インスリン様増殖因子−1受容体キナーゼ阻害剤に対する抗がん反応を予測する生物学的マーカー
本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤によるがん患者の処置の有効性を予測するための診断方法を提供する。腫瘍細胞が、特定の感受性若しくは耐性バイオマーカー、又はゲノムの分類子を発現するかどうかを評価することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法が提供される。この方法を組み込んだ、IGF−1Rキナーゼ阻害剤によりがん患者を処置するための改良方法も提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項2】
腫瘍細胞が、非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的に反応性であると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−224(GeneID:407009)、hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969,406970);hsa−miR−192(GeneID:406967);hsa−miR−215(GeneID:406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項4】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項3に記載の方法。
【請求項6】
1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項3に記載の方法。
【請求項7】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項8】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項7に記載の方法。
【請求項9】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項10】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項9に記載の方法。
【請求項12】
1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項9に記載の方法。
【請求項13】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで耐性バイオマーカーに対する感受性バイオマーカーの発現レベルの高比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様
1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択され;そして
耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項14】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する工程;患者の腫瘍におけるIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断され、その腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると判定された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1 (DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項15】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する工程;患者の腫瘍におけるIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断され、その腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると判定された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項17】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
患者の腫瘍又は腫瘍転移をIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせで処置する方法であって、患者の腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤のSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルとの組み合わせによる処置によって相乗的な形で阻害されることになるかどうかを、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって予測する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせに対して潜在的に相乗的な形で反応性があると診断された場合、該患者にIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルの1つを組み合わせた治療的有効量を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの低レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせが相乗的になる高い確率と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1 (DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項19】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
腫瘍細胞が、非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項18に記載の方法。
【請求項21】
患者の腫瘍又は腫瘍転移をIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせで処置する方法であって、患者の腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤のSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルとの組み合わせによる処置によって相乗的な形で阻害されることになるかどうかを、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって予測する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせに対して潜在的に相乗的な形で反応性があると診断された場合、該患者にIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルの1つを組み合わせた治療的有効量を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせが相乗的になる高い確率と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項22】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する耐性を発現しているかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、従ってIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して耐性であり、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);及びメタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495)から選択される、上記方法。
【請求項25】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受ける又は恩恵を受けないことが予測されるがん患者を選択する方法であって、a)患者由来の腫瘍細胞サンプル中の、i)IGF−1R遺伝子コピー数の発現レベル、ii)感受性バイオマーカーの発現レベル、及びiii)耐性バイオマーカーの発現レベルから成るグループから選択されるバイオマーカーのレベルを検出すること;b)腫瘍細胞サンプル中のバイオマーカーのレベルを、i)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベル;及びii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルから成るグループから選択されるバイオマーカーのコントロールレベルと比較すること;及びc)患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルと統計的に同等又はそれ以上である場合、又は患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルよりも統計的に高い場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受けることが予測されるものとして患者を選択すること;又はd)患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルよりも統計的に低い場合、又は患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルと統計的に同等又はそれ以上である場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受けないことが予測されるものとして患者を選択すること;を含み、ここで感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)、から選択され、そして耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);
アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項26】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞のIGF−1R遺伝子のコピー数を評価することによって、患者の腫瘍細胞における予想されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数のレベルの増進が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する、上記方法。
【請求項27】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項26に記載の方法。
【請求項29】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
(1)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
(2)サンプルの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性である可能性がよりある、腫瘍細胞の以下の分類子:
(a)MT1E遺伝子より高い発現レベルのPROM1遺伝子;
(b)OXCT1遺伝子より高い発現レベルのLY75遺伝子;
(c)CALD1遺伝子より高い発現レベルのHSD17B2遺伝子;
(d)倍数性に関して増加したレベルのIGF−1R遺伝子コピー数;
(e)変異体K−RAS遺伝子の欠如;
を示すかどうかを測定すること;及び
(3)評価された5つの分類子の少なくとも4つが腫瘍細胞に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項30】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子PROM1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項31】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子LY75のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、OXCT1よりも高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がOXCT1よりも高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項32】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子CALD1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、CALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がCALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項33】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数を評価すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が増加したIGF−1R遺伝子コピー数を有する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;を含む、上記方法。
【請求項34】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有しない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項35】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
サンプルの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性である可能性がある以下の腫瘍細胞の分類子:
(a)MT1E遺伝子より高い発現レベルのPROM1遺伝子、
(b)OXCT1遺伝子より高い発現レベルのLY75遺伝子、
(c)CALD1遺伝子より高い発現レベルのHSD17B2遺伝子、
(d)倍数性に関して増加したレベルのIGF−1R遺伝子コピー数、
(e)変異体K−RAS遺伝子の欠如、
を示すかどうかを測定すること;及び
評価された5つの分類子の少なくとも4つが腫瘍細胞に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を保有する患者として識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項36】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子PROM1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が、MT1Eよりもより高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項37】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子LY75のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、OXCT1よりも高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がOXCT1よりも高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項38】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子CALD1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、CALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がCALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項39】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数を評価すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が増加したIGF−1R遺伝子コピー数を有する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項40】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有するかどうかを測定すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有しない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項41】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が低分子キナーゼ阻害剤である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項42】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項43】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗IGF−1R抗体である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項44】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項45】
1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項35〜40のいずれか1項に記載の方法
【請求項46】
1種又はそれ以上の追加の抗がん剤がEGFRキナーゼ阻害剤を含む、請求項45に記載の方法。
【請求項47】
EGFRキナーゼ阻害剤がエルロチニブを含む、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
EGFRキナーゼ阻害剤が抗EGFR抗体を含む、請求項46に記載の方法。
【請求項49】
がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その感受性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;を含み、ここで感受性バイオマーカーが、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410(また、LOC400410としても知られる));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、GeneID:2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項50】
がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であること知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その耐性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;
を含み、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(また、LOC645745としても知られる));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(また、IGSF4Cとしても知られる));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(また、PCM1としても知られる));PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593(また、RP5−860F19.3としても知られる));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項51】
がん患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その感受性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測すること:及び
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応すると予測される腫瘍に罹患している場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置すること:
を含み、ここで感受性バイオマーカーが、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410(また、LOC400410としても知られる));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、GeneID:2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項52】
がん患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その耐性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測すること:及び
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応すると予測される腫瘍に罹患している場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置すること;
を含み、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(また、LOC645745としても知られる));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(また、IGSF4Cとしても知られる));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(また、PCM1としても知られる));PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593(また、RP5−860F19.3としても知られる));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項53】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、該患者に治療的有効量の合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤の組み合わせを、同時に又は順次に投与することを含む、上記方法。
【請求項54】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項54に記載の方法。
【請求項56】
患者ががんの治療を必要とするヒトである、請求項53に記載の方法。
【請求項57】
患者への投与が同時である、請求項53に記載の方法。
【請求項58】
患者への投与が順次である、請求項53に記載の方法。
【請求項59】
薬学的に許容される担体中に合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、医薬組成物。
【請求項60】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項59に記載の組成物。
【請求項61】
式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項60に記載の組成物。
【請求項62】
合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、1つ又はそれ以上の容器を含むキット。
【請求項63】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項62に記載のキット。
【請求項64】
式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項63に記載のキット。
【請求項65】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗IGF−1R抗体である、請求項3、9、16、19、21、又は26のいずれか1項に記載の方法。
【請求項1】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項2】
腫瘍細胞が、非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的に反応性であると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−224(GeneID:407009)、hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969,406970);hsa−miR−192(GeneID:406967);hsa−miR−215(GeneID:406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項4】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項3に記載の方法。
【請求項6】
1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項3に記載の方法。
【請求項7】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項8】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項7に記載の方法。
【請求項9】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項10】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項9に記載の方法。
【請求項12】
1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項9に記載の方法。
【請求項13】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで耐性バイオマーカーに対する感受性バイオマーカーの発現レベルの高比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様
1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択され;そして
耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項14】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する工程;患者の腫瘍におけるIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断され、その腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると判定された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1 (DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項15】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する工程;患者の腫瘍におけるIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断され、その腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると判定された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項17】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
患者の腫瘍又は腫瘍転移をIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせで処置する方法であって、患者の腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤のSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルとの組み合わせによる処置によって相乗的な形で阻害されることになるかどうかを、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって予測する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせに対して潜在的に相乗的な形で反応性があると診断された場合、該患者にIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルの1つを組み合わせた治療的有効量を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの低レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせが相乗的になる高い確率と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1 (DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項19】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
腫瘍細胞が、非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項18に記載の方法。
【請求項21】
患者の腫瘍又は腫瘍転移をIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせで処置する方法であって、患者の腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤のSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルとの組み合わせによる処置によって相乗的な形で阻害されることになるかどうかを、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって予測する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせに対して潜在的に相乗的な形で反応性があると診断された場合、該患者にIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルの1つを組み合わせた治療的有効量を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせが相乗的になる高い確率と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項22】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する耐性を発現しているかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、従ってIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して耐性であり、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);及びメタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495)から選択される、上記方法。
【請求項25】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受ける又は恩恵を受けないことが予測されるがん患者を選択する方法であって、a)患者由来の腫瘍細胞サンプル中の、i)IGF−1R遺伝子コピー数の発現レベル、ii)感受性バイオマーカーの発現レベル、及びiii)耐性バイオマーカーの発現レベルから成るグループから選択されるバイオマーカーのレベルを検出すること;b)腫瘍細胞サンプル中のバイオマーカーのレベルを、i)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベル;及びii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルから成るグループから選択されるバイオマーカーのコントロールレベルと比較すること;及びc)患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルと統計的に同等又はそれ以上である場合、又は患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルよりも統計的に高い場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受けることが予測されるものとして患者を選択すること;又はd)患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルよりも統計的に低い場合、又は患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルと統計的に同等又はそれ以上である場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受けないことが予測されるものとして患者を選択すること;を含み、ここで感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)、から選択され、そして耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);
アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項26】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞のIGF−1R遺伝子のコピー数を評価することによって、患者の腫瘍細胞における予想されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数のレベルの増進が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する、上記方法。
【請求項27】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項26に記載の方法。
【請求項29】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
(1)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
(2)サンプルの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性である可能性がよりある、腫瘍細胞の以下の分類子:
(a)MT1E遺伝子より高い発現レベルのPROM1遺伝子;
(b)OXCT1遺伝子より高い発現レベルのLY75遺伝子;
(c)CALD1遺伝子より高い発現レベルのHSD17B2遺伝子;
(d)倍数性に関して増加したレベルのIGF−1R遺伝子コピー数;
(e)変異体K−RAS遺伝子の欠如;
を示すかどうかを測定すること;及び
(3)評価された5つの分類子の少なくとも4つが腫瘍細胞に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項30】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子PROM1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項31】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子LY75のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、OXCT1よりも高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がOXCT1よりも高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項32】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子CALD1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、CALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がCALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項33】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数を評価すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が増加したIGF−1R遺伝子コピー数を有する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;を含む、上記方法。
【請求項34】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有しない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。
【請求項35】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
サンプルの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性である可能性がある以下の腫瘍細胞の分類子:
(a)MT1E遺伝子より高い発現レベルのPROM1遺伝子、
(b)OXCT1遺伝子より高い発現レベルのLY75遺伝子、
(c)CALD1遺伝子より高い発現レベルのHSD17B2遺伝子、
(d)倍数性に関して増加したレベルのIGF−1R遺伝子コピー数、
(e)変異体K−RAS遺伝子の欠如、
を示すかどうかを測定すること;及び
評価された5つの分類子の少なくとも4つが腫瘍細胞に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を保有する患者として識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項36】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子PROM1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が、MT1Eよりもより高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項37】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子LY75のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、OXCT1よりも高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がOXCT1よりも高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項38】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子CALD1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、CALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がCALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項39】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数を評価すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が増加したIGF−1R遺伝子コピー数を有する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項40】
患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有するかどうかを測定すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有しない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。
【請求項41】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が低分子キナーゼ阻害剤である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項42】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項43】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗IGF−1R抗体である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項44】
腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
【請求項45】
1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項35〜40のいずれか1項に記載の方法
【請求項46】
1種又はそれ以上の追加の抗がん剤がEGFRキナーゼ阻害剤を含む、請求項45に記載の方法。
【請求項47】
EGFRキナーゼ阻害剤がエルロチニブを含む、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
EGFRキナーゼ阻害剤が抗EGFR抗体を含む、請求項46に記載の方法。
【請求項49】
がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その感受性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;を含み、ここで感受性バイオマーカーが、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410(また、LOC400410としても知られる));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、GeneID:2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項50】
がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であること知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その耐性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;
を含み、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(また、LOC645745としても知られる));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(また、IGSF4Cとしても知られる));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(また、PCM1としても知られる));PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593(また、RP5−860F19.3としても知られる));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項51】
がん患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その感受性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測すること:及び
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応すると予測される腫瘍に罹患している場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置すること:
を含み、ここで感受性バイオマーカーが、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410(また、LOC400410としても知られる));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、GeneID:2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
【請求項52】
がん患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その耐性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測すること:及び
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応すると予測される腫瘍に罹患している場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置すること;
を含み、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(また、LOC645745としても知られる));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(また、IGSF4Cとしても知られる));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(また、PCM1としても知られる));PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593(また、RP5−860F19.3としても知られる));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
【請求項53】
患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、該患者に治療的有効量の合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤の組み合わせを、同時に又は順次に投与することを含む、上記方法。
【請求項54】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項54に記載の方法。
【請求項56】
患者ががんの治療を必要とするヒトである、請求項53に記載の方法。
【請求項57】
患者への投与が同時である、請求項53に記載の方法。
【請求項58】
患者への投与が順次である、請求項53に記載の方法。
【請求項59】
薬学的に許容される担体中に合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、医薬組成物。
【請求項60】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項59に記載の組成物。
【請求項61】
式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項60に記載の組成物。
【請求項62】
合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、1つ又はそれ以上の容器を含むキット。
【請求項63】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項62に記載のキット。
【請求項64】
式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項63に記載のキット。
【請求項65】
前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗IGF−1R抗体である、請求項3、9、16、19、21、又は26のいずれか1項に記載の方法。
【図1a】
【図1b】
【図2】
【図3】
【図4A】
【図4B】
【図4C】
【図5−1】
【図5−2】
【図6】
【図7−1】
【図7−2】
【図8−1】
【図8−2】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14A】
【図14B】
【図15A】
【図15B】
【図15C】
【図15D】
【図15E】
【図16A】
【図16B】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21−1】
【図21−2】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図1b】
【図2】
【図3】
【図4A】
【図4B】
【図4C】
【図5−1】
【図5−2】
【図6】
【図7−1】
【図7−2】
【図8−1】
【図8−2】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14A】
【図14B】
【図15A】
【図15B】
【図15C】
【図15D】
【図15E】
【図16A】
【図16B】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21−1】
【図21−2】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【公表番号】特表2012−506238(P2012−506238A)
【公表日】平成24年3月15日(2012.3.15)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−532322(P2011−532322)
【出願日】平成21年10月20日(2009.10.20)
【国際出願番号】PCT/US2009/061243
【国際公開番号】WO2010/048123
【国際公開日】平成22年4月29日(2010.4.29)
【出願人】(308032460)ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ コロラド,ア ボディー コーポレイト (25)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成24年3月15日(2012.3.15)
【国際特許分類】
【出願日】平成21年10月20日(2009.10.20)
【国際出願番号】PCT/US2009/061243
【国際公開番号】WO2010/048123
【国際公開日】平成22年4月29日(2010.4.29)
【出願人】(308032460)ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ コロラド,ア ボディー コーポレイト (25)
【Fターム(参考)】
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