ポリペプチド抗原をコードしている新規ストレプトコッカスニューモニアエオープンリーディングフレームおよびその使用
【課題】ストレプトコッカスニューモニアレプトコッカス肺炎の有効な治療法の提供。
【解決手段】特定の配列の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ストレプトコッカスニューモニアエゲノム配列の単離ポリヌクレオチドを用いることで、ストレプトコッカスニューモニアレプトコッカス肺炎を効果的に治療することができる。
【解決手段】特定の配列の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ストレプトコッカスニューモニアエゲノム配列の単離ポリヌクレオチドを用いることで、ストレプトコッカスニューモニアレプトコッカス肺炎を効果的に治療することができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ストレプトコッカス ニューモニアエゲノム配列の単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントに対する相補物である、請求項１記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、染色体ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、およびＲＮＡから成る群から選択される、請求項２記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドをさらに含む、請求項３記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その相補物、その縮重変種、またはそのフラグメントに、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下にハイブリダイズする、単離ポリヌクレオチド。
【請求項６】
ポリヌクレオチドが中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下にハイブリダイズする、請求項５記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含み、以下の（ａ）〜（ｍ）から成る群から選択されるポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントをコードする、ストレプトコッカス ニューモニアエゲノム配列の単離ポリヌクレオチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項８】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントに対する相補物である、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、染色体ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、およびＲＮＡから成る群から選択される、請求項８記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドをさらに含む、請求項９記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
ポリヌクレオチドが融合ポリペプチドをコードする、請求項１０記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号1、配列番号3、配列番号4、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号28、配列番号29、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号39、配列番号41、配列番号42、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号58、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号78、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号86、配列番号89、配列番号91、配列番号92、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号100、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号113、配列番号116、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号131、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号155、配列番号156、配列番号158、配列番号161、配列番号162、配列番号165、配列番号170、配列番号171、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号179、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号192、配列番号195、配列番号196、配列番号197、配列番号199、配列番号200、配列番号201、配列番号202、配列番号204、配列番号205、配列番号207、配列番号209、および配列番号210の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号2、配列番号5、配列番号6、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号15、配列番号20、配列番号21、配列番号26、配列番号27、配列番号30、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号38、配列番号40、配列番号43、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号59、配列番号65、配列番号71、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号87、配列番号88、配列番号90、配列番号93、配列番号94、配列番号98、配列番号99、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号107、配列番号108、配列番号112、配列番号114、配列番号115、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号124、配列番号129、配列番号130、配列番号133、配列番号135、配列番号139、配列番号140、配列番号145、配列番号146、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号157、配列番号159、配列番号160、配列番号163、配列番号164、配列番号166、配列番号167、配列番号168、配列番号169、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号178、配列番号180、配列番号181、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号189、配列番号190、配列番号191、配列番号193、配列番号194、配列番号198、配列番号203、配列番号206、配列番号208、配列番号211、配列番号212、配列番号213、配列番号214、および配列番号215
の１つから選択されるヌクレオチドは配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号 3、 配列番号 8、 配列番号 9、 配列番号 23、 配列番号 39、 配列番号 50、 配列番号 62、 配列番号67、 配列番号 78、 配列番号 85、 配列番号 125、 配列番号 134、 配列番号 147、 配列番号 165、 配列番号 172 および配列番号 179の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
内膜ドメインを有しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号2、 配列番号5、 配列番号6、 配列番号7、 配列番号10、 配列番号11、 配列番号12、 配列番号13、 配列番号14、 配列番号15、 配列番号16、 配列番号17、 配列番号19、 配列番号20、 配列番号21、 配列番号22、 配列番号26、 配列番号27、 配列番号28、 配列番号29、 配列番号30、 配列番号31、 配列番号32、 配列番号33、 配列番号34、 配列番号35、 配列番号36、 配列番号37、 配列番号38、 配列番号40、 配列番号43、 配列番号44、 配列番号46、 配列番号47、 配列番号48、 配列番号51、 配列番号52、 配列番号53、 配列番号54、 配列番号56、 配列番号59、 配列番号60、 配列番号61、 配列番号65、 配列番号68、 配列番号69、 配列番号70、 配列番号71、 配列番号73、 配列番号75、 配列番号76、 配列番号77、 配列番号79、 配列番号80、 配列番号81、 配列番号82、 配列番号83、 配列番号84、 配列番号86 配列番号87、 配列番号88、 配列番号90、 配列番号91、 配列番号93、 配列番号94、 配列番号95、 配列番号96、 配列番号97、 配列番号98、 配列番号99、 配列番号100、 配列番号101、 配列番号102、 配列番号103、 配列番号105、 配列番号106、 配列番号107、 配列番号108、 配列番号109、 配列番号112、 配列番号113、 配列番号114、 配列番号115、 配列番号117、 配列番号118、 配列番号119、 配列番号120、 配列番号121、 配列番号122、 配列番号123、 配列番号124、 配列番号126、 配列番号127、 配列番号128、 配列番号129、 配列番号130、 配列番号131、 配列番号132、 配列番号133、 配列番号135、 配列番号136、 配列番号139、 配列番号140、 配列番号141、 配列番号142、 配列番号144、 配列番号145、 配列番号146、 配列番号148、 配列番号150、 配列番号151、 配列番号152、 配列番号153、 配列番号154、 配列番号156、 配列番号157、 配列番号158、 配列番号159、 配列番号160、 配列番号162、 配列番号163、 配列番号164、 配列番号166、 配列番号167、 配列番号168、 配列番号169、 配列番号170、 配列番号173、 配列番号175、 配列番号176、 配列番号177、 配列番号178、 配列番号180、 配列番号181、 配列番号182、 配列番号184、 配列番号186、 配列番号187、 配列番号188、 配列番号189、 配列番号190、 配列番号191、 配列番号192、 配列番号193、 配列番号194、 配列番号195、 配列番号198、 配列番号200、 配列番号203、 配列番号206、 配列番号208、 配列番号209、 配列番号211、 配列番号212、 配列番号213、 配列番号214および配列番号215の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１６】
Blastp分析により同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号1、 配列番号2、 配列番号7、 配列番号10、 配列番号12、 配列番号16、 配列番号20、 配列番号24、 配列番号27、 配列番号30、 配列番号31、 配列番号32、 配列番号33、 配列番号34、 配列番号35、 配列番号38、 配列番号40、 配列番号42、 配列番号43、 配列番号44、 配列番号48、 配列番号51、 配列番号53、 配列番号59、 配列番号60、 配列番号61、 配列番号65、 配列番号67、 配列番号68、 配列番号69、 配列番号70、 配列番号71、 配列番号75、 配列番号76、 配列番号77、 配列番号78、 配列番号79、 配列番号80、 配列番号87、 配列番号88、 配列番号90、 配列番号94、 配列番号95、 配列番号96、 配列番号98、 配列番号100、 配列番号103、 配列番号105、 配列番号107、 配列番号108、 配列番号109、 配列番号112、 配列番号113、 配列番号115、 配列番号117、 配列番号118、 配列番号122、 配列番号123、 配列番号124、 配列番号127、 配列番号129、 配列番号131、 配列番号132、 配列番号133、 配列番号134、 配列番号135、 配列番号136、 配列番号138、 配列番号139、 配列番号141、 配列番号144、 配列番号146、 配列番号147、 配列番号151 、 配列番号152、 配列番号154、 配列番号155、 配列番号157、 配列番号158、 配列番号159、 配列番号160、 配列番号161、 配列番号162、 配列番号163、 配列番号165、 配列番号166、 配列番号167、 配列番号169、 配列番号172、 配列番号173、 配列番号176、 配列番号177、 配列番号178、 配列番号180、 配列番号181、 配列番号182、 配列番号184、 配列番号185、 配列番号186、 配列番号188、 配列番号189、 配列番号191、 配列番号193、 配列番号196、 配列番号197、 配列番号198、 配列番号199、 配列番号200、 配列番号201、 配列番号202、 配列番号204、 配列番号205、 配列番号206、 配列番号207、 配列番号208、 配列番号210、 配列番号212、 配列番号213 および配列番号214の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１７】
Pfam分析により同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号4、 配列番号18、 配列番号19、 配列番号41、 配列番号45、 配列番号55、 配列番号57、 配列番号58、 配列番号63、 配列番号64、 配列番号66、 配列番号72、 配列番号74、 配列番号89、 配列番号92、 配列番号104、 配列番号111、 配列番号116、 配列番号119、 配列番号128、 配列番号137、 配列番号142、 配列番号143、 配列番号149、 配列番号151、 配列番号152、 配列番号153、 配列番号157、 配列番号159、 配列番号160、 配列番号162、 配列番号163、 配列番号164、 配列番号165、 配列番号166、 配列番号169、 配列番号171、 配列番号174、 配列番号176、 配列番号180、 配列番号182、 配列番号183、 配列番号184、 配列番号186、 配列番号188、 配列番号 189、 配列番号195、 配列番号198、 配列番号 199、 配列番号205、 配列番号212 および、配列番号213の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１８】
リポタンパク質をコードしているポリヌクレオチドが、配列番号3、 配列番号8、 配列番号9、 配列番号13、 配列番号21、 配列番号26、 配列番号34、 配列番号62、 配列番号67、 配列番号85、 配列番号134、 配列番号147、 配列番号150、 配列番号168、 配列番号170 および配列番号173の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
ＬＰＸＴＧモチーフを有しており、そしてペプチドグリカン層に共有結合しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号13、 配列番号21、 配列番号34 および配列番号170の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
ペプチドグリカン結合モチーフを有しており、そしてペプチドグリカン層に結合しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチオドが、配列番号25、 配列番号49、および配列番号110の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号11、 配列番号39、 配列番号73、 配列番号97、 配列番号106、 配列番号 125 および配列番号187の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号1、 配列番号21、 配列番号66 および配列番号67の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号14、 配列番号16、 配列番号17、 配列番号46、 配列番号64、 配列番号66、 配列番号67、 配列番号69、 配列番号71、 配列番号74、 配列番号91、 配列番号103、 配列番号116、 配列番号128、 配列番号131、 配列番号136、 配列番号151、 配列番号156、 配列番号159、 配列番号162、 配列番号164、 配列番号172、 配列番号176、 配列番号178、 配列番号179、 配列番号180、 配列番号182 および配列番号205の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ストレプトコッカス ニューモニアエゲノム配列のポリヌクレオチドによりコードされる単離ポリペプチド。
【請求項２６】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項２５記載のポリペプチド。
【請求項２７】
ストレプトコッカス ニューモニアエで感染した個人の血清ポジティブな血清と免疫反応する、請求項２５記載のポリペプチド。
【請求項２８】
さらに以下の（ａ）〜（ｍ）のように定義される、請求項２５記載のポリペプチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項２９】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 218、 配列番号 219、 配列番号 222、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 226、 配列番号 228、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 237、 配列番号 238、 配列番号 239、 配列番号 240、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 247、 配列番号 249、 配列番号 251、 配列番号 254、 配列番号 256、 配列番号 257、 配列番号 260、 配列番号 262、 配列番号 264、 配列番号 265、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 277、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 296、 配列番号 298、 配列番号 300、 配列番号 301、 配列番号 304、 配列番号 306、 配列番号 307、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 315、 配列番号 319、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 324、 配列番号 325、 配列番号 326、 配列番号 328、 配列番号 331、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 340、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 349、 配列番号 351、 配列番号 352、 配列番号 353、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 359、 配列番号 362、 配列番号 363、 配列番号 364、 配列番号 365、 配列番号 370、 配列番号 371、 配列番号 373、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 380、 配列番号 385、 配列番号 386、 配列番号 387、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 394、 配列番号 398、 配列番号 400、 配列番号 402、 配列番号 407、 配列番号 410、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 422、 配列番号 424、 配列番号 425の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３０】
３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 248、 配列番号 250、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 263、 配列番号 267、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 280、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 295、 配列番号 297、 配列番号 299、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 327、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 339、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 413、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３１】
外膜または周辺細胞ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 238、 配列番号 254、 配列番号 265、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 293、 配列番号 300、 配列番号 340、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 380、 配列番号 387、 配列番号 394の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３２】
内膜ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 226、 配列番号 227、 配列番号 228、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 234、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 237、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 251、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 262、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 267、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 288、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 296、 配列番号 297、 配列番号 298、 配列番号 299、 配列番号 301 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 306、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 315、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 359、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 371、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 385、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 402、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 407、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 415、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 424、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３３】
Blastp分析により同定されるポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 217、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 231、 配列番号 235、 配列番号 239、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 257、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 313、 配列番号 315、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 342、 配列番号 344、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 349、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 353、 配列番号 354、 配列番号 356、 配列番号 359、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 366 、 配列番号 367、 配列番号 369、 配列番号 370、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 384、 配列番号 387、 配列番号 388、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 400、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 421、 配列番号 422、 配列番号 423、 配列番号 425、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３４】
Pfam分析により同定されるポリペプチドが、配列番号 219、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 255、 配列番号 260、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 304、 配列番号 307、 配列番号 319、 配列番号 326、 配列番号 331、 配列番号 334、 配列番号 343、 配列番号 352、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 364、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 384、 配列番号 386、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 395、 配列番号 397、 配列番号 398、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 420、 配列番号 427、 配列番号 428の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３５】
ポリペプチドがリポタンパク質であり、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 249、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 300、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 383、 配列番号 385、 配列番号 388の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３６】
ＬＰＡＴＧモチーフを有し、ペプチドグリカン層に共有結合しているポリペプチドが、配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 249、 SEQ、 配列番号 385の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３７】
ペプチドグリカン結合モチーフを有し、ペプチドグリカン層に結合しているポリペプチドが、配列番号 240、 配列番号 264、 配列番号 325の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３８】
シグナル配列およびＣ−末端チロシンまたはフェニルアラニンアミノ酸を有するポリペプチドが、配列番号226、 配列番号254、 配列番号289、 配列番号312、 配列番号321、 配列番号 340、 配列番号402の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３９】
細胞接着に潜在的に関与するトリペプチドＲＧＤ配列を有するポリペプチドが、配列番号216、 配列番号236、 配列番号281、 配列番号282の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項４０】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号 229、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 261、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 284、 配列番号 286、 配列番号 289、 配列番号 306、 配列番号 318、 配列番号 331、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 351、 配列番号 366、 配列番号 371、 配列番号 374、 配列番号 377、 配列番号 379、 配列番号 387、 配列番号 391、 配列番号 393、 配列番号 394、 395、 配列番号 397、 配列番号 420の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項４１】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項４２】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも約９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド。
【請求項４３】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項４２記載のポリペプチド。
【請求項４４】
ストレプトコッカス ニューモニアエで感染した個人の血清ポジティブな血清と免疫反応する、請求項４２記載のポリペプチド。
【請求項４５】
さらに（ａ）〜（ｍ）として定義される、請求項４２記載のポリペプチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項４６】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 218、 配列番号 219、 配列番号 222、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 226、 配列番号 228、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 237、 配列番号 238、 配列番号 239、 配列番号 240、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 247、 配列番号 249、 配列番号 251、 配列番号 254、 配列番号 256、 配列番号 257、 配列番号 260、 配列番号 262、 配列番号 264、 配列番号 265、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 277、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 296、 配列番号 298、 配列番号 300、 配列番号 301、 配列番号 304、 配列番号 306、 配列番号 307、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 315、 配列番号 319、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 324、 配列番号 325、 配列番号 326、 配列番号 328、 配列番号 331、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 340、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 349、 配列番号 351、 配列番号 352、 配列番号 353、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 359、 配列番号 362、 配列番号 363、 配列番号 364、 配列番号 365、 配列番号 370、 配列番号 371、 配列番号 373、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 380、 配列番号 385、 配列番号 386、 配列番号 387、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 394、 配列番号 398、 配列番号 400、 配列番号 402、 配列番号 407、 配列番号 410、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 422、 配列番号 424、 配列番号 425の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項４７】
３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 248、 配列番号 250、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 263、 配列番号 267、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 280、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 295、 配列番号 297、 配列番号 299、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 327、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 339、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 413、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項４８】
外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 238、 配列番号 254、 配列番号 265、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 293、 配列番号 300、 配列番号 340、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 380、 配列番号 387、 配列番号 394の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項４９】
内膜ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 226、 配列番号 227、 配列番号 228、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 234、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 237、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 251、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 262、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 267、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 288、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 296、 配列番号 297、 配列番号 298、 配列番号 299、 配列番号 301 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 306、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 315、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 359、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 371、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 385、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 402、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 407、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 415、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 424、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５０】
Blastp分析により同定されるポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 217、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 231、 配列番号 235、 配列番号 239、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 257、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 313、 配列番号 315、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 342、 配列番号 344、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 349、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 353、 配列番号 354、 配列番号 356、 配列番号 359、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 366 、 配列番号 367、 配列番号 369、 配列番号 370、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 384、 配列番号 387、 配列番号 388、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 400、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 421、 配列番号 422、 配列番号 423、 配列番号 425、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５１】
Pfamにより同定されるポリペプチドが、配列番号 219、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 255、 配列番号 260、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 304、 配列番号 307、 配列番号 319、 配列番号 326、 配列番号 331、 配列番号 334、 配列番号 343、 配列番号 352、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 364、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 384、 配列番号 386、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 395、 配列番号 397、 配列番号 398、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 420、 配列番号 427、 配列番号 428の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５２】
ポリペプチドがリポタンパク質であり、ポリペプチドが、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 249、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 300、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 383、 配列番号 385、 配列番号 388の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５３】
ＬＰＸＴＧモチーフを有し、そしてペプチドグリカン層に共有結合しているポリペプチドが、配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 249、配列番号 385の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５４】
ペプチドグリカン結合モチーフを有し、そしてペプチドグリカン層に結合しているポリペプチドが、配列番号 240、 配列番号 264、配列番号 325の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５５】
シグナル配列およびＣ−末端チロシンまたはフェニルアラニンアミノ酸を有するポリペプチドが、配列番号226、 配列番号254、 配列番号289、 配列番号312、 配列番号321、 配列番号 340、 配列番号402の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５６】
細胞結合に潜在的に関与するトリペプチドＲＧＤ配列を有するポリペプチドが、配列番号216、 配列番号236、 配列番号281、 配列番号282の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５７】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号 229、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 261、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 284、 配列番号 286、 配列番号 289、 配列番号 306、 配列番号 318、 配列番号 331、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 351、 配列番号 366、 配列番号 371、 配列番号 374、 配列番号 377、 配列番号 379、 配列番号 387、 配列番号 391、 配列番号 393、 配列番号 394、 395、 配列番号 397、 配列番号 420の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５８】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号 592〜配列番号 752の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５９】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、組換え発現ベクター。
【請求項６０】
ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、染色体ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、およびアンチセンスＲＮＡから成る群から選択される、請求項５９記載のベクター。
【請求項６１】
ポリヌクレオチドが、異種構造ヌクレオチド配列を含む、請求項６０記載のベクター。
【請求項６２】
ポリヌクレオチドが、１個またはそれ以上の遺伝子発現調節エレメントに作用的に結合している、請求項６１記載のベクター。
【請求項６３】
ポリヌクレオチドが、配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも約９５％の同一性を有するアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含むポリペプチドをコードする、請求項６２記載のベクター。
【請求項６４】
ベクターがプラスミドである、請求項５９記載のベクター。
【請求項６５】
請求項５９記載のベクターでトランスフェクトされた、形質転換された、または感染した、遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項６６】
宿主細胞が細菌細胞である、請求項６５記載の宿主細胞。
【請求項６７】
ポリヌクレオチドが発現されて、コードされたポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを生じる、請求項６６記載の宿主細胞。
【請求項６８】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるストレプトコッカス ニューモニアエポリヌクレオチド、そのフラグメント、その縮重変種、または配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントに特異的な抗体。
【請求項６９】
抗体が、モノクローナル、ポリクローナル、キメラ、ヒト化、および一本鎖から成る群から選択される、請求項６８記載の抗体。
【請求項７０】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項６９記載の抗体。
【請求項７１】
抗体がヒト化抗体である、請求項７０記載の抗体。
【請求項７２】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つまたはそれ以上から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む免疫原性組成物。
【請求項７３】
医薬上許容されるキャリアをさらに含む、請求項７２記載の免疫原性組成物。
【請求項７４】
１個またはそれ以上のアジュバントをさらに含む、請求項７２記載の免疫原性組成物。
【請求項７５】
さらに以下の（ａ）〜（ｍ）のごとく定義される、請求項７２記載の免疫原性組成物：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項７６】
ポリペプチドが、異種構造アミノ酸をさらに含む、請求項７５記載の免疫原性組成物。
【請求項７７】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項７５記載の免疫原性組成物。
【請求項７８】
ポリペプチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含むポリヌクレオチドによりコードされる、請求項７５記載の免疫原性組成物。
【請求項７９】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドをさらに含む、請求項７８記載の免疫原性組成物。
【請求項８０】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを有し、そして発現ベクターに含まれているポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物。
【請求項８１】
ベクターがプラスミドＤＮＡである、請求項８０記載の免疫原性組成物。
【請求項８２】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドを含む、請求項８１記載の免疫原性組成物。
【請求項８３】
ポリヌクレオチドが、１個またはそれ以上の遺伝子発現調節エレメントに作用的に結合している、請求項８２記載の免疫原性組成物。
【請求項８４】
ポリヌクレオチドがストレプトコッカス ニューモニアエの中和エピトープの発現を指向する、請求項８３記載の免疫原性組成物。
【請求項８５】
１個またはそれ以上のアジュバントをさらに含む、請求項８４記載の免疫原性組成物。
【請求項８６】
ポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリアを含む医薬組成物であって、ポリペプチドが、配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、医薬組成物。
【請求項８７】
ポリペプチドが以下の（ａ）〜（ｍ）のごとくさらに定義される、請求項８６記載の医薬組成物：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項８８】
ポリペプチドが異種構造アミノ酸をさらに含む、請求項８７記載の医薬組成物。
【請求項８９】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項８７記載の医薬組成物。
【請求項９０】
ポリヌクレオチドの少なくとも１つが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その相補物、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ポリヌクレオチドのアレイを含むＤＮＡチップ。
【請求項９１】
ポリペプチドの少なくとも１つが、配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、ポリペプチドのアレイを含むタンパク質チップ。
【請求項９２】
ストレプトコッカス ニューモニアエに対する免疫化の方法であって、宿主に、免疫化量のポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリア含有免疫原性組成物を投与することを含み、ポリペプチドが配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つまたはそれ以上から選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む方法。
【請求項９３】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項９２記載の方法。
【請求項９４】
アジュバントをさらに含む、請求項９２記載の方法。
【請求項９５】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエの検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含んでいるポリヌクレオチドのオリゴヌクレオチドプローブとサンプルを、ハイブリダイゼーションを許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中のハイブリダイゼーションコンプレックスの存在を検出すること、ここでハイブリダイゼーションコンプレックスはサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９６】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエの検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含んでいるポリヌクレオチドのオリゴヌクレオチドプローブとサンプルを、ヌクレオチドおよびポリメーラーゼ酵素の存在下、プライマーの拡張を許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中のプライマー拡張産物の存在を検出すること、ここで拡張産物はサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９７】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエの検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含んでいるポリペプチドに特異的な抗体とサンプルを、免疫複合体の形成を許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中の免疫複合体の存在を検出すること、ここで免疫複合体はサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９８】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエに対する抗体の検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含んでいるポリペプチドとサンプルを、免疫複合体の形成を許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中の免疫複合体の存在を検出すること、ここで免疫複合体はサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９９】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含んでいる単離ポリヌクレオチドを含んでいるコンテナを含むキット。
【請求項１００】
ポリヌクレオチドがプライマーまたはプローブである、請求項９９記載のキット。
【請求項１０１】
ポリヌクレオチドがプライマーであり、キットがポリメラーゼを含んでいるコンテナをさらに含む、請求項１００記載のキット。
【請求項１０２】
キットが、ｄＮＴＰを含んでいるコンテナをさらに含む、請求項９９記載のキット。
【請求項１０３】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含むポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含んでいるコンテナを含むキット。
【請求項１０４】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを少なくとも含む融合ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含んでいるコンテナを含むキット。
【請求項１０５】
請求項６６記載の遺伝子操作された宿主細胞を、ポリペプチドを作製するのに適当な条件下に培養すること、および培養物からポリペプチドを回収することを含む、ポリペプチドを作製する方法。
【請求項１】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ストレプトコッカス ニューモニアエゲノム配列の単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントに対する相補物である、請求項１記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、染色体ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、およびＲＮＡから成る群から選択される、請求項２記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドをさらに含む、請求項３記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その相補物、その縮重変種、またはそのフラグメントに、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下にハイブリダイズする、単離ポリヌクレオチド。
【請求項６】
ポリヌクレオチドが中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下にハイブリダイズする、請求項５記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含み、以下の（ａ）〜（ｍ）から成る群から選択されるポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントをコードする、ストレプトコッカス ニューモニアエゲノム配列の単離ポリヌクレオチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項８】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントに対する相補物である、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、染色体ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、およびＲＮＡから成る群から選択される、請求項８記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドをさらに含む、請求項９記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
ポリヌクレオチドが融合ポリペプチドをコードする、請求項１０記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号1、配列番号3、配列番号4、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号28、配列番号29、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号39、配列番号41、配列番号42、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号58、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号78、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号86、配列番号89、配列番号91、配列番号92、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号100、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号113、配列番号116、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号131、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号141、配列番号142、配列番号143、配列番号144、配列番号147、配列番号148、配列番号149、配列番号150、配列番号155、配列番号156、配列番号158、配列番号161、配列番号162、配列番号165、配列番号170、配列番号171、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号179、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号192、配列番号195、配列番号196、配列番号197、配列番号199、配列番号200、配列番号201、配列番号202、配列番号204、配列番号205、配列番号207、配列番号209、および配列番号210の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号2、配列番号5、配列番号6、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号15、配列番号20、配列番号21、配列番号26、配列番号27、配列番号30、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号38、配列番号40、配列番号43、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号59、配列番号65、配列番号71、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号87、配列番号88、配列番号90、配列番号93、配列番号94、配列番号98、配列番号99、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号107、配列番号108、配列番号112、配列番号114、配列番号115、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号124、配列番号129、配列番号130、配列番号133、配列番号135、配列番号139、配列番号140、配列番号145、配列番号146、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号157、配列番号159、配列番号160、配列番号163、配列番号164、配列番号166、配列番号167、配列番号168、配列番号169、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号178、配列番号180、配列番号181、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号189、配列番号190、配列番号191、配列番号193、配列番号194、配列番号198、配列番号203、配列番号206、配列番号208、配列番号211、配列番号212、配列番号213、配列番号214、および配列番号215
の１つから選択されるヌクレオチドは配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号 3、 配列番号 8、 配列番号 9、 配列番号 23、 配列番号 39、 配列番号 50、 配列番号 62、 配列番号67、 配列番号 78、 配列番号 85、 配列番号 125、 配列番号 134、 配列番号 147、 配列番号 165、 配列番号 172 および配列番号 179の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
内膜ドメインを有しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号2、 配列番号5、 配列番号6、 配列番号7、 配列番号10、 配列番号11、 配列番号12、 配列番号13、 配列番号14、 配列番号15、 配列番号16、 配列番号17、 配列番号19、 配列番号20、 配列番号21、 配列番号22、 配列番号26、 配列番号27、 配列番号28、 配列番号29、 配列番号30、 配列番号31、 配列番号32、 配列番号33、 配列番号34、 配列番号35、 配列番号36、 配列番号37、 配列番号38、 配列番号40、 配列番号43、 配列番号44、 配列番号46、 配列番号47、 配列番号48、 配列番号51、 配列番号52、 配列番号53、 配列番号54、 配列番号56、 配列番号59、 配列番号60、 配列番号61、 配列番号65、 配列番号68、 配列番号69、 配列番号70、 配列番号71、 配列番号73、 配列番号75、 配列番号76、 配列番号77、 配列番号79、 配列番号80、 配列番号81、 配列番号82、 配列番号83、 配列番号84、 配列番号86 配列番号87、 配列番号88、 配列番号90、 配列番号91、 配列番号93、 配列番号94、 配列番号95、 配列番号96、 配列番号97、 配列番号98、 配列番号99、 配列番号100、 配列番号101、 配列番号102、 配列番号103、 配列番号105、 配列番号106、 配列番号107、 配列番号108、 配列番号109、 配列番号112、 配列番号113、 配列番号114、 配列番号115、 配列番号117、 配列番号118、 配列番号119、 配列番号120、 配列番号121、 配列番号122、 配列番号123、 配列番号124、 配列番号126、 配列番号127、 配列番号128、 配列番号129、 配列番号130、 配列番号131、 配列番号132、 配列番号133、 配列番号135、 配列番号136、 配列番号139、 配列番号140、 配列番号141、 配列番号142、 配列番号144、 配列番号145、 配列番号146、 配列番号148、 配列番号150、 配列番号151、 配列番号152、 配列番号153、 配列番号154、 配列番号156、 配列番号157、 配列番号158、 配列番号159、 配列番号160、 配列番号162、 配列番号163、 配列番号164、 配列番号166、 配列番号167、 配列番号168、 配列番号169、 配列番号170、 配列番号173、 配列番号175、 配列番号176、 配列番号177、 配列番号178、 配列番号180、 配列番号181、 配列番号182、 配列番号184、 配列番号186、 配列番号187、 配列番号188、 配列番号189、 配列番号190、 配列番号191、 配列番号192、 配列番号193、 配列番号194、 配列番号195、 配列番号198、 配列番号200、 配列番号203、 配列番号206、 配列番号208、 配列番号209、 配列番号211、 配列番号212、 配列番号213、 配列番号214および配列番号215の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１６】
Blastp分析により同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号1、 配列番号2、 配列番号7、 配列番号10、 配列番号12、 配列番号16、 配列番号20、 配列番号24、 配列番号27、 配列番号30、 配列番号31、 配列番号32、 配列番号33、 配列番号34、 配列番号35、 配列番号38、 配列番号40、 配列番号42、 配列番号43、 配列番号44、 配列番号48、 配列番号51、 配列番号53、 配列番号59、 配列番号60、 配列番号61、 配列番号65、 配列番号67、 配列番号68、 配列番号69、 配列番号70、 配列番号71、 配列番号75、 配列番号76、 配列番号77、 配列番号78、 配列番号79、 配列番号80、 配列番号87、 配列番号88、 配列番号90、 配列番号94、 配列番号95、 配列番号96、 配列番号98、 配列番号100、 配列番号103、 配列番号105、 配列番号107、 配列番号108、 配列番号109、 配列番号112、 配列番号113、 配列番号115、 配列番号117、 配列番号118、 配列番号122、 配列番号123、 配列番号124、 配列番号127、 配列番号129、 配列番号131、 配列番号132、 配列番号133、 配列番号134、 配列番号135、 配列番号136、 配列番号138、 配列番号139、 配列番号141、 配列番号144、 配列番号146、 配列番号147、 配列番号151 、 配列番号152、 配列番号154、 配列番号155、 配列番号157、 配列番号158、 配列番号159、 配列番号160、 配列番号161、 配列番号162、 配列番号163、 配列番号165、 配列番号166、 配列番号167、 配列番号169、 配列番号172、 配列番号173、 配列番号176、 配列番号177、 配列番号178、 配列番号180、 配列番号181、 配列番号182、 配列番号184、 配列番号185、 配列番号186、 配列番号188、 配列番号189、 配列番号191、 配列番号193、 配列番号196、 配列番号197、 配列番号198、 配列番号199、 配列番号200、 配列番号201、 配列番号202、 配列番号204、 配列番号205、 配列番号206、 配列番号207、 配列番号208、 配列番号210、 配列番号212、 配列番号213 および配列番号214の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１７】
Pfam分析により同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号4、 配列番号18、 配列番号19、 配列番号41、 配列番号45、 配列番号55、 配列番号57、 配列番号58、 配列番号63、 配列番号64、 配列番号66、 配列番号72、 配列番号74、 配列番号89、 配列番号92、 配列番号104、 配列番号111、 配列番号116、 配列番号119、 配列番号128、 配列番号137、 配列番号142、 配列番号143、 配列番号149、 配列番号151、 配列番号152、 配列番号153、 配列番号157、 配列番号159、 配列番号160、 配列番号162、 配列番号163、 配列番号164、 配列番号165、 配列番号166、 配列番号169、 配列番号171、 配列番号174、 配列番号176、 配列番号180、 配列番号182、 配列番号183、 配列番号184、 配列番号186、 配列番号188、 配列番号 189、 配列番号195、 配列番号198、 配列番号 199、 配列番号205、 配列番号212 および、配列番号213の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１８】
リポタンパク質をコードしているポリヌクレオチドが、配列番号3、 配列番号8、 配列番号9、 配列番号13、 配列番号21、 配列番号26、 配列番号34、 配列番号62、 配列番号67、 配列番号85、 配列番号134、 配列番号147、 配列番号150、 配列番号168、 配列番号170 および配列番号173の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
ＬＰＸＴＧモチーフを有しており、そしてペプチドグリカン層に共有結合しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号13、 配列番号21、 配列番号34 および配列番号170の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
ペプチドグリカン結合モチーフを有しており、そしてペプチドグリカン層に結合しているポリペプチドをコードしているポリヌクレオチオドが、配列番号25、 配列番号49、および配列番号110の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号11、 配列番号39、 配列番号73、 配列番号97、 配列番号106、 配列番号 125 および配列番号187の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号1、 配列番号21、 配列番号66 および配列番号67の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号14、 配列番号16、 配列番号17、 配列番号46、 配列番号64、 配列番号66、 配列番号67、 配列番号69、 配列番号71、 配列番号74、 配列番号91、 配列番号103、 配列番号116、 配列番号128、 配列番号131、 配列番号136、 配列番号151、 配列番号156、 配列番号159、 配列番号162、 配列番号164、 配列番号172、 配列番号176、 配列番号178、 配列番号179、 配列番号180、 配列番号182 および配列番号205の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドが、配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項７記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
ポリヌクレオチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ストレプトコッカス ニューモニアエゲノム配列のポリヌクレオチドによりコードされる単離ポリペプチド。
【請求項２６】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項２５記載のポリペプチド。
【請求項２７】
ストレプトコッカス ニューモニアエで感染した個人の血清ポジティブな血清と免疫反応する、請求項２５記載のポリペプチド。
【請求項２８】
さらに以下の（ａ）〜（ｍ）のように定義される、請求項２５記載のポリペプチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項２９】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 218、 配列番号 219、 配列番号 222、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 226、 配列番号 228、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 237、 配列番号 238、 配列番号 239、 配列番号 240、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 247、 配列番号 249、 配列番号 251、 配列番号 254、 配列番号 256、 配列番号 257、 配列番号 260、 配列番号 262、 配列番号 264、 配列番号 265、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 277、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 296、 配列番号 298、 配列番号 300、 配列番号 301、 配列番号 304、 配列番号 306、 配列番号 307、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 315、 配列番号 319、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 324、 配列番号 325、 配列番号 326、 配列番号 328、 配列番号 331、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 340、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 349、 配列番号 351、 配列番号 352、 配列番号 353、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 359、 配列番号 362、 配列番号 363、 配列番号 364、 配列番号 365、 配列番号 370、 配列番号 371、 配列番号 373、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 380、 配列番号 385、 配列番号 386、 配列番号 387、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 394、 配列番号 398、 配列番号 400、 配列番号 402、 配列番号 407、 配列番号 410、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 422、 配列番号 424、 配列番号 425の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３０】
３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 248、 配列番号 250、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 263、 配列番号 267、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 280、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 295、 配列番号 297、 配列番号 299、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 327、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 339、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 413、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３１】
外膜または周辺細胞ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 238、 配列番号 254、 配列番号 265、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 293、 配列番号 300、 配列番号 340、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 380、 配列番号 387、 配列番号 394の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３２】
内膜ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 226、 配列番号 227、 配列番号 228、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 234、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 237、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 251、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 262、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 267、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 288、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 296、 配列番号 297、 配列番号 298、 配列番号 299、 配列番号 301 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 306、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 315、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 359、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 371、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 385、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 402、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 407、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 415、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 424、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３３】
Blastp分析により同定されるポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 217、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 231、 配列番号 235、 配列番号 239、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 257、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 313、 配列番号 315、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 342、 配列番号 344、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 349、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 353、 配列番号 354、 配列番号 356、 配列番号 359、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 366 、 配列番号 367、 配列番号 369、 配列番号 370、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 384、 配列番号 387、 配列番号 388、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 400、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 421、 配列番号 422、 配列番号 423、 配列番号 425、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３４】
Pfam分析により同定されるポリペプチドが、配列番号 219、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 255、 配列番号 260、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 304、 配列番号 307、 配列番号 319、 配列番号 326、 配列番号 331、 配列番号 334、 配列番号 343、 配列番号 352、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 364、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 384、 配列番号 386、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 395、 配列番号 397、 配列番号 398、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 420、 配列番号 427、 配列番号 428の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３５】
ポリペプチドがリポタンパク質であり、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 249、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 300、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 383、 配列番号 385、 配列番号 388の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３６】
ＬＰＡＴＧモチーフを有し、ペプチドグリカン層に共有結合しているポリペプチドが、配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 249、 SEQ、 配列番号 385の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３７】
ペプチドグリカン結合モチーフを有し、ペプチドグリカン層に結合しているポリペプチドが、配列番号 240、 配列番号 264、 配列番号 325の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３８】
シグナル配列およびＣ−末端チロシンまたはフェニルアラニンアミノ酸を有するポリペプチドが、配列番号226、 配列番号254、 配列番号289、 配列番号312、 配列番号321、 配列番号 340、 配列番号402の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項３９】
細胞接着に潜在的に関与するトリペプチドＲＧＤ配列を有するポリペプチドが、配列番号216、 配列番号236、 配列番号281、 配列番号282の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項４０】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号 229、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 261、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 284、 配列番号 286、 配列番号 289、 配列番号 306、 配列番号 318、 配列番号 331、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 351、 配列番号 366、 配列番号 371、 配列番号 374、 配列番号 377、 配列番号 379、 配列番号 387、 配列番号 391、 配列番号 393、 配列番号 394、 395、 配列番号 397、 配列番号 420の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項４１】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、そのフラグメント、またはその縮重変種を含む、請求項２８記載のポリペプチド。
【請求項４２】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも約９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド。
【請求項４３】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項４２記載のポリペプチド。
【請求項４４】
ストレプトコッカス ニューモニアエで感染した個人の血清ポジティブな血清と免疫反応する、請求項４２記載のポリペプチド。
【請求項４５】
さらに（ａ）〜（ｍ）として定義される、請求項４２記載のポリペプチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項４６】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 218、 配列番号 219、 配列番号 222、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 226、 配列番号 228、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 237、 配列番号 238、 配列番号 239、 配列番号 240、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 247、 配列番号 249、 配列番号 251、 配列番号 254、 配列番号 256、 配列番号 257、 配列番号 260、 配列番号 262、 配列番号 264、 配列番号 265、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 277、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 296、 配列番号 298、 配列番号 300、 配列番号 301、 配列番号 304、 配列番号 306、 配列番号 307、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 315、 配列番号 319、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 324、 配列番号 325、 配列番号 326、 配列番号 328、 配列番号 331、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 340、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 349、 配列番号 351、 配列番号 352、 配列番号 353、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 359、 配列番号 362、 配列番号 363、 配列番号 364、 配列番号 365、 配列番号 370、 配列番号 371、 配列番号 373、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 380、 配列番号 385、 配列番号 386、 配列番号 387、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 394、 配列番号 398、 配列番号 400、 配列番号 402、 配列番号 407、 配列番号 410、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 422、 配列番号 424、 配列番号 425の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項４７】
３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 248、 配列番号 250、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 263、 配列番号 267、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 280、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 295、 配列番号 297、 配列番号 299、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 327、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 339、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 413、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項４８】
外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 238、 配列番号 254、 配列番号 265、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 293、 配列番号 300、 配列番号 340、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 380、 配列番号 387、 配列番号 394の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項４９】
内膜ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 217、 配列番号 220、 配列番号 221、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 226、 配列番号 227、 配列番号 228、 配列番号 229、 配列番号 230、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 234、 配列番号 235、 配列番号 236、 配列番号 237、 配列番号 241、 配列番号 242、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 251、 配列番号 252、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 261、 配列番号 262、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 267、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 271、 配列番号 274、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 288、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 296、 配列番号 297、 配列番号 298、 配列番号 299、 配列番号 301 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 306、 配列番号 308、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 313、 配列番号 314、 配列番号 315、 配列番号 316、 配列番号 317、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 329、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 334、 配列番号 335、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 344、 配列番号 345、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 354、 配列番号 355、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 359、 配列番号 360、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 369、 配列番号 371、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 383、 配列番号 384、 配列番号 385、 配列番号 388、 配列番号 390、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 402、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 405、 配列番号 406、 配列番号 407、 配列番号 408、 配列番号 409、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 415、 配列番号 418、 配列番号 421、 配列番号 423、 配列番号 424、 配列番号 426、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429、 配列番号 430の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５０】
Blastp分析により同定されるポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 217、 配列番号 222、 配列番号 225、 配列番号 227、 配列番号 231、 配列番号 235、 配列番号 239、 配列番号 242、 配列番号 245、 配列番号 246、 配列番号 247、 配列番号 248、 配列番号 249、 配列番号 250、 配列番号 253、 配列番号 255、 配列番号 257、 配列番号 258、 配列番号 259、 配列番号 263、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 269、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 280、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 290、 配列番号 291、 配列番号 292、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 295、 配列番号 302、 配列番号 303、 配列番号 305、 配列番号 309、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 313、 配列番号 315、 配列番号 318、 配列番号 320、 配列番号 322、 配列番号 323、 配列番号 324、 配列番号 327、 配列番号 328、 配列番号 330、 配列番号 332、 配列番号 333、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 339、 配列番号 342、 配列番号 344、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 348、 配列番号 349、 配列番号 350、 配列番号 351、 配列番号 353、 配列番号 354、 配列番号 356、 配列番号 359、 配列番号 361、 配列番号 362、 配列番号 366 、 配列番号 367、 配列番号 369、 配列番号 370、 配列番号 372、 配列番号 373、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 376、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 382、 配列番号 384、 配列番号 387、 配列番号 388、 配列番号 391、 配列番号 392、 配列番号 393、 配列番号 395、 配列番号 396、 配列番号 397、 配列番号 399、 配列番号 400、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 406、 配列番号 408、 配列番号 411、 配列番号 412、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 415、 配列番号 416、 配列番号 417、 配列番号 419、 配列番号 420、 配列番号 421、 配列番号 422、 配列番号 423、 配列番号 425、 配列番号 427、 配列番号 428、 配列番号 429の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５１】
Pfamにより同定されるポリペプチドが、配列番号 219、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 255、 配列番号 260、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 304、 配列番号 307、 配列番号 319、 配列番号 326、 配列番号 331、 配列番号 334、 配列番号 343、 配列番号 352、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 364、 配列番号 366、 配列番号 367、 配列番号 368、 配列番号 372、 配列番号 374、 配列番号 375、 配列番号 377、 配列番号 378、 配列番号 379、 配列番号 380、 配列番号 381、 配列番号 384、 配列番号 386、 配列番号 389、 配列番号 391、 配列番号 395、 配列番号 397、 配列番号 398、 配列番号 399、 配列番号 401、 配列番号 403、 配列番号 404、 配列番号 410、 配列番号 413、 配列番号 414、 配列番号 420、 配列番号 427、 配列番号 428の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５２】
ポリペプチドがリポタンパク質であり、ポリペプチドが、配列番号 218、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 241、 配列番号 249、 配列番号 277、 配列番号 282、 配列番号 300、 配列番号 349、 配列番号 362、 配列番号 365、 配列番号 383、 配列番号 385、 配列番号 388の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５３】
ＬＰＸＴＧモチーフを有し、そしてペプチドグリカン層に共有結合しているポリペプチドが、配列番号 228、 配列番号 236、 配列番号 249、配列番号 385の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５４】
ペプチドグリカン結合モチーフを有し、そしてペプチドグリカン層に結合しているポリペプチドが、配列番号 240、 配列番号 264、配列番号 325の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５５】
シグナル配列およびＣ−末端チロシンまたはフェニルアラニンアミノ酸を有するポリペプチドが、配列番号226、 配列番号254、 配列番号289、 配列番号312、 配列番号321、 配列番号 340、 配列番号402の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５６】
細胞結合に潜在的に関与するトリペプチドＲＧＤ配列を有するポリペプチドが、配列番号216、 配列番号236、 配列番号281、 配列番号282の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５７】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号 229、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 261、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 284、 配列番号 286、 配列番号 289、 配列番号 306、 配列番号 318、 配列番号 331、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 351、 配列番号 366、 配列番号 371、 配列番号 374、 配列番号 377、 配列番号 379、 配列番号 387、 配列番号 391、 配列番号 393、 配列番号 394、 395、 配列番号 397、 配列番号 420の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５８】
プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるポリペプチドが、配列番号 592〜配列番号 752の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、請求項４５記載のポリペプチド。
【請求項５９】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、組換え発現ベクター。
【請求項６０】
ポリヌクレオチドが、ＤＮＡ、染色体ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、およびアンチセンスＲＮＡから成る群から選択される、請求項５９記載のベクター。
【請求項６１】
ポリヌクレオチドが、異種構造ヌクレオチド配列を含む、請求項６０記載のベクター。
【請求項６２】
ポリヌクレオチドが、１個またはそれ以上の遺伝子発現調節エレメントに作用的に結合している、請求項６１記載のベクター。
【請求項６３】
ポリヌクレオチドが、配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも約９５％の同一性を有するアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含むポリペプチドをコードする、請求項６２記載のベクター。
【請求項６４】
ベクターがプラスミドである、請求項５９記載のベクター。
【請求項６５】
請求項５９記載のベクターでトランスフェクトされた、形質転換された、または感染した、遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項６６】
宿主細胞が細菌細胞である、請求項６５記載の宿主細胞。
【請求項６７】
ポリヌクレオチドが発現されて、コードされたポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを生じる、請求項６６記載の宿主細胞。
【請求項６８】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるストレプトコッカス ニューモニアエポリヌクレオチド、そのフラグメント、その縮重変種、または配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントに特異的な抗体。
【請求項６９】
抗体が、モノクローナル、ポリクローナル、キメラ、ヒト化、および一本鎖から成る群から選択される、請求項６８記載の抗体。
【請求項７０】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項６９記載の抗体。
【請求項７１】
抗体がヒト化抗体である、請求項７０記載の抗体。
【請求項７２】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つまたはそれ以上から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチド、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む免疫原性組成物。
【請求項７３】
医薬上許容されるキャリアをさらに含む、請求項７２記載の免疫原性組成物。
【請求項７４】
１個またはそれ以上のアジュバントをさらに含む、請求項７２記載の免疫原性組成物。
【請求項７５】
さらに以下の（ａ）〜（ｍ）のごとく定義される、請求項７２記載の免疫原性組成物：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項７６】
ポリペプチドが、異種構造アミノ酸をさらに含む、請求項７５記載の免疫原性組成物。
【請求項７７】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項７５記載の免疫原性組成物。
【請求項７８】
ポリペプチドが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列と少なくとも約９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含むポリヌクレオチドによりコードされる、請求項７５記載の免疫原性組成物。
【請求項７９】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドをさらに含む、請求項７８記載の免疫原性組成物。
【請求項８０】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを有し、そして発現ベクターに含まれているポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物。
【請求項８１】
ベクターがプラスミドＤＮＡである、請求項８０記載の免疫原性組成物。
【請求項８２】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドを含む、請求項８１記載の免疫原性組成物。
【請求項８３】
ポリヌクレオチドが、１個またはそれ以上の遺伝子発現調節エレメントに作用的に結合している、請求項８２記載の免疫原性組成物。
【請求項８４】
ポリヌクレオチドがストレプトコッカス ニューモニアエの中和エピトープの発現を指向する、請求項８３記載の免疫原性組成物。
【請求項８５】
１個またはそれ以上のアジュバントをさらに含む、請求項８４記載の免疫原性組成物。
【請求項８６】
ポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリアを含む医薬組成物であって、ポリペプチドが、配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、医薬組成物。
【請求項８７】
ポリペプチドが以下の（ａ）〜（ｍ）のごとくさらに定義される、請求項８６記載の医薬組成物：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項８８】
ポリペプチドが異種構造アミノ酸をさらに含む、請求項８７記載の医薬組成物。
【請求項８９】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項８７記載の医薬組成物。
【請求項９０】
ポリヌクレオチドの少なくとも１つが、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その相補物、その縮重変種、またはそのフラグメントを含む、ポリヌクレオチドのアレイを含むＤＮＡチップ。
【請求項９１】
ポリペプチドの少なくとも１つが、配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む、ポリペプチドのアレイを含むタンパク質チップ。
【請求項９２】
ストレプトコッカス ニューモニアエに対する免疫化の方法であって、宿主に、免疫化量のポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリア含有免疫原性組成物を投与することを含み、ポリペプチドが配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つまたはそれ以上から選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含む方法。
【請求項９３】
ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項９２記載の方法。
【請求項９４】
アジュバントをさらに含む、請求項９２記載の方法。
【請求項９５】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエの検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含んでいるポリヌクレオチドのオリゴヌクレオチドプローブとサンプルを、ハイブリダイゼーションを許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中のハイブリダイゼーションコンプレックスの存在を検出すること、ここでハイブリダイゼーションコンプレックスはサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９６】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエの検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含んでいるポリヌクレオチドのオリゴヌクレオチドプローブとサンプルを、ヌクレオチドおよびポリメーラーゼ酵素の存在下、プライマーの拡張を許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中のプライマー拡張産物の存在を検出すること、ここで拡張産物はサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９７】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエの検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含んでいるポリペプチドに特異的な抗体とサンプルを、免疫複合体の形成を許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中の免疫複合体の存在を検出すること、ここで免疫複合体はサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９８】
生物学的サンプルにおけるストレプトコッカス ニューモニアエに対する抗体の検出および／または同定のための方法であって、以下の（ａ）および（ｂ）を含む方法：
（ａ）配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含んでいるポリペプチドとサンプルを、免疫複合体の形成を許容する条件下で接触させること；および、
（ｂ）サンプル中の免疫複合体の存在を検出すること、ここで免疫複合体はサンプル中のストレプトコッカス ニューモニアエの存在を示す。
【請求項９９】
配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つから選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを含んでいる単離ポリヌクレオチドを含んでいるコンテナを含むキット。
【請求項１００】
ポリヌクレオチドがプライマーまたはプローブである、請求項９９記載のキット。
【請求項１０１】
ポリヌクレオチドがプライマーであり、キットがポリメラーゼを含んでいるコンテナをさらに含む、請求項１００記載のキット。
【請求項１０２】
キットが、ｄＮＴＰを含んでいるコンテナをさらに含む、請求項９９記載のキット。
【請求項１０３】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを含むポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含んでいるコンテナを含むキット。
【請求項１０４】
配列番号２１６〜配列番号４３０または配列番号５９２〜配列番号７５２の１つから選択されるアミノ酸配列、その生物学的同等物、またはそのフラグメントを少なくとも含む融合ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を含んでいるコンテナを含むキット。
【請求項１０５】
請求項６６記載の遺伝子操作された宿主細胞を、ポリペプチドを作製するのに適当な条件下に培養すること、および培養物からポリペプチドを回収することを含む、ポリペプチドを作製する方法。
【公開番号】特開２００９−６０８９８（Ｐ２００９−６０８９８Ａ）
【公開日】平成２１年３月２６日（２００９．３．２６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−２０９７８５（Ｐ２００８−２０９７８５）
【出願日】平成２０年８月１８日（２００８．８．１８）
【分割の表示】特願２００２−５８２１９４（Ｐ２００２−５８２１９４）の分割
【原出願日】平成１４年４月１２日（２００２．４．１２）
【出願人】（５９１０００７９１）ワイス・ホールディングズ・コーポレイション (43)
【氏名又は名称原語表記】Ｗｙｅｔｈ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２１年３月２６日（２００９．３．２６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年８月１８日（２００８．８．１８）
【分割の表示】特願２００２−５８２１９４（Ｐ２００２−５８２１９４）の分割
【原出願日】平成１４年４月１２日（２００２．４．１２）
【出願人】（５９１０００７９１）ワイス・ホールディングズ・コーポレイション (43)
【氏名又は名称原語表記】Ｗｙｅｔｈ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ
【Ｆターム（参考）】
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