【課題】多数の予選択遺伝子の発現をモニタリングする方法を提供すること。
【解決手段】２つ又はそれ以上の核酸試料間の核酸レベルの差異の確認方法であって、（ａ）表面に付加されたプローブオリゴヌクレオチドを包含する１つ又はそれ以上のオリゴヌクレオチドアレイを提供し；（ｂ）上記核酸試料を上記の１つ又はそれ以上のアレイとハイブリダイズして、上記核酸試料中の核酸と上記の核酸又はその部分列と相補的である上記の１つ又はそれ以上のアレイ中のプローブオリゴヌクレオチドとの間にハイブリッド二重鎖を形成し；（ｃ）上記の１つ又はそれ以上のアレイを核酸リガーゼと接触させ；そして（ｄ）ハイブリダイゼーションの上記差異が上記核酸レベルの差異を示す上記核酸試料間のハイブリダイゼーションの差異を確定する；工程を含んで成る方法。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程：
（ａ）核酸を提供し；
（ｂ）上記核酸を増幅してアンプリコンを形成し；
（ｃ）上記のアンプリコンを断片化して上記アンプリコンの断片を形成し；そして
（ｄ）標識部分を少なくとも１つの上記断片と結合させる；
を含んで成る核酸の標識方法。
【請求項２】
以下の工程：
（ａ）核酸を提供し；
（ｂ）上記核酸を転写して転写核酸を形成し；
（ｃ）上記転写核酸を断片化して上記転写核酸の断片を形成し；そして
（ｄ）標識部分を少なくとも１つの上記の断片と結合させる；
を含んで成る核酸の標識方法。
【請求項３】
以下の工程：
（ａ）支持体と結合する少なくとも１つの核酸を提供し；
（ｂ）上記核酸にターミナルトランスフェラーゼで結合され得る標識部分を提供し；
（ｃ）上記ターミナルトランスフェラーゼを提供し；そして
（ｄ）上記ターミナルトランスフェラーゼを用いて上記標識部分を上記核酸と結合させる；
を含んで成る核酸の標識方法。
【請求項４】
以下の工程：
（ａ）支持体と結合する少なくとも２つの核酸を提供し；
（ｂ）上記核酸のモノマー単位の数を増大して上記の少なくとも２つの核酸上に共通核酸尾部を形成し；
（ｃ）上記共通核酸尾部を認識し得る標識部分を提供し；そして
（ｄ）上記の共通核酸尾部及び上記の標識部分を接触させる；
を含んで成る核酸の標識方法。
【請求項５】
以下の工程：
（ａ）支持体と結合する少なくとも１つの核酸を提供し；
（ｂ）上記核酸にリガーゼを用いて結合され得る標識部分を提供し；
（ｃ）上記リガーゼを提供し；そして
（ｄ）上記標識部分をリガーゼを用いて上記核酸部分に結合させる；
を含んで成る核酸の標識方法。
【請求項６】
次式：
【化１】

（式中、Ｒ１は水素、ヒドロキシル、リン酸結合又はリン酸基であり；
Ｒ２は水素又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は水素、ヒドロキシル、リン酸結合又はリン酸基であり；そして Ｒ４は結合標識化部分である）
を有する化合物。
【請求項７】
次式：
【化２】

（式中、Ｒ１は水素、ヒドロキシル、リン酸結合又はリン酸基であり；
Ｒ２は水素又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は水素、ヒドロキシル、リン酸結合又はリン酸基であり；そして
Ｒ４は結合標識化部分である）
を有する化合物。

【図１】

【図２−１】

【図２−２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０−１】

【図１０−２】

【図１１】

【図１２】

【図１３−１】

【図１３−２】

【図１３−３】

【図１４−１】

【図１４−２】

【図１５−１】

【図１５−２】

【図１６−１】

【図１６−２】

【図１６−３】

【図１７−１】

【図１７−２】

【図１７−３】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３−１】

【図２３−２】

【図２３−３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【公開番号】特開２００６−１９１９３２（Ｐ２００６−１９１９３２Ａ）
【公開日】平成１８年７月２７日（２００６．７．２７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−３５８７３（Ｐ２００６−３５８７３）
【出願日】平成１８年２月１３日（２００６．２．１３）
【分割の表示】特願平９−５２７１２２の分割
【原出願日】平成９年１月２２日（１９９７．１．２２）
【出願人】（３９９１２５７５７）アフィメトリックス　インコーポレイテッド (17)
【Ｆターム（参考）】