リシンリボスイッチ、リシンリボスイッチを用いた構造に基づく化合物設計、ならびにリシンリボスイッチを用いた使用のための方法および組成物
リシンリボスイッチは、抗生物質および他の小分子治療に対する標的である。化合物を使用することにより、リシンリボスイッチを刺激し、活性化し、阻害し、そして／または不活性化することができる。化合物とＲＮＡ分子とを接触させることによってＲＮＡ分子またはＲＮＡ分子をコードする遺伝子の発現を変化させるための組成物および方法もまた開示され、ここで、そのＲＮＡ分子は、リシンリボスイッチを含む。リシンリボスイッチを活性化するか、不活性化するか、または遮断することによってこのリボスイッチを含む天然に存在する遺伝子またはＲＮＡの発現を制御するための組成物および方法もまた開示される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子発現を阻害する方法であって、該方法は、
（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、
（ｂ）ここで、該化合物は、式Ｉ：
【化６】
の構造を有し、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１、４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではなく、
該細胞は、リシン応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、ここで該化合物は、該リシン応答性リボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
【請求項２】
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｒ５が、帯電していない、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳである、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
Ｒ３のｐＫａが、７以上である、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではない、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではない、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではない、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではない、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
Ｒ７が、ＣＨである、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞が、遺伝子発現が阻害される必要があると同定されている、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞が、細菌細胞である、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記化合物が、前記細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記化合物を対象に投与することによって、前記化合物と前記細胞とを接触させる、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記化合物が、基質としてリシンを有する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記化合物が、リシンを変化させる前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
前記化合物が、リシンを代謝する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
前記化合物が、リシンを異化する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
前記細胞が、前記対象内の細菌細胞であり、前記化合物は、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項２１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記対象が、細菌に感染している、請求項２１〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
前記細胞が、リシンリボスイッチを含む、請求項２１〜２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
前記化合物が、別の抗菌化合物と組み合わせて投与される、請求項２１〜２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、請求項１〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
式Ｉ：
【化７】
の構造を有する化合物であって、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではない、
化合物。
【請求項３２】
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、請求項３１に記載の化合物。
【請求項３３】
Ｒ５が、帯電していない、請求項３１または３２に記載の化合物。
【請求項３４】
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳである、請求項３１〜３３のいずれかに記載の化合物。
【請求項３５】
Ｒ３のｐＫａが、７以上である、請求項３１〜３４のいずれかに記載の化合物。
【請求項３６】
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、請求項３１〜３５のいずれかに記載の化合物。
【請求項３７】
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではない、請求項３１〜３６のいずれかに記載の化合物。
【請求項３８】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項３１〜３７のいずれかに記載の化合物。
【請求項３９】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではない、請求項３１〜３８のいずれかに記載の化合物。
【請求項４０】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではない、請求項３１〜３９のいずれかに記載の化合物。
【請求項４１】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではない、請求項３１〜４０のいずれかに記載の化合物。
【請求項４２】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項３１〜４１のいずれかに記載の化合物。
【請求項４３】
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、請求項３１〜４２のいずれかに記載の化合物。
【請求項４４】
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、請求項３１〜４３のいずれかに記載の化合物。
【請求項４５】
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、請求項３１〜４４のいずれかに記載の化合物。
【請求項４６】
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項３１〜４５のいずれかに記載の化合物。
【請求項４７】
Ｒ７が、ＣＨである、請求項３１〜４６のいずれかに記載の化合物。
【請求項４８】
請求項３１〜４７のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる制御可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該リシンリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該リシンリボスイッチとコード領域とは、異種性である、組成物。
【請求項４９】
前記リシンリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成する、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する、請求項４８または４９に記載の組成物。
【請求項５１】
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化によって、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化がもたらされ、該発現の変化は、シグナルを生成する、請求項４８〜５０のいずれかに記載の組成物。
【請求項５２】
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、請求項４９〜５１のいずれかに記載の組成物。
【請求項５３】
（ａ）請求項３１〜５２のいずれかに記載の化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、ここで、該阻害は、該リシンリボスイッチを介するものである、工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含する方法であって、
ここで、該細胞は、該リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該リシンリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
【請求項１】
遺伝子発現を阻害する方法であって、該方法は、
（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、
（ｂ）ここで、該化合物は、式Ｉ：
【化６】
の構造を有し、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１、４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではなく、
該細胞は、リシン応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、ここで該化合物は、該リシン応答性リボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
【請求項２】
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｒ５が、帯電していない、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳである、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
Ｒ３のｐＫａが、７以上である、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではない、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではない、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではない、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではない、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
Ｒ７が、ＣＨである、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞が、遺伝子発現が阻害される必要があると同定されている、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞が、細菌細胞である、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記化合物が、前記細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記化合物を対象に投与することによって、前記化合物と前記細胞とを接触させる、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記化合物が、基質としてリシンを有する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記化合物が、リシンを変化させる前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
前記化合物が、リシンを代謝する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
前記化合物が、リシンを異化する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項２１〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
前記細胞が、前記対象内の細菌細胞であり、前記化合物は、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項２１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記対象が、細菌に感染している、請求項２１〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
前記細胞が、リシンリボスイッチを含む、請求項２１〜２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
前記化合物が、別の抗菌化合物と組み合わせて投与される、請求項２１〜２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、請求項１〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
式Ｉ：
【化７】
の構造を有する化合物であって、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではない、
化合物。
【請求項３２】
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、請求項３１に記載の化合物。
【請求項３３】
Ｒ５が、帯電していない、請求項３１または３２に記載の化合物。
【請求項３４】
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳである、請求項３１〜３３のいずれかに記載の化合物。
【請求項３５】
Ｒ３のｐＫａが、７以上である、請求項３１〜３４のいずれかに記載の化合物。
【請求項３６】
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、請求項３１〜３５のいずれかに記載の化合物。
【請求項３７】
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではない、請求項３１〜３６のいずれかに記載の化合物。
【請求項３８】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項３１〜３７のいずれかに記載の化合物。
【請求項３９】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではない、請求項３１〜３８のいずれかに記載の化合物。
【請求項４０】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではない、請求項３１〜３９のいずれかに記載の化合物。
【請求項４１】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではない、請求項３１〜４０のいずれかに記載の化合物。
【請求項４２】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、請求項３１〜４１のいずれかに記載の化合物。
【請求項４３】
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、請求項３１〜４２のいずれかに記載の化合物。
【請求項４４】
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、請求項３１〜４３のいずれかに記載の化合物。
【請求項４５】
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、請求項３１〜４４のいずれかに記載の化合物。
【請求項４６】
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項３１〜４５のいずれかに記載の化合物。
【請求項４７】
Ｒ７が、ＣＨである、請求項３１〜４６のいずれかに記載の化合物。
【請求項４８】
請求項３１〜４７のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる制御可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該リシンリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該リシンリボスイッチとコード領域とは、異種性である、組成物。
【請求項４９】
前記リシンリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成する、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する、請求項４８または４９に記載の組成物。
【請求項５１】
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化によって、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化がもたらされ、該発現の変化は、シグナルを生成する、請求項４８〜５０のいずれかに記載の組成物。
【請求項５２】
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、請求項４９〜５１のいずれかに記載の組成物。
【請求項５３】
（ａ）請求項３１〜５２のいずれかに記載の化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、ここで、該阻害は、該リシンリボスイッチを介するものである、工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含する方法であって、
ここで、該細胞は、該リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該リシンリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
【図１ａ】
【図１ｂ】
【図２−１】
【図２−２】
【図２−３】
【図２−４】
【図３ａ】
【図３ｂ】
【図３ｃ】
【図３ｄ】
【図４−１】
【図４−２】
【図４−３】
【図４−４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図１ｂ】
【図２−１】
【図２−２】
【図２−３】
【図２−４】
【図３ａ】
【図３ｂ】
【図３ｃ】
【図３ｄ】
【図４−１】
【図４−２】
【図４−３】
【図４−４】
【図５】
【図６】
【図７】
【公表番号】特表２０１０−５０２７５２（Ｐ２０１０−５０２７５２Ａ）
【公表日】平成２２年１月２８日（２０１０．１．２８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５２７６２８（Ｐ２００９−５２７６２８）
【出願日】平成１９年９月１１日（２００７．９．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０７８１９５
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０３３８６６
【国際公開日】平成２０年３月２０日（２００８．３．２０）
【出願人】（５０８２８５６１７）イェール ユニバーシティー (8)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年１月２８日（２０１０．１．２８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年９月１１日（２００７．９．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０７８１９５
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０３３８６６
【国際公開日】平成２０年３月２０日（２００８．３．２０）
【出願人】（５０８２８５６１７）イェール ユニバーシティー (8)
【Ｆターム（参考）】
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