ＲＮＡプロセシングタンパク質複合体及びその使用
この発明は、エンドヌクレアーゼ活性をもつヒトタンパク質複合体を提供する。特に、この発明は、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性及び/又は３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性をもつヒトタンパク質複合体を提供する。この発明はまた、ヒトSen2のスプライス変異体、すなわちヒトSen2ΔEx8、及びヒトSen2ΔEx8を含むヒトタンパク質複合体を提供する。ヒトSen2ΔEx8複合体は、プレ-tRNA切断活性及び/又は３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を有する。この発明はまた、プレ−リボソームRNA切断活性をもつヒトタンパク質複合体を提供する。この発明はまた、明細書に記載の複合体又はその構成成分に免疫特異的に結合する抗体、並びに、そのような抗体を利用して疾患を診断、予防、治療、管理又は軽減する方法を提供する。この発明はまた、明細書に記載の複合体を、とりわけスクリーニング、診断及び治療に使用する方法を提供する。この発明はさらに、上記の複合体を製造し精製する方法を提供する。この発明はさらに、明細書に記載の複合体の構成成分の発現をモジュレートする化合物を同定する方法、明細書に記載の複合体の形成又は明細書に記載の複合体の活性、並びに、上記方法にしたがって同定された化合物を利用する、増殖性疾患などの疾患又はその症状を予防、治療、管理又は軽減する方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen2(受託番号NP_079541)、或いは、Sen2をコードする核酸(受託番号NM_025265)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含み、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記複合体。
【請求項２】
前記複合体がさらに、Clp1(受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質を含む、請求項１に記載の複合体。
【請求項３】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) 切断−ポリアデニル化特異性因子、或いは、切断−ポリアデニル化特異性因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) 切断因子Im、或いは、切断因子Imをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) 切断因子IIm、或いは、切断因子IImをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) 切断刺激因子、或いは、切断刺激因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項２に記載の複合体。
【請求項４】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) CPSF160、或いは、CPSF160をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) CPSF30、或いは、CPSF30をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) CstF64、或いは、CstF64をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) シンプレキン(symplekin)、或いは、シンプレキンをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項２に記載の複合体。
【請求項５】
Sen2ΔEx8、或いはSen2ΔEx8をコードする核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、を含む精製された複合体。
【請求項６】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen2ΔEx8(配列番号2)、或いは、Sen2ΔEx8をコードする核酸(配列番号1)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(ii) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含み、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記複合体。
【請求項７】
前記複合体がさらに、Clp1 (受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質を含む、請求項６に記載の精製された複合体。
【請求項８】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) 切断−ポリアデニル化特異性因子、或いは、切断−ポリアデニル化特異性因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) 切断因子Im、或いは、切断因子Imをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) 切断因子IIm、或いは、切断因子IImをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) 切断刺激因子、或いは、切断刺激因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項７に記載の複合体。
【請求項９】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen2ΔEx8(配列番号2)、或いは、Sen2ΔEx8をコードする核酸(配列番号1)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含み、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記複合体。
【請求項１０】
前記複合体がさらに、Clp1 (受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質を含む、請求項９に記載の精製された複合体。
【請求項１１】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) 切断−ポリアデニル化特異性因子、或いは、切断−ポリアデニル化特異性因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) 切断因子Im、或いは、切断因子Imをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) 切断因子IIm、或いは、切断因子IImをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) 切断刺激因子、或いは、切断刺激因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項10に記載の複合体。
【請求項１２】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) CPSF160、或いは、CPSF160をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) CPSF30、或いは、CPSF30をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) CstF64、或いは、CstF64をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) シンプレキン(symplekin)、或いは、シンプレキンをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項10に記載の複合体。
【請求項１３】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含む、前記複合体。
【請求項１４】
前記複合体の少なくとも２つのタンパク質が、互いに共有結合されている、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１５】
前記複合体の少なくとも２つのタンパク質が、互いに非共有結合されている、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１６】
前記複合体の少なくとも１つのタンパク質が機能的に活性な誘導体であり、該誘導体が、該タンパク質と、それと融合される該タンパク質と異なるアミノ酸配列とを含む融合タンパク質である、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１７】
前記複合体がタンパク質の少なくとも１つの断片を含み、該断片が、該複合体の１又はそれ以上の他のタンパク質成分に結合する、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１８】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体と免疫特異的に結合する抗体又はその断片であって、該複合体のタンパク質成分のいずれかに対する抗体又はその断片の親和性よりも高い親和性を有する、前記抗体又はその断片。
【請求項１９】
Sen2(受託番号NP_079541)、Sen15(受託番号NP_443197)、Sen34(受託番号NP_076980)又はSen54(受託番号XP_208944)に免疫特異的に結合する抗体又はその断片。
【請求項２０】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体で動物を免疫することを含む、抗体の作製方法。
【請求項２１】
配列番号12のアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする精製された核酸。
【請求項２２】
配列番号11の核酸配列を含む、精製された核酸。
【請求項２３】
配列番号12のアミノ酸280〜アミノ酸330を含むポリペプチドをコードする連続する読取り枠を含む精製された核酸。
【請求項２４】
高ストリンジェントな条件下で配列番号11を含む核酸の相補的核酸に全長にわたってハイブリダイズする精製された核酸であって、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記核酸。
【請求項２５】
前記核酸が、RNA核酸分解活性を有するポリペプチドをコードする、請求項24に記載の核酸。
【請求項２６】
異種核酸配列をさらに含む、請求項22、23又は24に記載の核酸。
【請求項２７】
請求項21、22、23又は24に記載の核酸を含むベクター。
【請求項２８】
請求項27に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２９】
請求項21、22、23又は24に記載の核酸を含む宿主細胞。
【請求項３０】
請求項28に記載の宿主細胞を培養することを含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項３１】
請求項29に記載の宿主細胞を培養することを含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項３２】
配列番号12のアミノ酸配列、或いは、高ストリンジェントな条件下で配列番号11の相補的配列に全長にわたってハイブリダイズする核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、を含む精製されたポリペプチドであって、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記ポリペプチド。
【請求項３３】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項32に記載のポリペプチド。
【請求項３４】
請求項32に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体又はその断片。
【請求項３５】
Sen2(受託番号NP_079541)と結合しない、請求項34に記載の抗体又はその断片。
【請求項３６】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体を精製するための方法であって、該方法が、
(a) 細胞から細胞抽出物又は核抽出物を調製する工程であって、ここで、該細胞は該複合体のすべてのタンパク質成分を発現し、また、該タンパク質成分の少なくとも１つがペプチドタグに融合されている、工程、及び
(b) 該ペプチドタグによって該複合体を精製する工程、
を含む、前記方法。
【請求項３７】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体と製薬上許容可能な担体とを含む医薬組成物。
【請求項３８】
請求項34に記載の抗体を含む医薬組成物。
【請求項３９】
複合体の形成をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１、６、９又は13に記載の複合体のすべての構成成分を含む細胞に化合物を接触させる工程、及び
(b) 該細胞中で形成される複合体の量を測定する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４０】
前記細胞がヒト細胞である、請求項39に記載の方法。
【請求項４１】
前記細胞が293T、HeLa、MCF7、Wi-38、SkBr3、Jurkat、CEM又はTHP1細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項４２】
前記方法が請求項１、６、９又は13に記載の複合体を前記細胞から単離することを含む、請求項39に記載の方法。
【請求項４３】
前記複合体の量がFRETによって測定される、請求項39に記載の方法。
【請求項４４】
前記細胞が前記複合体のタンパク質成分の少なくとも１つを発現するように操作される、請求項39に記載の方法。
【請求項４５】
複合体の形成をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 以下のタンパク質を含む複合体の形成に導く条件下、化合物の存在下で、
(i) Sen2(受託番号NP_079541)、或いは、Sen2をコードする核酸(受託番号NM_025265)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
をインキュベートする工程、及び
(b) 該複合体の量を測定する工程、
を含み、ここで、該化合物の不在下で測定された該複合体の量に対する、工程(b)で測定された該複合体の量の差が、該化合物が該複合体の形成をモジュレートすることを示す、前記方法。
【請求項４６】
Clp1(受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質もまた、工程(a)でインキュベートされる、請求項45に記載の方法。
【請求項４７】
複合体の形成をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 以下のタンパク質を含む複合体の形成に導く条件下、化合物の存在下で、
(i) Sen2ΔEx8(配列番号２)、或いは、Sen2ΔEx8をコードする核酸(配列番号１)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
をインキュベートする工程、及び
(b) 該複合体の量を測定する工程、
を含み、ここで、該化合物の不在下で測定された該複合体の量に対する、工程(b)で測定された該複合体の量の差が、該化合物が該複合体の形成をモジュレートすることを示す、前記方法。
【請求項４８】
Clp1(受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質もまた、工程(a)でインキュベートされる、請求項47に記載の方法。
【請求項４９】
複合体の安定性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 該複合体の維持に導く条件下、化合物の存在下で、請求項１、６、９又は13に記載の複合体をインキュベートする工程、
(b) 該複合体の量を測定する工程、
を含み、ここで、該化合物の不在下で測定された該複合体の量に対する、工程(b)で測定された該複合体の量の差が、該化合物が該複合体の安定性をモジュレートすることを示す、前記方法。
【請求項５０】
前記方法が、個々の前記タンパク質の量に対する前記形成された複合体間の比を比較する工程をさらに含む、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項５１】
工程(a)中、前記タンパク質を等モル量でインキュベートする、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項５２】
ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 化合物ライブラリーのメンバーを、請求項１に記載の複合体及びレポーター遺伝子含有核酸と接触させる工程であって、ここで、該レポーター遺伝子がtRNAイントロンを含み、かつ、遺伝子発現に必要なすべての要素が存在する、該工程、及び
(b) 該レポーター遺伝子の発現を検出する工程であって、ここで、化合物の存在下の該レポーター遺伝子の発現が、該化合物の不在下又は対照の存在下の該レポーター遺伝子の発現に対して変化している場合、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５３】
３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 化合物ライブラリーのメンバーを、請求項１又は９に記載の複合体、及びレポーター遺伝子と３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断部位とを含む核酸、と接触させる工程であって、ここで、該レポーター遺伝子が該３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断部位の３'に位置し、かつ、遺伝子発現に必要なすべての要素が存在する該工程、及び
(b) 該レポーター遺伝子の発現を検出する工程であって、ここで、化合物の存在下の該レポーター遺伝子の発現が、該化合物の不在下又は対照の存在下の該レポーター遺伝子の発現に対して変化している場合、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５４】
ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１に記載の複合体を、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を発蛍光団で及び３'末端を消光剤で標識される、該工程、及び
(b) 該tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、蛍光シグナルが、該化合物の不在又は対照の存在に対して該化合物の存在下で変化している場合、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５５】
ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１又は９に記載の複合体を、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を発蛍光団で及び３'末端を消光剤で標識される、該工程、及び
(b) 該３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、蛍光シグナルが、該化合物の不在又は対照の存在に対して該化合物の存在下で変化している場合、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５６】
ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１に記載の複合体を、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を蛍光供与体部分で及び３'末端を蛍光受容体部分で標識される、該工程、及び
(b) 該tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、該化合物の存在下の該蛍光供与体部分の波長での該蛍光供与体部分の蛍光放射が、該化合物の不在又は対照の存在に対して変化している場合、該tRNAスプライシング活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５７】
ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１又は９に記載の複合体を、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を蛍光供与体部分で及び３'末端を蛍光受容体部分で標識される、該工程、及び
(b) 該３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、該化合物の存在下の該蛍光供与体部分の波長での該蛍光供与体部分の蛍光放射が、該化合物の不在又は対照の存在に対して変化している場合、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５８】
前記化合物を、前記複合体の形成の阻害について試験する、請求項39に記載の方法。
【請求項５９】
前記化合物を、前記複合体の形成の阻害について試験する、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項６０】
請求項58に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６１】
請求項59に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６２】
前記化合物を、ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項６３】
請求項62に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６４】
前記化合物を、ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項53に記載の方法。
【請求項６５】
前記化合物を、ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項55に記載の方法。
【請求項６６】
前記化合物を、ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項57に記載の方法。
【請求項６７】
請求項64に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６８】
請求項65に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６９】
請求項66に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項７０】
前記化合物がtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項７１】
前記化合物が３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項53に記載の方法。
【請求項７２】
前記化合物が３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項55に記載の方法。
【請求項７３】
前記化合物が３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項57に記載の方法。
【請求項７４】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項７５】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項53に記載の方法。
【請求項７６】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項55に記載の方法。
【請求項７７】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項57に記載の方法。
【請求項７８】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項45、47、52、54又は56に記載の方法。
【請求項７９】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項39に記載の方法。
【請求項８０】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項49に記載の方法。
【請求項８１】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項53に記載の方法。
【請求項８２】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項55に記載の方法。
【請求項８３】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項57に記載の方法。
【請求項８４】
前記化合物が前記複合体に直接結合する、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項８５】
前記化合物が前記複合体に直接結合する、請求項39に記載の方法。
【請求項８６】
前記化合物が前記複合体に直接結合する、請求項49に記載の方法。
【請求項８７】
被験者において増殖性疾患を診断する方法であって、該方法が、(a)Sen2、Sen15、Sen34、Sen54、Clp1、SenΔ8Ex、CPSF、CFIm、CFIIm及びCstFからなる群から選択されるタンパク質に免疫特異的に結合する抗体又はその断片と、該被験者からのサンプルとを接触させる工程、及び(b)該抗体又はその断片を検出する工程であって、ここで、増殖性疾患のない被験者における該タンパク質のレベルと比較して低減したタンパク質レベルが、該被験者が増殖性疾患をもつことを示す、該工程を含む、前記方法。
【請求項８８】
被験者において増殖性疾患を診断する方法であって、該方法が、請求項１、６、９又は13に記載の複合体に免疫特異的に結合する抗体又はその断片と、該被験者からのサンプルとを接触させる工程、及び(b)該抗体又はその断片を検出する工程であって、ここで、増殖性疾患のない被験者における該タンパク質のレベルと比較して低減したタンパク質レベルが、該被験者が増殖性疾患をもつことを示す、該工程を含む、前記方法。
【請求項８９】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体を、mRNA又はプレ-mRNA分子とともにインキュベートすることを含む、該mRNA又はプレ-mRNA分子を切断する方法。
【請求項９０】
前記mRNAが未成熟ストップコドンを含む、請求項89に記載の方法。
【請求項１】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen2(受託番号NP_079541)、或いは、Sen2をコードする核酸(受託番号NM_025265)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含み、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記複合体。
【請求項２】
前記複合体がさらに、Clp1(受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質を含む、請求項１に記載の複合体。
【請求項３】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) 切断−ポリアデニル化特異性因子、或いは、切断−ポリアデニル化特異性因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) 切断因子Im、或いは、切断因子Imをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) 切断因子IIm、或いは、切断因子IImをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) 切断刺激因子、或いは、切断刺激因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項２に記載の複合体。
【請求項４】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) CPSF160、或いは、CPSF160をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) CPSF30、或いは、CPSF30をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) CstF64、或いは、CstF64をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) シンプレキン(symplekin)、或いは、シンプレキンをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項２に記載の複合体。
【請求項５】
Sen2ΔEx8、或いはSen2ΔEx8をコードする核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、を含む精製された複合体。
【請求項６】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen2ΔEx8(配列番号2)、或いは、Sen2ΔEx8をコードする核酸(配列番号1)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(ii) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含み、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記複合体。
【請求項７】
前記複合体がさらに、Clp1 (受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質を含む、請求項６に記載の精製された複合体。
【請求項８】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) 切断−ポリアデニル化特異性因子、或いは、切断−ポリアデニル化特異性因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) 切断因子Im、或いは、切断因子Imをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) 切断因子IIm、或いは、切断因子IImをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) 切断刺激因子、或いは、切断刺激因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項７に記載の複合体。
【請求項９】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen2ΔEx8(配列番号2)、或いは、Sen2ΔEx8をコードする核酸(配列番号1)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含み、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記複合体。
【請求項１０】
前記複合体がさらに、Clp1 (受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質を含む、請求項９に記載の精製された複合体。
【請求項１１】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) 切断−ポリアデニル化特異性因子、或いは、切断−ポリアデニル化特異性因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) 切断因子Im、或いは、切断因子Imをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) 切断因子IIm、或いは、切断因子IImをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) 切断刺激因子、或いは、切断刺激因子をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項10に記載の複合体。
【請求項１２】
前記複合体がさらに、以下の、
(i) CPSF160、或いは、CPSF160をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) CPSF30、或いは、CPSF30をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) CstF64、或いは、CstF64をコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) シンプレキン(symplekin)、或いは、シンプレキンをコードする核酸又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
の１又はそれ以上を含む、請求項10に記載の複合体。
【請求項１３】
精製された複合体であって、該複合体が、
(i) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
を含む、前記複合体。
【請求項１４】
前記複合体の少なくとも２つのタンパク質が、互いに共有結合されている、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１５】
前記複合体の少なくとも２つのタンパク質が、互いに非共有結合されている、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１６】
前記複合体の少なくとも１つのタンパク質が機能的に活性な誘導体であり、該誘導体が、該タンパク質と、それと融合される該タンパク質と異なるアミノ酸配列とを含む融合タンパク質である、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１７】
前記複合体がタンパク質の少なくとも１つの断片を含み、該断片が、該複合体の１又はそれ以上の他のタンパク質成分に結合する、請求項１、６、９又は13に記載の複合体。
【請求項１８】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体と免疫特異的に結合する抗体又はその断片であって、該複合体のタンパク質成分のいずれかに対する抗体又はその断片の親和性よりも高い親和性を有する、前記抗体又はその断片。
【請求項１９】
Sen2(受託番号NP_079541)、Sen15(受託番号NP_443197)、Sen34(受託番号NP_076980)又はSen54(受託番号XP_208944)に免疫特異的に結合する抗体又はその断片。
【請求項２０】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体で動物を免疫することを含む、抗体の作製方法。
【請求項２１】
配列番号12のアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする精製された核酸。
【請求項２２】
配列番号11の核酸配列を含む、精製された核酸。
【請求項２３】
配列番号12のアミノ酸280〜アミノ酸330を含むポリペプチドをコードする連続する読取り枠を含む精製された核酸。
【請求項２４】
高ストリンジェントな条件下で配列番号11を含む核酸の相補的核酸に全長にわたってハイブリダイズする精製された核酸であって、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記核酸。
【請求項２５】
前記核酸が、RNA核酸分解活性を有するポリペプチドをコードする、請求項24に記載の核酸。
【請求項２６】
異種核酸配列をさらに含む、請求項22、23又は24に記載の核酸。
【請求項２７】
請求項21、22、23又は24に記載の核酸を含むベクター。
【請求項２８】
請求項27に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２９】
請求項21、22、23又は24に記載の核酸を含む宿主細胞。
【請求項３０】
請求項28に記載の宿主細胞を培養することを含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項３１】
請求項29に記載の宿主細胞を培養することを含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項３２】
配列番号12のアミノ酸配列、或いは、高ストリンジェントな条件下で配列番号11の相補的配列に全長にわたってハイブリダイズする核酸配列によってコードされるアミノ酸配列、を含む精製されたポリペプチドであって、ここで、該高ストリンジェントな条件が、6×SSC、50mM Tris-HCl(pH=7.5)、1mM EDTA、0.02％PVP、0.02％フィコール(Ficoll)、0.02％BSA及び100μg/ml変性サケ精子DNAからなるバッファ中、65℃で48時間のハイブリダイゼーション、2×SSC、0.01％PVP、0.01％フィコール及び0.01％BSAからなるバッファ中、37℃で45分間の洗浄、並びに0.1×SSCからなるバッファ中、50℃で45分間の洗浄を含む、前記ポリペプチド。
【請求項３３】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項32に記載のポリペプチド。
【請求項３４】
請求項32に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体又はその断片。
【請求項３５】
Sen2(受託番号NP_079541)と結合しない、請求項34に記載の抗体又はその断片。
【請求項３６】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体を精製するための方法であって、該方法が、
(a) 細胞から細胞抽出物又は核抽出物を調製する工程であって、ここで、該細胞は該複合体のすべてのタンパク質成分を発現し、また、該タンパク質成分の少なくとも１つがペプチドタグに融合されている、工程、及び
(b) 該ペプチドタグによって該複合体を精製する工程、
を含む、前記方法。
【請求項３７】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体と製薬上許容可能な担体とを含む医薬組成物。
【請求項３８】
請求項34に記載の抗体を含む医薬組成物。
【請求項３９】
複合体の形成をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１、６、９又は13に記載の複合体のすべての構成成分を含む細胞に化合物を接触させる工程、及び
(b) 該細胞中で形成される複合体の量を測定する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４０】
前記細胞がヒト細胞である、請求項39に記載の方法。
【請求項４１】
前記細胞が293T、HeLa、MCF7、Wi-38、SkBr3、Jurkat、CEM又はTHP1細胞である、請求項40に記載の方法。
【請求項４２】
前記方法が請求項１、６、９又は13に記載の複合体を前記細胞から単離することを含む、請求項39に記載の方法。
【請求項４３】
前記複合体の量がFRETによって測定される、請求項39に記載の方法。
【請求項４４】
前記細胞が前記複合体のタンパク質成分の少なくとも１つを発現するように操作される、請求項39に記載の方法。
【請求項４５】
複合体の形成をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 以下のタンパク質を含む複合体の形成に導く条件下、化合物の存在下で、
(i) Sen2(受託番号NP_079541)、或いは、Sen2をコードする核酸(受託番号NM_025265)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
をインキュベートする工程、及び
(b) 該複合体の量を測定する工程、
を含み、ここで、該化合物の不在下で測定された該複合体の量に対する、工程(b)で測定された該複合体の量の差が、該化合物が該複合体の形成をモジュレートすることを示す、前記方法。
【請求項４６】
Clp1(受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質もまた、工程(a)でインキュベートされる、請求項45に記載の方法。
【請求項４７】
複合体の形成をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 以下のタンパク質を含む複合体の形成に導く条件下、化合物の存在下で、
(i) Sen2ΔEx8(配列番号２)、或いは、Sen2ΔEx8をコードする核酸(配列番号１)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(ii) Sen15、或いは、Sen15をコードする核酸(受託番号NM_052965)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
(iii) Sen34(受託番号NP_076980)、或いは、Sen34をコードする核酸(受託番号NM_024075)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、及び
(iv) Sen54(受託番号XP_208944)、或いは、Sen54をコードする核酸(受託番号XM_208944)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質、
をインキュベートする工程、及び
(b) 該複合体の量を測定する工程、
を含み、ここで、該化合物の不在下で測定された該複合体の量に対する、工程(b)で測定された該複合体の量の差が、該化合物が該複合体の形成をモジュレートすることを示す、前記方法。
【請求項４８】
Clp1(受託番号NP_006822)、或いは、Clp1をコードする核酸(受託番号NM_006831)又はその相補的核酸に高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるタンパク質もまた、工程(a)でインキュベートされる、請求項47に記載の方法。
【請求項４９】
複合体の安定性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 該複合体の維持に導く条件下、化合物の存在下で、請求項１、６、９又は13に記載の複合体をインキュベートする工程、
(b) 該複合体の量を測定する工程、
を含み、ここで、該化合物の不在下で測定された該複合体の量に対する、工程(b)で測定された該複合体の量の差が、該化合物が該複合体の安定性をモジュレートすることを示す、前記方法。
【請求項５０】
前記方法が、個々の前記タンパク質の量に対する前記形成された複合体間の比を比較する工程をさらに含む、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項５１】
工程(a)中、前記タンパク質を等モル量でインキュベートする、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項５２】
ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 化合物ライブラリーのメンバーを、請求項１に記載の複合体及びレポーター遺伝子含有核酸と接触させる工程であって、ここで、該レポーター遺伝子がtRNAイントロンを含み、かつ、遺伝子発現に必要なすべての要素が存在する、該工程、及び
(b) 該レポーター遺伝子の発現を検出する工程であって、ここで、化合物の存在下の該レポーター遺伝子の発現が、該化合物の不在下又は対照の存在下の該レポーター遺伝子の発現に対して変化している場合、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５３】
３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 化合物ライブラリーのメンバーを、請求項１又は９に記載の複合体、及びレポーター遺伝子と３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断部位とを含む核酸、と接触させる工程であって、ここで、該レポーター遺伝子が該３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断部位の３'に位置し、かつ、遺伝子発現に必要なすべての要素が存在する該工程、及び
(b) 該レポーター遺伝子の発現を検出する工程であって、ここで、化合物の存在下の該レポーター遺伝子の発現が、該化合物の不在下又は対照の存在下の該レポーター遺伝子の発現に対して変化している場合、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５４】
ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１に記載の複合体を、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を発蛍光団で及び３'末端を消光剤で標識される、該工程、及び
(b) 該tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、蛍光シグナルが、該化合物の不在又は対照の存在に対して該化合物の存在下で変化している場合、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５５】
ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１又は９に記載の複合体を、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を発蛍光団で及び３'末端を消光剤で標識される、該工程、及び
(b) 該３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、蛍光シグナルが、該化合物の不在又は対照の存在に対して該化合物の存在下で変化している場合、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５６】
ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１に記載の複合体を、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を蛍光供与体部分で及び３'末端を蛍光受容体部分で標識される、該工程、及び
(b) 該tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、該化合物の存在下の該蛍光供与体部分の波長での該蛍光供与体部分の蛍光放射が、該化合物の不在又は対照の存在に対して変化している場合、該tRNAスプライシング活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５７】
ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ切断活性をモジュレートする化合物を同定する方法であって、該方法が、
(a) 請求項１又は９に記載の複合体を、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼの基質及び化合物ライブラリーのメンバーと接触させる工程であって、ここで、該基質は、その５'末端を蛍光供与体部分で及び３'末端を蛍光受容体部分で標識される、該工程、及び
(b) 該３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を測定する工程であって、ここで、該化合物の存在下の該蛍光供与体部分の波長での該蛍光供与体部分の蛍光放射が、該化合物の不在又は対照の存在に対して変化している場合、３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性をモジュレートする化合物が同定される、該工程、
を含む、前記方法。
【請求項５８】
前記化合物を、前記複合体の形成の阻害について試験する、請求項39に記載の方法。
【請求項５９】
前記化合物を、前記複合体の形成の阻害について試験する、請求項45又は46に記載の方法。
【請求項６０】
請求項58に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６１】
請求項59に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６２】
前記化合物を、ヒトtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項６３】
請求項62に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６４】
前記化合物を、ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項53に記載の方法。
【請求項６５】
前記化合物を、ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項55に記載の方法。
【請求項６６】
前記化合物を、ヒト３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性の阻害について試験する、請求項57に記載の方法。
【請求項６７】
請求項64に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６８】
請求項65に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項６９】
請求項66に記載の方法によって同定された、製薬上許容可能な量の化合物を投与することを含む、増殖性疾患を治療、予防又は管理する方法。
【請求項７０】
前記化合物がtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項７１】
前記化合物が３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項53に記載の方法。
【請求項７２】
前記化合物が３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項55に記載の方法。
【請求項７３】
前記化合物が３'末端プレ-mRNAエンドヌクレアーゼ活性を増強する、請求項57に記載の方法。
【請求項７４】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項７５】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項53に記載の方法。
【請求項７６】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項55に記載の方法。
【請求項７７】
前記方法がさらに、前記化合物の構造を決定することを含む、請求項57に記載の方法。
【請求項７８】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項45、47、52、54又は56に記載の方法。
【請求項７９】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項39に記載の方法。
【請求項８０】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項49に記載の方法。
【請求項８１】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項53に記載の方法。
【請求項８２】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項55に記載の方法。
【請求項８３】
前記化合物が、ペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドなどのジベルソマー；ビニルポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリー；抗体ライブラリー；炭水化物ライブラリー；及び小有機分子ライブラリーを含む化合物のコンビナトリアルライブラリーから選択される、請求項57に記載の方法。
【請求項８４】
前記化合物が前記複合体に直接結合する、請求項52、54又は56に記載の方法。
【請求項８５】
前記化合物が前記複合体に直接結合する、請求項39に記載の方法。
【請求項８６】
前記化合物が前記複合体に直接結合する、請求項49に記載の方法。
【請求項８７】
被験者において増殖性疾患を診断する方法であって、該方法が、(a)Sen2、Sen15、Sen34、Sen54、Clp1、SenΔ8Ex、CPSF、CFIm、CFIIm及びCstFからなる群から選択されるタンパク質に免疫特異的に結合する抗体又はその断片と、該被験者からのサンプルとを接触させる工程、及び(b)該抗体又はその断片を検出する工程であって、ここで、増殖性疾患のない被験者における該タンパク質のレベルと比較して低減したタンパク質レベルが、該被験者が増殖性疾患をもつことを示す、該工程を含む、前記方法。
【請求項８８】
被験者において増殖性疾患を診断する方法であって、該方法が、請求項１、６、９又は13に記載の複合体に免疫特異的に結合する抗体又はその断片と、該被験者からのサンプルとを接触させる工程、及び(b)該抗体又はその断片を検出する工程であって、ここで、増殖性疾患のない被験者における該タンパク質のレベルと比較して低減したタンパク質レベルが、該被験者が増殖性疾患をもつことを示す、該工程を含む、前記方法。
【請求項８９】
請求項１、６、９又は13に記載の複合体を、mRNA又はプレ-mRNA分子とともにインキュベートすることを含む、該mRNA又はプレ-mRNA分子を切断する方法。
【請求項９０】
前記mRNAが未成熟ストップコドンを含む、請求項89に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０Ａ−Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０Ａ−Ｃ】
【図３０Ｄ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０Ａ−Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０Ａ−Ｃ】
【図３０Ｄ】
【公表番号】特表２００７−５２９９９２（Ｐ２００７−５２９９９２Ａ）
【公表日】平成１９年１１月１日（２００７．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１８７９３（Ｐ２００６−５１８７９３）
【出願日】平成１６年７月２日（２００４．７．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２１３３４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００３３１６
【国際公開日】平成１７年１月１３日（２００５．１．１３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＷＩＮＤＯＷＳ
【出願人】（５０３３６９７０５）ピーティーシー セラピューティクス，インコーポレーテッド (31)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１１月１日（２００７．１１．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年７月２日（２００４．７．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２１３３４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００３３１６
【国際公開日】平成１７年１月１３日（２００５．１．１３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＷＩＮＤＯＷＳ
【出願人】（５０３３６９７０５）ピーティーシー セラピューティクス，インコーポレーテッド (31)
【Ｆターム（参考）】
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