【課題】試料中の被分析物を分離するための被保持物クロマトグラフィーの方法を提供する。
【解決手段】複数の異なる選択条件下で基材に被分析物を吸着させる工程、および脱離スペクトロメトリによって基材に保持される被分析物を検出する工程を包含する。これにより、被分析物が精製され、被分析物の検出のための有用な条件が同定される。吸着体を有する基材は複数の分析物の特異的検出器として使用される。不純物を含む被分析物を吸着体の暴露することで不純物を除去し、次のラウンドで吸着体から採取する。生物学、ならびに臨床診断および薬物発見を含む医学に有用である。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
レセプターのためのリガンドを同定するための方法であって、以下の工程：
ａ）吸着体を含む基材を提供する工程であって、ここで該レセプターが該吸着体に結合される、工程；
ｂ）該結合されるレセプターを、該リガンドを含む試料に、該レセプターと該リガンドとの間を結合させる条件下で曝露させる工程；および
ｃ）脱離スペクトロメトリによって結合されるリガンドを検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
標的吸着体に特異的に結合するポリペプチド物質をコードするポリヌクレオチドを含む遺伝子パッケージを検出する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）標的吸着体を含む基材を提供する工程；
ｂ）複数の異なる遺伝子パッケージを含む提示ライブラリーを提供する工程であって、各異なる遺伝子パッケージが、ポリペプチド物質をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含み、そして各異なる遺伝子パッケージが、該コードされるポリペプチド物質を提示する表面を有する、工程；
ｃ）ポリペプチド物質および該標的吸着体との間を特異的結合させる溶離条件下で、該提示ライブラリーに該基材を曝露させ、それにより該ポリペプチド物質を含む遺伝子パッケージが該基材上に保持される工程；および
ｄ）該基材上に保持される遺伝子パッケージを、脱離スペクトロメトリによって検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３】
前記提示ライブラリーが、ファージ提示ライブラリーである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
請求項２に記載の方法であって、前記標的吸着体を含む前記基材を提供する工程が、以下の工程：
ｉ）吸着体を含む基材を提供する工程であって、ここで該吸着体が、溶離条件下で標的被分析物を保持する、工程；および
ｉｉ）該吸着体を、該標的被分析物に、該吸着体により該標的被分析物を保持させる前記溶離条件下で曝露させ、それにより該標的被分析物が該標的吸着体になる、工程、
を包含する、方法。
【請求項５】
（ｅ）前記ポリペプチド物質をコードする前記ヌクレオチド配列を配列決定する工程、
をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
（ｅ）前記保持された遺伝子パッケージを単離する工程、
をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
（ｅ）前記ポリペプチド物質を産生する工程、
をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
請求項２に記載の方法であって、前記基材が、（１）固定化ポリペプチドを結合する吸着体、および（２）該固定化ポリペプチドおよび標的吸着体ポリペプチドを提示する表面を有する少なくとも１つの標的遺伝子パッケージを含み、該標的遺伝子パッケージが、該標的吸着体をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含み、ここで該標的遺伝子パッケージが、該固定化ポリペプチドを介して該吸着体に結合される、方法。
【請求項９】
前記基材が、細胞または細胞膜を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記標的吸着体が、異なる表現形の細胞間で示差的に発現されるポリペプチドを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記ファージがM13である、請求項３に記載の方法。
【請求項１２】
請求項４に記載の方法であって、前記標的被分析物が標的ポリペプチドであり、そしてｉｉ）前記吸着体を曝露させる工程が、該標的ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのインビトロでの翻訳によって、該吸着体上でインサイチュで該標的ポリペプチドを産生する工程を包含する、方法。
【請求項１３】
前記配列決定する工程が、前記基材上でインサイチュで前記ポリヌクレオチド配列を増幅する工程を包含する、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
前記産生する工程が、前記ポリペプチド物質を提示する前記保持された遺伝子パッケージを再産生する工程を包含する、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
前記ポリペプチド物質をコードする前記ヌクレオチド配列に作動可能に連結される発現制御配列を含む発現ベクターから、該ポリペプチド物質を発現させる工程を包含する、請求項７に記載の方法。
【請求項１６】
前記ポリペプチド物質を含む吸着体を含む基材を産生する工程をさらに包含する、請求項７に記載の方法。
【請求項１７】
請求項８に記載の方法であって、前記少なくとも１つの標的遺伝子パッケージが、少なくとも１つの一次標的被分析物を結合する遺伝子パッケージについてスクリーニングされた標的提示ライブラリーから選択され、そして前記吸着体が、該一次標的被分析物を含む、方法。
【請求項１８】
前記ポリペプチド物質が単鎖抗体である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１９】
前記標的ポリペプチドが、該標的ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのインビトロでの翻訳によって、インサイチュで産生される、請求項１２に記載の方法。
【請求項２０】
前記再産生する工程が、前記基材上でインサイチュで行われる、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
前記標的ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、インビトロ転写によってインサイチュで産生される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
脱離スペクトロメトリのための基材であって、遺伝子パッケージの表面上で提示される固定化ポリペプチドを結合する吸着体を含み、該遺伝子パッケージの表面が、標的ポリペプチドをさらに提示し、そして該遺伝子パッケージが、該標的ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む、基材。
【請求項２３】
前記遺伝子パッケージがM13ファージである、請求項２２に記載の基材。
【請求項２４】
前記固定化ポリペプチドが、遺伝子IIIタンパク質との融合ポリペプチドであり、そして前記標的ポリペプチドが、遺伝子VIIIタンパク質との融合ポリペプチドである、請求項２２に記載の基材。
【請求項２５】
標的被分析物に特異的に結合するポリペプチド物質を含む吸着体を含む基材であって、該ポリペプチド物質が、請求項３３に記載の方法によって同定される、基材。
【請求項２６】
前記ポリペプチド物質が単鎖抗体である、請求項２５に記載の基材。
【請求項２７】
ポリヌクレオチドの翻訳を検出するための方法であって、以下の工程：
ａ）脱離スペクトロメトリにおける使用のための吸着体を含む基材を提供する工程；
ｂ）該基材を、ポリペプチドをコードする該ポリヌクレオチドおよび該ポリヌクレオチドのインビトロでの翻訳のための薬剤と接触させ、それにより該ポリペプチドが産生される、工程；
ｃ）該基材を溶離物に曝露させて、該吸着体による該ポリペプチドを保持させる工程；および
ｄ）保持されたポリペプチドを、脱離スペクトロメトリによって検出する工程；
を包含し、
以上の工程により、該ポリペプチドの検出が、該ポリヌクレオチドの翻訳の検出を提供する、方法。
【請求項２８】
以下の工程：
ａ）第１の試料に、一次吸着体および溶離物に曝露させて、該吸着体による第１の被分析物を保持させて、そして脱離スペクトロメトリにより、該吸着された被分析物を検出し、それにより、該保持された第１の被分析物が二次吸着体になる、工程；
ｂ）第２の試料を、該二次吸着体および溶離物に曝露させて、該二次吸着体による第２の被分析物の保持を可能にし、そして脱離スペクトロメトリにより、該吸着された第２の被分析物を検出し、それにより、該保持された第２の被分析物が三次吸着体になる、工程、
を包含する、方法。
【請求項２９】
続く試料のために少なくとも１回工程（ｂ）を反復する工程、をさらに包含する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
薬剤が、標的被分析物と吸着体との間の結合を調節するかどうかを決定するスクリーニング方法であって、以下の工程：
ａ）該標的被分析物が溶離条件下で結合する吸着体を含む基材を提供する工程；
ｂ）該基材を、該標的被分析物および該薬剤に、該溶離条件下で曝露させて、該標的被分析物と該吸着体との間を結合させる工程；
ｃ）該標的被分析物と該吸着体との間の結合の量を、脱離スペクトロメトリによって検出する工程；および
ｄ）該測定された量が、該基材が該薬剤なしの溶離条件下で該標的被分析物に曝露される場合、結合のコントロール量とは異なるかどうかを決定する工程；
を包含し、以上の工程より、該測定された量と該コントロール量との間の差異が、該薬剤が結合を調節することを示す、方法。
【請求項３１】
前記吸着体が、前記標的被分析物を特異的に結合するリガンドを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記吸着体が、前記標的被分析物を特異的に結合するポリペプチドリガンドを提示する表面を有する遺伝子パッケージを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
薬剤の組み合わせ的なライブラリーをスクリーニングするための請求項３０に記載の方法であって、該ライブラリー中の複数の薬剤の各々を、複数の前記吸着体の各々に曝露させる工程を包含する、方法。
【請求項３４】
前記リガンドが酵素であり、そして前記標的被分析物が酵素の基質または酵素についてのインヒビターであるか、あるいはその逆である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記リガンドがホルモンであり、そして前記標的被分析物が細胞表面レセプターまたは該ホルモンの細胞内レセプターであるか、あるいはその逆である、請求項３１に記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５Ａ】

【図５Ｂ】

【図５Ｃ】

【図５Ｄ】

【図５Ｅ】

【図５Ｆ】

【図６Ａ】

【図６Ｂ】

【図７Ａ】

【図７Ｂ】

【図８Ａ】

【図８Ｂ】

【図９】

【図１０Ａ】

【図１０Ｂ】

【図１０Ｃ】

【図１０Ｄ】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【公開番号】特開２００８−３９７８１（Ｐ２００８−３９７８１Ａ）
【公開日】平成２０年２月２１日（２００８．２．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−２０１１７６（Ｐ２００７−２０１１７６）
【出願日】平成１９年８月１日（２００７．８．１）
【分割の表示】特願平１１−５０４９１７の分割
【原出願日】平成１０年６月１９日（１９９８．６．１９）
【出願人】（５０７２２２５２７）サイファージェン　バイオシステムズ，　インコーポレイテッド (1)
【Ｆターム（参考）】