工業用酵母の遺伝子を解析するための方法
本発明の目的は、工業用酵母の遺伝子を解析するための方法を提供することである。本発明の方法は
（ａ）工業用酵母のゲノム配列を解析し；そして
（ｃ−１）サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする工業用酵母の遺伝子を選択するか、または
（ｃ−２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる工業用酵母の遺伝子を選択する
ことを含む。
（ａ）工業用酵母のゲノム配列を解析し；そして
（ｃ−１）サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする工業用酵母の遺伝子を選択するか、または
（ｃ−２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる工業用酵母の遺伝子を選択する
ことを含む。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
工業用酵母の遺伝子を解析するための方法であって
（ａ）工業用酵母のゲノム配列のヌクレオチド配列を解析し；そして
（ｃ−１）サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする工業用酵母の遺伝子を選択するか、または
（ｃ−２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる工業用酵母の遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２】
（ｂ）工程（ａ）の後、そして工程（ｃ−１）または（ｃ−２）の前に、工業用酵母のゲノム配列を、サッカロマイセス・セレビシエのゲノム配列と比較する
ことを含む、請求項１記載の解析法。
【請求項３】
（ｄ）工程（ｃ−１）または（ｃ−２）の後に、選択した遺伝子の機能解析を行う
ことを含む、請求項１または２記載の解析法。
【請求項４】
工程（ｄ）の機能解析によって、アルコールまたは酒類の製造において、生産性の向上および／または香味の改善に関わる遺伝子をスクリーニングすることを含む、請求項３記載の解析法。
【請求項５】
遺伝子の破壊または遺伝子の過剰発現によって、機能解析を行う、請求項３または４記載の解析法。
【請求項６】
工業用酵母が醸造用酵母である、請求項１〜５のいずれかに記載の解析法。
【請求項７】
醸造用酵母がビール酵母である、請求項６記載の解析法。
【請求項８】
ビール酵母が下面発酵酵母である、請求項７記載の解析法。
【請求項９】
サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするか、またはサッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる、工業用酵母の遺伝子であって、請求項１〜８のいずれか１項記載の解析法によって得られる、前記遺伝子。
【請求項１０】
各々が、サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするか、またはサッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる、工業用酵母の１以上の遺伝子を含む遺伝子ライブラリーであって、請求項１〜８のいずれか１項記載の解析法によって得られる、前記ライブラリー。
【請求項１１】
工業用酵母の遺伝子が、配列番号３３〜６２３６、配列番号１６６１５４〜１６６１８１、配列番号１６６４９０〜１６７０４２および配列番号１７３１２５〜１７４６０３から選択されるヌクレオチド配列いずれかに含まれるか、該配列いずれかからなるか、または該配列いずれかを有する、請求項１０記載の遺伝子ライブラリー。
【請求項１２】
１以上のＤＮＡを含むＤＮＡアレイであって、各ＤＮＡが（１）〜（４）：
（１）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする、工業用酵母のゲノム配列のオープンリーディングフレームのヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる、オープンリーディングフレーム以外の工業用酵母のゲノム配列のヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（３）配列番号１６６４９０〜１６７０４２のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、または配列番号１６７０４３〜１７３１２４のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ；および
（４）配列番号１７３１２５〜１７４６０３のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、または配列番号１７４６０４〜１９０８１０のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ
の少なくとも１つの群から選択される、前記ＤＮＡアレイ。
【請求項１３】
（１）〜（４）のすべての群から少なくとも１つのＤＮＡが選択されるＤＮＡを含む、請求項１２記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１４】
（１）のＤＮＡが、配列番号３３〜６２３６、配列番号１６６１５４〜１６６１８１、配列番号６２３７〜７５３３６、および配列番号１６６１８２〜１６６４８９から選択されるヌクレオチド配列いずれかに含まれるか、該配列いずれかからなるか、または該配列いずれかを有する、請求項１２または１３記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１５】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群に加えて、以下の（５）および／または（６）のＤＮＡ：
（５）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に、９７％より高い同一性を有するアミノ酸配列をコードする、工業用酵母のゲノム配列のオープンリーディングフレームのヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（６）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に、９４％より高い同一性を有するヌクレオチド配列からなる、オープンリーディングフレーム以外の工業用酵母のゲノム配列のヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
をさらに含み、そして所望によって、以下の（５’）および／または（６’）のＤＮＡ：
（５’）（５）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（６’）（６）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
を含む、請求項１２〜１４のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１６】
（５）のＤＮＡが、配列番号７５３３７〜８２７８４、または配列番号８２７８５〜１６６１５３のいずれか１つのヌクレオチド配列を有する、請求項１５記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１７】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群に加えて、以下の（７）〜（１０）の少なくとも１つから選択されるＤＮＡ：
（７）（１）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（８）（２）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（９）（３）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（１０）（４）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
を含む、請求項１２〜１６のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１８】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群に加えて、以下の（７−１）〜（１０−１）の少なくとも１つから選択されるＤＮＡ：
（７−１）（１）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（８−１）（２）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（９−１）（３）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（１０−１）（４）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
を含む、請求項１７記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１９】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群、（７）〜（１０）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群、（５）および／または（６）のＤＮＡならびに（５’）および／または（６’）のＤＮＡを含む、請求項１２〜１８のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項２０】
ＤＮＡが１０〜３０ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドである、請求項１２〜１９のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項２１】
工業用酵母の遺伝子の解析法のための、請求項１２〜２０のいずれか１項記載のＤＮＡアレイの使用。
【請求項２２】
工業用酵母を分類するための方法であって
（ａ）工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１５〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）（１）〜（４）のいずれかへのハイブリダイゼーション比、ならびに（５）および／または（６）へのハイブリダイゼーション比を計算する
ことを含む、前記方法。
【請求項２３】
請求項２２記載の分類法であって、請求項１９のＤＮＡアレイを用い、そして
（１）および／または（２）のＤＮＡにハイブリダイズするが、（７）および／または（８）のＤＮＡにハイブリダイズしない遺伝子の割合を、（１）〜（４）のいずれかへのハイブリダイゼーション比として決定し、そして
（５）および／または（６）のＤＮＡにハイブリダイズするが、（５’）および／または（６’）のＤＮＡにハイブリダイズしない遺伝子の割合を、（５）および／または（６）のいずれかへのハイブリダイゼーション比として決定する、前記方法。
【請求項２４】
工業用酵母のゲノムにおけるヌクレオチド多型を検出するための方法であって
（ａ）工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１７〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）（７）〜（１０）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度が、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度より高い遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２５】
工業用酵母の有用な株をスクリーニングするための方法であって
（ａ）工業用酵母株から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）そのハイブリダイゼーション強度が、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへの平均ハイブリダイゼーション強度に比較して、１．５倍高いか、または２／３以下である、１以上の遺伝子を、該工業用酵母株が含有する場合、該株を有用と決定する
ことを含む、前記方法。
【請求項２６】
工業用酵母の遺伝子をスクリーニングするための方法であって
（ａ）工業用酵母株から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）そのハイブリダイゼーション強度が、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへの平均ハイブリダイゼーション強度に比較して、１．５倍高いか、または２／３以下である、遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２７】
工業用酵母の遺伝子をスクリーニングするための方法であって
（ａ−１）工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；
（ａ−２）工程（ａ−１）とは独立に、別の工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）工程（ａ−１）での、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度が、工程（ａ−２）でのハイブリダイゼーション強度と有意に異なる遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２８】
工業用酵母の遺伝子をスクリーニングするための方法であって
（ａ−１）工業用酵母から調製したｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；
（ａ−２）工程（ａ−１）とは独立に、該工業用酵母から調製したｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ、ここで（ａ−２）の工業用酵母は、（ａ−１）の工業用酵母のための培養条件とは異なる条件で培養されている；そして
（ｂ）工程（ａ−１）での、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度が、工程（ａ−２）でのハイブリダイゼーション強度と有意に異なる遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２９】
請求項２６〜２８のいずれか１項のスクリーニング法によって得られる遺伝子。
【請求項３０】
請求項９または２９記載の遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度が上昇することを特徴とする、前記遺伝子。
【請求項３１】
以下のｉ）およびｉｉ）：
ｉ）配列番号３に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、および
ｉｉ）１以上のアミノ酸残基（単数または複数）が、配列番号３に示すアミノ酸配列から欠失し、該配列を置換し、そして／または該配列に付加されているアミノ酸配列を有し、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有する、ポリペプチド
のいずれか１つのポリペプチドをコードする核酸。
【請求項３２】
以下のａ）およびｂ）：
（ａ）配列番号１に示すヌクレオチド配列を有する核酸；および
（ｂ）ストリンジェントな条件下で、配列番号１に示すヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列にハイブリダイズし、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有するポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を有する、核酸
から選択される、請求項３１記載の核酸。
【請求項３３】
請求項９または請求項２９〜３０の遺伝子、あるいは請求項３１〜３２の核酸を含有する、組換えベクター。
【請求項３４】
請求項３３の組換えベクターを含む、形質転換体。
【請求項３５】
サッカロマイセス属の酵母である、請求項３４記載の形質転換体。
【請求項３６】
以下のｉ）およびｉｉ）：
ｉ）配列番号３に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド；および
ｉｉ）１以上のアミノ酸残基（単数または複数）が、配列番号３に示すアミノ酸配列から欠失し、該配列を置換し、そして／または該配列に付加されているアミノ酸配列を有し、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有する、ポリペプチド
のいずれか１つのポリペプチド。
【請求項３７】
以下のａ）およびｂ）：
（ａ）配列番号１に示すヌクレオチド配列を有する核酸；および
（ｂ）ストリンジェントな条件下で、配列番号１に示すヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列にハイブリダイズし、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有するポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を有する、核酸
から選択される核酸にコードされる、請求項３６記載のポリペプチド。
【請求項３８】
請求項３４または３５の形質転換体を用いて、アルコールまたは酒類を製造するための方法。
【請求項３９】
請求項９または請求項２９〜３０の遺伝子、あるいは請求項３１〜３２の核酸の発現が調節されていることを特徴とする、アルコールまたは酒類の製造に適した酵母の育種法。
【請求項４０】
酵母がサッカロマイセス属に属する、請求項３９記載の育種法。
【請求項４１】
請求項３９または４０の育種法によって得られる酵母。
【請求項４２】
請求項４１に言及する酵母を用いて、アルコールまたは酒類を製造するための方法。
【請求項４３】
請求項４２の製造法によって製造される、アルコールまたは酒類。
【請求項４４】
工業用酵母の遺伝子を解析するための方法であって
（ｃ−１）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする工業用酵母の遺伝子を選択するか、または
（ｃ−２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる工業用酵母の遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項１】
工業用酵母の遺伝子を解析するための方法であって
（ａ）工業用酵母のゲノム配列のヌクレオチド配列を解析し；そして
（ｃ−１）サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする工業用酵母の遺伝子を選択するか、または
（ｃ−２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる工業用酵母の遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２】
（ｂ）工程（ａ）の後、そして工程（ｃ−１）または（ｃ−２）の前に、工業用酵母のゲノム配列を、サッカロマイセス・セレビシエのゲノム配列と比較する
ことを含む、請求項１記載の解析法。
【請求項３】
（ｄ）工程（ｃ−１）または（ｃ−２）の後に、選択した遺伝子の機能解析を行う
ことを含む、請求項１または２記載の解析法。
【請求項４】
工程（ｄ）の機能解析によって、アルコールまたは酒類の製造において、生産性の向上および／または香味の改善に関わる遺伝子をスクリーニングすることを含む、請求項３記載の解析法。
【請求項５】
遺伝子の破壊または遺伝子の過剰発現によって、機能解析を行う、請求項３または４記載の解析法。
【請求項６】
工業用酵母が醸造用酵母である、請求項１〜５のいずれかに記載の解析法。
【請求項７】
醸造用酵母がビール酵母である、請求項６記載の解析法。
【請求項８】
ビール酵母が下面発酵酵母である、請求項７記載の解析法。
【請求項９】
サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするか、またはサッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる、工業用酵母の遺伝子であって、請求項１〜８のいずれか１項記載の解析法によって得られる、前記遺伝子。
【請求項１０】
各々が、サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするか、またはサッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる、工業用酵母の１以上の遺伝子を含む遺伝子ライブラリーであって、請求項１〜８のいずれか１項記載の解析法によって得られる、前記ライブラリー。
【請求項１１】
工業用酵母の遺伝子が、配列番号３３〜６２３６、配列番号１６６１５４〜１６６１８１、配列番号１６６４９０〜１６７０４２および配列番号１７３１２５〜１７４６０３から選択されるヌクレオチド配列いずれかに含まれるか、該配列いずれかからなるか、または該配列いずれかを有する、請求項１０記載の遺伝子ライブラリー。
【請求項１２】
１以上のＤＮＡを含むＤＮＡアレイであって、各ＤＮＡが（１）〜（４）：
（１）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする、工業用酵母のゲノム配列のオープンリーディングフレームのヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる、オープンリーディングフレーム以外の工業用酵母のゲノム配列のヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（３）配列番号１６６４９０〜１６７０４２のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、または配列番号１６７０４３〜１７３１２４のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ；および
（４）配列番号１７３１２５〜１７４６０３のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、または配列番号１７４６０４〜１９０８１０のいずれかのヌクレオチド配列を有するＤＮＡ
の少なくとも１つの群から選択される、前記ＤＮＡアレイ。
【請求項１３】
（１）〜（４）のすべての群から少なくとも１つのＤＮＡが選択されるＤＮＡを含む、請求項１２記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１４】
（１）のＤＮＡが、配列番号３３〜６２３６、配列番号１６６１５４〜１６６１８１、配列番号６２３７〜７５３３６、および配列番号１６６１８２〜１６６４８９から選択されるヌクレオチド配列いずれかに含まれるか、該配列いずれかからなるか、または該配列いずれかを有する、請求項１２または１３記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１５】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群に加えて、以下の（５）および／または（６）のＤＮＡ：
（５）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に、９７％より高い同一性を有するアミノ酸配列をコードする、工業用酵母のゲノム配列のオープンリーディングフレームのヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（６）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に、９４％より高い同一性を有するヌクレオチド配列からなる、オープンリーディングフレーム以外の工業用酵母のゲノム配列のヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列から選択される連続１０以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
をさらに含み、そして所望によって、以下の（５’）および／または（６’）のＤＮＡ：
（５’）（５）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（６’）（６）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
を含む、請求項１２〜１４のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１６】
（５）のＤＮＡが、配列番号７５３３７〜８２７８４、または配列番号８２７８５〜１６６１５３のいずれか１つのヌクレオチド配列を有する、請求項１５記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１７】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群に加えて、以下の（７）〜（１０）の少なくとも１つから選択されるＤＮＡ：
（７）（１）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（８）（２）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（９）（３）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（１０）（４）のＤＮＡに対して１以上の塩基（単数または複数）のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
を含む、請求項１２〜１６のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１８】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群に加えて、以下の（７−１）〜（１０−１）の少なくとも１つから選択されるＤＮＡ：
（７−１）（１）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（８−１）（２）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；
（９−１）（３）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ；および
（１０−１）（４）のＤＮＡに対して１塩基のミスマッチを含有するヌクレオチド配列、または上記ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなるＤＮＡ
を含む、請求項１７記載のＤＮＡアレイ。
【請求項１９】
（１）〜（４）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群、（７）〜（１０）から選択されるＤＮＡの少なくとも１つの群、（５）および／または（６）のＤＮＡならびに（５’）および／または（６’）のＤＮＡを含む、請求項１２〜１８のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項２０】
ＤＮＡが１０〜３０ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドである、請求項１２〜１９のいずれか１項記載のＤＮＡアレイ。
【請求項２１】
工業用酵母の遺伝子の解析法のための、請求項１２〜２０のいずれか１項記載のＤＮＡアレイの使用。
【請求項２２】
工業用酵母を分類するための方法であって
（ａ）工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１５〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）（１）〜（４）のいずれかへのハイブリダイゼーション比、ならびに（５）および／または（６）へのハイブリダイゼーション比を計算する
ことを含む、前記方法。
【請求項２３】
請求項２２記載の分類法であって、請求項１９のＤＮＡアレイを用い、そして
（１）および／または（２）のＤＮＡにハイブリダイズするが、（７）および／または（８）のＤＮＡにハイブリダイズしない遺伝子の割合を、（１）〜（４）のいずれかへのハイブリダイゼーション比として決定し、そして
（５）および／または（６）のＤＮＡにハイブリダイズするが、（５’）および／または（６’）のＤＮＡにハイブリダイズしない遺伝子の割合を、（５）および／または（６）のいずれかへのハイブリダイゼーション比として決定する、前記方法。
【請求項２４】
工業用酵母のゲノムにおけるヌクレオチド多型を検出するための方法であって
（ａ）工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１７〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）（７）〜（１０）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度が、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度より高い遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２５】
工業用酵母の有用な株をスクリーニングするための方法であって
（ａ）工業用酵母株から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）そのハイブリダイゼーション強度が、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへの平均ハイブリダイゼーション強度に比較して、１．５倍高いか、または２／３以下である、１以上の遺伝子を、該工業用酵母株が含有する場合、該株を有用と決定する
ことを含む、前記方法。
【請求項２６】
工業用酵母の遺伝子をスクリーニングするための方法であって
（ａ）工業用酵母株から調製したゲノムＤＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）そのハイブリダイゼーション強度が、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへの平均ハイブリダイゼーション強度に比較して、１．５倍高いか、または２／３以下である、遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２７】
工業用酵母の遺伝子をスクリーニングするための方法であって
（ａ−１）工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；
（ａ−２）工程（ａ−１）とは独立に、別の工業用酵母から調製したゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；そして
（ｂ）工程（ａ−１）での、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度が、工程（ａ−２）でのハイブリダイゼーション強度と有意に異なる遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２８】
工業用酵母の遺伝子をスクリーニングするための方法であって
（ａ−１）工業用酵母から調製したｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ；
（ａ−２）工程（ａ−１）とは独立に、該工業用酵母から調製したｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを、請求項１２〜２０のいずれか１項のＤＮＡアレイにハイブリダイズさせ、ここで（ａ−２）の工業用酵母は、（ａ−１）の工業用酵母のための培養条件とは異なる条件で培養されている；そして
（ｂ）工程（ａ−１）での、（１）〜（４）のいずれかのＤＮＡへのハイブリダイゼーション強度が、工程（ａ−２）でのハイブリダイゼーション強度と有意に異なる遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【請求項２９】
請求項２６〜２８のいずれか１項のスクリーニング法によって得られる遺伝子。
【請求項３０】
請求項９または２９記載の遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度が上昇することを特徴とする、前記遺伝子。
【請求項３１】
以下のｉ）およびｉｉ）：
ｉ）配列番号３に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド、および
ｉｉ）１以上のアミノ酸残基（単数または複数）が、配列番号３に示すアミノ酸配列から欠失し、該配列を置換し、そして／または該配列に付加されているアミノ酸配列を有し、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有する、ポリペプチド
のいずれか１つのポリペプチドをコードする核酸。
【請求項３２】
以下のａ）およびｂ）：
（ａ）配列番号１に示すヌクレオチド配列を有する核酸；および
（ｂ）ストリンジェントな条件下で、配列番号１に示すヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列にハイブリダイズし、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有するポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を有する、核酸
から選択される、請求項３１記載の核酸。
【請求項３３】
請求項９または請求項２９〜３０の遺伝子、あるいは請求項３１〜３２の核酸を含有する、組換えベクター。
【請求項３４】
請求項３３の組換えベクターを含む、形質転換体。
【請求項３５】
サッカロマイセス属の酵母である、請求項３４記載の形質転換体。
【請求項３６】
以下のｉ）およびｉｉ）：
ｉ）配列番号３に示すアミノ酸配列を有するポリペプチド；および
ｉｉ）１以上のアミノ酸残基（単数または複数）が、配列番号３に示すアミノ酸配列から欠失し、該配列を置換し、そして／または該配列に付加されているアミノ酸配列を有し、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有する、ポリペプチド
のいずれか１つのポリペプチド。
【請求項３７】
以下のａ）およびｂ）：
（ａ）配列番号１に示すヌクレオチド配列を有する核酸；および
（ｂ）ストリンジェントな条件下で、配列番号１に示すヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列にハイブリダイズし、そして該遺伝子を工業用酵母で発現させた場合、該酵母の培地中の亜硫酸濃度を上昇させる活性を有するポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を有する、核酸
から選択される核酸にコードされる、請求項３６記載のポリペプチド。
【請求項３８】
請求項３４または３５の形質転換体を用いて、アルコールまたは酒類を製造するための方法。
【請求項３９】
請求項９または請求項２９〜３０の遺伝子、あるいは請求項３１〜３２の核酸の発現が調節されていることを特徴とする、アルコールまたは酒類の製造に適した酵母の育種法。
【請求項４０】
酵母がサッカロマイセス属に属する、請求項３９記載の育種法。
【請求項４１】
請求項３９または４０の育種法によって得られる酵母。
【請求項４２】
請求項４１に言及する酵母を用いて、アルコールまたは酒類を製造するための方法。
【請求項４３】
請求項４２の製造法によって製造される、アルコールまたは酒類。
【請求項４４】
工業用酵母の遺伝子を解析するための方法であって
（ｃ−１）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子にコードされるアミノ酸配列に７０〜９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする工業用酵母の遺伝子を選択するか、または
（ｃ−２）サッカロマイセス・セレビシエの遺伝子のヌクレオチド配列に６０〜９４％の同一性を有するヌクレオチド配列からなる工業用酵母の遺伝子を選択する
ことを含む、前記方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図５】
【図６】
【図２】
【図３】
【図４】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図５】
【図６】
【公表番号】特表２００８−５１１３０５（Ｐ２００８−５１１３０５Ａ）
【公表日】平成２０年４月１７日（２００８．４．１７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５２９０３８（Ｐ２００７−５２９０３８）
【出願日】平成１７年８月３０日（２００５．８．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００５／００２９０８
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０２４９５１
【国際公開日】平成１８年３月９日（２００６．３．９）
【出願人】（０００００１９０４）サントリー株式会社 (319)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年４月１７日（２００８．４．１７）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年８月３０日（２００５．８．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＩＢ２００５／００２９０８
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０２４９５１
【国際公開日】平成１８年３月９日（２００６．３．９）
【出願人】（０００００１９０４）サントリー株式会社 (319)
【Ｆターム（参考）】
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