心臓血管障害および薬物応答に関連する遺伝的多型、その検出方法および使用
本発明は、心臓血管障害（特に、心筋梗塞および脳卒中などの急性冠状動脈事象）に関連する遺伝的多型、および心臓血管障害を有する個体のスタチンによる上記障害の処置に対する応答性に関連する遺伝的多型の発見に基づく。特に、本発明は、上記多型を含む核酸分子、そのような核酸分子によってコードされる改変タンパク質、多型核酸分子および多型タンパク質を検出するための試薬、上記核酸およびタンパク質を使用する方法ならびにそれらの検出のために試薬を使用する方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
急性冠状動脈事象を発症する変更された危険性を有する個体を同定する方法、またはスタチン処置に応答する個体の可能性を評価する方法であって、該方法が、該個体の核酸におけるＳＮＰの１つ以上の対立遺伝子の存在または非存在を検出する工程を包含し、ここで該ＳＮＰは、配列番号１２１〜２００および配列番号２５１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つから選択され、そして該対立遺伝子の存在または非存在は、急性冠状動脈事象を発症する個体の危険性またはスタチン処置に応答する可能性に相関する、方法。
【請求項２】
前記ＳＮＰは、３５６、２８２、３５８、２７０、２５６、２５２、３５４、３５７、３０６、３６３、３６１、２９５、２８５、２９０、２５１、２９３、２９４、３０５、２６６、４０９、４１０、２８４、４０６、２７６、２６３、２７１、２６４、３５３、２６１、３９９、および２６５の配列番号からなるヌクレオチド配列の群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記個体の核酸と検出試薬とを接触させる工程、およびヌクレオチドが特定されたＳＮＰ位置に存在するかまたは存在しないかを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸は、前記個体の血液細胞から調製される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記検出試薬は、ポリヌクレオチドプローブである、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記プローブの３’末端は、前記核酸におけるＳＮＰにハイブリダイズする、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記プローブは、レポーター色素によって標識される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
核酸分子における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する方法であって、試験サンプルと、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つにおけるＳＮＰに特異的にハイブリダイズする試薬とを接触させる工程、ならびにハイブリダイズした二重鎖の形成を検出する工程を包含する、方法。
【請求項９】
前記検出は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択される工程によって行なわれる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
急性冠状動脈事象を発症する変更された危険性を有する個体を同定する方法、またはスタチン処置に応答する個体の可能性を評価する方法であって、該方法が、該個体の核酸における多型の存在または非存在を検出する工程を包含し、該多型は、配列番号１２１〜２００および配列番号２５１〜４１０の核酸配列のいずれか１つにおけるＳＮＰを有する連鎖不均衡に存在し、そして該多型の存在または非存在は、急性冠状動脈事象を発症する個体の危険性またはスタチン処置に応答する可能性に相関する、方法。
【請求項１１】
前記ＳＮＰは、３５６、２８２、３５８、２７０、２５６、２５２、３５４、３５７、３０６、３６３、３６１、２９５、２８５、２９０、２５１、２９３、２９４、３０５、２６６、４０９、４１０、２８４、４０６、２７６、２６３、２７１、２６４、３５３、２６１、３９９、および２６５の配列番号からなるヌクレオチド配列の群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
個体において心臓血管障害を処置する方法であって、該方法が、該個体に、表１〜２に開示されるＳＮＰからなる群より選択されるＳＮＰの存在または非存在によって予測されるようなスタチン処置に応答する該個体の可能性に基づいて、有効量のスタチンを投与する工程を包含する、方法。
【請求項１３】
ＳＮＰ含有核酸分子によってコードされる改変タンパク質を検出するための試薬であって、該試薬は、別の核酸分子によってコードされるタンパク質と比較して、該改変タンパク質に選択的に結合し、ここで該ＳＮＰ含有核酸分子は、配列番号１２１〜２００および配列番号２５１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つにおけるＳＮＰを含む、試薬。
【請求項１４】
前記試薬は、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプチド、リガンドまたは低分子化合物である、請求項１３に記載の試薬。
【請求項１５】
前記試薬は、レポーター色素または造影剤によって標識される、請求項１４に記載の試薬。
【請求項１６】
請求項１３に記載の試薬および緩衝液を備える、キット。
【請求項１７】
増幅されたポリヌクレオチドであって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０のヌクレオチド配列またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、約１６ヌクレオチドと約１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、増幅されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
前記ヌクレオチド配列は、配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つを含む、請求項１７に記載の増幅されたポリヌクレオチド。
【請求項１９】
配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０におけるヌクレオチド配列のいずれか１つにおける一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸に特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２０】
８ヌクレオチド〜７０ヌクレオチドの長さである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
核酸における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、請求項１９に記載のポリヌクレオチド、緩衝液、および酵素を備える、キット。
【請求項２４】
配列番号６１〜１２０からなるアミノ酸配列の群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２５】
前記ポリペプチドは、配列番号６１〜１２０からなるアミノ酸配列の群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項２４に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２６】
請求項２４に記載のポリペプチドに選択的に結合する、抗体。
【請求項２７】
心筋梗塞を治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項２４に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。
【請求項１】
急性冠状動脈事象を発症する変更された危険性を有する個体を同定する方法、またはスタチン処置に応答する個体の可能性を評価する方法であって、該方法が、該個体の核酸におけるＳＮＰの１つ以上の対立遺伝子の存在または非存在を検出する工程を包含し、ここで該ＳＮＰは、配列番号１２１〜２００および配列番号２５１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つから選択され、そして該対立遺伝子の存在または非存在は、急性冠状動脈事象を発症する個体の危険性またはスタチン処置に応答する可能性に相関する、方法。
【請求項２】
前記ＳＮＰは、３５６、２８２、３５８、２７０、２５６、２５２、３５４、３５７、３０６、３６３、３６１、２９５、２８５、２９０、２５１、２９３、２９４、３０５、２６６、４０９、４１０、２８４、４０６、２７６、２６３、２７１、２６４、３５３、２６１、３９９、および２６５の配列番号からなるヌクレオチド配列の群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記個体の核酸と検出試薬とを接触させる工程、およびヌクレオチドが特定されたＳＮＰ位置に存在するかまたは存在しないかを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸は、前記個体の血液細胞から調製される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記検出試薬は、ポリヌクレオチドプローブである、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記プローブの３’末端は、前記核酸におけるＳＮＰにハイブリダイズする、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記プローブは、レポーター色素によって標識される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
核酸分子における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する方法であって、試験サンプルと、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つにおけるＳＮＰに特異的にハイブリダイズする試薬とを接触させる工程、ならびにハイブリダイズした二重鎖の形成を検出する工程を包含する、方法。
【請求項９】
前記検出は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的増幅、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、および一本鎖立体配座多型からなる群より選択される工程によって行なわれる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
急性冠状動脈事象を発症する変更された危険性を有する個体を同定する方法、またはスタチン処置に応答する個体の可能性を評価する方法であって、該方法が、該個体の核酸における多型の存在または非存在を検出する工程を包含し、該多型は、配列番号１２１〜２００および配列番号２５１〜４１０の核酸配列のいずれか１つにおけるＳＮＰを有する連鎖不均衡に存在し、そして該多型の存在または非存在は、急性冠状動脈事象を発症する個体の危険性またはスタチン処置に応答する可能性に相関する、方法。
【請求項１１】
前記ＳＮＰは、３５６、２８２、３５８、２７０、２５６、２５２、３５４、３５７、３０６、３６３、３６１、２９５、２８５、２９０、２５１、２９３、２９４、３０５、２６６、４０９、４１０、２８４、４０６、２７６、２６３、２７１、２６４、３５３、２６１、３９９、および２６５の配列番号からなるヌクレオチド配列の群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
個体において心臓血管障害を処置する方法であって、該方法が、該個体に、表１〜２に開示されるＳＮＰからなる群より選択されるＳＮＰの存在または非存在によって予測されるようなスタチン処置に応答する該個体の可能性に基づいて、有効量のスタチンを投与する工程を包含する、方法。
【請求項１３】
ＳＮＰ含有核酸分子によってコードされる改変タンパク質を検出するための試薬であって、該試薬は、別の核酸分子によってコードされるタンパク質と比較して、該改変タンパク質に選択的に結合し、ここで該ＳＮＰ含有核酸分子は、配列番号１２１〜２００および配列番号２５１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つにおけるＳＮＰを含む、試薬。
【請求項１４】
前記試薬は、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプチド、リガンドまたは低分子化合物である、請求項１３に記載の試薬。
【請求項１５】
前記試薬は、レポーター色素または造影剤によって標識される、請求項１４に記載の試薬。
【請求項１６】
請求項１３に記載の試薬および緩衝液を備える、キット。
【請求項１７】
増幅されたポリヌクレオチドであって、該増幅されたポリヌクレオチドが、配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０のヌクレオチド配列またはその相補体のいずれか一つより選択される一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ここで、該増幅されたポリヌクレオチドが、約１６ヌクレオチドと約１，０００ヌクレオチドとの間の長さである、増幅されたポリヌクレオチド。
【請求項１８】
前記ヌクレオチド配列は、配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０のヌクレオチド配列のいずれか１つを含む、請求項１７に記載の増幅されたポリヌクレオチド。
【請求項１９】
配列番号１〜６０および配列番号１２１〜４１０におけるヌクレオチド配列のいずれか１つにおける一塩基多型（ＳＮＰ）を含む核酸に特異的にハイブリダイズする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２０】
８ヌクレオチド〜７０ヌクレオチドの長さである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
対立遺伝子特異的プローブである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
対立遺伝子特異的プライマーである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
核酸における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するためのキットであって、請求項１９に記載のポリヌクレオチド、緩衝液、および酵素を備える、キット。
【請求項２４】
配列番号６１〜１２０からなるアミノ酸配列の群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２５】
前記ポリペプチドは、配列番号６１〜１２０からなるアミノ酸配列の群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項２４に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２６】
請求項２４に記載のポリペプチドに選択的に結合する、抗体。
【請求項２７】
心筋梗塞を治療的もしくは予防的に処置するのに有用な薬剤を同定するための方法であって、該方法が、候補薬剤に請求項２４に記載のポリペプチドを、該ポリペプチドと該候補薬剤との間に結合複合体を形成させるために適切な条件下で接触させる工程、ならびに該結合複合体の形成を検出する工程を包含し、ここで、該複合体の存在が、該薬剤を同定する、方法。
【図１】
【公表番号】特表２００９−５０９５０８（Ｐ２００９−５０９５０８Ａ）
【公表日】平成２１年３月１２日（２００９．３．１２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５３２４９０（Ｐ２００８−５３２４９０）
【出願日】平成１８年９月２５日（２００６．９．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０３７３６２
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０３５９５３
【国際公開日】平成１９年３月２９日（２００７．３．２９）
【出願人】（５０８００２７７１）セレラ ダイアグノスティクス， エルエルシー． (1)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年３月１２日（２００９．３．１２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年９月２５日（２００６．９．２５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０３７３６２
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０３５９５３
【国際公開日】平成１９年３月２９日（２００７．３．２９）
【出願人】（５０８００２７７１）セレラ ダイアグノスティクス， エルエルシー． (1)
【Ｆターム（参考）】
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