本発明は、広域スペクトルインフルエンザ中和のための新規薬剤を提供する。本発明は、インフルエンザウイルスおよび／または赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体に結合することによってインフルエンザ感染を阻害するための薬剤、ならびにこの薬剤に関連する試薬および方法を提供する。本発明は、インフォールドと、これらに結合する相互作用パートナーとの間の相互作用を分析するためのシステムを提供する。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
この出願は、２０１０年１月２７日に出願された米国仮特許出願第６１／２９８，７７６号（この全体の開示は、参考として本明細書に援用される）への優先権を主張する。３７ＣＦＲ１．５２（ｅ）（５）にしたがって、テキストファイルの形態での配列表（２０１０年１月２６日に作成され、４９キロバイトである、表題「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」のもの）が、その全体において参考として本明細書に援用される。
【背景技術】
【０００２】
インフルエンザウイルスは、年間３００，０００を超える死亡の原因である世界的な健康の脅威である。ウイルスは、加速された抗原ドリフト、ドメイン再集合、遺伝的組み換え、およびその表面糖タンパク質のグリコシル化ベースのマスキングの組合せに携わることによって免疫認識を回避する。ウイルスのこの急速な突然変異能力は、現在のＨ１Ｎ１「ブタインフルエンザ」パンデミックからの脅威の増大、ならびに病原性の高い「鳥インフルエンザ」のトリＨ５Ｎ１インフルエンザ菌株による最近の感染症の憂慮すべき世界的急増という状況で特に深刻になっている（非特許文献１、非特許文献２）。さらに、前世紀における２つの主要なインフルエンザパンデミックは、ヒト感染を可能にするようにその遺伝的性質を変化させたトリインフルエンザウイルスを起源とした。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００３】
【非特許文献１】Ｋｈａｎｎａら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（２００８年）３３巻（４号）：４７５頁
【非特許文献２】Ｓｏｕｎｄａｒａｒａｊａｎら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２００９年）２７巻：５１０頁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
これらのインフルエンザウイルスの進化における高度の予測不可能性を考慮すると、交差株で有効な（ユニバーサルまたは広域スペクトル）抗インフルエンザ予防剤および治療剤の開発の必要性がある。そのようなユニバーサルまたは広域スペクトル抗インフルエンザ剤は、出回っている特定の「季節性の」ウイルス株を標的にするように設計される毎年のインフルエンザワクチンを増強するであろう（Ｅｋｉｅｒｔら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３２４巻（５９２４号）：２４６頁、２００９年、およびＳｕｉら、Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ． １６巻（３号）：２６５頁、２００９年）。そのような薬剤の重要性は、抗ウイルス剤タミフル／リレンザ（ＮＡ阻害剤）およびアマンタジン／リマンタジン（ＭＰ−２阻害剤）に対する、現れつつある薬物耐性によって強調される（Ｃｏｌｌｉｎｓら、Ｎａｔｕｒｅ ４５３巻：１２５８頁、Ｓｔｏｕｆｆｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ、４５１巻：５９６頁、２００８年、Ｐｉｅｌａｋら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、１０６巻：７３７９頁、２００９年）。例えば、今季のＨ１Ｎ１株の９８％超、および１００％が、それぞれ、タミフルおよびアダマンタン誘導体（アマンタジン／リマンタジン）に対して耐性である。さらに、季節性インフルエンザワクチンは、最も伝染性の強いインフルエンザ菌株の予測に基づいて開発される。場合によっては、これらの予測がはずれ、それによって、季節性インフルエンザワクチンの効果が弱くなる。これらの理由で、サブタイプまたはクレードに依存しない、インフルエンザウイルスによって引き起こされる疾患の治療または発症の遅延に有効な広域スペクトルワクチンおよび治療剤の開発の必要性がある。もちろん、任意のインフルエンザ菌株に効果的な薬剤においてもかなりの価値があり、実際に、１つの、または一連の菌株に特異的な薬剤において大きな価値がある場合がある。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明は、インフルエンザ感染症を阻害するための新規薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、インフルエンザウイルス（例えば、ウイルスのＨＡポリペプチド）に結合し、かつ／またはＨＡ受容体に結合する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、広域スペクトルのインフルエンザ中和のための新規薬剤を提供する。
【０００６】
特に、本発明は、赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチド上の特定の領域に結合する、「インフォールド（ｉｎｆｏｌｄ）剤」と呼ばれるポリペプチド剤を提供する。例えば、本発明は、ＨＡポリペプチドの膜近位エピトープ領域（ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｘｉｍａｌ ｅｐｉｔｏｐｅ ｒｅｇｉｏｎ）（ＭＰＥＲ）領域に結合するインフォールド剤を提供する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡグリコシル化と無関係にＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド中の１つまたは複数のアミノ酸残基、および／またはＨＡポリペプチドに結合した１つまたは複数のグリカンと相互作用する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド上のＮ結合型グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド上のＭＰＥＲ近位のＮ−グリカンに結合する。
【０００７】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体に結合する。ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体上のシアル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラトポロジーを有するシアル化グリカンに結合する。ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラトポロジーグリカンに高親和性および／または特異性を伴って結合する（例えば、コーントポロジーグリカンなどの他のトポロジーのグリカンに結合することと比較して）。
【０００８】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体への結合において赤血球凝集素と競合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラトポロジーグリカンへの結合においてＨＡと競合する。
【０００９】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、これらが、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体中の同定された「標的残基」から指定された距離内の３次元空間内に位置するように、所定の３次元空間（例えば、結合ポケット）内に適合し、選択された「相互作用残基」をディスプレイするように選択され、寸法を合わされた骨格折り畳み構造を特徴とする。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド結合部位内に適合するように選択され、寸法を合わされた第１の骨格折り畳み構造、およびＨＡ受容体結合部位内に適合するように選択され、寸法を合わされた第２の骨格折り畳み構造を特徴とする。
【００１０】
本発明はさらに、インフォールド剤を同定するためのシステム、これらを調製するためのストラテジー、これらに結合する抗体、ならびにこれらに関係する様々な診断法および治療法を含めた、インフォールド剤に関連する様々な試薬および方法を提供する。本発明のこれらの態様および他の態様のある特定の実施形態のさらなる説明を以下に提示する。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】図１は、標的とされる広域スペクトル分子（インフォールド剤）を使用して、標的とされるフル（広い）スペクトルのインフルエンザ中和を実現するための手法を提示する図である。（ａ）ＨＡ ＭＰＥＲ（赤色円）およびＨＡ受容体（例えば、ＨＡ受容体上のシアル化グリカン）（緑色円）に結合するインフォールド剤；（ｂ）ＨＡ ＭＰＥＲ（赤色円）、ＭＰＥＲ近位のＮ−グリカン（黒色円）、およびＨＡ受容体上のシアル化グリカン（緑色円）に結合するインフォールド剤；（ｃ）ＨＡ ＭＰＥＲに結合するインフォールド剤（赤色円）；（ｄ）ＨＡ ＭＰＥＲ（赤色円）およびＭＰＥＲ近位のＮ−グリカン（黒色円）に結合するインフォールド剤。
【図２】図２は、グループ１およびグループ２インフルエンザ菌株の膜近位エピトープ領域（ＭＰＥＲ）の保存を示す図である。（Ｓｔｏｕｆｆｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ、４５１巻：５９６頁、２００８年）。ＨＡ−１（球状ヘッドドメイン）およびＨＡ−２（ストークドメイン）上の重要なＭＰＥＲ残基が示されており、これらの位置における各菌株に由来する顕著なアミノ酸に、交差クレード保存の程度によって色が付けられている（橙色＝最も保存された位置）。
【図３】図３は、Ｎ−グリコシル化されたインフルエンザＨＡ ＭＰＥＲ標的化のための抗体の限界についての構造的原理を示す図である。Ａｓｎ−３８（緑色円（ｇｒｅｅｎ ｃａｒｂｏｎ））でＮ−グリコシル化されたＨ３ ＨＡ（白色（ｗｈｅａｔ）／灰色）にドッキングしたＦ１０抗体（桃色）は、すべて抗体ＶＨドメインにおける９つのβ−ストランドのうちの２つを構成する追加のＣ’およびＣ’’β−ストランド（黒色）が、抗体結合に対する立体障害の主な原因であることを示す。
【図４】図４は、グリコシル化されたＨＡ上での標的化に利用可能なＭＰＥＲ面積の低減についての構造的原理を示す図である。グリコシル化されていないＨＡポリペプチド上で（上）、２８^＊１１．５〜３２５Å^２のＭＰＥＲ面積が標的化に利用可能であり、一方、０．５^＊（１２．３^＊１５．３＋９．５^＊１２．２）〜１５２Å^２の低減されたＭＰＥＲ面積のみが、Ｎ−グリコシル化されたＨＡポリペプチド上での結合に利用可能である（下）。
【図５】図５は、ＨＡポリペプチド中、具体的にはＨＡポリペプチドＭＰＥＲ領域内、および／またはこの領域付近の可能な標的残基の異なるセットを例示する図である。表された特定のＨＡポリペプチドは、タンパク質データバンク（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ）ＩＤ（ＰＤＢ ＩＤ）エントリー１ＨＧＧからのＨ３ ＨＡポリペプチドである。
【図６】図６は、（上）グリコシル化されていないＨＡ ＭＰＥＲへのインフォールド−３の結合を示す図である。（下）インフォールド−３（赤色）は、図３中に示したような抗体のものと比べて、その小さい体積および２本の追加のストランドの欠如により、Ｎ−グリカン（緑色円）を収容することによって、Ｎ−グリコシル化されたＨＡ ＭＰＥＲ（灰色／白色）に結合する。
【図７】図７は、Ｃ１７９抗体の選択されたＨＡポリペプチド、例えば、Ｈ１、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、およびＨ９への結合と比較した場合の、例示的なインフォールド剤の結合を提示する図である。
【図８】図８は、α２，６−シアル化グリカン（アンブレラトポロジー）ＨＡ受容体（シアンブルー）を提示する図であり、ここで示したのは、２００９ブタ起源インフルエンザ（一般に「パンデミックインフルエンザ」と呼ばれる）Ｈ１Ｎ１ ＨＡポリペプチド（灰色）に結合している。
【図９】図９は、抗インフルエンザ治療剤の標的化送達のために、α２，６シアル化されたグリカンＨＡ受容体に結合するインフォールド−９およびインフォールド１０の設計において使用される、α２，６シアル化グリカン認識モチーフの例を提示する図である。
【図１０】図１０は、グリカン受容体特異性を理解するためのフレームワークを提示する図である。α２，３−および／またはα２，６−連結グリカンは、異なるトポロジー採用することができる。ＨＡポリペプチドのある特定のこれらのトポロジーに結合する能力は、これに異なる宿主、例えば、ヒトの感染を媒介する能力を付与すると考えられている。本発明は、２つの特に妥当なトポロジー、すなわち、「コーン」トポロジー（左パネル）および「アンブレラ」トポロジー（右パネル）を参照する。コーントポロジーは、α２，３−および／またはα２，６−連結グリカンによって採用され得、コアに付いた短いオリゴ糖または分岐オリゴ糖に典型的である（このトポロジーは、ある特定の長いオリゴ糖によって採用され得るけれども）。アンブレラトポロジーは、α２，６−連結グリカンによってのみ採用され得（おそらくα２，６連結中に存在する余分のＣ５〜Ｃ６結合によってもたらされる立体配座的複数性の増大により）、長いオリゴ糖、または特に、モチーフＮｅｕ５Ａｃα２，６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃを含有する、長いオリゴ糖ブランチを有する分岐グリカンによって主に採用される。
【図１１】図１１は、例示的なコーントポロジーを例示する図である。この図は、コーントポロジーを採用するある特定の例示的な（しかし網羅的でない）グリカン構造を例示する。
【図１２】図１２は、例示的なアンブレラトポロジーを例示する図である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる、ある特定の例示的な（しかし網羅的でない）Ｎ−およびＯ結合型グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができるある特定の例示的な（しかし網羅的でない）Ｏ結合型グリカン構造。
【図１３】図１３は、ＨＡポリペプチド中の指示された標的残基と相互作用し、かつ／またはこれに結合するように選択および設計されたインフォールド剤相互作用および／または結合残基の可能なセットを例示する図である。示したように、ＨＡポリペプチドは、Ｈ１ ＨＡポリペプチドである。
【図１４】図１４は、リボンおよびスティックの代表的なモデルでのＰＤＢ ＩＤ ２Ｖ５Ｙ（タンパク質データバンク識別番号）の構造の画像を提示する図である。
【図１５】図１５は、例示的なインフォールド剤は、インビトロでＰＲ８ウイルス（Ｈ１Ｎ１）インフルエンザ感染性を阻害することを例示する図である。左パネルは、例示的なインフォールド剤が、６つの異なる用量について用量依存的様式で、ウイルスで誘導されるプラーク生成を阻害することを強調する。
【図１６】図１６は、４つの用量を用いたプラークアッセイを使用して、例示的なインフォールド剤の活性を、対照（ＢＳＡ）およびＣ１７９抗体の活性と比較する図である。プラークアッセイによって示されるように、例示的なインフォールド剤はインフルエンザ感染性を阻害する。
【図１７】図１７は、マウスにおけるＨ１Ｎ１チャレンジを提示する図である。このチャレンジにおいて、例示的なインフォールド剤は、ＰＢＳ対照と比較した場合、マウスにおけるＨ１Ｎ１の発症の遅延を実証する。例示的なインフォールド剤は、５日目付近で開始する、抗ウイルス薬、リバビリンの発症の遅延と同様の発症の遅延を示す。
【図１８】図１８は、Ｈ１Ｎ１チャレンジにおいて例示的なインフォールド剤で処置したマウスを提示する図である。このチャレンジにおいて、例示的なインフォールド剤で処置したマウスは、ＰＢＳ対照、または抗ウイルス薬、リバビリンと比較した場合、感染後の体重減少が最小の百分率である。
【図１９】図１９は、インフルエンザウイルスサブタイプのグループ、クレード、およびクラスターへの区分を示す、ＨＡサブタイプの間の系統発生的関係を提示する図である。
【図２０】図２０は、クリスタルバイオレットを使用する、本明細書に記載の特定のインフォールド剤（インフォールド−２８）の中和活性の例示的評価を提示する図である。
【図２１】図２１は、ウイルスゲノム量を直接定量化するためにＲＴ−ＰＣＲを使用する、ＭＤＣＫにおけるインフォールド−２８活性の例示的評価を提示する図である。結果は、試験したインフォールド剤（インフォールド−２８）が強力な阻害剤であり、ＩＣ_５０は、感染の多重度（ｍｏｉ）によって影響されることを示す。
【図２２】図２２は、ＭＤＣＫ細胞における感染性に対するＰＲ８を用いたインフォールド剤−２８のプレインキュベーションの効果を提示する図である。感染後、ＭＤＣＫ細胞を、インフォールド剤−２８を含む（ａ）、または含まない（ｂ）無ウイルス培地中で４８時間増殖させた後、ウイルス力価を、ウイルスＭタンパク質に特異的なプライマーを使用してリアルタイムＰＣＲによって定量化した。＝計算されたＩＣ_５０値。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
定義
親和性：当技術分野で公知であるように、「親和性」は、特定のリガンド（例えば、ＨＡポリペプチドまたはインフォールド剤）がそのパートナー（例えば、ＨＡ受容体）に結合することに関する緊密さの尺度である。親和性は、様々な方法で測定することができる。
【００１３】
アミノ酸：本明細書で使用する場合、「アミノ酸」は、任意の天然または非天然アミノ酸（以下の「天然アミノ酸」および「非天然アミノ酸」の定義を参照）を指す。
【００１４】
抗体：本明細書で使用する場合、用語「抗体」は、指定されたタンパク質もしくはペプチド、またはその断片に対して特異的に反応性である免疫グロブリンおよびその断片を含むことが意図されている。適当な抗体として、それだけに限らないが、ヒト抗体、霊長類化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、コンジュゲートされた抗体（すなわち、他のタンパク質、放射標識、細胞毒にコンジュゲートまたは融合した抗体）、小モジュラー免疫薬（「ＳＭＩＰ（商標）」）、単鎖抗体、カメロイド（ｃａｍｅｌｏｉｄ）抗体、および抗体断片が挙げられる。本明細書で使用する場合、用語「抗体」は、インタクトなモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、単一ドメイン抗体（例えば、サメ単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲ、またはその断片））、少なくとも２つのインタクトな抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、および所望の生物活性を呈する限り、抗体断片も含む。本明細書で使用するための抗体は、任意の型（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ）のものとすることができる。
【００１５】
いくつかの実施形態では、抗体は抗体断片である。抗体断片は、インタクトな抗体の一部、例えば、抗体の抗原結合性領域または可変領域などを含むことができることが理解されるであろう。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片；三重特異性抗体（ｔｒｉａｂｏｄｙ）；四重特異性抗体（ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）；線状抗体；単鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。いくつかの実施形態では、抗体断片には、特定の抗原に結合して複合体を形成することによって抗体のように作用する任意の合成タンパク質または遺伝子操作されたタンパク質も含まれる。例えば、抗体断片として、重鎖および軽鎖の可変領域からなる単離された断片である「Ｆｖ」断片、軽鎖および重鎖可変領域がペプチドリンカーによって接続された組換え型単鎖ポリペプチド分子（「ＳｃＦｖタンパク質」）、ならびに超可変性領域を模倣するアミノ酸残基からなる最小認識ユニットを挙げることができる。
【００１６】
β−サンドイッチ折り畳み：「β−サンドイッチ折り畳み」は、その構造が、ＰＢＤ ＩＤ ２Ｖ５Ｙを有する構造の残基２６０〜３５５（鎖Ａ）上に重ねられる場合、６オングストローム以下のＣα ＲＭＳＤ（標準偏差）を伴って、任意の方法によって実験的に求められ、または計算で予測される場合に、５〜１２の間にβ−ストランドを有するポリペプチドドメインである（図１４を参照）。さらに、二次構造領域（ループを除く）を重ね合わせた後のそのようなＲＭＳＤは、５Å以下である場合がある。インフォールドドメインは、インフォールド剤の「標的認識」ドメインを構成する。
【００１７】
結合：用語「結合」は、本明細書で使用する場合、典型的には、作用物質同士の間、または作用物質同士の中での非共有結合性会合を指すことが理解されるであろう。本明細書の多くの実施形態では、結合は、特定のＨＡポリペプチド、特定のグリカン（例えば、Ｎ結合型グリカン、アンブレラトポロジーグリカンまたはコーントポロジーグリカン）、または特定のＨＡ受容体に関して扱われる。そのような結合は、様々な状況のいずれにおいても評価することができることが当業者によって理解されるであろう。いくつかの実施形態では、結合は、ＨＡポリペプチドに関して評価される。いくつかの実施形態では、結合は、担体が付いた（例えば、共有結合的に連結した）グリカンに関して評価される。いくつかのそのような実施形態では、担体はポリペプチドである。いくつかの実施形態では、結合は、ＨＡ受容体に付いたグリカンに関して評価される。そのような実施形態では、受容体結合またはグリカン結合を参照することができる。
【００１８】
結合部位：用語「結合部位」は、本明細書で使用する場合、標的ポリペプチドの相互作用残基を含む、３次元空間に形成された、標的ポリペプチドの領域を指す。当業者によって理解されるように、結合部位は、線状鎖上で互いに隣接し、かつ／または線状鎖上で互いに遠位にあるが、標的ポリペプチドが折り畳まれているときの３次元空間において互いに近い残基を含むことができる。結合部位は、アミノ酸残基および／またはサッカリド残基を含むことができる。
【００１９】
生物学的に活性な：本明細書で使用する場合、語句「生物学的に活性な」は、生物系、特に生物において活性を有する任意の薬剤の特性を指す。例えば、生物に投与される場合にその生物に対して生物学的効果を有する薬剤は、生物学的に活性であるとみなされる。特定の実施形態では、タンパク質またはポリペプチドが生物学的に活性である場合、そのタンパク質またはポリペプチドの少なくとも１つの生物活性を共有するそのタンパク質またはポリペプチドの一部は、典型的には「生物学的に活性な」部分と呼ばれる。
【００２０】
広域スペクトル：本明細書で使用する場合、語句「広域スペクトル」は、異なるインフルエンザウイルス菌株に由来する様々なＨＡポリペプチドに結合するインフォールド剤を指す。いくつかの実施形態では、広域スペクトルインフォールド剤は、複数の異なるＨＡポリペプチドに結合する。例示的なそのようなＨＡポリペプチドには、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／もしくはＨ１６ポリペプチド、またはこれらの組合せが含まれる。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、これらが、ウイルスの少なくとも２つの異なるクレードまたはクラスターに由来するＨＡポリペプチドに結合するという点で広域スペクトルである。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、これらが、ウイルスのすべての公知のクレードに由来するＨＡポリペプチドに結合するという点で広域スペクトルである。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、これらが、グループ１およびグループ２のインフルエンザウイルスに由来するＨＡポリペプチドに結合するという点で広域スペクトルである。いくつかの実施形態では、広域スペクトルは、特定の宿主、例えば、トリ、ラクダ、イヌ、ネコ、ジャコウネコ、ウマ、ヒト、ヒョウ、ミンク、マウス、アザラシ、ストーンマーチン（ｓｔｏｎｅ ｍａｒｔｉｎ）、ブタ、トラ、クジラなどの感染を媒介するＨＡポリペプチドを指す。
【００２１】
候補基質：本明細書で使用する場合、語句「候補基質」は、１つまたは複数のインフォールド剤の基質を指す。いくつかの実施形態では、候補基質には、それだけに限らないが、ポリペプチドおよびサッカリドが含まれる。いくつかの実施形態では、候補基質として、ＨＡポリペプチドの領域、ＨＡポリペプチド上のＭＰＥＲ領域、ＨＡポリペプチド上のＮ−グリカン、ＨＡ受容体、シアル化ＨＡ受容体、シアル化ＨＡ受容体上のグリカンおよび／またはシアル化ＨＡ受容体上のアンブレラトポロジーグリカンが挙げられる。
【００２２】
特徴的部分：本明細書で使用する場合、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的部分」という語句は、ともにタンパク質またはポリペプチドに特徴的であるアミノ酸の連続ストレッチ、またはアミノ酸の連続ストレッチのコレクションを含有するものである。それぞれのそのような連続ストレッチは一般に、少なくとも２つのアミノ酸を含有することになる。さらに、当業者は、タンパク質の特性であるために、典型的には、少なくとも５、１０、１５、２０、またはそれ以上のアミノ酸が必要とされることを理解するであろう。一般に、特性部分は、上記に特定される配列同一性に加えて、関連したインタクトなタンパク質と少なくとも１つの機能的特性を共有するものである。
【００２３】
特徴的配列：「特徴的配列」は、ポリペプチドまたは核酸のファミリーのすべてのメンバー中に見出され、したがってファミリーのメンバーを定義するのに当業者によって使用することができる配列である。
【００２４】
併用療法：用語「併用療法」は、本明細書で使用する場合、２つ以上の薬剤が重複レジメンにおいて投与され、その結果、被験体が両薬剤に同時に曝される状況を指す。
【００２５】
コーントポロジー：語句「コーントポロジー」は、ある特定のグリカン、特に、ＨＡ受容体上のグリカンによって採用される３次元配置を指すのに本明細書で使用される。図１０に例示したように、コーントポロジーは、α２，３シアル化グリカンまたはα２，６シアル化グリカンによって採用され得、短いオリゴヌクレオチド鎖に典型的であるが、いくつかの長いオリゴヌクレオチドもこの立体配座を採用することができる。コーントポロジーは、約−６０、６０または１８０のφ（Ｃ１−Ｃ２−Ｏ−Ｃ３／Ｃ６）値、および−６０〜６０をサンプリングするΨ（Ｃ２−Ｏ−Ｃ３／Ｃ６−Ｈ３／Ｃ５）によって与えられる最低エネルギー立体配座の３つの領域をサンプリングするＮｅｕ５Ａｃα２，３Ｇａｌ連結のグリコシドねじれ角を特徴とする。図１１は、コーントポロジーを採用するグリカンのある特定の代表的な（しかし網羅的でない）例を提示する。
【００２６】
直接結合アミノ酸（ｄｉｒｅｃｔ−ｂｉｎｄｉｎｇ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）：本明細書で使用する場合、語句「直接結合アミノ酸」は、結合パートナー（例えば、１つまたは複数のアミノ酸、グリカンなど）と直接相互作用するアミノ酸残基を指す。相互作用残基は、典型的には直接結合アミノ酸である。
【００２７】
操作された：用語「操作された」は、本明細書で使用する場合、アミノ酸配列が人によって選択されたポリペプチドを記述する。例えば、操作されたインフォールド剤は、タンパク質間相互作用の特定の部位で対応するアミノ酸の選好に基づいて選択されたアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、操作されたインフォールド配列は、ＮＣＢＩデータベースに含まれるＨＡポリペプチドのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を有する。
【００２８】
赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチド：本明細書で使用する場合、用語「赤血球凝集素ポリペプチド」（または「ＨＡポリペプチド」）は、アミノ酸配列がＨＡの少なくとも１つの特徴的配列を含むポリペプチドを指す。インフルエンザ分離株に由来する多種多様なＨＡ配列が当技術分野で公知であり、実際に、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）は、データベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ＦＬＵ．ｈｔｍｌ）を維持し、これは、本願の出願時点で９７９６のＨＡ配列を含んでいた。当業者は、このデータベースを参照して、一般にＨＡポリペプチド、および／または特定のＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、もしくはＨ１６ポリペプチド）；または特定の宿主、例えば、トリ、ラクダ、イヌ、ネコ、ジャコウネコ、環境、ウマ、ヒト、ヒョウ、ミンク、マウス、アザラシ、ストーンマーチン、ブタ、トラ、クジラなどの感染を媒介するＨＡポリペプチドに特徴的な配列を容易に同定することができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、インフルエンザウイルスの天然分離株に見出されるＨＡタンパク質の、およそ、残基９７と１８５、３２４と３４０、９６と１００、および／または１３０〜２３０の間に見出される１つまたは複数の特徴的配列要素を含む。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、ＨＡのＨＡ−１（ストーク）ドメインおよびＨＡ−２（ヘッド）ドメインから構成されている。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、ＨＡの膜近位エピトープ領域（ＭＰＥＲ）に由来する特徴的配列要素を含む。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドのある領域はグリコシル化されている。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドのある領域は、グリコシル化されていない。
【００２９】
併用で：語句「併用で」は、本明細書で使用する場合、被験体に同時に投与される薬剤を指す。２つ以上の薬剤は、被験体が両方（またはそれ以上）の薬剤に同時に曝されるときはいつでも、「併用で」投与されるとみなされることが理解されるであろう。２つ以上の薬剤のそれぞれは、異なるスケジュールによって投与することができ、異なる薬剤の個々の用量は、同時に、または同じ組成物で投与される必要はない。むしろ、両方（またはそれ以上）の薬剤が被験体の体内に残存する限り、これらは「併用で」投与されるとみなされる。
【００３０】
インフォールド剤：一般に、用語「インフォールド剤」は、選択された結合部位に結合し、ポリペプチドを含む薬剤を指すのに本明細書で使用される。多くの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富む「折り畳み」骨格を特徴とする構造を有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤ポリペプチドは、操作または設計されたポリペプチドである。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＭＰＥＲ領域においてＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、グリコシル化と無関係にＨＡポリペプチドＭＰＥＲ領域に結合する。例えば、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＭＰＥＲ領域へのその結合が、ＭＰＥＲ領域のグリコシル化によって妨げられない適切なサイズのものとなるように設計される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、他の点では同一であるグリコシル化されていないＭＰＥＲ領域についてのその親和性の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、またはそれを上回る親和性で、グリコシル化されたＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、６０００〜１２０，０００Å^３の間の体積サイズを有する。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、抗体の体積サイズ以下である体積サイズを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、約２０×３０＝６００Å^２の総標的エピトープ表面積を有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤の総標的エピトープ表面積は、約１０Å^２、２０Å^２、３０Å^２、４０Å^２、５０Å^２、６０Å^２、７０Å^２、８０Å^２、８５Å^２、９０Å^２、９５Å^２、１００Å^２、１０５Å^２、１１０Å^２、１１５Å^２、１２０Å^２、１２５Å^２、１３０Å^２、１３５Å^２、１４０Å^２、１４５Å^２、１５０Å^２、１５１Å^２、１５２Å^２、１５３Å^２、１５４Å^２、１５５Å^２、１６０Å^２、１６５Å^２、１７０Å^２、１７５Å^２、１８０Å^２、１８５Å^２、１９０Å^２、１９５Å^２、２００Å^２、２１０Å^２、２２０Å^２、２３０Å^２、２４０Å^２、２５０Å^２、２６０Å^２、２７０Å^２、２８０Å^２、２９０Å^２、３００Å^２、３１０Å^２、３１５Å^２、３２０Å^２、３２５Å^２、３３０Å^２またはそれ以上未満である。いくつかの実施形態では、総標的エピトープ表面積は、約２００Å^２、約１７５Å^２、約１５０Å^２、約１２５Å^２、またはそれ以下未満である。多くの実施形態では、インフォールド剤は、約１０００アミノ酸未満である長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、長さが約１０００、９７５、９５０、９２５、９００、８７５、８５０、８２５、８００、７７５、７５０、７２５、７００、６７５、６５０、６２５、６００、５７５、５５０、５２５、５００、４７５、４５０、４２５、４００、３７５、３５０、３２５、３００、２７５、２５０、２４０、２３０、２２０、２１０、２００、１９０、１８０、１７０、１６０、１５０、１４０、１３０、１２５、１２０、１１５、１１０、１０５、１００、９５、９０、８５、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０、２５、または２０アミノ酸の最大長さ未満である長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、長さが約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９またはそれ以上のアミノ酸の最小長さより長い長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、最大長さが最小長さより長い限り、そのような最小長さのいずれか１つと、そのような最大長さのいずれか１つとの間の長さを有する。いくつかの特定の実施形態では、インフォールド剤は、約２０と５００、または３０と４００、または４０と３００、または８０と２５０アミノ酸の間の長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、約８４、８８、９３、９５、９８、１０４、１０６、１１０、１１１、１１６、１１９、１２３、１２４、１３２、２１２、２１５、２４４、または２４５の長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、天然アミノ酸から構成される。他の実施形態では、インフォールド剤は、１つまたは複数の非天然アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、天然および非天然アミノ酸の組合せから構成される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、共有結合的に（例えば、リンカーによって）または非共有結合的に会合した１つ、２つ、またはそれ以上のポリペプチド鎖から構成される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド剤が相互作用のためのその３次元構造および配置を保持する限り、より長いポリペプチド鎖（例えば、完全抗体、血清アルブミン、または他の担体タンパク質）に連結し、またはこのポリペプチド鎖の一部であることができる。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に付加することができる。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチド中の配列に組み込まれ、それによってポリペプチド配列を２つ以上のセグメントに分離する。いくつかの実施形態では、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチドのＮ末端もしくはＣ末端、または配列内にインフォールドを付加することは、以下のうちの少なくとも１つ以上を可能にすることができる：免疫原性の減少、循環寿命の増大、より遅いインビボ分解、局所的な免疫応答の扇動、免疫系分子との相互作用、体積の増大、インフォールド標的（複数可）に対する親和性の増大、インフォールド標的（複数可）に対する特異性の増大、または他の一般に使用される治療剤／予防剤送達プロトコールの使用。いくつかの実施形態では、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチドのＮ末端もしくはＣ末端、または配列内にインフォールドを付加することは、インフォールド剤の標的（例えば、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、ＨＡポリペプチド上のＮ−グリカン、ＨＡ受容体、またはＨＡ受容体上のシアル化グリカン）への結合に対して直接の効果を有さない。
【００３１】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、１つまたは複数の標的残基との相互作用によってその標的結合部位に結合する。いくつかの実施形態では、そのような標的残基は、アミノ酸、サッカリド、またはこれらの組合せである。いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチド上のＮ結合型グリカン、ＨＡ受容体、ＨＡ受容体上のシアル化グリカン、またはこれらの様々な組合せに結合するインフォールド剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチドに結合する第１のインフォールド剤、およびＨＡ受容体に結合する第２のインフォールド剤を含むポリペプチド剤を提供する。いくつかのそのような実施形態では、ポリペプチド剤は、場合により１つまたは複数の連結アミノ酸によって互いに接続された、第１および第２のインフォールドを含む単一ポリペプチド鎖を含む。いくつかの実施形態では、ＨＡ受容体に結合するインフォールド剤は、ＨＡ受容体上の１つまたは複数のグリカンと相互作用する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤はシアル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラ様トポロジーを有するシアル化グリカンに結合する。ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、高い親和性および／または特異性を伴ってアンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、他のトポロジーのグリカン（例えば、コーントポロジーグリカン）と比較した場合、アンブレラトポロジーグリカンに対して結合の選好を示す。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体への結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドとＨＡ受容体の間の結合が、３分の２以下、２分の１以下、３分の１以下、４分の１以下、５分の１以下、６分の１以下、７分の１以下、８分の１以下、９分の１以下、１０分の１以下、１１分の１以下、１２分の１以下、１３分の１以下、１４分の１以下、１５分の１以下、１６分の１以下、１７分の１以下、１８分の１以下、１９分の１以下、または２０分の１以下に低減されるように、結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体上のグリカンへの結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラトポロジーグリカンへの結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、アンブレラトポロジー遮断剤である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、アンブレラトポロジー特異的な遮断剤である。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、複数の直接結合アミノ酸残基（すなわち、ＨＡアミノ酸またはグリカンと直接接触するアミノ酸残基）に富み、かつ／またはＨＡ受容体アミノ酸または本明細書に記載されるようなグリカンを有する骨格折り畳み構造を有する。
【００３２】
相互作用残基：用語「相互作用残基」は、本明細書で使用する場合、標的ポリペプチド中の特定の標的残基と相互作用するように設計されたインフォールド剤中の残基を指す。具体的には、相互作用残基は、これらが、同定された標的残基（例えば、結合、ドッキング、または他の相互作用アッセイで）の所定の距離（または体積）内の３次元空間内にディスプレイされるようにインフォールド剤配列内で選択および配置される。多くの実施形態では、相互作用残基は直接結合残基である。
【００３３】
単離された：用語「単離された」は、本明細書で使用する場合、作用物質または実体が最初に生成されたとき（自然において、もしくは実験的設定で）に付随した成分の少なくともいくつかから分離された、または（ｉｉ）人の手によって生成された作用物質または実体を指す。単離された作用物質または実体は、これらに最初に付随した他の成分の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９０％超から分離されている場合がある。いくつかの実施形態では、単離された作用物質は、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％超純粋である。
【００３４】
長いオリゴ糖：本開示の目的に関して、オリゴ糖は、典型的には、これが少なくとも４つのサッカリド残基を有する少なくとも１つの線状鎖を含む場合、「長い」とみなされる。
【００３５】
天然アミノ酸：本明細書で使用する場合、用語「天然アミノ酸」は、天然に存在する２０のアミノ酸のうちの１つを指す。これらのアミノ酸のリストについて表１を参照。
【００３６】
ポリペプチド：本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」は、一般的に言えば、ペプチド結合によって互いに付いた少なくとも２つのアミノ酸のストリングである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも３〜５のアミノ酸を含むことができ、そのそれぞれは、少なくとも１つのペプチド結合によって他のアミノ酸に付いている。当業者は、ポリペプチドは、時に「非天然の」アミノ酸または他の実体を含み、これらはそれにもかかわらず、場合によりポリペプチド鎖中に一体化することができることを理解するであろう。
【００３７】
純粋な：本明細書で使用する場合、作用物質または実体は、これが他の成分を実質的に含まない場合、「純粋」である。例えば、約９０％を超える特定の作用物質または実体を含有する配合物は、典型的には、純粋な配合物であるとみなされる。いくつかの実施形態では、作用物質または実体は、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％＜、または９９％純粋である。
【００３８】
短いオリゴ糖：本開示の目的に関して、オリゴ糖は、典型的には、これが、任意の線状鎖中に４未満、または確かには３未満の残基を有する場合、「短い」とみなされる。
【００３９】
特異性：当技術分野で知られているように、「特異性」は、特定のリガンド（例えば、インフォールド剤）の、その結合パートナー（例えば、ヒトＨＡ受容体、特にヒト上気道ＨＡ受容体）を、他の潜在的な結合パートナー（例えば、トリＨＡ受容体）と区別する能力の尺度である。
【００４０】
実質的な相同：語句「実質的な相同」は、アミノ酸または核酸配列同士の間の比較を指すのに本明細書で使用される。当業者によって理解されるように、２つの配列は一般に、これらが、対応する位置において相同残基を含有する場合、「実質的に相同」であるとみなされる。相同残基は同一残基である場合がある。あるいは、相同残基は、適切に同様の構造的および／または機能的特性を有する非同一残基である場合がある。例えば、当業者に周知であるように、ある特定のアミノ酸は、典型的には、「疎水性」または「親水性」アミノ酸と、かつ／または「極性」または「非極性」側鎖を有すると分類される。１つのアミノ酸を同じ型の別のアミノ酸に置換することは、多くの場合「相同」置換とみなされ得る。典型的なアミノ酸のカテゴリー化を、表１で以下に要約する。
【００４１】
【表１】

【００４２】
【表２】

当技術分野で周知であるように、アミノ酸または核酸配列は、商業コンピュータープログラムにおいて利用可能なもの、例えば、ヌクレオチド配列用のＢＬＡＳＴＮ、ならびにアミノ酸配列用のＢＬＡＳＴＰ、ギャップドＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴなどを含めた様々なアルゴリズムのいずれかを使用して比較することができる。例示的なそのようなプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、２１５巻（３号）：４０３〜４１０頁、１９９０年；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、「Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ ａｎｄ ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ： ａ ｎｅｗ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ ｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒａｍｓ」、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５巻：３３８９〜３４０２頁、１９９７年；Ｂａｘｅｖａｎｉｓら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、Ｗｉｌｅｙ、１９９８年；およびＭｉｓｅｎｅｒら（編）、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、１３２巻）、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、１９９９年に記載されている。相同配列を同定することに加えて、上述したプログラムは、典型的には、相同の程度の目安を提供する。いくつかの実施形態では、２つの配列は、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のこれらの対応する残基が、残基の関連したストレッチにわたって相同である場合、実質的に相同であるとみなされる。いくつかの実施形態では、関連したストレッチは完全な配列である。いくつかの実施形態では、関連したストレッチは、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、またはそれ以上の残基である。
【００４３】
実質的な同一性：語句「実質的な同一性」は、アミノ酸または核酸配列同士の間の比較を指すのに本明細書で使用される。当業者によって理解されるように、２つの配列は一般に、これらが、対応する位置において同一の残基を含有する場合、「実質的に同一」であるとみなされる。当技術分野で周知であるように、アミノ酸または核酸配列は、商業コンピュータープログラムにおいて利用可能なもの、例えば、ヌクレオチド配列用のＢＬＡＳＴＮ、ならびにアミノ酸配列用のＢＬＡＳＴＰ、ギャップドＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴなどを含めた様々なアルゴリズムのいずれかを使用して比較することができる。例示的なそのようなプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、２１５巻（３号）：４０３〜４１０頁、１９９０年；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５巻：３３８９〜３４０２頁、１９９７年；Ｂａｘｅｖａｎｉｓら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、Ｗｉｌｅｙ、１９９８年；およびＭｉｓｅｎｅｒら（編）、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、１３２巻）、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、１９９９年に記載されている。同一配列を同定することに加えて、上述したプログラムは、典型的には、同一性の程度の目安を提供する。いくつかの実施形態では、２つの配列は、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のこれらの対応する残基が、残基の関連したストレッチにわたって同一である場合、実質的に同一であるとみなされる。いくつかの実施形態では、関連したストレッチは完全な配列である。いくつかの実施形態では、関連したストレッチは、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、またはそれ以上の残基である。
【００４４】
標的ポリペプチド：「標的ポリペプチド」は、その用語を本明細書で使用する場合、インフォールド剤が相互作用するポリペプチドである。いくつかの実施形態では、標的ポリペプチドはＨＡポリペプチドである。いくつかの実施形態では、標的ポリペプチドはＨＡ受容体ポリペプチドである。
【００４５】
標的残基：「標的残基」は、その用語を本明細書で使用する場合、インフォールド剤が相互作用するように設計された標的ポリペプチド内の残基である。具体的には、インフォールド剤は、典型的には、標的残基のある特定の所定の距離（または体積）内にあるように選択および配置された（選択された「折り畳み」骨格上に現れているおかげで）特定の相互作用残基を特徴とする。いくつかの実施形態では、標的残基は、アミノ酸残基であり、またはアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態では、標的残基は、サッカリド残基であり、またはサッカリド残基を含む。
【００４６】
治療剤：本明細書で使用する場合、語句「治療剤」は、所望の生物学的または薬理学的効果を誘発する任意の薬剤を指す。
【００４７】
治療：本明細書で使用する場合、用語「治療」は、疾患、障害、または状態の１つまたは複数の症状または様相を軽減し、これらの発症を遅延させ、これらの重症度もしくは発病率を低減し、これらの予防を生じさせるのに使用される任意の方法を指す。本発明の目的に関して、治療は、症状の発症前、発症中、および／または発症後に施すことができる。
【００４８】
アンブレラトポロジー：語句「アンブレラトポロジー」は、ある特定のグリカン、特に、ＨＡ受容体上のグリカンによって採用される３次元配置を指すのに本明細書で使用される。本発明は、アンブレラトポロジーグリカンへの結合は、ヒト宿主の感染を媒介するＨＡポリペプチドに特徴的であるという認識を包含する。図１０および１２に例示したように、アンブレラトポロジーは、典型的には、α２，６シアル化グリカンによってのみ採用され、長い（例えば、四糖より大きい）オリゴ糖に典型的である。いくつかの実施形態では、アンブレラトポロジーグリカンは、図１０（右パネル）に提示した構造と実質的に同様の３次元構造を呈するグリカンである。いくつかの実施形態では、アンブレラトポロジーグリカンは、特定のアミノ酸残基との相互作用を介してＨＡポリペプチドを接触させるグリカンである。いくつかの実施形態では、グリカンの構造上のトポロジーは、ＳｉａのＣ_２、ＧａｌのＣ_１と、ＧｌｃＮＡｃのＣ_１との間の角度として定義されるパラメータθに基づいて分類される。θ＜１００°の値は、α２，３および短いα２，６グリカンによって採用されるコーン様トポロジーを表す。θ＞１１０°の値は、長いα２，６グリカンによって採用されるトポロジーなどのアンブレラ様トポロジーを表す。アンブレラトポロジーの例は、約−６０のＮｅｕ５Ａｃα２，６Ｇａｌ連結のφ角によって与えられる。図１２は、アンブレラトポロジーを採用することができるグリカンのある特定の代表的な（しかし網羅的でない）例を提示する。図１２に提示された長いα２，６モチーフは、生物学的なＮ結合型グリカン、Ｏ結合型グリカン、および糖脂質の一部として見出される長い鎖（例えば、少なくとも三糖）に非還元末端で連結したＮｅｕ５Ａｃα２，６を含む。四角で囲った挿入図は、高い親和性でＨＡに結合する生物学的グリカンの一部として見出されるアンブレラトポロジーの長いα２，６グリカン部分の例を示す。いくつかの実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン（例えば、ある部位での）は、短いα２，６（例えば、１つのラクトサミン）ブランチより大きい割合の長い（例えば、複数のラクトサミンユニット）α２，６オリゴ糖ブランチを含む。いくつかの実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン（例えば、ある部位での）は、短いα２，６（例えば、１つのラクトサミン）ブランチより約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約５０倍、または約５０倍超多い長いα２，６オリゴ糖ブランチを含む。ある特定の実施形態では、アンブレラトポロジーグリカンおよび／またはグリカンデコイとのＨＡ相互作用のユニークな特徴は、非還元末端でシアル酸（ＳＡ）および／またはＳＡ類似体を含むグリカンと接触したＨＡである。いくつかの実施形態では、オリゴ糖の鎖長は、少なくとも三糖である（ＳＡまたはＳＡ類似体を除く）である。ある特定の実施形態では、アンブレラトポロジーグリカンは、以下の形態のオリゴ糖である：
Ｎｅｕ５Ａｃα２，６Ｓｕｇ１−Ｓｕｇ２−Ｓｕｇ３
式中：
（ａ）Ｎｅｕ５Ａｃα２，６は、非還元末端で典型的であり（しかし本質的でない）；
（ｂ）Ｓｕｇ１は：
（ｉ）αまたはβ配置（しばしば、Ｎ−およびＯ−連結エクステンションについてβ−、ならびに糖タンパク質にＯ−連結したＧａｌＮＡｃαの場合にα−）でのヘキソース（しばしば、ＧａｌもしくはＧｌｃ）もしくはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃもしくはＧａｌＮＡｃ）であり；
（ｉｉ）Ｎｅｕ５Ａｃα２，６以外の糖は、Ｓｕｇ１の非還元位置のいずれにも付いておらず（Ｓｕｇ１が糖タンパク質にＯ−連結したＧａｌＮＡｃαである場合を除く）；かつ／または
（ｉｉｉ）スルフェート、ホスフェート、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなどの非糖部分は、Ｓｕｇ１の非還元位置（典型的には６位）に付くことができ（例えば、ＨＡとの接触を改善するために）；
（ｃ）Ｓｕｇ２および／またはＳｕｇ３は：
（ｉ）αもしくはβ配置（しばしばβ）でのヘキソース（しばしばＧａｌもしくはＧｌｃ）もしくはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃもしくはＧａｌＮＡｃ）であり；かつ／または
（ｉｉ）糖（Ｆｕｃなど）、もしくはスルフェート、ホスフェート、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなどの非糖部分は、Ｓｕｇ２、Ｓｕｇ３、および／もしくはＳｕｇ４の非還元位置に付くことができ；
（ｄ）Ｎｅｕ５Ａｃα２，６連結は別として、オリゴ糖中の任意の２つの糖間の連結は、１−２、１−３、１−４、および／もしくは１−６（典型的には１−３もしくは１−４）；ならびに／あるいは
（ｅ）Ｎｅｕ５Ａｃα２，６が、糖タンパク質にＯ−連結したＧａｌＮＡｃαに連結されており、追加の糖がＧａｌＮＡｃαの非還元末端に連結されている構造、例えば、
（ｉ）Ｎｅｕ５Ａｃα２，６（Ｎｅｕ５Ａｃα２，３Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
（ｉｉ）Ｎｅｕ５Ａｃα２，６（Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
とすることができる。
【００４９】
非天然アミノ酸：本明細書で使用する場合、用語「非天然アミノ酸」は、２０の天然に存在するアミノ酸のうちの１つでない任意のアミノ酸、修飾アミノ酸、および／またはアミノ酸類似体を指す。その開示全体が参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第７，０４５，３３７号、米国特許第７，３８５，０２８号、および米国特許第７，３３２，５７１号を参照。本明細書で使用する場合、「非天然アミノ酸」は、それだけに限らないが、塩、アミノ酸誘導体（アミドなど）、および／または置換体を含めた化学修飾されたアミノ酸も包含する。ペプチド中のカルボキシ−および／またはアミノ−末端アミノ酸を含めたアミノ酸は、ペグ化（ｐｅｇｌｙａｔｉｏｎ）、メチル化、アミド化、アセチル化、および／またはインフォールド剤の活性に悪影響しない他の化学基との置換によって修飾することができる。アミノ酸は、ジスルフィド結合に参加する場合がある。用語「アミノ酸」は、「アミノ酸残基」と互換的に使用され、遊離アミノ酸および／またはペプチドのアミノ酸残基を指すことができる。この用語が使用される脈絡から、これが遊離アミノ酸を指すのか、またはペプチドの残基を指すのかが明らかとなる。
【００５０】
ユニバーサル抗インフルエンザ剤：本明細書で使用する場合、用語「ユニバーサル抗インフルエンザ剤」は、インフルエンザウイルス菌株、グループ、クレード、およびクラスターにわたって広域スペクトル中和を有する薬剤を指す（上記の「広域スペクトル」の定義、および図１９を参照）。
【００５１】
ワクチン接種：本明細書で使用する場合、用語「ワクチン接種」は、免疫応答を生じさせるように意図された組成物、例えば、病原体の投与を指す。本発明の目的に関して、ワクチン接種は、病原体への曝露の前、間、および／または後に、ある特定の実施形態では、この病原体への曝露の前、間、および／または直後に投与することができる。いくつかの実施形態では、ワクチン接種には、適切に時間間隔を開けた、ワクチン接種組成物の複数の投与が含まれる。
【００５２】
変異体：本明細書で使用する場合、用語「変異体」は、対象とする特定のポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチド）と、その配列が比較されている「親」ペプチドとの間の関係を記述する関連用語である。対象とするポリペプチドが、特定の位置での少数の配列変化を別として、親のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有する場合、この対象とするポリペプチドは、この親ペプチドの「変異体」とみなされる。典型的には、変異体中の２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満の残基が、親と比較した場合、置換されている。いくつかの実施形態では、変異体は、親と比較した場合、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１個の置換された残基を有する。変異体は、非常に少数（例えば、５、４、３、２、または１未満）の置換された機能的な残基（すなわち、特定の生物活性に参加する残基）を有することが多い。さらに、変異体は、典型的には、親と比較した場合、５、４、３、２、または１以下の付加または欠失を有し、多くの場合、付加または欠失をまったく有さない。さらに、いずれの付加または欠失も、典型的には約２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１０、９、８、７、６未満であり、通常、約５、４、３、または２残基未満である。いくつかの実施形態では、親ポリペプチドは、自然において見出されるものである。例えば、親ＨＡポリペプチドは、インフルエンザウイルスの天然の（例えば、野生型）分離株において見出されるものとすることができる（例えば、野生型ＨＡポリペプチド）。
【００５３】
ベクター：本明細書で使用する場合、「ベクター」は、これが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。いくつかの実施形態では、ベクターは、真核細胞または原核細胞などの宿主細胞中で、これらが連結されている核酸の染色体外複製および／または発現をすることができる。作動可能に連結した遺伝子の発現を指示することができるベクターは、「発現ベクター」と本明細書で呼ばれる。
【００５４】
野生型：当技術分野で理解されているように、語句「野生型」は一般に、自然において見出されるような、タンパク質または核酸の通常の形態を指す。例えば、野生型ＨＡポリペプチドは、インフルエンザウイルスの天然の分離株中に見出される。様々な異なる野生型ＨＡ配列を、ＮＣＢＩインフルエンザウイルス配列データベース、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ＦＬＵ．ｈｔｍｌ中に見出すことができる。
【００５５】
本発明のある特定の実施形態の詳細な説明
赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチド
インフルエンザウイルスは、ウイルス特有の膜中に埋もれた、２つの糖タンパク質、赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチド、およびノイラミニダーゼ（ＮＡ）ポリペプチドを含有する脂質膜エンベロープを特徴とするＲＮＡウイルスである。１６の公知のＨＡポリペプチドサブタイプ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、およびＨ１６）、ならびに９つのＮＡポリペプチドサブタイプ（Ｎ１、Ｎ２、Ｎ３、Ｎ４、Ｎ５、Ｎ６、Ｎ７、Ｎ８、およびＮ９）が存在し、様々なインフルエンザ菌株は、その菌株のＨＡポリペプチドおよびＮＡポリペプチドサブタイプの番号に基づいて命名され、１つのＮＡポリペプチドサブタイプと組み合わせた１つのＨＡポリペプチドサブタイプの様々な組合せ（例えば、Ｈ１Ｎ１、Ｈ１Ｎ２、Ｈ１Ｎ３、Ｈ１Ｎ４、Ｈ１Ｎ５など）が存在する。
【００５６】
アミノ酸配列同一性の比較および結晶構造の比較に基づいて、ＨＡポリペプチドサブタイプは、２つの主要グループおよび４つのより小さいクレードに分けられており、これらはさらに、５つのクラスターに分けられる（図１９）。異なるＨＡポリペプチドサブタイプは、必ずしも強いアミノ酸配列同一性を共有する必要はないが、異なるＨＡポリペプチドサブタイプの全体的な３Ｄ構造は、分類目的で使用され得るいくつかのわずかな差異を伴って互いに同様である。例えば、中心のα−ヘリックスとの関連での膜−遠位サブドメインの特定の方向は、ＨＡポリペプチドサブタイプを決定するのに通常使用される１つの構造的特徴である（Ｒｕｓｓｅｌｌら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、３２５巻：２８７頁、２００４年）。
【００５７】
成熟したＨＡポリペプチドは、２つのドメイン、すなわち（１）シアル酸結合ドメインとして公知のコアＨＡ−１ドメイン、および（２）ＨＡ−２ドメインとして公知のＨＡの膜貫通型ストークから構成される。ＨＡ−１は、グリカンのための結合部位を含有し、ＨＡ−１は、ＨＡのＨＡ−受容体への結合の媒介に関与すると考えられている。ＨＡ−２は、ＨＡ−１ドメインの提示に関与する。
【００５８】
任意の特定の理論に束縛されることを望むことなく、すべてのインフルエンザサブタイプに由来するＨＡ配列の分析により、十分に保存されており、有望な治療分子にアクセス可能なＨＡ−１（ストーク）ドメインとＨＡ−２（ヘッド）ドメインの界面にある一連のアミノ酸が示された（図１３）。研究により、基準のα−ヘリックスおよびその近傍における残基を含む、ＨＡ−１／ＨＡ−２界面の膜近位エピトープ領域（ＭＰＥＲ）の優れた広域スペクトル保存も観察された（Ｅｋｉｅｒｔら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３２４巻（５９２４号）：２４６頁、２００９年；Ｓｕｉら、Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ． １６巻（３号）：２６５頁、２００９年）（図２）。
【００５９】
ＣＲ６２６１ ＦＡｂを含む抗体（Ｅｋｉｅｒｔら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３２４巻（５９２４号）：２４６頁、２００９年）、およびＦ１０ ｓｃＦｖを含む抗体（Ｓｕｉら、Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ． １６巻（３号）：２６５頁、２００９年）が、ＨＡの高度に保存された膜近位エピトープ領域（ＭＰＥＲ）に対して開発された（図３）。これらの抗体は、インフルエンザ−Ａ菌株（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ５、Ｈ９）のグループ−１クレードの中和に奏功するが、これらは、ＭＰＥＲ付近でＮ−グリコシル化されたグループ−２菌株に対して効果的でない（Ｅｋｉｅｒｔら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３２４巻（５９２４号）：２４６頁、２００９年；Ｓｕｉら、Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．、１６巻（３号）：２６５頁、２００９年）。これらのグループ−２菌株は、Ｎ−末端ＨＡ−１ドメインのＡｓｎ−３８においてグリコシル化されたインフルエンザ−Ａ Ｈ３、Ｈ７およびＨ１０、ならびにＣ−末端ＨＡ−１ドメインのＡｓｎ−２３８においてグリコシル化されたウイルスのインフルエンザ−Ｂクレード全体を含む。理論に束縛されることを望むわけではないが、本発明者らは、Ｎ−グリコシル化により、ＩｇＧ、ｍＡｂ、およびｓｃＦｖなどの大きな抗体に基づく分子が、下にあるエピトープにアクセスすることが妨げられ、それによって、これらの広域スペクトル適用を制限していることを提案する（図４）。
【００６０】
ＨＡ受容体
ＨＡポリペプチドは、ＨＡ受容体として公知の糖タンパク質受容体に結合することによって、細胞の表面と相互作用する。ＨＡポリペプチドのＨＡ受容体への結合は、ＨＡ受容体上のＮ結合型グリカンによって主に媒介される。具体的には、インフルエンザウイルス粒子の表面上のＨＡポリペプチドは、細胞宿主の表面上のＨＡ受容体に付随するシアル化グリカンを認識する。認識および結合の後、宿主細胞は、ウイルス細胞を貪食し、ウイルスは、はるかに多くのウイルス粒子を複製および産生することによって、隣接する細胞に分布することができる。
【００６１】
ＨＡポリペプチドは、Ｈ１〜Ｈ１６と呼ばれる１６のサブタイプのうちの１つのホモ三量体としてウイルス膜中に存在する。これらのサブタイプのうちの３つのみ（Ｈ１、Ｈ２、およびＨ３）がこれまでのところ、ヒト感染に適応している。ヒトに感染するように適応したＨＡポリペプチド（例えば、パンデミックＨ１Ｎ１（１９１８年）およびＨ３Ｎ２（１９６７〜６８年）インフルエンザサブタイプに由来するＨＡポリペプチド）の１つの報告された特徴は、α２，３シアル化グリカンに優先的に結合する、これらのトリ祖先と比較して、α２，６シアル化グリカンに優先的に結合するこれらの能力である（Ｓｋｅｈｅｌ ＆ Ｗｉｌｅｙ、Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｂｉｏｃｈｅｍ、６９巻：５３１頁、２０００年；Ｒｏｇｅｒｓ、＆ Ｐａｕｌｓｏｎ、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、１２７巻：３６１頁、１９８３年；Ｒｏｇｅｒｓら、Ｎａｔｕｒｅ、３０４巻：７６頁、１９８３年；Ｓａｕｔｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、３１巻：９６０９頁、１９９２年；Ｃｏｎｎｏｒら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、２０５巻：１７頁、１９９４年；Ｔｕｍｐｅｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３１０巻：７７頁、２００５年）。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むことなく、ヒト宿主に感染する能力は、特定の連結のグリカンへの結合とそれほど相関せず、特定のトポロジーのグリカンへの結合とより相関することが提案されている。本発明者らは、ヒトの感染を媒介するＨＡポリペプチドは、アンブレラトポロジーグリカンに結合し、コーントポロジーグリカンに対してアンブレラトポロジーグリカンについて選好を示すことが多いことを具体的に実証した（コーントポロジーグリカンがα２，６シアル化グリカンである場合があっても）（例えば、そのそれぞれが参照により本明細書に組み込まれている、２００９年１月２日に出願されたＵＳＳＮ１２／３４８，２６６、２００８年１１月１７日に出願されたＵＳＳＮ１２／３０１，１２６、２００８年１月３日に出願されたＵＳＳＮ６１／０１８，７８３、２００８年１月３日に出願されたＵＳＳＮ１１／９６９，０４０、２００７年８月１４日に出願されたＵＳＳＮ１１／８９３，１７１、２００６年８月１４日に出願されたＵＳＳＮ６０／８３７，８６８、８月１４日に出願されたＵＳＳＮ６０／８３７，８６９、および２００７年８月１４日に出願されたＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ０７／１８１６０を参照）。
【００６２】
シアル化オリゴ糖（α２，３およびα２，６連結の両方の）に結合したＨ１（ヒトおよびブタ）、Ｈ３（トリ）、およびＨ５（トリ）サブタイプに由来するＨＡポリペプチドのいくつかの結晶構造は入手可能であり、ＨＡポリペプチドのこれらのグリカンとの異なる相互作用に関与する特定のアミノ酸への分子洞察をもたらす（Ｅｉｓｅｎら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、２３２巻：１９頁、１９９７年；Ｈａら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、９８巻：１１１８１頁、２００１年；Ｈａら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、３０９巻：２０９頁、２００３年；Ｇａｍｂｌｉｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３０３巻：１８３８頁、２００４年；Ｓｔｅｖｅｎｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３０３巻：１８６６頁、２００４年；Ｒｕｓｓｅｌｌら、Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ Ｊ ２３巻：８５頁、２００６年；Ｓｔｅｖｅｎｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、３１２巻：４０４頁、２００６年）。例示的なＨＡ−グリカン相互作用のいくつかの結晶構造は、同定されており、表３に提示されている：
【００６３】
【表３】

例えば、単独の、またはα２，３もしくはα２，６シアル化オリゴ糖に結合したＨ５（Ａ／ｄｕｃｋ／Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ／３／９７）の結晶構造は、結合したグリカンと直接相互作用するアミノ酸、およびまた、１つまたは複数の程度の分離で離れたアミノ酸を特定する（Ｓｔｅｖｅｎｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９８巻：１１１８１頁、２００１年）。いくつかの場合では、これらの残基の立体配座は、結合状態と非結合状態で異なる。例えば、Ｇｌｕ１９０、Ｌｙｓ１９３、およびＧｌｎ２２６はすべて、直接結合相互作用に参加し、結合状態と非結合状態で異なる立体配座を有する。Ｇｌｕ１９０の近位にあるＡｓｎ１８６の立体配座も、結合状態と非結合状態で著しく異なる。
【００６４】
いずれの特定の理論にも束縛されることを望むことなく、ＨＡ受容体は、受容体のＨＡポリペプチド結合部位付近のα２，３またはα２，６シアル化グリカンによって修飾され、受容体に結合したグリカンの連結のタイプは、受容体のＨＡポリペプチド結合部位の立体配座に影響する場合があり、したがって異なるＨＡポリペプチドに対する受容体の特異性に影響すると考えられる。例えば、トリＨＡ受容体のグリカン結合ポケットは狭い。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むことなく、このポケットは、トランス立体配座のα２，３シアル化グリカンおよび／またはα２，３連結されていても、α２，６連結されていてもコーントポロジーグリカンに結合することが提案されている（図１０〜１２）。
【００６５】
トリの組織ならびにまた、ヒトの深肺および胃腸（ＧＩ）管組織中のＨＡ受容体は、α２，３シアル化グリカン連結を特徴とし、さらに、コーントポロジーを主として採用するα２，３シアル化グリカンおよび／またはα２，６シアル化グリカンを含めたグリカンを特徴とする。そのようなコーントポロジーグリカンを有するＨＡ受容体は、本明細書でＣＴＨＡｒと呼ばれる場合がある。
【００６６】
一方、上気道の気管支および気管中のヒトＨＡ受容体は、α２，６シアル化グリカンによって修飾される。α２，３モチーフと異なり、α２，６モチーフは、Ｃ６〜Ｃ５結合のために追加の立体配座的自由度を有する（Ｒｕｓｓｅｌｌら、Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ Ｊ ２３巻：８５頁、２００６年）。そのようなα２，６シアル化グリカンに結合するＨＡポリペプチドは、この立体配座的な自由から生じる多様な構造を収容するためのより開いた結合ポケットを有する。さらに、本発明によれば、ＨＡポリペプチドは、アンブレラトポロジーでグリカン（例えば、α２，６シアル化グリカン）に結合する必要がある場合があり、特に、ヒト上気道組織の感染を有効に媒介するために、強い親和性および／または特異性を伴ってそのようなアンブレラトポロジーグリカンに結合する必要がある場合がある。アンブレラトポロジーグリカンを有するＨＡ受容体は、本明細書でＵＴＨＡｒと呼ばれる場合がある。
【００６７】
これらの空間的に制限されたグリコシル化プロファイルの結果として、ヒトは、多くの野生型トリＨＡポリペプチド（例えば、トリＨ５）を含有するウイルスによって通常感染されない。具体的には、ウイルスに遭遇する可能性が最も高いヒトの気道部分（すなわち、気管および気管支）は、コーングリカン（例えば、α２，３シアル化グリカン、および／または短いグリカン）を伴う受容体を欠いており、野生型トリＨＡポリペプチドは、典型的には、コーングリカン（例えば、α２，３シアル化グリカン、および／または短いグリカン）と関連する受容体に主に、またはもっぱら結合するので、ヒトは、めったにトリウイルスに感染した状態にならない。ウイルスがアンブレラグリカン（例えば、長いα２，６シアル化グリカン）を有する深肺および／または胃腸管受容体にアクセスすることができるほどウイルスと十分に密接に接触しているときのみ、ヒトは実際に感染した状態になる。
【００６８】
インフォールド剤
インフォールド剤の構造
本明細書に記載されるように、インフォールド剤は一般に、選択された結合部位に結合するポリペプチド剤である。多くの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富む「折り畳み」骨格を特徴とする構造を有する。
【００６９】
本発明によるインフォールド剤骨格構造として適切に利用される、様々なポリペプチド「折り畳み」構造が、当技術分野で公知である。すなわち、アミノ酸の線状鎖が、アミノ酸が空間において近位であるが、配列において遠位であるように、別々の二次構造および三次構造を採用することは周知である。例えば、一般的な二次の折り畳みには、α−ヘリックス、β−シート、ポリプロリンヘリックス、３_１０ヘリックスおよびターンが含まれる。一般的な三次の折り畳みとして、フェレドキシン様（４．４５％）、ＴＩＭ−バレル（３．９４％）、ヌクレオチド三リン酸加水分解酵素含有Ｐ−ループ（３．７１％）、プロテインキナーゼ（ＰＫ）触媒ドメイン（３．１４％）、ＮＡＤ（Ｐ）結合ロスマンフォールドドメイン（２．８０％）、ＤＮＡ：ＲＮＡ結合３−ヘリックス束（２．６０％）、α−α高次らせん（１．９５％）、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン依存性メチルトランスフェラーゼ（１．９２％）、７枚羽根のβ−プロペラ（１．８５％）、α：β−加水分解酵素（１．８４％）、ＰＬＰ依存性トランスフェラーゼ（１．６１％）、アデニンヌクレオチドα−加水分解酵素（１．５９％）、フラボドキシン様（１．４９％）、免疫グロブリン様β−サンドイッチ（１．３８％）、および糖質コルチコイド受容体様（０．９７％）が挙げられ、ここでカッコ内の値は、それぞれの折り畳みを採用する、注釈をつけられたタンパク質の百分率である（例えば、Ｚｈａｎｇら、Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、５８巻：７２頁、２００１年を参照）。
【００７０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるインフォールド剤は、ヒト組織因子の細胞外領域、テネイシン、ニューログリアン、神経細胞接着分子１（ＮＣＡＭ）、インテグリンβ−４サブユニット、成長ホルモン受容体、エリスロポエチン（ＥＰＯ）受容体、プロラクチン受容体、インターロイキン（ｉｎｅｒｌｅｕｋｉｎ）−４受容体α鎖、ＧＭ−ＣＳＦ受容体のβ鎖、ＩＬ−３受容体のβ鎖、ＩＬ−５受容体のβ鎖、顆粒球コロニー刺激因子（ＧＣ−ＳＦ）受容体、コンタクチン３（ＫＩＡＡ１４９６）、ＣＤＯ前駆体の兄弟（ＢＯＣ）、インターフェロン−γ受容体α鎖、サイトカイン受容体ｇｐ１３０サイトカイン−結合ドメイン、インターロイキン−１０受容体１（ＩＬ−１０Ｒ１）、タイプ１タイチンモジュール、インターロイキン−１２のｐ４０ドメイン（ＩＬ−１２β鎖）、インターロイキン−６受容体α鎖、インターフェロン−α／β受容体β鎖、ＫＩＡＡ１５６８タンパク質、ＫＩＡＡ０３４３タンパク質、ＫＩＡＡ１３５５タンパク質、繊毛様神経栄養因子受容体α、宿主細胞因子２（ＨＣＦ−２）、アンキリンリピートドメイン１タンパク質（ＦＡＮＫ１）、エフリンタイプＢ受容体１、エフリンタイプＡ受容体８、サイトカイン受容体共通γ鎖、ｒｉｍ結合タンパク質２、インターロイキン−２受容体β鎖、テネイシン−Ｘ、受容体型チロシン−タンパク質ホスファターゼδ（ＰＴＰＲＤ）、サイドキック（ｓｉｄｅｋｉｃｋ）２、ネオゲニンダウン症候群細胞接着分子様タンパク質１（ＤＳＣＡＭＬ１）、ミオシン（ｍｙｓｏｉｎ）結合タンパク質Ｃ（高速型）、受容体型チロシン−タンパク質ホスファターゼＦ（ＰＴＰＲＦ）、ヘッジホッグ受容体ｉＨｏｇ、エフリンタイプＡ受容体１からなる群から選択されるタンパク質に基づく折り畳み骨格構造を有する。
【００７１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるインフォールド剤は、抗体の折り畳み骨格を有する。本明細書に例示されるいくつかのインフォールド剤（例えば、表９、例えば、インフォールド−２３からインフォールド−４０を参照）は、抗体の折り畳み骨格を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるインフォールド剤は、β−サンドイッチドメインの折り畳み骨格を有する。
【００７２】
いくつかの実施形態では、本発明のインフォールド剤は、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体中の特定の標的残基と相互作用するように選択および配置された相互作用残基の存在を特徴とする。例えば、表４および５は、ＨＡポリペプチド（グリコシル化された、またはグリコシル化されていない；表４）、およびＨＡ受容体（具体的には、シアル化グリカンを含有するＨＡ受容体；表５）についてのある特定の代表的な標的残基のセットを提示し、図５および９も参照されたい。
【００７３】
【表４】

【００７４】
【表５】

いくつかの実施形態では、本発明は、これらの標的セットに結合する相互作用残基を含有するインフォールド剤を提供する。
【００７５】
例えば、表６は、表７に示された規則に従って、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体と相互作用するように設計された本発明のインフォールド剤において利用することができるインフォールド相互作用残基を提供する。
【００７６】
【表６】

【００７７】
【表７】

代わりに、またはさらに、インフォールド剤は、表４〜８ならびに／または図５、１３、および／もしくは１４に示された１つまたは複数の構造的特徴を特徴とするポリペプチドである。
【００７８】
例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、表８の各ボックス内に規定される相互作用残基配列要素の１つまたは複数を含有する。各ボックスは、１つの配列要素を規定し、ここで、各ボックス内に列挙されたアミノ酸は、インフォールド剤のポリペプチド鎖中で互いに隣接する、または１個または２個のアミノ酸によって離された相互作用残基である。
【００７９】
【表８】

いくつかの特定の実施形態では、提供されるインフォールド剤は、表９中に示されたインフォールド剤のアミノ酸配列と実質的に相同であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、表９中のインフォールド剤のアミノ酸配列と実質的に同一のアミノ酸配列を有する。
【００８０】
ＨＡ ＭＰＥＲに結合するように設計された特定のインフォールド剤の例示的なリスト（例えば、広域スペクトル、グリコシル化された、およびグリコシル化されていない）が、表９に提供されている。本発明によれば、本発明者らは、アミノ酸の１０％未満が、ＨＡ結合に寄与することを見出した。本発明は、表３で以下に列挙したインフォールド剤の配列のいずれかと、５０％を超える対での配列同一性を有するインフォールド剤を提供する。特に、本発明は、構造がさらに、表４〜８ならびに図５および１３のいずれか１つに示された規則またはパラメータに従うインフォールド剤を提供する。
【００８１】
【表９−１】

【００８２】
【表９−２】

【００８３】
【表９−３】

【００８４】
【表９−４】

【００８５】
【表９−５】

【００８６】
【表９−６】

【００８７】
【表９−７】

いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域に結合し、インフォールド−１、インフォールド−２、インフォールド−３、インフォールド−４、インフォールド−５、インフォールド−６、インフォールド−７、インフォールド−８、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１３、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１６、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２０、インフォールド−２１、インフォールド−２２、インフォールド−２３、インフォールド−２４、インフォールド−２５、インフォールド−２６、インフォールド−２７、インフォールド−２８、インフォールド−２９、インフォールド−３０、インフォールド−３１、インフォールド−３２、インフォールド−３３、インフォールド−３４、インフォールド−３５、インフォールド−３６、インフォールド−３７、インフォールド−３８、インフォールド−３９、およびインフォールド−４０を含む群から選択される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域に結合し、インフォールド−１、インフォールド−２、インフォールド−３、インフォールド−４、インフォールド−５、インフォールド−６、インフォールド−７、インフォールド−８、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１３、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１６、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２０、インフォールド−２１、およびインフォールド−２２を含む群から選択される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域に結合し、インフォールド−２３、インフォールド−２４、インフォールド−２５、インフォールド−２６、インフォールド−２７、インフォールド−２８、インフォールド−２９、インフォールド−３０、インフォールド−３１、インフォールド−３２、インフォールド−３３、インフォールド−３４、インフォールド−３５、インフォールド−３６、インフォールド−３７、インフォールド−３８、インフォールド−３９、またはインフォールド−４０を含む群から選択される。
【００８８】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域およびグリカンに結合し、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１７、インフォールド−１８、またはインフォールド−１９を含む群から選択される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域およびグリカンに結合し、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、またはインフォールド−２２を含む群から選択される。
【００８９】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、およびＨＡポリペプチド上のＭＰＥＲ近位のＮ−グリカンに結合し、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１８、またはインフォールド−１９を含む群から選択される。
【００９０】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、およびＨＡ受容体上のシアル化グリカンに結合し、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１７、またはインフォールド−１９を含む群から選択される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、およびＨＡ受容体上のシアル化グリカンに結合し、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１７、インフォールド−１９、またはインフォールド−２２を含む群から選択される。
【００９１】
さらなる実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、ＨＡポリペプチド上のＭＰＥＲ近位のＮ−グリカン、およびＨＡ受容体上のシアル化グリカンに結合し、インフォールド−１９である。
【００９２】
いくつかの実施形態では、本発明によって使用するためのインフォールド剤は、表９に提示されたもののいずれかを含む。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２２、インフォールド−２８、およびインフォールド−３４を含む群から選択される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１７、インフォールド−１９、およびインフォールド−２８を含む群から選択される。
【００９３】
いくつかの実施形態では、本開示によるインフォールド剤の同系標的は、１８、１９、２０、２１、４１、４５、４９、５２、５３、および５６、ならびにこれらの組合せからなる群から選択される位置で、ＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む。いくつかの実施形態では、同系標的残基は、Ｔｒｐ２１、Ｉｌｅ４５、Ａｓｐ１９、Ａｓｎ１９、Ａｌａ１９、Ｈｉｓ１８、Ｇｌｎ１８、Ｌｅｕ１８、Ｉｌｅ１８、Ｖａｌ１８、Ｇｌｙ２０、Ｔｈｒ４１、Ｔｈｒ４９、Ａｓｎ４９、Ｇｌｎ４９、Ｖａｌ５２、Ｌｅｕ５２、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ｉｌｅ５６、およびＶａｌ５６からなる群から選択される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む。
【００９４】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、１８位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤は、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、これがＨＡの１８位に対応する標的残基の４〜７Åの半径で位置するＨｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、およびＶａｌからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、１８位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１８位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、１８位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、またはＰｒｏ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【００９５】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、１９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１９位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、およびＧｌｙからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、１９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１９位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｃｙｓ、およびＭｅｔからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、１９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｃｙｓ、またはＭｅｔ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【００９６】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、２０位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２０位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｓｅｒ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、２０位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２０位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｔｙｒ、Ｇｌｎ、およびＬｙｓからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、２０位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｓｅｒ、Ｐｒｏ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｔｙｒ、Ｇｌｎ、またはＬｙｓ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【００９７】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、２１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｔｙｒ、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｃｙｓ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、２１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、Ｌｅｕ、およびＡｌａからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、２１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｔｙｒ、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｃｙｓ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、Ｌｅｕ、またはＡｌａ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【００９８】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＰｒｏ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【００９９】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４５位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４５位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、およびＣｙｓからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４５位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４５位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、およびＴｈｒからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４５位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、またはＴｈｒ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【０１００】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４５位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓ、およびＡｒｇからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４９位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｓｅｒ、およびＴｈｒからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、４９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ｐｒｏ、またはＴｒｐ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５２位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５２位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、およびＴｒｐからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５２位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５２位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、およびＡｓｐからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５２位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｈｅ、Ｐｒｏ、Ｈｉｓ、またはＳｅｒ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５３位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５３位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、およびＬｙｓからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５３位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５３位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｔｙｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｔｒｐ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５３位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｔｙｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｔｒｐ、またはＰｒｏ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５６位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５６位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、およびＣｙｓからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５６位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５６位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、およびＧｌｙからなる群から選択される相互作用残基をインフォールド剤が含有するように、インフォールド剤が配置および構築される。いくつかの実施形態では、同系標的残基が、５６位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、またはＧｌｙ以外の残基をインフォールド剤が含有しない。
【０１０４】
以下でさらに論じるように、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、選択された結合部位に結合するポリペプチドである。多くの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富む「折り畳み」骨格を特徴とする構造を有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、操作または設計されたポリペプチドである。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＭＰＥＲ領域でＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、グリコシル化と無関係にＨＡポリペプチドＭＰＥＲ領域に結合する。例えば、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＭＰＥＲ領域へのその結合が、ＭＰＥＲ領域のグリコシル化によって妨げられない適切なサイズのものとなるように設計される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、他の点では同一であるグリコシル化されていないＭＰＥＲ領域についてのその親和性の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、またはそれを上回る親和性で、グリコシル化されたＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、６０００〜１２０，０００Å^３の間の体積サイズを有する。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、抗体の体積サイズ以下である体積サイズを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、約２０×３０＝６００Å^２の総標的エピトープ表面積を有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤の総標的エピトープ表面積は、約１０Å^２、２０Å^２、３０Å^２、４０Å^２、５０Å^２、６０Å^２、７０Å^２、８０Å^２、８５Å^２、９０Å^２、９５Å^２、１００Å^２、１０５Å^２、１１０Å^２、１１５Å^２、１２０Å^２、１２５Å^２、１３０Å^２、１３５Å^２、１４０Å^２、１４５Å^２、１５０Å^２、１５１Å^２、１５２Å^２、１５３Å^２、１５４Å^２、１５５Å^２、１６０Å^２、１６５Å^２、１７０Å^２、１７５Å^２、１８０Å^２、１８５Å^２、１９０Å^２、１９５Å^２、２００Å^２、２１０Å^２、２２０Å^２、２３０Å^２、２４０Å^２、２５０Å^２、２６０Å^２、２７０Å^２、２８０Å^２、２９０Å^２、３００Å^２、３１０Å^２、３１５Å^２、３２０Å^２、３２５Å^２、３３０Å^２またはそれ以上未満である。いくつかの実施形態では、総標的エピトープ表面積は、約２００Å^２、約１７５Å^２、約１５０Å^２、約１２５Å^２、またはそれ以下未満である。
【０１０５】
多くの実施形態では、インフォールド剤は、約１０００アミノ酸未満である長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、長さが約１０００、９７５、９５０、９２５、９００、８７５、８５０、８２５、８００、７７５、７５０、７２５、７００、６７５、６５０、６２５、６００、５７５、５５０、５２５、５００、４７５、４５０、４２５、４００、３７５、３５０、３２５、３００、２７５、２５０、２４０、２３０、２２０、２１０、２００、１９０、１８０、１７０、１６０、１５０、１４０、１３０、１２５、１２０、１１５、１１０、１０５、１００、９５、９０、８５、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０、２５、または２０アミノ酸の最大長さ未満である長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、長さが約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９またはそれ以上のアミノ酸の最小長さより長い長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、最大長さが最小長さより長い限り、そのような最小長さのいずれか１つと、そのような最大長さのいずれか１つとの間の長さを有する。いくつかの特定の実施形態では、インフォールド剤は、約２０と５００、または３０と４００、または４０と３００、または８０と２５０アミノ酸の間の長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、約８４、８８、９３、９５、９８、１０４、１０６、１１０、１１１、１１６、１１９、１２３、１２４、１３２、２１２、２１５、２４４、または２４５の長さを有する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、天然アミノ酸から構成される。他の実施形態では、インフォールド剤は、非天然アミノ酸から構成される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、天然および非天然アミノ酸の組合せから構成される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、共有結合的に（例えば、リンカーによって）または非共有結合的に会合した１つ、２つ、またはそれ以上のポリペプチド鎖から構成される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールド剤が相互作用のためのその３次元構造および配置を保持する限り、より長いポリペプチド鎖（例えば、完全抗体、血清アルブミン、または他の担体タンパク質）に連結し、またはこのポリペプチド鎖の一部であることができる。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチド配列のＮ末端またはＣ末端に付加することができる。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチド中の配列に組み込まれ、それによってポリペプチド配列を２つ以上のセグメントに分離する。いくつかの実施形態では、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチドのＮ末端もしくはＣ末端、または配列内にインフォールドを付加することは、以下のうちの少なくとも１つ以上を可能にすることができる：免疫原性の減少、循環寿命の増大、より遅いインビボ分解、局所的な免疫応答の扇動、免疫系分子との相互作用、体積の増大、インフォールド標的（複数可）に対する親和性の増大、インフォールド標的（複数可）に対する特異性の増大、または他の一般に使用される治療剤／予防剤送達プロトコールの使用。いくつかの実施形態では、インフォールドであるか、またはインフォールドでない別のポリペプチドのＮ末端もしくはＣ末端、または配列内にインフォールドを付加することは、インフォールド剤の標的（例えば、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、ＨＡポリペプチド上のＮ−グリカン、ＨＡ受容体、またはＨＡ受容体上のシアル化グリカン）への結合に対して直接の効果を有さない。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、１つまたは複数の標的残基との相互作用によってその標的結合部位に結合する。いくつかの実施形態では、そのような標的残基は、アミノ酸、サッカリド、またはこれらの組合せである。いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチド上のＮ結合型グリカン、ＨＡ受容体、ＨＡ受容体上のシアル化グリカン、またはこれらの様々な組合せに結合するインフォールド剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチドに結合する第１のインフォールド剤、およびＨＡ受容体に結合する第２のインフォールド剤を含むポリペプチド剤を提供する。いくつかのそのような実施形態では、ポリペプチド剤は、場合により１つまたは複数の連結アミノ酸によって互いに接続された、第１および第２のインフォールドを含む単一ポリペプチド鎖を含む。いくつかの実施形態では、ＨＡ受容体に結合するインフォールド剤は、ＨＡ受容体上の１つまたは複数のグリカンと相互作用する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤はシアル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラ様トポロジーを有するシアル化グリカンに結合する。ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、高い親和性および／または特異性を有するアンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、他のトポロジーのグリカン（例えば、コーントポロジーグリカン）と比較した場合、アンブレラトポロジーグリカンに対して結合の選好を示す。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体への結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体上のグリカンへの結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラトポロジーグリカンへの結合においてＨＡと競合する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、アンブレラトポロジー遮断剤である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるインフォールド剤は、アンブレラトポロジー特異的な遮断剤である。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、複数の直接結合アミノ酸残基（すなわち、ＨＡアミノ酸またはグリカンと直接接触するアミノ酸残基）に富み、かつ／またはＨＡ受容体アミノ酸または本明細書に記載されるようなグリカンを有する骨格折り畳み構造を有する。
【０１０７】
インフォールド剤の活性
本明細書で論じるように、本発明は、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体に結合するインフォールド剤を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、サブタイプと無関係にＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、ＨＡポリペプチドへの結合を介してユニバーサルインフルエンザ中和を実現する。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、サブタイプＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／またはＨ１６のＨＡポリペプチドに結合する。具体的には、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、およびＨ１６ ＨＡポリペプチドの１つまたは複数に特徴的な配列要素を有するＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、異なるＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、およびＨ１６ ＨＡポリペプチドの１つまたは複数に対するその親和性の、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、またはそれを上回る親和性で、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、およびＨ１６ ＨＡポリペプチドの１つまたは複数に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、互いの結合親和性の５倍以内である、異なるＨＡポリペプチド（例えば、異なるグループ、クレード、もしくはクラスター、および／または異なる菌株に由来するＨＡポリペプチド）に対する結合親和性を示す。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、互いに２倍以内である、異なるＨＡポリペプチドに対する結合親和性を示す（例えば、図７を参照）。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、互いの結合親和性の１５０倍以内（例えば、１００倍以内、５０倍以内、２５倍以内、１０倍以内、または５倍以内）である、異なるＨＡポリペプチド（例えば、異なるグループ、クレード、もしくはクラスター、および／または異なる菌株に由来するＨＡポリペプチド）に対する結合親和性を示す。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、Ｈ１、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、および／またはＨ９ ＨＡポリペプチドの少なくとも２つに結合する。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、Ｈ１、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、および／またはＨ９ ＨＡポリペプチドの少なくとも３つ、４つ、または５つに結合する。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、サブタイプＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／またはＨ１６の少なくとも１つのＨＡポリペプチドに結合し、サブタイプＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／またはＨ１６の少なくとも１つのＨＡポリペプチドに結合しない。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、サブタイプＨ１のＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、これが少なくとも１つのサブタイプＨ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／またはＨ１６のＨＡポリペプチドに結合する親和性の少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、少なくとも２００％、またはそれ以上の親和性でサブタイプＨ１のＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、サブタイプＨ３のＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、これが少なくとも１つのサブタイプＨ１、Ｈ２、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、および／またはＨ１６のＨＡポリペプチドに結合する親和性の少なくとも１００％、少なくとも１２５％、少なくとも１５０％、少なくとも２００％、またはそれ以上の親和性でサブタイプＨ３のＨＡポリペプチドに結合する。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド中のＨＡ−１およびＨＡ−２ドメインの領域を含む結合部位に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ−１ドメインの領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ−２ドメインの領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ−１ドメインおよびＨＡ−２ドメインの両方の領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域に結合する。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、グリコシル化されたＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、グリコシル化されていないＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＭＰＥＲグリコシル化のレベルと無関係に、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、高い親和性および／または特異性を伴って、グリコシル化のレベルと無関係にＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、他の点では同一であるグリコシル化されていないＭＰＥＲ領域についてのその親和性の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、またはそれを上回る親和性で、グリコシル化されたＭＰＥＲ領域に結合する。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド上のＮ結合型グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチド上のＭＰＥＲ近位のＮ−グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、高い親和性および／または特異性を伴って、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ近位領域内のＮ結合型グリカンに結合する。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡ受容体に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ＨＡポリペプチドおよびＨＡ受容体の両方に結合する。いくつかのそのような実施形態では、１つまたは複数の提供されるインフォールド剤は、ＨＡポリペプチドおよびＨＡ受容体に同時に結合することができる。とりわけ、本発明は、ＨＡポリペプチドおよびＨＡ受容体の両方に結合するインフォールド剤を使用することにより、ＨＡポリペプチドまたはＨＡ受容体のみに結合するが、両方には結合しない薬剤に必要とされるより、少ない量の治療剤（すなわち、インフォールド剤）を用いて、インフルエンザ感染の効果的な阻害を可能にすることができるという認識を包含する。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むことなく、本発明者らは、ＨＡポリペプチド−ＨＡ受容体相互作用の両側に結合する能力は、関連した部位のみにおいて阻害剤（すなわち、インフォールド剤）の局所濃度の増大を可能にし、インフォールド剤は、感染に参加していないＨＡポリペプチドまたは受容体上で「無駄」にならないことを提案する。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、シアル化されたＨＡ受容体に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、α２，６シアル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、α２，６シアル化グリカンに優先的に結合する。ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、様々なα２，６シアル化グリカンの複数に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、α２，３シアル化グリカンに結合することができず、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、α２，３シアル化グリカンに結合することができる。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラ様トポロジーを有するシアル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、これらがコーントポロジーグリカンに結合するより強くアンブレラトポロジーグリカン（および／またはアンブレラトポロジーグリカン模倣体）に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、アンブレラグリカン対コーングリカンについて、約１０、９、８、７、６、５、４、３、または２である相対的親和性を示す。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、高い親和性でアンブレラトポロジーグリカン（例えば、長いα２，６シアル化グリカン、例えば、Ｎｅｕ５Ａｃα２，６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃβ１−３Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃなど）に結合する。例えば、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ヒトの感染を媒介する野生型ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１Ｎ１ ＨＡポリペプチドまたはＨ３Ｎ２ ＨＡポリペプチド）について観察される親和性に匹敵する親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ヒトの感染を媒介する野生型ＨＡポリペプチドに匹敵する条件下で観察される親和性の少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である親和性でアンブレラグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ヒトの感染を媒介する野生型ＨＡポリペプチドに匹敵する条件下で観察される親和性より大きい親和性でアンブレラグリカンに結合する。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、図１２に例示されたグリカンの１つまたは複数に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、図１２に例示された複数のグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、図１２に例示されたグリカンに、高い親和性および／または特異性を伴って結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、図１１に例示されたグリカンへのこれらの結合と比較した場合、優先的に図１２に例示されたグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、以下の形態のオリゴ糖に結合する：
Ｎｅｕ５Ａｃα２，６Ｓｕｇ１−Ｓｕｇ２−Ｓｕｇ３
ここで：
１．Ｎｅｕ５Ａｃα２，６は、常に、またはほとんど常に非還元末端にあり；
２．Ｓｕｇ１は：
ａ．αまたはβ配置（しばしば、Ｎ−およびＯ−連結エクステンションについてβ−、ならびに糖タンパク質にＯ−連結したＧａｌＮＡｃの場合にα−）でのヘキソース（しばしば、ＧａｌもしくはＧｌｃ）もしくはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃもしくはＧａｌＮＡｃ）であり；
ｂ．Ｎｅｕ５Ａｃα２，６以外の糖は、Ｓｕｇ１の非還元位置のいずれにも付いておらず（Ｓｕｇ１が、糖タンパク質にＯ−連結したＧａｌＮＡｃαである場合を除く）；かつ／または
ｃ．スルフェート、ホスフェート、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなどの非糖部分は、ＨＡとの接触を改善するためにＳｕｇ１の非還元位置（典型的には６位）に付くことができ；
３．Ｓｕｇ２および／またはＳｕｇ３は：
ａ．αもしくはβ配置（しばしばβ）でのヘキソース（しばしばＧａｌもしくはＧｌｃ）もしくはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃもしくはＧａｌＮＡｃ）であり；かつ／または
ｂ．糖（Ｆｕｃなど）、またはスルフェート、ホスフェート、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなどの非糖部分は、Ｓｕｇ２、Ｓｕｇ３、および／もしくはＳｕｇ４の非還元位置に付くことができ；
４．Ｎｅｕ５Ａｃα２，６連結は別として、オリゴ糖中の任意の２つの糖間の連結は、１−２、１−３、１−４、および／または１−６（典型的には１−３もしくは１−４）；ならびに／あるいは
５．Ｎｅｕ５Ａｃα２，６が糖タンパク質にＯ−連結したＧａｌＮＡｃαに連結されており、追加の糖がＧａｌＮＡｃαの非還元末端に連結されている構造、例えば、
ｉ．Ｎｅｕ５Ａｃα２，６（Ｎｅｕ５Ａｃα２，３Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
ｉｉ．Ｎｅｕ５Ａｃα２，６（Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
とすることができる。
【０１１９】
ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、高い親和性および／または特異性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。本発明は、アンブレラトポロジーグリカン（例えば、長いα２，６シアル化グリカン）に結合する能力、特に高い親和性で結合する能力を獲得することにより、インフォールド剤にインフルエンザウイルスに対して標的とされる広域スペクトル中和をもたらす能力を付与することができるという認識を包含する。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むことなく、本発明者らは、アンブレラトポロジーグリカンへの結合は卓絶したものとなり得、特に、他のグリカンタイプへの結合を失うことを必要とされない場合があることを提案する。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、本発明は、特定の標的種のＨＡ受容体上に見出されるアンブレラトポロジーグリカンに結合するインフォールド剤を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、ヒトＨＡ受容体、例えば、ヒト上皮細胞上に見出されるＨＡ受容体上に見出されるアンブレラトポロジーグリカンに結合するインフォールド剤、特に、上気道中のヒトＨＡ受容体上に見出されるアンブレラトポロジーグリカンに結合するインフォールド剤を提供する。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ヒト上気道上皮細胞上に見出される受容体に結合する。ある特定の実施形態では、インフォールド剤は、気管支および／または気管中のＨＡ受容体に結合する。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、深肺中の受容体に結合することができず、いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、深肺中の受容体に結合することができる。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、ヒト上気道組織（例えば、上皮細胞）中のＨＡ受容体上に見出されるグリカンの少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上に結合する。
【０１２３】
ある特定の実施形態では、インフォールド剤の結合親和性は、様々な濃度にわたって評価される。そのようなストラテジーは、単一濃度分析がもたらすより、特に多価結合アッセイにおいて著しく多くの情報をもたらす。いくつかの実施形態では、例えば、インフォールド剤の結合親和性は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０倍、またはそれ以上にわたる範囲の濃度にわたって評価される。
【０１２４】
インフォールド剤の生産
インフォールド剤、および／もしくはこれらの特徴的な部分、またはこれらをコードする核酸は、任意の利用可能な手段によって生産することができる。
【０１２５】
インフォールド剤（または特徴的な部分）は、例えば、本発明のポリペプチドコード核酸を発現するように操作された宿主細胞系を利用することによって生産することができる。代わりに、またはさらに、インフォールド剤は、化学合成によってある程度、または完全に調製することができる。
【０１２６】
インフォールド剤が細胞（例えば、操作された細胞）中で発現される場合、インフォールド剤（またはこれらの特徴的な部分）を生産するのに任意の発現系を使用することができる。ほんの数例を与えると、公知の発現系として、例えば、卵、バキュロウイルス、植物、酵母、Ｍａｄｉｎ−Ｄａｒｂｙイヌ腎細胞（ＭＤＣＫ）、またはベロ（アフリカミドリザル腎臓）細胞が挙げられる。代わりに、またはさらに、インフォールド剤（または特徴的な部分）は、発現ベクターを使用することなどによって、組換え技法を使用して細胞内で発現させることができる（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、ＣＳＨＬ Ｐｒｅｓｓ、１９８９年）。
【０１２７】
代わりに、またはさらに、インフォールド剤（またはこれらの特徴的な部分）は、他の点では、野生型、弱毒化、不活化などであってもなくても、インタクトなウイルスという状況で生産することができる。インフォールド剤、またはこれらの特徴的な部分は、ウイルス様粒子という状況で生産することもできる。
【０１２８】
また、本明細書に記載されるようなポリペプチド、特にインフォールド剤は、アンブレラトポロジーグリカンに結合することができるポリペプチドのスクリーニングおよび／または選択の準備を可能にする条件下で、インフォールド剤（単独で、またはウイルス粒子もしくはウイルスの一部である状態を含めた、複合体の一部として）を産生する細胞または生物を培養することによって、生成、同定、単離、および／または生産することができることが、当業者によって理解されるであろう。ほんの数例を与えると、いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドまたはアンブレラトポロジーグリカンに結合する（例えば、特定の特異性および／または親和性で）変異体を明らかにし、かつ／または好む条件下で、一連のインフォールド剤を生産および／または研究することは有用となり得る。いくつかの実施形態では、そのような一連のインフォールド剤は、自然における進化から生じる。いくつかの実施形態では、そのような一連のインフォールド剤は、エンジニアリングから生じる。いくつかの実施形態では、そのような一連のインフォールド剤は、エンジニアリングと自然進化の組合せから生じる。
【０１２９】
核酸
ある特定の実施形態では、本発明は、インフォールド剤、またはインフォールド剤の特徴的な部分もしくは生物学的に活性な部分をコードする核酸を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、インフォールド剤、またはインフォールド剤の特徴的な部分もしくは生物学的に活性な部分をコードする核酸に相補的な核酸を提供する。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、本発明は、インフォールド剤、またはインフォールド剤の特徴的な部分もしくは生物学的に活性な部分をコードする核酸にハイブリダイズする核酸分子を提供する。そのような核酸は、例えば、プライマーまたはプローブとして使用することができる。ほんの数例を与えると、そのような核酸は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）におけるプライマーとして、ハイブリダイゼーション（インサイツハイブリダイゼーションを含む）のためのプローブとして、および／または逆転写−ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）のためのプライマーとして使用することができる。
【０１３１】
ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡとすることができ、一本鎖であっても二本鎖であってもよい。いくつかの実施形態では、核酸は、１つまたは複数の非天然のヌクレオチドを含むことができ、いくつかの実施形態では、核酸は、天然のヌクレオチドのみを含む。
【０１３２】
インフォールド剤に対する抗体
本発明は、インフォールド剤に対する抗体を提供する。これらはモノクローナルであってもポリクローナルであってもよく、当業者に公知の様々な技法のいずれかによって調製することができる（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８年を参照）。例えば、抗体は、モノクローナル抗体の生成を含めた細胞培養技法によって、または組換え抗体の生産を可能にするための、抗体遺伝子の適当な細菌宿主もしくは哺乳動物細胞宿主中へのトランスフェクションを介して生産することができる。
【０１３３】
インフォールド剤を同定し、かつ／または特徴づけるためのシステム
本発明は、インフォールド剤を試験し、特徴づけ、かつ／または同定するための様々なシステムを提供する。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、１つまたは複数の候補基質、例えば、ＨＡポリペプチドの領域、ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域、ＨＡポリペプチド上のＮ−グリカン、ＨＡ受容体、シアル化ＨＡ受容体、シアル化ＨＡ受容体上のグリカン、および／またはシアル化ＨＡ受容体上のアンブレラトポロジーグリカンなどとインフォールド剤を接触させる工程を伴うシステムおよび方法によって特徴づけられる。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤および／または候補基質は、溶液中で遊離し、支持体に固定され、かつ／または細胞内、および／もしくは細胞の表面上で発現される場合がある。候補基質および／またはインフォールド剤は、標識され、それによって、結合の検出を可能にすることができる。インフォールド剤または候補基質のいずれかは、標識された種である。物質の１つが標識された競合的結合形式を実施することができ、結合に対する効果を判定するために、結合した標識に対して遊離した標識の量を測定することができる。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、結合アッセイは、例えば、候補基質をインフォールド剤に曝す工程、および候補基質とインフォールド剤の間の結合を検出する工程を伴う。結合アッセイは、インビトロで行うことができる（例えば、述べられた成分のみを実質的に含む候補管内で；無細胞抽出物中で；かつ／または実質的に精製された成分中で）。代わりに、またはさらに、結合アッセイは、インサイト（ｉｎ ｃｙｔｏ）および／またはインビボ（例えば、細胞、組織、臓器、および／または生物内；以下にさらに詳述される）で行うことができる。
【０１３７】
ある特定の実施形態では、少なくとも１つのインフォールド剤は、少なくとも１つの候補基質と接触され、効果が検出される。いくつかの実施形態では、例えば、インフォールド剤が候補基質と接触され、この２つの実体の間の結合がモニターされる。いくつかの実施形態では、アッセイは、候補基質をインフォールド剤の特徴的な部分と接触させる工程を伴う場合がある。インフォールド剤の候補基質への結合が検出される。インフォールド剤の断片、部分、相同体、変異体、および／または誘導体を使用することができ、ただしこれらは、１つまたは複数の候補基質に結合する能力を含むことが理解されるであろう。
【０１３８】
インフォールド剤の候補基質への結合は、当技術分野で周知の様々な方法によって判定することができる。本発明は、固相に結合したインフォールド剤、および１つまたは複数の候補基質とのこれらの相互作用を検出する工程を伴うアッセイを提供する。したがって、インフォールド剤は、検出可能なマーカー、例えば、放射性標識、蛍光標識、および／または発光性標識などを含むことができる。さらに、候補基質は、間接的な検出（例えば、色素生産性基質を使用する酵素を使用することによって、かつ／または検出可能な抗体に結合することによって）を可能にする物質にカップリングすることができる。候補基質との相互作用の結果としてのインフォールド剤の立体配座の変化は、例えば、検出可能なマーカーの発光の変化によって検出することができる。代わりに、またはさらに、固相に結合したタンパク質複合体を、質量分析によって分析することができる。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤が固定化されていない場合がある。いくつかの実施形態では、固定化されていない成分を標識することができる（例えば、放射性標識、エピトープタグ、酵素−抗体コンジュゲートなどを用いて）。代わりに、またはさらに、結合は、免疫学的検出技法によって判定することができる。例えば、反応混合物を、ウエスタンブロッティングにかけ、固定化されていない成分を検出する抗体を用いてブロットをプローブすることができる。代わりに、またはさらに、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を、結合をアッセイするのに使用することができる。
【０１４０】
ある特定の実施形態では、インフォールド剤と候補基質の間の結合について、細胞を直接アッセイすることができる。結合を評価するための免疫組織化学的技法、共焦点技法、および／または他の技法は、当業者に周知である。この目的のために特に操作された細胞を含めて、様々な細胞株をそのようなスクリーニングアッセイに利用することができる。スクリーニングアッセイにおいて使用される細胞の例には、哺乳動物細胞、真菌細胞、細菌性細胞、またはウイルス細胞が含まれる。細胞は、増殖因子で刺激された細胞などの刺激された細胞であってもよい。当業者は、本明細書に開示される本発明は、インフォールド剤の候補基質に結合する能力を測定するための多種多様なインサイトアッセイを企図することを理解するであろう。
【０１４１】
アッセイに応じて、細胞培養および／または組織培養を必要とする場合がある。細胞は、いくつかの様々な生理学的なアッセイのいずれかを使用して検査することができる。代わりに、またはさらに、それだけに限らないが、タンパク質発現をモニターし、かつ／またはタンパク質間相互作用を試験するためのウエスタンブロッティング、他の化学修飾をモニターするための質量分析などを含めた分子分析を実施することができる。
【０１４２】
本発明は、候補基質に結合し、したがって、インフルエンザ感染に関与し得るインフォールド剤を同定するための方法を提供する。候補基質に結合する物質を同定する１つのインサイト方法は、ツーハイブリッドシステムアッセイである（Ｆｉｅｌｄｓら、１９９４年、Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１０巻：２８６頁；およびＣｏｌａｓら、１９９８年、ＴＩＢＴＥＣＨ、１６巻：３５５頁；その両方は、参照により本明細書に組み込まれている）。このアッセイにおいて、酵母細胞は、本発明による試験物質を含む第１の融合タンパク質（例えば、インフォールド剤、インフォールド剤および／またはこれらの特徴的な部分をコードする遺伝子）、ならびにＧａｌ４および／またはＬｅｘＡなどの転写因子のＤＮＡ結合ドメインを発現する。細胞はさらに、プロモーターが対応するＤＮＡ結合ドメインのための結合部位を含有するレポーター遺伝子を含有する。活性化ドメイン（例えば、Ｇａｌ４および／または単純ヘルペスウイルスＶＰ１６に由来する）に融合した候補基質を含む第２の融合タンパク質を発現するベクターを用いて細胞をトランスフォームすることによって、候補基質がインフォールド剤と相互作用する場合、レポーター遺伝子の発現を増大させることができる。このようにして、新規のインフォールド剤を迅速に同定することが可能である。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合アッセイのいずれも、様々な濃度のインフォールド剤および／または候補基質を使用して実施することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合アッセイは、候補基質のインフォールド剤に結合する能力を、インフォールド剤濃度の範囲（例えば、約１００μｇ／ｍｌ超、約１００μｇ／ｍｌ、約５０μｇ／ｍｌ、約４０μｇ／ｍｌ、約３０μｇ／ｍｌ、約２０μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ、約５μｇ／ｍｌ、約４μｇ／ｍｌ、約３μｇ／ｍｌ、約２μｇ／ｍｌ、約１．７５μｇ／ｍｌ、約１．５μｇ／ｍｌ、約１．２５μｇ／ｍｌ、約１．０μｇ／ｍｌ、約０．９μｇ／ｍｌ、約０．８μｇ／ｍｌ、約０．７μｇ／ｍｌ、約０．６μｇ／ｍｌ、約０．５μｇ／ｍｌ、約０．４μｇ／ｍｌ、約０．３μｇ／ｍｌ、約０．２μｇ／ｍｌ、約０．１μｇ／ｍｌ、約０．０５μｇ／ｍｌ、約０．０１μｇ／ｍｌ、および／または約０．０１μｇ／ｍｌ未満）にわたって評価するのに使用される。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合試験のいずれも、ハイスループット様式で実行することができる。ハイスループットアッセイを使用して、最大数千のインフォールド剤を１日でスクリーニングすることが可能である。いくつかの実施形態では、マイクロタイタープレートの各ウェルを、選択された候補基質に対して別個のアッセイを実行するのに使用することができ、または濃度および／もしくはインキュベーション時間の効果が観察される場合、５〜１０ウェル毎に、１つの候補基質を試験することができる。したがって、１つの標準的なマイクロタイタープレートは、インフォールド剤と候補基質の間の最大９６の結合相互作用をアッセイすることができ；１５３６ウェルプレートが使用される場合、１つのプレートは、インフォールド剤と候補基質の間の最大１５３６の結合相互作用をアッセイすることができる；などである。１日当たりに多くのプレートをアッセイすることが可能である。例えば、最大約６，０００、約２０，０００、約５０，０００、または約１００，０００を超えるアッセイスクリーニングを、本発明によるハイスループットシステムを使用して、インフォールド剤と候補基質の間の結合相互作用に対して実施することができる。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、そのような方法は、動物宿主を利用する。本明細書で使用する場合、「動物宿主」には、インフルエンザ研究に適した任意の動物モデルが含まれる。例えば、本発明に適した動物宿主は、霊長類、フェレット、ネコ、イヌ、雌ウシ、ウマ、げっ歯類、例えば、マウス、ハムスター、ウサギ、およびラットなどを含めた任意の哺乳動物宿主とすることができる。ある特定の実施形態では、本発明に使用される動物宿主はフェレットである。特に、いくつかの実施形態では、動物宿主は、インフォールド剤（場合により、本発明の組成物中）の投与前に、ウイルス曝露または感染に対してナイーブである。いくつかの実施形態では、動物宿主は、インフォールド剤の投与前、または投与と同時に、ウイルスを接種され、ウイルスに感染され、またはさもなければウイルスに曝される。本発明を実践するのに使用される動物宿主は、当技術分野で公知の任意の方法によってウイルスを接種し、ウイルスに感染させ、またはさもなければウイルスに曝すことができる。いくつかの実施形態では、動物宿主は、鼻腔内にウイルスを接種し、ウイルスに感染させ、またはさもなければウイルスに曝すことができる。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、適当な動物宿主は、ヒト気道において見出される分布と同様の、アンブレラ対コーントポロジーグリカン、および／またはα２，６グリカン対α２，３グリカンの分布を有することができる。例えば、動物宿主としてのフェレットは、ヒトにおいてインフルエンザウイルスによって引き起こされる疾患のモデルとして使用される場合、マウスより代表的となり得ることが企図されている（Ｔｕｍｐｅｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００７年）３１５巻；６５５〜６５９頁）。いずれの理論にも束縛されることを望むことなく、本発明は、フェレットは、マウスがヒトに対して有するよりも、ヒト気道におけるグリカンの分布と同様の気道におけるグリカンの分布を有する場合があるという考え方を包含する。
【０１４７】
ナイーブな動物および／または接種された動物は、様々な試験のいずれのためにも使用することができる。例えば、そのような動物モデルは、当技術分野で公知であるようなウイルス伝播試験に使用することができる。ウイルス伝播試験におけるフェレットの使用は、ヒトにおけるウイルス伝播についての信頼できる予測因子として機能を果たすことができることが企図されている。例えば、接種された動物（例えば、フェレット）からのウイルス性インフルエンザのナイーブな動物への空気伝播は、当技術分野で公知である（Ｔｕｍｐｅｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００７年）３１５巻；６５５〜６５９頁）。ウイルス伝播試験は、インフォールド剤を試験するのに使用することができる。例えば、インフォールド剤を、ウイルス伝播試験の前、間、または後に適当な動物宿主に投与することによって、動物宿主におけるウイルスの結合および／または感染性を遮断することにおける前記インフォールド剤の効力を求めることができる。動物宿主におけるウイルス伝播試験から集めた情報を使用して、ヒト宿主におけるウイルスの結合および／または感染性を遮断することにおけるインフォールド剤の効力を予測することができる。
【０１４８】
医薬組成物および治療の方法
いくつかの実施形態では、本発明は、インフォールド剤および／または関連する実体を含む医薬組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、インフォールド剤ポリペプチド、そのようなポリペプチドをコードする核酸、そのようなポリペプチドまたは核酸の特徴的な断片または生物学的活性断片、そのようなポリペプチドまたは断片に結合し、かつ／またはこれらと競合する抗体、そのようなポリペプチドまたはそのようなポリペプチドに結合するグリカンと相互作用し、または競合する小分子などが医薬組成物中に含められる。
【０１４９】
本発明は、そのような医薬組成物の投与によるインフルエンザ感染の治療を包含する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、インフルエンザ感染症を患っている、またはこれにかかりやすい被験体に投与される。いくつかの実施形態では、被験体がインフルエンザ感染症に通常付随する１つまたは複数の症状を示している場合、その被験体は、インフルエンザ感染症を患っているとみなされる。いくつかの実施形態では、被験体は、インフルエンザウイルスに曝されていると分かっている、または考えられる。いくつかの実施形態では、被験体がインフルエンザウイルスに曝されていると分かっている、または考えられる場合、その被験体はインフルエンザ感染症にかかりやすいとみなされる。いくつかの実施形態では、被験体が、インフルエンザウイルスに感染していたと分かっている、もしくは感染していると疑われる他の個体と接触していた場合、かつ／または被験体が、インフルエンザ感染症が蔓延していると分かっている、もしくは考えられる場所に存在している、もしくは存在していた場合、その被験体は、インフルエンザウイルスに曝されていたと分かっている、または考えられる。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、インフルエンザ感染症を患っている、またはこれにかかりやすい被験体は、医薬組成物を投与する前、間、または後に、インフォールド剤に対する抗体について試験される。いくつかの実施形態では、そのような抗体を有する被験体は、インフォールド剤を含む医薬組成物を投与されない。いくつかの実施形態では、医薬組成物および／またはインフォールド剤の適切な用量は、そのような抗体の検出（またはその欠如）に基づいて選択される。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、治療のための特定の被験体、投与のための特定のインフォールド剤もしくは組成物、および／または投与のための特定の用量もしくはレジメンの選択は、例えば、文書、印刷形式、または電子記憶形式で記憶される（ｍｅｍｏｒｉａｌｉｚｅｄ）。
【０１５２】
本発明の組成物は、インフルエンザ感染症の１つまたは複数を発症する前、または発症した後に投与することができる。
【０１５３】
本発明は、本明細書に記載される薬剤の投与によるインフルエンザ感染症の治療を包含する。
【０１５４】
本発明は、ウイルス感染症の治療に有用な他の治療用組成物も提供する。いくつかの実施形態では、治療は、ＨＡポリペプチドの発現または活性を妨害する薬剤の投与によって達成される。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、本発明は、提供されるインフォールド剤に関連する抗体または他の薬剤を含む医薬組成物を提供する。例えば、本発明は、インフォールド剤を認識する抗体、核酸（ＲＮＡｉに使用することができるインフォールド剤の配列に相補的な核酸配列など）、またはこれらの組合せを含有する組成物を提供する。いくつかの実施形態では、多様な構造を有する様々な薬剤のコレクションが利用される。いくつかの実施形態では、治療用組成物は、１つまたは複数の多価薬剤を含む。いくつかの実施形態では、治療は、インフルエンザウイルスへの曝露または曝露の疑いの直後の緊急投与を含む。
【０１５６】
一般に、医薬組成物は、それだけに限らないが、滅菌水、食塩水、緩衝食塩水、またはデキストロース溶液を含めた滅菌した、生体適合性の担体などの１つまたは複数の不活性な作用物質に加えて治療剤を含むことになる。代わりに、またはさらに、組成物は、任意の様々な添加剤、例えば、安定剤、緩衝液、賦形剤（例えば、糖、アミノ酸など）、または保存剤などを含有することができる。
【０１５７】
ある特定の実施形態では、本発明の医薬組成物中に存在する治療剤は、本明細書に記載されるような１つまたは複数のインフォールド剤からなることになる。いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物は、ＨＡポリペプチド、またはアンブレラトポロジーグリカン（および／もしくはアンブレラトポロジーグリカン模倣体）に結合するインフォールド剤を含有する。いくつかのそのような実施形態では、本発明の組成物は、アンブレラトポロジーグリカンに結合しない関連した薬剤（例えば、他のインフォールド剤など）を実質的に含まない。いくつかのそのような実施形態では、医薬組成物は、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９０％超以下のグリコシル化された、もしくはグリコシル化されていないＨＡポリペプチドおよび／またはアンブレラトポロジーグリカン以外のＨＡ受容体グリカンに結合する薬剤を含有する。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、脂質ベシクル、生物学的に利用可能なおよび／もしくは生体適合性の、および／もしくは生分解性の基質、または他の微粒子内に被包、捕捉され、または結合した治療剤を含むことになる。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、提供される医薬組成物は、凝集してないインフォールド剤を含むことになる。例えば、いくつかの実施形態では、インフォールド剤の乾燥重量または数の１％、２％、５％、１０％、２０％、または３０％未満が凝集体中に存在する。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、提供される医薬組成物は、変性されていないインフォールド剤を含むことになる。例えば、いくつかの実施形態では、投与されるインフォールド剤の乾燥重量または数の１％、２％、５％、１０％、２０％、または３０％未満が変性されている。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、提供される医薬組成物は、不活性でないインフォールド剤を含むことになる。例えば、いくつかの実施形態では、投与されるインフォールド剤の乾燥重量または数の１％、２％、５％、１０％、２０％、または３０％未満が不活性である。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、提供されるインフォールド剤の免疫原性を低減するように製剤化される。例えば、いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、その免疫原性をマスクするポリエチレングリコールおよび／またはカルボキシメチルセルロースなどの作用物質に付随している（例えば、結合されている）。いくつかの実施形態では、提供される結合剤は、免疫原性を低減する、追加のグリコシル化を有する。
【０１６３】
併用療法
本発明の医薬組成物は、単独で、またはそれだけに限らないが、ワクチンおよび／もしくは抗体を含めた１つもしくは複数の他の治療剤と組み合わせて投与することができる。「と併用して」とは、薬剤が、同時に投与されなければならない、または一緒に送達されるように製剤化されなければならないことを示すことは意図されていないが、送達のこれらの方法は、本発明の範囲内である。一般に、各薬剤は、その薬剤のために決定された用量および時間スケジュールで投与されることになる。さらに、本発明は、医薬組成物のバイオアベイラビリティーを改善し、これらの代謝を低減もしくは改変し、これらの排泄を阻害し、または体内でのこれらの分布を改変することができる薬剤と併用した医薬組成物の送達を包含する。本発明の医薬組成物は、治療を必要とする任意の被験体（例えば、任意の動物）を治療するために使用することができるが、これらは、ヒトの治療において使用されることが最も好ましい。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／またはインフォールド剤は、１つまたは複数の他の薬剤と組み合わせて投与することができる。いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／またはインフォールド剤は、１つまたは複数の他のインフォールド剤と組み合わせて投与することができる。いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／または１つもしくは複数のインフォールド剤は、１つまたは複数の他の医薬品（例えば、抗インフルエンザワクチン、抗ウイルス剤、鎮痛剤（ｐａｉｎ ｒｅｌｉｖｅｒ）、抗炎症剤、抗生物質、ステロイド剤、抗体、シアリダーゼ（ｓｉａｌｙｄａｓｅ）など）と組み合わせて投与することができる。いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／またはインフォールド剤は、アジュバントと組み合わせて投与することができる。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／または１つまたは複数のインフォールド剤は、１つまたは複数の抗体と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、抗体は、ウイルス上のＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、またはＨ１６ポリペプチド）のＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、ＨＡポリペプチドのグリコシル化されたＭＰＥＲ領域に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、ＨＡ受容体に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、ＨＡ受容体上のシアル化（ｓｉａｌｙａｔｅｄ）グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、Ｃ１７９、Ｆ１０、およびＣＲ６２６１である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／または１つもしくは複数のインフォールド剤は、１つまたは複数の抗ウイルス剤と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、そのような抗ウイルス剤として、それだけに限らないが、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、ザナミビル（リレンザ）、オセルタミビル（タミフル）、アマンタジン、リマンタジンおよび／またはこれらの組合せが挙げられる。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、本発明の医薬組成物および／または１つもしくは複数のインフォールド剤は、１つまたは複数のワクチンと組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、ワクチンは、抗ウイルスワクチンである。いくつかの実施形態では、ワクチンは、抗インフルエンザワクチンである。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、季節性インフルエンザ（例えば、インフルエンザとして通常呼ばれる）を治療するためのものである。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、フルショットおよび／またはＦｌｕＭｉｓｔである。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、１つまたは複数のＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、またはＨ１６ポリペプチド）の特定の組合せを標的としている。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、Ｈ７Ｎ７、Ｈ１Ｎ２、Ｈ９Ｎ２、Ｈ７Ｎ２、Ｈ７Ｎ３、またはＨ１０Ｎ７ウイルスの１つまたは複数の組合せに特異的である。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、Ｈ１Ｎ１ウイルスに特異的である。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、Ｈ３Ｎ２ウイルスに特異的である。いくつかの実施形態では、抗インフルエンザワクチンは、Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２ウイルスに特異的である。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、医薬組成物および／または１つもしくは複数のインフォールド剤は、インフルエンザウイルス感染に付随する症状を治療するのに使用される１つまたは複数の他の医薬品と組み合わせて投与することができる。いくつかの実施形態では、インフルエンザ感染症に付随する症状を治療するのに使用される医薬品は、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生物質および／またはこれらの組合せである。いくつかの実施形態では、インフルエンザ感染症に付随する症状を治療するのに使用される医薬品は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、ナプロキセンおよび／またはこれらの組合せである。
【０１６９】
投与の方法
本発明の医薬組成物は、経口、静脈内、筋肉内、動脈内、皮下、脳室内、経皮、皮内（ｉｎｔｅｒｄｅｒｍａｌ）、直腸、膣内、腹腔内、局所（粉末、軟膏、クリーム、もしくは液滴によってのような）、粘膜、経鼻、頬側、経腸、舌下を含めた様々な経路によって、気管内点滴注入、気管支点滴注入、および／もしくは吸入によって、かつ／または経口スプレー、経鼻スプレー、および／またはエアロゾルとして投与することができる。一般に、最も適切な投与経路は、薬剤の性質（例えば、胃腸管の環境におけるその安定性）、患者の状態（例えば、経口投与に耐容性を示すことができるかどうか）などを含めた様々な要因に依存することになる。
【０１７０】
現在のところ、経口もしくは経鼻スプレー、またはエアロゾル経路（例えば、吸入による）が、肺および呼吸器系に直接治療剤を送達するのに最も一般に使用されている。しかし、本発明は、薬物送達の科学において起こり得る進歩を考慮した任意の適切な経路による本発明の医薬組成物の送達を包含する。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、吸入送達またはエアロゾル送達のための配合物は、複数の粒子を含む。いくつかの実施形態では、そのような配合物は、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３ミクロンの平均粒径を有する。いくつかの実施形態では、吸入送達またはエアロゾル送達のための配合物は、乾燥粉末として製剤化される。いくつかの実施形態では、吸入送達またはエアロゾル送達のための配合物は、例えば、湿潤剤を含めることによって、湿潤粉末として製剤化される。いくつかの実施形態では、湿潤剤は、水、食塩水、または生理学的ｐＨの他の液体からなる群から選択される。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、鼻腔または頬側口腔に液滴として投与される。いくつかの実施形態では、用量は、複数の液滴（例えば、１〜１００、１〜５０、１〜２０、１〜１０、１〜５など）を含むことができる。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、組成物（例えば、インフォールド剤）の計量された投与量を送達するデバイスを使用して投与される。
【０１７４】
本明細書に記載される皮内用医薬組成物を送達するのに使用するための適当なデバイスには、短針デバイス、例えば、米国特許第４，８８６，４９９号、米国特許第５，１９０，５２１号、米国特許第５，３２８，４８３号、米国特許第５，５２７，２８８号、米国特許第４，２７０，５３７号、米国特許第５，０１５，２３５号、米国特許第５，１４１，４９６号、米国特許第５，４１７，６６２号に記載されたものなどが含まれる。皮内用組成物は、皮膚への針の効果的な貫通長さを制限するデバイス、例えば、参照により本明細書に組み込まれているＷＯ９９／３４８５０に記載されているもの、およびその機能的な均等物などによって投与することもできる。やはり適しているのは、液体ジェット注射器を介して、または角質層に穴をあけ、真皮に到達するジェットを生じさせる針を介して真皮に液体組成物を送達するジェット注射デバイスである。ジェット注射デバイスは、例えば、米国特許第５，４８０，３８１号、米国特許第５，５９９，３０２号、米国特許第５，３３４，１４４号、米国特許第５，９９３，４１２号、米国特許第５，６４９，９１２号、米国特許第５，５６９，１８９号、米国特許第５，７０４，９１１号、米国特許第５，３８３，８５１号、米国特許第５，８９３，３９７号、米国特許第５，４６６，２２０号、米国特許第５，３３９，１６３号、米国特許第５，３１２，３３５号、米国特許第５，５０３，６２７号、米国特許第５，０６４，４１３号、米国特許第５，５２０，６３９号、米国特許第４，５９６，５５６号、米国特許第４，７９０，８２４号、米国特許第４，９４１，８８０号、米国特許第４，９４０，４６０号、ＷＯ９７／３７７０５、およびＷＯ９７／１３５３７に記載されている。やはり適しているのは、弾道粉末／粒子送達デバイスであり、これは、皮膚の外側層から真皮へと粉末形態の組成物を加速するのに圧縮ガスを使用する。さらに、慣例的なシリンジを、皮内投与の古典的なマントー法において使用することができる。
【０１７５】
製剤
医薬品の製剤および製造における一般的な考慮事項は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１９版、Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．、Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ、１９９５年に見出すことができる。
【０１７６】
医薬組成物は、所望の転帰を実現するのに適切な任意の用量で投与することができる。いくつかの実施形態では、所望の転帰は、インフルエンザ感染症の１つまたは複数の症状の強度、重症度、および／もしくは頻度の低減、ならびに／または発症の遅延である。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、アンブレラトポロジーグリカンへの結合においてインフルエンザＨＡポリペプチドと競合するのに効果的な用量のインフォールド剤を投与するように製剤化される。いくつかの実施形態では、インフルエンザＨＡポリペプチドによるそのような結合は、インフォールド剤組成物の１つまたは複数の用量の投与後に、そのような投与がないそのレベルと比較して低減される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上の、この組成物を投与されている被験体中（例えば、被験体の気道中）に存在するＨＡポリペプチド結合部位（例えば、アンブレラトポロジーグリカンを含有するＨＡポリペプチド結合部位）を飽和させるのに効果的な用量のインフォールド剤を投与するように製剤化される。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、０．０００１〜１０００ｎｍｇ／ｋｇの範囲内の単位用量のインフォールド剤を送達するように製剤化される。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、複数回投与で投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、複数回投与／日で投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、被験体が、治療的投薬の期間同士の間に介在する治療的投薬より短い期間を経ないように、連続的な投薬レジメンによって投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、被験体が、治療的投薬の２つの期間の間に介在する治療的投薬より短い少なくとも１つの期間を経るように、断続的な投薬レジメンによって投与される。
【０１８０】
診断／キット
いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるようなインフォールド剤を、そのようなポリペプチドがインフォールド剤であるかどうかについて検出するためのキットを提供する。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、本発明は、インフォールド剤を検出するため、特に（ｐａｒｔｉｃｕｌａｒ）、それだけに限らないが、血液、血清／血漿、末梢血単核細胞／末梢血リンパ球（ＰＢＭＣ／ＰＢＬ）、痰、尿、糞便、咽頭スワブ、真皮病変部スワブ、脳脊髄液、頚部スミア、膿汁試料、食物基質、ならびに脳、脾臓、および肝臓などの体の様々な部分からの組織を含めた、病理学的試料中の特定のＨＡポリペプチドおよび／またはグリカン結合特性（例えば、アンブレラグリカン、α２，６シアル化グリカン、長いα２，６シアル化グリカンなどへの結合）を有するインフォールド剤を検出するためのキットを提供する。本発明は、それだけに限らないが、土壌、水、および植物相を含めた環境試料中の対象とするインフォールド剤を検出するためのキットも提供する。列挙されなかった他の試料も適用可能となり得る。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、インフォールド剤を検出するための方法は、病理学的試料および／または環境試料を提供する工程、試料をインフォールド剤と接触させる工程、およびインフォールド剤が陰性対照結合剤と比べてその試料に結合するかどうかを判定する工程を伴う。いくつかの実施形態では、そのような方法は、接触させる工程の前に、試料を処理する工程（例えば、試料を１つまたは複数の精製工程にかける工程）を伴う。いくつかの実施形態では、提供されるインフォールド剤は、検出可能な部分（例えば、蛍光標識、放射性標識、化学発光（ｃｈｅｍｏｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ）標識など）を用いて標識される。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、免疫学的方法（例えば、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、免疫蛍光など）を介して検出可能である。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、接触させる工程の前に固定化される（例えば、ビーズ、マイクロタイター皿、アレイ、グリカンアレイなどに）。
【０１８３】
ある特定の実施形態では、本発明のキットは、ＨＡポリペプチドおよび／または特定のグリカン結合特性を有するインフォールド剤を特異的に検出する１つまたは複数の薬剤を含むことができる。そのような検出剤は、例えば、ある特定のインフォールド剤（例えば、アンブレラグリカンおよび／またはα２，６シアル化グリカン、および／または長いα２，６シアル化グリカンに結合するインフォールド剤）を特異的に認識する抗体を含むことができ、これは、ＥＬＩＳＡ、免疫蛍光、および／またはイムノブロッティングによってそのようなインフォールド剤を特異的に検出するのに使用することができる。
【０１８４】
インフォールド剤に結合する抗体は、ウイルス中和試験においても使用することができ、この試験において、試料は、対象とするインフォールド剤に特異的な抗体で処理され、未処理の試料と比べて、培養細胞に感染するその能力を試験される。その試料中のウイルスがそのようなインフォールド剤を含有する場合、抗体は、ウイルスを中和し、ウイルスが培養細胞に感染するのを防止する。代わりに、またはさらに、そのような抗体は、ＨＡ阻害試験においても使用することができ、この試験において、ＨＡタンパク質が所与の試料から単離され、特定のインフォールド剤またはインフォールド剤のセットに特異的な抗体で処理され、未処理の試料と比べて赤血球を凝集させるその能力を試験される。試料中のウイルスがそのようなインフォールド剤を含有する場合、抗体は、インフォールド剤の活性を中和し、ウイルスが赤血球を凝集させるのを防止する（Ｈａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、ＣＳＨＬ Ｐｒｅｓｓ、１９８８；ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ｉｎｆｌｕｅｎｚａ／ＷＨＯ＿ＣＤＳ＿ＣＳＲ＿ＮＣＳ＿２００２＿５／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ；ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｄｉｓｅａｓｅ／ａｖｉａｎ＿ｉｎｆｌｕｅｎｚａ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ｌａｂｔｅｓｔｓ／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）。いくつかの実施形態では、そのような薬剤は、特定のインフォールド剤をコードするヌクレオチドに特異的に結合し、ＲＴ−ＰＣＲまたはインサイツハイブリダイゼーションによってそのようなインフォールド剤を特異的に検出するのに使用することができる核酸を含むことができる（ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ｉｎｆｌｕｅｎｚａ／ＷＨＯ＿ＣＤＳ＿ＣＳＲ＿ＮＣＳ＿２００２＿５／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ；ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｄｉｓｅａｓｅ／ａｖｉａｎ＿ｉｎｆｌｕｅｎｚａ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ｌａｂｔｅｓｔｓ／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）。ある特定の実施形態では、試料から単離された核酸は、検出前に増幅される。ある特定の実施形態では、診断試薬を検出可能な程度に標識することができる。
【０１８５】
本発明は、インフルエンザウイルス感染症を治療するための、本発明による試薬を含有するキットも提供する。キットの内容物には、それだけに限らないが、対象とするインフォールド剤（または特徴的部分もしくは生物学的に活性な部分）をコードするインフォールド剤ヌクレオチド（または特徴的部分もしくは生物学的に活性な部分）を含有する発現プラスミドが含まれる。代わりに、またはさらに、キットは、対象とするインフォールド剤（または特徴的な部分もしくは生物学的に活性な部分）を発現する発現プラスミドを含有することができる。ウイルス遺伝子をまったく含有しない発現プラスミドを含めることもでき、その結果、ユーザーは、対象とする任意のインフルエンザウイルスからのインフォールド剤ヌクレオチドを組み込むことができる。それだけに限らないが、ベロおよびＭＤＣＫ細胞株を含めて、哺乳動物細胞株もキットに含めることができる。ある特定の実施形態では、診断試薬を検出可能な程度に標識することができる。
【０１８６】
ある特定の実施形態では、本発明によって使用するためのキットは、参照試料、試料を処理し、試験を実施するための使用説明書、結果を解釈するための使用説明書、緩衝液および／または試験を実施するのに必要な他の試薬を含むことができる。ある特定の実施形態では、キットは、抗体のパネルを含むことができる。
【０１８７】
本発明は、医薬組成物を投与するためのキットを提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、少なくとも１つの用量のインフォールド剤を含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、最初の単位用量および１つまたは複数の後続の単位用量のインフォールド剤を含むキットを提供する。いくつかのそのような実施形態では、最初の単位用量は、後続の単位用量より多く、または用量のすべては等しい。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、本発明のキット（特に、インフォールド剤医薬組成物を投与するためのもの）は、送達デバイスの少なくとも１つのコンポーネント、例えば、吸入器を含む。いくつかのそのような実施形態では、本発明は、送達デバイスの少なくとも１つのコンポーネント、例えば、吸入器、およびある用量のインフォールド剤を含むキットを提供する。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、提供されるキットは、使用するための使用説明書を含む。
【実施例】
【０１９０】
（実施例１）
インフォールド剤の設計
本実施例は、ＨＡポリペプチド上の特定の領域に結合するためのインフォールド剤の設計を例示する。
【０１９１】
一例示的なインフォールド配列を、ＨＡ結合界面に対して設計した（図６）。これらの相互作用は、ＨＡのヘッド（ＨＡ−１）ドメインおよびストーク（ＨＡ−２）ドメインの両方とのいくつかの潜在的に安定化させる接触を明らかにした（表１０）。設計されたタンパク質の領域の１つは、ＨＡ−１およびＨＡ−２ドメインの両方との所望の安定化疎水性接触および水素結合を有する一方で、別の顕著な領域は、主にＨＡ−１との安定化疎水性相互作用を有し、一方、さらに別の領域は、主にＨＡ−２との安定化疎水性相互作用を有することが分かる。したがって、考慮下の設計されるインフォールドタンパク質は、ＨＡ−１ドメインおよびＨＡ−２ドメインのストーク−ヘッド界面で結合することが予期される。さらに、予期されるように、設計されるタンパク質は、抗体より著しく小さいこれらの体積のために、ＨＡ ＭＰＥＲ領域においてＮ−グリコシル化を適応させることが分かる（図６）。したがって、設計されるタンパク質は、ＭＰＥＲがグリコシル化された、およびＭＰＥＲがグリコシル化されていないインフルエンザ菌株の両方に、良好な親和性で、結合することを支持し、ユニバーサルインフルエンザ中和を支持する。
【０１９２】
【表１０】

包括的ではなく、局所的な治療剤の送達を標的にすることにより、より高い効力を伴った、非常に毒性の少ない治療がもたらされることが公知である。広域スペクトルインフルエンザ中和特性に加えて、ＨＡ受容体上のα２，６シアル化グリカンに特異的に結合する能力は、インフルエンザに対する新規治療剤の重要な特性となる。いずれの理論にも束縛されることを望むことなく、本発明者らは、図１に例示したような、標的とされた広域スペクトルインフルエンザ中和のために以下のストラテジーを提案する。これらは、ヒト上気道中のシアル化グリカン受容体に結合する能力（標的とされた送達）とともに、ＨＡのグリコシル化された／グリコシル化されていない保存された膜近位エピトープ領域に結合する能力（広域スペクトル中和）を含む。
【０１９３】
（実施例２）
インフォールド剤はＨＡポリペプチドに結合する
本実施例は、インビトロ結合アッセイにおけるインフォールド剤のＨＡポリペプチドへの結合を例示する。
【０１９４】
Ｍａｘｉｓｏｒｐ９６ウェルプレートのウェルに、異なるサブタイプ（Ｈ１、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、およびＨ９）のＨＡポリペプチド０．２μｇをコーティングし、４℃で一晩放置した。ＨＡポリペプチドをコーティングしたプレートをＰＢＳで３回洗浄し、ＰＢＳＴ中１％のＢＳＡでブロックした。異なる濃度のインフォールド剤を、Ｃ１７９抗体（対照）とともに、ＨＡポリペプチドをコーティングしたウェルに添加し、プレートをＲＴで２時間インキュベートした。プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、インフォールド剤を含有するウェルを、マウス−抗６ｘＨｉｓ抗体（１：１０００希釈）とともに、ＲＴで１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、すべてのウェルをヤギ−抗マウスＨＲＰ抗体とともにＲＴで１時間インキュベートした。インキュベーション後にウェルをＰＢＳＴで洗浄し、結合したＨＲＰを、ＴＭＢ基質を使用して測定した。ＴＭＢ基質をウェルに添加し、３分間インキュベートし、その後、１Ｎの硫酸を添加した。吸光度を４５０ｎｍで測定した。
【０１９５】
本発明者らの実験結果は、予測された理論計算との良好な一致を示し、設計されたタンパク質は、インフルエンザのＭＰＥＲがグリコシル化された菌株およびＭＰＥＲがグリコシル化されていない菌株の両方に対して、高い親和性を示す。本発明者らの結果は、例示的なインフォールド剤が、同様の親和性で、様々なグリコシル化された、およびグリコシル化されていないＨＡポリペプチド（Ｈ１、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、およびＨ９）に結合することを示す（図７、左パネル）。これらのデータをＣ１７９抗体対照と比較し（図７、右パネル）、これは、Ｃ１７９抗体は、異なるＨＡポリペプチドクレードを区別することができないことを示す。
【０１９６】
（実施例３）
インフォールド剤とインフォールド剤の標的との間の結合親和性
本実施例は、インフォールド剤とインフォールド剤の標的との間の、解離定数（Ｋ_ｄ）として表した場合の結合親和性の計算を示す。この実施例では、インフォールド剤は例示的なインフォールド剤であり、インフォールド剤の標的はＨＡポリペプチドである。
【０１９７】
例示的なインフォールド剤とＨＡポリペプチドの間の結合親和性は、インフォールド剤およびＨＡポリペプチドの両方の濃度の関数である。本実施例では、結合親和性を、解離定数（Ｋ_ｄ）を使用して定量的に記述する。解離定数の測定方法の例を以下に説明する。
【０１９８】
以前に記載したように、ＨＡポリペプチドをコーティングしたプレートを、例示的なインフォールド剤を用いたＥＬＩＳＡアッセイを実施するのに使用した。測定した４５０ｎｍの吸光度を使用することによって、受容体の飽和分率を計算した。飽和分率を、インフォールド剤のモル濃度の関数としてプロットした。データを以下の式にフィッティングした：
【０１９９】
【化１】

式中、ｙは飽和分率であり、Ｉ_０はインフォールド剤の濃度であり、Ｋ_ｄは解離定数である。
【０２００】
上記に参照した計算を使用し、回帰分析を適用して、本発明者らは、インフォールド剤のＨＡポリペプチドへの結合について、０．１〜５００ｎＭの範囲でＫ_ｄの観察値を有する。いくつかの実施形態では、本発明者らは、インフォールド剤のＨＡポリペプチドへの結合について、１０〜１００ｎＭの範囲でＫ_ｄの観察値を有する。いくつかの実施形態では、本発明者らは、インフォールド剤のＨＡポリペプチドへの結合について、５０〜１００ｎＭの範囲でＫ_ｄの観察値を有する。
【０２０１】
（実施例４）
インフォールド剤は、インビトロでウイルス感染性を阻害する
本実施例は、インビトロ結合アッセイにおいてウイルス感染性を防止する、インフォールド剤の能力を例示する。
【０２０２】
インフォールド剤のインフルエンザ感染を阻害する能力を、インフルエンザウイルス菌株の増殖および試験に一般に使用される上皮細胞株であるＭＤＣＫ（Ｍａｄｉｎ−Ｄａｒｂｙイヌ腎臓）細胞を使用して、インビトロで評価した。感染性に対するインフォールド剤の阻害効果は、宿主細胞に対するウイルス産生量およびインフルエンザに誘導される細胞変性効果（ＣＰＥ）の程度の両方を測定することによって求めた。ウイルス産生を定量化するのに、プラークアッセイ（図１５および１６）、ならびにｑＲＴ−ＰＣＲを使用した一方で、ＣＰＥレベルを測定するのに細胞生存能アッセイを使用した。実験は、インフォールド剤が、宿主細胞に導入する前の１時間のプレインキュベーション期間の間にそのウイルス標的に最初に結合することを可能にするように設定した。感染は、低レベルのトリプシン（１μＭ）の存在下で実施した。プラークアッセイは、コンフルエントな単層の細胞に試験試料の連続希釈液を接種し、ポリマーＡｖｉｃｅｌ（ＦＭＣ Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ）の粘性懸濁液をかぶせることによって実施した。プラークを３５℃で４８時間の期間にわたって発達させ、ホルマリンで固定し、クリスタルバイオレットで染色し、可視化した（図１５および１６）。プラーク数を使用することによって、試験試料中の感染性ウイルス力価を計算した。総ウイルス産出量は、定量的ＲＴ−ＰＣＲによっても求め、これにより、感染した試料中のウイルスゲノムコピーのレベルを測定した。プライマーおよび標識されたプローブは、ＴａｑＭａｎ法によってウイルス性赤血球凝集素遺伝子内の領域を特異的に増幅し、測定するように設計した。感染後の生細胞の相対的な数を、ＣＰＥの尺度として使用した。サブコンフルエントな細胞培養物を、化合物／ウイルスミックス（ｍｏｉ＝１．０）に３５℃で１時間の期間曝した。次いで非結合ウイルスおよび薬剤を取り出し、ウイルス増殖培地と置き換えた。細胞生存能は、ＰｒｏｍｅｇａのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ Ｂｌｕｅ試薬（レサズリン）を使用して４８時間インキュベートした後、非蛍光レサズリンの蛍光レゾルフィンの読みへの代謝的変換の程度として求めた（５５５／５８５ｎｍの励起／発光；ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ Ｍ２；分子プローブ）。
【０２０３】
試験したこれらから、本発明者らは、インフォールド剤がウイルスで誘導されるプラーク生成を阻害することを見出した。いくつかの実施形態では、インフォールド剤は、用量依存的な様式で、ウイルスで誘導されるプラーク生成を阻害する。
【０２０４】
（実施例５）
インフォールド剤はインビボでＨＡポリペプチドに結合する
本実施例は、インフォールド剤のインビボでＨＡポリペプチドに結合する能力を例示する。
【０２０５】
ＢＡＬＢ／ｃマウス（生後４〜６週）をＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｓから調達した。マウスを計量し、実験のためにそれぞれ６匹のマウスの４つの群に分けた。各群にイソフルラン、０ｍｇ／ｋｇ、０．０６ｍｇ／ｋｇ、０．６ｍｇ／ｋｇ、または６ｍｇ／ｋｇのインフォールド剤の用量を投与し、回復させた（＜２分）。次いでこれらにイソフルランを再投与し、致死量のＨ１Ｎ１ ＰＲ８ウイルスを鼻腔内にチャレンジした。マウスを毎日、１４日間モニターした。体重減少、視覚的なスコア、生存時間を毎日記録した（図１７および１８）。マウスにおけるインフルエンザ感染の臨床徴候には、猫背の姿勢、逆立った被毛、急速な呼吸、食欲低下、体重減少、および死亡が含まれる。さらに、力価のピークが３日目に予期される、鼻部におけるウイルス複製の低減を実証するために、それぞれ未処置の群および６ｍｇ／ｋｇで投与された群からの３匹の動物から、鼻の洗浄物を３日目に収集した。各マウスから肺を回収した後、屠殺した。
【０２０６】
これらの試験の結果は、インフォールド剤は、マウスにおいてＨ１Ｎ１感染の発症を順調に遅延させることができ、代替の抗ウイルス剤治療、リバビリンに匹敵するか、またはこれより非常に良好である結果を伴ったことを示した。
【０２０７】
（実施例６）
診断におけるインフォールド剤
本実施例は、インフォールド剤の、（ａ）生物学的試料中のインフルエンザウイルスの存在を同定し、（ｂ）サブタイプに基づいてウイルスを特徴づけるための迅速な方法を提供する能力を例示する。
【０２０８】
サンドイッチＥＬＩＳＡ（ウイルスタイピングＥＬＩＳＡアッセイ）アッセイを、インフルエンザウイルスの存在を同定し、ウイルスサブタイプを特徴づける目的のために使用する。ウイルスタイピングＥＬＩＳＡアッセイのために、９６ウェルプレートにインフォールド剤２μｇをコーティングし、４℃で一晩インキュベートする。次いでプレートをＰＢＳで大規模に洗浄し、ＰＢＳＴ中１％のＢＳＡで１時間ブロックする。ブロック後、プレートをＰＢＳＴで洗浄し、さらに使用するまで４℃で貯蔵する。
【０２０９】
インフルエンザウイルスを含有する疑いのある生物学的試料を、直接、または処理後に、試料緩衝液（ＰＢＳ）中に希釈する。次いで、希釈された試料をインフォールドでコーティングされたウェルに注ぎ、室温（ＲＴ）で２時間インキュベートし、その後、大規模に洗浄する。試料に由来するウイルスは、こうしてインフォールドによって捕獲され、これ自体をさらなる分析に用立てる。サブタイプ特異的抗体を、ＲＴで１時間、異なるウェルに施す。ＰＢＳＴでさらに洗浄した後、ＨＲＰにコンジュゲートした二次抗体をウェルに施す。インキュベートした後、ウェルを洗浄し、ＴＭＢ基質および１Ｎの硫酸で処理する。４５０ｎｍの吸光度を、分光光度計を使用して測定する。適切な陰性対照および陽性対照を含める。
【０２１０】
ウイルスタイピングＥＬＩＳＡアッセイの結果により、試料中のインフルエンザウイルスの存在、およびウイルスのサブタイプについての情報が得られる。
【０２１１】
（実施例７）
インフルエンザウイルスグリカン特徴づけのためのインフォールド剤
本実施例は、グリカンタイピングアッセイを使用するグリカン特徴づけのためにインフルエンザウイルスを富化および標識する手段としてのインフォールド剤の能力を例示する。
【０２１２】
グリカンタイピングアッセイでは、インフォールド剤を、製造者の使用説明書により、ＥＤＣ化学を使用して、Ｑｄｏｔ５２５ Ｃａｒｂｏｘｙｌ Ｑｕａｎｔｕｍ Ｄｏｔｓにコンジュゲートする。Ｑｄｏｔ−インフォールド複合体を処理された生物学的試料に添加し、２時間十分に撹拌する。次いで試料を遠心分離し、Ｑｄｏｔ−インフォールド−ＩｎｆＡ複合体をＰＢＳＴで３回洗浄する。次いでこの複合体を、グリカンアレイ（アンブレラトポロジーグリカンおよびコーントポロジーグリカンを含有する）上に施す。ＲＴで２時間インキュベートした後、ウェルをＰＢＳＴで３回洗浄する。結合した蛍光を、ボトムリードモード（ｂｏｔｔｏｍ ｒｅａｄ ｍｏｄｅ）を使用して、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ Ｍ２ｅ分光光度計を使用して測定する。
【０２１３】
このアッセイの結果により、インフルエンザウイルスのグリカン特徴づけに関する情報が得られる。
【０２１４】
（実施例８）
インフォールド−２８のＩＣ_５０評価
ＨＡを標的にする抗インフルエンザインフォールド剤のＩＣ_５０を定量化した。これらの試験では、Ｈ１Ｎ１インフルエンザ菌株ＰＲ８（Ａ／Ｐｕｅｒｔｏ Ｒｉｃｏ／８／３４）を利用した。手短に言えば、コンフルエントなＭＤＣＫ細胞を、様々な濃度の抗インフルエンザ剤とともに４０分間プレインキュベートされたＰＲ８［４Ｅ３ ＰＦＵ／ｍＬ］に感染させる。１時間感染させた後、培地を取り出し、実験に応じて、無ウイルス、薬物含有培地、または無ウイルス、無薬物培地と置き換えた。３７℃、５％のＣＯ_２で４８時間インキュベートした後、上清を収集した。ウイルスＲＮＡを単離し、ウイルスＭタンパク質に特異的なプライマーを使用して、リアルタイムＰＣＲによってウイルス力価を定量化した。
【０２１５】
インフォールド−２８についてのＩＣ_５０値の最初の評価は、マイクロ中和アッセイ、その後の定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）によって判定した。様々な力価および濃度のウイルス（ＰＲ８）およびインフォールド−２８の混合物を、それぞれ、３５℃で１時間プレインキュベートした後、９６ウェル組織培養プレート中のＭＤＣＫ細胞培養（約１０，０００細胞／ウェル）に施した。さらに４８時間インキュベートした後、培地を各ウェルから収集し、ｑＰＣＲによってウイルス産生量を測定した。インフォールド−２８の中和活性の予備的な指標は、感染を切り抜けた細胞のクリスタルバイオレットを用いた染色によってもたらされ（図２０；染色された細胞は黒色である）、これは、薬物濃度依存性およびウイルス力価依存性阻害を示した。
【０２１６】
三つ組の試料からの培地を合わせ、次いでｑＰＣＲによるウイルス産生量の直接定量化にかけた。ウイルス力価は、内部標準曲線を活用してＰＣＲのＣｔ値から計算し、ＩＣ_５０値は、インフォールド−２８の濃度に対して、計算された力価をプロットすることによって求めた（図２１）。結果は、１１μｇ／ｍｌのインフォールド−２８で、２００ｐｆｕ／ｍｌ（ｍｏｉ＝０．０４）のＰＲ８ウイルス粒子の５０％阻害（ＩＣ_５０）を示した。活性剤について予期されるように、この値はウイルス力価とともに増加した。結果は、インフォールド−２８が強力な阻害剤であり、ＩＣ_５０は、感染の多重度（ｍｏｉ）によって影響されることを示す。
【０２１７】
本発明者らはまた、インフォールド−２８の添加の方法（すなわち、オーバーレイなどにおいて）がどのように阻害に影響したかを調査した。インフォールド−２８のＩＣ_５０は、薬物が感染後に、オーバーレイに添加される場合、約１μｇ／ｍＬ、または約６ｎＭであり、薬物が感染後に、オーバーレイに添加されない場合、約８μｇ／ｍＬまたは約５０ｎＭであると測定された（図２２）。表９からの少なくとも１つの他の試験されたインフォールド剤が匹敵するＩＣ_５０を示した一方で、あまり強力でない活性が、少なくとも１つの他のそのような薬剤で観察された。当業者は、本明細書に提供されたガイダンスにより、過度の実験をすることなく、表９に提供された代表的な薬剤に基づいて、インフォールド剤の調整および最適化が可能になることを理解するであろう。
【０２１８】
（実施例９）
最小阻害活性アッセイ
本発明者らは、インフルエンザＡに対する抗ウイルス剤の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を求めるための方法を利用した。このアッセイにおいて活性であるために、薬剤は、ウイルスに結合し、ウイルスのプラークを形成する能力を中和しなければならない。簡単に言えば、ＰＢＳ中で２倍の増分で連続的に薬剤を希釈し、複数のウェルにわたって濃度勾配を形成する。既知数のウイルス性プラーク形成ユニットを各ウェルに添加し、１時間インキュベートした後、混合物をＭＤＣＫ単層に添加することによってウイルス結合させる。Ａｖｉｃｅｌオーバーレイによりプラーク形成が促進され、プラークを免疫染色によって可視化する。プラーク形成を防止するための薬剤の最低濃度をＭＩＣとして報告する。これらの試験では、Ｈ１Ｎ１菌株ＰＲ８（Ａ／Ｐｕｅｒｔｏ Ｒｉｃｏ／８／３４）を利用した。
【０２１９】
インフォールド−２８を含めて、表９からの代表的なインフォールド剤は、Ｈ１Ｎ１に対するアッセイにおいて活性を示し、具体的には、１２０未満、さらには１５〜約１００、または約１５〜約６０、または約１５〜２０から約６０〜１００の範囲内のＭＩＣを示した。このアッセイにおいて試験したインフォールド剤は、実施した特定の試験において、Ｈ３Ｎ２ウイルスに対して活性を示さなかった。活性がまったく観察されなかった（Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２に対してであっても、または両方に対してであっても）少なくともいくつかの場合では、アッセイにおけるインフォールド剤の安定性の問題となり得る。当業者は、そのような薬剤の安定性に対する改善（例えば、アミノ酸配列もしくは骨格の改変を介した）、薬剤の定常的な、もしくは繰り返しの注入、または薬剤および／もしくはアッセイの条件に対する他の実験による調整により、これまで実施された特定の試験において見られなかった活性を明らかにすることができることを理解するであろう。
【０２２０】
（実施例１０）
インフォールド−２８のペグ化
様々なＰＥＧをインフォールド−２８に付加し、ＭＩＣを求めた。本発明者らは、より大きいＰＥＧ分子（例えば、２０ｋＤ）を用いたペグ化は、ＭＩＣアッセイにおけるインフォールド−２８の性能に負のインパクトを与え、一方、より小さいＰＥＧ分子（例えば、５ｋＤ）は、より良好に耐容性を示すと思われる傾向を観察した。
【０２２１】
均等物
当業者は、通常の実験のみを使用して、本明細書に記載された本発明の具体的な実施形態に対する多くの均等物を認識することになり、またはこれらを確認することができるであろう。本発明の範囲は、上記説明に限定されるものではなく、むしろ以下の特許請求の範囲に示した通りである。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合するインフォールド剤であって、長さが約１０００アミノ酸未満であるポリペプチドを含み、前記ポリペプチドは、前記インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように、選択および配置された相互作用残基に富むアミノ酸の三次折り畳み骨格を有する、インフォールド剤。
【請求項２】
前記同系標的残基が、１８、１９、２０、２１、４１、４５、４９、５２、５３、および５６、ならびにこれらの組合せからなる群から選択される位置でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項３】
前記同系標的残基が、Ｔｒｐ２１、Ｉｌｅ４５、Ａｓｐ１９、Ａｓｎ１９、Ａｌａ１９、Ｈｉｓ１８、Ｇｌｎ１８、Ｌｅｕ１８、Ｉｌｅ１８、Ｖａｌ１８、Ｇｌｙ２０、Ｔｈｒ４１、Ｔｈｒ４９、Ａｓｎ４９、Ｇｌｎ４９、Ｖａｌ５２、Ｌｅｕ５２、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ｉｌｅ５６、およびＶａｌ５６からなる群から選択される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項４】
前記同系標的残基が、１８位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１８位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、およびＶａｌからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項５】
前記同系標的残基が、１８位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１８位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項６】
前記同系標的残基が、１８位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、またはＰｒｏ以外の残基を、前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項７】
前記同系標的残基が、１９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１９位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、およびＧｌｙからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項８】
前記同系標的残基が、１９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの１９位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｃｙｓ、およびＭｅｔからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項９】
前記同系標的残基が、１９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｃｙｓ、またはＭｅｔ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１０】
前記同系標的残基が、２０位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２０位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｓｅｒ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１１】
前記同系標的残基が、２０位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２０位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｔｙｒ、Ｇｌｎ、およびＬｙｓからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１２】
前記同系標的残基が、２０位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｓｅｒ、Ｐｒｏ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ａｒｇ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｔｙｒ、Ｇｌｎ、またはＬｙｓ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１３】
前記同系標的残基が、２１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｔｙｒ、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｃｙｓ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１４】
前記同系標的残基が、２１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの２１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、Ｌｅｕ、およびＡｌａからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１５】
前記同系標的残基が、２１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｔｙｒ、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｃｙｓ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、Ｌｅｕ、またはＡｌａ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１６】
前記同系標的残基が、４１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１７】
前記同系標的残基が、４１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４１位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１８】
前記同系標的残基が、４１位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＰｒｏ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項１９】
前記同系標的残基が、４５位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４５位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、およびＣｙｓからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２０】
前記同系標的残基が、４５位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４５位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、およびＴｈｒからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２１】
前記同系標的残基が、４５位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、またはＴｈｒ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２２】
前記同系標的残基が、４９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４５位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓ、およびＡｒｇからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２３】
前記同系標的残基が、４９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの４９位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｓｅｒ、およびＴｈｒからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２４】
前記同系標的残基が、４９位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ｐｒｏ、またはＴｒｐ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２５】
前記同系標的残基が、５２位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５２位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、およびＴｒｐからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２６】
前記同系標的残基が、５２位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５２位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、およびＡｓｐからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２７】
前記同系標的残基が、５２位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｍｅｔ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｔｈｅ、Ｐｒｏ、Ｈｉｓ、またはＳｅｒ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２８】
前記同系標的残基が、５３位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５３位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、およびＬｙｓからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項２９】
前記同系標的残基が、５３位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５３位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｔｙｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｔｒｐ、およびＰｒｏからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項３０】
前記同系標的残基が、５３位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｔｙｒ、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｔｒｐ、またはＰｒｏ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項３１】
前記同系標的残基が、５６位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５６位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、およびＣｙｓからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項３２】
前記同系標的残基が、５６位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、ＨＡの５６位に対応する標的残基の半径４〜７Åに位置する、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ、Ｔｒｐ、およびＧｌｙからなる群から選択される相互作用残基を前記インフォールド剤が含有するように、前記インフォールド剤が配置および構築される、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項３３】
前記同系標的残基が、５６位でＨＡにおいて見出される残基に対応する少なくとも１つの残基を含む場合、前記インフォールド剤が前記結合部位の近傍にあるときに、半径４〜７Å以内に位置する、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｔｒｐ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｔｒｐ、またはＧｌｙ以外の残基を前記インフォールド剤が含有しない、請求項２に記載のインフォールド剤。
【請求項３４】
ＨＡポリペプチドのＨＡ−１（ストーク）領域およびＨＡ−２（ヘッド）領域の両方におけるアミノ酸を含む前記ＨＡポリペプチド上の部位に結合する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項３５】
前記ＨＡポリペプチドのＨＡ−１（ストーク）領域におけるアミノ酸を含む前記ＨＡポリペプチド上の部位に結合する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項３６】
前記ＨＡポリペプチドのＨＡ−２（ヘッド）領域におけるアミノ酸を含む前記ＨＡポリペプチド上の部位に結合する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項３７】
前記ＨＡポリペプチドの膜近位エピトープ領域（ＭＰＥＲ）領域におけるアミノ酸を含む前記ＨＡポリペプチド上の部位に結合する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項３８】
シアル化グリカンに結合する、請求項３４から３７のいずれか一項に記載のインフォールド剤。
【請求項３９】
前記ＨＡポリペプチドのＭＰＥＲ領域に近位のグリコシル化と無関係に前記ＨＡポリペプチドに結合する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４０】
他の点では同一であるグリコシル化されていないＭＰＥＲ領域に対する前記インフォールド剤の親和性の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、またはそれを上回る親和性で、グリコシル化されたＭＰＥＲ領域に結合する、請求項３９に記載のインフォールド剤。
【請求項４１】
アミノ酸およびグリカンの両方との相互作用を介して前記ＨＡポリペプチドに結合する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４２】
前記ポリペプチドが、インフォールド−１、インフォールド−２、インフォールド−３、インフォールド−４、インフォールド−５、インフォールド−６、インフォールド−７、インフォールド−８、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１３、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１６、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２０、インフォールド−２１、インフォールド−２２、インフォールド−２３、インフォールド−２４、インフォールド−２５、インフォールド−２６、インフォールド−２７、インフォールド−２８、インフォールド−２９、インフォールド−３０、インフォールド−３１、インフォールド−３２、インフォールド−３３、インフォールド−３４、インフォールド−３５、インフォールド−３６、インフォールド−３７、インフォールド−３８、インフォールド−３９、およびインフォールド−４０からなる群から選択されるインフォールド内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４３】
前記ポリペプチドが、インフォールド−１、インフォールド−２、インフォールド−３、インフォールド−４、インフォールド−５、インフォールド−６、インフォールド−７、インフォールド−８、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１３、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１６、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２０、インフォールド−２１、およびインフォールド−２２からなる群から選択されるインフォールド内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４４】
前記ポリペプチドが、インフォールド−２３、インフォールド−２４、インフォールド−２５、インフォールド−２６、インフォールド−２７、インフォールド−２８、インフォールド−２９、インフォールド−３０、インフォールド−３１、インフォールド−３２、インフォールド−３３、インフォールド−３４、インフォールド−３５、インフォールド−３６、インフォールド−３７、インフォールド−３８、インフォールド−３９、またはインフォールド−４０からなる群から選択されるインフォールド内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４５】
前記ポリペプチドが、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２２、インフォールド−２８、およびインフォールド−３４からなる群から選択されるインフォールド内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４６】
前記ポリペプチドが、インフォールド−１、インフォールド−３、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１７、インフォールド−１９、およびインフォールド−２８からなる群から選択されるインフォールド内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４７】
前記ポリペプチドが、インフォールド−３内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４８】
前記ポリペプチドが、インフォールド−２８内に見出されるものを含む、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項４９】
抗体の折り畳み骨格を有する、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項５０】
β−サンドイッチドメインの折り畳み骨格を有する、請求項４９に記載のインフォールド剤。
【請求項５１】
ＨＡポリペプチドおよびＨＡ受容体を含有する系と接触するときに、前記インフォールド剤が、前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体との間の相互作用と競合することを特徴とする、請求項１に記載のインフォールド剤。
【請求項５２】
前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体の間の結合が３分の２以下に低減されるように、前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体との間の相互作用と競合する、請求項５１に記載のインフォールド剤。
【請求項５３】
前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体の間の結合が５分の１以下に低減されるように、前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体との間の相互作用と競合する、請求項５１に記載のインフォールド剤。
【請求項５４】
前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体の間の結合が１０分の１以下に低減されるように、前記ＨＡポリペプチドと前記ＨＡ受容体との間の相互作用と競合する、請求項５１に記載のインフォールド剤。
【請求項５５】
赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合するインフォールド剤であって、長さが約１０００アミノ酸未満であるポリペプチドを含み、前記ポリペプチドは、前記インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富む折り畳み骨格構造を有する、インフォールド剤。
【請求項５６】
インフルエンザ感染症を患っている疑いのある患者に由来する試料を提供する工程と、
赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合するインフォールド剤と前記試料を接触させる工程であって、前記インフォールド剤は、長さが約１０００アミノ酸未満であるポリペプチドを含み、前記ポリペプチドは、前記インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富むアミノ酸の三次折り畳み骨格を有する工程と、
前記インフォールド剤の前記試料中の成分への結合を検出する工程と、
検出された前記結合に基づいて、前記患者を、インフルエンザ感染症を患っていると診断する工程と
を含む方法。
【請求項５７】
前記インフォールド剤が、インフォールド−１、インフォールド−２、インフォールド−３、インフォールド−４、インフォールド−５、インフォールド−６、インフォールド−７、インフォールド−８、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１３、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１６、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２０、インフォールド−２１、インフォールド−２２、インフォールド−２３、インフォールド−２４、インフォールド−２５、インフォールド−２６、インフォールド−２７、インフォールド−２８、インフォールド−２９、インフォールド−３０、インフォールド−３１、インフォールド−３２、インフォールド−３３、インフォールド−３４、インフォールド−３５、インフォールド−３６、インフォールド−３７、インフォールド−３８、インフォールド−３９、およびインフォールド−４０からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項５８】
ＨＡポリペプチドに結合するインフォールド剤を含む医薬組成物であって、前記インフォールド剤は、長さが１０００アミノ酸未満であるポリペプチド配列を含み、前記ポリペプチドは、前記インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富むアミノ酸の三次折り畳み骨格を有する、医薬組成物。
【請求項５９】
前記インフォールド剤が、インフォールド−１、インフォールド−２、インフォールド−３、インフォールド−４、インフォールド−５、インフォールド−６、インフォールド−７、インフォールド−８、インフォールド−９、インフォールド−１０、インフォールド−１１、インフォールド−１２、インフォールド−１３、インフォールド−１４、インフォールド−１５、インフォールド−１６、インフォールド−１７、インフォールド−１８、インフォールド−１９、インフォールド−２０、インフォールド−２１、インフォールド−２２、インフォールド−２３、インフォールド−２４、インフォールド−２５、インフォールド−２６、インフォールド−２７、インフォールド−２８、インフォールド−２９、インフォールド−３０、インフォールド−３１、インフォールド−３２、インフォールド−３３、インフォールド−３４、インフォールド−３５、インフォールド−３６、インフォールド−３７、インフォールド−３８、インフォールド−３９、およびインフォールド−４０からなる群から選択される、請求項２６に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
インフルエンザ感染症にかかりやすい患者に、赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合するインフォールド剤を含む組成物を投与する工程であって、前記インフォールド剤は、長さが約１０００アミノ酸未満であるポリペプチド配列を含み、前記ポリペプチドは、前記インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富むアミノ酸の三次折り畳み骨格を有し、ここで、前記被験体のインフルエンザ感染症を発症するリスクが低減されるように投与する、工程
を含む、方法。
【請求項６１】
前記患者が、トリ、環境、ヒト、およびブタからなる群から選択される感染したもの（ｉｎｆｅｃｔｅｄ）に曝されていたという点で、インフルエンザ感染症にかかりやすい、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
被験体におけるインフルエンザ感染症の治療方法であって、
インフルエンザ感染を患っている患者に、赤血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチドに結合するインフォールド剤を含む医薬組成物を投与する工程であって、前記インフォールド剤は、長さが約１０００アミノ酸未満であるポリペプチド配列を含み、前記ポリペプチドは、前記インフォールド剤が結合部位の近傍にあるときに、個々の相互作用残基が、同系標的残基の予め選択された距離または体積内に位置するように選択および配置された相互作用残基に富むアミノ酸の三次折り畳み骨格を有し、ここで、前記被験体のインフルエンザ感染症が治療されるように投与する、工程
を含む方法。
【請求項６３】
前記医薬組成物が、１つまたは複数の他の医薬品と組み合わせて投与される、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記１つまたは複数の他の医薬品が、抗インフルエンザワクチン、抗ウイルス剤、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生物質、ステロイド剤、抗体、およびシアリダーゼからなる群から選択される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記医薬組成物が、アジュバントと組み合わせて投与される、請求項６２に記載の方法。

【図３】

【図４】

【図６】

【図９】

【図１０】

【図１４Ａ】

【図１４Ｂ】

【図１】

【図２】

【図５】

【図７】

【図８】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【公表番号】特表２０１３−５１８１２１（Ｐ２０１３−５１８１２１Ａ）
【公表日】平成２５年５月２０日（２０１３．５．２０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５５１２９１（Ｐ２０１２−５５１２９１）
【出願日】平成２３年１月２７日（２０１１．１．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２２７７５
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０９４４４５
【国際公開日】平成２３年８月４日（２０１１．８．４）
【出願人】（５９６０６０６９７）マサチューセッツ　インスティテュート　オブ　テクノロジー (233)
【Ｆターム（参考）】