Ｃｈｌａｍｙｄｉａｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓゲノム配列およびポリペプチド、それらのフラグメント、ならびに特に感染症の診断、予防および治療のためのそれらの使用
【課題】感染症の診断、予防および治療のためのChlamydia trachomatisゲノム配列およびポリペプチド、それらのフラグメントの提供。
【解決手段】分泌型もしくは特異的であるか、または代謝、複製プロセスもしくはビルレンスに関与する細胞エンベロープポリペプチドなどのChlamydia trachomatisのポリペプチドをコードするゲノム配列およびヌクレオチド配列、そのような配列によってコードされるポリペプチド、ならびに前記配列を含むベクターおよびこれらのベクターを形質転換した細胞もしくは動物。微生物の成長を制御するために使用することができるアンチセンスおよびリボザイム分子などのChlamydia trachomatisゲノムの転写遺伝子産物。これらの核酸またはポリペプチドを指令する方法およびChlamydia trachomatis感染を診断するためのキット。
【解決手段】分泌型もしくは特異的であるか、または代謝、複製プロセスもしくはビルレンスに関与する細胞エンベロープポリペプチドなどのChlamydia trachomatisのポリペプチドをコードするゲノム配列およびヌクレオチド配列、そのような配列によってコードされるポリペプチド、ならびに前記配列を含むベクターおよびこれらのベクターを形質転換した細胞もしくは動物。微生物の成長を制御するために使用することができるアンチセンスおよびリボザイム分子などのChlamydia trachomatisゲノムの転写遺伝子産物。これらの核酸またはポリペプチドを指令する方法およびChlamydia trachomatis感染を診断するためのキット。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号１の48585位で始まり48178位で終わるORF52のヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号１の342597位で始まり343370位で終わるORF347のヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号１の502863位で始まり501808位で終わるORF508のヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号１の687341位で始まり688360位で終わるORF693のヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号１の905725位で始まり906474位で終わるORF923のヌクレオチド配列、
（ｆ）ORF52、347、508、693または923に少なくとも80％の同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｇ）ORF52、347、508、693または923に97％より大きい同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｈ）ORF52、347、508、693または923に少なくとも99.9％の同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｉ）20塩基より長く、かつ上記（ａ）〜（ｅ）のいずれか１つにより示されるヌクレオチド配列に高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、または
（ｊ）20塩基より長い上記（ａ）〜（ｈ）のいずれか１つのフラグメントであって、該ヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドがChlamydia pneumoniaeにおいて見出されないフラグメント
を含む、Chlamydia trachomatisゲノムのオープンリーディングフレーム（ORF）のヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
異種ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに読み枠を合わせて連結された請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む、融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項３】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項４】
遺伝子発現を制御する調節配列に作動可能に連結された請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項５】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項６】
宿主細胞中での遺伝子発現を制御する調節配列に作動可能に連結された請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項７】
ポリペプチドを産生する方法であって、
（ａ）請求項６に記載の遺伝子操作された宿主細胞を前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを産生するのに適切な条件下で培養すること、および
（ｂ）培養物から前記ポリペプチドを回収すること
を含む、上記方法。
【請求項８】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドによりコードされる単離されたポリペプチド。
【請求項９】
Chlamydia trachomatisに感染された個体のセロポジティブ血清と免疫反応する請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
請求項８または９に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体。
【請求項１１】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）プライマーの伸長を可能にする条件下で、ポリメラーゼ酵素およびヌクレオチドの存在下、サンプルと請求項１に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドプライマーとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中のプライマー伸長産物の存在を検出し、その際、プライマー伸長産物の検出がサンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含み、前記プライマーはChlamydia pneumoniaeゲノムのポリヌクレオチド配列とハイブリダイズしない、上記方法。
【請求項１２】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）相補塩基対のハイブリダイゼーションを可能にする条件下でサンプルと請求項１に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中のハイブリダイゼーション複合体の存在を検出し、その際、ハイブリダイゼーション複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含み、前記プローブはChlamydia pneumoniaeゲノムのポリヌクレオチド配列とハイブリダイズしない、上記方法。
【請求項１３】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）免疫複合体の形成に適切な条件下でサンプルと請求項１０に記載の抗体とを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中の免疫複合体の存在を検出し、その際、免疫複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含む、上記方法。
【請求項１４】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）免疫複合体の形成に適切な条件下でサンプルと請求項８または９に記載のポリペプチドとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中の免疫複合体の存在を検出し、その際、免疫複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含む、上記方法。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリヌクレオチドの少なくとも１つを含むポリヌクレオチドのアレイを含有するDNAチップ。
【請求項１６】
請求項８に記載のポリペプチドの少なくとも１つを含むポリペプチドのアレイを含有するタンパク質チップ。
【請求項１７】
請求項８または９に記載のポリペプチドおよび製薬上許容される担体を含む免疫原性組成物。
【請求項１８】
請求項８または９に記載のポリペプチドおよび製薬上許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項１９】
Chlamydia trachomatisに対して免疫するための医薬の製造における、請求項１７に記載の免疫原性組成物の使用。
【請求項２０】
請求項４に記載の発現ベクターを含むDNA免疫原性組成物。
【請求項２１】
Chlamydia trachomatisの中和エピトープの発現を指令する、請求項２０に記載のDNA組成物。
【請求項２２】
（ａ）試験化合物と請求項１または２に記載の単離されたポリヌクレオチドとを接触させること、および
（ｂ）結合が生じているかどうかを検出すること
を含む、スクリーニングアッセイ。
【請求項２３】
（ａ）試験化合物と請求項８に記載のポリペプチドとを接触させること、および
（ｂ）結合が生じているかどうかを検出すること
を含む、スクリーニングアッセイ。
【請求項２４】
請求項１または２に記載の単離されたポリヌクレオチドを含有する容器を含むキット。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチドがプライマーまたはプローブである、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチドがプライマーであり、前記キットがポリメラーゼを含有する容器をさらに含む、請求項２４に記載のキット。
【請求項２７】
デオキシヌクレオチド三リン酸を含有する容器をさらに含む、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２８】
請求項８に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含有する容器を含むキット。
【請求項１】
（ａ）配列番号１の48585位で始まり48178位で終わるORF52のヌクレオチド配列、
（ｂ）配列番号１の342597位で始まり343370位で終わるORF347のヌクレオチド配列、
（ｃ）配列番号１の502863位で始まり501808位で終わるORF508のヌクレオチド配列、
（ｄ）配列番号１の687341位で始まり688360位で終わるORF693のヌクレオチド配列、
（ｅ）配列番号１の905725位で始まり906474位で終わるORF923のヌクレオチド配列、
（ｆ）ORF52、347、508、693または923に少なくとも80％の同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｇ）ORF52、347、508、693または923に97％より大きい同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｈ）ORF52、347、508、693または923に少なくとも99.9％の同一性を示すヌクレオチド配列、
（ｉ）20塩基より長く、かつ上記（ａ）〜（ｅ）のいずれか１つにより示されるヌクレオチド配列に高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、または
（ｊ）20塩基より長い上記（ａ）〜（ｈ）のいずれか１つのフラグメントであって、該ヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドがChlamydia pneumoniaeにおいて見出されないフラグメント
を含む、Chlamydia trachomatisゲノムのオープンリーディングフレーム（ORF）のヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
異種ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに読み枠を合わせて連結された請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む、融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項３】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項４】
遺伝子発現を制御する調節配列に作動可能に連結された請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項５】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項６】
宿主細胞中での遺伝子発現を制御する調節配列に作動可能に連結された請求項１または２に記載のポリヌクレオチドを含有する遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項７】
ポリペプチドを産生する方法であって、
（ａ）請求項６に記載の遺伝子操作された宿主細胞を前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを産生するのに適切な条件下で培養すること、および
（ｂ）培養物から前記ポリペプチドを回収すること
を含む、上記方法。
【請求項８】
請求項１または２に記載のポリヌクレオチドによりコードされる単離されたポリペプチド。
【請求項９】
Chlamydia trachomatisに感染された個体のセロポジティブ血清と免疫反応する請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
請求項８または９に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体。
【請求項１１】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）プライマーの伸長を可能にする条件下で、ポリメラーゼ酵素およびヌクレオチドの存在下、サンプルと請求項１に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドプライマーとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中のプライマー伸長産物の存在を検出し、その際、プライマー伸長産物の検出がサンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含み、前記プライマーはChlamydia pneumoniaeゲノムのポリヌクレオチド配列とハイブリダイズしない、上記方法。
【請求項１２】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）相補塩基対のハイブリダイゼーションを可能にする条件下でサンプルと請求項１に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中のハイブリダイゼーション複合体の存在を検出し、その際、ハイブリダイゼーション複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含み、前記プローブはChlamydia pneumoniaeゲノムのポリヌクレオチド配列とハイブリダイズしない、上記方法。
【請求項１３】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）免疫複合体の形成に適切な条件下でサンプルと請求項１０に記載の抗体とを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中の免疫複合体の存在を検出し、その際、免疫複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含む、上記方法。
【請求項１４】
生物学的サンプル中のChlamydia trachomatisを検出および／または同定する方法であって、
（ａ）免疫複合体の形成に適切な条件下でサンプルと請求項８または９に記載のポリペプチドとを接触させること、および
（ｂ）前記サンプル中の免疫複合体の存在を検出し、その際、免疫複合体の検出が前記サンプル中のChlamydia trachomatisの存在を示すものであること
を含む、上記方法。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリヌクレオチドの少なくとも１つを含むポリヌクレオチドのアレイを含有するDNAチップ。
【請求項１６】
請求項８に記載のポリペプチドの少なくとも１つを含むポリペプチドのアレイを含有するタンパク質チップ。
【請求項１７】
請求項８または９に記載のポリペプチドおよび製薬上許容される担体を含む免疫原性組成物。
【請求項１８】
請求項８または９に記載のポリペプチドおよび製薬上許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項１９】
Chlamydia trachomatisに対して免疫するための医薬の製造における、請求項１７に記載の免疫原性組成物の使用。
【請求項２０】
請求項４に記載の発現ベクターを含むDNA免疫原性組成物。
【請求項２１】
Chlamydia trachomatisの中和エピトープの発現を指令する、請求項２０に記載のDNA組成物。
【請求項２２】
（ａ）試験化合物と請求項１または２に記載の単離されたポリヌクレオチドとを接触させること、および
（ｂ）結合が生じているかどうかを検出すること
を含む、スクリーニングアッセイ。
【請求項２３】
（ａ）試験化合物と請求項８に記載のポリペプチドとを接触させること、および
（ｂ）結合が生じているかどうかを検出すること
を含む、スクリーニングアッセイ。
【請求項２４】
請求項１または２に記載の単離されたポリヌクレオチドを含有する容器を含むキット。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチドがプライマーまたはプローブである、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチドがプライマーであり、前記キットがポリメラーゼを含有する容器をさらに含む、請求項２４に記載のキット。
【請求項２７】
デオキシヌクレオチド三リン酸を含有する容器をさらに含む、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項２８】
請求項８に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含有する容器を含むキット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図２】
【図３】
【公開番号】特開２００９−２１９４９４（Ｐ２００９−２１９４９４Ａ）
【公開日】平成２１年１０月１日（２００９．１０．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−１１１７１３（Ｐ２００９−１１１７１３）
【出願日】平成２１年５月１日（２００９．５．１）
【分割の表示】特願２０００−５２３３５１（Ｐ２０００−５２３３５１）の分割
【原出願日】平成１０年１１月２７日（１９９８．１１．２７）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＷＩＮＤＯＷＳ
２．ＵＮＩＸ
【出願人】（５０４０２９６１７）セローノ ジェネティクス インスティテュート ソシエテ アノニム (2)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２１年１０月１日（２００９．１０．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年５月１日（２００９．５．１）
【分割の表示】特願２０００−５２３３５１（Ｐ２０００−５２３３５１）の分割
【原出願日】平成１０年１１月２７日（１９９８．１１．２７）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＷＩＮＤＯＷＳ
２．ＵＮＩＸ
【出願人】（５０４０２９６１７）セローノ ジェネティクス インスティテュート ソシエテ アノニム (2)
【Ｆターム（参考）】
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