非ヌクレオチドオーバーハングを含むオリゴヌクレオチド化合物
本発明は、ヒト遺伝子の発現を下方制御するための少なくとも１つのセンスまたはアンチセンス鎖に共有結合した１つの非ヌクレオチド部分を含むｓｉＲＮＡ化合物に関する。本発明は、また、このような化合物および薬学的に許容可能なキャリアを含む医薬組成物、および標的遺伝子に関連する種々の疾患または状態および／またはこのような疾患または状態に関連する症状の発生または重症度を治療および／または防止する方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二重鎖核酸分子であって、少なくとも１つの鎖が、存在する鎖の３’末端ヌクレオチドの糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を含み、非ヌクレオチド部分が、プロパノール、リン酸ジエステルに結合したＣ３アルキル部分またはホスホロチオエートに結合したＣ３アルキル部分、デオキシリボ脱塩基部分、リボ脱塩基部分およびこれらの組み合わせからなる群より選択される分子。
【請求項２】
非ヌクレオチド部分が、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合を介して糖残基に結合している請求項１に記載の分子。
【請求項３】
非ヌクレオチド部分が、アンチセンス鎖の３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項１に記載の分子。
【請求項４】
Ｃ３アルキル部分が、Ｃ３ＰｉおよびＣ３ＯＨから選択される請求項３に記載の分子。
【請求項５】
分子が、リン酸ジエステルもしくはホスホロチオエート結合により共有結合した２つもしくは３つのＣ３アルキル部分、またはリン酸ジエステルもしくはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合した１つのＣ３アルキル部分を含む請求項１に記載の分子。
【請求項６】
分子が、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により共有結合した２つまたは３つのＣ３アルキル部分を含む請求項５に記載の分子。
【請求項７】
２つまたは３つのＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＰｉまたはＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ部分からなる請求項６に記載の分子。
【請求項８】
分子が、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で脱塩基部分に共有結合した１つのＣ３アルキル部分を含む請求項５に記載の分子。
【請求項９】
脱塩基部分が、デオキシリボ脱塩基部分またはリボ脱塩基部分よりなる請求項８に記載の分子。
【請求項１０】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ、ｒＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、ｄＡｂ−Ｃ３ＯＨ、およびｄＡｂ−Ｃ３Ｐｉからなる請求項９に記載の分子。
【請求項１１】
次の構造（Ａ１）を有する請求項１に記載の二重鎖核酸分子：
（Ａ１） ５’ （Ｎ）ｘ−Ｚ ３’ （アンチセンス鎖）
３’ Ｚ’−（Ｎ’）ｙ−ｚ" ５’ （センス鎖）
式中、各ＮおよびＮ’は、非修飾もしくは修飾であってもよく、または非通常部分であるヌクレオチドであり；
各（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙは、各連続したＮまたはＮ’が次のＮまたはＮ’に共有結合により結合しているオリゴヌクレオチドであり；
少なくとも１つのＺまたはＺ’が存在し、それが存在する鎖の３’末端に共有結合した非ヌクレオチド部分を含み；
ｚ"は、存在しても、または存在しなくてもよいが、存在する場合は、（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合したキャッピング部分であり；
各ｘおよびｙは、独立に、１８と４０の間の整数であり；
（Ｎ’）ｙの配列は、（Ｎ）ｘの配列に対し相補性を有し；さらに、（Ｎ）ｘの配列は、標的ＲＮＡ中の連続した配列に対し相補性を有する。
【請求項１２】
（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙが、完全に相補的である請求項１１に記載の分子。
【請求項１３】
ｘ＝ｙ＝１９である請求項１１に記載の分子。
【請求項１４】
Ｚが存在する請求項１１に記載の分子。
【請求項１５】
Ｚ’が存在する請求項１１に記載の分子。
【請求項１６】
ＺおよびＺ’の両方が存在する請求項１１に記載の分子。
【請求項１７】
ＺおよびＺ’が同じでない請求項１６に記載の分子。
【請求項１８】
ＺおよびＺ’が同じである請求項１６に記載の分子。
【請求項１９】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項１６に記載の分子。
【請求項２０】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項１４に記載の分子。
【請求項２１】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨまたはＣ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項１９または２０に記載の分子。
【請求項２２】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項１６に記載の分子。
【請求項２３】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項１４に記載の分子。
【請求項２４】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｄＡｂ、ｒＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｓ、ｄＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｄＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、またはｄＡｂ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項２２または２３に記載の分子。
【請求項２５】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項１６に記載の分子。
【請求項２６】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項１４に記載の分子。
【請求項２７】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分が、ｒＡｂ−ｒＡｂ、ｄＡｂ−ｒＡｂ、ｒＡｂ−ｄＡｂ、またはｄＡｂ−ｄＡｂを含む請求項２５または２６に記載の分子。
【請求項２８】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＰｉまたはＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項２１に記載の分子。
【請求項２９】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項２８に記載の分子。
【請求項３０】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉからなる請求項２８に記載の分子。
【請求項３１】
Ｚおよび／またはＺ’が、脱塩基部分および非修飾ヌクレオチド、またはＣ３アルキル部分および非修飾ヌクレオチドを含む請求項１１に記載の分子。
【請求項３２】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘが、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７および１９のそれぞれの位置に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む請求項１１〜３１のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３３】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘが、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７および１９のそれぞれの位置に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む請求項１１〜３１のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３４】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙが、位置１８にＬ−ＤＮＡを含む請求項１１〜３３のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３５】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙが、２’−５’ヌクレオチド間結合により隣接ヌクレオチドに結合したヌクレオチドを含む請求項１１〜３３のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３６】
（Ｎ）ｘが、標的ＲＮＡに完全に相補的ではない請求項１１に記載の分子。
【請求項３７】
下記の構造（Ａ２）を有する請求項３６に記載の分子：
（Ａ２） ５’ Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ ３’ （アンチセンス鎖）
３’ Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ" ５’ （センス鎖）
式中、各Ｎ２、ＮおよびＮ’は、非修飾もしくは修飾リボヌクレオチド、または非通常部分であり；
各（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙは、各連続ＮまたはＮ’が、隣接ＮまたはＮ’に共有結合で結合したオリゴヌクレオチドであり；
各ｘおよびｙが、独立に、１７および３９の間の整数であり；
（Ｎ’）ｙの配列は、（Ｎ）ｘの配列に対し相補性を有し、（Ｎ）ｘは、標的ＲＮＡ中の連続した配列に相補性を有し；
Ｎ１は、（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡにミスマッチであるか、または標的ＲＮＡに対し相補的なＤＮＡ部分であり；
Ｎ１は、天然または修飾ウリジン、デオキシリボウリジン、リボチミジン、デオキシリボチミジン、アデノシンまたはデオキシアデノシンからなる群より選択される部分であり；
ｚ"は、存在しても、または存在しなくてもよいが、存在する場合には、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合したキャッピング部分であり；さらに
少なくとも１つのＺまたはＺ’が存在し、それが存在する鎖の３’末端に共有結合した非ヌクレオチド部分を含む。
【請求項３８】
（Ｎ）ｘが、哺乳動物または非哺乳動物ＲＮＡ中の連続した配列に対し相補的である請求項３７に記載の分子。
【請求項３９】
ｘ＝ｙ＝１８である請求項３７に記載の分子。
【請求項４０】
Ｎ１およびＮ２が、ワトソン・クリック塩基対を形成する請求項３７に記載の分子。
【請求項４１】
Ｎ１およびＮ２が、非ワトソン・クリック塩基対を形成する請求項３７に記載の分子。
【請求項４２】
Ｎ１が、リボアデノシン、修飾リボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾デオキシリボアデノシンからなる群より選択される請求項３７に記載の分子。
【請求項４３】
Ｎ１が、リボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾リボウリジン、および修飾デオキシリボウリジンからなる群より選択される請求項３７に記載の分子。
【請求項４４】
Ｎ１が、修飾リボアデノシンまたは修飾リボウリジンである請求項３７に記載の分子。
【請求項４５】
Ｎ１が、２’ＯＭｅ糖修飾リボウリジンまたは２’ＯＭｅ糖修飾リボアデノシンである請求項４４に記載の分子。
【請求項４６】
Ｎ２が、２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドまたは２’ＯＭｅ糖修飾デオキシリボヌクレオチドである請求項３７に記載の分子。
【請求項４７】
Ｚが存在する請求項３７に記載の分子。
【請求項４８】
Ｚ’が存在する請求項３７に記載の分子。
【請求項４９】
ＺおよびＺ’の両方が存在する請求項３７に記載の分子。
【請求項５０】
ＺおよびＺ’が同じでない請求項４９に記載の分子。
【請求項５１】
ＺおよびＺ’が同じである請求項４９に記載の分子。
【請求項５２】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項４９に記載の分子。
【請求項５３】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項４７に記載の分子。
【請求項５４】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨまたはＣ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項５２または５３に記載の分子。
【請求項５５】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項４９に記載の分子。
【請求項５６】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項４７に記載の分子。
【請求項５７】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｄＡｂ、ｒＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｓ、ｄＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｄＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、またはｄＡｂ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項５５または５６に記載の分子。
【請求項５８】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項４９に記載の分子。
【請求項５９】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項４７に記載の分子。
【請求項６０】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分が、ｒＡｂ−ｒＡｂ、ｄＡｂ−ｒＡｂ、ｒＡｂ−ｄＡｂ、またはｄＡｂ−ｄＡｂを含む請求項５８または５９に記載の分子。
【請求項６１】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＰｉまたはＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項５４に記載の分子。
【請求項６２】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項６１に記載の分子。
【請求項６３】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉからなる請求項６１に記載の分子。
【請求項６４】
Ｚおよび／またはＺ’が、脱塩基部分および非修飾ヌクレオチド、またはＣ３アルキル部分および非修飾ヌクレオチドを含む請求項３７に記載の分子。
【請求項６５】
ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙが、位置１７にミラーヌクレオチドを含む請求項３７〜６４のいずれか１項に記載の分子。
【請求項６６】
ミラーヌクレオチドがＬ−ＤＮＡである請求項６５に記載の分子。
【請求項６７】
ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙが、２’−５’ヌクレオチド間結合により隣接ヌクレオチドに結合したヌクレオチドを含む請求項３７〜６４のいずれか１項に記載の分子。
【請求項６８】
（Ｎ）ｘが、少なくとも１つの２−ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む請求項３７〜６７のいずれか１項に記載の分子。
【請求項６９】
請求項１〜６８のいずれか１項に記載の分子、および薬学的に許容可能なキャリアを含む医薬組成物。
【請求項７０】
標的遺伝子の発現に関連する疾患または障害に罹患している患者を治療する方法であって、標的遺伝子の発現を減らすのに有効な量の請求項１〜６８のいずれか１項に記載の分子を患者に投与し、それにより、患者を治療することを含む方法。
【請求項７１】
標的ＲＮＡの開裂を媒介する二重鎖ＲＮＡ分子を調製する方法であって、
（ａ）１８〜２７長のヌクレオチドを有し、標的ＲＮＡ中の配列に対し同一性を有するＲＮＡ鎖を合成するステップ、
（ｂ）（ａ）のＲＮＡ鎖に相同性を有する第２のＲＮＡ鎖を合成するステップ、さらに
（ｃ）二重鎖ＲＮＡ分子を形成するのに適切な条件下で、合成したＲＮＡ鎖をアニールするステップを含み、
前記二重鎖ＲＮＡ分子が、１４〜２５ヌクレオチド長の二重鎖領域、およびそれが存在する鎖の３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を有し、非ヌクレオチド部分が、プロパノール、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエートに結合したＣ３アルキル部分、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合に結合したＣ３アルキル部分、デオキシリボ脱塩基部分またはリボ脱塩基部分およびこれらの組み合わせから選択され；さらにＲＮＡ鎖が、修飾リボヌクレオチドを含む、方法。
【請求項７２】
前記ＲＮＡ鎖が、１９〜２１ヌクレオチド長を有する請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
標的遺伝子の発現を下方制御できる二重鎖ＲＮＡ分子を調製する方法であって、各ＲＮＡ鎖が、１９〜２５ヌクレオチドの長さを有し、少なくとも１つの鎖が、３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を有し、
（ａ）それぞれ１９〜２５ヌクレオチド長を有する２つのＲＮＡ鎖を合成するステップであって、前記ＲＮＡ鎖が、二重鎖ＲＮＡ分子を形成可能であるステップ、
（ｂ）合成したＲＮＡ鎖を標的核酸の下方制御を媒介する二重鎖ＲＮＡ分子が形成される条件下で結合するステップを含み、
前記二重鎖ＲＮＡ分子が、単一二重鎖領域からなり、少なくとも１つの単鎖領域が、それが存在する鎖の３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を含み；非ヌクレオチド部分が、プロパノール、リン酸ジエステルに結合したＣ３アルキル部分、ホスホロチオエートに結合したＣ３アルキル部分、デオキシリボ脱塩基部分、リボ脱塩基部分またはこれらの組み合わせから選択される方法。
【請求項１】
センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二重鎖核酸分子であって、少なくとも１つの鎖が、存在する鎖の３’末端ヌクレオチドの糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を含み、非ヌクレオチド部分が、プロパノール、リン酸ジエステルに結合したＣ３アルキル部分またはホスホロチオエートに結合したＣ３アルキル部分、デオキシリボ脱塩基部分、リボ脱塩基部分およびこれらの組み合わせからなる群より選択される分子。
【請求項２】
非ヌクレオチド部分が、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合を介して糖残基に結合している請求項１に記載の分子。
【請求項３】
非ヌクレオチド部分が、アンチセンス鎖の３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項１に記載の分子。
【請求項４】
Ｃ３アルキル部分が、Ｃ３ＰｉおよびＣ３ＯＨから選択される請求項３に記載の分子。
【請求項５】
分子が、リン酸ジエステルもしくはホスホロチオエート結合により共有結合した２つもしくは３つのＣ３アルキル部分、またはリン酸ジエステルもしくはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合した１つのＣ３アルキル部分を含む請求項１に記載の分子。
【請求項６】
分子が、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により共有結合した２つまたは３つのＣ３アルキル部分を含む請求項５に記載の分子。
【請求項７】
２つまたは３つのＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＰｉまたはＣ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ部分からなる請求項６に記載の分子。
【請求項８】
分子が、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で脱塩基部分に共有結合した１つのＣ３アルキル部分を含む請求項５に記載の分子。
【請求項９】
脱塩基部分が、デオキシリボ脱塩基部分またはリボ脱塩基部分よりなる請求項８に記載の分子。
【請求項１０】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ、ｒＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、ｄＡｂ−Ｃ３ＯＨ、およびｄＡｂ−Ｃ３Ｐｉからなる請求項９に記載の分子。
【請求項１１】
次の構造（Ａ１）を有する請求項１に記載の二重鎖核酸分子：
（Ａ１） ５’ （Ｎ）ｘ−Ｚ ３’ （アンチセンス鎖）
３’ Ｚ’−（Ｎ’）ｙ−ｚ" ５’ （センス鎖）
式中、各ＮおよびＮ’は、非修飾もしくは修飾であってもよく、または非通常部分であるヌクレオチドであり；
各（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙは、各連続したＮまたはＮ’が次のＮまたはＮ’に共有結合により結合しているオリゴヌクレオチドであり；
少なくとも１つのＺまたはＺ’が存在し、それが存在する鎖の３’末端に共有結合した非ヌクレオチド部分を含み；
ｚ"は、存在しても、または存在しなくてもよいが、存在する場合は、（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合したキャッピング部分であり；
各ｘおよびｙは、独立に、１８と４０の間の整数であり；
（Ｎ’）ｙの配列は、（Ｎ）ｘの配列に対し相補性を有し；さらに、（Ｎ）ｘの配列は、標的ＲＮＡ中の連続した配列に対し相補性を有する。
【請求項１２】
（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙが、完全に相補的である請求項１１に記載の分子。
【請求項１３】
ｘ＝ｙ＝１９である請求項１１に記載の分子。
【請求項１４】
Ｚが存在する請求項１１に記載の分子。
【請求項１５】
Ｚ’が存在する請求項１１に記載の分子。
【請求項１６】
ＺおよびＺ’の両方が存在する請求項１１に記載の分子。
【請求項１７】
ＺおよびＺ’が同じでない請求項１６に記載の分子。
【請求項１８】
ＺおよびＺ’が同じである請求項１６に記載の分子。
【請求項１９】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項１６に記載の分子。
【請求項２０】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項１４に記載の分子。
【請求項２１】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨまたはＣ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項１９または２０に記載の分子。
【請求項２２】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項１６に記載の分子。
【請求項２３】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項１４に記載の分子。
【請求項２４】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｄＡｂ、ｒＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｓ、ｄＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｄＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、またはｄＡｂ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項２２または２３に記載の分子。
【請求項２５】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項１６に記載の分子。
【請求項２６】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項１４に記載の分子。
【請求項２７】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分が、ｒＡｂ−ｒＡｂ、ｄＡｂ−ｒＡｂ、ｒＡｂ−ｄＡｂ、またはｄＡｂ−ｄＡｂを含む請求項２５または２６に記載の分子。
【請求項２８】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＰｉまたはＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項２１に記載の分子。
【請求項２９】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項２８に記載の分子。
【請求項３０】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉからなる請求項２８に記載の分子。
【請求項３１】
Ｚおよび／またはＺ’が、脱塩基部分および非修飾ヌクレオチド、またはＣ３アルキル部分および非修飾ヌクレオチドを含む請求項１１に記載の分子。
【請求項３２】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘが、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７および１９のそれぞれの位置に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む請求項１１〜３１のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３３】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ）ｘが、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７および１９のそれぞれの位置に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む請求項１１〜３１のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３４】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙが、位置１８にＬ−ＤＮＡを含む請求項１１〜３３のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３５】
ｘ＝ｙ＝１９であり、（Ｎ’）ｙが、２’−５’ヌクレオチド間結合により隣接ヌクレオチドに結合したヌクレオチドを含む請求項１１〜３３のいずれか１項に記載の分子。
【請求項３６】
（Ｎ）ｘが、標的ＲＮＡに完全に相補的ではない請求項１１に記載の分子。
【請求項３７】
下記の構造（Ａ２）を有する請求項３６に記載の分子：
（Ａ２） ５’ Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ ３’ （アンチセンス鎖）
３’ Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ" ５’ （センス鎖）
式中、各Ｎ２、ＮおよびＮ’は、非修飾もしくは修飾リボヌクレオチド、または非通常部分であり；
各（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙは、各連続ＮまたはＮ’が、隣接ＮまたはＮ’に共有結合で結合したオリゴヌクレオチドであり；
各ｘおよびｙが、独立に、１７および３９の間の整数であり；
（Ｎ’）ｙの配列は、（Ｎ）ｘの配列に対し相補性を有し、（Ｎ）ｘは、標的ＲＮＡ中の連続した配列に相補性を有し；
Ｎ１は、（Ｎ）ｘに共有結合し、標的ＲＮＡにミスマッチであるか、または標的ＲＮＡに対し相補的なＤＮＡ部分であり；
Ｎ１は、天然または修飾ウリジン、デオキシリボウリジン、リボチミジン、デオキシリボチミジン、アデノシンまたはデオキシアデノシンからなる群より選択される部分であり；
ｚ"は、存在しても、または存在しなくてもよいが、存在する場合には、Ｎ２−（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合したキャッピング部分であり；さらに
少なくとも１つのＺまたはＺ’が存在し、それが存在する鎖の３’末端に共有結合した非ヌクレオチド部分を含む。
【請求項３８】
（Ｎ）ｘが、哺乳動物または非哺乳動物ＲＮＡ中の連続した配列に対し相補的である請求項３７に記載の分子。
【請求項３９】
ｘ＝ｙ＝１８である請求項３７に記載の分子。
【請求項４０】
Ｎ１およびＮ２が、ワトソン・クリック塩基対を形成する請求項３７に記載の分子。
【請求項４１】
Ｎ１およびＮ２が、非ワトソン・クリック塩基対を形成する請求項３７に記載の分子。
【請求項４２】
Ｎ１が、リボアデノシン、修飾リボアデノシン、デオキシリボアデノシン、修飾デオキシリボアデノシンからなる群より選択される請求項３７に記載の分子。
【請求項４３】
Ｎ１が、リボウリジン、デオキシリボウリジン、修飾リボウリジン、および修飾デオキシリボウリジンからなる群より選択される請求項３７に記載の分子。
【請求項４４】
Ｎ１が、修飾リボアデノシンまたは修飾リボウリジンである請求項３７に記載の分子。
【請求項４５】
Ｎ１が、２’ＯＭｅ糖修飾リボウリジンまたは２’ＯＭｅ糖修飾リボアデノシンである請求項４４に記載の分子。
【請求項４６】
Ｎ２が、２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドまたは２’ＯＭｅ糖修飾デオキシリボヌクレオチドである請求項３７に記載の分子。
【請求項４７】
Ｚが存在する請求項３７に記載の分子。
【請求項４８】
Ｚ’が存在する請求項３７に記載の分子。
【請求項４９】
ＺおよびＺ’の両方が存在する請求項３７に記載の分子。
【請求項５０】
ＺおよびＺ’が同じでない請求項４９に記載の分子。
【請求項５１】
ＺおよびＺ’が同じである請求項４９に記載の分子。
【請求項５２】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項４９に記載の分子。
【請求項５３】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分を含む請求項４７に記載の分子。
【請求項５４】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した少なくとも２つのＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｓ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｉ、Ｃ３Ｐｓ−Ｃ３ＯＨまたはＣ３Ｐｓ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項５２または５３に記載の分子。
【請求項５５】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項４９に記載の分子。
【請求項５６】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分を含む請求項４７に記載の分子。
【請求項５７】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により脱塩基部分に共有結合したＣ３アルキル部分が、Ｃ３Ｐｉ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｒＡｂ、Ｃ３Ｐｉ−ｄＡｂ、Ｃ３Ｐｓ−ｄＡｂ、ｒＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、ｒＡｂ−Ｃ３Ｐｓ、ｄＡｂ−Ｃ３ＯＨ、ｄＡｂ−Ｃ３Ｐｉ、またはｄＡｂ−Ｃ３Ｐｓを含む請求項５５または５６に記載の分子。
【請求項５８】
各ＺおよびＺ’が、独立に、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項４９に記載の分子。
【請求項５９】
Ｚが、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合で相互に共有結合した２つの脱塩基部分を含む請求項４７に記載の分子。
【請求項６０】
リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合により相互に共有結合した２つの脱塩基部分が、ｒＡｂ−ｒＡｂ、ｄＡｂ−ｒＡｂ、ｒＡｂ−ｄＡｂ、またはｄＡｂ−ｄＡｂを含む請求項５８または５９に記載の分子。
【請求項６１】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＰｉまたはＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項５４に記載の分子。
【請求項６２】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨからなる請求項６１に記載の分子。
【請求項６３】
Ｚが、Ｃ３Ｐｉ−Ｃ３Ｐｉからなる請求項６１に記載の分子。
【請求項６４】
Ｚおよび／またはＺ’が、脱塩基部分および非修飾ヌクレオチド、またはＣ３アルキル部分および非修飾ヌクレオチドを含む請求項３７に記載の分子。
【請求項６５】
ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙが、位置１７にミラーヌクレオチドを含む請求項３７〜６４のいずれか１項に記載の分子。
【請求項６６】
ミラーヌクレオチドがＬ−ＤＮＡである請求項６５に記載の分子。
【請求項６７】
ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙが、２’−５’ヌクレオチド間結合により隣接ヌクレオチドに結合したヌクレオチドを含む請求項３７〜６４のいずれか１項に記載の分子。
【請求項６８】
（Ｎ）ｘが、少なくとも１つの２−ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む請求項３７〜６７のいずれか１項に記載の分子。
【請求項６９】
請求項１〜６８のいずれか１項に記載の分子、および薬学的に許容可能なキャリアを含む医薬組成物。
【請求項７０】
標的遺伝子の発現に関連する疾患または障害に罹患している患者を治療する方法であって、標的遺伝子の発現を減らすのに有効な量の請求項１〜６８のいずれか１項に記載の分子を患者に投与し、それにより、患者を治療することを含む方法。
【請求項７１】
標的ＲＮＡの開裂を媒介する二重鎖ＲＮＡ分子を調製する方法であって、
（ａ）１８〜２７長のヌクレオチドを有し、標的ＲＮＡ中の配列に対し同一性を有するＲＮＡ鎖を合成するステップ、
（ｂ）（ａ）のＲＮＡ鎖に相同性を有する第２のＲＮＡ鎖を合成するステップ、さらに
（ｃ）二重鎖ＲＮＡ分子を形成するのに適切な条件下で、合成したＲＮＡ鎖をアニールするステップを含み、
前記二重鎖ＲＮＡ分子が、１４〜２５ヌクレオチド長の二重鎖領域、およびそれが存在する鎖の３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を有し、非ヌクレオチド部分が、プロパノール、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエートに結合したＣ３アルキル部分、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合に結合したＣ３アルキル部分、デオキシリボ脱塩基部分またはリボ脱塩基部分およびこれらの組み合わせから選択され；さらにＲＮＡ鎖が、修飾リボヌクレオチドを含む、方法。
【請求項７２】
前記ＲＮＡ鎖が、１９〜２１ヌクレオチド長を有する請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
標的遺伝子の発現を下方制御できる二重鎖ＲＮＡ分子を調製する方法であって、各ＲＮＡ鎖が、１９〜２５ヌクレオチドの長さを有し、少なくとも１つの鎖が、３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を有し、
（ａ）それぞれ１９〜２５ヌクレオチド長を有する２つのＲＮＡ鎖を合成するステップであって、前記ＲＮＡ鎖が、二重鎖ＲＮＡ分子を形成可能であるステップ、
（ｂ）合成したＲＮＡ鎖を標的核酸の下方制御を媒介する二重鎖ＲＮＡ分子が形成される条件下で結合するステップを含み、
前記二重鎖ＲＮＡ分子が、単一二重鎖領域からなり、少なくとも１つの単鎖領域が、それが存在する鎖の３’末端の糖残基の３’または２’位置に共有結合した非ヌクレオチド部分を含み；非ヌクレオチド部分が、プロパノール、リン酸ジエステルに結合したＣ３アルキル部分、ホスホロチオエートに結合したＣ３アルキル部分、デオキシリボ脱塩基部分、リボ脱塩基部分またはこれらの組み合わせから選択される方法。
【図４】
【公表番号】特表２０１３−５１６１９０（Ｐ２０１３−５１６１９０Ａ）
【公表日】平成２５年５月１３日（２０１３．５．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５４８１０８（Ｐ２０１２−５４８１０８）
【出願日】平成２３年１月６日（２０１１．１．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２０２９８
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０８５０５６
【国際公開日】平成２３年７月１４日（２０１１．７．１４）
【出願人】（５０９２９４０７０）クォーク ファーマシューティカルズ インコーポレーティッド (8)
【氏名又は名称原語表記】ＱＵＡＲＫ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，ＩＮＣ．
【住所又は居所原語表記】６５０１ Ｄｕｍｂａｒｔｏｎ Ｃｉｒｃｌｅ，Ｆｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ Ｕ．Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２５年５月１３日（２０１３．５．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成２３年１月６日（２０１１．１．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２０２９８
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０８５０５６
【国際公開日】平成２３年７月１４日（２０１１．７．１４）
【出願人】（５０９２９４０７０）クォーク ファーマシューティカルズ インコーポレーティッド (8)
【氏名又は名称原語表記】ＱＵＡＲＫ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，ＩＮＣ．
【住所又は居所原語表記】６５０１ Ｄｕｍｂａｒｔｏｎ Ｃｉｒｃｌｅ，Ｆｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ Ｕ．Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
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