スタチンおよびスタチン中間体の合成のための酵素化学的方法
本発明は、新規なアルドラーゼ、前記をコードする核酸、並びに前記の製造および使用方法（β,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖を製造する酵素化学的プロセスを含む）、並びにこれら側鎖、例えば[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトルバスタチン、LIPITOR（登録商標））、ロスバスタチン（CRESTOR（登録商標））、フルバスタチン（fluvastatin）（LESCOL（登録商標））、関連化合物および前記の中間体を含む組成物を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21と、少なくとも約100残基にわたって少なくとも50％配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、アルドラーゼ活性を有する少なくとも一つのポリペプチドをコードしており、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムまたは目視精査によって決定される、前記核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％または64％である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が、配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21に対する、少なくとも約65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれ以上、または100％の配列同一性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の全長にわたる配列同一性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項５】
請求項１記載の単離または組換え核酸であって、前記核酸の配列が配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21に記載の配列を含む、前記単離または組換え核酸。
【請求項６】
配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22に記載の配列を有するポリペプチドをコードする、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムがBLAST Ver.2.2.2アルゴリズムであって、フィルタリングがblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のオプションが規定値に設定されている前記アルゴリズムである、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項８】
アルドラーゼ活性が炭素-炭素結合形成の触媒作用を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項９】
アルドラーゼ活性がアルドール縮合を含む、請求項８記載の単離または組換え核酸。
【請求項１０】
アルドール縮合がアセトアルデヒドを含むアルドール供与基質とアルデヒドを含むアルドール受容基質を含む、請求項９記載の単離または組換え核酸。
【請求項１１】
アルドール縮合が単一キラリティーの生成物を生じさせる、請求項９記載の単離または組換え核酸。
【請求項１２】
アルドラーゼ活性がエナンチオ選択性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１３】
アルドラーゼ活性が2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１４】
アルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2(R)-ヒドロキシ-3-(ヒドロキシまたはメルカプト)-プロピオンアルデヒド誘導体との縮合により2-デオキシ糖を生成する触媒作用を含む、請求項13記載の単離または組換え核酸。
【請求項１５】
アルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2-置換アセトアルデヒド受容体との縮合により4-置換-3-ヒドロキシブタナール中間体を経て2,4,6-トリデオキシヘキソースを生じさせる触媒作用を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１６】
アルドラーゼ活性が、基質として２つのアセトアルデヒドを用いてキラルアルデヒドを生じさせる触媒作用を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１７】
アルドラーゼ活性がキラルβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１８】
アルドラーゼ活性が[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトロバスタチン、あるいはLIPITORTM）、ロスバスタチン（CRESTORTM）またはフルバスタチン（LESCOLTM）の核のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１９】
アルドラーゼ活性が、酸化段階と共に3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンの合成活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２０】
アルドラーゼ活性が熱安定性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、約70℃〜約95℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項２０記載の単離または組換え核酸。
【請求項２２】
アルドラーゼ活性が熱耐性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃より高い温度、約55℃〜約85℃より高い温度、または約70℃〜75℃の温度、または約90℃〜約95℃よりも高い温度への曝露後にアルドラーゼ活性を維持する、請求項２２記載の単離または組換え核酸。
【請求項２４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸。
【請求項２５】
核酸が少なくとも長さ約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより多い、または遺伝子若しくは転写物の完全長である、請求項２４記載の単離または組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項２４記載の単離または組換え核酸。
【請求項２７】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105を含む配列の少なくとも10の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションによってアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸核酸を特定する、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブ。
【請求項２８】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２７記載の核酸プローブ。
【請求項２９】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を特定するための核酸プローブであって、前記プローブが、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105の少なくとも約10の連続する塩基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムによる分析または目視精査によって決定される前記核酸プローブ。
【請求項３０】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２９記載の核酸プローブ。
【請求項３１】
請求項１または２４記載の配列を含む核酸またはその部分配列を増幅するこのとできる、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対の構成プライマーが約10〜50の連続する塩基、または、約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25の連続する塩基、を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２９記載の増幅プライマー対。
【請求項３３】
増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第一のメンバー、および前記第一のメンバーの相補鎖の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む前記増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項３３記載の増幅プライマー対を用いたポリヌクレオチドの増幅によって生成される、アルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による、請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３６】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３８】
請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸によってコードされる、単離または組換えアルドラーゼ。
【請求項３９】
鋳型核酸を請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列またはその部分配列を増幅することのできる増幅配列対で増幅することを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項４０】
請求項３３記載の増幅プライマー対で核酸を増幅すること、および、前記増幅された核酸を発現させることを含む、アルドラーゼの製造方法。
【請求項４１】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項４２】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項４３】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項４４】
ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含む、請求項４３記載のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-誘導体ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項４３記載のクローニングビヒクル。
【請求項４６】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項４７】
請求項４１記載の発現カセットを含む形質転換細胞。
【請求項４８】
バクテリア細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞である、請求項４７記載の形質転換細胞。
【請求項４９】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項５０】
マウスである、請求項４９記載の非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項５１】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項５２】
トウモロコシ、ソルガム、ポテト、トマト、小麦、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、コメ、オオムギ、草本、ワタ、ヤシ、ゴマ、ラッカセイ、ヒマワリまたはタバコである、請求項５１記載のトランスジェニック植物。
【請求項５３】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項５４】
種子が、トウモロコシ種子、小麦核、脂肪種子、ナタネ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、ラッカセイ、ワタ種子、タバコ種子である、請求項５３記載のトランスジェニック種子。
【請求項５５】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80または約60〜100塩基長である、請求項５５記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５７】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に導入するまたは細胞中で発現させることを含む、細胞中のアルドラーゼメッセンジャーの翻訳を阻害する方法。
【請求項５８】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項５９】
約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオチド長またはそれより長い、請求項５８記載の二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項６０】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子を細胞に投与するまたは細胞内で発現させることを含む、細胞におけるアルドラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項６１】
（i）配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20または配列番号22に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有するか単離または組換えポリペプチド（前記配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）；または、
（ii）配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19または配列番号21に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する核酸によってコードされるか（前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）、または配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19または配列番号21に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離または組換えポリペプチド。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性である請求項61に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６３】
配列同一性が、少なくとも酵素の約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050またはそれより長い残基領域、または酵素の全長にわたる、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６４】
配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２記載の配列を有する、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６５】
アルドラーゼ活性を有する、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６６】
アルドラーゼ活性が炭素-炭素結合形成の触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６７】
アルドラーゼ活性がアルドール縮合活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６８】
アルドール縮合がアセトアルデヒドを含むアルドール供与基質とアルデヒドを含むアルドール受容基質を含む、請求項６７記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６９】
アルドール縮合が単一キラリティーの生成物を生じさせる、請求項６７記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７０】
アルドラーゼ活性がエナンチオ選択性である、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７１】
アルドラーゼ活性が2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性を含む、請求項６５記載の、単離または組換えポリペプチド。
【請求項７２】
2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性が、アセトアルデヒドとD-グリセルアルデヒド-3-リン酸との可逆的アルドール反応を触媒してD-2-デオキシリボース-5-リン酸を生成させる活性を含む、請求項７１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７３】
ルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2(R)-ヒドロキシ-3-(ヒドロキシまたはメルカプト)-プロピオンアルデヒド誘導体との縮合により2-デオキシ糖を生成する触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７４】
アルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2-置換アセトアルデヒド受容体との縮合により4-置換-3-ヒドロキシブタナール中間体を経て2,4,6-トリデオキシヘキソースを生じさせる触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７５】
アルドラーゼ活性が、基質として２つのアセトアルデヒドを用いてキラルアルデヒドを生じさせる触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７６】
アルドラーゼ活性がキラルβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７７】
アルドラーゼ活性が[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトロバスタチン、あるいはLIPITORTM）、ロスバスタチン（CRESTORTM）またはフルバスタチン（LESCOLTM）の核のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７８】
アルドラーゼ活性が、酸化段階と共に3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンの合成活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７９】
アルドラーゼ活性が熱安定性である、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８０】
ポリペプチドが約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、約70℃〜約95℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項７９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８１】
アルドラーゼ活性が熱耐性である、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８２】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃より高い温度、約55℃〜約85℃より高い温度、約70℃〜75℃の温度、または約90℃〜約95℃よりも高い温度への曝露後にアルドラーゼ活性を維持する、請求項８１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８３】
請求項６１記載のポリペプチドを含みシグナル配列を欠く単離または組換えポリペプチド。
【請求項８４】
請求項６１記載のポリペプチドを含み異種シグナル配列を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項８５】
アルドラーゼ活性が約37℃にて、タンパク質１mgあたり約100〜約1000ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜約750ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜約1200ユニット、またはタンパク質１mgあたり約750〜約1000ユニットの比活性を含む請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８６】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃におけるアルドラーゼの比活性の少なくとも半分の活性を維持することを含む、請求項８１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８７】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃においてタンパク質１mgあたり約500〜約1200ユニットの比活性を維持することを含む、請求項８１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８８】
少なくとも一つのグリコシル化部位を含む、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８９】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項８８記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９０】
P.パストリスまたはS.ポンベで発現させるとグリコシル化される、請求項８９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９１】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5またはpH4.0を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９２】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10またはpH10.5を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９３】
液体、固体、またはゲルを含む、請求項６１記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項９４】
請求項６１記載のポリペプチドおよび第２のドメインを含むヘテロ二量体。
【請求項９５】
第２のドメインがポリペプチドであり、ヘテロ二量体が融合タンパク質である、請求項９４記載のヘテロ二量体。
【請求項９６】
第２のドメインがエピトープまたはタグである、請求項９４記載のヘテロ二量体。
【請求項９７】
請求項６１記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項９８】
請求項６１記載のポリペプチドまたはその部分配列を含む、固定化ポリペプチド。
【請求項９９】
ポリペプチドが細胞上、金属上、樹脂上、ポリマー上、セラミック上、ガラス上、微小電極上、グラファイト粒子上、ビーズ上、ゲル上、プレート上、アレイ上、またはキャピラリー管上に固定化されている、請求項９８記載の固定化ポリペプチド。
【請求項１００】
固定化された請求項６１記載のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項１０１】
固定化された請求項１または請求項２４記載の核酸を含むアレイ。
【請求項１０２】
請求項６１記載のポリペプチドに特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項１０３】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項１０２記載の単離または組換え抗体。
【請求項１０４】
請求項６１記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１０５】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法：
（ａ）請求項１０２記載の抗体を提供する工程；
（ｂ）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）のサンプルを工程（ａ）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドへ特異的に結合することのできる条件下で接触させ、それによりアルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項１０６】
請求項１または請求項２４記載の核酸またはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗アルドラーゼ抗体を生じさせることを含む、抗アルドラーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０７】
請求項６１記載のポリペプチドまたはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗アルドラーゼ抗体を生じさせることを含む、抗アルドラーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０８】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に連結した核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１または２４記載の配列を含む核酸である、前記工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸を、ポリペプチドの発現が可能な条件下で発現させ、組換えポリペプチドを生成させる工程。
【請求項１０９】
更に、工程（ａ）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（ａ）の核酸を発現させ、それにより形質転換細胞において組換えポリペプチドを生成させることを含む、請求項１０８記載の方法。
【請求項１１０】
（ａ）請求項６５記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）アルドラーゼ基質を提供する工程；および
（ｃ）前記ポリペプチドを工程（ｂ）の基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、基質の量の減少または反応生成物の増加によりアルドラーゼ活性を有するポリペプチドを検出することを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法。
【請求項１１１】
（ａ）請求項６５記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験基質を提供する工程；および
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、前記基質の量が減少または前記反応生成物が増加すれば前記試験基質をアルドラーゼ基質として同定することを含む、アルドラーゼ基質を同定する方法。
【請求項１１２】
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を有する核酸または前記核酸を含むベクターを、前記核酸がポリペプチドに翻訳され得る条件下で発現させる工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１３】
（ａ）請求項６１記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１４】
（ａ）請求項６５記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験化合物に接触させ、アルドラーゼ活性を測定する工程、
を含み、前記試験化合物の非存在下で測定されるアルドラーゼ活性に比較した前記試験化合物の存在下で測定されるアルドラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がアルドラーゼ活性を調節すると決定する、アルドラーゼ活性の調節因子を同定する方法。
【請求項１１５】
アルドラーゼ活性が、アルドラーゼ基質を提供すること、および基質の量の減少若しくは反応生成物の量の増加を検出する、または、基質の量の増加若しくは反応生成物の量の減少を検出すること、によって測定される、請求項１１４記載の方法。
【請求項１１６】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が減少若しくは反応生成物の量が増加すれば、前記試験化合物をアルドラーゼ活性の活性化因子であると同定する、請求項１１５記載の方法。
【請求項１１７】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が増加若しくは反応生成物の量が減少すれば、前記試験化合物をアルドラーゼ活性の阻害因子であると同定する、請求項１１５記載の方法。
【請求項１１８】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列または核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列は請求項６１記載の配列または請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピューターシステム。
【請求項１１９】
更に、配列比較アルゴリズムおよび少なくとも一つの参照配列が保存されたデータ保存装置を含む、請求項１１８記載のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項１１９記載のコンピュータシステム。
【請求項１２１】
配列の１以上の特徴を特定するアイデンティファイアーを更に含む請求項１１９記載のコンピュータシステム。
【請求項１２２】
ポリペプチド配列または核酸配列が保存されたコンピュータ読取り可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読取り可能媒体。
【請求項１２３】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（ａ）配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読む工程であって、前記配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の１以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２４】
以下の工程を含む、第１の配列と第２の配列とを比較する方法；
（ａ）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第１の配列及び第２の配列を読む工程であって、前記第１の配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記第１の配列と前記第２の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項１２５】
第１の配列と第２の配列間の相違を決定する工程が、更に多型性を同定する工程を含む、請求項１２４記載の方法。
【請求項１２６】
配列中の１以上の特徴を特定するアイデンティファイアーを更に含む、請求項１２４記載の方法。
【請求項１２７】
コンピュータプログラムを用いて第１の配列を読み、前記配列中の１以上の特徴を同定することを含む、請求項１２６記載の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項３３記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または環境サンプルを前記サンプル中の核酸が前記増幅プライマー対へハイブリダーゼションのために接近可能となるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の核酸を工程（ａ）の増幅プライマー対と一緒にし、前記環境サンプルからの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２９】
増幅プライマー配列対の各構成プライマーが、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、またはその部分配列の少なくとも約10〜50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１２８記載の方法。
【請求項１３０】
以下の工程を含む、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４、またはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または、環境サンプルを前記サンプル中の核酸が工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブにハイブリダイゼーションのために接近可能であるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１３１】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項１２８または１３０記載の方法。
【請求項１３２】
生物学的サンプルが細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する請求項１３１記載の方法。
【請求項１３３】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および、
（ｂ）前記鋳型配列における１以上のヌクレオチドを改変、欠失または付加、またはそれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３４】
変種核酸を発現させて変種アルドラーゼポリペプチドを生成させることを更に含む、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３５】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法により導入される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３６】
改変、付加、欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、またはそれらの組合せによって導入される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３７】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性に対して変異した若しくは異なる活性を有する、または、変異した若しくは異なる安定性を有するアルドラーゼが生成されるまで反復される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３８】
変種アルドラーゼポリペプチドが熱耐性であって、上昇した温度に曝露した後にある程度の活性を維持する、請求項１３７記載の方法。
【請求項１３９】
変種アルドラーゼポリペプチドが鋳型核酸によってコードされるポリペプチドに比較してグリコシル化が増加する、請求項１３７記載の方法。
【請求項１４０】
変種アルドラーゼポリペプチドが高温下でアルドラーゼ活性を有し、鋳型核酸によってコードされるアルドラーゼが高温下で活性を有しない、請求項１３７記載の方法。
【請求項１４１】
鋳型核酸のコドン使用頻度から変化したコドン使用頻度を有するアルドラーゼコード配列が生成されるまで反復される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１４２】
鋳型核酸よりも高いまたは低いメッセンジャー発現レベルまたは安定性を有するアルドラーゼ遺伝子が生成されるまで反復される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同一のアミノ酸をコードする異なるコドンに置換する工程。
【請求項１４５】
以下の工程を含む、アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４６】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を減少させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の少なくとも一つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を減少させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４７】
宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項１４６記載の方法。
【請求項１４８】
以下の工程を含む、複数の改変アルドラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変アルドラーゼ活性部位または基質結合部位が第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする配列を含む第１の核酸に由来する前記方法：
（ａ）第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする第１の核酸を提供する工程であって、前記第１の核酸の配列が配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、またはその部分配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸がアルドラーゼ活性部位またはアルドラーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程；
（ｂ）前記第１の核酸中の複数の標的コドンにおいて天然のアミノ酸変種をコードする、変異性オリゴヌクレオチドの組を提供する工程；および、
（ｃ）前記変異性オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異させる各アミノ酸コドンにおいて一群のアミノ酸変種をコードする、一組の活性部位コード変種核酸または結合部位コード変種核酸を生成する工程。
【請求項１４９】
工程（ａ）の第１の核酸を、最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、または合成連結再アッセンブリ(SLR)を含む方法によって変異させることを含む、請求項１４８記載の方法。
【請求項１５０】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法によって、工程（ａ）の第１の核酸に変異導入することを含む請求項１４８記載の方法。
【請求項１５１】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、またはそれらの組合せを含む方法によって工程（ａ）の第１の核酸に変異導入することを含む請求項１４８記載の方法。
【請求項１５２】
以下の工程を含む、小分子を作製する方法：
（ａ）小分子を合成または改変できる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の一つが請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸によってコードされるアルドラーゼ酵素を含む、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の酵素の少なくとも一つに対する基質を提供する工程；および
（ｃ）複数の生体触媒反応を容易にする条件下で工程（ｂ）の基質を前記酵素と反応させ、一連の生体触媒反応によって小分子を生成させる工程。
【請求項１５３】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：
（ａ）アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）小分子を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）の酵素を、前記アルドラーゼ酵素によって触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程（ｂ）の小分子と反応させる工程。
【請求項１５４】
工程（ａ）の酵素に対する複数の小分子基質を含み、それによって前記アルドラーゼ酵素によって触媒される少なくとも一つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを生成することを含む、請求項１５３記載の方法。
【請求項１５５】
酵素による複数の生体触媒反応を容易にして前記複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを生成させる条件下で複数の追加の酵素を含む、請求項１５３記載の方法。
【請求項１５６】
ライブラリーを試験して、前記ライブラリー中に所望の活性を示す特定の改変小分子が存在するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項１５５記載の方法。
【請求項１５７】
ライブラリーを試験する工程が、更に、改変小分子の一部を所望の活性を有する特定の改変小分子の存在または非存在について試験し、前記所望の活性を有する特定の改変小分子を生成する少なくとも一つの特異的な生体触媒反応を同定することによって、ライブラリー中の複数の改変小分子の一部を生成するために使用された生体触媒反応の一つを除く全てを系統的に除去する工程を含む、請求項１５６記載の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する方法：
（ａ）アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残存する部分配列についてアルドラーゼ活性を試験し、それによってアルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する工程。
【請求項１５９】
アルドラーゼ活性が、アルドラーゼ基質を提供すること、および、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出すること、によって測定される、請求項１５８記載の方法。
【請求項１６０】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を用いた、新規な、または、改変された表現型について細胞を操作する方法：
（ａ）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が細胞に請求項１若しくは請求項２４記載の配列を含む核酸を導入することによって改変される、前記工程；
（ｂ）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成させる工程；
（ｃ）リアルタイムで工程（ｂ）の細胞培養物を監視することにより、前記細胞の少なくとも一つの代謝パラメーターを測定する工程；および、
（ｄ）工程（ｃ）のデータを解析して、測定されたパラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるかどうかを決定し、それによってリアルタイム代謝フラックスを用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項１６１】
細胞の遺伝的構成が細胞中の配列の欠失または配列の改変、もしくは遺伝子の発現をノックアウトすることによって改変される、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６２】
新規に操作された表現型を含む細胞を選抜することを更に含む、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６３】
さらに、選抜した細胞を培養し、新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を生成させることを含む、請求項１６２記載の方法。
【請求項１６４】
配列番号６，配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22の残基番号１〜16、１〜17、１〜18、１〜19、１〜20、１〜21、１〜22、１〜23、１〜24、１〜25、１〜26、１〜27、１〜28、１〜29、１〜30、１〜31、１〜32、または１〜33、または、配列番号18の残基番号１〜22からなる単離または組換えシグナル配列。
【請求項１６５】
請求項１６４記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、キメラポリペプチド。
【請求項１６６】
異種ポリペプチドまたはペプチドがアルドラーゼではない、請求項１６５記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６７】
異種ポリペプチドまたはペプチドがシグナルペプチド(SP)または触媒ドメイン(CD)のアミノ末端、カルボキシル末端、または両方の末端である、請求項１６５記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６８】
キメラポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドは請求項１６４記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、前記単離または組換え核酸。
【請求項１６９】
アルドラーゼのグリコシル化を含む、アルドラーゼポリペプチドの熱耐性または熱安定性を増大させる方法であって、前記ポリペプチドが請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含むポリペプチドである、前記方法。
【請求項１７０】
請求項１または請求項２４記載の核酸を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換えアルドラーゼを過剰発現させる方法であって、過剰発現が高活性プロモーター、二シストロン性ベクター、またはベクターの遺伝子増幅によって行われる、前記方法。
【請求項１７１】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の作製方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それにより形質転換植物細胞を生成する工程；
（ｂ）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項１７２】
工程（ａ）が更に、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションによって異種核酸を導入することを含む、請求項１７１記載の方法。
【請求項１７３】
工程（ａ）が更に、DNA粒子ボンバードメントまたはアグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主によって異種核酸を植物組織に直接導入することを含む、請求項１７１記載の方法。
【請求項１７４】
以下の工程を含む、植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に結合した異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項１または請求項２４記載記載の配列を含む、前記工程；
（ｂ）前記植物細胞中で前記異種核酸配列が発現する条件下で植物を生育させる工程。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、図７中で中間体IIとして記載された式を有する化合物を調製する方法：
（ａ）アルドール供与基質を提供する工程；
（ｂ）アルドール受容基質を提供する工程；
（ｃ）アルドラーゼを提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）のアルドール供与基質、工程（ｂ）のアルドール受容基質、工程（ｃ）のアルドラーゼを、前記アルドラーゼが工程（ａ）および（ｂ）の基質間の縮合を触媒し得る条件下で混合する工程。
【請求項１７６】
アルドール受容基質がアルデヒドを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１７７】
アルデヒドアルドール受容基質が図７中のアルデヒドIIIとして記載された構造を含む、請求項１７６記載の方法。
【請求項１７８】
図７のアルデヒドIIIにおけるRが水素、アルキル基、C1-C4アルコキシ基、ハロゲン、シアンおよびアジド基からなる群より選ばれる請求項１７７記載の方法。
【請求項１７９】
図７のアルデヒドIIIにおけるRが塩素であり、アルデヒドIIIがクロロアセトアルデヒドである、請求項177記載の方法。
【請求項１８０】
さらに、図７中の中間体IIをβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖を含む化合物に変換することを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８１】
β,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖を含む化合物が図７の式Ｉとして記載された構造を含む、請求項１８０記載の方法。
【請求項１８２】
アルドラーゼが2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８３】
2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)が組換え2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項１８２記載の方法。
【請求項１８４】
アルドラーゼが配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、または配列番号30に記載のポリペプチドを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８５】
アルドラーゼが請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８６】
アルドール供与基質がアセトアルデヒドを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８７】
アルドール供与基質がアセトアルデヒドを含み、アルドール受容基質がアルデヒドを含む、請求項１８６記載の方法。
【請求項１８８】
アセトアルデヒドがアルデヒドに対して化学量論的に過剰に存在する、請求項１８７記載の方法。
【請求項１８９】
工程（ｄ）の反応が光の非存在下で行われる、請求項１７５記載の方法。
【請求項１９０】
工程（ｄ）の反応が約５℃〜約45℃の温度範囲およびpH6.5〜8.5の範囲を含む条件下で行われる、請求項１７５記載の方法。
【請求項１９１】
更に図７中の中間体IIをラクトン化合物に変換することを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１９２】
ラクトンがクロロラクトンである、請求項１９１記載の方法。
【請求項１９３】
クロロラクトンが6-クロロ-2,4,6-トリデオキシエリスロ-ヘキソノラクトンである、請求項192記載の方法。
【請求項１９４】
ラクトンが結晶体である請求項１９１記載の方法。
【請求項１９５】
結晶ラクトンが再結晶化によって精製される、請求項１９４記載の方法。
【請求項１９６】
6-クロロ-2,4,6-トリデオキシエリスロ-ヘキソノラクトンの形成が酸化的条件下で行われる、請求項１９３記載の方法。
【請求項１９７】
酸化的条件が臭素(Br2)、炭酸バリウム（BrCO3）および水を含む、請求項１９６記載の方法。
【請求項１９８】
酸化的条件が酢酸及び水中における次亜塩素酸ナトリウムによる酸化を含む、請求項１９７記載の方法。
【請求項１９９】
ラクトン化合物を図10中の中間体VIIIとして記載した化合物へ変換することを更に含む、請求項１９１記載の方法。
【請求項２００】
クロロラクトンを図10中のラクトンIXとして記載した化合物へ変換することを更に含む、請求項１９２記載の方法。
【請求項２０１】
クロロラクトンのクロロ基がシアノ基CNによって置換される条件下でクロロラクトンをシアニド置換に供することにより、クロロラクトンが図10中のラクトンIXとして記載した化合物へ変換される請求項２００記載の方法。
【請求項２０２】
更に、ラクトンIXを図10の中間体VIIに変換することを含む、請求項２００記載の方法。
【請求項２０３】
MeOHとDowex、またはMeOHとK2CO3による処理を含み、ラクトン環が開裂して中間体VIIが形成される条件下でラクトンIXが図10の中間体VIIへ変換される、請求項２０２記載の方法。
【請求項２０４】
図10の中間体VIIを中間体VIIIへ変換することを更に含む、請求項２０２記載の方法。
【請求項２０５】
ラクトンを図７の式Ｉを含む化合物へ加工することを更に含む、請求項１９１記載の方法。
【請求項２０６】
全ての反応が単一の反応容器中で行われる、請求項１７５記載の方法。
【請求項２０７】
図７中の中間体IIが図８中の経路Iにおける中間体IIとして記載した構造を有するクロロ-置換中間体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項２０８】
図８中の経路Iの中間体IIが、CN-置換、ラクタール酸化、ニトリル還元を含む処理によってラクトンに変換される、請求項２０７記載の方法。
【請求項２０９】
図７中の中間体IIが図８中の経路IIにおける中間体IIとして記載した構造を有するシアン-置換中間体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項２１０】
図８中の経路IIにおける中間体IIがラクタール酸化およびニトリル還元を含む処理によってラクトンに変換される、請求項２０９記載の方法。
【請求項２１１】
中間体IIが図８中の経路IIIにおける中間体IIとして記載した構造を有するN3-置換中間体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項２１２】
図８中の経路IIIにおける中間体IIがラクタール酸化およびアジド還元を含む処理によってラクトンに変換される、請求項２１１記載の方法。
【請求項２１３】
更に、Rがハロゲンである図７中の中間体IIを含む化合物を酸化して3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトン（図14の式１）を含む化合物を製造することを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項２１４】
酸化的条件がCN-置換、ラクタール酸化およびニトリル酸化を含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１５】
Rが塩素である、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１６】
3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンを処理して(3R,5R)-6-シアノ-3,5-ジヒドロキシヘキサン酸（図14中の化合物Ｉ）を製造することを更に含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１７】
処理が開環を含む、請求項２１６記載の方法。
【請求項２１８】
処理がシアニドによる開環を含む、請求項２１７記載の方法。
【請求項２１９】
(3R,5R)-6-シアノ-3,5-ジヒドロキシヘキサン酸（図14の化合物Ｉ）を処理してアトルバスタチン(LIPITORTM)を製造することを更に含む、請求項２１６記載の方法。
【請求項２２０】
3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンを処理して(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸（図14の化合物II）を製造することをさらに含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２１】
処理が親核性置換を含む、請求項２２０記載の方法。
【請求項２２２】
親核性置換処理が水酸化物の使用を含む、請求項２２１記載の方法。
【請求項２２３】
水酸化物が水酸化ナトリウムを含む、請求項２２２記載の方法。
【請求項２２４】
(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸（図14の化合物II）を処理してロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造することを更に含む、請求項２２０記載の方法。
【請求項２２５】
図14に記載の方法を含む、アトルバスタチン(LIPITORTM)を製造する方法。
【請求項２２６】
図14または図17に記載の方法を含む、ロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造する方法。
【請求項２２７】
以下の工程を含む、図７中で中間体IIとして記載した式を有する化合物を流加法を用いて調製する方法：
（ａ）アルドール供与基質を提供する工程；
（ｂ）アルドール受容基質を提供する工程；
（ｃ）アルドラーゼを提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）のアルドール供与基質、工程（ｂ）のアルドール受容基質、および工程（ｃ）のアルドラーゼを、前記アルドラーゼが前記工程（ａ）および（ｂ）の基質間の縮合反応を触媒し得る条件下で混合する工程であって、少なくとも約30分間〜12時間にわたって、前記基質が添加されると速やかに消費されるような速度で前記基質が反応混合物へ供給される、前記工程。
【請求項２２８】
基質の一つがクロロアセトアルデヒドであり、基質が添加されると速やかに消費されるような速度で前記基質が反応混合物へ供給され、クロロアセトアルデヒドは阻害的濃度に達しない、請求項２２７記載の方法。
【請求項２２９】
基質が少なくとも約１時間〜10時間にわたって反応混合物へ供給される、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３０】
基質が少なくとも約２時間〜８時間にわたって反応混合物へ供給される、請求項２２９記載の方法。
【請求項２３１】
基質が少なくとも約２時間〜４時間にわたって反応混合物へ供給される、請求項２３０記載の方法。
【請求項２３２】
図７記載の中間体IIを処理してアトロバスタチン(LIPITORTM)を製造することをさらに含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３３】
図７記載の中間体IIを処理してロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造することをさらに含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３４】
アルドラーゼが2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３５】
2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)が組換え2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項２３４記載の方法。
【請求項２３６】
アルドラーゼが、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28または配列番号30に記載のポリペプチドを含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３７】
アルドラーゼが請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３８】
クロロラクトールを次亜塩素酸ナトリウムでクロロラクトンに酸化することを含む、3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクロン（図14の化合物１）を製造する方法。
【請求項２３９】
クロロラクトンが結晶クロロラクトンを含む、請求項２３８記載の方法。
【請求項２４０】
クロロラクトールが粗精製クロロラクトールを含む、請求項２３８記載の方法。
【請求項２４１】
クロロラクトールが氷酢酸に溶解されており、約１当量の次亜塩素酸ナトリウム水溶液が前記溶液に供給される、請求項２３８記載の方法。
【請求項２４２】
約１当量の次亜塩素酸ナトリウム水溶液が約３時間にわたって溶液に供給される、請求項２４１記載の方法。
【請求項２４３】
図15に記載された方法を含む、3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトン（図14の化合物１）を製造する方法。
【請求項２４４】
NaCN、DMFおよび５％H2Oを使用することを含む、エポキシド(-(3R,5S-3-ヒドロキシ-4-オキシラニル酪酸)（図16の構造体２）の製造方法。
【請求項２４５】
図16に記載の方法を含む、(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸の製造方法。
【請求項２４６】
図16に記載の方法を含む、(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸の製造方法。
【請求項１】
配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21と、少なくとも約100残基にわたって少なくとも50％配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、アルドラーゼ活性を有する少なくとも一つのポリペプチドをコードしており、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムまたは目視精査によって決定される、前記核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％または64％である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が、配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21に対する、少なくとも約65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれ以上、または100％の配列同一性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の全長にわたる配列同一性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項５】
請求項１記載の単離または組換え核酸であって、前記核酸の配列が配列番号５，配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21に記載の配列を含む、前記単離または組換え核酸。
【請求項６】
配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22に記載の配列を有するポリペプチドをコードする、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムがBLAST Ver.2.2.2アルゴリズムであって、フィルタリングがblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のオプションが規定値に設定されている前記アルゴリズムである、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項８】
アルドラーゼ活性が炭素-炭素結合形成の触媒作用を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項９】
アルドラーゼ活性がアルドール縮合を含む、請求項８記載の単離または組換え核酸。
【請求項１０】
アルドール縮合がアセトアルデヒドを含むアルドール供与基質とアルデヒドを含むアルドール受容基質を含む、請求項９記載の単離または組換え核酸。
【請求項１１】
アルドール縮合が単一キラリティーの生成物を生じさせる、請求項９記載の単離または組換え核酸。
【請求項１２】
アルドラーゼ活性がエナンチオ選択性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１３】
アルドラーゼ活性が2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１４】
アルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2(R)-ヒドロキシ-3-(ヒドロキシまたはメルカプト)-プロピオンアルデヒド誘導体との縮合により2-デオキシ糖を生成する触媒作用を含む、請求項13記載の単離または組換え核酸。
【請求項１５】
アルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2-置換アセトアルデヒド受容体との縮合により4-置換-3-ヒドロキシブタナール中間体を経て2,4,6-トリデオキシヘキソースを生じさせる触媒作用を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１６】
アルドラーゼ活性が、基質として２つのアセトアルデヒドを用いてキラルアルデヒドを生じさせる触媒作用を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１７】
アルドラーゼ活性がキラルβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１８】
アルドラーゼ活性が[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトロバスタチン、あるいはLIPITORTM）、ロスバスタチン（CRESTORTM）またはフルバスタチン（LESCOLTM）の核のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項１９】
アルドラーゼ活性が、酸化段階と共に3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンの合成活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２０】
アルドラーゼ活性が熱安定性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、約70℃〜約95℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項２０記載の単離または組換え核酸。
【請求項２２】
アルドラーゼ活性が熱耐性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃より高い温度、約55℃〜約85℃より高い温度、または約70℃〜75℃の温度、または約90℃〜約95℃よりも高い温度への曝露後にアルドラーゼ活性を維持する、請求項２２記載の単離または組換え核酸。
【請求項２４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸。
【請求項２５】
核酸が少なくとも長さ約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより多い、または遺伝子若しくは転写物の完全長である、請求項２４記載の単離または組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項２４記載の単離または組換え核酸。
【請求項２７】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105を含む配列の少なくとも10の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションによってアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸核酸を特定する、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブ。
【請求項２８】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２７記載の核酸プローブ。
【請求項２９】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を特定するための核酸プローブであって、前記プローブが、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105の少なくとも約10の連続する塩基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムによる分析または目視精査によって決定される前記核酸プローブ。
【請求項３０】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２９記載の核酸プローブ。
【請求項３１】
請求項１または２４記載の配列を含む核酸またはその部分配列を増幅するこのとできる、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対の構成プライマーが約10〜50の連続する塩基、または、約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25の連続する塩基、を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２９記載の増幅プライマー対。
【請求項３３】
増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第一のメンバー、および前記第一のメンバーの相補鎖の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む前記増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項３３記載の増幅プライマー対を用いたポリヌクレオチドの増幅によって生成される、アルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による、請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３６】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項３８】
請求項３４記載のアルドラーゼをコードする核酸によってコードされる、単離または組換えアルドラーゼ。
【請求項３９】
鋳型核酸を請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列またはその部分配列を増幅することのできる増幅配列対で増幅することを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項４０】
請求項３３記載の増幅プライマー対で核酸を増幅すること、および、前記増幅された核酸を発現させることを含む、アルドラーゼの製造方法。
【請求項４１】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項４２】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項４３】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項４４】
ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含む、請求項４３記載のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-誘導体ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項４３記載のクローニングビヒクル。
【請求項４６】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項４７】
請求項４１記載の発現カセットを含む形質転換細胞。
【請求項４８】
バクテリア細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞である、請求項４７記載の形質転換細胞。
【請求項４９】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項５０】
マウスである、請求項４９記載の非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項５１】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項５２】
トウモロコシ、ソルガム、ポテト、トマト、小麦、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、コメ、オオムギ、草本、ワタ、ヤシ、ゴマ、ラッカセイ、ヒマワリまたはタバコである、請求項５１記載のトランスジェニック植物。
【請求項５３】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項５４】
種子が、トウモロコシ種子、小麦核、脂肪種子、ナタネ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、ラッカセイ、ワタ種子、タバコ種子である、請求項５３記載のトランスジェニック種子。
【請求項５５】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80または約60〜100塩基長である、請求項５５記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５７】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に導入するまたは細胞中で発現させることを含む、細胞中のアルドラーゼメッセンジャーの翻訳を阻害する方法。
【請求項５８】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項５９】
約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオチド長またはそれより長い、請求項５８記載の二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項６０】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子を細胞に投与するまたは細胞内で発現させることを含む、細胞におけるアルドラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項６１】
（i）配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20または配列番号22に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有するか単離または組換えポリペプチド（前記配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）；または、
（ii）配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19または配列番号21に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する核酸によってコードされるか（前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）、または配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19または配列番号21に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離または組換えポリペプチド。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性である請求項61に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６３】
配列同一性が、少なくとも酵素の約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050またはそれより長い残基領域、または酵素の全長にわたる、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６４】
配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２記載の配列を有する、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６５】
アルドラーゼ活性を有する、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６６】
アルドラーゼ活性が炭素-炭素結合形成の触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６７】
アルドラーゼ活性がアルドール縮合活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６８】
アルドール縮合がアセトアルデヒドを含むアルドール供与基質とアルデヒドを含むアルドール受容基質を含む、請求項６７記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６９】
アルドール縮合が単一キラリティーの生成物を生じさせる、請求項６７記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７０】
アルドラーゼ活性がエナンチオ選択性である、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７１】
アルドラーゼ活性が2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性を含む、請求項６５記載の、単離または組換えポリペプチド。
【請求項７２】
2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ（DERA）活性が、アセトアルデヒドとD-グリセルアルデヒド-3-リン酸との可逆的アルドール反応を触媒してD-2-デオキシリボース-5-リン酸を生成させる活性を含む、請求項７１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７３】
ルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2(R)-ヒドロキシ-3-(ヒドロキシまたはメルカプト)-プロピオンアルデヒド誘導体との縮合により2-デオキシ糖を生成する触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７４】
アルドラーゼ活性が、供与体としてのアセトアルデヒドと2-置換アセトアルデヒド受容体との縮合により4-置換-3-ヒドロキシブタナール中間体を経て2,4,6-トリデオキシヘキソースを生じさせる触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７５】
アルドラーゼ活性が、基質として２つのアセトアルデヒドを用いてキラルアルデヒドを生じさせる触媒作用を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７６】
アルドラーゼ活性がキラルβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７７】
アルドラーゼ活性が[R-(R*,R*)]-2-(4-フルオロフェニル)-b,d-ジヒドロキシ-5-(1-メチルエチル)-3-フェニル-4-(フェニルアミノ)-カルボニル]-1H-ピロール-1-ヘプタン酸（アトロバスタチン、あるいはLIPITORTM）、ロスバスタチン（CRESTORTM）またはフルバスタチン（LESCOLTM）の核のエナンチオ選択的構築活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７８】
アルドラーゼ活性が、酸化段階と共に3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンの合成活性を含む、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７９】
アルドラーゼ活性が熱安定性である、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８０】
ポリペプチドが約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、約70℃〜約95℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項７９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８１】
アルドラーゼ活性が熱耐性である、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８２】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃より高い温度、約55℃〜約85℃より高い温度、約70℃〜75℃の温度、または約90℃〜約95℃よりも高い温度への曝露後にアルドラーゼ活性を維持する、請求項８１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８３】
請求項６１記載のポリペプチドを含みシグナル配列を欠く単離または組換えポリペプチド。
【請求項８４】
請求項６１記載のポリペプチドを含み異種シグナル配列を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項８５】
アルドラーゼ活性が約37℃にて、タンパク質１mgあたり約100〜約1000ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜約750ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜約1200ユニット、またはタンパク質１mgあたり約750〜約1000ユニットの比活性を含む請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８６】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃におけるアルドラーゼの比活性の少なくとも半分の活性を維持することを含む、請求項８１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８７】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃においてタンパク質１mgあたり約500〜約1200ユニットの比活性を維持することを含む、請求項８１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８８】
少なくとも一つのグリコシル化部位を含む、請求項６１記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８９】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項８８記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９０】
P.パストリスまたはS.ポンベで発現させるとグリコシル化される、請求項８９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９１】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5またはpH4.0を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９２】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10またはpH10.5を含む条件下でアルドラーゼ活性を維持する、請求項６５記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９３】
液体、固体、またはゲルを含む、請求項６１記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項９４】
請求項６１記載のポリペプチドおよび第２のドメインを含むヘテロ二量体。
【請求項９５】
第２のドメインがポリペプチドであり、ヘテロ二量体が融合タンパク質である、請求項９４記載のヘテロ二量体。
【請求項９６】
第２のドメインがエピトープまたはタグである、請求項９４記載のヘテロ二量体。
【請求項９７】
請求項６１記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項９８】
請求項６１記載のポリペプチドまたはその部分配列を含む、固定化ポリペプチド。
【請求項９９】
ポリペプチドが細胞上、金属上、樹脂上、ポリマー上、セラミック上、ガラス上、微小電極上、グラファイト粒子上、ビーズ上、ゲル上、プレート上、アレイ上、またはキャピラリー管上に固定化されている、請求項９８記載の固定化ポリペプチド。
【請求項１００】
固定化された請求項６１記載のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項１０１】
固定化された請求項１または請求項２４記載の核酸を含むアレイ。
【請求項１０２】
請求項６１記載のポリペプチドに特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項１０３】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項１０２記載の単離または組換え抗体。
【請求項１０４】
請求項６１記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１０５】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法：
（ａ）請求項１０２記載の抗体を提供する工程；
（ｂ）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）のサンプルを工程（ａ）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドへ特異的に結合することのできる条件下で接触させ、それによりアルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項１０６】
請求項１または請求項２４記載の核酸またはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗アルドラーゼ抗体を生じさせることを含む、抗アルドラーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０７】
請求項６１記載のポリペプチドまたはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗アルドラーゼ抗体を生じさせることを含む、抗アルドラーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０８】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に連結した核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１または２４記載の配列を含む核酸である、前記工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸を、ポリペプチドの発現が可能な条件下で発現させ、組換えポリペプチドを生成させる工程。
【請求項１０９】
更に、工程（ａ）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（ａ）の核酸を発現させ、それにより形質転換細胞において組換えポリペプチドを生成させることを含む、請求項１０８記載の方法。
【請求項１１０】
（ａ）請求項６５記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）アルドラーゼ基質を提供する工程；および
（ｃ）前記ポリペプチドを工程（ｂ）の基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、基質の量の減少または反応生成物の増加によりアルドラーゼ活性を有するポリペプチドを検出することを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法。
【請求項１１１】
（ａ）請求項６５記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験基質を提供する工程；および
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、前記基質の量が減少または前記反応生成物が増加すれば前記試験基質をアルドラーゼ基質として同定することを含む、アルドラーゼ基質を同定する方法。
【請求項１１２】
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を有する核酸または前記核酸を含むベクターを、前記核酸がポリペプチドに翻訳され得る条件下で発現させる工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１３】
（ａ）請求項６１記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１４】
（ａ）請求項６５記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験化合物に接触させ、アルドラーゼ活性を測定する工程、
を含み、前記試験化合物の非存在下で測定されるアルドラーゼ活性に比較した前記試験化合物の存在下で測定されるアルドラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がアルドラーゼ活性を調節すると決定する、アルドラーゼ活性の調節因子を同定する方法。
【請求項１１５】
アルドラーゼ活性が、アルドラーゼ基質を提供すること、および基質の量の減少若しくは反応生成物の量の増加を検出する、または、基質の量の増加若しくは反応生成物の量の減少を検出すること、によって測定される、請求項１１４記載の方法。
【請求項１１６】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が減少若しくは反応生成物の量が増加すれば、前記試験化合物をアルドラーゼ活性の活性化因子であると同定する、請求項１１５記載の方法。
【請求項１１７】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が増加若しくは反応生成物の量が減少すれば、前記試験化合物をアルドラーゼ活性の阻害因子であると同定する、請求項１１５記載の方法。
【請求項１１８】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列または核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列は請求項６１記載の配列または請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピューターシステム。
【請求項１１９】
更に、配列比較アルゴリズムおよび少なくとも一つの参照配列が保存されたデータ保存装置を含む、請求項１１８記載のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項１１９記載のコンピュータシステム。
【請求項１２１】
配列の１以上の特徴を特定するアイデンティファイアーを更に含む請求項１１９記載のコンピュータシステム。
【請求項１２２】
ポリペプチド配列または核酸配列が保存されたコンピュータ読取り可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読取り可能媒体。
【請求項１２３】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（ａ）配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読む工程であって、前記配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の１以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２４】
以下の工程を含む、第１の配列と第２の配列とを比較する方法；
（ａ）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第１の配列及び第２の配列を読む工程であって、前記第１の配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記第１の配列と前記第２の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項１２５】
第１の配列と第２の配列間の相違を決定する工程が、更に多型性を同定する工程を含む、請求項１２４記載の方法。
【請求項１２６】
配列中の１以上の特徴を特定するアイデンティファイアーを更に含む、請求項１２４記載の方法。
【請求項１２７】
コンピュータプログラムを用いて第１の配列を読み、前記配列中の１以上の特徴を同定することを含む、請求項１２６記載の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項３３記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または環境サンプルを前記サンプル中の核酸が前記増幅プライマー対へハイブリダーゼションのために接近可能となるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の核酸を工程（ａ）の増幅プライマー対と一緒にし、前記環境サンプルからの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２９】
増幅プライマー配列対の各構成プライマーが、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、またはその部分配列の少なくとも約10〜50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１２８記載の方法。
【請求項１３０】
以下の工程を含む、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４、またはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または、環境サンプルを前記サンプル中の核酸が工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブにハイブリダイゼーションのために接近可能であるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１３１】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項１２８または１３０記載の方法。
【請求項１３２】
生物学的サンプルが細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する請求項１３１記載の方法。
【請求項１３３】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および、
（ｂ）前記鋳型配列における１以上のヌクレオチドを改変、欠失または付加、またはそれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３４】
変種核酸を発現させて変種アルドラーゼポリペプチドを生成させることを更に含む、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３５】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法により導入される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３６】
改変、付加、欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、またはそれらの組合せによって導入される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３７】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性に対して変異した若しくは異なる活性を有する、または、変異した若しくは異なる安定性を有するアルドラーゼが生成されるまで反復される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１３８】
変種アルドラーゼポリペプチドが熱耐性であって、上昇した温度に曝露した後にある程度の活性を維持する、請求項１３７記載の方法。
【請求項１３９】
変種アルドラーゼポリペプチドが鋳型核酸によってコードされるポリペプチドに比較してグリコシル化が増加する、請求項１３７記載の方法。
【請求項１４０】
変種アルドラーゼポリペプチドが高温下でアルドラーゼ活性を有し、鋳型核酸によってコードされるアルドラーゼが高温下で活性を有しない、請求項１３７記載の方法。
【請求項１４１】
鋳型核酸のコドン使用頻度から変化したコドン使用頻度を有するアルドラーゼコード配列が生成されるまで反復される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１４２】
鋳型核酸よりも高いまたは低いメッセンジャー発現レベルまたは安定性を有するアルドラーゼ遺伝子が生成されるまで反復される、請求項１３３記載の方法。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同一のアミノ酸をコードする異なるコドンに置換する工程。
【請求項１４５】
以下の工程を含む、アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４６】
以下の工程を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を減少させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の少なくとも一つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を減少させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４７】
宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項１４６記載の方法。
【請求項１４８】
以下の工程を含む、複数の改変アルドラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変アルドラーゼ活性部位または基質結合部位が第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする配列を含む第１の核酸に由来する前記方法：
（ａ）第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする第１の核酸を提供する工程であって、前記第１の核酸の配列が配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、またはその部分配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸がアルドラーゼ活性部位またはアルドラーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程；
（ｂ）前記第１の核酸中の複数の標的コドンにおいて天然のアミノ酸変種をコードする、変異性オリゴヌクレオチドの組を提供する工程；および、
（ｃ）前記変異性オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異させる各アミノ酸コドンにおいて一群のアミノ酸変種をコードする、一組の活性部位コード変種核酸または結合部位コード変種核酸を生成する工程。
【請求項１４９】
工程（ａ）の第１の核酸を、最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、または合成連結再アッセンブリ(SLR)を含む方法によって変異させることを含む、請求項１４８記載の方法。
【請求項１５０】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法によって、工程（ａ）の第１の核酸に変異導入することを含む請求項１４８記載の方法。
【請求項１５１】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、またはそれらの組合せを含む方法によって工程（ａ）の第１の核酸に変異導入することを含む請求項１４８記載の方法。
【請求項１５２】
以下の工程を含む、小分子を作製する方法：
（ａ）小分子を合成または改変できる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の一つが請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸によってコードされるアルドラーゼ酵素を含む、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の酵素の少なくとも一つに対する基質を提供する工程；および
（ｃ）複数の生体触媒反応を容易にする条件下で工程（ｂ）の基質を前記酵素と反応させ、一連の生体触媒反応によって小分子を生成させる工程。
【請求項１５３】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：
（ａ）アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）小分子を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）の酵素を、前記アルドラーゼ酵素によって触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程（ｂ）の小分子と反応させる工程。
【請求項１５４】
工程（ａ）の酵素に対する複数の小分子基質を含み、それによって前記アルドラーゼ酵素によって触媒される少なくとも一つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを生成することを含む、請求項１５３記載の方法。
【請求項１５５】
酵素による複数の生体触媒反応を容易にして前記複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを生成させる条件下で複数の追加の酵素を含む、請求項１５３記載の方法。
【請求項１５６】
ライブラリーを試験して、前記ライブラリー中に所望の活性を示す特定の改変小分子が存在するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項１５５記載の方法。
【請求項１５７】
ライブラリーを試験する工程が、更に、改変小分子の一部を所望の活性を有する特定の改変小分子の存在または非存在について試験し、前記所望の活性を有する特定の改変小分子を生成する少なくとも一つの特異的な生体触媒反応を同定することによって、ライブラリー中の複数の改変小分子の一部を生成するために使用された生体触媒反応の一つを除く全てを系統的に除去する工程を含む、請求項１５６記載の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する方法：
（ａ）アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残存する部分配列についてアルドラーゼ活性を試験し、それによってアルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する工程。
【請求項１５９】
アルドラーゼ活性が、アルドラーゼ基質を提供すること、および、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出すること、によって測定される、請求項１５８記載の方法。
【請求項１６０】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を用いた、新規な、または、改変された表現型について細胞を操作する方法：
（ａ）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が細胞に請求項１若しくは請求項２４記載の配列を含む核酸を導入することによって改変される、前記工程；
（ｂ）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成させる工程；
（ｃ）リアルタイムで工程（ｂ）の細胞培養物を監視することにより、前記細胞の少なくとも一つの代謝パラメーターを測定する工程；および、
（ｄ）工程（ｃ）のデータを解析して、測定されたパラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるかどうかを決定し、それによってリアルタイム代謝フラックスを用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項１６１】
細胞の遺伝的構成が細胞中の配列の欠失または配列の改変、もしくは遺伝子の発現をノックアウトすることによって改変される、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６２】
新規に操作された表現型を含む細胞を選抜することを更に含む、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６３】
さらに、選抜した細胞を培養し、新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を生成させることを含む、請求項１６２記載の方法。
【請求項１６４】
配列番号６，配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22の残基番号１〜16、１〜17、１〜18、１〜19、１〜20、１〜21、１〜22、１〜23、１〜24、１〜25、１〜26、１〜27、１〜28、１〜29、１〜30、１〜31、１〜32、または１〜33、または、配列番号18の残基番号１〜22からなる単離または組換えシグナル配列。
【請求項１６５】
請求項１６４記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、キメラポリペプチド。
【請求項１６６】
異種ポリペプチドまたはペプチドがアルドラーゼではない、請求項１６５記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６７】
異種ポリペプチドまたはペプチドがシグナルペプチド(SP)または触媒ドメイン(CD)のアミノ末端、カルボキシル末端、または両方の末端である、請求項１６５記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６８】
キメラポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドは請求項１６４記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、前記単離または組換え核酸。
【請求項１６９】
アルドラーゼのグリコシル化を含む、アルドラーゼポリペプチドの熱耐性または熱安定性を増大させる方法であって、前記ポリペプチドが請求項６１記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含むポリペプチドである、前記方法。
【請求項１７０】
請求項１または請求項２４記載の核酸を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換えアルドラーゼを過剰発現させる方法であって、過剰発現が高活性プロモーター、二シストロン性ベクター、またはベクターの遺伝子増幅によって行われる、前記方法。
【請求項１７１】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の作製方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それにより形質転換植物細胞を生成する工程；
（ｂ）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項１７２】
工程（ａ）が更に、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションによって異種核酸を導入することを含む、請求項１７１記載の方法。
【請求項１７３】
工程（ａ）が更に、DNA粒子ボンバードメントまたはアグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主によって異種核酸を植物組織に直接導入することを含む、請求項１７１記載の方法。
【請求項１７４】
以下の工程を含む、植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に結合した異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項１または請求項２４記載記載の配列を含む、前記工程；
（ｂ）前記植物細胞中で前記異種核酸配列が発現する条件下で植物を生育させる工程。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、図７中で中間体IIとして記載された式を有する化合物を調製する方法：
（ａ）アルドール供与基質を提供する工程；
（ｂ）アルドール受容基質を提供する工程；
（ｃ）アルドラーゼを提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）のアルドール供与基質、工程（ｂ）のアルドール受容基質、工程（ｃ）のアルドラーゼを、前記アルドラーゼが工程（ａ）および（ｂ）の基質間の縮合を触媒し得る条件下で混合する工程。
【請求項１７６】
アルドール受容基質がアルデヒドを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１７７】
アルデヒドアルドール受容基質が図７中のアルデヒドIIIとして記載された構造を含む、請求項１７６記載の方法。
【請求項１７８】
図７のアルデヒドIIIにおけるRが水素、アルキル基、C1-C4アルコキシ基、ハロゲン、シアンおよびアジド基からなる群より選ばれる請求項１７７記載の方法。
【請求項１７９】
図７のアルデヒドIIIにおけるRが塩素であり、アルデヒドIIIがクロロアセトアルデヒドである、請求項177記載の方法。
【請求項１８０】
さらに、図７中の中間体IIをβ,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖を含む化合物に変換することを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８１】
β,δ-ジヒドロキシヘプタン酸側鎖を含む化合物が図７の式Ｉとして記載された構造を含む、請求項１８０記載の方法。
【請求項１８２】
アルドラーゼが2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８３】
2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)が組換え2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項１８２記載の方法。
【請求項１８４】
アルドラーゼが配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、または配列番号30に記載のポリペプチドを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８５】
アルドラーゼが請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８６】
アルドール供与基質がアセトアルデヒドを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１８７】
アルドール供与基質がアセトアルデヒドを含み、アルドール受容基質がアルデヒドを含む、請求項１８６記載の方法。
【請求項１８８】
アセトアルデヒドがアルデヒドに対して化学量論的に過剰に存在する、請求項１８７記載の方法。
【請求項１８９】
工程（ｄ）の反応が光の非存在下で行われる、請求項１７５記載の方法。
【請求項１９０】
工程（ｄ）の反応が約５℃〜約45℃の温度範囲およびpH6.5〜8.5の範囲を含む条件下で行われる、請求項１７５記載の方法。
【請求項１９１】
更に図７中の中間体IIをラクトン化合物に変換することを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項１９２】
ラクトンがクロロラクトンである、請求項１９１記載の方法。
【請求項１９３】
クロロラクトンが6-クロロ-2,4,6-トリデオキシエリスロ-ヘキソノラクトンである、請求項192記載の方法。
【請求項１９４】
ラクトンが結晶体である請求項１９１記載の方法。
【請求項１９５】
結晶ラクトンが再結晶化によって精製される、請求項１９４記載の方法。
【請求項１９６】
6-クロロ-2,4,6-トリデオキシエリスロ-ヘキソノラクトンの形成が酸化的条件下で行われる、請求項１９３記載の方法。
【請求項１９７】
酸化的条件が臭素(Br2)、炭酸バリウム（BrCO3）および水を含む、請求項１９６記載の方法。
【請求項１９８】
酸化的条件が酢酸及び水中における次亜塩素酸ナトリウムによる酸化を含む、請求項１９７記載の方法。
【請求項１９９】
ラクトン化合物を図10中の中間体VIIIとして記載した化合物へ変換することを更に含む、請求項１９１記載の方法。
【請求項２００】
クロロラクトンを図10中のラクトンIXとして記載した化合物へ変換することを更に含む、請求項１９２記載の方法。
【請求項２０１】
クロロラクトンのクロロ基がシアノ基CNによって置換される条件下でクロロラクトンをシアニド置換に供することにより、クロロラクトンが図10中のラクトンIXとして記載した化合物へ変換される請求項２００記載の方法。
【請求項２０２】
更に、ラクトンIXを図10の中間体VIIに変換することを含む、請求項２００記載の方法。
【請求項２０３】
MeOHとDowex、またはMeOHとK2CO3による処理を含み、ラクトン環が開裂して中間体VIIが形成される条件下でラクトンIXが図10の中間体VIIへ変換される、請求項２０２記載の方法。
【請求項２０４】
図10の中間体VIIを中間体VIIIへ変換することを更に含む、請求項２０２記載の方法。
【請求項２０５】
ラクトンを図７の式Ｉを含む化合物へ加工することを更に含む、請求項１９１記載の方法。
【請求項２０６】
全ての反応が単一の反応容器中で行われる、請求項１７５記載の方法。
【請求項２０７】
図７中の中間体IIが図８中の経路Iにおける中間体IIとして記載した構造を有するクロロ-置換中間体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項２０８】
図８中の経路Iの中間体IIが、CN-置換、ラクタール酸化、ニトリル還元を含む処理によってラクトンに変換される、請求項２０７記載の方法。
【請求項２０９】
図７中の中間体IIが図８中の経路IIにおける中間体IIとして記載した構造を有するシアン-置換中間体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項２１０】
図８中の経路IIにおける中間体IIがラクタール酸化およびニトリル還元を含む処理によってラクトンに変換される、請求項２０９記載の方法。
【請求項２１１】
中間体IIが図８中の経路IIIにおける中間体IIとして記載した構造を有するN3-置換中間体である、請求項１７５記載の方法。
【請求項２１２】
図８中の経路IIIにおける中間体IIがラクタール酸化およびアジド還元を含む処理によってラクトンに変換される、請求項２１１記載の方法。
【請求項２１３】
更に、Rがハロゲンである図７中の中間体IIを含む化合物を酸化して3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトン（図14の式１）を含む化合物を製造することを含む、請求項１７５記載の方法。
【請求項２１４】
酸化的条件がCN-置換、ラクタール酸化およびニトリル酸化を含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１５】
Rが塩素である、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１６】
3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンを処理して(3R,5R)-6-シアノ-3,5-ジヒドロキシヘキサン酸（図14中の化合物Ｉ）を製造することを更に含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１７】
処理が開環を含む、請求項２１６記載の方法。
【請求項２１８】
処理がシアニドによる開環を含む、請求項２１７記載の方法。
【請求項２１９】
(3R,5R)-6-シアノ-3,5-ジヒドロキシヘキサン酸（図14の化合物Ｉ）を処理してアトルバスタチン(LIPITORTM)を製造することを更に含む、請求項２１６記載の方法。
【請求項２２０】
3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトンを処理して(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸（図14の化合物II）を製造することをさらに含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２１】
処理が親核性置換を含む、請求項２２０記載の方法。
【請求項２２２】
親核性置換処理が水酸化物の使用を含む、請求項２２１記載の方法。
【請求項２２３】
水酸化物が水酸化ナトリウムを含む、請求項２２２記載の方法。
【請求項２２４】
(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸（図14の化合物II）を処理してロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造することを更に含む、請求項２２０記載の方法。
【請求項２２５】
図14に記載の方法を含む、アトルバスタチン(LIPITORTM)を製造する方法。
【請求項２２６】
図14または図17に記載の方法を含む、ロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造する方法。
【請求項２２７】
以下の工程を含む、図７中で中間体IIとして記載した式を有する化合物を流加法を用いて調製する方法：
（ａ）アルドール供与基質を提供する工程；
（ｂ）アルドール受容基質を提供する工程；
（ｃ）アルドラーゼを提供する工程；
（ｄ）工程（ａ）のアルドール供与基質、工程（ｂ）のアルドール受容基質、および工程（ｃ）のアルドラーゼを、前記アルドラーゼが前記工程（ａ）および（ｂ）の基質間の縮合反応を触媒し得る条件下で混合する工程であって、少なくとも約30分間〜12時間にわたって、前記基質が添加されると速やかに消費されるような速度で前記基質が反応混合物へ供給される、前記工程。
【請求項２２８】
基質の一つがクロロアセトアルデヒドであり、基質が添加されると速やかに消費されるような速度で前記基質が反応混合物へ供給され、クロロアセトアルデヒドは阻害的濃度に達しない、請求項２２７記載の方法。
【請求項２２９】
基質が少なくとも約１時間〜10時間にわたって反応混合物へ供給される、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３０】
基質が少なくとも約２時間〜８時間にわたって反応混合物へ供給される、請求項２２９記載の方法。
【請求項２３１】
基質が少なくとも約２時間〜４時間にわたって反応混合物へ供給される、請求項２３０記載の方法。
【請求項２３２】
図７記載の中間体IIを処理してアトロバスタチン(LIPITORTM)を製造することをさらに含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３３】
図７記載の中間体IIを処理してロスバスタチン(CRESTORTM)またはフルバスタチン(LESCOLTM)を製造することをさらに含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３４】
アルドラーゼが2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３５】
2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)が組換え2-デオキシリボース-5-リン酸アルドラーゼ(DERA)である、請求項２３４記載の方法。
【請求項２３６】
アルドラーゼが、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28または配列番号30に記載のポリペプチドを含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３７】
アルドラーゼが請求項６５記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、請求項２２７記載の方法。
【請求項２３８】
クロロラクトールを次亜塩素酸ナトリウムでクロロラクトンに酸化することを含む、3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクロン（図14の化合物１）を製造する方法。
【請求項２３９】
クロロラクトンが結晶クロロラクトンを含む、請求項２３８記載の方法。
【請求項２４０】
クロロラクトールが粗精製クロロラクトールを含む、請求項２３８記載の方法。
【請求項２４１】
クロロラクトールが氷酢酸に溶解されており、約１当量の次亜塩素酸ナトリウム水溶液が前記溶液に供給される、請求項２３８記載の方法。
【請求項２４２】
約１当量の次亜塩素酸ナトリウム水溶液が約３時間にわたって溶液に供給される、請求項２４１記載の方法。
【請求項２４３】
図15に記載された方法を含む、3R,5S-6-クロロ-2,4,6-トリデオキシ-エリスロ-ヘキソノラクトン（図14の化合物１）を製造する方法。
【請求項２４４】
NaCN、DMFおよび５％H2Oを使用することを含む、エポキシド(-(3R,5S-3-ヒドロキシ-4-オキシラニル酪酸)（図16の構造体２）の製造方法。
【請求項２４５】
図16に記載の方法を含む、(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸の製造方法。
【請求項２４６】
図16に記載の方法を含む、(3R,5S)-3,5,6-トリヒドロキシヘキサン酸の製造方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【公表番号】特表２００６−５１２０８６（Ｐ２００６−５１２０８６Ａ）
【公表日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５６８９２２（Ｐ２００４−５６８９２２）
【出願日】平成１５年８月１９日（２００３．８．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７３３４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０２７０７５
【国際公開日】平成１６年４月１日（２００４．４．１）
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年８月１９日（２００３．８．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２７３３４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０２７０７５
【国際公開日】平成１６年４月１日（２００４．４．１）
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
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