説明

活性型プロテインCの投与に対する応答及び死のリスクが予測されるSERPINE1の多型

【課題】
【解決手段】 SERPINE1及び/又はPROC(単独又は組合せ)の多型に基づいて、炎症症状を処置する及び対象者の結果を予測する方法、オリゴヌクレオチドアレイ等を提供する(ここで、該処置方法は、抗炎症剤又は抗血液凝固剤を対象者に投与すること、前記対象者は、改善応答遺伝子型又はその組合せを有すると決定されることを含む)。


Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298

【特許請求の範囲】
【請求項1】
処置(ないしは、治療)を必要とする対象者の炎症状態を処置する方法であって、
該方法は、対象者に抗炎症剤又は抗[血液]凝固剤を投与することを含み、
前記対象者は、以下の部位:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位に応答改善遺伝子型(improved response genotype)を有すると決定されること
を特徴とする方法。
【請求項2】
抗炎症剤又は抗凝固剤による炎症状態の処置を行う対象者を選択する方法であって、
以下の部位:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位に応答改善遺伝子型を有する対象者を同定するステップを含み、
応答改善遺伝子型を有する対象者の同定は、抗炎症剤又は抗凝固剤による炎症状態の処置に対する増大した応答性が予測されること
を特徴とする方法。
【請求項3】
rs2069912、又はそれと連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項1又は2に記載の方法。
【請求項4】
炎症状態の処置のための薬剤の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、
処置される対象者は、以下:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択される応答改善遺伝子型を有すると決定されること
を特徴とする使用。
【請求項5】
対象者の部分集合(subset)における炎症状態の処置のための薬剤の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、
対象者の部分集合は、rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位において応答改善遺伝子型を有すること
を特徴とする使用。
【請求項6】
rs2069912、又はそれと連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項4又は5に記載の使用。
【請求項7】
対象者リスクの評価として、対象者のアパッチ2スコア(APACHE II score)を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項1〜6のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項8】
対象者リスクの評価として、対象者の器官系不全(organ system failures)の数(ないしは、不全になった器官の数)を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項1〜6のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項9】
対象者のアパッチ2スコアは、25以上である場合に増大したリスク(increased risk)を示すこと
を特徴とする請求項7に記載の方法又は使用。
【請求項10】
2以上の器官系不全(ないしは、不全になった器官の数が2つ以上あること)は、増大した対象者リスクを示すこと
を特徴とする請求項8に記載の方法又は使用。
【請求項11】
炎症状態は、敗血症(sepsisないしはsepticemia)、肺炎、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群 (systemic inflammatory response syndrome:SIRS)、急性呼吸窮迫症候群 (acute respiratory distress syndrome:ARDS)、急性肺損傷(ないしは、急性肺障害:acute lung injury)、嚥下性肺臓炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症疾患、虚血、器官又は組織の虚血−再灌流障害、病気による組織ダメージ、化学療法又は放射線療法による組織ダメージ、そして摂食、吸入、注入、注射及び送達物質に対する応答、糸球体腎炎、腸の感染症、易感染症(opportunistic infection)、そして大手術又は透析を行う対象者の、免疫無防備状態の対象者、免疫抑制剤を使用中の対象者、HIV/AIDSを有する対象者、心内膜炎の疑いがある対象者、発熱がある対象者、原因不明の発熱がある対象者、嚢胞性線維症の対象者、真性糖尿病(diabetes mellitus)の対象者、慢性腎不全の対象者、急性腎不全の対象者、乏尿、急性腎機能不全の対象者、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(acute tubular necrosis:ATN)、気管支拡張症の対象者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息の対象者、発熱性好中球減少症の対象者、髄膜炎の対象者、化膿性関節炎の対象者、尿路感染症の対象者、壊死性筋膜炎の対象者、他のA群連鎖球菌感染症の疑いがある対象者、脾摘出術を受けたことがある対象者、再発性の腸球菌感染症若しくはその疑いがある対象者、感染症のリスクが高い他の医療及び手術状態、グラム陽性菌性の敗血症、グラム陰性菌性の敗血症、培養陰性(culture negative)の敗血症、真菌性の敗血症(fungal sepsis)、髄膜炎菌血症、ポストポンプ症候群(post-pump syndrome)、心臓気絶症候群(cardiac stun syndrome)、心筋梗塞、脳卒中(ないしは発作:stroke)、鬱血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽(gas gangrene)、トキシックショック症候群、子癇前症、子癇、ヘルプ症候群(HELLP syndrome)、結核(結核菌)(mycobacterial tuberculosis)、ニューモシスチス・カリニ肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ[症](Legionella)、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス[症](Epstein-Barr virus)、脳炎、関節リウマチを含む炎症性症及び自己免疫[病]、骨関節炎、進行性全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植手術、移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、OKT3などの薬剤の毒性、サイトカイン療法及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項1〜10のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項12】
炎症状態は、SIRS;敗血症;重症敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項1〜11のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項13】
応答改善遺伝子型は、以下の応答改善遺伝子型、応答改善遺伝子型の組合せ又は応答混合遺伝子型の組合せ(mixed response genotype combinations):
rs7242 GT;rs7242 TT;rs2070682 CT;rs2070682 TT;rs11178 CT;rs11178 TT;rs2227706 AG;rs2227706 GG;rs2227684AG;rs2227684 GG;rs7242 GT/rs2069912 CC;rs7242 GT/rs2069912 CT;rs7242 GT/rs2069912 TT;rs7242 GG/rs2069912 CC;rs7242 TT/rs2069912 TT;rs7242 GG/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CT;rs2070682 CT/rs2069912 TT;rs2070682 CC/rs2069912 CC;rs2070682 CC/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 TT;rs2070682 TT/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CT;rs11178 CT/rs2069912 TT;rs11178 CC/rs2069912 CC;rs11178 CC/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 TT;rs11178 TT/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CT;rs2227706 AG/rs2069912 TT;rs2227706 AA/rs2069912 CC;rs2227706 AA/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 TT;rs2227706 GG/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CT;rs2227684 AG/rs2069912 TT;rs2227684 AA/rs2069912 CC;rs2227684 GG/rs2069912 TT;rs2227684 AA/rs2069912 CT;rs2227684 GG/rs2069912 CT及びrs2227684 GG/rs2069912 CCの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項1〜12のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項14】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項1〜13のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項15】
抗炎症剤又は抗凝固剤は、ドロトレコギン アルファ(drotrecogin alfa)(活性型)であること
を特徴とする請求項1〜14のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項16】
処置を必要とする対象者の炎症状態を処置する方法であって、
該方法は、対象者にプロテインC又はプロテインC様化合物を投与することを含み、
前記対象者は、以下の部位:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位に応答改善遺伝子型を有すると決定されていること
を特徴とする方法。
【請求項17】
プロテインCによる処置又はプロテインC様化合物による処置の有効性の蓋然性を増加させる方法であって、
該方法は、炎症状態を処置する投与量のプロテインC又はプロテインC様化合物を対象者に投与することを含み、
前記対象者は、以下の部位:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位に応答改善遺伝子型を有すると決定されていること
を特徴とする方法。
【請求項18】
rs2069912、又はそれと連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項16又は17に記載の方法。
【請求項19】
炎症状態は、SIRS;重症敗血症;敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項16〜18のいずれか1つに記載の方法。
【請求項20】
炎症状態は、重症敗血症であること
を特徴とする請求項16〜19のいずれか1つに記載の方法。
【請求項21】
プロテインC又はプロテインC様化合物は、ドロトレコギン アルファ(活性型)であること
を特徴とする請求項16〜20のいずれか1つに記載の方法。
【請求項22】
対象者の応答改善遺伝子型が、rs7242及びrs2069912について決定されていること
を特徴とする請求項16〜21のいずれか1つに記載の方法。
【請求項23】
対象者の応答改善遺伝子型は、以下:rs7242 GT/rs2069912 CC;rs7242 GT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CT及びrs7242 TT/rs2069912 CCから選択されること
を特徴とする請求項22に記載の方法。
【請求項24】
対象者リスクの評価として、対象者のアパッチ2スコアを決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項16〜23のいずれか1つに記載の方法。
【請求項25】
対象者のアパッチ2スコアは、25以上である場合に増大したリスクを示すこと
を特徴とする請求項24に記載の方法。
【請求項26】
対象者の炎症状態の治療又は予防処置のために、活性医薬成分として、プロテインC又はプロテインC様化合物と、その使用のための指示(instructions)説明書とを含む市販のパッケージであって、
処置される対象者は、以下:rs7242; rs2070682; rs11178; rs2227706及びrs2227684、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択される応答改善遺伝子型を有すること
を特徴とする市販のパッケージ。
【請求項27】
処置される対象者は、rs2069912、又はそれと連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位においても応答改善遺伝子型を有すること
を特徴とする請求項26に記載の市販のパッケージ。
【請求項28】
処置を必要とする対象者の炎症状態を処置する方法であって、
該方法は、対象者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、
前記対象者は、以下の部位:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せにおいて重大逆作用の減少した遺伝子型(reduced serious adverse event genotype)を有すると決定されていること
を特徴とする方法。
【請求項29】
抗炎症剤又は抗凝固剤による炎症状態の処置を行う対象者を選択する方法であって、
以下の部位:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せにおいて、重大逆作用の減少した遺伝子型を有する対象者を同定するステップを含み、
重大逆作用の減少した遺伝子型を有する対象者の同定は、抗炎症剤又は抗凝固剤による炎症状態の処置に対する増大した応答性が予測されること
を特徴とする方法。
【請求項30】
炎症状態の処置のための薬剤の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、
処置される対象者は、以下:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せから選択される重大逆作用の減少した遺伝子型を有すること
を特徴とする使用。
【請求項31】
対象者の部分集合(subset)における炎症状態の処置のための薬剤の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、
対象者の部分集合は、rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せにおいて重大逆作用の減少した遺伝子型を有すること
を特徴とする使用。
【請求項32】
対象者リスクの評価として、対象者のアパッチ2スコアを決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項28〜31のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項33】
対象者リスクの評価として、対象者の器官系不全の数を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項28〜32のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項34】
対象者のアパッチ2スコアは、25以上である場合に増大したリスクを示すこと
を特徴とする請求項32に記載の方法又は使用。
【請求項35】
2以上の器官系不全は、増大した対象者リスクを示すこと
を特徴とする請求項33に記載の方法又は使用。
【請求項36】
炎症状態は、敗血症(sepsisないしはsepticemia)、肺炎、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群 (SIRS)、急性呼吸窮迫症候群 (ARDS)、急性肺損傷、嚥下性肺臓炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症疾患、虚血、器官又は組織の虚血−再灌流障害、病気による組織ダメージ、化学療法又は放射線療法による組織ダメージ、そして摂食、吸入、注入、注射及び送達物質に対する応答、糸球体腎炎、腸の感染症、易感染症、そして大手術又は透析を行う対象者の、免疫無防備状態の対象者、免疫抑制剤を使用中の対象者、HIV/AIDSを有する対象者、心内膜炎の疑いがある対象者、発熱がある対象者、原因不明の発熱がある対象者、嚢胞性線維症の対象者、真性糖尿病の対象者、慢性腎不全の対象者、急性腎不全の対象者、乏尿、急性腎機能不全の対象者、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)、気管支拡張症の対象者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息の対象者、発熱性好中球減少症の対象者、髄膜炎の対象者、化膿性関節炎の対象者、尿路感染症の対象者、壊死性筋膜炎の対象者、他のA群連鎖球菌感染症の疑いがある対象者、脾摘出術を受けたことがある対象者、再発性の腸球菌感染症若しくはその疑いがある対象者、感染症のリスクが高い他の医療及び手術状態、グラム陽性菌性の敗血症、グラム陰性菌性の敗血症、培養陰性の敗血症、真菌性の敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ症候群、心臓気絶症候群、心筋梗塞、脳卒中(ないしは発作)、鬱血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇前症、子癇、ヘルプ症候群、結核(結核菌)、、ニューモシスチス・カリニ肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ[症]、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス[症]、脳炎、関節リウマチを含む炎症性症及び自己免疫[病]、骨関節炎、進行性全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植手術、移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、OKT3などの薬剤の毒性、サイトカイン療法及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項28〜25のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項37】
炎症状態は、SIRS;敗血症;重症敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項28〜36のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項38】
重大逆作用の減少した遺伝子型は、以下の応答改善遺伝子型、応答改善遺伝子型の組合せ又は応答混合遺伝子型の組合せ:
rs7242 GT;rs7242 TT;rs2070682 CT;rs2070682 TT;rs11178 CT;rs11178 TT;rs2227706 AG;rs2227706 GG;rs2227684AG;rs2227684 GG;rs7242 GT/rs2069912 CC;rs7242 GT/rs2069912 CT;rs7242 GT/rs2069912 TT;rs7242 GG/rs2069912 CC;rs7242 TT/rs2069912 TT;rs7242 GG/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CT;rs2070682 CT/rs2069912 TT;rs2070682 CC/rs2069912 CC;rs2070682 CC/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 TT;rs2070682 TT/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CT;rs11178 CT/rs2069912 TT;rs11178 CC/rs2069912 CC;rs11178 CC/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 TT;rs11178 TT/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CT;rs2227706 AG/rs2069912 TT;rs2227706 AA/rs2069912 CC;rs2227706 AA/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 TT;rs2227706 GG/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CT;rs2227684 AG/rs2069912 TT;rs2227684 AA/rs2069912 CC;rs2227684 GG/rs2069912 TT;rs2227684 AA/rs2069912 CT;rs2227684 GG/rs2069912 CT及びrs2227684 GG/rs2069912 CCの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項28〜37のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項39】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項28〜38のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項40】
抗炎症剤又は抗凝固剤は、ドロトレコギン アルファ(活性型)であること
を特徴とする請求項28〜39のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項41】
重大逆作用遺伝子型(serious adverse event genotype(s))を一つ以上有する対象者を同定する方法であって、
該方法は、一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することを含み、
前記遺伝子型は、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与に対して重大な逆作用を有する対象者の増大した蓋然性を示し、
多型部位は、以下:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せ(1つ以上)から選択されること
を特徴とする方法。
【請求項42】
重大逆作用遺伝子型は、以下:rs2069912 TT; rs7242 GG; rs2070682 CC; rs11178 CC; rs2227706 AA; rs2227684AAの一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せ(1つ以上)から選択されること
を特徴とする請求項41に記載の方法。
【請求項43】
前記重大逆作用遺伝子型の組合せは、以下:rs7242 GG/rs2069912 TT;rs2070682 CC/rs2069912 TT;rs11178 CC/rs2069912 TT;rs2227706 AA/rs2069912 TT;rs2227684 AA/rs2069912 TTの一つ以上、及びそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項41又は42に記載の方法。
【請求項44】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項42又は43に記載の方法。
【請求項45】
対象者のための多型配列情報(polymorphism sequence information)を得ることをさらに含むこと
を特徴とする請求項42〜44のいずれか1つに記載の方法。
【請求項46】
遺伝子型は、対象者からの核酸サンプルを使用して決定されること
を特徴とする請求項42〜45のいずれか1つに記載の方法。
【請求項47】
対象者からの核酸サンプルを得ることをさらに含むこと
を特徴とする請求項46に記載の方法。
【請求項48】
前記遺伝子型は、以下の技術(a)−(p):
(a) 制限断片長解析(restriction fragment length analysis);
(b) シーケンシング;
(c) マイクロ‐シーケンシングアッセイ;
(d) ハイブリダイゼーション;
(e) インベーダーアッセイ(invader assay);
(f) ジーンチップハイブリダイゼーションアッセイ;
(g) オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ;
(h) ライゲーションローリングサークル増幅;
(i) 5´ヌクレアーゼアッセイ;
(j) ポリメラーゼプルーフリーディング方法;
(k) 対立遺伝子特異的PCR
(l) マトリックス支援レーザー脱離イオン化法(飛行時間型)(matrix assisted laser desorption ionization time of flight:MALDI-TOF)質量分析法;
(m) リガーゼ連鎖反応アッセイ;
(n) 酵素増幅型電気的形質導入(enzyme-amplified electronic transduction);
(o) 一塩基対伸長アッセイ(single base pair extension assay);及び
(p) 配列データを読むこと
の一つ以上を使用して決定されること
を特徴とする請求項42〜47のいずれか1つに記載の方法。
【請求項49】
対象者は、炎症状態を重篤に罹患している(critically ill with an inflammatory condition)こと
を特徴とする請求項42〜48のいずれか1つに記載の方法。
【請求項50】
炎症状態は、敗血症(sepsisないしはsepticemia)、肺炎、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群 (SIRS)、急性呼吸窮迫症候群 (ARDS)、急性肺損傷、嚥下性肺臓炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症疾患、虚血、器官又は組織の虚血−再灌流障害、病気による組織ダメージ、化学療法又は放射線療法による組織ダメージ、そして摂食、吸入、注入、注射及び送達物質に対する応答、糸球体腎炎、腸の感染症、易感染症、そして大手術又は透析を行う対象者の、免疫無防備状態の対象者、免疫抑制剤を使用中の対象者、HIV/AIDSを有する対象者、心内膜炎の疑いがある対象者、発熱がある対象者、原因不明の発熱がある対象者、嚢胞性線維症の対象者、真性糖尿病の対象者、慢性腎不全の対象者、急性腎不全の対象者、乏尿、急性腎機能不全の対象者、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)、気管支拡張症の対象者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息の対象者、発熱性好中球減少症の対象者、髄膜炎の対象者、化膿性関節炎の対象者、尿路感染症の対象者、壊死性筋膜炎の対象者、他のA群連鎖球菌感染症の疑いがある対象者、脾摘出術を受けたことがある対象者、再発性の腸球菌感染症若しくはその疑いがある対象者、感染症のリスクが高い他の医療及び手術状態、グラム陽性菌性の敗血症、グラム陰性菌性の敗血症、培養陰性の敗血症、真菌性の敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ症候群、心臓気絶症候群、心筋梗塞、脳卒中(ないしは発作)、鬱血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇前症、子癇、ヘルプ症候群、結核(結核菌)、ニューモシスチス・カリニ肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ[症]、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス[症]、脳炎、関節リウマチを含む炎症性症及び自己免疫[病]、骨関節炎、進行性全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植手術、移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、OKT3などの薬剤の毒性、サイトカイン療法及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項42〜49のいずれか1つに記載の方法。
【請求項51】
炎症状態は、SIRS;敗血症;重症敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項42〜50のいずれか1つに記載の方法。
【請求項52】
抗炎症剤又は抗凝固剤の選択的な非投与をさらに含み、
対象者は、重大逆作用遺伝子型(1つ以上)又は重大逆作用遺伝子型の組合せの一つ以上を有すること
を特徴とする請求項42〜51のいずれか1つに記載の方法。
【請求項53】
処置を必要とする対象者の炎症状態を処置する方法であって、
該方法は、対象者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与しないことを含み、
前記対象者は、以下の部位:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せにおいて重大逆作用遺伝子型を有すると決定されること
を特徴とする方法。
【請求項54】
抗炎症剤又は抗凝固剤により処置しない炎症状態を有する対象者を選択する方法であって、
以下の部位:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せにおいて重大逆作用遺伝子型を有する対象者を同定するステップを含み、
重大逆作用遺伝子型を有する対象者の同定は、重大な逆結果を有する増大した蓋然性が予測されること
を特徴とする方法。
【請求項55】
炎症状態の処置のための薬剤の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、
処置される対象者は、以下:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せから選択される重大逆作用遺伝子型を有さないこと
を特徴とする使用。
【請求項56】
対象者の部分集合における炎症状態の処置のための薬剤の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、
対象者の部分集合は、rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せにおいて重大逆作用遺伝子型を有さないこと
を特徴とする使用。
【請求項57】
対象者リスクの評価として、対象者のアパッチ2スコアを決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項53〜56のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項58】
対象者リスクの評価として、対象者の器官系不全の数を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項53〜57のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項59】
対象者のアパッチ2スコアは、25以上である場合に増大したリスクを示すこと
を特徴とする請求項57に記載の方法又は使用。
【請求項60】
2以上の器官系不全は、増大した対象者リスクを示すこと
を特徴とする請求項58に記載の方法又は使用。
【請求項61】
炎症状態は、敗血症(sepsisないしはsepticemia)、肺炎、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群 (SIRS)、急性呼吸窮迫症候群 (ARDS)、急性肺損傷、嚥下性肺臓炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症疾患、虚血、器官又は組織の虚血−再灌流障害、病気による組織ダメージ、化学療法又は放射線療法による組織ダメージ、そして摂食、吸入、注入、注射及び送達物質に対する応答、糸球体腎炎、腸の感染症、易感染症、そして大手術又は透析を行う対象者の、免疫無防備状態の対象者、免疫抑制剤を使用中の対象者、HIV/AIDSを有する対象者、心内膜炎の疑いがある対象者、発熱がある対象者、原因不明の発熱がある対象者、嚢胞性線維症の対象者、真性糖尿病の対象者、慢性腎不全の対象者、急性腎不全の対象者、乏尿、急性腎機能不全の対象者、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)、気管支拡張症の対象者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息の対象者、発熱性好中球減少症の対象者、髄膜炎の対象者、化膿性関節炎の対象者、尿路感染症の対象者、壊死性筋膜炎の対象者、他のA群連鎖球菌感染症の疑いがある対象者、脾摘出術を受けたことがある対象者、再発性の腸球菌感染症若しくはその疑いがある対象者、感染症のリスクが高い他の医療及び手術状態、グラム陽性菌性の敗血症、グラム陰性菌性の敗血症、培養陰性の敗血症、真菌性の敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ症候群、心臓気絶症候群、心筋梗塞、脳卒中(ないしは発作)、鬱血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇前症、子癇、ヘルプ症候群、結核(結核菌)、ニューモシスチス・カリニ肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ[症]、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス[症]、脳炎、関節リウマチを含む炎症性症及び自己免疫[病]、骨関節炎、進行性全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植手術、移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、OKT3などの薬剤の毒性、サイトカイン療法及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項53〜60のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項62】
炎症状態は、SIRS;敗血症;重症敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項53〜61のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項63】
重大逆作用遺伝子型は、以下:rs2069912 TT;rs7242 GG;rs2070682 CC;rs11178 CC;rs2227706 AA;rs2227684AA;rs7242 GG/rs2069912 TT;rs2070682 CC/rs2069912 TT;rs11178 CC/rs2069912 TT;rs2227706 AA/rs2069912 TT;rs2227684 AA/rs2069912 TTの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項53〜62のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項64】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項53〜63のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項65】
抗炎症剤又は抗凝固剤は、ドロトレコギン アルファ(活性型)であること
を特徴とする請求項53〜64のいずれか1つに記載の方法又は使用。
【請求項66】
応答改善遺伝子型を一つ以上有する対象者を同定する方法であって、
該方法は、一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することを含み、
前記遺伝子型は、抗炎症剤又は抗凝固剤に対する対象者の応答を示し
多型部位は、以下:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする方法。
【請求項67】
rs2069912、又はそれと連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項66に記載の方法。
【請求項68】
応答改善遺伝子型は、以下:rs7242 GT;rs7242 TT;rs2070682 CT;rs2070682 TT;rs11178 CT;rs11178 TT;rs2227706 AG;rs2227706 GG;rs2227684AG及びrs2227684 GGの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項66に記載の方法。
【請求項69】
応答改善遺伝子型は、以下:rs7242 GT/rs2069912 CC;rs7242 GT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CT;rs2227684 GG/rs2069912 CT及びrs2227684 GG/rs2069912 CCの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項67に記載の方法。
【請求項70】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項67〜69のいずれか1つに記載の方法。
【請求項71】
対象者のための多型配列情報を得ることをさらに含むこと
を特徴とする請求項66〜70のいずれか1つに記載の方法。
【請求項72】
遺伝子型は、対象者からの核酸サンプルを使用して決定されること
を特徴とする請求項66〜71のいずれか1つに記載の方法。
【請求項73】
対象者からの核酸サンプルを得ることをさらに含むこと
を特徴とする請求項72に記載の方法。
【請求項74】
前記遺伝子型は、以下の技術(a)−(p):
(a) 制限断片長解析;
(b) シーケンシング;
(c) マイクロ‐シーケンシング アッセイ;
(d) ハイブリダイゼーション;
(e) インベーダーアッセイ;
(f) ジーンチップハイブリダイゼーションアッセイ;
(g) オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ;
(h) ライゲーションローリングサークル増幅;
(i) 5´ヌクレアーゼアッセイ;
(j) ポリメラーゼプルーフリーディング 方法;
(k) 対立遺伝子特異的PCR
(l) マトリックス支援レーザー脱離イオン化法(飛行時間型)(MALDI-TOF)質量分析法;
(m) リガーゼ連鎖反応アッセイ;
(n) 酵素増幅型電気的形質導入;
(o) 一塩基対伸長アッセイ;及び
(p) 配列データを読むこと
の一つ以上を使用して決定されること
を特徴とする請求項66〜73のいずれか1つに記載の方法。
【請求項75】
対象者は、炎症状態を重篤に罹患していること
を特徴とする請求項66〜74のいずれか1つに記載の方法。
【請求項76】
炎症状態は、敗血症(sepsisないしはsepticemia)、肺炎、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群 (SIRS)、急性呼吸窮迫症候群 (ARDS)、急性肺損傷、嚥下性肺臓炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症疾患、虚血、器官又は組織の虚血−再灌流障害、病気による組織ダメージ、化学療法又は放射線療法による組織ダメージ、そして摂食、吸入、注入、注射及び送達物質に対する応答、糸球体腎炎、腸の感染症、易感染症、そして大手術又は透析を行う対象者の、免疫無防備状態の対象者、免疫抑制剤を使用中の対象者、HIV/AIDSを有する対象者、心内膜炎の疑いがある対象者、発熱がある対象者、原因不明の発熱がある対象者、嚢胞性線維症の対象者、真性糖尿病の対象者、慢性腎不全の対象者、急性腎不全の対象者、乏尿、急性腎機能不全の対象者、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)、気管支拡張症の対象者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息の対象者、発熱性好中球減少症の対象者、髄膜炎の対象者、化膿性関節炎の対象者、尿路感染症の対象者、壊死性筋膜炎の対象者、他のA群連鎖球菌感染症の疑いがある対象者、脾摘出術を受けたことがある対象者、再発性の腸球菌感染症若しくはその疑いがある対象者、感染症のリスクが高い他の医療及び手術状態、グラム陽性菌性の敗血症、グラム陰性菌性の敗血症、培養陰性の敗血症、真菌性の敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ症候群、心臓気絶症候群、心筋梗塞、脳卒中(ないしは発作)、鬱血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇前症、子癇、ヘルプ症候群、結核(結核菌)、ニューモシスチス・カリニ肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ[症]、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス[症]、脳炎、関節リウマチを含む炎症性症及び自己免疫[病]、骨関節炎、進行性全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植手術、移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、OKT3などの薬剤の毒性、サイトカイン療法及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項66〜75のいずれか1つに記載の方法。
【請求項77】
炎症状態は、SIRS;敗血症;重症敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項66〜76のいずれか1つに記載の方法。
【請求項78】
抗炎症剤又は抗凝固剤の選択的な投与をさらに含み、
対象者は、応答改善遺伝子型(1つ以上)又は応答改善遺伝子型の組合せの一つ以上を有すること
を特徴とする請求項66〜77のいずれか1つに記載の方法。
【請求項79】
抗炎症剤又は抗凝固剤を選択的に投与しないことをさらに含み、
対象者は、応答改善遺伝子型(1つ以上)又は応答改善遺伝子型の組合せの一つ以上を有さないこと
を特徴とする請求項66〜78のいずれか1つに記載の方法。
【請求項80】
炎症状態の処置に有用であることが知られた又は疑われた候補薬剤の有効性を決定するための対象者の部分集合を選択する方法であって、
該方法は、以下の多型部位:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位で遺伝子型を決定することを含み、
前記遺伝子型は、候補薬剤に対する対象者の応答を示し、そして
その遺伝子型に基づいて対象者を選別(ないしはソート)すること
を特徴とする方法。
【請求項81】
対象者又は対象者の部分集合に候補薬剤を投与すること、そして
炎症状態から回復する各対象者の能力を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項80に記載の方法。
【請求項82】
対象者の遺伝子型に基づいて、候補薬剤に対する対象者の応答を比較することをさらに含むこと
を特徴とする請求項81に記載の方法。
【請求項83】
リスク遺伝子型を一つ以上有する対象者を同定する方法であって、
該方法は、一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することを含み、
前記遺伝子型は、炎症状態から回復する対象者の能力を示し、
多型部位は、以下:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする方法。
【請求項84】
rs2069912、又はそれと連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することをさらに含むこと
を特徴とする請求項83に記載の方法。
【請求項85】
リスク遺伝子型は、以下:rs7242 GT;rs7242 TT;rs2070682 CT;rs2070682 TT;rs11178 CT;rs11178 TT;rs2227706 AG;rs2227706 GG;rs2227684AG及びrs2227684 GGの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項83に記載の方法。
【請求項86】
リスク遺伝子型は、以下の組合せ:rs7242 GT/rs2069912 CC; rs7242 GT/rs2069912 CT; rs7242 TT/rs2069912 CT; rs7242 TT/rs2069912 CC; rs2070682 CT/rs2069912 CC; rs2070682 CT/rs2069912 CT; rs2070682 TT/rs2069912 CT; rs2070682 TT/rs2069912 CC; rs11178 CT/rs2069912 CC; rs11178 CT/rs2069912 CT; rs11178 TT/rs2069912 CT; rs11178 TT/rs2069912 CC; rs2227706 AG/rs2069912 CC; rs2227706 AG/rs2069912 CT; rs2227706 GG/rs2069912 CT; rs2227706 GG/rs2069912 CC; rs2227684 AG/rs2069912 CC; rs2227684 AG/rs2069912 CT; rs2227684 GG/rs2069912 CT及びrs2227684 GG/rs2069912 CCの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項84に記載の方法。
【請求項87】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項83〜86のいずれか1つに記載の方法。
【請求項88】
重大逆作用の減少した遺伝子型を一つ以上有する対象者を同定する方法であって、
該方法は、一つ以上の多型部位で前記対象者の遺伝子型を決定することを含み、
前記遺伝子型は、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与に対する応答において重大な逆作用を有する対象者の減少した蓋然性を示し、
多型部位は、以下:rs2069912;rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706及びrs2227684の一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せ(1つ以上)から選択されること
を特徴とする方法。
【請求項89】
重大逆作用の減少した遺伝子型は、以下:rs2069912 CT;rs2069912 CC;rs7242 GT;rs7242 TT;rs2070682 CT;rs2070682 TT;rs11178 CT;rs11178 TT;rs2227706 AG;rs2227706 GG;rs2227684AG及びrs2227684 GGの一つ以上、それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位、及びその組合せ(1つ以上)から選択されること
を特徴とする請求項88に記載の方法。
【請求項90】
重大逆作用の減少した遺伝子型の組合せは、以下:rs7242 GT/rs2069912 CC; rs7242 GT/rs2069912 CT; rs7242 TT/rs2069912 CT; rs7242 TT/rs2069912 CC; rs2070682 CT/rs2069912 CC; rs2070682 CT/rs2069912 CT; rs2070682 TT/rs2069912 CT; rs2070682 TT/rs2069912 CC; rs11178 CT/rs2069912 CC; rs11178 CT/rs2069912 CT; rs11178 TT/rs2069912 CT; rs11178 TT/rs2069912 CC; rs2227706 AG/rs2069912 CC; rs2227706 AG/rs2069912 CT; rs2227706 GG/rs2069912 CT; rs2227706 GG/rs2069912 CC; rs2227684 AG/rs2069912 CC; rs2227684 AG/rs2069912 CT; rs2227684 GG/rs2069912 CT及びrs2227684 GG/rs2069912 CCの一つ以上、及びそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項88又は89に記載の方法。
【請求項91】
それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項88〜90のいずれか1つに記載の方法。
【請求項92】
対象者のための多型配列情報を得ることをさらに含むこと
を特徴とする請求項88〜91のいずれか1つに記載の方法。
【請求項93】
遺伝子型は、対象者からの核酸サンプルを使用して決定されること
を特徴とする請求項88〜92のいずれか1つに記載の方法。
【請求項94】
対象者からの核酸サンプルを得ることをさらに含むこと
を特徴とする請求項93に記載の方法。
【請求項95】
前記遺伝子型は、以下の技術(a)−(p):
(a) 制限断片長解析;
(b) シーケンシング;
(c) マイクロ‐シーケンシング アッセイ;
(d) ハイブリダイゼーション;
(e) インベーダーアッセイ;
(f) ジーンチップハイブリダイゼーションアッセイ;
(g) オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ;
(h) ライゲーションローリングサークル増幅;
(i) 5´ヌクレアーゼアッセイ;
(j) ポリメラーゼプルーフリーディング 方法;
(k) 対立遺伝子特異的PCR
(l) マトリックス支援レーザー脱離イオン化法(飛行時間型)(MALDI-TOF)質量分析法;
(m) リガーゼ連鎖反応アッセイ;
(n) 酵素増幅型電気的形質導入;
(o) 一塩基対伸長アッセイ;及び
(p) 配列データを読むこと
の一つ以上を使用して決定されること
を特徴とする請求項88〜94のいずれか1つに記載の方法。
【請求項96】
対象者は、炎症状態を重篤に罹患していること
を特徴とする請求項88〜95のいずれか1つに記載の方法。
【請求項97】
炎症状態は、敗血症(sepsisないしはsepticemia)、肺炎、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群 (SIRS)、急性呼吸窮迫症候群 (ARDS)、急性肺損傷、嚥下性肺臓炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症疾患、虚血、器官又は組織の虚血−再灌流障害、病気による組織ダメージ、化学療法又は放射線療法による組織ダメージ、そして摂食、吸入、注入、注射及び送達物質に対する応答、糸球体腎炎、腸の感染症、易感染症、そして大手術又は透析を行う対象者の、免疫無防備状態の対象者、免疫抑制剤を使用中の対象者、HIV/AIDSを有する対象者、心内膜炎の疑いがある対象者、発熱がある対象者、原因不明の発熱がある対象者、嚢胞性線維症の対象者、真性糖尿病の対象者、慢性腎不全の対象者、急性腎不全の対象者、乏尿、急性腎機能不全の対象者、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)、気管支拡張症の対象者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息の対象者、発熱性好中球減少症の対象者、髄膜炎の対象者、化膿性関節炎の対象者、尿路感染症の対象者、壊死性筋膜炎の対象者、他のA群連鎖球菌感染症の疑いがある対象者、脾摘出術を受けたことがある対象者、再発性の腸球菌感染症若しくはその疑いがある対象者、感染症のリスクが高い他の医療及び手術状態、グラム陽性菌性の敗血症、グラム陰性菌性の敗血症、培養陰性の敗血症、真菌性の敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ症候群、心臓気絶症候群、心筋梗塞、脳卒中(ないしは発作)、鬱血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇前症、子癇、ヘルプ症候群、結核(結核菌)、ニューモシスチス・カリニ肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ[症]、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス[症]、脳炎、関節リウマチを含む炎症性症及び自己免疫[病]、骨関節炎、進行性全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植手術、移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、OKT3などの薬剤の毒性、サイトカイン療法及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項88〜96のいずれか1つに記載の方法。
【請求項98】
炎症状態は、SIRS;敗血症;重症敗血症及び敗血症性ショックから選択されること
を特徴とする請求項88〜97のいずれか1つに記載の方法。
【請求項99】
抗炎症剤又は抗凝固剤の選択的な投与をさらに含み
対象者は、重大逆作用の減少した遺伝子型(1つ以上)又は重大逆作用の減少した遺伝子型の組合せの一つ以上を有すること
を特徴とする請求項88〜98のいずれか1つに記載の方法。
【請求項100】
抗炎症剤又は抗凝固剤を選択的に投与しないことをさらに含み、
対象者は、重大逆作用遺伝子型(1つ以上)又は重大逆作用遺伝子型の組合せの一つ以上を有すること
を特徴とする請求項88〜98のいずれか1つに記載の方法。
【請求項101】
ヒトのターゲットシーケンスに含まれるシーケンス、ターゲットシーケンスの相補的なシーケンス又はターゲットシーケンスのRNA等(RNA equivalent)に特異的にハイブリダイズする約10から約400ヌクレオチドの二つ以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸であって、
オリゴヌクレオチド又はペプチド核酸は、以下の多型部位:rs7242;rs2070682;rs11178;rs2227706;rs2227684及びrs2069912、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されるターゲットシーケンスにおける二つ以上の応答改善遺伝子型の有無を決定することができること
を特徴とするオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項102】
応答改善遺伝子型は、以下:rs7242 GT;rs7242 TT;rs2070682 CT;rs2070682 TT;rs11178 CT;rs11178 TT;rs2227706 AG;rs2227706 GG;rs2227684AG;rs2227684 GG;rs7242 GT/rs2069912 CC;rs7242 GT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CT;rs7242 TT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CC;rs2070682 CT/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 CT;rs2070682 TT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CC;rs11178 CT/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 CT;rs11178 TT/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CC;rs2227706 AG/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 CT;rs2227706 GG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CC;rs2227684 AG/rs2069912 CT;rs2227684 GG/rs2069912 CT及びrs2227684 GG/rs2069912 CCの一つ以上、又はそれ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位から選択されること
を特徴とする請求項101に記載のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項103】
前記それ(ら)と連鎖不平衡にある一つ以上の多型部位は、表1Bにリストされる多型部位の一つ以上から選択されること
を特徴とする請求項101又は102に記載のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項104】
下記の群から選択される二つ以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸:
(a) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号1を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にTを有する配列番号1を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(b) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にTを有する配列番号1を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号1を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(c) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にCを有する配列番号2を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にTを有する配列番号2を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(d) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にTを有する配列番号2を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にCを有する配列番号2を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(e) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号3を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にTを有する配列番号3を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(f) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にTを有する配列番号3を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号3を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(g) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号4を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号4を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(h) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号4を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号4を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(i) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号5を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にTを有する配列番号5を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(j) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にTを有する配列番号5を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号5を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(k) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号6を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にTを有する配列番号6を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(l) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にTを有する配列番号6を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号6を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(m) 高ストリンジェンシー条件下で位置468にGを有する配列番号7を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置468にAを有する配列番号7を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(n) 高ストリンジェンシー条件下で位置468にAを有する配列番号7を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置468にGを有する配列番号7を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(o) 高ストリンジェンシー条件下で位置709にCを有する配列番号8を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置709にTを有する配列番号8を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(p) 高ストリンジェンシー条件下で位置709にTを有する配列番号8を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置709にCを有する配列番号8を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(q) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号9を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にAを有する配列番号9を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(r) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にAを有する配列番号9を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号9を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(s) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にAを有する配列番号10を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号10を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(t) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号10を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にAを有する配列番号10を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(u) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にTを有する配列番号11を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号11を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(v) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号11を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にTを有する配列番号11を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(w) 高ストリンジェンシー条件下で位置256にCを有する配列番号12を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置256にTを有する配列番号12を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(x) 高ストリンジェンシー条件下で位置256にTを有する配列番号12を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置256にCを有する配列番号12を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(y) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にGを有する配列番号13を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にAを有する配列番号13を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(z) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にAを有する配列番号13を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にGを有する配列番号13を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(aa) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にGを有する配列番号14を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にCを有する配列番号14を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(bb) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にCを有する配列番号14を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にGを有する配列番号14を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(cc) 高ストリンジェンシー条件下で位置501にCを有する配列番号15を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置501にTを有する配列番号15を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(dd) 高ストリンジェンシー条件下で位置501にTを有する配列番号15を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置501にCを有する配列番号15を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(ee) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にCを有する配列番号16を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にTを有する配列番号16を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(ff) 高ストリンジェンシー条件下で位置201にTを有する配列番号16を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置201にCを有する配列番号16を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(gg) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号17を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にAを有する配列番号17を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(hh) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にAを有する配列番号17を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号17を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(ii) 高ストリンジェンシー条件下で位置980にGを有する配列番号18を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置980にTを有する配列番号18を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(jj) 高ストリンジェンシー条件下で位置980にTを有する配列番号18を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置980にGを有する配列番号18を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(kk) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号19を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号19を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(ll) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号19を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号19を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(mm) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号20を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にAを有する配列番号20を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(nn) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にAを有する配列番号20を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号20を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(oo) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にAを有する配列番号21を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号21を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(pp) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号21を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にAを有する配列番号21を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(qq) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にAを有する配列番号22を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にGを有する配列番号22を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(rr) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にGを有する配列番号22を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にAを有する配列番号22を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(ss) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にCを有する配列番号23を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にTを有する配列番号23を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(tt) 高ストリンジェンシー条件下で位置301にTを有する配列番号23を含む核酸分子にハイブリダイズするが、位置301にCを有する配列番号23を含む核酸分子にハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(uu) 高ストリンジェンシー条件下で表1Dにリストされる多型から選択される所与の多型の第一の対立遺伝子を含む核酸分子にハイブリダイズすることができるが、高ストリンジェンシー条件下で表1Dにリストされる多型から選択される所与の多型の第二の対立遺伝子を含む核酸分子にハイブリダイズすることができないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;及び
(vv) 高ストリンジェンシー条件下で表1Dにリストされる多型から選択される所与の多型の第二の対立遺伝子を含む核酸分子にハイブリダイズすることができるが、高ストリンジェンシー条件下で表1Dにリストされる多型から選択される所与の多型の第一の対立遺伝子を含む核酸分子にハイブリダイズすることができないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項105】
固体支持体に付加されたオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸のアレイであって、
該アレイは、請求項104に記載の二つ以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸を含むこと
を特徴とするアレイ。
【請求項106】
二つ以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸のアドレッサブル・コレクション(adressable collection)を含む化合物であって、
二つ以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸は、配列番号:1-23に記載の核酸分子、もしくはその相補鎖、断片、変異体(ないしは、バリアント)または類似体(ないしはアナログ)の二つ以上からを本質上構成されること
を特徴とする化合物。
【請求項107】
検出可能な標識;クェンチャ(ないしは消失剤:quencher);モビリティモディファイヤー(mobility modifier);ターゲットシーケンスの5´若しくは3´に位置するか、又はターゲットシーケンスの5´および3´に位置する、連続ないし隣接する(contiguous)非ターゲットシーケンスの一つ以上をさらに含むこと
を特徴とする請求項101〜106のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。

【図1.1.1】
image rotate

【図1.1.2a】
image rotate

【図1.1.2b】
image rotate

【図1.1.2c】
image rotate

【図1.1.2d】
image rotate

【図1.1.2e】
image rotate

【図1.2.1】
image rotate

【図1.2.2】
image rotate

【図2.1.1】
image rotate

【図2.2.1】
image rotate

【図2.3.1】
image rotate

【図3.1.1】
image rotate

【図3.1.2】
image rotate

【図3.1.3】
image rotate

【図3.1.4】
image rotate

【図4.3.3】
image rotate


【公表番号】特表2010−517585(P2010−517585A)
【公表日】平成22年5月27日(2010.5.27)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−549350(P2009−549350)
【出願日】平成20年2月18日(2008.2.18)
【国際出願番号】PCT/CA2008/000305
【国際公開番号】WO2008/098377
【国際公開日】平成20年8月21日(2008.8.21)
【出願人】(503265094)ザ ユニバーシティ オブ ブリティッシュ コロンビア (17)
【出願人】(508223815)シリウス ゲノミクス インク. (2)
【Fターム(参考)】