新規遺伝子０１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ（１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂとも称される）およびそのコードタンパク質、ならびにこれらの改変体が、記載され、ここで、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂは、正常な成人組織中で組織特異的な発現を示し、表Ｉに列挙される癌において異常に発現される。結果として、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂは、癌に対する、診断標的、予後標的、予防標的および／または治療標的を提供する。１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ遺伝子またはそのフラグメント、あるいはそのコードタンパク質、またはその改変体、またはそのフラグメントは、体液性免疫応答または細胞性免疫応答を誘発するために使用され得；１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂと反応性である抗体またはＴ細胞は、能動免疫または受動免疫において使用され得る。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下：
ａ）図２のタンパク質の状態を調節する物質か、または
ｂ）図２のタンパク質によって調節され、それによって図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する分子、
を含有する、組成物。
【請求項２】
生理学的に受容可能なキャリアをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
ヒト単位投薬形態の請求項１に記載の組成物を含有する、薬学的組成物。
【請求項４】
前記物質が、抗体またはそのフラグメントを含み、該抗体またはそのフラグメントが、図２のタンパク質に関連するタンパク質に特異的に結合する、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
モノクローナルである、請求項４に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項６】
ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、請求項４に記載の抗体。
【請求項７】
請求項４に記載の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項８】
請求項５に記載の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項９】
図２に記載のタンパク質を発現する細胞に対して細胞毒性剤または診断剤を送達する方法であって、該方法は、
請求項４に記載の抗体またはそのフラグメントに結合される、細胞毒性剤または診断剤を提供する工程；および、
該細胞を、抗体−薬剤またはフラグメント−薬剤結合体に曝露する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０】
前記物質が、抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記物質が、図２のタンパク質に関連するタンパク質を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
図２に示される全アミノ酸配列に対して少なくとも９０％相同である、請求項１１に記載のタンパク質。
【請求項１３】
前記物質が、以下：
ａ）図２のタンパク質の連続した８、９、１０、または１１アミノ酸のペプチド：
ｂ）表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩのペプチド；
ｃ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶのペプチド；または、
ｄ）表ＸＬＶＩ〜ＸＬＩＸのペプチド、
を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
前記物質が、図２のタンパク質のアミノ酸配列に由来する、ＣＴＬポリペプチドまたはそのアナログを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１５】
前記エピトープが、図２の全アミノ酸配列ではないという条件によってさらに限定される、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
前記物質が、表ＶＩＩＩ〜ＸＸＩに示されるＣＴＬポリペプチドを含む、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ポリペプチドが、図２のタンパク質の全アミノ酸配列ではないという条件によってさらに限定される、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記物質が、図２のアミノ酸配列由来の抗体ポリペプチドエピトープを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１９】
前記エピトープが、図２の全アミノ酸配列ではないという条件によってさらに限定される、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
請求項１８に記載の組成物であって、ここで、前記抗体エピトープが、図２の少なくとも５アミノ酸のペプチド領域を、該ペプチドの末端までの任意の整数増分で含み、ここで、該エピトープは、以下：
ａ）図５の親水性度プロフィールにおいて０．５を超える値を有するアミノ酸位置、
ｂ）図６のヒドロパシープロフィールにおいて０．５未満の値を有するアミノ酸位置、
ｃ）図７のパーセント接近可能残基プロフィールにおいて０．５を超える値を有するアミノ酸位置；
ｄ）図８の平均可橈性プロフィールにおいて０．５を超える値を有するアミノ酸位置； ｅ）図９のβ−ターンプロフィールにおいて０．５を超える値を有するアミノ酸位置； ｆ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも２つの組み合わせ；
ｇ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも３つの組み合わせ；
ｈ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも４つの組み合わせ；または
ｉ）ａ）〜ｅ）の５つの組み合わせ；
から選択されるアミノ酸位置を含む、組成物。
【請求項２１】
前記エピトープが、図２の全アミノ酸配列ではないという条件によってさらに限定される、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
請求項１１のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項２３】
図２に記載の核酸分子を含む、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
前記コードされるタンパク質が、図２の全アミノ酸配列ではないという条件によってさらに限定される、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
Ｔが、Ｕで置換される、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２６】
前記物質が、図２の核酸配列のコード配列を含むポリヌクレオチドを含有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項２７】
請求項１１に記載のさらなるタンパク質をコードする、さらなるヌクレオチド配列をさらに含む、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２８】
請求項２２に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２９】
請求項２５に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項３０】
請求項２７に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項３１】
前記物質が、以下：
ａ）１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂコード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、または
ｂ）該リボザイムをコードする核酸分子；
および、生理学的に受容可能なキャリア、
を含有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３２】
前記物質が、ヒトＴ細胞を含み、ここで、該Ｔ細胞が、特定のＨＬＡ分子の状況で、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂペプチド部分配列を特異的に認識する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３３】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法であって、該方法は、請求項１に記載の組成物を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項３４】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項３３に記載の方法であって、該方法は、抗体またはそのフラグメントを該細胞に投与する工程を包含し、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質に特異的に結合する、方法。
【請求項３５】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項３３に記載の方法であって、該方法は、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項３６】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項３３に記載の方法であって、該方法は、
１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質に対するコード配列を含むポリヌクレオチド、または
１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質に対するコード配列に相補的であるポリヌクレオチド、
を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項３７】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項３３に記載の方法であって、該方法は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項３８】
図２のタンパク質および特定のＨＬＡ分子を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項３３に記載の方法であって、該方法は、
ヒトＴ細胞を該癌細胞に投与する工程を包含し、ここで、該Ｔ細胞が、図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識する一方、該部分配列が、特定のＨＬＡ分子の状況下に存在する、方法。
【請求項３９】
請求項３３に記載の方法であって、該方法は、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを投与し、それによって該コードされる単鎖抗体が、図２のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内的に発現される工程を包含する、方法。
【請求項４０】
図２のタンパク質に対して指向される哺乳動物免疫応答を生じさせる方法であって、該方法は、哺乳動物の免疫系の細胞を、
ａ）１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質、および／または
ｂ）該タンパク質をコードするヌクレオチド配列
の一部に曝露し、それによって、免疫応答が、該タンパク質に対して生じさせられる工程、を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の免疫応答を生じさせる方法であって、該方法は、
少なくとも１つのＴ細胞エピトープまたは少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質を提供する工程；および
該エピトープを、哺乳動物免疫系Ｔ細胞またはＢ細胞それぞれと接触させ、それによって、該Ｔ細胞またはＢ細胞が、活性化される工程、
を包含する、方法。
【請求項４２】
請求項４１に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、Ｂ細胞であり、それによって前記誘導されたＢ細胞が、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質に対して特異的に結合する抗体を産生する、方法。
【請求項４３】
請求項４１に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であって、それによって、前記活性化されたＣＴＬが、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質を発現する自己細胞を殺傷する、方法。
【請求項４４】
請求項４１に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であって、それによって、前記活性化されたＨＴＬが、サイトカインを分泌し、該サイトカインが、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞傷害性またはＢ細胞の抗体産生活性を助長する、方法。
【請求項４５】
サンプル中において、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質または１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は、
該サンプルを、請求項１に記載の物質と接触させる工程であって、該物質が、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質または１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連ポリヌクレオチドそれぞれに特異的に結合する、工程、および
該物質と、該１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質または該１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連ポリヌクレオチドそれぞれとの複合体の存在を測定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
サンプル中の１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質の存在を検出するための、請求項４５に記載の方法であって、該方法は、
該サンプルを抗体またはそのフラグメントと接触させる工程であって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、該１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質と特異的に結合する工程；および
該抗体またはそのフラグメントと１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ−関連タンパク質との複合体の存在を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
癌に罹患している患者または癌に罹患していることが疑われる患者から前記サンプルをとる工程をさらに包含する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
サンプル中の図２のｍＲＮＡのタンパク質の存在を検出するための請求項４５に記載の方法であって、該方法は、
少なくとも１つのプライマーを用いる逆転写によって該サンプルからｃＤＮＡを産生する工程；
該産生されたｃＤＮＡを、センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂポリヌクレオチドを使用して増幅する工程であって、ここで該センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして使用される１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂポリヌクレオチドが、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ ｃＤＮＡを増幅するように働く、工程；ならびに
該増幅された１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ ｃＤＮＡの存在を検出する工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
癌に罹患している患者または癌に罹患していることが疑われる患者からの生物学的サンプル中の１つ以上の１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ遺伝子産物をモニタリングするための、請求項４５に記載の方法であって、該方法は、
個体からの組織サンプル中の細胞によって発現される１つ以上の１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ遺伝子産物の状態を決定する工程；
該決定された状態を、対応する正常サンプル中の１つ以上の１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ遺伝子産物の状態と比較する工程；および
該正常サンプルに比較して、該サンプル中の１つ以上の１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂの異常な遺伝子産物の存在を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項５０】
請求項４９に記載の方法であって、該方法は、１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂ ｍＲＮＡの増加した遺伝子産物または１６１Ｐ２Ｆ１０Ｂタンパク質の１つ以上が存在するか否かを決定し、それによって、前記正常組織産物に対する前記試験産物中の増加した遺伝子産物の１つ以上の存在が、癌の存在または状態を示す工程をさらに包含する、方法。
【請求項５１】
前記癌が、表Ｉに示される組織に生じる、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
請求項４に記載の抗体であって、該抗体は、以下：
２００２年１１月７日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ；１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９ ＵＳＡ）に寄託され、寄託番号＿＿＿＿＿を割り当てられた、Ｘ４１（３）１５と命名されたハイブリドーマによって分泌されるモノクローナル抗体またはその結合領域；
２００２年１１月７日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ；１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９ ＵＳＡ）に寄託され、寄託番号＿＿＿＿＿を割り当てられた、Ｘ４１（３）２９と命名されたハイブリドーマによって分泌されるモノクローナル抗体またはその結合領域；
２００２年１１月７日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ；１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９ ＵＳＡ）に寄託され、寄託番号＿＿＿＿＿を割り当てられた、Ｘ４１（３）３７と命名されたハイブリドーマによって分泌されるモノクローナル抗体またはその結合領域；
２００２年１１月７日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ；１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９ ＵＳＡ）に寄託され、寄託番号＿＿＿＿＿を割り当てられた、Ｘ４１（４）６と命名されたハイブリドーマによって分泌されるモノクローナル抗体またはその結合領域；
２００２年１１月７日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ；１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９ ＵＳＡ）に寄託され、寄託番号＿＿＿＿＿を割り当てられた、Ｘ４１（３）１７と命名されたハイブリドーマによって分泌されるモノクローナル抗体またはその結合領域；あるいは
２００２年１１月７日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ；１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９ ＵＳＡ）に寄託され、寄託番号＿＿＿＿＿を割り当てられた、Ｘ４１（３）５０と命名されたハイブリドーマによって分泌されるモノクローナル抗体またはその結合領域；
である、抗体。

【図１】

【図２Ａ−１】

【図２Ａ−２】

【図２Ａ−３】

【図２Ａ−４】

【図２Ｂ−１】

【図２Ｂ−２】

【図２Ｂ−３】

【図２Ｃ−１】

【図２Ｃ−２】

【図２Ｃ−３】

【図２Ｄ−１】

【図２Ｄ−２】

【図２Ｄ−３】

【図２Ｅ−１】

【図２Ｅ−２】

【図２Ｅ−３】

【図２Ｆ−１】

【図２Ｆ−２】

【図２Ｆ−３】

【図２Ｇ−１】

【図２Ｇ−２】

【図２Ｇ−３】

【図３Ａ】

【図３Ｂ】

【図３Ｃ】

【図３Ｄ】

【図３Ｅ】

【図４Ａ】

【図４Ｂ】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３Ａ】

【図１３Ｂ】

【図１３Ｃ】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１】

【図４２】

【図４３】

【図４４】

【図４５】

【図４６】

【公開番号】特開２００８−１８８０１５（Ｐ２００８−１８８０１５Ａ）
【公開日】平成２０年８月２１日（２００８．８．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−４３３６８（Ｐ２００８−４３３６８）
【出願日】平成２０年２月２５日（２００８．２．２５）
【分割の表示】特願２００７−１６８３００（Ｐ２００７−１６８３００）の分割
【原出願日】平成１４年１１月７日（２００２．１１．７）
【出願人】（５００５５３６５９）アジェンシス，インコーポレイテッド (35)
【Ｆターム（参考）】