本発明は、ダイサー基質ｓｉＲＮＡ（ＤｓｉＲＮＡ）−ペプチドコンジュゲートの使用により標的ＲＮＡおよびタンパク質レベルを減少させるのに有用な化合物、組成物および方法に関する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
５’末端および３’末端を有する第一のオリゴヌクレオチド鎖と５’末端および３’末端を有する第二のオリゴヌクレオチド鎖とペプチドとを含む単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物であって、前記第一鎖と前記第二鎖が、少なくとも１６ヌクレオチド長かつ最大で５０ヌクレオチド長の長さを有し、前記ペプチドが約＋５以下の正味荷電をもち、かつ前記ペプチドがｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物。
【請求項２】
５’末端および３’末端を有する第一のオリゴヌクレオチド鎖と５’末端および３’末端を有する第二のオリゴヌクレオチド鎖とペプチドとを含む単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物であって、前記第一鎖と前記第二鎖が、少なくとも１６ヌクレオチド長かつ最大で５０ヌクレオチド長の長さを有し、前記ペプチドが正味荷電を持たず、かつ前記ペプチドが前記ｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物。
【請求項３】
５’末端および３’末端を有する第一のオリゴヌクレオチド鎖と５’末端および３’末端を有する第二のオリゴヌクレオチド鎖とペプチドとを含む単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物であって、前記第一鎖と前記第二鎖が、少なくとも１６ヌクレオチド長かつ最大で５０ヌクレオチド長の長さを有し、前記ペプチドが約＋５以下の正味荷電をもち、かつ前記ペプチドが少なくとも１つの陰イオン性アミノ酸残基を有し、かつ前記ペプチドが前記ｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物。
【請求項４】
前記陰イオン性アミノ酸がグルタミン酸またはアスパラギン酸である、請求項３に記載の単離組成物。
【請求項５】
５’末端および３’末端を有する第一のオリゴヌクレオチド鎖と５’末端および３’末端を有する第二のオリゴヌクレオチド鎖とペプチドとを含む単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物であって、前記第一鎖と前記第二鎖が、少なくとも６ヌクレオチド長かつ最大で１９ヌクレオチド長の長さを有し、前記ペプチドが約＋４以下の正味荷電をもち、かつ前記ペプチドがｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている単離二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）組成物。
【請求項６】
前記第一鎖および前記第二鎖が、少なくとも２５ヌクレオチドかつおよび最大で３５ヌクレオチド、少なくとも１９ヌクレオチドかつ最大で３５ヌクレオチド、少なくとも１９ヌクレオチドかつ最大で２４ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチドかつ最大で３０ヌクレオチド、少なくとも２６ヌクレオチドかつ最大で３０ヌクレオチドまたは少なくとも２１ヌクレオチドかつ最大で２３ヌクレオチドの長さを有する、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７】
前記第二鎖が３’末端にオーバーハングを含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項８】
前記第一鎖が３’末端にオーバーハングを含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項９】
前記第二鎖および前記第一鎖の少なくとも一方が３’末端にオーバーハングを含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項１０】
前記第一鎖および／または前記第二鎖の前記３’オーバーハングの前記ヌクレオチドが修飾ヌクレオチドを含む、請求項９に記載の単離組成物。
【請求項１１】
前記３’オーバーハング（１つまたは複数）が１〜５ヌクレオチド長である、請求項９に記載の単離組成物。
【請求項１２】
前記第一および前記第二鎖がそれぞれ同数のヌクレオチド残基からなる、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項１３】
前記第一鎖の前記５’末端の最終残基と前記第二鎖の前記３’末端の最終残基がミスマッチ塩基対を形成している、請求項１２に記載の単離組成物。
【請求項１４】
前記第一鎖の前記３’末端の最終残基と前記第二鎖の前記５’末端の最終残基がミスマッチ塩基対を形成している、請求項１２に記載の単離組成物。
【請求項１５】
前記第一鎖の前記５’末端の最終残基および最後から２番目の残基と、前記第二鎖の前記３’末端の最終残基および最後から２番目の残基が２つのミスマッチ塩基対を形成している、請求項１２に記載の単離組成物。
【請求項１６】
前記第一鎖の前記３’末端の最終残基および最後から２番目の残基と、前記第二鎖の前記５’末端の最終残基および最後から２番目の残基が２つのミスマッチ塩基対を形成している、請求項１２に記載の単離組成物。
【請求項１７】
前記ペプチドが６〜５０個のアミノ酸を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項１８】
前記ペプチドが１０〜５０個のアミノ酸を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項１９】
前記ペプチドが１５〜３０個のアミノ酸を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２０】
前記ペプチドが１０個以下のアミノ酸を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２１】
前記ペプチドが約＋２以下の正味荷電をもつ、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２２】
前記ペプチドが約＋１以下の正味荷電をもつ、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２３】
前記ペプチドが１個以上のプロリン残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２４】
前記ペプチドが１個以上の疎水性アミノ酸残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２５】
前記ペプチドが５個以上の陽イオン性アミノ酸残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２６】
前記ペプチドが４個の陽イオン性アミノ酸残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２７】
前記ペプチドが３個の陽イオン性アミノ酸残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２８】
前記ペプチドが２個の陽イオン性アミノ酸残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項２９】
前記ペプチドが１個の陽イオン性アミノ酸残基を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項３０】
前記ペプチドが陽イオン性アミノ酸残基を有さない、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項３１】
前記ペプチドが安定なリンカーにより前記ｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項３２】
前記安定なリンカーがホモ二官能性架橋剤を含む、請求項３１に記載の単離組成物。
【請求項３３】
前記安定なリンカーがヘテロ二官能性架橋剤を含む、請求項３１に記載の単離組成物。
【請求項３４】
前記ペプチドが、切断可能なリンカーにより前記ｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項３５】
前記切断可能なリンカーがジスルフィドリンカーを含む、請求項３４に記載の単離組成物。
【請求項３６】
前記ペプチドが、炭素リンカーにより前記ｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項３７】
前記炭素リンカーが１８個以下の炭素を含む、請求項３６に記載の単離組成物。
【請求項３８】
前記炭素リンカーが６個の炭素を含む、請求項３６に記載の単離組成物。
【請求項３９】
前記ペプチドと前記ｄｓＲＮＡがリンカーなしでコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４０】
前記ペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖の３’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４１】
前記ペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第二鎖の３’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４２】
前記ペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖の５’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４３】
前記ペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第二鎖の５’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４４】
前記ペプチドが、前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖の５’末端および前記第二鎖の５’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４５】
前記ペプチドが、前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖の５’末端および前記第二鎖の前記３’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４６】
前記ペプチドが、前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖の３’末端および前記第二鎖の３’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４７】
前記ペプチドが、前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖の３’末端および前記第二鎖の前記５’末端とコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４８】
少なくとも１つのペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖と内側でコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項４９】
少なくとも１つのペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第二鎖と内側でコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項５０】
少なくとも１つのペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第一鎖と内側でコンジュゲートされ、かつ少なくとも１つのペプチドが前記ｄｓＲＮＡの前記第二鎖と内側でコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項５１】
少なくとも２つのペプチドが前記ｄｓＲＮＡとコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項５２】
前記少なくとも２つのペプチドが同一である、請求項５１に記載の単離組成物。
【請求項５３】
前記少なくとも２つのペプチドが同一ではない、請求項５１に記載の単離組成物。
【請求項５４】
少なくとも１つの色素分子をさらに含み、前記色素分子が前記ｄｓＲＮＡおよび前記ペプチドの少なくとも１つとコンジュゲートされている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項５５】
前記色素分子が多環芳香族である、請求項５４に記載の単離組成物。
【請求項５６】
前記色素が蛍光色素である、請求項５４に記載の単離組成物。
【請求項５７】
治療剤をさらに含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項５８】
前記治療剤が抗癌剤である、請求項５７に記載の単離組成物。
【請求項５９】
前記抗癌剤が、パクリタキセル、タモキシフェン、シスプラチン、ドキソルビシンおよびビンブラスチンからなる群より選択される、請求項５８に記載の単離組成物。
【請求項６０】
前記治療剤が代謝性の疾患または障害を治療するための薬物である、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６１】
少なくとも１つの標的化ペプチドを含む、請求項１、２、３または５に記載の組成物。
【請求項６２】
前記ペプチドが毒素の転移ドメインの一部を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項６３】
前記神経毒素がクロストリジウム神経毒素である、請求項６２の単離組成物。
【請求項６４】
前記ｄｓＲＮＡの第一のオリゴヌクレオチド鎖の３’末端における最初のヌクレオチド（１位）から始めて、１、２および／または３位が修飾ヌクレオチドで置換されている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項６５】
前記修飾ヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドである、請求項６４に記載の単離ｄｓＲＮＡ。
【請求項６６】
前記第一のオリゴヌクレオチド鎖および前記第二のオリゴヌクレオチド鎖の一方または両方が５’リン酸を含む、請求項１、２、３または５に記載の単離ｄｓＲＮＡ。
【請求項６７】
前記第一鎖または前記第二鎖の少なくとも１つのヌクレオチドが修飾されている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項６８】
前記修飾ヌクレオチド残基が、２’−Ｏ−メチル、２’−メトキシエトキシ、２’−フルオロ、２’−アリル、２’−Ｏ−［２−（メチルアミノ）−２−オキソエチル］、４’−チオ、４’−ＣＨ_２−Ｏ−２’−架橋、４’−（ＣＨ_２）_２−Ｏ−２’−架橋、２’−ＬＮＡ、２’−アミノおよび２’−Ｏ−（Ｎ−メチルカルバマート）からなる群より選択される、請求項６７に記載の単離組成物。
【請求項６９】
前記ｄｓＲＮＡが、前記細胞中でダイサーにより内因的に切断される、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７０】
標的遺伝子の発現を減少させるのに十分な前記単離二本鎖核酸の量が、前記細胞環境中で１ナノモル以下、２００ピコモル以下、１００ピコモル以下、５０ピコモル以下、２０ピコモル以下、および１０ピコモル以下からなる群より選択される、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７１】
前記第一鎖と前記第二鎖が化学的リンカーにより連結されている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７２】
前記第一鎖の前記３’末端と前記第二鎖の前記５’末端が化学的リンカーにより連結されている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７３】
前記第二鎖または前記第一鎖のヌクレオチドが、ダイサー切断の方向を指定する修飾ヌクレオチドで置換されている、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７４】
修飾ヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチド、ジデオキシリボヌクレオチド、非環状ヌクレオチド、３’−デオキシアデノシン（コルジセピン）、３’−アジド−３’−デオキシチミジン（ＡＺＴ）、２’，３’−ジデオキシイノシン（ｄｄＩ）、２’，３’−ジデオキシ−３’−チアシチジン（３ＴＣ）、２’，３’−ジデヒドロ−２’，３’−ジデオキシチミジン（ｄ４Ｔ）、３’−アジド−３’−デオキシチミジン（ＡＺＴ）、２’，３’−ジデオキシ−３’−チアシチジン（３ＴＣ）のヌクレオチド一リン酸および２’，３’−ジデヒドロ−２’，３’−ジデオキシチミジン（ｄ４Ｔ）のヌクレオチド一リン酸、４−チオウラシル、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、５−（３−アミノアリル）−ウラシル、２’−Ｏ−アルキルリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、２’−アミノリボヌクレオチド、２’−フルオロリボヌクレオチドおよびロックト核酸からなる群より選択される、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７５】
リン酸骨格が、ホスホナート、ホスホロチオアートおよびホスホトリエステルからなる群より選択される、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７６】
前記第一鎖の前記３’末端の前記修飾ヌクレオチド残基が、デオキシリボヌクレオチド、非環状ヌクレオチドおよび蛍光分子からなる群より選択される、請求項６４に記載の単離組成物。
【請求項７７】
前記第一鎖の前記ヌクレオチドの少なくとも１つと、前記第二鎖の前記ヌクレオチドの少なくとも１つがミスマッチ塩基対を形成している、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７８】
前記ペプチドが、配列番号１〜８９からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１、２、３または５に記載の単離組成物。
【請求項７９】
細胞中の標的遺伝子の発現を減少させるための方法であって、参照ｄｓＲＮＡと比べて細胞中の標的遺伝子の発現を減少させるのに効果的な量の請求項１、２、３または５に記載の前記単離組成物と細胞とを接触させることを含む方法。
【請求項８０】
細胞の増殖を選択的に阻害するための方法であって、細胞の増殖を阻害するのに十分な量の請求項１、２、３または５に記載の前記単離組成物と細胞とを接触させることを含む方法。
【請求項８１】
動物における標的遺伝子の発現を減少させるための方法であって、参照ｄｓＲＮＡと比べて動物の細胞中の標的遺伝子の発現を減少させるのに効果的な量の請求項１、２、３または５に記載の前記単離組成物で動物を治療することを含む方法。
【請求項８２】
前記単離組成物が、適当な対照ｄｓＲＮＡと比べて増強された薬物動態を有する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記ｄｓＲＮＡが、適当な対照ｄｓＲＮＡと比べて増強された薬力学を有する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８４】
前記ｄｓＲＮＡが、適当な対照ｄｓＲＮＡと比べて減少した毒性を有する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８５】
前記ｄｓＲＮＡが、適当な対照ｄｓＲＮＡと比べて増強された細胞内取り込みを有する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８６】
被検体の細胞中の標的遺伝子発現を減少させるための医薬組成物であって、参照ｄｓＲＮＡと比べて細胞中の標的遺伝子の発現を減少させるのに効果的な量の請求項１、２、３または５に記載の前記単離組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項８７】
請求項１〜７８のいずれか１項に記載のｄｓＲＮＡ−ペプチドコンジュゲートを合成する方法であって、前記ｄｓＲＮＡを化学的または酵素的に合成することを含む方法。
【請求項８８】
請求項１〜７４のいずれか１項に記載のｄｓＲＮＡ−ペプチドコンジュゲートと、その使用説明書とを含むキット。

【図１Ａ】

【図１Ｂ】

【図１Ｃ】

【図１Ｄ】

【図１Ｅ】

【図１Ｆ】

【図１Ｇ】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【公表番号】特表２０１２−５２８８８２（Ｐ２０１２−５２８８８２Ａ）
【公表日】平成２４年１１月１５日（２０１２．１１．１５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５１４１３１（Ｐ２０１２−５１４１３１）
【出願日】平成２２年６月３日（２０１０．６．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３７２６３
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／１４１７２４
【国際公開日】平成２２年１２月９日（２０１０．１２．９）
【出願人】（５１１０７２７４７）ダイセルナ　ファーマシューティカルズ，　インコーポレイテッド (6)
【氏名又は名称原語表記】ＤＩＣＥＲＮＡ　ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，　ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】