上皮増殖因子受容体キナーゼ阻害剤に対する抗癌反応を予測する生物学的マーカー
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による癌患者の治療効果を予測するための診断および予後診断方法を提供する。方法は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために提供され、上皮および／または間葉バイオマーカーの発現レベルを測定することにより、腫瘍細胞が上皮間葉転換（ＥＭＴ）を行なうかどうかを評価するステップを含み、ＥＭＴを行った腫瘍細胞は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性が実質的には低い。上記の方法を取り入れるＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた癌患者を治療するための改善した方法も提供する。さらに、該方法は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の反応性を予測する新規のバイオマーカーを同定するために提供する。さらになお、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対するＥＭＴを行った腫瘍細胞の感受性を回復させる薬剤を同定するための方法も提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、前記腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関し、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン−３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＥＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ−２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項２】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１の方法。
【請求項３】
癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、腫瘍の細胞によって発現された間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、前記腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療にあまり有効に反応しない腫瘍と相関し、前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項３の方法。
【請求項５】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＥＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキン、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、およびＳＴ１４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸−結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎ−アセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＥＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１−デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、ヒテグリン（ｈｉｔｅｇｒｉｎ）アルファ６、ヒテグリン（ｈｉｔｅｇｒｉｎ）ベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン−２、リン酸化プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸−誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、およびエピモルフィンから選択される、方法。
【請求項６】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項５の方法。
【請求項７】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、 腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、ＳＥＲＣ Ａ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣ Ａリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒ−アルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４ＯＳリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択される、方法。
【請求項８】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項７の方法。
【請求項９】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）．、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＥＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣ Ａリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅｔＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ ＧＥＦ−７（Ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡＪＣ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイルＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択される、方法。 本方法の一実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【請求項１０】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項９の方法。
【請求項１１】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項１の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１２】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１１の方法。
【請求項１３】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項３の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１３の方法。
【請求項１５】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項５の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１６】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１５の方法。
【請求項１】
癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、前記腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関し、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン−３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＥＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ−２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項２】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１の方法。
【請求項３】
癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、腫瘍の細胞によって発現された間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、前記腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療にあまり有効に反応しない腫瘍と相関し、前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項３の方法。
【請求項５】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＥＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキン、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、およびＳＴ１４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸−結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎ−アセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＥＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１−デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、ヒテグリン（ｈｉｔｅｇｒｉｎ）アルファ６、ヒテグリン（ｈｉｔｅｇｒｉｎ）ベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン−２、リン酸化プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸−誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、およびエピモルフィンから選択される、方法。
【請求項６】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項５の方法。
【請求項７】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、 腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、ＳＥＲＣ Ａ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣ Ａリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒ−アルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４ＯＳリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択される、方法。
【請求項８】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項７の方法。
【請求項９】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）．、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＥＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣ Ａリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ ｐ１１０、ｅｔＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３ Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２ Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ ＧＥＦ−７（Ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｈ３、ｈｎＲＮＰ Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡＪＣ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ Ａ０、ｈｎＲＮＰ Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイルＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択される、方法。 本方法の一実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【請求項１０】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項９の方法。
【請求項１１】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項１の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１２】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１１の方法。
【請求項１３】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項３の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１３の方法。
【請求項１５】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項５の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１６】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１５の方法。
【図１】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図７Ｅ】
【図７Ｆ】
【図７Ｇ】
【図７Ｈ】
【図７Ｉ】
【図７Ｊ】
【図７Ｋ】
【図７Ｌ】
【図７Ｍ】
【図７Ｎ】
【図７Ｏ】
【図７Ｐ】
【図７Ｑ】
【図７Ｒ】
【図７Ｓ】
【図７Ｔ】
【図７Ｕ】
【図７Ｖ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図７Ｄ】
【図７Ｅ】
【図７Ｆ】
【図７Ｇ】
【図７Ｈ】
【図７Ｉ】
【図７Ｊ】
【図７Ｋ】
【図７Ｌ】
【図７Ｍ】
【図７Ｎ】
【図７Ｏ】
【図７Ｐ】
【図７Ｑ】
【図７Ｒ】
【図７Ｓ】
【図７Ｔ】
【図７Ｕ】
【図７Ｖ】
【公表番号】特表２０１０−５２７２３２（Ｐ２０１０−５２７２３２Ａ）
【公表日】平成２２年８月１２日（２０１０．８．１２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５０３０８９（Ｐ２０１０−５０３０８９）
【出願日】平成２０年４月１４日（２００８．４．１４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／００４８１８
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１２７７１８
【国際公開日】平成２０年１０月２３日（２００８．１０．２３）
【出願人】（５０６３３０５７５）オーエスアイ・ファーマスーティカルズ・インコーポレーテッド (25)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年８月１２日（２０１０．８．１２）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年４月１４日（２００８．４．１４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／００４８１８
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１２７７１８
【国際公開日】平成２０年１０月２３日（２００８．１０．２３）
【出願人】（５０６３３０５７５）オーエスアイ・ファーマスーティカルズ・インコーポレーテッド (25)
【Ｆターム（参考）】
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