癌における新規の治療標的
本発明は、癌（特にリンパ腫）を検出、診断および処置する際に使用するための新規配列に関する。本発明は、その発現が癌と関連する癌関連（ＣＡ）ポリヌクレオチド配列を提供する。本発明は、細胞表面上に提示され、そして癌に対する新規な治療標的を提示する癌と関連するＣＡポリペプチドを提供する。本発明は、さらに、癌の診断組成物および癌の検出のための方法を提供する。本発明は、ＣＡポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体を提供する。本発明はまた、診断ツールおよび治療組成物、ならびに癌のスクリーニング、予防および処置のための方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌関連（ＣＡ）核酸を検出するための核酸アレイであって、該アレイは、少なくとも２つの核酸プローブを含み、該少なくとも２つのプローブは、表１〜４６に示される配列番号
【化１】
のポリヌクレオチド配列からなる群より各々選択される、少なくとも２つの配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたはその相補体を含む、核酸アレイ。
【請求項２】
前記プローブが、少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載の核酸アレイ。
【請求項３】
前記プローブが、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載の核酸アレイ。
【請求項４】
少なくとも２つの単離されたポリペプチドを含むペプチドアレイであって、該少なくとも２つの単離されたポリペプチドは、表１〜４６に示される配列番号
【化２】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡ配列またはその相補体のオープンリーディングフレーム内に各々コードされる、ペプチドアレイ。
【請求項５】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記各々のポリペプチドが、表１〜４６に示される配列番号
【化３】
からなる群より選択されるポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ペプチドアレイ。
【請求項６】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記各々のポリペプチドが、表１〜４６に示される配列番号
【化４】
からなる群より選択されるポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ペプチドアレイ。
【請求項７】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記各々のポリペプチドが、表１〜４６に示される配列番号
【化５】
からなる群より選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープのアミノ酸配列を含む、ペプチドアレイ。
【請求項８】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記ポリペプチドが、細胞表面に発現され、ここで、ＣＡタンパク質が、配列番号８、１０、１８、２０、２２、２８、３０、４２、４４、４６、４８、５４、６２、６８、７０、７２および７４からなる群より選択される、ペプチドアレイ。
【請求項９】
請求項４に記載のペプチドアレイのポリペプチドに結合する化合物。
【請求項１０】
化学合成される、請求項９に記載の化合物。
【請求項１１】
天然に存在する、請求項９に記載の化合物。
【請求項１２】
単離された抗体またはその抗原結合フラグメントであって、表１〜４６に示される配列番号
【化６】
からなる群より選択されるポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１３】
固体支持体に結合される、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１４】
請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメントであって、該抗体が、モノクローナル抗体である、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１５】
請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメントであって、該抗体が、ポリクローナル抗体である、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１６】
検出可能な標識をさらに含む、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１７】
単離された抗体であって、請求項８に記載のポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントに結合し、該抗体が、以下の工程：（ｉ）宿主動物を該ポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントを含む組成物で免疫する工程、および（ｉｉ）該抗原またはその抗原結合フラグメントに対する抗体を発現する該宿主から細胞を収集する工程、を包含する方法によって調製される、単離された抗体。
【請求項１８】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体であって、該モノクローナル抗体が、ＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合する、抗体。
【請求項１９】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体であって、該モノクローナル抗体が、少なくとも一つのヒト癌細胞株に結合する、抗体。
【請求項２０】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体であって、該モノクローナル抗体が、以下の工程：
（ａ）該モノクローナル抗体を生成し得るハイブリドーマを提供する工程；および
（ｂ）該ハイブリドーマにより該モノクローナル抗体の生成を提供する条件下で、該ハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスにより調製される、抗体。
【請求項２１】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体を生成する、ハイブリドーマ。
【請求項２２】
ヒト化抗体である、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２３】
請求項１２に記載の抗体であって、ＣＡＰが、正常細胞表面ではなく癌細胞表面で発現される、抗体。
【請求項２４】
請求項１２に記載の抗体であって、ＣＡＰが、正常細胞表面と比較して癌細胞表面で、差示的に発現される、抗体。
【請求項２５】
治療剤に連結される、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２６】
治療剤に連結される、請求項１４に記載の抗体。
【請求項２７】
請求項１２に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する薬学的組成物。
【請求項２８】
請求項１４に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する薬学的組成物。
【請求項２９】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する薬学的組成物。
【請求項３０】
請求項１２に記載の抗体を備える、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項３１】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体を備える、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項３２】
個体において、癌細胞の存在もしくは非存在を検出するための方法であって、該方法が、以下：
個体由来の細胞を、請求項１２に記載の抗体と接触させる工程；
および該癌細胞由来のＣＡＰと該抗体との複合体を検出する工程であって、
ここで、該複合体の検出が、該個体における癌細胞の存在に関連する、工程
を包含する、方法。
【請求項３３】
試験サンプル中の癌の存在を診断するためのキットであって、該キットは、表１〜４６に示される配列番号
【化７】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも２つのポリヌクレオチドまたはそれらの相補体を含む、キット。
【請求項３４】
試験サンプル中の癌の存在を診断するためのキットであって、該キットが、表１〜４６に示される配列番号
【化８】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される、少なくとも２つのポリヌクレオチド配列の配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも２つのポリヌクレオチド、そのフラグメントまたはそれらの相補体を含む、キット。
【請求項３５】
電子ライブラリーであって、表１〜４６に示される配列番号
【化９】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドまたはそのフラグメントまたはそれらの相補体を含む、電子ライブラリー。
【請求項３６】
電子ライブラリーであって、表１〜４６に示される配列番号
【化１０】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリー。
【請求項３７】
電子ライブラリーであって、表１〜４６に示される配列番号
【化１１】
のポリペプチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリペプチド配列を含むポリペプチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリー。
【請求項３８】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）表１〜４６に示される配列番号
【化１２】
の配列からなる群より選択される核酸配列によってコードされる癌関連（ＣＡ）遺伝子またはそのフラグメントを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）癌細胞由来の組織サンプルを抗癌薬物候補と接触させる工程；および
（ｃ）該組織サンプル中でのＣＡポリヌクレオチドの発現に対する該抗癌薬物候補の効果をモニタリングする工程、
を包含する、方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法であって、ここで、前記ＣＡ遺伝子が、表１〜４６に示される配列番号
【化１３】
の配列からなる群より選択される少なくとも１つの核酸配列を含む、方法。
【請求項４０】
請求項３８に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法であって、さらに以下：
（ｄ）前記薬物候補の非存在下での発現レベルを該薬物候補の存在下での発現レベルと比較する工程、
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項３９に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法であって、ここで、前記薬物候補が、転写インヒビターであって、かつさらに、前記核酸配列が、表１〜４６に示される配列番号
【化１４】
からなる群より選択される、方法。
【請求項４２】
試験細胞サンプル中のポリペプチドの発現と関連する癌を検出するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）表１〜４６に示される配列番号
【化１５】
からなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはそのフラグメントの発現レベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中での該ポリペプチドの発現のレベルを正常細胞サンプル中でのポリペプチドの発現のレベルと比較する工程であって、ここで、該正常細胞サンプル中でのポリペプチド発現のレベルと比較した該試験細胞サンプル中での該ポリペプチドの発現の変化したレベルが、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項４３】
試験細胞サンプル中のポリペプチドの発現と関連する癌を検出するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）表１〜４６に示される配列番号
【化１６】
からなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはそのフラグメントの活性レベルを検出する工程であって、ここで、該活性が、表１〜４６に列挙されるポリペプチドについての少なくとも１つの活性に対応する、工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中での該ポリペプチドの活性のレベルを正常細胞サンプル中でのポリペプチドの活性のレベルと比較する工程であって、ここで、該正常細胞サンプル中でのポリペプチド活性のレベルと比較した該試験細胞サンプル中での該ポリペプチドの活性の変化したレベルが、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４４】
試験血清サンプル中の抗体の存在と関連する癌を検出するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）表１〜４６に示される配列番号
【化１７】
からなる群より選択される抗原性ポリペプチドまたはその抗原性フラグメントに対する抗体のレベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該抗体のレベルをコントロールサンプル中の該抗体のレベルと比較する工程であって、ここで、該コントロールサンプル中の抗体のレベルと比較した該試験サンプル中の抗体の変化したレベルが、該試験血清サンプル中の癌の存在を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４５】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節し得る生物活性薬剤をスクリーニングするための方法であって、ここで、該ＣＡＰが、表１〜４６に示される配列番号
【化１８】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされ、該方法が、以下：
ａ）該ＣＡＰおよび候補生物活性薬剤を混合する工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補薬剤の効果を決定する工程、
を包含する
方法。
【請求項４６】
請求項４５に記載の生物活性薬剤をスクリーニングする方法であって、該生物活性薬剤が、ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の発現に影響する、方法。
【請求項４７】
請求項４５に記載の生物活性薬剤をスクリーニングする方法であって、該生物活性薬剤が、ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性に影響し、ここで、このような活性が、表１〜４６に列挙される活性より選択される、方法。
【請求項４８】
請求項４５に記載の生物活性薬剤をスクリーニングする方法であって、ここで、該生物活性薬剤が、表１〜４６に示される、Ｇプロテイン結合レセプター、ヌクレオチド結合、核酸結合、カルシウム結合タンパク質、アポトーシス、細胞周期調節因子、クロマチンタンパク質、転写因子、輸送タンパク質、シグナル変換、核内レセプター、成長因子、プロテインキナーゼ、プロテインホスホリラーゼ、ペプチダーゼ、電子伝達、チオレドキシン、セマフォリン、シグナル伝達および運動性からなる群より選択される活性の調節物質である、方法。
【請求項４９】
癌を診断するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）第一の個体の第一の組織型における、表１〜４６に概説されるヒト遺伝子配列およびヒトｍＲＮＡ配列からなる群より選択される核酸配列を含む一以上の遺伝子発現を決定する工程；ならびに
ｂ）該第一の個体または第二の無影響の個体に由来する第二の正常組織型に由来する該遺伝子の発現を比較する工程、を包含し、
ここで該発現の差異は、該第一の個体が、癌を有することを示す、方法。
【請求項５０】
癌を処置するための方法であって、該方法は、患者にＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターを投与する工程を包含し、ここで該ＣＡＰは、表１〜４６のヒト核酸配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされる、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の癌を処置するための方法であって、ここで前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターは、該ＣＡタンパク質に結合する、方法。
【請求項５２】
細胞の癌関連（ＣＡ）遺伝子の発現を阻害するための方法であって、該方法は、以下：
ＲＮＡ干渉を誘導するために十分な量において、表１〜４６に示される配列番号
【化１９】
のポリヌクレオチド配列に一致する癌関連（ＣＡ）ｍＲＮＡにハイブリダイズし得る配列を含む二本鎖ＲＮＡとＣＡ遺伝子を発現する細胞とを接触させる工程；ならびに
該細胞の該ＣＡ遺伝子の発現を阻害する工程、
を包含する、方法。
【請求項５３】
請求項５２に記載の方法であって、ここで前記二本鎖ＲＮＡは、トランスフェクション、電気穿孔法、および微量注入法からなる群より選択される方法によって前記細胞に短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を導入することによって提供される、方法。
【請求項５４】
請求項５２の方法であって、ここで前記二本鎖ＲＮＡは、発現ベクターによって前記細胞に短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を導入することによって提供される、方法。
【請求項１】
癌関連（ＣＡ）核酸を検出するための核酸アレイであって、該アレイは、少なくとも２つの核酸プローブを含み、該少なくとも２つのプローブは、表１〜４６に示される配列番号
【化１】
のポリヌクレオチド配列からなる群より各々選択される、少なくとも２つの配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドまたはその相補体を含む、核酸アレイ。
【請求項２】
前記プローブが、少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載の核酸アレイ。
【請求項３】
前記プローブが、少なくとも２０個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載の核酸アレイ。
【請求項４】
少なくとも２つの単離されたポリペプチドを含むペプチドアレイであって、該少なくとも２つの単離されたポリペプチドは、表１〜４６に示される配列番号
【化２】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡ配列またはその相補体のオープンリーディングフレーム内に各々コードされる、ペプチドアレイ。
【請求項５】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記各々のポリペプチドが、表１〜４６に示される配列番号
【化３】
からなる群より選択されるポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ペプチドアレイ。
【請求項６】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記各々のポリペプチドが、表１〜４６に示される配列番号
【化４】
からなる群より選択されるポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ペプチドアレイ。
【請求項７】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記各々のポリペプチドが、表１〜４６に示される配列番号
【化５】
からなる群より選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープのアミノ酸配列を含む、ペプチドアレイ。
【請求項８】
請求項４に記載のペプチドアレイであって、前記ポリペプチドが、細胞表面に発現され、ここで、ＣＡタンパク質が、配列番号８、１０、１８、２０、２２、２８、３０、４２、４４、４６、４８、５４、６２、６８、７０、７２および７４からなる群より選択される、ペプチドアレイ。
【請求項９】
請求項４に記載のペプチドアレイのポリペプチドに結合する化合物。
【請求項１０】
化学合成される、請求項９に記載の化合物。
【請求項１１】
天然に存在する、請求項９に記載の化合物。
【請求項１２】
単離された抗体またはその抗原結合フラグメントであって、表１〜４６に示される配列番号
【化６】
からなる群より選択されるポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１３】
固体支持体に結合される、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１４】
請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメントであって、該抗体が、モノクローナル抗体である、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１５】
請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメントであって、該抗体が、ポリクローナル抗体である、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１６】
検出可能な標識をさらに含む、請求項１２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１７】
単離された抗体であって、請求項８に記載のポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントに結合し、該抗体が、以下の工程：（ｉ）宿主動物を該ポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントを含む組成物で免疫する工程、および（ｉｉ）該抗原またはその抗原結合フラグメントに対する抗体を発現する該宿主から細胞を収集する工程、を包含する方法によって調製される、単離された抗体。
【請求項１８】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体であって、該モノクローナル抗体が、ＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合する、抗体。
【請求項１９】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体であって、該モノクローナル抗体が、少なくとも一つのヒト癌細胞株に結合する、抗体。
【請求項２０】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体であって、該モノクローナル抗体が、以下の工程：
（ａ）該モノクローナル抗体を生成し得るハイブリドーマを提供する工程；および
（ｂ）該ハイブリドーマにより該モノクローナル抗体の生成を提供する条件下で、該ハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスにより調製される、抗体。
【請求項２１】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体を生成する、ハイブリドーマ。
【請求項２２】
ヒト化抗体である、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２３】
請求項１２に記載の抗体であって、ＣＡＰが、正常細胞表面ではなく癌細胞表面で発現される、抗体。
【請求項２４】
請求項１２に記載の抗体であって、ＣＡＰが、正常細胞表面と比較して癌細胞表面で、差示的に発現される、抗体。
【請求項２５】
治療剤に連結される、請求項１２に記載の抗体。
【請求項２６】
治療剤に連結される、請求項１４に記載の抗体。
【請求項２７】
請求項１２に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する薬学的組成物。
【請求項２８】
請求項１４に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する薬学的組成物。
【請求項２９】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する薬学的組成物。
【請求項３０】
請求項１２に記載の抗体を備える、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項３１】
請求項１４に記載のモノクローナル抗体を備える、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項３２】
個体において、癌細胞の存在もしくは非存在を検出するための方法であって、該方法が、以下：
個体由来の細胞を、請求項１２に記載の抗体と接触させる工程；
および該癌細胞由来のＣＡＰと該抗体との複合体を検出する工程であって、
ここで、該複合体の検出が、該個体における癌細胞の存在に関連する、工程
を包含する、方法。
【請求項３３】
試験サンプル中の癌の存在を診断するためのキットであって、該キットは、表１〜４６に示される配列番号
【化７】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも２つのポリヌクレオチドまたはそれらの相補体を含む、キット。
【請求項３４】
試験サンプル中の癌の存在を診断するためのキットであって、該キットが、表１〜４６に示される配列番号
【化８】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される、少なくとも２つのポリヌクレオチド配列の配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも２つのポリヌクレオチド、そのフラグメントまたはそれらの相補体を含む、キット。
【請求項３５】
電子ライブラリーであって、表１〜４６に示される配列番号
【化９】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドまたはそのフラグメントまたはそれらの相補体を含む、電子ライブラリー。
【請求項３６】
電子ライブラリーであって、表１〜４６に示される配列番号
【化１０】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリー。
【請求項３７】
電子ライブラリーであって、表１〜４６に示される配列番号
【化１１】
のポリペプチド配列からなる群より選択される少なくとも２つのＣＡポリペプチド配列を含むポリペプチドまたはそのフラグメントを含む、電子ライブラリー。
【請求項３８】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）表１〜４６に示される配列番号
【化１２】
の配列からなる群より選択される核酸配列によってコードされる癌関連（ＣＡ）遺伝子またはそのフラグメントを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）癌細胞由来の組織サンプルを抗癌薬物候補と接触させる工程；および
（ｃ）該組織サンプル中でのＣＡポリヌクレオチドの発現に対する該抗癌薬物候補の効果をモニタリングする工程、
を包含する、方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法であって、ここで、前記ＣＡ遺伝子が、表１〜４６に示される配列番号
【化１３】
の配列からなる群より選択される少なくとも１つの核酸配列を含む、方法。
【請求項４０】
請求項３８に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法であって、さらに以下：
（ｄ）前記薬物候補の非存在下での発現レベルを該薬物候補の存在下での発現レベルと比較する工程、
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項３９に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法であって、ここで、前記薬物候補が、転写インヒビターであって、かつさらに、前記核酸配列が、表１〜４６に示される配列番号
【化１４】
からなる群より選択される、方法。
【請求項４２】
試験細胞サンプル中のポリペプチドの発現と関連する癌を検出するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）表１〜４６に示される配列番号
【化１５】
からなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはそのフラグメントの発現レベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中での該ポリペプチドの発現のレベルを正常細胞サンプル中でのポリペプチドの発現のレベルと比較する工程であって、ここで、該正常細胞サンプル中でのポリペプチド発現のレベルと比較した該試験細胞サンプル中での該ポリペプチドの発現の変化したレベルが、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項４３】
試験細胞サンプル中のポリペプチドの発現と関連する癌を検出するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）表１〜４６に示される配列番号
【化１６】
からなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはそのフラグメントの活性レベルを検出する工程であって、ここで、該活性が、表１〜４６に列挙されるポリペプチドについての少なくとも１つの活性に対応する、工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中での該ポリペプチドの活性のレベルを正常細胞サンプル中でのポリペプチドの活性のレベルと比較する工程であって、ここで、該正常細胞サンプル中でのポリペプチド活性のレベルと比較した該試験細胞サンプル中での該ポリペプチドの活性の変化したレベルが、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４４】
試験血清サンプル中の抗体の存在と関連する癌を検出するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）表１〜４６に示される配列番号
【化１７】
からなる群より選択される抗原性ポリペプチドまたはその抗原性フラグメントに対する抗体のレベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該抗体のレベルをコントロールサンプル中の該抗体のレベルと比較する工程であって、ここで、該コントロールサンプル中の抗体のレベルと比較した該試験サンプル中の抗体の変化したレベルが、該試験血清サンプル中の癌の存在を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４５】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節し得る生物活性薬剤をスクリーニングするための方法であって、ここで、該ＣＡＰが、表１〜４６に示される配列番号
【化１８】
のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされ、該方法が、以下：
ａ）該ＣＡＰおよび候補生物活性薬剤を混合する工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補薬剤の効果を決定する工程、
を包含する
方法。
【請求項４６】
請求項４５に記載の生物活性薬剤をスクリーニングする方法であって、該生物活性薬剤が、ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の発現に影響する、方法。
【請求項４７】
請求項４５に記載の生物活性薬剤をスクリーニングする方法であって、該生物活性薬剤が、ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性に影響し、ここで、このような活性が、表１〜４６に列挙される活性より選択される、方法。
【請求項４８】
請求項４５に記載の生物活性薬剤をスクリーニングする方法であって、ここで、該生物活性薬剤が、表１〜４６に示される、Ｇプロテイン結合レセプター、ヌクレオチド結合、核酸結合、カルシウム結合タンパク質、アポトーシス、細胞周期調節因子、クロマチンタンパク質、転写因子、輸送タンパク質、シグナル変換、核内レセプター、成長因子、プロテインキナーゼ、プロテインホスホリラーゼ、ペプチダーゼ、電子伝達、チオレドキシン、セマフォリン、シグナル伝達および運動性からなる群より選択される活性の調節物質である、方法。
【請求項４９】
癌を診断するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）第一の個体の第一の組織型における、表１〜４６に概説されるヒト遺伝子配列およびヒトｍＲＮＡ配列からなる群より選択される核酸配列を含む一以上の遺伝子発現を決定する工程；ならびに
ｂ）該第一の個体または第二の無影響の個体に由来する第二の正常組織型に由来する該遺伝子の発現を比較する工程、を包含し、
ここで該発現の差異は、該第一の個体が、癌を有することを示す、方法。
【請求項５０】
癌を処置するための方法であって、該方法は、患者にＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターを投与する工程を包含し、ここで該ＣＡＰは、表１〜４６のヒト核酸配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされる、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の癌を処置するための方法であって、ここで前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターは、該ＣＡタンパク質に結合する、方法。
【請求項５２】
細胞の癌関連（ＣＡ）遺伝子の発現を阻害するための方法であって、該方法は、以下：
ＲＮＡ干渉を誘導するために十分な量において、表１〜４６に示される配列番号
【化１９】
のポリヌクレオチド配列に一致する癌関連（ＣＡ）ｍＲＮＡにハイブリダイズし得る配列を含む二本鎖ＲＮＡとＣＡ遺伝子を発現する細胞とを接触させる工程；ならびに
該細胞の該ＣＡ遺伝子の発現を阻害する工程、
を包含する、方法。
【請求項５３】
請求項５２に記載の方法であって、ここで前記二本鎖ＲＮＡは、トランスフェクション、電気穿孔法、および微量注入法からなる群より選択される方法によって前記細胞に短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を導入することによって提供される、方法。
【請求項５４】
請求項５２の方法であって、ここで前記二本鎖ＲＮＡは、発現ベクターによって前記細胞に短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を導入することによって提供される、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図２】
【図３】
【図４】
【公表番号】特表２００８−５０７２８１（Ｐ２００８−５０７２８１Ａ）
【公表日】平成２０年３月１３日（２００８．３．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５２２７３３（Ｐ２００７−５２２７３３）
【出願日】平成１７年７月２０日（２００５．７．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０２５８３５
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０３８９５５
【国際公開日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【出願人】（５０６３５３６３３）サグレシュ ディスカバリー， インコーポレイテッド (8)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年３月１３日（２００８．３．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年７月２０日（２００５．７．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０２５８３５
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０３８９５５
【国際公開日】平成１８年４月１３日（２００６．４．１３）
【出願人】（５０６３５３６３３）サグレシュ ディスカバリー， インコーポレイテッド (8)
【Ｆターム（参考）】
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