癌の処置および検出において有用な１０９Ｐ１Ｄ４と称される、核酸および対応タンパク質
新規遺伝子１０９Ｐ１Ｄ４およびそのコードタンパク質、ならびにこれらの改変体が、記載され、ここで、１０９Ｐ１Ｄ４は、正常な成人組織中で組織特異的な発現を示し、表Ｉに列挙される癌において異常に発現される。結果として、１０９Ｐ１Ｄ４は、癌に対する、診断標的、予後標的、予防標的および／または治療標的を提供する。１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子またはそのフラグメント、あるいはそのコードタンパク質、またはその改変体、またはそのフラグメントは、体液性免疫応答または細胞性免疫応答を誘発するために使用され得；１０９Ｐ１Ｄ４と反応性である抗体またはＴ細胞は、能動免疫または受動免疫において使用され得る。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）図２のタンパク質の８個、９個、１０個または１１個の連続するアミノ酸のペプチド；
ｂ）表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩのペプチド；
ｃ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶのペプチド；または
ｄ）表ＸＬＶＩ〜ＸＬＩＸのペプチド
を含有する組成物。
【請求項２】
請求項１に記載の組成物であって、免疫応答を誘導する、組成物。
【請求項３】
請求項２に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図２に示すアミノ酸配列全体に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくは９９％相同または同一である、タンパク質。
【請求項４】
請求項２に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図２のタンパク質に特異的に結合する抗体によって結合される、タンパク質。
【請求項５】
請求項２に記載の組成物であって、該組成物は、図２のタンパク質のアミノ酸配列からの細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）ポリペプチドエピトープまたはそのアナログを含有する、組成物。
【請求項６】
請求項５に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープは図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項７】
請求項２に記載の組成物であって、該組成物は、前記ポリペプチドは、図２のタンパク質のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項８】
請求項２に記載の組成物であって、該組成物は、図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープを含有する、組成物。
【請求項９】
請求項８に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープは図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項１０】
請求項８に記載の組成物であって、前記抗体エピトープは、前記ペプチドの末端にまで増加するあらゆる全ての数で図２の少なくとも５個のアミノ酸のペプチド領域を含み、該エピトープは：
ａ）図５の親水性プロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｂ）図６のヒドロパシープロフィールにおいて、０．５未満の値を有するアミノ酸位置；
ｃ）図７の接近可能残基の％プロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｄ）図８の平均可橈性プロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｅ）図９のβターンプロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｆ）ａ）〜ｅ）の少なくとも２つの組み合わせ；
ｇ）ａ）〜ｅ）の少なくとも３つの組み合わせ；
ｈ）ａ）〜ｅ）の少なくとも４つの組み合わせ；または
ｉ）ａ）〜ｅ）の５つの組み合わせ
から選択されるアミノ酸位置を含む、組成物。
【請求項１１】
請求項１に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項１２】
請求項１１に記載のポリヌクレオチドであって、該ヌクレオチドは、図２に示される核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、前記コードされたタンパク質は図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、ポリヌクレオチド。
【請求項１４】
組成物であって、該組成物は、請求項１１に記載のポリヌクレオチドに対して完全に相補的であるポリヌクレオチドを含有する、組成物。
【請求項１５】
１０９Ｐ１Ｄ４ ｓｉＲＮＡ組成物であって、該組成物は、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の核酸ＯＲＦ配列またはその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含有し；該部分配列は、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個または２５個の長さの連続したＲＮＡヌクレオチドであり、そして、該ｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物。
【請求項１６】
請求項１３に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、請求項１に記載のさらなるペプチドをコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１７】
図２のタンパク質に対する哺乳動物の免疫応答を生じる方法であって、該方法は：
哺乳動物の免疫系細胞を
ａ）１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質および／または
ｂ）該タンパク質をコードするヌクレオチド配列
の一部に曝す工程であって、それにより、該タンパク質に対する免疫応答が生じる、工程を包含する、方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の免疫応答を生じる方法であって、該方法は：
少なくとも１つのＴ細胞エピトープまたは少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質を提供する工程；および
該エピトープを、それぞれ、哺乳動物免疫系のＴ細胞またはＢ細胞と接触させて、それにより、該Ｔ細胞またはＢ細胞を活性化する工程
を包含する、方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、Ｂ細胞であり、それにより、前記活性化されたＢ細胞は、前記１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生する、方法。
【請求項２０】
請求項１８に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、それにより、前記活性化されたＣＴＬは、前記１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質を発現する自己の細胞を殺傷する、方法。
【請求項２１】
請求項１８に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、それにより、前記活性化されたＨＴＬは、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞傷害活性またはＢ細胞の抗体産生活性を上昇するサイトカインを分泌する、方法。
【請求項２２】
サンプル中で、図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡの存在を検出する方法であって、該方法は：
該サンプルを、少なくとも１つの１０９Ｐ１Ｄ４ ｃＤＮＡプライマーを用いて逆転写に供し、それにより、ｍＲＮＡが該サンプル中に存在する場合に、ｃＤＮＡが生成される、工程；
センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして１０９Ｐ１Ｄ４ポリヌクレオチドを用いて、そのように生成されたｃＤＮＡを増幅する工程；および
該増幅された１０９Ｐ１Ｄ４ ｃＤＮＡの存在を検出する工程
を包含し、
ここで、増幅された１０９Ｐ１Ｄ４ ｃＤＮＡの存在は、図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡが、該サンプル中に存在することを示す、方法。
【請求項２３】
サンプル中で、１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質または１０９Ｐ１Ｄ４関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は：
該サンプルと、それぞれ、該１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質または該１０９Ｐ１Ｄ４関連ポリヌクレオチドに特異的に結合する物質とを接触させて、複合体を形成する工程；および
該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２４】
サンプル中で１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質の存在を検出するための請求項２３に記載の方法であって、該方法は：
該サンプルと、抗体またはそのフラグメントとを接触させ、該抗体またはそのフラグメントのいずれかは、該１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質に特異的に結合し、そしてそのように結合すると、従って、複合体を形成する、工程；および
該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２５】
生物学的サンプル中で、１つ以上の１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子産物をモニタリングするための請求項２３に記載の方法であって、該方法は：
個体からの組織サンプル中の細胞によって発現される、１つ以上の１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子産物の状態を決定する工程；
そのように決定された状態を、対応する正常サンプル中の１つ以上の１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子産物の状態と比較する工程；および
該正常サンプルと比較して、該組織サンプル中の１０９Ｐ１Ｄ４の異常な発現状態の存在を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、該方法は、１０９Ｐ１Ｄ４ ｍＲＮＡまたは１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の１つ以上の増加した遺伝子産物が存在するか否かを決定し、それにより、前記正常サンプルと比較して、前記試験サンプル中の１つ以上の増加した遺伝子産物の存在は、癌の存在または状態を示す、工程をさらに包含する、方法。
【請求項２７】
請求項２６に記載の方法であって、ここで、前記組織は、表Ｉに記載される組織から選択される、方法。
【請求項２８】
図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する組成物であって、該組成物は：
ａ）図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する物質、または
ｂ）図２のタンパク質によって制御または生成される分子
を含有する、組成物。
【請求項２９】
請求項２８に記載の１０９Ｐ１Ｄ４ ｓｉＲＮＡ組成物であって、該組成物は、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の核酸ＯＲＦ配列またはその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含有し；ここで、該部分配列は、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個または２５個の長さの連続するＲＮＡヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該ｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的である配列を含む、組成物。
【請求項３０】
請求項２８に記載の組成物であって、該組成物は、生理学的に受容可能なキャリアをさらに含有する、組成物。
【請求項３１】
ヒト単位用量形態で請求項２８に記載の組成物を含有する、薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は、図２のタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含有する、組成物。
【請求項３３】
請求項３２に記載の抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル抗体またはそのフラグメントである、抗体またはそのフラグメント。
【請求項３４】
請求項３２に記載の抗体であって、該抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、抗体。
【請求項３５】
請求項３２に記載の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項３６】
請求項３３に記載の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項３７】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の前記バイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を低下または阻害する、組成物。
【請求項３８】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の前記バイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を上昇または促進する、組成物。
【請求項３９】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は：
ａ）抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント；
ｂ）抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、ポリヌクレオチド；
ｃ）１０９Ｐ１Ｄ４コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、または該リボザイムをコードする核酸分子；および生理学的に受容可能なキャリア；ならびに
ｄ）ヒトＴ細胞であって、該Ｔ細胞は、特定のＨＬＡ分子に関して、１０９Ｐ１Ｄ４ペプチド部分配列を特異的に認識する、Ｔ細胞；
ｅ）図２のタンパク質、または図２のタンパク質のフラグメント；
ｆ）図２のタンパク質をコードするヌクレオチドまたは図２のタンパク質のフラグメントをコードするヌクレオチド；
ｇ）図２のタンパク質の８個、９個、１０個または１１個の連続するアミノ酸のペプチド；
ｈ）表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩのペプチド；
ｉ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶのペプチド；
ｊ）表ＸＬＶＩ〜ＸＬＩＸのペプチド；
ｋ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープ；
ｌ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープをコードするポリヌクレオチド；または
ｍ）１０９Ｐ１Ｄ４ ｓｉＲＮＡ組成物であって、該組成物は、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の核酸ＯＲＦ配列またはその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含有する組成物であって、該部分配列は、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個または２５個の長さの連続するＲＮＡヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該ｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物
を含む群より選択される、組成物。
【請求項４０】
図２のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を阻害する方法であって、該方法は：
該細胞に請求項２８に記載の組成物を投与し、それにより、該細胞のバイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を阻害する工程
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、抗体またはそのフラグメントを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質に特異的に結合する、方法。
【請求項４２】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、
（ｉ）１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質または
（ｉｉ）１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、または１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質のコード配列に対して相補的なポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド
を含有する、方法。
【請求項４３】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含有する、方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、前記癌細胞に対するヒトＴ細胞を含有し、該Ｔ細胞は、図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、そのとき、該部分配列は、特定のＨＬＡ分子に関する、方法。
【請求項４５】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを含有し、それによって、該コード単鎖抗体は、図２のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、方法。
【請求項４６】
図２のタンパク質を発現する細胞に薬剤を送達する方法であって、該方法は：
請求項３２に記載の抗体またはそのフラグメントに結合された該薬剤を提供する工程；および
該抗体−薬剤結合体またはフラグメント−薬剤結合体を該細胞に曝露する工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
図２のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖状態または生殖状態を阻害する方法であって、該方法は：
請求項２８に記載の化合物を該細胞に投与する工程であって、それにより、該細胞の該バイアビリティ、増殖状態または生殖状態を阻害する、工程
を包含する、方法。
【請求項４８】
表Ｉに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に標的化する方法であって、該方法は：
被験体からのサンプルにおいて表Ｉに列挙される組織の癌と関連するポリヌクレオチドの発現の存在または非存在を検出する工程であって、該ポリヌクレオチドの発現は、以下：
（ａ）図２のヌクレオチド配列；
（ｂ）図２のヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）図２のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
からなる群より選択される、工程；
該サンプルにおける該ポリヌクレオチドの発現の存在または非存在に基づいて、表Ｉに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に向ける工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法であって、前記情報は、検出手順または表Ｉに列挙される組織の癌のための処置の説明を含む、方法。
【請求項５０】
細胞増殖を調節する候補分子を同定するための方法であって、該方法は：
（ａ）以下：
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列
（ｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；および
（ｉｖ）（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程；または
（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程；ならびに
（ｂ）該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程
を包含し、
それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、細胞増殖を調節する候補分子として該試験分子を同定する、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記系は、動物である、方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の方法であって、前記系は、細胞である、方法。
【請求項５３】
請求項５０に記載の方法であって、前記試験分子は、（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされたタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。
【請求項５４】
被験体における表Ｉに列挙される組織の癌を処置するための方法であって、該方法は、その処置を必要としている被験体に、請求項５０に記載の方法によって同定された候補分子を投与する工程を包含し、それによって、該候補分子は、該被験体における表Ｉに列挙される組織の癌を処置する、方法。
【請求項５５】
表Ｉに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は：
（ａ）以下：
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列
（ｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；および
（ｉｖ）（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程；または
（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程；ならびに
（ｂ）該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程
を包含し、
それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、表Ｉに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤として該試験分子を同定する、方法。
【請求項５６】
請求項５５に記載の方法であって、前記系は、動物である、方法。
【請求項５７】
請求項５５に記載の方法であって、前記系は、細胞である、方法。
【請求項５８】
請求項５５に記載の方法であって、前記試験分子は、（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。
【請求項１】
ａ）図２のタンパク質の８個、９個、１０個または１１個の連続するアミノ酸のペプチド；
ｂ）表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩのペプチド；
ｃ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶのペプチド；または
ｄ）表ＸＬＶＩ〜ＸＬＩＸのペプチド
を含有する組成物。
【請求項２】
請求項１に記載の組成物であって、免疫応答を誘導する、組成物。
【請求項３】
請求項２に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図２に示すアミノ酸配列全体に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくは９９％相同または同一である、タンパク質。
【請求項４】
請求項２に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図２のタンパク質に特異的に結合する抗体によって結合される、タンパク質。
【請求項５】
請求項２に記載の組成物であって、該組成物は、図２のタンパク質のアミノ酸配列からの細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）ポリペプチドエピトープまたはそのアナログを含有する、組成物。
【請求項６】
請求項５に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープは図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項７】
請求項２に記載の組成物であって、該組成物は、前記ポリペプチドは、図２のタンパク質のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項８】
請求項２に記載の組成物であって、該組成物は、図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープを含有する、組成物。
【請求項９】
請求項８に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープは図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項１０】
請求項８に記載の組成物であって、前記抗体エピトープは、前記ペプチドの末端にまで増加するあらゆる全ての数で図２の少なくとも５個のアミノ酸のペプチド領域を含み、該エピトープは：
ａ）図５の親水性プロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｂ）図６のヒドロパシープロフィールにおいて、０．５未満の値を有するアミノ酸位置；
ｃ）図７の接近可能残基の％プロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｄ）図８の平均可橈性プロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｅ）図９のβターンプロフィールにおいて、０．５超の値を有するアミノ酸位置；
ｆ）ａ）〜ｅ）の少なくとも２つの組み合わせ；
ｇ）ａ）〜ｅ）の少なくとも３つの組み合わせ；
ｈ）ａ）〜ｅ）の少なくとも４つの組み合わせ；または
ｉ）ａ）〜ｅ）の５つの組み合わせ
から選択されるアミノ酸位置を含む、組成物。
【請求項１１】
請求項１に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項１２】
請求項１１に記載のポリヌクレオチドであって、該ヌクレオチドは、図２に示される核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、前記コードされたタンパク質は図２のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、ポリヌクレオチド。
【請求項１４】
組成物であって、該組成物は、請求項１１に記載のポリヌクレオチドに対して完全に相補的であるポリヌクレオチドを含有する、組成物。
【請求項１５】
１０９Ｐ１Ｄ４ ｓｉＲＮＡ組成物であって、該組成物は、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の核酸ＯＲＦ配列またはその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含有し；該部分配列は、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個または２５個の長さの連続したＲＮＡヌクレオチドであり、そして、該ｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物。
【請求項１６】
請求項１３に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、請求項１に記載のさらなるペプチドをコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１７】
図２のタンパク質に対する哺乳動物の免疫応答を生じる方法であって、該方法は：
哺乳動物の免疫系細胞を
ａ）１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質および／または
ｂ）該タンパク質をコードするヌクレオチド配列
の一部に曝す工程であって、それにより、該タンパク質に対する免疫応答が生じる、工程を包含する、方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の免疫応答を生じる方法であって、該方法は：
少なくとも１つのＴ細胞エピトープまたは少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質を提供する工程；および
該エピトープを、それぞれ、哺乳動物免疫系のＴ細胞またはＢ細胞と接触させて、それにより、該Ｔ細胞またはＢ細胞を活性化する工程
を包含する、方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、Ｂ細胞であり、それにより、前記活性化されたＢ細胞は、前記１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生する、方法。
【請求項２０】
請求項１８に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、それにより、前記活性化されたＣＴＬは、前記１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質を発現する自己の細胞を殺傷する、方法。
【請求項２１】
請求項１８に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、それにより、前記活性化されたＨＴＬは、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞傷害活性またはＢ細胞の抗体産生活性を上昇するサイトカインを分泌する、方法。
【請求項２２】
サンプル中で、図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡの存在を検出する方法であって、該方法は：
該サンプルを、少なくとも１つの１０９Ｐ１Ｄ４ ｃＤＮＡプライマーを用いて逆転写に供し、それにより、ｍＲＮＡが該サンプル中に存在する場合に、ｃＤＮＡが生成される、工程；
センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして１０９Ｐ１Ｄ４ポリヌクレオチドを用いて、そのように生成されたｃＤＮＡを増幅する工程；および
該増幅された１０９Ｐ１Ｄ４ ｃＤＮＡの存在を検出する工程
を包含し、
ここで、増幅された１０９Ｐ１Ｄ４ ｃＤＮＡの存在は、図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡが、該サンプル中に存在することを示す、方法。
【請求項２３】
サンプル中で、１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質または１０９Ｐ１Ｄ４関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は：
該サンプルと、それぞれ、該１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質または該１０９Ｐ１Ｄ４関連ポリヌクレオチドに特異的に結合する物質とを接触させて、複合体を形成する工程；および
該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２４】
サンプル中で１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質の存在を検出するための請求項２３に記載の方法であって、該方法は：
該サンプルと、抗体またはそのフラグメントとを接触させ、該抗体またはそのフラグメントのいずれかは、該１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質に特異的に結合し、そしてそのように結合すると、従って、複合体を形成する、工程；および
該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２５】
生物学的サンプル中で、１つ以上の１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子産物をモニタリングするための請求項２３に記載の方法であって、該方法は：
個体からの組織サンプル中の細胞によって発現される、１つ以上の１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子産物の状態を決定する工程；
そのように決定された状態を、対応する正常サンプル中の１つ以上の１０９Ｐ１Ｄ４遺伝子産物の状態と比較する工程；および
該正常サンプルと比較して、該組織サンプル中の１０９Ｐ１Ｄ４の異常な発現状態の存在を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、該方法は、１０９Ｐ１Ｄ４ ｍＲＮＡまたは１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の１つ以上の増加した遺伝子産物が存在するか否かを決定し、それにより、前記正常サンプルと比較して、前記試験サンプル中の１つ以上の増加した遺伝子産物の存在は、癌の存在または状態を示す、工程をさらに包含する、方法。
【請求項２７】
請求項２６に記載の方法であって、ここで、前記組織は、表Ｉに記載される組織から選択される、方法。
【請求項２８】
図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する組成物であって、該組成物は：
ａ）図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する物質、または
ｂ）図２のタンパク質によって制御または生成される分子
を含有する、組成物。
【請求項２９】
請求項２８に記載の１０９Ｐ１Ｄ４ ｓｉＲＮＡ組成物であって、該組成物は、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の核酸ＯＲＦ配列またはその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含有し；ここで、該部分配列は、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個または２５個の長さの連続するＲＮＡヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該ｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的である配列を含む、組成物。
【請求項３０】
請求項２８に記載の組成物であって、該組成物は、生理学的に受容可能なキャリアをさらに含有する、組成物。
【請求項３１】
ヒト単位用量形態で請求項２８に記載の組成物を含有する、薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は、図２のタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含有する、組成物。
【請求項３３】
請求項３２に記載の抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントは、モノクローナル抗体またはそのフラグメントである、抗体またはそのフラグメント。
【請求項３４】
請求項３２に記載の抗体であって、該抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、抗体。
【請求項３５】
請求項３２に記載の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項３６】
請求項３３に記載の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項３７】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の前記バイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を低下または阻害する、組成物。
【請求項３８】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の前記バイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を上昇または促進する、組成物。
【請求項３９】
請求項２８に記載の組成物であって、前記物質は：
ａ）抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント；
ｂ）抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、ポリヌクレオチド；
ｃ）１０９Ｐ１Ｄ４コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、または該リボザイムをコードする核酸分子；および生理学的に受容可能なキャリア；ならびに
ｄ）ヒトＴ細胞であって、該Ｔ細胞は、特定のＨＬＡ分子に関して、１０９Ｐ１Ｄ４ペプチド部分配列を特異的に認識する、Ｔ細胞；
ｅ）図２のタンパク質、または図２のタンパク質のフラグメント；
ｆ）図２のタンパク質をコードするヌクレオチドまたは図２のタンパク質のフラグメントをコードするヌクレオチド；
ｇ）図２のタンパク質の８個、９個、１０個または１１個の連続するアミノ酸のペプチド；
ｈ）表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩのペプチド；
ｉ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶのペプチド；
ｊ）表ＸＬＶＩ〜ＸＬＩＸのペプチド；
ｋ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープ；
ｌ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープをコードするポリヌクレオチド；または
ｍ）１０９Ｐ１Ｄ４ ｓｉＲＮＡ組成物であって、該組成物は、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の核酸ＯＲＦ配列またはその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含有する組成物であって、該部分配列は、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個または２５個の長さの連続するＲＮＡヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該ｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物
を含む群より選択される、組成物。
【請求項４０】
図２のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を阻害する方法であって、該方法は：
該細胞に請求項２８に記載の組成物を投与し、それにより、該細胞のバイアビリティ、増殖状態もしくは生殖状態を阻害する工程
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、抗体またはそのフラグメントを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれもが、１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質に特異的に結合する、方法。
【請求項４２】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、
（ｉ）１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質または
（ｉｉ）１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、または１０９Ｐ１Ｄ４関連タンパク質のコード配列に対して相補的なポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド
を含有する、方法。
【請求項４３】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含有する、方法。
【請求項４４】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、前記癌細胞に対するヒトＴ細胞を含有し、該Ｔ細胞は、図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、そのとき、該部分配列は、特定のＨＬＡ分子に関する、方法。
【請求項４５】
請求項４０に記載の方法であって、前記組成物は、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを含有し、それによって、該コード単鎖抗体は、図２のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、方法。
【請求項４６】
図２のタンパク質を発現する細胞に薬剤を送達する方法であって、該方法は：
請求項３２に記載の抗体またはそのフラグメントに結合された該薬剤を提供する工程；および
該抗体−薬剤結合体またはフラグメント−薬剤結合体を該細胞に曝露する工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
図２のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖状態または生殖状態を阻害する方法であって、該方法は：
請求項２８に記載の化合物を該細胞に投与する工程であって、それにより、該細胞の該バイアビリティ、増殖状態または生殖状態を阻害する、工程
を包含する、方法。
【請求項４８】
表Ｉに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に標的化する方法であって、該方法は：
被験体からのサンプルにおいて表Ｉに列挙される組織の癌と関連するポリヌクレオチドの発現の存在または非存在を検出する工程であって、該ポリヌクレオチドの発現は、以下：
（ａ）図２のヌクレオチド配列；
（ｂ）図２のヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）図２のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
からなる群より選択される、工程；
該サンプルにおける該ポリヌクレオチドの発現の存在または非存在に基づいて、表Ｉに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に向ける工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法であって、前記情報は、検出手順または表Ｉに列挙される組織の癌のための処置の説明を含む、方法。
【請求項５０】
細胞増殖を調節する候補分子を同定するための方法であって、該方法は：
（ａ）以下：
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列
（ｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；および
（ｉｖ）（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程；または
（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程；ならびに
（ｂ）該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程
を包含し、
それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、細胞増殖を調節する候補分子として該試験分子を同定する、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記系は、動物である、方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の方法であって、前記系は、細胞である、方法。
【請求項５３】
請求項５０に記載の方法であって、前記試験分子は、（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされたタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。
【請求項５４】
被験体における表Ｉに列挙される組織の癌を処置するための方法であって、該方法は、その処置を必要としている被験体に、請求項５０に記載の方法によって同定された候補分子を投与する工程を包含し、それによって、該候補分子は、該被験体における表Ｉに列挙される組織の癌を処置する、方法。
【請求項５５】
表Ｉに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は：
（ａ）以下：
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列
（ｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に記載のアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；および
（ｉｖ）（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程；または
（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程；ならびに
（ｂ）該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程
を包含し、
それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、表Ｉに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤として該試験分子を同定する、方法。
【請求項５６】
請求項５５に記載の方法であって、前記系は、動物である、方法。
【請求項５７】
請求項５５に記載の方法であって、前記系は、細胞である、方法。
【請求項５８】
請求項５５に記載の方法であって、前記試験分子は、（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図１０】
【図１１】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２】
【図３】
【図４】
【図１０】
【図１１】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【公表番号】特表２００７−５２５１８３（Ｐ２００７−５２５１８３Ａ）
【公表日】平成１９年９月６日（２００７．９．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１４２０６（Ｐ２００６−５１４２０６）
【出願日】平成１６年４月３０日（２００４．４．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１３５６８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０９８５１５
【国際公開日】平成１６年１１月１８日（２００４．１１．１８）
【出願人】（５０１３９８０６４）アジェンシス， インコーポレイテッド (13)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年９月６日（２００７．９．６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年４月３０日（２００４．４．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１３５６８
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０９８５１５
【国際公開日】平成１６年１１月１８日（２００４．１１．１８）
【出願人】（５０１３９８０６４）アジェンシス， インコーポレイテッド (13)
【Ｆターム（参考）】
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