著な治療的価値を示し得る試薬を提供する。このタンパク質（天然に存在するかまたは組換え）、それらのフラグメント、およびそれらに対する抗体は、このタンパク質に対する結合親和性を有するとして同定された化合物と一緒に、異常な生理機能または発達に関する状態の処置に有用であり得る。例えば、異常な発現または単球による異常な情報伝達に関する疾患または障害（例えば、抗原提示細胞）は、このタンパク質のアゴニストまたはアンタゴニストに対する標的である。このタンパク質は、造血性細胞（例えば、免疫学的応答（例えば、抗原提示および生じたエフェクター機能）に影響するリンパ球）の調節または発達において役割を担うようである。
【００９１】
他の異常な発達状態は、細胞型において公知であり、ノーザンブロット分析により単球タンパク質ｍＲＮＡを有することが示される。Ｂｅｒｋｏｗ（編）、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｒａｈｗａｙ、ＮＪ；およびＴｈｏｒｎら、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ、ＮＹを参照のこと。発達的または機能的な異常（例えば、免疫系の）は、顕著な医学的異常および状態を生じ、これは、本明細書中に提供される組成物を用いる予防または処置に感受性であり得る。
【００９２】
本発明の組換え単球由来タンパク質または抗体は精製され得、次いで、患者に投与され得る。これらの試薬は、治療的使用のために、薬学的に無毒のスタビライザーおよび賦形剤に加えて、さらなる活性または不活性な成分（例えば、慣用的な薬学的に受容可能なキャリアまたは希釈剤（例えば、免疫原性アジュバント））と結合され得る。特に、これらの試薬は、ワクチン事情において有用であり、ここで、この抗原は、アゴニストまたはアンタゴニストの治療的型の１つと結合される。これらの組み合わせは、滅菌フィルター濾過され得、そして凍結乾燥によるような投薬形態で投薬バイアルに置かれるか、または、安定な水溶性調製物に貯蔵される。本発明はまた、補体結合をしない形態を含む抗体またはその結合フラグメントの使用を考慮する。
【００９３】
抗体またはレセプターまたはそのフラグメントを使用する薬物スクリーニングは、これら単球由来タンパク質に対する結合親和性を有する化合物を同定し得、これは、関連成分の単離を含む。次いで、次の生物学的アッセイは、この化合物がこのタンパク質の活性をブロックするか、またはアンタゴナイズするかを決定するために使用し得る。同様に、固有の刺激活性を有する化合物は、このタンパク質を通って細胞を活性化し得、従って、これはアゴニストである。本発明はさらに、アンタゴニストとしての、このタンパク質に対する抗体の治療的使用を意図する。
【００９４】
効果的治療に必要な試薬の量は、多くの異なる因子に依存する。これは、投与手段、標的部位、患者の生理的状態、および投与される他の薬剤を含む。従って、処置投薬量は、安全性および効果を最適化するように滴定されるべきである。代表的には、インビトロで使用される投薬量は、これらの試薬のインサイチュでの投与に有用な量における有用な手引きを提供する。特定の障害の処置のための有効量の動物試験は、ヒト投薬量のさらなる予測的適応を提供する。種々の検討が記載される。例えば、Ｇｉｌｍａｎら（編）、（１９９０）Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ：Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（第８版）Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ；および（１９９０）Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（第１７版）Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ。投与の方法は、本明細書中および以下に記載される：例えば、経口、静脈内、腹腔内、または筋肉内の投与、経皮的拡散などについて。薬学的に受容可能なキャリアは、水、生理食塩水、緩衝液、および記載された他の化合物（例えば、Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｄｅｘ、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｒａｈｗａｙ、ＮＪ）を含む。投薬範囲は、適切なキャリアを有して、普通は、１ｍＭ濃度よりも低い量であることが期待され、代表的には、約１０μＭ濃度未満、通常は約１００ｎＭ未満、好ましくは約１０ｐＭ（ピコモーラー）未満、そしてもっとも好ましくは、約１ｆＭ（フェムトモーラー）未満である。徐放性処方物、または徐放性装置は、しばしば連続投与のために使用される。
【００９５】
タンパク質、アンタゴニスト、およびアゴニストは、宿主に直接投与されて、処置され得るか、または、これらの投与の前に、化合物の大きさに依存して、オブアルブミンまたは血清アルブミンのようなキャリアタンパク質にこれらを結合することが所望され得る。治療的処方は、多くの慣用的な投薬処方物で投与され得る。活性成分は単独で投与され得るが、薬学的処方物としてこの活性成分を与えることが好ましい。処方物は、代表的には、１つ以上の受容可能なそのキャリアとともに、上記で規定されるような少なくとも１つの活性成分を含む。それぞれのキャリアは、他の成分と互換性があり、そして患者に対して有害性でない意味で、薬学的および生理学的の両方で受容可能であるべきである。処方物は、経口投与、直腸投与、鼻投与または非経口投与（皮下、筋肉内、静脈内および皮内を含む）のために適切な処方物を含む。処方物は、都合よく単位投薬量形態において提供され得、そして製薬の分野において周知の任意の方法によって調整され得る。例えば、Ｇｉｌｍａｎら（編）（１９９０）ＧｏｏｄｍａｎおよびＧｉｌｍａｎ’ｓ：Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（第８版）、Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ；ならびに（１９９０）Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（第１７版）Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ；Ａｖｉｓら（編）（１９９３）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ Ｄｅｋｋｅｒ、ＮＹ；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら（編）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ Ｄｅｋｋｅｒ、ＮＹ；およびＬｉｅｂｅｒｍａｎら（編）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｅｋｋｅｒ、ＮＹを参照のこと。本発明の治療は、他の化学療法的薬剤または化学予防的薬剤と組み合わせられ得るか、またはこれらと関連して使用され得る。
【００９６】
本発明の多くの改変およびバリエーションは、当業者に明白であるように精神および範囲から逸脱することなくなされ得る。本明細書中に記載される特定の実施形態は、例示の目的にのみ提供され、そして本発明は、このような特許請求の範囲が権利を与えられている十分な範囲の等価物とともに、添付する特許請求の範囲の用語によってのみ限定される。
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、単球（免疫系で機能する細胞）中に見出される遺伝子に関連する組成物に関する。これらの遺伝子は、哺乳動物免疫系の発達、分化、および／または生理機能の制御において機能する。特に、本発明は、核酸、タンパク質、抗体、およびそれらを使用する方法を提供する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
単球は、単核食細胞系に属する食細胞であり、そして循環中に存在する。これらの細胞は骨髄を起源とし、そして一旦それらが分化すると、骨髄の区画に短期間のみ存在する。次いで、それらは循環に入り、そしてそこに比較的長期間（例えば、数日間）存在し得る。単球は、漏出として公知のプロセスによって組織および体腔に入り得、ここで、これらはマクロファージ、およびおそらく樹状細胞に分化する。炎症応答において、循環中の単球の数は倍加し得、そして増大した数の単球のうちの多くは、炎症部位に漏出する。単球およびそれらの機能の概説については、例えば、非特許文献１；非特許文献２を参照のこと。
【０００３】
抗原提示は、タンパク質様抗原が取り込まれ、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってプロセスされ、次いで認識されて免疫応答を開始する、細胞性の事象をいう。最も活性な抗原提示細胞は、マクロファージ（これは、単球からの直接的な発達産物である）；樹状細胞；および特定のＢ細胞として特徴付けられている。
【０００４】
マクロファージは、ほとんどの組織中で見出され、そして広範な種々のタンパク質抗原および微生物のインターナリゼーションにおいて高度に活性である。これらは、高度に発達したエンドサイトーシス活性を有し、そして免疫応答の開始において重要な多くの産物を分泌する。この理由のために、単球によって発現されるかまたは単球の活性化によって誘導される多くの遺伝子が、抗原の取り込み、プロセシング、提示、または生じる免疫応答の調節において重要であると考えられる。
【０００５】
免疫系の機能に対する単球の重要性に関わらず、これらの細胞は、それらが発現するタンパク質に関して、および多くのそれらの機能、特に、免疫応答の開始に関連するプロセスおよび機構（抗原のプロセシングおよび提示を含む）に関しての両方で、あまり特徴付けられていないままである。従って、例えば、抗原提示細胞の不適切な調節、発達、または生理機能の異常により引き起こされる医学的状態の診断および処置に有用な薬剤について、当該分野において必要性がある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｇａｌｌｉｎら（編）、１９８８、Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ：Ｂａｓｉｃ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ
【非特許文献２】ｖａｎ Ｆｕｒｔｈ（編）、１９８５、Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ Ｐｈａｇｏｃｙｔｅｓ：Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ、Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ、Ｍａｒｔｉｎｕｓ Ｎｉｊｈｏｆｆ、Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ、Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄ
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の要旨）
本発明は、特定の遺伝子産物の存在、量、分布および正常性（ｎｏｒｍａｌｃｙ）を決定するため、および特定の疾患状態を処置するための薬剤の発見を容易にするための組成物および方法を提供することにより、この必要性を満たす。
本発明は、活性化された単球から単離された新規の遺伝子および遺伝子産物の発見に基づく。
【０００８】
本発明は、配列番号１、３、５、７もしくは９において示される、少なくとも約１２ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１８ヌクレオチド、最も好ましくは少なくとも約２０〜３５ヌクレオチド、および最も好ましくは３５〜５５ヌクレオチドもしくはそれより多い連続性ヌクレオチドを含む単離された核酸配列、または配列番号２、４、６、８もしくは１０において示されるアミノ酸配列をコードする単離された核酸配列（完全なタンパク質コード配列、およびその相補体を含む）を提供する。本発明は、これらの配列の配列保存的改変体および機能保存的改変体を包含する。核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡ二重鎖、タンパク質−核酸（ＰＮＡ）、またはそれらの誘導体であり得る。本発明はまた、これらの配列を含む組換えＤＮＡベクター（ＤＮＡ発現ベクターを含む）；このようなベクターを含む細胞（細菌細胞、真菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞を含む）；ならびにこの配列によってコードされるＲＮＡおよびポリペプチドを含む発現産物を産生するための方法を包含する。
【０００９】
本発明のポリペプチド配列は、配列番号２、４、６、８または１０由来の少なくとも８アミノ酸残基、好ましくは少なくとも約１０アミノ酸残基、およびより好ましくは少なくとも約１２アミノ酸残基以上の連続性アミノ酸残基を包含する。機能保存的改変体およびホモログは、本発明の範囲に含まれる。
【００１０】
本発明はさらに、結合組成物、特に抗体、最も詳細には、配列番号２、４、６、８もしくは１０において示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはそれらの機能保存改変体もしくはホモログと特異的に結合するモノクローナル抗体を提供する。宿主動物において所望される結合特異性を有する抗体を産生するための方法もまた、提供される。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
（項目２）成熟タンパク質のアミノ酸配列を含む、項目１に記載のポリペプチド。
（項目３）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
（項目４）前記ヌクレオチド配列が前記成熟タンパク質をコードする、項目３に記載の核酸。
（項目５）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、または配列番号９において示されるヌクレオチド配列を含む、項目４に記載の核酸。
（項目６）項目１に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
（項目７）項目１に記載のポリペプチドに特異的に結合する、結合化合物。
（項目８）抗体または抗体フラグメントである、項目７に記載の結合化合物。
（項目９）前記抗体がモノクローナル抗体である、項目８に記載の結合化合物。
（項目１０）項目３に記載の核酸を含む、発現ベクター。
（項目１１）項目１０に記載のベクターを含む、宿主細胞。
（項目１２）ポリペプチドが発現される条件下で、項目１１に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、該ポリペプチドを組換え的に産生するためのプロセス。
（項目１３）サンプル中の特定の核酸配列を検出するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ｉ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、または配列番号９から選択される少なくとも８個の保存ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブと、特定の核酸配列を含むと疑われるサンプルとを、ハイブリッドが該プローブと該サンプル中の該特定の核酸との間に形成し得る条件下で接触させる工程；および
（ｉｉ）工程（ｉ）において形成される任意のハイブリッドを検出する工程、を包含し、ここで該ハイブリッドの検出は、該サンプル中の該特定の核酸配列の存在を示す、方法。
（項目１４）前記検出する工程の前に、前記サンプル中の前記特定の配列を増幅する工程をさらに包含する、項目１３に記載の方法。
（項目１５）サンプル中の特定の抗原成分を検出するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ｉ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列によってコードされる特定の抗原成分を含むと疑われるサンプルと、該成分に対して特異的な抗体とを、安定な抗原−抗体複合体が該抗体と該サンプル中の該抗原成分との間に形成し得る条件下で接触させる工程；および
（ｉｉ）工程（ｉ）において形成される任意の抗原−抗体複合体を検出する工程、
を包含し、ここで該抗原−抗体複合体の検出は、該サンプル中の該抗原成分の存在を示す、方法。
（項目１６）候補となる治療剤をスクリーニングするための方法であって、以下：
標的配列として、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、または配列番号１０に由来するアミノ酸配列を有するポリペプチドを選択する工程；
試験化合物と該標的配列とを接触させる工程；および
候補となる治療剤として、該標的配列に結合する試験化合物を選択する工程、を包含する、方法。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
（発明の詳細な説明）
本明細書中で引用される全ての特許出願、特許、および刊行物の参考文献は、その全体が本明細書によって参考として本明細書中に援用される。
【００１２】
本発明を実施することにおいて、分子生物学、微生物学、および組換えＤＮＡの多くの従来の技術が使用される。このような技術は周知であり、そして例えば以下において十分に説明される：Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ、第Ｉ巻および第ＩＩ巻、１９８５（Ｄ．Ｎ．Ｇｌｏｖｅｒ編）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、１９８４、（Ｍ．Ｌ．Ｇａｉｔ編）；Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、１９８５、（ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ）；ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎおよびＴｒａｎｓｌａｔｉｏｎ、１９８４（ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ編）；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ、１９８６（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編）；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ、１９８６（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ）；Ｐｅｒｂａｌ、１９８４、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ；連続出版物、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ、１９８７（Ｊ．Ｈ．ＭｉｌｌｅｒおよびＭ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；およびＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ第１５４巻および第１５５巻（それぞれ、ＷｕおよびＧｒｏｓｓｍａｎ編、ならびにＷｕ編）。
【００１３】
（定義）
１．「単球由来」核酸または「単球由来」ポリペプチドは、その配列が本来単離された供給源をいう。
【００１４】
２．「核酸」または「ポリヌクレオチド」は、任意の長さのプリン含有ポリマーおよびピリミジン含有ポリマー（ポリリボヌクレオチドもしくはポリデオキシリボヌクレオチドまたは混合ポリリボ−ポリデオキシリボヌクレオチドのいずれか）をいう。これは、一本鎖分子および二本鎖分子（すなわち、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドおよびＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、ならびに塩基をアミノ酸骨格と結合体化することにより形成される「タンパク質核酸」（ＰＮＡ））を含む。これはまた、改変された塩基を含む核酸を含む。
【００１５】
３．「コード配列」または「タンパク質コード配列」は、ｍＲＮＡに転写可能であり、そして／またはポリペプチドに翻訳可能なポリヌクレオチド配列である。コード配列の境界は、代表的的に、５’末端の翻訳開始コドンおよび３’末端の翻訳終結コドンによって決定される。
【００１６】
４．核酸配列の「相補体」は、本来の配列とのワトソン−クリック塩基対形成に関与する「アンチセンス」配列をいう。
【００１７】
５．「単離された」核酸または「単離された」ポリペプチドは、その本来の環境（例えば、それが天然に存在する場合のその自然環境）から除去された成分をいう。単離された核酸またはポリペプチドは、好ましくは約５０％未満、より好ましくは約７５％未満、および最も好ましくは約９０％未満の、それが本来結合していた細胞成分を含む。
【００１８】
６．指定された配列「に由来する」核酸配列またはポリペプチド配列は、その指定された配列の領域に対応する配列をいう。核酸配列について、これは、その配列に対して相同または相補的である配列、ならびに「配列保存的改変体」および「機能保存的改変体」を包含する。ポリペプチド配列について、これは、「機能保存的改変体」を含む。配列保存的改変体とは、所定のコドン位置における１つ以上のヌクレオチドの変化が、その位置にコードされるアミノ酸に変更を生じないものである。機能保存的改変体とは、ポリペプチドにおける所定のアミノ酸残基が、ネイティブなポリペプチドの全体的なコンフォメーションおよび機能を実質的に変更（（例えば、酸性、塩基性、疎水性などのような）同様の物理化学的特性を有するアミノ酸とのアミノ酸の置換が挙げられるがそれに限定されない）することなく変えられているものである。「機能保存」改変体はまた、指定されたポリペプチドに特異的な抗体を誘発する能力を有する任意のポリペプチドを含む。
【００１９】
７．「プローブ」は、標的中の配列とプローブ中の少なくとも１つの配列との相補性に起因して、標的領域における配列とハイブリッド構造を形成する核酸またはオリゴヌクレオチドをいう。
【００２０】
８．核酸は、核酸の少なくとも１つの鎖が、規定されたストリジェンシー条件下で別の核酸の鎖とアニーリングし得る場合、互いに「ハイブリダイズ可能」である。ハイブリダイゼーションのストリジェンシーは、例えば、以下により決定される：ａ）ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄が実施される温度、およびｂ）ハイブリダイゼーション溶液および洗浄溶液のイオン強度および極性（例えば、ホルムアミド）、ならびに他のパラメーター。ハイブリダイゼーションは、２つの核酸が実質的に相補的な配列を含むことを必要とする；しかし、ハイブリダイゼーションのストリジェンシーに依存して、ミスマッチが許容され得る。核酸をハイブリダイズさせるための適切なストリジェンシーは、核酸の長さおよび相補性の程度（当業者に周知の変数）に依存する。
【００２１】
９．「免疫原性成分」は、宿主動物における体液性免疫応答および／または細胞性免疫応答を誘発し得る部分である。
【００２２】
１０．「抗原成分」は、検出可能な抗原−抗体複合体を形成するために十分高い親和性でその特異的な抗体と結合する部分である。
【００２３】
１１．「サンプル」は、生物学的サンプル（例えば、個体からまたはインビトロの細胞培養構成物から単離された組織または流体）、ならびに実験室手順から得られたサンプルをいう。
【００２４】
本発明は、単球上に発現する哺乳動物タンパク質をコードする核酸配列を提供する。特定のヒト単球由来遺伝子および遺伝子産物が本明細書中で記載されるが、本発明は、他の供給源または哺乳動物種由来の、構造上（例えば、配列）関連している具体的なもの（多型改変体または個々の改変体を含む）を包含する。これらは、例えば配列における比較的わずかな変化（例えば、約５％より少ない）、および数における比較的わずかな変化（例えば、２０残基の置換より少ない、代表的には１５残基の置換より少ない、好ましくは１０残基の置換より少ない、およびより好ましくは５残基の置換より少ない）を示すタンパク質を含む。これらはまた、全長から短縮されたバージョンおよびこれらの配列の実質的なセグメントを含む融合タンパク質を含む。
【００２５】
ヒト単球細胞ライブラリーから単離され、そしてＦＤＦ０３と命名された遺伝子／遺伝子産物は、公開された国際出願ＷＯ ９８／２４９０６において以前に記載されており、この開示は、その全体が参考として本明細書中で援用される。このＦＤＦ０３遺伝子は、Ｉｇ様ドメインによって特徴付けられる細胞外部分を含むＩ型膜貫通タンパク質をコードし、このことは、この遺伝子がＩｇスーパーファミリーのレセプターメンバーをコードすることを示す。
【００２６】
配列番号１は、ヒトＦＤＦ０３タンパク質をコードする核酸配列を示す。ＦＤＦ０３タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２において示される。この推定コード領域は、約ヌクレオチド１５４〜ヌクレオチド１０６２にわたる。推定シグナル配列に対応するＮ末端疎水性配列は、約アミノ酸残基−１９（Ｍｅｔ）〜アミノ酸残基−１（Ｌｅｕ）にわたる。推定膜貫通セグメントに対応する内部疎水性（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ）配列は、約残基１７７（Ａｌａ）〜残基１９９（Ｌｅｕ）にわたる。この細胞外領域は、約１７０アミノ酸で、潜在的なＩｇ様ドメイン構造を有する。細胞内領域は、約８０残基である。配列分析は、ヒト由来のＧｅｎｂａｎｋクローンＨ２６０１０およびＲ５０３２７に対する類似性を示す。
【００２７】
４つのヒトＦＤＦ０３ホモログが、現在発見されている。
【００２８】
（ＦＤＦ０３−ΔＴＭ）
ＦＤＦ０３−デルタＴＭ（ＦＤＦ０３−ΔＴＭ）と命名された第２のヒトクローンは、選択的スプライシングにより生成されたヒトＦＤＦ０３の可溶性の形態のようである。ＦＤＦ０３−ΔＴＭをコードする核酸配列は、配列番号３において示される。ＦＤＦ０３−ΔＴＭタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号４において示される。
【００２９】
ＦＤＦ０３−ΔＴＭ分子のｃＤＮＡは、ＲＴ−ＰＣＲによるヒトＦＤＦ０３発現の分析の間、ＦＤＦ０３のｃＤＮＡと共に増幅される。ＦＤＦ０３遺伝子の５’−ＵＴＲおよび３’−ＵＴＲにおいて設計されるプライマー（ＦＤＦ０３−Ｕ２５：５’−ＡＣＡＧＣＣＣＴＣＴＴＣＧＧＡＧＣＣＴＣＡ（配列番号１１）およびＦＤＦ０３−Ｌ１１６６：５’−ＡＡＧＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＡＣＴＣＣＴＧＧ（配列番号１２））を用いて、およそ２００塩基対のより短いバンドが、ＰＭＡ／イオノマイシン活性化ＰＢＬ ｃＤＮＡからＲＴ−ＰＣＲによって増幅され、次いでゲル精製され、クローン化され、そして配列決定された。異なるクローンは、２３０個のアミノ酸のＩ型タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有する、９４３塩基対の同一の挿入物を含んだ。ＦＤＦ０３−ΔＴＭの推定アミノ酸配列は、ＦＤＦ０３の推定アミノ酸配列と完全に一致したが、ＦＤＦ０３の細胞外スレオニン富化領域および膜貫通領域ドメインを欠失する７３個のアミノ酸のギャップを含んだ。これは、ＦＤＦ０３の潜在的な疎水性シグナルペプチド、続いて細胞質内ドメインに連結された細胞外Ｉｇ様ドメインを有するタンパク質を生じる。ＦＤＦ０３配列でのｃＤＮＡアライメントは、未熟な（ｐｒｅｍａｔｕｒｅ）終結コドンを導入しないＦＤＦ０３−ΔＴＭ配列における２１９ヌクレオチドの欠失（ＦＤＦ０３ヌクレオチド６０８〜８２７）を同定し、このことは、この分子が選択的スプライシングの産物であることを示唆した。この分子は、ＦＤＦ０３の分泌可溶性形態であると考えられ、そしてＦＤＦ０３として同じリガンドと結合すると考えられる。
【００３０】
ＦＤＦ０３（配列番号２）およびＦＤＦ０３−ΔＴＭ（配列番号４）のタンパク質アライメントは、以下に示される。
【００３１】
【化１】
（ＦＤＦ０３−Ｓ１）
ＦＤＦ０３−Ｓｈｏｒｔ１（ＦＤＦ０３−Ｓ１）と命名された第３のクローンは、ＦＤＦ０３に対して相同なＩｇ様分子であるが、短い細胞質内ドメインおよび膜貫通ドメイン中に荷電した残基を有する。比較ＤＮＡおよびタンパク質分析は、選択的にスプライスされた産物ではなく、ＦＤＦ０３およびＦＤＦ０３Ｓ１に対する異なる遺伝子の存在を示唆する。ＦＤＦ０３−Ｓ１をコードする核酸配列は、配列番号５において示される。ＦＤＦ０３−Ｓ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６において示される。
【００３２】
ＦＤＦ０３−Ｓ１は、Ｉｇスーパーファミリーに属するＩ型膜貫通タンパク質である。ＦＤＦ０３−Ｓ１は、疎水性リーダー配列、それに続きＦＤＦ０３のＶ型Ｉｇドメイン構造に対して相同なＶ型Ｉｇドメイン構造（アミノ酸レベルで８８％の相同性）を有する細胞外領域（〜１７０残基）を含む。ＦＤＦ０３と異なり、ＦＤＦ０３−Ｓ１は、荷電したアミノ酸（Ｋ）を有する膜貫通ドメイン、およびＩＴＩＭまたはインターナリゼーションモチーフを有さない小さい細胞内テイル（１５残基）を保有する。ＦＤＦ０３−Ｓ１は、ＦＤＦ０３の活性化アイソフォームを表すと考えられ、そしてＤＡＰ１２のようなＩＴＩＭ保有分子と結合し得る。このアミノ酸配列は以下に示され、ここで、シグナルペプチドおよび膜貫通ドメインには下線が引かれている。荷電したアミノ酸であるリジン（Ｋ）（膜貫通ドメインにおける残基（矢印））は、別の鎖（例えば、ＤＡＰ１２）との結合を可能にし得る。
【００３３】
【化２】
ＦＤＦ０３（配列番号２）およびＦＤＦ０３−Ｓ１（配列番号６）のタンパク質アライメントは、以下に示される。
【００３４】
【化３】
分布研究（ＲＴ−ＰＣＲ）は、Ｂ細胞（休止しているプール＋活性化されたプール）、Ｔ細胞およびＰＢＬにおいて強い発現を示す。より低い発現が、単球、樹状細胞および顆粒球において観察された。
【００３５】
（ＦＤＦ０３−Ｍ１４）
ＦＤＦ０３−Ｍ１４と示される４番目のクローンは、選択的スプライシングによって産生される、ヒトＦＤＦ０３の潜在的に可溶性の形態である。ＦＤＦ０３−Ｍ１４をコードする核酸配列を、配列番号７に示す。ＦＤＦ０３−Ｍ１４タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号８に示す。この分子のｃＤＮＡは、ＲＴ−ＰＣＲによるヒトＦＤＦ０３発現の分析の間に、ＦＤＦ０３のｃＤＮＡと一緒に増幅された。ＦＤＦ０３遺伝子の５’−ＵＴＲおよび３’−ＵＴＲに設計されたプライマー（ＦＤＦ０３−Ｕ２５：５’−ＡＣＡＧＣＣＣＴＣＴＴＣＧＧＡＧＣＣＴＣＡ（配列番号１１）およびＦＤＦ０３−Ｌ１１６６：５’−ＡＧＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＡＣＴＣＣＴＧＧ（配列番号１２））を用いて、約２００塩基対のより短いバンドを、ＲＴ−ＰＣＲによって活性化ＰＢＬ ｃＤＮＡから増幅し、次いでゲル精製し、クローン化し、そして配列決定した。１つのクローン（Ｍ１４）は、１７５アミノ酸のＩ型タンパク質をコードするＯＲＦを有する９０８塩基対の挿入片を含んでいた。ＦＤＦ０３配列とのｃＤＮＡアライメントにより、ＦＤＦ０３−Ｍ１４配列における２５３ヌクレオチドの欠失（ＦＤＦ０３ヌクレオチド６０８〜８６１）が同定され、これは、ＦＤＦ０３の細胞外スレオニンリッチ領域、膜貫通ドメインおよび細胞質内ドメインの開始をコードする配列を欠失し、そしてＦＤＦ０３−Ｍ１４の６５５位に未熟な終結コドンを導入した。ＦＤＦ０３−Ｍ１４の推定アミノ酸配列は、潜在的な疎水性シグナルペプチド、続いてＦＤＦ０３の細胞外Ｉｇ様ドメインと完全に整合するがＦＤＦ０３とは異なるＣＯＯＨ−末端２４アミノ酸配列に連結した細胞外Ｉｇ様ドメインを有するタンパク質を生じた。この分子は、ＦＤＦ０３ ｍＲＮＡの選択的スプライシングの産物であり得る。
【００３６】
ＦＤＦ０３−ΔＴＭのように、この分子は、ＦＤＦ０３の分泌可溶性形態を示し得、そしてＦＤＦ０３と同じリガンドに結合し得る。アミノ酸配列を以下に示し、ここで、シグナル配列に下線を付す。
【００３７】
【化４】
ＦＤＦ０３（配列番号２）およびＦＤＦ０３−Ｍ１４（配列番号８）のタンパク質アライメントを以下に示す。
【００３８】
【化５】
（ＦＤＦ０３−Ｓ２）
ＦＤＦ０３−Ｓ２で示される５番目のクローンは、ＦＤＦ０３に相同なＩｇ様分子であるが、短い細胞質内ドメインおよび膜貫通ドメイン内の荷電残基を有する。この分子は、ＦＤＦ０３−Ｓ１に高度に相同であり、そして潜在的なＤＡＰ１２関連タンパク質である。ＦＤＦ０３−Ｓ２をコードする核酸配列を、配列番号９に示す。ＦＤＦ０３−Ｓ２タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号１０に示す。
【００３９】
この分子のｃＤＮＡを、ＦＤＦ０３−Ｓ２に特異的なプライマーを用いて増幅した。特異性は、ＦＤＦ０３−Ｓ２の５’ＵＴＲに設計された正方向プライマーを用いて得られる。ＦＤＦ０３−Ｓ２−正方向：５’−ＣＡＡＧＧ−ＧＡＴＡＡＡＡＡＧＧＣＡＣ（配列番号１３）（ＦＤＦ０３、ＦＤＦ０３ΔＴＭまたはＦＤＦ０３−Ｓ１を増幅しない）。ＦＤＦ０３−Ｓ２−逆方向：５’−ＡＡＣＴＣＴＣＣＴＣＣＡＧＴＣＧＧＴ（配列番号１４）（ＦＤＦ０３−Ｓ１を増幅し得るが、ＦＤＦ０３もＦＤＦ０３ΔＴＭも増幅し得ない）。
【００４０】
ＦＤＦ０３−Ｓ２は、Ｉｇスーパーファミリーに属するＩ型膜貫通タンパク質である。ＦＤＦ０３−Ｓ２は、疎水性リーダー配列、続いてＦＤＦ０３のＶ型Ｉｇドメイン構造に相同な（アミノ酸レベルで約８５％相同性）１つのＶ型Ｉｇドメイン構造を有する細胞外領域（約１７０残基）を含む。ＦＤＦ０３とは異なり、ＦＤＦ０３−Ｓ２は、荷電アミノ酸（Ｋ）を有する膜貫通ドメインを保持し、そしてＩＴＩＭも内在化モチーフも有さない小さな細胞内テイル（１５残基）を保持する。ＦＤＦ０３−Ｓ２は、ＦＤＦ０３−Ｓ１に高度に相同である（細胞外ドメインにおいて３アミノ酸異なり、そして膜貫通ドメインにおいて１アミノ酸が失われている）。ＦＤＦ０３−Ｓ１と同様に、ＦＤＦ０３−Ｓ２は、ＦＤＦ０３の活性化アイソフォームを示し得、ＤＡＰ１２のようなＩＴＡＭ保有分子と会合し得るる。
【００４１】
２つの推定開始コドンがインフレームで存在する（１１７位および３０９位）。最初の開始コドンは、典型的なＫｏｚａｋ配列に含まれない。最初の開始コドン（１１７位）においてインフレームで開始すると、別のＩｇ様ドメインが続く疎水性配列をコードしないため、以下に示す配列は、２番目の開始コドン（ヌクレオチド３０９）から推定している。以下に示す配列において、シグナルペプチドおよび膜貫通ドメインに下線を付す。膜貫通ドメインにおける荷電アミノ酸（リジン（Ｋ）残基（矢印））は、ＤＡＰ１２のような別の鎖との会合を可能にし得る。
【００４２】
【化６】
ＦＤＦ０３、ＦＤＦ０３−Ｓ１およびＦＤＦ０３−Ｓ２のタンパク質アライメントを以下に示す。
【００４３】
【化７】
分布の研究（ＲＴ−ＰＣＲ）によって、活性化樹状細胞（ＣＤ３４由来）、ＰＢＭＣ、単球および扁桃腺Ｂ細胞における発現が示される。
【００４４】
ヒトＩｇＶドメインおよびＴＣＲ Ｖドメインとのアライメントを以下に提供する。このアライメントは、ＦＤＦ０３の保存されたＶＤＪ構造を示す。
【００４５】
【化８】
ヒトゲノムＤＮＡクローンの研究は、第７染色体が、ＦＤＦ０３−Ｓ１特異的配列およびＦＤＦ０３特異的配列の両方を含むことを示し、これにより、この２つの分子が２つの異なる遺伝子によってコードされることが確認される。これらの研究はまた、ＦＤＦ０３−Ｓ１遺伝子およびＦＤＦ０３−Ｓ２遺伝子が、同じ遺伝子の２つの異なる対立遺伝子であることを示唆する。さらに、異なるドナー由来のゲノムＤＮＡ上のＳ１とＳ２との間の相違領域を取り囲むイントロン配列からのＰＣＲは、この遺伝子座におけるホモ接合体およびＳ１／Ｓ２ヘテロ接合体の存在を示す。従って、これらの２つのｃＤＮＡは、異なる対立遺伝子由来のようである。
【００４６】
ＦＤＦ０３遺伝子のゲノム構成により、ＦＤＦ０３−ΔＴＭが、選択的スプライシング（ヒンジ領域およびＴＭドメインをコードするエキソン３の欠失）によって産生されることが確認された。これはまた、ＦＤＦ０３−Ｍ１４の場合もそうである（エキソン３およびエキソン４の欠失）。
【００４７】
ＦＤＦ０３−Ｓ１／２の２つの形態は、集団マーカーとして有利に使用され得る。このタンパク質の２つの形態は、同じリガンド（例えば、ＮＫレセプターファミリーの場合のように）に結合も、または異なる親和性で結合もせず、従って、個体に、レセプター／リガンド相互作用に対する異なる応答を潜在的に提供する。
【００４８】
ヒト染色体７ｑ２２上のＦＤＦ０３（ΔＴＭ形態およびＭ１４形態を含む）をコードする遺伝子ならびにＦＤＦ０３−Ｓ１をコードする遺伝子の局在は、興味深い。なぜなら、この領域は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）のような骨髄ジストロフィー症候群（ｍｙｅｌｏｄｙｓｔｒｏｐｈｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）において頻繁に欠失しているからである。増殖性疾患における骨髄阻害性レセプターの可能な欠失の関係は、遺伝子治療における可能な用途を導く。
【００４９】
（核酸、ベクター、および宿主細胞）
本発明は、核酸配列、特に配列番号１、５、７もしくは９に示される核酸配列または配列番号２、４、６、８もしくは１０に示されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。本発明は、本明細書中に開示される個々の核酸配列の全体または部分を含む単離された核酸フラグメントを含む。本発明の核酸配列は、少なくとも約１２、好ましくは少なくとも約１８、より好ましくは少なくとも約２０〜３５そして最も好ましくは少なくとも約３５〜５５または完全なタンパク質コード配列もしくはその相補体を含む、それより多くの連続したヌクレオチドを含む。本発明は、これらの配列の配列保存的改変体および機能保存的改変体を含む。
【００５０】
本明細書中に開示される配列またはその部分配列のいずれかを含む核酸は、配列番号１、３、５、７および９に提供される核酸配列情報を用いて標準的な方法によって調製され得る。例えば、核酸は、例えば、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉら（１９８１、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０３：３１８５）のホスホルアミダイト固体支持体法、Ｙｏｏら（１９８９、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．７６４：１７０７８）の方法または他の周知の方法を用いて化学的に合成され得る。これは、合成オリゴヌクレオチドの対を含む一連のオリゴヌクレオチドカセットを順次連結することによってなされ得る。この核酸は、細胞から直接単離され得る。あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法が、化学的に合成された鎖またはゲノム材料のいずれかを鋳型として使用して、本発明の核酸を産生するために使用され得る。ＰＣＲに使用されるプライマーは、本明細書中に提供される配列情報を用いて合成され得、そしてさらに、適切な新規の制限部位を導入するために設計されて、望ましい場合、組換え発現に関して所定のベクター中への組み込みを容易にし得る。もちろん、遺伝暗号の縮重に起因して、多くの異なるヌクレオチド配列が、配列番号２、４、６、８もしくは１０、またはその部分配列によって定義されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし得る。コドンは、原核生物系または真核生物系における最適な発現のために選択され得る。そのような縮重改変体はまた、本発明によって含まれる。
【００５１】
コードされたポリペプチドは、ｐＵＣプラスミド、ｐＥＴプラスミド（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）またはｐＲＳＥＴまたはｐＲＥＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）のような多くの公知のベクター、そしてＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅならびに昆虫細胞系および哺乳動物細胞系のような多くの適切な宿主細胞を用いることによって、当業者に公知の方法を使用して発現され得る。ベクター／宿主の特定の選択は、本発明の実行に重要ではない。
【００５２】
本発明の核酸は、例えば、ペプチドまたはポリペプチドの組換え産生のための鋳型として、染色体マッピングに関して本明細書中に記載されるヒト遺伝子の検出のためのプローブおよびプライマーとして、ならびに他の哺乳動物種における相同遺伝子を同定するためのプローブとしてまたはＰＣＲプライマーを設計することに、使用を見出す。相同性は、実験的に決定され得る。あるいは、相同性分析は、計算的に実施され得る。本発明の実行において、別の哺乳動物種のゲノムとヌクレオチドレベルにおいて少なくとも約７０％ＤＮＡ配列相同性を共有する遺伝子は、その種において存在すると考えられる。遺伝子が、別の哺乳動物に存在することの決定は、当該分野で公知の任意の技術を使用して達成され得る。適切な技術としては、限定されないが、ゲノムＤＮＡへのハイブリダイゼーション、ゲノムライブラリーもしくはｃＤＮＡライブラリーへのコロニーハイブリダイゼーション、縮重プライマーもしくは遺伝子特異的プライマーおよび鋳型としてゲノムＤＮＡを用いたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、遺伝子補完、抗体交差反応性、またはインビトロにおける生化学的補完が挙げられる。
【００５３】
これらの技術の適用において、プローブと鋳型との間の異なるレベルの相同性を区別する条件が確立される。例えば、固定されたＤＮＡへのプローブのハイブリダイゼーション（サザンブロット、ドットブロットまたはコロニーハイブリダイゼーション形式のいずれかであろうと）に関して、緩衝液におけるＳＳＣ濃度の変化は、異なるレベルの相同性を有するハイブリッドの検出を可能にする（１×ＳＳＣは、０．１５Ｍ ＮａＣｌ−０．０１５Ｍ クエン酸ナトリウムである）。６Ｍ尿素および０．４％ドデシル硫酸ナトリウムを含む洗浄緩衝液において、２×ＳＳＣ、０．５×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣおよび０．０５×ＳＳＣの存在は、それぞれ少なくとも５５％＋５％、６５％＋５％、７５％＋５％、および＞８５％の閾値の相同性を有するハイブリッドの形成を可能にする。好ましくは、一旦、遺伝子がハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって別の生物体において同定されると、その遺伝子のＤＮＡ配列が直接決定される。
【００５４】
相同配列を検出するいくつかの方法は、特定の遺伝子のタンパク質コード配列全体のうちの一部分のみの同定または単離を生じ得ることが理解される。タンパク質コード配列全体は、例えば、鋳型としてｃＤＮＡを用いる配列決定反応を開始するためにその配列の公知の部分またはそのフラグメントをコードする単離された核酸を用いること（これには増幅した産物の配列決定が続く）によって、単離および同定され得る。開示された配列またはそのフラグメントをコードするこの単離された核酸はまた、より短い配列が一部を形成するタンパク質コード配列のさらなる完全なセグメント（ｓｅｇｍｅｎｔ）を含むクローンを同定するために、適切なｃＤＮＡライブラリーにハイブリダイズされ得る。次いで、タンパク質コード配列全体もしくはそのフラグメント、またはその配列の全体または部分をコードする核酸、または配列保存的なその改変体もしくは機能保存的なその改変体は、本発明の実行において用いられ得る。
【００５５】
同様の様式において、このタンパク質をコードする配列の５’隣接領域および３’隣接領域由来のさらなる配列（調節配列を含む）は、単離され、そしてヌクレオチド配列が決定され得る。
【００５６】
（ポリペプチド）
本明細書中に記載される天然に存在するポリペプチドおよび組換え形態のポリペプチドの両方（グリコシル化された形態およびグリコシル化されていない形態の両方を含む）は、本発明によって含まれる。機能保存的改変体を含む本発明のポリペプチドは、ヒト単球から、またはタンパク質コード配列が導入されかつ発現される異種の生物体または細胞（例えば、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、植物細胞および哺乳動物細胞）から単離され得る。本明細書中に記載されるタンパク質またはその部分はまた、他のタンパク質との融合体として発現され得る。ポリペプチドは、市販されている自動化された手順によって化学的に合成され得る（限定されないが、独占的（ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ）固相合成、部分的固相法、フラグメント縮合または古典的溶液合成が挙げられる）。ポリペプチドはまた、インビトロ翻訳によって有利に作製され得る。
【００５７】
ポリペプチド精製に関する方法は、当該分野で周知であり、限定されないが、分取用ディスクゲル電気泳動、等電点電気泳動、ショ糖密度勾配遠心、ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィーおよび分配クロマトグラフィー、ならびに向流分配が挙げられる。いくつかの目的に関して、タンパク質が、精製を容易にするさらなる配列タグ（限定されないが、例えば、ポリヒスチジン配列）を含む組換え系においてポリペプチドを産生することが好ましい。次いで、ポリペプチドは、適切な固相マトリックス上のクロマトグラフィーによって宿主細胞の粗製溶解物から精製され得る。あるいは、タンパク質に対して産生される抗体またはそのタンパク質に由来するペプチドに対して産生される抗体は、精製試薬として使用され得る。他の精製方法が可能である。
【００５８】
本発明はまた、本明細書中に特に開示されるポリペプチドの誘導体およびホモログを含む。いくつかの目的に関して、このポリペプチドをコードする核酸配列は、機能的に等価な分子（すなわち、機能保存的改変体）を提供する置換、付加、または欠失によって変更され得る。例えば、その配列内の１つ以上のアミノ酸残基は、類似した特性の別のアミノ酸（例えば、正に荷電したアミノ酸（アルギニン、リジンおよびヒスチジン）；負に荷電したアミノ酸（アスパラギン酸およびグルタミン酸）；極性中性アミノ酸；および非極性アミノ酸など）によって置換され得る。
【００５９】
単離されたポリペプチドは、例えば、リン酸化、硫酸化、アシル化または他のタンパク質修飾によって修飾され得る。これらはまた、検出可能なシグナルを提供することが可能な標識（放射性同位体および蛍光化合物を含むが、限定されない）を用いて直接的または間接的にのいずれかで改変され得る。
【００６０】
本発明のポリペプチドは、例えば、結合研究のため、修飾された分子の構築および発現のため、構造／機能研究のためならびにポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための使用を見出す。抗体の調製に関する免疫原性成分として、または結合剤研究の標的として有用なポリペプチドは、少なくとも５残基以上の長さである。好ましくは、このポリペプチドは、少なくとも約１２、より好ましくは少なくとも約２０、そして最も好ましくは少なくとも約３０残基以上を含む。これらのポリペプチドを得るための方法は、周知であり、そしてＩｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９８７（ＭａｙｅｒおよびＷａｌｅｒ編；Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）；Ｓｃｏｐｅｓ，１９８７，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，第２版（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．）およびＨａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９８６，Ｉ−ＩＶ巻（ＷｅｉｒおよびＢｌａｃｋｗｅｌｌ編）に説明される。
【００６１】
特異的な相互作用の結合パートナーの１つのメンバーが単離されると、対のパートナーを単離する方法が存在する。例えば、Ｇｅａｒｉｎｇら、１９８９、ＥＭＢＯ Ｊ．８：３６６７−３６７６を参照のこと。結合活性について多くのスクリーニング方法は、当業者に公知であり、そして本発明を実行するために使用され得る。例えば、発現ライブラリーは、タンパク質への特異的結合に関して、例えば、細胞ソーティングまたはこのような結合成分を発現する部分集団を検出するための他のスクリーニングによって、スクリーニングされ得る。例えば、Ｈｏら、１９９３、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：１１２６７−１１２７１を参照のこと。あるいは、パニング法が使用され得る。例えば、ＳｅｅｄおよびＡｒｕｆｆｏ、１９８７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：３３６５−３３６９を参照のこと。ツーハイブリッド選択システムもまた、利用可能なタンパク質配列を用いて適切な構築物の作製に適用され得る。例えば、ＦｉｅｌｄｓおよびＳｏｎｇ、１９８９、Ｎａｔｕｒｅ ３４０：２４５−２４６を参照のこと。自動化されたアッセイのいくつかの方法が、短い時間の間に何万という化合物をスクリーニングすることを可能にするために近年開発された。
【００６２】
（物理的改変体）
本発明はまた、配列番号２、４、６、８、または１０のアミノ酸配列と実質的なアミノ酸配列類似性を有するタンパク質またはペプチドを含む。置換を示す改変体（例えば、２０以下、好ましくは１０以下、そしてより好ましくは５以下の置換）が、含まれる。置換が保存的置換の場合、その改変体は、対応する天然配列のタンパク質と、免疫原性類似性または抗原性類似性あるいは交差反応性を共有する。天然の改変体としては、個体改変体、対立遺伝子改変体、多型改変体、系統改変体または種改変体が挙げられる。
【００６３】
アミノ酸配列類似性または配列同一性は、残基の一致を最適化することによって、必要であれば、要求されるようなギャップを導入することによって決定される。これは、一致として保存的置換を考慮する場合、変化する。保存的置換は、典型的に、以下の群内の置換を含む：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸；アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リジン、アルギニン；およびフェニルアラニン、チロシン。相同なアミノ酸配列には、各それぞれのタンパク質配列における天然の対立遺伝子改変体および種間の改変体を含む。典型的な相同なタンパク質またはペプチドは、関連するタンパク質のアミノ酸配列と、５０〜１００％類似性（ギャップが導入され得る場合）から７５〜１００％類似性（保存的置換が含まれる場合）を有する。同一性の尺度は、少なくとも約５０％、一般的には少なくとも６０％、より一般的には少なくとも６５％、通常は少なくとも７０％、より通常には少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、そしてより好ましくは少なくとも８０％、そして特に好ましい実施形態においては少なくとも８５％以上である。Ｎｅｅｄｌｅｈａｍら、１９７０、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３−４５３；Ｓａｎｋｏｆｆら、１９８３、Ｔｉｍｅ Ｗａｒｐｓ、Ｓｔｒｉｎｇ Ｅｄｉｔｓ，およびＭａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ：Ｔｈｅ ＴｈｅｏｒｙおよびＰｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ 第１章，Ａｄｄｉｓｏｎ−Ｗｅｓｌｅｙ Ｒｅａｄｉｎｇ，ＭＡ；およびＩｎｔｅｌｌｉＧｅｎｅｔｉｃｓ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡのソフトウェアパッケージ；およびＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ），Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩもまた参照のこと。
【００６４】
対応するタンパク質をコードする核酸は、典型的に、配列番号１、３、５、７、または９に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。例えば、それぞれのタンパク質をコードする核酸は、典型的に、配列番号１、３、５、７または９の核酸に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするが、誤った陽性ハイブリダイゼーションシグナルをほとんど提供しない。一般的に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨにおいてハイブリダイズされる配列についての、熱融点（Ｔｍ）よりも約１０℃より低くあるように選択される。Ｔｍは、５０％の標的配列が、完全に一致されたプローブに（規定されたイオン強度およびｐＨ下で）ハイブリダイズする温度である。典型的に、ストリンジェントな条件は、洗浄液の塩濃度がｐＨ７において約０．０２モル濃度であり、かつ温度が少なくとも５０℃である条件である。他の因子（なかでも、塩基組成および相補鎖の大きさ、ホルムアミドのような有機溶媒の存在、ならびに塩基ミスマッチの程度を含む）は、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに有意に影響を与え得る。好ましい実施形態は、４２℃、５０％ホルムアミドおよび２０〜５０ｍＭ ＮａＣｌにおいて、開示された配列に結合する核酸を含む。
【００６５】
単離された核酸は、ヌクレオチド置換、ヌクレオチド欠失、ヌクレオチド挿入およびヌクレオチドストレッチの逆位（ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｔｒｅｔｃｈ）によって容易に改変され得る。これらの改変は、これらの抗原、それらの誘導体、あるいはより高度に類似した生理学的活性、免疫原性活性または抗原性活性を有するタンパク質をコードする新規のＤＮＡ配列を生じる。
【００６６】
改変された配列は、変異抗原を産生するためまたは発現を増強するために使用され得る。増強された発現は、遺伝子増幅、転写の増加、翻訳の増加および他の機構に関与し得る。そのような変異タンパク質誘導体は、それぞれのタンパク質またはそのフラグメントの、あらかじめ決定された変異または部位特異的変異を含む。「変異タンパク質」は、他の点では上記のようなタンパク質の相同性の定義に入るが、欠失、置換または挿入のいずれかによって天然に見出されるようなタンパク質のアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。特に、「部位特異的変異タンパク質」は、一般的に、配列番号２、４、６、８または１０の配列を有するタンパク質と有意な類似性を有するタンパク質を含む。一般的に、改変体は、これらの配列と多くの物理化学的活性および生物学的活性（例えば、抗原性または免疫原性）を共有し、そして好ましい実施形態において開示される配列のうちのほとんどまたは全てを含む。
【００６７】
グリコシル化変更は、例えば、ポリペプチドの合成およびプロセシングの間にそのポリペプチドのグリコシル化のパターンを改変することによって作製されるか、またはさらなるプロセシングの過程において作製されるものを含む。これを達成するための特に好ましい方法は、ポリペプチドを正常にはそのようなプロセシングを提供する細胞由来のグリコシル化酵素（例えば、哺乳動物グリコシル化酵素）に曝すことによって達成される。脱グリコシル化酵素もまた、考慮される。他の軽度の改変（リン酸化アミノ酸残基（例えば、ホスホチロシン、ホスホセリン、またはホスホスレオニン）を含む）、または他の部分（リボシル基もしくは架橋試薬）を有する同一の一次アミノ酸配列のバージョンもまた包含される。置換を有するタンパク質もまた、実質的な免疫原性を残し、配列番号２、４、６、８または１０のタンパク質を認識する抗体を産生するために包含される。代表的には、これらのタンパク質は、開示された配列から２０未満の残基置換を含み、より代表的には、１０未満の置換、好ましくは、５未満、そしてより好ましくは、３未満である。あるいは、構造的ドメインで始まるおよび終わるタンパク質は、通常、抗原性および免疫交差性を残す。
【００６８】
誘導体の主要な群は、他のタンパク質またはポリペプチドと本明細書中に記載されるタンパク質またはそのフラグメントの共有結合性の結合体である。これらの誘導体は、Ｎ末端融合またはＣ末端融合のような組換え培養物中に合成され得るか、または、反応性側鎖（ｓｉｄｅ ｇｒｏｕｐ）を介する架橋タンパク質においてその有用性が当該分野において公知である薬剤の使用によって合成され得る。架橋剤を用いる好ましいタンパク質誘導体化部位は、遊離アミノ基、炭化水素部分、およびシステイン残基である。
【００６９】
これらのタンパク質とほかのホモログタンパク質または異種タンパク質との間の融合ポリペプチドはまた、提供される。異種ポリペプチドは、異なる表面マーカーの間の融合物であり得、例えば、ハイブリッドタンパク質を生じる。同様に、異種融合物は、誘導体タンパク質の特性または活性の組み合わせを示すように構築され得る。代表的な例は、レポーターポリペプチドの融合物（例えば、タンパク質のセグメントまたはドメインを有するルシフェラーゼ、例えば、レセプター結合セグメント）であり、その結果、融合タンパク質の存在または局在が容易に決定され得る。例えば、米国特許第４，８５９，６０９号を参照のこと。他の遺伝子融合パートナーとしては、細菌性βガラクトシダーゼ、ｔｒｐＥ、プロテインＡ、βラクタマーゼ、αアミラーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、および酵母α交配因子が挙げられる。Ｇｏｄｏｗｓｋｉら、１９８８、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：８１２−８１６を参照のこと。
【００７０】
このようなポリペプチドはまた、リン酸化、スルホン酸化、ビオチン化、または他の部分（特に、これらはリン酸基と類似の分子形態を有する）の付加または除去によって化学的に改変されたアミノ酸残基を有する。いくつかの実施形態において、これらの改変は、標識試薬に有用であるか、または、標的（例えば、親和性リガンド）の精製に働く。
【００７１】
本発明はまた、アミノ酸配列におけるバリエーションまたはグリコシル化以外のこれらのタンパク質の誘導体の使用を考慮する。このような誘導体は、化学部分との共有結合性の会合または集合性の会合を含み得る。このような誘導体は、一般に３つのクラスに分かれる：（１）塩、（２）側鎖および末端残基共有結合改変、および（３）例えば、細胞膜を有する吸着複合体。このような共有結合性誘導体または集合的誘導体は、免疫原として、免疫アッセイにおける試薬として、またはリガンドおよび他の結合リガンドのアフィニティ精製のための精製方法において有用である。例えば、タンパク質抗原は、当該分野において周知の方法によって、ブロモシアン活性化セファロースのような固体支持体に、共有結合によって固定化され得るか、または、アッセイにおける使用または抗体の精製のための、グルタルアルデヒド架橋を有するかまたは有さないポリオレフィン表面への吸着され得る。タンパク質はまた、検出可能基（例えば、クロラミンＴ手順による放射性ヨウ化）を用いて標識され得るか、希土キレート（ｒａｒｅ ｅａｒｔｈ ｃｈｅｌａｔｅ）に共有結合され得るか、または診断的アッセイにおける使用のための別の蛍光部分を結合され得る。これらのタンパク質の精製は、抗体の固定化によって達成され得る。
【００７２】
（抗体）
上記のような本発明の免疫原性成分は、標準的方法によって抗体を調整するための抗原として有用である。このような免疫原性成分は、より大きなポリペプチドのタンパク質分解性の切断によってか、または化学合成によって、または組換え技術によって産生され得、したがって、タンパク質分解性切断部位によって限定されない。好ましくは、より小さな免疫原性成分は、まず、架橋または免疫原性キャリア分子（すなわち、宿主動物における免疫学的応答を独立して誘発する特性を有する、本発明の免疫原性成分が共有結合され得る巨大分子）の結合によって、より免疫原性を示す。キャリア分子への架橋または結合が要求され得る。なぜなら、小ペプチドフラグメントは、時折ハプテン（抗体に特異的に結合し得るが、抗体産生を誘発し得ない分子、すなわち、免疫原性ではない）として働くからである。免疫原性のキャリア分子へのこのようなフラグメントの結合は、「キャリア効果」として一般に公知であるものによって、これらのフラグメントを免疫原性にする。
【００７３】
本発明に従う抗体は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含む。抗体は、本発明の免疫原性成分を用いる免疫によって、動物宿主において誘発され得、免疫細胞のインビトロでの免疫（感作）によって形成され得る。抗体の産生を誘発するために用いられる免疫原性成分は、ヒト細胞（例えば、ヒト単球）から単離され得るか、または化学的合成され得る。抗体はまた、適切な抗体コードＤＮＡを用いてプログラムされた組換え系において産生され得る。あるいは、抗体は、精製された重鎖および軽鎖の生化学的再構成によって構築され得る。
【００７４】
本発明の抗体は、以下を含むが、これらに限定されない標準法によって精製され得る：予備的ディスク−ゲル電気泳動、等電点電気泳動、ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィーおよび分配クロマトグラフィー、ならびに向流分配。抗体の精製法は、例えば、Ｔｈｅ Ａｒｔ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，１９８９，Ａｍｉｃｏｎ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，Ｗ．Ｒ．Ｇｒａｃｅ＆Ｃｏ．に開示される。一般的なタンパク質精製法は、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ、Ｒ．Ｋ．Ｓｃｏｐｅｓ編、１９８７、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹに記載される。
【００７５】
動物のワクチン接種に適切なアジュバントは、以下を含むが、これらに限定されない：Ａｄｊｕｖａｎｔ６５（ピーナッツ油、マンニドモノオレアート（ｍａｎｎｉｄｅ ｍｏｎｏｌｅａｔｅ）およびモノステアリン酸アルミニウムを含む）；フロイント完全アジュバントまたは不完全アジュバント；ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウムおよびミョウバン）；界面活性剤（例えば、ヘキサデシルアミン、オクタデシルアミン、リゾレシチン、ジメチルジオクタデシル−臭化アンモニウム、Ｎ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ’，Ｎ’−ビス（２−ヒドロキシメチル）プロパンジアミン、メトキシヘキサデシルグリセロールおよびプルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール）；ポリアニオン（例えば、ピラン、デキストラン、硫酸塩、ポリＩＣ、ポリアクリル酸およびカーボポル（ｃａｒｂｏｐｏｌ）；ペプチド（例えば、ムラミールジペプチド、ジメチルグリシンおよびツフシン；ならびに油乳濁液。免疫原性成分はまた、リポソームまたはほかの微小キャリアに組み込まれた後に投与され得る。アジュバントおよび免疫アッセイの種々の局面に関する情報は、例えば、Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎによる一連の、１９８７、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ、第３版、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋに開示される。
【００７６】
動物により産生され、このように免疫される血清は、直接使用され得る。あるいは、ＩｇＧ画分は、標準法（例えば、プラズマフォレシス）またはＩｇＧ特異的吸収剤（例えば、固定化プロテインＡ）を用いる吸収クロマトグラフィーを用いて、血清から分離され得る。
【００７７】
本発明の免疫原性成分に対するモノクローナル抗体を作製するために使用される本発明のハイブリドーマは、周知の技術によって作製される。一般には、このプロセスは、所望の抗体を産生するＢリンパ球との不死化細胞株の融合を含む。あるいは、不死化抗体産生細胞株を作製するための非融合技術が可能であり、本発明の範囲内にある（例えば、ウイルス誘導形質転換、Ｃａｓａｌｉら、１９８６、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３４：４７６）。不死化細胞株は、通常形質転換された哺乳動物細胞であり、特に、齧歯類、ウシ、およびヒト起源であるミエローマ細胞である。より好ましくは、ラットまたはマウスのミエローマ細胞株は、都合よくそして入手可能な物質として使用される。
【００７８】
免疫原性成分を注射した哺乳動物から適切なリンパ球を得るための技術は、周知である。一般に、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）は、ヒト起源の細胞が所望される場合に用いられるか、または脾臓細胞もしくはリンパ節細胞は、非ヒト哺乳動物供給源が所望される場合に用いられる。宿主動物は、好ましく精製された免疫原性成分の反復投薬を用いて注射され、そして、動物は、不死化細胞株との融合のために回収される前に、所望の抗体産生細胞を産生し得る。融合のための技術はまた、当該分野において周知であり、そして一般には、この細胞を融合剤（例えば、ポリエチレングリコール）と混合する工程を包含する。
【００７９】
ハイブリドーマは、標準的手順（例えば、ＨＡＴ（ヒポキサンチン−アミノプテリン−チミジン）選択）によって選択される。これらのハイブリドーマの中から、所望の抗体を分泌するハイブリドーマを、標準的免疫アッセイ（例えば、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫測定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）など）によって、これらの培養培地をアッセイすることによって選択される。抗体は、標準的タンパク質精製技術（Ｔｉｊｓｓｅｎ、１９８５、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）を用いて培地から回収される。
【００８０】
上記の任意の技術の適用における手引きのために、多くの参考文献が入手可能である：Ｋｏｈｌｅｒら、１９８０、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；Ｔｉｊｓｓｅｎ、１９８５、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ；Ｃａｍｐｂｅｌｌ、１９８４、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ；Ｈｕｒｒｅｌｌ，１９８２，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ、ＦＬ。モノクローナル抗体はまた、周知のファージライブラリーシステムを用いて作製され得る。
【００８１】
抗体フラグメントの使用および作製はまた、周知である（例えば、Ｆａｂフラグメント：Ｔｉｊｓｓｅｎ、１９８５、Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ；Ｆｖフラグメント：Ｈｏｃｈｍａｎら、１９７３、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １２：１１３０；Ｓｈａｒｏｎら、１９７６．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １５：１５９１；Ｅｈｒｌｉｃｈら、米国特許第４，３５５，０２３号；および抗体半分分子：Ａｕｄｉｔｏｒｅ−Ｈａｒｇｒｅａｖｅｓ、米国特許第４，４７０，９２５号）。これらはまた、免疫アッセイにおいても有用であり得る。
【００８２】
ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体のいずれであっても、例えば、周知の方法によって固体支持体に結合される固定化形態において、これらの抗体は使用され、免疫親和性クロマトグラフィーによって免疫原性成分を単離かつ精製し得る。これらの抗体は、組織および細胞型分布を区別するためのプローブとして有用である。これらの抗体を使用して、特定の発現産物について発現ライブラリーをスクリーニングし得る。通常は、このような手順において用いられる抗体は、抗体結合によって抗体の存在を容易に検出し得る部分を用いて標識される。タンパク質に対する抗体は、個々のタンパク質を発現する特定の細胞集団成分の分析または同定のために使用され得る。本明細書中に記載されるタンパク質を発現する細胞の発現産物をアッセイすることによって、疾患（例えば、免疫無防備状態、単球枯渇状態、または単球の過剰産生）を診断し得る。タンパク質に対して惹起された抗体はまた、抗イディオタイプ抗体を惹起するために有用である。これらは、個々の抗原の発現に関連する種々の免疫学的状態を検出または診断するために有用である。本発明は、単球由来免疫原性成分を特異的に認識する抗体を包含する。このような抗体は、例えば、単球細胞成分の精製のための試薬として、または診断的適用において、都合よく用いられ得る。
【００８３】
（診断的適用）
本発明は、質的または量的な診断（すなわち、生物学的なサンプルにおける特定の成分の検出）のための臨床的設置に有用な組成物、方法およびキットを包含する。これらの適用は、核酸、ペプチド／ポリペプチド、または本明細書中に記載の成分に特異的な抗体を使用する。抗体ベースの診断法および核酸ベースの診断法（ＰＣＲベースの診断法を含む）の両方が意図される。サンプル中に存在する単球のレベルの検出は、特定の異常な疾患状態の診断のために重要である。例えば、組織またはリンパ系における単球の数の増加は、単球過形成、組織または移植拒否、あるいは炎症の存在を示し得る。小さい単球集団は、例えば、単球応答を正常化するために適切な処置を必要とし得る細菌感染またはウイルス感染に対する異常な反応を示し得る。
【００８４】
本発明のタンパク質の天然に存在する形態および組換え形態の両方は、そのタンパク質に対する結合活性に関して化合物をスクリーニングし得るキット及びアッセイ法において特に有用である。
【００８５】
核酸型の診断法において、分析されるサンプルは、核酸プローブに直接接触され得る。プローブは、少なくとも１２ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを含み、好ましくは、少なくとも１８、そして最も好ましくは、２０〜３５以上のヌクレオチド長である。あるいは、サンプルは処理され、本明細書中に含まれる核酸を抽出し得る。ＤＮＡを抽出するために使用される特定の方法は、この生物学的サンプルの性質に依存するということが理解される。このサンプルから生じた核酸は、ゲル電気泳動または他のサイズ分離技術に供され得、または、この核酸サンプルは、サイズ分離を伴わない適切な固体マトリックス上に固定化され得るか、またはＰＣＲに使用され得る。
【００８６】
抗体ベースの診断的適用に適切なキットは、代表的には１つ以上の以下の成分を含む：
（ｉ）抗体：これらの抗体は前もって標識され得る；あるいは、この抗体は未標識であり得、そして標識のための成分は、キットに分離された容器に含まれ得るか、または二次標識抗体が提供される；および
（ｉｉ）反応成分：このキットはまた、特定の免疫アッセイプロトコル（適用可能であれば、固相マトリクスおよび標準を含む）のために必要な他の適切に包装された試薬および物質を含む。
【００８７】
核酸ベースの診断的適用に適切なキットは、代表的には、以下の成分を含む：
（ｉ）プローブＤＮＡ：このプローブＤＮＡは前もって標識され得る：あるいは、このプローブは未標識であり得、そして標識のための成分は、キットに分離された容器に含まれ得る；および
（ｉｉ）ハイブリダイゼーション試薬：このキットはまた、特定のハイブリダイゼーションプロトコル（適用可能であれば、固相マトリクスおよび標準を含む）のために必要な他の適切に包装された試薬および物質を含む。
【００８８】
ＰＣＲベースの診断的キットもまた考慮され、そして本発明によって包含される。
【００８９】
上記でいわれるこれらのキットは、試験を行うための説明書を含み得る。さらに、好ましい実施形態において、診断的キットは、高出力および／または自動化の作業に適合され得る。
【００９０】
（治療的適用）
本発明はまた、顕著な治療的価値を示し得る試薬を提供する。このタンパク質（天然に存在するかまたは組換え）、それらのフラグメント、およびそれらに対する抗体は、このタンパク質に対する結合親和性を有するとして同定された化合物と一緒に、異常な生理機能または発達に関する状態の処置に有用であり得る。例えば、異常な発現または単球による異常な情報伝達に関する疾患または障害（例えば、抗原提示細胞）は、このタンパク質のアゴニストまたはアンタゴニストに対する標的である。このタンパク質は、造血性細胞（例えば、免疫学的応答（例えば、抗原提示および生じたエフェクター機能）に影響するリンパ球）の調節または発達において役割を担うようである。
【００９１】
他の異常な発達状態は、細胞型において公知であり、ノーザンブロット分析により単球タンパク質ｍＲＮＡを有することが示される。Ｂｅｒｋｏｗ（編）、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｒａｈｗａｙ、ＮＪ；およびＴｈｏｒｎら、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ、ＮＹを参照のこと。発達的または機能的な異常（例えば、免疫系の）は、顕著な医学的異常および状態を生じ、これは、本明細書中に提供される組成物を用いる予防または処置に感受性であり得る。
【００９２】
本発明の組換え単球由来タンパク質または抗体は精製され得、次いで、患者に投与され得る。これらの試薬は、治療的使用のために、薬学的に無毒のスタビライザーおよび賦形剤に加えて、さらなる活性または不活性な成分（例えば、慣用的な薬学的に受容可能なキャリアまたは希釈剤（例えば、免疫原性アジュバント））と結合され得る。特に、これらの試薬は、ワクチン事情において有用であり、ここで、この抗原は、アゴニストまたはアンタゴニストの治療的型の１つと結合される。これらの組み合わせは、滅菌フィルター濾過され得、そして凍結乾燥によるような投薬形態で投薬バイアルに置かれるか、または、安定な水溶性調製物に貯蔵される。本発明はまた、補体結合をしない形態を含む抗体またはその結合フラグメントの使用を考慮する。
【００９３】
抗体またはレセプターまたはそのフラグメントを使用する薬物スクリーニングは、これら単球由来タンパク質に対する結合親和性を有する化合物を同定し得、これは、関連成分の単離を含む。次いで、次の生物学的アッセイは、この化合物がこのタンパク質の活性をブロックするか、またはアンタゴナイズするかを決定するために使用し得る。同様に、固有の刺激活性を有する化合物は、このタンパク質を通って細胞を活性化し得、従って、これはアゴニストである。本発明はさらに、アンタゴニストとしての、このタンパク質に対する抗体の治療的使用を意図する。
【００９４】
効果的治療に必要な試薬の量は、多くの異なる因子に依存する。これは、投与手段、標的部位、患者の生理的状態、および投与される他の薬剤を含む。従って、処置投薬量は、安全性および効果を最適化するように滴定されるべきである。代表的には、インビトロで使用される投薬量は、これらの試薬のインサイチュでの投与に有用な量における有用な手引きを提供する。特定の障害の処置のための有効量の動物試験は、ヒト投薬量のさらなる予測的適応を提供する。種々の検討が記載される。例えば、Ｇｉｌｍａｎら（編）、（１９９０）Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ：Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（第８版）Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ；および（１９９０）Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（第１７版）Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ。投与の方法は、本明細書中および以下に記載される：例えば、経口、静脈内、腹腔内、または筋肉内の投与、経皮的拡散などについて。薬学的に受容可能なキャリアは、水、生理食塩水、緩衝液、および記載された他の化合物（例えば、Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｄｅｘ、Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．，Ｒａｈｗａｙ、ＮＪ）を含む。投薬範囲は、適切なキャリアを有して、普通は、１ｍＭ濃度よりも低い量であることが期待され、代表的には、約１０μＭ濃度未満、通常は約１００ｎＭ未満、好ましくは約１０ｐＭ（ピコモーラー）未満、そしてもっとも好ましくは、約１ｆＭ（フェムトモーラー）未満である。徐放性処方物、または徐放性装置は、しばしば連続投与のために使用される。
【００９５】
タンパク質、アンタゴニスト、およびアゴニストは、宿主に直接投与されて、処置され得るか、または、これらの投与の前に、化合物の大きさに依存して、オブアルブミンまたは血清アルブミンのようなキャリアタンパク質にこれらを結合することが所望され得る。治療的処方は、多くの慣用的な投薬処方物で投与され得る。活性成分は単独で投与され得るが、薬学的処方物としてこの活性成分を与えることが好ましい。処方物は、代表的には、１つ以上の受容可能なそのキャリアとともに、上記で規定されるような少なくとも１つの活性成分を含む。それぞれのキャリアは、他の成分と互換性があり、そして患者に対して有害性でない意味で、薬学的および生理学的の両方で受容可能であるべきである。処方物は、経口投与、直腸投与、鼻投与または非経口投与（皮下、筋肉内、静脈内および皮内を含む）のために適切な処方物を含む。処方物は、都合よく単位投薬量形態において提供され得、そして製薬の分野において周知の任意の方法によって調整され得る。例えば、Ｇｉｌｍａｎら（編）（１９９０）ＧｏｏｄｍａｎおよびＧｉｌｍａｎ’ｓ：Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（第８版）、Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ；ならびに（１９９０）Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（第１７版）Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ；Ａｖｉｓら（編）（１９９３）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ Ｄｅｋｋｅｒ、ＮＹ；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら（編）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ Ｄｅｋｋｅｒ、ＮＹ；およびＬｉｅｂｅｒｍａｎら（編）（１９９０）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｅｋｋｅｒ、ＮＹを参照のこと。本発明の治療は、他の化学療法的薬剤または化学予防的薬剤と組み合わせられ得るか、またはこれらと関連して使用され得る。
【００９６】
本発明の多くの改変およびバリエーションは、当業者に明白であるように精神および範囲から逸脱することなくなされ得る。本明細書中に記載される特定の実施形態は、例示の目的にのみ提供され、そして本発明は、このような特許請求の範囲が権利を与えられている十分な範囲の等価物とともに、添付する特許請求の範囲の用語によってのみ限定される。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本明細書中に記載の発明。
【請求項１】
本明細書中に記載の発明。
【公開番号】特開２０１０−６８８１０（Ｐ２０１０−６８８１０Ａ）
【公開日】平成２２年４月２日（２０１０．４．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−２８６９７９（Ｐ２００９−２８６９７９）
【出願日】平成２１年１２月１７日（２００９．１２．１７）
【分割の表示】特願２０００−５９２４１７（Ｐ２０００−５９２４１７）の分割
【原出願日】平成１１年１２月２９日（１９９９．１２．２９）
【出願人】（５９６１２９２１５）シェーリング コーポレイション (785)
【氏名又は名称原語表記】Ｓｃｈｅｒｉｎｇ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年４月２日（２０１０．４．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年１２月１７日（２００９．１２．１７）
【分割の表示】特願２０００−５９２４１７（Ｐ２０００−５９２４１７）の分割
【原出願日】平成１１年１２月２９日（１９９９．１２．２９）
【出願人】（５９６１２９２１５）シェーリング コーポレイション (785)
【氏名又は名称原語表記】Ｓｃｈｅｒｉｎｇ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ
【Ｆターム（参考）】
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