遺伝子発現の細胞型特異的パターン
本明細書で提供される方法、組成物、組み合わせおよびキットは、異種細胞サンプル中の
１つもしくはそれ以上の細胞型における、遺伝子発現レベルを決定するため、異なる細胞
型にて異なった形で発現される遺伝子を同定するため、および被験体からのサンプル中の
細胞型を検出するためのものである。また、表現型に相当する細胞内の遺伝子発現レベル
を決定するため、および異なった形で発現した遺伝子を検出することによって、被験体の
表現型を同定するための、方法、組成物、組み合わせおよびキットも提供される。
１つもしくはそれ以上の細胞型における、遺伝子発現レベルを決定するため、異なる細胞
型にて異なった形で発現される遺伝子を同定するため、および被験体からのサンプル中の
細胞型を検出するためのものである。また、表現型に相当する細胞内の遺伝子発現レベル
を決定するため、および異なった形で発現した遺伝子を検出することによって、被験体の
表現型を同定するための、方法、組成物、組み合わせおよびキットも提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
異種細胞サンプル中の１つもしくはそれ以上の細胞型における遺伝子発現レベルを決定す
る方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含ま
ない、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各細胞型の相対含量と、該測定された総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
および
（ｄ）工程（ｃ）中で決定された回帰相関に従って、各細胞型における、１つもしくはそ
れ以上の解析物の各々のレベルを計算する工程、
を包含し、ここで、遺伝子発現レベルが、該計算された解析物のレベルに相当する、方法
。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、少なくとも１つの細胞型において、少なくとも１つの他
の細胞型と比較して異なった形で発現した遺伝子を同定する工程さらに包含する、方法。
【請求項３】
前記解析物が、核酸分子およびタンパク質からなる群より選択される、請求項１に記載の
方法。
【請求項４】
悪性細胞中で、非悪性細胞と比較して異なった形で発現した遺伝子を同定する方法であっ
て、該方法は、
（ａ）同一の組織または器官の２つもしくはそれ以上の細胞サンプル中の、各細胞型の相
対含量を決定する工程であって、ここで２つもしくはそれ以上の細胞サンプルが、少なく
とも第一サンプルと第二サンプルとを含み、該第一サンプルは、悪性細胞を含み、該第二
サンプルは、該第一サンプルと同様の各細胞型の相対含量を含まない、工程、
（ｂ）各サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の総発現レベルを測定する工程、
（ｃ）各細胞型の相対含量と、該測定した総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）で決定された、回帰相関に従って、各細胞型における１つもしくはそれ
以上の遺伝子の各々のレベルを計算する工程、および
（ｅ）悪性細胞中で、非悪性細胞と比較して異なった形で発現した遺伝子を同定する工程
、
を包含する、方法。
【請求項５】
被験体中の１つもしくはそれ以上の細胞型を特徴付ける方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの異種細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベル
を測定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の複数の参照発現レベル
と比較する工程であって、ここで、該複数の参照レベルは、２つもしくはそれ以上の細胞
型の指標である、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の特定の細胞型の指標である参照レベルと適
合する場合、被験体を該特定の細胞型を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項６】
被験体において１つもしくはそれ以上の細胞型を特徴付ける方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較
する工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１〜４のいずれかに記載の方法
に従って決定される、工程、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の特定の細胞型の指標である参照レベルと適
合する場合、被験体を、該特定の細胞型を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項７】
前記特定の細胞型が、被験体における悪性細胞、および悪性細胞に隣接する非悪性細胞か
らなる群より選択される、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
悪性細胞を有すると被験体を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの異種細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベル
を測定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の複数の参照発現レベル
と比較する工程であって、ここで、該複数の参照レベルは、２つもしくはそれ以上の細胞
型の指標である、工程、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の悪性細胞の指標である参照レベル、または
該サンプル中の該被験体の悪性細胞と隣接していた非悪性細胞の指標である参照レベルと
適合する場合、該被験体を悪性細胞を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項９】
悪性細胞を有するとして、被験体を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較
する工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１〜４のいずれかに記載の方法
に従って決定される、工程、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の悪性細胞の指標である参照レベル、または
該サンプル中の該被験体の悪性細胞と隣接していた非悪性細胞の指標である参照レベルと
適合する場合、被験体を、悪性細胞を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０】
悪性細胞を有するとして、被験体を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプルを、該サンプル中の該被験体の悪性細胞に隣接していた
非悪性細胞に関してアッセイする工程、および
（ｂ）該悪性細胞に隣接していた非悪性細胞がサンプル中に存在する場合、被験体を、悪
性細胞を有するとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１】
前記悪性細胞に隣接していた非悪性細胞が間質細胞である、請求項７〜１０のいずれかに
記載の方法。
【請求項１２】
２つもしくはそれ以上の表現型に相当する、１つもしくはそれ以上の細胞型における、遺
伝子発現レベルを決定する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含
まず、そして少なくとも２つのサンプルが、異なる表現型に相当する、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各表現型に対する各細胞の相対含量と、該測定された総レベルとの間の回帰相関を
決定する工程、および、
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、各表現型に関して、各細胞型中の１つも
しくはそれ以上の解析物の各々のレベルを計算する工程、
を包含し、ここで、各表現型に対する各細胞型中の遺伝子発現レベルが、該計算された解
析物のレベルに相当する、方法。
【請求項１３】
被験体の表現型を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較
する工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１２に記載の方法に従って決定
される、方法、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、特定の表現型の指標である参照レベルに適合する場合、被
験体を、特定の表現型を有するとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１４】
前記表現型が、疾患または障害の予後の指標である、請求項１２または請求項１３に記載
の方法。
【請求項１５】
疾患または障害の指標である、１つもしくはそれ以上の細胞型における遺伝子発現を決定
する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含
まず、そして少なくとも１つのサンプルが、疾患または障害を有する患者に由来し、少な
くとも１つのサンプルが、疾患または障害を有さない患者に由来する、工程、
（ｂ）各サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する
工程、
（ｃ）疾患および非疾患両方に関して、各細胞型の相対含量と、測定した総レベルとの間
の回帰相関を決定する工程、および
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、疾患および非疾患両方に関して、各細胞
型における１つもしくはそれ以上の解析物の各々のレベルを計算する工程
を包含し、ここで、疾患および非疾患両方に関する、各細胞型における遺伝子発現レベル
が、該計算された解析物のレベルに相当する、方法。
【請求項１６】
被験体における、疾患または障害を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較す
る工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１５に記載の方法によって決定さ
れる、工程、および
（ｃ）該測定されたレベルが、特定の疾患または障害の指標である参照レベルと適合する
場合、被験体を、特定の疾患または障害を有するとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１７】
前記疾患予後が、腫瘍再発、腫瘍の攻撃性、腫瘍の怠惰、被験体の生存および腫瘍処置の
成功の可能性からなる群より選択される、請求項１４または請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記サンプルが、臨床的に腫瘍陰性であると分類され、悪性細胞に隣接する非悪性細胞が
サンプル中に存在することが、腫瘍、腫瘍再発、腫瘍の攻撃性、または腫瘍処置の成功の
可能性の指標である、請求項１４または請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
細胞型の遺伝子発現における環境依存性変化を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の各細胞型の相対含量を決定する
工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含ま
ず、そして異なる細胞環境中にある同一の型の細胞が、別々に分類される、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各細胞分類の相対含量と、測定した総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、各細胞分類中の１つもしくはそれ以上の
解析物の各々のレベルを計算する工程、および
（ｅ）同一の型の、別々に分類された細胞中で異なった形で発現した遺伝子を同定し、そ
れによって、細胞型の遺伝子発現における、環境依存性変化を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
細胞型の遺伝子発現における、腫瘍依存性変化を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含
まず、そして腫瘍に関連する細胞が、腫瘍に関連しない同一の型の細胞とは別々に分類さ
れる、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各細胞分類の相対含量と、測定した総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、各細胞分類中の１つもしくはそれ以上の
解析物の各々のレベルを計算する工程、および
（ｅ）腫瘍に関連する細胞中で、腫瘍に関連しない同一の型の細胞と比較して異なった形
で発現する遺伝子を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
被験体の表現型を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの異種細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベル
を測定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルと比較する
工程であって、ここで、該複数の参照レベルが、２つもしくはそれ以上の表現型の指標で
ある、工程、および
（ｃ）該測定されたレベルが、特定の表現型の指標である参照レベルと適合する場合、被
験体を、特定の表現型を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
すべての工程が、前記サンプル中の細胞を物理的に分離することなしに実施される、請求
項１〜２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
回帰相関を決定する工程が、細胞割合における、各解析物の総レベルの回帰を決定する工
程をさらに包含する、請求項１〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
細胞サンプルを、前立腺癌の指標として、または前立腺癌の指標ではないとして分類する
方法であって、該方法は、参照と比較して１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを
検出する工程を包含し、該遺伝子は、少なくとも１つの指示遺伝子を含み、ここで、各指
示遺伝子は、（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列、または
そのフラグメントと、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは（ｂ）配
列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはそのフラグメントと、高
ストリンジェンシー下で、ハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、方
法。
【請求項２５】
サンプルを、前立腺癌の指標として、または前立腺癌の指標ではないとして分類するため
の組み合わせの使用であって、該組み合わせが、参照に対して１つもしくはそれ以上の遺
伝子の発現レベルを検出し、該遺伝子が、少なくとも指示遺伝子を含み、ここで各指示遺
伝子が、（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列、またはその
フラグメントと、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは（ｂ）配列番
号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはそのフラグメントと、高スト
リンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、使用。
【請求項２６】
前記組み合わせが、参照に対する遺伝子の発現レベルを検出し、該遺伝子が、少なくとも
２、３、４、５、７、１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、１５０、２
００、３００、４００、５００、７５０、１，０００、１，２５０、１，５００、１，７
５０、２，０００、２，２５０、２，５００、または２７５０の指示遺伝子を含む、請求
項２４に記載の方法、または請求項２５に記載の使用。
【請求項２７】
マイクロアレイであって、該アレイの少なくとも５０％、７０％、８０％、９０％、９５
％、９７％、９８％または９９％の遺伝子座が、請求項２４〜２６のいずれかに記載の２
つもしくはそれ以上の指示遺伝子の発現レベルを特異的に検出する、マイクロアレイ。
【請求項２８】
前立腺癌を処置する方法であって、該方法は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子の産物、および、
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、から
なる群より選択される遺伝子産物の活性を調節する工程を包含する、方法。
【請求項２９】
前立腺癌を阻害するための組成物の調製のための化合物の使用であって、該化合物が、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体含む
遺伝子の産物、および、
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される遺伝子産物の活性を調節する、使用。
【請求項３０】
前記化合物が、抗体、アンチセンス化合物、リボザイム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉化
合物、小分子、遺伝子をコードする異種核酸分子、遺伝子産物、およびそれらの任意の組
み合わせからなる群より選択される、請求項２９に記載の使用。
【請求項３１】
前記調節する工程が、前立腺癌を有する被験体に化合物を投与する工程をさらに包含し、
該化合物は抗体、アンチセンス化合物、リボザイム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉化合物
、小分子、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される遺伝子産物の活性
を阻害する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記調節化合物が、遺伝子をコードするｍＲＮＡまたはタンパク質遺伝子産物に特異的に
結合する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記調節工程が、前立腺癌を有する被験体に化合物を投与する工程をさらに包含し、該化
合物は、遺伝子をコードする異種核酸分子、遺伝子産物、およびそれらの組み合わせから
なる群より選択される遺伝子産物の活性を増加させる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３４】
前記異種核酸分子が、発現ベクターである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
スクリーニング方法であって、該方法は、
試験化合物と細胞を接触させる工程であって、該細胞は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子、
からなる群より選択される遺伝子を発現する、工程、ならびに
該遺伝子の発現レベルを測定する工程であって、ここで、参照に対する発現レベルの変化
が、該化合物を該遺伝子の発現を調節する化合物として同定する、工程
を包含する、スクリーニング方法。
【請求項３６】
スクリーニング方法であって、該方法は、
試験化合物と遺伝子産物を接触させる工程であって、該遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子の産物、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子の産物、
からなる群より選択される、工程、ならびに
（ｉ）該遺伝子産物に特異的に結合する試験化合物を同定する工程、または
（ｉｉ）該遺伝子産物に結合することが知られている化合物の結合を阻害する、試験化合
物を同定する工程、のいずれか
を包含する、スクリーニング方法。
【請求項３７】
前立腺癌予後の指標として、細胞サンプルを分類するための方法であって、該方法は、参
照に対して１もしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程を包含し、該遺伝子
は、少なくとも１つの指示遺伝子を含み、ここで各指示遺伝子は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、方
法。
【請求項３８】
前立腺癌予後の指標として、サンプルを分類するための組み合わせの使用であって、ここ
で、該組み合わせが、参照に対して１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出し
、該遺伝子が、少なくとも１つの指示遺伝子を含み、ここで各指示遺伝子が、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、使
用。
【請求項３９】
前記組み合わせが、参照に対する遺伝子の発現レベルを検出し、該遺伝子が、少なくとも
２、３、４、５、７、１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、１５０、２
００、３００、４００、５００、７５０、１，０００、１，２５０、１，５００、１，７
５０、２，０００、２，２５０、２，５００、または２７５０の指示遺伝子を含む、請求
項３７に記載の方法、または請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
マイクロアレイであって、該アレイの少なくとも５０％、７０％、８０％、９０％、９５
％、９７％、９８％または９９％の遺伝子座が、請求項３７〜３９のいずれかに記載の２
つもしくはそれ以上の指示遺伝子の発現レベルを特異的に検出する、マイクロアレイ。
【請求項４１】
前記前立腺癌予後が、腫瘍再発、腫瘍の進行度、腫瘍の怠惰、被験体の生存および腫瘍処
置の成功の可能性からなる群より選択される、請求項３７〜４０のいずれかに記載の方法
。
【請求項４２】
少なくとも１つの遺伝子産物が、腫瘍における改変ｔ統計値＞２．５または≦−２．５を
有するプローブまたはＩｄｅｎｔｉｆｅｒ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋに相当する、請求項２４
〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１つの遺伝子産物が、良性前立腺肥大（ＢＰＨ）における改変ｔ統計値＞２．
５または≦−２．５を有するプローブまたはＩｄｅｎｔｉｆｅｒ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋに
相当する、請求項２４〜４１に記載のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
少なくとも１つの遺伝子産物が、間質における改変ｔ統計値＞２．５または≦−２．５を
有するプローブまたはＩｄｅｎｔｉｆｅｒ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋに相当する、請求項２４
〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
前記遺伝子産物が、
（ａ）腫瘍における改変ｔ統計値≧２．５または≦−２．５を有するとして、表９で同定
されるプローブのヌクレオチド配列と、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を
含む遺伝子産物、
（ｂ）腫瘍における改変ｔ統計値≧２．５または≦−２．５を有するとして、表９で同定
されるＩｄｅｎｔｉｆｉｅｒおよびＬｏｃｕｓＬｉｎｋによってコードされた遺伝子のヌ
クレオチド配列と、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
（ｃ）間質における改変ｔ統計値にて同定を有するとして、表１０で同定されるプローブ
のヌクレオチド配列と、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を含む遺伝子産物
、および
（ｄ）間質における改変ｔ統計値にて同定を有するとして、表１０で同定されるＩｄｅｎ
ｔｉｆｉｅｒおよびＬｏｃｕｓＬｉｎｋによってコードされた遺伝子のヌクレオチド配列
と、少なくとも９０％同一である、ヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される、請求項２４〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
前記改変ｔ統計値が、≧３または≦−３である、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方
法。
【請求項４７】
前記改変ｔ統計値が、≧３．５または≦−３．５である、請求項４２〜４５のいずれかに
記載の方法。
【請求項４８】
前記改変ｔ統計値が、≧４または≦−４である、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方
法。
【請求項４９】
前記改変ｔ統計値が、≧４．５または≦−４．５である、請求項４２〜４５のいずれかに
記載の方法。
【請求項５０】
前記改変ｔ統計値が、≧５または≦−５である、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方
法。
【請求項５１】
前記１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物が、２つもしくはそれ以上の遺伝子発現解
析物を含むか、または該２つもしくはそれ以上の遺伝子が、２つもしくはそれ以上の遺伝
子を含む、請求項１〜５０のいずれかに記載の方法。
【請求項５２】
前記１つもしくはそれ以上の遺伝子が、表１４で提供される遺伝子を含まない、請求項１
〜５０のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
遺伝子産物の活性を調節する化合物であって、該遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子産物、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される、化合物。
【請求項５４】
前記化合物が、抗体、アンチセンス化合物、リボザイム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉化
合物、小分子、遺伝子をコードする異種核酸分子、遺伝子産物、およびそれらの任意の組
み合わせからなる群より選択される、請求項５３に記載の化合物。
【請求項５５】
薬学的に受容可能な形態中の、請求項５３または５４に記載の化合物。
【請求項５６】
遺伝子産物の存在を示す化合物であって、該遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子産物、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列、またはその相補体と
、高ストリンジェンシー下で、ハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される、化合物。
【請求項５７】
前記化合物が、遺伝子中の少なくとも１０ヌクレオチドに特異的に結合する核酸、または
その相補体もしくはそのフラグメント、遺伝子またはその相補体に特異的に結合する抗体
、および前記遺伝子産物に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントからなる群より
選択される、請求項５６に記載の化合物。
【請求項５８】
請求項５３〜５７のいずれかに記載の、２つもしくはそれ以上の化合物を含む、組み合わ
せ。
【請求項５９】
請求項５３〜５７のいずれかに記載の、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、
１５または２０の化合物、あるいはそれ以上の化合物を含む、組み合わせ。
【請求項６０】
遺伝子の発現レベルが、遺伝子の産物を検出することによって検出される、請求項２４〜
２７のいずれかに記載の方法。
【請求項６１】
前記遺伝子の産物が、遺伝子から転写されたＲＮＡ、および遺伝子から転写されたｍＲＮ
Ａから翻訳されたタンパク質からなる群より選択される、請求項２８〜６０のいずれかに
記載の方法、化合物または組み合わせ。
【請求項６２】
配列番号１〜１０，０００に示される、前立腺癌のための診断マーカー。
【請求項６３】
前立腺癌を検出するための、配列番号１〜３８，８２６に示されるマーカーを検出するこ
とにおいて有用な核酸、ポリペプチドおよび／または抗体を含む、キット。
【請求項６４】
前立腺癌を処置または予防する方法であって、該方法は、遺伝子発現を抑制する工程、ま
たは、腫瘍マーカーとして列挙され、配列番号１〜３８，８２６でアップレギュレートさ
れる、遺伝子の産物を阻害もしくは中和する工程を包含する、方法。
【請求項６５】
前記方法が、遺伝子または遺伝子産物を中和するために、抗体、アンチセンス、リボザイ
ム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉、および／または小分子治療を使用する、請求項６４に
記載の方法。
【請求項６６】
配列番号１〜３８，８２６に示される、前立腺癌の早期再発に関する予後マーカー。
【請求項６７】
前立腺癌の早期再発を検出するための、配列番号１〜３８，８２６に示されるマーカーの
検出において有用な、核酸、ポリペプチドおよび／または抗体を含む、キット。
【請求項６８】
前立腺癌を処置または予防する方法であって、該方法は、遺伝子発現を抑制する工程、ま
たは早期再発前立腺癌サンプルの腫瘍上皮細胞中でアップレギュレートされる遺伝子の遺
伝子産物を阻害もしくは中和する工程を包含し、ここで、このような遺伝子は、表８中の
カラムＧのように、ＲＳ：Ｔに関してＴ＞３を有する、方法。
【請求項６９】
前記方法が、遺伝子または遺伝子産物を中和するために、抗体、アンチセンス、リボザイ
ム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉、および／または小分子治療を使用する、請求項６１に
記載の方法。
【請求項７０】
本明細書に記載される方法。
【請求項７１】
本明細書で記載される、コンピュータ実装法。
【請求項７２】
前記組み合わせが、２つもしくはそれ以上のヌクレオチドプローブ、ヌクレオチドプロー
ブアレイ、２つもしくはそれ以上の抗体、抗体アレイ、および２つもしくはそれ以上のＰ
ＣＲプライマー対からなる群より選択される組み合わせを含む、請求項２５または請求項
３８に記載の使用。
【請求項１】
異種細胞サンプル中の１つもしくはそれ以上の細胞型における遺伝子発現レベルを決定す
る方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含ま
ない、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各細胞型の相対含量と、該測定された総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
および
（ｄ）工程（ｃ）中で決定された回帰相関に従って、各細胞型における、１つもしくはそ
れ以上の解析物の各々のレベルを計算する工程、
を包含し、ここで、遺伝子発現レベルが、該計算された解析物のレベルに相当する、方法
。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、少なくとも１つの細胞型において、少なくとも１つの他
の細胞型と比較して異なった形で発現した遺伝子を同定する工程さらに包含する、方法。
【請求項３】
前記解析物が、核酸分子およびタンパク質からなる群より選択される、請求項１に記載の
方法。
【請求項４】
悪性細胞中で、非悪性細胞と比較して異なった形で発現した遺伝子を同定する方法であっ
て、該方法は、
（ａ）同一の組織または器官の２つもしくはそれ以上の細胞サンプル中の、各細胞型の相
対含量を決定する工程であって、ここで２つもしくはそれ以上の細胞サンプルが、少なく
とも第一サンプルと第二サンプルとを含み、該第一サンプルは、悪性細胞を含み、該第二
サンプルは、該第一サンプルと同様の各細胞型の相対含量を含まない、工程、
（ｂ）各サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の総発現レベルを測定する工程、
（ｃ）各細胞型の相対含量と、該測定した総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）で決定された、回帰相関に従って、各細胞型における１つもしくはそれ
以上の遺伝子の各々のレベルを計算する工程、および
（ｅ）悪性細胞中で、非悪性細胞と比較して異なった形で発現した遺伝子を同定する工程
、
を包含する、方法。
【請求項５】
被験体中の１つもしくはそれ以上の細胞型を特徴付ける方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの異種細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベル
を測定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の複数の参照発現レベル
と比較する工程であって、ここで、該複数の参照レベルは、２つもしくはそれ以上の細胞
型の指標である、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の特定の細胞型の指標である参照レベルと適
合する場合、被験体を該特定の細胞型を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項６】
被験体において１つもしくはそれ以上の細胞型を特徴付ける方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較
する工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１〜４のいずれかに記載の方法
に従って決定される、工程、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の特定の細胞型の指標である参照レベルと適
合する場合、被験体を、該特定の細胞型を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項７】
前記特定の細胞型が、被験体における悪性細胞、および悪性細胞に隣接する非悪性細胞か
らなる群より選択される、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
悪性細胞を有すると被験体を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの異種細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベル
を測定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の複数の参照発現レベル
と比較する工程であって、ここで、該複数の参照レベルは、２つもしくはそれ以上の細胞
型の指標である、工程、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の悪性細胞の指標である参照レベル、または
該サンプル中の該被験体の悪性細胞と隣接していた非悪性細胞の指標である参照レベルと
適合する場合、該被験体を悪性細胞を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項９】
悪性細胞を有するとして、被験体を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較
する工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１〜４のいずれかに記載の方法
に従って決定される、工程、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、該サンプル中の悪性細胞の指標である参照レベル、または
該サンプル中の該被験体の悪性細胞と隣接していた非悪性細胞の指標である参照レベルと
適合する場合、被験体を、悪性細胞を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０】
悪性細胞を有するとして、被験体を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプルを、該サンプル中の該被験体の悪性細胞に隣接していた
非悪性細胞に関してアッセイする工程、および
（ｂ）該悪性細胞に隣接していた非悪性細胞がサンプル中に存在する場合、被験体を、悪
性細胞を有するとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１】
前記悪性細胞に隣接していた非悪性細胞が間質細胞である、請求項７〜１０のいずれかに
記載の方法。
【請求項１２】
２つもしくはそれ以上の表現型に相当する、１つもしくはそれ以上の細胞型における、遺
伝子発現レベルを決定する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含
まず、そして少なくとも２つのサンプルが、異なる表現型に相当する、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各表現型に対する各細胞の相対含量と、該測定された総レベルとの間の回帰相関を
決定する工程、および、
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、各表現型に関して、各細胞型中の１つも
しくはそれ以上の解析物の各々のレベルを計算する工程、
を包含し、ここで、各表現型に対する各細胞型中の遺伝子発現レベルが、該計算された解
析物のレベルに相当する、方法。
【請求項１３】
被験体の表現型を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較
する工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１２に記載の方法に従って決定
される、方法、および、
（ｃ）該測定されたレベルが、特定の表現型の指標である参照レベルに適合する場合、被
験体を、特定の表現型を有するとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１４】
前記表現型が、疾患または障害の予後の指標である、請求項１２または請求項１３に記載
の方法。
【請求項１５】
疾患または障害の指標である、１つもしくはそれ以上の細胞型における遺伝子発現を決定
する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含
まず、そして少なくとも１つのサンプルが、疾患または障害を有する患者に由来し、少な
くとも１つのサンプルが、疾患または障害を有さない患者に由来する、工程、
（ｂ）各サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する
工程、
（ｃ）疾患および非疾患両方に関して、各細胞型の相対含量と、測定した総レベルとの間
の回帰相関を決定する工程、および
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、疾患および非疾患両方に関して、各細胞
型における１つもしくはそれ以上の解析物の各々のレベルを計算する工程
を包含し、ここで、疾患および非疾患両方に関する、各細胞型における遺伝子発現レベル
が、該計算された解析物のレベルに相当する、方法。
【請求項１６】
被験体における、疾患または障害を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測
定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、１つもしくはそれ以上の遺伝子の参照発現レベルと比較す
る工程であって、ここで、該参照発現レベルは、請求項１５に記載の方法によって決定さ
れる、工程、および
（ｃ）該測定されたレベルが、特定の疾患または障害の指標である参照レベルと適合する
場合、被験体を、特定の疾患または障害を有するとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１７】
前記疾患予後が、腫瘍再発、腫瘍の攻撃性、腫瘍の怠惰、被験体の生存および腫瘍処置の
成功の可能性からなる群より選択される、請求項１４または請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記サンプルが、臨床的に腫瘍陰性であると分類され、悪性細胞に隣接する非悪性細胞が
サンプル中に存在することが、腫瘍、腫瘍再発、腫瘍の攻撃性、または腫瘍処置の成功の
可能性の指標である、請求項１４または請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
細胞型の遺伝子発現における環境依存性変化を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の各細胞型の相対含量を決定する
工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含ま
ず、そして異なる細胞環境中にある同一の型の細胞が、別々に分類される、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各細胞分類の相対含量と、測定した総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、各細胞分類中の１つもしくはそれ以上の
解析物の各々のレベルを計算する工程、および
（ｅ）同一の型の、別々に分類された細胞中で異なった形で発現した遺伝子を同定し、そ
れによって、細胞型の遺伝子発現における、環境依存性変化を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
細胞型の遺伝子発現における、腫瘍依存性変化を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）２つもしくはそれ以上の関連異種細胞サンプル中の、各細胞型の相対含量を決定す
る工程であって、ここで、少なくとも２つのサンプルが、各細胞型の同一の相対含量を含
まず、そして腫瘍に関連する細胞が、腫瘍に関連しない同一の型の細胞とは別々に分類さ
れる、工程、
（ｂ）各サンプル中の１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物の総レベルを測定する工
程、
（ｃ）各細胞分類の相対含量と、測定した総レベルとの間の回帰相関を決定する工程、
（ｄ）工程（ｃ）で決定した回帰相関に従って、各細胞分類中の１つもしくはそれ以上の
解析物の各々のレベルを計算する工程、および
（ｅ）腫瘍に関連する細胞中で、腫瘍に関連しない同一の型の細胞と比較して異なった形
で発現する遺伝子を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
被験体の表現型を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）被験体からの異種細胞サンプル中の、１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベル
を測定する工程、
（ｂ）該測定されたレベルを、該１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルと比較する
工程であって、ここで、該複数の参照レベルが、２つもしくはそれ以上の表現型の指標で
ある、工程、および
（ｃ）該測定されたレベルが、特定の表現型の指標である参照レベルと適合する場合、被
験体を、特定の表現型を有すると同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
すべての工程が、前記サンプル中の細胞を物理的に分離することなしに実施される、請求
項１〜２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
回帰相関を決定する工程が、細胞割合における、各解析物の総レベルの回帰を決定する工
程をさらに包含する、請求項１〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
細胞サンプルを、前立腺癌の指標として、または前立腺癌の指標ではないとして分類する
方法であって、該方法は、参照と比較して１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを
検出する工程を包含し、該遺伝子は、少なくとも１つの指示遺伝子を含み、ここで、各指
示遺伝子は、（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列、または
そのフラグメントと、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは（ｂ）配
列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはそのフラグメントと、高
ストリンジェンシー下で、ハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、方
法。
【請求項２５】
サンプルを、前立腺癌の指標として、または前立腺癌の指標ではないとして分類するため
の組み合わせの使用であって、該組み合わせが、参照に対して１つもしくはそれ以上の遺
伝子の発現レベルを検出し、該遺伝子が、少なくとも指示遺伝子を含み、ここで各指示遺
伝子が、（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列、またはその
フラグメントと、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは（ｂ）配列番
号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはそのフラグメントと、高スト
リンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、使用。
【請求項２６】
前記組み合わせが、参照に対する遺伝子の発現レベルを検出し、該遺伝子が、少なくとも
２、３、４、５、７、１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、１５０、２
００、３００、４００、５００、７５０、１，０００、１，２５０、１，５００、１，７
５０、２，０００、２，２５０、２，５００、または２７５０の指示遺伝子を含む、請求
項２４に記載の方法、または請求項２５に記載の使用。
【請求項２７】
マイクロアレイであって、該アレイの少なくとも５０％、７０％、８０％、９０％、９５
％、９７％、９８％または９９％の遺伝子座が、請求項２４〜２６のいずれかに記載の２
つもしくはそれ以上の指示遺伝子の発現レベルを特異的に検出する、マイクロアレイ。
【請求項２８】
前立腺癌を処置する方法であって、該方法は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子の産物、および、
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、から
なる群より選択される遺伝子産物の活性を調節する工程を包含する、方法。
【請求項２９】
前立腺癌を阻害するための組成物の調製のための化合物の使用であって、該化合物が、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体含む
遺伝子の産物、および、
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される遺伝子産物の活性を調節する、使用。
【請求項３０】
前記化合物が、抗体、アンチセンス化合物、リボザイム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉化
合物、小分子、遺伝子をコードする異種核酸分子、遺伝子産物、およびそれらの任意の組
み合わせからなる群より選択される、請求項２９に記載の使用。
【請求項３１】
前記調節する工程が、前立腺癌を有する被験体に化合物を投与する工程をさらに包含し、
該化合物は抗体、アンチセンス化合物、リボザイム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉化合物
、小分子、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される遺伝子産物の活性
を阻害する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記調節化合物が、遺伝子をコードするｍＲＮＡまたはタンパク質遺伝子産物に特異的に
結合する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記調節工程が、前立腺癌を有する被験体に化合物を投与する工程をさらに包含し、該化
合物は、遺伝子をコードする異種核酸分子、遺伝子産物、およびそれらの組み合わせから
なる群より選択される遺伝子産物の活性を増加させる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３４】
前記異種核酸分子が、発現ベクターである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
スクリーニング方法であって、該方法は、
試験化合物と細胞を接触させる工程であって、該細胞は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子、
からなる群より選択される遺伝子を発現する、工程、ならびに
該遺伝子の発現レベルを測定する工程であって、ここで、参照に対する発現レベルの変化
が、該化合物を該遺伝子の発現を調節する化合物として同定する、工程
を包含する、スクリーニング方法。
【請求項３６】
スクリーニング方法であって、該方法は、
試験化合物と遺伝子産物を接触させる工程であって、該遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子の産物、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子の産物、
からなる群より選択される、工程、ならびに
（ｉ）該遺伝子産物に特異的に結合する試験化合物を同定する工程、または
（ｉｉ）該遺伝子産物に結合することが知られている化合物の結合を阻害する、試験化合
物を同定する工程、のいずれか
を包含する、スクリーニング方法。
【請求項３７】
前立腺癌予後の指標として、細胞サンプルを分類するための方法であって、該方法は、参
照に対して１もしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程を包含し、該遺伝子
は、少なくとも１つの指示遺伝子を含み、ここで各指示遺伝子は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、方
法。
【請求項３８】
前立腺癌予後の指標として、サンプルを分類するための組み合わせの使用であって、ここ
で、該組み合わせが、参照に対して１つもしくはそれ以上の遺伝子の発現レベルを検出し
、該遺伝子が、少なくとも１つの指示遺伝子を含み、ここで各指示遺伝子が、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列、あるいは
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、のいずれかを含む、使
用。
【請求項３９】
前記組み合わせが、参照に対する遺伝子の発現レベルを検出し、該遺伝子が、少なくとも
２、３、４、５、７、１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、１５０、２
００、３００、４００、５００、７５０、１，０００、１，２５０、１，５００、１，７
５０、２，０００、２，２５０、２，５００、または２７５０の指示遺伝子を含む、請求
項３７に記載の方法、または請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
マイクロアレイであって、該アレイの少なくとも５０％、７０％、８０％、９０％、９５
％、９７％、９８％または９９％の遺伝子座が、請求項３７〜３９のいずれかに記載の２
つもしくはそれ以上の指示遺伝子の発現レベルを特異的に検出する、マイクロアレイ。
【請求項４１】
前記前立腺癌予後が、腫瘍再発、腫瘍の進行度、腫瘍の怠惰、被験体の生存および腫瘍処
置の成功の可能性からなる群より選択される、請求項３７〜４０のいずれかに記載の方法
。
【請求項４２】
少なくとも１つの遺伝子産物が、腫瘍における改変ｔ統計値＞２．５または≦−２．５を
有するプローブまたはＩｄｅｎｔｉｆｅｒ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋに相当する、請求項２４
〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１つの遺伝子産物が、良性前立腺肥大（ＢＰＨ）における改変ｔ統計値＞２．
５または≦−２．５を有するプローブまたはＩｄｅｎｔｉｆｅｒ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋに
相当する、請求項２４〜４１に記載のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
少なくとも１つの遺伝子産物が、間質における改変ｔ統計値＞２．５または≦−２．５を
有するプローブまたはＩｄｅｎｔｉｆｅｒ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋに相当する、請求項２４
〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
前記遺伝子産物が、
（ａ）腫瘍における改変ｔ統計値≧２．５または≦−２．５を有するとして、表９で同定
されるプローブのヌクレオチド配列と、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を
含む遺伝子産物、
（ｂ）腫瘍における改変ｔ統計値≧２．５または≦−２．５を有するとして、表９で同定
されるＩｄｅｎｔｉｆｉｅｒおよびＬｏｃｕｓＬｉｎｋによってコードされた遺伝子のヌ
クレオチド配列と、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
（ｃ）間質における改変ｔ統計値にて同定を有するとして、表１０で同定されるプローブ
のヌクレオチド配列と、少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を含む遺伝子産物
、および
（ｄ）間質における改変ｔ統計値にて同定を有するとして、表１０で同定されるＩｄｅｎ
ｔｉｆｉｅｒおよびＬｏｃｕｓＬｉｎｋによってコードされた遺伝子のヌクレオチド配列
と、少なくとも９０％同一である、ヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される、請求項２４〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
前記改変ｔ統計値が、≧３または≦−３である、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方
法。
【請求項４７】
前記改変ｔ統計値が、≧３．５または≦−３．５である、請求項４２〜４５のいずれかに
記載の方法。
【請求項４８】
前記改変ｔ統計値が、≧４または≦−４である、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方
法。
【請求項４９】
前記改変ｔ統計値が、≧４．５または≦−４．５である、請求項４２〜４５のいずれかに
記載の方法。
【請求項５０】
前記改変ｔ統計値が、≧５または≦−５である、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方
法。
【請求項５１】
前記１つもしくはそれ以上の遺伝子発現解析物が、２つもしくはそれ以上の遺伝子発現解
析物を含むか、または該２つもしくはそれ以上の遺伝子が、２つもしくはそれ以上の遺伝
子を含む、請求項１〜５０のいずれかに記載の方法。
【請求項５２】
前記１つもしくはそれ以上の遺伝子が、表１４で提供される遺伝子を含まない、請求項１
〜５０のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
遺伝子産物の活性を調節する化合物であって、該遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子産物、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体と、
高ストリンジェンシー下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される、化合物。
【請求項５４】
前記化合物が、抗体、アンチセンス化合物、リボザイム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉化
合物、小分子、遺伝子をコードする異種核酸分子、遺伝子産物、およびそれらの任意の組
み合わせからなる群より選択される、請求項５３に記載の化合物。
【請求項５５】
薬学的に受容可能な形態中の、請求項５３または５４に記載の化合物。
【請求項５６】
遺伝子産物の存在を示す化合物であって、該遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列またはその相補体を含
む遺伝子産物、および
（ｂ）配列番号１〜３８，８２６から選択されたヌクレオチド配列、またはその相補体と
、高ストリンジェンシー下で、ハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む遺伝子産物、
からなる群より選択される、化合物。
【請求項５７】
前記化合物が、遺伝子中の少なくとも１０ヌクレオチドに特異的に結合する核酸、または
その相補体もしくはそのフラグメント、遺伝子またはその相補体に特異的に結合する抗体
、および前記遺伝子産物に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントからなる群より
選択される、請求項５６に記載の化合物。
【請求項５８】
請求項５３〜５７のいずれかに記載の、２つもしくはそれ以上の化合物を含む、組み合わ
せ。
【請求項５９】
請求項５３〜５７のいずれかに記載の、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、
１５または２０の化合物、あるいはそれ以上の化合物を含む、組み合わせ。
【請求項６０】
遺伝子の発現レベルが、遺伝子の産物を検出することによって検出される、請求項２４〜
２７のいずれかに記載の方法。
【請求項６１】
前記遺伝子の産物が、遺伝子から転写されたＲＮＡ、および遺伝子から転写されたｍＲＮ
Ａから翻訳されたタンパク質からなる群より選択される、請求項２８〜６０のいずれかに
記載の方法、化合物または組み合わせ。
【請求項６２】
配列番号１〜１０，０００に示される、前立腺癌のための診断マーカー。
【請求項６３】
前立腺癌を検出するための、配列番号１〜３８，８２６に示されるマーカーを検出するこ
とにおいて有用な核酸、ポリペプチドおよび／または抗体を含む、キット。
【請求項６４】
前立腺癌を処置または予防する方法であって、該方法は、遺伝子発現を抑制する工程、ま
たは、腫瘍マーカーとして列挙され、配列番号１〜３８，８２６でアップレギュレートさ
れる、遺伝子の産物を阻害もしくは中和する工程を包含する、方法。
【請求項６５】
前記方法が、遺伝子または遺伝子産物を中和するために、抗体、アンチセンス、リボザイ
ム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉、および／または小分子治療を使用する、請求項６４に
記載の方法。
【請求項６６】
配列番号１〜３８，８２６に示される、前立腺癌の早期再発に関する予後マーカー。
【請求項６７】
前立腺癌の早期再発を検出するための、配列番号１〜３８，８２６に示されるマーカーの
検出において有用な、核酸、ポリペプチドおよび／または抗体を含む、キット。
【請求項６８】
前立腺癌を処置または予防する方法であって、該方法は、遺伝子発現を抑制する工程、ま
たは早期再発前立腺癌サンプルの腫瘍上皮細胞中でアップレギュレートされる遺伝子の遺
伝子産物を阻害もしくは中和する工程を包含し、ここで、このような遺伝子は、表８中の
カラムＧのように、ＲＳ：Ｔに関してＴ＞３を有する、方法。
【請求項６９】
前記方法が、遺伝子または遺伝子産物を中和するために、抗体、アンチセンス、リボザイ
ム、ＤＮＡｚｙｍｅ、ＲＮＡ干渉、および／または小分子治療を使用する、請求項６１に
記載の方法。
【請求項７０】
本明細書に記載される方法。
【請求項７１】
本明細書で記載される、コンピュータ実装法。
【請求項７２】
前記組み合わせが、２つもしくはそれ以上のヌクレオチドプローブ、ヌクレオチドプロー
ブアレイ、２つもしくはそれ以上の抗体、抗体アレイ、および２つもしくはそれ以上のＰ
ＣＲプライマー対からなる群より選択される組み合わせを含む、請求項２５または請求項
３８に記載の使用。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図２】
【図３】
【図４】
【公表番号】特表２００８−５０４８０３（Ｐ２００８−５０４８０３Ａ）
【公表日】平成２０年２月２１日（２００８．２．２１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５４９４４２（Ｐ２００６−５４９４４２）
【出願日】平成１７年１月７日（２００５．１．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０００５６４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０６８６６４
【国際公開日】平成１７年７月２８日（２００５．７．２８）
【出願人】（５０６１１５５１４）ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア (87)
【出願人】（５０６２３５５１３）
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年２月２１日（２００８．２．２１）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年１月７日（２００５．１．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０００５６４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０６８６６４
【国際公開日】平成１７年７月２８日（２００５．７．２８）
【出願人】（５０６１１５５１４）ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア (87)
【出願人】（５０６２３５５１３）
【Ｆターム（参考）】
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