ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド
【課題】ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する単離ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドおよびこのようなペプチドの機能的変異体を提供する。
【解決手段】ＭＡＧＥ−Ａ１腫瘍関連遺伝子によりコードされるＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ならびにこのようなペプチドをコードする核酸およびそれらに関連する抗体。このペプチドは、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の活性および増殖を刺激する。ＭＡＧＥ−Ａ１遺伝子の発現を特徴とする症状を診断、および治療するための方法および製品に用いられる。
【解決手段】ＭＡＧＥ−Ａ１腫瘍関連遺伝子によりコードされるＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ならびにこのようなペプチドをコードする核酸およびそれらに関連する抗体。このペプチドは、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の活性および増殖を刺激する。ＭＡＧＥ−Ａ１遺伝子の発現を特徴とする症状を診断、および治療するための方法および製品に用いられる。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＨＬＡクラスＩＩ分子によりＴリンパ球と結合し、これに提示される腫瘍関連遺伝子産物ＭＡＧＥ−Ａ１の断片に関する。ペプチド、このようなペプチドをコードする核酸分子、ならびに関連抗体およびＣＤ４＋Ｔリンパ球は、とりわけ診断および治療情況において有用である。
【背景技術】
【０００２】
哺乳類免疫系が外来または異質物質を認識し、それと反応する過程は複雑である。系の重要な一面はＴ細胞応答であり、これは、ＣＤ４またはＣＤ８細胞表面タンパク質に対して陽性である成熟Ｔリンパ球を一部包含する。Ｔ細胞は、ヒト白血球抗原（「ＨＬＡ」）または主要組織適合性複合体（「ＭＨＣ」）と呼ばれるペプチドおよび分子の他の細胞上の細胞表面複合体を介して他の細胞を認識し、それと相互作用し得る。ペプチドは、ＨＬＡ／ＭＨＣ分子も提示する細胞によりプロセシングされる大型分子に由来する（Male et al., Advanced Immunology（J.P. Lipincott Company, 1987）、特に６〜１０章を参照）。Ｔ細胞とＨＬＡ／ペプチドの複合体との相互作用は制限され、ＨＬＡ分子とペプチドの特定の複合体に対する特異的Ｔ細胞を要する。特異的Ｔ細胞が存在しない場合には、その相手複合体が存在する場合でもＴ細胞応答は認められない。同様に、特定の複合体が存在しないが、しかしＴ細胞は存在する場合、応答は認められない。上記のメカニズムは、外来物質に対する免疫系の応答に、自動免疫病理学におよび細胞異常に対する応答に関与する。
【０００３】
外来抗原に対するＴ細胞応答は、細胞溶解性Ｔリンパ球およびヘルパーＴリンパ球の両方を含む。ＣＤ８＋細胞傷害性または細胞溶解性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、活性時にＨＬＡクラスＩ分子により提示される適切な抗原を提示する細胞を溶解するＴ細胞である。ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞は、それらの表面のＨＬＡクラスＩＩ分子により適切な抗原を提示するマクロファージおよび抗原提示Ｂ細胞を刺激するためにサイトカインを分泌するＴ細胞である。
【０００４】
Ｔ細胞が異質物質を認識するメカニズムは、癌にも関係があるとされてきた。自系黒色腫に対して向けられる多数の細胞溶解性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）クローンが記載されている。いくつかの場合、これらのクローンにより認識される抗原が特性化されている。De Plaen et al., Immunogenetics 40:360-369（1994）には、腫瘍特異的抗原をコードする遺伝子の一ファミリーである「ＭＡＧＥ」ファミリーが記載されている（ＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９２／０４３５４（1992年11月26日公開）も参照）。これらの遺伝子の発現産物はペプチドにプロセシングされ、次にこれが細胞表面に提示される。これは、特異的ＣＴＬによる腫瘍細胞の溶解をもたらし得る。本遺伝子は、「腫瘍拒絶抗原前駆体」または「ＴＲＡＰ」分子をコードするといわれており、そしてそれに由来するペプチドは、「腫瘍拒絶抗原」または「ＴＲＡ」と呼ばれる（このファミリーの遺伝子に関するさらなる情報については、Traversari et al., Immunogenetics 35:145（1992）; van der Bruggen et al., Science 254:1643（1991）を参照）。米国特許第５，３４２，７７４号も参照されたい。
【０００５】
米国特許第５，４０５，９４０号では、ＨＬＡ−Ａ１分子により提示されるＭＡＧＥノナペプチドが教示される。特定のＨＬＡ分子に関する特定のペプチドの既知の特異性が示された場合は、あるＨＬＡ分子を結合するが、他のものは結合しない特定のペプチドを予測し得る。これは、異なる個体は異なるＨＬＡ表現型を有するため、重要である。その結果、特定のＨＬＡ分子に対する相手であるとの特定のペプチドの同定は診断的および療法的問題を有するが、これらは特定のＨＬＡ表現型を有する個体に関して当てはまるに過ぎない。細胞異常はある特定のＨＬＡ表現型に制限されず、標的化療法は問題となっている異常細胞の表現型の何らかの知識を要するため、当領域でのさらなる研究が必要とされている。
【０００６】
米国特許第５，５９１，４３０号においては、ＨＬＡ−Ａ２分子により提示されるさらに別の単離ＭＡＧＥ−Ａ３ペプチドが教示される。したがって、所定のＴＲＡＰは複数のＴＲＡを産生し得る。
【０００７】
上記の参考文献は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される腫瘍拒絶抗原の単離および／または特性化を記載する。これらのＴＲＡは、ＴＲＡをコードする腫瘍関連遺伝子（例えば、ＭＡＧＥ遺伝子）を発現する腫瘍細胞を認識するＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の活性化および増殖を誘導し得る。
【０００８】
抗腫瘍免疫におけるＣＤ４＋Ｔリンパ球（ヘルパーＴ細胞）の重要性は、これらの細胞が協同的およびエフェクター機能に役立つだけでなく、免疫記憶を保持するのにも重要である動物モデルにおいて実証されている（Topalian, Curr. Opin. Immunol. 6:741-745, 1994により再検討されている）。さらに、いくつかの研究は、貧腫瘍特異的免疫はＴヘルパー細胞の不適切な活性化のためであるという主張を支持している。
【０００９】
ＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼ遺伝子は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されてＣＤ４＋Ｔリンパ球を刺激するペプチドをコードするということが、近年実証された（ＰＣＴ／ＵＳ９８／１８６０１；Topalian et al., 1994; Yee et al., J. Immunol. 157:4079-4086, 1996; Topalian et al., J. Exp. Med. 183:1965-1971, 1996）。
【００１０】
多数の癌関連抗原を用いる場合と同様に、ＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼは限定パーセンテージの腫瘍において、ならびにある種類の腫瘍において発現される。さらに、ＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、特定のＨＬＡ分子を発現する細胞によってのみ認識されるＨＬＡ制限ペプチドである。
【００１１】
したがって、患者の腫瘍がＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼを発現しないために、または患者がＭＡＧＥ−Ａ３またはチロシナーゼペプチドを提示するための適切なＨＬＡ分子を発現しないために、前に記載されたＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼペプチドによるヘルパーＴ細胞刺激を含む任意の療法から利益を得ない多数の患者が存在する。したがって、ＭＨＣクラスＩＩ分子により提示され、ＣＤ４＋リンパ球により認識されるエピトープを含有するさらに別の腫瘍関連抗原の同定の必要がある。
【発明の開示】
【００１２】
ＭＡＧＥ−Ａ１遺伝子は、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドである付加的腫瘍拒絶抗原をコードするということが、ここに発見された。これらのペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子を有する抗原提示細胞により提示されると、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の活性化および増殖を有効に誘導する。
【００１３】
本発明は、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する単離ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドおよびこのようなペプチドの機能的変異体を提供するが、機能的変異体は、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド配列の１つまたはそれ以上のアミノ酸付加、置換または欠失を含む。本発明は、このようなペプチドをコードする単離核酸分子、それらの核酸分子を含有する発現ベクター、それらの核酸分子でトランスフェクトされる宿主細胞、ならびにそれらのペプチドおよびペプチドとＨＬＡクラスＩＩ抗原提示分子の複合体に対する抗体も提供する。ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ抗原提示分子の複合体を認識するＴリンパ球も提供される。上記の分子を含有するキットおよびワクチン組成物も付加的に提供される。上記のものは、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする症状の診断または治療に用いられ得る。ＭＡＧＥファミリーのポリペプチドの成員およびＭＡＧＥ関連遺伝子を含む核酸は有意の配列同一性および機能的相同を共有することが既知である（例えば、腫瘍抗原および前駆体のように）ので、本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１以外のＭＡＧＥおよびＭＡＧＥ−Ａファミリーの成員由来の構造的関連ＨＬＡ結合ペプチドも包含する。例えば、本明細書中に開示されたＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドと同様のアミノ酸配列は、ＭＡＧＥ−Ａ４タンパク質に見出される。したがって、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、このようなペプチドを含有する組成物ならびにこのようなペプチドの同定および使用方法についての本明細書中に含入された開示は、ＭＡＧＥ腫瘍関連抗原ファミリーの他の成員にも当てはまる、と理解される。
【００１４】
本発明の一態様によれば、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、または１つまたはそれ以上のアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが提供される。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、本発明のこの態様においては、全ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質を含まない。一実施形態における単離ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。ある種の実施形態では、単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。好ましい実施形態では、単離ペプチドは上記のアミノ酸配列の１つからなる。ある種の実施形態では、単離ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。本発明の他の実施形態では、単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、非加水分解性である。好ましい非加水分解性ペプチドは、Ｄ−アミノ酸を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＮＨ］−還元化アミドペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＯＣＨ２］−ケトメチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ（ＣＮ）ＮＨ］−（シアノメチレン）アミノペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）］−ヒドロキシエチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｏ］−ペプチド結合を含むペプチドおよび−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｓ］−チオメチレンペプチド結合を含むペプチドからなる群から選択される。
【００１５】
本発明の別の態様によれば、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよび単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む組成物が提供される。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ポリトープポリペプチドとして併合される。他の実施形態では、組成物中の単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、組成物中の単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。上記の組成物のある種の実施形態では、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナルを含む。好ましくは、エンドソームターゲッティングシグナルは、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００１６】
本発明の別の態様によれば、上記のＨＬＡ−クラスＩＩ結合ペプチドのいずれかをコードする単離核酸が提供される。本発明のこの態様に関しては、核酸分子は、全ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質をコードしない。核酸分子は、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよび１つまたはそれ以上の付加的アミノ酸をコードでき、好ましくはこれらのアミノ酸は、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに隣接するＭＡＧＥ−Ａ１アミノ酸である。したがって、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５またはそれ以上で、好ましくはＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの末端からＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質のアミノ末端および／またはカルボキシル末端までのアミノ酸よりアミノ酸が１個少ないアミノ酸までをコードするヌクレオチド配列が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸分子の一端または両端に付加され得る。好ましくは核酸は配列番号１２を含む。
【００１７】
本発明のさらに別の態様によれば、発現ベクターが提供される。発現ベクターは、プロモーターと操作可能的に連結される上記の単離核酸のいずれかを含む。好ましい実施形態では、核酸は、配列番号１２を含む。他の実施形態では、発現ベクターは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をコードする核酸をさらに含む。
【００１８】
本発明のさらに別の態様によれば、上記の発現ベクターのいずれかでトランスフェクトされるかまたは形質転換される宿主細胞が提供される。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現し、かつ上記の発現ベクターのいずれかでトランスフェクトされるかまたは形質転換される宿主細胞も提供される。
【００１９】
本発明の別の態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の集団を選択的に高濃度化（enrich）するための方法が提供される。本方法は、ＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の単離集団を選択的に高濃度化するのに十分な量でＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体を提示する因子とＴリンパ球の単離集団を接触させる過程を包含する。ある種の実施形態では、因子は、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合断片と接触した抗原提示細胞である。好ましい実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を有するペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列を含む。上記の方法のある種の実施形態では、単離ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナルを含む。好ましくは、エンドソームターゲッティングシグナルは、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２０】
本発明のさらなる態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害の診断方法が提供される。本方法は、対象から単離された生物学的試料をＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的である因子と接触させる過程と、因子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとの間の相互作用を障害の鑑定として確定する過程と、を包含する。いくつかの実施形態における生物学的試料は、例えば腫瘍細胞溶解物を装入された樹状細胞である。ある種の実施形態では、ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を包含する。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２１】
本発明の別の態様によれば、ＨＬＡクラスＩＩ分子との複合体を形成するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害の診断方法が提供される。本方法は、対象から単離された生物学的試料を複合体を結合する因子と接触させる過程と、複合体および因子間の結合を障害の鑑定として確定する過程と、を包含する。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２２】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法が、本発明の別の態様で提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与する過程を包含する。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２３】
本発明のさらに別の態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法が提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびそれに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与する過程を包含する。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。上記の方法のある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ポリトープポリペプチドとして組合される。さらに他の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはエンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２４】
本発明のさらに別の態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法が提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量の、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体の存在を対象中で選択的に高濃度化する因子を対象に投与する過程を包含する。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を包含する。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ある種の実施形態では、因子は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナルを含む。好ましいエンドソームターゲッティングシグナルは、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２５】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象のさらに別の治療方法が、本発明の別の態様において提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量の自系ＣＤ４＋Ｔリンパ球を対象に投与する過程を包含し、この場合、ＣＤ４＋Ｔリンパ球はＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体に特異的である。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２６】
本発明の別の態様によれば、単離ポリペプチドが提供される。単離ポリペプチドは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、好ましくは配列番号７を含むエピトープを選択的に結合するが、但し、単離ポリペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子ではない。ある種の実施形態では、単離ポリペプチドは抗体であり、好ましくはモノクローナル抗体である。他の実施形態では、単離ポリペプチドは、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）２断片またはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対して選択的なＣＤＲ３領域を含む断片からなる群から選択される抗体断片である。
【００２７】
本発明のさらに別の態様によれば、単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球が提供される。単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球は、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を選択的に結合する。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２８】
本発明のさらに別の態様によれば、単離抗原提示細胞が提供される。単離抗原提示細胞は、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を含む。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２９】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体の同定方法が、本発明の別の態様により提供される。本方法によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ結合分子、ならびにＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドにより刺激されるＴ細胞が選択される。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第一アミノ酸残基が、変異体ペプチドを調製するために突然変異化される。ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＴ細胞の刺激が次に確定されるが、この場合、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示される変異体ペプチドによるＴ細胞の刺激は、変異体ペプチドが機能的変異体であることを示す。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含む。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ある種の実施形態では、本方法は、機能的変異体によるＴ細胞の刺激の有効性の鑑定としてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドによるＴ細胞の刺激および機能的変異体によるＴ細胞の刺激を比較する過程をさらに包含する。他の実施形態では、本方法は、基質として変異体ペプチドを用いる機能的変異体の同定プロセスを反復する過程を包含する。これらの方法は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第二アミノ酸残基を突然変異化して（変異体ペプチドの突然変異化以外）、第２の変異体ペプチドを調製する過程を包含する。次に、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との第２の変異体ペプチドの結合およびＴ細胞の刺激が、第１の変異体ペプチドに関するのと同様に確定される。本プロセスは、機能が毎回試験される限り、第２の変異体ペプチド等を用いて反復され得る。各反復は、基質ペプチドに関して１アミノ酸差を有する変異体ペプチドを生成する。１つより多いアミノ酸残基が各反復時に突然変異化されるさらに別の方法も包含されるが、このような方法も、ペプチド、例えばＨＬＡクラスＩＩ結合分子の機能および／またはＴ細胞の刺激を確定する過程を包含する。
【００３０】
本発明は、上記のまたは明細書を通して記載された薬剤のいずれか１つまたはそれ以上を含有する製剤調製物も提供する。このような製剤調製物は、製薬上許容可能な希釈担体または賦形剤を含み得る。
【００３１】
薬剤、特に癌の治療のための薬剤の調製における上記の組成物、ペプチドおよび核酸の使用も提供される。
【００３２】
本発明のこれらのおよびその他の目的は、本発明の詳細な説明に関連してさらに詳細に説明される。
【００３３】
発明の詳しい説明
本発明は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される単離ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドであって、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の増殖および活性化を刺激するペプチドを提供する。このようなペプチドは、本明細書中では、「ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド」、「ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド」および「ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチド」と呼ばれる。ＭＡＧＥ−Ａ１（配列番号１および２）は、ＭＡＧＥ−１としても既知である。それゆえ、本発明の一態様は、配列番号７のアミノ酸配列を含む単離ペプチドである。クラスＩにより提示されるペプチドならびにクラスＩＩにより提示される抗原性ペプチドの使用は、療法的抗腫瘍予防接種の効力を改善し得る。さらに、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される抗原についての知識は、腫瘍抗原をコードする全遺伝子を保有するタンパク質によりまたは組換え体ウイルスにより免疫感作された癌患者の免疫応答の評価のために有用であるであろう。
【００３４】
以下の実施例は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドであるペプチドの単離を示す。これらの例示的ペプチドは、配列番号１の核酸のプロセシング化翻訳産物である。そういうものとして、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが提示のための最終形態にプロセシングされる翻訳産物は、それらが１つまたはそれ以上のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを包含する限り、任意の長さまたは配列のものであり得る、と当業者に理解されるであろう。以下の実施例で実証されるように、１２アミノ酸という小さいならびにＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質（配列番号２）のアミノ酸配列という大きいペプチドまたはタンパク質は、適切にプロセシングされ、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示され、そしてＣＤ４＋Ｔリンパ球を刺激するのに有効である。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、例えば配列番号３、配列番号４または配列番号７のペプチドは、一端または両端に付加された１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上のアミノ酸を有し得る。このようなペプチドの抗原性部分は、ＨＬＡクラスＩＩ分子による提示のために生理学的条件下で切り取られる。ＨＬＡクラスＩＩペプチド長は約１０アミノ酸〜約３０アミノ酸の間で変動し得るということも当業界で周知である（Engelhard, Ann. Rev. Immunol. 12:181-201, 1994）。ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのほとんどが、１２〜１９アミノ酸の長さの範囲内にある。繰込み組のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが同定されており、この場合、ペプチドは、コア配列を共有するが、しかしアミノおよび／またはカルボキシル末端に異なるアミノ酸を有する（例えば、実施例ならびにChicz et al., J. Exp. Med. 178:27-47, 1993を参照）。本明細書中に開示されたペプチドより少ないアミノ酸を有するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドも、本発明に含まれる。したがって、付加的ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドならびにＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドと相同のＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、本明細書中に記載した手法にしたがって当業者により同定され得る。
【００３５】
ポリペプチドに関して本明細書中で用いる場合、「単離された」とは、そのネイティブ環境から分離され、その同定または使用を可能にするのに十分な量で存在することを意味する。単離されたとは、タンパク質またはポリペプチドを指す場合、例えば、（ｉ）発現クローニングにより選択的に産生され、あるいは（ｉｉ）例えばクロマトグラフィーまたは電気泳動により精製されることを意味する。単離タンパク質またはポリペプチドは実質的に純粋であるが、そうである必要はない。「実質的に純粋」という用語は、タンパク質またはポリペプチドが、それらが天然にまたはin vivo系で、それらの意図された使用のために実際的および適切な程度に見出され得るその他の物質を本質的に含有しないことを意味する。実質的に純粋なポリペプチドは、当業界で周知の技法により産生され得る。単離タンパク質は製薬上許容可能な担体とともに製剤調製物中に混和され得るため、タンパク質は小重量％の調製物のみを含み得る。タンパク質は、それが生きている系に関連し得る物質から分離されるという点で、それでもなお単離され、即ち、他のタンパク質から単離される。
【００３６】
実施例に記載された手法は、ＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを同定するために利用され得る。したがって、細胞をＭＡＧＥポリペプチドに接触させることにより、または当該ＭＡＧＥタンパク質の発現を指図する核酸分子を細胞に導入することにより、例えば抗原提示細胞、例えば正常血液ドナーの樹状細胞に組換え体ＭＡＧＥタンパク質（またはその断片）を装入し得る。次に、抗原提示細胞を用いて、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを認識する特定のＣＤ４リンパ球の活性化および増殖をin vitroで誘導し得る。次に、例えばＣＤ４リンパ球の活性化および増殖を刺激するために用いられるＭＡＧＥタンパク質のペプチド断片で細胞を刺激することにより、実施例に記載したように、ペプチドの配列が確定され得る。あるいは、ＭＡＧＥタンパク質由来のペプチドを抗原提示細胞に装入し得る。例えば、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合するためのコンセンサスアミノ酸配列を基に、候補ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドであるＭＡＧＥファミリータンパク質由来のペプチド配列を予測し得る。この点では、例えば、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３１８２およびＰＣＴ／ＵＳ９８／０１３７３を参照されたい。ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを選択するためのコンピューターソフトウェアも利用可能である（ＴＥＰＩＴＯＰＥ；Sturniolo et al., Nature Biotechnol. 17:555-561, 1999; Manici et al., J. Exp. Med. 189:871-876, 1999）。このように選択されたペプチドは、特定のＣＤ４リンパ球を誘導するために、ならびにペプチドの同定のために、本明細書中に記載した検定中で用いられ得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合のためのペプチドを選択および試験するさらに別の方法は、当業界で周知である。
【００３７】
上記のように、本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体を包含する。本明細書中で用いる場合、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの「機能的変異体」または「変異体」とは、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの一次アミノ酸配列に対して１つまたはそれ以上の修飾を含有し、本明細書中に開示されたＨＬＡクラスＩＩおよびＴ細胞受容体結合特性を保持するペプチドである。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド機能的変異体を作製する修飾は、例えば、１）ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの特性、例えば発現系でのペプチド安定性またはＨＬＡ−ペプチド結合のようなタンパク質−タンパク質結合の安定性を強化するために、２）ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対する新規の活性または特性、例えば抗原性エピトープの付加または検出可能部分の付加を提供するために、あるいは３）同一または類似のＴ細胞刺激特性を生じる異なるアミノ酸配列を提供するためになされ得る。ＭＡＧＥ−Ａ１（ならびにＭＡＧＥファミリー）ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対する修飾は、ペプチドをコードする核酸に対してなされることができ、その例としては、欠失、点突然変異、切頭化、アミノ酸置換およびアミノ酸の付加が挙げられる。あるいは、修飾は、例えば開裂、リンカー分子の付加、検出可能部分（例えばビオチン）の付加、脂肪酸の付加、あるアミノ酸の別のアミノ酸による置換等により、ポリペプチドに対して直接なされ得る。変異体は、無作為ペプチドあるいは１つまたはそれ以上の位置に置換を含むＭＡＧＥペプチドの配列を基礎にしたペプチドであり得るペプチドのライブラリーからも選択され得る。例えば、ペプチドライブラリーは、ＨＬＡクラスＩＩ分子に結合されたＭＡＧＥペプチドの複合体との競合検定に用いられ得る（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを装入された樹状細胞）。ＨＬＡクラスＩＩ分子とのＭＡＧＥペプチドの結合に関して競合するペプチドは、シーケンシングされ、他の検定に用いられて（例えばＣＤ４リンパ球増殖）、ＭＡＧＥペプチド機能的変異体としての適合性を確定され得る。他の機能的変異体としては、ペプチド模倣化合物が挙げられる。ペプチド模倣物は、ＨＬＡクラスＩＩ結合のために調製され、試験されて（Falcioni et al., Nature Biotechnol. 17:562-567, 1999を参照）、次にＣＤ４＋Ｔ細胞の刺激に関して試験され得る。
【００３８】
修飾は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドアミノ酸配列の全部または一部を含む融合タンパク質、例えば不変鎖−ＭＡＧＥ−Ａ１融合タンパク質も包含する。したがって本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびエンドソームターゲッティングシグナル、例えばヒト不変鎖（Ｉｉ）またはＬＡＭＰ−１を含む融合タンパク質を包含する。ヒト不変鎖のエンドソームターゲッティング部分とＭＡＧＥ−Ａ１との融合は、ＨＬＡクラスＩＩペプチド提示経路に対するＭＡＧＥ−Ａ１の効率的ターゲッティングを引き起こす。ヒト不変鎖またはその他のターゲッティングポリペプチドの「エンドソームターゲッティング部分」とは、第２のポリペプチドに融合または接合された場合に、第２のポリペプチドのエンドソーム局在化を増大する分子の部分である。したがって、エンドソームターゲッティング部分は、ヒト不変鎖Ｉｉのようなターゲッティングポリペプチドの全配列または小部分のみを含み得る。当業者は、ターゲッティング分子のエンドソームターゲッティング部分を容易に確定し得る。付加的エンドソームターゲッティングシグナルは、当業者により同定され、ＭＡＧＥ−Ａ１またはそのＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合部分に融合され、そしてルーチンにすぎない実験を用いてＨＬＡクラスＩＩペプチド提示経路に対するターゲッティングに関して試験され得る。エンドソームターゲッティングシグナル部分およびＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド部分を含む融合ポリペプチドの一例としては、公開済ＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９８／１８６０１を参照されたい。
【００３９】
ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのアミノ酸配列は、天然または非天然起源であり得る。即ち、それらは、天然ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド分子を含み得るか、あるいはアミノ酸配列が、提示される場合にヘルパーＴ細胞を刺激する能力を保持し、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子のようなＨＬＡクラスＩＩ分子との結合の特性を保持する限り、修飾化配列を含み得る。例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、この情況においては、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよび非関連アミノ酸配列、配列番号３、４および７で示されるアミノ酸配列の合成ペプチド、標識化ペプチド、ＭＡＧＥ発現癌を有する患者から単離されたペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１を発現する培養細胞から単離されたペプチド、非ペプチド分子に結合されたペプチド（例えばある種の薬剤送達系における）、ならびに配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列を含むその他の分子を含む融合タンパク質であり得る。
【００４０】
好ましくは、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、非加水分解性である。このようなペプチドを提供するために、１つまたはそれ以上のＤ−アミノ酸を含有するペプチドまたは１つまたはそれ以上の非加水分解性ペプチド結合連結アミノ酸を含有するペプチドのような非加水分解性ペプチドのライブラリーからＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを選択し得る。あるいは、ＣＤ４＋Ｔリンパ球を誘導するのに最適であるペプチドを選択し、次に、プロテアーゼによる加水分解のための能力を低減する必要がある場合にこのようなペプチドを修飾し得る。例えば、タンパク質分解性切断に対する感受性を確定するために、ペプチドは標識され、細胞抽出物または精製プロテアーゼとともにインキュベートされ、次に例えばペプチドおよびタンパク質分解性断片をシーケンシングすることにより、どのペプチド結合がタンパク質分解を蒙りやすいかを確定するために単離される。あるいは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのアミノ酸配列をプロテアーゼのパネルの既知の切断部位特異性と比較することにより、感受性であるかもしれないペプチド結合が同定され得る。このような検定の結果に基づいて、タンパク質分解を蒙りやすい個々のペプチド結合は、ペプチドのin vitro合成により非加水分解性ペプチド結合に置換され得る。
【００４１】
多数の非加水分解性ペプチド結合は、このような結合を含有するペプチドの合成のための手法とともに、当業界で既知である。非加水分解性結合としては、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＮＨ］−還元化アミドペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＯＣＨ２］−ケトメチレンペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＨ（ＣＮ）ＮＨ］−（シアノメチレン）アミノペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）］−ヒドロキシエチレンペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｏ］−ペプチド結合および−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｓ］−チオメチレンペプチド結合が挙げられる。
【００４２】
ペプチドの非ペプチド類似体、例えば構造安定化または生分解性減少を提供するものも意図される。ペプチド模倣類似体は、非ペプチド部分による１つまたはそれ以上の残基の置換による選定ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに基づいて調製され得る。好ましくは、非ペプチド部分は、ペプチドにその天然配座を保持させ、または好ましい、例えば生物活性配座を安定化させる。このようなペプチドは、配座および／または活性に及ぼす置換（単数または複数）の影響を査定するために、分子または細胞ベースの結合検定で試験され得る。ペプチドからの非ペプチド模倣類似体の調製方法の一例は、Nachman et al., Regul. Pept. 57:359-370（1995）に記載されている。ペプチドは、本明細書中で用いる場合、上記のすべてを包含する。
【００４３】
変異体が配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸に対する変化を包含する場合、保存的アミノ酸置換、即ち電荷、疎水性、配座等のような元のアミノ酸の特性を保持する置換を有するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体が典型的には好ましい。アミノ酸の保存的置換の例としては、以下の群内のアミノ酸間でなされる置換が挙げられる：（ａ）Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｖ；（ｂ）Ｆ、Ｙ、Ｗ；（ｃ）Ｋ、Ｒ、Ｈ；（ｄ）Ａ、Ｇ；（ｅ）Ｓ、Ｔ；（ｆ）Ｑ、Ｎ；および（ｇ）Ｅ、Ｄ。
【００４４】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体のその他の同定方法は、StromingerとWucherpfennigの公開済みＰＣＴ出願（ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３１８２）で提供される。これらの方法は、考え得るエピトープが比較され得るアミノ酸配列モチーフの開発によっている。各モチーフは、各（相対的）位置の残基が、（ａ）単一残基に制限され、（ｂ）制限組の残基の間での変更を可能にされ、または（ｃ）すべての考え得る残基間での変更を可能にされ得る限定組のアミノ酸配列を説明する。例えばモチーフは、最初の位置の残基が残基バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニンまたはフェニルアラニンのいずれかであり、二番目の位置の残基はヒスチジンでなければならず、三番目の位置の残基は任意のアミノ酸残基であり、四番目の位置の残基は残基バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシンまたはトリプトファンのいずれかであり、そして五番目の位置の残基はリシンでなければならない、ということを明示する。
【００４５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド機能的変異体に関する配列モチーフは、本明細書中に開示されたＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの主要組織適合性複合体ＨＬＡ−ＤＲタンパク質および／またはＴ細胞受容体（「ＴＣＲ」）接触点の結合ドメインまたは結合ポケットの分析により開発され得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合ポケットの形成に関与する残基の詳細な構造分析を提供することにより、任意のＨＬＡクラスＩＩタンパク質とのＭＡＧＥペプチドの結合に関する配列モチーフの予測を成し得る。
【００４６】
これらの配列モチーフを探索、評価または設計判定規準として用いて、特定のＨＬＡ分子との結合の、ならびにＴ細胞応答を誘導するためのＴ細胞受容体との相互作用の合理的可能性を有するペプチド（例えば、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、特に本明細書中に開示されたＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド、およびそれらの機能的変異体）の種類を同定し得る。これらのペプチドは合成され、本明細書中に記載されたような活性に関して試験され得る。これらのモチーフの使用は、純配列相同（抗原的に類似するが、しかし配列は全く別個である多数のペプチドを除外する）または無制限「保存的」置換を有する配列相同（重要な高保存部位で異なる多数のペプチドを許容する）と対照したものとして、疾患の治療において考え得る適用に関して当業者がペプチドを評価し得る方法を表す。
【００４７】
StromingerとWucherpfennigのＰＣＴ出願、およびその出願に引用された参考文献（これらの記載内容は、参照により本明細書中に援用される）は、ＨＬＡクラスＩＩペプチドの残基を接触させるＨＬＡクラスＩＩおよびＴＣＲ結合ポケットを記載している。ＨＬＡクラスＩＩおよび／またはＴＣＲ結合ポケットにおいて結合すると思われる残基を一定に保持することによるか、または特殊化置換のみを可能にすることにより、ＨＬＡクラスＩＩおよびＴ細胞受容体との結合を保持するＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体が調製され得る。
【００４８】
したがって、さらに別のＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩペプチド、特にＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、およびその機能的変異体の同定方法が提供される。概して、任意のＭＡＧＥタンパク質が上記の分析を施され、本明細書中に記載したようにペプチド配列が選定され、試験され得る。例えばＭＡＧＥ−Ａ１に関しては、本方法は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ結合分子、ならびにＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドにより刺激されるＴ細胞を選択することを包含する。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含む。さらに好ましくは、本ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第一アミノ酸残基は、変異体ペプチドを調製するために突然変異化される。アミノ酸残基は、上記のStromingerとWucherpfennigのＰＣＴ出願に記載されたＨＬＡおよびＴ細胞受容体接点の原理により突然変異化され得る。変異体ペプチドの合成、突然変異化核酸分子を用いた変異体ペプチドの組換え的産生等といった変異体ペプチドの任意の調製方法が用いられ得る。
【００４９】
次に、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合、およびＴ細胞の刺激が、標準手法により確定される。例えば、下記で例示されるように、変異体ペプチドは、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ分子を含有する抗原提示細胞と接触されて、変異体ペプチドと抗原提示細胞との複合体を形成し得る。次にこの複合体は、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを認識するＴ細胞と接触され得る。Ｔ細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする症状を有する患者から得られる。Ｔ細胞による変異体ペプチドの認識は、ＴＮＦまたはＩＦＮγ産生のようなＴ細胞刺激の指標を測定することにより確定され得る。同様の手法は、他のＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの同定および特性化のために実行され得る。
【００５０】
ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合、およびＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示される変異体ペプチドによるＴ細胞の刺激は、変異体ペプチドが機能的変異体であることを示す。本方法は、機能的変異体によるＴ細胞の刺激の有効性の鑑定として、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドによるＴ細胞の刺激および機能的変異体によるＴ細胞の刺激を比較する過程も包含し得る。機能的変異体をＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドと比較することにより、Ｔ細胞刺激特性の増大を示すペプチドが調製され得る。
【００５１】
上記の方法のいずれかにより調製されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの変異体をシーケンシングして、必要な場合には、アミノ酸配列を確定し、したがって、このような変異体をコードするヌクレオチド配列を推定し得る。
【００５２】
さらに本発明の一部は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドまたはその変異体をコードする核酸配列、ならびに緊縮条件下で上記のヌクレオチド配列からなる核酸分子とハイブリダイズする他の核酸配列である。「緊縮条件」という用語は、本明細書中で用いる場合、当業者がよく知っているパラメーターを指す。核酸ハイブリダイゼーションパラメーターは、このような方法を編集する参考文献、例えばMolecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook, et al., eds., Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989,またはCurrent Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel, et al., eds., John Wiley & Sons, Inc., New Yorkに見出され得る。特に、本明細書中で用いられる場合の緊縮条件とは、ハイブリダイゼーション緩衝液（３．５ｘＳＳＣ、０．０２％フィコール、０．０２％ポリビニルピロリドン、０．０２％ウシ血清アルブミン、２５ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ７）、０．５％ＳＤＳ、２ｍＭのＥＤＴＡ）中での６５℃でのハイブリダイゼーションを指す。ＳＳＣは、０．１５Ｍ塩化ナトリウム／０．１５Ｍクエン酸ナトリウム、ｐＨ７であり、ＳＤＳはドデシル硫酸ナトリウムであり、そしてＥＤＴＡはエチレンジアミン四酢酸である。ハイブリダイゼーション後、ＤＮＡが移された膜は、２ｘＳＳＣ中で室温で洗浄され、次に０．１ｘＳＳＣ／０．１ｘＳＤＳ中で室温〜６８℃までで洗浄される。
【００５３】
用いられ得るその他の条件、試薬等があり、これらは同程度の緊縮を生じる。当業者はこのような条件に通じており、したがってそれらをここでは示さない。しかしながら、本発明のＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸の相同体および対立遺伝子の明瞭な同定を可能にする方法で当業者は条件を操作し得ることを理解されたい。当業者は、その後ルーチンに単離されるこのような分子の発現に関する細胞およびライブラリーのスクリーニングとその後の関連核酸分子の単離およびシーケンシングのための方法にも周知している。
【００５４】
概して、相同体および対立遺伝子は、典型的にはそれぞれＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのアミノ酸配列（例えば配列番号３、配列番号４または配列番号７）またはこのようなペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号１２。これは配列番号７のペプチドをコードする）と少なくとも９０％のアミノ酸同一性および／または少なくとも７５％のヌクレオチド同一性を共有する。いくつかの場合には、相同体および対立遺伝子は、少なくとも９５％のヌクレオチド同一性および／または少なくとも９０％のアミノ酸同一性を共有し、そしてさらにその他の場合には、少なくとも９０％のヌクレオチド同一性および／または少なくとも９５％のアミノ酸同一性を共有する。上記の核酸の相補体も本発明に包含される。
【００５５】
ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸に関するスクリーニングでは、３２Ｐプローブと一緒に上記の条件を用いて、核酸ハイブリダイゼーション、例えばサザンブロットまたはノーザンブロットが実施され得る。ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードするＤＮＡが最後に移された膜を洗浄後、放射能シグナルを検出するために、その膜はＸ線フィルムに対して配置される。
【００５６】
核酸に関して本明細書中で用いる場合、「単離された」という用語は、（ｉ）例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によりin vitroで増幅され、（ｉｉ）クローニングにより組換え的に産生され、（ｉｉｉ）例えば開裂およびゲル分離により精製され、または（ｉｖ）例えば化学合成により合成されることを意味する。単離核酸は、当業界で周知の組換えＤＮＡ技術により容易に操作可能であるものである。したがって、５’および３’制限部位が既知であるか、またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列が開示されているベクター中に含入されたヌクレオチド配列は、単離されたとみなされるが、その天然宿主中にそのネイティブ状態で存在する核酸配列は単離されていない。単離核酸は実質的に精製され得るが、精製される必要はない。例えば、クローニングまたは発現ベクター内で単離される核酸は、それが存在する細胞中の物質を極小パーセンテージだけ含み得るという点で純粋ではない。しかしながらこのような核酸は、当業者に既知の標準技法によりそれが容易に操作されるため、その用語が本明細書中で用いられるように単離される。単離核酸とは、本明細書中で用いる場合、天然染色体ではない。
【００５７】
本発明は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの同一アミノ酸残基をコードする代替的コドンを含む核酸配列の使用も包含する。例えば、本明細書中に開示されているように、ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドである。セリン残基（配列番号７の第７番目のアミノ酸）は、コドンＵＣＵ、ＵＣＣ、ＵＣＡ、ＵＣＧ、ＡＧＵおよびＡＧＣによりコードされ得る。６つのコドンは各々、ロイシン残基をコードするという目的に関して等価である。したがって、ロイシンコードヌクレオチドトリプレットのいずれかを用いて、in vitroまたはin vivoでタンパク質合成装置を指図して、ロイシン残基を組み入れ得る、ということは当業者には明らかであろう。同様に、配列番号７のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む他のアミノ酸残基をコードするヌクレオチド配列トリプレットとしては、以下のものが挙げられる：ＣＧＡ、ＣＧＣ、ＣＧＧ、ＣＧＴ、ＡＧＡおよびＡＧＧ（アルギニンコドン）；ＡＡＡおよびＡＡＧ（リシンコドン）；ＧＵＡ、ＧＵＣ、ＧＵＧおよびＧＵＵ（バリンコドン）；ＧＡＡおよびＧＡＧ（グルタミンコドン）；ＵＵＣおよびＵＵＵ（フェニルアラニンコドン）ならびにＵＡＣおよびＵＡＵ（チロシンコドン）。その他のアミノ酸残基は、多ヌクレオチド配列により同様にコードされ得る。したがって本発明は、遺伝子コードの縮重のためにコドン配列中のネイティブＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドコード核酸とは異なる縮重核酸を包含する。
【００５８】
本発明は、１つまたはそれ以上のヌクレオチドの付加、置換および欠失を含む修飾核酸分子も提供する。好ましい実施形態では、これらの修飾核酸分子および／またはそれらがコードするポリペプチドは、非修飾核酸分子および／またはポリペプチドの少なくとも１つの活性または機能、例えば抗原性、酵素活性、受容体結合、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ分子によるペプチドの結合による複合体の形成等を保持する。ある種の実施形態では、修飾核酸分子は、修飾ポリペプチド、好ましくは本明細書中に別記されているような保存的アミノ酸置換を有するポリペプチドをコードする。修飾核酸分子は、非修飾核酸分子に構造的に関連があり、好ましい実施形態では、修飾および非修飾核酸分子が当業者に既知の緊縮条件下でハイブリダイズするよう十分に構造的に非修飾核酸分子と関連する。
【００５９】
例えば、単一アミノ酸変化を有するポリペプチドをコードする修飾核酸分子が調製され得る。これらの核酸分子は各々、本明細書中に記載したような遺伝子コードの縮重に対応するヌクレオチド変化と相容れない１、２または３つのヌクレオチド置換を有し得る。同様に、２つのアミノ酸変化を有するポリペプチドをコードする修飾核酸分子が調製され得るが、これらは例えば２〜６のヌクレオチド変化を有する。例えばアミノ酸２および３、２および４、２および５、２および６等をコードするコドンのヌクレオチドの置換を含めたこれらと同様の多数の修飾核酸分子が当業者により容易に意図される。上記の例では、２つのアミノ酸の各組合せは、修飾核酸分子の組に、ならびにアミノ酸置換をコードするすべてのヌクレオチド置換に含まれる。当業者に容易に意図されるように、さらなる置換（即ち、３またはそれ以上）、付加または欠失（例えば、停止コドンまたはスプライス部位（単数または複数）の導入による）を有するポリペプチドをコードする付加的核酸分子も調製され得るし、本発明に包含される。上記の核酸またはポリペプチドはいずれも、本明細書中に開示された核酸および／またはポリペプチドに対する構造的関連または活性の保持に関して、ルーチン実験により試験され得る。
【００６０】
本発明は、発現ベクター中での、ならびに原核生物（例えば大腸菌）または真核生物（例えば樹状細胞、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ細胞、酵母発現系および昆虫細胞における組換えバキュロウイルス発現）である宿主細胞および細胞株をトランスフェクトするための本配列の使用を包含することも理解されたい。発現ベクターは、関連配列、即ち上記のものがプロモーターと操作可能的に結合されることを必要とする。ヒトＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子はＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを提示することが見出されているので、発現ベクターは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をコードする核酸配列も含み得る（他のＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに関しては、異なるＨＬＡ分子が用いられ得る）。ベクターが両コード配列を含有する情況では、それは正常ではいずれか一方を発現しない細胞をトランスフェクトするために用いられ得る。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドコード配列は、例えば宿主細胞がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をすでに発現している場合は、単独で用いられ得る。もちろん、２つのコード配列を含有するベクターはＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現しない宿主細胞中で用いられ得るので、用いられ得る特定の宿主細胞に関する制限はなく、所望により、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現する抗原提示細胞中で用いられ得る。本明細書中で用いる場合、「ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子」は、亜型ＤＲＢ１＊１５０１１、ＤＲＢ１＊１５０１２、ＤＲＢ１＊１５０２１、ＤＲＢ１＊１５０２２、ＤＲＢ１＊１５０２３、ＤＲＢ１＊１５０３、ＤＲＢ１＊１５０４、ＤＲＢ１＊１５０５、ＤＲＢ１＊１５０６、ＤＲＢ１＊１５０７、ＤＲＢ１＊１５０８、ＤＲＢ１＊１５０９およびＤＲＢ１＊１５１０を含む。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子は、Bodmer et al., Tissue Antigens 49:297, 1996中に、ならびにhttp://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/でＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースウェブサイトで見出され得る亜型も包含する。
【００６１】
本明細書中で用いる場合、「ベクター」とは、異なる遺伝子環境間の輸送のための、または宿主細胞中での発現のための制限および結紮により所望の配列が挿入され得る多数の核酸のいずれかであり得る。ベクターは、典型的にはＤＮＡで構成されるが、ＲＮＡベクターも利用可能である。ベクターとしては、プラスミド、ファジミドおよびウイルスゲノムが挙げられるが、これらに限定されない。クローニングベクターは、宿主細胞中で自律的に複製可能であるかまたはゲノム中に組み込まれ得るクローニングベクター、ならびに新規の組換えベクターが宿主細胞中で複製するその能力を保持するようにベクターが決定可能様式で切断され、そして所望のＤＮＡ配列が結紮され得る１つまたはそれ以上のエンドヌクレアーゼ制限部位によりさらに特性化されるクローニングベクターである。プラスミドの場合、所望の配列の複製は、プラスミドが宿主細菌内でコピー数を増大する場合は多数回起こり得るし、あるいは宿主が有糸分裂により繁殖する前には宿主当たり１回だけ起こり得る。ファージの場合は、複製は、溶菌期中は能動的に起こり、溶原期中は受動的に起こり得る。発現ベクターは、調節配列に操作可能的に連結され、そしてＲＮＡ転写体として発現され得るように、所望のＤＮＡ配列が制限および結紮により挿入され得るベクターである。
【００６２】
ベクターは、ベクターで形質転換またはトランスフェクトされていたか、またはされていなかった細胞の同定に用いるのに適した１つまたはそれ以上のマーカー配列をさらに含有し得る。マーカーとしては、例えば、抗生物質またはその他の化合物に対する耐性または感受性を増大または低減するタンパク質をコードする遺伝子、その活性が当業界で既知の標準検定により検出可能である酵素（例えば、β−ガラクトシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼまたはルシフェラーゼ）をコードする遺伝子、ならびに形質転換化またはトランスフェクト化した細胞、宿主、コロニーまたはプラークの表現型に視覚的に作用する遺伝子（例えば、緑色蛍光タンパク質）が挙げられる。好ましいベクターは、それらが操作可能的に連結されるＤＮＡセグメント中に存在する構造遺伝子産物の自律的複製および発現が可能なベクターである。
【００６３】
好ましくは、発現ベクターは、タンパク質またはペプチドが発現される細胞のエンドソームに対してＭＡＧＥファミリーポリペプチド、例えばＭＡＧＥ−Ａ１またはそれらに由来するＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを標的化する配列を含有する。ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡクラスＩＩ分子との他の分子の結合を妨害する不変鎖（Ｉｉ）を含有する。この不変鎖はエンドソーム中で切断され、それによりＨＬＡクラスＩＩ分子によるペプチドの結合を可能にする。したがって、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびその前駆体（例えばＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質）はエンドソームに対して標的化され、それによりＨＬＡクラスＩＩ分子と結合するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを強化することが好ましい。エンドソームに分子を向けるためのターゲッティングシグナルは当業界で既知であり、これらのシグナルは、エンドソームターゲッティングシグナルを含有する融合タンパク質が産生されるよう、発現ベクター中に組み入れられ得るのが便利である。Sanderson等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:7217-7221, 1995）、Wu等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:11671-11675, 1995）およびThomson等（J. Virol. 72:2246-2252, 1998）は、エンドソームターゲッティングシグナル（不変鎖Ｉｉおよびリソソーム関連膜タンパク質ＬＡＭＰ−１を含む）ならびにエンドソームおよび／またはリソソーム細胞区画に抗原を向ける場合のそれらの使用を記載している。
【００６４】
不変鎖のようなエンドソームターゲッティングシグナルは、非ペプチド結合によりＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはペプチドと共役されて（即ち、融合タンパク質でない）、ＭＡＧＥ−Ａ１を特異的にターゲッティングすることが可能な共役体を調製し得る。共有結合の特定の例としては、二官能架橋剤分子が用いられ得るものが挙げられる。架橋剤分子は、共役される分子の性質によって、ホモ二官能性またはヘテロ二官能性であり得る。ホモ二官能性架橋剤は、２つの同一反応基を有する。ヘテロ二官能性架橋剤は、逐次共役反応を可能にする２つの異なる反応基を有すると定義される。種々の種類の市販の架橋剤は、１つまたはそれ以上の次の基と反応性である：第一級アミン、第二級アミン、スルフヒドリル、カルボキシル、カルボニルおよび炭水化物。当業者は、連結される分子の化学的特性および単数または複数の結合の好ましい特徴に基づいて、エンドソームターゲッティング部分およびＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドまたはタンパク質を連結するための好ましい分子を、過度の実験を伴わずに確認することができる。
【００６５】
本明細書中で用いる場合、コード配列および調節配列は、調節配列の影響または制御下にコード配列の発現または転写を置くような方法でそれらが共有結合される場合、「操作可能的に」連結されるといわれる。コード配列が機能性タンパク質に翻訳されるのが望ましい場合、５’調節配列中のプロモーターの誘導がコード配列の転写を生じ、二つのＤＮＡ配列間の結合の性質が（１）フレームシフト突然変異の導入を生じない、（２）コード配列の転写を指図するプロモーター領域の能力を妨げない、または（３）タンパク質に翻訳される対応するＲＮＡ転写体の能力を妨げないならば、二つのＤＮＡ配列は操作可能的に連結されるといわれる。したがって、結果的に生じる転写体が所望のタンパク質またはポリペプチドに翻訳され得るようにプロモーター領域がそのＤＮＡ配列の転写を実行可能であった場合には、プロモーター領域はコード配列と操作可能的に連結される。
【００６６】
遺伝子発現に必要とされる調節配列の的確な性質は、種または細胞型間で変わり得るが、しかし概して、必要な場合には、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列等のような、それぞれ転写および翻訳の開始に関与する５’非転写化および５’非翻訳化配列を含む。特に、このような５’非転写化調節配列は、操作可能的に連結された遺伝子の転写制御のためのプロモーター配列を含むプロモーター領域を含む。調節配列は、望ましい場合には、エンハンサー配列または上流アクチベーター配列も含み得る。本発明のベクターは、５’リーダーまたはシグナル配列を任意に含み得る。適切なベクターの選定および設計は、当業者の能力および自由裁量の範囲内である。
【００６７】
発現のための必要な素子をすべて含有する発現ベクターは市販されており、当業者に既知である（例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning:A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989を参照）。細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ポリペプチドをコードする異種ＤＮＡ（ＲＮＡ）の細胞への導入により遺伝子工学処理される。その異種ＤＮＡ（ＲＮＡ）は、宿主細胞中での異種ＤＮＡの発現を可能にするために転写性素子の操作可能制御下に置かれる。本明細書中に記載されているように、このような発現構築物は、エンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖またはそのターゲッティング断片をコードするヌクレオチド配列も任意に含有する。
【００６８】
哺乳類細胞中でのｍＲＮＡ発現のための好ましい系は、Ｇ４１８耐性を付与する遺伝子（安定トランスフェクト化細胞株の選択を促す）、およびヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）エンハンサー−プロモーター配列のような選択可能マーカーを含有するｐＲｃ／ＣＭＶ（Invitrogen, Carlsbad, CAから入手可能）のような系である。さらに、霊長類またはイヌ細胞株中での発現に適しているのは、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）複製起点を含有し、多コピー染色体外素子としてのプラスミドの保持を促すｐＣＥＰ４ベクター（Invitrogen）である。別の発現ベクターは、in vitroでの転写を効率的に刺激するポリペプチド延長因子１αのプロモーターを含有するｐＥＦ−ＢＯＳプラスミドである。本プラスミドは、Mishizuma and Nagata（Nuc. Acids Res. 18:5322, 1990）により記載されており、トランスフェクション実験におけるその使用は、例えばDemoulin（Mol. Cell. Biol. 16:4710-4716, 1996）により開示されている。さらに別の好ましい発現ベクターは、Stratford-Perricaudetにより記載されたアデノウイルスであり、これはＥ１およびＥ３タンパク質を欠いている（J. Clin. Invest. 90:626-630, 1992）。Adeno.Ｐ１Ａ組換え体としてのアデノウイルスの使用は、Ｐ１Ａに対する免疫感作のためのマウスにおける皮内注射において、Warnier等により開示されている（Int. J Cancer, 67:303-310, 1996）。
【００６９】
本発明は、当業者が所望の単数または複数の発現ベクターを調製するのを可能にするいわゆる発現キットも包含する。このような発現キットは、少なくとも別々の部分の少なくとも２つの上記の物質を含む。その他の構成成分は、所望により付加され得る。
【００７０】
本発明は、本明細書中に記載されているように、多数の用途を有し、そのいくつかが本明細書中に記載されている。以下の用途はＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに関して記載されるが、しかし他の構造的または機能的に関連するＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに等しく適用可能である。第一に、本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする疾患を当業者が診断するのを可能にする。これらの方法は、生物学的試料中でのＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、またはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体の発現を確定する過程を含む。ペプチドまたはペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体の発現は、ペプチドまたは複合体に関する結合相手、例えば抗体を用いて検定することにより確定され得る。
【００７１】
本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害を有する対象を当業者が治療するのを可能にする。治療は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体を対象中で高濃度化する因子を投与する過程、およびこのような複合体に特異的であるＣＤ４＋Ｔリンパ球を投与する過程を包含する。上記の治療に有用な因子としては、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびその機能的変異体、このようなＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを含むエンドソーム標的化融合タンパク質、このようなタンパク質およびペプチドを発現する核酸（核酸を含有するウイルスを含む）、このようなペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ結合分子の複合体（例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５）、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ結合分子の複合体を保有する抗原提示細胞等が挙げられる。本発明は、当業者が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔリンパ球に関してＴリンパ球の集団を選択的に高濃度化することも可能にする。
【００７２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの単離は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸を単離するのも可能にする。核酸は、in vivoで、あるいは原核生物または真核生物宿主細胞中でＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを生成するために用いられ得る。熟練従事者に周知の種々の方法を用いて、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを得ることができる。例えば、発現ベクターを細胞中に導入して、ペプチドの産生を生じ得る。別の方法では、ｍＲＮＡ転写体が微量注射され、そうでなければ細胞中に導入されて、コード化ポリペプチドの産生を生じ得る。細胞無含有抽出物、例えば網状赤血球溶解物系におけるｍＲＮＡの翻訳も、ペプチドを産生するために用いられ得る。本発明のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むペプチドは、in vitroでも合成され得る。当業者は、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを生成するために、既知のペプチド単離方法にも容易に従い得る。これらの例としては、免疫クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーおよび免疫アフィニティークロマトグラフィーが挙げられるが、これらに限定されない。
【００７３】
これらの単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、かかるペプチドを含むタンパク質、あるいはペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体、例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子、は、アジュバントのような物質と組合されて、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害を治療するのに有用なワクチンを生成し得る。さらに、ワクチンは、それらの表面にＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド／ＨＬＡ複合体を提示する細胞、例えば樹状細胞、Ｂ細胞、非増殖性トランスフェクト体等から調製され得る。ワクチンとして細胞が用いられるすべての場合に、これらは、ＣＤ４＋リンパ球を刺激するのに必要な構成成分の一方または両方に関するコード配列でトランスフェクトされた細胞、あるいはトランスフェクションを必要とせずにすでに両分子を発現している細胞であり得る。例えば、自系抗原提示細胞は、患者から単離され、ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の会合中でＭＡＧＥ−Ａ１エピトープを提示する細胞を得るよう処理され得る。これらの細胞は、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋細胞応答の両方を刺激することが可能である。このような抗原提示細胞は、例えばＩｉ．ＭＡＧＥ−Ａ１融合タンパク質をコードする組換えウイルスで樹状細胞を感染させることにより得られる。樹状細胞は、ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩエピトープでも装入され得る。
【００７４】
ワクチンも、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドまたはその前駆体をコードする裸ＤＮＡまたはＲＮＡを包含するが、これらはin vitroで産生され、注射、粒子衝撃、鼻腔吸入およびその他の方法により投与され得る。「裸核酸」型のワクチンは、裸核酸によりコードされるペプチドに特異的なＣＴＬの生成を含めた免疫学的応答を惹起することが実証されている（Science 259:1745-1748, 1993）。ワクチンは、ウイルス、リポソームまたはその他の粒子、例えば薬剤送達に有用なポリマー粒子中に充填された核酸も含む。
【００７５】
本明細書中に記載した治療のいずれかにより生成されるか、または強化される免疫応答は、当業界で既知の種々の方法によりモニタリングされ得る。例えば、所定の抗原に特異的なＴ細胞の存在は、抗原性ペプチドを提示する可溶性蛍光原性ＭＨＣ分子四量体によるＴ細胞受容体の直接標識により検出され得る（Altman et al., Science 274:94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol. 8:413-416, 1998）。要するに、β２−ミクログロブリンおよびクラスＩ分子を結合するペプチド抗原の存在下で、可溶性ＭＨＣクラスＩ分子がin vitroで折り畳まれる。精製後、ＭＨＣ／ペプチド複合体は精製され、ビオチンで標識される。ビオチニル化ペプチド−ＭＨＣ複合体を標識化アビジン（例えば、フィコエリトリン）と４：１のモル比で混合することにより、四量体が形成される。四量体は次に、末梢血またはリンパ節のようなＣＴＬの供給源と接触させられる。四量体は、ペプチド抗原／ＭＨＣクラスＩ複合体を認識するＣＴＬを結合する。四量体により結合された細胞は、蛍光活性化細胞分類により分類されて、反応性ＣＴＬを単離し得る。単離ＣＴＬは次に、本明細書中に記載したような使用のためにin vitroで拡張され得る。四量体としてのＭＨＣクラスＩＩ分子の使用は、近年、Crawford等（Immunity 8:675-682, 1998）により実証された。多量体性可溶性ＭＨＣクラスＩＩ分子は、共有的に結合されたペプチドと複合化された。クラスＩＩ四量体は、適切化特異性および親和性で特異的Ｔ細胞と結合することが示された。したがって、四量体を用いて、予防接種プロトコールに対するＣＤ４＋およびＣＤ８＋細胞応答の両方をモニタリングすることができる。
【００７６】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ならびにＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡ分子の複合体は、当業界で周知の標準技法を用いて、抗体を産生するためにも用いられ得る。抗体産生の一般原理を記述する標準参照研究としては、Catty, D., Antibodies, A Practical Approach, Vol. 1, IRL Press, Washington DC（1998）; Klein, J., Immunology: The Science of Cell-Non-Cell Discrimination, John Wiley and Sons, New York（1982）; Kennett, R., et al., Monoclonal Antibodies, Hybridoma, A New Dimension In Biological Analyses, Plenum Press, New York（1980）; Campbell, A., Monoclonal Antibody Technology, in Laboratory Techniques and Biochemistry and Molecular Biology, Vol. 13（Burdon, R. et al., EDS.）, Elsevier Amsterdam（1984）;およびEisen, H.N., Microbiology, third edition, Davis, B.D. et al., EDS.（Harper & Rowe, Philadelphia（1980））が挙げられる。
【００７７】
したがって、本発明の抗体は、タンパク質、その断片、タンパク質またはその断片を発現する細胞、および適切なＨＬＡクラスＩＩ分子等を動物に投与してポリクローナル抗体を誘導することを含めた種々の方法のいずれかにより調製される。モノクローナル抗体、例えばヒト化抗体は、当業界で周知の技法により産生され得る。本明細書中に詳述されているように、このような抗体は、例えばタンパク質を発現する組織を同定するために、またはタンパク質を精製するために用いられ得る。抗体は、画像形成のための特定の標識剤、または抗腫瘍剤と結合され、それらの例としては、メトトレキセート、放射性ヨウ素化化合物、リシンのような毒素、他の細胞分裂抑制または細胞溶解剤等が挙げられるが、これらに限定されない。本発明により調製される抗体は、好ましくは本明細書中に記載したペプチド／ＨＬＡ複合体に特異的でもある。
【００７８】
「障害」または「症状」という用語が本明細書中で用いられる場合、それは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが発現される任意の病理学的症状を指す。このような障害としては、癌、例えば黒色腫、頭、首、肺または食道の扁平上皮癌、結腸直腸癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、頭または首の非扁平上皮癌、卵巣腫瘍、リンパ性白血病、膀胱癌、前立腺癌、乳癌および胃癌が挙げられる。
【００７９】
開示に基づいたいくつかの療法的アプローチは、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド提示細胞に対する対象の免疫系による応答の誘導において前提とされる。このようなアプローチの１つは、組織での表現型の異常細胞を有する対象への、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体に特異的な自系ＣＤ４＋Ｔ細胞の投与である。このようなＣＤ４＋Ｔ細胞をin vitroで開発することは当業者の技術の範囲内である。一般に、対象から採取される細胞の試料、例えば血球は、複合体を提示し、ＣＤ４＋Ｔリンパ球を惹起し得る細胞と接触されて、増殖する。標的細胞は、ＨＬＡクラスＩＩ分子を保有する抗原提示細胞、例えば樹状細胞またはＢ細胞であり得る。標的細胞は、細胞の試料がまず分類されてＣＤ４＋Ｔリンパ球集団を単離する場合、ＣＯＳ細胞のようなトランスフェクト体でもあり得る。上記の四量体技術は分類のために用いられ得る。これらのトランスフェクト体はそれらの表面の所望の複合体を提示し、問題のＣＤ４＋Ｔリンパ球と組合されると、その増殖を刺激する。ＣＯＳ細胞は、他の適切な宿主細胞と同様に、広範に利用可能である。ＣＤ４＋Ｔリンパ球の特異的産生は、下記に記載される。クローン拡張性自系ＣＤ４＋Ｔリンパ球が次に対象に投与される。次にＣＤ４＋Ｔリンパ球は対象の免疫応答を刺激し、それにより所望の療法的目標を達成する。
【００８０】
上記の療法は、対象の異常細胞の少なくともいくつかが関連ＨＬＡ／ペプチド複合体を提示するものと仮定する。これは、特定のＨＬＡ分子を提示する細胞の同定方法、ならびに関連配列、この場合にはＭＡＧＥ−Ａ１配列のＤＮＡを発現する細胞の同定方法を当業界が非常に熟知しているので、非常に容易に確定され得る。
【００８１】
上記の療法は、本発明による利用可能な療法の唯一の形態というわけではない。ＣＤ４＋Ｔリンパ球は、多数のアプローチを用いてin vivoでも惹起され得る。一アプローチは、複合体を発現する非増殖性細胞の使用である。このアプローチに用いられる細胞は、複合体を正常に発現する細胞、例えば樹状細胞、あるいは複合体の提示に必要な遺伝子の一方または両方でトランスフェクトされた細胞であり得る。Chen等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:110-114, 1991）はこのアプローチを例証して、療法レジメンにおけるＨＰＶ−Ｅ７ペプチドを発現するトランスフェクト化細胞の使用を示している。種々の細胞型が用いられ得る。同様に、当該遺伝子の一方または両方を保有するベクターが用いられ得る。ウイルスまたは細菌ベクターが特に好ましい。例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸は、ある種の組織または細胞型におけるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を指図するプロモーターおよびエンハンサー配列と操作可能的に連結され得る。核酸は、発現ベクター中に組み入れられ得る。発現ベクターは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードするもののような外因性核酸の挿入を可能にするよう構築されるか、または修飾された非修飾細胞外染色体核酸、プラスミドまたはウイルスゲノムであり得る。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸は、レトロウイルスゲノム中にも挿入され、それにより標的組織または細胞型のゲノムへの核酸の組込みを促し得る。これらの系では、当該遺伝子は微生物、例えばワクシニアウイルス、概してポックスウイルス、アデノウイルス、単純ヘルペスウイルス、レトロウイルスまたは細菌ＢＣＧ、ならびに事実上、宿主細胞を「感染」させる物質により保有される。結果として生じる細胞は、当該複合体を提示し、自系ＣＤ４＋Ｔ細胞により認識され、次にこれが増殖する。
【００８２】
同様の作用は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをアジュバントと組合せて、in vivoでのＨＬＡクラスＩＩ提示細胞中への組み入れを促すことにより達成され得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合部分より大きい場合、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡ分子のペプチド相手を産生するのに必要な場合にプロセシングされ得るが、一方、ＴＲＡは、さらなるプロセシングを必要とせずに提示される。一般に、対象は、有効量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの皮内注射を受けることができる。当業界での免疫感作プロトコール標準に従って、初期用量と、その後の追加免疫用量を投与することができる。
【００８３】
ＨＬＡクラスＩＩ提示細胞へのＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの組み入れを促すための好ましい方法は、クラスＩＩ結合ペプチドを含むＭＡＧＥ−Ａ１ポリペプチドと融合されたエンドソームターゲッティングシグナルを含むポリペプチドを提示細胞中で発現することによる。特に好ましいのは、ヒト不変鎖Ｉｉを含有するＭＡＧＥ−Ａ１融合タンパク質である。
【００８４】
上記の組成物またはプロトコールのいずれかは、細胞溶解性Ｔリンパ球応答の誘導のためのＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドも含み得る。例えば、下記で実証されるように、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質は細胞中でプロセシングされて、ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ応答の両方を生じ得る。このようなペプチドのいくつかが、米国特許第５，４０５，９４０号および同第５，５５８，９９５号に記載されている。ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ分子を結合するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド（またはこのようなペプチドをコードする核酸）を投与することにより、免疫応答改善がＴヘルパー細胞およびＴキラー細胞の両方を誘導することにより提供され得る。
【００８５】
さらに、非ＭＡＧＥ−Ａ１腫瘍関連ペプチドも、ＨＬＡクラスＩおよび／またはクラスＩＩにより免疫応答を増大するために投与され得る。癌細胞が１つより多い腫瘍関連遺伝子を発現し得ることは十分に確立されている。特定の対象が付加的腫瘍関連遺伝子を発現するか否かを当業者が確定し、次に上記のＭＡＧＥ−Ａ１組成物およびワクチン中にこのような遺伝子の発現産物に由来するＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むことは、ルーチン実験の範囲内である。
【００８６】
特に好ましいのは、「ポリトープ」として既知の一連のエピトープをコードする核酸である。エピトープは、天然フランキング配列を用いて、または用いずに、シークエンシャルまたはオーバーラップ方式で整列され得る（例えば、Thomson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92: 5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15:1280-1284, 1997を参照）し、所望により、非関連リンカー配列により分離され得る。ポリトープは、免疫応答の発生のための免疫系により認識される個々のエピトープを生成するようプロセシングされる。
【００８７】
したがって、例えばＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、他の腫瘍拒絶抗原からのペプチド（例えば、ハイブリッド核酸またはポリペプチドの調製により）、およびＭＡＧＥ−Ａ１ＨＬＡクラスＩ結合ペプチド（このうちのいくつかは以下に列挙される）と組合されて、「ポリトープ」を形成し得る。免疫応答を誘導または強化するために投与され得る腫瘍関連ペプチド抗原の例は、腫瘍関連遺伝子およびコード化タンパク質、例えばＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＧＡＧＥ−９、ＢＡＧＥ−１、ＲＡＧＥ−１、ＬＢ３３／ＭＵＭ−１、ＰＲＡＭＥ、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、チロシナーゼ、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、メラン−Ａ、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｃ４、ＭＡＧＥ−Ｃ５、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ−１、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−１およびＣＴ−７から得られる。例えば、腫瘍に特徴的な抗原性ペプチドとしては、以下の表１に列挙されたものが挙げられる。
【００８８】
【表１】
【００８９】
【表２】
【００９０】
【表３】
【００９１】
ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのその他の例は当業者に既知であり（例えば、Coulie, Stem Cells 13:393-403, 1995を参照）、ここに開示されたものと同様の方式で本発明に用いられ得る。当業者は、１つまたはそれ以上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドおよび１つまたはそれ以上の上記の腫瘍拒絶ペプチドを含むポリペプチド、あるいはこのようなポリペプチドをコードする核酸を、分子生物学の標準手法に従って調製し得る。
【００９２】
したがって、ポリトープは、種々の整列で（例えば連鎖状、オーバーラップ）一緒に連結され得る２つまたはそれ以上の考え得る免疫学的または免疫応答刺激ペプチドの群である。ポリトープ（またはポリトープをコードする核酸）は、免疫応答を刺激し、強化し、かつ／または惹起する場合のポリトープの有効性を試験するために、標準免疫感作プロトコールで、例えば動物に投与され得る。
【００９３】
ペプチドは、直接的にまたはポリトープを形成するためのフランキング配列の使用により、一緒に連結され得るし、ワクチンとしてのポリトープの使用は当業界で周知である（例えば、Thomson et al., Proc. Acad. Natl. Acad. Sci. USA 92（13）:5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15（12）:1280-1284, 1997; Thomson et al., J. Immunol. 157（2）:822-826, 1996; Tam et al., J. Exp. Med. 171（1）:299-306, 1990を参照）。例えば、Tamは、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ結合エピトープの両方からなるポリトープがマウスモデルにおいて抗体および防御免疫を首尾よく生成することを示した。Tamは、エピトープの「糸」を包含するポリトープがプロセシングされて、ＭＨＣ分子により提示され、ＣＴＬにより認識される個々のエピトープを産生する、ということも実証した。したがって、種々の数および組合せのエピトープを含有するポリトープが調製され、ＣＴＬによる認識に関して、および免疫応答を増大する効力に関して試験され得る。
【００９４】
腫瘍は、一組の腫瘍抗原を発現し、そのうちのある種の小群のみが任意の所定の患者の腫瘍中で発現され得る、ということが既知である。特定の患者中で発現される腫瘍拒絶抗原の小群を示すエピトープの異なる組合せに対応するポリトープが調製され得る。ポリトープは、腫瘍型により発現されることが既知のより広範囲の腫瘍拒絶抗原を反映するよう調製され得る。ポリトープは、ポリペプチド構造物として、または当業界で既知の核酸送達系の使用により、このような治療を必要とする患者に導入され得る（例えば、Allsopp et al., Eur. J. Immunol. 26（8）:1951-1959, 1996を参照）。アデノウイルス、ポックスウイルス、Ｔｙ−ウイルス様粒子、アデノ随伴ウイルス、プラスミド、細菌等は、このような送達に用いられ得る。送達系の効力を確定するために、マウスモデルにおいてポリトープ送達系を試験することができる。この系は、ヒト臨床試験においても試験され得る。
【００９５】
免疫感作プロトコールの一部として、免疫応答を増強する物質が、癌ワクチンの核酸またはペプチド構成成分とともに投与され得る。このような免疫応答増強化合物は、アジュバントまたはサイトカインとして分類され得る。アジュバントは、抗原の貯蔵所（細胞外またはマクロファージ内）を提供し、マクロファージを活性化し、かつ特定組のリンパ球を刺激することにより、免疫学的応答を強化し得る。多数の種類のアジュバントが、当業界で周知である。特定の例としては、ＭＰＬ（SmithKline Beecham）、サルモネラ属のSalmonella minnesota Re 595リポ多糖類の精製および酸加水分解後に得られる同類物；ＱＳ２１（SmithKline Beecham）、Quillja saponaria抽出物から精製される純ＱＡ−２１サポニン；ＰＣＴ出願ＷＯ９６／３３７３９（SmithKline Beecham）に記載されたＤＱＳ２１；ＱＳ−７、ＱＳ−１７、ＱＳ−１８およびＱＳ−Ｌ１（So et al., Mol. Cells 7:178-186, 1997）；フロイントの不完全アジュバント；フロイントの完全アジュバント；ビタミンＥ；モンタニド；ミョウバン；ＣｐＧオリゴヌクレオチド（例えば、Kreig et al., Nature 374:546-9, 1995を参照）；ならびにスクアレンおよび／またはトコフェロールのような生分解性油から調製される種々の油中水エマルションが挙げられる。好ましくは、ペプチドは、ＤＱＳ２１／ＭＰＬの組合せと混合されて投与される。ＤＱＳ２１対ＭＰＬの比は、典型的には約１：１０〜１０：１，好ましくは約１：５〜５：１、さらに好ましくは約１：１である。典型的には、ヒト投与に関しては、ＤＱＳ２１およびＭＰＬは、約１μｇ〜約１００μｇの範囲でワクチン処方物中に存在する。その他のアジュバントが当業界で既知であり、本発明に用いられ得る（例えば、Goding, Monoclonal Antibodies:Principles and Practice, 2nd Ed., 1986を参照）。ペプチドおよびアジュバントの混合物またはエマルションの調製方法は、予防接種の当業者には周知である。
【００９６】
対象の免疫応答を刺激するその他の因子も、対象に投与され得る。例えばその他のサイトカインも、リンパ球刺激特性の結果として、予防接種プロトコルに有用である。このような目的のために有用な多数のサイトカインは当業者に既知であり、その例としては、ワクチンの防御作用を強化することが示されているインターロイキン−１２（ＩＬ−１２）（Science 268:1432-1434, 1995）、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−１８が挙げられる。
【００９７】
予防接種プロトコールに用いられ得る多数の付加的免疫応答増強化合物が存在する。これらは、タンパク質または核酸形態で提供される同時刺激分子を含む。このような同時刺激分子としては、樹状細胞（ＤＣ）で発現され、Ｔ細胞で発現されるＣＤ２８分子と相互作用するＢ７−１およびＢ７−２（それぞれＣＤ８０およびＣＤ８６）分子が挙げられる。この相互作用は、抗原／ＭＨＣ／ＴＣＲ刺激（シグナル１）Ｔ細胞に同時刺激（シグナル２）を提供して、Ｔ細胞増殖およびエフェクター機能を増大する。Ｂ７はＴ細胞でＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）とも相互作用し、ＣＴＬＡ４およびＢ７リガンドを包含する試験は、Ｂ７−ＣＴＬＡ４相互作用が抗腫瘍免疫性およびＣＴＬ増殖を強化し得るということを示す（Zheng et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:6284-6289, 1998）。
【００９８】
Ｂ７は、典型的には腫瘍細胞で発現されず、そこでそれらはＴ細胞に関する効率的抗原提示細胞（ＡＰＣ）ではない。Ｂ７発現の誘導は、ＣＴＬ増殖およびエフェクター機能をより効率的に腫瘍細胞が刺激するのを可能にする。Ｂ７／ＩＬ−６／ＩＬ−１２同時刺激の組合せは、Ｔ細胞集団中にＩＦＮ−γおよびＴｈ１サイトカインプロフィールを誘導して、Ｔ細胞活性のさらなる強化をもたらすことが示されている（Gajewski et al., J. Immunol. 154:5637-5648（1995））。Ｂ７による腫瘍細胞トランスフェクションは、Wang等（J. Immunother., 19:1-8,1996）による養子移入免疫療法に関するin vitroＣＴＬ拡張に関連して考察されている。Ｂ７分子のためのその他の送達メカニズムは、核酸（裸ＤＮＡ）免疫感作（Kim J et al., Nature Biotechnol. 15:7:641-646,1997）および組換えウイルス、例えばアデノおよびポックスウイルス（Wendtner et al., Gene Ther., 4: 726-735,1997）を含む。これらの系は、選定の他の分子、例えば、本明細書中で考察された抗原または抗原の断片（単数または複数）（ポリトープを含む）またはサイトカインとのＢ７の同時発現のための発現カセットの構築および使用をすべて施し易い。これらの送達系は、in vitroでの適切な分子の導入のために、ならびにin vivoでの予防接種のために用いられ得る。Ｔ細胞をin vitroおよびin vivoで直接刺激するための抗ＣＤ２８抗体の使用も考慮され得る。同様に、外来抗原に対するＴ細胞応答を誘導する誘導可能同時刺激分子ＩＣＯＳは、例えば抗ＩＣＯＳ抗体の使用により調整され得る（Hutloff et al., Nature 397:263-266, 1999）。
【００９９】
リンパ球機能関連抗原−３（ＬＦＡ−３）はＡＰＣおよびいくつかの腫瘍細胞で発現され、Ｔ細胞で発現されるＣＤ２と相互作用する。この相互作用は、Ｔ細胞ＩＬ−２およびＩＦＮ−γ産生を誘導し、したがってＢ７／ＣＤ２８同時刺激相互作用を補足し得るが、しかし置換しない（Parra et al., J. Immunol., 158:637-642,1997; Fenton et al., J. Immunother., 21:95-108,1998）。
【０１００】
リンパ球機能関連抗原−１（ＬＦＡ−１）は白血球で発現され、ＡＰＣおよびいくつかの腫瘍細胞で発現されるＩＣＡＭ−１と相互作用する。この相互作用は、Ｔ細胞ＩＬ−２およびＩＦＮ−γ産生を誘導し、したがってＢ７／ＣＤ２８同時刺激相互作用を補足し得るが、しかし置換しない（Fenton et al., 1998）。したがってＬＦＡ−１は、Ｂ７に関して上記で考察された種々の方法における予防接種プロトコールにおいて提供され得る同時刺激分子のさらなる一例である。
【０１０１】
完全ＣＴＬ活性化およびエフェクター機能は、Ｔｈ細胞ＣＤ４０Ｌ（ＣＤ４０リガンド）分子およびＤＣにより発現されるＣＤ４０分子間の相互作用によるＴｈ細胞ヘルプを要する（Ridge et al., Nature, 393:474,1998; Bennett et al., Nature, 393:478, 1998; Schoenberger et al., Nature, 393:480, 1998）。この同時刺激シグナルのこのメカニズムは、ＤＣ（ＡＰＣ）によるＢ７および関連ＩＬ−６／ＩＬ−１２産生の上向き調節を包含すると思われる。したがってＣＤ４０−ＣＤ４０Ｌ相互作用は、シグナル１（抗原／ＭＨＣ−ＴＣＲ）およびシグナル２（Ｂ７−ＣＤ２８）相互作用を補足する。
【０１０２】
ＤＣ細胞を直接刺激するための抗−ＣＤ４０抗体の使用は、正常では炎症情況の外側で遭遇するかまたは非専門的ＡＰＣ（腫瘍細胞）により提示される腫瘍関連抗原に対する応答を強化すると予測されることだろう。例えばＣＤ４０−ＣＤ４０Ｌ相互作用を増大することによる、またはＤＣをＣｐＧ含有オリゴデオキシヌクレオチドまたは細胞外マトリックスからの刺激性糖部分と接触させることによる樹状細胞の突然変異のその他の誘導方法は、当業界で既知である。これらの情況では、ＴｈヘルプおよびＢ７同時刺激シグナルは提供されない。このメカニズムは、抗原パルス化ＤＣベースの療法の情況において、またはＴｈエピトープが既知の腫瘍関連抗原前駆体内に限定されていない情況において用いられ得る。
【０１０３】
投与される場合、本発明の治療用組成物は、製薬上許容可能な調製物中で投与される。このような調製物は、製薬上許容可能な濃度の塩、緩衝剤、防腐剤、相溶性担体、補助免疫増強剤、例えばアジュバントおよびサイトカイン、ならびに任意にその他の療法的作用物質をルーチンに含有し得る。
【０１０４】
本発明の調製物は、有効量で投与される。有効量とは、単独でまたはさらなる用量とともに、所望の応答を刺激する製剤調製物の量である。癌を治療する場合、望ましい応答は、癌の進行の抑制である。これは、疾患の進行を一時的に遅くすることのみを包含し得るが、しかしさらに好ましくは、永続的に疾患の進行を停止させることを包含する。免疫応答を誘導する場合には、望ましい応答は、用いられるＭＡＧＥ−Ａ１免疫原（単数または複数）に特異的である抗体またはＴリンパ球の増大である。これらの望ましい応答は、ルーチン法により監視され得るし、あるいは本明細書中で考察される本発明の診断方法により監視され得る。
【０１０５】
本発明の治療用組成物を用いて免疫応答を刺激するのが望ましい場合、これは、血清中の抗体力価の増大、細胞傷害性リンパ球のクローン性拡張またはいくつかのその他の望ましい免疫学的応答を引き起こす体液性抗体応答の刺激を包含し得る。投与方式によって、１ナノグラム／キログラム〜１００ミリグラム／キログラムの範囲の免疫原の用量が有効であると考えられる。好ましい範囲は、５００ナノグラム〜５００マイクログラム／キログラムであると思われる。絶対量は、種々の要因、例えば投与のために選定される物質、投与が１回投与であるか多数回投与であるか、ならびに個々の患者パラメーター、例えば年齢、健康状態、サイズ、体重および疾患の段階によるであろう。これらの要因は当業者には周知であり、ルーチン実験で取り扱われ得る。
【０１０６】
［実施例］
実施例１：ＣＤ４＋Ｔリンパ球に対してＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１エピトープの同定
単球由来樹状細胞にＭＡＧＥ−Ａ１組換えタンパク質を装入して、自系ＣＤ４＋Ｔ細胞を刺激するために用いた。白色人種の１７％で発現されるＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子により提示されるペプチドＭＡＧＥ−Ａ１２８１−２９２（配列番号７）を認識するＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを単離した。
【０１０７】
Ｉ．細胞株、サイトカイン
ＥＢＶ−形質転換化Ｂ（ＥＢＶ−Ｂ）細胞株を、１０％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）（Gibco BRL）、０．２４ｍＭのＬ−アスパラギン、０．５５ｍＭのＬ−アルギニン、１．５ｍＭのＬ−グルタミン（ＡＡＧ）、１００Ｕ／ｍｌのペニシリンおよび１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充したIscoveの変法ダルベッコ培地（ＩＭＤＭ）（Gibco BRL, Gaithersburg, MD, USA）中で培養した。ヒト組換え体ＩＬ−２をEurocetus（Amsterdam, Netherlands）から、ＩＬ−７をGenzyme（Cambridge, MA, USA）から、ＧＭ−ＣＳＦをSchering Plough（Brinny, Ireland）から、そしてＴＮＦ−αをR&D Systems（Abingdon, UK）から購入した。標準組換え手法を用いて実験室で、ヒト組換えＩＬ−４、ＩＬ−６およびＩＬ−１２を生成した。
【０１０８】
ＩＩ．２つの組換えＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の生成
Ａ−大腸菌中でのリポＤ−ＭＡＧＥ−Ａ１−Ｈｉｓタンパク質の生成
SmithKline Beecham Corporation Pharmaceutical Company（Rixensart, Belgium）が組換えリポＤ−ＭＡＧＥ−Ａ１−Ｈｉｓタンパク質を生成した。それは、そのＮ末端にHaemophilus influenzaeリポＤタンパク質の３分の１の配列を、そしてそのＣ末端に７つの残基のポリヒスチジンマーカーを含有し、リポＤおよびＨｉｓ末端間にＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質（配列番号２）を有した。この組換えタンパク質は大腸菌中で生成され、以後、タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）と呼ばれている。
【０１０９】
Ｂ−Ｓｆ９昆虫細胞中でのＨｉｓ−ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の生成
バキュロウイルス発現系（PharMingen, San Diego, CA, USA）を用いてSpodoptera frugiperda（Ｓｆ９）昆虫細胞中で、実験室において別の組換えＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質を生成した。バキュロウイルスの一菌株であるAutographa californica核多角体ウイルス（ＡｃＮＰＶ）のｇｐ６７表面タンパク質のシグナル配列の下流のバキュロウイルス移入ベクター（ｐＡｃＧＰ６７−Ａ；PharMingen）中で、ＭＡＧＥ−Ａ１のコード配列（配列番号１のヌクレオチド１３９〜１０６８）をクローン化した。より容易に精製するために、ヒスチジン尾をコードする配列を、ＭＡＧＥ−Ａ１の配列のＣ末端に付加した。この構築物は、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の昆虫細胞による分泌を可能にし、以後、ＭＡＧＥ−Ａ１（２）と呼ばれている。組換えプラスミドのＤＮＡを致死突然変異化ＡｃＮＰＶのＤＮＡとともにＳｆ９昆虫細胞中に同時トランスフェクトした。同時トランスフェクションは、プラスミドおよびウイルスの相同領域間の組換えを可能にし、ベクターからの外来遺伝子をＡｃＮＰＶ ＤＮＡに移入する。Ｓｆ９昆虫細胞培養の上清中に含入されるタンパク質の精製は、異なるバッチに関して、下記に記載するように、異なる過程を包含した。
【０１１０】
濾過、陰イオン交換樹脂（ＤＥＡＥ−セファデックス）、ＮｉＣｌ２で飽和された高トラップキレート化カラム、固定化抗ＭＡＧＥ−Ａ１モノクローナル抗体（ＭＡｂ １１Ｂ２）を有するアフィニティークロマトグラフィー、濃縮および透析の逐次過程により、バッチ番号１のＭＡＧＥ−Ａ１（２）を精製した。
【０１１１】
濾過、陰イオン交換樹脂ＤＥＡＥ−セファデックス、ＮｉＣｌ２で飽和された高トラップキレート化カラム、逆相ＨＰＬＣおよび濃縮の逐次過程により、バッチ番号２のＭＡＧＥ−Ａ１（２）を精製した。
【０１１２】
ＩＩＩ．ヒト血液のプロセシング
標準バッフィーコート調製物として、ヘモクロマトーシス患者から末梢血を得た。Lymphoprep（Nycomed Pharma, Oslo, Norway）での遠心分離により、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を単離した。血小板によるＰＢＭＣの汚染を最小限にするために、調製物をまず１，０００ｒｐｍで室温で２０分間遠心分離した。血小板の大半を含有する上部２０〜２５ｍｌの除去後、試験管を１，５００ｒｐｍで室温で２０分間遠心分離した。ＰＢＭＣを含有する相間を収穫し、次に、残存血小板を排除するために、２ｍＭのＥＤＴＡを含有する冷リン酸塩緩衝液中で３回（またはそれ以上）洗浄した。自系樹状細胞を生成するために、２−アミノエチルイソチオウロニウム（Sigma）で処理したヒツジ赤血球（BioMerieux, Marcy l’Etoile, France）でロゼット化することにより、Ｔリンパ球からＰＢＭＣを枯渇させた。リンパ球枯渇化ＰＢＭＣを、ＡＡＧおよび１％自系血漿を補充したＲＰＭＩ １６４０培地（以後、完全ＲＰＭＩ培地と呼ぶ）中に２ｘ１０６細胞／ｍｌの密度で培養フラスコ（Falcon）中に３７℃で２時間付着させたままにした。非付着細胞を捨て、付着細胞を、完全ＲＰＭＩ培地中でＩＬ−４（１００Ｕ／ｍｌ）およびＧＭ−ＣＳＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）の存在下で培養した。２日目および４日目に新鮮な培地＋ＩＬ−４（１００Ｕ／ｍｌ）およびＧＭ−ＣＳＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）を培地の半分と取り換えることにより、培養を飼育した。５日目に、非付着細胞集団を高濃度化樹状細胞の供給源として用いた。
【０１１３】
ロゼット化Ｔ細胞をＮＨ４Ｃｌ（１６０ｍＭ）で処理してヒツジ赤血球を溶解し、洗浄した。磁気微小ビーズ（Miltenyi Biotech, Germany）に結合された抗ＣＤ８モノクローナル抗体を用いた陰性選択により、ならびにメーカーの推奨通りにＭＡＣＳにより分類することによって、ＣＤ４＋Ｔリンパ球をロゼット化Ｔ細胞から単離した。リンパ球を凍結し、その後、樹状細胞との同時培養の前日に解氷した。
【０１１４】
ＩＶ．混合リンパ球／樹状細胞培養
バッチ番号２からの約２０μｇのＭＡＧＥ−Ａ１（２）タンパク質の存在下でＩＬ−４（１００Ｕ／ｍｌ）、ＧＭ−ＣＳＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）およびＴＮＦ−α（１ｎｇ／ｍｌ）を補充した完全培地中で、３７℃で５％ＣＯ２で１８〜２０時間、樹状細胞（５ｘ１０５／ｍｌ）をインキュベートした。細胞を洗浄し、１０４／丸底微小ウエルで、ＩＬ−６（１，０００Ｕ／ｍｌ）およびＩＬ−１２（１０ｎｇ／ｍｌ）の存在下でＡＡＧおよび１０％ヒト血清を補充した２００μｌのＩＭＤＭ培地（以後、完全ＩＭＤＭ培地と呼ぶ）中の１０５自系ＣＤ４＋リンパ球に添加した（図１）。７日目および１４日目に、バッチ番号２からのＭＡＧＥ−Ａ１（２）タンパク質を新たに装入した自系樹状細胞でＣＤ４＋リンパ球を再刺激し、ＩＬ−２（１０Ｕ／ｍｌ）およびＩＬ−７（５ｎｇ／ｍｌ）を補充した完全Iscove培地中で増殖させた。４週間目に、バッチ番号１からの等量の透析化ＭＡＧＥ−Ａ１（２）タンパク質を用いて、刺激を実施した。
【０１１５】
３５日目に、タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）を装入した自系ＥＢＶ−Ｂ細胞で刺激した場合にＩＦＮ−γを産生するそれらの能力に関して、増殖中のＣＤ４＋Ｔ細胞を含有する微小培養を査定した。別のタンパク質を用いた理由は、樹状刺激体細胞に装入するために用いられるタンパク質中に含入される夾雑物に対して反応するＣＤ４＋Ｔ細胞を考慮しなくてもよいようにするためであった。２０μｇ／ｍｌのタンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）、または陰性対照としての卵白アルブミン（ＯＶＡ）（Sigma）の存在下で１８〜２０時間、自系ＥＢＶ−Ｂ細胞をインキュベートした。タンパク質パルス化ＥＢＶ−Ｂ細胞を洗浄し、〜２０，０００細胞／丸底微小ウエルで、〜３，０００ＣＤ４＋Ｔリンパ球と一緒に、ＩＬ−２（２５Ｕ／ｍｌ）を補充した完全ＩＭＤＭ培地１５０μｌ中に分布させた。２０時間後、上清を収集し、Medgenix Diagnostics-Biosource（Fleurus, Belgium）からの試薬を用いて、ＥＬＩＳＡによりそのＩＦＮ−γ含量を測定した。
【０１１６】
Ｖ．ＭＡＧＥ−Ａ１抗原に対して向けられるＣＤ４＋Ｔ細胞クローン
タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）で刺激後に高レベルのＩＦＮ−γを産生する微小培養Ｇ３を、刺激体細胞としてタンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）を装入した（５ｘ１０３〜１０ｘ１０４細胞／微小ウエル）自系ＥＢＶ−Ｂ細胞を用いて稀釈を制限することにより、クローン化した。これらの刺激体細胞は、自系樹状細胞の限定供給のために、クローニング過程用に使用した。同種異系ＬＧ２−ＥＢＶ−Ｂ細胞（５ｘ１０３〜１０ｘ１０４細胞／微小ウエル）をフィーダー細胞として添加した。ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを週１回再刺激し、ＩＬ−２（５０Ｕ／ｍｌ）および０．５μｇ／ｍｌの精製ＰＨＡ（ＨＡ１６、Murex Diagnostics, Dartford, UK）を補充した完全ＩＭＤＭ培地中で増殖させた。確立されたＣＤ４＋Ｔ細胞クローンに新鮮な培地を週１回補充し、フィーダー細胞（１．５ｘ１０６同種異系ＰＢＬ＋５ｘ１０５ＬＧ２ ＥＢＶ−Ｂ細胞／２４ウエルプレート中のウエル）を用いて１〜２週間間隔で継代した。ＣＤ４＋クローンＬＢ６５０−ＣＴＬ ４８８／Ｇ３．１４（以後クローン１４と呼ぶ）を得た。それは、タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）を装入された自系ＥＢＶ−Ｂ細胞を認識した（図２）。
【０１１７】
タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１を装入した細胞のクローン１４による認識を、抗ＨＬＡ−ＤＲ抗体によりなくした。１／２０稀釈で用いられた防腐剤無含有モノクローナル抗体の連続存在下で、クローン１４とともに、８％ＣＯ２下で３７℃で２４時間、ＭＡＧＥ−Ａ１（１）−パルス化ＥＢＶ−Ｂ細胞を同時培養した。モノクローナル抗体２Ｂ６（対ＨＬＡ−ＤＲ）は認識をなくしたが、一方、モノクローナル抗体Ｗ６／３２（対ＨＬＡ−Ａ、Ｂ、Ｃ）の存在下では認識は変わらなかった。
【０１１８】
ＶＩ．ＣＤ４クローン１４はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）を認識する
ＣＤ４クローン１４により認識されるＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを同定するために、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質配列（配列番号２）のオーバーラップ部分に対応する１６アミノ酸ペプチドを自系ＥＢＶ−Ｂ細胞上に装入し、認識に関して試験した。一時的ＮＨ２末端保護のためにＦ−ｍｏｃを用いて固相上にペプチドを合成し、質量分析法を用いて特性化した。分析的ＨＰＬＣにより示した場合、全ペプチドが＞８０％純粋であった。親油性ペプチドをまずＤＭＳＯ中に２ｍｇ／ｍｌで溶解し、次に５μｇ／ｍｌの濃度で用いられるようIscove培地中に稀釈した。異なるペプチドの存在下でＥＢＶ−Ｂ細胞を３７℃で２時間インキュベートしたが、指示濃度はインキュベーション過程中のそれらの濃度を表す。それらを、〜１０，０００細胞／丸底微小ウエルで、〜２，５００ＣＤ４＋Ｔリンパ球と一緒に、ＩＬ−２（２５Ｕ／ｍｌ）を補充した完全ＩＭＤＭ培地１００μｌ中に分布させた。１８〜２０時間後、上清を収穫し、ＩＦＮ−γ分泌に関して査定した。Medgenix Diagnostics-Biosource（Fleurus, Belgium）からの試薬を用いて、実験室で開発されたＥＬＩＳＡ検定（２０〜４０００ｐｇ／ｍｌ）を用いて、ＩＦＮ−γ産生を測定した。
【０１１９】
２つのペプチド、即ちＶＫＶＬＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（ａａ２７７〜２９２；配列番号３）およびＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦＦＦＰＳ（ａａ２８１〜２９６；配列番号４）は陽性を得た（図３）。それらは１２アミノ酸だけオーバーラップした。クラスＩ分子により提示されたペプチドとは異なり、クラスＩＩにより提示されたものは、それらがクラスＩＩ分子溝中でそれらの末端により固定されないため、通常は長さが異なり、アミノおよびカルボキシ末端の両方での延長に耐容性である。したがって、それらのペプチドの長さを正確に限定するのは難しい。それらの配列が２つの陽性１６アミノ酸ペプチドの配列に含まれる別の組の１２アミノ酸ペプチドを試験した（図４）。ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（ａａ２８１〜２９２；配列番号７）は、クローン１４により良好に認識される（図４）。刺激体細胞を〜１０ｎＭのこのペプチドとともにインキュベートすることにより、刺激の半最大（half maximum）値を得た。これは、ＣＤ４＋Ｔ細胞によりＨＬＡクラスＩＩ分子上で認識された他のＭＡＧＥエピトープに関して得られた結果に好都合に匹敵する。例えば、〜１０ｎＭのＭＡＧＥ−Ａ３ペプチドは、抗ＭＡＧＥ−Ａ３ＣＤ４＋クローンのＩＦＮ−γの半最大産生を誘導するために必要であった。
【０１２０】
患者ＬＢ６５０を血清学的に、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊１５ならびにＤＲＢ４＊０１およびＤＲＢ５＊０１０１に類型分類した。提示中のＨＬＡ−ＤＲ分子を同定するために、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊１５ならびにＤＲＢ４＊０１またはＤＲＢ５＊０１０１を発現する付加的ＥＢＶ−Ｂ細胞株を試験した。ＤＲＢ１＊１５を発現するものすべておよびそれらだけが、クローン１４に対してＭＡＧＥ−Ａ１２８１−２９２ペプチドを提示し得た（表２）。
【０１２１】
表２．クローン１４はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５上でＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）を認識する
【表４】
【０１２２】
自系ＬＢ６５０ＥＢＶ−Ｂ細胞または同種異系ＥＢＶ−Ｂ細胞をペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）を用いて１μＭで２時間パルス処理し、洗浄した。１０，０００ペプチドパルス化ＥＢＶを、３，０００細胞のＣＤ４クローン１４とともに１８時間、丸底微小ウエル中でインキュベートした。ＥＬＩＳＡにより、上清中のＩＦＮ−γ産生を測定した。
【０１２３】
実施例２：クローン１４による他のＭＡＧＥタンパク質の認識
本明細書中に記載するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡ結合ペプチドと相同のペプチド配列は、ＭＡＧＥ−Ａ４を含めた他の癌抗原中に見出される。例えば、ＭＡＧＥ−Ａ４ペプチドを合成した：ＹＶＫＶＬＥＨＶＶＲＶＮＡＲＶＲ（配列番号１３）およびＬＥＨＶＶＲＶＮＡＲＶＲＩＡＹＰ（配列番号１４）。ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンがこれらのＭＡＧＥ−Ａ４ペプチドを認識するか否かを確定するために、本ペプチドを用いて抗原提示細胞（例えばＥＢＶ−Ｂ細胞）に装入して、上記の検定にしたがってクローン１４による認識に関して試験する。ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンがさらに別の癌関連抗原を認識するか否かを確定するために、組換えタンパク質（例えばＭＡＧＥタンパク質）またはこれらのタンパク質中の相同領域に対応するその他の合成ペプチドを、上記と同様に用いる。クローン１４により認識される相同ペプチドは、本明細書中に記載するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドの機能的変異体とみなされ得る。
【０１２４】
本発明の他の態様は当業者には明らかであり、ここに繰り返す必要はない。本明細書中に引用した参考文献は各々、それらの記載内容全体が参照により本明細書中に援用される。
【０１２５】
用いられた用語および表現は、説明のために用いられたものであって、本発明を限定するものではなく、このような用語および表現の使用において、図示され、説明された特徴またはその一部のいかなる等価物も排除されるものではなく、種々の修正は本発明の範囲内で可能であると理解される。
【図面の簡単な説明】
【０１２６】
【図１】抗ＭＡＧＥ−Ａ１ ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを得るために用いられる手法の概略図である。
【図２】クローン１４が、ＨＬＡ−ＤＲにより提示されるＭＡＧＥ−Ａ１エピトープを認識することを示す図である。
【図３】クローン１４による認識に関するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドのスクリーニングを示す図である。
【図４】クローン１４がペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）およびその他のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを認識することを示す図である。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＨＬＡクラスＩＩ分子によりＴリンパ球と結合し、これに提示される腫瘍関連遺伝子産物ＭＡＧＥ−Ａ１の断片に関する。ペプチド、このようなペプチドをコードする核酸分子、ならびに関連抗体およびＣＤ４＋Ｔリンパ球は、とりわけ診断および治療情況において有用である。
【背景技術】
【０００２】
哺乳類免疫系が外来または異質物質を認識し、それと反応する過程は複雑である。系の重要な一面はＴ細胞応答であり、これは、ＣＤ４またはＣＤ８細胞表面タンパク質に対して陽性である成熟Ｔリンパ球を一部包含する。Ｔ細胞は、ヒト白血球抗原（「ＨＬＡ」）または主要組織適合性複合体（「ＭＨＣ」）と呼ばれるペプチドおよび分子の他の細胞上の細胞表面複合体を介して他の細胞を認識し、それと相互作用し得る。ペプチドは、ＨＬＡ／ＭＨＣ分子も提示する細胞によりプロセシングされる大型分子に由来する（Male et al., Advanced Immunology（J.P. Lipincott Company, 1987）、特に６〜１０章を参照）。Ｔ細胞とＨＬＡ／ペプチドの複合体との相互作用は制限され、ＨＬＡ分子とペプチドの特定の複合体に対する特異的Ｔ細胞を要する。特異的Ｔ細胞が存在しない場合には、その相手複合体が存在する場合でもＴ細胞応答は認められない。同様に、特定の複合体が存在しないが、しかしＴ細胞は存在する場合、応答は認められない。上記のメカニズムは、外来物質に対する免疫系の応答に、自動免疫病理学におよび細胞異常に対する応答に関与する。
【０００３】
外来抗原に対するＴ細胞応答は、細胞溶解性Ｔリンパ球およびヘルパーＴリンパ球の両方を含む。ＣＤ８＋細胞傷害性または細胞溶解性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、活性時にＨＬＡクラスＩ分子により提示される適切な抗原を提示する細胞を溶解するＴ細胞である。ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞は、それらの表面のＨＬＡクラスＩＩ分子により適切な抗原を提示するマクロファージおよび抗原提示Ｂ細胞を刺激するためにサイトカインを分泌するＴ細胞である。
【０００４】
Ｔ細胞が異質物質を認識するメカニズムは、癌にも関係があるとされてきた。自系黒色腫に対して向けられる多数の細胞溶解性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）クローンが記載されている。いくつかの場合、これらのクローンにより認識される抗原が特性化されている。De Plaen et al., Immunogenetics 40:360-369（1994）には、腫瘍特異的抗原をコードする遺伝子の一ファミリーである「ＭＡＧＥ」ファミリーが記載されている（ＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９２／０４３５４（1992年11月26日公開）も参照）。これらの遺伝子の発現産物はペプチドにプロセシングされ、次にこれが細胞表面に提示される。これは、特異的ＣＴＬによる腫瘍細胞の溶解をもたらし得る。本遺伝子は、「腫瘍拒絶抗原前駆体」または「ＴＲＡＰ」分子をコードするといわれており、そしてそれに由来するペプチドは、「腫瘍拒絶抗原」または「ＴＲＡ」と呼ばれる（このファミリーの遺伝子に関するさらなる情報については、Traversari et al., Immunogenetics 35:145（1992）; van der Bruggen et al., Science 254:1643（1991）を参照）。米国特許第５，３４２，７７４号も参照されたい。
【０００５】
米国特許第５，４０５，９４０号では、ＨＬＡ−Ａ１分子により提示されるＭＡＧＥノナペプチドが教示される。特定のＨＬＡ分子に関する特定のペプチドの既知の特異性が示された場合は、あるＨＬＡ分子を結合するが、他のものは結合しない特定のペプチドを予測し得る。これは、異なる個体は異なるＨＬＡ表現型を有するため、重要である。その結果、特定のＨＬＡ分子に対する相手であるとの特定のペプチドの同定は診断的および療法的問題を有するが、これらは特定のＨＬＡ表現型を有する個体に関して当てはまるに過ぎない。細胞異常はある特定のＨＬＡ表現型に制限されず、標的化療法は問題となっている異常細胞の表現型の何らかの知識を要するため、当領域でのさらなる研究が必要とされている。
【０００６】
米国特許第５，５９１，４３０号においては、ＨＬＡ−Ａ２分子により提示されるさらに別の単離ＭＡＧＥ−Ａ３ペプチドが教示される。したがって、所定のＴＲＡＰは複数のＴＲＡを産生し得る。
【０００７】
上記の参考文献は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される腫瘍拒絶抗原の単離および／または特性化を記載する。これらのＴＲＡは、ＴＲＡをコードする腫瘍関連遺伝子（例えば、ＭＡＧＥ遺伝子）を発現する腫瘍細胞を認識するＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の活性化および増殖を誘導し得る。
【０００８】
抗腫瘍免疫におけるＣＤ４＋Ｔリンパ球（ヘルパーＴ細胞）の重要性は、これらの細胞が協同的およびエフェクター機能に役立つだけでなく、免疫記憶を保持するのにも重要である動物モデルにおいて実証されている（Topalian, Curr. Opin. Immunol. 6:741-745, 1994により再検討されている）。さらに、いくつかの研究は、貧腫瘍特異的免疫はＴヘルパー細胞の不適切な活性化のためであるという主張を支持している。
【０００９】
ＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼ遺伝子は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されてＣＤ４＋Ｔリンパ球を刺激するペプチドをコードするということが、近年実証された（ＰＣＴ／ＵＳ９８／１８６０１；Topalian et al., 1994; Yee et al., J. Immunol. 157:4079-4086, 1996; Topalian et al., J. Exp. Med. 183:1965-1971, 1996）。
【００１０】
多数の癌関連抗原を用いる場合と同様に、ＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼは限定パーセンテージの腫瘍において、ならびにある種類の腫瘍において発現される。さらに、ＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドは、特定のＨＬＡ分子を発現する細胞によってのみ認識されるＨＬＡ制限ペプチドである。
【００１１】
したがって、患者の腫瘍がＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼを発現しないために、または患者がＭＡＧＥ−Ａ３またはチロシナーゼペプチドを提示するための適切なＨＬＡ分子を発現しないために、前に記載されたＭＡＧＥ−Ａ３およびチロシナーゼペプチドによるヘルパーＴ細胞刺激を含む任意の療法から利益を得ない多数の患者が存在する。したがって、ＭＨＣクラスＩＩ分子により提示され、ＣＤ４＋リンパ球により認識されるエピトープを含有するさらに別の腫瘍関連抗原の同定の必要がある。
【発明の開示】
【００１２】
ＭＡＧＥ−Ａ１遺伝子は、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドである付加的腫瘍拒絶抗原をコードするということが、ここに発見された。これらのペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子を有する抗原提示細胞により提示されると、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の活性化および増殖を有効に誘導する。
【００１３】
本発明は、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する単離ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドおよびこのようなペプチドの機能的変異体を提供するが、機能的変異体は、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド配列の１つまたはそれ以上のアミノ酸付加、置換または欠失を含む。本発明は、このようなペプチドをコードする単離核酸分子、それらの核酸分子を含有する発現ベクター、それらの核酸分子でトランスフェクトされる宿主細胞、ならびにそれらのペプチドおよびペプチドとＨＬＡクラスＩＩ抗原提示分子の複合体に対する抗体も提供する。ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ抗原提示分子の複合体を認識するＴリンパ球も提供される。上記の分子を含有するキットおよびワクチン組成物も付加的に提供される。上記のものは、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする症状の診断または治療に用いられ得る。ＭＡＧＥファミリーのポリペプチドの成員およびＭＡＧＥ関連遺伝子を含む核酸は有意の配列同一性および機能的相同を共有することが既知である（例えば、腫瘍抗原および前駆体のように）ので、本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１以外のＭＡＧＥおよびＭＡＧＥ−Ａファミリーの成員由来の構造的関連ＨＬＡ結合ペプチドも包含する。例えば、本明細書中に開示されたＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドと同様のアミノ酸配列は、ＭＡＧＥ−Ａ４タンパク質に見出される。したがって、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、このようなペプチドを含有する組成物ならびにこのようなペプチドの同定および使用方法についての本明細書中に含入された開示は、ＭＡＧＥ腫瘍関連抗原ファミリーの他の成員にも当てはまる、と理解される。
【００１４】
本発明の一態様によれば、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、または１つまたはそれ以上のアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが提供される。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、本発明のこの態様においては、全ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質を含まない。一実施形態における単離ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。ある種の実施形態では、単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。好ましい実施形態では、単離ペプチドは上記のアミノ酸配列の１つからなる。ある種の実施形態では、単離ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。本発明の他の実施形態では、単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、非加水分解性である。好ましい非加水分解性ペプチドは、Ｄ−アミノ酸を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＮＨ］−還元化アミドペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＯＣＨ２］−ケトメチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ（ＣＮ）ＮＨ］−（シアノメチレン）アミノペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）］−ヒドロキシエチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｏ］−ペプチド結合を含むペプチドおよび−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｓ］−チオメチレンペプチド結合を含むペプチドからなる群から選択される。
【００１５】
本発明の別の態様によれば、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよび単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む組成物が提供される。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ポリトープポリペプチドとして併合される。他の実施形態では、組成物中の単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、組成物中の単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。上記の組成物のある種の実施形態では、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナルを含む。好ましくは、エンドソームターゲッティングシグナルは、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００１６】
本発明の別の態様によれば、上記のＨＬＡ−クラスＩＩ結合ペプチドのいずれかをコードする単離核酸が提供される。本発明のこの態様に関しては、核酸分子は、全ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質をコードしない。核酸分子は、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよび１つまたはそれ以上の付加的アミノ酸をコードでき、好ましくはこれらのアミノ酸は、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに隣接するＭＡＧＥ−Ａ１アミノ酸である。したがって、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５またはそれ以上で、好ましくはＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの末端からＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質のアミノ末端および／またはカルボキシル末端までのアミノ酸よりアミノ酸が１個少ないアミノ酸までをコードするヌクレオチド配列が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸分子の一端または両端に付加され得る。好ましくは核酸は配列番号１２を含む。
【００１７】
本発明のさらに別の態様によれば、発現ベクターが提供される。発現ベクターは、プロモーターと操作可能的に連結される上記の単離核酸のいずれかを含む。好ましい実施形態では、核酸は、配列番号１２を含む。他の実施形態では、発現ベクターは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をコードする核酸をさらに含む。
【００１８】
本発明のさらに別の態様によれば、上記の発現ベクターのいずれかでトランスフェクトされるかまたは形質転換される宿主細胞が提供される。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現し、かつ上記の発現ベクターのいずれかでトランスフェクトされるかまたは形質転換される宿主細胞も提供される。
【００１９】
本発明の別の態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の集団を選択的に高濃度化（enrich）するための方法が提供される。本方法は、ＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の単離集団を選択的に高濃度化するのに十分な量でＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体を提示する因子とＴリンパ球の単離集団を接触させる過程を包含する。ある種の実施形態では、因子は、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合断片と接触した抗原提示細胞である。好ましい実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を有するペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列を含む。上記の方法のある種の実施形態では、単離ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナルを含む。好ましくは、エンドソームターゲッティングシグナルは、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２０】
本発明のさらなる態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害の診断方法が提供される。本方法は、対象から単離された生物学的試料をＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的である因子と接触させる過程と、因子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとの間の相互作用を障害の鑑定として確定する過程と、を包含する。いくつかの実施形態における生物学的試料は、例えば腫瘍細胞溶解物を装入された樹状細胞である。ある種の実施形態では、ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を包含する。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２１】
本発明の別の態様によれば、ＨＬＡクラスＩＩ分子との複合体を形成するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害の診断方法が提供される。本方法は、対象から単離された生物学的試料を複合体を結合する因子と接触させる過程と、複合体および因子間の結合を障害の鑑定として確定する過程と、を包含する。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２２】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法が、本発明の別の態様で提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与する過程を包含する。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２３】
本発明のさらに別の態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法が提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびそれに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与する過程を包含する。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。上記の方法のある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ポリトープポリペプチドとして組合される。さらに他の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはエンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２４】
本発明のさらに別の態様によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法が提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量の、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体の存在を対象中で選択的に高濃度化する因子を対象に投与する過程を包含する。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を包含する。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ある種の実施形態では、因子は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、エンドソームターゲッティングシグナルを含む。好ましいエンドソームターゲッティングシグナルは、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む。
【００２５】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象のさらに別の治療方法が、本発明の別の態様において提供される。本方法は、障害を改善するのに十分な量の自系ＣＤ４＋Ｔリンパ球を対象に投与する過程を包含し、この場合、ＣＤ４＋Ｔリンパ球はＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体に特異的である。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２６】
本発明の別の態様によれば、単離ポリペプチドが提供される。単離ポリペプチドは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、好ましくは配列番号７を含むエピトープを選択的に結合するが、但し、単離ポリペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子ではない。ある種の実施形態では、単離ポリペプチドは抗体であり、好ましくはモノクローナル抗体である。他の実施形態では、単離ポリペプチドは、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）２断片またはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対して選択的なＣＤＲ３領域を含む断片からなる群から選択される抗体断片である。
【００２７】
本発明のさらに別の態様によれば、単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球が提供される。単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球は、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を選択的に結合する。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２８】
本発明のさらに別の態様によれば、単離抗原提示細胞が提供される。単離抗原提示細胞は、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を含む。好ましくは、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子である。ある種の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列またはその機能的変異体を含む。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。
【００２９】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体の同定方法が、本発明の別の態様により提供される。本方法によれば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ結合分子、ならびにＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドにより刺激されるＴ細胞が選択される。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第一アミノ酸残基が、変異体ペプチドを調製するために突然変異化される。ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＴ細胞の刺激が次に確定されるが、この場合、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示される変異体ペプチドによるＴ細胞の刺激は、変異体ペプチドが機能的変異体であることを示す。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含む。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドである。さらに好ましくは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ある種の実施形態では、本方法は、機能的変異体によるＴ細胞の刺激の有効性の鑑定としてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドによるＴ細胞の刺激および機能的変異体によるＴ細胞の刺激を比較する過程をさらに包含する。他の実施形態では、本方法は、基質として変異体ペプチドを用いる機能的変異体の同定プロセスを反復する過程を包含する。これらの方法は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第二アミノ酸残基を突然変異化して（変異体ペプチドの突然変異化以外）、第２の変異体ペプチドを調製する過程を包含する。次に、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との第２の変異体ペプチドの結合およびＴ細胞の刺激が、第１の変異体ペプチドに関するのと同様に確定される。本プロセスは、機能が毎回試験される限り、第２の変異体ペプチド等を用いて反復され得る。各反復は、基質ペプチドに関して１アミノ酸差を有する変異体ペプチドを生成する。１つより多いアミノ酸残基が各反復時に突然変異化されるさらに別の方法も包含されるが、このような方法も、ペプチド、例えばＨＬＡクラスＩＩ結合分子の機能および／またはＴ細胞の刺激を確定する過程を包含する。
【００３０】
本発明は、上記のまたは明細書を通して記載された薬剤のいずれか１つまたはそれ以上を含有する製剤調製物も提供する。このような製剤調製物は、製薬上許容可能な希釈担体または賦形剤を含み得る。
【００３１】
薬剤、特に癌の治療のための薬剤の調製における上記の組成物、ペプチドおよび核酸の使用も提供される。
【００３２】
本発明のこれらのおよびその他の目的は、本発明の詳細な説明に関連してさらに詳細に説明される。
【００３３】
発明の詳しい説明
本発明は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される単離ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドであって、ＣＤ４＋Ｔリンパ球の増殖および活性化を刺激するペプチドを提供する。このようなペプチドは、本明細書中では、「ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド」、「ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド」および「ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチド」と呼ばれる。ＭＡＧＥ−Ａ１（配列番号１および２）は、ＭＡＧＥ−１としても既知である。それゆえ、本発明の一態様は、配列番号７のアミノ酸配列を含む単離ペプチドである。クラスＩにより提示されるペプチドならびにクラスＩＩにより提示される抗原性ペプチドの使用は、療法的抗腫瘍予防接種の効力を改善し得る。さらに、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される抗原についての知識は、腫瘍抗原をコードする全遺伝子を保有するタンパク質によりまたは組換え体ウイルスにより免疫感作された癌患者の免疫応答の評価のために有用であるであろう。
【００３４】
以下の実施例は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドであるペプチドの単離を示す。これらの例示的ペプチドは、配列番号１の核酸のプロセシング化翻訳産物である。そういうものとして、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが提示のための最終形態にプロセシングされる翻訳産物は、それらが１つまたはそれ以上のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを包含する限り、任意の長さまたは配列のものであり得る、と当業者に理解されるであろう。以下の実施例で実証されるように、１２アミノ酸という小さいならびにＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質（配列番号２）のアミノ酸配列という大きいペプチドまたはタンパク質は、適切にプロセシングされ、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示され、そしてＣＤ４＋Ｔリンパ球を刺激するのに有効である。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、例えば配列番号３、配列番号４または配列番号７のペプチドは、一端または両端に付加された１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上のアミノ酸を有し得る。このようなペプチドの抗原性部分は、ＨＬＡクラスＩＩ分子による提示のために生理学的条件下で切り取られる。ＨＬＡクラスＩＩペプチド長は約１０アミノ酸〜約３０アミノ酸の間で変動し得るということも当業界で周知である（Engelhard, Ann. Rev. Immunol. 12:181-201, 1994）。ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのほとんどが、１２〜１９アミノ酸の長さの範囲内にある。繰込み組のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが同定されており、この場合、ペプチドは、コア配列を共有するが、しかしアミノおよび／またはカルボキシル末端に異なるアミノ酸を有する（例えば、実施例ならびにChicz et al., J. Exp. Med. 178:27-47, 1993を参照）。本明細書中に開示されたペプチドより少ないアミノ酸を有するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドも、本発明に含まれる。したがって、付加的ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドならびにＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドと相同のＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、本明細書中に記載した手法にしたがって当業者により同定され得る。
【００３５】
ポリペプチドに関して本明細書中で用いる場合、「単離された」とは、そのネイティブ環境から分離され、その同定または使用を可能にするのに十分な量で存在することを意味する。単離されたとは、タンパク質またはポリペプチドを指す場合、例えば、（ｉ）発現クローニングにより選択的に産生され、あるいは（ｉｉ）例えばクロマトグラフィーまたは電気泳動により精製されることを意味する。単離タンパク質またはポリペプチドは実質的に純粋であるが、そうである必要はない。「実質的に純粋」という用語は、タンパク質またはポリペプチドが、それらが天然にまたはin vivo系で、それらの意図された使用のために実際的および適切な程度に見出され得るその他の物質を本質的に含有しないことを意味する。実質的に純粋なポリペプチドは、当業界で周知の技法により産生され得る。単離タンパク質は製薬上許容可能な担体とともに製剤調製物中に混和され得るため、タンパク質は小重量％の調製物のみを含み得る。タンパク質は、それが生きている系に関連し得る物質から分離されるという点で、それでもなお単離され、即ち、他のタンパク質から単離される。
【００３６】
実施例に記載された手法は、ＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを同定するために利用され得る。したがって、細胞をＭＡＧＥポリペプチドに接触させることにより、または当該ＭＡＧＥタンパク質の発現を指図する核酸分子を細胞に導入することにより、例えば抗原提示細胞、例えば正常血液ドナーの樹状細胞に組換え体ＭＡＧＥタンパク質（またはその断片）を装入し得る。次に、抗原提示細胞を用いて、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを認識する特定のＣＤ４リンパ球の活性化および増殖をin vitroで誘導し得る。次に、例えばＣＤ４リンパ球の活性化および増殖を刺激するために用いられるＭＡＧＥタンパク質のペプチド断片で細胞を刺激することにより、実施例に記載したように、ペプチドの配列が確定され得る。あるいは、ＭＡＧＥタンパク質由来のペプチドを抗原提示細胞に装入し得る。例えば、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合するためのコンセンサスアミノ酸配列を基に、候補ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドであるＭＡＧＥファミリータンパク質由来のペプチド配列を予測し得る。この点では、例えば、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３１８２およびＰＣＴ／ＵＳ９８／０１３７３を参照されたい。ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを選択するためのコンピューターソフトウェアも利用可能である（ＴＥＰＩＴＯＰＥ；Sturniolo et al., Nature Biotechnol. 17:555-561, 1999; Manici et al., J. Exp. Med. 189:871-876, 1999）。このように選択されたペプチドは、特定のＣＤ４リンパ球を誘導するために、ならびにペプチドの同定のために、本明細書中に記載した検定中で用いられ得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合のためのペプチドを選択および試験するさらに別の方法は、当業界で周知である。
【００３７】
上記のように、本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体を包含する。本明細書中で用いる場合、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの「機能的変異体」または「変異体」とは、ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの一次アミノ酸配列に対して１つまたはそれ以上の修飾を含有し、本明細書中に開示されたＨＬＡクラスＩＩおよびＴ細胞受容体結合特性を保持するペプチドである。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド機能的変異体を作製する修飾は、例えば、１）ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの特性、例えば発現系でのペプチド安定性またはＨＬＡ−ペプチド結合のようなタンパク質−タンパク質結合の安定性を強化するために、２）ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対する新規の活性または特性、例えば抗原性エピトープの付加または検出可能部分の付加を提供するために、あるいは３）同一または類似のＴ細胞刺激特性を生じる異なるアミノ酸配列を提供するためになされ得る。ＭＡＧＥ−Ａ１（ならびにＭＡＧＥファミリー）ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対する修飾は、ペプチドをコードする核酸に対してなされることができ、その例としては、欠失、点突然変異、切頭化、アミノ酸置換およびアミノ酸の付加が挙げられる。あるいは、修飾は、例えば開裂、リンカー分子の付加、検出可能部分（例えばビオチン）の付加、脂肪酸の付加、あるアミノ酸の別のアミノ酸による置換等により、ポリペプチドに対して直接なされ得る。変異体は、無作為ペプチドあるいは１つまたはそれ以上の位置に置換を含むＭＡＧＥペプチドの配列を基礎にしたペプチドであり得るペプチドのライブラリーからも選択され得る。例えば、ペプチドライブラリーは、ＨＬＡクラスＩＩ分子に結合されたＭＡＧＥペプチドの複合体との競合検定に用いられ得る（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを装入された樹状細胞）。ＨＬＡクラスＩＩ分子とのＭＡＧＥペプチドの結合に関して競合するペプチドは、シーケンシングされ、他の検定に用いられて（例えばＣＤ４リンパ球増殖）、ＭＡＧＥペプチド機能的変異体としての適合性を確定され得る。他の機能的変異体としては、ペプチド模倣化合物が挙げられる。ペプチド模倣物は、ＨＬＡクラスＩＩ結合のために調製され、試験されて（Falcioni et al., Nature Biotechnol. 17:562-567, 1999を参照）、次にＣＤ４＋Ｔ細胞の刺激に関して試験され得る。
【００３８】
修飾は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドアミノ酸配列の全部または一部を含む融合タンパク質、例えば不変鎖−ＭＡＧＥ−Ａ１融合タンパク質も包含する。したがって本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびエンドソームターゲッティングシグナル、例えばヒト不変鎖（Ｉｉ）またはＬＡＭＰ−１を含む融合タンパク質を包含する。ヒト不変鎖のエンドソームターゲッティング部分とＭＡＧＥ−Ａ１との融合は、ＨＬＡクラスＩＩペプチド提示経路に対するＭＡＧＥ−Ａ１の効率的ターゲッティングを引き起こす。ヒト不変鎖またはその他のターゲッティングポリペプチドの「エンドソームターゲッティング部分」とは、第２のポリペプチドに融合または接合された場合に、第２のポリペプチドのエンドソーム局在化を増大する分子の部分である。したがって、エンドソームターゲッティング部分は、ヒト不変鎖Ｉｉのようなターゲッティングポリペプチドの全配列または小部分のみを含み得る。当業者は、ターゲッティング分子のエンドソームターゲッティング部分を容易に確定し得る。付加的エンドソームターゲッティングシグナルは、当業者により同定され、ＭＡＧＥ−Ａ１またはそのＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合部分に融合され、そしてルーチンにすぎない実験を用いてＨＬＡクラスＩＩペプチド提示経路に対するターゲッティングに関して試験され得る。エンドソームターゲッティングシグナル部分およびＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド部分を含む融合ポリペプチドの一例としては、公開済ＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９８／１８６０１を参照されたい。
【００３９】
ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのアミノ酸配列は、天然または非天然起源であり得る。即ち、それらは、天然ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド分子を含み得るか、あるいはアミノ酸配列が、提示される場合にヘルパーＴ細胞を刺激する能力を保持し、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子のようなＨＬＡクラスＩＩ分子との結合の特性を保持する限り、修飾化配列を含み得る。例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、この情況においては、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよび非関連アミノ酸配列、配列番号３、４および７で示されるアミノ酸配列の合成ペプチド、標識化ペプチド、ＭＡＧＥ発現癌を有する患者から単離されたペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１を発現する培養細胞から単離されたペプチド、非ペプチド分子に結合されたペプチド（例えばある種の薬剤送達系における）、ならびに配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列を含むその他の分子を含む融合タンパク質であり得る。
【００４０】
好ましくは、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、非加水分解性である。このようなペプチドを提供するために、１つまたはそれ以上のＤ−アミノ酸を含有するペプチドまたは１つまたはそれ以上の非加水分解性ペプチド結合連結アミノ酸を含有するペプチドのような非加水分解性ペプチドのライブラリーからＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを選択し得る。あるいは、ＣＤ４＋Ｔリンパ球を誘導するのに最適であるペプチドを選択し、次に、プロテアーゼによる加水分解のための能力を低減する必要がある場合にこのようなペプチドを修飾し得る。例えば、タンパク質分解性切断に対する感受性を確定するために、ペプチドは標識され、細胞抽出物または精製プロテアーゼとともにインキュベートされ、次に例えばペプチドおよびタンパク質分解性断片をシーケンシングすることにより、どのペプチド結合がタンパク質分解を蒙りやすいかを確定するために単離される。あるいは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのアミノ酸配列をプロテアーゼのパネルの既知の切断部位特異性と比較することにより、感受性であるかもしれないペプチド結合が同定され得る。このような検定の結果に基づいて、タンパク質分解を蒙りやすい個々のペプチド結合は、ペプチドのin vitro合成により非加水分解性ペプチド結合に置換され得る。
【００４１】
多数の非加水分解性ペプチド結合は、このような結合を含有するペプチドの合成のための手法とともに、当業界で既知である。非加水分解性結合としては、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＮＨ］−還元化アミドペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＯＣＨ２］−ケトメチレンペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＨ（ＣＮ）ＮＨ］−（シアノメチレン）アミノペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）］−ヒドロキシエチレンペプチド結合、−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｏ］−ペプチド結合および−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｓ］−チオメチレンペプチド結合が挙げられる。
【００４２】
ペプチドの非ペプチド類似体、例えば構造安定化または生分解性減少を提供するものも意図される。ペプチド模倣類似体は、非ペプチド部分による１つまたはそれ以上の残基の置換による選定ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに基づいて調製され得る。好ましくは、非ペプチド部分は、ペプチドにその天然配座を保持させ、または好ましい、例えば生物活性配座を安定化させる。このようなペプチドは、配座および／または活性に及ぼす置換（単数または複数）の影響を査定するために、分子または細胞ベースの結合検定で試験され得る。ペプチドからの非ペプチド模倣類似体の調製方法の一例は、Nachman et al., Regul. Pept. 57:359-370（1995）に記載されている。ペプチドは、本明細書中で用いる場合、上記のすべてを包含する。
【００４３】
変異体が配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸に対する変化を包含する場合、保存的アミノ酸置換、即ち電荷、疎水性、配座等のような元のアミノ酸の特性を保持する置換を有するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体が典型的には好ましい。アミノ酸の保存的置換の例としては、以下の群内のアミノ酸間でなされる置換が挙げられる：（ａ）Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｖ；（ｂ）Ｆ、Ｙ、Ｗ；（ｃ）Ｋ、Ｒ、Ｈ；（ｄ）Ａ、Ｇ；（ｅ）Ｓ、Ｔ；（ｆ）Ｑ、Ｎ；および（ｇ）Ｅ、Ｄ。
【００４４】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体のその他の同定方法は、StromingerとWucherpfennigの公開済みＰＣＴ出願（ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３１８２）で提供される。これらの方法は、考え得るエピトープが比較され得るアミノ酸配列モチーフの開発によっている。各モチーフは、各（相対的）位置の残基が、（ａ）単一残基に制限され、（ｂ）制限組の残基の間での変更を可能にされ、または（ｃ）すべての考え得る残基間での変更を可能にされ得る限定組のアミノ酸配列を説明する。例えばモチーフは、最初の位置の残基が残基バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニンまたはフェニルアラニンのいずれかであり、二番目の位置の残基はヒスチジンでなければならず、三番目の位置の残基は任意のアミノ酸残基であり、四番目の位置の残基は残基バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシンまたはトリプトファンのいずれかであり、そして五番目の位置の残基はリシンでなければならない、ということを明示する。
【００４５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド機能的変異体に関する配列モチーフは、本明細書中に開示されたＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの主要組織適合性複合体ＨＬＡ−ＤＲタンパク質および／またはＴ細胞受容体（「ＴＣＲ」）接触点の結合ドメインまたは結合ポケットの分析により開発され得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合ポケットの形成に関与する残基の詳細な構造分析を提供することにより、任意のＨＬＡクラスＩＩタンパク質とのＭＡＧＥペプチドの結合に関する配列モチーフの予測を成し得る。
【００４６】
これらの配列モチーフを探索、評価または設計判定規準として用いて、特定のＨＬＡ分子との結合の、ならびにＴ細胞応答を誘導するためのＴ細胞受容体との相互作用の合理的可能性を有するペプチド（例えば、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、特に本明細書中に開示されたＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド、およびそれらの機能的変異体）の種類を同定し得る。これらのペプチドは合成され、本明細書中に記載されたような活性に関して試験され得る。これらのモチーフの使用は、純配列相同（抗原的に類似するが、しかし配列は全く別個である多数のペプチドを除外する）または無制限「保存的」置換を有する配列相同（重要な高保存部位で異なる多数のペプチドを許容する）と対照したものとして、疾患の治療において考え得る適用に関して当業者がペプチドを評価し得る方法を表す。
【００４７】
StromingerとWucherpfennigのＰＣＴ出願、およびその出願に引用された参考文献（これらの記載内容は、参照により本明細書中に援用される）は、ＨＬＡクラスＩＩペプチドの残基を接触させるＨＬＡクラスＩＩおよびＴＣＲ結合ポケットを記載している。ＨＬＡクラスＩＩおよび／またはＴＣＲ結合ポケットにおいて結合すると思われる残基を一定に保持することによるか、または特殊化置換のみを可能にすることにより、ＨＬＡクラスＩＩおよびＴ細胞受容体との結合を保持するＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体が調製され得る。
【００４８】
したがって、さらに別のＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩペプチド、特にＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、およびその機能的変異体の同定方法が提供される。概して、任意のＭＡＧＥタンパク質が上記の分析を施され、本明細書中に記載したようにペプチド配列が選定され、試験され得る。例えばＭＡＧＥ−Ａ１に関しては、本方法は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ結合分子、ならびにＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドにより刺激されるＴ細胞を選択することを包含する。好ましい実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含む。さらに好ましくは、本ペプチドは、配列番号３、配列番号４または配列番号７のアミノ酸配列からなる。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第一アミノ酸残基は、変異体ペプチドを調製するために突然変異化される。アミノ酸残基は、上記のStromingerとWucherpfennigのＰＣＴ出願に記載されたＨＬＡおよびＴ細胞受容体接点の原理により突然変異化され得る。変異体ペプチドの合成、突然変異化核酸分子を用いた変異体ペプチドの組換え的産生等といった変異体ペプチドの任意の調製方法が用いられ得る。
【００４９】
次に、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合、およびＴ細胞の刺激が、標準手法により確定される。例えば、下記で例示されるように、変異体ペプチドは、ＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ分子を含有する抗原提示細胞と接触されて、変異体ペプチドと抗原提示細胞との複合体を形成し得る。次にこの複合体は、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを認識するＴ細胞と接触され得る。Ｔ細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする症状を有する患者から得られる。Ｔ細胞による変異体ペプチドの認識は、ＴＮＦまたはＩＦＮγ産生のようなＴ細胞刺激の指標を測定することにより確定され得る。同様の手法は、他のＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの同定および特性化のために実行され得る。
【００５０】
ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合、およびＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示される変異体ペプチドによるＴ細胞の刺激は、変異体ペプチドが機能的変異体であることを示す。本方法は、機能的変異体によるＴ細胞の刺激の有効性の鑑定として、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドによるＴ細胞の刺激および機能的変異体によるＴ細胞の刺激を比較する過程も包含し得る。機能的変異体をＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドと比較することにより、Ｔ細胞刺激特性の増大を示すペプチドが調製され得る。
【００５１】
上記の方法のいずれかにより調製されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの変異体をシーケンシングして、必要な場合には、アミノ酸配列を確定し、したがって、このような変異体をコードするヌクレオチド配列を推定し得る。
【００５２】
さらに本発明の一部は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドまたはその変異体をコードする核酸配列、ならびに緊縮条件下で上記のヌクレオチド配列からなる核酸分子とハイブリダイズする他の核酸配列である。「緊縮条件」という用語は、本明細書中で用いる場合、当業者がよく知っているパラメーターを指す。核酸ハイブリダイゼーションパラメーターは、このような方法を編集する参考文献、例えばMolecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook, et al., eds., Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989,またはCurrent Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel, et al., eds., John Wiley & Sons, Inc., New Yorkに見出され得る。特に、本明細書中で用いられる場合の緊縮条件とは、ハイブリダイゼーション緩衝液（３．５ｘＳＳＣ、０．０２％フィコール、０．０２％ポリビニルピロリドン、０．０２％ウシ血清アルブミン、２５ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ７）、０．５％ＳＤＳ、２ｍＭのＥＤＴＡ）中での６５℃でのハイブリダイゼーションを指す。ＳＳＣは、０．１５Ｍ塩化ナトリウム／０．１５Ｍクエン酸ナトリウム、ｐＨ７であり、ＳＤＳはドデシル硫酸ナトリウムであり、そしてＥＤＴＡはエチレンジアミン四酢酸である。ハイブリダイゼーション後、ＤＮＡが移された膜は、２ｘＳＳＣ中で室温で洗浄され、次に０．１ｘＳＳＣ／０．１ｘＳＤＳ中で室温〜６８℃までで洗浄される。
【００５３】
用いられ得るその他の条件、試薬等があり、これらは同程度の緊縮を生じる。当業者はこのような条件に通じており、したがってそれらをここでは示さない。しかしながら、本発明のＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸の相同体および対立遺伝子の明瞭な同定を可能にする方法で当業者は条件を操作し得ることを理解されたい。当業者は、その後ルーチンに単離されるこのような分子の発現に関する細胞およびライブラリーのスクリーニングとその後の関連核酸分子の単離およびシーケンシングのための方法にも周知している。
【００５４】
概して、相同体および対立遺伝子は、典型的にはそれぞれＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのアミノ酸配列（例えば配列番号３、配列番号４または配列番号７）またはこのようなペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号１２。これは配列番号７のペプチドをコードする）と少なくとも９０％のアミノ酸同一性および／または少なくとも７５％のヌクレオチド同一性を共有する。いくつかの場合には、相同体および対立遺伝子は、少なくとも９５％のヌクレオチド同一性および／または少なくとも９０％のアミノ酸同一性を共有し、そしてさらにその他の場合には、少なくとも９０％のヌクレオチド同一性および／または少なくとも９５％のアミノ酸同一性を共有する。上記の核酸の相補体も本発明に包含される。
【００５５】
ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸に関するスクリーニングでは、３２Ｐプローブと一緒に上記の条件を用いて、核酸ハイブリダイゼーション、例えばサザンブロットまたはノーザンブロットが実施され得る。ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードするＤＮＡが最後に移された膜を洗浄後、放射能シグナルを検出するために、その膜はＸ線フィルムに対して配置される。
【００５６】
核酸に関して本明細書中で用いる場合、「単離された」という用語は、（ｉ）例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によりin vitroで増幅され、（ｉｉ）クローニングにより組換え的に産生され、（ｉｉｉ）例えば開裂およびゲル分離により精製され、または（ｉｖ）例えば化学合成により合成されることを意味する。単離核酸は、当業界で周知の組換えＤＮＡ技術により容易に操作可能であるものである。したがって、５’および３’制限部位が既知であるか、またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列が開示されているベクター中に含入されたヌクレオチド配列は、単離されたとみなされるが、その天然宿主中にそのネイティブ状態で存在する核酸配列は単離されていない。単離核酸は実質的に精製され得るが、精製される必要はない。例えば、クローニングまたは発現ベクター内で単離される核酸は、それが存在する細胞中の物質を極小パーセンテージだけ含み得るという点で純粋ではない。しかしながらこのような核酸は、当業者に既知の標準技法によりそれが容易に操作されるため、その用語が本明細書中で用いられるように単離される。単離核酸とは、本明細書中で用いる場合、天然染色体ではない。
【００５７】
本発明は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの同一アミノ酸残基をコードする代替的コドンを含む核酸配列の使用も包含する。例えば、本明細書中に開示されているように、ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドである。セリン残基（配列番号７の第７番目のアミノ酸）は、コドンＵＣＵ、ＵＣＣ、ＵＣＡ、ＵＣＧ、ＡＧＵおよびＡＧＣによりコードされ得る。６つのコドンは各々、ロイシン残基をコードするという目的に関して等価である。したがって、ロイシンコードヌクレオチドトリプレットのいずれかを用いて、in vitroまたはin vivoでタンパク質合成装置を指図して、ロイシン残基を組み入れ得る、ということは当業者には明らかであろう。同様に、配列番号７のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む他のアミノ酸残基をコードするヌクレオチド配列トリプレットとしては、以下のものが挙げられる：ＣＧＡ、ＣＧＣ、ＣＧＧ、ＣＧＴ、ＡＧＡおよびＡＧＧ（アルギニンコドン）；ＡＡＡおよびＡＡＧ（リシンコドン）；ＧＵＡ、ＧＵＣ、ＧＵＧおよびＧＵＵ（バリンコドン）；ＧＡＡおよびＧＡＧ（グルタミンコドン）；ＵＵＣおよびＵＵＵ（フェニルアラニンコドン）ならびにＵＡＣおよびＵＡＵ（チロシンコドン）。その他のアミノ酸残基は、多ヌクレオチド配列により同様にコードされ得る。したがって本発明は、遺伝子コードの縮重のためにコドン配列中のネイティブＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドコード核酸とは異なる縮重核酸を包含する。
【００５８】
本発明は、１つまたはそれ以上のヌクレオチドの付加、置換および欠失を含む修飾核酸分子も提供する。好ましい実施形態では、これらの修飾核酸分子および／またはそれらがコードするポリペプチドは、非修飾核酸分子および／またはポリペプチドの少なくとも１つの活性または機能、例えば抗原性、酵素活性、受容体結合、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ分子によるペプチドの結合による複合体の形成等を保持する。ある種の実施形態では、修飾核酸分子は、修飾ポリペプチド、好ましくは本明細書中に別記されているような保存的アミノ酸置換を有するポリペプチドをコードする。修飾核酸分子は、非修飾核酸分子に構造的に関連があり、好ましい実施形態では、修飾および非修飾核酸分子が当業者に既知の緊縮条件下でハイブリダイズするよう十分に構造的に非修飾核酸分子と関連する。
【００５９】
例えば、単一アミノ酸変化を有するポリペプチドをコードする修飾核酸分子が調製され得る。これらの核酸分子は各々、本明細書中に記載したような遺伝子コードの縮重に対応するヌクレオチド変化と相容れない１、２または３つのヌクレオチド置換を有し得る。同様に、２つのアミノ酸変化を有するポリペプチドをコードする修飾核酸分子が調製され得るが、これらは例えば２〜６のヌクレオチド変化を有する。例えばアミノ酸２および３、２および４、２および５、２および６等をコードするコドンのヌクレオチドの置換を含めたこれらと同様の多数の修飾核酸分子が当業者により容易に意図される。上記の例では、２つのアミノ酸の各組合せは、修飾核酸分子の組に、ならびにアミノ酸置換をコードするすべてのヌクレオチド置換に含まれる。当業者に容易に意図されるように、さらなる置換（即ち、３またはそれ以上）、付加または欠失（例えば、停止コドンまたはスプライス部位（単数または複数）の導入による）を有するポリペプチドをコードする付加的核酸分子も調製され得るし、本発明に包含される。上記の核酸またはポリペプチドはいずれも、本明細書中に開示された核酸および／またはポリペプチドに対する構造的関連または活性の保持に関して、ルーチン実験により試験され得る。
【００６０】
本発明は、発現ベクター中での、ならびに原核生物（例えば大腸菌）または真核生物（例えば樹状細胞、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ細胞、酵母発現系および昆虫細胞における組換えバキュロウイルス発現）である宿主細胞および細胞株をトランスフェクトするための本配列の使用を包含することも理解されたい。発現ベクターは、関連配列、即ち上記のものがプロモーターと操作可能的に結合されることを必要とする。ヒトＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子はＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを提示することが見出されているので、発現ベクターは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をコードする核酸配列も含み得る（他のＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに関しては、異なるＨＬＡ分子が用いられ得る）。ベクターが両コード配列を含有する情況では、それは正常ではいずれか一方を発現しない細胞をトランスフェクトするために用いられ得る。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドコード配列は、例えば宿主細胞がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をすでに発現している場合は、単独で用いられ得る。もちろん、２つのコード配列を含有するベクターはＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現しない宿主細胞中で用いられ得るので、用いられ得る特定の宿主細胞に関する制限はなく、所望により、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸は、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現する抗原提示細胞中で用いられ得る。本明細書中で用いる場合、「ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子」は、亜型ＤＲＢ１＊１５０１１、ＤＲＢ１＊１５０１２、ＤＲＢ１＊１５０２１、ＤＲＢ１＊１５０２２、ＤＲＢ１＊１５０２３、ＤＲＢ１＊１５０３、ＤＲＢ１＊１５０４、ＤＲＢ１＊１５０５、ＤＲＢ１＊１５０６、ＤＲＢ１＊１５０７、ＤＲＢ１＊１５０８、ＤＲＢ１＊１５０９およびＤＲＢ１＊１５１０を含む。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子は、Bodmer et al., Tissue Antigens 49:297, 1996中に、ならびにhttp://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/でＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースウェブサイトで見出され得る亜型も包含する。
【００６１】
本明細書中で用いる場合、「ベクター」とは、異なる遺伝子環境間の輸送のための、または宿主細胞中での発現のための制限および結紮により所望の配列が挿入され得る多数の核酸のいずれかであり得る。ベクターは、典型的にはＤＮＡで構成されるが、ＲＮＡベクターも利用可能である。ベクターとしては、プラスミド、ファジミドおよびウイルスゲノムが挙げられるが、これらに限定されない。クローニングベクターは、宿主細胞中で自律的に複製可能であるかまたはゲノム中に組み込まれ得るクローニングベクター、ならびに新規の組換えベクターが宿主細胞中で複製するその能力を保持するようにベクターが決定可能様式で切断され、そして所望のＤＮＡ配列が結紮され得る１つまたはそれ以上のエンドヌクレアーゼ制限部位によりさらに特性化されるクローニングベクターである。プラスミドの場合、所望の配列の複製は、プラスミドが宿主細菌内でコピー数を増大する場合は多数回起こり得るし、あるいは宿主が有糸分裂により繁殖する前には宿主当たり１回だけ起こり得る。ファージの場合は、複製は、溶菌期中は能動的に起こり、溶原期中は受動的に起こり得る。発現ベクターは、調節配列に操作可能的に連結され、そしてＲＮＡ転写体として発現され得るように、所望のＤＮＡ配列が制限および結紮により挿入され得るベクターである。
【００６２】
ベクターは、ベクターで形質転換またはトランスフェクトされていたか、またはされていなかった細胞の同定に用いるのに適した１つまたはそれ以上のマーカー配列をさらに含有し得る。マーカーとしては、例えば、抗生物質またはその他の化合物に対する耐性または感受性を増大または低減するタンパク質をコードする遺伝子、その活性が当業界で既知の標準検定により検出可能である酵素（例えば、β−ガラクトシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼまたはルシフェラーゼ）をコードする遺伝子、ならびに形質転換化またはトランスフェクト化した細胞、宿主、コロニーまたはプラークの表現型に視覚的に作用する遺伝子（例えば、緑色蛍光タンパク質）が挙げられる。好ましいベクターは、それらが操作可能的に連結されるＤＮＡセグメント中に存在する構造遺伝子産物の自律的複製および発現が可能なベクターである。
【００６３】
好ましくは、発現ベクターは、タンパク質またはペプチドが発現される細胞のエンドソームに対してＭＡＧＥファミリーポリペプチド、例えばＭＡＧＥ−Ａ１またはそれらに由来するＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを標的化する配列を含有する。ＨＬＡクラスＩＩ分子は、ＨＬＡクラスＩＩ分子との他の分子の結合を妨害する不変鎖（Ｉｉ）を含有する。この不変鎖はエンドソーム中で切断され、それによりＨＬＡクラスＩＩ分子によるペプチドの結合を可能にする。したがって、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびその前駆体（例えばＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質）はエンドソームに対して標的化され、それによりＨＬＡクラスＩＩ分子と結合するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを強化することが好ましい。エンドソームに分子を向けるためのターゲッティングシグナルは当業界で既知であり、これらのシグナルは、エンドソームターゲッティングシグナルを含有する融合タンパク質が産生されるよう、発現ベクター中に組み入れられ得るのが便利である。Sanderson等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:7217-7221, 1995）、Wu等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:11671-11675, 1995）およびThomson等（J. Virol. 72:2246-2252, 1998）は、エンドソームターゲッティングシグナル（不変鎖Ｉｉおよびリソソーム関連膜タンパク質ＬＡＭＰ−１を含む）ならびにエンドソームおよび／またはリソソーム細胞区画に抗原を向ける場合のそれらの使用を記載している。
【００６４】
不変鎖のようなエンドソームターゲッティングシグナルは、非ペプチド結合によりＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはペプチドと共役されて（即ち、融合タンパク質でない）、ＭＡＧＥ−Ａ１を特異的にターゲッティングすることが可能な共役体を調製し得る。共有結合の特定の例としては、二官能架橋剤分子が用いられ得るものが挙げられる。架橋剤分子は、共役される分子の性質によって、ホモ二官能性またはヘテロ二官能性であり得る。ホモ二官能性架橋剤は、２つの同一反応基を有する。ヘテロ二官能性架橋剤は、逐次共役反応を可能にする２つの異なる反応基を有すると定義される。種々の種類の市販の架橋剤は、１つまたはそれ以上の次の基と反応性である：第一級アミン、第二級アミン、スルフヒドリル、カルボキシル、カルボニルおよび炭水化物。当業者は、連結される分子の化学的特性および単数または複数の結合の好ましい特徴に基づいて、エンドソームターゲッティング部分およびＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドまたはタンパク質を連結するための好ましい分子を、過度の実験を伴わずに確認することができる。
【００６５】
本明細書中で用いる場合、コード配列および調節配列は、調節配列の影響または制御下にコード配列の発現または転写を置くような方法でそれらが共有結合される場合、「操作可能的に」連結されるといわれる。コード配列が機能性タンパク質に翻訳されるのが望ましい場合、５’調節配列中のプロモーターの誘導がコード配列の転写を生じ、二つのＤＮＡ配列間の結合の性質が（１）フレームシフト突然変異の導入を生じない、（２）コード配列の転写を指図するプロモーター領域の能力を妨げない、または（３）タンパク質に翻訳される対応するＲＮＡ転写体の能力を妨げないならば、二つのＤＮＡ配列は操作可能的に連結されるといわれる。したがって、結果的に生じる転写体が所望のタンパク質またはポリペプチドに翻訳され得るようにプロモーター領域がそのＤＮＡ配列の転写を実行可能であった場合には、プロモーター領域はコード配列と操作可能的に連結される。
【００６６】
遺伝子発現に必要とされる調節配列の的確な性質は、種または細胞型間で変わり得るが、しかし概して、必要な場合には、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列等のような、それぞれ転写および翻訳の開始に関与する５’非転写化および５’非翻訳化配列を含む。特に、このような５’非転写化調節配列は、操作可能的に連結された遺伝子の転写制御のためのプロモーター配列を含むプロモーター領域を含む。調節配列は、望ましい場合には、エンハンサー配列または上流アクチベーター配列も含み得る。本発明のベクターは、５’リーダーまたはシグナル配列を任意に含み得る。適切なベクターの選定および設計は、当業者の能力および自由裁量の範囲内である。
【００６７】
発現のための必要な素子をすべて含有する発現ベクターは市販されており、当業者に既知である（例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning:A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989を参照）。細胞は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ポリペプチドをコードする異種ＤＮＡ（ＲＮＡ）の細胞への導入により遺伝子工学処理される。その異種ＤＮＡ（ＲＮＡ）は、宿主細胞中での異種ＤＮＡの発現を可能にするために転写性素子の操作可能制御下に置かれる。本明細書中に記載されているように、このような発現構築物は、エンドソームターゲッティングシグナル、好ましくはヒト不変鎖またはそのターゲッティング断片をコードするヌクレオチド配列も任意に含有する。
【００６８】
哺乳類細胞中でのｍＲＮＡ発現のための好ましい系は、Ｇ４１８耐性を付与する遺伝子（安定トランスフェクト化細胞株の選択を促す）、およびヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）エンハンサー−プロモーター配列のような選択可能マーカーを含有するｐＲｃ／ＣＭＶ（Invitrogen, Carlsbad, CAから入手可能）のような系である。さらに、霊長類またはイヌ細胞株中での発現に適しているのは、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）複製起点を含有し、多コピー染色体外素子としてのプラスミドの保持を促すｐＣＥＰ４ベクター（Invitrogen）である。別の発現ベクターは、in vitroでの転写を効率的に刺激するポリペプチド延長因子１αのプロモーターを含有するｐＥＦ−ＢＯＳプラスミドである。本プラスミドは、Mishizuma and Nagata（Nuc. Acids Res. 18:5322, 1990）により記載されており、トランスフェクション実験におけるその使用は、例えばDemoulin（Mol. Cell. Biol. 16:4710-4716, 1996）により開示されている。さらに別の好ましい発現ベクターは、Stratford-Perricaudetにより記載されたアデノウイルスであり、これはＥ１およびＥ３タンパク質を欠いている（J. Clin. Invest. 90:626-630, 1992）。Adeno.Ｐ１Ａ組換え体としてのアデノウイルスの使用は、Ｐ１Ａに対する免疫感作のためのマウスにおける皮内注射において、Warnier等により開示されている（Int. J Cancer, 67:303-310, 1996）。
【００６９】
本発明は、当業者が所望の単数または複数の発現ベクターを調製するのを可能にするいわゆる発現キットも包含する。このような発現キットは、少なくとも別々の部分の少なくとも２つの上記の物質を含む。その他の構成成分は、所望により付加され得る。
【００７０】
本発明は、本明細書中に記載されているように、多数の用途を有し、そのいくつかが本明細書中に記載されている。以下の用途はＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに関して記載されるが、しかし他の構造的または機能的に関連するＭＡＧＥファミリーＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに等しく適用可能である。第一に、本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする疾患を当業者が診断するのを可能にする。これらの方法は、生物学的試料中でのＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、またはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体の発現を確定する過程を含む。ペプチドまたはペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体の発現は、ペプチドまたは複合体に関する結合相手、例えば抗体を用いて検定することにより確定され得る。
【００７１】
本発明は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害を有する対象を当業者が治療するのを可能にする。治療は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体を対象中で高濃度化する因子を投与する過程、およびこのような複合体に特異的であるＣＤ４＋Ｔリンパ球を投与する過程を包含する。上記の治療に有用な因子としては、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびその機能的変異体、このようなＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを含むエンドソーム標的化融合タンパク質、このようなタンパク質およびペプチドを発現する核酸（核酸を含有するウイルスを含む）、このようなペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ結合分子の複合体（例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５）、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ結合分子の複合体を保有する抗原提示細胞等が挙げられる。本発明は、当業者が、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔリンパ球に関してＴリンパ球の集団を選択的に高濃度化することも可能にする。
【００７２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの単離は、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸を単離するのも可能にする。核酸は、in vivoで、あるいは原核生物または真核生物宿主細胞中でＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを生成するために用いられ得る。熟練従事者に周知の種々の方法を用いて、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを得ることができる。例えば、発現ベクターを細胞中に導入して、ペプチドの産生を生じ得る。別の方法では、ｍＲＮＡ転写体が微量注射され、そうでなければ細胞中に導入されて、コード化ポリペプチドの産生を生じ得る。細胞無含有抽出物、例えば網状赤血球溶解物系におけるｍＲＮＡの翻訳も、ペプチドを産生するために用いられ得る。本発明のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むペプチドは、in vitroでも合成され得る。当業者は、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを生成するために、既知のペプチド単離方法にも容易に従い得る。これらの例としては、免疫クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーおよび免疫アフィニティークロマトグラフィーが挙げられるが、これらに限定されない。
【００７３】
これらの単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、かかるペプチドを含むタンパク質、あるいはペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体、例えばＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子、は、アジュバントのような物質と組合されて、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害を治療するのに有用なワクチンを生成し得る。さらに、ワクチンは、それらの表面にＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド／ＨＬＡ複合体を提示する細胞、例えば樹状細胞、Ｂ細胞、非増殖性トランスフェクト体等から調製され得る。ワクチンとして細胞が用いられるすべての場合に、これらは、ＣＤ４＋リンパ球を刺激するのに必要な構成成分の一方または両方に関するコード配列でトランスフェクトされた細胞、あるいはトランスフェクションを必要とせずにすでに両分子を発現している細胞であり得る。例えば、自系抗原提示細胞は、患者から単離され、ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の会合中でＭＡＧＥ−Ａ１エピトープを提示する細胞を得るよう処理され得る。これらの細胞は、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋細胞応答の両方を刺激することが可能である。このような抗原提示細胞は、例えばＩｉ．ＭＡＧＥ−Ａ１融合タンパク質をコードする組換えウイルスで樹状細胞を感染させることにより得られる。樹状細胞は、ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩエピトープでも装入され得る。
【００７４】
ワクチンも、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドまたはその前駆体をコードする裸ＤＮＡまたはＲＮＡを包含するが、これらはin vitroで産生され、注射、粒子衝撃、鼻腔吸入およびその他の方法により投与され得る。「裸核酸」型のワクチンは、裸核酸によりコードされるペプチドに特異的なＣＴＬの生成を含めた免疫学的応答を惹起することが実証されている（Science 259:1745-1748, 1993）。ワクチンは、ウイルス、リポソームまたはその他の粒子、例えば薬剤送達に有用なポリマー粒子中に充填された核酸も含む。
【００７５】
本明細書中に記載した治療のいずれかにより生成されるか、または強化される免疫応答は、当業界で既知の種々の方法によりモニタリングされ得る。例えば、所定の抗原に特異的なＴ細胞の存在は、抗原性ペプチドを提示する可溶性蛍光原性ＭＨＣ分子四量体によるＴ細胞受容体の直接標識により検出され得る（Altman et al., Science 274:94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol. 8:413-416, 1998）。要するに、β２−ミクログロブリンおよびクラスＩ分子を結合するペプチド抗原の存在下で、可溶性ＭＨＣクラスＩ分子がin vitroで折り畳まれる。精製後、ＭＨＣ／ペプチド複合体は精製され、ビオチンで標識される。ビオチニル化ペプチド−ＭＨＣ複合体を標識化アビジン（例えば、フィコエリトリン）と４：１のモル比で混合することにより、四量体が形成される。四量体は次に、末梢血またはリンパ節のようなＣＴＬの供給源と接触させられる。四量体は、ペプチド抗原／ＭＨＣクラスＩ複合体を認識するＣＴＬを結合する。四量体により結合された細胞は、蛍光活性化細胞分類により分類されて、反応性ＣＴＬを単離し得る。単離ＣＴＬは次に、本明細書中に記載したような使用のためにin vitroで拡張され得る。四量体としてのＭＨＣクラスＩＩ分子の使用は、近年、Crawford等（Immunity 8:675-682, 1998）により実証された。多量体性可溶性ＭＨＣクラスＩＩ分子は、共有的に結合されたペプチドと複合化された。クラスＩＩ四量体は、適切化特異性および親和性で特異的Ｔ細胞と結合することが示された。したがって、四量体を用いて、予防接種プロトコールに対するＣＤ４＋およびＣＤ８＋細胞応答の両方をモニタリングすることができる。
【００７６】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ならびにＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡ分子の複合体は、当業界で周知の標準技法を用いて、抗体を産生するためにも用いられ得る。抗体産生の一般原理を記述する標準参照研究としては、Catty, D., Antibodies, A Practical Approach, Vol. 1, IRL Press, Washington DC（1998）; Klein, J., Immunology: The Science of Cell-Non-Cell Discrimination, John Wiley and Sons, New York（1982）; Kennett, R., et al., Monoclonal Antibodies, Hybridoma, A New Dimension In Biological Analyses, Plenum Press, New York（1980）; Campbell, A., Monoclonal Antibody Technology, in Laboratory Techniques and Biochemistry and Molecular Biology, Vol. 13（Burdon, R. et al., EDS.）, Elsevier Amsterdam（1984）;およびEisen, H.N., Microbiology, third edition, Davis, B.D. et al., EDS.（Harper & Rowe, Philadelphia（1980））が挙げられる。
【００７７】
したがって、本発明の抗体は、タンパク質、その断片、タンパク質またはその断片を発現する細胞、および適切なＨＬＡクラスＩＩ分子等を動物に投与してポリクローナル抗体を誘導することを含めた種々の方法のいずれかにより調製される。モノクローナル抗体、例えばヒト化抗体は、当業界で周知の技法により産生され得る。本明細書中に詳述されているように、このような抗体は、例えばタンパク質を発現する組織を同定するために、またはタンパク質を精製するために用いられ得る。抗体は、画像形成のための特定の標識剤、または抗腫瘍剤と結合され、それらの例としては、メトトレキセート、放射性ヨウ素化化合物、リシンのような毒素、他の細胞分裂抑制または細胞溶解剤等が挙げられるが、これらに限定されない。本発明により調製される抗体は、好ましくは本明細書中に記載したペプチド／ＨＬＡ複合体に特異的でもある。
【００７８】
「障害」または「症状」という用語が本明細書中で用いられる場合、それは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが発現される任意の病理学的症状を指す。このような障害としては、癌、例えば黒色腫、頭、首、肺または食道の扁平上皮癌、結腸直腸癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、頭または首の非扁平上皮癌、卵巣腫瘍、リンパ性白血病、膀胱癌、前立腺癌、乳癌および胃癌が挙げられる。
【００７９】
開示に基づいたいくつかの療法的アプローチは、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド提示細胞に対する対象の免疫系による応答の誘導において前提とされる。このようなアプローチの１つは、組織での表現型の異常細胞を有する対象への、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体に特異的な自系ＣＤ４＋Ｔ細胞の投与である。このようなＣＤ４＋Ｔ細胞をin vitroで開発することは当業者の技術の範囲内である。一般に、対象から採取される細胞の試料、例えば血球は、複合体を提示し、ＣＤ４＋Ｔリンパ球を惹起し得る細胞と接触されて、増殖する。標的細胞は、ＨＬＡクラスＩＩ分子を保有する抗原提示細胞、例えば樹状細胞またはＢ細胞であり得る。標的細胞は、細胞の試料がまず分類されてＣＤ４＋Ｔリンパ球集団を単離する場合、ＣＯＳ細胞のようなトランスフェクト体でもあり得る。上記の四量体技術は分類のために用いられ得る。これらのトランスフェクト体はそれらの表面の所望の複合体を提示し、問題のＣＤ４＋Ｔリンパ球と組合されると、その増殖を刺激する。ＣＯＳ細胞は、他の適切な宿主細胞と同様に、広範に利用可能である。ＣＤ４＋Ｔリンパ球の特異的産生は、下記に記載される。クローン拡張性自系ＣＤ４＋Ｔリンパ球が次に対象に投与される。次にＣＤ４＋Ｔリンパ球は対象の免疫応答を刺激し、それにより所望の療法的目標を達成する。
【００８０】
上記の療法は、対象の異常細胞の少なくともいくつかが関連ＨＬＡ／ペプチド複合体を提示するものと仮定する。これは、特定のＨＬＡ分子を提示する細胞の同定方法、ならびに関連配列、この場合にはＭＡＧＥ−Ａ１配列のＤＮＡを発現する細胞の同定方法を当業界が非常に熟知しているので、非常に容易に確定され得る。
【００８１】
上記の療法は、本発明による利用可能な療法の唯一の形態というわけではない。ＣＤ４＋Ｔリンパ球は、多数のアプローチを用いてin vivoでも惹起され得る。一アプローチは、複合体を発現する非増殖性細胞の使用である。このアプローチに用いられる細胞は、複合体を正常に発現する細胞、例えば樹状細胞、あるいは複合体の提示に必要な遺伝子の一方または両方でトランスフェクトされた細胞であり得る。Chen等（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:110-114, 1991）はこのアプローチを例証して、療法レジメンにおけるＨＰＶ−Ｅ７ペプチドを発現するトランスフェクト化細胞の使用を示している。種々の細胞型が用いられ得る。同様に、当該遺伝子の一方または両方を保有するベクターが用いられ得る。ウイルスまたは細菌ベクターが特に好ましい。例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸は、ある種の組織または細胞型におけるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を指図するプロモーターおよびエンハンサー配列と操作可能的に連結され得る。核酸は、発現ベクター中に組み入れられ得る。発現ベクターは、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードするもののような外因性核酸の挿入を可能にするよう構築されるか、または修飾された非修飾細胞外染色体核酸、プラスミドまたはウイルスゲノムであり得る。ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをコードする核酸は、レトロウイルスゲノム中にも挿入され、それにより標的組織または細胞型のゲノムへの核酸の組込みを促し得る。これらの系では、当該遺伝子は微生物、例えばワクシニアウイルス、概してポックスウイルス、アデノウイルス、単純ヘルペスウイルス、レトロウイルスまたは細菌ＢＣＧ、ならびに事実上、宿主細胞を「感染」させる物質により保有される。結果として生じる細胞は、当該複合体を提示し、自系ＣＤ４＋Ｔ細胞により認識され、次にこれが増殖する。
【００８２】
同様の作用は、ＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドをアジュバントと組合せて、in vivoでのＨＬＡクラスＩＩ提示細胞中への組み入れを促すことにより達成され得る。ＨＬＡクラスＩＩ結合部分より大きい場合、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡ分子のペプチド相手を産生するのに必要な場合にプロセシングされ得るが、一方、ＴＲＡは、さらなるプロセシングを必要とせずに提示される。一般に、対象は、有効量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの皮内注射を受けることができる。当業界での免疫感作プロトコール標準に従って、初期用量と、その後の追加免疫用量を投与することができる。
【００８３】
ＨＬＡクラスＩＩ提示細胞へのＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの組み入れを促すための好ましい方法は、クラスＩＩ結合ペプチドを含むＭＡＧＥ−Ａ１ポリペプチドと融合されたエンドソームターゲッティングシグナルを含むポリペプチドを提示細胞中で発現することによる。特に好ましいのは、ヒト不変鎖Ｉｉを含有するＭＡＧＥ−Ａ１融合タンパク質である。
【００８４】
上記の組成物またはプロトコールのいずれかは、細胞溶解性Ｔリンパ球応答の誘導のためのＭＡＧＥ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドも含み得る。例えば、下記で実証されるように、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質は細胞中でプロセシングされて、ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ応答の両方を生じ得る。このようなペプチドのいくつかが、米国特許第５，４０５，９４０号および同第５，５５８，９９５号に記載されている。ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ分子を結合するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチド（またはこのようなペプチドをコードする核酸）を投与することにより、免疫応答改善がＴヘルパー細胞およびＴキラー細胞の両方を誘導することにより提供され得る。
【００８５】
さらに、非ＭＡＧＥ−Ａ１腫瘍関連ペプチドも、ＨＬＡクラスＩおよび／またはクラスＩＩにより免疫応答を増大するために投与され得る。癌細胞が１つより多い腫瘍関連遺伝子を発現し得ることは十分に確立されている。特定の対象が付加的腫瘍関連遺伝子を発現するか否かを当業者が確定し、次に上記のＭＡＧＥ−Ａ１組成物およびワクチン中にこのような遺伝子の発現産物に由来するＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含むことは、ルーチン実験の範囲内である。
【００８６】
特に好ましいのは、「ポリトープ」として既知の一連のエピトープをコードする核酸である。エピトープは、天然フランキング配列を用いて、または用いずに、シークエンシャルまたはオーバーラップ方式で整列され得る（例えば、Thomson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92: 5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15:1280-1284, 1997を参照）し、所望により、非関連リンカー配列により分離され得る。ポリトープは、免疫応答の発生のための免疫系により認識される個々のエピトープを生成するようプロセシングされる。
【００８７】
したがって、例えばＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、他の腫瘍拒絶抗原からのペプチド（例えば、ハイブリッド核酸またはポリペプチドの調製により）、およびＭＡＧＥ−Ａ１ＨＬＡクラスＩ結合ペプチド（このうちのいくつかは以下に列挙される）と組合されて、「ポリトープ」を形成し得る。免疫応答を誘導または強化するために投与され得る腫瘍関連ペプチド抗原の例は、腫瘍関連遺伝子およびコード化タンパク質、例えばＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＧＡＧＥ−９、ＢＡＧＥ−１、ＲＡＧＥ−１、ＬＢ３３／ＭＵＭ−１、ＰＲＡＭＥ、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、チロシナーゼ、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、メラン−Ａ、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｃ４、ＭＡＧＥ−Ｃ５、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ−１、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−１およびＣＴ−７から得られる。例えば、腫瘍に特徴的な抗原性ペプチドとしては、以下の表１に列挙されたものが挙げられる。
【００８８】
【表１】
【００８９】
【表２】
【００９０】
【表３】
【００９１】
ＨＬＡクラスＩおよびＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドのその他の例は当業者に既知であり（例えば、Coulie, Stem Cells 13:393-403, 1995を参照）、ここに開示されたものと同様の方式で本発明に用いられ得る。当業者は、１つまたはそれ以上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドおよび１つまたはそれ以上の上記の腫瘍拒絶ペプチドを含むポリペプチド、あるいはこのようなポリペプチドをコードする核酸を、分子生物学の標準手法に従って調製し得る。
【００９２】
したがって、ポリトープは、種々の整列で（例えば連鎖状、オーバーラップ）一緒に連結され得る２つまたはそれ以上の考え得る免疫学的または免疫応答刺激ペプチドの群である。ポリトープ（またはポリトープをコードする核酸）は、免疫応答を刺激し、強化し、かつ／または惹起する場合のポリトープの有効性を試験するために、標準免疫感作プロトコールで、例えば動物に投与され得る。
【００９３】
ペプチドは、直接的にまたはポリトープを形成するためのフランキング配列の使用により、一緒に連結され得るし、ワクチンとしてのポリトープの使用は当業界で周知である（例えば、Thomson et al., Proc. Acad. Natl. Acad. Sci. USA 92（13）:5845-5849, 1995; Gilbert et al., Nature Biotechnol. 15（12）:1280-1284, 1997; Thomson et al., J. Immunol. 157（2）:822-826, 1996; Tam et al., J. Exp. Med. 171（1）:299-306, 1990を参照）。例えば、Tamは、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ結合エピトープの両方からなるポリトープがマウスモデルにおいて抗体および防御免疫を首尾よく生成することを示した。Tamは、エピトープの「糸」を包含するポリトープがプロセシングされて、ＭＨＣ分子により提示され、ＣＴＬにより認識される個々のエピトープを産生する、ということも実証した。したがって、種々の数および組合せのエピトープを含有するポリトープが調製され、ＣＴＬによる認識に関して、および免疫応答を増大する効力に関して試験され得る。
【００９４】
腫瘍は、一組の腫瘍抗原を発現し、そのうちのある種の小群のみが任意の所定の患者の腫瘍中で発現され得る、ということが既知である。特定の患者中で発現される腫瘍拒絶抗原の小群を示すエピトープの異なる組合せに対応するポリトープが調製され得る。ポリトープは、腫瘍型により発現されることが既知のより広範囲の腫瘍拒絶抗原を反映するよう調製され得る。ポリトープは、ポリペプチド構造物として、または当業界で既知の核酸送達系の使用により、このような治療を必要とする患者に導入され得る（例えば、Allsopp et al., Eur. J. Immunol. 26（8）:1951-1959, 1996を参照）。アデノウイルス、ポックスウイルス、Ｔｙ−ウイルス様粒子、アデノ随伴ウイルス、プラスミド、細菌等は、このような送達に用いられ得る。送達系の効力を確定するために、マウスモデルにおいてポリトープ送達系を試験することができる。この系は、ヒト臨床試験においても試験され得る。
【００９５】
免疫感作プロトコールの一部として、免疫応答を増強する物質が、癌ワクチンの核酸またはペプチド構成成分とともに投与され得る。このような免疫応答増強化合物は、アジュバントまたはサイトカインとして分類され得る。アジュバントは、抗原の貯蔵所（細胞外またはマクロファージ内）を提供し、マクロファージを活性化し、かつ特定組のリンパ球を刺激することにより、免疫学的応答を強化し得る。多数の種類のアジュバントが、当業界で周知である。特定の例としては、ＭＰＬ（SmithKline Beecham）、サルモネラ属のSalmonella minnesota Re 595リポ多糖類の精製および酸加水分解後に得られる同類物；ＱＳ２１（SmithKline Beecham）、Quillja saponaria抽出物から精製される純ＱＡ−２１サポニン；ＰＣＴ出願ＷＯ９６／３３７３９（SmithKline Beecham）に記載されたＤＱＳ２１；ＱＳ−７、ＱＳ−１７、ＱＳ−１８およびＱＳ−Ｌ１（So et al., Mol. Cells 7:178-186, 1997）；フロイントの不完全アジュバント；フロイントの完全アジュバント；ビタミンＥ；モンタニド；ミョウバン；ＣｐＧオリゴヌクレオチド（例えば、Kreig et al., Nature 374:546-9, 1995を参照）；ならびにスクアレンおよび／またはトコフェロールのような生分解性油から調製される種々の油中水エマルションが挙げられる。好ましくは、ペプチドは、ＤＱＳ２１／ＭＰＬの組合せと混合されて投与される。ＤＱＳ２１対ＭＰＬの比は、典型的には約１：１０〜１０：１，好ましくは約１：５〜５：１、さらに好ましくは約１：１である。典型的には、ヒト投与に関しては、ＤＱＳ２１およびＭＰＬは、約１μｇ〜約１００μｇの範囲でワクチン処方物中に存在する。その他のアジュバントが当業界で既知であり、本発明に用いられ得る（例えば、Goding, Monoclonal Antibodies:Principles and Practice, 2nd Ed., 1986を参照）。ペプチドおよびアジュバントの混合物またはエマルションの調製方法は、予防接種の当業者には周知である。
【００９６】
対象の免疫応答を刺激するその他の因子も、対象に投与され得る。例えばその他のサイトカインも、リンパ球刺激特性の結果として、予防接種プロトコルに有用である。このような目的のために有用な多数のサイトカインは当業者に既知であり、その例としては、ワクチンの防御作用を強化することが示されているインターロイキン−１２（ＩＬ−１２）（Science 268:1432-1434, 1995）、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−１８が挙げられる。
【００９７】
予防接種プロトコールに用いられ得る多数の付加的免疫応答増強化合物が存在する。これらは、タンパク質または核酸形態で提供される同時刺激分子を含む。このような同時刺激分子としては、樹状細胞（ＤＣ）で発現され、Ｔ細胞で発現されるＣＤ２８分子と相互作用するＢ７−１およびＢ７−２（それぞれＣＤ８０およびＣＤ８６）分子が挙げられる。この相互作用は、抗原／ＭＨＣ／ＴＣＲ刺激（シグナル１）Ｔ細胞に同時刺激（シグナル２）を提供して、Ｔ細胞増殖およびエフェクター機能を増大する。Ｂ７はＴ細胞でＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）とも相互作用し、ＣＴＬＡ４およびＢ７リガンドを包含する試験は、Ｂ７−ＣＴＬＡ４相互作用が抗腫瘍免疫性およびＣＴＬ増殖を強化し得るということを示す（Zheng et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:6284-6289, 1998）。
【００９８】
Ｂ７は、典型的には腫瘍細胞で発現されず、そこでそれらはＴ細胞に関する効率的抗原提示細胞（ＡＰＣ）ではない。Ｂ７発現の誘導は、ＣＴＬ増殖およびエフェクター機能をより効率的に腫瘍細胞が刺激するのを可能にする。Ｂ７／ＩＬ−６／ＩＬ−１２同時刺激の組合せは、Ｔ細胞集団中にＩＦＮ−γおよびＴｈ１サイトカインプロフィールを誘導して、Ｔ細胞活性のさらなる強化をもたらすことが示されている（Gajewski et al., J. Immunol. 154:5637-5648（1995））。Ｂ７による腫瘍細胞トランスフェクションは、Wang等（J. Immunother., 19:1-8,1996）による養子移入免疫療法に関するin vitroＣＴＬ拡張に関連して考察されている。Ｂ７分子のためのその他の送達メカニズムは、核酸（裸ＤＮＡ）免疫感作（Kim J et al., Nature Biotechnol. 15:7:641-646,1997）および組換えウイルス、例えばアデノおよびポックスウイルス（Wendtner et al., Gene Ther., 4: 726-735,1997）を含む。これらの系は、選定の他の分子、例えば、本明細書中で考察された抗原または抗原の断片（単数または複数）（ポリトープを含む）またはサイトカインとのＢ７の同時発現のための発現カセットの構築および使用をすべて施し易い。これらの送達系は、in vitroでの適切な分子の導入のために、ならびにin vivoでの予防接種のために用いられ得る。Ｔ細胞をin vitroおよびin vivoで直接刺激するための抗ＣＤ２８抗体の使用も考慮され得る。同様に、外来抗原に対するＴ細胞応答を誘導する誘導可能同時刺激分子ＩＣＯＳは、例えば抗ＩＣＯＳ抗体の使用により調整され得る（Hutloff et al., Nature 397:263-266, 1999）。
【００９９】
リンパ球機能関連抗原−３（ＬＦＡ−３）はＡＰＣおよびいくつかの腫瘍細胞で発現され、Ｔ細胞で発現されるＣＤ２と相互作用する。この相互作用は、Ｔ細胞ＩＬ−２およびＩＦＮ−γ産生を誘導し、したがってＢ７／ＣＤ２８同時刺激相互作用を補足し得るが、しかし置換しない（Parra et al., J. Immunol., 158:637-642,1997; Fenton et al., J. Immunother., 21:95-108,1998）。
【０１００】
リンパ球機能関連抗原−１（ＬＦＡ−１）は白血球で発現され、ＡＰＣおよびいくつかの腫瘍細胞で発現されるＩＣＡＭ−１と相互作用する。この相互作用は、Ｔ細胞ＩＬ−２およびＩＦＮ−γ産生を誘導し、したがってＢ７／ＣＤ２８同時刺激相互作用を補足し得るが、しかし置換しない（Fenton et al., 1998）。したがってＬＦＡ−１は、Ｂ７に関して上記で考察された種々の方法における予防接種プロトコールにおいて提供され得る同時刺激分子のさらなる一例である。
【０１０１】
完全ＣＴＬ活性化およびエフェクター機能は、Ｔｈ細胞ＣＤ４０Ｌ（ＣＤ４０リガンド）分子およびＤＣにより発現されるＣＤ４０分子間の相互作用によるＴｈ細胞ヘルプを要する（Ridge et al., Nature, 393:474,1998; Bennett et al., Nature, 393:478, 1998; Schoenberger et al., Nature, 393:480, 1998）。この同時刺激シグナルのこのメカニズムは、ＤＣ（ＡＰＣ）によるＢ７および関連ＩＬ−６／ＩＬ−１２産生の上向き調節を包含すると思われる。したがってＣＤ４０−ＣＤ４０Ｌ相互作用は、シグナル１（抗原／ＭＨＣ−ＴＣＲ）およびシグナル２（Ｂ７−ＣＤ２８）相互作用を補足する。
【０１０２】
ＤＣ細胞を直接刺激するための抗−ＣＤ４０抗体の使用は、正常では炎症情況の外側で遭遇するかまたは非専門的ＡＰＣ（腫瘍細胞）により提示される腫瘍関連抗原に対する応答を強化すると予測されることだろう。例えばＣＤ４０−ＣＤ４０Ｌ相互作用を増大することによる、またはＤＣをＣｐＧ含有オリゴデオキシヌクレオチドまたは細胞外マトリックスからの刺激性糖部分と接触させることによる樹状細胞の突然変異のその他の誘導方法は、当業界で既知である。これらの情況では、ＴｈヘルプおよびＢ７同時刺激シグナルは提供されない。このメカニズムは、抗原パルス化ＤＣベースの療法の情況において、またはＴｈエピトープが既知の腫瘍関連抗原前駆体内に限定されていない情況において用いられ得る。
【０１０３】
投与される場合、本発明の治療用組成物は、製薬上許容可能な調製物中で投与される。このような調製物は、製薬上許容可能な濃度の塩、緩衝剤、防腐剤、相溶性担体、補助免疫増強剤、例えばアジュバントおよびサイトカイン、ならびに任意にその他の療法的作用物質をルーチンに含有し得る。
【０１０４】
本発明の調製物は、有効量で投与される。有効量とは、単独でまたはさらなる用量とともに、所望の応答を刺激する製剤調製物の量である。癌を治療する場合、望ましい応答は、癌の進行の抑制である。これは、疾患の進行を一時的に遅くすることのみを包含し得るが、しかしさらに好ましくは、永続的に疾患の進行を停止させることを包含する。免疫応答を誘導する場合には、望ましい応答は、用いられるＭＡＧＥ−Ａ１免疫原（単数または複数）に特異的である抗体またはＴリンパ球の増大である。これらの望ましい応答は、ルーチン法により監視され得るし、あるいは本明細書中で考察される本発明の診断方法により監視され得る。
【０１０５】
本発明の治療用組成物を用いて免疫応答を刺激するのが望ましい場合、これは、血清中の抗体力価の増大、細胞傷害性リンパ球のクローン性拡張またはいくつかのその他の望ましい免疫学的応答を引き起こす体液性抗体応答の刺激を包含し得る。投与方式によって、１ナノグラム／キログラム〜１００ミリグラム／キログラムの範囲の免疫原の用量が有効であると考えられる。好ましい範囲は、５００ナノグラム〜５００マイクログラム／キログラムであると思われる。絶対量は、種々の要因、例えば投与のために選定される物質、投与が１回投与であるか多数回投与であるか、ならびに個々の患者パラメーター、例えば年齢、健康状態、サイズ、体重および疾患の段階によるであろう。これらの要因は当業者には周知であり、ルーチン実験で取り扱われ得る。
【０１０６】
［実施例］
実施例１：ＣＤ４＋Ｔリンパ球に対してＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１エピトープの同定
単球由来樹状細胞にＭＡＧＥ−Ａ１組換えタンパク質を装入して、自系ＣＤ４＋Ｔ細胞を刺激するために用いた。白色人種の１７％で発現されるＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子により提示されるペプチドＭＡＧＥ−Ａ１２８１−２９２（配列番号７）を認識するＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを単離した。
【０１０７】
Ｉ．細胞株、サイトカイン
ＥＢＶ−形質転換化Ｂ（ＥＢＶ−Ｂ）細胞株を、１０％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）（Gibco BRL）、０．２４ｍＭのＬ−アスパラギン、０．５５ｍＭのＬ−アルギニン、１．５ｍＭのＬ−グルタミン（ＡＡＧ）、１００Ｕ／ｍｌのペニシリンおよび１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充したIscoveの変法ダルベッコ培地（ＩＭＤＭ）（Gibco BRL, Gaithersburg, MD, USA）中で培養した。ヒト組換え体ＩＬ−２をEurocetus（Amsterdam, Netherlands）から、ＩＬ−７をGenzyme（Cambridge, MA, USA）から、ＧＭ−ＣＳＦをSchering Plough（Brinny, Ireland）から、そしてＴＮＦ−αをR&D Systems（Abingdon, UK）から購入した。標準組換え手法を用いて実験室で、ヒト組換えＩＬ−４、ＩＬ−６およびＩＬ−１２を生成した。
【０１０８】
ＩＩ．２つの組換えＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の生成
Ａ−大腸菌中でのリポＤ−ＭＡＧＥ−Ａ１−Ｈｉｓタンパク質の生成
SmithKline Beecham Corporation Pharmaceutical Company（Rixensart, Belgium）が組換えリポＤ−ＭＡＧＥ−Ａ１−Ｈｉｓタンパク質を生成した。それは、そのＮ末端にHaemophilus influenzaeリポＤタンパク質の３分の１の配列を、そしてそのＣ末端に７つの残基のポリヒスチジンマーカーを含有し、リポＤおよびＨｉｓ末端間にＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質（配列番号２）を有した。この組換えタンパク質は大腸菌中で生成され、以後、タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）と呼ばれている。
【０１０９】
Ｂ−Ｓｆ９昆虫細胞中でのＨｉｓ−ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の生成
バキュロウイルス発現系（PharMingen, San Diego, CA, USA）を用いてSpodoptera frugiperda（Ｓｆ９）昆虫細胞中で、実験室において別の組換えＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質を生成した。バキュロウイルスの一菌株であるAutographa californica核多角体ウイルス（ＡｃＮＰＶ）のｇｐ６７表面タンパク質のシグナル配列の下流のバキュロウイルス移入ベクター（ｐＡｃＧＰ６７−Ａ；PharMingen）中で、ＭＡＧＥ−Ａ１のコード配列（配列番号１のヌクレオチド１３９〜１０６８）をクローン化した。より容易に精製するために、ヒスチジン尾をコードする配列を、ＭＡＧＥ−Ａ１の配列のＣ末端に付加した。この構築物は、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質の昆虫細胞による分泌を可能にし、以後、ＭＡＧＥ−Ａ１（２）と呼ばれている。組換えプラスミドのＤＮＡを致死突然変異化ＡｃＮＰＶのＤＮＡとともにＳｆ９昆虫細胞中に同時トランスフェクトした。同時トランスフェクションは、プラスミドおよびウイルスの相同領域間の組換えを可能にし、ベクターからの外来遺伝子をＡｃＮＰＶ ＤＮＡに移入する。Ｓｆ９昆虫細胞培養の上清中に含入されるタンパク質の精製は、異なるバッチに関して、下記に記載するように、異なる過程を包含した。
【０１１０】
濾過、陰イオン交換樹脂（ＤＥＡＥ−セファデックス）、ＮｉＣｌ２で飽和された高トラップキレート化カラム、固定化抗ＭＡＧＥ−Ａ１モノクローナル抗体（ＭＡｂ １１Ｂ２）を有するアフィニティークロマトグラフィー、濃縮および透析の逐次過程により、バッチ番号１のＭＡＧＥ−Ａ１（２）を精製した。
【０１１１】
濾過、陰イオン交換樹脂ＤＥＡＥ−セファデックス、ＮｉＣｌ２で飽和された高トラップキレート化カラム、逆相ＨＰＬＣおよび濃縮の逐次過程により、バッチ番号２のＭＡＧＥ−Ａ１（２）を精製した。
【０１１２】
ＩＩＩ．ヒト血液のプロセシング
標準バッフィーコート調製物として、ヘモクロマトーシス患者から末梢血を得た。Lymphoprep（Nycomed Pharma, Oslo, Norway）での遠心分離により、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を単離した。血小板によるＰＢＭＣの汚染を最小限にするために、調製物をまず１，０００ｒｐｍで室温で２０分間遠心分離した。血小板の大半を含有する上部２０〜２５ｍｌの除去後、試験管を１，５００ｒｐｍで室温で２０分間遠心分離した。ＰＢＭＣを含有する相間を収穫し、次に、残存血小板を排除するために、２ｍＭのＥＤＴＡを含有する冷リン酸塩緩衝液中で３回（またはそれ以上）洗浄した。自系樹状細胞を生成するために、２−アミノエチルイソチオウロニウム（Sigma）で処理したヒツジ赤血球（BioMerieux, Marcy l’Etoile, France）でロゼット化することにより、Ｔリンパ球からＰＢＭＣを枯渇させた。リンパ球枯渇化ＰＢＭＣを、ＡＡＧおよび１％自系血漿を補充したＲＰＭＩ １６４０培地（以後、完全ＲＰＭＩ培地と呼ぶ）中に２ｘ１０６細胞／ｍｌの密度で培養フラスコ（Falcon）中に３７℃で２時間付着させたままにした。非付着細胞を捨て、付着細胞を、完全ＲＰＭＩ培地中でＩＬ−４（１００Ｕ／ｍｌ）およびＧＭ−ＣＳＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）の存在下で培養した。２日目および４日目に新鮮な培地＋ＩＬ−４（１００Ｕ／ｍｌ）およびＧＭ−ＣＳＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）を培地の半分と取り換えることにより、培養を飼育した。５日目に、非付着細胞集団を高濃度化樹状細胞の供給源として用いた。
【０１１３】
ロゼット化Ｔ細胞をＮＨ４Ｃｌ（１６０ｍＭ）で処理してヒツジ赤血球を溶解し、洗浄した。磁気微小ビーズ（Miltenyi Biotech, Germany）に結合された抗ＣＤ８モノクローナル抗体を用いた陰性選択により、ならびにメーカーの推奨通りにＭＡＣＳにより分類することによって、ＣＤ４＋Ｔリンパ球をロゼット化Ｔ細胞から単離した。リンパ球を凍結し、その後、樹状細胞との同時培養の前日に解氷した。
【０１１４】
ＩＶ．混合リンパ球／樹状細胞培養
バッチ番号２からの約２０μｇのＭＡＧＥ−Ａ１（２）タンパク質の存在下でＩＬ−４（１００Ｕ／ｍｌ）、ＧＭ−ＣＳＦ（１００ｎｇ／ｍｌ）およびＴＮＦ−α（１ｎｇ／ｍｌ）を補充した完全培地中で、３７℃で５％ＣＯ２で１８〜２０時間、樹状細胞（５ｘ１０５／ｍｌ）をインキュベートした。細胞を洗浄し、１０４／丸底微小ウエルで、ＩＬ−６（１，０００Ｕ／ｍｌ）およびＩＬ−１２（１０ｎｇ／ｍｌ）の存在下でＡＡＧおよび１０％ヒト血清を補充した２００μｌのＩＭＤＭ培地（以後、完全ＩＭＤＭ培地と呼ぶ）中の１０５自系ＣＤ４＋リンパ球に添加した（図１）。７日目および１４日目に、バッチ番号２からのＭＡＧＥ−Ａ１（２）タンパク質を新たに装入した自系樹状細胞でＣＤ４＋リンパ球を再刺激し、ＩＬ−２（１０Ｕ／ｍｌ）およびＩＬ−７（５ｎｇ／ｍｌ）を補充した完全Iscove培地中で増殖させた。４週間目に、バッチ番号１からの等量の透析化ＭＡＧＥ−Ａ１（２）タンパク質を用いて、刺激を実施した。
【０１１５】
３５日目に、タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）を装入した自系ＥＢＶ−Ｂ細胞で刺激した場合にＩＦＮ−γを産生するそれらの能力に関して、増殖中のＣＤ４＋Ｔ細胞を含有する微小培養を査定した。別のタンパク質を用いた理由は、樹状刺激体細胞に装入するために用いられるタンパク質中に含入される夾雑物に対して反応するＣＤ４＋Ｔ細胞を考慮しなくてもよいようにするためであった。２０μｇ／ｍｌのタンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）、または陰性対照としての卵白アルブミン（ＯＶＡ）（Sigma）の存在下で１８〜２０時間、自系ＥＢＶ−Ｂ細胞をインキュベートした。タンパク質パルス化ＥＢＶ−Ｂ細胞を洗浄し、〜２０，０００細胞／丸底微小ウエルで、〜３，０００ＣＤ４＋Ｔリンパ球と一緒に、ＩＬ−２（２５Ｕ／ｍｌ）を補充した完全ＩＭＤＭ培地１５０μｌ中に分布させた。２０時間後、上清を収集し、Medgenix Diagnostics-Biosource（Fleurus, Belgium）からの試薬を用いて、ＥＬＩＳＡによりそのＩＦＮ−γ含量を測定した。
【０１１６】
Ｖ．ＭＡＧＥ−Ａ１抗原に対して向けられるＣＤ４＋Ｔ細胞クローン
タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）で刺激後に高レベルのＩＦＮ−γを産生する微小培養Ｇ３を、刺激体細胞としてタンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）を装入した（５ｘ１０３〜１０ｘ１０４細胞／微小ウエル）自系ＥＢＶ−Ｂ細胞を用いて稀釈を制限することにより、クローン化した。これらの刺激体細胞は、自系樹状細胞の限定供給のために、クローニング過程用に使用した。同種異系ＬＧ２−ＥＢＶ−Ｂ細胞（５ｘ１０３〜１０ｘ１０４細胞／微小ウエル）をフィーダー細胞として添加した。ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを週１回再刺激し、ＩＬ−２（５０Ｕ／ｍｌ）および０．５μｇ／ｍｌの精製ＰＨＡ（ＨＡ１６、Murex Diagnostics, Dartford, UK）を補充した完全ＩＭＤＭ培地中で増殖させた。確立されたＣＤ４＋Ｔ細胞クローンに新鮮な培地を週１回補充し、フィーダー細胞（１．５ｘ１０６同種異系ＰＢＬ＋５ｘ１０５ＬＧ２ ＥＢＶ−Ｂ細胞／２４ウエルプレート中のウエル）を用いて１〜２週間間隔で継代した。ＣＤ４＋クローンＬＢ６５０−ＣＴＬ ４８８／Ｇ３．１４（以後クローン１４と呼ぶ）を得た。それは、タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１（１）を装入された自系ＥＢＶ−Ｂ細胞を認識した（図２）。
【０１１７】
タンパク質ＭＡＧＥ−Ａ１を装入した細胞のクローン１４による認識を、抗ＨＬＡ−ＤＲ抗体によりなくした。１／２０稀釈で用いられた防腐剤無含有モノクローナル抗体の連続存在下で、クローン１４とともに、８％ＣＯ２下で３７℃で２４時間、ＭＡＧＥ−Ａ１（１）−パルス化ＥＢＶ−Ｂ細胞を同時培養した。モノクローナル抗体２Ｂ６（対ＨＬＡ−ＤＲ）は認識をなくしたが、一方、モノクローナル抗体Ｗ６／３２（対ＨＬＡ−Ａ、Ｂ、Ｃ）の存在下では認識は変わらなかった。
【０１１８】
ＶＩ．ＣＤ４クローン１４はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５上のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）を認識する
ＣＤ４クローン１４により認識されるＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを同定するために、ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質配列（配列番号２）のオーバーラップ部分に対応する１６アミノ酸ペプチドを自系ＥＢＶ−Ｂ細胞上に装入し、認識に関して試験した。一時的ＮＨ２末端保護のためにＦ−ｍｏｃを用いて固相上にペプチドを合成し、質量分析法を用いて特性化した。分析的ＨＰＬＣにより示した場合、全ペプチドが＞８０％純粋であった。親油性ペプチドをまずＤＭＳＯ中に２ｍｇ／ｍｌで溶解し、次に５μｇ／ｍｌの濃度で用いられるようIscove培地中に稀釈した。異なるペプチドの存在下でＥＢＶ−Ｂ細胞を３７℃で２時間インキュベートしたが、指示濃度はインキュベーション過程中のそれらの濃度を表す。それらを、〜１０，０００細胞／丸底微小ウエルで、〜２，５００ＣＤ４＋Ｔリンパ球と一緒に、ＩＬ−２（２５Ｕ／ｍｌ）を補充した完全ＩＭＤＭ培地１００μｌ中に分布させた。１８〜２０時間後、上清を収穫し、ＩＦＮ−γ分泌に関して査定した。Medgenix Diagnostics-Biosource（Fleurus, Belgium）からの試薬を用いて、実験室で開発されたＥＬＩＳＡ検定（２０〜４０００ｐｇ／ｍｌ）を用いて、ＩＦＮ−γ産生を測定した。
【０１１９】
２つのペプチド、即ちＶＫＶＬＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（ａａ２７７〜２９２；配列番号３）およびＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦＦＦＰＳ（ａａ２８１〜２９６；配列番号４）は陽性を得た（図３）。それらは１２アミノ酸だけオーバーラップした。クラスＩ分子により提示されたペプチドとは異なり、クラスＩＩにより提示されたものは、それらがクラスＩＩ分子溝中でそれらの末端により固定されないため、通常は長さが異なり、アミノおよびカルボキシ末端の両方での延長に耐容性である。したがって、それらのペプチドの長さを正確に限定するのは難しい。それらの配列が２つの陽性１６アミノ酸ペプチドの配列に含まれる別の組の１２アミノ酸ペプチドを試験した（図４）。ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（ａａ２８１〜２９２；配列番号７）は、クローン１４により良好に認識される（図４）。刺激体細胞を〜１０ｎＭのこのペプチドとともにインキュベートすることにより、刺激の半最大（half maximum）値を得た。これは、ＣＤ４＋Ｔ細胞によりＨＬＡクラスＩＩ分子上で認識された他のＭＡＧＥエピトープに関して得られた結果に好都合に匹敵する。例えば、〜１０ｎＭのＭＡＧＥ−Ａ３ペプチドは、抗ＭＡＧＥ−Ａ３ＣＤ４＋クローンのＩＦＮ−γの半最大産生を誘導するために必要であった。
【０１２０】
患者ＬＢ６５０を血清学的に、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊１５ならびにＤＲＢ４＊０１およびＤＲＢ５＊０１０１に類型分類した。提示中のＨＬＡ−ＤＲ分子を同定するために、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊１５ならびにＤＲＢ４＊０１またはＤＲＢ５＊０１０１を発現する付加的ＥＢＶ−Ｂ細胞株を試験した。ＤＲＢ１＊１５を発現するものすべておよびそれらだけが、クローン１４に対してＭＡＧＥ−Ａ１２８１−２９２ペプチドを提示し得た（表２）。
【０１２１】
表２．クローン１４はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５上でＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）を認識する
【表４】
【０１２２】
自系ＬＢ６５０ＥＢＶ−Ｂ細胞または同種異系ＥＢＶ−Ｂ細胞をペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）を用いて１μＭで２時間パルス処理し、洗浄した。１０，０００ペプチドパルス化ＥＢＶを、３，０００細胞のＣＤ４クローン１４とともに１８時間、丸底微小ウエル中でインキュベートした。ＥＬＩＳＡにより、上清中のＩＦＮ−γ産生を測定した。
【０１２３】
実施例２：クローン１４による他のＭＡＧＥタンパク質の認識
本明細書中に記載するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡ結合ペプチドと相同のペプチド配列は、ＭＡＧＥ−Ａ４を含めた他の癌抗原中に見出される。例えば、ＭＡＧＥ−Ａ４ペプチドを合成した：ＹＶＫＶＬＥＨＶＶＲＶＮＡＲＶＲ（配列番号１３）およびＬＥＨＶＶＲＶＮＡＲＶＲＩＡＹＰ（配列番号１４）。ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンがこれらのＭＡＧＥ−Ａ４ペプチドを認識するか否かを確定するために、本ペプチドを用いて抗原提示細胞（例えばＥＢＶ−Ｂ細胞）に装入して、上記の検定にしたがってクローン１４による認識に関して試験する。ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンがさらに別の癌関連抗原を認識するか否かを確定するために、組換えタンパク質（例えばＭＡＧＥタンパク質）またはこれらのタンパク質中の相同領域に対応するその他の合成ペプチドを、上記と同様に用いる。クローン１４により認識される相同ペプチドは、本明細書中に記載するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドの機能的変異体とみなされ得る。
【０１２４】
本発明の他の態様は当業者には明らかであり、ここに繰り返す必要はない。本明細書中に引用した参考文献は各々、それらの記載内容全体が参照により本明細書中に援用される。
【０１２５】
用いられた用語および表現は、説明のために用いられたものであって、本発明を限定するものではなく、このような用語および表現の使用において、図示され、説明された特徴またはその一部のいかなる等価物も排除されるものではなく、種々の修正は本発明の範囲内で可能であると理解される。
【図面の簡単な説明】
【０１２６】
【図１】抗ＭＡＧＥ−Ａ１ ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを得るために用いられる手法の概略図である。
【図２】クローン１４が、ＨＬＡ−ＤＲにより提示されるＭＡＧＥ−Ａ１エピトープを認識することを示す図である。
【図３】クローン１４による認識に関するＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドのスクリーニングを示す図である。
【図４】クローン１４がペプチドＥＹＶＩＫＶＳＡＲＶＲＦ（配列番号７）およびその他のＭＡＧＥ−Ａ１ペプチドを認識することを示す図である。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドであって、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのものではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項２】
単離ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含む機能的変異体を含む、請求項１に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項３】
単離ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項４】
単離ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項５】
単離ペプチドがエンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項１に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項６】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項５に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項７】
単離ペプチドが非加水分解性である、請求項１に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項８】
単離ペプチドがＤ−アミノ酸を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＮＨ］−還元化アミドペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＯＣＨ２］−ケトメチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ（ＣＮ）ＮＨ］−（シアノメチレン）アミノペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）］−ヒドロキシエチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｏ］−ペプチド結合を含むペプチドおよび−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｓ］−チオメチレンペプチド結合を含むペプチドからなる群から選択される、請求項に７記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項９】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよび単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む組成物であって、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記組成物。
【請求項１０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがポリトープポリペプチドとして併合される、請求項９に記載の前記組成物。
【請求項１１】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号７のアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１２】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１４】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、エンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１５】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
請求項１記載のペプチド、請求項２記載のペプチド、請求項３記載のペプチド、請求項４記載のペプチドおよび請求項５記載のペプチドからなる群から選択されるペプチドをコードする単離核酸であって、配列番号１からなるのではない、前記単離核酸。
【請求項１７】
核酸が配列番号１２として記載されたヌクレオチド配列を含む、請求項１６に記載の単離核酸。
【請求項１８】
プロモーターと操作可能的に連結された、請求項１７に記載の単離核酸を含む発現ベクター。
【請求項１９】
核酸が配列番号１２として記載されたヌクレオチド配列からなる、請求項１８に記載の発現ベクター。
【請求項２０】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をコードする核酸をさらに含む、請求項１８に記載の発現ベクター。
【請求項２１】
請求項１８記載の発現ベクター、請求項１９記載の発現ベクターおよび請求項２０記載の発現ベクターからなる群から選択される発現ベクターでトランスフェクトまたは形質転換された前記宿主細胞。
【請求項２２】
請求項１８記載の発現ベクターおよび請求項１９記載の発現ベクターの群から選択される発現ベクターでトランスフェクト、または形質転換された宿主細胞であって、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現する、前記宿主細胞。
【請求項２３】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の集団を選択的に高濃度化するための方法であって、
ＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の単離集団を選択的に高濃度化するのに十分な量でＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体を提示する因子(agent)とＴリンパ球の単離集団を接触させることを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項２４】
因子がＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合断片と接触した抗原提示細胞である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を包含する、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２７】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２８】
ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害の診断方法であって、
対象から単離された生物学的試料をＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的である因子と接触させることと、
因子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとの間の相互作用を障害の鑑定として確定することとを含む、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項３０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記述されるアミノ酸配列または１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
ＨＬＡクラスＩＩ分子との複合体を形成するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害の診断方法であって、
対象から単離された生物学的試料を、複合体を結合する因子と接触させることと、
複合体および因子間の結合を障害の決定として確認することと含む、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項３４】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１／１３分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与することとを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項３８】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、エンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
エンドソームターゲッティングシグナルがヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびそれに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与することを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項４４】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがポリトープポリペプチドとして組み合わされる、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがエンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖Ｉｉのエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４８】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量の、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体の存在を対象中で選択的に高濃度化する因子を対象に投与することを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項５１】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
因子がＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、エンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量の自系ＣＤ４＋Ｔリンパ球を対象に投与することを含む方法であり、ＣＤ４＋Ｔリンパ球がＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体に特異的であり、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項５８】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１／１３分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体の同定方法であって、
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ結合分子、ならびにＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドにより刺激されるＴ細胞を選択することと、
変異体ペプチドを調製するためにＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第一アミノ酸残基を突然変異化することと、
ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＴ細胞の刺激を確定することを含む方法であって、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示される変異体ペプチドによるＴ細胞の刺激が、変異体ペプチドが機能的変異体であることを示し、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項６２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
機能的変異体によるＴ細胞の刺激の有効性の決定として、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドによるＴ細胞の刺激および機能的変異体によるＴ細胞の刺激とを比較するステップをさらに含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
配列番号７を含むエピトープを有するポリペプチドを選択的に結合するが、ＨＬＡクラスＩＩ分子ではない、単離ポリペプチド。
【請求項６５】
単離ポリペプチドが抗体である、請求項６４に記載の単離ポリペプチド。
【請求項６６】
モノクローナル抗体である、請求項６５に記載の抗体。
【請求項６７】
請求項６４に記載の単離ポリペプチドであって、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）２断片、またはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対して選択的なＣＤＲ３領域を含む断片からなる群から選択される抗体断片である、前記単離ポリペプチド。
【請求項６８】
ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を選択的に結合する、単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球であって、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項６９】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項６８に記載の単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項７０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項６９に記載の単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項７１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項６９に記載の単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項７２】
ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を含む単離抗原提示細胞であって、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記単離抗原提示細胞。
【請求項７３】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項７２に記載の単離抗原提示細胞。
【請求項７４】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項７３に記載の単離抗原提示細胞。
【請求項７５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項７３に記載の単離抗原提示細胞。
【請求項１】
ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドであって、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのものではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項２】
単離ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含む機能的変異体を含む、請求項１に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項３】
単離ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項４】
単離ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項５】
単離ペプチドがエンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項１に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項６】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項５に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項７】
単離ペプチドが非加水分解性である、請求項１に記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項８】
単離ペプチドがＤ−アミノ酸を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＮＨ］−還元化アミドペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＯＣＨ２］−ケトメチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ（ＣＮ）ＮＨ］−（シアノメチレン）アミノペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２ＣＨ（ＯＨ）］−ヒドロキシエチレンペプチド結合を含むペプチド、−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｏ］−ペプチド結合を含むペプチドおよび−ｐｓｉ［ＣＨ２Ｓ］−チオメチレンペプチド結合を含むペプチドからなる群から選択される、請求項に７記載の単離ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド。
【請求項９】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよび単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む組成物であって、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記組成物。
【請求項１０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがポリトープポリペプチドとして併合される、請求項９に記載の前記組成物。
【請求項１１】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号７のアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１２】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１４】
単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、エンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１５】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
請求項１記載のペプチド、請求項２記載のペプチド、請求項３記載のペプチド、請求項４記載のペプチドおよび請求項５記載のペプチドからなる群から選択されるペプチドをコードする単離核酸であって、配列番号１からなるのではない、前記単離核酸。
【請求項１７】
核酸が配列番号１２として記載されたヌクレオチド配列を含む、請求項１６に記載の単離核酸。
【請求項１８】
プロモーターと操作可能的に連結された、請求項１７に記載の単離核酸を含む発現ベクター。
【請求項１９】
核酸が配列番号１２として記載されたヌクレオチド配列からなる、請求項１８に記載の発現ベクター。
【請求項２０】
ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子をコードする核酸をさらに含む、請求項１８に記載の発現ベクター。
【請求項２１】
請求項１８記載の発現ベクター、請求項１９記載の発現ベクターおよび請求項２０記載の発現ベクターからなる群から選択される発現ベクターでトランスフェクトまたは形質転換された前記宿主細胞。
【請求項２２】
請求項１８記載の発現ベクターおよび請求項１９記載の発現ベクターの群から選択される発現ベクターでトランスフェクト、または形質転換された宿主細胞であって、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子を発現する、前記宿主細胞。
【請求項２３】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の集団を選択的に高濃度化するための方法であって、
ＣＤ４＋Ｔリンパ球でＴリンパ球の単離集団を選択的に高濃度化するのに十分な量でＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドおよびＨＬＡクラスＩＩ分子の複合体を提示する因子(agent)とＴリンパ球の単離集団を接触させることを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項２４】
因子がＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合断片と接触した抗原提示細胞である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を包含する、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２７】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２８】
ＭＡＧＥ−Ａ１タンパク質またはそのＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害の診断方法であって、
対象から単離された生物学的試料をＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに特異的である因子と接触させることと、
因子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドとの間の相互作用を障害の鑑定として確定することとを含む、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項３０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記述されるアミノ酸配列または１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
ＨＬＡクラスＩＩ分子との複合体を形成するＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの発現を特徴とする障害の診断方法であって、
対象から単離された生物学的試料を、複合体を結合する因子と接触させることと、
複合体および因子間の結合を障害の決定として確認することと含む、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項３４】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１／１３分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与することとを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項３８】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、エンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
エンドソームターゲッティングシグナルがヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびそれに十分な量のＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを対象に投与することを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項４４】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩ結合ペプチドおよびＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがポリトープポリペプチドとして組み合わされる、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドがエンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖Ｉｉのエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４８】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量の、ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体の存在を対象中で選択的に高濃度化する因子を対象に投与することを含み、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項５１】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
因子がＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、エンドソームターゲッティングシグナルを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
エンドソームターゲッティングシグナルが、ヒト不変鎖ＩｉまたはＬＡＭＰ−１のエンドソームターゲッティング部分を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
ＭＡＧＥ−Ａ１の発現を特徴とする障害を有する対象の治療方法であって、
障害を改善するのに十分な量の自系ＣＤ４＋Ｔリンパ球を対象に投与することを含む方法であり、ＣＤ４＋Ｔリンパ球がＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体に特異的であり、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項５８】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１／１３分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが、配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの機能的変異体の同定方法であって、
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチド、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドを結合するＨＬＡクラスＩＩ結合分子、ならびにＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示されるＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドにより刺激されるＴ細胞を選択することと、
変異体ペプチドを調製するためにＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの第一アミノ酸残基を突然変異化することと、
ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＴ細胞の刺激を確定することを含む方法であって、ＨＬＡクラスＩＩ結合分子との変異体ペプチドの結合およびＨＬＡクラスＩＩ結合分子により提示される変異体ペプチドによるＴ細胞の刺激が、変異体ペプチドが機能的変異体であることを示し、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記方法。
【請求項６２】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
機能的変異体によるＴ細胞の刺激の有効性の決定として、ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドによるＴ細胞の刺激および機能的変異体によるＴ細胞の刺激とを比較するステップをさらに含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
配列番号７を含むエピトープを有するポリペプチドを選択的に結合するが、ＨＬＡクラスＩＩ分子ではない、単離ポリペプチド。
【請求項６５】
単離ポリペプチドが抗体である、請求項６４に記載の単離ポリペプチド。
【請求項６６】
モノクローナル抗体である、請求項６５に記載の抗体。
【請求項６７】
請求項６４に記載の単離ポリペプチドであって、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）２断片、またはＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドに対して選択的なＣＤＲ３領域を含む断片からなる群から選択される抗体断片である、前記単離ポリペプチド。
【請求項６８】
ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を選択的に結合する、単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球であって、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項６９】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項６８に記載の単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項７０】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項６９に記載の単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項７１】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項６９に記載の単離ＣＤ４＋Ｔリンパ球。
【請求項７２】
ＨＬＡクラスＩＩ分子とＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドの複合体を含む単離抗原提示細胞であって、単離ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する配列番号２のアミノ酸配列の断片、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含み、前記断片が配列番号２のアミノ酸１１２〜１２７または１１４〜１２７からなるのではなく、前記機能的変異体がアミノ酸１１１にヒスチジン置換を有する配列番号２のアミノ酸１０９〜１１９または１１０〜１１９からなるのではなく、そして前記機能的変異体がＨＬＡクラスＩＩ分子を結合する、前記単離抗原提示細胞。
【請求項７３】
ＨＬＡクラスＩＩ分子がＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５分子であり、そしてＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号７として記載されたアミノ酸配列、あるいは１つのアミノ酸付加、置換または欠失を含むその機能的変異体を含む、請求項７２に記載の単離抗原提示細胞。
【請求項７４】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項７３に記載の単離抗原提示細胞。
【請求項７５】
ＭＡＧＥ−Ａ１ ＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドが配列番号３、配列番号４および配列番号７からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項７３に記載の単離抗原提示細胞。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図２】
【図３】
【図４】
【公開番号】特開２００８−１０９９２８（Ｐ２００８−１０９９２８Ａ）
【公開日】平成２０年５月１５日（２００８．５．１５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−２７０２３９（Ｐ２００７−２７０２３９）
【出願日】平成１９年１０月１７日（２００７．１０．１７）
【分割の表示】特願２００１−５０５５６４（Ｐ２００１−５０５５６４）の分割
【原出願日】平成１２年６月１４日（２０００．６．１４）
【出願人】（５０００２５５７０）ルードヴィッヒ インスティテュート フォー キャンサー リサーチ (16)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２０年５月１５日（２００８．５．１５）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年１０月１７日（２００７．１０．１７）
【分割の表示】特願２００１−５０５５６４（Ｐ２００１−５０５５６４）の分割
【原出願日】平成１２年６月１４日（２０００．６．１４）
【出願人】（５０００２５５７０）ルードヴィッヒ インスティテュート フォー キャンサー リサーチ (16)
【Ｆターム（参考）】
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