発癌性融合タンパク質を検出するための近接媒介性アッセイ
本発明は、生体サンプル（例えば、全血又は腫瘍組織）中の１又は複数の発癌性融合タンパク質についての活性化状態及び／又は総量を検出するための抗体に基づくアレイを提供する。所定の場合において、サンプル中に存在する発癌性融合タンパク質についての活性化状態及び／又は総量を、１又は複数のシグナル伝達分子との組み合わせで測定することができる。本発明の組成物及び方法は、酵素結合抗体免疫測定法と関連する特異性、シグナル増幅と関連する感度、及びマイクロアレイと関連する高スループットな多重化の利点を有す。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
発癌性融合タンパク質のレベル又は活性化状態を決定する方法であって、前記方法は、以下の工程を含む：
（ａ）細胞抽出物中に存在する第１の全長タンパク質を、前記第１全長タンパク質と第１結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、前記細胞抽出物を、前記第１全長タンパク質の第１ドメインに特異的な前記第１結合成分と接触させる工程であって、前記の第１全長タンパク質の第１ドメインは、第２の異なる全長タンパク質の第１ドメインに融合する前記第１全長タンパク質の第２の異なるドメインを含む対応する発癌性融合タンパク質に存在しない、前記工程；
（ｂ）前記細胞抽出物から工程（ａ）からの前記複合体を除去し、前記第１全長タンパク質を含まない細胞抽出物を形成する工程；
（ｃ）前記細胞抽出物中に存在する前記発癌性融合タンパク質を、前記発癌性融合タンパク質と第２結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、工程（ｂ）からの前記細胞抽出物を、前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインに特異的な前記第２結合成分と接触させる工程；及び
（ｄ）工程（ｃ）からの前記複合体のレベル又は活性化状態を決定し、それによって前記発癌性融合タンパク質のレベル又は活性化状態を決定する工程。
【請求項２】
前記細胞抽出物が、サンプルから単離される細胞の抽出物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記サンプルが、全血、血清、血漿、尿、痰、気管支洗浄液、涙液、乳頭吸引液、リンパ液、唾液、微細針吸引液（ＦＮＡ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記サンプルが癌を有する患者から得られる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記癌細胞中の染色体転座による発癌性融合タンパク質の形成によって、前記癌が引き起こされる、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記癌が、血液悪性腫瘍、骨原性肉腫、又は軟部組織肉腫である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記血液悪性腫瘍が、白血病又はリンパ腫である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記白血病が、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記の単離された細胞が、循環腫瘍細胞、白血球、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記の単離された細胞を、インビトロで、成長因子で刺激する、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記の単離された細胞を、成長因子刺激の前に抗癌剤とインキュベートする、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記の単離された細胞を成長因子刺激の後に溶解し、前記細胞抽出物を生成する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記の単離された細胞を溶解の前に洗浄せずに、前記細胞抽出物を生成する、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
前記発癌性融合タンパク質が、ＢＣＲ−ＡＢＬ、ＤＥＫ−ＣＡＮ、Ｅ２Ａ−ＰＢＸ１、ＲＡＲα−ＰＭＬ、ＩＲＥＬ−ＵＲＧ、ＣＢＦβ−ＭＹＨ１１、ＡＭＬ１−ＭＴＧ８、ＥＷＳ−ＦＬＩ、ＬＹＴ−１０−Ｃα１、ＨＲＸ−ＥＮＬ、ＨＲＸ−ＡＦ４、ＮＰＭ−ＡＬＫ、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＲＵＮＸ１−ＥＴＯ、ＴＥＬ−ＴＲＫＣ、ＴＥＬ−ＡＭＬ１、ＭＬＬ−ＡＦ４、ＴＣＲ−ＲＢＴＮ２、ＣＯＬ１Ａ１−ＰＤＧＦ、Ｅ２Ａ−ＨＬＦ、ＰＡＸ３−ＦＫＨＲ、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、ＲＥＴ−ＰＴＣ、ＴＭＲＳＳ−ＥＲＧ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第１全長タンパク質がＢＣＲである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１全長タンパク質の前記第１ドメインが、ＢＣＲのカルボキシル末端領域（ＢＣＲ−Ｃ）を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインが、ＢＣＲのアミノ末端領域（ＢＣＲ−Ｎ）を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第２の異なる全長タンパク質がＡＢＬである、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインが、ＡＢＬのカルボキシル末端領域（ＡＢＬ−Ｃ）を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記第１全長タンパク質がＡＢＬである、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
前記第２の異なる全長タンパク質がＢＣＲである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記活性化状態が、リン酸化状態、ユビキチン化状態、複合体形成状態、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬであり、そして前記活性化状態がリン酸化状態である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
１以上のシグナル伝達分子のレベル又は活性化状態を決定することを更に含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記の１以上のシグナル伝達分子がＢＣＲ−ＡＢＬ基質である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＢＣＲ−ＡＢＬ基質が、ＣＲＫＬ、ＪＡＫ２、ＳＴＡＴ５、ＶＡＶ、ＢＡＰ−１、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第１結合成分が第１抗体を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記第１抗体が固体支持体に結合している、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記第２の結合成分が第２抗体を含む、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記第２抗体が固体支持体に結合している、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記第２抗体がアドレス可能なアレイにおける固体支持体上に拘束されている、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
工程（ｃ）及び（ｄ）が、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、フローサイトメトリー測定法、又はタグ選別測定法を含む、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＥＬＩＳＡが、サンドイッチＥＬＩＳＡを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記フローサイトメトリー測定法が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）測定法を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記タグ選別測定法が、Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
工程（ｃ）及び（ｄ）が近接二重検出アッセイを含む、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
工程（ｃ）が更に以下の工程を含む：
（ｃ’）前記細胞抽出物中に存在する前記発癌性融合タンパク質を、前記発癌性融合タンパク質と前記の第２、第３及び第４結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、工程（ｂ）からの前記細胞抽出物を、第３結合成分及び第４結合成分と接触させる工程であって、
前記第３結合成分が、促進成分を用いて標識化されており、そして、下記の内の１つに特異的であり：（ｉ）第２の異なる全長タンパク質の第１ドメイン；（ｉｉ）前記第１全長タンパク質の第２の異なるドメイン；又は（ｉｉｉ）前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインと前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインとの間の融合部位、
前記第４結合成分が、シグナル増幅対の第１メンバーを用いて標識化されており、そして前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインに特異的であり、そして
前記促進成分が、前記シグナル増幅対の第１メンバーへチャネリングしかつ前記シグナル増幅対の第１メンバーと反応する酸化剤を生成する、前記工程；そして
工程（ｄ）が更に以下の工程を含む：
（ｄ’）工程（ｃ’）からの前記複合体を、前記シグナル増幅対の第２メンバーとインキュベートして、増幅シグナルを生成する工程；及び
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される増幅シグナルを検出する工程、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
工程（ｂ）からの細胞抽出物を、第２結合成分の希釈系列と接触させ、前記発癌性融合タンパク質と前記第２結合成分とを含む複数の複合体を形成する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記第３及び第４結合成分が、第３及び第４抗体をそれぞれ含む、請求項４０又は４１に記載の方法。
【請求項４３】
第３及び第４抗体が、両方とも活性化状態非依存性抗体である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される前記増幅シグナルが、前記発癌性融合タンパク質の総量と相関的である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記第３抗体が活性化状態非依存性抗体であり、そして前記第４抗体が活性化状態依存性抗体である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される前記増幅シグナルが、活性化した発癌性融合タンパク質の量と相関的である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記第３結合成分を、前記促進成分を用いて直接的に標識化する、請求項４０〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記第４結合成分を、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて直接的に標識化する、請求項４０〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２検出抗体にコンジュゲートされる結合対の第１メンバーと、前記シグナル増幅対の第１メンバーにコンジュゲートされる前記結合対の第２メンバーとの間の結合を介して、前記第４結合成分を、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて標識化する、請求項４０〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記結合対の前記第１メンバーがビオチンである、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記結合対の前記第２メンバーがストレプトアビジンである、請求項４９又は５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記促進成分が、グルコースオキシダーゼである、請求項４０〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記グルコースオキシダーゼ及び前記第３結合成分が、スルフヒドリル活性化デキストラン分子にコンジュゲートされている、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記スルフヒドリル活性化デキストラン分子が分子量５００ｋＤａを有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
酸化剤が過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５６】
前記シグナル増幅対の第１のメンバーがペルオキシダーゼである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記ペルオキシダーゼが西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記シグナル増幅対の第２メンバーがチラミド試薬である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
前記チラミド試薬がビオチン−チラミドである、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記増幅シグナルが、活性化チラミドを生成する、前記ビオチン−チラミドのペルオキシダーゼ酸化によって生成される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記活性化チラミドが直接的に検出される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記活性化チラミドがシグナル検出性試薬の添加により検出される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
前記シグナル検出性試薬がストレプトアビジン標識化フルオロフォアである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記シグナル検出性試薬がストレプトアビジン標識化ペルオキシダーゼと発色試薬との組み合わせである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
前記発色試薬が３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
以下の工程を更に含む：
（ｅ）前記細胞抽出物中に存在する第２の異なる全長タンパク質を、前記第２の異なる全長タンパク質と第５結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、前記細胞抽出物を、前記第２の異なる全長タンパク質の第２ドメインに特異的な前記第５結合成分と接触させる工程であって、前記第２の異なる全長タンパク質の第２ドメインが、前記発癌性融合タンパク質に存在しない、前記工程；及び
（ｆ）前記細胞抽出物から工程（ｅ）からの前記複合体を除去し、前記第２の異なる全長タンパク質を含まない細胞抽出物を形成する工程であって、工程（ｅ）を、工程（ａ）の前、中、又は後に実施する、前記工程、
請求項１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
前記第５結合成分が第５抗体を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記第５抗体が固体支持体に結合している、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
癌を有し、且つ癌治療のための治療過程を受ける被験者において療法を最適化するため及び／又は毒性を減少するための方法であって、前記方法が以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後に癌細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離された細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）測定した前記発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを、治療過程の間の初期に測定される前記発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルと比較する工程；及び
（ｅ）工程（ｄ）からの比較に基づいて、被験者のための治療過程の今後の用量を決定するか、又は異なる治療過程を被験者に施すかどうかを決定する工程。
【請求項７１】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬである、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記被験者が、治療過程を受ける前に、前記発癌性融合タンパク質を発現する癌細胞を有することを決定される、請求項７０又は７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記被験者がＢＣＲ−ＡＢＬについて陽性である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
発癌性融合タンパク質についての発現のレベルと活性化のレベルとの両方を、前記細胞抽出物中で測定する、請求項７０〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
工程（ｃ）が、トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の比を計算することを更に含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比を、初期に前記被験者のために計算されるトータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の比と比較することを含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、抗癌剤治療における前記活性化した発癌性融合タンパク質のパーセント阻害と相関する、請求項７５又は７６に記載の方法。
【請求項７８】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、対照タンパク質レベルに関連している、請求項７５〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、ホスホ／トータルＢＣＲ−ＡＢＬタンパク質レベルの比を含む、請求項７５〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
対照タンパク質が、前記発癌性融合タンパク質内で見つけられる配列又はドメインを含有する天然全長タンパク質を含む、請求項７８又は７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記対照タンパク質が、全長ＢＣＲ、全長ＡＢＬ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７８〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記発癌性融合タンパク質の活性化の約５０％より低い阻害が、治療過程の今後の用量を増加させることの必要性、又は異なる治療過程を施すことの必要性を示す、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
前記発癌性融合タンパク質の活性化レベルの約５０％未満の阻害が、治療過程への被験者によるコンプライアンスの不足、治療過程と関連した副作用若しくは毒性の可能性の存在、又はそれらの組み合わせを示す、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
前記発癌性融合タンパク質の活性化レベルの約８０％を超える阻害が、被験者が正しい用量で正しい治療にあることを示す、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記癌が慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である、請求項７０〜８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
前記抗癌剤が、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法剤、ホルモン療法剤、放射線療法剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７０〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（商標））、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記工程（ｃ）〜（ｅ）が以下の工程を代わりに含む、請求項７０〜８７のいずれか一項に記載の方法：
（ｃ’）前記細胞抽出物中の経路において、発癌性融合タンパク質及び１以上のシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；
（ｄ’）測定した前記発癌性融合タンパク質及びシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルを、治療過程の間の初期に測定される前記発癌性融合タンパク質及びシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルと比較する工程；及び
（ｅ’）工程（ｄ’）からの比較に基づいて、被験者のための治療過程の今後の用量を決定するか、又は異なる治療過程を被験者に施すかどうかを決定する工程。
【請求項８９】
癌の治療のために、適した抗癌剤を選択する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤が、癌の治療のために適切であるか不適切であるかを決定する工程。
【請求項９０】
抗癌剤を用いる治療に対して癌の応答を同定する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤を用いる治療に対して、癌が応答性又は非応答性であると同定する工程。
【請求項９１】
抗癌剤を用いる治療に対して、癌を有する被験者の応答を予測する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、被験者が、前記抗癌剤を用いる治療に対して応答することの可能性を予測する工程。
【請求項９２】
癌を有する被験者が、抗癌剤を用いる治療に対して耐性があるかどうかを決定する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、初期に抗癌剤がある状態又は抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤を用いる治療に対して、耐性があるか又は感受性があるかどうかを決定する工程。
【請求項９３】
前記癌が慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である、請求項８９〜９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記抗癌剤が、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法剤、ホルモン療法剤、放射線療法剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８９〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記モノクローナル抗体が、モノクローナル抗体、例えば、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（商標））、ゲムツズマブ（Ｍｙｌｏｔａｒｇ（商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（商品名））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（商標））、及びトシツモマブ（ＢＥＸＸＡＲ（商標））、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（商標））、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（商標））、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（商標））、カネルチニブ（ＣＩ１０３３）、セマキシニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３−９００６）、レフルノミド（ＳＵ１０１）、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ（商品名）；ＺＤ６４７４）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（商標））、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記化学療法剤が、ペメトレキセド（ＡＬＩＭＴＡ（商標））、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（商標））、シロリムス（ラパマイシン）、ラパマイシンアナログ、白金化合物、カルボプラチン、シスプラチン、サトラプラチン、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（商標））、テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９）、エベロリムス（ＲＡＤ００１）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記ホルモン療法剤が、アロマターゼ阻害剤、選択的エストロゲン受容体調節剤、ステロイド剤、フィナステリド、ゴナドトロピン放出性ホルモンアゴニスト、それらの薬学的に許容することのできる塩、それらの立体異性体、それらの誘導体、それらのアナログ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記放射線療法剤が、４７Ｓｃ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、８９Ｓｒ、８６Ｙ、８７Ｙ、９０Ｙ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１１７ｍＳｎ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１６６Ｈｏ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔ、２１２Ｂｉ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項１】
発癌性融合タンパク質のレベル又は活性化状態を決定する方法であって、前記方法は、以下の工程を含む：
（ａ）細胞抽出物中に存在する第１の全長タンパク質を、前記第１全長タンパク質と第１結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、前記細胞抽出物を、前記第１全長タンパク質の第１ドメインに特異的な前記第１結合成分と接触させる工程であって、前記の第１全長タンパク質の第１ドメインは、第２の異なる全長タンパク質の第１ドメインに融合する前記第１全長タンパク質の第２の異なるドメインを含む対応する発癌性融合タンパク質に存在しない、前記工程；
（ｂ）前記細胞抽出物から工程（ａ）からの前記複合体を除去し、前記第１全長タンパク質を含まない細胞抽出物を形成する工程；
（ｃ）前記細胞抽出物中に存在する前記発癌性融合タンパク質を、前記発癌性融合タンパク質と第２結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、工程（ｂ）からの前記細胞抽出物を、前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインに特異的な前記第２結合成分と接触させる工程；及び
（ｄ）工程（ｃ）からの前記複合体のレベル又は活性化状態を決定し、それによって前記発癌性融合タンパク質のレベル又は活性化状態を決定する工程。
【請求項２】
前記細胞抽出物が、サンプルから単離される細胞の抽出物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記サンプルが、全血、血清、血漿、尿、痰、気管支洗浄液、涙液、乳頭吸引液、リンパ液、唾液、微細針吸引液（ＦＮＡ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記サンプルが癌を有する患者から得られる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記癌細胞中の染色体転座による発癌性融合タンパク質の形成によって、前記癌が引き起こされる、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記癌が、血液悪性腫瘍、骨原性肉腫、又は軟部組織肉腫である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記血液悪性腫瘍が、白血病又はリンパ腫である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記白血病が、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記の単離された細胞が、循環腫瘍細胞、白血球、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記の単離された細胞を、インビトロで、成長因子で刺激する、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記の単離された細胞を、成長因子刺激の前に抗癌剤とインキュベートする、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記の単離された細胞を成長因子刺激の後に溶解し、前記細胞抽出物を生成する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記の単離された細胞を溶解の前に洗浄せずに、前記細胞抽出物を生成する、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
前記発癌性融合タンパク質が、ＢＣＲ−ＡＢＬ、ＤＥＫ−ＣＡＮ、Ｅ２Ａ−ＰＢＸ１、ＲＡＲα−ＰＭＬ、ＩＲＥＬ−ＵＲＧ、ＣＢＦβ−ＭＹＨ１１、ＡＭＬ１−ＭＴＧ８、ＥＷＳ−ＦＬＩ、ＬＹＴ−１０−Ｃα１、ＨＲＸ−ＥＮＬ、ＨＲＸ−ＡＦ４、ＮＰＭ−ＡＬＫ、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＲＵＮＸ１−ＥＴＯ、ＴＥＬ−ＴＲＫＣ、ＴＥＬ−ＡＭＬ１、ＭＬＬ−ＡＦ４、ＴＣＲ−ＲＢＴＮ２、ＣＯＬ１Ａ１−ＰＤＧＦ、Ｅ２Ａ−ＨＬＦ、ＰＡＸ３−ＦＫＨＲ、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、ＲＥＴ−ＰＴＣ、ＴＭＲＳＳ−ＥＲＧ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第１全長タンパク質がＢＣＲである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１全長タンパク質の前記第１ドメインが、ＢＣＲのカルボキシル末端領域（ＢＣＲ−Ｃ）を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインが、ＢＣＲのアミノ末端領域（ＢＣＲ−Ｎ）を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第２の異なる全長タンパク質がＡＢＬである、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインが、ＡＢＬのカルボキシル末端領域（ＡＢＬ−Ｃ）を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記第１全長タンパク質がＡＢＬである、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
前記第２の異なる全長タンパク質がＢＣＲである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記活性化状態が、リン酸化状態、ユビキチン化状態、複合体形成状態、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬであり、そして前記活性化状態がリン酸化状態である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
１以上のシグナル伝達分子のレベル又は活性化状態を決定することを更に含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記の１以上のシグナル伝達分子がＢＣＲ−ＡＢＬ基質である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＢＣＲ−ＡＢＬ基質が、ＣＲＫＬ、ＪＡＫ２、ＳＴＡＴ５、ＶＡＶ、ＢＡＰ−１、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第１結合成分が第１抗体を含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記第１抗体が固体支持体に結合している、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記第２の結合成分が第２抗体を含む、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記第２抗体が固体支持体に結合している、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記第２抗体がアドレス可能なアレイにおける固体支持体上に拘束されている、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
工程（ｃ）及び（ｄ）が、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、フローサイトメトリー測定法、又はタグ選別測定法を含む、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＥＬＩＳＡが、サンドイッチＥＬＩＳＡを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記フローサイトメトリー測定法が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）測定法を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記タグ選別測定法が、Ｌｕｍｉｎｅｘ（商標）アッセイを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
工程（ｃ）及び（ｄ）が近接二重検出アッセイを含む、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
工程（ｃ）が更に以下の工程を含む：
（ｃ’）前記細胞抽出物中に存在する前記発癌性融合タンパク質を、前記発癌性融合タンパク質と前記の第２、第３及び第４結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、工程（ｂ）からの前記細胞抽出物を、第３結合成分及び第４結合成分と接触させる工程であって、
前記第３結合成分が、促進成分を用いて標識化されており、そして、下記の内の１つに特異的であり：（ｉ）第２の異なる全長タンパク質の第１ドメイン；（ｉｉ）前記第１全長タンパク質の第２の異なるドメイン；又は（ｉｉｉ）前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインと前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインとの間の融合部位、
前記第４結合成分が、シグナル増幅対の第１メンバーを用いて標識化されており、そして前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインに特異的であり、そして
前記促進成分が、前記シグナル増幅対の第１メンバーへチャネリングしかつ前記シグナル増幅対の第１メンバーと反応する酸化剤を生成する、前記工程；そして
工程（ｄ）が更に以下の工程を含む：
（ｄ’）工程（ｃ’）からの前記複合体を、前記シグナル増幅対の第２メンバーとインキュベートして、増幅シグナルを生成する工程；及び
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される増幅シグナルを検出する工程、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
工程（ｂ）からの細胞抽出物を、第２結合成分の希釈系列と接触させ、前記発癌性融合タンパク質と前記第２結合成分とを含む複数の複合体を形成する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記第３及び第４結合成分が、第３及び第４抗体をそれぞれ含む、請求項４０又は４１に記載の方法。
【請求項４３】
第３及び第４抗体が、両方とも活性化状態非依存性抗体である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される前記増幅シグナルが、前記発癌性融合タンパク質の総量と相関的である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記第３抗体が活性化状態非依存性抗体であり、そして前記第４抗体が活性化状態依存性抗体である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される前記増幅シグナルが、活性化した発癌性融合タンパク質の量と相関的である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記第３結合成分を、前記促進成分を用いて直接的に標識化する、請求項４０〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記第４結合成分を、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて直接的に標識化する、請求項４０〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２検出抗体にコンジュゲートされる結合対の第１メンバーと、前記シグナル増幅対の第１メンバーにコンジュゲートされる前記結合対の第２メンバーとの間の結合を介して、前記第４結合成分を、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて標識化する、請求項４０〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記結合対の前記第１メンバーがビオチンである、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記結合対の前記第２メンバーがストレプトアビジンである、請求項４９又は５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記促進成分が、グルコースオキシダーゼである、請求項４０〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記グルコースオキシダーゼ及び前記第３結合成分が、スルフヒドリル活性化デキストラン分子にコンジュゲートされている、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記スルフヒドリル活性化デキストラン分子が分子量５００ｋＤａを有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
酸化剤が過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５６】
前記シグナル増幅対の第１のメンバーがペルオキシダーゼである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記ペルオキシダーゼが西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記シグナル増幅対の第２メンバーがチラミド試薬である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
前記チラミド試薬がビオチン−チラミドである、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記増幅シグナルが、活性化チラミドを生成する、前記ビオチン−チラミドのペルオキシダーゼ酸化によって生成される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記活性化チラミドが直接的に検出される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記活性化チラミドがシグナル検出性試薬の添加により検出される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
前記シグナル検出性試薬がストレプトアビジン標識化フルオロフォアである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記シグナル検出性試薬がストレプトアビジン標識化ペルオキシダーゼと発色試薬との組み合わせである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
前記発色試薬が３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
以下の工程を更に含む：
（ｅ）前記細胞抽出物中に存在する第２の異なる全長タンパク質を、前記第２の異なる全長タンパク質と第５結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、前記細胞抽出物を、前記第２の異なる全長タンパク質の第２ドメインに特異的な前記第５結合成分と接触させる工程であって、前記第２の異なる全長タンパク質の第２ドメインが、前記発癌性融合タンパク質に存在しない、前記工程；及び
（ｆ）前記細胞抽出物から工程（ｅ）からの前記複合体を除去し、前記第２の異なる全長タンパク質を含まない細胞抽出物を形成する工程であって、工程（ｅ）を、工程（ａ）の前、中、又は後に実施する、前記工程、
請求項１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
前記第５結合成分が第５抗体を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記第５抗体が固体支持体に結合している、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
癌を有し、且つ癌治療のための治療過程を受ける被験者において療法を最適化するため及び／又は毒性を減少するための方法であって、前記方法が以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後に癌細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離された細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）測定した前記発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを、治療過程の間の初期に測定される前記発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルと比較する工程；及び
（ｅ）工程（ｄ）からの比較に基づいて、被験者のための治療過程の今後の用量を決定するか、又は異なる治療過程を被験者に施すかどうかを決定する工程。
【請求項７１】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬである、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記被験者が、治療過程を受ける前に、前記発癌性融合タンパク質を発現する癌細胞を有することを決定される、請求項７０又は７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記被験者がＢＣＲ−ＡＢＬについて陽性である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
発癌性融合タンパク質についての発現のレベルと活性化のレベルとの両方を、前記細胞抽出物中で測定する、請求項７０〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
工程（ｃ）が、トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の比を計算することを更に含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比を、初期に前記被験者のために計算されるトータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の比と比較することを含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、抗癌剤治療における前記活性化した発癌性融合タンパク質のパーセント阻害と相関する、請求項７５又は７６に記載の方法。
【請求項７８】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、対照タンパク質レベルに関連している、請求項７５〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、ホスホ／トータルＢＣＲ−ＡＢＬタンパク質レベルの比を含む、請求項７５〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
対照タンパク質が、前記発癌性融合タンパク質内で見つけられる配列又はドメインを含有する天然全長タンパク質を含む、請求項７８又は７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記対照タンパク質が、全長ＢＣＲ、全長ＡＢＬ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７８〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記発癌性融合タンパク質の活性化の約５０％より低い阻害が、治療過程の今後の用量を増加させることの必要性、又は異なる治療過程を施すことの必要性を示す、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
前記発癌性融合タンパク質の活性化レベルの約５０％未満の阻害が、治療過程への被験者によるコンプライアンスの不足、治療過程と関連した副作用若しくは毒性の可能性の存在、又はそれらの組み合わせを示す、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
前記発癌性融合タンパク質の活性化レベルの約８０％を超える阻害が、被験者が正しい用量で正しい治療にあることを示す、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記癌が慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である、請求項７０〜８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
前記抗癌剤が、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法剤、ホルモン療法剤、放射線療法剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７０〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（商標））、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記工程（ｃ）〜（ｅ）が以下の工程を代わりに含む、請求項７０〜８７のいずれか一項に記載の方法：
（ｃ’）前記細胞抽出物中の経路において、発癌性融合タンパク質及び１以上のシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；
（ｄ’）測定した前記発癌性融合タンパク質及びシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルを、治療過程の間の初期に測定される前記発癌性融合タンパク質及びシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルと比較する工程；及び
（ｅ’）工程（ｄ’）からの比較に基づいて、被験者のための治療過程の今後の用量を決定するか、又は異なる治療過程を被験者に施すかどうかを決定する工程。
【請求項８９】
癌の治療のために、適した抗癌剤を選択する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤が、癌の治療のために適切であるか不適切であるかを決定する工程。
【請求項９０】
抗癌剤を用いる治療に対して癌の応答を同定する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤を用いる治療に対して、癌が応答性又は非応答性であると同定する工程。
【請求項９１】
抗癌剤を用いる治療に対して、癌を有する被験者の応答を予測する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、被験者が、前記抗癌剤を用いる治療に対して応答することの可能性を予測する工程。
【請求項９２】
癌を有する被験者が、抗癌剤を用いる治療に対して耐性があるかどうかを決定する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜６９のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、初期に抗癌剤がある状態又は抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤を用いる治療に対して、耐性があるか又は感受性があるかどうかを決定する工程。
【請求項９３】
前記癌が慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）である、請求項８９〜９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記抗癌剤が、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法剤、ホルモン療法剤、放射線療法剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８９〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記モノクローナル抗体が、モノクローナル抗体、例えば、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（商標））、ゲムツズマブ（Ｍｙｌｏｔａｒｇ（商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（商品名））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（商標））、及びトシツモマブ（ＢＥＸＸＡＲ（商標））、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（商標））、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（商標））、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（商標））、カネルチニブ（ＣＩ１０３３）、セマキシニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３−９００６）、レフルノミド（ＳＵ１０１）、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ（商品名）；ＺＤ６４７４）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（商標））、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記化学療法剤が、ペメトレキセド（ＡＬＩＭＴＡ（商標））、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（商標））、シロリムス（ラパマイシン）、ラパマイシンアナログ、白金化合物、カルボプラチン、シスプラチン、サトラプラチン、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（商標））、テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９）、エベロリムス（ＲＡＤ００１）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記ホルモン療法剤が、アロマターゼ阻害剤、選択的エストロゲン受容体調節剤、ステロイド剤、フィナステリド、ゴナドトロピン放出性ホルモンアゴニスト、それらの薬学的に許容することのできる塩、それらの立体異性体、それらの誘導体、それらのアナログ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記放射線療法剤が、４７Ｓｃ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、８９Ｓｒ、８６Ｙ、８７Ｙ、９０Ｙ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１１７ｍＳｎ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１６６Ｈｏ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔ、２１２Ｂｉ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【公表番号】特表２０１３−５０８７２８（Ｐ２０１３−５０８７２８Ａ）
【公表日】平成２５年３月７日（２０１３．３．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５３５３３６（Ｐ２０１２−５３５３３６）
【出願日】平成２２年１０月２０日（２０１０．１０．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５３３８６
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０５００６９
【国際公開日】平成２３年４月２８日（２０１１．４．２８）
【出願人】（５９９１３２９０４）ネステク ソシエテ アノニム (637)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２５年３月７日（２０１３．３．７）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年１０月２０日（２０１０．１０．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５３３８６
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０５００６９
【国際公開日】平成２３年４月２８日（２０１１．４．２８）
【出願人】（５９９１３２９０４）ネステク ソシエテ アノニム (637)
【Ｆターム（参考）】
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