標的機能を決定して薬物リードを同定するためのプロセス
本発明は、化学ライブラリーから低分子を選択するために未知の機能を有する標的を使用することに関し、その低分子は、その後、その標的の機能を決定するためにアッセイにおいて使用される。本発明によると、その化学ライブラリーのメンバーは、生化学結合アッセイにおいてタンパク一と混合され、その後、（連続的に、または並行して）結合するメンバーは、インビトロまたはインビボでのバイオアッセイにおいて使用されて、生物学的状態または病理学的状態における測定可能な表現型の変化によってその遺伝子の機能が決定される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程であって、該ライブラリーは、少なくとも２つの異なる化学スキャフォールドを含むかまたは少なくとも１１の異なる化合物を含む、工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）１またはそれより多い回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
前記工程（ｄ）は、前記回収された候補リガンドのＭＳ、ＩＲ、ＦＩＴＲ、ＮＭＲおよび／またはＵＶスペクトルを決定することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）回収された候補リガンドの質量スペクトルにおける同位体またはフラグメントピークの質量対荷電比率を決定することによって、該回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項５】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記工程（ｄ）は、前記回収された候補リガンドの前記質量スペクトルにおいて親ピークの質量対荷電比率を決定することをさらに包含する、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）未知の生物学的機能の標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）該回収された候補リガンドのＭＳ、ＩＲ、ＦＴＩＲ、ＮＭＲおよび／またはＵＶスペクトルを決定することによって、該回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項８】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、１またはそれより多い候補リガンドと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）該回収された候補リガンドのＩＲ、ＦＩＴＲ、ＮＭＲおよび／またはＵＶスペクトルを決定することによって、該回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項１０】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）第一標的分子および第二標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該第一標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にし、かつ、該第二標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）候補リガンドに結合した該第一標的分子を含む第一複合体、および候補リガンドに結合した該第二標的分子を含む第二複合体を単離する工程；
（ｃ）該第一複合体および／または該第二複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）１またはそれより多い回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法
【請求項１２】
前記標的分子、前記第一標的分子または前記第二標的分子と結合することが知られているコンペティターリガンドと前記サンプルとを接触させる工程をさらに包含する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
標的分子の生物学的機能を決定するための方法であって、該方法は：
（ａ）未知の生物学的機能の標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、１またはそれより多い該候補リガンドとが該標的分子と結合することを可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該標的分子を結合する候補リガンドを選択する工程；および
（ｃ）生物学的アッセイにおいて該選択された候補リガンドの効果を測定することによって、該標的分子の該生物学的機能を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項１４】
前記選択された候補リガンドを同定する工程をさらに包含する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
標的分子の生物学的機能を決定するための方法であって、該方法は：
（ａ）疾患状態において、生理学的刺激の存在下で、または特定の細胞プロセスもしくは生物学的プロセスの間においてアップレギュレートまたはダウンレギュレートされる標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、１またはそれより多い該候補リガンドが、該標的分子と結合することを可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該標的分子を結合する候補リガンドを選択する工程；および
（ｃ）該選択された候補リガンドの効果を生物学的アッセイにおいて測定することによって該標的分子の該生物学的機能を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項１６】
前記選択された候補リガンドを同定する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記選択された候補リガンドが前記生物学的アッセイにおいて前記標的分子の活性を増大させる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記選択された候補リガンドが前記生物学的アッセイにおいて前記標的分子の活性を減少させる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
標的分子の生物学的機能を決定するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルと、候補リガンドのライブラリーとを、１またはそれより多い該候補リガンドが該標的分子と結合することを可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該標的分子を結合する候補リガンドを選択する工程；および
（ｃ）疾患もしくは障害を有するか、あるいは生理学的刺激の存在下または不存在下で、特定の細胞プロセスもしくは生物学的プロセスを受ける生物に由来する組織に対する、該選択された候補リガンドの効果を測定することによって、該標的分子の生物学的活性を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２０】
前記組織がヒト組織である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
目的の標的分子を結合する２またはそれより多いリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
未知の二次構造または三次構造の標的分子を含む細胞もしくはインビトロサンプルと、第一クロスリンカーを含む第一リガンドおよび第二リガンドとを、該第一リガンドおよび該第二リガンドと該標的分子との結合を可能にし、かつ、該第二リガンドと該第一クロスリンカーとが共有結合することを可能にする条件下で接触させることによって、該第一リガンドおよび該第二リガンドを含むクロスリンクした生成物を生成する工程を包含する、
方法。
【請求項２２】
目的の標的分子を結合する２またはそれより多いリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
第一クロスリンカーを含む第一リガンドおよび第二リガンドと、標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルとを接触する工程であって、該第一リガンドまたは該第二リガンドについての該標的分子における該結合部位の位置または三次構造は未知であり、そして該接触を、該標的分子と、該第一リガンドおよび該第二リガンドとの結合を可能にし、かつ該第一クロスリンカーと第二リガンドとの共有結合を可能にする条件下で行うことによって、該第一リガンドおよび該第二リガンドを含むクロスリンク生成物を生成する、工程を包含する、
方法。
【請求項２３】
目的の標的分子を結合する２またはそれより多いリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルと、第一リガンドおよび第二リガンドを接触させる工程であって、該接触は、該標的分子が該第一リガンドおよび該第二リガンドに結合することを可能にし、かつ、該第一リガンドが該第二リガンドと共有結合することを可能にする条件下で行うことによって、該標的分子に対する該第一リガンドまたは該第二リガンドのアフィニティーよりも高い、該標的分子に対するアフィニティーを有する、該第一リガンドおよび該第二リガンドを含む生成物を生成する工程
を包含する、方法。
【請求項２４】
異なる標的分子を結合する２つのリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
第一標的分子および第二標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルと、第一リガンドおよび第二リガンドとを接触させる工程であって、該接触は、以下の条件：（ｉ）該第一タンパク質と該第一リガンドとの結合を可能にする条件；（ｉｉ）該第二タンパク質と該第二リガンドとの結合を可能にする条件；および（ｉｉｉ）該第一リガンドを、該第二リガンドに共有結合させることによって該第一リガンドおよび該第二リガンドを含む生成物を生成する条件で行い、そして該第一リガンドについて該第一標的分子において該結合部位の位置または三次構造および／または該第二リガンドについての該第二標的分子における該結合部位の位置または三次構造が、未知である、工程
を包含する、方法。
【請求項２５】
前記生成物の生成は、前記第一タンパク質および前記第二タンパク質が、インビボで相互作用することを示す、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
第一タンパク質を結合する第二タンパク質を単離するための方法であって、該方法は：
（ａ）第一タンパク質および第二タンパク質を含む細胞またはインビトロサンプルと、第一リガンドを含む第一リガンドおよび第二リガンドとを、以下の条件：（ｉ）該第一タンパク質と該第一リガンドとの結合を可能にする条件；（ｉｉ）該第二タンパク質と該第二リガンドとの結合を可能にする条件；および（ｉｉｉ）該第一リガンドを、該第二リガンドに共有結合させることによって該第一リガンドおよび該第二リガンドを含む生成物を生成する条件下で接触させ、そして該生成物、第一タンパク質および第二タンパク質を含む複合体を生成させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；および
（ｃ）該複合体における該第一タンパク質および／または該第二タンパク質か、または該複合体から回収される該第一タンパク質および／または該第二タンパク質を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記第一タンパク質が検出可能な基を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第二リガンドがクロスリンカーを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記生成物の生成は、前記第一タンパク質および前記第二タンパク質がインビボで相互作用することを示す、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記標的分子に対する前記生成物の前記アフィニティーが、前記標的分子に対する前記第一リガンドまたは前記第二リガンドの前記アフィニティーよりも高い、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
前記生成物は、薬物探索もしくは薬物開発またはリード最適化に用いられる、請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
前記生成物は、農業上の薬剤または環境上の薬剤の開発において使用される、請求項２６に記載の方法。
【請求項３３】
目的の小分子を結合する候補標的分子を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）アミノ酸以外の部分を有するかまたは４０００ダルトン未満の分子量を有する目的の小分子を含むインビトロサンプルに、候補標的分子のライブラリーを、該目的の小分子と１またはそれより多い該候補標的分子との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程であって、該標的分子がファージの表面上で発現されていない、工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；および
（ｃ）１またはそれより多い該候補標的分子を該複合体から回収することによって、該目的の小分子を結合する１またはそれより多い候補標的分子を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項３４】
前記工程（ａ）の前に、前記目的の小分子が生物学的アッセイにおいて、その効果に基づいて小分子のライブラリーから選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
目的の小分子を結合する標的タンパク質を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）表面タンパク質に共有結合した標的タンパク質を含むタンパク質融合物を、細胞の集団において発現させる工程であって、該発現は、該細胞の該表面上で該タンパク質融合物のディスプレイを可能にする条件下で実行される、工程；
（ｂ）アミノ酸以外の部分を有するかまたは４０００ダルトン未満の分子量を有する目的の小分子に該細胞を接触させる工程；および
（ｃ）該目的の小分子を結合する該細胞を選択することによって、該目的の小分子を結合する該標的タンパク質を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項３６】
前記細胞は、哺乳動物細胞、細菌細胞、酵母細胞または昆虫細胞である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
目的の小分子を結合する標的タンパク質を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）表面タンパク質に共有結合した標的タンパク質を含むタンパク質融合物を、細胞の集合において発現させる工程であって、該発現は、ウイルスに感染した該細胞から放出される該ウイルスの表面において該タンパク質融合物のディスプレイを可能にする条件下で行われる、工程；
（ｂ）目的の小分子に該ウイルスを接触させる工程であって、該目的の小分子は、（ｉ）核酸であるか、（ｉｉ）炭水化物であるか、（ｉｉｉ）脂質であるか、（ｉｖ）アミノ酸以外の部分を有するか、（ｖ）７５０ダルトン未満の分子量を有するか、または（ｖｉ）細菌によって天然に生成される分子ではない、工程；および
（ｃ）該目的の小分子を結合する該ウイルスを選択することによって、該目的の小分子を結合する該標的タンパク質を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記ウイルスは、バクテリオファージまたはアデノウイルスである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
目的の小分子を結合する標的タンパク質を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的タンパク質のライブラリーを、細胞の集団またはインビトロサンプルにおいて発現させる工程であって、該標的タンパク質の各々を、該標的タンパク質をコードする核酸に共有結合させる、工程；
（ｂ）アミノ酸以外の部分を有するか、または４０００ダルトン未満の分子量を有する目的の小分子に、該細胞またはインビトロサンプルを接触させる工程；および
（ｃ）該目的の小分子を結合する該標的タンパク質を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４０】
前記選択された標的タンパク質を同定する工程をさらに包含する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記目的の小分子に少なくとも１００のヒト標的タンパク質が接触される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記目的の小分子は、天然に存在しない分子である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する候補化合物を、該標的分子の薬物標的としての確認の前に、選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）薬物標的として以前に確認されていない標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルに、候補化合物のライブラリーを、１またはそれより多い該候補化合物が該標的分子を結合または該標的分子の該活性を調節することを可能にする条件下で、接触させる工程；および
（ｂ）該標的分子を結合するか、または該標的分子の該活性を調節する候補化合物を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４４】
前記ライブラリーは、少なくとも５つの候補化合物を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
さらに、生物学的アッセイにおいて、前記選択された候補化合物の該効果を測定することによって、前記標的分子の前記生物学的機能を決定する工程（ｃ）を包含する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する候補化合物を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）第一標的分子および第二標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルに、候補化合物のライブラリーを、１もしくは複数の該候補化合物が該第一標的分子を結合するかもしくは該第一標的分子の活性を調節することを可能にするか、または１もしくは複数の該候補化合物が該第二標的分子を結合するかもしくは該第二標的分子の活性を調節することを可能にする条件下で、接触させる工程；
（ｂ）該第一標的分子を結合するかまたは該第一標的分子の活性を調節する候補化合物を選択する工程；および
（ｃ）該第二標的分子を結合するかまたは該第二標的分子の活性を調節する候補化合物を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
．
前記細胞またはインビトロサンプルは、少なくとも５つの標的分子を含み、そして該標的分子の各々について、該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する候補化合物が選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
標的分子の少なくとも１０個の記録を含む電子データベースであって、該記録は、リガンド、および該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力の記録に関連づけられている、電子データベース。
【請求項４９】
生物のプロテオーム中のタンパク質の少なくとも０．５％についての記録を含む、請求項４８に記載のデータベース。
【請求項５０】
標的分子ドメインの少なくとも１０の記録を含む電子データベースであって、該記録は、リガンド、および該ドメインを結合する該リガンドの能力の記録と関連づけられている、電子データベース。
【請求項５１】
以前に薬物標的として確認されていない標的分子の複数の記録を含む電子データベースであって、該記録は、リガンド、および該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力の記録と関連づけられている、電子データベース。
【請求項５２】
請求項４８、５０または５１に記載のデータベース、およびユーザフェースを備える、コンピュータであって、該ユーザインタフェースは、
（ｉ）標的分子を結合するかまたは標的分子の活性を調節する１またはそれより多いリガンドを表示する能力を有し、ここで、該標的分子の記録が該コンピュータ中に格納され、または
（ｉｉ）リガンドを結合するかまたはリガンドによって調節される活性を有する１またはそれより多い標的分子を表示する能力を有し、ここで、該リガンドの記録が該コンピュータ中に格納される、
コンピュータ。
【請求項５３】
少なくとも１０００の化合物の記録を含む電子データベースであって、該記録は、該化合物によって実施される１またはそれより多い生物学的アッセイにおける表現型の記録に関連づけられ；ここで、該生物学的アッセイは、該化合物を結合するタンパク質をコードする核酸の外来コピーを含まない、細胞またはインビトロサンプルを含む、電子データベース。
【請求項５４】
請求項５３に記載のデータベースおよびユーザインタフェースを備えるコンピュータであって、該ユーザインタフェースは、
（ｉ）化合物についての１またはそれより多い生物学的アッセイにおける１またはそれより多い表現型を表示する能力を有し、ここで、該化合物の記録が該コンピュータに格納され、または
（ｉｉ）表現型を実行する１またはそれより多い化合物を表示する能力を有し、該表現型の記録が該コンピュータに格納される、
コンピュータ。
【請求項５５】
標的分子の少なくとも１０の記録を含む、電子データベースであって、該記録は、該標的分子の発現プロファイルまたは活性の記録と関連づけられている、電子データベース。
【請求項５６】
薬物標的として以前に確認されていない標的分子の複数の記録を含む電子データベースであって、該記録は、該標的分子の発現プロファイルまたは活性の記録に関連づけられている、電子データベース。
【請求項５７】
請求項５５または５６に記載のデータベースおよびユーザインタフェースを備えるコンピュータであって、該ユーザインタフェースは、
（ｉ）標的分子の１またはそれより多い発現プロファイルまたは活性を表示する能力を有し、該標的分子の記録が該コンピュータに格納されるか、または
（ｉｉ）発現プロファイルまたは活性を有する１またはそれより多い標的分子を表示する能力を有し、該標的分子の記録が該コンピュータに格納される、
コンピュータ。
【請求項５８】
目的の表現型に関連づけられる標的分子を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）生物学的アッセイにおいて表現型の複数の記録を含む第一電子データベースを提供する工程であって、該表現型の記録は、該リガンドおよび該表現型に寄与する該リガンドの能力の記録に関連づけられている、工程；
（ｂ）目的の表現型の選択を受け取る工程；
（ｃ）該目的の表現型を生じる第一のデータベース中の１またはそれより多いリガンドを同定する工程；
（ｄ）複数のリガンドの記録を含む第二電子データベースを提供する工程であって、該リガンドの記録は、該リガンドを結合するかまたは該リガンドによって調節される活性を有する該標的分子の記録と関連づけられている、工程；および
（ｅ）該目的の表現型を生じさせる該リガンド（単数または複数）を結合するかまたは該リガンド（単数または複数）によって調節される、該第二データベース中の１またはそれより多い標的分子を同定することによって、該目的の表現型に関連する１またはそれより多い標的分子を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項５９】
前記目的の表現型は、疾患状態に関連しており、そして前記標的分子は、該疾患状態を促進または阻害すると判定される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記方法は、コンピュータで実行される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
目的の標的分子に関連する表現型を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）複数の標的分子の記録を含む第一電子データベースを提供する工程であって、該標的分子の記録は、リガンドおよび該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力の記録に関連づけられている、工程；
（ｂ）目的の標的分子の選択を受け取る工程；
（ｃ）該目的の標的分子を結合するかまたは該目的の標的分子の活性を調節する、該第一データベース中の１またはそれより多いリガンドを同定する工程；
（ｄ）複数のリガンドの記録を含む第二電子データベースを提供する工程であって、該リガンドの記録は、該リガンドによって生じる、生物学的アッセイ中の表現型の記録と関連づけられている、工程；および
（ｅ）該リガンド（単数または複数）によって生じる、該第二データベース中の１またはそれより多い表現型を同定することによって、該目的の標的分子に関連する１またはそれより多い表現型を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項６２】
前記方法は、コンピュータによって実行される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
目的の標的分子を結合するかまたは目的の標的分子の活性を調節するリガンドを同定する方法であって、該方法は：
（ａ）少なくとも１０の標的分子の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該標的分子の記録は、リガンドおよび該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力と関連づけられている、工程；
（ｂ）目的の標的分子の選択を受け取る工程；および
（ｃ）該目的の標的分子を結合するかまたは該目的の標的分子の活性を調節する、該データベース中の１またはそれより多いリガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項６４】
前記リガンドは、薬物探索もしくは薬物開発またはリード最適化において使用される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記リガンドは、農業上の薬剤または環境上の薬剤の開発において使用される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記方法は、コンピュータで実行される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６７】
前記目的の標的分子を結合するかまたは前記目的の標的分子の活性を調節する、２またはそれより多いリガンドの化学構造を比較することによって、該目的の標的分子への結合または該目的の標的分子の調節を促進する該リガンド中の官能基を同定する工程をさらに包含する、請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記目的の標的分子を結合するかまたは該目的の標的分子の活性を調節する、２またはそれより多いリガンドの化学構造を比較することによって、該リガンドの集合において１またはそれより多い官能基もしくはスキャフォルドの頻度を決定する工程をさらに包含する、請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
前記リガンドの２またはそれより多い中に存在する１またはそれより多い官能基を有する１またはそれより多い化合物を生成する工程であって、該化合物は、薬物探索もしくは薬物開発またはリード最適化において用いられる工程をさらに包含する、請求項６３に記載の方法。
【請求項７０】
目的のリガンドを結合するか、または目的のリガンドによって調節される活性を有する標的分子を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）少なくとも１０のリガンドの記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該リガンドの記録は、該リガンドを結合するかまたは該リガンドによって調節される活性を有する該標的分子の記録に関連づけられている、工程；
（ｂ）目的のリガンドの選択を受け取る工程；および
（ｃ）該目的のリガンドを結合するかまたは該目的のリガンドによって調節される活性を有する、該データベース中の１またはそれより多い分子を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項７１】
前記方法は、コンピュータによって実行される、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
目的のリガンドの選択性を決定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子の少なくとも１０の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該記録が、リガンドの記録および該標的分子に結合するかまたは該標的分子の活性を調節する能力と相関付けられている、工程；
（ｂ）目的のリガンドの選択を受信する工程；および
（ｃ）該リガンドによって結合されたかまたは調節された、該データベース中の標的分子の数を決定し、それにより該目的のリガンドの選択性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項７３】
前記方法、コンピュータで実行される、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
請求項７２に記載の方法であって、前記リガンドが標的分子の活性を増大し、ここで該活性は、疾患状態、有害な副作用または毒性と関連し、該リガンドは、薬物の発見もしくは開発、またはリードの最適化から排除される、方法。
【請求項７５】
請求項７２に記載の方法であって、前記リガンドが標的分子の活性を減少し、ここで該活性は、疾患状態、有害な副作用または毒性と関連し、該リガンドは、薬物の発見もしくは開発、またはリードの最適化のために選択される、方法。
【請求項７６】
疾患または障害の処置、安定化または予防のための、被験体の治療を選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子の少なくとも１０の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該記録が、治療剤の記録および該標的分子に結合する該治療剤の能力または該標的分子の活性を調節する該治療剤の能力と相関付けられている、工程；
（ｂ）該疾患または状態と関連する変異を有する該被検体中の標的分子を決定する工程；および
（ｃ）該データベースから、該標的分子に結合するかまたは該標的分子の活性を調節する治療剤を選択し、それにより該疾患または障害を処置、安定化または予防する工程、
を包含する、方法。
【請求項７７】
前記方法が、コンピュータで実行される、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
疾患または障害の処置、安定化または予防のための、被験体の治療を選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子の少なくとも１０の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該記録は、治療剤の記録および該標的分子に結合する該治療剤の能力または該標的分子の活性を調節する該治療剤の能力と相関付けられている、工程；
（ｂ）該疾患または障害と関連する変異を有する該被検体中の標的分子を決定する工程；および
（ｃ）該データベースから、該標的分子に結合することも該標的分子の活性を調節することもない治療剤を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項７９】
前記標的分子が、タンパク質である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記標的分子が、核酸である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８１】
前記方法が、コンピュータで実行される、請求項７８に記載の方法。
【請求項８２】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）化合物のライブラリから２つ以上の化合物の基準質量スペクトルを提供する工程；
（ｂ）該ライブラリから１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトルを提供する工程；
（ｃ）基準質量スペクトルのピークが該試験質量スペクトルに含まれるか否かを決定し、それにより、該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項８３】
前記基準質量スペクトルが、前記試験質量スペクトル中のピークの全てが化合物に割り当てられるまで、連続的または同時に分析される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
工程（ｃ）が、前記１つ以上の基準質量スペクトルのピークが前記試験質量スペクトルに含まれるか否かを逐次決定する工程を包含する、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
請求項８２に記載の方法であって、工程（ｃ）が、以下：
（ｉ）前記基準質量スペクトル中のピークの全てが、前記試験質量スペクトル中に存在することが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が前記サンプル中に存在することが決定されるまで；または
（ｉｉ）該基準質量スペクトル中のピークが、該試験質量スペクトル中に存在しないことが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在しないことが決定されるまで、繰り返される、方法。
【請求項８６】
工程（ａ）が、前記ライブラリ中の各化合物の質量スペクトルを決定する工程を包含する、請求項８２に記載の方法。
【請求項８７】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、同位体ピークまたはフラグメントピークである、請求項８２に記載の方法。
【請求項８８】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、親ピークである、請求項８２に記載の方法。
【請求項８９】
請求項８２に記載の方法であって、前記基準質量スペクトルが、該質量スペクトルを生成した記録と相関付けられた質量スペクトルの１つ以上の特性の記録を含むデータベースに含まれる、方法。
【請求項９０】
工程（ｃ）がコンピュータで実行される、請求項８２に記載の方法。
【請求項９１】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）化合物のライブラリから２つ以上の化合物の基準質量スペクトルを提供する工程；
（ｂ）該ライブラリから１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトルを提供する工程；
（ｃ）該試験質量スペクトルの１つ以上のピークが基準質量スペクトルに含まれるか否かを決定する工程；および
（ｄ）基準質量スペクトル中の該ピークの全てが該試験質量スペクトル中に存在するか否かを決定し、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する工程であって、ここで該基準質量スペクトルは、該試験質量スペクトル中に存在するピークを含む工程（ｃ）からの基準質量スペクトルである、工程、
を包含する、方法。
【請求項９２】
請求項９１に記載の方法であって、工程（ｄ）が、前記１つ以上の基準質量スペクトルのピークが前記試験質量スペクトルに含まれるか否かを逐次決定する工程を包含する、方法。
【請求項９３】
請求項９１に記載の方法であって、工程（ｄ）が、前記基準質量スペクトル中のピークが試験質量スペクトル中に存在するか否かを決定する工程を包含し、該決定する工程は、以下のいずれか：
（ｉ）該基準質量スペクトル中のピークの全てが、該試験質量スペクトル中に存在することが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在することが決定されるまで；または
（ｉｉ）該基準質量スペクトル中のピークが、該試験質量スペクトル中に存在しないことが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在しないことが決定されるまで、繰り返される、方法。
【請求項９４】
工程（ａ）が、前記ライブラリ中の各化合物の質量スペクトルを決定する工程を包含する、請求項９１に記載の方法。
【請求項９５】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、同位体ピークまたはフラグメントピークである、請求項９１に記載の方法。
【請求項９６】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、親ピークである、請求項９１に記載の方法。
【請求項９７】
請求項９１に記載の方法であって、前記基準質量スペクトルが、該質量スペクトルを生成する記録に相関付けられた質量スペクトルの１つ以上の特性の記録を含むデータベースに含まれる、方法。
【請求項９８】
請求項９７に記載の方法であって、前記特性が、同位体ピークの質量対電荷比、フラグメントピークの質量対電荷比、親ピークの質量対電荷比およびピークの強度からなる群から選択される、方法。
【請求項９９】
工程（ｃ）または工程（ｄ）が、コンピュータで実行される、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定するためのプログラムを保存されたコンピュータ読み取り可能メモリであって、以下：
（ａ）化合物のライブラリからの２つ以上の化合物の基準質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力質量スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；
（ｂ）該ライブラリからの１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；および
（ｃ）基準質量スペクトルのピークが該試験質量スペクトルに含まれるか否かを決定し、それにより該基準質量スペクトルと生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する、コンピュータコード、
を含む、コンピュータ読み取り可能メモリ。
【請求項１０１】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定するためのプログラムを保存されたコンピュータ読み取り可能メモリであって、以下：
（ａ）化合物のライブラリからの２つ以上の化合物の基準質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力質量スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；
（ｂ）該ライブラリからの１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；
（ｃ）該試験質量スペクトルの１つ以上のピークが基準質量スペクトルに含まれるか否かを決定する、コンピュータコード；ならびに
（ｄ）基準質量スペクトル中の該ピークの全てが該試験質量スペクトル中に存在するか否かを決定し、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する、コンピュータコード、
を含む、コンピュータ読み取り可能メモリ。
【請求項１０２】
目的のタンパク質をコードする２つ以上のベクターを生成する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）目的の第１のタンパク質をコードする第１の核酸を、第１の骨格核酸と、ロボット式デバイス中の第１のコンパートメント中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第１のタンパク質をコードする第１のベクターを生成する工程；および
（ｂ）目的の第２のタンパク質をコードする第２の核酸を、第２の骨格核酸と、該ロボット式デバイス中の第２のコンパートメント中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第２のタンパク質をコードする第２のベクターを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０３】
請求項１０２に記載の方法であって、さらに以下：
（ｃ）前記第１のベクターを、第１の細胞と、該第１の細胞への該第１のベクターの挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程；および
（ｄ）前記第２のベクターを、第２の細胞と、該第２の細胞への該第２のベクターの挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程、
を包含する、方法。
【請求項１０４】
前記第１の細胞が、前記第１のタンパク質を発現し、前記第２の細胞が、前記第２のタンパク質を発現する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
少なくとも５つのベクターが同時に生成される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０６】
タンパク質を精製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）第１の細胞中で第１のタンパク質を、該第１のタンパク質が第１の培地に分泌される条件下で、ロボット式デバイス中で発現させる工程；
（ｂ）第２の細胞中で第２のタンパク質を、該第２のタンパク質が第２の培地に分泌される条件下で、ロボット式デバイス中で発現させる工程；
（ｃ）該第１の培地を第１のクロマトグラフィーカラムに、そして該第２の培地を第２のクロマトグラフィーカラムにロボットにより移す工程；および
（ｄ）該第１のタンパク質および該第２のタンパク質を精製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０７】
少なくとも５つのタンパク質が同時に精製される、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
分泌配列またはリーダー配列に作動可能に連結されたプロモーターを含むＤＮＡ分子であって、該ＤＮＡ分子は、直鎖状であり、かつ３，５００ヌクレオチド長未満である、ＤＮＡ分子。
【請求項１０９】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１０８に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１０】
前記ＤＮＡ分子が、５００ヌクレオチド長未満である、請求項１０９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１１】
前記ＤＮＡ分子が、トポイソメラーゼで標識されている、請求項１０８に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１２】
プロモーターを含むＤＮＡ分子であって、該ＤＮＡ分子が、直鎖状であり、３，５００ヌクレオチド長未満であり、かつトポイソメラーゼで標識されている、ＤＮＡ分子。
【請求項１１３】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１１２に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１４】
前記ＤＮＡ分子が、５００ヌクレオチド長未満である、請求項１１３に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１５】
ヒスチジン親和性タグをコードする核酸セグメントおよびポリＡ領域をコードする核酸セグメントを含むＤＮＡ分子であって、該ＤＮＡ分子が、直鎖状であり、かつ３，５００ヌクレオチド長未満である、ＤＮＡ分子。
【請求項１１６】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１１５に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１７】
前記ＤＮＡ分子が、５００ヌクレオチド長未満である、請求項１１６に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１８】
前記ＤＮＡ分子が、トポイソメラーゼで標識されている、請求項１１５に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１９】
（ｉ）目的の第１のタンパク質をコードする核酸セグメントおよびヒスチジン親和性タグと、（ｉｉ）第１のポリＡ領域に作動可能に連結された第１のプロモーターとを含むＤＮＡ分子であって、直鎖状である、ＤＮＡ分子。
【請求項１２０】
前記第１のタンパク質をコードする前記核酸セグメントが、分泌配列またはリーダー配列に作動可能に連結されている、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２１】
前記ＤＮＡ分子が、３，５００ヌクレオチド長未満である、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２２】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１２１に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２３】
前記ＤＮＡ分子が、トポイソメラーゼで標識されている、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２４】
前記第１のプロモーターに作動可能に連結された目的の第２のタンパク質をコードする核酸セグメントをさらに含む、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２５】
（ｉ）目的の第２のタンパク質をコードする核酸セグメントと、（ｉｉ）第２のポリＡ領域とに作動可能に連結された第２のプロモーターをさらに含む、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２６】
目的のタンパク質をコードする直鎖状ＤＮＡ分子を生成する方法であって、該方法が、請求項１１２に記載のＤＮＡ分子と、目的の第１のタンパク質をコードする直鎖状ＤＮＡ分子と、請求項１１８に記載のＤＮＡ分子とを、ロボット式デバイス中の第１の区画中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第１のタンパク質をコードする第１の直鎖状ＤＮＡ分子を生成する工程、を包含する、方法。
【請求項１２７】
請求項１２６に記載の方法であって、請求項１１２に記載のＤＮＡ分子と、目的の第２のタンパク質をコードする直鎖状ＤＮＡ分子と、請求項１１８に記載のＤＮＡ分子とを、第２のロボット式デバイス中の第２の区画中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第２のタンパク質をコードする第２の直鎖状ＤＮＡ分子を生成する工程をさらに包含する、方法。
【請求項１２８】
請求項１２７に記載の方法であって、以下：
（ｃ）前記第１の直鎖状ＤＮＡ分子を、第１の細胞と、該第１の細胞への該第１の直鎖状ＤＮＡ分子の挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程；および
（ｄ）前記第２の直鎖状ＤＮＡ分子を、第２の細胞と、該第２の細胞への該第２の直鎖状ＤＮＡ分子の挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１２９】
前記第１の細胞が前記第１のタンパク質を発現し、前記第２の細胞が前記第２のタンパク質を発現する、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
少なくとも５つの直鎖状ＤＮＡ分子が同時に生成される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３１】
タンパク質を精製する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）ロボット式デバイス中で、第１のタンパク質を、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子を含む第１の細胞中で、該第１のタンパク質が第１の培地に分泌される条件下で発現させる工程；
（ｂ）該第１の培地を第１のクロマトグラフィーカラムにロボットにより移す工程；および
（ｃ）該第１のタンパク質を精製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３２】
請求項１３１に記載の方法であって、以下：
（ｄ）前記ロボット式デバイス中で、第２のタンパク質を、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子を含む第２の細胞中で、該第２のタンパク質が第２の培地に分泌される条件下で発現させる工程；
（ｅ）該第２の培地を第２のクロマトグラフィーカラムにロボットにより移す工程；および
（ｆ）該第２のタンパク質を精製する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１３３】
少なくとも５つのタンパク質が同時に精製される、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
目的のｍＲＮＡまたはタンパク質をコードする核酸で一過性トランスフェクトされたＣＨＯ細胞。
【請求項１３５】
前記核酸が直鎖状ＤＮＡ分子である、請求項１３４に記載の細胞。
【請求項１３６】
前記細胞が、ＳＶ４０ Ｔ抗原をコードする核酸で一過的または安定にトランスフェクトされている、請求項１３４に記載の細胞。
【請求項１３７】
請求項２３に記載の方法であって、以下：
（ａ）前記標的分子を含むインビトロサンプルを、１つ以上の前記産物と、該標的分子と１つ以上の該産物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１つ以上の該産物を回収する工程；および
（ｄ）１つ以上の該回収された産物を同定する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１３８】
標的分子に結合する候補リガンドを選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリと、該標的分子と１つより多くの候補リガンドとの間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１つより多くの候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）該標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルを、第１の回収されたリガンドおよび第２の回収されたリガンドと接触させる工程であって、該接触させる工程は、該標的分子が該第１の回収されたリガンドおよび該第２の回収されたリガンドに結合し、かつ該第１の回収されたリガンドが該第２の回収されたリガンドに共有結合する条件下で実施され、それにより該第１の回収されたリガンドおよび該第２の回収されたリガンドを含む産物を生成し、該産物は、該第１の回収されたリガンドまたは該第２の回収されたリガンドの該標的分子に対する親和性より大きい該標的分子に対する親和性を有する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１３９】
請求項１３８に記載の方法であって、以下：
（ｅ）前記標的分子を含むインビトロサンプルを、１つ以上の前記産物と、該標的分子と１つ以上の該産物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｆ）該複合体を単離する工程；
（ｇ）該複合体から１つ以上の該産物を回収する工程；および
（ｈ）１つ以上の該回収された産物を同定する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１４０】
標的分子に結合する候補リガンドを選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリと、該標的分子と１つより多くの候補リガンドとの間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１つより多くの候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）第１の回収されたリガンドと第２の回収されたリガンドとを反応させ、それにより該第１の回収されたリガンドおよび該第２の回収されたリガンドを含む産物を生成し、該産物は、該第１の回収されたリガンドまたは該第２の回収されたリガンドの該標的分子に対する親和性よりも大きい該標的分子に対する親和性を有する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１４１】
請求項１４０に記載の方法であって、以下：
（ｅ）前記標的分子を含むインビトロサンプルを、１つ以上の前記産物と、該標的分子と１つ以上の該産物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｆ）該複合体を単離する工程；
（ｇ）該複合体から１つ以上の該産物を回収する工程；および
（ｈ）１つ以上の該回収された産物を同定する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程であって、該ライブラリーは、少なくとも２つの異なる化学スキャフォールドを含むかまたは少なくとも１１の異なる化合物を含む、工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）１またはそれより多い回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
前記工程（ｄ）は、前記回収された候補リガンドのＭＳ、ＩＲ、ＦＩＴＲ、ＮＭＲおよび／またはＵＶスペクトルを決定することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）回収された候補リガンドの質量スペクトルにおける同位体またはフラグメントピークの質量対荷電比率を決定することによって、該回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項５】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記工程（ｄ）は、前記回収された候補リガンドの前記質量スペクトルにおいて親ピークの質量対荷電比率を決定することをさらに包含する、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）未知の生物学的機能の標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）該回収された候補リガンドのＭＳ、ＩＲ、ＦＴＩＲ、ＮＭＲおよび／またはＵＶスペクトルを決定することによって、該回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項８】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、１またはそれより多い候補リガンドと、該標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）該回収された候補リガンドのＩＲ、ＦＩＴＲ、ＮＭＲおよび／またはＵＶスペクトルを決定することによって、該回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項１０】
少なくとも１００の異なる候補リガンドが、前記標的分子と同時に接触される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
標的分子に結合する候補リガンドを選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）第一標的分子および第二標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、該第一標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にし、かつ、該第二標的分子と１またはそれより多い該候補リガンドとの間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）候補リガンドに結合した該第一標的分子を含む第一複合体、および候補リガンドに結合した該第二標的分子を含む第二複合体を単離する工程；
（ｃ）該第一複合体および／または該第二複合体から１またはそれより多い該候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）１またはそれより多い回収された候補リガンドを同定する工程
を包含する、方法
【請求項１２】
前記標的分子、前記第一標的分子または前記第二標的分子と結合することが知られているコンペティターリガンドと前記サンプルとを接触させる工程をさらに包含する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
標的分子の生物学的機能を決定するための方法であって、該方法は：
（ａ）未知の生物学的機能の標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、１またはそれより多い該候補リガンドとが該標的分子と結合することを可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該標的分子を結合する候補リガンドを選択する工程；および
（ｃ）生物学的アッセイにおいて該選択された候補リガンドの効果を測定することによって、該標的分子の該生物学的機能を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項１４】
前記選択された候補リガンドを同定する工程をさらに包含する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
標的分子の生物学的機能を決定するための方法であって、該方法は：
（ａ）疾患状態において、生理学的刺激の存在下で、または特定の細胞プロセスもしくは生物学的プロセスの間においてアップレギュレートまたはダウンレギュレートされる標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリーと、１またはそれより多い該候補リガンドが、該標的分子と結合することを可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該標的分子を結合する候補リガンドを選択する工程；および
（ｃ）該選択された候補リガンドの効果を生物学的アッセイにおいて測定することによって該標的分子の該生物学的機能を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項１６】
前記選択された候補リガンドを同定する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記選択された候補リガンドが前記生物学的アッセイにおいて前記標的分子の活性を増大させる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記選択された候補リガンドが前記生物学的アッセイにおいて前記標的分子の活性を減少させる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
標的分子の生物学的機能を決定するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルと、候補リガンドのライブラリーとを、１またはそれより多い該候補リガンドが該標的分子と結合することを可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該標的分子を結合する候補リガンドを選択する工程；および
（ｃ）疾患もしくは障害を有するか、あるいは生理学的刺激の存在下または不存在下で、特定の細胞プロセスもしくは生物学的プロセスを受ける生物に由来する組織に対する、該選択された候補リガンドの効果を測定することによって、該標的分子の生物学的活性を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２０】
前記組織がヒト組織である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
目的の標的分子を結合する２またはそれより多いリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
未知の二次構造または三次構造の標的分子を含む細胞もしくはインビトロサンプルと、第一クロスリンカーを含む第一リガンドおよび第二リガンドとを、該第一リガンドおよび該第二リガンドと該標的分子との結合を可能にし、かつ、該第二リガンドと該第一クロスリンカーとが共有結合することを可能にする条件下で接触させることによって、該第一リガンドおよび該第二リガンドを含むクロスリンクした生成物を生成する工程を包含する、
方法。
【請求項２２】
目的の標的分子を結合する２またはそれより多いリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
第一クロスリンカーを含む第一リガンドおよび第二リガンドと、標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルとを接触する工程であって、該第一リガンドまたは該第二リガンドについての該標的分子における該結合部位の位置または三次構造は未知であり、そして該接触を、該標的分子と、該第一リガンドおよび該第二リガンドとの結合を可能にし、かつ該第一クロスリンカーと第二リガンドとの共有結合を可能にする条件下で行うことによって、該第一リガンドおよび該第二リガンドを含むクロスリンク生成物を生成する、工程を包含する、
方法。
【請求項２３】
目的の標的分子を結合する２またはそれより多いリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルと、第一リガンドおよび第二リガンドを接触させる工程であって、該接触は、該標的分子が該第一リガンドおよび該第二リガンドに結合することを可能にし、かつ、該第一リガンドが該第二リガンドと共有結合することを可能にする条件下で行うことによって、該標的分子に対する該第一リガンドまたは該第二リガンドのアフィニティーよりも高い、該標的分子に対するアフィニティーを有する、該第一リガンドおよび該第二リガンドを含む生成物を生成する工程
を包含する、方法。
【請求項２４】
異なる標的分子を結合する２つのリガンドを反応させるための方法であって、該方法は：
第一標的分子および第二標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルと、第一リガンドおよび第二リガンドとを接触させる工程であって、該接触は、以下の条件：（ｉ）該第一タンパク質と該第一リガンドとの結合を可能にする条件；（ｉｉ）該第二タンパク質と該第二リガンドとの結合を可能にする条件；および（ｉｉｉ）該第一リガンドを、該第二リガンドに共有結合させることによって該第一リガンドおよび該第二リガンドを含む生成物を生成する条件で行い、そして該第一リガンドについて該第一標的分子において該結合部位の位置または三次構造および／または該第二リガンドについての該第二標的分子における該結合部位の位置または三次構造が、未知である、工程
を包含する、方法。
【請求項２５】
前記生成物の生成は、前記第一タンパク質および前記第二タンパク質が、インビボで相互作用することを示す、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
第一タンパク質を結合する第二タンパク質を単離するための方法であって、該方法は：
（ａ）第一タンパク質および第二タンパク質を含む細胞またはインビトロサンプルと、第一リガンドを含む第一リガンドおよび第二リガンドとを、以下の条件：（ｉ）該第一タンパク質と該第一リガンドとの結合を可能にする条件；（ｉｉ）該第二タンパク質と該第二リガンドとの結合を可能にする条件；および（ｉｉｉ）該第一リガンドを、該第二リガンドに共有結合させることによって該第一リガンドおよび該第二リガンドを含む生成物を生成する条件下で接触させ、そして該生成物、第一タンパク質および第二タンパク質を含む複合体を生成させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；および
（ｃ）該複合体における該第一タンパク質および／または該第二タンパク質か、または該複合体から回収される該第一タンパク質および／または該第二タンパク質を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記第一タンパク質が検出可能な基を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第二リガンドがクロスリンカーを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記生成物の生成は、前記第一タンパク質および前記第二タンパク質がインビボで相互作用することを示す、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記標的分子に対する前記生成物の前記アフィニティーが、前記標的分子に対する前記第一リガンドまたは前記第二リガンドの前記アフィニティーよりも高い、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
前記生成物は、薬物探索もしくは薬物開発またはリード最適化に用いられる、請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
前記生成物は、農業上の薬剤または環境上の薬剤の開発において使用される、請求項２６に記載の方法。
【請求項３３】
目的の小分子を結合する候補標的分子を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）アミノ酸以外の部分を有するかまたは４０００ダルトン未満の分子量を有する目的の小分子を含むインビトロサンプルに、候補標的分子のライブラリーを、該目的の小分子と１またはそれより多い該候補標的分子との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程であって、該標的分子がファージの表面上で発現されていない、工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；および
（ｃ）１またはそれより多い該候補標的分子を該複合体から回収することによって、該目的の小分子を結合する１またはそれより多い候補標的分子を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項３４】
前記工程（ａ）の前に、前記目的の小分子が生物学的アッセイにおいて、その効果に基づいて小分子のライブラリーから選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
目的の小分子を結合する標的タンパク質を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）表面タンパク質に共有結合した標的タンパク質を含むタンパク質融合物を、細胞の集団において発現させる工程であって、該発現は、該細胞の該表面上で該タンパク質融合物のディスプレイを可能にする条件下で実行される、工程；
（ｂ）アミノ酸以外の部分を有するかまたは４０００ダルトン未満の分子量を有する目的の小分子に該細胞を接触させる工程；および
（ｃ）該目的の小分子を結合する該細胞を選択することによって、該目的の小分子を結合する該標的タンパク質を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項３６】
前記細胞は、哺乳動物細胞、細菌細胞、酵母細胞または昆虫細胞である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
目的の小分子を結合する標的タンパク質を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）表面タンパク質に共有結合した標的タンパク質を含むタンパク質融合物を、細胞の集合において発現させる工程であって、該発現は、ウイルスに感染した該細胞から放出される該ウイルスの表面において該タンパク質融合物のディスプレイを可能にする条件下で行われる、工程；
（ｂ）目的の小分子に該ウイルスを接触させる工程であって、該目的の小分子は、（ｉ）核酸であるか、（ｉｉ）炭水化物であるか、（ｉｉｉ）脂質であるか、（ｉｖ）アミノ酸以外の部分を有するか、（ｖ）７５０ダルトン未満の分子量を有するか、または（ｖｉ）細菌によって天然に生成される分子ではない、工程；および
（ｃ）該目的の小分子を結合する該ウイルスを選択することによって、該目的の小分子を結合する該標的タンパク質を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記ウイルスは、バクテリオファージまたはアデノウイルスである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
目的の小分子を結合する標的タンパク質を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）標的タンパク質のライブラリーを、細胞の集団またはインビトロサンプルにおいて発現させる工程であって、該標的タンパク質の各々を、該標的タンパク質をコードする核酸に共有結合させる、工程；
（ｂ）アミノ酸以外の部分を有するか、または４０００ダルトン未満の分子量を有する目的の小分子に、該細胞またはインビトロサンプルを接触させる工程；および
（ｃ）該目的の小分子を結合する該標的タンパク質を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４０】
前記選択された標的タンパク質を同定する工程をさらに包含する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記目的の小分子に少なくとも１００のヒト標的タンパク質が接触される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記目的の小分子は、天然に存在しない分子である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する候補化合物を、該標的分子の薬物標的としての確認の前に、選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）薬物標的として以前に確認されていない標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルに、候補化合物のライブラリーを、１またはそれより多い該候補化合物が該標的分子を結合または該標的分子の該活性を調節することを可能にする条件下で、接触させる工程；および
（ｂ）該標的分子を結合するか、または該標的分子の該活性を調節する候補化合物を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４４】
前記ライブラリーは、少なくとも５つの候補化合物を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
さらに、生物学的アッセイにおいて、前記選択された候補化合物の該効果を測定することによって、前記標的分子の前記生物学的機能を決定する工程（ｃ）を包含する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する候補化合物を選択するための方法であって、該方法は：
（ａ）第一標的分子および第二標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルに、候補化合物のライブラリーを、１もしくは複数の該候補化合物が該第一標的分子を結合するかもしくは該第一標的分子の活性を調節することを可能にするか、または１もしくは複数の該候補化合物が該第二標的分子を結合するかもしくは該第二標的分子の活性を調節することを可能にする条件下で、接触させる工程；
（ｂ）該第一標的分子を結合するかまたは該第一標的分子の活性を調節する候補化合物を選択する工程；および
（ｃ）該第二標的分子を結合するかまたは該第二標的分子の活性を調節する候補化合物を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
．
前記細胞またはインビトロサンプルは、少なくとも５つの標的分子を含み、そして該標的分子の各々について、該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する候補化合物が選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
標的分子の少なくとも１０個の記録を含む電子データベースであって、該記録は、リガンド、および該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力の記録に関連づけられている、電子データベース。
【請求項４９】
生物のプロテオーム中のタンパク質の少なくとも０．５％についての記録を含む、請求項４８に記載のデータベース。
【請求項５０】
標的分子ドメインの少なくとも１０の記録を含む電子データベースであって、該記録は、リガンド、および該ドメインを結合する該リガンドの能力の記録と関連づけられている、電子データベース。
【請求項５１】
以前に薬物標的として確認されていない標的分子の複数の記録を含む電子データベースであって、該記録は、リガンド、および該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力の記録と関連づけられている、電子データベース。
【請求項５２】
請求項４８、５０または５１に記載のデータベース、およびユーザフェースを備える、コンピュータであって、該ユーザインタフェースは、
（ｉ）標的分子を結合するかまたは標的分子の活性を調節する１またはそれより多いリガンドを表示する能力を有し、ここで、該標的分子の記録が該コンピュータ中に格納され、または
（ｉｉ）リガンドを結合するかまたはリガンドによって調節される活性を有する１またはそれより多い標的分子を表示する能力を有し、ここで、該リガンドの記録が該コンピュータ中に格納される、
コンピュータ。
【請求項５３】
少なくとも１０００の化合物の記録を含む電子データベースであって、該記録は、該化合物によって実施される１またはそれより多い生物学的アッセイにおける表現型の記録に関連づけられ；ここで、該生物学的アッセイは、該化合物を結合するタンパク質をコードする核酸の外来コピーを含まない、細胞またはインビトロサンプルを含む、電子データベース。
【請求項５４】
請求項５３に記載のデータベースおよびユーザインタフェースを備えるコンピュータであって、該ユーザインタフェースは、
（ｉ）化合物についての１またはそれより多い生物学的アッセイにおける１またはそれより多い表現型を表示する能力を有し、ここで、該化合物の記録が該コンピュータに格納され、または
（ｉｉ）表現型を実行する１またはそれより多い化合物を表示する能力を有し、該表現型の記録が該コンピュータに格納される、
コンピュータ。
【請求項５５】
標的分子の少なくとも１０の記録を含む、電子データベースであって、該記録は、該標的分子の発現プロファイルまたは活性の記録と関連づけられている、電子データベース。
【請求項５６】
薬物標的として以前に確認されていない標的分子の複数の記録を含む電子データベースであって、該記録は、該標的分子の発現プロファイルまたは活性の記録に関連づけられている、電子データベース。
【請求項５７】
請求項５５または５６に記載のデータベースおよびユーザインタフェースを備えるコンピュータであって、該ユーザインタフェースは、
（ｉ）標的分子の１またはそれより多い発現プロファイルまたは活性を表示する能力を有し、該標的分子の記録が該コンピュータに格納されるか、または
（ｉｉ）発現プロファイルまたは活性を有する１またはそれより多い標的分子を表示する能力を有し、該標的分子の記録が該コンピュータに格納される、
コンピュータ。
【請求項５８】
目的の表現型に関連づけられる標的分子を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）生物学的アッセイにおいて表現型の複数の記録を含む第一電子データベースを提供する工程であって、該表現型の記録は、該リガンドおよび該表現型に寄与する該リガンドの能力の記録に関連づけられている、工程；
（ｂ）目的の表現型の選択を受け取る工程；
（ｃ）該目的の表現型を生じる第一のデータベース中の１またはそれより多いリガンドを同定する工程；
（ｄ）複数のリガンドの記録を含む第二電子データベースを提供する工程であって、該リガンドの記録は、該リガンドを結合するかまたは該リガンドによって調節される活性を有する該標的分子の記録と関連づけられている、工程；および
（ｅ）該目的の表現型を生じさせる該リガンド（単数または複数）を結合するかまたは該リガンド（単数または複数）によって調節される、該第二データベース中の１またはそれより多い標的分子を同定することによって、該目的の表現型に関連する１またはそれより多い標的分子を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項５９】
前記目的の表現型は、疾患状態に関連しており、そして前記標的分子は、該疾患状態を促進または阻害すると判定される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記方法は、コンピュータで実行される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
目的の標的分子に関連する表現型を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）複数の標的分子の記録を含む第一電子データベースを提供する工程であって、該標的分子の記録は、リガンドおよび該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力の記録に関連づけられている、工程；
（ｂ）目的の標的分子の選択を受け取る工程；
（ｃ）該目的の標的分子を結合するかまたは該目的の標的分子の活性を調節する、該第一データベース中の１またはそれより多いリガンドを同定する工程；
（ｄ）複数のリガンドの記録を含む第二電子データベースを提供する工程であって、該リガンドの記録は、該リガンドによって生じる、生物学的アッセイ中の表現型の記録と関連づけられている、工程；および
（ｅ）該リガンド（単数または複数）によって生じる、該第二データベース中の１またはそれより多い表現型を同定することによって、該目的の標的分子に関連する１またはそれより多い表現型を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項６２】
前記方法は、コンピュータによって実行される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
目的の標的分子を結合するかまたは目的の標的分子の活性を調節するリガンドを同定する方法であって、該方法は：
（ａ）少なくとも１０の標的分子の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該標的分子の記録は、リガンドおよび該標的分子を結合するかまたは該標的分子の活性を調節する該リガンドの能力と関連づけられている、工程；
（ｂ）目的の標的分子の選択を受け取る工程；および
（ｃ）該目的の標的分子を結合するかまたは該目的の標的分子の活性を調節する、該データベース中の１またはそれより多いリガンドを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項６４】
前記リガンドは、薬物探索もしくは薬物開発またはリード最適化において使用される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記リガンドは、農業上の薬剤または環境上の薬剤の開発において使用される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記方法は、コンピュータで実行される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６７】
前記目的の標的分子を結合するかまたは前記目的の標的分子の活性を調節する、２またはそれより多いリガンドの化学構造を比較することによって、該目的の標的分子への結合または該目的の標的分子の調節を促進する該リガンド中の官能基を同定する工程をさらに包含する、請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記目的の標的分子を結合するかまたは該目的の標的分子の活性を調節する、２またはそれより多いリガンドの化学構造を比較することによって、該リガンドの集合において１またはそれより多い官能基もしくはスキャフォルドの頻度を決定する工程をさらに包含する、請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
前記リガンドの２またはそれより多い中に存在する１またはそれより多い官能基を有する１またはそれより多い化合物を生成する工程であって、該化合物は、薬物探索もしくは薬物開発またはリード最適化において用いられる工程をさらに包含する、請求項６３に記載の方法。
【請求項７０】
目的のリガンドを結合するか、または目的のリガンドによって調節される活性を有する標的分子を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）少なくとも１０のリガンドの記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該リガンドの記録は、該リガンドを結合するかまたは該リガンドによって調節される活性を有する該標的分子の記録に関連づけられている、工程；
（ｂ）目的のリガンドの選択を受け取る工程；および
（ｃ）該目的のリガンドを結合するかまたは該目的のリガンドによって調節される活性を有する、該データベース中の１またはそれより多い分子を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項７１】
前記方法は、コンピュータによって実行される、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
目的のリガンドの選択性を決定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子の少なくとも１０の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該記録が、リガンドの記録および該標的分子に結合するかまたは該標的分子の活性を調節する能力と相関付けられている、工程；
（ｂ）目的のリガンドの選択を受信する工程；および
（ｃ）該リガンドによって結合されたかまたは調節された、該データベース中の標的分子の数を決定し、それにより該目的のリガンドの選択性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項７３】
前記方法、コンピュータで実行される、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
請求項７２に記載の方法であって、前記リガンドが標的分子の活性を増大し、ここで該活性は、疾患状態、有害な副作用または毒性と関連し、該リガンドは、薬物の発見もしくは開発、またはリードの最適化から排除される、方法。
【請求項７５】
請求項７２に記載の方法であって、前記リガンドが標的分子の活性を減少し、ここで該活性は、疾患状態、有害な副作用または毒性と関連し、該リガンドは、薬物の発見もしくは開発、またはリードの最適化のために選択される、方法。
【請求項７６】
疾患または障害の処置、安定化または予防のための、被験体の治療を選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子の少なくとも１０の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該記録が、治療剤の記録および該標的分子に結合する該治療剤の能力または該標的分子の活性を調節する該治療剤の能力と相関付けられている、工程；
（ｂ）該疾患または状態と関連する変異を有する該被検体中の標的分子を決定する工程；および
（ｃ）該データベースから、該標的分子に結合するかまたは該標的分子の活性を調節する治療剤を選択し、それにより該疾患または障害を処置、安定化または予防する工程、
を包含する、方法。
【請求項７７】
前記方法が、コンピュータで実行される、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
疾患または障害の処置、安定化または予防のための、被験体の治療を選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子の少なくとも１０の記録を含む電子データベースを提供する工程であって、該記録は、治療剤の記録および該標的分子に結合する該治療剤の能力または該標的分子の活性を調節する該治療剤の能力と相関付けられている、工程；
（ｂ）該疾患または障害と関連する変異を有する該被検体中の標的分子を決定する工程；および
（ｃ）該データベースから、該標的分子に結合することも該標的分子の活性を調節することもない治療剤を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項７９】
前記標的分子が、タンパク質である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記標的分子が、核酸である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８１】
前記方法が、コンピュータで実行される、請求項７８に記載の方法。
【請求項８２】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）化合物のライブラリから２つ以上の化合物の基準質量スペクトルを提供する工程；
（ｂ）該ライブラリから１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトルを提供する工程；
（ｃ）基準質量スペクトルのピークが該試験質量スペクトルに含まれるか否かを決定し、それにより、該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項８３】
前記基準質量スペクトルが、前記試験質量スペクトル中のピークの全てが化合物に割り当てられるまで、連続的または同時に分析される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
工程（ｃ）が、前記１つ以上の基準質量スペクトルのピークが前記試験質量スペクトルに含まれるか否かを逐次決定する工程を包含する、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
請求項８２に記載の方法であって、工程（ｃ）が、以下：
（ｉ）前記基準質量スペクトル中のピークの全てが、前記試験質量スペクトル中に存在することが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が前記サンプル中に存在することが決定されるまで；または
（ｉｉ）該基準質量スペクトル中のピークが、該試験質量スペクトル中に存在しないことが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在しないことが決定されるまで、繰り返される、方法。
【請求項８６】
工程（ａ）が、前記ライブラリ中の各化合物の質量スペクトルを決定する工程を包含する、請求項８２に記載の方法。
【請求項８７】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、同位体ピークまたはフラグメントピークである、請求項８２に記載の方法。
【請求項８８】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、親ピークである、請求項８２に記載の方法。
【請求項８９】
請求項８２に記載の方法であって、前記基準質量スペクトルが、該質量スペクトルを生成した記録と相関付けられた質量スペクトルの１つ以上の特性の記録を含むデータベースに含まれる、方法。
【請求項９０】
工程（ｃ）がコンピュータで実行される、請求項８２に記載の方法。
【請求項９１】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）化合物のライブラリから２つ以上の化合物の基準質量スペクトルを提供する工程；
（ｂ）該ライブラリから１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトルを提供する工程；
（ｃ）該試験質量スペクトルの１つ以上のピークが基準質量スペクトルに含まれるか否かを決定する工程；および
（ｄ）基準質量スペクトル中の該ピークの全てが該試験質量スペクトル中に存在するか否かを決定し、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する工程であって、ここで該基準質量スペクトルは、該試験質量スペクトル中に存在するピークを含む工程（ｃ）からの基準質量スペクトルである、工程、
を包含する、方法。
【請求項９２】
請求項９１に記載の方法であって、工程（ｄ）が、前記１つ以上の基準質量スペクトルのピークが前記試験質量スペクトルに含まれるか否かを逐次決定する工程を包含する、方法。
【請求項９３】
請求項９１に記載の方法であって、工程（ｄ）が、前記基準質量スペクトル中のピークが試験質量スペクトル中に存在するか否かを決定する工程を包含し、該決定する工程は、以下のいずれか：
（ｉ）該基準質量スペクトル中のピークの全てが、該試験質量スペクトル中に存在することが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在することが決定されるまで；または
（ｉｉ）該基準質量スペクトル中のピークが、該試験質量スペクトル中に存在しないことが決定され、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在しないことが決定されるまで、繰り返される、方法。
【請求項９４】
工程（ａ）が、前記ライブラリ中の各化合物の質量スペクトルを決定する工程を包含する、請求項９１に記載の方法。
【請求項９５】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、同位体ピークまたはフラグメントピークである、請求項９１に記載の方法。
【請求項９６】
前記基準スペクトル中のピークの少なくとも１つが、親ピークである、請求項９１に記載の方法。
【請求項９７】
請求項９１に記載の方法であって、前記基準質量スペクトルが、該質量スペクトルを生成する記録に相関付けられた質量スペクトルの１つ以上の特性の記録を含むデータベースに含まれる、方法。
【請求項９８】
請求項９７に記載の方法であって、前記特性が、同位体ピークの質量対電荷比、フラグメントピークの質量対電荷比、親ピークの質量対電荷比およびピークの強度からなる群から選択される、方法。
【請求項９９】
工程（ｃ）または工程（ｄ）が、コンピュータで実行される、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定するためのプログラムを保存されたコンピュータ読み取り可能メモリであって、以下：
（ａ）化合物のライブラリからの２つ以上の化合物の基準質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力質量スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；
（ｂ）該ライブラリからの１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；および
（ｃ）基準質量スペクトルのピークが該試験質量スペクトルに含まれるか否かを決定し、それにより該基準質量スペクトルと生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する、コンピュータコード、
を含む、コンピュータ読み取り可能メモリ。
【請求項１０１】
目的の化合物がサンプル中に存在するか否かを決定するためのプログラムを保存されたコンピュータ読み取り可能メモリであって、以下：
（ａ）化合物のライブラリからの２つ以上の化合物の基準質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力質量スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；
（ｂ）該ライブラリからの１つ以上の化合物を含むサンプルの試験質量スペクトル中の１つ以上のピークの質量対電荷比を含む入力スペクトルデータとして受信する、コンピュータコード；
（ｃ）該試験質量スペクトルの１つ以上のピークが基準質量スペクトルに含まれるか否かを決定する、コンピュータコード；ならびに
（ｄ）基準質量スペクトル中の該ピークの全てが該試験質量スペクトル中に存在するか否かを決定し、それにより該基準質量スペクトルを生成した化合物が該サンプル中に存在するか否かを決定する、コンピュータコード、
を含む、コンピュータ読み取り可能メモリ。
【請求項１０２】
目的のタンパク質をコードする２つ以上のベクターを生成する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）目的の第１のタンパク質をコードする第１の核酸を、第１の骨格核酸と、ロボット式デバイス中の第１のコンパートメント中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第１のタンパク質をコードする第１のベクターを生成する工程；および
（ｂ）目的の第２のタンパク質をコードする第２の核酸を、第２の骨格核酸と、該ロボット式デバイス中の第２のコンパートメント中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第２のタンパク質をコードする第２のベクターを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０３】
請求項１０２に記載の方法であって、さらに以下：
（ｃ）前記第１のベクターを、第１の細胞と、該第１の細胞への該第１のベクターの挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程；および
（ｄ）前記第２のベクターを、第２の細胞と、該第２の細胞への該第２のベクターの挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程、
を包含する、方法。
【請求項１０４】
前記第１の細胞が、前記第１のタンパク質を発現し、前記第２の細胞が、前記第２のタンパク質を発現する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
少なくとも５つのベクターが同時に生成される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０６】
タンパク質を精製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）第１の細胞中で第１のタンパク質を、該第１のタンパク質が第１の培地に分泌される条件下で、ロボット式デバイス中で発現させる工程；
（ｂ）第２の細胞中で第２のタンパク質を、該第２のタンパク質が第２の培地に分泌される条件下で、ロボット式デバイス中で発現させる工程；
（ｃ）該第１の培地を第１のクロマトグラフィーカラムに、そして該第２の培地を第２のクロマトグラフィーカラムにロボットにより移す工程；および
（ｄ）該第１のタンパク質および該第２のタンパク質を精製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０７】
少なくとも５つのタンパク質が同時に精製される、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
分泌配列またはリーダー配列に作動可能に連結されたプロモーターを含むＤＮＡ分子であって、該ＤＮＡ分子は、直鎖状であり、かつ３，５００ヌクレオチド長未満である、ＤＮＡ分子。
【請求項１０９】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１０８に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１０】
前記ＤＮＡ分子が、５００ヌクレオチド長未満である、請求項１０９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１１】
前記ＤＮＡ分子が、トポイソメラーゼで標識されている、請求項１０８に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１２】
プロモーターを含むＤＮＡ分子であって、該ＤＮＡ分子が、直鎖状であり、３，５００ヌクレオチド長未満であり、かつトポイソメラーゼで標識されている、ＤＮＡ分子。
【請求項１１３】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１１２に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１４】
前記ＤＮＡ分子が、５００ヌクレオチド長未満である、請求項１１３に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１５】
ヒスチジン親和性タグをコードする核酸セグメントおよびポリＡ領域をコードする核酸セグメントを含むＤＮＡ分子であって、該ＤＮＡ分子が、直鎖状であり、かつ３，５００ヌクレオチド長未満である、ＤＮＡ分子。
【請求項１１６】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１１５に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１７】
前記ＤＮＡ分子が、５００ヌクレオチド長未満である、請求項１１６に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１８】
前記ＤＮＡ分子が、トポイソメラーゼで標識されている、請求項１１５に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１１９】
（ｉ）目的の第１のタンパク質をコードする核酸セグメントおよびヒスチジン親和性タグと、（ｉｉ）第１のポリＡ領域に作動可能に連結された第１のプロモーターとを含むＤＮＡ分子であって、直鎖状である、ＤＮＡ分子。
【請求項１２０】
前記第１のタンパク質をコードする前記核酸セグメントが、分泌配列またはリーダー配列に作動可能に連結されている、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２１】
前記ＤＮＡ分子が、３，５００ヌクレオチド長未満である、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２２】
前記ＤＮＡ分子が、１，０００ヌクレオチド長未満である、請求項１２１に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２３】
前記ＤＮＡ分子が、トポイソメラーゼで標識されている、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２４】
前記第１のプロモーターに作動可能に連結された目的の第２のタンパク質をコードする核酸セグメントをさらに含む、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２５】
（ｉ）目的の第２のタンパク質をコードする核酸セグメントと、（ｉｉ）第２のポリＡ領域とに作動可能に連結された第２のプロモーターをさらに含む、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子。
【請求項１２６】
目的のタンパク質をコードする直鎖状ＤＮＡ分子を生成する方法であって、該方法が、請求項１１２に記載のＤＮＡ分子と、目的の第１のタンパク質をコードする直鎖状ＤＮＡ分子と、請求項１１８に記載のＤＮＡ分子とを、ロボット式デバイス中の第１の区画中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第１のタンパク質をコードする第１の直鎖状ＤＮＡ分子を生成する工程、を包含する、方法。
【請求項１２７】
請求項１２６に記載の方法であって、請求項１１２に記載のＤＮＡ分子と、目的の第２のタンパク質をコードする直鎖状ＤＮＡ分子と、請求項１１８に記載のＤＮＡ分子とを、第２のロボット式デバイス中の第２の区画中で、それらの反応を可能にする条件下でロボットにより接触させ、それにより該第２のタンパク質をコードする第２の直鎖状ＤＮＡ分子を生成する工程をさらに包含する、方法。
【請求項１２８】
請求項１２７に記載の方法であって、以下：
（ｃ）前記第１の直鎖状ＤＮＡ分子を、第１の細胞と、該第１の細胞への該第１の直鎖状ＤＮＡ分子の挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程；および
（ｄ）前記第２の直鎖状ＤＮＡ分子を、第２の細胞と、該第２の細胞への該第２の直鎖状ＤＮＡ分子の挿入を可能にする条件下でロボットにより接触させる工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１２９】
前記第１の細胞が前記第１のタンパク質を発現し、前記第２の細胞が前記第２のタンパク質を発現する、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
少なくとも５つの直鎖状ＤＮＡ分子が同時に生成される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３１】
タンパク質を精製する方法であって、該方法が、以下：
（ａ）ロボット式デバイス中で、第１のタンパク質を、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子を含む第１の細胞中で、該第１のタンパク質が第１の培地に分泌される条件下で発現させる工程；
（ｂ）該第１の培地を第１のクロマトグラフィーカラムにロボットにより移す工程；および
（ｃ）該第１のタンパク質を精製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３２】
請求項１３１に記載の方法であって、以下：
（ｄ）前記ロボット式デバイス中で、第２のタンパク質を、請求項１１９に記載のＤＮＡ分子を含む第２の細胞中で、該第２のタンパク質が第２の培地に分泌される条件下で発現させる工程；
（ｅ）該第２の培地を第２のクロマトグラフィーカラムにロボットにより移す工程；および
（ｆ）該第２のタンパク質を精製する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１３３】
少なくとも５つのタンパク質が同時に精製される、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
目的のｍＲＮＡまたはタンパク質をコードする核酸で一過性トランスフェクトされたＣＨＯ細胞。
【請求項１３５】
前記核酸が直鎖状ＤＮＡ分子である、請求項１３４に記載の細胞。
【請求項１３６】
前記細胞が、ＳＶ４０ Ｔ抗原をコードする核酸で一過的または安定にトランスフェクトされている、請求項１３４に記載の細胞。
【請求項１３７】
請求項２３に記載の方法であって、以下：
（ａ）前記標的分子を含むインビトロサンプルを、１つ以上の前記産物と、該標的分子と１つ以上の該産物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１つ以上の該産物を回収する工程；および
（ｄ）１つ以上の該回収された産物を同定する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１３８】
標的分子に結合する候補リガンドを選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリと、該標的分子と１つより多くの候補リガンドとの間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１つより多くの候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）該標的分子を含む細胞またはインビトロサンプルを、第１の回収されたリガンドおよび第２の回収されたリガンドと接触させる工程であって、該接触させる工程は、該標的分子が該第１の回収されたリガンドおよび該第２の回収されたリガンドに結合し、かつ該第１の回収されたリガンドが該第２の回収されたリガンドに共有結合する条件下で実施され、それにより該第１の回収されたリガンドおよび該第２の回収されたリガンドを含む産物を生成し、該産物は、該第１の回収されたリガンドまたは該第２の回収されたリガンドの該標的分子に対する親和性より大きい該標的分子に対する親和性を有する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１３９】
請求項１３８に記載の方法であって、以下：
（ｅ）前記標的分子を含むインビトロサンプルを、１つ以上の前記産物と、該標的分子と１つ以上の該産物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｆ）該複合体を単離する工程；
（ｇ）該複合体から１つ以上の該産物を回収する工程；および
（ｈ）１つ以上の該回収された産物を同定する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１４０】
標的分子に結合する候補リガンドを選択する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）標的分子を含むインビトロサンプルを、候補リガンドのライブラリと、該標的分子と１つより多くの候補リガンドとの間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｂ）該複合体を単離する工程；
（ｃ）該複合体から１つより多くの候補リガンドを回収する工程；および
（ｄ）第１の回収されたリガンドと第２の回収されたリガンドとを反応させ、それにより該第１の回収されたリガンドおよび該第２の回収されたリガンドを含む産物を生成し、該産物は、該第１の回収されたリガンドまたは該第２の回収されたリガンドの該標的分子に対する親和性よりも大きい該標的分子に対する親和性を有する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１４１】
請求項１４０に記載の方法であって、以下：
（ｅ）前記標的分子を含むインビトロサンプルを、１つ以上の前記産物と、該標的分子と１つ以上の該産物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させる工程；
（ｆ）該複合体を単離する工程；
（ｇ）該複合体から１つ以上の該産物を回収する工程；および
（ｈ）１つ以上の該回収された産物を同定する工程、
をさらに包含する、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７−１】
【図２７−２】
【図２７−３】
【図２７−４】
【図２７−５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７−１】
【図２７−２】
【図２７−３】
【図２７−４】
【図２７−５】
【公表番号】特表２００６−５０６０５８（Ｐ２００６−５０６０５８Ａ）
【公表日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５４６６７４（Ｐ２００４−５４６６７４）
【出願日】平成１５年５月１９日（２００３．５．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０１５８３１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０３７８４８
【国際公開日】平成１６年５月６日（２００４．５．６）
【出願人】（５０４４２３０６６）
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年５月１９日（２００３．５．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０１５８３１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０３７８４８
【国際公開日】平成１６年５月６日（２００４．５．６）
【出願人】（５０４４２３０６６）
【Ｆターム（参考）】
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