ＢＯＲＩＳアイソフォーム並びに疾患を検出及び治療する方法
疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳを発現しない哺乳動物の組織中のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する、哺乳動物中の増殖過剰疾患（例えば、ＢＯＲＩＳの異常発現に関連する疾患）を検出する方法、並びに、そのような疾患を治療又は予防する方法、単離又は精製されたＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド及び核酸、及びこれらを含むキット及びアレイ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（技術分野）
本発明は、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、及び関連する化合物及び組成物、並びに、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患（例えば、癌）の検出及び治療のための、このようなポリペプチド、化合物及び組成物の使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
哺乳動物免疫系により認識される腫瘍関連抗原の同定は、癌の診断及び治療に有用である。種々の腫瘍関連抗原（癌細胞において発現されるが、精巣以外では正常組織で発現されない、癌／精巣抗原が挙げられる）が同定されてきた。しかしながら、腫瘍関連抗原を産生する哺乳動物に対して免疫原性であるものは、ごく少数しかない。
【０００３】
ＢＯＲＩＳ（Ｂｒｏｔｈｅｒ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｍｐｒｉｎｔｅｄ Ｓｉｔｅｓ）は、腫瘍関連抗原であり、広い範囲のヒトの癌で活性化される。実際、ＢＯＲＩＳ遺伝子産物の異常な合成は、反復する２０ｑ１３染色体増加を有するヒトの癌の主要な型の全てに相当する、３００を超える原発性腫瘍及び癌細胞株において見出されている。ＢＯＲＩＳ活性化はまた、全ての標準ＮＣＩ−６０癌細胞株においても見出され、これらは米国国立癌研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＣＩ））により維持されており、ヒトの癌の、ある程度完全な代表的セットであると考えられている。
【０００４】
ＢＯＲＩＳはＣＴＣＦパラログでもあり、ＣＴＣＦの１１のジンクフィンガー全てを含み、トランスフォーメーションにつながる細胞増殖を促進することが示されている（非特許文献１及び特許文献１を参照のこと）。従って、ＢＯＲＩＳは、「ＣＴＣＦ様（ＣＴＣＦ−ｌｉｋｅ）」又は「ＣＴＣＦＬ」タンパク質とも呼ばれる。ＣＣＣＴＣ結合因子（ＣＴＣＦ）により媒介されるゲノム中の適切なメチル化パターンの維持を妨害することによる、ＢＯＲＩＳが癌を引き起こすと考えられている１つの作用機序（非特許文献２を参照のこと）。ＢＯＲＩＳ遺伝子は、染色体２０ｑ１３の癌関連増幅領域に位置すると考えられている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】国際公開第０３／０７２７９９号パンフレット（ＰＣＴ／ＵＳ０３／０５１８６）
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｌｏｕｋｉｎｏｖら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ（ＵＳＡ）９９、６８０６−６８１１（２００２）
【非特許文献２】Ｋｌｅｎｏｖａら、Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １２、３９９−４１４（２００２）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
癌マーカー（例えば、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）及び癌胎児性抗原（ＣＥＡ））の異常な発現の検出は、当該分野で知られている。しかしながら、これらのアッセイはごく限られた数の癌しか検出せず、新規の癌又は再発性の癌の検出又は予後判定についての陽性的中率が限定的である。従って、当該分野において、その発現が過剰増殖疾患（例えば、癌）に関連し得る更なる抗原を同定すること、並びに、このような疾患状態の検出、診断、予後判定又は研究に資する、このような抗原の存在を検出する方法が必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患（例えば、癌）の検出、診断、予後判定又は研究に有用な方法及び組成物を提供する。本発明のこれら及び他の利点並びに更なる発明的特徴は、本明細書中に提供された発明の説明から明らかになるであろう。
【０００９】
（発明の要旨）
本発明は、哺乳動物における異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患（癌が挙げられるが、これに限定されない）を検出する方法を提供し、当該方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する。
【００１０】
本発明は、哺乳動物における異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法も提供し、当該方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する。
【００１１】
本明細書中には、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法も提供される。一態様では、この方法は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、このｓｉＲＮＡ分子は、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に相補的な、少なくとも１０ヌクレオチドが連続する配列を含む。関連する態様では、この方法は、抗ＢＯＲＩＳ抗体を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、この抗ＢＯＲＩＳ抗体は、アイソフォームポリペプチドに選択的に結合する。
【００１２】
加えて本発明は、哺乳動物において免疫応答を誘導する方法を提供し、当該方法は、ＢＯＲＩＳアイソフォームを哺乳動物に投与する工程を包含する。
【００１３】
本発明はさらに、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離若しくは精製されたポリペプチド、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む単離若しくは精製された核酸、及びこのようなポリペプチド若しくは核酸を含有する組成物を提供する。
【００１４】
関連する態様では、本発明は、哺乳動物におけるＢＯＲＩＳ発現の検出のためのキットを提供し、このキットは、（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、及び（ｂ）当該プローブの検出を促進する試薬、を含む。
【００１５】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイもまた、本発明により提供され、当該アレイは、基材上に固定された１以上のプローブを含み、このプローブは、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する。
【００１６】
本発明は、１種以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースをさらに提供し、このデータベースは、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと、１種以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする。
【００１７】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳに対する免疫応答を誘導する方法もまた、本発明により提供され、この方法は、哺乳動物に、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームを投与する工程を包含する。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１Ａ】図１Ａは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【図１Ｂ】図１Ｂは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【図１Ｃ】図１Ｃは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【図１Ｄ】図１Ｄは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
（発明の詳細な説明）
Ｋｌｅｎｏｖａら、Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １２、３９９−４１４（２００２）に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチドは、本明細書中で配列番号４３として提供されたアミノ酸配列を含み、本明細書中に配列番号４４として提供されたｍＲＮＡ配列によりコードされる。しかしながら、このＢＯＲＩＳポリペプチドは、ＢＯＲＩＳ遺伝子によりコードされるポリペプチドのファミリーの１つに過ぎない。ＢＯＲＩＳ及びＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡスプライスバリアント（１７の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードするＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の２４の具体例を含む）が本明細書中に記載される。例示的なＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、各々、配列番号１〜２４の核酸配列を含み、上記１７のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、配列番号２５〜４２のヌクレオチド配列を含む。ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物及びそれがコードするポリペプチドは、表１に記載される。特に、配列番号１、２及び３のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、以前に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチド（例えば、配列番号４３）のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。これらのｍＲＮＡ転写物は同一のＢＯＲＩＳポリペプチドをコードするが、このｍＲＮＡ転写物自体は以前に開示されたＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡの選択的スプライス（ｓｐｉｃｅ）バリアントであり、従って、異なるヌクレオチド配列を含む。他のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、Ｋｌｅｎｏｖａら（前出）に以前に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチドとは異なるアミノ酸配列を含む。
【００２０】
本発明を記載する目的のために、用語「ＢＯＲＩＳ」及び「ＢＯＲＩＳポリペプチド」は、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドをいうために用いるものとし、用語「ＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ」は、配列番号４４のヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ転写物をいうために用いるものとする。
【００２１】
用語「ＢＯＲＩＳアイソフォーム」及び「ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド」は、本明細書中、ＢＯＲＩＳ遺伝子のスプライスバリアントｍＲＮＡ転写物によりコードされたポリペプチドをいうために用いるものとし、当該ポリペプチドは、配列番号４３とは異なるアミノ酸配列を有する。ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドの例としては、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。用語「ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ」は、ＢＯＲＩＳ遺伝子のｍＲＮＡスプライスバリアントをいうために用いるものとし、当該ｍＲＮＡスプライスバリアントは、配列番号４４とは異なるヌクレオチド配列を有する。ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の例としては、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸配列、又は配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むｍＲＮＡ分子が挙げられる。
【００２２】
用語「ＢＯＲＩＳ遺伝子」は、本明細書中、ＢＯＲＩＳのゲノム配列をいうために用いるものとし、当該ゲノム配列は、ＢＯＲＩＳポリペプチド並びにＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡスプライスバリアント（例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物）及びＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードする。
【００２３】
本明細書中で用いられる場合、用語「単離された」は、核酸又はポリペプチド分子をその自然環境から取り出すことを意味する。用語「精製された」は、所定の核酸又はポリペプチド分子が、自然から取り出されたものであれ実験室条件下で合成及び／又は増幅されたものであれ、純度が増加していることをいい、ここで、「純度」は相対的な用語であり、「絶対純度」ではない。
【００２４】
本明細書中で用いられる場合、用語「核酸」は、ＤＮＡ又はＲＮＡのポリマー（即ち、ポリヌクレオチド）を包含することが企図され、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、非天然の又は変更されたヌクレオチドを含み得る。同様に、「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸の直鎖状配列（即ち、タンパク質一次構造）、並びにタンパク質の二次構造、三次構造及び四次構造を包含することが企図され、これらのいずれもが、非天然の又は変更されたアミノ酸を含み得る。
【００２５】
本発明の一部の態様は、抗体の使用に関して記載される。抗体の使用は、種々の公知の形態（例えば、Ｆ（ａｂ）２’断片、一本鎖抗体可変領域断片（ＳｃＦｖ）鎖等）のいずれかの抗体断片の使用により置き換えられ得ることが企図される。従って、簡潔にするために、本明細書中で用いられる場合、用語「抗体」は抗体及び抗体断片を包含することが企図される。用語「抗体」がいずれの箇所で用いられても、抗体断片が代わりに用いられ得ることが具体的に企図される。
【００２６】
用語「選択的に結合する」は、本明細書中で用いられる場合、別のポリペプチド又は核酸と比較して、より大きな親和性で又は優先的に、標的分子（例えば、ポリペプチド又は核酸）に結合することを意味する。従って、例えば、プローブがそのような標的と、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物ではない核酸に対するよりも優先的に又はより大きな親和性で結合する場合、当該プローブは、標的ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物と選択的に結合する。同様に、抗ＢＯＲＩＳ抗体は、抗ＢＯＲＩＳ抗体がこのような標的アイソフォームと、ＢＯＲＩＳアイソフォームではないポリペプチドに対するよりも優先的に又はより大きな親和性で結合する場合、ＢＯＲＩＳアイソフォームと選択的に結合する。選択的に結合するはまた、分子が１つのＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド又はｍＲＮＡ転写物と、別のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド又はｍＲＮＡ転写物よりも、優先的に又はより大きな親和性で結合することを意味するために用いられ得る。
【００２７】
本発明は、哺乳動物において異常な遺伝子発現を特徴とする疾患（例えば、異常なＢＯＲＩＳ発現を伴う増殖過剰疾患（例えば、癌））を検出する方法を提供する。この点、「異常なＢＯＲＩＳ発現」は、本明細書中により詳細に議論されているように、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳ遺伝子を発現しない哺乳動物の組織又は体液中のＢＯＲＩＳの発現を意味する。
【００２８】
本発明の一態様によれば、この方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する。１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームは、例えば、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み得る。本発明の関連の態様では、本方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する。上記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含み得る。上に記載のように、哺乳動物のこのような組織又は液体中でのＢＯＲＩＳアイソフォーム又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現は、その哺乳動物に疾患が存在することを示す。
【００２９】
用語「試験すること」及び「検出すること」（及びこれらの置き換え）は、本明細書中で用いられる場合、ある状態の存在を調査又は決定することを意味する。従って、例えば、遺伝子若しくは遺伝子産物の発現「について試験すること」又は遺伝子若しくは遺伝子産物の発現を「検出すること」は、当該遺伝子が発現されているか否か又は当該遺伝子が存在するか否かを調査又は決定することを意味する。
【００３０】
好ましくは、疾患を検出する方法は、１よりも多いＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する。例えば、本方法は、２以上の、好ましくは５以上の、１０以上の、１５以上のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について、又はこのようなＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の全ての発現についてさえも試験する工程を包含し得る。この方法が、１つのＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の検出を伴うにしろ、或いは１よりも多いＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の検出を伴うにしろ、疾患を検出するこの方法は、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について又は配列番号４４のヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程をも包含し得る。
【００３１】
本発明の方法は、異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とするか又は異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する任意の疾患を検出（癌の検出が挙げられるが、これに限定されない）するために用いられ得る。上に言及したように、ＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡは、ほとんどの主要な形態の癌に相当する、数百の癌及び腫瘍細胞株において検出されている。従って、本発明の方法は、任意の型の癌を検出するために用いられ得る。このような癌としては、口腔及び咽頭の癌、消化器系（例えば、食道、胃、小腸、結腸、直腸、肛門、肝臓、胆嚢及び膵臓）の癌、呼吸器系の癌（例えば、喉頭、肺及び気管支、非小細胞肺癌を含む）、骨及び関節の癌（例えば、骨転移）、軟部組織の癌、皮膚の癌（例えば、黒色腫）、乳癌、生殖系（例えば、子宮頸部、子宮体、卵巣 外陰部、膣、前立腺、精巣及び陰茎）の癌、泌尿器系（例えば、膀胱、腎臓、腎盂及び尿管）の癌、眼及び眼窩の癌、脳及び神経系の癌（例えば、グリオーマ）、又は内分泌系（例えば、甲状腺）の癌が挙げられるが、これらに限定されない。この癌は、リンパ腫（例えば、ホジキン病及び非ホジキンリンパ腫）、多発性骨髄腫、又は白血病（例えば、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病等）でもあり得る。
【００３２】
さらに、本明細書中に実証されているように、全ての癌が同一のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現に関連しているわけではない。従って、１以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験することにより、種々の型の癌を識別するため又は特定の型の癌を検出するために用いられ得るＢＯＲＩＳ発現パターンを生成することが可能である。従って、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を検出する方法は、好ましくは、上記哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現とコントロールとを比較する工程を包含し、この比較は、例えば、当該哺乳動物が罹患し得る疾患の型を分類するのに用いられ得る。任意の適切なコントロールが、この目的のために用いられ得る。典型的には、このコントロールは、特定の型の疾患又は癌に対応するＢＯＲＩＳ発現パターン（例えば、特定の型の疾患又は癌に罹患していることがわかっている哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現パターン）により提供され得る。
【００３３】
１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験することは、任意の適切な技術を用いて遂行され得る。典型的には、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳ遺伝子を発現しない（即ち、ＢＯＲＩＳポリペプチド又はその任意のアイソフォームを発現しない）哺乳動物の組織又は体液の試料が取得され、この試料が、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験される。ＢＯＲＩＳ遺伝子は、正常では精巣及び卵巣においてのみ発現される。従って、精巣組織試料又は卵巣組織試料以外の任意の組織又は体液の試料が用いられ得る。この試料は、固形の試料であり得るか、又はこの試料は液体（例えば体液の試料）であり得る。例えば、組織全体の切片が、免疫組織化学ベースの解析に用いられ得るか、又はホモジェナイズされて当該組織中に見出される要素が液状化され得る。この試料は、好ましくは液体である。適切な液体試料としては、血液、血清、血漿、リンパ液及び間質液が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３４】
１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験することは、例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドを直接的に検出すること、又はＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物を検出することを含み得る。試料中のタンパク質レベルを検出する適切な方法としては、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ及び酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）が挙げられる。このような方法は、Ｎａｋａｍｕｒａら、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第４版、Ｗｏｌ．１、第２７章、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌ．、Ｏｘｆｏｒｄ、１９８７に記載されている。試料中のタンパク質をイムノアッセイを用いて検出する場合、この試料は、典型的には、標的タンパク質（例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド）に特異的に結合する抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ）２’断片、一本鎖抗体可変領域断片（ＳｃＦｖ）鎖等）と接触させられる。従って、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、例えば、哺乳動物の組織又は体液の試料とＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体又は抗体断片とを接触させること、及び当該抗体又は抗体断片と試料由来のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合を検出することにより、検出され得る。イムノアッセイと組み合わせてＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドを検出するのに適切な抗体及び他のポリペプチドは市販されており、及び／又は慣用的な方法（例えば、本明細書の他の箇所に論じられた方法（例えば、Ｈａｒｌｏｗら、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８８））により調製され得る。
【００３５】
試料と抗体とをインキュベートすると形成される免疫複合体は、任意の適切な方法により、その後検出される。一般に、免疫複合体の検出は当該分野において周知であり、多くのアプローチの適用を介して達成され得る。これらの方法は、一般に、標識又はマーカー（例えば、当該分野において標準的に用いられる、放射性の、蛍光の、生物学的な又は酵素的なタグ又は標識のいずれか）の検出に基づく。このような標識の使用に関する米国特許としては、米国特許第３，８１７，８３７号、同第３，８５０，７５２号、同第３，９３９，３５０号、同第３，９９６，３４５号、同第４，２７７，４３７号、同第４，２７５，１４９号及び同第４，３６６，２４１号が挙げられる。
【００３６】
例えば、免疫複合体を形成するのに用いられる抗体は、それ自体、検出可能な標識に結合され得、これにより、一次免疫複合体の存在又は量が決定されるのを可能にする。或いは、一次免疫複合体内の、結合した、最初に添加された成分は、一次抗体に対する結合親和性を有する二次結合リガンドにより検出され得る。これらの場合、二次結合リガンドは、それ自体、「二次」抗体と呼ばれ得る抗体であることがしばしばある。一次免疫複合体は、標識された二次結合リガンド又は抗体と、二次免疫複合体の形成を可能にするのに有効な条件下でかつ充分に長い期間、接触させられる。次いで、二次免疫複合体は、非特異的に結合した任意の標識二次抗体又はリガンドを取り除くために洗浄され、次いで、二次免疫複合体中の残留標識が検出される。
【００３７】
他の方法としては、２ステップアプローチによる一次免疫複合体の検出が挙げられる。一次抗体に対して結合親和性を有する二次結合リガンド（例えば抗体）が、上記のように、二次免疫複合体を形成するために用いられ得る。洗浄後、二次免疫複合体は、二次抗体に対して結合親和性を有する三次結合リガンド又は抗体と、免疫複合体（三次免疫複合体）の形成を可能にするのに有効な条件下でかつ充分に長い期間、再度接触させられ得る。三次リガンド又は抗体は、検出可能な標識に結合され、こうして形成された三次免疫複合体の検出を可能にする。他の多くのアッセイが企図される。しかしながら、本発明は、どの方法が用いられるかに関して限定されない。
【００３８】
同様に、ＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするｍＲＮＡ転写物は、任意の適切な技術により検出され得る。典型的には、上記哺乳動物の組織又は体液の試料（例えば、このような試料のＲＮＡ物質）が、ＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするｍＲＮＡ転写物に結合する核酸プローブと接触され、核酸プローブと試料由来のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合が検出される。ｍＲＮＡを検出又は測定する適切な方法としては、例えば、ノーザンブロッティング、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）及びリアルタイムＲＴ−ＰＣＲが挙げられる。このような方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．１９８９に記載されている。これらの方法のうち、典型的にはリアルタイムＲＴ−ＰＣＲが好ましい。リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ（Ｂｕｓｔｉｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ ２５：１６９−１９３（２０００）に記載）では、ＰＣＲが、単位複製配列にハイブリダイズする、標識（例えば、蛍光）オリゴヌクレオチドプローブの存在下で実行される。このプローブは、例えば、レポーター蛍光色素及びクエンチャー蛍光色素で二重標識され得る。ＰＣＲの間、プローブが単位複製配列の相補的配列にアニールすると、５’ヌクレアーゼ活性を有するＴａｑポリメラーゼが、クエンチャー蛍光色素がレポーター蛍光色素から離れるようにプローブを切断し、これにより、レポーター蛍光色素が蛍光を放出するようになる。単位複製配列のレベルに正比例する、得られた発光の増加は、分光光度計によりモニタリングされる。特定のレベルの蛍光が分光光度計により検出される増幅のサイクルは、閾値サイクル、ＣＴと呼ばれる。この値は、単位複製配列のレベルを比較するために用いられる。バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するのに適切なプローブは市販されており、及び／又は慣用的な方法（例えば、本明細書の他の箇所に論じられた方法）により調製され得る。哺乳動物の組織及び体液の試料中のポリペプチド及びｍＲＮＡ転写物を検出するこれら及び他の方法の具体的なプロトコールは、当該分野において周知である（例えば、前出のＳａｍｂｒｏｏｋらを参照のこと）。
【００３９】
或いは、ＢＯＲＩＳアイソフォームの発現は、上記哺乳動物中のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体の存在を検出することにより、間接的に試験され得る。特定の理論に縛られることは望まないが、ＢＯＲＩＳアイソフォームが正常では見出されない組織及び体液（例えば、精巣又は卵巣以外）中でのＢＯＲＩＳアイソフォームの異常な発現が、罹患した哺乳動物から得られた試料（例えば、組織、血清又は血流）中で検出され得るＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体を、当該哺乳動物の免疫系に産生させると考えられている。このような疾患がないとき、ＢＯＲＩＳアイソフォームは、罹患していない哺乳動物においてそれらが正常に見出される組織及び器官に限定され、この哺乳動物の免疫系は、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体を産生しない。従って、罹患していない哺乳動物（例えば、異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患のない哺乳動物）から採取した試料は、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を含有しないであろう。従って、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体が哺乳動物の試料中に存在すること又は存在しないことを検出することにより、本発明の方法は、その哺乳動物が、異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患（例えば癌）を有するか否かについて決定することを可能にする。
【００４０】
試料中の抗ＢＯＲＩＳ自己抗体を検出する任意の適切な方法が用いられ得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体は、例えば、哺乳動物の組織若しくは体液の試料と、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム若しくはその免疫原性部分（例えば、配列番号２５〜４２のいずれかのアミノ酸配列の免疫原性部分を含む、１以上の単離若しくは精製されたポリペプチド）とを接触させることにより、検出され得る。この試料は、当該分野で公知の任意の適切な方法を用いて、ＢＯＲＩＳポリペプチドと接触され得る。好ましくは、試料は、インビトロ又はエキソビボで、ＢＯＲＩＳポリペプチドと接触される。試料中の抗体を検出するためのインビトロ及びエキソビボの方法は当該分野において周知であり、この方法としては、例えば、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、アフィニティークロマトグラフィー及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）が挙げられる。
【００４１】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの「免疫原性」部分又は「免疫反応性」部分は、哺乳動物においてインビボで免疫応答を生じ得るか、抗ＢＯＲＩＳ抗体又は自己抗体にインビボ又はインビトロで結合し得るか、又はＢＯＲＩＳアイソフォームの１以上のエピトープを含み得る、全長ＢＯＲＩＳアイソフォーム（例えば、配列番号２５〜４２）の任意の部分を意味する。本明細書中で用いられる場合、用語「部分」は、用語「断片」と同義であり、これらの用語は両方とも、約５以上のアミノ酸（例えば、約１０以上、約１５以上、約２０以上、約２５以上、又は約３０以上のアミノ酸でさえも）を含むポリペプチドの連続部分をいうために用いられる。当然、全長ＢＯＲＩＳアイソフォームは免疫原性部分を提供し得る。しかしながら、ＢＯＲＩＳアイソフォームのより短い部分を用いることがより簡便であり得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの任意の所定の部分が免疫原性であるか否かは、本明細書中に提供される開示を考慮して、慣用的な技術を用いて決定され得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗ＢＯＲＩＳ抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその部分を哺乳動物に導入し、その後、慣用的な技術を用いて哺乳動物から抗体を回収することにより、当該哺乳動物から得られ得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの所定の「試験」部分は抗ＢＯＲＩＳ抗体と接触され得、ＢＯＲＩＳアイソフォームの部分に対する当該抗体の結合親和性が測定され、抗ＢＯＲＩＳ抗体がＢＯＲＩＳアイソフォームの所定の「試験」部分に結合するか否かが決定され得る。抗体がＢＯＲＩＳアイソフォームの試験部分に結合する場合、当該ＢＯＲＩＳアイソフォームの試験部分は免疫原性であるとみなされる。ＢＯＲＩＳアイソフォームの所定の部分が免疫原性であるか否かを決定する他の方法が、利用可能である。
【００４２】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの適切な免疫原性部分としては、アミノ末端からジンクフィンガードメインまでに及ぶ領域として定義されるＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ末端部分（「Ｎ末端ドメイン」）又はその少なくとも一部の、約１００以上のアミノ酸（例えば、２００以上、２５０以上、３００以上、４００以上若しくは５００以上のアミノ酸）を含む部分が挙げられる。ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドの別の適切な部分としては、ジンクフィンガードメインの後に始まりＢＯＲＩＳのカルボキシル末端で終わる領域として定義されるカルボキシル末端部分（「Ｃ末端ドメイン」）又はその少なくとも一部の、約７５以上のアミノ酸（例えば、約１００以上、約２００以上、約３００以上若しくは約４００以上のアミノ酸）を含む部分が挙げられる。
【００４３】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含む、より大きなポリペプチド構築物の一部であり得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、例えば、非ネイティブのアミノ酸配列により一緒に連結された、１以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの１以上の異なる免疫原性部分を含むポリペプチド構築物の一部であり得る。このようなポリペプチド構築物は、例えば、本明細書中に記載の、１以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン及びＣ末端ドメインの各々の、少なくとも一部分を含み得る。より好ましくは、ＢＯＲＩＳポリペプチド構築物は、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン全体及びＣ末端ドメイン全体を含む。ＢＯＲＩＳポリペプチド構築物が、ＢＯＲＩＳアイソフォームのいずれかのジンクフィンガードメインを除外することが更に好ましい。
【００４４】
その部分又は断片にＢＯＲＩＳアイソフォームエピトープが存在する場合、ＢＯＲＩＳアイソフォームのさらに小さな部分が、免疫原性部分を提供し得る。「エピトープ」とは、抗体又は抗原レセプターにより認識される、抗原上の配列を意味する。エピトープは、当該分野において、「抗原決定基」とも呼ばれる。抗ＢＯＲＩＳ抗体が結合し得る限り、ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、長さ約６６０、２００、１５０、１００、６０、５０、３０、２０、１５又は１２アミノ酸残基未満であり得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、好ましくは、少なくとも約１０、１１又は１２アミノ酸を含む。しかしながら、１１アミノ酸より少ないアミノ酸（例えば、約４、６、８又は１０以上のアミノ酸）しか含まないＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分もまた、本発明の範囲内である。当然、好ましいアミノ酸数は、上に記載の好ましい境界値のいずれかに入る範囲（例えば、１０〜２００アミノ酸、１０〜１００アミノ酸、１０〜５０アミノ酸、１０〜２０アミノ酸など）によっても表され得る。
【００４５】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分はまた、ＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列のバリアントにより提供され得る。本明細書中で用いられる場合、用語「バリアント」は、特定のアミノ酸又はヌクレオチド配列が変更されているが、ネイティブ配列の必要とされる機能を保持している配列をいうために用いられる。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分に関して、ＢＯＲＩＳアイソフォームのバリアントは、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体に結合する機能を保持する。本明細書中に提供される情報を用いて、ＢＯＲＩＳアイソフォームバリアントが生成され得、抗ＢＯＲＩＳ抗体又はその機能的断片（例えば、Ｆａｂ又はＦ’（ａｂ）２）と結合する能力について特徴付けられ得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームバリアントは、例えば、本明細書中に提供されたＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする核酸配列の部位特異的変異誘発またはランダム変異誘発を用いて生成され得る。このようにして生成されたＢＯＲＩＳバリアントの結合特性は、例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体の、当該バリアントに対する結合親和性を測定することにより、決定され得る。このような抗体は、例えば、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームを接種した哺乳動物の血清から、又は癌を有する哺乳動物の血清から、得られ得る。
【００４６】
ＢＯＲＩＳアイソフォームのバリアントは、望ましくは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームと、アミノ酸配列同一性を有する１以上の領域を共有する。この点について、このバリアントは、好ましくは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列に対して、少なくとも約５０％同一（例えば、少なくとも約６０％同一、少なくとも約７０％同一、少なくとも約８０％同一又は少なくとも約９０％同一）のアミノ酸配列を含む。より好ましくは、このバリアントは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％同一（例えば、少なくとも約８５％同一若しくは少なくとも約９５％同一）のアミノ酸配列を含む。最も好ましくは、このポリペプチドは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％同一（例えば、少なくとも約９５％同一、少なくとも約９７％同一若しくは少なくとも約９９％同一）のアミノ酸配列を含む。本明細書中で用いられる場合、配列同一性は、周知のＢＬＡＳＴアルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴｐ、ＢＬＡＳＴ ２．１、ＢＬ２ＳＥＱ、及びそれらの後のバージョン）を用いて決定される通りである。抗ＢＯＲＩＳ抗体に結合し得るＢＯＲＩＳアイソフォームのバリアントは、好ましくは、８アミノ酸残基のウインドウにわたり、少なくとも５、６又は７アミノ酸残基がネイティブＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列と同一である。
【００４７】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの任意の免疫原性部分が、単独で、又は同一又は異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの他の免疫原性部分と組み合せて、用いられ得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、単独で用いられてもＢＯＲＩＳアイソフォームの他の免疫原性部分と組み合わせて用いられても、より大きなポリペプチドの一部になり得る（例えば、別の（即ち「非ＢＯＲＩＳ」）タンパク質に挿入される（又は別のやり方で結合される））。特定のいかなる理論に束縛されることも意図しないが、異なる個体は、その抗原提示細胞（例えば、マクロファージ）上に発現するＭＨＣ分子に基づいた、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する免疫応答を有するであろうと考えられる。従って、免疫原性であるＢＯＲＩＳアイソフォームの部分は、個体により変動し得る。更に、ＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン及びＣ末端ドメインの両方に対する自己反応性抗体応答が、一部の癌患者において検出されてきた。従って、１よりも多くの、ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分（例えば、１よりも多くのＢＯＲＩＳアイソフォームエピトープ）の使用が好ましい。１よりも多くの免疫原性部分が用いられる場合、例えば、同時に用いられる数個の非連続ポリペプチド（例えば、各々がＢＯＲＩＳアイソフォームの異なる免疫原性部分を含む２以上のポリペプチド）により、又は例えば非ネイティブのリンカー配列により連結されたＢＯＲＩＳの２以上の異なる免疫原性部分を含む単一のポリペプチドにより、異なる免疫原性部分が提供され得る。
【００４８】
本発明の好ましい実施形態では、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの２以上の免疫原性部分が、可撓性リンカーアミノ酸配列により連結される。このような構築物もまた、ＢＯＲＩＳポリペプチドの免疫原性部分を含み得る。可撓性リンカーは、当該分野において、例えば融合タンパク質若しくはキメラタンパク質の構築において、別個の２つのポリペプチドを連結するために用いられる。従って、例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン部分及びＣ末端ドメイン部分は、可撓性リンカー配列を介して連結され、単一のポリペプチド分子を形成し得る。可撓性リンカーは、ポリペプチドドメインを連結して分離するのに用いられ得る適切な任意のアミノ酸配列であり得る。この点について、可撓性リンカーは、好ましくは、約５以上のアミノ酸（例えば、約６以上、７以上若しくは９以上のアミノ酸）、より好ましくは約１０以上のアミノ酸（例えば、約１１以上、１２以上若しくは１４以上のアミノ酸）、最も好ましくは約１５以上のアミノ酸（例えば、約１７以上、２０以上若しくは２５以上のアミノ酸）を含む。リンカー配列、及び可撓性リンカーを用いてポリペプチドドメインを連結するための方法は、当該分野で知られている（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，３３３（１），１６７−７３（２００５）；Ｌｉｎら，Ｅｕｒ．Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｎｅｔｗ．，１５（３），２４０−６（２００４）を参照のこと）。
【００４９】
ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分は、他の生体分子（例えば、タンパク質、ポリペプチド、脂質、炭水化物、プレニル及びアシル部分、並びに核酸）に連結され得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分は、シグナル発生部分（検出可能な標識としても知られる）に結合され得る。シグナル発生部分の正体及び使用は、当該分野で周知である。シグナル発生部分は、通常は試料の操作の後、試料中の分析物又は試薬の存在を示すことが可能な分子である。このような操作はしばしば、試料と適切な検出試薬とを、２つの部分が一緒に結合するのを可能にする条件下でインキュベートする工程、次いで存在する場合には、洗浄、濾過又は他の適切な技術を介して、試料から標識部分を全て取り除く工程を包含する。シグナル発生部分を用いた他の研究方法は、当該分野で周知である。適切なシグナル発生部分としては、蛍光分子（例えば、緑色蛍光タンパク質）、蛍光クエンチャー、ＢＯＲＩＳを認識しない抗体に対するエピトープ及びハプテン（例えば、周知のＦＬＡＧエピトープ）、酵素（例えば、発色性又は発光性（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ若しくはβ−ガラクトシダーゼ））、増幅され得るか又はプローブに特異的にハイブリダイズされ得る核酸、ビオチン、アビジン若しくはストレプトアビジン、レクチン及びコロイドが挙げられるが、これらに限定されない。タンパク質を検出可能な標識及び固体支持体と連結するための方法は、当該分野において周知である。
【００５０】
本発明の方法に従って検出される抗体又は自己抗体は、好ましくは、ＣＣＣＴＣ結合因子（ＣＴＣＦ）に対してよりも、ＢＯＲＩＳ若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームに対して、より大きな親和性をもって結合するか、又は、この抗体又は自己抗体はＣＴＣＦと全く結合しない。従って、本発明の方法は、好ましくは、ＣＴＣＦに対する結合親和性よりもＢＯＲＩＳ又はＢＯＲＩＳアイソフォームに対する結合親和性の方が大きな、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体又は自己抗体を検出する工程を包含する。これは、用いられたＢＯＲＩＳの部分がＢＯＲＩＳのジンクフィンガードメインを含む場合に特に有利である。より好ましくは、本発明の方法により検出される抗体とＢＯＲＩＳとの間の、標準的な条件下での結合の解離定数（Ｋｄ）は、同一抗体とＣＴＣＦとの間の結合のＫｄの、多くても１０分の１であり、より好ましくは多くても１００分の１であり、さらに好ましくは多くても１０００分の１である。一部の実施形態では、患者の血清中の抗体とＣＴＣＦとの結合は、ネガティブコントロールとして用いられ得る。特定のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体又は自己抗体が望まれる場合、この方法は、好ましくは、所望の標的ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する結合親和性が他のＢＯＲＩＳアイソフォームに対するものよりも大きな、そのような抗体又は自己抗体を検出する工程を包含する。
【００５１】
好ましい実施形態では、癌を検出する方法又は抗ＢＯＲＩＳ抗体を検出する方法は、ＢＯＲＩＳに対して反応性の、患者の体内に存在するか又は患者の体に由来する試料中に存在する抗体のクラス及び／又はサブクラスを決定する工程を包含する。当業者は、５つの主要なヒト免疫グロブリンクラス（即ちアイソタイプ）が、免疫グロブリンＭ（即ちＩｇＭ）、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ及びＩｇＥであり、これらが典型的には抗体重鎖の定常領域の構造により規定されることを理解するであろう。ヒト抗体分子の軽鎖は、典型的には、当該分野において、ラムダ（λ）鎖又はカッパ（κ）鎖のいずれかとして分類される。ＩｇＧ抗体は、さらに４つのサブタイプ（即ち、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４）に細分類され得るのに対し、ＩｇＡ抗体は、典型的には、２つのサブタイプ（即ち、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）に細分類される。単離又は精製した抗体のクラス及びサブクラスを決定する方法は当該分野において周知である。例えば、ＢＯＲＩＳ反応性抗体は、免疫クロマトグラフィーにより、ヒトの血清から単離され得る。マイクロタイタープレートのウェルが、一晩４℃で、１０μｇ／ｍｌの抗ヒト免疫グロブリンで覆われ得る。５％ＢＳＡでブロッキングした後、プレートを、周囲温度で２時間、１０μｇ／ｍｌのモノクローナル抗体又は精製アイソタイプコントロールと反応させる。次いで、このウェルを、ヒトＩｇＧ１特異的、ＩｇＧ２特異的、ＩｇＧ３特異的若しくはＩｇＧ４特異的又はヒトＩｇＭ特異的なアルカリホスファターゼコンジュゲート化プローブと反応させ得る。洗浄後、このプレートを、発光性又は発色性の基質で発光/発色させ、発光又は発色について解析し得る。
【００５２】
疾患を検出する方法及び異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、異なる方法で用いられ得る。例えば、この方法は、診断又はスクリーニングの目的のために、疾患状態の存在を単に確認するために用いられ得る。更に、この方法は、例えば、経時的に種々の試料由来の抗ＢＯＲＩＳ抗体のレベル（若しくはＢＯＲＩＳ発現レベル）を比較することにより、例えば、疾患状態の状況（例えば、進行又は後退）をモニタリングするために用いられ得る。このような使用は、特定の治療レジメンに対する患者の応答をモニタリングするのに有用である。
【００５３】
関連の態様では、本発明はまた、疾患の検出以外の目的で、異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法を提供する。異常なＢＯＲＩＳ発現の検出は、任意の適切な目的（例えば、異常な遺伝子発現（特に、異常なＢＯＲＩＳ発現）を特徴とする疾患（増殖過剰疾患（例えば、癌）が挙げられるが、これらに限定されない）の、予後判定、モニタリング又は研究）に用いられ得る。例えば、異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、新規な又は既存の薬物又は治療法の開発と組み合わせた、又は確立された治療法レジメンの一部としての、薬物及び他の治療法の、種々の疾患（特に、本明細書中に記載される種々の癌）に対する効果をモニタリングするために用いられ得る。また、異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルを生成するのに用いられ得、このＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、次に、疾患を検出、診断、予後判定、モニタリング又は研究するための、スクリーニング方法に従って用いられ得る。異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織中の、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程、又は配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含し得る。異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法の他の全ての態様は、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を検出する方法に関して記載した通りである。
【００５４】
本明細書に記載の方法と共に用いられる哺乳動物は、任意の適切な哺乳動物（例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ブタ、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、スナネズミ、サル及びハムスター）であり得る。哺乳動物は、好ましくはヒトである。
【００５５】
（単離又は精製されたポリペプチド、核酸、抗体、細胞及び組成物）
本発明は、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列又はその免疫原性部分を含むか、本質的にこれらからなるか、又はこれらからなる、単離又は精製されたポリペプチドを提供する。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、疾患を検出する方法又は抗ＢＯＲＩＳ自己抗体を検出する方法と組み合わせて有用であると本明細書中に記載した任意の免疫原性部分を含み得るか、本質的にこれらからなり得るか、又はこれらからなり得る。用語「本質的に・・・からなる」は、本明細書中では、ポリペプチドが他の生物学的に活性なアミノ酸配列をいずれも含み得ないが、生物学的に活性でない他の配列又は他の成分（例えば、調節若しくはシグナル配列、レポーター構築物、リンカー分子、標的化若しくは送達成分など）を含み得ることを意味するのに用いられる。
【００５６】
所望の場合、単離又は精製されたポリペプチドは、例えば、グリコシル化、アミド化、カルボキシル化若しくはリン酸化により、又は、本発明のポリペプチド分子の酸付加塩、アミド、エステル（特に、Ｃ末端エステル）及びＮ−アシル誘導体の作出により、修飾され得る。ポリペプチド分子はまた、二量体化又は多量体化され得る。さらに、ポリペプチド分子は、当該分野で公知の方法に従って他の部分と共有結合複合体又は非共有結合複合体を形成することにより修飾され、ポリペプチド誘導体が作出され得る。共有結合された複合体は、化学部分を、ポリペプチドを構成するアミノ酸の側鎖上の官能基に、又はＮ末端若しくはＣ末端で連結することにより、調製され得る。
【００５７】
単離又は精製されたポリペプチドは、任意の適切な方法を用いて製造され得る。この点、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分をコードする核酸配列は、例えば、本明細書中に記載の核酸配列を用いて合成により生成され、また、適切な宿主細胞中で発現され、これにより、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分の産生を生じ得る。或いは、ＢＯＲＩＳアイソフォーム及びその免疫原性部分は、例えば、本明細書中に開示されたアミノ酸配列及び当該分野で知られたタンパク質合成法を用いて合成され得る。或いは、ＢＯＲＩＳアイソフォームは、哺乳動物から単離され得、所望の場合には、その免疫原性部分は、全長ＢＯＲＩＳアイソフォーム内で切断するプロテアーゼを用いて生成され得る。上に議論したように、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分は、シグナル発生部分又は検出可能な標識で標識されるか、又は、固体支持体に連結され得る。
【００５８】
本発明はまた、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列又はその免疫原性部分をコードする核酸配列を含むか、本質的にこれらからなるか、又はこれらからなる、単離又は精製された核酸、並びに、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチドを含むか、本質的にこれらからなるか、又はこれらからなる、単離又は精製された核酸を提供する。用語「本質的に・・・からなる」は、本明細書中、核酸が、生物学的に活性なタンパク質をコードする他のいかなる配列をも含み得ないが、他の核酸配列又は他の成分（例えば、調節配列、レポーター構築物、リンカー分子など）を含み得ることを意味するのに用いられる。
【００５９】
本発明はまた、上に記載の単離又は精製された核酸分子を含むベクターを提供する。上に記載の核酸分子は、任意の適切なベクター中にクローン化され得、任意の適切な宿主を形質転換又はトランスフェクトするために用いられ得る。それらを構築するためのベクター及び方法の選択は、当業者に一般に知られており、一般的な技術参考文献に記載されている（一般に、「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｐａｒｔ Ｄ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，第１５３巻，Ｗｕ及びＧｒｏｓｓｍａｎ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（１９８７）を参照のこと）。
【００６０】
適切なベクターとしては、伝播（ｐｒｏｐａｇａｔｉｏｎ）及び増殖（ｅｘｐａｎｓｉｏｎ）用に、又は発現用に、或いはこれら両方用に、設計されたものが挙げられる。適切なベクターの例としては、プラスミド、ファージミド、コスミド、ウイルス、及びウイルス供給源又は細菌供給源由来の他のビヒクルが挙げられる。好ましくは、上記ベクターはウイルスベクターであり、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、ＳＶ４０型ウイルス、ポリオーマウイルス、エプスタイン・バーウイルス、パピローマウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス及びポリオウイルスからなる群より選択される。最も好ましくは、上記ベクターはアデノウイルスベクターである。
【００６１】
アデノウイルスベクターが本発明に関して用いられる場合、アデノウイルスベクターは、アデノウイルスの任意の血清型に由来し得る。アデノウイルスの供給源として用いられ得るアデノウイルスストックは、アデノウイルス血清型１〜５１（これらは、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から現在入手可能である）から、又は他の任意の供給源から入手可能なアデノウイルスの他の任意の血清型から、増幅され得る。例えば、アデノウイルスは、Ａ亜群（例えば、血清型１２、１８及び３１）、Ｂ亜群（例えば、血清型３、７、１１、１４、１６、２１、３４及び３５）、Ｃ亜群（例えば、血清型１、２、５及び６）、Ｄ亜群（例えば、血清型８、９、１０、１３、１５、１７、１９、２０、２２〜３０、３２、３３、３６〜３９及び４２〜４７）、Ｅ亜群（血清型４）、Ｆ亜群（血清型４０及び４１）又は任意の他のアデノウイルス血清型のものであり得る。しかしながら、好ましくは、アデノウイルスは、血清型２、５又は９のものである。しかしながら、非Ｃ群アデノウイルスは、１以上の非ネイティブ核酸配列を所望の組織に送達するためのアデノウイルスベクターを調製するために用いられ得る。非Ｃ群アデノウイルスベクターの構築に用いられる好ましいアデノウイルスとしては、Ａｄ１２（Ａ群）、Ａｄ７（Ｂ群）、Ａｄ３０及びＡｄ３６（Ｄ群）、Ａｄ４（Ｅ群）並びにＡｄ４１（Ｆ群）が挙げられる。非Ｃ群アデノウイルスベクター、非Ｃ群アデノウイルスベクターを生成する方法及び非Ｃ群アデノウイルスベクターを用いる方法は、例えば、米国特許第５，８０１，０３０号；同第５，８３７，５１１号；及び同第５，８４９，５６１号並びに国際特許出願ＷＯ９７／１２９８６及びＷＯ９８／５３０８７に開示されている。
【００６２】
好ましい実施形態では、本発明のアデノウイルスベクターは、１以上の、複製に必須の遺伝子機能が欠損している。複製に必須の、アデノウイルスゲノム内に含まれる領域としては、Ｅ１ａ、Ｅ１ｂ、Ｅ２、Ｅ４及びＬ１〜Ｌ５が挙げられる。「欠損」は、その領域によりコードされる遺伝子産物が正常レベルと比較して減少した量で産生されるようにする、少なくとも１つの上記領域内に含まれる破壊を意味する。適切な欠損としては、点変異、置換、欠失、挿入及び逆位が挙げられる。典型的には、アデノウイルスベクターは、Ｅ１ａ、Ｅ１ｂ、Ｅ３及び／又はＥ４領域の１以上の複製に必須の遺伝子機能が欠損している。
【００６３】
マーカータンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質又はルシフェラーゼ）をコードする核酸配列もまた、ベクター中に存在し得る。このようなマーカータンパク質は、ベクター構築及びベクター移入の決定に有用である。マーカータンパク質は、所望に応じて、ベクター組成物の注入を効率的に間隔をあけて広汎な処理領域を提供するために、注入点を決定するために用いられ得る。或いは、ベクター構築プロトコールにおいても有用である、選択因子をコードする核酸配列が、アデノウイルスベクターの一部であり得る。
【００６４】
ネガティブ選択遺伝子が、上に記載のベクターのいずれかに組み込まれ得る。好ましい実施形態は、ウイルスベクター中でウイルスプロモーターに作動可能に連結されたＨＳＶ ｔｋ遺伝子カセットである（Ｚｊｉｌｓｔｒａら，Ｎａｔｕｒｅ，３４２：４３５（１９８９）；Ｍａｎｓｏｕｒら，Ｎａｔｕｒｅ，３３６：３４８（１９８８）；Ｊｏｈｎｓｏｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４５：１２３４（１９８９）：Ａｄａｉｒら，ＰＮＡＳ，８６：４５７４（１９８９）；Ｃａｐｅｃｃｈｉ，Ｍ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１２８８（１９８９）（これらはその全体が本明細書中に援用される））。このｔｋ発現カセット（又は他のネガティブ選択発現カセット）は、ウイルスゲノム中に、例えば、非必須ウイルス遺伝子の実質的欠失の代わりとして挿入される。他のネガティブ選択遺伝子は、当業者に明らかであろう。
【００６５】
本発明のベクターは、上に記載のような単離又は精製された核酸分子に作動可能に連結されたネイティブ又は非ネイティブの調節配列を含み得る。１よりも多くのヌクレオチド配列が核酸分子に含まれる場合、各配列は、その独自の調節配列に作動可能に連結され得る。「調節配列」は、典型的には、作動可能に連結された核酸の効率的な転写及び翻訳を促進する、プロモーター配列又はプロモーター−エンハンサー組合せである。調節配列は、例えば、哺乳動物プロモーター又はウイルスプロモーター（例えば、構成的プロモーター又は誘導性プロモーター）であり得る。真核生物細胞において構成的に機能するウイルスプロモーターの例としては、例えば、サルウイルス、パピローマウイルス、アデノウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、モロニー白血病ウイルス及び他のレトロウイルス、並びに単純ヘルペスウイルス由来のプロモーターが挙げられる。他の構成的なプロモーターが当業者に知られている。本発明の調節配列として有用なプロモーターには、誘導性プロモーターも含まれる。誘導性プロモーターは、誘導因子の存在下で発現される。例えば、メタロチオネインプロモーターは、特定の金属イオンの存在下で誘導されて、転写及び翻訳を促進する。他の誘導性プロモーターは当業者に知られており、所望の場合に、本発明に関して用いられ得る。プロモーター（例えば、強、弱、誘導性、組織特異的及び発生特異的）の選択は、当該分野の技術範囲内である。同様に、上に記載の核酸分子とプロモーターとの組合せもまた、当該分野の技術範囲内である。
【００６６】
用語「作動可能に連結された」は、本明細書中で用いられる場合、核酸分子と調節配列とが、ヌクレオチドコード配列の発現を調節配列の影響下又は制御下に置くような方法で共有結合により連結される場合と定義され得る。従って、調節配列が核酸分子の転写をもたらすことが可能であり、その結果得られた転写物が所望のタンパク質又はポリペプチドに翻訳される場合、その調節配列は核酸分子に作動可能に連結されている。
【００６７】
本発明は、上に記載の単離又は精製された核酸分子またはベクターを含む細胞（すなわち宿主細胞）、好ましくは上記ＢＯＲＩＳアイソフォーム若しくはその免疫原性部分を発現する細胞を、さらに提供する。宿主細胞の例としては、原核生物宿主細胞又は真核生物宿主細胞が挙げられるが、これらに限定されない。原核生物細胞としては、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｅｎｏｓａ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及びＮ．ｃｒａｓｓａ由来のものが挙げられる。好ましくは、宿主細胞は哺乳動物（例えばヒト）由来である。
【００６８】
ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分に対する抗体（ポリクローナル若しくはモノクローナル）、並びにＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分に対するモノクローナル抗体を産生する細胞株もまた、本発明の一部であることが企図される。このような「ハイブリドーマ細胞株」は、望ましくは、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対して特異的なモノクローナル抗体を産生する。ポリクローナル抗体及びハイブリドーマを作製する方法は、当該分野において知られている（例えば、Ｒｏｉｔｔ Ｉ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第４版，Ｍｏｓｂｙ，ＮＹ（１９９６）を参照のこと）。典型的には、上記抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォームのある領域又はＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分のある領域に対して特異的である。典型的には、この領域は、ＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端部分又はＣ末端部分であろう。或いは、上記抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォームのジンクフィンガー領域に対して特異的であり得る。このような抗体は、類似のジンクフィンガー領域を含む他のタンパク質（例えば、ＣＴＣＦ）と比較して、ＢＯＲＩＳアイソフォームのジンクフィンガー領域に対してより大きな親和性を有し、従って、その２つの分子を識別できるだろう。本発明の抗体は、本明細書中に記載されるように、診断適用及び治療適用の両方で用いられ得る。
【００６９】
本発明は更に、本明細書中に記載される単離又は精製されたポリペプチド、核酸又は抗体、及び担体（好ましくは、薬学的に受容可能な担体）を含有する組成物を提供する。語句「薬学的に受容可能な担体」とは、本明細書中で用いられる場合、活性成分の生物学的活性の有効性を妨害せず、かつ、宿主又は患者に対して毒性でない担体をいう。本発明の薬学的組成物は、種々の形態であり得る。これらとしては、例えば、固形、半固形及び液状の剤形（例えば、錠剤、丸剤、散剤、液体の液剤若しくは懸濁剤、リポソーム、注射可能及び注入可能な液剤）が挙げられる。吸入可能な製剤（例えば、エアロゾル剤）もまた含まれる。好ましい処方物は、経口、鼻腔内及び非経口の適用に指向されたものであるが、好ましい形態は、特定の診断適用又は治療適用に依存することが理解されるであろう。薬学的組成物の処方及び調製のための方法は、当該分野で周知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．，第１７版（１９８５）、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｄｅｘ，第１１版，（Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．１９８９）及びＬａｎｇｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４９，１５２７−１５３３（１９９０）に記載されている。
【００７０】
上記組成物は、１よりも多くの活性成分を含有し得る。或いは、又は更に、上記組成物は、薬学的に活性な別の薬剤又は薬物を含有し得る。例えば、癌を治療する場合、他の抗癌化合物が本発明の組成物と組み合わせて用いられ得、この化合物としては、米国内での販売が認可されている公知の抗癌化合物及び将来認可されるであろう化合物の全てが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Ｂｏｙｄ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，第１節、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（Ｊ．Ｅ．Ｎｉｅｄｅｒｈｕｂｅｒ編），第２章，Ｂ．Ｃ．Ｄｅｃｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９３，第１１頁−第２２頁の表１及び表２を参照のこと。より詳細には、これらの他の抗癌化合物としては、一般に固形腫瘍用にはドキソルビシン、ブレオマイシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ＶＰ−１６、ＶＷ−２６、シスプラチン、カルボプラチン、プロカルバジン及びタキソール；脳又は腎臓の癌用にはアルキル化剤（例えば、ＢＣＮＵ、ＣＣＮＵ、メチル−ＣＣＮＵ及びＤＴＩＣ）；並びに結腸癌用には代謝拮抗薬（例えば、５−ＦＵ及びメトトレキサート）が挙げられる。
【００７１】
本明細書中に記載される化合物及び組成物は、任意の目的で使用され得る。疾患を検出する方法及び異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法において有用であることに加えて、本明細書中に記載される化合物及び組成物は、他の目的で（例えば、哺乳動物において免疫応答を誘導するために）用いられ得る。このような免疫応答には複数の用途がある。例えば、ＢＯＲＩＳに特異的な抗体及び他の免疫関連分子は、研究のために、哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現を検出するための方法において有用なコントロール試薬のために、及び哺乳動物中に存在するか又は生じ得る癌細胞を破壊するための方法として、単離され用いられ得る。この点において、本発明は、関連の態様として、哺乳動物において免疫応答を誘導する方法を提供し、この方法は、哺乳動物に、本明細書中に規定したＢＯＲＩＳポリペプチドを投与する工程を包含する。投与の適切な方法は、当該分野で知られている。免疫応答を誘導する方法の他の全ての態様は、すでに本明細書中に記載した通りである。
【００７２】
（異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療する方法）
本発明は、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、異常なＢＯＲＩＳ発現を示す哺乳動物に、ＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害剤を投与する工程を包含する。ＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害剤は、ＢＯＲＩＳアイソフォームの正常な機能を阻害し得るか、またはＢＯＲＩＳアイソフォームの発現をＤＮＡレベル若しくはＲＮＡレベルで阻害し得る、任意の化合物及び／又は分子或いは任意の他の薬剤であり得る。典型的には、ＢＯＲＩＳの阻害剤は、低分子、抗体、アンチセンス分子、又はリボザイム分子である。ＢＯＲＩＳアイソフォームに特異的なジンクフィンガー結合ドメインを認識し、それゆえＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害を開始できる分子（例えば、ジンクフィンガー結合タンパク質）を含むＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害剤を提供することもまた考えられる。このようなジンクフィンガー結合タンパク質が用いられる場合、これらの分子は、同様のジンクフィンガー結合ドメインを含む他のタンパク質（例えば、ＣＴＣＦ）の正常な機能が阻害されないように、これらの類似のタンパク質と比較して、ＢＯＲＩＳアイソフォームのジンクフィンガー結合ドメインを特異的に認識するために使用されることが理解されるだろう。これらの阻害剤を同定する方法は当該分野で周知であり、種々のインビトロアッセイを用いて、過度の実験を行わずに達成され得る。
【００７３】
「治療すること」は、全体的又は部分的な、その任意の症状の病理学的状態の寛解を意味する。「予防すること」は、特定の病理学的状態に対する、全体的又は部分的な防御を意味し、当該防御としては、病理学的状態の任意の１以上の症状の発生の予防が挙げられるが、これに限定されない。当業者は、病理学的状態からの防御又は病理学的状態の寛解が、いかなる程度であっても、哺乳動物に有益であることを理解するだろう。
【００７４】
本発明の好ましい態様によれば、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、当該ｓｉＲＮＡ分子は、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ転写物）の部分又は断片に相補的な、少なくとも約１０ヌクレオチドが連続する配列（好ましくは少なくとも約１５ヌクレオチドの配列又は少なくとも約２０ヌクレオチド（典型的には、２１ヌクレオチド）の配列でさえ）を含む。ｓｉＲＮＡ分子を設計する方法は、当該分野において知られている。典型的には、ｓｉＲＮＡは、３’ジヌクレオチドオーバーハング（好ましくはＵＵ残基）を有する。従って、標的部位は、一般に、開始位置に適切なジヌクレオチドを有する部位（例えば、適切な数の３’ヌクレオチドを伴う「ＡＡ」ジヌクレオチド）になるように選択されるだろう。ｓｉＲＮＡは、当然、相補的な配列を有するであろう。
【００７５】
本発明の別の好ましい態様によれば、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法は、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、当該抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド（例えば、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド）に選択的に結合する。適切な抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体（ＢＯＲＩＳアイソフォーム特異的抗体が挙げられる）は、本明細書中に提供される情報及び既に記載した慣用技術を考慮して生成され得る。
【００７６】
阻害剤は、担体を含有する組成物の一部として適切に投与されるだろう。適切な担体及び投与経路は、本発明の他の態様について記載したとおりである。
【００７７】
（ＢＯＲＩＳ発現を検出するのに有用なキット及びアレイ）
本発明は、（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、並びに（ｂ）当該プローブの検出を促進する試薬、を含む、ＢＯＲＩＳ発現を検出するのに有用なキットを提供する。
【００７８】
上記プローブセットは、試料中の検出されるべき標的が、ＢＯＲＩＳアイソフォームであるか（この場合、抗体プローブが有用であり得る）、ＢＯＲＩＳに対する自己抗体であるか（この場合、ポリペプチドプローブが有用である）又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物（この場合、核酸プローブが有用である）であるかによって、１以上の１以上の抗体、１以上のポリペプチド又は１以上の核酸（即ち、ポリヌクレオチド）を含み得る。それぞれの標的分子に特異的に結合するプローブは、慣用技術を用いて設計され得る。プローブは、試料中の他の分子に優先して、標的ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、自己抗体又はｍＲＮＡ転写物と特異的に結合し、その結果、プローブは、試料中の標的分子と他の分子とを識別するのに用いられ得る。
【００７９】
ポリヌクレオチドプローブ及びポリペプチドプローブは、当該分野で知られた任意の適切な方法により生成され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）を参照のこと）。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に特異的に結合するポリヌクレオチドプローブは、慣用技術（例えば、ＰＣＲ又は合成）により、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物自体の核酸配列（本明細書中に開示される）を用いて作出され得る。さらなる説明のために、特定のＢＯＲＩＳアイソフォームのｍＲＮＡ転写物に結合するポリヌクレオチドプローブは、ｍＲＮＡ配列またはその断片に相補的な核酸配列、或いはその配列に選択的に結合する（例えば、試料中の他のｍＲＮＡ転写物よりも大きな親和性をもって標的ｍＲＮＡ転写物に結合する）ほどその配列またはその断片に十分相補的な核酸配列を含むポリヌクレオチドにより、提供され得る。ポリヌクレオチドプローブの正確な性質は、本発明にとって重要ではない。ｍＲＮＡ標的と選択的に結合するであろう任意のプローブが用いられ得る。典型的には、ポリヌクレオチドプローブは、約１０以上の核酸（例えば、約２０以上、５０以上又は１００以上の核酸）を含むであろう。一般に、プローブは、５０ヌクレオチド未満を含むであろう。従って、例えば、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号１〜２４のいずれかの断片又はその相補体を含み得るか、本質的にこれらからなり得るか、又はこれらからなり得る。十分な特異性を付与するために、核酸プローブは、標的配列の相補体に対して、例えば周知のＢａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）アルゴリズム（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤを介して利用可能）を用いて決定されるとおり、約９０％以上、好ましくは約９５％以上（例えば、約９８％以上若しくは約９９％以上）の配列同一性を有するであろう。より好ましくは、このプローブは、標的配列に対して、１又は２塩基対以下のミスマッチしか含まないであろう。
【００８０】
同様に、本明細書中に記載されるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに結合するポリペプチドプローブは、本明細書中に開示されるＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列及び慣用技術を用いて作出され得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体又は抗体断片は、慣用技術を用いて哺乳動物中で生成され得、当該抗体は、当該ＢＯＲＩＳアイソフォームに対するプローブとして供給するために回収され得る。ポリペプチドプローブの正確な性質は、本発明にとって重要ではない。ＢＯＲＩＳアイソフォーム標的に選択的に結合するであろう任意のプローブが用いられ得る。好ましいポリペプチドプローブとしては、抗体及び抗体断片抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ）’２断片、一本鎖抗体可変領域断片（ＳｃＦｖ）鎖等）が挙げられる。バイオマーカーを検出するのに適切な抗体は、慣用的な方法により調製でき、また市販されている。例えば、Ｈａｒｌｏｗら，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８８を参照のこと。
【００８１】
プローブの検出を促進する試薬は、当該分野において知られている任意の適切な試薬であり得る。例えば、試薬は、試料とプローブとを接触させる前又は後にプローブ又は試料中の標的分子を標識するために用いられ得る分子又は化合物であり得る。このような試薬の具体的な例としては、ラジオアイソトープ、フルオロフォア（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリトリン（ＰＥ））、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ）及び元素粒子（例えば、金粒子）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８２】
キットは、１以上の型の疾患又は癌に対応する、１以上のＢＯＲＩＳ発現プロファイル（例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現プロファイル）をさらに含み得る。所定の型の疾患又は癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルが、例えば、その疾患又は癌に罹患していることがわかっている哺乳動物又は哺乳動物の集団におけるＢＯＲＩＳアイソフォーム及び／又はＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験することにより、或いは、特定の細胞株を代表する細胞株におけるＢＯＲＩＳアイソフォーム及び／又はＢＯＲＳポリペプチドの発現について試験することにより、生成され得る。好ましくは、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、哺乳動物から、又はより好ましくは特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物の集団から、生成される。ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、その哺乳動物が実際に疾患を有するか否か又は疾患を発症する傾向を有するか否かを決定するために、未知の疾患状態の所定の哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現を比較するための、基準として役立ち得る。
【００８３】
好ましくは、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する１以上の異なる型の癌又は他の疾患のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースの形態で提供され、このデータベースは、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする。患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌又は他の疾患のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にするこのようなデータベースとしては、例えば、検索可能なデータベース、特に検索可能な電子データベースが挙げられる。
【００８４】
プローブセットのプローブは、アレイを提供するために、適切な基材上に固定され得る。この点で、本発明は、哺乳動物におけるＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイをも提供し、このアレイは、基材上に固定された１以上のプローブを含み、このプローブは、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する。
【００８５】
基材は、ポリヌクレオチド又はポリペプチドが共有結合又は非共有結合され得る、任意の剛性（ｒｉｇｉｄ）支持体又は半剛性支持体であり得る。適切な基材としては、膜、フィルター、チップ、スライド、ウェーハ、繊維、ビーズ、ゲル、キャピラリー、プレート、ポリマー、微粒子などが挙げられる。基材に適した物質としては、例えば、ナイロン、ガラス、セラミック、プラスチック、シリカ、アルミノケイ酸塩、ホウケイ酸塩、金属酸化物（例えば、アルミナ及び酸化ニッケル）、種々の粘土、ニトロセルロース等が挙げられる。
【００８６】
ポリヌクレオチドプローブ又はポリペプチドプローブは、既定の１次元若しくは２次元の配置で基材に結合され得、その結果、プローブへのハイブリダイゼーション又は結合のパターンが、特定のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現と容易に相関する。プローブが基材上の特定の位置に位置するので、ハイブリダイゼーション又は結合のパターン及び強度により、独特の発現プロファイルが作出され、この発現プロファイルは、特定のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現に関して解釈され得る。
【００８７】
アレイは、ポリヌクレオチドアレイ及びポリペプチドアレイに共通する他の要素を含み得る。例えば、アレイは、コントロール、標準又は基準分子（例えば、ハウスキーピング遺伝子若しくはその一部（例えば、ＰＢＧＤ、ＧＡＰＤＨ））として作用し、発現レベルの標準化、又は核酸の品質及び結合特性、試薬の品質及び有効性、ハイブリダイゼーションの成功、解析の閾値及び成功などの決定に資する、１以上の要素もまた含み得る。本発明と矛盾しない、アレイ又はアドレス可能な要素、並びにアレイを構築及び使用するための方法（適切なプローブを生成し、標識し及びこれを基材に結合させることを含む）の、これらの他の一般的態様は、当該分野で周知である。アレイの他の態様は、本発明の方法に関して本明細書中にすでに記載した通りである。
【００８８】
キット又はアレイは、単一のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物又は自己抗体に対する、単一のプローブを含み得る。しかしながら、キット又はアレイは、１よりも多くのプローブ（例えば、各々が異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物若しくは自己抗体に対して結合する、２以上の異なるプローブ、３以上の異なるプローブ、４以上の異なるプローブ、５以上の異なるプローブ、１０以上の異なるプローブ、１５以上の異なるプローブ若しくは２０以上の異なるプローブさえ（又は本明細書中で同定されたＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物、若しくは自己抗体の各々に対する異なるプローブでさえ））を含むことが有利である。
【００８９】
キット又はアレイは、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物又は自己抗体以外のポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物又は自己抗体に対するプローブを更に含み得る。例えば、キット又はアレイは、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、このようなＢＯＲＩＳポリペプチドをコードするｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号４４の核酸配列を含むｍＲＮＡ転写物）又はこのようなＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体に対するプローブを含むことが望ましい。他のプローブ（例えば、他の腫瘍抗原若しくは他の癌遺伝子マーカーに結合するプローブ）もまた含まれ得る。それにもかかわらず、いくつかの例では、使いやすくするため、異なるプローブの総数を限定することが簡便であり得る。従って、例えば、キット又はアレイは、約１０００未満の異なるプローブを含み得るか、又は約５００未満の異なるプローブ（例えば、約１００未満の異なるプローブ）を含み得るか、又は約５０未満の異なるプローブ（例えば、約３０未満の異なるプローブ）さえを含み得る。
【実施例】
【００９０】
以下の実施例は、本発明を更に説明するが、当然、決して本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。
【００９１】
（実施例１）
本実施例は、ヒト精巣における複数のＢＯＲＩＳアイソフォームの同定を説明する。
【００９２】
ＲＴ−ＰＣＲを用いて、ヒト精巣で発現されるＢＯＲＩＳ遺伝子の２４の異なるｍＲＮＡスプライスバリアントのｍＲＮＡ転写物の同定及び配列決定を行った。これら２４のｍＲＮＡスプライスバリアントを、図Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤに示す。これらのｍＲＮＡスプライスバリアントは、１８の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードする。ｍＲＮＡスプライスバリアントのヌクレオチド配列及びこのｍＲＮＡスプライスバリアントがコードするアミノ酸配列を、表１に示す。
【００９３】
（実施例２）
本実施例は、アイソフォーム特異的抗ＢＯＲＩＳ抗体の生成、及びヒト精巣においてＢＯＲＩＳアイソフォームを同定するためのこのような抗体の使用を説明する。
【００９４】
ウサギを３つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォーム（配列番号２５、２７及び３２）に特異的な合成ペプチドで免疫することにより、これらのアイソフォームに対するアイソフォーム特異的抗ＢＯＲＩＳ抗体を生成した。特に、ペプチドＣＫＹＡＳＶＥＶＫＰＦＬＤＬＫＬＨＧＩＬＶＥＡＡＶＱＶＴＰＳＶＴＮＳＲＩ（配列番号４５）及びＣＹＫＱＡＦＹＹＳＹＫＩＹＩＧＮＮＭＨＳＬＬ（配列番号４６）を用いて、配列番号２５を含むアイソフォームに対する抗体を生成し；ペプチドＣＬＬＧＳＳＤＳＨＡＳＶＳＧＡＧＩＴＤＡＲＨＨＡ（配列番号４７）及びＣＩＴＤＡＲＨＨＡＷＬＩＶＬＬＥＬＶＥＭＧＦＹＨＶＳＨＳ（配列番号４８）を用いて、配列番号２７を含むアイソフォームに対する抗体を生成し；ペプチドＣＰＰＧＬＨＨＰＫＡＧＬＧＰＥＤＰＬＰＧＱＬＲＨＴＡＧ（配列番号４９）及びＧＱＬＲＨＴＴＡＧＴＧＬＳＳＬＬＱＧＰＬＣ（配列番号５０）を用いて、配列番号３２を含むアイソフォームに対する抗体を生成した。ウサギを、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）にコンジュゲート化したペプチドで免疫した。その後、ペプチド特異的な抗体を、同じペプチドを用いてカラム上でアフィニティー精製した。アイソフォーム特異的抗ＢＯＲＩＳ抗体を首尾よく用いて、ヒト精巣の組織中で３つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォームを検出した。
【００９５】
（実施例３）
本実施例は、ＮＣＩ−６０細胞株におけるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現パターンを実証する。
【００９６】
ＲＴ−ＰＣＲを用いて、ＮＣＩ−６０細胞株の各々における６つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験した。ＮＣＩ−６０細胞株パネルは、ヒト癌の型の大多数に相当すると考えられる。結果を表１に示す。表中「＋」は正の発現を示し、空欄は発現がないことを示す。
【００９７】
表２の結果により説明されるように、ＮＣＩ−６０細胞株の各々は、ＢＯＲＩＳの少なくとも１のアイソフォームの発現を示した。さらに、異なる癌は、異なるＢＯＲＩＳアイソフォーム発現パターンを示した。これらの結果は、ＢＯＲＩＳアイソフォーム発現パターンが種々の型の癌の間を識別するのに用いることができることを示す。
【００９８】
【表１】
【００９９】
【表２】
【０１００】
本明細書中に引用される全ての参考文献（刊行物、特許出願及び特許が挙げられる）は、各参考文献が、個々にかつ具体的に、参考として援用されていることが示され、その全体が本明細書中に記載されている場合と同程度まで、参考として本明細書中に援用される。
【０１０１】
本発明を記載することに関して（特に、添付の特許請求の範囲に関して）、用語「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」及び「その（ｔｈｅ）」及び同様の指示対照の使用は、本明細書中に別段示されない限り又は文脈に明らかに矛盾しない限り、単数及び複数の両方を包含すると解釈されるべきである。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「挙げられる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」は、特に断らない限り、オープンエンドの用語（即ち、「・・・が挙げられるが、これ（ら）に限定されない」を意味する）として解釈されるべきである。本発明がオープンエンドの用語（例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」）に言及して記載される箇所はいずれの箇所でも、限定された又はクローズドエンドの用語（例えば、本質的に・・・からなる、若しくは・・・からなる）が代わりに用いられ得ることが具体的に企図される。本明細書中の値の範囲の列挙は、本明細書中に別段示さない限り、当該範囲内に収まる各個別の値に個々に言及する便法として寄与することが意図されるに過ぎず、各個別の値は、本明細書中に個々に列挙されたかのように、本明細書中に組み込まれることが意図される。本明細書中に記載される全ての方法は、本明細書中に別段示さない限り、又はそうでなければ文脈に明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で遂行され得る。本明細書中に提供される任意の及び全ての例又は例示的な言い回し（例えば、「例えば」）の使用は、単に本発明をよりよく説明することを意図したのであって、他のように特許請求されない限り、本発明の範囲を限定しない。本明細書中の如何なる言い回しも、特許請求されていない任意の要素を本発明の実施に必須であると示すものとして解釈すべきではない。
【０１０２】
本発明の好ましい実施形態（発明者らに知られている、発明を実施するための最良の形態を含む）が本明細書中に記載される。好ましい実施形態のバリエーションは、前述の記載を読めばすぐに当業者に明らかになり得る。発明者らは、当業者がこのようなバリエーションを必要に応じて用いることを予測しており、そして発明者らは、本発明が、本明細書中に具体的に記載されているのとは別のやり方で実施されるであろうことを意図する。従って、本発明は、適用法が許容するとおり、本明細書に添付の特許請求の範囲に列挙される主題の全ての修飾及び均等物を包含する。更に、可能な全てのバリエーションにおける上記要素の任意の組合せが、本明細書中に特に示されていない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、本発明に包含される。
【技術分野】
【０００１】
（技術分野）
本発明は、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、及び関連する化合物及び組成物、並びに、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患（例えば、癌）の検出及び治療のための、このようなポリペプチド、化合物及び組成物の使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
哺乳動物免疫系により認識される腫瘍関連抗原の同定は、癌の診断及び治療に有用である。種々の腫瘍関連抗原（癌細胞において発現されるが、精巣以外では正常組織で発現されない、癌／精巣抗原が挙げられる）が同定されてきた。しかしながら、腫瘍関連抗原を産生する哺乳動物に対して免疫原性であるものは、ごく少数しかない。
【０００３】
ＢＯＲＩＳ（Ｂｒｏｔｈｅｒ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｍｐｒｉｎｔｅｄ Ｓｉｔｅｓ）は、腫瘍関連抗原であり、広い範囲のヒトの癌で活性化される。実際、ＢＯＲＩＳ遺伝子産物の異常な合成は、反復する２０ｑ１３染色体増加を有するヒトの癌の主要な型の全てに相当する、３００を超える原発性腫瘍及び癌細胞株において見出されている。ＢＯＲＩＳ活性化はまた、全ての標準ＮＣＩ−６０癌細胞株においても見出され、これらは米国国立癌研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＣＩ））により維持されており、ヒトの癌の、ある程度完全な代表的セットであると考えられている。
【０００４】
ＢＯＲＩＳはＣＴＣＦパラログでもあり、ＣＴＣＦの１１のジンクフィンガー全てを含み、トランスフォーメーションにつながる細胞増殖を促進することが示されている（非特許文献１及び特許文献１を参照のこと）。従って、ＢＯＲＩＳは、「ＣＴＣＦ様（ＣＴＣＦ−ｌｉｋｅ）」又は「ＣＴＣＦＬ」タンパク質とも呼ばれる。ＣＣＣＴＣ結合因子（ＣＴＣＦ）により媒介されるゲノム中の適切なメチル化パターンの維持を妨害することによる、ＢＯＲＩＳが癌を引き起こすと考えられている１つの作用機序（非特許文献２を参照のこと）。ＢＯＲＩＳ遺伝子は、染色体２０ｑ１３の癌関連増幅領域に位置すると考えられている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】国際公開第０３／０７２７９９号パンフレット（ＰＣＴ／ＵＳ０３／０５１８６）
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｌｏｕｋｉｎｏｖら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ（ＵＳＡ）９９、６８０６−６８１１（２００２）
【非特許文献２】Ｋｌｅｎｏｖａら、Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １２、３９９−４１４（２００２）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
癌マーカー（例えば、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）及び癌胎児性抗原（ＣＥＡ））の異常な発現の検出は、当該分野で知られている。しかしながら、これらのアッセイはごく限られた数の癌しか検出せず、新規の癌又は再発性の癌の検出又は予後判定についての陽性的中率が限定的である。従って、当該分野において、その発現が過剰増殖疾患（例えば、癌）に関連し得る更なる抗原を同定すること、並びに、このような疾患状態の検出、診断、予後判定又は研究に資する、このような抗原の存在を検出する方法が必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患（例えば、癌）の検出、診断、予後判定又は研究に有用な方法及び組成物を提供する。本発明のこれら及び他の利点並びに更なる発明的特徴は、本明細書中に提供された発明の説明から明らかになるであろう。
【０００９】
（発明の要旨）
本発明は、哺乳動物における異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患（癌が挙げられるが、これに限定されない）を検出する方法を提供し、当該方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する。
【００１０】
本発明は、哺乳動物における異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法も提供し、当該方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する。
【００１１】
本明細書中には、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法も提供される。一態様では、この方法は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、このｓｉＲＮＡ分子は、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に相補的な、少なくとも１０ヌクレオチドが連続する配列を含む。関連する態様では、この方法は、抗ＢＯＲＩＳ抗体を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、この抗ＢＯＲＩＳ抗体は、アイソフォームポリペプチドに選択的に結合する。
【００１２】
加えて本発明は、哺乳動物において免疫応答を誘導する方法を提供し、当該方法は、ＢＯＲＩＳアイソフォームを哺乳動物に投与する工程を包含する。
【００１３】
本発明はさらに、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離若しくは精製されたポリペプチド、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む単離若しくは精製された核酸、及びこのようなポリペプチド若しくは核酸を含有する組成物を提供する。
【００１４】
関連する態様では、本発明は、哺乳動物におけるＢＯＲＩＳ発現の検出のためのキットを提供し、このキットは、（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、及び（ｂ）当該プローブの検出を促進する試薬、を含む。
【００１５】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイもまた、本発明により提供され、当該アレイは、基材上に固定された１以上のプローブを含み、このプローブは、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する。
【００１６】
本発明は、１種以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースをさらに提供し、このデータベースは、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと、１種以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする。
【００１７】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳに対する免疫応答を誘導する方法もまた、本発明により提供され、この方法は、哺乳動物に、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームを投与する工程を包含する。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１Ａ】図１Ａは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【図１Ｂ】図１Ｂは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【図１Ｃ】図１Ｃは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【図１Ｄ】図１Ｄは、ヒト精巣中のＢＯＲＩＳ遺伝子により発現される選択的スプライスバリアントを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
（発明の詳細な説明）
Ｋｌｅｎｏｖａら、Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １２、３９９−４１４（２００２）に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチドは、本明細書中で配列番号４３として提供されたアミノ酸配列を含み、本明細書中に配列番号４４として提供されたｍＲＮＡ配列によりコードされる。しかしながら、このＢＯＲＩＳポリペプチドは、ＢＯＲＩＳ遺伝子によりコードされるポリペプチドのファミリーの１つに過ぎない。ＢＯＲＩＳ及びＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡスプライスバリアント（１７の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードするＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の２４の具体例を含む）が本明細書中に記載される。例示的なＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、各々、配列番号１〜２４の核酸配列を含み、上記１７のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、配列番号２５〜４２のヌクレオチド配列を含む。ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物及びそれがコードするポリペプチドは、表１に記載される。特に、配列番号１、２及び３のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、以前に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチド（例えば、配列番号４３）のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。これらのｍＲＮＡ転写物は同一のＢＯＲＩＳポリペプチドをコードするが、このｍＲＮＡ転写物自体は以前に開示されたＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡの選択的スプライス（ｓｐｉｃｅ）バリアントであり、従って、異なるヌクレオチド配列を含む。他のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、Ｋｌｅｎｏｖａら（前出）に以前に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチドとは異なるアミノ酸配列を含む。
【００２０】
本発明を記載する目的のために、用語「ＢＯＲＩＳ」及び「ＢＯＲＩＳポリペプチド」は、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドをいうために用いるものとし、用語「ＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ」は、配列番号４４のヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ転写物をいうために用いるものとする。
【００２１】
用語「ＢＯＲＩＳアイソフォーム」及び「ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド」は、本明細書中、ＢＯＲＩＳ遺伝子のスプライスバリアントｍＲＮＡ転写物によりコードされたポリペプチドをいうために用いるものとし、当該ポリペプチドは、配列番号４３とは異なるアミノ酸配列を有する。ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドの例としては、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。用語「ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ」は、ＢＯＲＩＳ遺伝子のｍＲＮＡスプライスバリアントをいうために用いるものとし、当該ｍＲＮＡスプライスバリアントは、配列番号４４とは異なるヌクレオチド配列を有する。ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の例としては、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸配列、又は配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むｍＲＮＡ分子が挙げられる。
【００２２】
用語「ＢＯＲＩＳ遺伝子」は、本明細書中、ＢＯＲＩＳのゲノム配列をいうために用いるものとし、当該ゲノム配列は、ＢＯＲＩＳポリペプチド並びにＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡスプライスバリアント（例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物）及びＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードする。
【００２３】
本明細書中で用いられる場合、用語「単離された」は、核酸又はポリペプチド分子をその自然環境から取り出すことを意味する。用語「精製された」は、所定の核酸又はポリペプチド分子が、自然から取り出されたものであれ実験室条件下で合成及び／又は増幅されたものであれ、純度が増加していることをいい、ここで、「純度」は相対的な用語であり、「絶対純度」ではない。
【００２４】
本明細書中で用いられる場合、用語「核酸」は、ＤＮＡ又はＲＮＡのポリマー（即ち、ポリヌクレオチド）を包含することが企図され、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、非天然の又は変更されたヌクレオチドを含み得る。同様に、「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸の直鎖状配列（即ち、タンパク質一次構造）、並びにタンパク質の二次構造、三次構造及び四次構造を包含することが企図され、これらのいずれもが、非天然の又は変更されたアミノ酸を含み得る。
【００２５】
本発明の一部の態様は、抗体の使用に関して記載される。抗体の使用は、種々の公知の形態（例えば、Ｆ（ａｂ）２’断片、一本鎖抗体可変領域断片（ＳｃＦｖ）鎖等）のいずれかの抗体断片の使用により置き換えられ得ることが企図される。従って、簡潔にするために、本明細書中で用いられる場合、用語「抗体」は抗体及び抗体断片を包含することが企図される。用語「抗体」がいずれの箇所で用いられても、抗体断片が代わりに用いられ得ることが具体的に企図される。
【００２６】
用語「選択的に結合する」は、本明細書中で用いられる場合、別のポリペプチド又は核酸と比較して、より大きな親和性で又は優先的に、標的分子（例えば、ポリペプチド又は核酸）に結合することを意味する。従って、例えば、プローブがそのような標的と、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物ではない核酸に対するよりも優先的に又はより大きな親和性で結合する場合、当該プローブは、標的ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物と選択的に結合する。同様に、抗ＢＯＲＩＳ抗体は、抗ＢＯＲＩＳ抗体がこのような標的アイソフォームと、ＢＯＲＩＳアイソフォームではないポリペプチドに対するよりも優先的に又はより大きな親和性で結合する場合、ＢＯＲＩＳアイソフォームと選択的に結合する。選択的に結合するはまた、分子が１つのＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド又はｍＲＮＡ転写物と、別のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド又はｍＲＮＡ転写物よりも、優先的に又はより大きな親和性で結合することを意味するために用いられ得る。
【００２７】
本発明は、哺乳動物において異常な遺伝子発現を特徴とする疾患（例えば、異常なＢＯＲＩＳ発現を伴う増殖過剰疾患（例えば、癌））を検出する方法を提供する。この点、「異常なＢＯＲＩＳ発現」は、本明細書中により詳細に議論されているように、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳ遺伝子を発現しない哺乳動物の組織又は体液中のＢＯＲＩＳの発現を意味する。
【００２８】
本発明の一態様によれば、この方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する。１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームは、例えば、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み得る。本発明の関連の態様では、本方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する。上記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含み得る。上に記載のように、哺乳動物のこのような組織又は液体中でのＢＯＲＩＳアイソフォーム又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現は、その哺乳動物に疾患が存在することを示す。
【００２９】
用語「試験すること」及び「検出すること」（及びこれらの置き換え）は、本明細書中で用いられる場合、ある状態の存在を調査又は決定することを意味する。従って、例えば、遺伝子若しくは遺伝子産物の発現「について試験すること」又は遺伝子若しくは遺伝子産物の発現を「検出すること」は、当該遺伝子が発現されているか否か又は当該遺伝子が存在するか否かを調査又は決定することを意味する。
【００３０】
好ましくは、疾患を検出する方法は、１よりも多いＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する。例えば、本方法は、２以上の、好ましくは５以上の、１０以上の、１５以上のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について、又はこのようなＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の全ての発現についてさえも試験する工程を包含し得る。この方法が、１つのＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の検出を伴うにしろ、或いは１よりも多いＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の検出を伴うにしろ、疾患を検出するこの方法は、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について又は配列番号４４のヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程をも包含し得る。
【００３１】
本発明の方法は、異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とするか又は異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する任意の疾患を検出（癌の検出が挙げられるが、これに限定されない）するために用いられ得る。上に言及したように、ＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡは、ほとんどの主要な形態の癌に相当する、数百の癌及び腫瘍細胞株において検出されている。従って、本発明の方法は、任意の型の癌を検出するために用いられ得る。このような癌としては、口腔及び咽頭の癌、消化器系（例えば、食道、胃、小腸、結腸、直腸、肛門、肝臓、胆嚢及び膵臓）の癌、呼吸器系の癌（例えば、喉頭、肺及び気管支、非小細胞肺癌を含む）、骨及び関節の癌（例えば、骨転移）、軟部組織の癌、皮膚の癌（例えば、黒色腫）、乳癌、生殖系（例えば、子宮頸部、子宮体、卵巣 外陰部、膣、前立腺、精巣及び陰茎）の癌、泌尿器系（例えば、膀胱、腎臓、腎盂及び尿管）の癌、眼及び眼窩の癌、脳及び神経系の癌（例えば、グリオーマ）、又は内分泌系（例えば、甲状腺）の癌が挙げられるが、これらに限定されない。この癌は、リンパ腫（例えば、ホジキン病及び非ホジキンリンパ腫）、多発性骨髄腫、又は白血病（例えば、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病等）でもあり得る。
【００３２】
さらに、本明細書中に実証されているように、全ての癌が同一のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現に関連しているわけではない。従って、１以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験することにより、種々の型の癌を識別するため又は特定の型の癌を検出するために用いられ得るＢＯＲＩＳ発現パターンを生成することが可能である。従って、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を検出する方法は、好ましくは、上記哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現とコントロールとを比較する工程を包含し、この比較は、例えば、当該哺乳動物が罹患し得る疾患の型を分類するのに用いられ得る。任意の適切なコントロールが、この目的のために用いられ得る。典型的には、このコントロールは、特定の型の疾患又は癌に対応するＢＯＲＩＳ発現パターン（例えば、特定の型の疾患又は癌に罹患していることがわかっている哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現パターン）により提供され得る。
【００３３】
１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験することは、任意の適切な技術を用いて遂行され得る。典型的には、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳ遺伝子を発現しない（即ち、ＢＯＲＩＳポリペプチド又はその任意のアイソフォームを発現しない）哺乳動物の組織又は体液の試料が取得され、この試料が、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験される。ＢＯＲＩＳ遺伝子は、正常では精巣及び卵巣においてのみ発現される。従って、精巣組織試料又は卵巣組織試料以外の任意の組織又は体液の試料が用いられ得る。この試料は、固形の試料であり得るか、又はこの試料は液体（例えば体液の試料）であり得る。例えば、組織全体の切片が、免疫組織化学ベースの解析に用いられ得るか、又はホモジェナイズされて当該組織中に見出される要素が液状化され得る。この試料は、好ましくは液体である。適切な液体試料としては、血液、血清、血漿、リンパ液及び間質液が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３４】
１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験することは、例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドを直接的に検出すること、又はＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物を検出することを含み得る。試料中のタンパク質レベルを検出する適切な方法としては、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ及び酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）が挙げられる。このような方法は、Ｎａｋａｍｕｒａら、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第４版、Ｗｏｌ．１、第２７章、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌ．、Ｏｘｆｏｒｄ、１９８７に記載されている。試料中のタンパク質をイムノアッセイを用いて検出する場合、この試料は、典型的には、標的タンパク質（例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド）に特異的に結合する抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ）２’断片、一本鎖抗体可変領域断片（ＳｃＦｖ）鎖等）と接触させられる。従って、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、例えば、哺乳動物の組織又は体液の試料とＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体又は抗体断片とを接触させること、及び当該抗体又は抗体断片と試料由来のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合を検出することにより、検出され得る。イムノアッセイと組み合わせてＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドを検出するのに適切な抗体及び他のポリペプチドは市販されており、及び／又は慣用的な方法（例えば、本明細書の他の箇所に論じられた方法（例えば、Ｈａｒｌｏｗら、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８８））により調製され得る。
【００３５】
試料と抗体とをインキュベートすると形成される免疫複合体は、任意の適切な方法により、その後検出される。一般に、免疫複合体の検出は当該分野において周知であり、多くのアプローチの適用を介して達成され得る。これらの方法は、一般に、標識又はマーカー（例えば、当該分野において標準的に用いられる、放射性の、蛍光の、生物学的な又は酵素的なタグ又は標識のいずれか）の検出に基づく。このような標識の使用に関する米国特許としては、米国特許第３，８１７，８３７号、同第３，８５０，７５２号、同第３，９３９，３５０号、同第３，９９６，３４５号、同第４，２７７，４３７号、同第４，２７５，１４９号及び同第４，３６６，２４１号が挙げられる。
【００３６】
例えば、免疫複合体を形成するのに用いられる抗体は、それ自体、検出可能な標識に結合され得、これにより、一次免疫複合体の存在又は量が決定されるのを可能にする。或いは、一次免疫複合体内の、結合した、最初に添加された成分は、一次抗体に対する結合親和性を有する二次結合リガンドにより検出され得る。これらの場合、二次結合リガンドは、それ自体、「二次」抗体と呼ばれ得る抗体であることがしばしばある。一次免疫複合体は、標識された二次結合リガンド又は抗体と、二次免疫複合体の形成を可能にするのに有効な条件下でかつ充分に長い期間、接触させられる。次いで、二次免疫複合体は、非特異的に結合した任意の標識二次抗体又はリガンドを取り除くために洗浄され、次いで、二次免疫複合体中の残留標識が検出される。
【００３７】
他の方法としては、２ステップアプローチによる一次免疫複合体の検出が挙げられる。一次抗体に対して結合親和性を有する二次結合リガンド（例えば抗体）が、上記のように、二次免疫複合体を形成するために用いられ得る。洗浄後、二次免疫複合体は、二次抗体に対して結合親和性を有する三次結合リガンド又は抗体と、免疫複合体（三次免疫複合体）の形成を可能にするのに有効な条件下でかつ充分に長い期間、再度接触させられ得る。三次リガンド又は抗体は、検出可能な標識に結合され、こうして形成された三次免疫複合体の検出を可能にする。他の多くのアッセイが企図される。しかしながら、本発明は、どの方法が用いられるかに関して限定されない。
【００３８】
同様に、ＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするｍＲＮＡ転写物は、任意の適切な技術により検出され得る。典型的には、上記哺乳動物の組織又は体液の試料（例えば、このような試料のＲＮＡ物質）が、ＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするｍＲＮＡ転写物に結合する核酸プローブと接触され、核酸プローブと試料由来のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合が検出される。ｍＲＮＡを検出又は測定する適切な方法としては、例えば、ノーザンブロッティング、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）及びリアルタイムＲＴ−ＰＣＲが挙げられる。このような方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．１９８９に記載されている。これらの方法のうち、典型的にはリアルタイムＲＴ−ＰＣＲが好ましい。リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ（Ｂｕｓｔｉｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ ２５：１６９−１９３（２０００）に記載）では、ＰＣＲが、単位複製配列にハイブリダイズする、標識（例えば、蛍光）オリゴヌクレオチドプローブの存在下で実行される。このプローブは、例えば、レポーター蛍光色素及びクエンチャー蛍光色素で二重標識され得る。ＰＣＲの間、プローブが単位複製配列の相補的配列にアニールすると、５’ヌクレアーゼ活性を有するＴａｑポリメラーゼが、クエンチャー蛍光色素がレポーター蛍光色素から離れるようにプローブを切断し、これにより、レポーター蛍光色素が蛍光を放出するようになる。単位複製配列のレベルに正比例する、得られた発光の増加は、分光光度計によりモニタリングされる。特定のレベルの蛍光が分光光度計により検出される増幅のサイクルは、閾値サイクル、ＣＴと呼ばれる。この値は、単位複製配列のレベルを比較するために用いられる。バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するのに適切なプローブは市販されており、及び／又は慣用的な方法（例えば、本明細書の他の箇所に論じられた方法）により調製され得る。哺乳動物の組織及び体液の試料中のポリペプチド及びｍＲＮＡ転写物を検出するこれら及び他の方法の具体的なプロトコールは、当該分野において周知である（例えば、前出のＳａｍｂｒｏｏｋらを参照のこと）。
【００３９】
或いは、ＢＯＲＩＳアイソフォームの発現は、上記哺乳動物中のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体の存在を検出することにより、間接的に試験され得る。特定の理論に縛られることは望まないが、ＢＯＲＩＳアイソフォームが正常では見出されない組織及び体液（例えば、精巣又は卵巣以外）中でのＢＯＲＩＳアイソフォームの異常な発現が、罹患した哺乳動物から得られた試料（例えば、組織、血清又は血流）中で検出され得るＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体を、当該哺乳動物の免疫系に産生させると考えられている。このような疾患がないとき、ＢＯＲＩＳアイソフォームは、罹患していない哺乳動物においてそれらが正常に見出される組織及び器官に限定され、この哺乳動物の免疫系は、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体を産生しない。従って、罹患していない哺乳動物（例えば、異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患のない哺乳動物）から採取した試料は、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を含有しないであろう。従って、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体が哺乳動物の試料中に存在すること又は存在しないことを検出することにより、本発明の方法は、その哺乳動物が、異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患（例えば癌）を有するか否かについて決定することを可能にする。
【００４０】
試料中の抗ＢＯＲＩＳ自己抗体を検出する任意の適切な方法が用いられ得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体は、例えば、哺乳動物の組織若しくは体液の試料と、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム若しくはその免疫原性部分（例えば、配列番号２５〜４２のいずれかのアミノ酸配列の免疫原性部分を含む、１以上の単離若しくは精製されたポリペプチド）とを接触させることにより、検出され得る。この試料は、当該分野で公知の任意の適切な方法を用いて、ＢＯＲＩＳポリペプチドと接触され得る。好ましくは、試料は、インビトロ又はエキソビボで、ＢＯＲＩＳポリペプチドと接触される。試料中の抗体を検出するためのインビトロ及びエキソビボの方法は当該分野において周知であり、この方法としては、例えば、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、アフィニティークロマトグラフィー及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）が挙げられる。
【００４１】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの「免疫原性」部分又は「免疫反応性」部分は、哺乳動物においてインビボで免疫応答を生じ得るか、抗ＢＯＲＩＳ抗体又は自己抗体にインビボ又はインビトロで結合し得るか、又はＢＯＲＩＳアイソフォームの１以上のエピトープを含み得る、全長ＢＯＲＩＳアイソフォーム（例えば、配列番号２５〜４２）の任意の部分を意味する。本明細書中で用いられる場合、用語「部分」は、用語「断片」と同義であり、これらの用語は両方とも、約５以上のアミノ酸（例えば、約１０以上、約１５以上、約２０以上、約２５以上、又は約３０以上のアミノ酸でさえも）を含むポリペプチドの連続部分をいうために用いられる。当然、全長ＢＯＲＩＳアイソフォームは免疫原性部分を提供し得る。しかしながら、ＢＯＲＩＳアイソフォームのより短い部分を用いることがより簡便であり得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの任意の所定の部分が免疫原性であるか否かは、本明細書中に提供される開示を考慮して、慣用的な技術を用いて決定され得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗ＢＯＲＩＳ抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその部分を哺乳動物に導入し、その後、慣用的な技術を用いて哺乳動物から抗体を回収することにより、当該哺乳動物から得られ得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの所定の「試験」部分は抗ＢＯＲＩＳ抗体と接触され得、ＢＯＲＩＳアイソフォームの部分に対する当該抗体の結合親和性が測定され、抗ＢＯＲＩＳ抗体がＢＯＲＩＳアイソフォームの所定の「試験」部分に結合するか否かが決定され得る。抗体がＢＯＲＩＳアイソフォームの試験部分に結合する場合、当該ＢＯＲＩＳアイソフォームの試験部分は免疫原性であるとみなされる。ＢＯＲＩＳアイソフォームの所定の部分が免疫原性であるか否かを決定する他の方法が、利用可能である。
【００４２】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの適切な免疫原性部分としては、アミノ末端からジンクフィンガードメインまでに及ぶ領域として定義されるＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ末端部分（「Ｎ末端ドメイン」）又はその少なくとも一部の、約１００以上のアミノ酸（例えば、２００以上、２５０以上、３００以上、４００以上若しくは５００以上のアミノ酸）を含む部分が挙げられる。ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドの別の適切な部分としては、ジンクフィンガードメインの後に始まりＢＯＲＩＳのカルボキシル末端で終わる領域として定義されるカルボキシル末端部分（「Ｃ末端ドメイン」）又はその少なくとも一部の、約７５以上のアミノ酸（例えば、約１００以上、約２００以上、約３００以上若しくは約４００以上のアミノ酸）を含む部分が挙げられる。
【００４３】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含む、より大きなポリペプチド構築物の一部であり得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、例えば、非ネイティブのアミノ酸配列により一緒に連結された、１以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの１以上の異なる免疫原性部分を含むポリペプチド構築物の一部であり得る。このようなポリペプチド構築物は、例えば、本明細書中に記載の、１以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン及びＣ末端ドメインの各々の、少なくとも一部分を含み得る。より好ましくは、ＢＯＲＩＳポリペプチド構築物は、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン全体及びＣ末端ドメイン全体を含む。ＢＯＲＩＳポリペプチド構築物が、ＢＯＲＩＳアイソフォームのいずれかのジンクフィンガードメインを除外することが更に好ましい。
【００４４】
その部分又は断片にＢＯＲＩＳアイソフォームエピトープが存在する場合、ＢＯＲＩＳアイソフォームのさらに小さな部分が、免疫原性部分を提供し得る。「エピトープ」とは、抗体又は抗原レセプターにより認識される、抗原上の配列を意味する。エピトープは、当該分野において、「抗原決定基」とも呼ばれる。抗ＢＯＲＩＳ抗体が結合し得る限り、ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、長さ約６６０、２００、１５０、１００、６０、５０、３０、２０、１５又は１２アミノ酸残基未満であり得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、好ましくは、少なくとも約１０、１１又は１２アミノ酸を含む。しかしながら、１１アミノ酸より少ないアミノ酸（例えば、約４、６、８又は１０以上のアミノ酸）しか含まないＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分もまた、本発明の範囲内である。当然、好ましいアミノ酸数は、上に記載の好ましい境界値のいずれかに入る範囲（例えば、１０〜２００アミノ酸、１０〜１００アミノ酸、１０〜５０アミノ酸、１０〜２０アミノ酸など）によっても表され得る。
【００４５】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分はまた、ＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列のバリアントにより提供され得る。本明細書中で用いられる場合、用語「バリアント」は、特定のアミノ酸又はヌクレオチド配列が変更されているが、ネイティブ配列の必要とされる機能を保持している配列をいうために用いられる。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分に関して、ＢＯＲＩＳアイソフォームのバリアントは、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体に結合する機能を保持する。本明細書中に提供される情報を用いて、ＢＯＲＩＳアイソフォームバリアントが生成され得、抗ＢＯＲＩＳ抗体又はその機能的断片（例えば、Ｆａｂ又はＦ’（ａｂ）２）と結合する能力について特徴付けられ得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームバリアントは、例えば、本明細書中に提供されたＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする核酸配列の部位特異的変異誘発またはランダム変異誘発を用いて生成され得る。このようにして生成されたＢＯＲＩＳバリアントの結合特性は、例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体の、当該バリアントに対する結合親和性を測定することにより、決定され得る。このような抗体は、例えば、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームを接種した哺乳動物の血清から、又は癌を有する哺乳動物の血清から、得られ得る。
【００４６】
ＢＯＲＩＳアイソフォームのバリアントは、望ましくは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームと、アミノ酸配列同一性を有する１以上の領域を共有する。この点について、このバリアントは、好ましくは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列に対して、少なくとも約５０％同一（例えば、少なくとも約６０％同一、少なくとも約７０％同一、少なくとも約８０％同一又は少なくとも約９０％同一）のアミノ酸配列を含む。より好ましくは、このバリアントは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列に対して、少なくとも約７５％同一（例えば、少なくとも約８５％同一若しくは少なくとも約９５％同一）のアミノ酸配列を含む。最も好ましくは、このポリペプチドは、ネイティブのＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％同一（例えば、少なくとも約９５％同一、少なくとも約９７％同一若しくは少なくとも約９９％同一）のアミノ酸配列を含む。本明細書中で用いられる場合、配列同一性は、周知のＢＬＡＳＴアルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴｐ、ＢＬＡＳＴ ２．１、ＢＬ２ＳＥＱ、及びそれらの後のバージョン）を用いて決定される通りである。抗ＢＯＲＩＳ抗体に結合し得るＢＯＲＩＳアイソフォームのバリアントは、好ましくは、８アミノ酸残基のウインドウにわたり、少なくとも５、６又は７アミノ酸残基がネイティブＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列と同一である。
【００４７】
ＢＯＲＩＳアイソフォームの任意の免疫原性部分が、単独で、又は同一又は異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの他の免疫原性部分と組み合せて、用いられ得る。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、単独で用いられてもＢＯＲＩＳアイソフォームの他の免疫原性部分と組み合わせて用いられても、より大きなポリペプチドの一部になり得る（例えば、別の（即ち「非ＢＯＲＩＳ」）タンパク質に挿入される（又は別のやり方で結合される））。特定のいかなる理論に束縛されることも意図しないが、異なる個体は、その抗原提示細胞（例えば、マクロファージ）上に発現するＭＨＣ分子に基づいた、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する免疫応答を有するであろうと考えられる。従って、免疫原性であるＢＯＲＩＳアイソフォームの部分は、個体により変動し得る。更に、ＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン及びＣ末端ドメインの両方に対する自己反応性抗体応答が、一部の癌患者において検出されてきた。従って、１よりも多くの、ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分（例えば、１よりも多くのＢＯＲＩＳアイソフォームエピトープ）の使用が好ましい。１よりも多くの免疫原性部分が用いられる場合、例えば、同時に用いられる数個の非連続ポリペプチド（例えば、各々がＢＯＲＩＳアイソフォームの異なる免疫原性部分を含む２以上のポリペプチド）により、又は例えば非ネイティブのリンカー配列により連結されたＢＯＲＩＳの２以上の異なる免疫原性部分を含む単一のポリペプチドにより、異なる免疫原性部分が提供され得る。
【００４８】
本発明の好ましい実施形態では、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの２以上の免疫原性部分が、可撓性リンカーアミノ酸配列により連結される。このような構築物もまた、ＢＯＲＩＳポリペプチドの免疫原性部分を含み得る。可撓性リンカーは、当該分野において、例えば融合タンパク質若しくはキメラタンパク質の構築において、別個の２つのポリペプチドを連結するために用いられる。従って、例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端ドメイン部分及びＣ末端ドメイン部分は、可撓性リンカー配列を介して連結され、単一のポリペプチド分子を形成し得る。可撓性リンカーは、ポリペプチドドメインを連結して分離するのに用いられ得る適切な任意のアミノ酸配列であり得る。この点について、可撓性リンカーは、好ましくは、約５以上のアミノ酸（例えば、約６以上、７以上若しくは９以上のアミノ酸）、より好ましくは約１０以上のアミノ酸（例えば、約１１以上、１２以上若しくは１４以上のアミノ酸）、最も好ましくは約１５以上のアミノ酸（例えば、約１７以上、２０以上若しくは２５以上のアミノ酸）を含む。リンカー配列、及び可撓性リンカーを用いてポリペプチドドメインを連結するための方法は、当該分野で知られている（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，３３３（１），１６７−７３（２００５）；Ｌｉｎら，Ｅｕｒ．Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｎｅｔｗ．，１５（３），２４０−６（２００４）を参照のこと）。
【００４９】
ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分は、他の生体分子（例えば、タンパク質、ポリペプチド、脂質、炭水化物、プレニル及びアシル部分、並びに核酸）に連結され得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分は、シグナル発生部分（検出可能な標識としても知られる）に結合され得る。シグナル発生部分の正体及び使用は、当該分野で周知である。シグナル発生部分は、通常は試料の操作の後、試料中の分析物又は試薬の存在を示すことが可能な分子である。このような操作はしばしば、試料と適切な検出試薬とを、２つの部分が一緒に結合するのを可能にする条件下でインキュベートする工程、次いで存在する場合には、洗浄、濾過又は他の適切な技術を介して、試料から標識部分を全て取り除く工程を包含する。シグナル発生部分を用いた他の研究方法は、当該分野で周知である。適切なシグナル発生部分としては、蛍光分子（例えば、緑色蛍光タンパク質）、蛍光クエンチャー、ＢＯＲＩＳを認識しない抗体に対するエピトープ及びハプテン（例えば、周知のＦＬＡＧエピトープ）、酵素（例えば、発色性又は発光性（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ若しくはβ−ガラクトシダーゼ））、増幅され得るか又はプローブに特異的にハイブリダイズされ得る核酸、ビオチン、アビジン若しくはストレプトアビジン、レクチン及びコロイドが挙げられるが、これらに限定されない。タンパク質を検出可能な標識及び固体支持体と連結するための方法は、当該分野において周知である。
【００５０】
本発明の方法に従って検出される抗体又は自己抗体は、好ましくは、ＣＣＣＴＣ結合因子（ＣＴＣＦ）に対してよりも、ＢＯＲＩＳ若しくはＢＯＲＩＳアイソフォームに対して、より大きな親和性をもって結合するか、又は、この抗体又は自己抗体はＣＴＣＦと全く結合しない。従って、本発明の方法は、好ましくは、ＣＴＣＦに対する結合親和性よりもＢＯＲＩＳ又はＢＯＲＩＳアイソフォームに対する結合親和性の方が大きな、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体又は自己抗体を検出する工程を包含する。これは、用いられたＢＯＲＩＳの部分がＢＯＲＩＳのジンクフィンガードメインを含む場合に特に有利である。より好ましくは、本発明の方法により検出される抗体とＢＯＲＩＳとの間の、標準的な条件下での結合の解離定数（Ｋｄ）は、同一抗体とＣＴＣＦとの間の結合のＫｄの、多くても１０分の１であり、より好ましくは多くても１００分の１であり、さらに好ましくは多くても１０００分の１である。一部の実施形態では、患者の血清中の抗体とＣＴＣＦとの結合は、ネガティブコントロールとして用いられ得る。特定のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体又は自己抗体が望まれる場合、この方法は、好ましくは、所望の標的ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する結合親和性が他のＢＯＲＩＳアイソフォームに対するものよりも大きな、そのような抗体又は自己抗体を検出する工程を包含する。
【００５１】
好ましい実施形態では、癌を検出する方法又は抗ＢＯＲＩＳ抗体を検出する方法は、ＢＯＲＩＳに対して反応性の、患者の体内に存在するか又は患者の体に由来する試料中に存在する抗体のクラス及び／又はサブクラスを決定する工程を包含する。当業者は、５つの主要なヒト免疫グロブリンクラス（即ちアイソタイプ）が、免疫グロブリンＭ（即ちＩｇＭ）、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ及びＩｇＥであり、これらが典型的には抗体重鎖の定常領域の構造により規定されることを理解するであろう。ヒト抗体分子の軽鎖は、典型的には、当該分野において、ラムダ（λ）鎖又はカッパ（κ）鎖のいずれかとして分類される。ＩｇＧ抗体は、さらに４つのサブタイプ（即ち、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４）に細分類され得るのに対し、ＩｇＡ抗体は、典型的には、２つのサブタイプ（即ち、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）に細分類される。単離又は精製した抗体のクラス及びサブクラスを決定する方法は当該分野において周知である。例えば、ＢＯＲＩＳ反応性抗体は、免疫クロマトグラフィーにより、ヒトの血清から単離され得る。マイクロタイタープレートのウェルが、一晩４℃で、１０μｇ／ｍｌの抗ヒト免疫グロブリンで覆われ得る。５％ＢＳＡでブロッキングした後、プレートを、周囲温度で２時間、１０μｇ／ｍｌのモノクローナル抗体又は精製アイソタイプコントロールと反応させる。次いで、このウェルを、ヒトＩｇＧ１特異的、ＩｇＧ２特異的、ＩｇＧ３特異的若しくはＩｇＧ４特異的又はヒトＩｇＭ特異的なアルカリホスファターゼコンジュゲート化プローブと反応させ得る。洗浄後、このプレートを、発光性又は発色性の基質で発光/発色させ、発光又は発色について解析し得る。
【００５２】
疾患を検出する方法及び異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、異なる方法で用いられ得る。例えば、この方法は、診断又はスクリーニングの目的のために、疾患状態の存在を単に確認するために用いられ得る。更に、この方法は、例えば、経時的に種々の試料由来の抗ＢＯＲＩＳ抗体のレベル（若しくはＢＯＲＩＳ発現レベル）を比較することにより、例えば、疾患状態の状況（例えば、進行又は後退）をモニタリングするために用いられ得る。このような使用は、特定の治療レジメンに対する患者の応答をモニタリングするのに有用である。
【００５３】
関連の態様では、本発明はまた、疾患の検出以外の目的で、異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法を提供する。異常なＢＯＲＩＳ発現の検出は、任意の適切な目的（例えば、異常な遺伝子発現（特に、異常なＢＯＲＩＳ発現）を特徴とする疾患（増殖過剰疾患（例えば、癌）が挙げられるが、これらに限定されない）の、予後判定、モニタリング又は研究）に用いられ得る。例えば、異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、新規な又は既存の薬物又は治療法の開発と組み合わせた、又は確立された治療法レジメンの一部としての、薬物及び他の治療法の、種々の疾患（特に、本明細書中に記載される種々の癌）に対する効果をモニタリングするために用いられ得る。また、異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルを生成するのに用いられ得、このＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、次に、疾患を検出、診断、予後判定、モニタリング又は研究するための、スクリーニング方法に従って用いられ得る。異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法は、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織中の、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程、又は配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含し得る。異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法の他の全ての態様は、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を検出する方法に関して記載した通りである。
【００５４】
本明細書に記載の方法と共に用いられる哺乳動物は、任意の適切な哺乳動物（例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、ブタ、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、スナネズミ、サル及びハムスター）であり得る。哺乳動物は、好ましくはヒトである。
【００５５】
（単離又は精製されたポリペプチド、核酸、抗体、細胞及び組成物）
本発明は、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列又はその免疫原性部分を含むか、本質的にこれらからなるか、又はこれらからなる、単離又は精製されたポリペプチドを提供する。ＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分は、疾患を検出する方法又は抗ＢＯＲＩＳ自己抗体を検出する方法と組み合わせて有用であると本明細書中に記載した任意の免疫原性部分を含み得るか、本質的にこれらからなり得るか、又はこれらからなり得る。用語「本質的に・・・からなる」は、本明細書中では、ポリペプチドが他の生物学的に活性なアミノ酸配列をいずれも含み得ないが、生物学的に活性でない他の配列又は他の成分（例えば、調節若しくはシグナル配列、レポーター構築物、リンカー分子、標的化若しくは送達成分など）を含み得ることを意味するのに用いられる。
【００５６】
所望の場合、単離又は精製されたポリペプチドは、例えば、グリコシル化、アミド化、カルボキシル化若しくはリン酸化により、又は、本発明のポリペプチド分子の酸付加塩、アミド、エステル（特に、Ｃ末端エステル）及びＮ−アシル誘導体の作出により、修飾され得る。ポリペプチド分子はまた、二量体化又は多量体化され得る。さらに、ポリペプチド分子は、当該分野で公知の方法に従って他の部分と共有結合複合体又は非共有結合複合体を形成することにより修飾され、ポリペプチド誘導体が作出され得る。共有結合された複合体は、化学部分を、ポリペプチドを構成するアミノ酸の側鎖上の官能基に、又はＮ末端若しくはＣ末端で連結することにより、調製され得る。
【００５７】
単離又は精製されたポリペプチドは、任意の適切な方法を用いて製造され得る。この点、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分をコードする核酸配列は、例えば、本明細書中に記載の核酸配列を用いて合成により生成され、また、適切な宿主細胞中で発現され、これにより、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分の産生を生じ得る。或いは、ＢＯＲＩＳアイソフォーム及びその免疫原性部分は、例えば、本明細書中に開示されたアミノ酸配列及び当該分野で知られたタンパク質合成法を用いて合成され得る。或いは、ＢＯＲＩＳアイソフォームは、哺乳動物から単離され得、所望の場合には、その免疫原性部分は、全長ＢＯＲＩＳアイソフォーム内で切断するプロテアーゼを用いて生成され得る。上に議論したように、ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分は、シグナル発生部分又は検出可能な標識で標識されるか、又は、固体支持体に連結され得る。
【００５８】
本発明はまた、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列又はその免疫原性部分をコードする核酸配列を含むか、本質的にこれらからなるか、又はこれらからなる、単離又は精製された核酸、並びに、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチドを含むか、本質的にこれらからなるか、又はこれらからなる、単離又は精製された核酸を提供する。用語「本質的に・・・からなる」は、本明細書中、核酸が、生物学的に活性なタンパク質をコードする他のいかなる配列をも含み得ないが、他の核酸配列又は他の成分（例えば、調節配列、レポーター構築物、リンカー分子など）を含み得ることを意味するのに用いられる。
【００５９】
本発明はまた、上に記載の単離又は精製された核酸分子を含むベクターを提供する。上に記載の核酸分子は、任意の適切なベクター中にクローン化され得、任意の適切な宿主を形質転換又はトランスフェクトするために用いられ得る。それらを構築するためのベクター及び方法の選択は、当業者に一般に知られており、一般的な技術参考文献に記載されている（一般に、「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｐａｒｔ Ｄ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，第１５３巻，Ｗｕ及びＧｒｏｓｓｍａｎ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（１９８７）を参照のこと）。
【００６０】
適切なベクターとしては、伝播（ｐｒｏｐａｇａｔｉｏｎ）及び増殖（ｅｘｐａｎｓｉｏｎ）用に、又は発現用に、或いはこれら両方用に、設計されたものが挙げられる。適切なベクターの例としては、プラスミド、ファージミド、コスミド、ウイルス、及びウイルス供給源又は細菌供給源由来の他のビヒクルが挙げられる。好ましくは、上記ベクターはウイルスベクターであり、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、ＳＶ４０型ウイルス、ポリオーマウイルス、エプスタイン・バーウイルス、パピローマウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス及びポリオウイルスからなる群より選択される。最も好ましくは、上記ベクターはアデノウイルスベクターである。
【００６１】
アデノウイルスベクターが本発明に関して用いられる場合、アデノウイルスベクターは、アデノウイルスの任意の血清型に由来し得る。アデノウイルスの供給源として用いられ得るアデノウイルスストックは、アデノウイルス血清型１〜５１（これらは、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から現在入手可能である）から、又は他の任意の供給源から入手可能なアデノウイルスの他の任意の血清型から、増幅され得る。例えば、アデノウイルスは、Ａ亜群（例えば、血清型１２、１８及び３１）、Ｂ亜群（例えば、血清型３、７、１１、１４、１６、２１、３４及び３５）、Ｃ亜群（例えば、血清型１、２、５及び６）、Ｄ亜群（例えば、血清型８、９、１０、１３、１５、１７、１９、２０、２２〜３０、３２、３３、３６〜３９及び４２〜４７）、Ｅ亜群（血清型４）、Ｆ亜群（血清型４０及び４１）又は任意の他のアデノウイルス血清型のものであり得る。しかしながら、好ましくは、アデノウイルスは、血清型２、５又は９のものである。しかしながら、非Ｃ群アデノウイルスは、１以上の非ネイティブ核酸配列を所望の組織に送達するためのアデノウイルスベクターを調製するために用いられ得る。非Ｃ群アデノウイルスベクターの構築に用いられる好ましいアデノウイルスとしては、Ａｄ１２（Ａ群）、Ａｄ７（Ｂ群）、Ａｄ３０及びＡｄ３６（Ｄ群）、Ａｄ４（Ｅ群）並びにＡｄ４１（Ｆ群）が挙げられる。非Ｃ群アデノウイルスベクター、非Ｃ群アデノウイルスベクターを生成する方法及び非Ｃ群アデノウイルスベクターを用いる方法は、例えば、米国特許第５，８０１，０３０号；同第５，８３７，５１１号；及び同第５，８４９，５６１号並びに国際特許出願ＷＯ９７／１２９８６及びＷＯ９８／５３０８７に開示されている。
【００６２】
好ましい実施形態では、本発明のアデノウイルスベクターは、１以上の、複製に必須の遺伝子機能が欠損している。複製に必須の、アデノウイルスゲノム内に含まれる領域としては、Ｅ１ａ、Ｅ１ｂ、Ｅ２、Ｅ４及びＬ１〜Ｌ５が挙げられる。「欠損」は、その領域によりコードされる遺伝子産物が正常レベルと比較して減少した量で産生されるようにする、少なくとも１つの上記領域内に含まれる破壊を意味する。適切な欠損としては、点変異、置換、欠失、挿入及び逆位が挙げられる。典型的には、アデノウイルスベクターは、Ｅ１ａ、Ｅ１ｂ、Ｅ３及び／又はＥ４領域の１以上の複製に必須の遺伝子機能が欠損している。
【００６３】
マーカータンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質又はルシフェラーゼ）をコードする核酸配列もまた、ベクター中に存在し得る。このようなマーカータンパク質は、ベクター構築及びベクター移入の決定に有用である。マーカータンパク質は、所望に応じて、ベクター組成物の注入を効率的に間隔をあけて広汎な処理領域を提供するために、注入点を決定するために用いられ得る。或いは、ベクター構築プロトコールにおいても有用である、選択因子をコードする核酸配列が、アデノウイルスベクターの一部であり得る。
【００６４】
ネガティブ選択遺伝子が、上に記載のベクターのいずれかに組み込まれ得る。好ましい実施形態は、ウイルスベクター中でウイルスプロモーターに作動可能に連結されたＨＳＶ ｔｋ遺伝子カセットである（Ｚｊｉｌｓｔｒａら，Ｎａｔｕｒｅ，３４２：４３５（１９８９）；Ｍａｎｓｏｕｒら，Ｎａｔｕｒｅ，３３６：３４８（１９８８）；Ｊｏｈｎｓｏｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４５：１２３４（１９８９）：Ａｄａｉｒら，ＰＮＡＳ，８６：４５７４（１９８９）；Ｃａｐｅｃｃｈｉ，Ｍ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１２８８（１９８９）（これらはその全体が本明細書中に援用される））。このｔｋ発現カセット（又は他のネガティブ選択発現カセット）は、ウイルスゲノム中に、例えば、非必須ウイルス遺伝子の実質的欠失の代わりとして挿入される。他のネガティブ選択遺伝子は、当業者に明らかであろう。
【００６５】
本発明のベクターは、上に記載のような単離又は精製された核酸分子に作動可能に連結されたネイティブ又は非ネイティブの調節配列を含み得る。１よりも多くのヌクレオチド配列が核酸分子に含まれる場合、各配列は、その独自の調節配列に作動可能に連結され得る。「調節配列」は、典型的には、作動可能に連結された核酸の効率的な転写及び翻訳を促進する、プロモーター配列又はプロモーター−エンハンサー組合せである。調節配列は、例えば、哺乳動物プロモーター又はウイルスプロモーター（例えば、構成的プロモーター又は誘導性プロモーター）であり得る。真核生物細胞において構成的に機能するウイルスプロモーターの例としては、例えば、サルウイルス、パピローマウイルス、アデノウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、モロニー白血病ウイルス及び他のレトロウイルス、並びに単純ヘルペスウイルス由来のプロモーターが挙げられる。他の構成的なプロモーターが当業者に知られている。本発明の調節配列として有用なプロモーターには、誘導性プロモーターも含まれる。誘導性プロモーターは、誘導因子の存在下で発現される。例えば、メタロチオネインプロモーターは、特定の金属イオンの存在下で誘導されて、転写及び翻訳を促進する。他の誘導性プロモーターは当業者に知られており、所望の場合に、本発明に関して用いられ得る。プロモーター（例えば、強、弱、誘導性、組織特異的及び発生特異的）の選択は、当該分野の技術範囲内である。同様に、上に記載の核酸分子とプロモーターとの組合せもまた、当該分野の技術範囲内である。
【００６６】
用語「作動可能に連結された」は、本明細書中で用いられる場合、核酸分子と調節配列とが、ヌクレオチドコード配列の発現を調節配列の影響下又は制御下に置くような方法で共有結合により連結される場合と定義され得る。従って、調節配列が核酸分子の転写をもたらすことが可能であり、その結果得られた転写物が所望のタンパク質又はポリペプチドに翻訳される場合、その調節配列は核酸分子に作動可能に連結されている。
【００６７】
本発明は、上に記載の単離又は精製された核酸分子またはベクターを含む細胞（すなわち宿主細胞）、好ましくは上記ＢＯＲＩＳアイソフォーム若しくはその免疫原性部分を発現する細胞を、さらに提供する。宿主細胞の例としては、原核生物宿主細胞又は真核生物宿主細胞が挙げられるが、これらに限定されない。原核生物細胞としては、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｅｎｏｓａ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及びＮ．ｃｒａｓｓａ由来のものが挙げられる。好ましくは、宿主細胞は哺乳動物（例えばヒト）由来である。
【００６８】
ＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分に対する抗体（ポリクローナル若しくはモノクローナル）、並びにＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性部分に対するモノクローナル抗体を産生する細胞株もまた、本発明の一部であることが企図される。このような「ハイブリドーマ細胞株」は、望ましくは、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対して特異的なモノクローナル抗体を産生する。ポリクローナル抗体及びハイブリドーマを作製する方法は、当該分野において知られている（例えば、Ｒｏｉｔｔ Ｉ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第４版，Ｍｏｓｂｙ，ＮＹ（１９９６）を参照のこと）。典型的には、上記抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォームのある領域又はＢＯＲＩＳアイソフォームの免疫原性部分のある領域に対して特異的である。典型的には、この領域は、ＢＯＲＩＳアイソフォームのＮ末端部分又はＣ末端部分であろう。或いは、上記抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォームのジンクフィンガー領域に対して特異的であり得る。このような抗体は、類似のジンクフィンガー領域を含む他のタンパク質（例えば、ＣＴＣＦ）と比較して、ＢＯＲＩＳアイソフォームのジンクフィンガー領域に対してより大きな親和性を有し、従って、その２つの分子を識別できるだろう。本発明の抗体は、本明細書中に記載されるように、診断適用及び治療適用の両方で用いられ得る。
【００６９】
本発明は更に、本明細書中に記載される単離又は精製されたポリペプチド、核酸又は抗体、及び担体（好ましくは、薬学的に受容可能な担体）を含有する組成物を提供する。語句「薬学的に受容可能な担体」とは、本明細書中で用いられる場合、活性成分の生物学的活性の有効性を妨害せず、かつ、宿主又は患者に対して毒性でない担体をいう。本発明の薬学的組成物は、種々の形態であり得る。これらとしては、例えば、固形、半固形及び液状の剤形（例えば、錠剤、丸剤、散剤、液体の液剤若しくは懸濁剤、リポソーム、注射可能及び注入可能な液剤）が挙げられる。吸入可能な製剤（例えば、エアロゾル剤）もまた含まれる。好ましい処方物は、経口、鼻腔内及び非経口の適用に指向されたものであるが、好ましい形態は、特定の診断適用又は治療適用に依存することが理解されるであろう。薬学的組成物の処方及び調製のための方法は、当該分野で周知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．，第１７版（１９８５）、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｄｅｘ，第１１版，（Ｍｅｒｃｋ＆Ｃｏ．１９８９）及びＬａｎｇｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４９，１５２７−１５３３（１９９０）に記載されている。
【００７０】
上記組成物は、１よりも多くの活性成分を含有し得る。或いは、又は更に、上記組成物は、薬学的に活性な別の薬剤又は薬物を含有し得る。例えば、癌を治療する場合、他の抗癌化合物が本発明の組成物と組み合わせて用いられ得、この化合物としては、米国内での販売が認可されている公知の抗癌化合物及び将来認可されるであろう化合物の全てが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Ｂｏｙｄ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，第１節、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（Ｊ．Ｅ．Ｎｉｅｄｅｒｈｕｂｅｒ編），第２章，Ｂ．Ｃ．Ｄｅｃｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９３，第１１頁−第２２頁の表１及び表２を参照のこと。より詳細には、これらの他の抗癌化合物としては、一般に固形腫瘍用にはドキソルビシン、ブレオマイシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ＶＰ−１６、ＶＷ−２６、シスプラチン、カルボプラチン、プロカルバジン及びタキソール；脳又は腎臓の癌用にはアルキル化剤（例えば、ＢＣＮＵ、ＣＣＮＵ、メチル−ＣＣＮＵ及びＤＴＩＣ）；並びに結腸癌用には代謝拮抗薬（例えば、５−ＦＵ及びメトトレキサート）が挙げられる。
【００７１】
本明細書中に記載される化合物及び組成物は、任意の目的で使用され得る。疾患を検出する方法及び異常なＢＯＲＩＳ発現を検出する方法において有用であることに加えて、本明細書中に記載される化合物及び組成物は、他の目的で（例えば、哺乳動物において免疫応答を誘導するために）用いられ得る。このような免疫応答には複数の用途がある。例えば、ＢＯＲＩＳに特異的な抗体及び他の免疫関連分子は、研究のために、哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現を検出するための方法において有用なコントロール試薬のために、及び哺乳動物中に存在するか又は生じ得る癌細胞を破壊するための方法として、単離され用いられ得る。この点において、本発明は、関連の態様として、哺乳動物において免疫応答を誘導する方法を提供し、この方法は、哺乳動物に、本明細書中に規定したＢＯＲＩＳポリペプチドを投与する工程を包含する。投与の適切な方法は、当該分野で知られている。免疫応答を誘導する方法の他の全ての態様は、すでに本明細書中に記載した通りである。
【００７２】
（異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療する方法）
本発明は、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、異常なＢＯＲＩＳ発現を示す哺乳動物に、ＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害剤を投与する工程を包含する。ＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害剤は、ＢＯＲＩＳアイソフォームの正常な機能を阻害し得るか、またはＢＯＲＩＳアイソフォームの発現をＤＮＡレベル若しくはＲＮＡレベルで阻害し得る、任意の化合物及び／又は分子或いは任意の他の薬剤であり得る。典型的には、ＢＯＲＩＳの阻害剤は、低分子、抗体、アンチセンス分子、又はリボザイム分子である。ＢＯＲＩＳアイソフォームに特異的なジンクフィンガー結合ドメインを認識し、それゆえＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害を開始できる分子（例えば、ジンクフィンガー結合タンパク質）を含むＢＯＲＩＳアイソフォームの阻害剤を提供することもまた考えられる。このようなジンクフィンガー結合タンパク質が用いられる場合、これらの分子は、同様のジンクフィンガー結合ドメインを含む他のタンパク質（例えば、ＣＴＣＦ）の正常な機能が阻害されないように、これらの類似のタンパク質と比較して、ＢＯＲＩＳアイソフォームのジンクフィンガー結合ドメインを特異的に認識するために使用されることが理解されるだろう。これらの阻害剤を同定する方法は当該分野で周知であり、種々のインビトロアッセイを用いて、過度の実験を行わずに達成され得る。
【００７３】
「治療すること」は、全体的又は部分的な、その任意の症状の病理学的状態の寛解を意味する。「予防すること」は、特定の病理学的状態に対する、全体的又は部分的な防御を意味し、当該防御としては、病理学的状態の任意の１以上の症状の発生の予防が挙げられるが、これに限定されない。当業者は、病理学的状態からの防御又は病理学的状態の寛解が、いかなる程度であっても、哺乳動物に有益であることを理解するだろう。
【００７４】
本発明の好ましい態様によれば、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、当該ｓｉＲＮＡ分子は、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ転写物）の部分又は断片に相補的な、少なくとも約１０ヌクレオチドが連続する配列（好ましくは少なくとも約１５ヌクレオチドの配列又は少なくとも約２０ヌクレオチド（典型的には、２１ヌクレオチド）の配列でさえ）を含む。ｓｉＲＮＡ分子を設計する方法は、当該分野において知られている。典型的には、ｓｉＲＮＡは、３’ジヌクレオチドオーバーハング（好ましくはＵＵ残基）を有する。従って、標的部位は、一般に、開始位置に適切なジヌクレオチドを有する部位（例えば、適切な数の３’ヌクレオチドを伴う「ＡＡ」ジヌクレオチド）になるように選択されるだろう。ｓｉＲＮＡは、当然、相補的な配列を有するであろう。
【００７５】
本発明の別の好ましい態様によれば、哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法は、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、当該抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体は、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド（例えば、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド）に選択的に結合する。適切な抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体（ＢＯＲＩＳアイソフォーム特異的抗体が挙げられる）は、本明細書中に提供される情報及び既に記載した慣用技術を考慮して生成され得る。
【００７６】
阻害剤は、担体を含有する組成物の一部として適切に投与されるだろう。適切な担体及び投与経路は、本発明の他の態様について記載したとおりである。
【００７７】
（ＢＯＲＩＳ発現を検出するのに有用なキット及びアレイ）
本発明は、（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、並びに（ｂ）当該プローブの検出を促進する試薬、を含む、ＢＯＲＩＳ発現を検出するのに有用なキットを提供する。
【００７８】
上記プローブセットは、試料中の検出されるべき標的が、ＢＯＲＩＳアイソフォームであるか（この場合、抗体プローブが有用であり得る）、ＢＯＲＩＳに対する自己抗体であるか（この場合、ポリペプチドプローブが有用である）又はＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物（この場合、核酸プローブが有用である）であるかによって、１以上の１以上の抗体、１以上のポリペプチド又は１以上の核酸（即ち、ポリヌクレオチド）を含み得る。それぞれの標的分子に特異的に結合するプローブは、慣用技術を用いて設計され得る。プローブは、試料中の他の分子に優先して、標的ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、自己抗体又はｍＲＮＡ転写物と特異的に結合し、その結果、プローブは、試料中の標的分子と他の分子とを識別するのに用いられ得る。
【００７９】
ポリヌクレオチドプローブ及びポリペプチドプローブは、当該分野で知られた任意の適切な方法により生成され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）を参照のこと）。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に特異的に結合するポリヌクレオチドプローブは、慣用技術（例えば、ＰＣＲ又は合成）により、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物自体の核酸配列（本明細書中に開示される）を用いて作出され得る。さらなる説明のために、特定のＢＯＲＩＳアイソフォームのｍＲＮＡ転写物に結合するポリヌクレオチドプローブは、ｍＲＮＡ配列またはその断片に相補的な核酸配列、或いはその配列に選択的に結合する（例えば、試料中の他のｍＲＮＡ転写物よりも大きな親和性をもって標的ｍＲＮＡ転写物に結合する）ほどその配列またはその断片に十分相補的な核酸配列を含むポリヌクレオチドにより、提供され得る。ポリヌクレオチドプローブの正確な性質は、本発明にとって重要ではない。ｍＲＮＡ標的と選択的に結合するであろう任意のプローブが用いられ得る。典型的には、ポリヌクレオチドプローブは、約１０以上の核酸（例えば、約２０以上、５０以上又は１００以上の核酸）を含むであろう。一般に、プローブは、５０ヌクレオチド未満を含むであろう。従って、例えば、ポリヌクレオチドプローブは、配列番号１〜２４のいずれかの断片又はその相補体を含み得るか、本質的にこれらからなり得るか、又はこれらからなり得る。十分な特異性を付与するために、核酸プローブは、標的配列の相補体に対して、例えば周知のＢａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）アルゴリズム（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤを介して利用可能）を用いて決定されるとおり、約９０％以上、好ましくは約９５％以上（例えば、約９８％以上若しくは約９９％以上）の配列同一性を有するであろう。より好ましくは、このプローブは、標的配列に対して、１又は２塩基対以下のミスマッチしか含まないであろう。
【００８０】
同様に、本明細書中に記載されるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに結合するポリペプチドプローブは、本明細書中に開示されるＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列及び慣用技術を用いて作出され得る。例えば、ＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体又は抗体断片は、慣用技術を用いて哺乳動物中で生成され得、当該抗体は、当該ＢＯＲＩＳアイソフォームに対するプローブとして供給するために回収され得る。ポリペプチドプローブの正確な性質は、本発明にとって重要ではない。ＢＯＲＩＳアイソフォーム標的に選択的に結合するであろう任意のプローブが用いられ得る。好ましいポリペプチドプローブとしては、抗体及び抗体断片抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ）’２断片、一本鎖抗体可変領域断片（ＳｃＦｖ）鎖等）が挙げられる。バイオマーカーを検出するのに適切な抗体は、慣用的な方法により調製でき、また市販されている。例えば、Ｈａｒｌｏｗら，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８８を参照のこと。
【００８１】
プローブの検出を促進する試薬は、当該分野において知られている任意の適切な試薬であり得る。例えば、試薬は、試料とプローブとを接触させる前又は後にプローブ又は試料中の標的分子を標識するために用いられ得る分子又は化合物であり得る。このような試薬の具体的な例としては、ラジオアイソトープ、フルオロフォア（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリトリン（ＰＥ））、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ）及び元素粒子（例えば、金粒子）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８２】
キットは、１以上の型の疾患又は癌に対応する、１以上のＢＯＲＩＳ発現プロファイル（例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現プロファイル）をさらに含み得る。所定の型の疾患又は癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルが、例えば、その疾患又は癌に罹患していることがわかっている哺乳動物又は哺乳動物の集団におけるＢＯＲＩＳアイソフォーム及び／又はＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験することにより、或いは、特定の細胞株を代表する細胞株におけるＢＯＲＩＳアイソフォーム及び／又はＢＯＲＳポリペプチドの発現について試験することにより、生成され得る。好ましくは、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、哺乳動物から、又はより好ましくは特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物の集団から、生成される。ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、その哺乳動物が実際に疾患を有するか否か又は疾患を発症する傾向を有するか否かを決定するために、未知の疾患状態の所定の哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現を比較するための、基準として役立ち得る。
【００８３】
好ましくは、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する１以上の異なる型の癌又は他の疾患のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースの形態で提供され、このデータベースは、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする。患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌又は他の疾患のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にするこのようなデータベースとしては、例えば、検索可能なデータベース、特に検索可能な電子データベースが挙げられる。
【００８４】
プローブセットのプローブは、アレイを提供するために、適切な基材上に固定され得る。この点で、本発明は、哺乳動物におけるＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイをも提供し、このアレイは、基材上に固定された１以上のプローブを含み、このプローブは、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する。
【００８５】
基材は、ポリヌクレオチド又はポリペプチドが共有結合又は非共有結合され得る、任意の剛性（ｒｉｇｉｄ）支持体又は半剛性支持体であり得る。適切な基材としては、膜、フィルター、チップ、スライド、ウェーハ、繊維、ビーズ、ゲル、キャピラリー、プレート、ポリマー、微粒子などが挙げられる。基材に適した物質としては、例えば、ナイロン、ガラス、セラミック、プラスチック、シリカ、アルミノケイ酸塩、ホウケイ酸塩、金属酸化物（例えば、アルミナ及び酸化ニッケル）、種々の粘土、ニトロセルロース等が挙げられる。
【００８６】
ポリヌクレオチドプローブ又はポリペプチドプローブは、既定の１次元若しくは２次元の配置で基材に結合され得、その結果、プローブへのハイブリダイゼーション又は結合のパターンが、特定のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現と容易に相関する。プローブが基材上の特定の位置に位置するので、ハイブリダイゼーション又は結合のパターン及び強度により、独特の発現プロファイルが作出され、この発現プロファイルは、特定のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現に関して解釈され得る。
【００８７】
アレイは、ポリヌクレオチドアレイ及びポリペプチドアレイに共通する他の要素を含み得る。例えば、アレイは、コントロール、標準又は基準分子（例えば、ハウスキーピング遺伝子若しくはその一部（例えば、ＰＢＧＤ、ＧＡＰＤＨ））として作用し、発現レベルの標準化、又は核酸の品質及び結合特性、試薬の品質及び有効性、ハイブリダイゼーションの成功、解析の閾値及び成功などの決定に資する、１以上の要素もまた含み得る。本発明と矛盾しない、アレイ又はアドレス可能な要素、並びにアレイを構築及び使用するための方法（適切なプローブを生成し、標識し及びこれを基材に結合させることを含む）の、これらの他の一般的態様は、当該分野で周知である。アレイの他の態様は、本発明の方法に関して本明細書中にすでに記載した通りである。
【００８８】
キット又はアレイは、単一のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物又は自己抗体に対する、単一のプローブを含み得る。しかしながら、キット又はアレイは、１よりも多くのプローブ（例えば、各々が異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物若しくは自己抗体に対して結合する、２以上の異なるプローブ、３以上の異なるプローブ、４以上の異なるプローブ、５以上の異なるプローブ、１０以上の異なるプローブ、１５以上の異なるプローブ若しくは２０以上の異なるプローブさえ（又は本明細書中で同定されたＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物、若しくは自己抗体の各々に対する異なるプローブでさえ））を含むことが有利である。
【００８９】
キット又はアレイは、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物又は自己抗体以外のポリペプチド、ｍＲＮＡ転写物又は自己抗体に対するプローブを更に含み得る。例えば、キット又はアレイは、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、このようなＢＯＲＩＳポリペプチドをコードするｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号４４の核酸配列を含むｍＲＮＡ転写物）又はこのようなＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体に対するプローブを含むことが望ましい。他のプローブ（例えば、他の腫瘍抗原若しくは他の癌遺伝子マーカーに結合するプローブ）もまた含まれ得る。それにもかかわらず、いくつかの例では、使いやすくするため、異なるプローブの総数を限定することが簡便であり得る。従って、例えば、キット又はアレイは、約１０００未満の異なるプローブを含み得るか、又は約５００未満の異なるプローブ（例えば、約１００未満の異なるプローブ）を含み得るか、又は約５０未満の異なるプローブ（例えば、約３０未満の異なるプローブ）さえを含み得る。
【実施例】
【００９０】
以下の実施例は、本発明を更に説明するが、当然、決して本発明の範囲を制限するものと解釈されるべきではない。
【００９１】
（実施例１）
本実施例は、ヒト精巣における複数のＢＯＲＩＳアイソフォームの同定を説明する。
【００９２】
ＲＴ−ＰＣＲを用いて、ヒト精巣で発現されるＢＯＲＩＳ遺伝子の２４の異なるｍＲＮＡスプライスバリアントのｍＲＮＡ転写物の同定及び配列決定を行った。これら２４のｍＲＮＡスプライスバリアントを、図Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤに示す。これらのｍＲＮＡスプライスバリアントは、１８の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードする。ｍＲＮＡスプライスバリアントのヌクレオチド配列及びこのｍＲＮＡスプライスバリアントがコードするアミノ酸配列を、表１に示す。
【００９３】
（実施例２）
本実施例は、アイソフォーム特異的抗ＢＯＲＩＳ抗体の生成、及びヒト精巣においてＢＯＲＩＳアイソフォームを同定するためのこのような抗体の使用を説明する。
【００９４】
ウサギを３つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォーム（配列番号２５、２７及び３２）に特異的な合成ペプチドで免疫することにより、これらのアイソフォームに対するアイソフォーム特異的抗ＢＯＲＩＳ抗体を生成した。特に、ペプチドＣＫＹＡＳＶＥＶＫＰＦＬＤＬＫＬＨＧＩＬＶＥＡＡＶＱＶＴＰＳＶＴＮＳＲＩ（配列番号４５）及びＣＹＫＱＡＦＹＹＳＹＫＩＹＩＧＮＮＭＨＳＬＬ（配列番号４６）を用いて、配列番号２５を含むアイソフォームに対する抗体を生成し；ペプチドＣＬＬＧＳＳＤＳＨＡＳＶＳＧＡＧＩＴＤＡＲＨＨＡ（配列番号４７）及びＣＩＴＤＡＲＨＨＡＷＬＩＶＬＬＥＬＶＥＭＧＦＹＨＶＳＨＳ（配列番号４８）を用いて、配列番号２７を含むアイソフォームに対する抗体を生成し；ペプチドＣＰＰＧＬＨＨＰＫＡＧＬＧＰＥＤＰＬＰＧＱＬＲＨＴＡＧ（配列番号４９）及びＧＱＬＲＨＴＴＡＧＴＧＬＳＳＬＬＱＧＰＬＣ（配列番号５０）を用いて、配列番号３２を含むアイソフォームに対する抗体を生成した。ウサギを、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）にコンジュゲート化したペプチドで免疫した。その後、ペプチド特異的な抗体を、同じペプチドを用いてカラム上でアフィニティー精製した。アイソフォーム特異的抗ＢＯＲＩＳ抗体を首尾よく用いて、ヒト精巣の組織中で３つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォームを検出した。
【００９５】
（実施例３）
本実施例は、ＮＣＩ−６０細胞株におけるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現パターンを実証する。
【００９６】
ＲＴ−ＰＣＲを用いて、ＮＣＩ−６０細胞株の各々における６つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験した。ＮＣＩ−６０細胞株パネルは、ヒト癌の型の大多数に相当すると考えられる。結果を表１に示す。表中「＋」は正の発現を示し、空欄は発現がないことを示す。
【００９７】
表２の結果により説明されるように、ＮＣＩ−６０細胞株の各々は、ＢＯＲＩＳの少なくとも１のアイソフォームの発現を示した。さらに、異なる癌は、異なるＢＯＲＩＳアイソフォーム発現パターンを示した。これらの結果は、ＢＯＲＩＳアイソフォーム発現パターンが種々の型の癌の間を識別するのに用いることができることを示す。
【００９８】
【表１】
【００９９】
【表２】
【０１００】
本明細書中に引用される全ての参考文献（刊行物、特許出願及び特許が挙げられる）は、各参考文献が、個々にかつ具体的に、参考として援用されていることが示され、その全体が本明細書中に記載されている場合と同程度まで、参考として本明細書中に援用される。
【０１０１】
本発明を記載することに関して（特に、添付の特許請求の範囲に関して）、用語「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」及び「その（ｔｈｅ）」及び同様の指示対照の使用は、本明細書中に別段示されない限り又は文脈に明らかに矛盾しない限り、単数及び複数の両方を包含すると解釈されるべきである。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「挙げられる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」は、特に断らない限り、オープンエンドの用語（即ち、「・・・が挙げられるが、これ（ら）に限定されない」を意味する）として解釈されるべきである。本発明がオープンエンドの用語（例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」）に言及して記載される箇所はいずれの箇所でも、限定された又はクローズドエンドの用語（例えば、本質的に・・・からなる、若しくは・・・からなる）が代わりに用いられ得ることが具体的に企図される。本明細書中の値の範囲の列挙は、本明細書中に別段示さない限り、当該範囲内に収まる各個別の値に個々に言及する便法として寄与することが意図されるに過ぎず、各個別の値は、本明細書中に個々に列挙されたかのように、本明細書中に組み込まれることが意図される。本明細書中に記載される全ての方法は、本明細書中に別段示さない限り、又はそうでなければ文脈に明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で遂行され得る。本明細書中に提供される任意の及び全ての例又は例示的な言い回し（例えば、「例えば」）の使用は、単に本発明をよりよく説明することを意図したのであって、他のように特許請求されない限り、本発明の範囲を限定しない。本明細書中の如何なる言い回しも、特許請求されていない任意の要素を本発明の実施に必須であると示すものとして解釈すべきではない。
【０１０２】
本発明の好ましい実施形態（発明者らに知られている、発明を実施するための最良の形態を含む）が本明細書中に記載される。好ましい実施形態のバリエーションは、前述の記載を読めばすぐに当業者に明らかになり得る。発明者らは、当業者がこのようなバリエーションを必要に応じて用いることを予測しており、そして発明者らは、本発明が、本明細書中に具体的に記載されているのとは別のやり方で実施されるであろうことを意図する。従って、本発明は、適用法が許容するとおり、本明細書に添付の特許請求の範囲に列挙される主題の全ての修飾及び均等物を包含する。更に、可能な全てのバリエーションにおける上記要素の任意の組合せが、本明細書中に特に示されていない限り、又は文脈と明らかに矛盾しない限り、本発明に包含される。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法であって、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する、方法。
【請求項２】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームが、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体とを接触させる工程、及び該抗体と該試料由来の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する１以上の自己抗体の存在を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する１以上の自己抗体の存在を検出する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列の免疫原性部分を含むポリペプチドプローブとを接触させる工程、及び該ポリペプチドプローブと該試料由来の自己抗体との結合を検出する工程を包含する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物の存在を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物の存在を検出する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に結合する１以上の核酸プローブとを接触させる工程、及び該プローブと該試料由来のｍＲＮＡ転写物との結合を検出する工程を包含する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
２以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験する工程をさらに包含する、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記哺乳動物中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現とコントロールとを比較する工程をさらに包含する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記コントロールが、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現パターンである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法であって、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する、方法。
【請求項１４】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物が、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に結合する１以上の核酸プローブとを接触させる工程、及び該核酸プローブと該試料由来のｍＲＮＡ転写物との結合を検出する工程を包含する、請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項１６】
２以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する、請求項１３〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
配列番号４４のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を更に包含する、請求項１３〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記哺乳動物のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現をコントロールと比較する工程を更に含む、請求項１３〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記コントロールが、特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物のＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ発現パターンである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連している疾患が癌である、請求項１３〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離又は精製されたポリペプチド。
【請求項２２】
配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項２３】
配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項２４】
請求項２２又は２３の核酸を含む、ベクター。
【請求項２５】
請求項２１のポリペプチドを含む、細胞。
【請求項２６】
必要に応じてベクターの形態で請求項２２又は２３の核酸を含む、細胞。
【請求項２７】
請求項２１のポリペプチドに結合する、抗体又は抗体断片。
【請求項２８】
請求項２１のポリペプチド及び担体を含有する、組成物。
【請求項２９】
必要に応じてベクターの形態の請求項２２又は２３の核酸、及び担体を含有する、組成物。
【請求項３０】
請求項２７の抗体又は抗体断片及び担体を含有する、組成物。
【請求項３１】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法であって、該方法は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、該ｓｉＲＮＡ分子は、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の断片に相補的な、少なくとも１０ヌクレオチドが連続する配列を含む、方法。
【請求項３２】
前記ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物が、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法であって、該方法は、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、該抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体が、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに選択的に結合する、方法。
【請求項３４】
前記ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドが、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項３１〜３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、及び
（ｂ）該プローブの検出を促進する試薬
を含む、哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出のためのキット。
【請求項３７】
前記プローブセットが、１以上の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】
前記プローブセットが、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドを含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項３９】
前記プローブセットが１以上の核酸を含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項４０】
１以上の型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを更に含む、請求項３６〜３９のいずれかに記載のキット。
【請求項４１】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイであって、該アレイが、基材上に固定された１以上のプローブを含み、該プローブが、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する、アレイ。
【請求項４２】
前記プローブセットが、１以上の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体又は抗体断片を含む、請求項４１に記載のアレイ。
【請求項４３】
前記プローブセットが、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性断片を含む、請求項４１に記載のアレイ。
【請求項４４】
前記プローブセットが１以上の核酸を含む、請求項４１に記載のアレイ。
【請求項４５】
２以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームに対するプローブを含む、請求項４１〜４４のいずれかに記載のアレイ。
【請求項４６】
（ｉ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、（ｉｉ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号４４のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ転写物、に結合するプローブを更に含む、請求項４１〜４５のいずれかに記載のアレイ。
【請求項４７】
１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースであって、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする、データベース。
【請求項４８】
哺乳動物に配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド又はその免疫原性部分を投与する工程を包含する、該哺乳動物においてＢＯＲＩＳに対する免疫応答を誘導する方法。
【請求項１】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法であって、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する、方法。
【請求項２】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームが、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体とを接触させる工程、及び該抗体と該試料由来の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する１以上の自己抗体の存在を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する１以上の自己抗体の存在を検出する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームのアミノ酸配列の免疫原性部分を含むポリペプチドプローブとを接触させる工程、及び該ポリペプチドプローブと該試料由来の自己抗体との結合を検出する工程を包含する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物の存在を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物の存在を検出する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に結合する１以上の核酸プローブとを接触させる工程、及び該プローブと該試料由来のｍＲＮＡ転写物との結合を検出する工程を包含する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
２以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験する工程をさらに包含する、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記哺乳動物中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現とコントロールとを比較する工程をさらに包含する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記コントロールが、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現パターンである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法であって、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する、方法。
【請求項１４】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物が、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物に結合する１以上の核酸プローブとを接触させる工程、及び該核酸プローブと該試料由来のｍＲＮＡ転写物との結合を検出する工程を包含する、請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項１６】
２以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する、請求項１３〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
配列番号４４のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を更に包含する、請求項１３〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記哺乳動物のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現をコントロールと比較する工程を更に含む、請求項１３〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記コントロールが、特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物のＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ発現パターンである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連している疾患が癌である、請求項１３〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離又は精製されたポリペプチド。
【請求項２２】
配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項２３】
配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項２４】
請求項２２又は２３の核酸を含む、ベクター。
【請求項２５】
請求項２１のポリペプチドを含む、細胞。
【請求項２６】
必要に応じてベクターの形態で請求項２２又は２３の核酸を含む、細胞。
【請求項２７】
請求項２１のポリペプチドに結合する、抗体又は抗体断片。
【請求項２８】
請求項２１のポリペプチド及び担体を含有する、組成物。
【請求項２９】
必要に応じてベクターの形態の請求項２２又は２３の核酸、及び担体を含有する、組成物。
【請求項３０】
請求項２７の抗体又は抗体断片及び担体を含有する、組成物。
【請求項３１】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法であって、該方法は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、該ｓｉＲＮＡ分子は、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の断片に相補的な、少なくとも１０ヌクレオチドが連続する配列を含む、方法。
【請求項３２】
前記ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物が、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防する方法であって、該方法は、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与する工程を包含し、該抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体が、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに選択的に結合する、方法。
【請求項３４】
前記ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドが、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項３１〜３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、及び
（ｂ）該プローブの検出を促進する試薬
を含む、哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出のためのキット。
【請求項３７】
前記プローブセットが、１以上の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体を含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】
前記プローブセットが、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドを含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項３９】
前記プローブセットが１以上の核酸を含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項４０】
１以上の型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを更に含む、請求項３６〜３９のいずれかに記載のキット。
【請求項４１】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイであって、該アレイが、基材上に固定された１以上のプローブを含み、該プローブが、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する、アレイ。
【請求項４２】
前記プローブセットが、１以上の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体又は抗体断片を含む、請求項４１に記載のアレイ。
【請求項４３】
前記プローブセットが、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性断片を含む、請求項４１に記載のアレイ。
【請求項４４】
前記プローブセットが１以上の核酸を含む、請求項４１に記載のアレイ。
【請求項４５】
２以上の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームに対するプローブを含む、請求項４１〜４４のいずれかに記載のアレイ。
【請求項４６】
（ｉ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、（ｉｉ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号４４のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ転写物、に結合するプローブを更に含む、請求項４１〜４５のいずれかに記載のアレイ。
【請求項４７】
１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースであって、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする、データベース。
【請求項４８】
哺乳動物に配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド又はその免疫原性部分を投与する工程を包含する、該哺乳動物においてＢＯＲＩＳに対する免疫応答を誘導する方法。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図１Ｄ】
【公表番号】特表２０１０−５０２１９２（Ｐ２０１０−５０２１９２Ａ）
【公表日】平成２２年１月２８日（２０１０．１．２８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５２６９１７（Ｐ２００９−５２６９１７）
【出願日】平成１９年８月３０日（２００７．８．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０７７２８１
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０２８０６６
【国際公開日】平成２０年３月６日（２００８．３．６）
【出願人】（３０４０４８２９６）アメリカ合衆国 (18)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年１月２８日（２０１０．１．２８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年８月３０日（２００７．８．３０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０７７２８１
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０２８０６６
【国際公開日】平成２０年３月６日（２００８．３．６）
【出願人】（３０４０４８２９６）アメリカ合衆国 (18)
【Ｆターム（参考）】
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