本発明は、炎症性腸疾患の病理状態に対する遺伝子発現プロファイリングの方法であって、哺乳動物被検者からの試験試料中における一又は複数のＩＢＤマーカーのコントロールに対する発現差を決定し、試験試料中における発現差が、試験試料が得られた哺乳動物被検者におけるＩＢＤを示す方法に関する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳動物被検者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の存在を診断する方法であって、上記被検者から得られた試験試料における配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１９４、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、及び２３０の何れか一に示されたポリペプチドをコードする核酸の発現レベルがコントロールの発現レベルに対して高いことを決定し、上記高い発現レベルが、試験試料が得られた被検者におけるＩＢＤの存在を示す方法。
【請求項２】
哺乳動物被検者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の存在を診断する方法であって、上記被検者から得られた試験試料における配列番号：１０８、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、及び２２８のの何れか一に示されたポリペプチドをコードする核酸の発現レベルがコントロールの発現レベルに対して低いことを決定し、上記低い発現レベルが、試験試料が得られた被検者におけるＩＢＤの存在を示す方法。
【請求項３】
上記哺乳動物被検者がヒト患者である請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
上記発現レベルのエビデンスが遺伝子発現プロファイリング法によって得られる請求項３に記載の方法。
【請求項５】
上記方法がＰＣＲベースの方法である請求項３に記載の方法。
【請求項６】
上記発現レベルが一又は複数の参照遺伝子又はその発現産物の発現レベルに対して正規化される請求項４に記載の方法。
【請求項７】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも二の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項８】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも三の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項９】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも四の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１０】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも五の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１１】
上記ＩＢＤ検出をまとめるレポートを作成する工程を更に含む請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１２】
上記ＩＢＤが潰瘍性大腸炎である請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１３】
上記ＩＢＤがクローン病である請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１４】
上記ＩＢＤが潰瘍性大腸炎及びクローン病である請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１５】
上記試験試料が結腸組織生検由来である請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１６】
上記生検が、 回腸末端、上行結腸、下行結腸、及びＳ状結腸からなる群から選択される組織由来である請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
上記生検が炎症結腸領域由来である請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
上記生検が非炎症結腸領域由来である請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
上記決定工程が、上記哺乳動物被検者におけるＩＢＤの再発を示し、上記哺乳動物被検者が過去にＩＢＤと診断され、該過去に診断されたＩＢＤに対して治療されている請求項１又は２に記載の方法。
【請求項２０】
上記治療が手術からなる請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
上記決定工程が、上記哺乳動物被検者における上記ＩＢＤの突然の再発を示す請求項１又は２に記載の方法。
【請求項２２】
治療を必要とする哺乳動物被検者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を治療する方法であって、
（ａ）上記被検者から得られた試験試料における配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１９４、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、及び２３０の何れか一に示されたポリペプチドをコードする核酸の発現レベルがコントロールの発現レベルに対して高いことを決定する工程であって、上記高い発現レベルが、試験試料が得られた被検者におけるＩＢＤの存在を示す工程と；
（ｂ）有効量のＩＢＤ治療剤を上記被検者に投与する工程
を含む方法。
【請求項２３】
治療を必要とする哺乳動物被検者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を治療する方法であって、
（ａ）上記被検者から得られた試験試料における配列番号：１０８、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、及び２２８のの何れか一に示されたポリペプチドをコードする核酸の発現レベルがコントロールの発現レベルに対して低いことを決定する工程であって、上記低い発現レベルが、試験試料が得られた被検者におけるＩＢＤの存在を示す工程と；
（ｂ）有効量のＩＢＤ治療剤を上記被検者に投与する工程
を含む方法。
【請求項２４】
上記哺乳動物被検者がヒト患者である請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項２５】
上記発現レベルのエビデンスが遺伝子発現プロファイリング法によって得られる請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
上記方法がＰＣＲベースの方法である請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
上記発現レベルが一又は複数の参照遺伝子又はその発現産物の発現レベルに対して正規化される請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも二の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項２９】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも三の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３０】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも四の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３１】
上記遺伝子又はその発現産物の少なくとも五の発現レベルのエビデンスを決定することを含む請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３２】
上記ＩＢＤ検出をまとめるレポートを作成する工程を更に含む請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３３】
上記ＩＢＤが潰瘍性大腸炎である請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３４】
上記ＩＢＤがクローン病である請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３５】
上記ＩＢＤが潰瘍性大腸炎及びクローン病である請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３６】
上記試験試料が結腸組織生検由来である請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項３７】
上記生検が、 回腸末端、上行結腸、下行結腸、及びＳ状結腸からなる群から選択される組織由来である請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
上記生検が炎症結腸領域由来である請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
上記生検が非炎症結腸領域由来である請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
上記決定工程が、上記哺乳動物被検者におけるＩＢＤの再発を示し、上記哺乳動物被検者が過去にＩＢＤと診断され、該過去に診断されたＩＢＤに対して治療されている請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項４１】
上記治療が手術からなる請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
上記決定工程が、上記哺乳動物被検者における上記ＩＢＤの突然の再発を示す請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項４３】
上記ＩＢＤ治療剤がアミノサリチル酸である請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項４４】
上記ＩＢＤ治療剤がコルチコステロイドである請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項４５】
上記ＩＢＤ 治療剤が免疫抑制剤である請求項２２又は２３に記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４Ａ】

【図１４Ｂ】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０Ａ−１】

【図２０Ａ−２】

【図２０Ｂ】

【図２１】

【図２２Ａ−１】

【図２２Ａ−２】

【図２２Ｂ】

【図２３Ａ−１】

【図２３Ａ−２】

【図２３Ｂ】

【図２４】

【図２５】

【図２６Ａ−１】

【図２６Ａ−２】

【図２６Ｂ】

【図２７Ａ−１】

【図２７Ａ−２】

【図２７Ｂ】

【図２８Ａ】

【図２８Ｂ】

【図２９】

【図３０】

【図３１Ａ】

【図３１Ｂ】

【図３２】

【図３３Ａ】

【図３３Ｂ】

【図３４】

【図３５】

【図３６Ａ】

【図３６Ｂ】

【図３７Ａ】

【図３７Ｂ】

【図３８Ａ−１】

【図３８Ａ−２】

【図３８Ｂ】

【図３９】

【図４０】

【図４１Ａ−１】

【図４１Ａ−２】

【図４１Ｂ】

【図４２】

【図４３】

【図４４】

【図４５Ａ−１】

【図４５Ａ−２】

【図４５Ｂ】

【図４６】

【図４７】

【図４８】

【図４９Ａ】

【図４９Ｂ】

【図５０】

【図５１Ａ】

【図５１Ｂ】

【図５２Ａ−１】

【図５２Ａ−２】

【図５２Ａ−３】

【図５２Ｂ】

【図５３Ａ】

【図５３Ｂ】

【図５４】

【図５５Ａ】

【図５５Ｂ】

【図５６】

【図５７】

【図５８】

【図５９Ａ】

【図５９Ｂ】

【図６０】

【図６１】

【図６２Ａ−１】

【図６２Ａ−２】

【図６２Ｂ】

【図６３Ａ−１】

【図６３Ａ−２】

【図６３Ｂ】

【図６４Ａ】

【図６４Ｂ】

【図６５Ａ】

【図６５Ｂ】

【図６６】

【図６７】

【図６８】

【図６９】

【図７０】

【図７１】

【図７２Ａ−１】

【図７２Ａ−２】

【図７２Ｂ】

【図７３Ａ】

【図７３Ｂ】

【図７４Ａ】

【図７４Ｂ】

【図７５Ａ】

【図７５Ｂ】

【図７６Ａ】

【図７６Ｂ】

【図７７Ａ−１】

【図７７Ａ−２】

【図７７Ｂ】


【図７８】

【図７９Ａ】

【図７９Ｂ】

【図８０Ａ−１】

【図８０Ａ−２】

【図８０Ｂ】

【図８１】

【図８２】

【図８３】

【図８４Ａ】

【図８４Ｂ】

【図８５】

【図８６】

【図８７】

【図８８Ａ−１】

【図８８Ａ−２】

【図８８Ｂ】

【図８９】

【図９０】

【図９１】

【図９２】

【図９３】

【図９４】

【図９５Ａ−１】

【図９５Ａ−２】

【図９５Ａ−３】

【図９５Ｂ】

【図９６Ａ−１】

【図９６Ａ−２】

【図９６Ｂ】

【図９７Ａ−１】

【図９７Ａ−２】

【図９７Ｂ】

【図９８Ａ−１】

【図９８Ａ−２】

【図９８Ｂ】

【図９９】

【図１００】

【図１０１】

【図１０２】

【図１０３】

【図１０４】

【図１０５Ａ】

【図１０５Ｂ】

【図１０６Ａ】

【図１０６Ｂ】

【図１０６Ｃ】

【図１０７】

【図１０８Ａ】

【図１０８Ｂ】

【図１０９】

【図１１０】

【図１１１】

【図１１２Ａ】

【図１１２Ｂ】

【図１１３Ａ−１】

【図１１３Ａ−２】

【図１１３Ｂ】

【図１１４Ａ】

【図１１４Ｂ】

【図１１５Ａ】

【図１１５Ｂ】

【図１１６Ａ】

【図１１６Ｂ】

【図１１７】

【図１１８】

【図１１９】

【図１２０Ａ】

【図１２０Ｂ】

【図１２１Ａ−１】

【図１２１Ａ−２】

【図１２１Ｂ】

【図１２１Ｃ】

【図１２２】

【図１２３】

【図１２４Ａ−１】

【図１２４Ａ−２】

【図１２４Ａ−３】

【図１２４Ｂ】

【図１２５】

【図１２６】

【図１２７Ａ】

【図１２７Ｂ】

【図１２８】

【図１２９】

【図１３０】

【図１３１】

【公表番号】特表２０１１−５０９０７１（Ｐ２０１１−５０９０７１Ａ）
【公表日】平成２３年３月２４日（２０１１．３．２４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５３６２００（Ｐ２０１０−５３６２００）
【出願日】平成２０年１１月２６日（２００８．１１．２６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０８５０４５
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０７３５６５
【国際公開日】平成２１年６月１１日（２００９．６．１１）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０９０１２６２５）ジェネンテック，　インコーポレイテッド (357)
【出願人】（５１０１５０８８０）ザ　ユニヴァーシティ　コート　オブ　ザ　ユニヴァーシティ　オブ　エディンバラ　オブ　オールド　カレッジ (1)
【Ｆターム（参考）】