乾癬および関連障害を評価および処置するためのマーカーおよび方法
被験者における皮膚関連障害、例えば乾癬の予後または診断評価の方法は、サンプルにおける遺伝子の存在、不在および／または量を対照標準と相関させて、障害の存在および／または重篤度、および／または障害の処置への応答を決定する。この方法は候補療法の有効性の同定を可能にする。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、活性な乾癬のような皮膚関連障害の指標になる発現プロファイルおよび核酸の同定、ならびに乾癬および関連障害の診断におけるそのような発現プロファイルおよび核酸の使用に関する。さらに、本発明は、乾癬を調節する候補薬剤および／または標的を同定および使用する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
尋常性乾癬は、極度に複雑な基礎的病態生理を有する慢性の炎症性皮膚疾患である。その細胞成分は、過形成の表皮ケラチン細胞、Ｔ細胞を含む浸潤性単核細胞、好中球、樹状細胞およびマクロファージを含む（非特許文献１）。これらの疾病を媒介する細胞は、数種のタンパク質ファミリー、例えばサイトカイン、ケモカイン、接着分子、プロテアーゼおよびプロテイナーゼ阻害剤の異常産生を表す。これらのタンパク質の機能は、先天性免疫および炎症から細胞分化および増殖までの範囲に及ぶ（非特許文献２；非特許文献３）。臨床的および翻訳研究をとおして、これらの分子の少なくとも若干のものは、乾癬の発生および維持において決定的役割を演じることが示された。
【０００３】
乾癬におけるＴｈ１免疫応答の発達において重要であると考えられる２種のサイトカインは、インターロイキンー１２（ＩＬ−１２）およびＩＬ−２３である。両サイトカインは、抗原提示細胞、例えばマクロファージおよび樹状細胞によって産生され、そしてＴ細胞およびナチュラルキラー細胞を活性化することによって機能する。ＩＬ−１２およびＩＬ−２３は、ＩＬ−１２ではｐ３５／ｐ４０タンパク質サブユニット、そしてＩＬ−２３ではｐ１９／ｐ４０タンパク質サブユニットからなる可溶性サイトカインのヘテロ二量体ファミリーのメンバーである。いずれかのサイトカインのＩＬ−１２ｐ４０サブユニットは、免疫細胞の表面に見出だされる膜貫通ＩＬ−１２受容体β１（ＩＬ−１２Ｒ１）に結合できる。
【０００４】
ＩＬ−１２ｐ３５またはＩＬ−２３ｐ１９の、それらの受容体パートナー、それぞれＩＬ−１２Ｒ２およびＩＬ−２３Ｒへのその後の結合は、各サイトカインに対して特異的である免疫シグナル伝達事象をもたらす。かくして、ＩＬ−１２ｐ４０／ＩＬ−１２Ｒ１相互作用の妨害は、両ＩＬ−１２およびＩＬ−２３の生物学的活性を妨げるであろう。ＩＬ−１２の機能は、十分に特性決定されており、そしてインターフェロン−（ＩＮＦ−）の誘導、Ｔｈ１細胞の分化、および生来の耐性と適応性免疫の間の橋架けを含む（非特許文献４）。ＩＬ−２３の免疫結果の多くはなお、活発な研究の課題であるけれども、ＩＬ−２３は、ＩＬ−１２のそれらと類似しているが同一ではない機能を有することが提案されている（非特許文献５）。
【０００５】
マイクロアレイ技術は、何千もの遺伝子の発現の分析を同時に可能にし、そしてまた高処理型式への自動化を可能にするので、それは強力な道具である。自己免疫疾患、例えば乾癬として知られるような複雑な宿主機能に関連する疾患では、マイクロアレイの結果は、疾病の診断および管理に対する新しいアプローチを計画する際に利用できる遺伝子発現プロファイルを提供することができる。これらのアプローチはまた、新規遺伝子を同定し、そして疾病または症状とはこれまで無関係とされた未知の機能の遺伝子に注釈を加えることに役立つ。
【０００６】
遺伝子発現は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子およびＤＮＡザイム（ＤＮＡｚｙｍｅ）の使用を含む、いくつかの異なる方法において調節することができる。ｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡの両者はＲＮＡｉ経路を介して作用し、そして遺伝子の発現を抑制するために成功裏に使用されてきた。ＲＮＡｉは、蠕形動物において最初に発見され、そしてｄｓＲＮＡに関連する遺伝子サイレンシングの現象は、ＦｉｒｅおよびＭｅｌｌｏによって植物において最初に報告され、そして植物細胞がＲＮＡウイルスによる感染に抵抗する１つの方法であると考えられる。この経路では、長いｄｓＲＮＡウイルス生産物は、ＤＩＣＥＲ様酵素によって長さ２１−２５ｂｐの、より小さいフラグメントにプロセスされ、次いで、二本鎖分子が解かれて、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に負荷される。類似の経路が哺乳動物細胞において同定されているが、遺伝子に特異的ではなく、そしてその細胞におけるタンパク質合成の総体的閉鎖をもたらす、いわゆるインターフェロン応答の誘導を避けるために、ｄｓＲＮＡ分子が長さ３０ｂｐより小さくなくてはならないという注目すべき差異を有する。
【０００７】
合成ｓｉＲＮＡは、単一遺伝子を選択的に標的とするように成功裏に設計され、そしてインビトロおよびインビボで細胞に送達することができる。ｓｈＲＮＡはｓｉＲＮＡ分子のＤＮＡ等価物であり、それらが分裂周期毎に複製される細胞のゲノム中に組み込まれるという利点を有する。
【０００８】
ＤＮＡザイムはまた遺伝子発現を調節するために使用されてきた。ＤＮＡザイムは一本鎖ＲＮＡを切断する触媒的ＤＮＡ分子である。それらは、標的ＲＮＡ配列に対して高度に選択的であり、それ自体メッセンジャーＲＮＡの標的化をとおして特異的遺伝子を下方調節するために使用することができる。
【０００９】
したがって、自己免疫疾患、例えば乾癬、ならびに他の疾病および症状を診断および処置するための方法を開発する上に有用な新しい遺伝子マーカーを同定かつ特性決定する必要性が存在する。
【非特許文献１】Ｂａｒｋｅｒ，ＪＮ．１９９４，Ｂａｉｌｌｉｅｒｅｓ Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ ８：４２９−
【非特許文献２】Ｂａｒｋｅｒ，Ｊ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ Ｓｃｉ，２：１０６−
【非特許文献３】Ａｕｓｔｉｎ，ＬＭ １９９９．Ｊ Ｉｍｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１１３：７５２−
【非特許文献４】Ｔｒｉｎｃｈｉｅｒｉ，Ｇ．２００３ Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１２ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｎａｔｅ ｒｅｓｉｓｉｔａｎｃｅ ａｎｄ ａｄａｐｔｉｖｅ ｉｍｍｕｎｉｔｙ．Ｎａｔ Ｒｅｖ ｉｍｍｕｎｏｌ ３：１３３１４６
【非特許文献５】Ｏｐｐｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２０００ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：７１５−７２５
【発明の開示】
【００１０】
本発明は、乾癬および／または関連疾病または障害を調節する候補薬剤および／または標的を同定および使用することによって、そのような疾病または障害を診断および／または処置する方法に関する。本発明は、乾癬を有し、そして／または乾癬の症候を低下させるのに有効な薬剤により処置された患者において発現レベルを改変した、３６種の遺伝子のパネルの発見を含む。改変された発現レベルは、乾癬および／または処置に対する被験者の応答の指標になるバイオマーカープロファイルとして働くことができるプロファイルを構成する。
【００１１】
特定の実施態様では、本発明は、プロファイルを構成する３６種の遺伝子の１種以上の遺伝子発現のパターンに基づく乾癬に対する処置の効力を決定する方法を含む。これは、例えば、臨床的応答の他の全測定結果が明らかになる前に、患者に対して実施することができる。１つの実施態様では、薬物候補のスクリーニングの方法は、薬物候補の存在下での発現のレベルに対して、薬物候補の不在下での発現のレベルを比較することを含み、ここで、薬物候補の濃度は、存在する場合には変えることができ、そしてその比較は、薬物候補による処置中または処置後に起きてもよい。典型的な実施態様では、細胞標本は少なくとも２種の発現プロファイル遺伝子を発現する。プロファイル遺伝子は増加または減少を示してもよい。
【００１２】
１つの実施態様では、乾癬関連の遺伝子プロファイルは、予後または診断目的のためのアレイに基づく方法を創製するために使用され、その方法は、
（ａ）患者から得られた標本から代表的な核酸の混合物を調製し、そして混合物中の該サンプル核酸を検出可能なマーカーにより標識させ；
（ｂ）多数の核酸セグメントを含んでなるアレイとサンプルを接触させ、ここで、各核酸セグメントは、乾癬関連のバイオマーカーのパネルがアドレスによってアレイのフィーチュア（ｆｅａｔｕｒｅ）として同定される基板（ｓｕｂｓｔｒａｔｅ）表面上の別々の既知のアドレスに固定化され、さらに該アレイが基板上の既知アドレスにおける少なくとも１種の校正（ｃａｌｉｂｒａｔｉｏｎ）核酸を含み、ここで、接触は、サンプル核酸がアレイに固定化された核酸セグメントに特異的に結合できる条件下で実施される；
（ｃ）処置される患者からの全試験サンプルと対照標準の統計学的比較を実施し；そして
（ｄ）ＣＮＴＯ１２７５による処置に対して応答性の患者から採取されたサンプルについて、来歴パターンをもつ乾癬関連の遺伝子プロファイルのメンバーであるそれらのフィーチュアの強度変化（ｃｈａｎｇｅ）のパターンに対して、試験サンプルについてのフィーチュアの強度パターンを比較する；ことを含む。
【００１３】
その他の実施態様では、本発明は、乾癬および／または関連疾病または障害を調節する候補薬剤および／または標的を同定および使用することによって、そのような疾病または障害を診断し、そして遺伝子発現のパターンに基づく乾癬および／または関連疾病または障害の処置の効力を決定するためのキットを含む。
【００１４】
本発明のその他の実施態様は、乾癬または関連障害を処置するために、乾癬関連の遺伝子パネル生産物に対向される抗体を含む、乾癬関連遺伝子パネルの遺伝子の転写または遺伝子産物のアゴニストおよび／またはアンタゴニスト、ならびに乾癬関連遺伝子パネルアンタゴニストを使用する方法に関する。
【００１５】
１つの態様では、乾癬関連遺伝子パネルアンタゴニストは、乾癬関連遺伝子パネル生産物に特異的に結合する抗体である。そのような抗体の特定の利点は、それらが、その作用を防ぐ様式で乾癬関連遺伝子パネル生産物に結合することができることである。かくして、本発明の方法は、ヒトまたは非ヒト患者における種々の皮膚関連の障害に関する疾病状態の治療および予防処置のために抗体を理想的に適合させる、望ましい中和特性を有する抗体を使用する。したがって、本発明は、肺関連の疾病または障害を抑制するために、中和性の乾癬関連遺伝子パネル生産物抗体の量を患者に投与することを含む、そのような処置の必要な患者における乾癬または関連疾病または症状を処置する方法に対向される。
【００１６】
その他の態様では、本発明は、細胞における活性または発現が調節されるように、乾癬関連遺伝子パネル遺伝子の活性または発現を調節（抑制または増進）する薬剤（例えば、アンタゴニストまたはアゴニスト）と細胞を接触させることを含む、乾癬関連遺伝子パネル遺伝子の活性を調節する方法を提供する。好適な実施態様では、薬剤は、乾癬関連遺伝子パネルに特異的に結合する抗体である。他の実施態様では、モジュレーターはペプチド、ペプチド擬似体または他の低分子である。
【００１７】
また本発明は、障害が乾癬関連遺伝子パネルの量または活性を調節することによって軽減することができる乾癬または関連障害を有する被験者を処置する方法を提供する。また本発明は、乾癬関連遺伝子パネル生産物の活性のモジュレーターまたは乾癬関連遺伝子パネルの発現のモジュレーターである薬剤を被験者に投与することによって、乾癬関連遺伝子パネル生産物またはそれらをコードしているポリヌクレオチドの異常な活性を特徴とする障害を有する被験者を処置する方法を提供する。
【００１８】
１つの実施態様では、モジュレーターはポリペプチドまたは低分子化合物である。その他の実施態様では、モジュレーターはポリヌクレオチドである。特定の実施態様では、乾癬関連遺伝子パネルアンタゴニストは、細胞による乾癬関連遺伝子パネルの生産を妨げることができるｓｉＲＮＡ分子、ｓｈＲＮＡ分子、アンチセンス分子、リボザイムまたはＤＮＡザイムである。
【００１９】
さらに本発明は本明細書に記述されるすべての発明を提供する。
【００２０】
定義
次に示す定義は、本明細書において本発明を記述されるために使用される種々の用語の意味および範囲を具体的に説明し、定義するために記述される。
【００２１】
ポリペプチドの「活性」、生物学的活性および機能的活性は、標準技術にしたがってインビボ、インサイチューまたはインビトロで決定されるようなその他のタンパク質または分子とのそれとの特異的相互作用に対する応答において、乾癬関連遺伝子パネルの遺伝子によって発揮される活性を指す。そのような活性は、直接活性、例えば第２のタンパク質との組み合わせ活性またはそのタンパク質における酵素活性であってもよく、あるいは間接活性、例えば第２のタンパク質とそのタンパク質の相互作用、または細胞内シグナル伝達または凝固カスケードにおけるような一連の相互作用によって媒介される細胞プロセスであってもよい。
【００２２】
「抗体」は、免役グロブリン分子の少なくとも１部分、例えば、限定されるものではないが、重鎖または軽鎖の少なくとも１個の相補性決定部（ＣＤＲ）またはそのリガンド結合部分、重鎖または軽鎖可変部、重鎖または軽鎖定常部、枠組み構造領域、またはそれらのすべての部分、フラグメントまたは変異体、を含む分子を含有するすべてのポリペプチドまたはペプチドを含む。用語「抗体」は、抗体擬似体を含む、抗体、消化フラグメント、特定の部分およびそれらの変異体を包含するか、あるいは一本鎖抗体およびそのフラグメントを含む、抗体またはその特定のフラグメントまたは部分の構造および／または機能を模倣する抗体の部分を含むことが意図される。例えば、抗体フラグメントは、限定されるものではないが、Ｆａｂ（例えば、パパイン消化による）、Ｆａｂ’（例えば、ペプシン消化および部分還元による）およびＦ（ａｂ’）２（例えば、ペプシン消化による）を含み、ｆａｃｂ（例えば、プラスミン消化による）、ｐＦｃ’（例えば、ペプシンまたはプラスミン消化による）、Ｆｄ（例えば、ペプシン消化、部分還元および再集合（ｒｅａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎによる）、ＦｖまたはｓｃＦｖ（例えば、分子生物学技術による）フラグメントが、本発明によって包含される（参照、例えば、Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９９４−２００１）；Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９９７−２００１））。
【００２３】
本明細書で使用されるような、用語「アレイ」または「マイクロアレイ」または「バイオチップ」または「チップ」は、多数の固定化された標的要素を含んでなる製造商品またはデバイスを指し、各標的要素は、以下にさらに詳細に議論されるように、固体表面に固定化された、生物学的分子、例えば、核酸分子またはポリペプチドのような特定の組成物を含んでなる「クローン」、「フィーチュア（ｆｅａｔｕｒｅ）」、「スポット」または一定の領域を含む。
【００２４】
本発明の核酸配列「の相補物（ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）」または「に相補的（ｔｏ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ）」は、最初のポリヌクレオチドに比較して相補的な塩基配列および逆配向を有するポリヌクレオチド分子を指す。
【００２５】
当該技術分野において既知であるような「同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」は、配列を比較することによって決定されるような、２種以上のポリペプチド配列または２種以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該技術分野において、また「同一性」は、そのような配列の糸の間の一致によって決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列関連性の程度を意味する。「同一性」および「類似性」は、限定されるものではないが、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．，ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ Ｉ，Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；およびＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．，Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；およびＣａｒｉｌｌｏ，Ｈ．，ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．，Ｓｉａｍ Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ．，４８：１０７３（１９８８）において記述されている方法を含む、既知の方法によって容易に計算することができる。その上、パーセンテージ同一性に関する値は、ｔｈｅ ｄｅｆａｕｌｔ ｓｅｔｔｉｎｇｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ＡｌｉｇｎＸ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ｏｆ Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ Ｓｕｉｔｅ ８．０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ，Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）を使用して生成されるアミノ酸およびヌクレオチド配列整列から得ることができる。
【００２６】
本明細書で使用されるような、用語「に特異的にハイブリダイズする」、「に特異的にハイブリダイズすること」、「特異的ハイブリダイゼーション」および「に選択的にハイブリダイズする」は、ストリンジェント（緊縮）条件下で特定のヌクレオチド配列に対する優先的な核酸分子の結合、二重鎖形成またはハイブリダイジングを指す。用語「ストリンジェント条件」は、プローブがその標的サブ配列に優先的に；かつ、他の配列に対しては、より低度にハイブリダイズできるか、または少しもハイブリダイズできない条件を指す。核酸のハイブリダイゼーション（例えば、アレイ、サザンまたはノーザンハイブリダイゼーションにおけるような）に関して「ストリンジェントハイブリダイゼーション」および「ストリンジェントハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列依存性であり、そして種々の環境パラメーター下では異なる。本発明を実行するために使用されてもよい代替ハイブリダイゼーション条件は、以下に詳細に記述されている。その他の態様では、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄条件は、以下に、さらに詳細に記述されるように、温和条件、ストリンジェント条件および非常にストリンジェントな条件下で実施される。また代替洗浄条件は、本明細書でさらに詳細に記述されるように、種々の態様において使用される。
【００２７】
本明細書で使用されるような、語句「標識された生物学的分子」または「検出可能な組成物により標識された」または「検出可能な部分により標識された」は、以下に詳細に記述されるように、検出可能な組成物、すなわち標識を含んでなる生物学的分子、例えば、核酸を指す。標識は、また、核酸、例えば、以下に記述されるように、「分子ビーコン」としてのステム−ループ構造の形態における核酸のようなその他の生物学的分子であってもよい。これは、例えば、ニックトランスレーション、ランダムプライマー伸張、退化プライマーによる増幅などによって、核酸中への標識された塩基（または、検出可能な標識に結合できる塩基）の組み込みを含む。いかなる標識も使用することができる、例えば、化学発光標識、放射能標識、酵素的標識など。標識は、いかなる手段によっても、例えば、肉眼的、分光法的、光化学的、生物化学的、免疫化学的、物理的、化学的および／または化学発光的検出によって検出することができる。本発明は、検出可能な標識を含む固定化核酸を含んでなるアレイを使用してもよい。
【００２８】
本明細書で使用されるように、用語「核酸」は、一本鎖または二本鎖のいずれかの形態におけるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を指す。この用語は、天然のヌクレオチドの既知の類似体を含有する核酸を包含する。用語核酸は、遺伝子、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、オリゴヌクレオチドプライマー、プローブおよび増幅生成物と互換的に使用される。また用語は、ＤＮＡ骨格類似体、例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、アルキルホスホトリエステル、スルファメート、３’−チオアセタール、メチレン（メチルイミノ）、３’−Ｎ−カルバメート、モルホリノカルバメートおよびペプチド核酸（ＰＮＡ）を包含する。
【００２９】
本明細書で使用されるように、用語「サンプル」または「核酸のサンプル」は、ＤＮＡもしくはＲＮＡ、または天然起源から単離されたＤＮＡもしくはＲＮＡの核酸代表物を含んでなるサンプルを指す。「核酸のサンプル」は、その他の核酸（例えば、固定化されたプローブ）に対するハイブリダイゼーションのために適当な形態物において（例えば、可溶性水溶液として）存在する。サンプル核酸は、特定の細胞または組織から単離、クローン化または抽出されてもよい。核酸サンプルが調製される細胞または組織サンプルは、典型的には、乾癬または関連疾病または症状を有するか、または有すると疑われる患者から採取される。細胞および組織サンプルを単離する方法は、当業者には周知であり、そして限定されるものではないが、吸引、組織切断、針生検などを含む。しばしば、サンプルは、組織学的目的のために採取された凍結切片またはパラフィン切片のような組織の切片を含む、患者から得られたサンプルである「臨床サンプル」であってもよい。またサンプルは、薬物候補への応答を検出することが望まれるであろう、患者から採取された（細胞の）上澄液または細胞それ自体から、あるいは細胞培養物、組織培養物からの細胞および他の培地から得られてもよい。若干の場合には、核酸はハイブリダイゼーションの前に、ＰＣＲのような標準技術を使用して増幅されてもよい。プローブは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅生成物、実質的に完全な染色体または染色体フラグメント、または実質的に完全なゲノムのコレクション、例えば、クローン、例えば、ＢＡＣｓ、ＰＡＣｓ、ＹＡＣｓなどのコレクションのような、の１個以上の特定の（予め選ばれた）部分からの核酸の起源から作成されてもよく、そして集合的に代表物であってもよい（下記、参照）。
【００３０】
「核酸」はヌクレオチドのポリマーであり、ここで、ヌクレオチドは、糖が、仲介する少なくとも二価の分子、例えばリン酸によって互いに順に結合されている糖に結合された塩基を含む。天然に存在する核酸では、糖は２’−デオキシリボース（ＤＮＡ）またはリボース（ＲＮＡ）のいずれかである。非天然のポリ−またはオリゴヌクレオチドは、修飾された塩基、糖または結合分子を含有するが、一般には、後にそれらが設計される天然に存在する核酸の相補的性質を模倣していると理解される。非天然のオリゴヌクレオチドの例は、ホスホロチオレート骨格を有するアンチセンス分子組成物である。「オリゴヌクレオチド」は、一般に、３０個未満のヌクレオチドを有する核酸分子を指す。
【００３１】
用語「プロファイル」は、パターンを意味し、そして多数のフィーチュアの変化の大きさと方向に関する。プロファイルは、厳密に解釈されてもよい、すなわち、ここでは、特性を表すプロファイル内のフィーチュアの大きさおよび／または数における変化は、参考プロファイルに実質的に類似しているか、あるいは、それは、例えば、フィーチュアの特性の全部またはサブセットの絶対的一致よりもむしろ傾向を求めることによって、あまり厳密には解釈されなくてもよい。
【００３２】
用語「タンパク質」、「ポリペプチド」および「ペプチド」は、先に詳細に議論されたように、変異体が得られたポリペプチドに実質的に対応する構造および活性を有する「類似体」または「保存変異体」および「擬似体」または「ペプチド擬似体」を含む。
【００３３】
「ポリペプチド」は、ペプチド結合によって結合されたアミノ酸残基のポリマーであり、そしてペプチドは、一般には、１２個以下の残基のアミノ酸ポリマーを指す。ペプチド結合は、核酸鋳型により指導されるように天然に、または当該技術分野において周知の方法によって合成的に生産されてもよい。
【００３４】
「タンパク質」は、１種以上のポリペプチド鎖を含んでなる巨大分子である。タンパク質は、ペプチド結合の形成に必要とされないアミノ酸のサイドグループに結合された置換基をさらに含んでもよい。典型的には、真核細胞発現によって形成されるタンパク質は、また炭水化物を含有する。タンパク質は、本明細書では、それらのアミノ酸配列または骨格に関して定義され、そして置換基は、既知であってもなくても特定されない。
【００３５】
用語「受容体」は、特定のリガンドまたは結合パートナーとの相互作用の結果として、例えば細胞において、生物学的活性に影響を与える能力を有する分子を言う。細胞膜に結合された受容体は、細胞外のリガンド結合ドメイン、１個以上の膜横断または膜貫通ドメイン、および典型的にはシグナル伝達に関与する細胞内エフェクタードメインを特徴とする。細胞膜受容体へのリガンド結合は、細胞外ドメインにおける変化を惹起し、これが細胞膜を横断して伝達され、１種以上の細胞内タンパク質との相互作用を導くかまたは導かず、そして細胞の特性、例えば酵素活性、細胞型または遺伝子発現プロファイルを変える。また受容体は、細胞表面に結合されていなくてもよく、そしてサイトゾル、核に存在しても、または細胞から完全に遊離していてもよい。非細胞結合受容体は可溶性受容体またはリガンドと呼ばれる。
【００３６】
本明細書に引用されたすべての公表物または特許は、引用によって完全に本明細書に組み入れられており、したがって、具体的に指摘されてもされなくても、それらは、本発明の時点における当該技術分野の状態を示し、そして／または本発明の説明および可能性を提供する。公表物は、すべての科学または特許公報物、あるいは全ての記録、電信または印刷型式を含む、すべての媒体型式において利用できるすべての他の情報を指す。次の参考文献は、引用によって完全に本明細書に組み入れられている：Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９８７−２００１）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｂｏｒ，ＮＹ（１９８９）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｂｏｒ，ＮＹ（１９８９）；Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９９４−２００１）；Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ（１９９７−２００１）。
【００３７】
遺伝子パネル同定および評価
ＣＮＴＯ１２７５は、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ，Ｉｎｃ．のヒト抗ＩＬ−１２ｐ４０ヒトＩｇＧ１抗体であり、これは、ヒトＩＬ−１２およびＩＬ−２３のｐ４０サブユニットに結合する。ＣＮＴＯ１２７５は、乾癬の処置のために臨床試験中である。
【００３８】
中度〜重度の乾癬を有する患者におけるＣＮＴＯ１２７５の初期臨床試験（研究名Ｔ０１）は、単回のＩＶ用量後の有意な離床的改善を例証した（Ｋａｕｆｆｍａｎ，ＣＬ ｅｔ ａｌ．，２００４．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１２３：１０３７−１０４４）。第１相、ヒトにおける最初の非無作為化オープンラベル研究は、ＣＮＴＯ１２７５の単回静脈内注入が、一般に、十分に許容され、そして乾癬病巣の濃度依存的改善を誘導することを例証した。乾癬はヒトにおけるもっとも普遍的なＴ細胞媒介炎症性疾患の１つであり、そしてもっとも通常の免疫媒介炎症性疾患および障害にはいるが、自己抗原は同定されていない。乾癬の病因は、ケラチン細胞の過増殖および血管の顕著な拡張を伴う血管形成をもたらす、病巣および／または循環性Ｔ細胞の活性化およびそれらの分泌生産物によると考えられる。
【００３９】
Ｔ０１研究では、３％〜３５％にわたる体表面積と、体幹または体肢のいずれかに少なくとも２個の斑を有する１８人の患者が、単回静脈内注入により処置された。用量は０．１〜５．０ｍｇ／ｋｇの範囲であった。ＣＮＴＯ１２７５に関する重大な悪い事象はなかった。もっとも普通に報告された悪い事象は、ＣＤ４＋およびＣＤ１６／５６＋細胞における一過性の減少、頭痛、通常のかぜ症候および生検部位における疼痛を含んだ。１８人の被験者中１２人（６７％）は、研究投与後８〜１６ｗｋ間に、乾癬活性および重篤度指数（ＰＡＳＩ）における少なくとも７５％の改善を達成した。離床的改善は濃度依存性であった。
【００４０】
実施例１に記述されるような類似の研究、Ｔ０２では、この研究における被験者からの皮膚生検サンプルを使用してマイクロアレイによる遺伝子プロファイリングの分析が、ＰＡＳＩスコアによって測定されるように、可視的な離床的改善前にＣＮＴＯ１２７５処置の効力に相関した予後指標遺伝子パネルの同一性をもたらした。
【００４１】
本発明は、乾癬に関連される障害の診断の新規方法、ならびに乾癬、特に乾癬性皮膚病巣の症候を緩和する組成物についてのスクリーニングの方法を提供する。本明細書に記述されるような、「乾癬」、「乾癬性皮膚病巣」、「乾癬関連症状」または文法的等価物は、血管の顕著な拡張を伴うケラチン細胞過増殖および血管形成、すなわち、発疹性（ｅｒｕｐｔｉｎｇ）皮膚病巣をもたらすＴ細胞媒介の炎症性疾患によって特色づけられる疾病状態または症状を意味する。他の皮膚のＴ細胞障害は、皮膚のＴ細胞リンパ腫を含む。
【００４２】
乾癬または関連障害の処置では、病原性Ｔ細胞応答を制限することが望ましいであろう。サイトカインのＩＬ−１２ファミリー、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３は、Ｔｈ１作動性免疫応答に関与しているとして同定された。したがって、共通のβ（ｐ４０）サブユニットを共有する全メンバー（ＩＬ−１２またはＩＬ−２３にのみに限定されない）のアンタゴニストが、乾癬を処置するためのヒトにおける最初の（ｆｉｒｓｔ−ｉｎ−ｈｕｍａｎ）治療剤として選ばれた。
【００４３】
１つの態様では、遺伝子の発現レベルは、発現プロファイルを提供するために診断情報が所望される種々の患者サンプルにおいて決定される。特定のサンプルの発現プロファイルは、本質的に、そのサンプルの状態の「フィンガープリント」であり；２つの状態が、類似に発現されたすべての特定の遺伝子を有する限り、多数の遺伝子の評価は、同時に、患者サンプルの状態に独特な遺伝子発現プロファイルの生成を可能にする。すなわち、正常な組織は病巣組織と区別でき、そして処置された患者からの組織は未処置の患者と区別できる。既知である種々の疾病状態の組織の発現プロファイルを比較することによって、これらの状態の各々において重要である遺伝子に関する情報（遺伝子の両上方−および下方調節を含む）が得られる。
【００４４】
疾病組織において分別的に発現される配列（遺伝子）の同定は、多くの方法におけるこの情報の使用を可能にする。例えば、特定の処置療法の評価が評価できる。同様に、診断が、既知の発現プロファイルと患者サンプルを比較することによって実施されてもよく、または確認されてもよい。さらにまた、これらの遺伝子発現プロファイル（または個々の遺伝子）は、特定の発現プロファイルを模倣するか、または変更することに目を向けての薬物候補のスクリーニングを可能にする；例えば、スクリーニングが、血管形成発現プロファイルを抑制する薬物のために実施されてもよい。
【００４５】
このことは、重要な疾病遺伝子のセットを含んでなるバイオチップを作成することによって実施されてもよく、次いで、これがこれらのスクリーニングにおいて使用できる。またこれらの方法は、タンパク質に基づいて実施されてもよい；すなわち、乾癬関連遺伝子産物タンパク質のタンパク質発現レベルが、診断目的のためまたは候補薬剤のスクリーニングのために評価されてもよい。さらに、乾癬関連遺伝子プロファイルを含む核酸配列が使用されて、アンチセンス核酸の投与を含む療法が設計されてもよく、あるいは、その遺伝子配列によりコードされたタンパク質がワクチンの成分として投与されてもよい。
【００４６】
かくして、本発明は、乾癬において分別的に発現される核酸およびタンパク質配列、本明細書では「乾癬関連遺伝子配列」と呼ばれる、に関する情報を提供する。以下に略記されるように、乾癬関連遺伝子配列は、乾癬に関連する障害において上方調節される（すなわち、より高いレベルで発現される）それらの配列、ならびに下方調節される（すなわち、より低いレベルで発現される）それらの配列を含む。好適な実施態様では、乾癬関連遺伝子配列はヒト由来である；しかしながら、当業者によって評価できるように、他の生物由来の乾癬関連遺伝子配列が、疾病および薬物評価の動物モデルにおいては有用であろう；かくして、他の乾癬関連遺伝子配列が、齧歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモットなど）、霊長類、農場動物（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマなどを含む）を含む哺乳類を含む脊椎動物から提供される。他の生物由来の乾癬関連遺伝子配列が、当該技術分野において既知の技術を使用して得られてもよい。
【００４７】
乾癬関連遺伝子配列は、両核酸およびアミノ酸配列を含んでもよい。好適な実施態様では、乾癬関連遺伝子配列は組み換え核酸である。本明細書における用語「組み換え核酸」とは、一般に、ポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼによる核酸の操作によって、普通には自然では見出だされない形態において、インビトロで最初から形成される核酸が意味される。かくして、線状形態において単離された核酸、または正常では結合されないＤＮＡ分子を連結することによってインビトロで形成された発現ベクターは、両者ともに、本発明の目的のための組み換え体と考えられる。組み換え核酸が作成され、そして宿主細胞または生物体中に再導入されると、それは、非組み換え的に、すなわち、インビトロの操作よりもむしろ宿主細胞のインビボの細胞機構を使用して複製できる；しかしながら、そのような核酸は、一旦組み換え的に生産されると、続いて、非組み換え的に複製されるけれども、なお本発明の目的では組み換え体と考えられることが理解される。
【００４８】
本発明を実施する方法
本発明は、２種以上のサンプル中の結合性分子（例えば、核酸配列）の相対量に依存するインシリコ（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ）のアレイに基づく方法を提供する。また、２種以上のサンプル中の結合性分子（例えば、核酸配列）の相対量を決定し、そして決定された相対的結合量を使用して疾病を診断し、格付け（ｓｔａｇｅ）し、特定の療法に対する応答を予測し、そして治療処置を追跡および増進するためのコンピューターで実行される方法が提供される。
【００４９】
本発明の方法の実施では、標識された生物学的分子（例えば、核酸）の２種以上のサンプルが２種以上のアレイに適用されるが、ここで、アレイは、実質的に、固定化された結合性分子（例えば、標識されたサンプル核酸にハイブリダイズすることができる固定化された核酸）の同じ相補物（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）を有する。２種以上のアレイは、典型的には、同じアレイの多数のコピーである。しかしながら、アレイ上の各「スポット」、「クローン」または「フィーチュア」は、類似の生物学的分子（例えば、同配列の核酸）を有し、そして各スポットにおける生物学的分子（例えば、核酸）は、核酸および他のアレイについては典型的であるとして既知であるので、本発明において使用される多数のアレイは、配置において同一である必要はなく、基板上の各フィーチュアの位置が既知である、すなわち、アドレスを有することのみが必要である。かくして、１つの態様では、多数の生物学的分子（例えば、核酸）サンプルは、アレイに比較的に結合され（例えば、同時にハイブリダイズされる）、そして収集された情報は、結果がフィーチュア（例えば、核酸配列）の固有の性質に基づき、基板上のその位置には基づかないようにコードされる。
【００５０】
核酸の増幅
オリゴヌクレオチドプライマーを用いる増幅が使用されて、本発明の組成物および方法において使用される核酸が生成され、アレイにハイブリダイズされる試験または対照サンプルのレベルが検出または測定する、などができる。熟練研究者は、適当なオリゴヌクレオチド増幅プライマーを選択および設計することができる。また、増幅方法は当該技術分野において周知であり、そして例えば、ポリメラーゼ連鎖反応、ＰＣＲ（ＰＣＲ ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ，Ａ ＧＵＩＤＥ ＴＯ ＭＥＴＨＯＤＳ ＡＮＤ ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ，ｅｄ．Ｉｎｎｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．（１９９０）およびＰＣＲ ＳＴＲＡＴＥＧＩＥＳ（１９９５），ｅｄ．Ｉｎｎｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（参照、例えば、Ｗｕ（１９８９）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０；Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７；Ｂａｒｒｉｎｇｅｒ（１９９０）Ｇｅｎｅ ８９：１１７）；転写増幅（参照、例えば、Ｋｗｏｈ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３）；および、自己維持（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ）配列複製（参照、例えば、Ｇｕａｔｅｌｌｉ（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４）；Ｑベータレプリカーゼ増幅（参照、例えば、Ｓｍｉｔｈ（１９９７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３５：１４７７−１４９１）、自動Ｑベータレプリカーゼ増幅アッセイ（参照、例えば、Ｂｕｒｇ（１９９６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ １０：２５７−２７１）および他のＲＮＡポリメラーゼ媒介技術（例えば、ＮＡＳＢＡ、Ｃａｎｇｅｎｅ、Ｍｉｓｓｉｓｓａｕｇａ、Ｏｎｔａｒｉｏ）を含む；参照、またＢｅｒｇｅｒ（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５２：３０７−３１６；Ｓａｍｂｒｏｏｋ；Ａｕｓｕｂｅｌ；米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号；Ｓｏｏｋｎａｎａｎ（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３：５６３−５６４。
【００５１】
核酸をハイブリダイズする
本発明の方法を実施するには、核酸の試験および対照サンプルが、例えば、アレイ上の固定化プローブ核酸にハイブリダイズされる。その他の態様では、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄条件は温和な条件、ストリンジェント条件および非常にストリンジェントな条件下で実施される。核酸のハイブリダイゼーションについての広範なガイドは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｔｉｊｓｓｅｎにおいて見出だされる。一般に、高ストリンジェントのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は、一定のイオン強度およびｐＨにおいて特定の配列の熱融点（Ｔｍ）以下約５℃であるように選ばれる。Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全に一致したプローブにハイブリダイズする温度（一定のイオン強度およびｐＨ下で）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブのＴｍに等しいように選ばれる。アレイまたはサザンまたはノーザンブロットにおけるフィルターにおいて、１００個以上の相補的残基を有する相補的核酸のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントハイブリダイゼーション条件の例は、一夜実施されるハイブリダイゼーションによる標準ハイブリダイゼーション溶液（参照、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ）を使用して４２℃である。高いストリンジェント洗浄条件の例は、約１５分間７２℃で０．１５ＭＮａＣｌである。ストリンジェント洗浄条件の例は、１５分間６５℃で０．２ｘＳＳＣ洗浄液である（参照、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ）。しばしば、高ストリンジェント洗浄は、中または低ストリンジェント洗浄によって先行されてバックグラウンドのプローブシグナルが除去される。１００個以上のヌクレオチドの二重鎖についての代表的な中ストリンジェント洗浄は、１５分間４５℃で１ｘＳＳＣである。１００個以上のヌクレオチドの二重鎖についての低ストリンジェント洗浄の例は、１５分間４０℃で４ｘ〜６ｘＳＳＣである。
【００５２】
例えば、アレイによる比較ゲノムハイブリダイゼーションのような比較核酸ハイブリダイゼーションの実施における、本発明の組成物および方法のその他の態様では、蛍光染料Ｃｙ３（Ｒ）およびＣｙ５（Ｒ）が、２種のサンプルからの核酸フラグメント、例えば、アレイに固定化された核酸対サンプル核酸、または対照物から生成された核酸対試験細胞または組織からの核酸、を分別して標識するために使用される。多くの市販装置がこれらの２種の染料の検出に用立てるために設計されている。Ｃｙ５（Ｒ）、またはフルオル（ｆｌｕｏｒｓ）または他の酸化感受性化合物の安定性を増大させるために、抗酸化剤および遊離基捕捉剤が、ハイブリダイゼーション混合液、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄溶液において使用されてもよい。かくして、Ｃｙ５（Ｒ）シグナルは劇的に増大され、そしてより長いハイブリダイゼーション時間が可能である。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。
【００５３】
ハイブリダイゼーション感度をさらに増大するために、ハイブリダイゼーションは、制御された不飽和湿度環境において実施されてもよく；それによって、ハイブリダイゼーション効率は湿度が飽和されない場合には有意に改良される。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。ハイブリダイゼーション効率は、湿度が動的に制御される場合、すなわち、湿度がハイブリダイゼーション中に変化する場合に、改良することができる。物質移動は、動的にバランスされた湿度環境において促進されるであろう。ハイブリダイゼーション環境における湿度は、段階的または連続的に調節することができる。オペレーターがプレハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション、洗浄および／または検出段階中の湿度制御を可能にする、ハウジング（ｈｏｕｓｉｎｇ）および制御部を含んでなるアレイデバイスが使用されてもよい。そのデバイスは、検出、制御および記憶構成部を有して、湿度および温度制御（恒常的かつ正確であるか、または変動する）、およびプレハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション、洗浄および検出段階を含む全操作サイクル中の他のパラメーターのプレプログラミングを可能にする。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。
【００５４】
本発明の方法は、浸透変動を含むハイブリダイゼーション条件を含んでもよい。またハイブリダイゼーション効率（すなわち、平衡までの時間）は、高−／低張性を変えること、例えば、溶質勾配を含む、ハイブリダイゼーション環境によって増進することができる。例えば、低塩ハイブリダイゼーション溶液が、アレイハイブリダイゼーションチャンバーの一方の側に置かれ、そしてより高い塩バッファーが他方の側に置かれて、チャンバーにおける溶質勾配が形成される。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。
【００５５】
反復核酸配列がハイブリダイズする能力をブロックする
本発明の方法は、固定化された核酸セグメントにおいて反復核酸配列がハイブリダイズする能力をブロックする（「ハイブリダイゼーション能力」をブロックする）段階を含んでもよい。サンプル核酸配列における反復核酸配列のハイブリダイゼーション能力は、サンプル核酸配列を無標識または標識反復核酸配列と混合することによってブロックすることができる。サンプル核酸配列は、アレイに固定化された核酸配列と接触する段階前に反復核酸配列と混合されてもよい。ブロッキング配列は、例えば、Ｃｏｔ−１ＤＮＡ、サケ精子ＤＮＡまたは特異的な反復ゲノム配列である。反復核酸配列は標識されなくてもよい。例えば、Ｃｏｔ−１を使用して反復配列のハイブリダイゼーション能力を除去および／または無能化する多数の方法が知られている；参照、Ｃｒａｉｇ（１９９７）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１００：４７２−４７６；ＷＯ９３／１８１８６。反復ＤＮＡ配列は、磁気精製およびアフィニティーＰＣＲの手段によってライブラリープローブから除去されてもよい、参照、例えば、Ｒａｕｃｈ（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ４４：５９−７２。
【００５６】
アレイは、総称的には、サンプル中の分子に特異的に結合する（例えば、ハイブリダイゼーション）ために固体表面に固定化された１種以上の生物学的分子（例えば、核酸またはポリペプチド）を含んでなる各標的要素により、定義された「スポット」または「クラスター」、または「フィーチュア」のようなプレートの表面上に固定化された多数の標的要素である。固定化核酸は、ヒトゲノムを含む、特異的メッセージ（例えば、ｃＤＮＡライブラリーのような）または遺伝子（例えば、ゲノムライブラリーのような）からの配列を含んでもよい。他の標的要素は参考配列などを含んでもよい。アレイの生物学的分子は、種々のサイズおよび種々の密度において固体表面上に配置されてもよい。クラスターにおける生物学的分子の密度およびアレイ上のクラスターの数は、標識の性質、固体支持体、基板表面の疎水性の度合などのような多数の因子に依存するであろう。各フィーチュアは、実質的に、同じ生物学的分子（例えば、核酸）または生物学的分子の混合物（例えば、種々の長さおよび／または配列の核酸）を含んでもよい。かくして、例えば、フィーチュアは、ＤＮＡのクローン化断片の１つ以上のコピーを含んでもよく、そして各コピーは種々の長さのフラグメントに分割されてもよい。
【００５７】
生物学的分子が固定化されているアレイ基板表面は、以下にさらに議論されるように、ニトロセルロース、ガラス、石英、融解石英、プラスティックなどを含んでもよい。本発明の組成物および方法は、例えば、米国特許第６，３４４，３１６号；同第６，１９７，５０３号；同第６，１７４，６８４号；同第６，１５９，６８５号；同第６，１５６，５０１号；同第６，０９３，３７０号；同第６，０８７，１１２号；同第６，０８７，１０３号；同第６，０８７，１０２号；同第６，０８３，６９７号；同第６，０８０，５８５号；同６，０５４，２７０第号；同第６，０４８，６９５号；同第６，０４５，９９６号；同第６，０２２，９６３号；同第６，０１３，４４０号；同第５，９５９，０９８号；同第５，８５６，１７４号；同第５，８４３，６５５号；同第５，８３７，８３２号；同第５，７７０，４５６号；同第５，７２３，３２０号；同第５，７００，６３７号；同第５，６９５，９４０号；同第５，５５６，７５２号；同第５，１４３，８５４号において記述されているような、アレイの全体または部分設計、および関連構成部分および方法に組み入れられている；また参照、例えば，ＷＯ９９／５１７７３；ＷＯ９９／０９２１７；ＷＯ９７／４６３１３；ＷＯ９６／１７９５８；ＷＯ８９／１０９７７；また参照、例えば、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ（１９９８）Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．８：Ｒ１７１−１７４；Ｓｃｈｍｍｅｒ（１９９７）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２３：１０８７−１０９２；Ｋｅｍ（１９９７）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２３：１２０−１２４；Ｓｏｌｉｎａｓ− Ｔｏｌｄｏ（１９９７）Ｇｅｎｅｓ，Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ ＆ Ｃａｎｃｅｒ ２０：３９９−４０７；Ｂｏｗｔｅｌｌ（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｕｐｐ．２１：２５−３２；Ｅｐｓｔｅｉｎ（２０００）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１１：３６−４１；Ｍｅｎｄｏｚａ（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２７：７７８−７８８；Ｌｕｅｋｉｎｇ（１９９９）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２７０：１０３−１１１；Ｄａｖｉｅｓ（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２７：１２５８−１２６１。
【００５８】
基板表面
本発明の組成物および方法において使用されてもよい基板表面は、例えば、ガラス（参照、例えば、米国特許第５，８４３，７６７号）、セラミックスおよび石英を含む。アレイは、硬質、半硬質または柔軟性材料の基板表面を有してもよい。基板表面は、平らまたは平面でもよく、ウェル、高くした領域、刻まれた溝、穴、ビーズ、フィラメントなどとして成形されてもよい。また基板表面は、ニトロセルロース、紙、結晶性基板（例えば、ヒ化ガリウム）、金属、メタロイド、ポリアクリロイルモルホリド、種々のプラスティックおよび塑性コポリマー、Ｎｙｌｏｎ（Ｒ）、Ｔｅｆｌｏｎ（Ｒ）、ポリエチレン、ポロプロピレン、ラテックス、ポリメタクリレート、ポリ（エチレンテレフタレート）、レーヨン、ナイロン、ポリ（ビニルブチレート）およびセルロースアセテートのような種々の材料を含んでもよい。基板はコートされてもよく、そして基板およびコーティングは、例えば、アミンに複合できるように機能化されてもよい。
【００５９】
校正配列を含んでなるアレイ
本発明は、アレイに基づくハイブリダイゼーション反応の結果を正規化（ｎｏｒｍａｌｉｚｅ）するための固定化された校正配列を含んでなるアレイの使用、ならびにこれらの校正配列を使用して、例えば、比率プロファイル（ｒａｔｉｏ ｐｒｏｆｉｌｅ）を「正規化」または「校正」するために校正配列のコピー数を決定する方法を意図する。校正配列は、アレイ上の固定化核酸配列の独特配列と実質的に同じ配列であってもよい。例えば、アレイ上の各「スポット」または「バイオサイト（ｂｉｏｓｉｔｅ）」からの「マーカー」配列（そのスポットにおいてのみ存在して、それをそのスポットの「マーカー」にさせる）は、１個以上の「対照」または「校正」スポット上の対応する配列によって表される。
【００６０】
「対照スポット」または「校正スポット」は、「正規化」のために使用されて、信頼性と再現性のある情報を提供することができる。対照スポットは、アレイにハイブリダイズされる標識されたサンプル（またはサンプル由来の標識された結合分子）に依存しない首尾一貫した結果を提供することができる。対照スポットを使用して、本発明のインシリコのアレイに基づく方法で使用される２個のアレイ（またはそれ以上）の間の可能性のある強度誤差を相殺するための「正規化」または「校正」曲線を生成することができる。
【００６１】
アレイ上に対照を生成する１つの方法は、アレイ上にスポットされるすべての生物学的分子（例えば、核酸配列）の等モル混合物を使用し、そして単一のスポットを生成することである。この単一スポットは、アレイ上のすべての他のスポット由来の生物学的分子（例えば、核酸配列）の等量を有するであろう。多数の対照スポットは、等モル混合物の濃度を変えることによって生成することができる。
【００６２】
サンプルおよび標本
サンプル核酸は、特定の細胞、組織または他の標本から、単離、クローン化または抽出されてもよい。核酸サンプルが調製される細胞または組織サンプルは、典型的には、乾癬または関連症状を有するか、または有する疑いのある患者から採取される。細胞および組織サンプルを単離する方法は、当業者には周知であり、そして限定されるものではないが、吸引、組織切断、針生検などを含む。しばしば、サンプルは、全血、または組織学的目的のために採取された凍結切片またはパラフィン切片のような組織の切片を含む、患者由来のサンプルである「臨床サンプル」である。またサンプルは、薬物候補への応答を検出することが望まれるであろう、患者から採取された（細胞の）上澄液または細胞それ自体からか、あるいは細胞培養物、組織培養物からの細胞および他の培地から得られてもよい。若干の場合には、核酸は、ハイブリダイゼーションの前に、ＰＣＲのような標準技術を使用して増幅されてもよい。
【００６３】
１つの実施態様では、本発明は、疾病の消散をモニターする処置後の方法である。その方法は、（１）乾癬または関連疾病または障害を診断された個人からの皮膚病巣または他の標本を採取し、（２）パネルのプロファイル遺伝子の発現レベルを測定し、（３）遺伝子の処置後の発現レベルを、その個人の処置前の参考プロファイルと比較し、そして（４）乾癬関連遺伝子プロファイルの少なくとも１つの成分をモニターすることによって乾癬病巣の消散についての予後を測定することを含む。
【００６４】
その他の実施態様では、本発明は乾癬についての診断方法であり、そして対照標準（サンプル）は関連していない部位から採取され、そして試験サンプルは疑いのある病巣から採取される。
【００６５】
バイオマーカーの利用を評価する方法
処置に対する患者の応答、予後、または疾病の存在、程度、重篤度または段階を評価するための本発明のバイオマーカー遺伝子パネルの診断および予後の利用は、健康または疾病の患者の状態を評価するための他の手段を使用することによって評価することができる。例えば、疾病の全体的測定は、医者の評価に限定されるものではないような、ある種の造影方法、写真、放射線法または磁気共鳴技術による造影によって評価および記録されてもよい。健康または疾病の一般的指標は、血清または血液組成（タンパク質、肝臓酵素、ｐＨ、赤血球容量、ヘマトクリット、ヘモグロビンまたは特異的タンパク質）をさらに含む。しかしながら、若干の疾病では、病因はなおわずかしか理解されていない。乾癬は１つのそのような疾病の例である。
【００６６】
乾癬のもっとも普通の変種は斑型（ｐｌａｑｕｅ ｔｙｐｅ）と呼ばれる。斑型乾癬を有する患者は、長期間、基本的に無変化のままである、安定な、徐々に拡大する斑を有する。斑（ｐｌａｑｕｅ）乾癬が存在するもっとも普通の領域は、肘、膝、臀部裂および頭皮である。併発は全身性の傾向がある。逆の（ｉｎｖｅｒｓｅ）乾癬は、腋窩、鼠径部、乳腺下および臍を含む間擦領域を冒す；またそれは頭皮、手掌および足裏を冒す傾向にある。個々の病巣は、明瞭に境界を定める斑であるが、それらの場所により湿っていることもある。斑乾癬は、一般に、徐々に発達し、そして治癒の遅い経過をたどる。それは、まれには突発的に一時軽くなる。
【００６７】
発疹性乾癬（滴状の乾癬）は、子供および青年においてもっとも一般的である。それは、乾癬を有しない個人または慢性斑乾癬を有する個人において急に発生する。患者は、溶血性連鎖球菌による上気道感染後にしばしば、多くの小さい紅斑性、落屑性斑を呈する。区別される診断は、バラ色ひ糠疹（ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｒｏｓｅａ）および二期梅毒を含むべきである。膿疱性乾癬はその他の変異体である。患者は、手掌および足裏に局在する疾病を有するか、または発熱、倦怠、下痢および関節痛を一般化または関連される疾病を有する。
【００６８】
乾癬を有する全患者の約半数は、斑点状の点食、爪の肥厚または爪下の過角質症として現れる指爪の併発症を有する。乾癬を有する患者の約５〜１０％は関節病訴を伴い、そしてこれらは指爪併発症を有する患者においてもっとも頻繁に見出だされる。あるものは、古典的なリューマチ様関節炎の同時発生を有するが、多くのものは、乾癬に関連する３種の１つにはいる関節疾患：（１）もっとも普通には遠位または近位の指節間関節を伴い、そしてあまり普通ではないが膝、股関節、足根関節および手根を伴う非対称の炎症性関節炎；（２）セロネガティブリューマチ様関節炎様疾患；これらの患者の有意な部分は、重度の破壊的な関節炎を発達し続ける；または（３）脊椎に限定される疾患（乾癬性脊椎炎）；を有する。
【００６９】
乾癬の病因はまだよく理解されていないが、その疾病に対する遺伝要素が明らかに存在する。乾癬を有する患者の５０％以上が陽性の家族歴を示す。乾癬はＨＬＡ−Ｃｗ６に、そしてより低い程度にはＨＬＡ−ＤＲ７に結び付けられてきた。乾癬病巣は、乾癬の病理生理学において役割を有すると考えられる活性Ｔ細胞による皮膚の浸潤を特徴とする。多分、活性Ｔ細胞由来のサイトカインが、ケラチン細胞の過増殖を刺激する成長因子を作り出すのであろう。Ｔ細胞の活性化、クローンの拡大、またはプロ炎症性サイトカインの放出を抑制する薬剤は、重度の乾癬の処置のためにしばしば有効である。
【００７０】
乾癬の処置は、疾病のタイプ、場所および程度により異なる。すべての患者は、彼らの皮膚の過度の乾燥または刺激を避け、そして十分な皮膚の水和を維持するように指導されねばならない。局在する斑型の乾癬を有するほとんどの患者は、中力価の局所的グルココルチコイドにより管理することができるが、それらの長期使用は、しばしば、有効性の喪失（過耐性）および皮膚の萎縮を伴う。局所的ビタミンＤ類似体（カルシポトリエン（ｃａｌｃｉｐｏｔｒｉｅｎｅ））およびレチノイド（タザロテン（ｔａｚａｒｏｔｅｎｅ））もまた、乾癬の処置において有効であり、そして他の局所的薬剤、例えばコールタール、サリチル酸およびアントラリンを大きく置き換えた。
【００７１】
天然または人工の、紫外線は、広範囲にわたる乾癬を有する患者のための有効な療法である。紫外線Ｂ（ＵＶ−Ｂ）は、それだけでも有効であり、またはコールタールまたはアントラリンと組み合わせられてもよい。経口または局所的いずれかのソラレンと紫外線Ａ（ＵＶ−Ａ）スペクトルとの組み合わせ（ＰＵＶＡ）もまた、乾癬の処置のために顕著に有効であるが、長期使用は、鱗状細胞がんおよび皮膚の黒色腫の発生の増加に関係するであろう。
【００７２】
種々の他の薬剤が、重度の広範囲にわたる乾癬疾患のために使用することができる。経口グルココルチコイドは、治療が継続されない場合に生命を脅かす膿疱性乾癬を発生する可能性のために乾癬の処置には使用してはならない。メトトレキセートは、特に、乾癬性関節炎を有する患者における有効な薬剤である；しかしながら、肝臓毒と骨髄抑制がその使用を制限する。合成レチノイド、アシトレチン（ａｃｉｔｒｅｔｉｎ）は重度の乾癬を有する若干の患者において有効である。それは強力な催奇形物質であり、そして妊娠の可能性のある女性には使用してはならない。Ｔ細胞媒介障害として乾癬を関係させる証拠は、治療努力を免疫調節に対向させた。シクロスポリンは重度の疾患を有する選ばれた患者には非常に有効であるが、腎毒性と高血圧がその使用を複雑にする。
【００７３】
インフリキシマブ（ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ）およびエタネルセプト（ｅｔａｎｅｒｃｅｐｔ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）アンタゴニストは、乾癬性関節炎のために今日承認されている。他のＴＮＦαアンタゴニストおよびプロ炎症性サイトカイン、Ｔ細胞活性化およびリンパ球輸送を標的とする他の薬剤は、乾癬の炎症特性を抑制することに有用であるかもしれない。
【００７４】
患者のアセスメントおよびモニタリング
乾癬患者は、共通に、ｔｈｅ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ａｒｅａ ａｎｄ Ｓｅｖｅｒｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ（ＰＡＳＩ）およびＰｈｙｓｉｃｉａｎ Ｇｌｏｂａｌ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ（ＰＧＡ）を使用して評価される。ＰＡＳＩ（３）は、乾癬斑の紅斑、厚さおよび落屑の程度を評価し、そして４ケ所の別々の体領域（頭部、躯幹、上部および下部体肢）におけるこれらの要素の各々の改善度合を評価する。０〜７２の範囲のＰＡＳＩ要素のスコアは、主観的な測定値を提供し、そして関連する体表面領域（ＢＳＡ）の評価に頼る。ＰＧＡは、全般的特質（紅斑、落屑および厚さ）および基線アセスメントに比較した斑の程度（ＢＳＡ）を総括する６ポイントスコアである。患者の応答は、ｗｏｒｓｅ，ｐｏｏｒ（０−２４％）、ｆａｉｒ（２５−４９％）、ｇｏｏｄ（５０−７４％）、ｅｘｃｅｌｌｅｎｔ（７５−９９％）またはｃｌｅａｒｅｄ（１００％）として評価される。
【００７５】
近年、ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ’ｓ（ＮＰＦ’ｓ）Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｂｏａｒｄは、５要素法：ｔｈｅ ＮＰＦ−Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｓｃｏｒｅ（ＮＰＦ−ＰＳ）を開発した。０〜３０の範囲の総スコアに寄与するＮＰＦ−ＰＳの均等に計られた第１のエンドポイントは、２つの標的病巣の硬化、ＢＳＡ、医師の統計的包括的アセスメント、患者の包括的アセスメントおよび掻痒を含む（Ｋｒｅｕｇｅｒ，Ｇ．１９９９．Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｆｏｒｕｍ ５：１−５）。ＮＰＦ−ＰＳは、臨床的重篤度の患者および研究者の包括的アセスメントに等しい重みを与える。第２に、掻痒は、乾癬患者の７９％の病訴であるけれども、ＰＡＳＩまたはＰＧＡのいずれも掻痒の測定値を含まない。
【００７６】
他の免疫学的に媒介される皮膚障害は、尋常性天疱瘡、免疫学的に尋常性の天疱瘡、落葉状天疱瘡、腫瘍随伴性天疱瘡、水泡性類天疱瘡、妊娠性類天疱瘡、疱疹状皮膚炎、線状ｉｇａ疾患、獲得性表皮水泡症、瘢痕性類天疱瘡、皮膚筋炎、紅斑性狼瘡、強皮症および限局性強皮症を含む。皮膚筋炎、紅斑性狼瘡、強皮症および限局性強皮症は顕著な皮膚の特徴を有する自己免疫系疾患として分類される。
【００７７】
皮膚の他の疾病
発疹が、鱗屑に関連して、高くなった病巣、丘疹（＜１ｃｍ）または斑（＞１ｃｍ）によって特徴づけられる場合、それは丘疹鱗屑性病巣と呼ばれる。もっとも通常の丘疹鱗屑疾患−乾癬、白癬、バラ色ひ糠疹および扁平苔癬−は、１次皮膚疾患である。乾癬病巣が関節炎を伴う場合、乾癬性関節炎またはＲｅｉｔｅｒ’ｓ疾患の可能性が考慮されるべきである。口内潰瘍、結膜炎、ブドウ膜炎および／または尿道炎の病歴は、その後の診断を示す。滴状乾癬では、しばしば連鎖球菌の感染に関連して、小さい、広範に散在する、均一な病巣の急性発生がある。リチウム、ベータブロッカー、ＨＩＶ感染、および全身的なグルココルチコイドの迅速なテーパー（ｔａｐｅｒ）が、また、乾癬を悪化させることが知られている。
【００７８】
バラ色ひ糠疹または扁平苔癬の診断がなされる場合は常に、発疹が不快な薬剤を単純に中止することによって処置されることがあるので、患者の投薬を再調査することは重要である。バラ色ひ糠疹様の薬物発疹は、ベータブロッカー、アンギオテンシン−変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、金およびメトロニダゾールによりもっとも普通に見られ、一方、扁平苔癬様発疹を生じることがある薬物は、金、抗マラリア剤、チアジド、キニジン、フェノチアジン、スルホニル尿素およびＡＣＥ阻害剤を含む。扁平苔癬様病巣もまた慢性移植片対宿主疾患において観察される。
【００７９】
その初期段階では、皮膚のＴ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）は、湿疹または乾癬と混同されることがあるが、それは、しばしば、これらの炎症性疾患のための適当な療法に応答するのに失敗する。ＣＴＣＬは、大きい斑の類乾癬の病巣内に発生することがあり、そして病巣の厚さにおける増加によって示唆される。ＣＴＣＬの診断は皮膚の生検によって確定されるが、ここでは、異常なＴリンパ球の集積が表皮および真皮において見出だされる。疾患が進行するにつれて、皮膚の腫瘍およびリンパ節の併発が現れるであろう。
【００８０】
二期梅毒では、薄い鱗屑をもつ赤褐色の丘疹が散在している。しばしば、発疹は手掌および足裏を巻き込み、そしてバラ色ひ糠疹に類似していることがある。関連する知見は、診断を与えるのを助け、そして顔面の輪状斑、非瘢痕性脱毛、扁平コンジローム（広範および湿潤）および粘膜斑ならびにリンパ節症、倦怠、頭痛および筋痛を含む。一期機会と二期段階の間隔は、通常、４〜８週であり、そして適当な治療なしに突然の消散が見られる。
【００８１】
かくして、本発明の方法は、本発明の分析方法がＴｈ１−型疾病に対する応答物を予測する限り、種々の皮膚症候を示す患者のための治療処置を評価し、推奨するために使用できる。
【００８２】
パネルにおける遺伝子のほとんどが、以前には、乾癬皮膚において異常に発現されると報告されていたが、処置の経過中の遺伝子の発現パターンは、乾癬の処置においては研究されておらず、そして予測値を有するようなものは何も同定されていない。本明細書に開示される遺伝子発現バイオマーカーのパネルは、乾癬試行の臨床結果を予測する迅速かつ信頼できる診断道具、または乾癬治療の効力を追跡する予後道具のための方法の創製を可能にする。サンプル中のこれらの遺伝子の検出に基づく診断および予後の方法が提供される。これらの組成物は、例えば、広範な免疫に媒介される炎症性疾患の予防および処置のために使用されてもよい。
【００８３】
治療薬剤
アンタゴニスト
本明細書で使用されるように、用語「アンタゴニスト」は、本発明の乾癬関連遺伝子パネルの遺伝子産物の生物学的活性を抑制または中和する物質を指す。そのようなアンタゴニストは種々の方法においてこの効果を達成する。アンタゴニストの１つの種類は、十分な親和力により遺伝子産物タンパク質に結合し、そしてそのタンパク質の生物学的効果を特異的に中和できる。この種類の分子には、抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ）またはＦ（ａｂ’）２分子）が含まれる。アンタゴニストのその他の種類は、遺伝子産物タンパク質のフラグメント、ムテインまたは低有機分子、すなわち、ペプチド擬似体を含み、これらは、遺伝子産物の同族の結合性パートナーまたはリガンドに結合して、その同族リガンドまたは受容体と遺伝子産物の特異的相互作用の生物学的活性を抑制することができる。乾癬関連遺伝子アンタゴニストは、それが遺伝子産物の少なくとも１つの生物学的活性を抑制する物質である限り、これらの種類のいずれであってもよい。
【００８４】
アンタゴニストは、遺伝子産物タンパク質またはそのフラグメントの１つ以上の領域に対向される抗体、同族リガンドまたは受容体に対向される抗体、および遺伝子産物の少なくとも１つの生物学的活性を抑制する、遺伝子産物またはその同族リガンドの部分ペプチドを含む。アンタゴニストのその他の種類は、本明細書に開示される、当該技術分野において既知の遺伝子配列を標的とするｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子およびＤＮＡザイムを含む。
【００８５】
適当な抗体は、乾癬関連遺伝子産物の活性化をブロックするか、またはその同族リガンドへの乾癬関連遺伝子産物の結合を妨げるか、または乾癬関連遺伝子産物のシグナル伝達を妨げる、モノクローナル抗体による乾癬関連遺伝子産物への結合に対して競合するそれらのものを含む。
【００８６】
乾癬関連遺伝子産物の誘導物質を標的とする療法は、より良好な成功の機会を提供することができる。遺伝子発現は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子およびＤＮＡザイムの使用を含む、いくつかの異なる方法において調節することができる。合成ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡおよびＤＮＡザイムは、１種以上の遺伝子を特異的に標的化するように設計でき、そしてそれらは、インビトロまたはインビボにおいて細胞に容易に送達できる。
【００８７】
本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドをコードしているセンス核酸に相補的である、すなわち、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコーディング鎖に相補的またはｍＲＮＡ配列に相補的である分子を包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合できる。アンチセンス核酸は、完全なコーディング鎖またはその一部分のみ、例えば、タンパク質コーディング領域（またはオープン・リーディングフレーム）の全部または一部に相補的であってもよい。アンチセンス核酸分子は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドをコードしている核酸配列のコーディング鎖の非コーディング領域の全部または一部に対してアンチセンスであってもよい。非コーディング領域（「５’および３’非翻訳領域」）は、コーディング領域に隣接し、そしてアミノ酸に翻訳されない５’および３’配列である。
【００８８】
また、本発明はキメラまたは融合タンパク質を提供する。本明細書で使用されるように、「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、異種のポリペプチド（すなわち、同じ乾癬関連遺伝子産物ポリペプチド以外のポリペプチド）に操作可能に連結された乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの全部または一部（好ましくは生物学的活性）を含む。融合タンパク質では、用語「操作可能に連結される」は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドと異種のポリペプチドが互いにインフレームに融合されることを示すよう意図される。異種のポリペプチドは、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端に融合されてもよい。その他の実施態様では、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドまたはそのドメインもしくは活性フラグメントは、異種のタンパク質配列またはそのフラグメントに融合されて、キメラタンパク質を生成することができ、ここで、ポリペプチド、ドメインまたはフラグメントは、互いに末端で融合されずに、異種タンパク質のフレームワーク内で間に入れられる。
【００８９】
なおその他の実施態様では、融合タンパク質は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの全部または一部が、免疫グロブリンファミリーのメンバーに由来する配列に融合されている免疫グロブリン融合タンパク質である。本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、製薬学的組成物中に組み入れられ、そしてリガンドと、細胞の表面におけるタンパク質（受容体）との間の相互作用を抑制して、インビボにおけるシグナル伝達を抑制するように、被験者に投与することができる。免疫グロブリン融合タンパク質は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの同族リガンドの生物学的利用度に影響を与えるために使用することができる。リガンド／受容体相互作用の抑制は、増殖性および分化性障害の処置、および細胞生残の調節（例えば、促進または抑制）の両方のために、治療学的に有用であろう。免疫グロブリンキメラタンパク質の好適な実施態様は、同時係属出願ＰＣＴ ＷＯ／０４００２４１７において教示されるように、改変されたフレームワーク領域内の間に入れられた活性ポリペプチドフラグメント有する、ＣＨ１ドメイン欠失の免疫グロブリンまたは「ミメティボディ（ｍｉｍｅｔｉｂｏｄｙ）」である。さらに、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、被験者において乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドに対向される抗体を生産するための免疫原として、リガンドを精製するため、および受容体とリガンドの相互作用を抑制する分子を同定するスクリーニングアッセイにおいて、使用されてもよい。
【００９０】
組成物およびそれらの使用
本発明にしたがって、本明細書で記述される、中和性の抗乾癬関連遺伝子産物アンタゴニスト、例えばモノクローナル抗体は、乾癬関連遺伝子産物の活性を抑制するために使用することができる。さらに、そのようなアンタゴニストは、限定されるものではないがリューマチ性疾患を含んでもよい、そのような処置を受け入れる病原または乾癬および関連炎症性疾患を抑制するために使用されてもよい。処置される個体はいかなる哺乳類でもよく、そして好ましくは霊長類、哺乳類である伴侶動物およびもっとも好ましくはヒト患者である。投与されるアンタゴニストの量は、それが使用される目的および投与の方法にしたがって変えることができる。
【００９１】
乾癬関連遺伝子アンタゴニストは、病理学的活性が予防されるか停止されることが望まれる組織において効果をもたらすすべての数の方法によって投与されてもよい。さらに、抗乾癬関連遺伝子産物アンタゴニストは、必ずしも、乾癬関連遺伝子産物活性への効果を局部的に伝えるように存在する必要はなく、したがって、それらは、乾癬関連遺伝子産物を含有する体の部分または流体への接近が達成されるどこの場所に投与されてもよい。炎症を起こした、悪性の、または他の傷害された組織の場合には、これらの方法は、アンタゴニストを含有する調合物の直接適用を含んでもよい。そのような方法は、液状組成物の静脈内投与、液状または固形調合物の経皮投与、経口、局所投与、または間隙もしくは手術による（ｉｎｔｅｒ−ｏｐｅｒａｔｉｖｅ）投与を含む。投与は、主要な機能が薬物送達媒体としてではないデバイスの移植によって影響を与えられてもよい。
【００９２】
抗体では、好適な用量は約０．１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ体重（一般に、約１０ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇ）である。抗体が脳において作用する場合、通常、約５０ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇの用量が適当である。一般に、部分ヒト抗体および完全ヒト抗体は、他の抗体よりも長いヒト体内における半減期を有する。したがって、しばしば、より低い用量およびより低い頻度の投与が可能である。修飾物、例えば脂質化（ｌｉｐｉｄａｔｉｏｎ）が使用されて、抗体を安定化し、そして吸収および組織浸透（例えば、脳中への）が増進されてもよい。抗体の脂質化の方法は、Ｃｒｕｉｋｓｈａｎｋら（（１９９７）Ｊ．Ａｃｑｕｉｒｅｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ Ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ ａｎｄ Ｒｅｔｒｏｖｉｒｏｌｏｇｙ １４：１９３）によって記述されている。
【００９３】
乾癬関連遺伝子産物アンタゴニスト、核酸分子は、ベクター中に挿入され、そして遺伝子治療ベクターとして使用できる。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号）によるか，または定位注射（参照、例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４−３０５７）によって被験者に送達することができる。遺伝子治療ベクターの製薬学的調製物は、適当な希釈液中に遺伝子治療ベクターを含んでもよく、または遺伝子送達媒質が包埋されている徐放性マトリックスを含んでもよい。さもなくば、完全遺伝子送達ベクターが組み換え細胞からインタクトに産生される（例えば、レトロウイルスベクター）場合には、製薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１種以上の細胞を含んでもよい。
【００９４】
製薬学的組成物は、投与のための指示書とともに、容器、包装物またはディスペンサー中に含まれてもよい。
【００９５】
薬理ゲノム科学
本明細書に記述されるスクリーニングアッセイによって同定されるような乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの活性または発現に及ぼす刺激または抑制効果を有する薬剤、またはモジュレーターは、ポリペプチドの異常な活性に関連する障害を（予防的または治療的に）処置するために個人に対して投与することができる。そのような処置と一緒に、個人の薬理ゲノム科学（すなわち、個人の遺伝子型と、外来化合物または薬物に対する個人の応答との間の関係の研究）が考慮されてもよい。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性のある薬物の用量と血液濃度の間の関係を変えることによって、重度の毒性または治療の失敗をもたらすことがある。したがって、個人の薬理ゲノム科学は、個人の遺伝子型の考慮に基づく予防または治療処置のために有効な薬剤（例えば、薬物）の選択を可能にする。そのような薬理ゲノム科学は、さらに、適当な用量および治療方法を決定するために使用されてもよい。したがって、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの活性、乾癬関連遺伝子産物核酸の発現、または個人における乾癬関連遺伝子産物遺伝子の突然変異内容が決定され、それによって個人の治療または予防処置のための適当な薬剤が選択されてもよい。
【００９６】
薬理ゲノム科学は、罹患したヒトにおける変化した薬物素因および異常な作用による薬物に対する応答において、臨床的に有意な遺伝形質の変形を取り扱う。参照、例えば、Ｌｉｎｄｅｒ（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３（２）：２５４−２６６。一般に、２種類の薬物ゲノム科学的状態が区別することができる。薬物が身体に作用する方式を変える単一因子として伝達される遺伝的状態は「変化した薬物作用」と呼ばれる。身体が薬物に作用する方式を変える単一因子として伝達される遺伝的状態は「変化した薬物代謝」と呼ばれる。これらの薬理ゲノム科学的状態は、まれな欠陥または多形のいずれかとして起きることがある。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠乏は、共通の遺伝される酵素病であり、この場合には、主な臨床的合併症が酸化剤薬物（抗マラリヤ剤、スルホンアミド、鎮痛剤、ニトロフラン）の摂取およびファバ・ビーン（ｆａｖａ ｂｅａｎｓ）の消費後の溶血である。
【００９７】
具体的に説明される実施態様として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強さおよび期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびチトクロームｐ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多形の発見は、若干の患者が、薬物の標準かつ安全な用量を摂取した後に期待された薬物効果を得ないか、または誇張された薬物応答および重篤な毒性を示す理由についての説明を提供した。これらの多形性は、集団において２つの表現型、広範なメタボライザー（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および乏しいメタボライザー（ｐｏｏｒ ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ）において表される。ＰＭの普及は種々の集団の中で異なっている。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードしている遺伝子は、高度に多形であり、そして数個の突然変異がＰＭにおいて同定されていて、これらはすべて、機能性ＣＹＰ２Ｄ６の不在をもたらす。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の乏しいメタボライザーは、全くしばしば、彼らが標準用量を受けた場合の過大な薬物応答と副作用を経験する。代謝物が活性のある治療学的部分である場合、ＰＭは、そのＣＹＰ２Ｄ６により形成される代謝物モルフィンによって媒介されるコデインの鎮痛効果について例証されるような、治療学的応答を示すことができない。他の極端なものは、いわゆる超迅速メタボライザーであり、彼は標準用量には応答しない。近年、超迅速代謝の分子基礎が、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅によるものであることが同定された。
【００９８】
かくして、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの活性、ポリペプチドをコードしている核酸の発現、または個人におけるポリペプチドをコードしている遺伝子の変異含量が決定され、それによって個人の治療的または予防的処置のための適当な薬剤が選択できる。その上、薬理ゲノム科学的研究は、個人の薬物応答性の表現型の同定に対して、薬物代謝酵素をコードしている多形対立遺伝子の遺伝子型決定を適用するために使用することができる。この知識は、投薬または薬物選択に適用される場合、副反応または治療学的失敗を避けることができ、その結果、本明細書に記述される代表的スクリーニングアッセイの１つによって同定されるモジュレーターのような、ポリペプチドの活性または発現のモジュレーターにより被験者を処置する場合に治療または予防効力を増進することができる。
【００９９】
処置の方法
本発明は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性に関連し、そして／または乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドが関与している障害の危険にある（またはそれに罹りやすい）か、またはそのような障害を有する、被験者を処置する予防的および治療的両方法を提供する。
【０１００】
本発明は、少なくとも１つの乾癬関連遺伝子産物アンタゴニストを使用して、当該技術分野において既知であるかまたは本明細書に記述されるような、細胞、組織、器官、動物または患者における少なくとも１つの乾癬関連遺伝子産物に関連する疾病または症状を調節または処置する方法を提供する。
【０１０１】
乾癬関連遺伝子産物アンタゴニストの組成物は、乾癬または関連症状、例えば喘息、強皮症、特発性肺線維症の処置における治療的使用を見出だすことができる。
【０１０２】
また本発明は、限定されるものではないが、リウマチ様関節炎、若年性リウマチ様関節炎、全身的に到来する若年性リウマチ様関節炎、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、胃潰瘍、セロネガティブ関節症、変形性関節症、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、全身性紅斑性狼瘡、抗リン脂質症候群、虹彩毛様体炎／ブドウ膜炎／視神経炎、特発性肺線維症、全身性脈管炎／Ｗｅｇｎｅｒ’ｓ肉芽腫症、類肉腫症、精巣炎／精管切除反転操作、アレルギー／アトピー性疾患、アレルギ性鼻炎、湿疹、アレルギー性接触皮膚炎、アレルギー性結膜炎、過敏性肺炎、移植片、臓器移植拒絶、移植片対宿主病、全身性炎症応答症候群、敗血症症候群、グラム陽性菌敗血症、グラム陰性菌敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、好中球減少熱、尿性敗血症、髄膜炎菌血症、外傷／出血、火傷、イオン化放射曝露、急性膵炎、成人呼吸ストレス症候群、リウマチ様関節炎、アルコール由来肝炎、慢性炎症病、類肉腫症、クローン病、鎌状赤血球貧血、糖尿病、腎症、アトピー性疾患、過敏反応、アレルギー性鼻炎、枯草熱、多年生鼻炎、結膜炎、子宮内膜症、蕁麻疹、全身性アナフィラキシー、皮膚炎、悪性貧血、溶血性疾患、血小板減少症、すべての臓器または組織の移植拒絶、腎移植拒絶、心臓移植拒絶、肝臓移植拒絶、膵臓移植拒絶、肺移植拒絶、骨髄移植（ＢＭＴ）拒絶、皮膚同種移植拒絶、軟骨移植拒絶、骨移植拒絶、小腸移植拒絶、胎児性胸腺移植拒絶、上皮小体移植拒絶、すべての臓器および組織の異種移植拒絶、同種移植拒絶、抗レセプター過敏反応、Ｇｒａｖｅｓ病、Ｒａｙｎｏｕｄ’ｓ病、Ｂ型インスリン抵抗性糖尿病、重症性筋無力症、抗体媒介細胞毒性、ＩＩＩ型過敏反応、全身性紅斑性狼瘡、ＰＯＥＭＳ症候群（多発神経病、臓器巨大、内分泌病、単クローン性高ガンマグロブリン血症、および皮膚変化症候群）、抗リン脂質症候群、天疱瘡、強皮症、混合結合組織疾患、特発性アジソン病、真性糖尿病、慢性活性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、白斑、脈管炎、ｐｏｓｔ−ＭＩ心臓切開症候群、ＩＶ型過敏症、接触皮膚炎、過敏性肺炎、同種移植拒絶、細胞内生物による肉芽腫、薬物感受性、代謝性／特発性、Ｗｉｌｓｏｎ’ｓ病、血色症、α−１−アンチトリプシン欠乏、糖尿病性網膜症、ｈａｓｈｉｍｏｔｏ’ｓ甲状腺炎、骨粗鬆症、視床下部−下垂体−副腎軸評価、原発性胆汁性肝硬変、甲状腺炎、脳脊髄炎、悪液質、嚢胞性繊維症、家族性食血細胞性リンパ組織球増多症、皮膚症状、乾癬、脱毛症、ネフローゼ症候群、腎炎、糸球体腎炎、急性腎不全、血液透析、尿毒症、毒素、子癇前症、ｏｋｔ３療法、抗ｃｄ３療法、サイトカイン療法、化学療法、放射線療法（例えば、限定されるものではないが無力症、貧血、悪液質などを含む）、慢性サリチル酸中毒など、の少なくとも１つを含む、細胞、組織、器官、動物または患者における少なくとも１種の免疫関連疾患を調節または処置する方法を提供する。参照、例えば、ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ，１２ｔｈ−１７ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎｓ，Ｍｅｒｃｋ ＆ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ（１９７２，１９７７，１９８２，１９８７，１９９２，１９９９），Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ Ｈａｎｄｂｏｏｋ，Ｗｅｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｐｐｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｌａｎｇｅ，Ｓｔａｍｆｏｌｄ，Ｃｏｎｎ．（１９９８，２０００）、これらの各々は引用によって完全に組み入れられている。
【０１０３】
また本発明は、限定されるものではないが、白血病、急性白血病、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、Ｂ細胞、Ｔ細胞またはＦＡＢ ＡＬＬ、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＬ）、慢性骨髄球性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、毛様細胞性白血病、脊髄異形成症候群（ＭＤＳ）、リンパ腫、ホジキン病、悪性リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、多発性骨髄腫、カポジ肉腫、結腸直腸がん腫、膵臓がん腫、鼻咽喉がん、悪性組織球増殖症、腫瘍随伴性症候群／悪性の高カルシウム血症、固形腫瘍、腺がん、肉腫、悪性黒色腫、血管腫、転移疾患、がん関連骨吸収、がん関連骨痛など：の少なくとも１つを含む、細胞、組織、器官、動物または患者における少なくとも１種の悪性疾患を調節または処置する方法を提供する。
【０１０４】
乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性を特徴とする障害は、さらに、本開示のいずれかの場所に記述される。
【０１０５】
１．予防的方法
１つの態様では、本発明は、ポリペプチドの発現または少なくとも１つの活性を調節する薬剤を被験者に投与することによって、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性に関連する疾病または症状を、被験者において少なくとも実質的に予防する方法を提供する。乾癬関連遺伝子産物の異常な発現または活性によって惹起されるか、またはそれに寄与される疾病の危険にある被験者は、例えば、本明細書に記述されるような診断または予後アッセイのいずれかまたは組み合わせによって同定することができる。予防的薬剤の投与は、疾病または障害が予防されるか、さもなくば、進行において遅延されるように、異常性の特徴をもつ症候の出現前に実施できる。異常性のタイプに応じて、例えば、アゴニストまたはアンタゴニストが被験者を処置するために使用することができる。適当な薬剤は、本明細書に記述されるスクリーニングアッセイに基づいて決定できる。
【０１０６】
２．治療的方法
本発明のその他の態様は、治療目的のための乾癬関連遺伝子または遺伝子産物の発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節的方法は、ポリペプチドの１つ以上の活性を調節する薬剤と細胞を接触させることを伴う。活性を調節する薬剤は、核酸またはタンパク質、ポリペプチドの天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ペプチド擬似体、または他の低分子のような、本明細書に記述されるような薬剤であってもよい。１つの実施態様では、薬剤は、ポリペプチドの１つ以上の生物学的活性を刺激する。その他の実施態様では、薬剤は、乾癬関連遺伝子または遺伝子産物ポリペプチドの１つ以上の生物学的活性を抑制する。そのような抑制薬剤の例は、アンチセンス核酸分子および抗体および本明細書に記述される他の方法を含む。これらの調節的方法は、インビトロで（例えば、細胞を薬剤とともに培養することによって）、あるいはまた、インビボで（例えば、被験者に薬剤を投与することによって）実施されてもよい。それ自体、本発明は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性を特徴とする疾病または障害に苦しんでいる個人を処置する方法を提供する。１つの実施態様では、本方法は、発現または活性を調節する（例えば、上方調節するか、または下方調節する）薬剤（例えば、本明細書に記述されるスクリーニングアッセイによって同定される薬剤）、または薬剤の組み合わせ物を投与することを伴う。活性の抑制は、活性または発現が異常に高いか上方調節されているか、そして／または活性の減少が有利な効果をもつように見える状況において望ましい。
【０１０７】
一般的な用語において本発明を記述したが、本発明の実施態様は、次の実施例においてさらに開示することができ、これは請求の範囲を限定するものと解釈されてはならない。
【実施例】
【０１０８】
例１：核酸マイクロアレイの使用によるサンプル分析
研究（プロトコールＣ０３７９Ｔ０２）計画は、中度〜重度の尋常性乾癬を有する被験者におけるＩＬ−１２に対するヒトモノクローナル抗体（ＣＮＴＯ１２７５）の単回皮下投与の安全性および薬理作用の評価に関する第１相、二重盲検、偽薬制御研究であった。この研究は、Ｆｌｏｒｉｄａ、Ｎｅｗ ＪｅｒｓｅｙおよびＰｅｎｓｙｌｖａｎｉａにおける多数のセンターにおいて実施された。２１人の被験者が、３部位にわたる４種の順次増加する用量コホート（０．３ｍｇ／ｋｇ、０．７５ｍｇ／ｋｇ、１．５ｍｇ／ｋｇまたは３．０ｍｇ／ｋｇ）の１つ内の活性または偽薬処置に対して無作為化された。各被験者は単回皮下注射を受け、そして研究薬剤の投与後少なくとも８時間、診療所に留められた。被験者は２４週間にわたって定期的な追跡訪問のために戻り、かつ被験者は少なくとも４週の追跡をもつ必要があった。被験者は、試験薬剤投与前の４週を含む２６週までの間参加した。＞３％の体表面積（ＢＳＡ）を伴う中度〜重度の斑乾癬を有し、そして一般に良好な健康状態にある被験者（１８〜６５歳）が研究に対して承認された。
【０１０９】
皮膚生検サンプルは、処置前２４時間（基線）および処置後１週に試行被験者から採取された。十分な真皮およびＳＣ組織を含む体幹または四肢（ｅｘｔｒｅｍｉｔｙ）に局在する代表的な生検標的病巣が、生検分析のために使用されるよう研究者によって同定された。６ｍｍパンチ生検が、基線および試験薬剤投与後１週目に得られた。０日目および１週目の両方に２人の無応答者からの４サンプルが存在した。これらのサンプルは分析から排除された。下記のデータは、抗ＩＬ−１２ｐ４０による処置後に乾癬症状における改善を示した患者からのサンプルに基づく。
【０１１０】
総ＲＮＡがＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用してこれらの皮膚生検から単離された。ＲＮＡ品質はＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓｏｕｔｈ Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ）を使用して評価された。ＩＭＡＧＥコンソーシアムおよびＩｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｅｓ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）から収集された８１６０の独特ヒトｃＤＮＡクローンを含有する高品質のＲＮＡのみがマイクロアレイ分析のために使用された。ＲＮＡ増幅、プローブ合成および標識化、ｃＤＮＡチップ・ハイブリダイゼーションおよび洗浄は、既に記述されているように実施された（Ｓａｌｕｎｇａ，ｅｔ ａｌ．１９９９．Ｉｎ：Ｍ．Ｓｃｈｅｎａ（Ｅｄ．），ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，ｐｐ．１２１−１３７）。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｉｍａｇｅ Ｓｃａｎｎｅｒが使用されて、ｃＤＮＡチップ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を走査した。アレイの各フィーチュアについての蛍光強度は、ＩｍａＧｅｎｅソフトウェア（ＢｉｏＤｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ｌｏｓ Ａｎｇｅｌｅｓ，ＣＡ）を使用して得られた。
【０１１１】
表１に示されるように、５処置群（偽薬、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．７５ｍｇ／ｋｇ、１．５ｍｇ／ｋｇおよび３．０ｍｇ／ｋｇ）およびこれらの群からの２時点（基線および１週目）からの２４サンプルの全てが分析された。
【０１１２】
【表１】
【０１１３】
データ処理および分析
ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇＴＭソフトウェアバージョン６．０（Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｒｅｄｗｏｏｄ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して、各フィーチュアの平均強度が、さらに全サンプルにわたって正規化された。チップ毎（ｃｈｉｐ−ｔｏ−ｃｈｉｐ）の正規化は、チップの中央値強度によって各クローンの平均強度を割ることによって実施された。次いで、各クローンの強度が、対照群におけるそのクローンの中央値強度に対して正規化された。この研究における基線値は、処置前の全０日目サンプルの平均であった。各投薬群（それのみが２サンプルを有する１．５ｍｇ／ｋｇを除いて）内の抗ＩＬ−１２ｐ４０処置群ｖｓ．偽薬の統計学的比較は、ｌｏｇ２変換正規化強度において一元ＡＮＯＶＡ（ｐ＜０．０５）によって実施された。
【０１１４】
続いて、また統計学的二組の解析は０．０５のｐ値を使用した。これらのパラメーターは、３５０〜４００個の遺伝子が可能性のある遺伝子の領域（ｕｎｉｖｅｒｓｅ）から偶然に同定できる可能性をもたらす。しかしながら、同定された遺伝子は、それらの発現パターンが臨床的応答と一致するので、本疾病に確かに関係していると考えられる；すなわち、前処置サンプルでは比較的一定であり、処置後に下方調節され、そして最後に、多くは、既知の免疫応答遺伝子、例えば、ＩＬ１Ｆ５、ＩＬ１Ｆ９、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ８であり、そして既に炎症症状に関与していた。かくして、それらは、真の乾癬関連遺伝子のバイオマーカーであると信じられる。
【０１１５】
マイクロアレイの結果
表２Ａ−Ｆは、少なくとも１つの投薬群比較において統計学的検定による有意な変化を示し、そして第２の投薬群比較において少なくとも１．４倍の変化を示した２６個の遺伝子を列挙している。列挙された２６個の遺伝子は、６つの機能的部類に細別される乾癬関連遺伝子のパネルを表し、これは、乾癬の消散および正常な皮膚構造と機能への改善の指標となる発現の調節を受ける。１週目に同定された遺伝子のみが報告される；同じ規準に合致するが０日目のサンプルからの遺伝子は排除された。
【０１１６】
【表２】
【０１１７】
【表３】
【０１１８】
【表４】
【０１１９】
【表５】
【０１２０】
【表６】
【０１２１】
【表７】
【０１２２】
サイトカインおよびケモカイン
多くのＴｈ１サイトカイン、例えばＴＮＦ−αおよびＴＮＦ−γは、乾癬病巣皮膚（２，３）において上方調節されることが知られているけれども、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置は、３種のあまり知られていないＩＬ−１ファミリーメンバー：ＩＬ１Ｆ５（ＩＬ−１δ）およびＩＬ１Ｆ９（ＩＬ−１ ）、およびＩＬ１ＲＮ（ＩＬ１Ｆ５に対して高度に相同であるＩＬ−１受容体アンタゴニスト）を、１週目に選択的に下方調節した。これらのＩＬ−１サイトカインのすべては、乾癬皮膚において実質的に上方調節されると報告されている（Ｄｅｂｅｔｓ，ｅｔ ａｌ．２００１．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６７（３）１４４０−６；Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ，Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２００３．１３（１）６９−７８）が、本発明は、それらが、目に見える臨床的改善前の数週に、治療の結果として下方調節されたサイトカインの第１波の中にあることを示した。ＩＬ１Ｆ５およびＩＬ１Ｆ９が、好ましくは上皮細胞において、特にケラチン細胞によって発現されることが知られている事実は、これらの２種のサイトカインが、乾癬病因において、より長い、かつより特異的な役割を演じるであろうことを示している。
【０１２３】
同様に、乾癬病巣において過発現されることが見出だされた多くのケモカイン（Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ，２００３，前出）の中で、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置は、ＩＬ−８およびＣＸＣＬ１（ＧＲＯ１）、共に好中球の潜在的化学誘引物質（ｃｈｅｍｏｔｒａｃｔａｎｔ）を選択的に下方調節した。好中球ケモカインの過剰生産および好中球浸潤の結果は、乾癬の分子的および細胞的品質証明であるので、有効な処置は、これらのケモカインの生産を低下させるであろうと期待される。驚くべきことに、マクロファージケモカインＣＣＬ３はまた、抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節された。乾癬におけるＣＣＬ３の関与は報告されていないが、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）（Ｈａｔａｎｏ，ｅｔ ａｌ．，１９９９．Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ，１１７（２）．２３７−４３）、乾癬による多くの臨床的特徴を共有する疾病をもつ患者のＰＢＭＣでは、上方調節されることが見出だされた。
【０１２４】
炎症性メディエーターとしての皮膚プロテアーゼおよびプロテアーゼ阻害剤
若干のセリンプロテアーゼおよびそれらの阻害剤は、乾癬に関連していることが報告された。本発明者らは、これらの遺伝子群の下方調節を観察した。例えば、セリンプロテアーゼのカリクレイン（ＫＬＫ）ファミリーの２つのメンバー、ＫＬＫ６およびＫＬＫ１３は、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節された。ＫＬＫは、染色体１９ｑ１３上の１５個の遺伝子のクラスターによってコードされ、これは、ケラチン細胞の角質細胞への最終分化までの分化に関与している（Ｌｕ，ｅｔ ａｌ．，２００５．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１２４（４）．７７８−８５）。少なくとも若干のＫＬＫは、セリンプロテイナーゼ阻害剤（ＳＥＲＰＩＮ）ファミリーのメンバーによって負に調節される。興味あることには、４種のＳＥＲＰＩＮメンバー、ＳＥＲＰＩＮのＳＥＲＰＩＮＢ３、Ｂ４、Ｂ５およびＢ１３は抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節された。総括すると、ＫＬＫ−ＳＥＲＰＩＮネットワークは、乾癬の病因に密接に関与している。
【０１２５】
皮膚プロテアーゼのその他の例は、組織プラスミノーゲンアクチベーター（ＰＬＡＴ）であり、これは、乾癬表皮、創傷修復中の表皮、および培養におけるケラチン細胞に共通するマーカーであった（Ｊｅｎｓｅｎ，ＰＪ ｅｔ ａｌ．，１９９０．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ９５（５）．１３Ｓ−１４Ｓ）。ＰＬＡＴは抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節された。
【０１２６】
皮膚特異的プロテアーゼ阻害剤のその他の例は、ＰＩ３、または皮膚由来のプロテアーゼ阻害剤３、またはエラフィン（ｅｌａｆｉｎ）前駆体である。ＰＩ３は、正常な皮膚において不在であるが、乾癬のような炎症を起こした皮膚のケラチン細胞において高く誘導される上皮の宿主防御タンパク質である（Ｐｏｌ Ａ，ｅｔ ａｌ．，２００３．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １２０（２）．３０１−７）。ＰＩ３発現が、血清またはＴＮＦ−αによって誘導することができ、そしてレチノイド、ジトラノール（ｄｉｔｈｒａｎｏｌ）およびｐ３８ＭＡＰキナーゼ阻害剤によって抑制されることが知られた。本発明は、その発現がまた、抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節することができることを開示する。
【０１２７】
抗ＩＬ−１２ｐ４０処置の結果として上方調節された遺伝子の中で、もっとも一貫したものはブレオマイシンヒドロラーゼ（ＢＬＭＨ）である。それは細胞質システインペプチダーゼである。この遺伝子の多形性は、神経変性疾患、注目すべきはアルツハイマー病に関連していた（Ｍｏｎｔｏｙａ，ＳＥ ｅｔ ａｌ．，１９９８．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １８（３）．２１１−２）。乾癬におけるＢＬＭＨの役割はまだ報告されていない。
【０１２８】
構造および接着分子
乾癬病巣の除去は、多くの構造変化を伴い、そして事実、真皮および表皮成分に組み込まれる分子の多くの遺伝子改変体（ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ）が検出された。例えば、ＧＪＢ２（Ｃｏｎｎｅｘｉｎ２６）、ケラチン細胞分化の両前期および後期における間隙接合成分が、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節された。ＧＪＢ２は、乾癬斑の末梢における基底層と顆粒層および完全に発達した乾癬表皮の全層のケラチン細胞の間に一貫して検出された。しかしながら、乾癬表皮の両対照および非病巣領域では、従来は、ＧＪＢ２が全くないか、またはその最少量が観察されただけであった（Ｌａｂａｒｔｈｅ，ＭＰ ｅｔ ａｌ．，１９９８．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １１１（１）．７２−６）。
【０１２９】
乾癬病巣におけるケラチン細胞の異常分化によって、早期分化マーカー、例えばプロリン富有タンパク質（ＳＰＲＲ１Ａ）が過発現されるが、一方、後期分化マーカー、例えばｌｏｉｃｒｉｎ（ＬＯＲ）は廃止される（Ｉｉｚｕｋａ，Ｈ ｅｔ ａｌ．，２００４．Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ３１（４）．２７１−６）。この傾向の逆は、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置後のわずか１週目に、臨床的改善の強い指示が検出された。
【０１３０】
臨床的消散の最良の既知の、かつ可能ならばもっとも信頼できるマーカーの１つは、ｋｅｒａｔｉｎ１６（ＫＲＴ１６）における減少であった（Ｈｏｌｌａｎｄ，ＤＢ ｅｔ ａｌ．，１９８９．Ｂｒ Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １２０（１）．９−１９）。両ＫＲＴ１６およびｋｅｒａｔｉｎ１４は、抗ＩＬ−１２ｐ４０による処置の早期段階において抑制されることが検出された。
【０１３１】
免疫メディエーターとしての脂質代謝タンパク質
アネキシンＩ（リポコルチン（ｌｉｐｏｃｏｒｔｉｎ）Ｉ）は、表皮ケラチン細胞の分化および増殖の調節に関与し、そして正常な表皮におけるよりも乾癬表皮において高い発現を有するカルシウム−およびリン脂質−結合性タンパク質であり（Ｉｉｚｕｋａ，Ｈ．２００４，前出）、抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節されることが検出された。
【０１３２】
抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節されることが検出されたその他の重要な免疫メディエーターは、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ｌｉｐｏｃａｌｉｎ）（ＮＧＡＬ、リポカリン−２、ＬＣＮ２）である。ＬＣＮ２タンパク質は、小さい親油性物質、例えば細菌由来のリポ多糖（ＬＰＳ）およびホルミルペプチドを結合すると考えられ、そして炎症のモジュレーターとして機能するであろう（Ｆｌｏ，ＴＨＳ ｅｔ ａｌ．，２００４．Ｎａｔｕｒｅ ４３２：９１７−９２１）。さらに、ＬＣＮはまた、ヒト皮膚において異常調節されたケラチン細胞分化のマーカーである（Ｍａｌｌｂｒｉｓ，Ｌ ｅｔ ａｌ．，２００２．Ｅｘｐ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １１（６）。５８４−９１）。
【０１３３】
乾癬関連脂肪酸結合性タンパク質（ＦＡＢＰ５またはＰＡ−ＦＡＢＰ）は、乾癬皮膚において高度に上方調節される（Ｍａｄｓｅｎ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，１９９２．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ９９（３）２９９−３０５）が、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節される、その他のマーカーである。局所的ステロイドによる病巣乾癬皮膚の処置では、ＰＩ３およびＦＡＢＰ５の発現パターンにおける変化は、乾癬病巣の退行中の既知の細胞の生物学的事象と一致する様式で変化することが既に報告されていた（Ｋｕｉｊｐｅｒｓ，ＡＩ ｅｔ ａｌ．，１９９７．Ａｃｔａ Ｄｅｒｍ Ｖｅｎｅｒｅｏｌ ７７（１）．１４−９）。
【０１３４】
ＲＴ−ＰＣＲにより検出される遺伝子発現変化
マイクロアレイ分析後に残された限られたＲＮＡサンプルを用いて、Ｔａｑｍａｎ分析が、表２における数種の遺伝子について実施された。容量５０ｕｌにおける総ＲＮＡ１μｇが、ＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅ逆転写酵素の存在下でｃＤＮＡに変換された。反応は、２５℃で１０分間、続いて４８℃で３０分間インキュベートすることによって実施された。逆転写酵素は５分間９５℃で失活された。１反応当たりｃＤＮＡ２０ｎｇが、ＡＢＩ ７９００システム（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を用いるリアルタイムＰＣＲにおいて使用された。ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＤＮＡポリメラーゼ（ＡＢＩ ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）の存在下で、反応液は５０℃で２分間、続いて９５℃で１０分間インキュベートされた。次いで、反応は、１サイクル当たり１５秒、９５℃および１分、６０℃での４０サイクルを行った。
【０１３５】
ハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨ（グリセルアルヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ）が使用されて遺伝子発現を正規化した。
【０１３６】
図１Ａ−Ｄは、Ｔａｑｍａｎによって検出されたＢＬＭＨ（Ａ）、ＩＬ１Ｆ５（Ｂ）、ＩＬ−８（Ｃ）およびＰＬＡＴ（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示すが、これは、一般に、マイクロアレイ分析を使用して計算されたこれらの特異的遺伝子の相対的発現において観察される変化を確認する。
【０１３７】
例２：第２の乾癬コホートのＴａｑｍａｎ分析
研究（Ｃ０３７９Ｔ０４）は、中度〜重度の乾癬を有する被験者におけるＣＮＴＯ１２７５の皮下（ＳＣ）投与による単回および多回用量療法の、第ＩＩ相、無作為化、二重盲検、偽薬制御の並行研究であった。ＣＮＴＯ１２７５は、ヒトＩＬ−１２およびＩＬ−２３のｐ４０サブユニットに特異的な完全ヒトモノクローナル抗体である。この研究は、下記のようにＣＮＴＯ１２７５または偽薬の皮下（ＳＣ）投与の単回および多回用量を受けた５群の被験者からなる：
群Ｉ： １日目（０週目）にＣＮＴＯ１２７５ ４５ｍｇおよび
１、２および３週目に偽薬
群ＩＩ： １日目（０週目）にＣＮＴＯ１２７５ ９０ｍｇおよび
１、２および３週目に偽薬
群ＩＩＩ：１日目（０週目）および１、２および３週目にＣＮＴＯ１２７５ ４５ｍｇ
群ＩＶ： １日目（０週目）および１、２および３週目にＣＮＴＯ１２７５ ９０ｍｇ
群Ｖ： １日目（０週目）および１、２および３週目に偽薬
【０１３８】
十分な真皮およびＳＣ組織を含む体幹または四肢に局在する代表的な生検標的病巣が、生検分析のために研究者によって同定された。４ｍｍパンチ生検が、基線および研究薬剤の投与後１２週目に、予め同定された病巣から得られた。総ＲＮＡがＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して生検サンプルから得られた。ＲＮＡ品質は、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００ ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用して評価された。全部で、３９種のＲＮＡサンプル（表３に列挙される）がＤＮＡマイクロアレイのために使用された。
【０１３９】
【表８】
【０１４０】
総ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用してこれらの皮膚生検から得られた。ＩＭＡＧＥコンソーシアムおよびＩｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｅｓ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）から収集された８１６０の独特ヒトｃＤＮＡクローンを含有する高品質のＲＮＡのみがマイクロアレイ分析のために使用された。ＲＮＡ増幅、プローブ合成および標識化、ｃＤＮＡチップ・ハイブリダイゼーションおよび洗浄は、既に記述されているように実施された（Ｓａｌｕｎｇａ，ｅｔ ａｌ．１９９９．Ｉｎ：Ｍ．Ｓｃｈｅｎａ（Ｅｄ．），ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，ｐｐ．１２１−１３７）。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｉｍａｇｅ Ｓｃａｎｎｅｒが使用されて、ｃＤＮＡチップ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を走査した。アレイの各フィーチュアについての蛍光強度は、ＩｍａＧｅｎｅソフトウェア（ＢｉｏＤｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ｌｏｓ Ａｎｇｅｌｅｓ，ＣＡ）を使用して得られた。
【０１４１】
ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇＴＭソフトウェアバージョン６．０（Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｒｅｄｗｏｏｄ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して、各フィーチュアの平均強度が、さらに全サンプルをとおして正規化された。チップ毎の正規化は、チップの中央値強度によって各クローンの平均強度を割ることによって実施された。次いで、各クローンの強度が、対照群におけるそのクローンの中央値強度に対して正規化された。この研究における基線値は、処置前の全０日のサンプルの平均であった。各投薬群内の抗ＩＬ−１２ｐ４０処置群ｖｓ．偽薬の統計学的比較は、ｌｏｇ２変換正規化強度における一元ＡＮＯＶＡ（ｐ＜０．０５）によって実施された。
【０１４２】
続いて、また統計学的二組の解析は０．０５のｐ値を使用した。これらのパラメーターは、３５０〜４００個の遺伝子が可能性のある遺伝子の領域（ｕｎｉｖｅｒｓｅ）から偶然に同定できる可能性をもたらす。しかしながら、同定された遺伝子は、それらの発現パターンが臨床的応答と一致するので、本疾病に確かに関係していると考えられる；すなわち、前処置サンプルでは比較的一定であり、処置後に下方調節され、そして最後に、多くは、既知の免疫応答遺伝子、例えば、ＰＢＥＦ、Ｓ１００Ａ１１およびＩＬ４Ｒであり、そして既に炎症症状に関与していた。かくして、それらは、真の乾癬関連遺伝子のバイオマーカーであると信じられる。
【０１４３】
マイクロアレイの結果
表４Ａ−Ｆは、少なくとも１つの投薬群比較において統計学的検定による有意な変化を示し、そして第２の投薬群比較において少なくとも１．５倍の変化を示した１０個の遺伝子を列挙している。列挙された１０個の遺伝子は、５つの機能的部類に細別される、乾癬関連遺伝子のパネルを表し、これは、乾癬の消散および正常な皮膚構造と機能への改善の指標となる発現の調節を受ける。１２週目に同定された遺伝子のみが報告される；同じ規準に合致するが０日目のサンプルからの遺伝子は排除された。
【０１４４】
【表９】
【０１４５】
【表１０】
【０１４６】
【表１１】
【０１４７】
【表１２】
【０１４８】
【表１３】
【０１４９】
ＲＴ−ＰＣＲにより検出される遺伝子発現の変化
マイクロアレイ分析後に残されたＲＮＡサンプルにおいて、Ｔａｑｍａｎ分析が、表４における数個の遺伝子について実施された。容量５０ｕｌにおける総ＲＮＡの１μｇが、ＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅ逆転写酵素の存在下でｃＤＮＡに変換された。反応は、２５℃で１０分間、続いて４８℃で３０分間インキュベートすることによって実施された。逆転写酵素は５分間９５℃で失活された。１反応当たりｃＤＮＡ２０ｎｇが、ＡＢＩ ７９００システム（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を用いるリアルタイムＰＣＲにおいて使用された。ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＤＮＡポリメラーゼ（ＡＢＩ ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）の存在下で、反応液は５０℃で２分間、続いて９５℃で１０分間インキュベートされた。次いで、反応は、１サイクル当たり１５秒、９５℃および１分、６０℃の４０サイクルを行った。
【０１５０】
ハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨ（グリセルアルヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ）が使用されて遺伝子発現を正規化した。
【０１５１】
図２Ａ−Ｄは、Ｔａｑｍａｎによって検出されたＳＥＲＰＩＮＢ３（Ａ）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（Ｂ）、ＧＪＢ２（Ｃ）およびＩＬ１Ｆ９（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示すが、これは、一般に、マイクロアレイ分析を使用して計算されたこれらの特異的遺伝子の相対的発現において観察された変化を確認する。
【０１５２】
データの総括
総括すると、乾癬の処置についての好ましい結果の指標となる潜在性分子バイオマーカーのパネルが、それらが調節される方向とともに同定された。このパネルにおける遺伝子の発現における変化は、臨床的に測定可能なパラメーター、例えばＰＡＳＩスコア（乾癬領域および重篤度指標）の改善が達成され、そして／または検出できる前に現れるので、このバイオマーカーのパネルは、臨床的な発展を導く際に特に有用である。かくして、３６個の同定された遺伝子は、いずれかの乾癬治療剤、例えばＣＮＴＯ１２７５の効力をモニターし、そして投薬療法を導く価値ある情報を提供するツールとして使用することができる乾癬関連遺伝子パネルを提供する。
【０１５３】
本明細書において乾癬関連遺伝子として同定された遺伝子のパネルは、乾癬、皮膚および炎症への関連性を例証した。本分析によって例証されるように、全体としてそのパネルは、皮膚病巣の併発（ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ）と重篤度における改善をもたらす乾癬の処置の効力を計るためのフィンガープリントを提供する。乾癬関連遺伝子パネルのメンバーである多数の遺伝子は、乾癬皮膚において異常に発現されることが既に示されていた。例えば、ＩＬ１Ｆ５、ＩＬ１Ｆ９およびＩＬ１ＲＮのレベルの増大は、乾癬皮膚において実質的に上方調節されると報告された。本研究は、ＩＬ１Ｆ５、ＩＬ１Ｆ９およびＩＬ１ＲＮが、この障害において炎症状態を維持する重要なサイトカインである証拠を提供する。ＩＬ−８およびＰＩ３のような他の遺伝子は他の炎症性疾患に共通している。かくして、総括すれば、このパネルにおける遺伝子をモニターすることは、薬物候補を評価する方法を提供し、そして今までのところ、これらの遺伝子の発現の調節は、乾癬療法の臨床結果を予測する。
【０１５４】
ある特定の実施態様に関して、先に具体的に説明され、記述されたけれども、本発明は、示された詳細な記述に限定されることを決して意図していない。むしろ、本発明は、乾癬関連遺伝子および遺伝子産物に対向される。本明細書に開示されるポリヌクレオチド、抗体、装置およびキット、およびそれらの使用、ならびに乾癬関連バイオマーカー遺伝子のレベルを制御する方法、および種々の改変物は、本発明の等価物の範囲内で、かつ本発明の精神から逸脱することなく詳細に作成されてもよい。
【図面の簡単な説明】
【０１５５】
【図１Ａ−Ｄ】定量的ＲＴ−ＰＣＲ法によって検出されるパネルメンバーＢＬＭＨ（Ａ）、ＩＬ１Ｆ５（Ｂ）、ＩＬ−８（Ｃ）およびＰＬＡＴ（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示す。
【図２Ａ−Ｄ】定量的ＲＴ−ＰＣＲ法によって検出されるパネルメンバーＳＥＲＰＩＮＢ３（Ａ）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（Ｂ）、ＧＪＢ２（Ｃ）およびＩＬ１Ｆ９（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示す。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、活性な乾癬のような皮膚関連障害の指標になる発現プロファイルおよび核酸の同定、ならびに乾癬および関連障害の診断におけるそのような発現プロファイルおよび核酸の使用に関する。さらに、本発明は、乾癬を調節する候補薬剤および／または標的を同定および使用する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
尋常性乾癬は、極度に複雑な基礎的病態生理を有する慢性の炎症性皮膚疾患である。その細胞成分は、過形成の表皮ケラチン細胞、Ｔ細胞を含む浸潤性単核細胞、好中球、樹状細胞およびマクロファージを含む（非特許文献１）。これらの疾病を媒介する細胞は、数種のタンパク質ファミリー、例えばサイトカイン、ケモカイン、接着分子、プロテアーゼおよびプロテイナーゼ阻害剤の異常産生を表す。これらのタンパク質の機能は、先天性免疫および炎症から細胞分化および増殖までの範囲に及ぶ（非特許文献２；非特許文献３）。臨床的および翻訳研究をとおして、これらの分子の少なくとも若干のものは、乾癬の発生および維持において決定的役割を演じることが示された。
【０００３】
乾癬におけるＴｈ１免疫応答の発達において重要であると考えられる２種のサイトカインは、インターロイキンー１２（ＩＬ−１２）およびＩＬ−２３である。両サイトカインは、抗原提示細胞、例えばマクロファージおよび樹状細胞によって産生され、そしてＴ細胞およびナチュラルキラー細胞を活性化することによって機能する。ＩＬ−１２およびＩＬ−２３は、ＩＬ−１２ではｐ３５／ｐ４０タンパク質サブユニット、そしてＩＬ−２３ではｐ１９／ｐ４０タンパク質サブユニットからなる可溶性サイトカインのヘテロ二量体ファミリーのメンバーである。いずれかのサイトカインのＩＬ−１２ｐ４０サブユニットは、免疫細胞の表面に見出だされる膜貫通ＩＬ−１２受容体β１（ＩＬ−１２Ｒ１）に結合できる。
【０００４】
ＩＬ−１２ｐ３５またはＩＬ−２３ｐ１９の、それらの受容体パートナー、それぞれＩＬ−１２Ｒ２およびＩＬ−２３Ｒへのその後の結合は、各サイトカインに対して特異的である免疫シグナル伝達事象をもたらす。かくして、ＩＬ−１２ｐ４０／ＩＬ−１２Ｒ１相互作用の妨害は、両ＩＬ−１２およびＩＬ−２３の生物学的活性を妨げるであろう。ＩＬ−１２の機能は、十分に特性決定されており、そしてインターフェロン−（ＩＮＦ−）の誘導、Ｔｈ１細胞の分化、および生来の耐性と適応性免疫の間の橋架けを含む（非特許文献４）。ＩＬ−２３の免疫結果の多くはなお、活発な研究の課題であるけれども、ＩＬ−２３は、ＩＬ−１２のそれらと類似しているが同一ではない機能を有することが提案されている（非特許文献５）。
【０００５】
マイクロアレイ技術は、何千もの遺伝子の発現の分析を同時に可能にし、そしてまた高処理型式への自動化を可能にするので、それは強力な道具である。自己免疫疾患、例えば乾癬として知られるような複雑な宿主機能に関連する疾患では、マイクロアレイの結果は、疾病の診断および管理に対する新しいアプローチを計画する際に利用できる遺伝子発現プロファイルを提供することができる。これらのアプローチはまた、新規遺伝子を同定し、そして疾病または症状とはこれまで無関係とされた未知の機能の遺伝子に注釈を加えることに役立つ。
【０００６】
遺伝子発現は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子およびＤＮＡザイム（ＤＮＡｚｙｍｅ）の使用を含む、いくつかの異なる方法において調節することができる。ｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡの両者はＲＮＡｉ経路を介して作用し、そして遺伝子の発現を抑制するために成功裏に使用されてきた。ＲＮＡｉは、蠕形動物において最初に発見され、そしてｄｓＲＮＡに関連する遺伝子サイレンシングの現象は、ＦｉｒｅおよびＭｅｌｌｏによって植物において最初に報告され、そして植物細胞がＲＮＡウイルスによる感染に抵抗する１つの方法であると考えられる。この経路では、長いｄｓＲＮＡウイルス生産物は、ＤＩＣＥＲ様酵素によって長さ２１−２５ｂｐの、より小さいフラグメントにプロセスされ、次いで、二本鎖分子が解かれて、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に負荷される。類似の経路が哺乳動物細胞において同定されているが、遺伝子に特異的ではなく、そしてその細胞におけるタンパク質合成の総体的閉鎖をもたらす、いわゆるインターフェロン応答の誘導を避けるために、ｄｓＲＮＡ分子が長さ３０ｂｐより小さくなくてはならないという注目すべき差異を有する。
【０００７】
合成ｓｉＲＮＡは、単一遺伝子を選択的に標的とするように成功裏に設計され、そしてインビトロおよびインビボで細胞に送達することができる。ｓｈＲＮＡはｓｉＲＮＡ分子のＤＮＡ等価物であり、それらが分裂周期毎に複製される細胞のゲノム中に組み込まれるという利点を有する。
【０００８】
ＤＮＡザイムはまた遺伝子発現を調節するために使用されてきた。ＤＮＡザイムは一本鎖ＲＮＡを切断する触媒的ＤＮＡ分子である。それらは、標的ＲＮＡ配列に対して高度に選択的であり、それ自体メッセンジャーＲＮＡの標的化をとおして特異的遺伝子を下方調節するために使用することができる。
【０００９】
したがって、自己免疫疾患、例えば乾癬、ならびに他の疾病および症状を診断および処置するための方法を開発する上に有用な新しい遺伝子マーカーを同定かつ特性決定する必要性が存在する。
【非特許文献１】Ｂａｒｋｅｒ，ＪＮ．１９９４，Ｂａｉｌｌｉｅｒｅｓ Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ ８：４２９−
【非特許文献２】Ｂａｒｋｅｒ，Ｊ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ Ｓｃｉ，２：１０６−
【非特許文献３】Ａｕｓｔｉｎ，ＬＭ １９９９．Ｊ Ｉｍｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１１３：７５２−
【非特許文献４】Ｔｒｉｎｃｈｉｅｒｉ，Ｇ．２００３ Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１２ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｎａｔｅ ｒｅｓｉｓｉｔａｎｃｅ ａｎｄ ａｄａｐｔｉｖｅ ｉｍｍｕｎｉｔｙ．Ｎａｔ Ｒｅｖ ｉｍｍｕｎｏｌ ３：１３３１４６
【非特許文献５】Ｏｐｐｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２０００ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：７１５−７２５
【発明の開示】
【００１０】
本発明は、乾癬および／または関連疾病または障害を調節する候補薬剤および／または標的を同定および使用することによって、そのような疾病または障害を診断および／または処置する方法に関する。本発明は、乾癬を有し、そして／または乾癬の症候を低下させるのに有効な薬剤により処置された患者において発現レベルを改変した、３６種の遺伝子のパネルの発見を含む。改変された発現レベルは、乾癬および／または処置に対する被験者の応答の指標になるバイオマーカープロファイルとして働くことができるプロファイルを構成する。
【００１１】
特定の実施態様では、本発明は、プロファイルを構成する３６種の遺伝子の１種以上の遺伝子発現のパターンに基づく乾癬に対する処置の効力を決定する方法を含む。これは、例えば、臨床的応答の他の全測定結果が明らかになる前に、患者に対して実施することができる。１つの実施態様では、薬物候補のスクリーニングの方法は、薬物候補の存在下での発現のレベルに対して、薬物候補の不在下での発現のレベルを比較することを含み、ここで、薬物候補の濃度は、存在する場合には変えることができ、そしてその比較は、薬物候補による処置中または処置後に起きてもよい。典型的な実施態様では、細胞標本は少なくとも２種の発現プロファイル遺伝子を発現する。プロファイル遺伝子は増加または減少を示してもよい。
【００１２】
１つの実施態様では、乾癬関連の遺伝子プロファイルは、予後または診断目的のためのアレイに基づく方法を創製するために使用され、その方法は、
（ａ）患者から得られた標本から代表的な核酸の混合物を調製し、そして混合物中の該サンプル核酸を検出可能なマーカーにより標識させ；
（ｂ）多数の核酸セグメントを含んでなるアレイとサンプルを接触させ、ここで、各核酸セグメントは、乾癬関連のバイオマーカーのパネルがアドレスによってアレイのフィーチュア（ｆｅａｔｕｒｅ）として同定される基板（ｓｕｂｓｔｒａｔｅ）表面上の別々の既知のアドレスに固定化され、さらに該アレイが基板上の既知アドレスにおける少なくとも１種の校正（ｃａｌｉｂｒａｔｉｏｎ）核酸を含み、ここで、接触は、サンプル核酸がアレイに固定化された核酸セグメントに特異的に結合できる条件下で実施される；
（ｃ）処置される患者からの全試験サンプルと対照標準の統計学的比較を実施し；そして
（ｄ）ＣＮＴＯ１２７５による処置に対して応答性の患者から採取されたサンプルについて、来歴パターンをもつ乾癬関連の遺伝子プロファイルのメンバーであるそれらのフィーチュアの強度変化（ｃｈａｎｇｅ）のパターンに対して、試験サンプルについてのフィーチュアの強度パターンを比較する；ことを含む。
【００１３】
その他の実施態様では、本発明は、乾癬および／または関連疾病または障害を調節する候補薬剤および／または標的を同定および使用することによって、そのような疾病または障害を診断し、そして遺伝子発現のパターンに基づく乾癬および／または関連疾病または障害の処置の効力を決定するためのキットを含む。
【００１４】
本発明のその他の実施態様は、乾癬または関連障害を処置するために、乾癬関連の遺伝子パネル生産物に対向される抗体を含む、乾癬関連遺伝子パネルの遺伝子の転写または遺伝子産物のアゴニストおよび／またはアンタゴニスト、ならびに乾癬関連遺伝子パネルアンタゴニストを使用する方法に関する。
【００１５】
１つの態様では、乾癬関連遺伝子パネルアンタゴニストは、乾癬関連遺伝子パネル生産物に特異的に結合する抗体である。そのような抗体の特定の利点は、それらが、その作用を防ぐ様式で乾癬関連遺伝子パネル生産物に結合することができることである。かくして、本発明の方法は、ヒトまたは非ヒト患者における種々の皮膚関連の障害に関する疾病状態の治療および予防処置のために抗体を理想的に適合させる、望ましい中和特性を有する抗体を使用する。したがって、本発明は、肺関連の疾病または障害を抑制するために、中和性の乾癬関連遺伝子パネル生産物抗体の量を患者に投与することを含む、そのような処置の必要な患者における乾癬または関連疾病または症状を処置する方法に対向される。
【００１６】
その他の態様では、本発明は、細胞における活性または発現が調節されるように、乾癬関連遺伝子パネル遺伝子の活性または発現を調節（抑制または増進）する薬剤（例えば、アンタゴニストまたはアゴニスト）と細胞を接触させることを含む、乾癬関連遺伝子パネル遺伝子の活性を調節する方法を提供する。好適な実施態様では、薬剤は、乾癬関連遺伝子パネルに特異的に結合する抗体である。他の実施態様では、モジュレーターはペプチド、ペプチド擬似体または他の低分子である。
【００１７】
また本発明は、障害が乾癬関連遺伝子パネルの量または活性を調節することによって軽減することができる乾癬または関連障害を有する被験者を処置する方法を提供する。また本発明は、乾癬関連遺伝子パネル生産物の活性のモジュレーターまたは乾癬関連遺伝子パネルの発現のモジュレーターである薬剤を被験者に投与することによって、乾癬関連遺伝子パネル生産物またはそれらをコードしているポリヌクレオチドの異常な活性を特徴とする障害を有する被験者を処置する方法を提供する。
【００１８】
１つの実施態様では、モジュレーターはポリペプチドまたは低分子化合物である。その他の実施態様では、モジュレーターはポリヌクレオチドである。特定の実施態様では、乾癬関連遺伝子パネルアンタゴニストは、細胞による乾癬関連遺伝子パネルの生産を妨げることができるｓｉＲＮＡ分子、ｓｈＲＮＡ分子、アンチセンス分子、リボザイムまたはＤＮＡザイムである。
【００１９】
さらに本発明は本明細書に記述されるすべての発明を提供する。
【００２０】
定義
次に示す定義は、本明細書において本発明を記述されるために使用される種々の用語の意味および範囲を具体的に説明し、定義するために記述される。
【００２１】
ポリペプチドの「活性」、生物学的活性および機能的活性は、標準技術にしたがってインビボ、インサイチューまたはインビトロで決定されるようなその他のタンパク質または分子とのそれとの特異的相互作用に対する応答において、乾癬関連遺伝子パネルの遺伝子によって発揮される活性を指す。そのような活性は、直接活性、例えば第２のタンパク質との組み合わせ活性またはそのタンパク質における酵素活性であってもよく、あるいは間接活性、例えば第２のタンパク質とそのタンパク質の相互作用、または細胞内シグナル伝達または凝固カスケードにおけるような一連の相互作用によって媒介される細胞プロセスであってもよい。
【００２２】
「抗体」は、免役グロブリン分子の少なくとも１部分、例えば、限定されるものではないが、重鎖または軽鎖の少なくとも１個の相補性決定部（ＣＤＲ）またはそのリガンド結合部分、重鎖または軽鎖可変部、重鎖または軽鎖定常部、枠組み構造領域、またはそれらのすべての部分、フラグメントまたは変異体、を含む分子を含有するすべてのポリペプチドまたはペプチドを含む。用語「抗体」は、抗体擬似体を含む、抗体、消化フラグメント、特定の部分およびそれらの変異体を包含するか、あるいは一本鎖抗体およびそのフラグメントを含む、抗体またはその特定のフラグメントまたは部分の構造および／または機能を模倣する抗体の部分を含むことが意図される。例えば、抗体フラグメントは、限定されるものではないが、Ｆａｂ（例えば、パパイン消化による）、Ｆａｂ’（例えば、ペプシン消化および部分還元による）およびＦ（ａｂ’）２（例えば、ペプシン消化による）を含み、ｆａｃｂ（例えば、プラスミン消化による）、ｐＦｃ’（例えば、ペプシンまたはプラスミン消化による）、Ｆｄ（例えば、ペプシン消化、部分還元および再集合（ｒｅａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎによる）、ＦｖまたはｓｃＦｖ（例えば、分子生物学技術による）フラグメントが、本発明によって包含される（参照、例えば、Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９９４−２００１）；Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９９７−２００１））。
【００２３】
本明細書で使用されるような、用語「アレイ」または「マイクロアレイ」または「バイオチップ」または「チップ」は、多数の固定化された標的要素を含んでなる製造商品またはデバイスを指し、各標的要素は、以下にさらに詳細に議論されるように、固体表面に固定化された、生物学的分子、例えば、核酸分子またはポリペプチドのような特定の組成物を含んでなる「クローン」、「フィーチュア（ｆｅａｔｕｒｅ）」、「スポット」または一定の領域を含む。
【００２４】
本発明の核酸配列「の相補物（ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）」または「に相補的（ｔｏ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ）」は、最初のポリヌクレオチドに比較して相補的な塩基配列および逆配向を有するポリヌクレオチド分子を指す。
【００２５】
当該技術分野において既知であるような「同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」は、配列を比較することによって決定されるような、２種以上のポリペプチド配列または２種以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該技術分野において、また「同一性」は、そのような配列の糸の間の一致によって決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列関連性の程度を意味する。「同一性」および「類似性」は、限定されるものではないが、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．，ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ Ｉ，Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；およびＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．，Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；およびＣａｒｉｌｌｏ，Ｈ．，ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．，Ｓｉａｍ Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ．，４８：１０７３（１９８８）において記述されている方法を含む、既知の方法によって容易に計算することができる。その上、パーセンテージ同一性に関する値は、ｔｈｅ ｄｅｆａｕｌｔ ｓｅｔｔｉｎｇｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ＡｌｉｇｎＸ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ｏｆ Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ Ｓｕｉｔｅ ８．０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ，Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）を使用して生成されるアミノ酸およびヌクレオチド配列整列から得ることができる。
【００２６】
本明細書で使用されるような、用語「に特異的にハイブリダイズする」、「に特異的にハイブリダイズすること」、「特異的ハイブリダイゼーション」および「に選択的にハイブリダイズする」は、ストリンジェント（緊縮）条件下で特定のヌクレオチド配列に対する優先的な核酸分子の結合、二重鎖形成またはハイブリダイジングを指す。用語「ストリンジェント条件」は、プローブがその標的サブ配列に優先的に；かつ、他の配列に対しては、より低度にハイブリダイズできるか、または少しもハイブリダイズできない条件を指す。核酸のハイブリダイゼーション（例えば、アレイ、サザンまたはノーザンハイブリダイゼーションにおけるような）に関して「ストリンジェントハイブリダイゼーション」および「ストリンジェントハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列依存性であり、そして種々の環境パラメーター下では異なる。本発明を実行するために使用されてもよい代替ハイブリダイゼーション条件は、以下に詳細に記述されている。その他の態様では、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄条件は、以下に、さらに詳細に記述されるように、温和条件、ストリンジェント条件および非常にストリンジェントな条件下で実施される。また代替洗浄条件は、本明細書でさらに詳細に記述されるように、種々の態様において使用される。
【００２７】
本明細書で使用されるような、語句「標識された生物学的分子」または「検出可能な組成物により標識された」または「検出可能な部分により標識された」は、以下に詳細に記述されるように、検出可能な組成物、すなわち標識を含んでなる生物学的分子、例えば、核酸を指す。標識は、また、核酸、例えば、以下に記述されるように、「分子ビーコン」としてのステム−ループ構造の形態における核酸のようなその他の生物学的分子であってもよい。これは、例えば、ニックトランスレーション、ランダムプライマー伸張、退化プライマーによる増幅などによって、核酸中への標識された塩基（または、検出可能な標識に結合できる塩基）の組み込みを含む。いかなる標識も使用することができる、例えば、化学発光標識、放射能標識、酵素的標識など。標識は、いかなる手段によっても、例えば、肉眼的、分光法的、光化学的、生物化学的、免疫化学的、物理的、化学的および／または化学発光的検出によって検出することができる。本発明は、検出可能な標識を含む固定化核酸を含んでなるアレイを使用してもよい。
【００２８】
本明細書で使用されるように、用語「核酸」は、一本鎖または二本鎖のいずれかの形態におけるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を指す。この用語は、天然のヌクレオチドの既知の類似体を含有する核酸を包含する。用語核酸は、遺伝子、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、オリゴヌクレオチドプライマー、プローブおよび増幅生成物と互換的に使用される。また用語は、ＤＮＡ骨格類似体、例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、アルキルホスホトリエステル、スルファメート、３’−チオアセタール、メチレン（メチルイミノ）、３’−Ｎ−カルバメート、モルホリノカルバメートおよびペプチド核酸（ＰＮＡ）を包含する。
【００２９】
本明細書で使用されるように、用語「サンプル」または「核酸のサンプル」は、ＤＮＡもしくはＲＮＡ、または天然起源から単離されたＤＮＡもしくはＲＮＡの核酸代表物を含んでなるサンプルを指す。「核酸のサンプル」は、その他の核酸（例えば、固定化されたプローブ）に対するハイブリダイゼーションのために適当な形態物において（例えば、可溶性水溶液として）存在する。サンプル核酸は、特定の細胞または組織から単離、クローン化または抽出されてもよい。核酸サンプルが調製される細胞または組織サンプルは、典型的には、乾癬または関連疾病または症状を有するか、または有すると疑われる患者から採取される。細胞および組織サンプルを単離する方法は、当業者には周知であり、そして限定されるものではないが、吸引、組織切断、針生検などを含む。しばしば、サンプルは、組織学的目的のために採取された凍結切片またはパラフィン切片のような組織の切片を含む、患者から得られたサンプルである「臨床サンプル」であってもよい。またサンプルは、薬物候補への応答を検出することが望まれるであろう、患者から採取された（細胞の）上澄液または細胞それ自体から、あるいは細胞培養物、組織培養物からの細胞および他の培地から得られてもよい。若干の場合には、核酸はハイブリダイゼーションの前に、ＰＣＲのような標準技術を使用して増幅されてもよい。プローブは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅生成物、実質的に完全な染色体または染色体フラグメント、または実質的に完全なゲノムのコレクション、例えば、クローン、例えば、ＢＡＣｓ、ＰＡＣｓ、ＹＡＣｓなどのコレクションのような、の１個以上の特定の（予め選ばれた）部分からの核酸の起源から作成されてもよく、そして集合的に代表物であってもよい（下記、参照）。
【００３０】
「核酸」はヌクレオチドのポリマーであり、ここで、ヌクレオチドは、糖が、仲介する少なくとも二価の分子、例えばリン酸によって互いに順に結合されている糖に結合された塩基を含む。天然に存在する核酸では、糖は２’−デオキシリボース（ＤＮＡ）またはリボース（ＲＮＡ）のいずれかである。非天然のポリ−またはオリゴヌクレオチドは、修飾された塩基、糖または結合分子を含有するが、一般には、後にそれらが設計される天然に存在する核酸の相補的性質を模倣していると理解される。非天然のオリゴヌクレオチドの例は、ホスホロチオレート骨格を有するアンチセンス分子組成物である。「オリゴヌクレオチド」は、一般に、３０個未満のヌクレオチドを有する核酸分子を指す。
【００３１】
用語「プロファイル」は、パターンを意味し、そして多数のフィーチュアの変化の大きさと方向に関する。プロファイルは、厳密に解釈されてもよい、すなわち、ここでは、特性を表すプロファイル内のフィーチュアの大きさおよび／または数における変化は、参考プロファイルに実質的に類似しているか、あるいは、それは、例えば、フィーチュアの特性の全部またはサブセットの絶対的一致よりもむしろ傾向を求めることによって、あまり厳密には解釈されなくてもよい。
【００３２】
用語「タンパク質」、「ポリペプチド」および「ペプチド」は、先に詳細に議論されたように、変異体が得られたポリペプチドに実質的に対応する構造および活性を有する「類似体」または「保存変異体」および「擬似体」または「ペプチド擬似体」を含む。
【００３３】
「ポリペプチド」は、ペプチド結合によって結合されたアミノ酸残基のポリマーであり、そしてペプチドは、一般には、１２個以下の残基のアミノ酸ポリマーを指す。ペプチド結合は、核酸鋳型により指導されるように天然に、または当該技術分野において周知の方法によって合成的に生産されてもよい。
【００３４】
「タンパク質」は、１種以上のポリペプチド鎖を含んでなる巨大分子である。タンパク質は、ペプチド結合の形成に必要とされないアミノ酸のサイドグループに結合された置換基をさらに含んでもよい。典型的には、真核細胞発現によって形成されるタンパク質は、また炭水化物を含有する。タンパク質は、本明細書では、それらのアミノ酸配列または骨格に関して定義され、そして置換基は、既知であってもなくても特定されない。
【００３５】
用語「受容体」は、特定のリガンドまたは結合パートナーとの相互作用の結果として、例えば細胞において、生物学的活性に影響を与える能力を有する分子を言う。細胞膜に結合された受容体は、細胞外のリガンド結合ドメイン、１個以上の膜横断または膜貫通ドメイン、および典型的にはシグナル伝達に関与する細胞内エフェクタードメインを特徴とする。細胞膜受容体へのリガンド結合は、細胞外ドメインにおける変化を惹起し、これが細胞膜を横断して伝達され、１種以上の細胞内タンパク質との相互作用を導くかまたは導かず、そして細胞の特性、例えば酵素活性、細胞型または遺伝子発現プロファイルを変える。また受容体は、細胞表面に結合されていなくてもよく、そしてサイトゾル、核に存在しても、または細胞から完全に遊離していてもよい。非細胞結合受容体は可溶性受容体またはリガンドと呼ばれる。
【００３６】
本明細書に引用されたすべての公表物または特許は、引用によって完全に本明細書に組み入れられており、したがって、具体的に指摘されてもされなくても、それらは、本発明の時点における当該技術分野の状態を示し、そして／または本発明の説明および可能性を提供する。公表物は、すべての科学または特許公報物、あるいは全ての記録、電信または印刷型式を含む、すべての媒体型式において利用できるすべての他の情報を指す。次の参考文献は、引用によって完全に本明細書に組み入れられている：Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９８７−２００１）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｂｏｒ，ＮＹ（１９８９）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｂｏｒ，ＮＹ（１９８９）；Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ（１９９４−２００１）；Ｃｏｌｌｉｇａｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ（１９９７−２００１）。
【００３７】
遺伝子パネル同定および評価
ＣＮＴＯ１２７５は、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ，Ｉｎｃ．のヒト抗ＩＬ−１２ｐ４０ヒトＩｇＧ１抗体であり、これは、ヒトＩＬ−１２およびＩＬ−２３のｐ４０サブユニットに結合する。ＣＮＴＯ１２７５は、乾癬の処置のために臨床試験中である。
【００３８】
中度〜重度の乾癬を有する患者におけるＣＮＴＯ１２７５の初期臨床試験（研究名Ｔ０１）は、単回のＩＶ用量後の有意な離床的改善を例証した（Ｋａｕｆｆｍａｎ，ＣＬ ｅｔ ａｌ．，２００４．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１２３：１０３７−１０４４）。第１相、ヒトにおける最初の非無作為化オープンラベル研究は、ＣＮＴＯ１２７５の単回静脈内注入が、一般に、十分に許容され、そして乾癬病巣の濃度依存的改善を誘導することを例証した。乾癬はヒトにおけるもっとも普遍的なＴ細胞媒介炎症性疾患の１つであり、そしてもっとも通常の免疫媒介炎症性疾患および障害にはいるが、自己抗原は同定されていない。乾癬の病因は、ケラチン細胞の過増殖および血管の顕著な拡張を伴う血管形成をもたらす、病巣および／または循環性Ｔ細胞の活性化およびそれらの分泌生産物によると考えられる。
【００３９】
Ｔ０１研究では、３％〜３５％にわたる体表面積と、体幹または体肢のいずれかに少なくとも２個の斑を有する１８人の患者が、単回静脈内注入により処置された。用量は０．１〜５．０ｍｇ／ｋｇの範囲であった。ＣＮＴＯ１２７５に関する重大な悪い事象はなかった。もっとも普通に報告された悪い事象は、ＣＤ４＋およびＣＤ１６／５６＋細胞における一過性の減少、頭痛、通常のかぜ症候および生検部位における疼痛を含んだ。１８人の被験者中１２人（６７％）は、研究投与後８〜１６ｗｋ間に、乾癬活性および重篤度指数（ＰＡＳＩ）における少なくとも７５％の改善を達成した。離床的改善は濃度依存性であった。
【００４０】
実施例１に記述されるような類似の研究、Ｔ０２では、この研究における被験者からの皮膚生検サンプルを使用してマイクロアレイによる遺伝子プロファイリングの分析が、ＰＡＳＩスコアによって測定されるように、可視的な離床的改善前にＣＮＴＯ１２７５処置の効力に相関した予後指標遺伝子パネルの同一性をもたらした。
【００４１】
本発明は、乾癬に関連される障害の診断の新規方法、ならびに乾癬、特に乾癬性皮膚病巣の症候を緩和する組成物についてのスクリーニングの方法を提供する。本明細書に記述されるような、「乾癬」、「乾癬性皮膚病巣」、「乾癬関連症状」または文法的等価物は、血管の顕著な拡張を伴うケラチン細胞過増殖および血管形成、すなわち、発疹性（ｅｒｕｐｔｉｎｇ）皮膚病巣をもたらすＴ細胞媒介の炎症性疾患によって特色づけられる疾病状態または症状を意味する。他の皮膚のＴ細胞障害は、皮膚のＴ細胞リンパ腫を含む。
【００４２】
乾癬または関連障害の処置では、病原性Ｔ細胞応答を制限することが望ましいであろう。サイトカインのＩＬ−１２ファミリー、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３は、Ｔｈ１作動性免疫応答に関与しているとして同定された。したがって、共通のβ（ｐ４０）サブユニットを共有する全メンバー（ＩＬ−１２またはＩＬ−２３にのみに限定されない）のアンタゴニストが、乾癬を処置するためのヒトにおける最初の（ｆｉｒｓｔ−ｉｎ−ｈｕｍａｎ）治療剤として選ばれた。
【００４３】
１つの態様では、遺伝子の発現レベルは、発現プロファイルを提供するために診断情報が所望される種々の患者サンプルにおいて決定される。特定のサンプルの発現プロファイルは、本質的に、そのサンプルの状態の「フィンガープリント」であり；２つの状態が、類似に発現されたすべての特定の遺伝子を有する限り、多数の遺伝子の評価は、同時に、患者サンプルの状態に独特な遺伝子発現プロファイルの生成を可能にする。すなわち、正常な組織は病巣組織と区別でき、そして処置された患者からの組織は未処置の患者と区別できる。既知である種々の疾病状態の組織の発現プロファイルを比較することによって、これらの状態の各々において重要である遺伝子に関する情報（遺伝子の両上方−および下方調節を含む）が得られる。
【００４４】
疾病組織において分別的に発現される配列（遺伝子）の同定は、多くの方法におけるこの情報の使用を可能にする。例えば、特定の処置療法の評価が評価できる。同様に、診断が、既知の発現プロファイルと患者サンプルを比較することによって実施されてもよく、または確認されてもよい。さらにまた、これらの遺伝子発現プロファイル（または個々の遺伝子）は、特定の発現プロファイルを模倣するか、または変更することに目を向けての薬物候補のスクリーニングを可能にする；例えば、スクリーニングが、血管形成発現プロファイルを抑制する薬物のために実施されてもよい。
【００４５】
このことは、重要な疾病遺伝子のセットを含んでなるバイオチップを作成することによって実施されてもよく、次いで、これがこれらのスクリーニングにおいて使用できる。またこれらの方法は、タンパク質に基づいて実施されてもよい；すなわち、乾癬関連遺伝子産物タンパク質のタンパク質発現レベルが、診断目的のためまたは候補薬剤のスクリーニングのために評価されてもよい。さらに、乾癬関連遺伝子プロファイルを含む核酸配列が使用されて、アンチセンス核酸の投与を含む療法が設計されてもよく、あるいは、その遺伝子配列によりコードされたタンパク質がワクチンの成分として投与されてもよい。
【００４６】
かくして、本発明は、乾癬において分別的に発現される核酸およびタンパク質配列、本明細書では「乾癬関連遺伝子配列」と呼ばれる、に関する情報を提供する。以下に略記されるように、乾癬関連遺伝子配列は、乾癬に関連する障害において上方調節される（すなわち、より高いレベルで発現される）それらの配列、ならびに下方調節される（すなわち、より低いレベルで発現される）それらの配列を含む。好適な実施態様では、乾癬関連遺伝子配列はヒト由来である；しかしながら、当業者によって評価できるように、他の生物由来の乾癬関連遺伝子配列が、疾病および薬物評価の動物モデルにおいては有用であろう；かくして、他の乾癬関連遺伝子配列が、齧歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモットなど）、霊長類、農場動物（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマなどを含む）を含む哺乳類を含む脊椎動物から提供される。他の生物由来の乾癬関連遺伝子配列が、当該技術分野において既知の技術を使用して得られてもよい。
【００４７】
乾癬関連遺伝子配列は、両核酸およびアミノ酸配列を含んでもよい。好適な実施態様では、乾癬関連遺伝子配列は組み換え核酸である。本明細書における用語「組み換え核酸」とは、一般に、ポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼによる核酸の操作によって、普通には自然では見出だされない形態において、インビトロで最初から形成される核酸が意味される。かくして、線状形態において単離された核酸、または正常では結合されないＤＮＡ分子を連結することによってインビトロで形成された発現ベクターは、両者ともに、本発明の目的のための組み換え体と考えられる。組み換え核酸が作成され、そして宿主細胞または生物体中に再導入されると、それは、非組み換え的に、すなわち、インビトロの操作よりもむしろ宿主細胞のインビボの細胞機構を使用して複製できる；しかしながら、そのような核酸は、一旦組み換え的に生産されると、続いて、非組み換え的に複製されるけれども、なお本発明の目的では組み換え体と考えられることが理解される。
【００４８】
本発明を実施する方法
本発明は、２種以上のサンプル中の結合性分子（例えば、核酸配列）の相対量に依存するインシリコ（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ）のアレイに基づく方法を提供する。また、２種以上のサンプル中の結合性分子（例えば、核酸配列）の相対量を決定し、そして決定された相対的結合量を使用して疾病を診断し、格付け（ｓｔａｇｅ）し、特定の療法に対する応答を予測し、そして治療処置を追跡および増進するためのコンピューターで実行される方法が提供される。
【００４９】
本発明の方法の実施では、標識された生物学的分子（例えば、核酸）の２種以上のサンプルが２種以上のアレイに適用されるが、ここで、アレイは、実質的に、固定化された結合性分子（例えば、標識されたサンプル核酸にハイブリダイズすることができる固定化された核酸）の同じ相補物（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）を有する。２種以上のアレイは、典型的には、同じアレイの多数のコピーである。しかしながら、アレイ上の各「スポット」、「クローン」または「フィーチュア」は、類似の生物学的分子（例えば、同配列の核酸）を有し、そして各スポットにおける生物学的分子（例えば、核酸）は、核酸および他のアレイについては典型的であるとして既知であるので、本発明において使用される多数のアレイは、配置において同一である必要はなく、基板上の各フィーチュアの位置が既知である、すなわち、アドレスを有することのみが必要である。かくして、１つの態様では、多数の生物学的分子（例えば、核酸）サンプルは、アレイに比較的に結合され（例えば、同時にハイブリダイズされる）、そして収集された情報は、結果がフィーチュア（例えば、核酸配列）の固有の性質に基づき、基板上のその位置には基づかないようにコードされる。
【００５０】
核酸の増幅
オリゴヌクレオチドプライマーを用いる増幅が使用されて、本発明の組成物および方法において使用される核酸が生成され、アレイにハイブリダイズされる試験または対照サンプルのレベルが検出または測定する、などができる。熟練研究者は、適当なオリゴヌクレオチド増幅プライマーを選択および設計することができる。また、増幅方法は当該技術分野において周知であり、そして例えば、ポリメラーゼ連鎖反応、ＰＣＲ（ＰＣＲ ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ，Ａ ＧＵＩＤＥ ＴＯ ＭＥＴＨＯＤＳ ＡＮＤ ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ，ｅｄ．Ｉｎｎｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．（１９９０）およびＰＣＲ ＳＴＲＡＴＥＧＩＥＳ（１９９５），ｅｄ．Ｉｎｎｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（参照、例えば、Ｗｕ（１９８９）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０；Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７；Ｂａｒｒｉｎｇｅｒ（１９９０）Ｇｅｎｅ ８９：１１７）；転写増幅（参照、例えば、Ｋｗｏｈ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３）；および、自己維持（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ）配列複製（参照、例えば、Ｇｕａｔｅｌｌｉ（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４）；Ｑベータレプリカーゼ増幅（参照、例えば、Ｓｍｉｔｈ（１９９７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３５：１４７７−１４９１）、自動Ｑベータレプリカーゼ増幅アッセイ（参照、例えば、Ｂｕｒｇ（１９９６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ １０：２５７−２７１）および他のＲＮＡポリメラーゼ媒介技術（例えば、ＮＡＳＢＡ、Ｃａｎｇｅｎｅ、Ｍｉｓｓｉｓｓａｕｇａ、Ｏｎｔａｒｉｏ）を含む；参照、またＢｅｒｇｅｒ（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５２：３０７−３１６；Ｓａｍｂｒｏｏｋ；Ａｕｓｕｂｅｌ；米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号；Ｓｏｏｋｎａｎａｎ（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １３：５６３−５６４。
【００５１】
核酸をハイブリダイズする
本発明の方法を実施するには、核酸の試験および対照サンプルが、例えば、アレイ上の固定化プローブ核酸にハイブリダイズされる。その他の態様では、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄条件は温和な条件、ストリンジェント条件および非常にストリンジェントな条件下で実施される。核酸のハイブリダイゼーションについての広範なガイドは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｔｉｊｓｓｅｎにおいて見出だされる。一般に、高ストリンジェントのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は、一定のイオン強度およびｐＨにおいて特定の配列の熱融点（Ｔｍ）以下約５℃であるように選ばれる。Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全に一致したプローブにハイブリダイズする温度（一定のイオン強度およびｐＨ下で）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブのＴｍに等しいように選ばれる。アレイまたはサザンまたはノーザンブロットにおけるフィルターにおいて、１００個以上の相補的残基を有する相補的核酸のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントハイブリダイゼーション条件の例は、一夜実施されるハイブリダイゼーションによる標準ハイブリダイゼーション溶液（参照、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ）を使用して４２℃である。高いストリンジェント洗浄条件の例は、約１５分間７２℃で０．１５ＭＮａＣｌである。ストリンジェント洗浄条件の例は、１５分間６５℃で０．２ｘＳＳＣ洗浄液である（参照、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ）。しばしば、高ストリンジェント洗浄は、中または低ストリンジェント洗浄によって先行されてバックグラウンドのプローブシグナルが除去される。１００個以上のヌクレオチドの二重鎖についての代表的な中ストリンジェント洗浄は、１５分間４５℃で１ｘＳＳＣである。１００個以上のヌクレオチドの二重鎖についての低ストリンジェント洗浄の例は、１５分間４０℃で４ｘ〜６ｘＳＳＣである。
【００５２】
例えば、アレイによる比較ゲノムハイブリダイゼーションのような比較核酸ハイブリダイゼーションの実施における、本発明の組成物および方法のその他の態様では、蛍光染料Ｃｙ３（Ｒ）およびＣｙ５（Ｒ）が、２種のサンプルからの核酸フラグメント、例えば、アレイに固定化された核酸対サンプル核酸、または対照物から生成された核酸対試験細胞または組織からの核酸、を分別して標識するために使用される。多くの市販装置がこれらの２種の染料の検出に用立てるために設計されている。Ｃｙ５（Ｒ）、またはフルオル（ｆｌｕｏｒｓ）または他の酸化感受性化合物の安定性を増大させるために、抗酸化剤および遊離基捕捉剤が、ハイブリダイゼーション混合液、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄溶液において使用されてもよい。かくして、Ｃｙ５（Ｒ）シグナルは劇的に増大され、そしてより長いハイブリダイゼーション時間が可能である。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。
【００５３】
ハイブリダイゼーション感度をさらに増大するために、ハイブリダイゼーションは、制御された不飽和湿度環境において実施されてもよく；それによって、ハイブリダイゼーション効率は湿度が飽和されない場合には有意に改良される。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。ハイブリダイゼーション効率は、湿度が動的に制御される場合、すなわち、湿度がハイブリダイゼーション中に変化する場合に、改良することができる。物質移動は、動的にバランスされた湿度環境において促進されるであろう。ハイブリダイゼーション環境における湿度は、段階的または連続的に調節することができる。オペレーターがプレハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション、洗浄および／または検出段階中の湿度制御を可能にする、ハウジング（ｈｏｕｓｉｎｇ）および制御部を含んでなるアレイデバイスが使用されてもよい。そのデバイスは、検出、制御および記憶構成部を有して、湿度および温度制御（恒常的かつ正確であるか、または変動する）、およびプレハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション、洗浄および検出段階を含む全操作サイクル中の他のパラメーターのプレプログラミングを可能にする。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。
【００５４】
本発明の方法は、浸透変動を含むハイブリダイゼーション条件を含んでもよい。またハイブリダイゼーション効率（すなわち、平衡までの時間）は、高−／低張性を変えること、例えば、溶質勾配を含む、ハイブリダイゼーション環境によって増進することができる。例えば、低塩ハイブリダイゼーション溶液が、アレイハイブリダイゼーションチャンバーの一方の側に置かれ、そしてより高い塩バッファーが他方の側に置かれて、チャンバーにおける溶質勾配が形成される。参照、ＷＯ０１９４６３０Ａ２および米国特許出願第２００２０００６６２２号。
【００５５】
反復核酸配列がハイブリダイズする能力をブロックする
本発明の方法は、固定化された核酸セグメントにおいて反復核酸配列がハイブリダイズする能力をブロックする（「ハイブリダイゼーション能力」をブロックする）段階を含んでもよい。サンプル核酸配列における反復核酸配列のハイブリダイゼーション能力は、サンプル核酸配列を無標識または標識反復核酸配列と混合することによってブロックすることができる。サンプル核酸配列は、アレイに固定化された核酸配列と接触する段階前に反復核酸配列と混合されてもよい。ブロッキング配列は、例えば、Ｃｏｔ−１ＤＮＡ、サケ精子ＤＮＡまたは特異的な反復ゲノム配列である。反復核酸配列は標識されなくてもよい。例えば、Ｃｏｔ−１を使用して反復配列のハイブリダイゼーション能力を除去および／または無能化する多数の方法が知られている；参照、Ｃｒａｉｇ（１９９７）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１００：４７２−４７６；ＷＯ９３／１８１８６。反復ＤＮＡ配列は、磁気精製およびアフィニティーＰＣＲの手段によってライブラリープローブから除去されてもよい、参照、例えば、Ｒａｕｃｈ（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ４４：５９−７２。
【００５６】
アレイは、総称的には、サンプル中の分子に特異的に結合する（例えば、ハイブリダイゼーション）ために固体表面に固定化された１種以上の生物学的分子（例えば、核酸またはポリペプチド）を含んでなる各標的要素により、定義された「スポット」または「クラスター」、または「フィーチュア」のようなプレートの表面上に固定化された多数の標的要素である。固定化核酸は、ヒトゲノムを含む、特異的メッセージ（例えば、ｃＤＮＡライブラリーのような）または遺伝子（例えば、ゲノムライブラリーのような）からの配列を含んでもよい。他の標的要素は参考配列などを含んでもよい。アレイの生物学的分子は、種々のサイズおよび種々の密度において固体表面上に配置されてもよい。クラスターにおける生物学的分子の密度およびアレイ上のクラスターの数は、標識の性質、固体支持体、基板表面の疎水性の度合などのような多数の因子に依存するであろう。各フィーチュアは、実質的に、同じ生物学的分子（例えば、核酸）または生物学的分子の混合物（例えば、種々の長さおよび／または配列の核酸）を含んでもよい。かくして、例えば、フィーチュアは、ＤＮＡのクローン化断片の１つ以上のコピーを含んでもよく、そして各コピーは種々の長さのフラグメントに分割されてもよい。
【００５７】
生物学的分子が固定化されているアレイ基板表面は、以下にさらに議論されるように、ニトロセルロース、ガラス、石英、融解石英、プラスティックなどを含んでもよい。本発明の組成物および方法は、例えば、米国特許第６，３４４，３１６号；同第６，１９７，５０３号；同第６，１７４，６８４号；同第６，１５９，６８５号；同第６，１５６，５０１号；同第６，０９３，３７０号；同第６，０８７，１１２号；同第６，０８７，１０３号；同第６，０８７，１０２号；同第６，０８３，６９７号；同第６，０８０，５８５号；同６，０５４，２７０第号；同第６，０４８，６９５号；同第６，０４５，９９６号；同第６，０２２，９６３号；同第６，０１３，４４０号；同第５，９５９，０９８号；同第５，８５６，１７４号；同第５，８４３，６５５号；同第５，８３７，８３２号；同第５，７７０，４５６号；同第５，７２３，３２０号；同第５，７００，６３７号；同第５，６９５，９４０号；同第５，５５６，７５２号；同第５，１４３，８５４号において記述されているような、アレイの全体または部分設計、および関連構成部分および方法に組み入れられている；また参照、例えば，ＷＯ９９／５１７７３；ＷＯ９９／０９２１７；ＷＯ９７／４６３１３；ＷＯ９６／１７９５８；ＷＯ８９／１０９７７；また参照、例えば、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ（１９９８）Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．８：Ｒ１７１−１７４；Ｓｃｈｍｍｅｒ（１９９７）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２３：１０８７−１０９２；Ｋｅｍ（１９９７）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２３：１２０−１２４；Ｓｏｌｉｎａｓ− Ｔｏｌｄｏ（１９９７）Ｇｅｎｅｓ，Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ ＆ Ｃａｎｃｅｒ ２０：３９９−４０７；Ｂｏｗｔｅｌｌ（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｕｐｐ．２１：２５−３２；Ｅｐｓｔｅｉｎ（２０００）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１１：３６−４１；Ｍｅｎｄｏｚａ（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２７：７７８−７８８；Ｌｕｅｋｉｎｇ（１９９９）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２７０：１０３−１１１；Ｄａｖｉｅｓ（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃｑｕｅｓ ２７：１２５８−１２６１。
【００５８】
基板表面
本発明の組成物および方法において使用されてもよい基板表面は、例えば、ガラス（参照、例えば、米国特許第５，８４３，７６７号）、セラミックスおよび石英を含む。アレイは、硬質、半硬質または柔軟性材料の基板表面を有してもよい。基板表面は、平らまたは平面でもよく、ウェル、高くした領域、刻まれた溝、穴、ビーズ、フィラメントなどとして成形されてもよい。また基板表面は、ニトロセルロース、紙、結晶性基板（例えば、ヒ化ガリウム）、金属、メタロイド、ポリアクリロイルモルホリド、種々のプラスティックおよび塑性コポリマー、Ｎｙｌｏｎ（Ｒ）、Ｔｅｆｌｏｎ（Ｒ）、ポリエチレン、ポロプロピレン、ラテックス、ポリメタクリレート、ポリ（エチレンテレフタレート）、レーヨン、ナイロン、ポリ（ビニルブチレート）およびセルロースアセテートのような種々の材料を含んでもよい。基板はコートされてもよく、そして基板およびコーティングは、例えば、アミンに複合できるように機能化されてもよい。
【００５９】
校正配列を含んでなるアレイ
本発明は、アレイに基づくハイブリダイゼーション反応の結果を正規化（ｎｏｒｍａｌｉｚｅ）するための固定化された校正配列を含んでなるアレイの使用、ならびにこれらの校正配列を使用して、例えば、比率プロファイル（ｒａｔｉｏ ｐｒｏｆｉｌｅ）を「正規化」または「校正」するために校正配列のコピー数を決定する方法を意図する。校正配列は、アレイ上の固定化核酸配列の独特配列と実質的に同じ配列であってもよい。例えば、アレイ上の各「スポット」または「バイオサイト（ｂｉｏｓｉｔｅ）」からの「マーカー」配列（そのスポットにおいてのみ存在して、それをそのスポットの「マーカー」にさせる）は、１個以上の「対照」または「校正」スポット上の対応する配列によって表される。
【００６０】
「対照スポット」または「校正スポット」は、「正規化」のために使用されて、信頼性と再現性のある情報を提供することができる。対照スポットは、アレイにハイブリダイズされる標識されたサンプル（またはサンプル由来の標識された結合分子）に依存しない首尾一貫した結果を提供することができる。対照スポットを使用して、本発明のインシリコのアレイに基づく方法で使用される２個のアレイ（またはそれ以上）の間の可能性のある強度誤差を相殺するための「正規化」または「校正」曲線を生成することができる。
【００６１】
アレイ上に対照を生成する１つの方法は、アレイ上にスポットされるすべての生物学的分子（例えば、核酸配列）の等モル混合物を使用し、そして単一のスポットを生成することである。この単一スポットは、アレイ上のすべての他のスポット由来の生物学的分子（例えば、核酸配列）の等量を有するであろう。多数の対照スポットは、等モル混合物の濃度を変えることによって生成することができる。
【００６２】
サンプルおよび標本
サンプル核酸は、特定の細胞、組織または他の標本から、単離、クローン化または抽出されてもよい。核酸サンプルが調製される細胞または組織サンプルは、典型的には、乾癬または関連症状を有するか、または有する疑いのある患者から採取される。細胞および組織サンプルを単離する方法は、当業者には周知であり、そして限定されるものではないが、吸引、組織切断、針生検などを含む。しばしば、サンプルは、全血、または組織学的目的のために採取された凍結切片またはパラフィン切片のような組織の切片を含む、患者由来のサンプルである「臨床サンプル」である。またサンプルは、薬物候補への応答を検出することが望まれるであろう、患者から採取された（細胞の）上澄液または細胞それ自体からか、あるいは細胞培養物、組織培養物からの細胞および他の培地から得られてもよい。若干の場合には、核酸は、ハイブリダイゼーションの前に、ＰＣＲのような標準技術を使用して増幅されてもよい。
【００６３】
１つの実施態様では、本発明は、疾病の消散をモニターする処置後の方法である。その方法は、（１）乾癬または関連疾病または障害を診断された個人からの皮膚病巣または他の標本を採取し、（２）パネルのプロファイル遺伝子の発現レベルを測定し、（３）遺伝子の処置後の発現レベルを、その個人の処置前の参考プロファイルと比較し、そして（４）乾癬関連遺伝子プロファイルの少なくとも１つの成分をモニターすることによって乾癬病巣の消散についての予後を測定することを含む。
【００６４】
その他の実施態様では、本発明は乾癬についての診断方法であり、そして対照標準（サンプル）は関連していない部位から採取され、そして試験サンプルは疑いのある病巣から採取される。
【００６５】
バイオマーカーの利用を評価する方法
処置に対する患者の応答、予後、または疾病の存在、程度、重篤度または段階を評価するための本発明のバイオマーカー遺伝子パネルの診断および予後の利用は、健康または疾病の患者の状態を評価するための他の手段を使用することによって評価することができる。例えば、疾病の全体的測定は、医者の評価に限定されるものではないような、ある種の造影方法、写真、放射線法または磁気共鳴技術による造影によって評価および記録されてもよい。健康または疾病の一般的指標は、血清または血液組成（タンパク質、肝臓酵素、ｐＨ、赤血球容量、ヘマトクリット、ヘモグロビンまたは特異的タンパク質）をさらに含む。しかしながら、若干の疾病では、病因はなおわずかしか理解されていない。乾癬は１つのそのような疾病の例である。
【００６６】
乾癬のもっとも普通の変種は斑型（ｐｌａｑｕｅ ｔｙｐｅ）と呼ばれる。斑型乾癬を有する患者は、長期間、基本的に無変化のままである、安定な、徐々に拡大する斑を有する。斑（ｐｌａｑｕｅ）乾癬が存在するもっとも普通の領域は、肘、膝、臀部裂および頭皮である。併発は全身性の傾向がある。逆の（ｉｎｖｅｒｓｅ）乾癬は、腋窩、鼠径部、乳腺下および臍を含む間擦領域を冒す；またそれは頭皮、手掌および足裏を冒す傾向にある。個々の病巣は、明瞭に境界を定める斑であるが、それらの場所により湿っていることもある。斑乾癬は、一般に、徐々に発達し、そして治癒の遅い経過をたどる。それは、まれには突発的に一時軽くなる。
【００６７】
発疹性乾癬（滴状の乾癬）は、子供および青年においてもっとも一般的である。それは、乾癬を有しない個人または慢性斑乾癬を有する個人において急に発生する。患者は、溶血性連鎖球菌による上気道感染後にしばしば、多くの小さい紅斑性、落屑性斑を呈する。区別される診断は、バラ色ひ糠疹（ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｒｏｓｅａ）および二期梅毒を含むべきである。膿疱性乾癬はその他の変異体である。患者は、手掌および足裏に局在する疾病を有するか、または発熱、倦怠、下痢および関節痛を一般化または関連される疾病を有する。
【００６８】
乾癬を有する全患者の約半数は、斑点状の点食、爪の肥厚または爪下の過角質症として現れる指爪の併発症を有する。乾癬を有する患者の約５〜１０％は関節病訴を伴い、そしてこれらは指爪併発症を有する患者においてもっとも頻繁に見出だされる。あるものは、古典的なリューマチ様関節炎の同時発生を有するが、多くのものは、乾癬に関連する３種の１つにはいる関節疾患：（１）もっとも普通には遠位または近位の指節間関節を伴い、そしてあまり普通ではないが膝、股関節、足根関節および手根を伴う非対称の炎症性関節炎；（２）セロネガティブリューマチ様関節炎様疾患；これらの患者の有意な部分は、重度の破壊的な関節炎を発達し続ける；または（３）脊椎に限定される疾患（乾癬性脊椎炎）；を有する。
【００６９】
乾癬の病因はまだよく理解されていないが、その疾病に対する遺伝要素が明らかに存在する。乾癬を有する患者の５０％以上が陽性の家族歴を示す。乾癬はＨＬＡ−Ｃｗ６に、そしてより低い程度にはＨＬＡ−ＤＲ７に結び付けられてきた。乾癬病巣は、乾癬の病理生理学において役割を有すると考えられる活性Ｔ細胞による皮膚の浸潤を特徴とする。多分、活性Ｔ細胞由来のサイトカインが、ケラチン細胞の過増殖を刺激する成長因子を作り出すのであろう。Ｔ細胞の活性化、クローンの拡大、またはプロ炎症性サイトカインの放出を抑制する薬剤は、重度の乾癬の処置のためにしばしば有効である。
【００７０】
乾癬の処置は、疾病のタイプ、場所および程度により異なる。すべての患者は、彼らの皮膚の過度の乾燥または刺激を避け、そして十分な皮膚の水和を維持するように指導されねばならない。局在する斑型の乾癬を有するほとんどの患者は、中力価の局所的グルココルチコイドにより管理することができるが、それらの長期使用は、しばしば、有効性の喪失（過耐性）および皮膚の萎縮を伴う。局所的ビタミンＤ類似体（カルシポトリエン（ｃａｌｃｉｐｏｔｒｉｅｎｅ））およびレチノイド（タザロテン（ｔａｚａｒｏｔｅｎｅ））もまた、乾癬の処置において有効であり、そして他の局所的薬剤、例えばコールタール、サリチル酸およびアントラリンを大きく置き換えた。
【００７１】
天然または人工の、紫外線は、広範囲にわたる乾癬を有する患者のための有効な療法である。紫外線Ｂ（ＵＶ−Ｂ）は、それだけでも有効であり、またはコールタールまたはアントラリンと組み合わせられてもよい。経口または局所的いずれかのソラレンと紫外線Ａ（ＵＶ−Ａ）スペクトルとの組み合わせ（ＰＵＶＡ）もまた、乾癬の処置のために顕著に有効であるが、長期使用は、鱗状細胞がんおよび皮膚の黒色腫の発生の増加に関係するであろう。
【００７２】
種々の他の薬剤が、重度の広範囲にわたる乾癬疾患のために使用することができる。経口グルココルチコイドは、治療が継続されない場合に生命を脅かす膿疱性乾癬を発生する可能性のために乾癬の処置には使用してはならない。メトトレキセートは、特に、乾癬性関節炎を有する患者における有効な薬剤である；しかしながら、肝臓毒と骨髄抑制がその使用を制限する。合成レチノイド、アシトレチン（ａｃｉｔｒｅｔｉｎ）は重度の乾癬を有する若干の患者において有効である。それは強力な催奇形物質であり、そして妊娠の可能性のある女性には使用してはならない。Ｔ細胞媒介障害として乾癬を関係させる証拠は、治療努力を免疫調節に対向させた。シクロスポリンは重度の疾患を有する選ばれた患者には非常に有効であるが、腎毒性と高血圧がその使用を複雑にする。
【００７３】
インフリキシマブ（ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ）およびエタネルセプト（ｅｔａｎｅｒｃｅｐｔ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）アンタゴニストは、乾癬性関節炎のために今日承認されている。他のＴＮＦαアンタゴニストおよびプロ炎症性サイトカイン、Ｔ細胞活性化およびリンパ球輸送を標的とする他の薬剤は、乾癬の炎症特性を抑制することに有用であるかもしれない。
【００７４】
患者のアセスメントおよびモニタリング
乾癬患者は、共通に、ｔｈｅ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ａｒｅａ ａｎｄ Ｓｅｖｅｒｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ（ＰＡＳＩ）およびＰｈｙｓｉｃｉａｎ Ｇｌｏｂａｌ Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ（ＰＧＡ）を使用して評価される。ＰＡＳＩ（３）は、乾癬斑の紅斑、厚さおよび落屑の程度を評価し、そして４ケ所の別々の体領域（頭部、躯幹、上部および下部体肢）におけるこれらの要素の各々の改善度合を評価する。０〜７２の範囲のＰＡＳＩ要素のスコアは、主観的な測定値を提供し、そして関連する体表面領域（ＢＳＡ）の評価に頼る。ＰＧＡは、全般的特質（紅斑、落屑および厚さ）および基線アセスメントに比較した斑の程度（ＢＳＡ）を総括する６ポイントスコアである。患者の応答は、ｗｏｒｓｅ，ｐｏｏｒ（０−２４％）、ｆａｉｒ（２５−４９％）、ｇｏｏｄ（５０−７４％）、ｅｘｃｅｌｌｅｎｔ（７５−９９％）またはｃｌｅａｒｅｄ（１００％）として評価される。
【００７５】
近年、ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ’ｓ（ＮＰＦ’ｓ）Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｂｏａｒｄは、５要素法：ｔｈｅ ＮＰＦ−Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｓｃｏｒｅ（ＮＰＦ−ＰＳ）を開発した。０〜３０の範囲の総スコアに寄与するＮＰＦ−ＰＳの均等に計られた第１のエンドポイントは、２つの標的病巣の硬化、ＢＳＡ、医師の統計的包括的アセスメント、患者の包括的アセスメントおよび掻痒を含む（Ｋｒｅｕｇｅｒ，Ｇ．１９９９．Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｐｓｏｒｉａｓｉｓ Ｆｏｒｕｍ ５：１−５）。ＮＰＦ−ＰＳは、臨床的重篤度の患者および研究者の包括的アセスメントに等しい重みを与える。第２に、掻痒は、乾癬患者の７９％の病訴であるけれども、ＰＡＳＩまたはＰＧＡのいずれも掻痒の測定値を含まない。
【００７６】
他の免疫学的に媒介される皮膚障害は、尋常性天疱瘡、免疫学的に尋常性の天疱瘡、落葉状天疱瘡、腫瘍随伴性天疱瘡、水泡性類天疱瘡、妊娠性類天疱瘡、疱疹状皮膚炎、線状ｉｇａ疾患、獲得性表皮水泡症、瘢痕性類天疱瘡、皮膚筋炎、紅斑性狼瘡、強皮症および限局性強皮症を含む。皮膚筋炎、紅斑性狼瘡、強皮症および限局性強皮症は顕著な皮膚の特徴を有する自己免疫系疾患として分類される。
【００７７】
皮膚の他の疾病
発疹が、鱗屑に関連して、高くなった病巣、丘疹（＜１ｃｍ）または斑（＞１ｃｍ）によって特徴づけられる場合、それは丘疹鱗屑性病巣と呼ばれる。もっとも通常の丘疹鱗屑疾患−乾癬、白癬、バラ色ひ糠疹および扁平苔癬−は、１次皮膚疾患である。乾癬病巣が関節炎を伴う場合、乾癬性関節炎またはＲｅｉｔｅｒ’ｓ疾患の可能性が考慮されるべきである。口内潰瘍、結膜炎、ブドウ膜炎および／または尿道炎の病歴は、その後の診断を示す。滴状乾癬では、しばしば連鎖球菌の感染に関連して、小さい、広範に散在する、均一な病巣の急性発生がある。リチウム、ベータブロッカー、ＨＩＶ感染、および全身的なグルココルチコイドの迅速なテーパー（ｔａｐｅｒ）が、また、乾癬を悪化させることが知られている。
【００７８】
バラ色ひ糠疹または扁平苔癬の診断がなされる場合は常に、発疹が不快な薬剤を単純に中止することによって処置されることがあるので、患者の投薬を再調査することは重要である。バラ色ひ糠疹様の薬物発疹は、ベータブロッカー、アンギオテンシン−変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、金およびメトロニダゾールによりもっとも普通に見られ、一方、扁平苔癬様発疹を生じることがある薬物は、金、抗マラリア剤、チアジド、キニジン、フェノチアジン、スルホニル尿素およびＡＣＥ阻害剤を含む。扁平苔癬様病巣もまた慢性移植片対宿主疾患において観察される。
【００７９】
その初期段階では、皮膚のＴ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）は、湿疹または乾癬と混同されることがあるが、それは、しばしば、これらの炎症性疾患のための適当な療法に応答するのに失敗する。ＣＴＣＬは、大きい斑の類乾癬の病巣内に発生することがあり、そして病巣の厚さにおける増加によって示唆される。ＣＴＣＬの診断は皮膚の生検によって確定されるが、ここでは、異常なＴリンパ球の集積が表皮および真皮において見出だされる。疾患が進行するにつれて、皮膚の腫瘍およびリンパ節の併発が現れるであろう。
【００８０】
二期梅毒では、薄い鱗屑をもつ赤褐色の丘疹が散在している。しばしば、発疹は手掌および足裏を巻き込み、そしてバラ色ひ糠疹に類似していることがある。関連する知見は、診断を与えるのを助け、そして顔面の輪状斑、非瘢痕性脱毛、扁平コンジローム（広範および湿潤）および粘膜斑ならびにリンパ節症、倦怠、頭痛および筋痛を含む。一期機会と二期段階の間隔は、通常、４〜８週であり、そして適当な治療なしに突然の消散が見られる。
【００８１】
かくして、本発明の方法は、本発明の分析方法がＴｈ１−型疾病に対する応答物を予測する限り、種々の皮膚症候を示す患者のための治療処置を評価し、推奨するために使用できる。
【００８２】
パネルにおける遺伝子のほとんどが、以前には、乾癬皮膚において異常に発現されると報告されていたが、処置の経過中の遺伝子の発現パターンは、乾癬の処置においては研究されておらず、そして予測値を有するようなものは何も同定されていない。本明細書に開示される遺伝子発現バイオマーカーのパネルは、乾癬試行の臨床結果を予測する迅速かつ信頼できる診断道具、または乾癬治療の効力を追跡する予後道具のための方法の創製を可能にする。サンプル中のこれらの遺伝子の検出に基づく診断および予後の方法が提供される。これらの組成物は、例えば、広範な免疫に媒介される炎症性疾患の予防および処置のために使用されてもよい。
【００８３】
治療薬剤
アンタゴニスト
本明細書で使用されるように、用語「アンタゴニスト」は、本発明の乾癬関連遺伝子パネルの遺伝子産物の生物学的活性を抑制または中和する物質を指す。そのようなアンタゴニストは種々の方法においてこの効果を達成する。アンタゴニストの１つの種類は、十分な親和力により遺伝子産物タンパク質に結合し、そしてそのタンパク質の生物学的効果を特異的に中和できる。この種類の分子には、抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ）またはＦ（ａｂ’）２分子）が含まれる。アンタゴニストのその他の種類は、遺伝子産物タンパク質のフラグメント、ムテインまたは低有機分子、すなわち、ペプチド擬似体を含み、これらは、遺伝子産物の同族の結合性パートナーまたはリガンドに結合して、その同族リガンドまたは受容体と遺伝子産物の特異的相互作用の生物学的活性を抑制することができる。乾癬関連遺伝子アンタゴニストは、それが遺伝子産物の少なくとも１つの生物学的活性を抑制する物質である限り、これらの種類のいずれであってもよい。
【００８４】
アンタゴニストは、遺伝子産物タンパク質またはそのフラグメントの１つ以上の領域に対向される抗体、同族リガンドまたは受容体に対向される抗体、および遺伝子産物の少なくとも１つの生物学的活性を抑制する、遺伝子産物またはその同族リガンドの部分ペプチドを含む。アンタゴニストのその他の種類は、本明細書に開示される、当該技術分野において既知の遺伝子配列を標的とするｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子およびＤＮＡザイムを含む。
【００８５】
適当な抗体は、乾癬関連遺伝子産物の活性化をブロックするか、またはその同族リガンドへの乾癬関連遺伝子産物の結合を妨げるか、または乾癬関連遺伝子産物のシグナル伝達を妨げる、モノクローナル抗体による乾癬関連遺伝子産物への結合に対して競合するそれらのものを含む。
【００８６】
乾癬関連遺伝子産物の誘導物質を標的とする療法は、より良好な成功の機会を提供することができる。遺伝子発現は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子およびＤＮＡザイムの使用を含む、いくつかの異なる方法において調節することができる。合成ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡおよびＤＮＡザイムは、１種以上の遺伝子を特異的に標的化するように設計でき、そしてそれらは、インビトロまたはインビボにおいて細胞に容易に送達できる。
【００８７】
本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドをコードしているセンス核酸に相補的である、すなわち、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコーディング鎖に相補的またはｍＲＮＡ配列に相補的である分子を包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合できる。アンチセンス核酸は、完全なコーディング鎖またはその一部分のみ、例えば、タンパク質コーディング領域（またはオープン・リーディングフレーム）の全部または一部に相補的であってもよい。アンチセンス核酸分子は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドをコードしている核酸配列のコーディング鎖の非コーディング領域の全部または一部に対してアンチセンスであってもよい。非コーディング領域（「５’および３’非翻訳領域」）は、コーディング領域に隣接し、そしてアミノ酸に翻訳されない５’および３’配列である。
【００８８】
また、本発明はキメラまたは融合タンパク質を提供する。本明細書で使用されるように、「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、異種のポリペプチド（すなわち、同じ乾癬関連遺伝子産物ポリペプチド以外のポリペプチド）に操作可能に連結された乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの全部または一部（好ましくは生物学的活性）を含む。融合タンパク質では、用語「操作可能に連結される」は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドと異種のポリペプチドが互いにインフレームに融合されることを示すよう意図される。異種のポリペプチドは、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端に融合されてもよい。その他の実施態様では、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドまたはそのドメインもしくは活性フラグメントは、異種のタンパク質配列またはそのフラグメントに融合されて、キメラタンパク質を生成することができ、ここで、ポリペプチド、ドメインまたはフラグメントは、互いに末端で融合されずに、異種タンパク質のフレームワーク内で間に入れられる。
【００８９】
なおその他の実施態様では、融合タンパク質は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの全部または一部が、免疫グロブリンファミリーのメンバーに由来する配列に融合されている免疫グロブリン融合タンパク質である。本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、製薬学的組成物中に組み入れられ、そしてリガンドと、細胞の表面におけるタンパク質（受容体）との間の相互作用を抑制して、インビボにおけるシグナル伝達を抑制するように、被験者に投与することができる。免疫グロブリン融合タンパク質は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの同族リガンドの生物学的利用度に影響を与えるために使用することができる。リガンド／受容体相互作用の抑制は、増殖性および分化性障害の処置、および細胞生残の調節（例えば、促進または抑制）の両方のために、治療学的に有用であろう。免疫グロブリンキメラタンパク質の好適な実施態様は、同時係属出願ＰＣＴ ＷＯ／０４００２４１７において教示されるように、改変されたフレームワーク領域内の間に入れられた活性ポリペプチドフラグメント有する、ＣＨ１ドメイン欠失の免疫グロブリンまたは「ミメティボディ（ｍｉｍｅｔｉｂｏｄｙ）」である。さらに、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、被験者において乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドに対向される抗体を生産するための免疫原として、リガンドを精製するため、および受容体とリガンドの相互作用を抑制する分子を同定するスクリーニングアッセイにおいて、使用されてもよい。
【００９０】
組成物およびそれらの使用
本発明にしたがって、本明細書で記述される、中和性の抗乾癬関連遺伝子産物アンタゴニスト、例えばモノクローナル抗体は、乾癬関連遺伝子産物の活性を抑制するために使用することができる。さらに、そのようなアンタゴニストは、限定されるものではないがリューマチ性疾患を含んでもよい、そのような処置を受け入れる病原または乾癬および関連炎症性疾患を抑制するために使用されてもよい。処置される個体はいかなる哺乳類でもよく、そして好ましくは霊長類、哺乳類である伴侶動物およびもっとも好ましくはヒト患者である。投与されるアンタゴニストの量は、それが使用される目的および投与の方法にしたがって変えることができる。
【００９１】
乾癬関連遺伝子アンタゴニストは、病理学的活性が予防されるか停止されることが望まれる組織において効果をもたらすすべての数の方法によって投与されてもよい。さらに、抗乾癬関連遺伝子産物アンタゴニストは、必ずしも、乾癬関連遺伝子産物活性への効果を局部的に伝えるように存在する必要はなく、したがって、それらは、乾癬関連遺伝子産物を含有する体の部分または流体への接近が達成されるどこの場所に投与されてもよい。炎症を起こした、悪性の、または他の傷害された組織の場合には、これらの方法は、アンタゴニストを含有する調合物の直接適用を含んでもよい。そのような方法は、液状組成物の静脈内投与、液状または固形調合物の経皮投与、経口、局所投与、または間隙もしくは手術による（ｉｎｔｅｒ−ｏｐｅｒａｔｉｖｅ）投与を含む。投与は、主要な機能が薬物送達媒体としてではないデバイスの移植によって影響を与えられてもよい。
【００９２】
抗体では、好適な用量は約０．１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ体重（一般に、約１０ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇ）である。抗体が脳において作用する場合、通常、約５０ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇの用量が適当である。一般に、部分ヒト抗体および完全ヒト抗体は、他の抗体よりも長いヒト体内における半減期を有する。したがって、しばしば、より低い用量およびより低い頻度の投与が可能である。修飾物、例えば脂質化（ｌｉｐｉｄａｔｉｏｎ）が使用されて、抗体を安定化し、そして吸収および組織浸透（例えば、脳中への）が増進されてもよい。抗体の脂質化の方法は、Ｃｒｕｉｋｓｈａｎｋら（（１９９７）Ｊ．Ａｃｑｕｉｒｅｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ Ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ ａｎｄ Ｒｅｔｒｏｖｉｒｏｌｏｇｙ １４：１９３）によって記述されている。
【００９３】
乾癬関連遺伝子産物アンタゴニスト、核酸分子は、ベクター中に挿入され、そして遺伝子治療ベクターとして使用できる。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号）によるか，または定位注射（参照、例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４−３０５７）によって被験者に送達することができる。遺伝子治療ベクターの製薬学的調製物は、適当な希釈液中に遺伝子治療ベクターを含んでもよく、または遺伝子送達媒質が包埋されている徐放性マトリックスを含んでもよい。さもなくば、完全遺伝子送達ベクターが組み換え細胞からインタクトに産生される（例えば、レトロウイルスベクター）場合には、製薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１種以上の細胞を含んでもよい。
【００９４】
製薬学的組成物は、投与のための指示書とともに、容器、包装物またはディスペンサー中に含まれてもよい。
【００９５】
薬理ゲノム科学
本明細書に記述されるスクリーニングアッセイによって同定されるような乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの活性または発現に及ぼす刺激または抑制効果を有する薬剤、またはモジュレーターは、ポリペプチドの異常な活性に関連する障害を（予防的または治療的に）処置するために個人に対して投与することができる。そのような処置と一緒に、個人の薬理ゲノム科学（すなわち、個人の遺伝子型と、外来化合物または薬物に対する個人の応答との間の関係の研究）が考慮されてもよい。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性のある薬物の用量と血液濃度の間の関係を変えることによって、重度の毒性または治療の失敗をもたらすことがある。したがって、個人の薬理ゲノム科学は、個人の遺伝子型の考慮に基づく予防または治療処置のために有効な薬剤（例えば、薬物）の選択を可能にする。そのような薬理ゲノム科学は、さらに、適当な用量および治療方法を決定するために使用されてもよい。したがって、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの活性、乾癬関連遺伝子産物核酸の発現、または個人における乾癬関連遺伝子産物遺伝子の突然変異内容が決定され、それによって個人の治療または予防処置のための適当な薬剤が選択されてもよい。
【００９６】
薬理ゲノム科学は、罹患したヒトにおける変化した薬物素因および異常な作用による薬物に対する応答において、臨床的に有意な遺伝形質の変形を取り扱う。参照、例えば、Ｌｉｎｄｅｒ（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３（２）：２５４−２６６。一般に、２種類の薬物ゲノム科学的状態が区別することができる。薬物が身体に作用する方式を変える単一因子として伝達される遺伝的状態は「変化した薬物作用」と呼ばれる。身体が薬物に作用する方式を変える単一因子として伝達される遺伝的状態は「変化した薬物代謝」と呼ばれる。これらの薬理ゲノム科学的状態は、まれな欠陥または多形のいずれかとして起きることがある。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠乏は、共通の遺伝される酵素病であり、この場合には、主な臨床的合併症が酸化剤薬物（抗マラリヤ剤、スルホンアミド、鎮痛剤、ニトロフラン）の摂取およびファバ・ビーン（ｆａｖａ ｂｅａｎｓ）の消費後の溶血である。
【００９７】
具体的に説明される実施態様として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強さおよび期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびチトクロームｐ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多形の発見は、若干の患者が、薬物の標準かつ安全な用量を摂取した後に期待された薬物効果を得ないか、または誇張された薬物応答および重篤な毒性を示す理由についての説明を提供した。これらの多形性は、集団において２つの表現型、広範なメタボライザー（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および乏しいメタボライザー（ｐｏｏｒ ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ）において表される。ＰＭの普及は種々の集団の中で異なっている。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードしている遺伝子は、高度に多形であり、そして数個の突然変異がＰＭにおいて同定されていて、これらはすべて、機能性ＣＹＰ２Ｄ６の不在をもたらす。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の乏しいメタボライザーは、全くしばしば、彼らが標準用量を受けた場合の過大な薬物応答と副作用を経験する。代謝物が活性のある治療学的部分である場合、ＰＭは、そのＣＹＰ２Ｄ６により形成される代謝物モルフィンによって媒介されるコデインの鎮痛効果について例証されるような、治療学的応答を示すことができない。他の極端なものは、いわゆる超迅速メタボライザーであり、彼は標準用量には応答しない。近年、超迅速代謝の分子基礎が、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅によるものであることが同定された。
【００９８】
かくして、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの活性、ポリペプチドをコードしている核酸の発現、または個人におけるポリペプチドをコードしている遺伝子の変異含量が決定され、それによって個人の治療的または予防的処置のための適当な薬剤が選択できる。その上、薬理ゲノム科学的研究は、個人の薬物応答性の表現型の同定に対して、薬物代謝酵素をコードしている多形対立遺伝子の遺伝子型決定を適用するために使用することができる。この知識は、投薬または薬物選択に適用される場合、副反応または治療学的失敗を避けることができ、その結果、本明細書に記述される代表的スクリーニングアッセイの１つによって同定されるモジュレーターのような、ポリペプチドの活性または発現のモジュレーターにより被験者を処置する場合に治療または予防効力を増進することができる。
【００９９】
処置の方法
本発明は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性に関連し、そして／または乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドが関与している障害の危険にある（またはそれに罹りやすい）か、またはそのような障害を有する、被験者を処置する予防的および治療的両方法を提供する。
【０１００】
本発明は、少なくとも１つの乾癬関連遺伝子産物アンタゴニストを使用して、当該技術分野において既知であるかまたは本明細書に記述されるような、細胞、組織、器官、動物または患者における少なくとも１つの乾癬関連遺伝子産物に関連する疾病または症状を調節または処置する方法を提供する。
【０１０１】
乾癬関連遺伝子産物アンタゴニストの組成物は、乾癬または関連症状、例えば喘息、強皮症、特発性肺線維症の処置における治療的使用を見出だすことができる。
【０１０２】
また本発明は、限定されるものではないが、リウマチ様関節炎、若年性リウマチ様関節炎、全身的に到来する若年性リウマチ様関節炎、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、胃潰瘍、セロネガティブ関節症、変形性関節症、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、全身性紅斑性狼瘡、抗リン脂質症候群、虹彩毛様体炎／ブドウ膜炎／視神経炎、特発性肺線維症、全身性脈管炎／Ｗｅｇｎｅｒ’ｓ肉芽腫症、類肉腫症、精巣炎／精管切除反転操作、アレルギー／アトピー性疾患、アレルギ性鼻炎、湿疹、アレルギー性接触皮膚炎、アレルギー性結膜炎、過敏性肺炎、移植片、臓器移植拒絶、移植片対宿主病、全身性炎症応答症候群、敗血症症候群、グラム陽性菌敗血症、グラム陰性菌敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、好中球減少熱、尿性敗血症、髄膜炎菌血症、外傷／出血、火傷、イオン化放射曝露、急性膵炎、成人呼吸ストレス症候群、リウマチ様関節炎、アルコール由来肝炎、慢性炎症病、類肉腫症、クローン病、鎌状赤血球貧血、糖尿病、腎症、アトピー性疾患、過敏反応、アレルギー性鼻炎、枯草熱、多年生鼻炎、結膜炎、子宮内膜症、蕁麻疹、全身性アナフィラキシー、皮膚炎、悪性貧血、溶血性疾患、血小板減少症、すべての臓器または組織の移植拒絶、腎移植拒絶、心臓移植拒絶、肝臓移植拒絶、膵臓移植拒絶、肺移植拒絶、骨髄移植（ＢＭＴ）拒絶、皮膚同種移植拒絶、軟骨移植拒絶、骨移植拒絶、小腸移植拒絶、胎児性胸腺移植拒絶、上皮小体移植拒絶、すべての臓器および組織の異種移植拒絶、同種移植拒絶、抗レセプター過敏反応、Ｇｒａｖｅｓ病、Ｒａｙｎｏｕｄ’ｓ病、Ｂ型インスリン抵抗性糖尿病、重症性筋無力症、抗体媒介細胞毒性、ＩＩＩ型過敏反応、全身性紅斑性狼瘡、ＰＯＥＭＳ症候群（多発神経病、臓器巨大、内分泌病、単クローン性高ガンマグロブリン血症、および皮膚変化症候群）、抗リン脂質症候群、天疱瘡、強皮症、混合結合組織疾患、特発性アジソン病、真性糖尿病、慢性活性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、白斑、脈管炎、ｐｏｓｔ−ＭＩ心臓切開症候群、ＩＶ型過敏症、接触皮膚炎、過敏性肺炎、同種移植拒絶、細胞内生物による肉芽腫、薬物感受性、代謝性／特発性、Ｗｉｌｓｏｎ’ｓ病、血色症、α−１−アンチトリプシン欠乏、糖尿病性網膜症、ｈａｓｈｉｍｏｔｏ’ｓ甲状腺炎、骨粗鬆症、視床下部−下垂体−副腎軸評価、原発性胆汁性肝硬変、甲状腺炎、脳脊髄炎、悪液質、嚢胞性繊維症、家族性食血細胞性リンパ組織球増多症、皮膚症状、乾癬、脱毛症、ネフローゼ症候群、腎炎、糸球体腎炎、急性腎不全、血液透析、尿毒症、毒素、子癇前症、ｏｋｔ３療法、抗ｃｄ３療法、サイトカイン療法、化学療法、放射線療法（例えば、限定されるものではないが無力症、貧血、悪液質などを含む）、慢性サリチル酸中毒など、の少なくとも１つを含む、細胞、組織、器官、動物または患者における少なくとも１種の免疫関連疾患を調節または処置する方法を提供する。参照、例えば、ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ，１２ｔｈ−１７ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎｓ，Ｍｅｒｃｋ ＆ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ（１９７２，１９７７，１９８２，１９８７，１９９２，１９９９），Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ Ｈａｎｄｂｏｏｋ，Ｗｅｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｐｐｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｌａｎｇｅ，Ｓｔａｍｆｏｌｄ，Ｃｏｎｎ．（１９９８，２０００）、これらの各々は引用によって完全に組み入れられている。
【０１０３】
また本発明は、限定されるものではないが、白血病、急性白血病、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、Ｂ細胞、Ｔ細胞またはＦＡＢ ＡＬＬ、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＬ）、慢性骨髄球性白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、毛様細胞性白血病、脊髄異形成症候群（ＭＤＳ）、リンパ腫、ホジキン病、悪性リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、多発性骨髄腫、カポジ肉腫、結腸直腸がん腫、膵臓がん腫、鼻咽喉がん、悪性組織球増殖症、腫瘍随伴性症候群／悪性の高カルシウム血症、固形腫瘍、腺がん、肉腫、悪性黒色腫、血管腫、転移疾患、がん関連骨吸収、がん関連骨痛など：の少なくとも１つを含む、細胞、組織、器官、動物または患者における少なくとも１種の悪性疾患を調節または処置する方法を提供する。
【０１０４】
乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性を特徴とする障害は、さらに、本開示のいずれかの場所に記述される。
【０１０５】
１．予防的方法
１つの態様では、本発明は、ポリペプチドの発現または少なくとも１つの活性を調節する薬剤を被験者に投与することによって、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性に関連する疾病または症状を、被験者において少なくとも実質的に予防する方法を提供する。乾癬関連遺伝子産物の異常な発現または活性によって惹起されるか、またはそれに寄与される疾病の危険にある被験者は、例えば、本明細書に記述されるような診断または予後アッセイのいずれかまたは組み合わせによって同定することができる。予防的薬剤の投与は、疾病または障害が予防されるか、さもなくば、進行において遅延されるように、異常性の特徴をもつ症候の出現前に実施できる。異常性のタイプに応じて、例えば、アゴニストまたはアンタゴニストが被験者を処置するために使用することができる。適当な薬剤は、本明細書に記述されるスクリーニングアッセイに基づいて決定できる。
【０１０６】
２．治療的方法
本発明のその他の態様は、治療目的のための乾癬関連遺伝子または遺伝子産物の発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節的方法は、ポリペプチドの１つ以上の活性を調節する薬剤と細胞を接触させることを伴う。活性を調節する薬剤は、核酸またはタンパク質、ポリペプチドの天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ペプチド擬似体、または他の低分子のような、本明細書に記述されるような薬剤であってもよい。１つの実施態様では、薬剤は、ポリペプチドの１つ以上の生物学的活性を刺激する。その他の実施態様では、薬剤は、乾癬関連遺伝子または遺伝子産物ポリペプチドの１つ以上の生物学的活性を抑制する。そのような抑制薬剤の例は、アンチセンス核酸分子および抗体および本明細書に記述される他の方法を含む。これらの調節的方法は、インビトロで（例えば、細胞を薬剤とともに培養することによって）、あるいはまた、インビボで（例えば、被験者に薬剤を投与することによって）実施されてもよい。それ自体、本発明は、乾癬関連遺伝子産物ポリペプチドの異常な発現または活性を特徴とする疾病または障害に苦しんでいる個人を処置する方法を提供する。１つの実施態様では、本方法は、発現または活性を調節する（例えば、上方調節するか、または下方調節する）薬剤（例えば、本明細書に記述されるスクリーニングアッセイによって同定される薬剤）、または薬剤の組み合わせ物を投与することを伴う。活性の抑制は、活性または発現が異常に高いか上方調節されているか、そして／または活性の減少が有利な効果をもつように見える状況において望ましい。
【０１０７】
一般的な用語において本発明を記述したが、本発明の実施態様は、次の実施例においてさらに開示することができ、これは請求の範囲を限定するものと解釈されてはならない。
【実施例】
【０１０８】
例１：核酸マイクロアレイの使用によるサンプル分析
研究（プロトコールＣ０３７９Ｔ０２）計画は、中度〜重度の尋常性乾癬を有する被験者におけるＩＬ−１２に対するヒトモノクローナル抗体（ＣＮＴＯ１２７５）の単回皮下投与の安全性および薬理作用の評価に関する第１相、二重盲検、偽薬制御研究であった。この研究は、Ｆｌｏｒｉｄａ、Ｎｅｗ ＪｅｒｓｅｙおよびＰｅｎｓｙｌｖａｎｉａにおける多数のセンターにおいて実施された。２１人の被験者が、３部位にわたる４種の順次増加する用量コホート（０．３ｍｇ／ｋｇ、０．７５ｍｇ／ｋｇ、１．５ｍｇ／ｋｇまたは３．０ｍｇ／ｋｇ）の１つ内の活性または偽薬処置に対して無作為化された。各被験者は単回皮下注射を受け、そして研究薬剤の投与後少なくとも８時間、診療所に留められた。被験者は２４週間にわたって定期的な追跡訪問のために戻り、かつ被験者は少なくとも４週の追跡をもつ必要があった。被験者は、試験薬剤投与前の４週を含む２６週までの間参加した。＞３％の体表面積（ＢＳＡ）を伴う中度〜重度の斑乾癬を有し、そして一般に良好な健康状態にある被験者（１８〜６５歳）が研究に対して承認された。
【０１０９】
皮膚生検サンプルは、処置前２４時間（基線）および処置後１週に試行被験者から採取された。十分な真皮およびＳＣ組織を含む体幹または四肢（ｅｘｔｒｅｍｉｔｙ）に局在する代表的な生検標的病巣が、生検分析のために使用されるよう研究者によって同定された。６ｍｍパンチ生検が、基線および試験薬剤投与後１週目に得られた。０日目および１週目の両方に２人の無応答者からの４サンプルが存在した。これらのサンプルは分析から排除された。下記のデータは、抗ＩＬ−１２ｐ４０による処置後に乾癬症状における改善を示した患者からのサンプルに基づく。
【０１１０】
総ＲＮＡがＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用してこれらの皮膚生検から単離された。ＲＮＡ品質はＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓｏｕｔｈ Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ）を使用して評価された。ＩＭＡＧＥコンソーシアムおよびＩｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｅｓ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）から収集された８１６０の独特ヒトｃＤＮＡクローンを含有する高品質のＲＮＡのみがマイクロアレイ分析のために使用された。ＲＮＡ増幅、プローブ合成および標識化、ｃＤＮＡチップ・ハイブリダイゼーションおよび洗浄は、既に記述されているように実施された（Ｓａｌｕｎｇａ，ｅｔ ａｌ．１９９９．Ｉｎ：Ｍ．Ｓｃｈｅｎａ（Ｅｄ．），ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，ｐｐ．１２１−１３７）。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｉｍａｇｅ Ｓｃａｎｎｅｒが使用されて、ｃＤＮＡチップ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を走査した。アレイの各フィーチュアについての蛍光強度は、ＩｍａＧｅｎｅソフトウェア（ＢｉｏＤｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ｌｏｓ Ａｎｇｅｌｅｓ，ＣＡ）を使用して得られた。
【０１１１】
表１に示されるように、５処置群（偽薬、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．７５ｍｇ／ｋｇ、１．５ｍｇ／ｋｇおよび３．０ｍｇ／ｋｇ）およびこれらの群からの２時点（基線および１週目）からの２４サンプルの全てが分析された。
【０１１２】
【表１】
【０１１３】
データ処理および分析
ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇＴＭソフトウェアバージョン６．０（Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｒｅｄｗｏｏｄ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して、各フィーチュアの平均強度が、さらに全サンプルにわたって正規化された。チップ毎（ｃｈｉｐ−ｔｏ−ｃｈｉｐ）の正規化は、チップの中央値強度によって各クローンの平均強度を割ることによって実施された。次いで、各クローンの強度が、対照群におけるそのクローンの中央値強度に対して正規化された。この研究における基線値は、処置前の全０日目サンプルの平均であった。各投薬群（それのみが２サンプルを有する１．５ｍｇ／ｋｇを除いて）内の抗ＩＬ−１２ｐ４０処置群ｖｓ．偽薬の統計学的比較は、ｌｏｇ２変換正規化強度において一元ＡＮＯＶＡ（ｐ＜０．０５）によって実施された。
【０１１４】
続いて、また統計学的二組の解析は０．０５のｐ値を使用した。これらのパラメーターは、３５０〜４００個の遺伝子が可能性のある遺伝子の領域（ｕｎｉｖｅｒｓｅ）から偶然に同定できる可能性をもたらす。しかしながら、同定された遺伝子は、それらの発現パターンが臨床的応答と一致するので、本疾病に確かに関係していると考えられる；すなわち、前処置サンプルでは比較的一定であり、処置後に下方調節され、そして最後に、多くは、既知の免疫応答遺伝子、例えば、ＩＬ１Ｆ５、ＩＬ１Ｆ９、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ８であり、そして既に炎症症状に関与していた。かくして、それらは、真の乾癬関連遺伝子のバイオマーカーであると信じられる。
【０１１５】
マイクロアレイの結果
表２Ａ−Ｆは、少なくとも１つの投薬群比較において統計学的検定による有意な変化を示し、そして第２の投薬群比較において少なくとも１．４倍の変化を示した２６個の遺伝子を列挙している。列挙された２６個の遺伝子は、６つの機能的部類に細別される乾癬関連遺伝子のパネルを表し、これは、乾癬の消散および正常な皮膚構造と機能への改善の指標となる発現の調節を受ける。１週目に同定された遺伝子のみが報告される；同じ規準に合致するが０日目のサンプルからの遺伝子は排除された。
【０１１６】
【表２】
【０１１７】
【表３】
【０１１８】
【表４】
【０１１９】
【表５】
【０１２０】
【表６】
【０１２１】
【表７】
【０１２２】
サイトカインおよびケモカイン
多くのＴｈ１サイトカイン、例えばＴＮＦ−αおよびＴＮＦ−γは、乾癬病巣皮膚（２，３）において上方調節されることが知られているけれども、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置は、３種のあまり知られていないＩＬ−１ファミリーメンバー：ＩＬ１Ｆ５（ＩＬ−１δ）およびＩＬ１Ｆ９（ＩＬ−１ ）、およびＩＬ１ＲＮ（ＩＬ１Ｆ５に対して高度に相同であるＩＬ−１受容体アンタゴニスト）を、１週目に選択的に下方調節した。これらのＩＬ−１サイトカインのすべては、乾癬皮膚において実質的に上方調節されると報告されている（Ｄｅｂｅｔｓ，ｅｔ ａｌ．２００１．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６７（３）１４４０−６；Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ，Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２００３．１３（１）６９−７８）が、本発明は、それらが、目に見える臨床的改善前の数週に、治療の結果として下方調節されたサイトカインの第１波の中にあることを示した。ＩＬ１Ｆ５およびＩＬ１Ｆ９が、好ましくは上皮細胞において、特にケラチン細胞によって発現されることが知られている事実は、これらの２種のサイトカインが、乾癬病因において、より長い、かつより特異的な役割を演じるであろうことを示している。
【０１２３】
同様に、乾癬病巣において過発現されることが見出だされた多くのケモカイン（Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ，２００３，前出）の中で、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置は、ＩＬ−８およびＣＸＣＬ１（ＧＲＯ１）、共に好中球の潜在的化学誘引物質（ｃｈｅｍｏｔｒａｃｔａｎｔ）を選択的に下方調節した。好中球ケモカインの過剰生産および好中球浸潤の結果は、乾癬の分子的および細胞的品質証明であるので、有効な処置は、これらのケモカインの生産を低下させるであろうと期待される。驚くべきことに、マクロファージケモカインＣＣＬ３はまた、抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節された。乾癬におけるＣＣＬ３の関与は報告されていないが、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）（Ｈａｔａｎｏ，ｅｔ ａｌ．，１９９９．Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ，１１７（２）．２３７−４３）、乾癬による多くの臨床的特徴を共有する疾病をもつ患者のＰＢＭＣでは、上方調節されることが見出だされた。
【０１２４】
炎症性メディエーターとしての皮膚プロテアーゼおよびプロテアーゼ阻害剤
若干のセリンプロテアーゼおよびそれらの阻害剤は、乾癬に関連していることが報告された。本発明者らは、これらの遺伝子群の下方調節を観察した。例えば、セリンプロテアーゼのカリクレイン（ＫＬＫ）ファミリーの２つのメンバー、ＫＬＫ６およびＫＬＫ１３は、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節された。ＫＬＫは、染色体１９ｑ１３上の１５個の遺伝子のクラスターによってコードされ、これは、ケラチン細胞の角質細胞への最終分化までの分化に関与している（Ｌｕ，ｅｔ ａｌ．，２００５．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１２４（４）．７７８−８５）。少なくとも若干のＫＬＫは、セリンプロテイナーゼ阻害剤（ＳＥＲＰＩＮ）ファミリーのメンバーによって負に調節される。興味あることには、４種のＳＥＲＰＩＮメンバー、ＳＥＲＰＩＮのＳＥＲＰＩＮＢ３、Ｂ４、Ｂ５およびＢ１３は抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節された。総括すると、ＫＬＫ−ＳＥＲＰＩＮネットワークは、乾癬の病因に密接に関与している。
【０１２５】
皮膚プロテアーゼのその他の例は、組織プラスミノーゲンアクチベーター（ＰＬＡＴ）であり、これは、乾癬表皮、創傷修復中の表皮、および培養におけるケラチン細胞に共通するマーカーであった（Ｊｅｎｓｅｎ，ＰＪ ｅｔ ａｌ．，１９９０．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ９５（５）．１３Ｓ−１４Ｓ）。ＰＬＡＴは抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節された。
【０１２６】
皮膚特異的プロテアーゼ阻害剤のその他の例は、ＰＩ３、または皮膚由来のプロテアーゼ阻害剤３、またはエラフィン（ｅｌａｆｉｎ）前駆体である。ＰＩ３は、正常な皮膚において不在であるが、乾癬のような炎症を起こした皮膚のケラチン細胞において高く誘導される上皮の宿主防御タンパク質である（Ｐｏｌ Ａ，ｅｔ ａｌ．，２００３．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １２０（２）．３０１−７）。ＰＩ３発現が、血清またはＴＮＦ−αによって誘導することができ、そしてレチノイド、ジトラノール（ｄｉｔｈｒａｎｏｌ）およびｐ３８ＭＡＰキナーゼ阻害剤によって抑制されることが知られた。本発明は、その発現がまた、抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節することができることを開示する。
【０１２７】
抗ＩＬ−１２ｐ４０処置の結果として上方調節された遺伝子の中で、もっとも一貫したものはブレオマイシンヒドロラーゼ（ＢＬＭＨ）である。それは細胞質システインペプチダーゼである。この遺伝子の多形性は、神経変性疾患、注目すべきはアルツハイマー病に関連していた（Ｍｏｎｔｏｙａ，ＳＥ ｅｔ ａｌ．，１９９８．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １８（３）．２１１−２）。乾癬におけるＢＬＭＨの役割はまだ報告されていない。
【０１２８】
構造および接着分子
乾癬病巣の除去は、多くの構造変化を伴い、そして事実、真皮および表皮成分に組み込まれる分子の多くの遺伝子改変体（ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ）が検出された。例えば、ＧＪＢ２（Ｃｏｎｎｅｘｉｎ２６）、ケラチン細胞分化の両前期および後期における間隙接合成分が、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節された。ＧＪＢ２は、乾癬斑の末梢における基底層と顆粒層および完全に発達した乾癬表皮の全層のケラチン細胞の間に一貫して検出された。しかしながら、乾癬表皮の両対照および非病巣領域では、従来は、ＧＪＢ２が全くないか、またはその最少量が観察されただけであった（Ｌａｂａｒｔｈｅ，ＭＰ ｅｔ ａｌ．，１９９８．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １１１（１）．７２−６）。
【０１２９】
乾癬病巣におけるケラチン細胞の異常分化によって、早期分化マーカー、例えばプロリン富有タンパク質（ＳＰＲＲ１Ａ）が過発現されるが、一方、後期分化マーカー、例えばｌｏｉｃｒｉｎ（ＬＯＲ）は廃止される（Ｉｉｚｕｋａ，Ｈ ｅｔ ａｌ．，２００４．Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ３１（４）．２７１−６）。この傾向の逆は、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置後のわずか１週目に、臨床的改善の強い指示が検出された。
【０１３０】
臨床的消散の最良の既知の、かつ可能ならばもっとも信頼できるマーカーの１つは、ｋｅｒａｔｉｎ１６（ＫＲＴ１６）における減少であった（Ｈｏｌｌａｎｄ，ＤＢ ｅｔ ａｌ．，１９８９．Ｂｒ Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １２０（１）．９−１９）。両ＫＲＴ１６およびｋｅｒａｔｉｎ１４は、抗ＩＬ−１２ｐ４０による処置の早期段階において抑制されることが検出された。
【０１３１】
免疫メディエーターとしての脂質代謝タンパク質
アネキシンＩ（リポコルチン（ｌｉｐｏｃｏｒｔｉｎ）Ｉ）は、表皮ケラチン細胞の分化および増殖の調節に関与し、そして正常な表皮におけるよりも乾癬表皮において高い発現を有するカルシウム−およびリン脂質−結合性タンパク質であり（Ｉｉｚｕｋａ，Ｈ．２００４，前出）、抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節されることが検出された。
【０１３２】
抗ＩＬ−１２ｐ４０によって下方調節されることが検出されたその他の重要な免疫メディエーターは、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ｌｉｐｏｃａｌｉｎ）（ＮＧＡＬ、リポカリン−２、ＬＣＮ２）である。ＬＣＮ２タンパク質は、小さい親油性物質、例えば細菌由来のリポ多糖（ＬＰＳ）およびホルミルペプチドを結合すると考えられ、そして炎症のモジュレーターとして機能するであろう（Ｆｌｏ，ＴＨＳ ｅｔ ａｌ．，２００４．Ｎａｔｕｒｅ ４３２：９１７−９２１）。さらに、ＬＣＮはまた、ヒト皮膚において異常調節されたケラチン細胞分化のマーカーである（Ｍａｌｌｂｒｉｓ，Ｌ ｅｔ ａｌ．，２００２．Ｅｘｐ Ｄｅｒｍａｔｏｌ １１（６）。５８４−９１）。
【０１３３】
乾癬関連脂肪酸結合性タンパク質（ＦＡＢＰ５またはＰＡ−ＦＡＢＰ）は、乾癬皮膚において高度に上方調節される（Ｍａｄｓｅｎ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，１９９２．Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ９９（３）２９９−３０５）が、抗ＩＬ−１２ｐ４０処置によって下方調節される、その他のマーカーである。局所的ステロイドによる病巣乾癬皮膚の処置では、ＰＩ３およびＦＡＢＰ５の発現パターンにおける変化は、乾癬病巣の退行中の既知の細胞の生物学的事象と一致する様式で変化することが既に報告されていた（Ｋｕｉｊｐｅｒｓ，ＡＩ ｅｔ ａｌ．，１９９７．Ａｃｔａ Ｄｅｒｍ Ｖｅｎｅｒｅｏｌ ７７（１）．１４−９）。
【０１３４】
ＲＴ−ＰＣＲにより検出される遺伝子発現変化
マイクロアレイ分析後に残された限られたＲＮＡサンプルを用いて、Ｔａｑｍａｎ分析が、表２における数種の遺伝子について実施された。容量５０ｕｌにおける総ＲＮＡ１μｇが、ＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅ逆転写酵素の存在下でｃＤＮＡに変換された。反応は、２５℃で１０分間、続いて４８℃で３０分間インキュベートすることによって実施された。逆転写酵素は５分間９５℃で失活された。１反応当たりｃＤＮＡ２０ｎｇが、ＡＢＩ ７９００システム（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を用いるリアルタイムＰＣＲにおいて使用された。ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＤＮＡポリメラーゼ（ＡＢＩ ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）の存在下で、反応液は５０℃で２分間、続いて９５℃で１０分間インキュベートされた。次いで、反応は、１サイクル当たり１５秒、９５℃および１分、６０℃での４０サイクルを行った。
【０１３５】
ハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨ（グリセルアルヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ）が使用されて遺伝子発現を正規化した。
【０１３６】
図１Ａ−Ｄは、Ｔａｑｍａｎによって検出されたＢＬＭＨ（Ａ）、ＩＬ１Ｆ５（Ｂ）、ＩＬ−８（Ｃ）およびＰＬＡＴ（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示すが、これは、一般に、マイクロアレイ分析を使用して計算されたこれらの特異的遺伝子の相対的発現において観察される変化を確認する。
【０１３７】
例２：第２の乾癬コホートのＴａｑｍａｎ分析
研究（Ｃ０３７９Ｔ０４）は、中度〜重度の乾癬を有する被験者におけるＣＮＴＯ１２７５の皮下（ＳＣ）投与による単回および多回用量療法の、第ＩＩ相、無作為化、二重盲検、偽薬制御の並行研究であった。ＣＮＴＯ１２７５は、ヒトＩＬ−１２およびＩＬ−２３のｐ４０サブユニットに特異的な完全ヒトモノクローナル抗体である。この研究は、下記のようにＣＮＴＯ１２７５または偽薬の皮下（ＳＣ）投与の単回および多回用量を受けた５群の被験者からなる：
群Ｉ： １日目（０週目）にＣＮＴＯ１２７５ ４５ｍｇおよび
１、２および３週目に偽薬
群ＩＩ： １日目（０週目）にＣＮＴＯ１２７５ ９０ｍｇおよび
１、２および３週目に偽薬
群ＩＩＩ：１日目（０週目）および１、２および３週目にＣＮＴＯ１２７５ ４５ｍｇ
群ＩＶ： １日目（０週目）および１、２および３週目にＣＮＴＯ１２７５ ９０ｍｇ
群Ｖ： １日目（０週目）および１、２および３週目に偽薬
【０１３８】
十分な真皮およびＳＣ組織を含む体幹または四肢に局在する代表的な生検標的病巣が、生検分析のために研究者によって同定された。４ｍｍパンチ生検が、基線および研究薬剤の投与後１２週目に、予め同定された病巣から得られた。総ＲＮＡがＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して生検サンプルから得られた。ＲＮＡ品質は、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００ ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用して評価された。全部で、３９種のＲＮＡサンプル（表３に列挙される）がＤＮＡマイクロアレイのために使用された。
【０１３９】
【表８】
【０１４０】
総ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用してこれらの皮膚生検から得られた。ＩＭＡＧＥコンソーシアムおよびＩｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｅｓ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）から収集された８１６０の独特ヒトｃＤＮＡクローンを含有する高品質のＲＮＡのみがマイクロアレイ分析のために使用された。ＲＮＡ増幅、プローブ合成および標識化、ｃＤＮＡチップ・ハイブリダイゼーションおよび洗浄は、既に記述されているように実施された（Ｓａｌｕｎｇａ，ｅｔ ａｌ．１９９９．Ｉｎ：Ｍ．Ｓｃｈｅｎａ（Ｅｄ．），ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，ｐｐ．１２１−１３７）。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｉｍａｇｅ Ｓｃａｎｎｅｒが使用されて、ｃＤＮＡチップ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を走査した。アレイの各フィーチュアについての蛍光強度は、ＩｍａＧｅｎｅソフトウェア（ＢｉｏＤｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ｌｏｓ Ａｎｇｅｌｅｓ，ＣＡ）を使用して得られた。
【０１４１】
ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇＴＭソフトウェアバージョン６．０（Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｒｅｄｗｏｏｄ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を使用して、各フィーチュアの平均強度が、さらに全サンプルをとおして正規化された。チップ毎の正規化は、チップの中央値強度によって各クローンの平均強度を割ることによって実施された。次いで、各クローンの強度が、対照群におけるそのクローンの中央値強度に対して正規化された。この研究における基線値は、処置前の全０日のサンプルの平均であった。各投薬群内の抗ＩＬ−１２ｐ４０処置群ｖｓ．偽薬の統計学的比較は、ｌｏｇ２変換正規化強度における一元ＡＮＯＶＡ（ｐ＜０．０５）によって実施された。
【０１４２】
続いて、また統計学的二組の解析は０．０５のｐ値を使用した。これらのパラメーターは、３５０〜４００個の遺伝子が可能性のある遺伝子の領域（ｕｎｉｖｅｒｓｅ）から偶然に同定できる可能性をもたらす。しかしながら、同定された遺伝子は、それらの発現パターンが臨床的応答と一致するので、本疾病に確かに関係していると考えられる；すなわち、前処置サンプルでは比較的一定であり、処置後に下方調節され、そして最後に、多くは、既知の免疫応答遺伝子、例えば、ＰＢＥＦ、Ｓ１００Ａ１１およびＩＬ４Ｒであり、そして既に炎症症状に関与していた。かくして、それらは、真の乾癬関連遺伝子のバイオマーカーであると信じられる。
【０１４３】
マイクロアレイの結果
表４Ａ−Ｆは、少なくとも１つの投薬群比較において統計学的検定による有意な変化を示し、そして第２の投薬群比較において少なくとも１．５倍の変化を示した１０個の遺伝子を列挙している。列挙された１０個の遺伝子は、５つの機能的部類に細別される、乾癬関連遺伝子のパネルを表し、これは、乾癬の消散および正常な皮膚構造と機能への改善の指標となる発現の調節を受ける。１２週目に同定された遺伝子のみが報告される；同じ規準に合致するが０日目のサンプルからの遺伝子は排除された。
【０１４４】
【表９】
【０１４５】
【表１０】
【０１４６】
【表１１】
【０１４７】
【表１２】
【０１４８】
【表１３】
【０１４９】
ＲＴ−ＰＣＲにより検出される遺伝子発現の変化
マイクロアレイ分析後に残されたＲＮＡサンプルにおいて、Ｔａｑｍａｎ分析が、表４における数個の遺伝子について実施された。容量５０ｕｌにおける総ＲＮＡの１μｇが、ＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅ逆転写酵素の存在下でｃＤＮＡに変換された。反応は、２５℃で１０分間、続いて４８℃で３０分間インキュベートすることによって実施された。逆転写酵素は５分間９５℃で失活された。１反応当たりｃＤＮＡ２０ｎｇが、ＡＢＩ ７９００システム（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を用いるリアルタイムＰＣＲにおいて使用された。ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＤＮＡポリメラーゼ（ＡＢＩ ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）の存在下で、反応液は５０℃で２分間、続いて９５℃で１０分間インキュベートされた。次いで、反応は、１サイクル当たり１５秒、９５℃および１分、６０℃の４０サイクルを行った。
【０１５０】
ハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨ（グリセルアルヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ）が使用されて遺伝子発現を正規化した。
【０１５１】
図２Ａ−Ｄは、Ｔａｑｍａｎによって検出されたＳＥＲＰＩＮＢ３（Ａ）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（Ｂ）、ＧＪＢ２（Ｃ）およびＩＬ１Ｆ９（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示すが、これは、一般に、マイクロアレイ分析を使用して計算されたこれらの特異的遺伝子の相対的発現において観察された変化を確認する。
【０１５２】
データの総括
総括すると、乾癬の処置についての好ましい結果の指標となる潜在性分子バイオマーカーのパネルが、それらが調節される方向とともに同定された。このパネルにおける遺伝子の発現における変化は、臨床的に測定可能なパラメーター、例えばＰＡＳＩスコア（乾癬領域および重篤度指標）の改善が達成され、そして／または検出できる前に現れるので、このバイオマーカーのパネルは、臨床的な発展を導く際に特に有用である。かくして、３６個の同定された遺伝子は、いずれかの乾癬治療剤、例えばＣＮＴＯ１２７５の効力をモニターし、そして投薬療法を導く価値ある情報を提供するツールとして使用することができる乾癬関連遺伝子パネルを提供する。
【０１５３】
本明細書において乾癬関連遺伝子として同定された遺伝子のパネルは、乾癬、皮膚および炎症への関連性を例証した。本分析によって例証されるように、全体としてそのパネルは、皮膚病巣の併発（ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ）と重篤度における改善をもたらす乾癬の処置の効力を計るためのフィンガープリントを提供する。乾癬関連遺伝子パネルのメンバーである多数の遺伝子は、乾癬皮膚において異常に発現されることが既に示されていた。例えば、ＩＬ１Ｆ５、ＩＬ１Ｆ９およびＩＬ１ＲＮのレベルの増大は、乾癬皮膚において実質的に上方調節されると報告された。本研究は、ＩＬ１Ｆ５、ＩＬ１Ｆ９およびＩＬ１ＲＮが、この障害において炎症状態を維持する重要なサイトカインである証拠を提供する。ＩＬ−８およびＰＩ３のような他の遺伝子は他の炎症性疾患に共通している。かくして、総括すれば、このパネルにおける遺伝子をモニターすることは、薬物候補を評価する方法を提供し、そして今までのところ、これらの遺伝子の発現の調節は、乾癬療法の臨床結果を予測する。
【０１５４】
ある特定の実施態様に関して、先に具体的に説明され、記述されたけれども、本発明は、示された詳細な記述に限定されることを決して意図していない。むしろ、本発明は、乾癬関連遺伝子および遺伝子産物に対向される。本明細書に開示されるポリヌクレオチド、抗体、装置およびキット、およびそれらの使用、ならびに乾癬関連バイオマーカー遺伝子のレベルを制御する方法、および種々の改変物は、本発明の等価物の範囲内で、かつ本発明の精神から逸脱することなく詳細に作成されてもよい。
【図面の簡単な説明】
【０１５５】
【図１Ａ−Ｄ】定量的ＲＴ−ＰＣＲ法によって検出されるパネルメンバーＢＬＭＨ（Ａ）、ＩＬ１Ｆ５（Ｂ）、ＩＬ−８（Ｃ）およびＰＬＡＴ（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示す。
【図２Ａ−Ｄ】定量的ＲＴ−ＰＣＲ法によって検出されるパネルメンバーＳＥＲＰＩＮＢ３（Ａ）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（Ｂ）、ＧＪＢ２（Ｃ）およびＩＬ１Ｆ９（Ｄ）の遺伝子発現パターンを示す。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）被験者から得られた標本から核酸のサンプルを調製し；
ｂ）そのサンプルを、遺伝子１〜３６からなる群からの少なくとも２種のメンバーからなる核酸セグメントのパネルと接触させて、パネルセグメントのレベルを検出し；
ｃ）サンプルを対照標準に対して評価して、サンプル中に存在する少なくとも２種のメンバーの量における変化の大きさを決定し；そして
ｄ）その変化の大きさを皮膚関連障害の存在または消散と相関させる：
ことを含む、被験者における皮膚関連障害の予後または診断評価の方法。
【請求項２】
被験者が皮膚関連障害を有する患者であり、そして段階ａ）〜ｄ）が、皮膚関連障害のための療法による患者の処置前、処置中および／または処置後に実施される、請求項１の方法。
【請求項３】
皮膚関連障害が乾癬である、請求項２の方法。
【請求項４】
対照標準が、正常な患者からの皮膚組織、未処置の乾癬患者からの皮膚組織および処置された乾癬患者からの皮膚組織からなる群に由来する、請求項２の方法。
【請求項５】
対照標準が療法による処置前の被験者に由来し、核酸のサンプルが療法による処置後の被験者に由来し、そして相関段階が療法による処置の有効性を評価する、請求項２の方法。
【請求項６】
療法が抗ＩＬ−１２抗体である、請求項２の方法。
【請求項７】
抗ＩＬ−１２抗体がＣＮＴＯ１２７５である、請求項６の方法。
【請求項８】
コレクション（ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）が核酸セグメントのアレイである、請求項１の方法。
【請求項９】
サンプルが、斑乾癬を有することが疑われる患者、承認薬剤による処置を受けている乾癬を有すると診断された患者、および試験薬剤による処置を受けている乾癬を有すると診断された患者からなる群から選ばれる患者の皮膚病巣に由来する、請求項２の方法。
【請求項１０】
サンプルが、療法の投与前のサンプルを提供する患者、皮膚関連障害を有する偽薬処置患者、およびバイオバンクからのサンプルからなる群から選ばれる起源に由来する、請求項２の方法。
【請求項１１】
コレクションからの少なくとも１種の遺伝子が、サイトカイン、ケモカイン、転写因子、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、構造および接着分子、受容体および脂質代謝に関与するタンパク質の遺伝子からなる群から選ばれる、請求項１の方法。
【請求項１２】
サンプルが皮膚生検サンプルを含む、請求項１の方法。
【請求項１３】
サンプルが末梢血液細胞を含む、請求項１の方法。
【請求項１４】
サンプルが、遺伝子１〜３６からなる群からの少なくとも４種のメンバーを含んでなる核酸セグメントのパネルと接触される、請求項１の方法。
【請求項１５】
少なくとも４種の核酸セグメントが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）およびＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）からなる群；ＫＬＫ１０（遺伝子２９）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項１４の方法。
【請求項１６】
少なくとも２種の核酸セグメントの少なくとも１つが、ＣＸＣＬ１（遺伝子５）、ＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）、ＧＪＢ２（遺伝子１６）、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）、ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）、ＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）、ＫＬＫ１０（遺伝子２９）、ＰＢＥＦ（遺伝子２７）、Ｓ１００Ａ１１（遺伝子３５）、ＩＬ４Ｒ（遺伝子３６）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項１の方法。
【請求項１７】
少なくとも２種の遺伝子セグメントが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項１の方法。
【請求項１８】
ａ）患者から得られたサンプルから核酸のサンプルを調製し；
ｂ）そのサンプルを、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）、ＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）、ＧＪＢ２（遺伝子１６）、ＰＢＥＦ（遺伝子２７）、Ｓ１００Ａ１１（遺伝子３５）およびＩＬ４Ｒ（遺伝子３６）からなる群からの少なくとも１種のメンバーからなる核酸セグメントのパネルと接触させて、パネルセグメントの存在を検出し；
ｃ）サンプルを対照標準に対して評価して、サンプル中に存在する少なくとも１種のメンバーの量の発現レベルにおける変化および／または変化の大きさを決定し；そして
ｄ）発現レベルのその変化および／または大きさを、皮膚関連障害の存在または消散と相関させる：
ことを含む、被験者における皮膚関連障害の予後または診断評価の方法。
【請求項１９】
ａ）患者から得られた標本から核酸の混合物を調製し；
ｂ）該標本核酸を検出可能なマーカーにより標識してサンプルを形成し；
ｃ）そのサンプルを、多数の核酸セグメントを含んでなるアレイと接触させ、ここで、各核酸セグメントは、遺伝子１〜３６からなる皮膚関連遺伝子パネルの少なくとも２種のメンバーがアドレスによってアレイのフィーチュアとして同定される、アレイの基板表面上の別々の既知のアドレスに固定化され、ここで、さらに該アレイが基板上の既知アドレスにおける少なくとも１種の校正核酸を含み；
ｄ）核酸セグメントへの標本核酸の結合の程度を決定し；そして
ｅ）予後または診断評価を可能にするために、対照標準に対する結合の程度を比較する：
ことを含む、患者における皮膚関連障害の予後または診断評価のためのアレイに基づく試験方法。
【請求項２０】
療法による処置の効果を評価するために、療法により処置された皮膚関連障害患者からの標本核酸の対照標準に対する統計学的比較を実施する段階をさらに含む、請求項１９の方法。
【請求項２１】
皮膚関連障害が乾癬であり、そして皮膚関連遺伝子パネルが乾癬関連遺伝子パネルである、請求項２０の方法。
【請求項２２】
療法が抗ＩＬ−１２抗体である、請求項２１の方法。
【請求項２３】
抗ＩＬ−１２抗体がＣＮＴＯ１２７５である、請求項２２の方法。
【請求項２４】
標本が、斑乾癬を有することが疑われる患者、処置を受けていない乾癬を有すると診断された患者、および療法による処置を受けている乾癬を有すると診断された患者の群から選ばれる患者の皮膚病巣に由来する、請求項２０の方法。
【請求項２５】
標本が、療法の投与前の標本を提供する患者、偽薬により処置された類似の疾病または症状を有する患者、およびバイオバンクからのサンプルからなる群から選ばれる起源に由来する、請求項２０の方法。
【請求項２６】
遺伝子パネルのメンバーが、サイトカイン、ケモカイン、転写因子、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、構造および接着分子、受容体、および脂質代謝に関与するタンパク質の遺伝子からなる群から選ばれる、請求項２０の方法。
【請求項２７】
標本が皮膚生検サンプルを含む、請求項２０の方法。
【請求項２８】
標本が末梢血液細胞を含む、請求項２０の方法。
【請求項２９】
結合の程度を比較する段階が、乾癬関連遺伝子パネルのアレイのフィーチュア強度変化の類似性のストリンジェント試験をさらに含む、請求項２１の方法。
【請求項３０】
遺伝子１〜３６の１つのヌクレオチド配列に相補的な少なくとも１５のヌクレオチドを含んでなるオリゴヌクレオチド、遺伝子１〜３６の１つの少なくとも１部分によってコードされたポリペプチド、および遺伝子１〜３６の１つの少なくとも１部分によってコードされたポリペプチドに対するリガンドからなる群から選ばれる少なくとも２種のメンバーを含む、皮膚関連障害に対する細胞または被験者の応答性を試験するための試薬。
【請求項３１】
皮膚関連障害が乾癬である、請求項３０の試薬。
【請求項３２】
サンプルを請求項３０の試薬と接触させることを含む、患者サンプルにおける皮膚関連障害に対する応答性を試験する方法。
【請求項３３】
試験がＲＴ−ＰＣＲによって実施される、請求項３２の方法。
【請求項３４】
試験がＥＬＩＳＡによって実施される、請求項３２の方法。
【請求項３５】
ａ）皮膚関連障害について処置されている患者からのサンプルを請求項３０の試薬と接触させ；
ｂ）少なくとも２種のメンバーのレベルを測定し；
ｃ）そのレベルを対照標準と比較し；そして
ｄ）少なくとも２種のメンバーのレベルを療法の有効性と相関させる：
ことを含む、皮膚関連障害のための療法の有効性を試験する方法。
【請求項３６】
皮膚関連障害が乾癬である、請求項３５の方法。
【請求項３７】
療法が、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３または両者のアンタゴニストを含む、請求項３５の方法。
【請求項３８】
アンタゴニストがＩＬ−１２およびＩＬ−２３に対する抗体である、請求項３７の方法。
【請求項３９】
ＩＬ−１２およびＩＬ−２３に対する抗体がＣＮＴＯ１２７５である、請求項３８の方法。
【請求項４０】
対照標準が、正常な患者からの皮膚組織、未処置の乾癬患者からの皮膚組織および処置された乾癬患者からの皮膚組織からなる群に由来する、請求項３５の方法。
【請求項４１】
少なくとも２種のメンバーが、サイトカイン、ケモカイン、転写因子、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、構造および接着分子、受容体、および脂質代謝に関与するタンパク質の遺伝子からなる群から選ばれる、請求項３５の方法。
【請求項４２】
サンプルが皮膚生検サンプルを含む、請求項３５の方法。
【請求項４３】
サンプルが末梢血液細胞を含む、請求項３５の方法。
【請求項４４】
サンプルが、遺伝子１〜３６からなる群からの少なくとも４種のメンバーを含んでなる核酸セグメントのパネルと接触される、請求項３５の方法。
【請求項４５】
少なくとも４種の核酸セグメントが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）およびＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）からなる群；ＫＬＫ１０（遺伝子２９）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項４４の方法。
【請求項４６】
少なくとも２種のメンバーの少なくとも１つが、ＣＸＣＬ１（遺伝子５）、ＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）、ＧＪＢ２（遺伝子１６）、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）、ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）、ＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）、ＫＬＫ１０（遺伝子２９）、ＰＢＥＦ（遺伝子２７）、Ｓ１００Ａ１１（遺伝子３５）、ＩＬ４Ｒ（遺伝子３６）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項３５の方法。
【請求項４７】
少なくとも２種のメンバーが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項３５の方法。
【請求項４８】
遺伝子１〜３６からなる群から選ばれる遺伝子の少なくとも１種の少なくとも１５の連続するヌクレオチドを含んでなる配列に相補的なポリヌクレオチド配列を含む、乾癬のための治療薬剤。
【請求項４９】
ポリヌクレオチド配列がアンチセンスＤＮＡである、請求項４８の治療薬剤。
【請求項５０】
マーカー遺伝子のヌクレオチド配列またはその相補的鎖を含むポリヌクレオチドに相補的な少なくとも１５のヌクレオチドを含んでなるオリゴヌクレオチドおよびマーカー遺伝子を発現する細胞を含み、ここで、マーカー遺伝子が遺伝子１〜３６からなる群から選ばれる、予後または診断的使用のためのキット。
【請求項５１】
キットが、マーカー遺伝子によってコードされたアミノ酸配列を含んでなるペプチドを認識する抗体およびマーカー遺伝子を発現する細胞を含み、ここで、マーカー遺伝子が遺伝子１〜３６からなる群から選ばれる、乾癬のための治療薬剤のスクリーニングのためのキット。
【請求項５２】
本明細書に記述されるすべての発明。
【請求項１】
ａ）被験者から得られた標本から核酸のサンプルを調製し；
ｂ）そのサンプルを、遺伝子１〜３６からなる群からの少なくとも２種のメンバーからなる核酸セグメントのパネルと接触させて、パネルセグメントのレベルを検出し；
ｃ）サンプルを対照標準に対して評価して、サンプル中に存在する少なくとも２種のメンバーの量における変化の大きさを決定し；そして
ｄ）その変化の大きさを皮膚関連障害の存在または消散と相関させる：
ことを含む、被験者における皮膚関連障害の予後または診断評価の方法。
【請求項２】
被験者が皮膚関連障害を有する患者であり、そして段階ａ）〜ｄ）が、皮膚関連障害のための療法による患者の処置前、処置中および／または処置後に実施される、請求項１の方法。
【請求項３】
皮膚関連障害が乾癬である、請求項２の方法。
【請求項４】
対照標準が、正常な患者からの皮膚組織、未処置の乾癬患者からの皮膚組織および処置された乾癬患者からの皮膚組織からなる群に由来する、請求項２の方法。
【請求項５】
対照標準が療法による処置前の被験者に由来し、核酸のサンプルが療法による処置後の被験者に由来し、そして相関段階が療法による処置の有効性を評価する、請求項２の方法。
【請求項６】
療法が抗ＩＬ−１２抗体である、請求項２の方法。
【請求項７】
抗ＩＬ−１２抗体がＣＮＴＯ１２７５である、請求項６の方法。
【請求項８】
コレクション（ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）が核酸セグメントのアレイである、請求項１の方法。
【請求項９】
サンプルが、斑乾癬を有することが疑われる患者、承認薬剤による処置を受けている乾癬を有すると診断された患者、および試験薬剤による処置を受けている乾癬を有すると診断された患者からなる群から選ばれる患者の皮膚病巣に由来する、請求項２の方法。
【請求項１０】
サンプルが、療法の投与前のサンプルを提供する患者、皮膚関連障害を有する偽薬処置患者、およびバイオバンクからのサンプルからなる群から選ばれる起源に由来する、請求項２の方法。
【請求項１１】
コレクションからの少なくとも１種の遺伝子が、サイトカイン、ケモカイン、転写因子、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、構造および接着分子、受容体および脂質代謝に関与するタンパク質の遺伝子からなる群から選ばれる、請求項１の方法。
【請求項１２】
サンプルが皮膚生検サンプルを含む、請求項１の方法。
【請求項１３】
サンプルが末梢血液細胞を含む、請求項１の方法。
【請求項１４】
サンプルが、遺伝子１〜３６からなる群からの少なくとも４種のメンバーを含んでなる核酸セグメントのパネルと接触される、請求項１の方法。
【請求項１５】
少なくとも４種の核酸セグメントが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）およびＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）からなる群；ＫＬＫ１０（遺伝子２９）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項１４の方法。
【請求項１６】
少なくとも２種の核酸セグメントの少なくとも１つが、ＣＸＣＬ１（遺伝子５）、ＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）、ＧＪＢ２（遺伝子１６）、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）、ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）、ＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）、ＫＬＫ１０（遺伝子２９）、ＰＢＥＦ（遺伝子２７）、Ｓ１００Ａ１１（遺伝子３５）、ＩＬ４Ｒ（遺伝子３６）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項１の方法。
【請求項１７】
少なくとも２種の遺伝子セグメントが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項１の方法。
【請求項１８】
ａ）患者から得られたサンプルから核酸のサンプルを調製し；
ｂ）そのサンプルを、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）、ＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）、ＧＪＢ２（遺伝子１６）、ＰＢＥＦ（遺伝子２７）、Ｓ１００Ａ１１（遺伝子３５）およびＩＬ４Ｒ（遺伝子３６）からなる群からの少なくとも１種のメンバーからなる核酸セグメントのパネルと接触させて、パネルセグメントの存在を検出し；
ｃ）サンプルを対照標準に対して評価して、サンプル中に存在する少なくとも１種のメンバーの量の発現レベルにおける変化および／または変化の大きさを決定し；そして
ｄ）発現レベルのその変化および／または大きさを、皮膚関連障害の存在または消散と相関させる：
ことを含む、被験者における皮膚関連障害の予後または診断評価の方法。
【請求項１９】
ａ）患者から得られた標本から核酸の混合物を調製し；
ｂ）該標本核酸を検出可能なマーカーにより標識してサンプルを形成し；
ｃ）そのサンプルを、多数の核酸セグメントを含んでなるアレイと接触させ、ここで、各核酸セグメントは、遺伝子１〜３６からなる皮膚関連遺伝子パネルの少なくとも２種のメンバーがアドレスによってアレイのフィーチュアとして同定される、アレイの基板表面上の別々の既知のアドレスに固定化され、ここで、さらに該アレイが基板上の既知アドレスにおける少なくとも１種の校正核酸を含み；
ｄ）核酸セグメントへの標本核酸の結合の程度を決定し；そして
ｅ）予後または診断評価を可能にするために、対照標準に対する結合の程度を比較する：
ことを含む、患者における皮膚関連障害の予後または診断評価のためのアレイに基づく試験方法。
【請求項２０】
療法による処置の効果を評価するために、療法により処置された皮膚関連障害患者からの標本核酸の対照標準に対する統計学的比較を実施する段階をさらに含む、請求項１９の方法。
【請求項２１】
皮膚関連障害が乾癬であり、そして皮膚関連遺伝子パネルが乾癬関連遺伝子パネルである、請求項２０の方法。
【請求項２２】
療法が抗ＩＬ−１２抗体である、請求項２１の方法。
【請求項２３】
抗ＩＬ−１２抗体がＣＮＴＯ１２７５である、請求項２２の方法。
【請求項２４】
標本が、斑乾癬を有することが疑われる患者、処置を受けていない乾癬を有すると診断された患者、および療法による処置を受けている乾癬を有すると診断された患者の群から選ばれる患者の皮膚病巣に由来する、請求項２０の方法。
【請求項２５】
標本が、療法の投与前の標本を提供する患者、偽薬により処置された類似の疾病または症状を有する患者、およびバイオバンクからのサンプルからなる群から選ばれる起源に由来する、請求項２０の方法。
【請求項２６】
遺伝子パネルのメンバーが、サイトカイン、ケモカイン、転写因子、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、構造および接着分子、受容体、および脂質代謝に関与するタンパク質の遺伝子からなる群から選ばれる、請求項２０の方法。
【請求項２７】
標本が皮膚生検サンプルを含む、請求項２０の方法。
【請求項２８】
標本が末梢血液細胞を含む、請求項２０の方法。
【請求項２９】
結合の程度を比較する段階が、乾癬関連遺伝子パネルのアレイのフィーチュア強度変化の類似性のストリンジェント試験をさらに含む、請求項２１の方法。
【請求項３０】
遺伝子１〜３６の１つのヌクレオチド配列に相補的な少なくとも１５のヌクレオチドを含んでなるオリゴヌクレオチド、遺伝子１〜３６の１つの少なくとも１部分によってコードされたポリペプチド、および遺伝子１〜３６の１つの少なくとも１部分によってコードされたポリペプチドに対するリガンドからなる群から選ばれる少なくとも２種のメンバーを含む、皮膚関連障害に対する細胞または被験者の応答性を試験するための試薬。
【請求項３１】
皮膚関連障害が乾癬である、請求項３０の試薬。
【請求項３２】
サンプルを請求項３０の試薬と接触させることを含む、患者サンプルにおける皮膚関連障害に対する応答性を試験する方法。
【請求項３３】
試験がＲＴ−ＰＣＲによって実施される、請求項３２の方法。
【請求項３４】
試験がＥＬＩＳＡによって実施される、請求項３２の方法。
【請求項３５】
ａ）皮膚関連障害について処置されている患者からのサンプルを請求項３０の試薬と接触させ；
ｂ）少なくとも２種のメンバーのレベルを測定し；
ｃ）そのレベルを対照標準と比較し；そして
ｄ）少なくとも２種のメンバーのレベルを療法の有効性と相関させる：
ことを含む、皮膚関連障害のための療法の有効性を試験する方法。
【請求項３６】
皮膚関連障害が乾癬である、請求項３５の方法。
【請求項３７】
療法が、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３または両者のアンタゴニストを含む、請求項３５の方法。
【請求項３８】
アンタゴニストがＩＬ−１２およびＩＬ−２３に対する抗体である、請求項３７の方法。
【請求項３９】
ＩＬ−１２およびＩＬ−２３に対する抗体がＣＮＴＯ１２７５である、請求項３８の方法。
【請求項４０】
対照標準が、正常な患者からの皮膚組織、未処置の乾癬患者からの皮膚組織および処置された乾癬患者からの皮膚組織からなる群に由来する、請求項３５の方法。
【請求項４１】
少なくとも２種のメンバーが、サイトカイン、ケモカイン、転写因子、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、構造および接着分子、受容体、および脂質代謝に関与するタンパク質の遺伝子からなる群から選ばれる、請求項３５の方法。
【請求項４２】
サンプルが皮膚生検サンプルを含む、請求項３５の方法。
【請求項４３】
サンプルが末梢血液細胞を含む、請求項３５の方法。
【請求項４４】
サンプルが、遺伝子１〜３６からなる群からの少なくとも４種のメンバーを含んでなる核酸セグメントのパネルと接触される、請求項３５の方法。
【請求項４５】
少なくとも４種の核酸セグメントが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）およびＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）からなる群；ＫＬＫ１０（遺伝子２９）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項４４の方法。
【請求項４６】
少なくとも２種のメンバーの少なくとも１つが、ＣＸＣＬ１（遺伝子５）、ＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）、ＧＪＢ２（遺伝子１６）、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）、ＳＥＲＰＩＮＢ３（遺伝子１１）、ＳＥＲＰＩＮＢ４（遺伝子１０）、ＳＥＲＰＩＮＢ１３（遺伝子１３）、ＫＬＫ１０（遺伝子２９）、ＰＢＥＦ（遺伝子２７）、Ｓ１００Ａ１１（遺伝子３５）、ＩＬ４Ｒ（遺伝子３６）およびＫＬＫ１３（遺伝子８）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項３５の方法。
【請求項４７】
少なくとも２種のメンバーが、ＩＬ１Ｆ５（遺伝子１）、ＩＬ１Ｆ９（遺伝子２）およびＰＢＥＦ（遺伝子２７）からなる群；およびＣＣＬ３（遺伝子６）、ＢＬＭＨ（遺伝子７）およびＧＪＢ２（遺伝子１６）からなる群、を代表するか、または、から選ばれる、請求項３５の方法。
【請求項４８】
遺伝子１〜３６からなる群から選ばれる遺伝子の少なくとも１種の少なくとも１５の連続するヌクレオチドを含んでなる配列に相補的なポリヌクレオチド配列を含む、乾癬のための治療薬剤。
【請求項４９】
ポリヌクレオチド配列がアンチセンスＤＮＡである、請求項４８の治療薬剤。
【請求項５０】
マーカー遺伝子のヌクレオチド配列またはその相補的鎖を含むポリヌクレオチドに相補的な少なくとも１５のヌクレオチドを含んでなるオリゴヌクレオチドおよびマーカー遺伝子を発現する細胞を含み、ここで、マーカー遺伝子が遺伝子１〜３６からなる群から選ばれる、予後または診断的使用のためのキット。
【請求項５１】
キットが、マーカー遺伝子によってコードされたアミノ酸配列を含んでなるペプチドを認識する抗体およびマーカー遺伝子を発現する細胞を含み、ここで、マーカー遺伝子が遺伝子１〜３６からなる群から選ばれる、乾癬のための治療薬剤のスクリーニングのためのキット。
【請求項５２】
本明細書に記述されるすべての発明。
【図１Ａ−Ｄ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【公表番号】特表２００９−５２１９３３（Ｐ２００９−５２１９３３Ａ）
【公表日】平成２１年６月１１日（２００９．６．１１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５４８８５０（Ｐ２００８−５４８８５０）
【出願日】平成１８年１２月２８日（２００６．１２．２８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０６２６７０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０７６５２３
【国際公開日】平成１９年７月５日（２００７．７．５）
【出願人】（５０３０５４１２２）セントカー・インコーポレーテツド (74)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年６月１１日（２００９．６．１１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年１２月２８日（２００６．１２．２８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０６２６７０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０７６５２３
【国際公開日】平成１９年７月５日（２００７．７．５）
【出願人】（５０３０５４１２２）セントカー・インコーポレーテツド (74)
【Ｆターム（参考）】
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