説明

マルチザイム(multizyme)および多価不飽和脂肪酸の製造におけるその使用

単離核酸断片およびマルチザイム(すなわち少なくとも2つの独立しかつ分離可能な酵素活性を有する単一のポリペプチド)をコードするかかる断片を含む組換えコンストラクトと、植物および油性酵母内で長鎖多価不飽和脂肪酸(PUFA)をこれらのマルチザイムを用いて製造する方法が開示される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
少なくとも2つの独立しかつ分離可能な酵素活性を有する単一のポリペプチドを含むマルチザイム。
【請求項2】
酵素活性が、脂肪酸エロンガーゼ、脂肪酸デサチュラーゼ、アシルトランスフェラーゼ、アシルCoAシンターゼ、およびチオエステラーゼからなる群から選択される、請求項1に記載のマルチザイム。
【請求項3】
酵素活性が、少なくとも1つの脂肪酸デサチュラーゼに結合された少なくとも1つの脂肪酸エロンガーゼを含む、請求項1に記載のマルチザイム。
【請求項4】
脂肪酸デサチュラーゼが、Δ4デサチュラーゼ、Δ5デサチュラーゼ、Δ6デサチュラーゼ、Δ8デサチュラーゼ、Δ9デサチュラーゼ、Δ12デサチュラーゼ、Δ15デサチュラーゼ、またはΔ17デサチュラーゼからなる群から選択される、請求項2または3に記載のマルチザイム。
【請求項5】
脂肪酸エロンガーゼが、Δ9エロンガーゼ、C14/16エロンガーゼ、C16/18エロンガーゼ、C18/20エロンガーゼ、またはC20/22エロンガーゼからなる群から選択される、請求項2または3に記載のマルチザイム。
【請求項6】
第1の酵素活性が第2の酵素活性に連結され、かつ連結がポリペプチド結合、配列番号198(EgDHAsyn1リンカー)、配列番号200(EgDHAsyn2リンカー)および配列番号235(EaDHAsyn1リンカー)、配列番号438、配列番号472、配列番号445、ならびに配列番号504からなる群から選択される、請求項1、2または3に記載のマルチザイム。
【請求項7】
(a)DHAシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで前記ポリペプチドは、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、または配列番号97で示されるアミノ酸配列と比較される場合、Clustal V法のアラインメントに基づいて少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する、ヌクレオチド配列;
(b)DHAシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号11、配列番号205、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、または配列番号410で示されるヌクレオチド配列と比較される場合、BLASTN法のアラインメントに基づいて少なくとも80%の配列同一性を有する、ヌクレオチド配列;
(c)DHAシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号11、配列番号205、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、または配列番号410で示されるヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ヌクレオチド配列;あるいは
(d)(a)、(b)、または(c)のヌクレオチド配列の相補体であって、ここで前記相補体および前記ヌクレオチド配列は同数のヌクレオチドからなりかつ100%相補的である、相補体
を含む、DHAシンターゼをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項8】
ヌクレオチド配列が、配列番号11、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、または配列番号410を含む、請求項7に記載のポリヌクレオチド。
【請求項9】
ポリペプチドのアミノ酸配列が、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、または配列番号97を含む、請求項7に記載のポリヌクレオチド。
【請求項10】
(a)C20エロンガーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで前記ポリペプチドは、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号202(EgDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号204(EgDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号231(EaDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号232(EaDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、または配列番号233(EaDHAsyn3 C20エロンガーゼドメイン)で示されるアミノ酸配列と比較される場合、Clustal V法のアラインメントに基づいて少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する、ヌクレオチド配列;
(b)C20エロンガーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号11、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号183、配列番号188、配列番号201(EgDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号206(EgDHAsyn1C20エロンガーゼドメイン)、配列番号203(EgDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号227(EaDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号228(EaDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号229(EaDHAsyn3 C20エロンガーゼドメイン)、または配列番号230(EaDHAsyn4 C20エロンガーゼドメイン)で示されるヌクレオチド配列と比較される場合、BLASTN法のアラインメントに基づいて少なくとも80%の配列同一性を有する、ヌクレオチド配列;
(c)C20エロンガーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号11、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号183、配列番号188、配列番号201(EgDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号206(EgDHAsyn1C20エロンガーゼドメイン)、配列番号203(EgDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号227(EaDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号228(EaDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号229(EaDHAsyn3 C20エロンガーゼドメイン)または配列番号230(EaDHAsyn4 C20エロンガーゼドメイン)で示されるヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ヌクレオチド配列;あるいは
(d)(a)、(b)、または(c)のヌクレオチド配列の相補体であって、ここで前記相補体および前記ヌクレオチド配列は同数のヌクレオチドからなりかつ100%相補的である、相補体
を含む、C20エロンガーゼをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項11】
(a)Δ4デサチュラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで前記ポリペプチドは、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号193、配列番号215、配列番号217、配列番号221、配列番号239、配列番号240、配列番号241、配列番号246、配列番号247、配列番号248、配列番号249、配列番号382、配列番号384、配列番号386、配列番号388、配列番号404、配列番号406または配列番号408で示されるアミノ酸配列と比較される場合、Clustal V法のアラインメントに基づいて少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する、ヌクレオチド配列;
(b)Δ4デサチュラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号11、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号192、配列番号214、配列番号216、配列番号220、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号242、配列番号243、配列番号244、配列番号245;配列番号381、配列番号383、配列番号385、配列番号387、配列番号403、配列番号405、または配列番号407で示されるヌクレオチド配列と比較される場合、BLASTN法のアラインメントに基づいて少なくとも80%の配列同一性を有する、ヌクレオチド配列;
(c)Δ4デサチュラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、配列番号11、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号214、配列番号216、配列番号220、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号242、配列番号243、配列番号244、配列番号245、配列番号192、配列番号381、配列番号383、配列番号385、配列番号387、配列番号403、配列番号405、または配列番号407で示されるヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ヌクレオチド配列;あるいは
(d)(a)、(b)、または(c)のヌクレオチド配列の相補体であって、ここで前記相補体および前記ヌクレオチド配列は同数のヌクレオチドからなりかつ100%相補的である、相補体
を含む、Δ4デサチュラーゼをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項12】
配列番号11、配列番号205、配列番号21、配列番号91、配列番号92、配列番号93、または配列番号410のいずれかで示される配列を含む、DHAシンターゼをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項13】
配列番号183、配列番号188、配列番号201(EgDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号206(EgDHAsyn1C20エロンガーゼドメイン)、配列番号203(EgDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号227(EaDHAsyn1 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号228(EaDHAsyn2 C20エロンガーゼドメイン)、配列番号229(EaDHAsyn3 C20エロンガーゼドメイン)、または配列番号230(EaDHAsyn4 C20エロンガーゼドメイン)のいずれかで示される配列を含む、C20エロンガーゼをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項14】
配列番号192、配列番号214、配列番号220、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号242、配列番号243、配列番号244、配列番号245、配列番号381、配列番号383、配列番号385、配列番号387、配列番号403、配列番号405、または配列番号407で示される配列を含む、Δ4デサチュラーゼをコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項15】
少なくとも1つの調節配列に作動可能に連結された請求項7〜14のいずれか一項に記載の単離ポリヌクレオチドのいずれかを含む組換えコンストラクト。
【請求項16】
宿主細胞であって、そのゲノム内に請求項15に記載の組換えコンストラクトを含む、宿主細胞。
【請求項17】
細胞が植物および酵母からなる群から選択される、請求項16に記載の宿主細胞。
【請求項18】
請求項15に記載の組換えコンストラクトを含む、形質転換ヤロウィア属。
【請求項19】
細胞を形質転換するための方法であって、細胞を請求項15に記載の組換えコンストラクトで形質転換するステップと、前記組換えコンストラクトで形質転換された細胞を選択するステップと、を含む、方法。
【請求項20】
形質転換植物を生成するための方法であって、植物細胞を請求項7〜14のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドのいずれかで形質転換するステップと、植物を前記形質転換植物細胞から再生するステップと、を含む、方法。
【請求項21】
植物が大豆植物である、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
酵母を生成するための方法であって、酵母細胞を請求項7〜14のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドのいずれかで形質転換するステップと、酵母を前記形質転換酵母細胞から成長させるステップと、を含む、方法。
【請求項23】
植物であって、そのゲノム内に請求項15に記載の組換えコンストラクトを含む、植物。
【請求項24】
油料種子植物である、請求項23に記載の植物。
【請求項25】
大豆である、請求項23または24に記載の植物。
【請求項26】
請求項23または24に記載の植物から得られる種子。
【請求項27】
請求項25に記載の植物から得られる種子。
【請求項28】
請求項26に記載の種子から得られるオイル。
【請求項29】
請求項27に記載の種子から得られるオイル。
【請求項30】
請求項26に記載のオイルを含有する食料または飼料。
【請求項31】
請求項27に記載のオイルを含有する食料または飼料。
【請求項32】
請求項26に記載のオイルを含有する飲料。
【請求項33】
請求項27に記載のオイルを含有する飲料。
【請求項34】
少なくとも147個のコドンがヤロウィア属内での発現のためにコドン最適化される、配列番号183で示されるC20エロンガーゼをコードする単離核酸分子。
【請求項35】
少なくとも134個のコドンがヤロウィア属内での発現のためにコドン最適化される、配列番号188で示されるC20エロンガーゼをコードする単離核酸分子。
【請求項36】
少なくとも285個のコドンがデサチュラーゼに結合されたエロンガーゼを含むヤロウィア属マルチザイムにおける発現のためにコドン最適化される、配列番号192で示されるΔ4デサチュラーゼ酵素をコードする単離核酸分子。
【請求項37】
マルチザイムを製造するための方法であって、
(a)第1のポリペプチドを少なくとも第2のポリペプチドと連結させるステップであって、ここで各ポリペプチドは独立しかつ分離可能な酵素活性を有するステップと;
(b)ステップ(a)の生成物の独立しかつ分離可能な酵素活性について評価するステップと、
を含む、方法。
【請求項38】
酵素活性が、脂肪酸エロンガーゼ、脂肪酸デサチュラーゼ、アシルトランスフェラーゼ、アシルCoAシンターゼ、およびチオエステラーゼからなる群から選択される、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
酵素活性が、少なくとも1つの脂肪酸デサチュラーゼに連結された少なくとも1つの脂肪酸エロンガーゼを含む、請求項37に記載の方法。
【請求項40】
脂肪酸デサチュラーゼが、Δ4デサチュラーゼ、Δ5デサチュラーゼ、Δ6デサチュラーゼ、Δ8デサチュラーゼ、Δ9デサチュラーゼ、Δ12デサチュラーゼ、Δ15デサチュラーゼ、またはΔ17デサチュラーゼからなる群から選択される、請求項38または39に記載の方法。
【請求項41】
脂肪酸エロンガーゼが、Δ9エロンガーゼ、C14/16エロンガーゼ、C16/18エロンガーゼ、C18/20エロンガーゼ、またはC20/22エロンガーゼからなる群から選択される、請求項38または39に記載の方法。
【請求項42】
連結が、ポリペプチド結合、配列番号198(EgDHAsyn1リンカーアミノ酸配列)、配列番号200(EgDHAsyn2リンカー)、配列番号235(EaDHAsyn1リンカー)、配列番号435、配列番号438、配列番号472、および配列番号504からなる群から選択される、請求項37、38または39に記載の方法。
【請求項43】
油料種子植物の脂肪酸特性を改変するための方法であって、
(a)油料種子植物細胞を請求項15に記載の組換えコンストラクトで形質転換するステップと、
(b)ステップ(a)の前記形質転換された油料種子植物細胞から植物を再生するステップと、
を含み、ここで前記植物は改変された脂肪酸特性を有する、方法。
【請求項44】
油料種子植物が大豆である、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
請求項23に記載の植物の子孫。
【請求項46】
第1の酵素活性がΔ9エロンガーゼであり、かつ第2の酵素活性がΔ8デサチュラーゼである、請求項6に記載のマルチザイムを含む組換え微生物宿主細胞。
【請求項47】
第1の酵素活性がC20エロンガーゼであり、かつ第2の酵素活性がΔ4デサチュラーゼである、請求項6に記載のマルチザイムを含む組換え微生物宿主細胞。
【請求項48】
宿主細胞が油性酵母である、請求項46または47に記載の組換え宿主細胞。
【請求項49】
リノール酸をジホモγ−リノレン酸に変換するための方法であって、
a)以下:
i)1)Δ9エロンガーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;
2)Δ8デサチュラーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;および
3)前記Δ9エロンガーゼと前記Δ8デサチュラーゼの間に挿入されるポリペプチドリンカー;
を含むDGLAシンターゼと、
ii)リノール酸の供給源と、
を含む組換え微生物宿主細胞を提供するステップと、
b)(a)の宿主細胞をジホモγ−リノレン酸が生成される条件下で成長させるステップと、
を含む、方法。
【請求項50】
α−リノレン酸をエイコサトリエン酸に変換するための方法であって、
a)以下:
i)1)Δ9エロンガーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;
2)Δ8デサチュラーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;および
3)前記Δ9エロンガーゼと前記Δ8デサチュラーゼの間に挿入されるポリペプチドリンカー;
を含むDGLAシンターゼと、
ii)α−リノレン酸の供給源と、
を含む組換え微生物宿主細胞を提供するステップと、
b)(a)の宿主細胞をエイコサトリエン酸が生成される条件下で成長させるステップと、
を含む、方法。
【請求項51】
エイコサペンタエン酸をドコサヘキサエン酸に変換するための方法であって、
a)以下:
i)1)C20エロンガーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;
2)Δ4デサチュラーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;および
3)前記C20エロンガーゼと前記Δ4デサチュラーゼの間に挿入されるポリペプチドリンカー;
を含むDHAシンターゼと、
ii)エイコサペンタエン酸の供給源と、
を含む組換え微生物宿主細胞を提供するステップと、
b)(a)の宿主細胞をドコサヘキサエン酸が生成される条件下で成長させるステップと、
を含む、方法。
【請求項52】
アラキドン酸をドコサペンタエン酸に変換するための方法であって、
a)以下:
i)1)C20エロンガーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;
2)Δ4デサチュラーゼをコードする少なくとも1つのポリペプチド;および
3)前記C20エロンガーゼと前記Δ4デサチュラーゼの間に挿入されるポリペプチドリンカー;
を含むDHAシンターゼと、
ii)アラキドン酸の供給源と、
を含む組換え微生物宿主細胞を提供するステップと、
b)(a)の宿主細胞をドコサペンタエン酸が生成される条件下で成長させるステップと、
を含む、方法。
【請求項53】
DGLAシンターゼが、配列番号441、配列番号447、配列番号454、配列番号461、配列番号464、配列番号471、配列番号515、配列番号516、配列番号517、配列番号518、および配列番号519からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項49または50に記載の方法。
【請求項54】
DHAシンターゼが、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、配列番号97、および配列番号411からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項51または52に記載の方法。
【請求項55】
ポリペプチドリンカーが、配列番号198、配列番号200、配列番号235、配列番号438、配列番号445、配列番号472、および配列番号504からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項49〜52のいずれか一項に記載の方法。
【請求項56】
Δ9エロンガーゼが、配列番号254、配列番号255、配列番号319、配列番号359、配列番号420、配列番号422、および配列番号513からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項49または50に記載の方法。
【請求項57】
Δ8デサチュラーゼが、配列番号328、配列番号424、配列番号426、配列番号428、配列番号430、および配列番号514からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項49または50に記載の方法。
【請求項58】
C20エロンガーゼが、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号202、配列番号204、配列番号231、配列番号232、配列番号233、配列番号184、および配列番号189からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項51または52に記載の方法。
【請求項59】
Δ4デサチュラーゼが、配列番号12、配列番号22、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号215、配列番号221、配列番号239、配列番号240、配列番号241、配列番号246、配列番号247、配列番号248、配列番号249、配列番号382、配列番号384、配列番号386、配列番号388、配列番号404、配列番号406、配列番号408、および配列番号193からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項51または52に記載の方法。
【請求項60】
改善されたΔ4デサチュラーゼ活性を有するポリペプチドを同定するための方法であって、
a)ベースラインのΔ4デサチュラーゼ活性を有するユーグレナ・アナベナから単離される野生型Δ4デサチュラーゼポリペプチドを提供するステップと、
b)(a)の野生型ポリペプチドから約1〜約200個のアミノ酸を切断し、前記ベースラインのΔ4デサチュラーゼ活性よりも増大したΔ4デサチュラーゼ活性を有する切断型突然変異ポリペプチドを製造するステップと、
を含む、方法。
【請求項61】
野生型ポリペプチドがポリペプチドのN末端部分で切断される、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
野生型ポリペプチドから約1〜約70個のアミノ酸が切断される、請求項60に記載の方法。
【請求項63】
多価不飽和脂肪酸を生成し、かつ以下:
1)Δ9デサチュラーゼ、
2)Δ12デサチュラーゼ、
3)Δ9エロンガーゼ、
4)Δ8デサチュラーゼ、
5)Δ5デサチュラーゼ、
6)Δ17デサチュラーゼ、
7)C20/22エロンガーゼ、および
8)Δ4デサチュラーゼ;
の連続経路における酵素をコードするポリペプチドを発現する微生物宿主細胞であって、ここで前記ポリペプチドは少なくとも1つのマルチザイムを含み、前記融合体は少なくとも1つの連続的な酵素対の間での融合体を含む、微生物宿主細胞。
【請求項64】
多価不飽和脂肪酸が、ω−3脂肪酸およびω−6脂肪酸からなる群から選択される、請求項63に記載の微生物宿主。
【請求項65】
(a)配列番号441、配列番号447、配列番号454、配列番号461、配列番号464、配列番号471、配列番号515、配列番号516、配列番号517、配列番号518、または配列番号519で示される、DGLAシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
(b)配列番号440、配列番号446、配列番号453、配列番号460、配列番号463、配列番号470、配列番号492、配列番号493、配列番号494、配列番号495、または配列番号496で示される、DGLAシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
(c)配列番号440、配列番号446、配列番号453、配列番号460、配列番号463、配列番号470、配列番号492、配列番号493、配列番号494、配列番号495、または配列番号496で示されるヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、DGLAシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;あるいは
(d)(a)、(b)または(c)のヌクレオチド配列の相補体であって、前記相補体および前記ヌクレオチド配列は同数のヌクレオチドからなりかつ100%相補的である、相補体
を含む、DGLAシンターゼをコードする単離ポリヌクレオチド。

【図1】
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【図2】
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【図3A】
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【図3B】
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【図4A】
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【図4B】
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【図5A】
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【図5B】
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【図5C】
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【図5D】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13A】
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【図13B】
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【図13C】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21】
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【図22】
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【図23】
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【図24】
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【図25】
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【図26】
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【図27】
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【図28】
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【図29】
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【図30】
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【図31】
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【図32】
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【図33】
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【図34】
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【図35】
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【図36】
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【図37】
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【図38】
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【図39】
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【図40】
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【図41】
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【図42】
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【図43】
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【図44】
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【図45】
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【図46】
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【図47】
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【図48】
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【図49】
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【図50】
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【図51A】
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【図51B】
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【図52A】
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【図52B】
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【図52C】
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【図53A】
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【図53B】
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【図54】
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【図55】
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【図56】
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【図57】
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【図58】
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【図59】
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【図60】
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【図61】
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【図62】
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【図63】
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【図64】
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【図65】
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【図66】
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【図67】
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【図68】
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【図69】
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【図70】
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【図71】
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【図72】
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【図73】
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【図74】
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【公表番号】特表2010−523113(P2010−523113A)
【公表日】平成22年7月15日(2010.7.15)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−502136(P2010−502136)
【出願日】平成20年4月3日(2008.4.3)
【国際出願番号】PCT/US2008/004377
【国際公開番号】WO2008/124048
【国際公開日】平成20年10月16日(2008.10.16)
【出願人】(390023674)イー・アイ・デュポン・ドウ・ヌムール・アンド・カンパニー (2,692)
【氏名又は名称原語表記】E.I.DU PONT DE NEMOURS AND COMPANY
【Fターム(参考)】