本発明は、自然発生的内因性タンパク質ならびに内因性タンパク質の一部の変異形態の両方を含むタンパク質の抑制剤または活性化剤である化合物を同定、合成、最適化および解析する方法群、およびかかる変異体を同定する新規の方法群に関する。該方法は、ヒット同定、リード最適化、生物学的解析、および毒性化合物の急速排除における改善を通して、薬剤発見および作製プロセスの単純化により、治療効果のある薬剤として期待される化合物の同定および開発を推進する。実現することによって、効率性が増進することから、薬剤発見のプロセスにおける全体的なコスト削減につながる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質の抑制剤であり、対応するフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を調節する第１の化合物と比較して、改善された細胞特異性を有する化合物を同定する方法であって、
ａ） 前記第１の化合物で処理を施した被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｂ） 前記第１の化合物で処理を施した対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｃ） 被検化合物で処理を施した前記被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｄ） 前記被検化合物で処理を施した前記対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｅ） 前記第１の化合物の前記細胞特異性の差、および前記被検化合物の前記細胞特異性の差を決定するステップと、
ｆ） 前記被検化合物の前記細胞特異性の差が、前記第１の化合物の前記細胞特異性の差よりも大きい場合、改善された細胞特異性を有するとして、前記被検化合物を同定するステップと、を含む、方法。
【請求項２】
前記細胞特異性の差は、前記対照細胞のＩＣ_５０を、前記被検細胞のＩＣ_５０で割ることで決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
タンパク質の活性化剤であり、対応するフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を調節する第１の化合物と比較して、改善された細胞特異性を有する化合物を同定する方法であって、
ａ） 前記第１の化合物で処理を施した被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｂ） 前記第１の化合物で処理を施した対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｃ） 被検化合物で処理を施した前記被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｄ） 前記被検化合物で処理を施した前記対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］の調節を測定するステップと、
ｅ） 前記第１の化合物の前記細胞特異性の差、および前記被検化合物の前記細胞特異性の差を決定するステップと、
ｆ） 前記被検化合物の前記細胞特異性の差が、前記第１の化合物の前記細胞特異性の差よりも大きい場合、改善された細胞特異性を有するとして、前記被検化合物を同定するステップと、を含む、方法。
【請求項４】
前記細胞特異性の差は、前記被検細胞のＩＣ_５０を、前記対照細胞のＩＣ_５０で割ることで決定される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
タンパク質の抑制剤であり、対応するフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を調節する第１の化合物の最適化を改善する方法であって、
ａ） 被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記第１の化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｂ） 対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記第１の化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｃ） 前記被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記第１の化合物と同一骨格を共有する被検化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｄ） 前記対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記被検化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｅ） 前記被検化合物の前記細胞特異性の差が、前記第１の化合物の前記細胞特異性の差よりも大きい場合、前記第１の化合物の改良型として、前記被検化合物を同定するステップと、を含む、方法。
【請求項６】
前記タンパク質は、対応するアミノ酸位において、対応するスレオニンからイソロイシンへの突然変異を含む、Ｐ２１０^{Ｂｃｒ−Ａｂｌ−Ｔ３１５Ｉ}またはｐ１９０^{Ｂｃｒ−Ａｂｌ}である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
タンパク質の活性化剤であり、対応するフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を調節する第１の化合物の最適化を改善する方法であって、
ａ） 被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記第１の化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｂ） 対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記第１の化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｃ） 前記被検細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記第１の化合物と同一骨格を共有する被検化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｄ） 前記対照細胞のフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］における、前記被検化合物のＩＣ_５０を測定するステップと、
ｅ） 前記被検化合物の前記細胞特異性の差が、前記第１の化合物の前記細胞特異性の差よりも大きい場合、前記第１の化合物の改良型として、前記被検化合物を同定するステップと、を含む、方法。
【請求項８】
ステップ（ｅ）の前記最適化された化合物を選択するステップと、ステップ（ａ）〜（ｄ）を繰り返すステップと、を含む、請求項５〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記タンパク質はセラムテインである、請求項５〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記被検化合物は、前記第１化合物に比べ、より高いＩＣ_５０値を有する、請求項５〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記被検化合物は、前記第１化合物に比べ、より低いＩＣ_５０値を有する、請求項５〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
物質が、検知可能なフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を誘発することができる、タンパク質の特異的抑制剤であるかどうかを決定するための方法であって、
ａ） 前記タンパク質を発現し、前記細胞内の前記タンパク質の存在および機能的活性と関連づけられるフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を誘発することができる被検細胞を、前記物質で培養するステップと、
ｂ） 前記タンパク質を低レベルで発現するか、または前記タンパク質を発現せず、前記細胞内の前記タンパク質の存在および機能的活性と関連づけられる検知可能なフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］をより低い程度で誘発することができる、あるいは全く誘発しない対照細胞を培養するステップと、
ｃ） 前記物質で処理を施した前記被検細胞の前記フェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］と、前記物質で処理を施した前記対照細胞の前記フェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を比較するステップと、
ｄ） 前記物質が、前記被検細胞の前記フェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を、前記対照細胞より大きい程度で調節することができる場合、前記物質は前記タンパク質の特異的抑制剤であることを決定するステップと、を含む、方法。
【請求項１３】
物質が、検知可能なフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を誘発することができる、タンパク質の特異的活性化剤であるかどうかを決定するための方法であって、
ａ） 前記タンパク質を発現し、前記細胞内の前記タンパク質の存在および機能的活性と関連づけられるフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を誘発することができる被検細胞を、前記物質で培養するステップと、
ｂ） 前記タンパク質を低レベルで発現するか、または前記タンパク質を発現せず、前記細胞内の前記タンパク質の存在および機能的活性と関連づけられる検知可能なフェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］をより低い程度で誘発することができる、あるいは全く誘発しない対照細胞を培養するステップと、
ｃ） 前記物質で処理を施した前記被検細胞の前記フェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］と、前記物質で処理を施した前記対照細胞の前記フェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を比較するステップと、
ｄ） 前記物質が、前記被検細胞の前記フェノレスポンス［ｐｈｅｎｏｒｅｓｐｏｎｓｅ］を、前記対照細胞よりも大きい程度で調節することができる場合、前記物質は前記タンパク質の特異的活性化剤であることを決定するステップと、を含む、方法。

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【公表番号】特表２００９−５２３４０８（Ｐ２００９−５２３４０８Ａ）
【公表日】平成２１年６月２５日（２００９．６．２５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５４３３３８（Ｐ２００８−５４３３３８）
【出願日】平成１８年１１月２４日（２００６．１１．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４５３９４
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０６２２１３
【国際公開日】平成１９年５月３１日（２００７．５．３１）
【出願人】（５０６３９２４７０）
【Ｆターム（参考）】