ヒト癌における変異ＲＯＳ発現
本発明は、ヒト癌における変異ＲＯＳタンパク質の存在の同定法を提供する。いくつかの実施形態において、変異ＲＯＳは、ＲＯＳキナーゼのキナーゼドメインと融合したＦＩＧタンパク質の部分を含むＦＩＧ−ＲＯＳ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、変異ＲＯＳは、癌組織（または癌性であることが疑われる組織）における野生型ＲＯＳの過剰発現であり、この場合、同じ組織型の正常組織では、ＲＯＳが発現されないか、または低レベルで発現される。本発明の変異ＲＯＳタンパク質は、ヒト癌のサブグループ、特に肝臓（胆管を含む）、膵臓、腎臓、および精巣の癌の増殖および生存を支配することが予想される。本発明はしたがって、一つには、開示された変異ＲＯＳポリペプチド（例えば、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド）をコード化する単離されたポリヌクレオチドおよびベクター、これを検出するためのプローブ、単離された変異ポリペプチド、組換えポリペプチド、ならびに融合および切断型ポリペプチドを検出するための試薬を提供する。変異ＲＯＳポリペプチドの同定は、これらの変異ＲＯＳポリペプチドの生体試料中の存在を決定するための新規方法、タンパク質を阻害する化合物のスクリーニング法、および変異ポリヌクレオチドまたはポリペプチドにより特徴づけられる癌の進行を阻害する方法を可能にし、これらのポリヌクレオチドまたはポリペプチドも本発明によって提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが配列番号４または配列番号１７に記載されるアミノ酸配列を含む、精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド。
【請求項２】
精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチドであって、前記ポリヌクレオチドが配列番号３または配列番号１６に記載される核酸配列を含む、精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチド。
【請求項３】
ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドと特異的に結合する、結合剤。
【請求項４】
前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドにおけるＦＩＧ部分とＲＯＳ部分との間の融合ジャンクションと特異的に結合する、請求項３記載の結合剤。
【請求項５】
前記融合ジャンクションが、ＡＧＳＴＬＰ、ＬＱＶＷＨＲ、およびＬＱＡＧＶＰからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４記載の結合剤。
【請求項６】
前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドが、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、およびＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項３記載の結合剤。
【請求項７】
抗体およびＡＱＵＡペプチドからなる群から選択される、請求項３記載の結合剤。
【請求項８】
ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチドまたはＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリヌク前記レオチドを検出するためのヌクレオチドプローブであって、前記プローブがストリンジェントな条件下で前記ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチドまたはＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリヌクレオチドとハイブリダイズする、ヌクレオチドプローブ。
【請求項９】
生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を検出する方法であって、前記方法が、生体試料を、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドと特異的に結合する結合剤と接触させることを含み、前記結合剤の前記生体試料に対する特異的結合が前記生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を示す、方法。
【請求項１０】
生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を検出する方法であって、前記方法が生体試料を、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチドプローブと接触させることを含み、前記ヌクレオチドプローブの前記生体試料に対するハイブリダイゼーションが、前記生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を示す、方法。
【請求項１１】
ＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌または疑癌に罹っていると患者を診断する方法であって、前記癌または疑癌が、非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、前記癌または疑癌の生体試料（前記生体試料は少なくとも１つのポリペプチドを含む）を、変異ＲＯＳポリペプチドと特異的に結合する結合剤と接触させることを含み、前記結合剤の、前記生体試料中の少なくとも１つのポリペプチドに対する特異的結合によって、ＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌または疑癌に罹っているとして前記患者が特定される、方法。
【請求項１２】
ＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌を特定する方法であって、前記癌または疑癌が非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、前記癌または疑癌の生体試料（前記生体試料は少なくとも１つのポリペプチドを含む）を、変異ＲＯＳポリペプチドと特異的に結合する結合剤と接触させることを含み、前記結合剤の、前記生体試料中の少なくとも１つのポリペプチドに対する特異的結合によって、前記癌または疑癌がＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌として特定される、方法。
【請求項１３】
前記変異ＲＯＳポリペプチドが異常に発現された野生型ＲＯＳポリペプチドである、請求項１１または１２記載の方法。
【請求項１４】
前記変異ＲＯＳポリペプチドが、切断型ＲＯＳポリペプチドおよびＲＯＳ融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項１１または１２記載の方法。
【請求項１５】
ＲＯＳ融合ポリペプチドが、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリペプチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ（ＶＳ）融合ポリペプチド、およびＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記結合剤が抗体またはＡＱＵＡペプチドからなる群から選択される、請求項１１または１２記載の方法。
【請求項１７】
患者をＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌に罹っているかまたは癌に罹っている疑いがあると診断する方法であって、前記癌または疑癌が非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、少なくとも１つの核酸分子を含む前記癌または疑癌の生体試料を、ストリンジェントな条件下で、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチド、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチド、および切断型ＲＯＳポリヌクレオチドからなる群から選択される核酸分子とハイブリダイズするプローブと接触させることを含み、前記プローブの、前記生体試料中の少なくとも１つの核酸分子に対するハイブリダイゼーションによって、患者がＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌に罹っているかまたは癌に罹っている疑いがあると特定される、方法。
【請求項１８】
ＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌を特定する方法であって、前記癌または疑癌が非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、前記癌または疑癌の生体試料（前記生体試料は少なくとも１つの核酸分子を含む）を、ストリンジェントな条件下でＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチド、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチド、および切断型ＲＯＳポリヌクレオチドからなる群から選択される核酸分子とハイブリダイズするプローブと接触させることを含み、前記プローブの、前記生体試料中の少なくとも１つの核酸分子に対するハイブリダイゼーションによって、ＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌として前記癌または疑癌が特定される、方法。
【請求項１９】
ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドが、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、およびＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリペプチドからなる群から選択される融合ポリペプチドをコード化する、請求項１７または１８記載の方法。
【請求項２０】
ＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドが、ＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、およびＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ（ＶＳ）融合ポリペプチドからなる群から選択される融合ポリペプチドをコード化する、請求項１７または１８記載の方法。
【請求項２１】
前記癌または疑癌が、腎臓癌、肝臓癌、膵臓癌、および精巣癌から選択される、請求項１１、１２、１７、または１８記載の方法。
【請求項２２】
癌がヒト由来である、請求項１１、１２、１７、または１８記載の方法。
【請求項２３】
ＲＯＳ阻害剤が、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドと特異的に結合する結合剤、切断型ＲＯＳポリペプチドと特異的に結合する結合剤、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドを標的とするｓｉＲＮＡ、および切断型ＲＯＳポリヌクレオチドを標的とするｓｉＲＮＡからなる群から選択される、請求項１２または１８記載の方法。
【請求項２４】
ＲＯＳ阻害剤が、ＡＬＫキナーゼ、ＬＴＫキナーゼ、インスリン受容体、およびＩＧＦ１受容体からなる群から選択されるキナーゼの阻害剤である、請求項１２または１８記載の方法。
【請求項１】
精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが配列番号４または配列番号１７に記載されるアミノ酸配列を含む、精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド。
【請求項２】
精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチドであって、前記ポリヌクレオチドが配列番号３または配列番号１６に記載される核酸配列を含む、精製されたＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチド。
【請求項３】
ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドと特異的に結合する、結合剤。
【請求項４】
前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドにおけるＦＩＧ部分とＲＯＳ部分との間の融合ジャンクションと特異的に結合する、請求項３記載の結合剤。
【請求項５】
前記融合ジャンクションが、ＡＧＳＴＬＰ、ＬＱＶＷＨＲ、およびＬＱＡＧＶＰからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４記載の結合剤。
【請求項６】
前記ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドが、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、およびＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項３記載の結合剤。
【請求項７】
抗体およびＡＱＵＡペプチドからなる群から選択される、請求項３記載の結合剤。
【請求項８】
ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチドまたはＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリヌク前記レオチドを検出するためのヌクレオチドプローブであって、前記プローブがストリンジェントな条件下で前記ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリヌクレオチドまたはＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリヌクレオチドとハイブリダイズする、ヌクレオチドプローブ。
【請求項９】
生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を検出する方法であって、前記方法が、生体試料を、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドと特異的に結合する結合剤と接触させることを含み、前記結合剤の前記生体試料に対する特異的結合が前記生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を示す、方法。
【請求項１０】
生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を検出する方法であって、前記方法が生体試料を、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチドプローブと接触させることを含み、前記ヌクレオチドプローブの前記生体試料に対するハイブリダイゼーションが、前記生体試料におけるＦＩＧ−ＲＯＳ遺伝子転座を示す、方法。
【請求項１１】
ＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌または疑癌に罹っていると患者を診断する方法であって、前記癌または疑癌が、非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、前記癌または疑癌の生体試料（前記生体試料は少なくとも１つのポリペプチドを含む）を、変異ＲＯＳポリペプチドと特異的に結合する結合剤と接触させることを含み、前記結合剤の、前記生体試料中の少なくとも１つのポリペプチドに対する特異的結合によって、ＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌または疑癌に罹っているとして前記患者が特定される、方法。
【請求項１２】
ＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌を特定する方法であって、前記癌または疑癌が非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、前記癌または疑癌の生体試料（前記生体試料は少なくとも１つのポリペプチドを含む）を、変異ＲＯＳポリペプチドと特異的に結合する結合剤と接触させることを含み、前記結合剤の、前記生体試料中の少なくとも１つのポリペプチドに対する特異的結合によって、前記癌または疑癌がＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌として特定される、方法。
【請求項１３】
前記変異ＲＯＳポリペプチドが異常に発現された野生型ＲＯＳポリペプチドである、請求項１１または１２記載の方法。
【請求項１４】
前記変異ＲＯＳポリペプチドが、切断型ＲＯＳポリペプチドおよびＲＯＳ融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項１１または１２記載の方法。
【請求項１５】
ＲＯＳ融合ポリペプチドが、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリペプチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ（ＶＳ）融合ポリペプチド、およびＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記結合剤が抗体またはＡＱＵＡペプチドからなる群から選択される、請求項１１または１２記載の方法。
【請求項１７】
患者をＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌に罹っているかまたは癌に罹っている疑いがあると診断する方法であって、前記癌または疑癌が非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、少なくとも１つの核酸分子を含む前記癌または疑癌の生体試料を、ストリンジェントな条件下で、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチド、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチド、および切断型ＲＯＳポリヌクレオチドからなる群から選択される核酸分子とハイブリダイズするプローブと接触させることを含み、前記プローブの、前記生体試料中の少なくとも１つの核酸分子に対するハイブリダイゼーションによって、患者がＲＯＳキナーゼにより特徴づけられる癌に罹っているかまたは癌に罹っている疑いがあると特定される、方法。
【請求項１８】
ＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌を特定する方法であって、前記癌または疑癌が非小細胞肺癌およびグリア芽腫からなる群から選択される癌または疑癌ではなく、前記方法が、前記癌または疑癌の生体試料（前記生体試料は少なくとも１つの核酸分子を含む）を、ストリンジェントな条件下でＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチド、ＳＬＣ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリペプチド、ＣＤ７４−ＲＯＳ融合ポリペプチド、および切断型ＲＯＳポリヌクレオチドからなる群から選択される核酸分子とハイブリダイズするプローブと接触させることを含み、前記プローブの、前記生体試料中の少なくとも１つの核酸分子に対するハイブリダイゼーションによって、ＲＯＳ阻害剤に反応する可能性がある癌または疑癌として前記癌または疑癌が特定される、方法。
【請求項１９】
ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドが、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＦＩＧ−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、およびＦＩＧ−ＲＯＳ（ＸＬ）融合ポリペプチドからなる群から選択される融合ポリペプチドをコード化する、請求項１７または１８記載の方法。
【請求項２０】
ＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドが、ＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｓ）融合ポリペプチド、ＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ（Ｌ）融合ポリペプチド、およびＳＣＬ３４Ａ２−ＲＯＳ（ＶＳ）融合ポリペプチドからなる群から選択される融合ポリペプチドをコード化する、請求項１７または１８記載の方法。
【請求項２１】
前記癌または疑癌が、腎臓癌、肝臓癌、膵臓癌、および精巣癌から選択される、請求項１１、１２、１７、または１８記載の方法。
【請求項２２】
癌がヒト由来である、請求項１１、１２、１７、または１８記載の方法。
【請求項２３】
ＲＯＳ阻害剤が、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリペプチドと特異的に結合する結合剤、切断型ＲＯＳポリペプチドと特異的に結合する結合剤、ＦＩＧ−ＲＯＳ融合ポリヌクレオチドを標的とするｓｉＲＮＡ、および切断型ＲＯＳポリヌクレオチドを標的とするｓｉＲＮＡからなる群から選択される、請求項１２または１８記載の方法。
【請求項２４】
ＲＯＳ阻害剤が、ＡＬＫキナーゼ、ＬＴＫキナーゼ、インスリン受容体、およびＩＧＦ１受容体からなる群から選択されるキナーゼの阻害剤である、請求項１２または１８記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【公表番号】特表２０１２−５１７２４５（Ｐ２０１２−５１７２４５Ａ）
【公表日】平成２４年８月２日（２０１２．８．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５５０２７５（Ｐ２０１１−５５０２７５）
【出願日】平成２２年２月１２日（２０１０．２．１２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２４１０９
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９３９２８
【国際公開日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【出願人】（５０１０８７４９０）セル・シグナリング・テクノロジー・インコーポレイテツド (11)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年８月２日（２０１２．８．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年２月１２日（２０１０．２．１２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０２４１０９
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／０９３９２８
【国際公開日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【出願人】（５０１０８７４９０）セル・シグナリング・テクノロジー・インコーポレイテツド (11)
【Ｆターム（参考）】
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