被験者結果の指標としてのプロテインC及び内皮プロテインC受容体多型
【課題】本発明は、炎症状態を有するかその発症の危険がある被験者についての予後を得るための、及び、抗炎症剤若しくは抗血液凝固剤治療によるより大きな恩恵を受ける被験者を同定するための、方法及びキットを提供する。
【解決手段】当該方法は一般的には、プロテインC及び/又はEPCR遺伝子における多型について被験者の該遺伝子の遺伝子型の判定、前記判定された遺伝子型と前記被験者の前記炎症状態から回復する能力に対応する多型に関して既知の遺伝子型との比較、及び、それらの予後に基づく被験者の同定、を含む。本発明はまた、炎症状態にある潜在的な被験者(該被験者は、抗炎症剤又は抗血液凝固剤治療による恩恵がより見込まれ、及び、治療後の該炎症状態からの回復がより見込まれる)の同定方法を提供する。本発明はまた、そのような被験者の遺伝子型に基づき抗炎症剤又は抗血液凝固剤で該被験者を治療する方法を提供する。
【解決手段】当該方法は一般的には、プロテインC及び/又はEPCR遺伝子における多型について被験者の該遺伝子の遺伝子型の判定、前記判定された遺伝子型と前記被験者の前記炎症状態から回復する能力に対応する多型に関して既知の遺伝子型との比較、及び、それらの予後に基づく被験者の同定、を含む。本発明はまた、炎症状態にある潜在的な被験者(該被験者は、抗炎症剤又は抗血液凝固剤治療による恩恵がより見込まれ、及び、治療後の該炎症状態からの回復がより見込まれる)の同定方法を提供する。本発明はまた、そのような被験者の遺伝子型に基づき抗炎症剤又は抗血液凝固剤で該被験者を治療する方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
炎症状態を有するか、又はその発症危険性のある被験者についての予後を得る方法であって、当該方法は前記被験者のプロテインC配列、EPCR配列又はそれらの組み合わせにおける1つ以上の多型部位を含む遺伝子型を判定することを含み、
前記遺伝子型は前記被験者の炎症状態から回復する能力を示すことを特徴とする方法。
【請求項2】
前記多型部位が、配列番号1の位置4732、又は配列番号2の位置4054、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位である請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記プロテインC配列及びEPCR配列の両方からの多型部位が組み合わされ、それらの多型部位が配列番号1の位置4732、又は配列番号2の位置4054、又は配列番号1の位置2418、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の2ヶ所以上である請求項1に記載の方法。
【請求項4】
前記位置4732と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号1の位置4813、6379、6762、7779、8058、8915又は12228である請求項2又は3に記載の方法。
【請求項5】
前記位置4054と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号2の位置2973、3063、3402、4946、5515又は6196である請求項2又は3に記載の方法。
【請求項6】
前記位置2418と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号1の位置1386、2583又は3920である請求項3に記載の方法。
【請求項7】
前記位置4732と連鎖不平衡にある多型部位が、2つの多型部位の組み合わせを含み当該部位が配列番号1における以下の位置の組み合わせの何れかに生ずる請求項2又は3に記載の方法:
9198と5867;
9198と4800;
3220と5867;及び
3220と4800。
【請求項8】
前記位置2418と連鎖不平衡にある多型部位が、2つの多型部位の組み合わせを含み当該部位が配列番号1における以下の位置の組み合わせの何れかに生ずる請求項3に記載の方法:
5867と2405;
5867と4919;
5867と4956;
5867と6187;
5867と12109;
4800と2405;
4800と4919;
4800と4956;
4800と6187;及び
4800と12109。
【請求項9】
前記判定された遺伝子型と、(i)前記被験者の炎症状態の型;又は(ii)他の炎症状態、からの回復の予後の指標として知られている既知遺伝子型とを比較することを更に含む請求項1〜8何れか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記被験者についてプロテインC配列情報又はEPCR配列情報を取得することを更に含む請求項1〜9何れか一項に記載の方法。
【請求項11】
前記遺伝子型が、前記被験者からの核酸試料を用いて判定される請求項1〜9何れか一項に記載の方法。
【請求項12】
前記被験者から前記核酸試料を取得することを更に含む請求項11に記載の方法。
【請求項13】
前記遺伝子型が以下の技法の1以上を用いて判定されることを特徴とする請求項1〜12何れか一項に記載の方法:
(a)制限酵素断片長分析;
(b)配列決定;
(c)ハイブリダイゼーション;
(d)オリゴヌクレオチド連結反応アッセイ;
(e)連結反応ローリングサークル増幅;
(f)5’ヌクレアーゼアッセイ;
(g)ポリメラーゼプルーフリーディング法;
(h)アレル特異的PCR;及び
(i)配列データの読み取り。
【請求項14】
前記被験者の遺伝子型が炎症状態から回復する能力の低下を示す請求項1〜13何れか一項に記載の方法。
【請求項15】
前記被験者が重症であり、且つ前記遺伝子型が重篤な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示すことを特徴とする請求項14に記載の方法。
【請求項16】
前記遺伝子型が、配列番号1に示された位置において以下の単一の多型塩基又は多型塩基の組み合わせの少なくとも1つを含む請求項14又は15に記載の方法:
4732C;
4813A;
6379G;
6762A;
7779C;
8058T;
8915T;
12228T;
9198C及び5867A;
9198C及び4800G;
3220A及び5867A;及び
3220A及び4800G
又は
1386T;
2418A;
2583A;
3920T;
5867A及び2405T;
5867A及び4919A;
5867A及び4956T;
5867A及び6187C;
5867A及び12109T;
4800G及び2405T;
4800G及び4919A;
4800G及び4956T;
4800G及び6187C;及び
4800G及び12109T。
【請求項17】
前記遺伝子型が、配列番号2に示された位置における以下のEPCR多型塩基の少なくとも1つを含む請求項14又は15に記載の方法:
6196G;
5515T;
4946T;
4054T;
3402G;
3063G;及び
2973C。
【請求項18】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態から回復する能力の増加を示す請求項1〜13何れか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記被験者が重症であり、前記遺伝子型が軽度な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示す請求項18の方法。
【請求項20】
前記遺伝子型が、配列番号1に示された位置における以下の単一の多型塩基又は多型塩基の組み合わせの少なくとも1つを含む請求項18又は19の方法:
4732T;
4813G;
6379A;
6762G;
7779−;
8058C;
8915G;
12228C;
9198A及び5867G;
9198A及び4800C;
3220G及び5867G;及び
3220G及び4800C
又は
1386G;
2418G;
2583T;
3920C;
5867G及び2405C;
5867G及び4919G;
5867G及び4956C;
5867G及び6187T;
5867G及び12109C;
4800C及び2405C;
4800C及び4919G;
4800C及び4956C;
4800C及び6187T;及び
4800C及び12109C。
【請求項21】
前記遺伝子型が、配列番号2に示された位置における以下のEPCR多型塩基の少なくとも1つを含む請求項18又は19に記載の方法:
6196C;
5515C;
4946C;
4054C;
3402C;
3063A;及び
2973T。
【請求項22】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、吸引間質性肺炎(aspiration pneumanitis)、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、HIV/エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループA連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌0157:H7、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELP症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザA、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、OKT3のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変 から成る群より選択されることを特徴とする請求項1〜21の何れか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記炎症状態が、SIRSであることを特徴とする請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項24】
炎症状態からの回復の予後と相関するプロテインC配列の多型を同定する方法であって、当該方法は:
a)炎症状態を有する被験者のグループからプロテインC又はEPCR配列情報を取得する工程、
b)前記被験者のプロテインC配列又はEPCR配列における少なくとも1つの多型ヌクレオチド位置を同定する工程、
c)前記グループ内の個々の被験者について前記多型部位における遺伝子型を判定する工程、
d)前記グループ内の個々の被験者の炎症状態から回復する能力を判定する工程、及び
e)工程(c)で判定された遺伝子型と工程(d)で判定された回復能力とを互いに関係付ける工程、
を含み、回復と相関するプロテインC又はEPCR多型を同定することを特徴とする方法。
【請求項25】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、吸引間質性肺炎(aspiration pneumanitis)、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、HIV/エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループA連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌0157:H7、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELP症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザA、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、OKT3のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変から成る群より選択されることを特徴とする請求項24に記載の方法。
【請求項26】
炎症状態から回復する被験者能力の予後を提供するための、当該被験者のプロテインC配列又はEPCR配列の多型部位内における所定のヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するためのキットであって、当該キットは:
(a)前記多型部位における変化したヌクレオチドを識別しうる制限酵素、又は
(b)前記変化に特徴的にハイブリダイズ可能なように前記多型部位に十分な相補性を有する標識されたオリゴヌクレオチド
を含むことを特徴とするキット。
【請求項27】
前記多型部位が配列番号1の位置4732、配列番号2の位置4054、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の1以上の位置である請求項26のキット。
【請求項28】
前記キットがプロテインC配列若しくはEPCR配列の何れかの中にある1以上のヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するために適したものであり、前記多型部位が配列番号1の位置4732、配列番号2の位置4054、配列番号1の位置2418又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の1以上の位置である請求項26のキット。
【請求項29】
前記多型部位を含む領域を増幅可能なオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのセットをさらに含む請求項26、27又は28のキット。
【請求項30】
さらに重合試薬を含む請求項29のキット。
【請求項31】
遺伝子型を判定するためのキットの使用説明書をさらに含む請求項26〜30の何れか1つのキット。
【請求項32】
炎症状態の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために被験者グループを選択するための方法であって、当該方法は、各被験者についてのプロテインC配列又はEPCR配列中の1以上の多型部位の遺伝子型を判定すること、ここで、当該遺伝子型は炎症状態から回復する当該被験者の能力の指標となり、そして、その遺伝子型に基づいて被験者を分類することを含む方法。
【請求項33】
前記被験者又は被験者のサブセット(部分集合)へ前記候補薬剤を投与すること、及び各被験者が前記炎症状態から回復する能力判定すること、を更に含む請求項32に記載の方法。
【請求項34】
前記被験者の遺伝子型に基づいて、前記候補薬剤に対する該被験者の反応を比較すること、を更に含む請求項33に記載の方法。
【請求項35】
治療を必要としている被験者における炎症状態を治療する方法であって、そのような被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、前記被験者がプロテインC配列又はEPCR配列のリスク遺伝子型を有することを特徴とする方法。
【請求項36】
治療を必要としている被験者における炎症状態を治療する方法であって、
(a)そのプロテインC配列又はEPCR配列中にリスク遺伝子型を有する被験者を選択すること、及び
(b)当該被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与すること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項37】
炎症状態の被験者を抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することにより治療する方法であって、当該方法は、プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、当該リスク遺伝子型が抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項38】
抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を有する被験者を同定する方法であって、プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定するための被験者の集団をスクリーニングする工程を含み、当該プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者の同定が抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項39】
抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療のための被験者を選択する方法であって、プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定する工程を含み、当該リスク遺伝子型を有する被験者の同定が、抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項40】
被験者の炎症状態を治療する方法であって、当該方法は、前記被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を当該被験者に投与することを含み、前記被験者がプロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする方法。
【請求項41】
(a)プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定する工程;及び
(b)抗炎症剤又は抗凝固剤を当該被験者に投与する工程、
を含む、被験者の炎症状態を治療する方法。
【請求項42】
炎症状態の治療のための医薬の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、当該治療を受ける被験者が、そのプロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする使用。
【請求項43】
被験者のサブセットにおける炎症状態の治療のための医薬の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、当該被験者のサブセットが、そのプロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする使用。
【請求項44】
被験者の危険性の評価として当該被験者のAPACHEIIスコアを決定することをさらに含む請求項35〜43何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項45】
被験者の危険性の評価として当該被験者の臓器システム不全の数を決定することをさらに含む請求項35〜43何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項46】
前記被験者のAPACHEIIスコアが25以上のときに危険性の増大を示唆する請求項44に記載の方法。
【請求項47】
2以上の臓器システム不全が被験者の危険性の増大を示唆する請求項45に記載の方法。
【請求項48】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、吸引間質性肺炎(aspiration pneumanitis)、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、HIV/エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループA連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌0157:H7、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELP症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザA、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、OKT3のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変から成る群より選択されることを特徴とする請求項35〜47何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項49】
前記炎症状態が全身性炎症反応症候群である請求項35〜48何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項50】
前記リスク遺伝子型が、1以上の以下の位置における多型部位に局在していることを特徴とする請求項35〜49何れか一項に記載の方法又は使用:
配列番号1の位置4732、配列番号2の位置4054、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位。
【請求項51】
前記リスク遺伝子型が配列番号1の位置2418に対応する多型部位又はそれと連鎖不平衡にある多型部位に局在していることを特徴とする請求項35〜50何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項52】
前記プロテインC配列及びEPCR配列からのリスク遺伝子型が1以上の以下の位置における多型部位に局在していることを特徴とする請求項35〜51何れか一項に記載の方法又は使用:
配列番号1の4732、配列番号2の4054、配列番号1の2418、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位。
【請求項53】
位置4732と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、配列番号1の位置4813、6379、6762、7779、8058、8915、又は12228である請求項50又は52に記載の方法又は使用。
【請求項54】
位置4054と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、配列番号2の位置2973、3063、3402、4946、5515、又は6196である請求項50又は52に記載の方法又は使用。
【請求項55】
位置2418と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記危険遺伝子型が、配列番号1の位置1386、2583、又は3920である請求項51又は52に記載の方法又は使用。
【請求項56】
位置4732と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、2つのプロテインC多型部位の組み合わせであり、当該組み合わせが配列番号1の位置における以下の群から選択される請求項51又は53に記載の方法又は使用:
9198と5867;
9198と4800;
3220と5867;及び
3220と4800。
【請求項57】
位置2418と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、2つのプロテインC多型部位の組み合わせであり、当該組み合わせが配列番号1の位置における以下の群から選択される請求項51又は52に記載の方法又は使用:
5867と2405;
5867と4919;
5867と4956;
5867と6187;
5867と12109;
4800と2405;
4800と4919;
4800と4956;
4800と6187;及び
4800と12109。
【請求項58】
前記リスク遺伝子型が、プロテインCの1つの多型部位及び配列番号1における多型部位の組み合わせからなる以下の群から選択されることを特徴とする請求項50、51、52、52、55、56及び57何れか一項に記載の方法又は使用:
4732C;
4813A;
6379G;
6762A;
7779C;
8058T;
8915T;
12228T;
9198C及び5867A;
9198C及び4800G;
3220A及び5867A;及び
3220A及び4800G
又は
1386T;
2418A;
2583A;
3920T;
5867A及び2405T;
5867A及び4919A;
5867A及び4956T;
5867A及び6187C;
5867A及び12109T;
4800G及び2405T;
4800G及び4919A;
4800G及び4956T;
4800G及び6187C;及び
4800G及び12109T。
【請求項59】
前記危険性の増大した遺伝子型又はリスク遺伝子型が、配列番号2の以下のEPCR多型部位からなる群より選択される請求項50、52及び54の何れか一項に記載の方法又は使用:
6196G;
5515T;
4946T;
4054T;
3402G;
3063G;及び
2973C。
【請求項60】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態からの不良な結果の増大した危険性を示すものである請求項58又は59の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項61】
炎症状態からの不良な結果の増大した危険性を有する前記被験者が、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与のために優先的に選択されることを特徴とする請求項58、59又は60の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項62】
危険性が減少した遺伝子型が、プロテインCの1つの多型部位及び配列番号1における多型部位の組み合わせからなる以下の群から選択されることを特徴とする請求項50、51、52、52、55、56又は57何れか一項に記載の方法又は使用:
4732T;
4813G;
6379A;
6762G;
7779−;
8058C;
8915G;
12228C;
9198A及び5867G;
9198A及び4800C;
3220G及び5867G;及び
3220G及び4800C
又は
1386G;
2418G;
2583T;
3920C;
5867G及び2405C;
5867G及び4919G;
5867G及び4956C;
5867G及び6187T;
5867G及び12109C;
4800C及び2405C;
4800C及び4919G;
4800C及び4956C;
4800C及び6187T;及び
4800C及び12109C。
【請求項63】
前記危険性の減少した遺伝子型が、配列番号2の以下のEPCR多型部位からなる群より選択される請求項50、52又は54の何れか一項に記載の方法又は使用:
6196C;
5515C;
4946C;
4054C;
3402C;
3063A;及び
2973T。
【請求項64】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態からの不良な結果の減少した危険性を示すものである請求項62又は63の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項65】
炎症状態からの不良な結果の減少した危険性を有する前記被験者が、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与のために優先的に選択されないことを特徴とする請求項62、63又は64の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項66】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、以下の1以上から選択されることを特徴とする請求項35から65の何れか一項に記載の方法又は使用:
(a)活性化プロテインC;
(b)組織因子経路阻害剤;
(c)血小板活性化因子加水分解酵素;
(d)PAF−AH酵素類似体;
(e)腫瘍壊死因子αに対する抗体;
(f)可溶性腫瘍壊死因子受容体−免疫グロブリンG1;
(g)プロシステイン;
(h)エラスターゼ阻害剤;
(i)ヒト組換えインターロイキン1受容体アンタゴニスト;及び
(j)エンドトキシン、腫瘍壊死因子受容体、インターロイキン−6、高移動度群ボックス、組織プラスミノーゲン活性化因子、ブラジキニン、CD−14及びインターロイキン−10に対する抗体、阻害剤及びアンタゴニスト。
【請求項67】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、活性化プロテインCである請求項35から66の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項68】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、ドロテコギンアルファ(活性化)である請求項35から67の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項69】
配列番号1からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、該オリゴヌクレオチドは配列番号1の位置4732、4813、6379、6762、7779、8058、8915、12228、9198、5867、4800、3220、1386、2418、2583、3920、2405、4919、4956、6187又は12109において多型遺伝子型を判定する際に使用可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項70】
配列番号2からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、該オリゴヌクレオチドは配列番号2の位置6196、5515、4946、4054、3402、3063又は2973において多型遺伝子型を判定する際に使用可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項71】
配列番号1からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、当該ハイブリッド形成は配列番号1の位置4732、4813、6379、6762、7779、8058、8915、12228、9198、5867、4800、3220、1386、2418、2583、3920、2405、4919,4956、6187又は12109において多型遺伝子型を判定する際に実施可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項72】
配列番号2からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列に特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、当該ハイブリッド形成は配列番号2の位置6196、5515、4946、4054、3402、3063又は2973において多型遺伝子型を判定する際に実施可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項73】
以下の(a)〜(z)からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ:
(a)高緊縮条件下に、位置4732にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4732にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(b)高緊縮条件下に、位置4732にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4732にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(c)高緊縮条件下に、位置4813にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4813にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(d)高緊縮条件下に、位置4813にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4813にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(e)高緊縮条件下に、位置6379にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6379にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(f)高緊縮条件下に、位置6379にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6379にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(g)高緊縮条件下に、位置6762にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6762にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(h)高緊縮条件下に、位置6762にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6762にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(i)高緊縮条件下に、位置7779にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置7779にTを有する配列番号46の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(j)高緊縮条件下に、位置7779にTを有する配列番号46の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置7779にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(k)高緊縮条件下に、位置8058にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8058にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(l)高緊縮条件下に、位置8058にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8058にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(m)高緊縮条件下に、位置8915にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8915にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(n)高緊縮条件下に、位置8915にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8915にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(o)高緊縮条件下に、位置12228にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置12228にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(p)高緊縮条件下に、位置12228にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置12228にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(q)高緊縮条件下に、位置5867にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5867にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(r)高緊縮条件下に、位置5867にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5867にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(s)高緊縮条件下に、位置9198にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置9198にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(t)高緊縮条件下に、位置9198にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置9198にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(u)高緊縮条件下に、位置4800にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4800にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(v)高緊縮条件下に、位置4800にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4800にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(w)高緊縮条件下に、位置3220にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3220にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(x)高緊縮条件下に、位置3220にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3220にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(y)高緊縮条件下に、位置2418にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2418にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(z)高緊縮条件下に、位置2418にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2418にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【請求項74】
以下の(a)〜(n)からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ:
(a)高緊縮条件下に、位置2973にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2973にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(b)高緊縮条件下に、位置2973にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2973にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(c)高緊縮条件下に、位置3063にGを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3063にAを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(d)高緊縮条件下に、位置3063にAを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3063にGを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(e)高緊縮条件下に、位置3402にGを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3402にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(f)高緊縮条件下に、位置3402にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3402にGを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(g)高緊縮条件下に、位置4054にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4054にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(h)高緊縮条件下に、位置4054にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4054にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(i)高緊縮条件下に、位置4946にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4946にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(j)高緊縮条件下に、位置4946にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4946にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(k)高緊縮条件下に、位置5515にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5515にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(l)高緊縮条件下に、位置5515にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5515にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(m)高緊縮条件下に、位置6196にGを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6196にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;および
(n)高緊縮条件下に、位置6196にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6196にGを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【請求項75】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(z)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号1を含み、4732位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4732位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号1を含み、4732位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4732位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号1を含み、4813位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4813位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号1を含み、4813位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4813位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号1を含み、6379位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6379位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号1を含み、6379位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6379位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号1を含み、6762位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6762位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号1を含み、6762位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6762位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号1を含み、7779位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号46を含み、7779位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(j)配列番号46を含み、7779位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、7779位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(k)配列番号1を含み、8058位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8058位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(l)配列番号1を含み、8058位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8058位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(m)配列番号1を含み、8915位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8915位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(n)配列番号1を含み、8915位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8915位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(o)配列番号1を含み、12228位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、12228位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(p)配列番号1を含み、12228位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、12228位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(q)配列番号1を含み、5867位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、5867位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(r)配列番号1を含み、5867位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、5867位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(s)配列番号1を含み、9198位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、9198位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(t)配列番号1を含み、9198位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、9198位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(u)配列番号1を含み、4800位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4800位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(v)配列番号1を含み、4800位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4800位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(w)配列番号1を含み、3220位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、3220位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(x)配列番号1を含み、3220位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、3220位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(y)配列番号1を含み、2418位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、2418位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(z)配列番号1を含み、2418位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、2418位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項76】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(n)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号2を含み2973位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、2973位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号2を含み2973位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、2973位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号2を含み3063位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3063位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号2を含み3063位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3063位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号2を含み3402位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3402位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号2を含み3402位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3402位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号2を含み4054位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4054位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号2を含み4054位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4054位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号2を含み4946位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4946位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(j)配列番号2を含み4946位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4946位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(k)配列番号2を含み5515位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、5515位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(l)配列番号2を含み5515位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、5515位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(m)配列番号2を含み6196位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、6196位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(n)配列番号2を含み6196位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、6196位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項77】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(j)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号3を含み201位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号3を含み201位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号4、配列番号10、配列番号11、配列番号14、配列番号15、配列番号18、配列番号19、または配列番号20を含み201位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号4、配列番号10、配列番号11、配列番号14、配列番号15、配列番号18、配列番号19、または配列番号20を含み201位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号5、配列番号17、又は配列番号21を含み201位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号5、配列番号17、又は配列番号21を含み201位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号12を含み201位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号12を含み、201位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号12を含み201位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号12を含み、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号12を含み201位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号12を含み、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(j)配列番号13を含み201位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号13を含み、201位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項78】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(j)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号22、配列番号23、又は配列番号41を含み15位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号22、配列番号23、又は配列番号41を含み15位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号24、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号35、配列番号36、配列番号39、又は配列番号44を含み15位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号24、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号35、配列番号36、配列番号39、又は配列番号44を含み15位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号25又は配列番号45を含み15位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号25又は配列番号45を含み15位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号26、配列番号33、配列番号34、配列番号38、又は配列番号40を含み15位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号26、配列番号33、配列番号34、配列番号38、又は配列番号40を含み15位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号30、配列番号32、配列番号37、配列番号42、又は配列番号43を含み15位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(j)配列番号30、配列番号32、配列番号37、配列番号42、又は配列番号43を含み15位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項79】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該アレイは、配列番号1を含み、その位置4732のヌクレオチドがCである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号1を含むが位置4732のヌクレオチドがTである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項80】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号1を含み、その4732位置のヌクレオチドがTである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号1を含むが4732位置のヌクレオチドがCである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項81】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号2を含み、その4054位置のヌクレオチドがTである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号:2を含むが4054位置のヌクレオチドがCである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項82】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号1を含み、その4054位置のヌクレオチドがCである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号:1を含むが4054位置のヌクレオチドがTである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項83】
検出可能な標識、消光剤、移動度修飾因子、標的配列に対して5’又は3’に位置するか、または標的配列に対して5’及び3’に位置する隣接する非標的配列のうち1以上のものを更に含むことを特徴とする請求項69〜82何れか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項84】
表1EのプロテインC及びEPCR遺伝子型の相関から選択した複数のデジタル記号化した遺伝子型相関を有し、該複数のそれぞれの相関は炎症状態から回復する能力を表す数値を示し、また抗炎症剤又は抗血液凝固剤による炎症状態の処置に対する反応についての指標を示すことを特徴とするコンピューター読取可能媒体。
【請求項1】
炎症状態を有するか、又はその発症危険性のある被験者についての予後を得る方法であって、当該方法は前記被験者のプロテインC配列、EPCR配列又はそれらの組み合わせにおける1つ以上の多型部位を含む遺伝子型を判定することを含み、
前記遺伝子型は前記被験者の炎症状態から回復する能力を示すことを特徴とする方法。
【請求項2】
前記多型部位が、配列番号1の位置4732、又は配列番号2の位置4054、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位である請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記プロテインC配列及びEPCR配列の両方からの多型部位が組み合わされ、それらの多型部位が配列番号1の位置4732、又は配列番号2の位置4054、又は配列番号1の位置2418、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の2ヶ所以上である請求項1に記載の方法。
【請求項4】
前記位置4732と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号1の位置4813、6379、6762、7779、8058、8915又は12228である請求項2又は3に記載の方法。
【請求項5】
前記位置4054と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号2の位置2973、3063、3402、4946、5515又は6196である請求項2又は3に記載の方法。
【請求項6】
前記位置2418と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号1の位置1386、2583又は3920である請求項3に記載の方法。
【請求項7】
前記位置4732と連鎖不平衡にある多型部位が、2つの多型部位の組み合わせを含み当該部位が配列番号1における以下の位置の組み合わせの何れかに生ずる請求項2又は3に記載の方法:
9198と5867;
9198と4800;
3220と5867;及び
3220と4800。
【請求項8】
前記位置2418と連鎖不平衡にある多型部位が、2つの多型部位の組み合わせを含み当該部位が配列番号1における以下の位置の組み合わせの何れかに生ずる請求項3に記載の方法:
5867と2405;
5867と4919;
5867と4956;
5867と6187;
5867と12109;
4800と2405;
4800と4919;
4800と4956;
4800と6187;及び
4800と12109。
【請求項9】
前記判定された遺伝子型と、(i)前記被験者の炎症状態の型;又は(ii)他の炎症状態、からの回復の予後の指標として知られている既知遺伝子型とを比較することを更に含む請求項1〜8何れか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記被験者についてプロテインC配列情報又はEPCR配列情報を取得することを更に含む請求項1〜9何れか一項に記載の方法。
【請求項11】
前記遺伝子型が、前記被験者からの核酸試料を用いて判定される請求項1〜9何れか一項に記載の方法。
【請求項12】
前記被験者から前記核酸試料を取得することを更に含む請求項11に記載の方法。
【請求項13】
前記遺伝子型が以下の技法の1以上を用いて判定されることを特徴とする請求項1〜12何れか一項に記載の方法:
(a)制限酵素断片長分析;
(b)配列決定;
(c)ハイブリダイゼーション;
(d)オリゴヌクレオチド連結反応アッセイ;
(e)連結反応ローリングサークル増幅;
(f)5’ヌクレアーゼアッセイ;
(g)ポリメラーゼプルーフリーディング法;
(h)アレル特異的PCR;及び
(i)配列データの読み取り。
【請求項14】
前記被験者の遺伝子型が炎症状態から回復する能力の低下を示す請求項1〜13何れか一項に記載の方法。
【請求項15】
前記被験者が重症であり、且つ前記遺伝子型が重篤な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示すことを特徴とする請求項14に記載の方法。
【請求項16】
前記遺伝子型が、配列番号1に示された位置において以下の単一の多型塩基又は多型塩基の組み合わせの少なくとも1つを含む請求項14又は15に記載の方法:
4732C;
4813A;
6379G;
6762A;
7779C;
8058T;
8915T;
12228T;
9198C及び5867A;
9198C及び4800G;
3220A及び5867A;及び
3220A及び4800G
又は
1386T;
2418A;
2583A;
3920T;
5867A及び2405T;
5867A及び4919A;
5867A及び4956T;
5867A及び6187C;
5867A及び12109T;
4800G及び2405T;
4800G及び4919A;
4800G及び4956T;
4800G及び6187C;及び
4800G及び12109T。
【請求項17】
前記遺伝子型が、配列番号2に示された位置における以下のEPCR多型塩基の少なくとも1つを含む請求項14又は15に記載の方法:
6196G;
5515T;
4946T;
4054T;
3402G;
3063G;及び
2973C。
【請求項18】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態から回復する能力の増加を示す請求項1〜13何れか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記被験者が重症であり、前記遺伝子型が軽度な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示す請求項18の方法。
【請求項20】
前記遺伝子型が、配列番号1に示された位置における以下の単一の多型塩基又は多型塩基の組み合わせの少なくとも1つを含む請求項18又は19の方法:
4732T;
4813G;
6379A;
6762G;
7779−;
8058C;
8915G;
12228C;
9198A及び5867G;
9198A及び4800C;
3220G及び5867G;及び
3220G及び4800C
又は
1386G;
2418G;
2583T;
3920C;
5867G及び2405C;
5867G及び4919G;
5867G及び4956C;
5867G及び6187T;
5867G及び12109C;
4800C及び2405C;
4800C及び4919G;
4800C及び4956C;
4800C及び6187T;及び
4800C及び12109C。
【請求項21】
前記遺伝子型が、配列番号2に示された位置における以下のEPCR多型塩基の少なくとも1つを含む請求項18又は19に記載の方法:
6196C;
5515C;
4946C;
4054C;
3402C;
3063A;及び
2973T。
【請求項22】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、吸引間質性肺炎(aspiration pneumanitis)、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、HIV/エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループA連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌0157:H7、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELP症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザA、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、OKT3のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変 から成る群より選択されることを特徴とする請求項1〜21の何れか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記炎症状態が、SIRSであることを特徴とする請求項1〜22の何れか一項に記載の方法。
【請求項24】
炎症状態からの回復の予後と相関するプロテインC配列の多型を同定する方法であって、当該方法は:
a)炎症状態を有する被験者のグループからプロテインC又はEPCR配列情報を取得する工程、
b)前記被験者のプロテインC配列又はEPCR配列における少なくとも1つの多型ヌクレオチド位置を同定する工程、
c)前記グループ内の個々の被験者について前記多型部位における遺伝子型を判定する工程、
d)前記グループ内の個々の被験者の炎症状態から回復する能力を判定する工程、及び
e)工程(c)で判定された遺伝子型と工程(d)で判定された回復能力とを互いに関係付ける工程、
を含み、回復と相関するプロテインC又はEPCR多型を同定することを特徴とする方法。
【請求項25】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、吸引間質性肺炎(aspiration pneumanitis)、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、HIV/エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループA連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌0157:H7、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELP症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザA、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、OKT3のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変から成る群より選択されることを特徴とする請求項24に記載の方法。
【請求項26】
炎症状態から回復する被験者能力の予後を提供するための、当該被験者のプロテインC配列又はEPCR配列の多型部位内における所定のヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するためのキットであって、当該キットは:
(a)前記多型部位における変化したヌクレオチドを識別しうる制限酵素、又は
(b)前記変化に特徴的にハイブリダイズ可能なように前記多型部位に十分な相補性を有する標識されたオリゴヌクレオチド
を含むことを特徴とするキット。
【請求項27】
前記多型部位が配列番号1の位置4732、配列番号2の位置4054、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の1以上の位置である請求項26のキット。
【請求項28】
前記キットがプロテインC配列若しくはEPCR配列の何れかの中にある1以上のヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するために適したものであり、前記多型部位が配列番号1の位置4732、配列番号2の位置4054、配列番号1の位置2418又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の1以上の位置である請求項26のキット。
【請求項29】
前記多型部位を含む領域を増幅可能なオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのセットをさらに含む請求項26、27又は28のキット。
【請求項30】
さらに重合試薬を含む請求項29のキット。
【請求項31】
遺伝子型を判定するためのキットの使用説明書をさらに含む請求項26〜30の何れか1つのキット。
【請求項32】
炎症状態の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために被験者グループを選択するための方法であって、当該方法は、各被験者についてのプロテインC配列又はEPCR配列中の1以上の多型部位の遺伝子型を判定すること、ここで、当該遺伝子型は炎症状態から回復する当該被験者の能力の指標となり、そして、その遺伝子型に基づいて被験者を分類することを含む方法。
【請求項33】
前記被験者又は被験者のサブセット(部分集合)へ前記候補薬剤を投与すること、及び各被験者が前記炎症状態から回復する能力判定すること、を更に含む請求項32に記載の方法。
【請求項34】
前記被験者の遺伝子型に基づいて、前記候補薬剤に対する該被験者の反応を比較すること、を更に含む請求項33に記載の方法。
【請求項35】
治療を必要としている被験者における炎症状態を治療する方法であって、そのような被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、前記被験者がプロテインC配列又はEPCR配列のリスク遺伝子型を有することを特徴とする方法。
【請求項36】
治療を必要としている被験者における炎症状態を治療する方法であって、
(a)そのプロテインC配列又はEPCR配列中にリスク遺伝子型を有する被験者を選択すること、及び
(b)当該被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与すること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項37】
炎症状態の被験者を抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することにより治療する方法であって、当該方法は、プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、当該リスク遺伝子型が抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項38】
抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を有する被験者を同定する方法であって、プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定するための被験者の集団をスクリーニングする工程を含み、当該プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者の同定が抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項39】
抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療のための被験者を選択する方法であって、プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定する工程を含み、当該リスク遺伝子型を有する被験者の同定が、抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項40】
被験者の炎症状態を治療する方法であって、当該方法は、前記被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を当該被験者に投与することを含み、前記被験者がプロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする方法。
【請求項41】
(a)プロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定する工程;及び
(b)抗炎症剤又は抗凝固剤を当該被験者に投与する工程、
を含む、被験者の炎症状態を治療する方法。
【請求項42】
炎症状態の治療のための医薬の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、当該治療を受ける被験者が、そのプロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする使用。
【請求項43】
被験者のサブセットにおける炎症状態の治療のための医薬の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、当該被験者のサブセットが、そのプロテインC配列又はEPCR配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする使用。
【請求項44】
被験者の危険性の評価として当該被験者のAPACHEIIスコアを決定することをさらに含む請求項35〜43何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項45】
被験者の危険性の評価として当該被験者の臓器システム不全の数を決定することをさらに含む請求項35〜43何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項46】
前記被験者のAPACHEIIスコアが25以上のときに危険性の増大を示唆する請求項44に記載の方法。
【請求項47】
2以上の臓器システム不全が被験者の危険性の増大を示唆する請求項45に記載の方法。
【請求項48】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、吸引間質性肺炎(aspiration pneumanitis)、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、HIV/エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループA連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌0157:H7、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELP症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザA、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、OKT3のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変から成る群より選択されることを特徴とする請求項35〜47何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項49】
前記炎症状態が全身性炎症反応症候群である請求項35〜48何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項50】
前記リスク遺伝子型が、1以上の以下の位置における多型部位に局在していることを特徴とする請求項35〜49何れか一項に記載の方法又は使用:
配列番号1の位置4732、配列番号2の位置4054、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位。
【請求項51】
前記リスク遺伝子型が配列番号1の位置2418に対応する多型部位又はそれと連鎖不平衡にある多型部位に局在していることを特徴とする請求項35〜50何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項52】
前記プロテインC配列及びEPCR配列からのリスク遺伝子型が1以上の以下の位置における多型部位に局在していることを特徴とする請求項35〜51何れか一項に記載の方法又は使用:
配列番号1の4732、配列番号2の4054、配列番号1の2418、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位。
【請求項53】
位置4732と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、配列番号1の位置4813、6379、6762、7779、8058、8915、又は12228である請求項50又は52に記載の方法又は使用。
【請求項54】
位置4054と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、配列番号2の位置2973、3063、3402、4946、5515、又は6196である請求項50又は52に記載の方法又は使用。
【請求項55】
位置2418と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記危険遺伝子型が、配列番号1の位置1386、2583、又は3920である請求項51又は52に記載の方法又は使用。
【請求項56】
位置4732と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、2つのプロテインC多型部位の組み合わせであり、当該組み合わせが配列番号1の位置における以下の群から選択される請求項51又は53に記載の方法又は使用:
9198と5867;
9198と4800;
3220と5867;及び
3220と4800。
【請求項57】
位置2418と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、2つのプロテインC多型部位の組み合わせであり、当該組み合わせが配列番号1の位置における以下の群から選択される請求項51又は52に記載の方法又は使用:
5867と2405;
5867と4919;
5867と4956;
5867と6187;
5867と12109;
4800と2405;
4800と4919;
4800と4956;
4800と6187;及び
4800と12109。
【請求項58】
前記リスク遺伝子型が、プロテインCの1つの多型部位及び配列番号1における多型部位の組み合わせからなる以下の群から選択されることを特徴とする請求項50、51、52、52、55、56及び57何れか一項に記載の方法又は使用:
4732C;
4813A;
6379G;
6762A;
7779C;
8058T;
8915T;
12228T;
9198C及び5867A;
9198C及び4800G;
3220A及び5867A;及び
3220A及び4800G
又は
1386T;
2418A;
2583A;
3920T;
5867A及び2405T;
5867A及び4919A;
5867A及び4956T;
5867A及び6187C;
5867A及び12109T;
4800G及び2405T;
4800G及び4919A;
4800G及び4956T;
4800G及び6187C;及び
4800G及び12109T。
【請求項59】
前記危険性の増大した遺伝子型又はリスク遺伝子型が、配列番号2の以下のEPCR多型部位からなる群より選択される請求項50、52及び54の何れか一項に記載の方法又は使用:
6196G;
5515T;
4946T;
4054T;
3402G;
3063G;及び
2973C。
【請求項60】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態からの不良な結果の増大した危険性を示すものである請求項58又は59の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項61】
炎症状態からの不良な結果の増大した危険性を有する前記被験者が、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与のために優先的に選択されることを特徴とする請求項58、59又は60の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項62】
危険性が減少した遺伝子型が、プロテインCの1つの多型部位及び配列番号1における多型部位の組み合わせからなる以下の群から選択されることを特徴とする請求項50、51、52、52、55、56又は57何れか一項に記載の方法又は使用:
4732T;
4813G;
6379A;
6762G;
7779−;
8058C;
8915G;
12228C;
9198A及び5867G;
9198A及び4800C;
3220G及び5867G;及び
3220G及び4800C
又は
1386G;
2418G;
2583T;
3920C;
5867G及び2405C;
5867G及び4919G;
5867G及び4956C;
5867G及び6187T;
5867G及び12109C;
4800C及び2405C;
4800C及び4919G;
4800C及び4956C;
4800C及び6187T;及び
4800C及び12109C。
【請求項63】
前記危険性の減少した遺伝子型が、配列番号2の以下のEPCR多型部位からなる群より選択される請求項50、52又は54の何れか一項に記載の方法又は使用:
6196C;
5515C;
4946C;
4054C;
3402C;
3063A;及び
2973T。
【請求項64】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態からの不良な結果の減少した危険性を示すものである請求項62又は63の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項65】
炎症状態からの不良な結果の減少した危険性を有する前記被験者が、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与のために優先的に選択されないことを特徴とする請求項62、63又は64の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項66】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、以下の1以上から選択されることを特徴とする請求項35から65の何れか一項に記載の方法又は使用:
(a)活性化プロテインC;
(b)組織因子経路阻害剤;
(c)血小板活性化因子加水分解酵素;
(d)PAF−AH酵素類似体;
(e)腫瘍壊死因子αに対する抗体;
(f)可溶性腫瘍壊死因子受容体−免疫グロブリンG1;
(g)プロシステイン;
(h)エラスターゼ阻害剤;
(i)ヒト組換えインターロイキン1受容体アンタゴニスト;及び
(j)エンドトキシン、腫瘍壊死因子受容体、インターロイキン−6、高移動度群ボックス、組織プラスミノーゲン活性化因子、ブラジキニン、CD−14及びインターロイキン−10に対する抗体、阻害剤及びアンタゴニスト。
【請求項67】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、活性化プロテインCである請求項35から66の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項68】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、ドロテコギンアルファ(活性化)である請求項35から67の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項69】
配列番号1からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、該オリゴヌクレオチドは配列番号1の位置4732、4813、6379、6762、7779、8058、8915、12228、9198、5867、4800、3220、1386、2418、2583、3920、2405、4919、4956、6187又は12109において多型遺伝子型を判定する際に使用可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項70】
配列番号2からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、該オリゴヌクレオチドは配列番号2の位置6196、5515、4946、4054、3402、3063又は2973において多型遺伝子型を判定する際に使用可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項71】
配列番号1からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、当該ハイブリッド形成は配列番号1の位置4732、4813、6379、6762、7779、8058、8915、12228、9198、5867、4800、3220、1386、2418、2583、3920、2405、4919,4956、6187又は12109において多型遺伝子型を判定する際に実施可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項72】
配列番号2からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のRNA相当物に含まれる配列に特異的にハイブリッド形成する約10個ないし約400個のヌクレオチドからなり、当該ハイブリッド形成は配列番号2の位置6196、5515、4946、4054、3402、3063又は2973において多型遺伝子型を判定する際に実施可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項73】
以下の(a)〜(z)からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ:
(a)高緊縮条件下に、位置4732にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4732にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(b)高緊縮条件下に、位置4732にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4732にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(c)高緊縮条件下に、位置4813にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4813にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(d)高緊縮条件下に、位置4813にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4813にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(e)高緊縮条件下に、位置6379にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6379にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(f)高緊縮条件下に、位置6379にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6379にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(g)高緊縮条件下に、位置6762にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6762にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(h)高緊縮条件下に、位置6762にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6762にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(i)高緊縮条件下に、位置7779にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置7779にTを有する配列番号46の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(j)高緊縮条件下に、位置7779にTを有する配列番号46の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置7779にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(k)高緊縮条件下に、位置8058にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8058にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(l)高緊縮条件下に、位置8058にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8058にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(m)高緊縮条件下に、位置8915にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8915にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(n)高緊縮条件下に、位置8915にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置8915にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(o)高緊縮条件下に、位置12228にTを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置12228にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(p)高緊縮条件下に、位置12228にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置12228にTを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(q)高緊縮条件下に、位置5867にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5867にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(r)高緊縮条件下に、位置5867にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5867にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(s)高緊縮条件下に、位置9198にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置9198にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(t)高緊縮条件下に、位置9198にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置9198にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(u)高緊縮条件下に、位置4800にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4800にCを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(v)高緊縮条件下に、位置4800にCを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4800にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(w)高緊縮条件下に、位置3220にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3220にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(x)高緊縮条件下に、位置3220にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3220にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(y)高緊縮条件下に、位置2418にAを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2418にGを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(z)高緊縮条件下に、位置2418にGを有する配列番号1の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2418にAを有する配列番号1の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【請求項74】
以下の(a)〜(n)からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ:
(a)高緊縮条件下に、位置2973にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2973にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(b)高緊縮条件下に、位置2973にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置2973にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(c)高緊縮条件下に、位置3063にGを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3063にAを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(d)高緊縮条件下に、位置3063にAを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3063にGを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(e)高緊縮条件下に、位置3402にGを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3402にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(f)高緊縮条件下に、位置3402にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置3402にGを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(g)高緊縮条件下に、位置4054にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4054にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(h)高緊縮条件下に、位置4054にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4054にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(i)高緊縮条件下に、位置4946にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4946にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(j)高緊縮条件下に、位置4946にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置4946にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(k)高緊縮条件下に、位置5515にTを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5515にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(l)高緊縮条件下に、位置5515にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置5515にTを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;
(m)高緊縮条件下に、位置6196にGを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6196にCを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ;および
(n)高緊縮条件下に、位置6196にCを有する配列番号2の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置6196にGを有する配列番号2の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【請求項75】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(z)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号1を含み、4732位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4732位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号1を含み、4732位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4732位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号1を含み、4813位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4813位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号1を含み、4813位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4813位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号1を含み、6379位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6379位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号1を含み、6379位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6379位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号1を含み、6762位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6762位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号1を含み、6762位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、6762位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号1を含み、7779位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号46を含み、7779位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(j)配列番号46を含み、7779位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、7779位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(k)配列番号1を含み、8058位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8058位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(l)配列番号1を含み、8058位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8058位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(m)配列番号1を含み、8915位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8915位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(n)配列番号1を含み、8915位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、8915位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(o)配列番号1を含み、12228位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、12228位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(p)配列番号1を含み、12228位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、12228位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(q)配列番号1を含み、5867位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、5867位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(r)配列番号1を含み、5867位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、5867位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(s)配列番号1を含み、9198位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、9198位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(t)配列番号1を含み、9198位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、9198位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(u)配列番号1を含み、4800位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4800位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(v)配列番号1を含み、4800位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、4800位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(w)配列番号1を含み、3220位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、3220位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(x)配列番号1を含み、3220位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、3220位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(y)配列番号1を含み、2418位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、2418位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(z)配列番号1を含み、2418位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号1を含み、2418位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項76】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(n)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号2を含み2973位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、2973位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号2を含み2973位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、2973位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号2を含み3063位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3063位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号2を含み3063位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3063位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号2を含み3402位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3402位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号2を含み3402位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、3402位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号2を含み4054位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4054位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号2を含み4054位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4054位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号2を含み4946位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4946位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(j)配列番号2を含み4946位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、4946位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(k)配列番号2を含み5515位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、5515位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(l)配列番号2を含み5515位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、5515位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(m)配列番号2を含み6196位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、6196位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(n)配列番号2を含み6196位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号2を含み、6196位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項77】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(j)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号3を含み201位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号3を含み201位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号4、配列番号10、配列番号11、配列番号14、配列番号15、配列番号18、配列番号19、または配列番号20を含み201位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号4、配列番号10、配列番号11、配列番号14、配列番号15、配列番号18、配列番号19、または配列番号20を含み201位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号5、配列番号17、又は配列番号21を含み201位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号5、配列番号17、又は配列番号21を含み201位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、201位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号12を含み201位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号12を含み、201位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号12を含み201位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号12を含み、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号12を含み201位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号12を含み、201位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(j)配列番号13を含み201位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号13を含み、201位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項78】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の(a)〜(j)からなる群より選択される1以上のオリゴヌクレオチドを含む:
(a)配列番号22、配列番号23、又は配列番号41を含み15位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(b)配列番号22、配列番号23、又は配列番号41を含み15位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(c)配列番号24、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号35、配列番号36、配列番号39、又は配列番号44を含み15位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(d)配列番号24、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号35、配列番号36、配列番号39、又は配列番号44を含み15位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(e)配列番号25又は配列番号45を含み15位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にTを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(f)配列番号25又は配列番号45を含み15位置にTを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(g)配列番号26、配列番号33、配列番号34、配列番号38、又は配列番号40を含み15位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にGを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(h)配列番号26、配列番号33、配列番号34、配列番号38、又は配列番号40を含み15位置にGを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;
(i)配列番号30、配列番号32、配列番号37、配列番号42、又は配列番号43を含み15位置にCを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にAを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド;及び
(j)配列番号30、配列番号32、配列番号37、配列番号42、又は配列番号43を含み15位置にAを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、15位置にCを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項79】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該アレイは、配列番号1を含み、その位置4732のヌクレオチドがCである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号1を含むが位置4732のヌクレオチドがTである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項80】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号1を含み、その4732位置のヌクレオチドがTである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号1を含むが4732位置のヌクレオチドがCである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項81】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号2を含み、その4054位置のヌクレオチドがTである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号:2を含むが4054位置のヌクレオチドがCである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項82】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号1を含み、その4054位置のヌクレオチドがCである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号:1を含むが4054位置のヌクレオチドがTである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項83】
検出可能な標識、消光剤、移動度修飾因子、標的配列に対して5’又は3’に位置するか、または標的配列に対して5’及び3’に位置する隣接する非標的配列のうち1以上のものを更に含むことを特徴とする請求項69〜82何れか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項84】
表1EのプロテインC及びEPCR遺伝子型の相関から選択した複数のデジタル記号化した遺伝子型相関を有し、該複数のそれぞれの相関は炎症状態から回復する能力を表す数値を示し、また抗炎症剤又は抗血液凝固剤による炎症状態の処置に対する反応についての指標を示すことを特徴とするコンピューター読取可能媒体。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【公表番号】特表2007−529205(P2007−529205A)
【公表日】平成19年10月25日(2007.10.25)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−503164(P2007−503164)
【出願日】平成17年3月18日(2005.3.18)
【国際出願番号】PCT/CA2005/000409
【国際公開番号】WO2005/087789
【国際公開日】平成17年9月22日(2005.9.22)
【出願人】(503265094)ザ ユニバーシティ オブ ブリティッシュ コロンビア (17)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成19年10月25日(2007.10.25)
【国際特許分類】
【出願日】平成17年3月18日(2005.3.18)
【国際出願番号】PCT/CA2005/000409
【国際公開番号】WO2005/087789
【国際公開日】平成17年9月22日(2005.9.22)
【出願人】(503265094)ザ ユニバーシティ オブ ブリティッシュ コロンビア (17)
【Fターム(参考)】
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