説明

生物における低線量放射線被ばくを検出する方法

【課題】生物における低線量放射線被ばくを検出する方法を提供する。
【解決手段】(1)低線量放射線に被ばくした可能性のある生物から、該被ばく後2時間以内に得た細胞サンプルについて、smamer、CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、spaplaw、IL6、USP49及びIL8からなる群より選ばれる1以上の遺伝子の発現量を測定する工程、(2)低線量放射線に被ばくしていない対照生物から得た細胞サンプルについて、工程(1)で測定した遺伝子と同一の遺伝子の発現量を測定する工程、及び(3)工程(1)で測定した遺伝子発現量と、工程(2)で測定した遺伝子発現量とを比較して、工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の少なくとも1.2倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す工程を含むことを特徴とする方法。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、生物における低線量放射線被ばくを検出する方法に関する。
【背景技術】
【0002】
放射線は、発がん因子の一つであることが知られている。原爆生存者を対象とする統計学的研究により、放射線被ばくが固形癌の発生率を有意に増加させることが示されている(例えば、非特許文献1参照)。一般に、高線量(0.2〜10Gy以上)の放射線は、DNA鎖の切断を引き起こし、細胞をアポトーシスに導く場合や、修復時の誤りによる細胞の突然変異を誘発する場合がある。また、ゲノムの不安定な変異細胞の研究により、一般に突然変異の頻度上昇によって体細胞のがん化やその悪性転化が起こりやすいことが知られている(例えば、非特許文献2及び3参照)。また、高線量放射線被ばくに対する生物学的応答においては、いくつかの遺伝子が転写的に調節されることが見いだされている(例えば非特許文献4参照)。
【0003】
高線量放射線に対する研究の著しい進歩とは対照的に、低線量放射線に対する生物の分子機構は十分に特徴づけられていない。
その一方で、最近の疫学的研究は、日本が、診断用X線による危険性及び推定年間被ばく回数が世界で最も高い国であることを示している(例えば、非特許文献5参照)。更に、極低線量のX線(0.01〜0.02Gy)を用いるCTスキャンについて、健常者に対する診断を目的として頻繁に使用された場合の危険性、特に子供に対する危険性が議論されている(例えば、非特許文献6参照)。また、被ばくの頻度を考慮すると、放射線を用いた診断及び治療を受ける患者のみならず、これを用いる医療従事者に対する低線量放射線被ばくの影響も懸念されている。
かかる状況下、低線量放射線被ばくに対する生物の分子機構の解明、ひいては低線量放射線被ばくによる危険性の有無の解明にあたっては、生物が低線量放射線に被ばくした事実を正確に検出する必要がある。
生物における低線量放射線被ばくを検出する方法としては、放射線応答性が極めて高いヒト骨髄ガン細胞系の低線量放射線(0.1Gy以下のガンマ線)被ばくを、3種類の放射線感受性遺伝子(GDKN1A、GADD45A及びMDM2)の発現量の変化に基づいて検出する方法が知られている(例えば、非特許文献7参照)。しかしながら、前記方法で用いるヒト骨髄ガン細胞系は、正常細胞が有していない永久増殖能を獲得したがん細胞である。したがって、前記方法は、細胞周期G0期(分裂休止期)にある正常な体細胞(生物体の大部分を構成する細胞)における低線量放射線被ばくの検出方法として十分なものとはいえなかった。
【0004】
【非特許文献1】Preston, D.L., Shimizu, Y., Pierce, D.A., Suyama, A. & Mabuchi, K. Studies of mortality of atomic bomb survivors. Report 13: Solid cancer and noncancer disease mortality: 1950-1997. Radiat. Res. 160, 381-407 (2003)
【非特許文献2】Kastan, M. Ataxia-telangiectasia--broad implications for a rare disorder. N. Engl. J. Med. 333, 662-663 (1995)
【非特許文献3】Sharan, S.K. et al. Embryonic lethality and radiation hypersensitivity mediated by Rad51 in mice lacking Brca2. Nature 386, 804-810 (1997)
【非特許文献4】el-Deiry, W.S. et al. WAF1, a potential mediator of p53 tumor suppression. Cell 75, 817-825 (1993)、Carrier, F. et al. Characterization of human Gadd45, a p53-regulated protein. J. Biol. Chem. 269, 32672-32677 (1994)
【非特許文献5】Berrington de Gonzalez, A. & Darby, S. Risk of cancer from diagnostic X-rays: estimates for the UK and 14 other countries. Lancet 363, 345-351 (2004)
【非特許文献6】Brenner,D.J. et al. Cancer risks attributable to low doses of ionizing radiation: assessing what we really know. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 13761-13766 (2003)
【非特許文献7】Amundson, S.A. et al. Differential responses of stress genes to low dose-rate gamma irradiation. Mol. Cancer. Res. 1, 445-452 (2003)
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
したがって、本発明は、生物(特に、正常な体細胞から構成される生物)が低線量放射線に被ばくした事実を正確かつ再現性をもって検出することができる方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0006】
本発明者らは、未知の遺伝子を含む広範囲の遺伝子をカバーする遺伝子発現プロフィールを簡便に作製する方法である「高カバー率遺伝子発現プロファイル解析法(HiCEP)」(Fukumura, R. et al. A sensitive transcriptome analysis method that can detect unknown transcripts. Nucleic Acids Res. 31, e94 (2003))を用いて、正常ヒト線維芽細胞((i)正常二倍体の染色体数を有する;(ii)当該細胞で培養容器を隙間なく覆った場合に細胞分裂が停止する(接触阻止);(iii)30回程度の細胞分裂を経るとそれ以上分裂が進まない(老化)等の正常体細胞の性質を維持している)が有する約23000個の遺伝子の中から低線量放射線被ばくにより発現量が変化する遺伝子を鋭意探索したところ、11個の遺伝子が低線量放射線被ばくに応答して発現量が著しく増加することを見いだした。本発明は、この知見に基づいてなされたものである。
尚、本発明は、文部科学省、平成17年度公害防止等試験研究費「高精度遺伝子発現プロフィール比較解析に基づく多様な環境有害物質の相対リスク評価手法の開発に関する研究」委託研究においてなされたものである。また、本出願は産業活力再生特別措置法第30条の適用を受ける特許出願である。
【0007】
すなわち、本発明は、生物における低線量放射線被ばくを検出する方法であって、
(1)低線量放射線に被ばくした可能性のある生物から、該被ばく後2時間以内に得た細胞サンプルについて、smamer、CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、spaplaw、IL6、USP49及びIL8からなる群より選ばれる1以上の遺伝子の発現量を測定する工程、
(2)低線量放射線に被ばくしていない対照生物から得た細胞サンプルについて、工程(1)で測定した遺伝子と同一の遺伝子の発現量を測定する工程、及び
(3)工程(1)で測定した遺伝子発現量と、工程(2)で測定した遺伝子発現量とを比較して、工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の少なくとも1.2倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す工程を含むことを特徴とする方法に関するものである。
【発明の効果】
【0008】
本発明の方法は、後述する実施例で示されるように、生物(特に、正常な体細胞から構成される生物のサンプル)における低線量放射線被ばくを正確かつ再現性をもって検出することができる。したがって、本発明の方法を用いることにより、低線量放射線被ばくに対する生物の分子機構の解明、ひいては低線量放射線を用いた診断及び治療を受ける患者、当該診断及び治療を用いる医療従事者、並びに、原子力関連産業の従事者等における低線量放射線被ばくの危険性の解明を促進することが可能になる。
【発明を実施するための最良の形態】
【0009】
以下、本発明を更に詳細に説明する。
本発明の生物における低線量放射線被ばくを検出する方法は、下記の工程:
(1)低線量放射線に被ばくした可能性のある生物から、該被ばく後2時間以内に得た細胞サンプルについて、smamer、CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、spaplaw、IL6、USP49及びIL8からなる群より選ばれる1以上の遺伝子の発現量を測定する工程、
(2)低線量放射線に被ばくしていない対照生物から得た細胞サンプルについて、工程(1)で測定した遺伝子と同一の遺伝子の発現量を測定する工程、及び
(3)工程(1)で測定した遺伝子発現量と、工程(2)で測定した遺伝子発現量とを比較して、工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の1.2倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す工程
を含んでいる。
【0010】
工程(1)
低線量放射線とは、線量が0.001Gy〜0.1Gyの放射線をいう。本発明の方法は、0.01Gy〜0.1Gy、特に0.03Gy〜0.07Gyの放射線被ばくを好適に検出することができる。
放射線の種類としてはγ線、β線、X線、α線、中性子線及び重粒子線があげられる。本発明の方法は、γ線及びX線、特にX線による被ばくを好適に検出することができる。
【0011】
検出対象となる生物としては、後述する11種類の遺伝子のいずれかを有している生物であれば特に制限なく使用することができる。具体例としては、メダカ、マウス及びヒトがあげられる。これらの中ではマウス及びヒトが特に好ましい。
【0012】
後述の11種類の遺伝子の発現量の測定は、低線量放射線に被ばく後2時間以内、好ましくは被ばく後30分以上1時間30分以内、より好ましくは被ばく後45分以上1時間15分以内、特に好ましくは被ばく後1時間の時点に採取した細胞サンプルについて行う。
低線量放射線に被ばく後2時間以内に採取した細胞サンプル中では、当該11種類の遺伝子の発現量が低線量放射線被ばくに応答して大幅に増加しているので、低線量放射線被ばくを精度高く検出することができる。
細胞サンプルは、後述する11種類の遺伝子の発現量を測定できる形態にあるものであれば特に制限なく使用することができる。具体例としては、細胞、細胞溶解物及び固定組織サンプルがあげられる。これらの中では細胞及び固定組織サンプルが好ましく、細胞が特に好ましい。
【0013】
測定対象となる遺伝子は下記の11種類である。
ヒト染色体11q13.1に位置するオープンリーディングフレーム(以降、「smamer」という)
smamerは、ヒト染色体上の遺伝子座11q13.1に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号AP003554としてGenBankに登録されている遺伝子である。ヒトのsmamerの塩基配列を以下の配列番号1に示す。
GAAGGTAGATGCTCCACCCAGTCAGGGCCCTGGGACCCAGCTCTAGAGCTGACTTTCTCATCTTTTCTGCCCCTTAGCTATCCTGACACCTTCCCAGGGTCCTTTCTGGGCTTTCCCAGAGGAAGCCCCCAAATATCTGCTGTGTCACAGCCCCTCAGCCAGGGAGGGGCCAGAAGCTAGGTCCGTTCTGAAACCCCATCCCCTCTTGGCCCAGCTCCTCCCAGCTGGTCTCATACCACAAGATAGGAGATGTTTCAGGACACCCAGCCTCCCCTACACCTCAGACATGCGTGAGGACACAAGGCCTGGGATGCCAACCCCAGCCTGTCTAAATTCTCCCGGGCTCCCGTGCACAGCTGACATTTCCAAGGGAACGTCCGCGGCTGGGCTGACCCTCACAGCCTCTAAGTAGCCAGAATAACCTCAGCGGCCCCAGCACTGATGAGTACGTTTTGTGGCATTTAAGGCAGGTTTAAAGTTAAAGATAAAAAAAGCCCATGACGCTTCTTTGGTTAAGTGGTTTACCCTTCGTGGTAATTAGATGTAGTGATTGGAATCTCTTTTCTATTACATGGCAATTTTCCTTTAAATCTCCCCT
(配列番号1)
【0014】
ケモカインCXCL2遺伝子(以降、「CXCL2」という)
CXCL2は、ヒト染色体上の遺伝子座4q13.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_002089としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、CXCL2には、NIH(アメリカ国立衛生研究所)よりUniGene登録番号:Hs.75765が付与されている。ヒトのCXCL2の塩基配列を以下の配列番号2に示す。
ACAGAGCCCGGGCCACAGGCAGCTCCTTGCCAGCTCTCCTCCTCGCACAGCCGCTCGAACCGCCTGCTGAGCCCCATGGCCCGCGCCACGCTCTCCGCCGCCCCCAGCAATCCCCGGCTCCTGCGGGTGGCGCTGCTGCTCCTGCTCCTGGTGGCCGCCAGCCGGCGCGCAGCAGGAGCGCCCCTGGCCACTGAACTGCGCTGCCAGTGCTTGCAGACCCTGCAGGGAATTCACCTCAAGAACATCCAAAGTGTGAAGGTGAAGTCCCCCGGACCCCACTGCGCCCAAACCGAAGTCATAGCCACACTCAAGAATGGGCAGAAAGCTTGTCTCAACCCCGCATCGCCCATGGTTAAGAAAATCATCGAAAAGATGCTGAAAAATGGCAAATCCAACTGACCAGAAGGAAGGAGGAAGCTTATTGGTGGCTGTTCCTGAAGGAGGCCCTGCCCTTACAGGAACAGAAGAGGAAAGAGAGACACAGCTGCAGAGGCCACCTGGATTGCGCCTAATGTGTTTGAGCATCACTTAGGAGAAGTCTTCTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGTTTGTTTTAGAAGATTCTATGTTAATATTTTATGTGTAAAATAAGGTTATGATTGAATCTACTTGCACACTCTCCCATTATATTTATTGTTTATTTTAGGTCAAACCCAAGTTAGTTCAATCCTGATTCATATTTAATTTGAAGATAGAAGGTTTGCAGATATTCTCTAGTCATTTGTTAATATTTCTTCGTGATGACATATCACATGTCAGCCACTGTGATAGAGGCTGAGGAATCCAAGAAAATGGCCAGTGAGATCAATGTGACGGCAGGGAAATGTATGTGTGTCTATTTTGTAACTGTAAAGATGAATGTCAGTTGTTATTTATTGAAATGATTTCACAGTGTGTGGTCAACATTTCTCATGTTGAAGCTTTAAGAACTAAAATGTTCTAAATATCCCTTGGACATTTTATGTCTTTCTTGTAAGGCATACTGCCTTGTTTAATGTTAATTATGCAGTGTTTCCCTCTGTGTTAGAGCAGAGAGGTTTCGATATTTATTGATGTTTTCACAAAGAACAGGAAAATAAAATATTTAAAAATAT
(配列番号2)
【0015】
ケモカインCXCL6遺伝子(以降、「CXCL6」という)
CXCL6は、ヒト染色体上の遺伝子座4q13.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_002993としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、CXCL6にはUniGene登録番号:Hs.164021が付与されている。ヒトのCXCL6の塩基配列を以下の配列番号3に示す。
CCAGTCTCCGCGCCTCCACCCAGCTCAGGAACCCGCGAACCCTCTCTTGACCACTATGAGCCTCCCGTCCAGCCGCGCGGCCCGTGTCCCGGGTCCTTCGGGCTCCTTGTGCGCGCTGCTCGCGCTGCTGCTCCTGCTGACGCCGCCGGGGCCCCTCGCCAGCGCTGGTCCTGTCTCTGCTGTGCTGACAGAGCTGCGTTGCACTTGTTTACGCGTTACGCTGAGAGTAAACCCCAAAACGATTGGTAAACTGCAGGTGTTCCCCGCAGGCCCGCAGTGCTCCAAGGTGGAAGTGGTAGCCTCCCTGAAGAACGGGAAGCAAGTTTGTCTGGACCCGGAAGCCCCTTTTCTAAAGAAAGTCATCCAGAAAATTTTGGACAGTGGAAACAAGAAAAACTGAGTAACAAAAAAGACCATGCATCATAAAATTGCCCAGTCTTCAGCGGAGCAGTTTTCTGGAGATCCCTGGACCCAGTAAGAATAAGAAGGAAGGGTTGGTTTTTTTCCATTTTCTACATGGATTCCCTACTTTGAAGAGTGTGGGGGAAAGCCTACGCTTCTCCCTGAAGTTTACAGCTCAGCTAATGAAGTACTAATATAGTATTTCCACTATTTACTGTTATTTTACCTGATAAGTTATTGAACCCTTTGGCAATTGACCATATTGTGAGCAAAGAATCACTGGTTATTAGTCTTTCAATGAATATTGAATTGAAGATAACTATTGTATTTCTATCATACATTCCTTAAAGTCTTACCGAAAAGGCTGTGGATTTCGTATGGAAATAATGTTTTATTAGTGTGCTGTTGAGGGAGGTATCCTGTTGTTCTTACTCACTCTTCTCATAAAATAGGAAATATTTTAGTTCTGTTTCTTGGGGAATATGTTACTCTTTACCCTAGGATGCTATTTAAGTTGTACTGTATTAGAACACTGGGTGTGTCATACCGTTATCTGTGCAGAATATATTTCCTTATTCAGAATTTCTAAAAATTTAAGTTCTGTAAGGGCTAATATATTCTCTTCCTATGGTTTTAGACGTTTGATGTCTTCTTAGTATGGCATAATGTCATGATTTACTCATTAAACTTTGATTTTGTATGCTATTTTTTCACTATAGGATGACTATAATTCTGGTCACTAAATATACACTTTAGATAGATGAAGAAGCCCAAAAACAGATAAATTCCTGATTGCTAATTTACATAGAAATGTATTCTCTTGGTTTTTTAAATAAAAGCAAAATTAACAATGATCTGTGCTCTGAAAGTTTTGAAAATATATTTGAACAATTTGAATATAAATTCATCATTTAGTCCTCAAAATATATATAGCATTGCTAAGATTTTCAGATATCTATTGTGGATCTTTTAAAGGTTTTGACCATTTTGTTATGAGGAATTATACATGTATCACATTCACTATATTAAAATTGCACTTTTATTTTTTCCTGTGTGTCATGTTGGTTTTTGGTACTTGTATTGTCATTTGGAGAAACAATAAAAGATTTCTAAACC
(配列番号3)
【0016】
セクレトグラニンII遺伝子(以降、「SCG2」という)
SCG2は、ヒト染色体上の遺伝子座2q36.1に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_003469としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、SCG2にはUniGene登録番号:Hs.516726が付与されている。ヒトのSCG2の塩基配列を以下の配列番号4に示す。
GTCAGGCGCAGCGGCTCCCTATAAGCAGAGGAGCTGTCCGTGTGCTGAAACGGCCCGAGAAGCTCGCCCGGAGAACGGGGAGGAATATGCTGTGGAGCTCCTCTGCCATATAAACAAAAAGAGGAAATCTTTCAAACATGGCTGAAGCAAAGACCCACTGGCTTGGAGCAGCCCTGTCTCTTATCCCTTTAATTTTCCTCATCTCTGGGGCTGAAGCAGCTTCATTTCAGAGAAACCAGCTGCTTCAGAAAGAACCAGACCTCAGGTTGGAAAATGTCCAAAAGTTTCCCAGTCCTGAAATGATCAGGGCTTTGGAGTACATAGAAAACCTCCGACAACAAGCTCATAAGGAAGAAAGCAGCCCAGATTATAATCCCTACCAAGGTGTCTCTGTCCCCCTTCAGCAAAAAGAAAATGGCGATGAAAGCCACTTGCCCGAGAGGGATTCACTGAGTGAAGAAGACTGGATGAGAATAATACTCGAAGCTTTGAGACAGGCTGAAAATGAGCCTCAGTCTGCACCAAAAGAAAATAAGCCCTATGCCTTGAATTCAGAAAAGAACTTTCCAATGGACATGAGTGATGATTATGAGACACAGCAGTGGCCAGAAAGAAAGCTTAAGCACATGCAATTCCCTCCTATGTATGAAGAGAATTCCAGGGATAACCCCTTTAAACGCACAAATGAAATAGTGGAGGAACAATATACTCCTCAAAGCCTTGCTACATTGGAATCTGTCTTCCAAGAGCTGGGGAAACTGACAGGACCAAACAACCAGAAACGTGAGAGGATGGATGAGGAGCAAAAACTTTATACGGATGATGAAGATGATATCTACAAGGCTAATAACATTGCCTATGAAGATGTGGTCGGGGGAGAAGACTGGAACCCAGTAGAGGAGAAAATAGAGAGTCAAACCCAGGAAGAGGTGAGAGACAGCAAAGAGAATATAGAAAAAAATGAACAAATCAACGATGAGATGAAACGCTCAGGGCAGCTTGGCATCCAGGAAGAAGATCTTCGGAAAGAGAGTAAAGACCAACTCTCAGATGATGTCTCCAAAGTAATTGCCTATTTGAAAAGGTTAGTAAATGCTGCAGGAAGTGGGAGGTTACAGAATGGGCAAAATGGGGAAAGGGCCACCAGGCTTTTTGAGAAACCTCTTGATTCTCAGTCTATTTATCAGCTGATTGAAATCTCAAGGAATTTACAGATACCCCCAGAAGACTTAATTGAGATGCTCAAAACTGGGGAGAAGCCGAATGGATCAGTGGAACCGGAGCGGGAGCTTGACCTTCCTGTTGACCTAGATGACATCTCAGAGGCTGACTTAGACCATCCAGACCTGTTCCAAAATAGGATGCTCTCCAAGAGTGGCTACCCTAAAACACCTGGTCGTGCTGGGACTGAGGCCCTACCAGACGGGCTCAGTGTTGAGGATATTTTAAATCTTTTAGGGATGGAGAGTGCAGCAAATCAGAAAACGTCGTATTTTCCCAATCCATATAACCAGGAGAAAGTTCTGCCAAGGCTCCCTTATGGTGCTGGAAGATCTAGATCGAACCAGCTTCCCAAAGCTGCCTGGATTCCACATGTTGAAAACAGACAGATGGCATATGAAAACCTGAACGACAAGGATCAAGAATTAGGTGAGTACTTGGCCAGGATGCTAGTTAAATACCCTGAGATCATTAATTCAAACCAAGTGAAGCGAGTTCCTGGTCAAGGCTCATCTGAAGATGACCTGCAGGAAGAGGAACAAATTGAGCAGGCCATCAAAGAGCATTTGAATCAAGGCAGCTCTCAGGAGACTGACAAGCTGGCCCCGGTGAGCAAAAGGTTCCCTGTGGGGCCCCCGAAGAATGATGATACCCCAAATAGGCAGTACTGGGATGAAGATCTGTTAATGAAAGTGCTGGAATACCTCAACCAAGAAAAGGCAGAAAAGGGAAGGGAGCATATTGCTAAGAGAGCAATGGAAAATATGTAAGCTGCTTTCATTAATTACCCTACTTTCATTCCTCCCACCCCAAGCAAATCCCAACATTTCTCTTCAGTGTGTTGACTTCTATCCTGTTAACACTGTAATATCTTTAAATGATGTACAGGCAGATGAAACCAGGTCACTGGGGAGTCTGCTTCATTTCCTCTGAGCTGTTATCTTGTGTATGGATATGTGTAAATGTTATGACTCCTTGATAAAAAATTTATTATGTCCATTATTCAAGAAAGATATCTATGACTGTGTTTAATAGTATATCTAATGGCTGTGGCATTGTTGATGCTCACATATGATAAAAAAGTGTCCTATAATTCTATTGAAAGTTTTTAATATTTATTGAATTATTTTGTTACTGTCTGTAGTGTTTTGTGGAGTACTGGACCAAAAAAATAAAGCATTATAAATATATAGTTTTATTTATAAGGCCTTTTCTATTGTGTGTTTTACTGTTGATTAATAAATGTTATTTCTGG
(配列番号4)
【0017】
トロンボスポンジンI型ドメイン2遺伝子(以降、「THSD2」という)
THSD2は、ヒト染色体上の遺伝子座6q22.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_032784としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、THSD2にはUniGene登録番号:Hs.135254が付与されている。ヒトのTHSD2の塩基配列を以下の配列番号5に示す。
CCCGGCGGCTCCTGGAACCCCGGTTCGCGGCGATGCCAGCCACCCCAGCGAAGCCGCCGCAGTTCAGTGCTTGGATAATTTGAAAGTACAATAGTTGGTTTCCCTGTCCACCCGCCCCACTTCGCTTGCCATCACAGCACGCCTATCGGATGTGAGAGGAGAAGTCCCGCTGCTCGGGCACTGTCTATATACGCCTAACACCTACATATATTTTAAAAACATTAAATATAATTAACAATCAAAAGAAAGAGGAGAAAGGAAGGGAAGCATTACTGGGTTACTATGCACTTGCGACTGATTTCTTGGCTTTTTATCATTTTGAACTTTATGGAATACATCGGCAGCCAAAACGCCTCCCGGGGAAGGCGCCAGCGAAGAATGCATCCTAACGTTAGTCAAGGCTGCCAAGGAGGCTGTGCAACATGCTCAGATTACAATGGATGTTTGTCATGTAAGCCCAGACTATTTTTTGCTCTGGAAAGAATTGGCATGAAGCAGATTGGAGTATGTCTCTCTTCATGTCCAAGTGGATATTATGGAACTCGATATCCAGATATAAATAAGTGTACAAAATGCAAAGCTGACTGTGATACCTGTTTCAACAAAAATTTCTGCACAAAATGTAAAAGTGGATTTTACTTACACCTTGGAAAGTGCCTTGACAATTGCCCAGAAGGGTTGGAAGCCAACAACCATACTATGGAGTGTGTCAGTATTGTGCACTGTGAGGTCAGTGAATGGAATCCTTGGAGTCCATGCACGAAGAAGGGAAAAACATGTGGCTTCAAAAGAGGGACTGAAACACGGGTCCGAGAAATAATACAGCATCCTTCAGCAAAGGGTAACCTGTGTCCCCCAACAAATGAGACAAGAAAGTGTACAGTGCAAAGGAAGAAGTGTCAGAAGGGAGAACGAGGAAAAAAAGGAAGGGAGAGGAAAAGAAAAAAACCTAATAAAGGAGAAAGTAAAGAAGCAATACCTGACAGCAAAAGTCTGGAATCCAGCAAAGAAATCCCAGAGCAACGAGAAAACAAACAGCAGCAGAAGAAGCGAAAAGTCCAAGATAAACAGAAATCGGTATCAGTCAGCACTGTACACTAGAGGGTTCCATGAGATTATTGTAGACTCATGATGCTGCTATCTCAACCAGATGCCCAGGACAGGTGCTCTAGCCATTAGGACCACAAATGGACATGTCAGTTATTGCTCTGTCTAAACAACATTCCCAGTAGTTGCTATATTCTTCATACAAGCATAGTTAACAACAAAGAGCCAAAAGATCAAAGAAGGGATACTTTCAGATGGTTGTCTTGTGTGCTTCTCTGCATTTTTAAAAGACAAGACATTCTTGTACATATTATCAATAGGCTATAAGATGTAACAACGAAATGATGACATCTGGAGAAGAAACATCTTTTCCTTATAAAAATGTGTTTTCAAGCTGTTGTTTTAAGAAGCAAAAGATAGTTCTGCAAATTCAAAGATACAGTATCCCTTCAAAACAAATAGGAGTTCAGGGAAGAGAAACATCCTTCAAAGGACAGTGTTGTTTTGACCGGGAGATCTAGAGAGTGCTCAGAATTAGGGCCTGGCATTTGGAATCACAGGATTTATCATCACAGAAACAACTGTTTTAAGATTAGTTCCATCACTCTCATCCTGTATTTTTATAAGAAACACAAGAGTGCATACCAGAATTGAATATACCATATGGGATTGGAGAAAGACAAATGTGGAAGAAATCATAGAGCTGGAGACTACTTTTGTGCTTTACAAAACTGTGAAGGATTGTGGTCACCTGGAACAGGTCTCCAATCTATGTTAGCACTATGTGGCTCAGCCTCTGTTACCCCTTGGATTATATATCAACCTGTAAACATGTGCCTGTAACTTACTTCCAAAAACAAAATCATACTTATTAGAAGAAAATTCTGATTTTATAGAAAAAAAATAGAGCAAGGAGAATATAACATGTTTGCAAAGTCATGTGCTTTCTTTCTCAATGAGGGAAAAACAATTTTATTACCTGCTTAATGGTCCACCTGGAACTAAAAGGGATACTATTTTCTAACAAGGTATATCTAGTAGGGGAGAAAGCCACCACAATAAATATATTTGTTAATAGTTTTTCAAGTTTTGTTCACTCTGTTTTATTGTTTGTTTTATTGAGAAATTCTTACTCTTAGAGACTCATGAATTAAGAAAGAGAATTCTGCTAACTCAGAGAACCTGGTTCCTATGTAATTCAGAATATATTACATTTCTCAGTAATATTTGTTTTTTGAATCCACCTTTATCTGAGCCAATGGAGATTTACTTATAGCGTATTAGGAGATATTT
(配列番号5)
【0018】
アンフィレグリン遺伝子(以降、「AREG」という)
AREGは、ヒト染色体上の遺伝子座4q13.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_001657としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、AREGにはUniGene登録番号:Hs.270833が付与されている。ヒトのAREGの塩基配列を以下の配列番号6に示す。
AGACGTTCGCACACCTGGGTGCCAGCGCCCCAGAGGTCCCGGGACAGCCCGAGGCGCCGCGCCCGCCGCCCCGAGCTCCCCAAGCCTTCGAGAGCGGCGCACACTCCCGGTCTCCACTCGCTCTTCCAACACCCGCTCGTTTTGGCGGCAGCTCGTGTCCCAGAGACCGAGTTGCCCCAGAGACCGAGACGCCGCCGCTGCGAAGGACCAATGAGAGCCCCGCTGCTACCGCCGGCGCCGGTGGTGCTGTCGCTCTTGATACTCGGCTCAGGCCATTATGCTGCTGGATTGGACCTCAATGACACCTACTCTGGGAAGCGTGAACCATTTTCTGGGGACCACAGTGCTGATGGATTTGAGGTTACCTCAAGAAGTGAGATGTCTTCAGGGAGTGAGATTTCCCCTGTGAGTGAAATGCCTTCTAGTAGTGAACCGTCCTCGGGAGCCGACTATGACTACTCAGAAGAGTATGATAACGAACCACAAATACCTGGCTATATTGTCGATGATTCAGTCAGAGTTGAACAGGTAGTTAAGCCCCCCCAAAACAAGACGGAAAGTGAAAATACTTCAGATAAACCCAAAAGAAAGAAAAAGGGAGGCAAAAATGGAAAAAATAGAAGAAACAGAAAGAAGAAAAATCCATGTAATGCAGAATTTCAAAATTTCTGCATTCACGGAGAATGCAAATATATAGAGCACCTGGAAGCAGTAACATGCAAATGTCAGCAAGAATATTTCGGTGAACGGTGTGGGGAAAAGTCCATGAAAACTCACAGCATGATTGACAGTAGTTTATCAAAAATTGCATTAGCAGCCATAGCTGCCTTTATGTCTGCTGTGATCCTCACAGCTGTTGCTGTTATTACAGTCCAGCTTAGAAGACAATACGTCAGGAAATATGAAGGAGAAGCTGAGGAACGAAAGAAACTTCGACAAGAGAATGGAAATGTACATGCTATAGCATAACTGAAGATAAAATTACAGGATATCACATTGGAGTCACTGCCAAGTCATAGCCATAAATGATGAGTCGGTCCTCTTTCCAGTGGATCATAAGACAATGGACCCTTTTTGTTATGATGGTTTTAAACTTTCAATTGTCACTTTTTATGCTATTTCTGTATATAAAGGTGCACGAAGGTAAAAAGTATTTTTTCAAGTTGTAAATAATTTATTTAATATTTAATGGAAGTGTATTTATTTTACAGCTCATTAAACTTTTTTAACCAAACAGAT
(配列番号6)
【0019】
ケモカインCXCL1遺伝子(以降、「CXCL1」という)
CXCL1は、ヒト染色体上の遺伝子座4q13.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_001511としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、CXCL1にはUniGene登録番号:Hs.789が付与されている。ヒトのCXCL1の塩基配列を以下の配列番号7に示す。
CACAGAGCCCGGGCCGCAGGCACCTCCTCGCCAGCTCTTCCGCTCCTCTCACAGCCGCCAGACCCGCCTGCTGAGCCCCATGGCCCGCGCTGCTCTCTCCGCCGCCCCCAGCAATCCCCGGCTCCTGCGAGTGGCACTGCTGCTCCTGCTCCTGGTAGCCGCTGGCCGGCGCGCAGCAGGAGCGTCCGTGGCCACTGAACTGCGCTGCCAGTGCTTGCAGACCCTGCAGGGAATTCACCCCAAGAACATCCAAAGTGTGAACGTGAAGTCCCCCGGACCCCACTGCGCCCAAACCGAAGTCATAGCCACACTCAAGAATGGGCGGAAAGCTTGCCTCAATCCTGCATCCCCCATAGTTAAGAAAATCATCGAAAAGATGCTGAACAGTGATAAAAATAAC
(配列番号7)
【0020】
ヒト染色体11q14.1に位置するオープンリーディングフレーム(以降、「spaplaw」という)
spaplawは、ヒト染色体上の遺伝子座11q14.1に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号CV336846としてGenBankに登録されている遺伝子である。ヒトのspaplawの塩基配列を以下の配列番号8に示す。
GCCCGTGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCCCCCGGCGCGCCGGGCCCGGGTCTTCCCGGAGTCGGGTTGCTTGGGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGGCACGAGACCGATAGTCAACAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGGTAAACGGGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGGAGGAAT
(配列番号8)
【0021】
インターロイキン6遺伝子(以降、「IL6」という)
IL6は、ヒト染色体上の遺伝子座7p15.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_000600としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、IL6にはUniGene登録番号:Hs.512234が付与されている。ヒトのIL6の塩基配列を以下の配列番号9に示す。
CCCACCGGGAACGAAAGAGAAGCTCTATCTCCCCTCCAGGAGCCCAGCTATGAACTCCTTCTCCACAAGCGCCTTCGGTCCAGTTGCCTTCTCCCTGGGGCTGCTCCTGGTGTTGCCTGCTGCCTTCCCTGCCCCAGTACCCCCAGGAGAAGATTCCAAAGATGTAGCCGCCCCACACAGACAGCCACTCACCTCTTCAGAACGAATTGACAAACAAATTCGGTACATCCTCGACGGCATCTCAGCCCTGAGAAAGGAGACATGTAACAAGAGTAACATGTGTGAAAGCAGCAAAGAGGCACTGGCAGAAAACAACCTGAACCTTCCAAAGATGGCTGAAAAAGATGGATGCTTCCAATCTGGATTCAATGAGGAGACTTGCCTGGTGAAAATCATCACTGGTCTTTTGGAGTTTGAGGTATACCTAGAGTACCTCCAGAACAGATTTGAGAGTAGTGAGGAACAAGCCAGAGCTGTGCAGATGAGTACAAAAGTCCTGATCCAGTTCCTGCAGAAAAAGGCAAAGAATCTAGATGCAATAACCACCCCTGACCCAACCACAAATGCCAGCCTGCTGACGAAGCTGCAGGCACAGAACCAGTGGCTGCAGGACATGACAACTCATCTCATTCTGCGCAGCTTTAAGGAGTTCCTGCAGTCCAGCCTGAGGGCTCTTCGGCAAATGTAGCATGGGCACCTCAGATTGTTGTTGTTAATGGGCATTCCTTCTTCTGGTCAGAAACCTGTCCACTGGGCACAGAACTTATGTTGTTCTCTATGGAGAACTAAAAGTATGAGCGTTAGGACACTATTTTAATTATTTTTAATTTATTAATATTTAAATATGTGAAGCTGAGTTAATTTATGTAAGTCATATTTATATTTTTAAGAAGTACCACTTGAAACATTTTATGTATTAGTTTTGAAATAATAATGGAAAGTGGCTATGCAGTTTGAATATCCTTTGTTTCAGAGCCAGATCATTTCTTGGAAAGTGTAGGCTTACCTCAAATAAATGGCTAACTTATACATATTTTTAAAGAAATATTTATATTGTATTTATATAATGTATAAATGGTTTTTATACCAATAAATGGCATTTTAAAAAATTCAAAAAAAAAAAAAAA
(配列番号9)
【0022】
ユビキチン特異的プロテアーゼ遺伝子(以降、「USP49」という)
USP49は、ヒト染色体上の遺伝子座6p21.1に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_018561としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、USP49にはUniGene登録番号:Hs.269254が付与されている。ヒトのUSP49の塩基配列を以下の配列番号10に示す。
CGCGCCCTGGTGACAGCTCGCGCGTGCTGATGATGGCGATTCTTTGGATGGGAAGAGACCTTGAAAGGACCTCTAGTTTATCCTGCAACTCCAGTCAATATCCCACTTAAATCATTCCAGGTAATAGAGAAGAGGAAACCTAACCAATGACTGTGGAATAATATGGAAGAAGATGGAAAAAACTTGTTTAATGGGTTGAGAAAGTGGCGACTTCTATAAGACATGGATAGATGCAAACATGTAGGGCGGTTACGGCTCGCCCAGGACCACTCCATCCTGAACCCTCAGAAGTGGTGCTGCTTAGAGTGTGCCACCACCGAGTCCGTGTGGGCCTGCCTCAAGTGCTCCCACGTGGCCTGCGGCCGCTATATTGAGGACCACGCCCTGAAACACTTTGAGGAGACGGGACACCCGCTAGCCATGGAAGTCCGGGATCTCTACGTGTTCTGTTACCTGTGCAAGGACTACGTGCTCAATGATAACCCAGAGGGGGACCTGAAGCTGCTAAGAAGCTCCCTCCTGGCGGTCCGGGGCCAGAAACAGGACACGCCGGTGAGACGTGGGCGGACGCTGCGGTCCATGGCTTCGGGTGAGGACGTGGTCCTGCCGCAGCGCGCTCCTCAGGGACAGCCGCAGATGCTCACGGCTCTGTGGTACCGGCGTCAGCGCCTGCTGGCCAGGACGCTGCGGCTGTGGTTCGAGAAGAGCTCCCGGGGCCAGGCGAAGCTGGAGCAGCGGCGGCAGGAGGAGGCCCTGGAGCGCAAGAAGGAGGAGGCGCGGAGGCGGCGGCGCGAGGTGAAACGGCGGCTGCTGGAGGAGCTGGCCAGCACCCCTCCGCGCAAGAGTGCACGGCTGCTCCTGCACACGCCCCGCGACGCGGGCCCGGCTGCCTCGCGCCCCGCCGCCCTCCCTACCTCACGCAGAGTGCCCGCCGCCACACTCAAGCTGCGTCGCCAGCCGGCCATGGCCCCAGGCGTCACGGGCCTGCGCAACCTGGGCAACACCTGCTACATGAACTCCATCCTCCAGGTGCTCAGCCACCTCCAGAAGTTCCGAGAATGTTTCCTCAACCTTGACCCTTCCAAAACGGAACATCTGTTTCCCAAAGCCACCAACGGGAAGACTCAGCTTTCTGGCAAGCCAACCAACAGCTCGGCCACGGAGCTGTCCTTGAGAAATGACAGGGCCGAGGCATGCGAGCGGGAGGGCTTCTGCTGGAACGGCAGGGCCTCCATTAGTCGGAGTCTGGAGCTCATCCAGAACAAGGAGCCGAGTTCAAAGCACATTTCCCTCTGCCGTGAACTGCACACCCTCTTCCGAGTCATGTGGTCCGGGAAGTGGGCCCTAGTGTCGCCCTTCGCCATGCTGCACTCAGTGTGGAGCCTGATCCCTGCCTTCCGCGGCTACGACCAACAGGACGCGCAGGAATTTCTCTGCGAGCTGCTGCACAAGGTGCAGCAGGAACTCGAGTCTGAGGGCACCACACGCCGGATCCTCATCCCCTTCTCCCAGAGGAAGCTCACCAAACAGGTCTTAAAGGTGGTGAATACCATATTTCATGGGCAGCTGCTCAGTCAGGTCACATGTATATCATGCAATTACAAATCCAATACCATTGAGCCCTTTTGGGACCTATCCCTGGAATTCCCTGAACGCTATCACTGCATAGAAAAGGGGTTTGTCCCTTTGAATCAAACAGAGTGCTTGCTCACTGAGATGCTGGCCAAATTCACAGAGACAGAGGCCCTGGAAGGGAGAATCTACGCTTGTGACCAGTGTAACAGCAAACGACGAAAATCCAATCCCAAACCCCTTGTTCTGAGTGAAGCTAGAAAGCAGTTAATGATCTACAGACTACCTCAGGTTCTCCGGCTGCACCTTAAAAGATTCAGGTGGTCTGGCCGTAATCATCGAGAGAAGATTGGGGTCCATGTCGTCTTTGACCAGGTATTAACCATGGAACCTTACTGCTGCAGGGACATGCTCTCCTCTCTTGACAAAGAGACCTTTGCCTATGATCTCTCCGCAGTGGTCATGCATCACGGGAAAGGGTTTGGCTCAGGACACTACACAGCCTATTGCTACAACACAGAGGGAGGTGCGTGCGCTTTACTCTGTGGGGTGGGGGACACGGAAAGGGGTTGATTTGTCCACATTTTATTGTTTTCCTTTTATTTCCATCCCATGGATTACCTAGAGGGAAATTACATACATCAAAAATCCAGTGGAAAGAATTGTGAAAATTGGGTTGGGCGCCGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCGCTTTGGGAGGCCGCGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTTAAACCCCGTCTCTACTAAAATAGTACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGGCACTGGTAATCCCAGGTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTATGCCACTGCACTTCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAATAAAAAGAATTATGAAAGTTGGATTCAAATTTTGGGTATATTACTAAGTAACAACATATGGTTGTTCTAAGAATTAAAAGGAACTGACATGTAAAAGTGCTTAGAACAGGACCTAGGCCCTGTGCAATGGCTCACACCTGTAATTCCAACACTTTGGGAGGCAGAGGCGGGAGGATTGCTTGAGGCCGAGGGTTCAAGACTAGCCTGGGCAACATAGCGAGACTGCATCTCTACAAAAAATTTAAAAATTATCCAGGTGTAATGGTGTGCACCTGTGATCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGAATTGCTCAAGCCCAGGAGTTTGAAGTTGCAATGAGCTATGATTTCACCACTGCATTCTAGCCTGGGCAACAGAGTGAGATCCTGACTCAAATAAATAAATAAGAAGAGCAGTTGCCTACCACATAGTACTTATTCAGTCAGTGTTAGAGGATATTGTAGTATTATCAAAAGTATTGGTTATTGATAATATTACTGTTTTGTGGTAATGCTACTTCTGCACACCCCAGTTTCCTTCTTGGTTATGCAGAAACAGTAGAACCTGTGTAACCTCAAGGAGATATTGTATGAATCTCACTAGCCGCAGCTTATAATAAAGCCGAGAACATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA
(配列番号10)
【0023】
インターロイキン8遺伝子(以降、「IL8」という)
IL8は、ヒト染色体上の遺伝子座4q13.3に位置することが知られ、かつ、そのcDNA塩基配列情報がアクセッション番号NM_000584としてGenBankに登録されている遺伝子である。また、IL8にはUniGene登録番号:Hs.624が付与されている。ヒトのIL8の塩基配列を以下の配列番号11に示す。
ATGACTTCCAAGCTGGCCGTGGCTCTCTTGGCAGCCTTCCTGATTTCTGCAGCTCTGTGTGAAGGTGCAGTTTTGCCAAGGAGTGCTAAAGAACTTAGATGTCAGTGCATAAAGACATACTCCAAACCTTTCCACCCCAAATTTATCAAAGAACTGAGAGTGATTGAGAGTGGACCACACTGCGCCAACACAGAAATTATTGTAAAGCTTTCTGATGGAAGAGAGCTCTGTCTGGACCCCAAGGAAAACTGGGTGCAGAGGGTTGTGGAGAAGTTTTTGAAGAGGGCTGAG
(配列番号11)
【0024】
配列番号1〜11で示される塩基配列は、ヒトにおいて見いだされた各遺伝子の塩基配列であるが、本発明では、ヒト以外の生物種に存在する該当遺伝子も使用することができる。
ヒト以外の生物種における11種類の遺伝子の塩基配列は、前述の「UniGene登録番号」を用いて、NIHのホームページ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=UniGene)から入手することができる。
【0025】
尚、11種類の遺伝子のうち、CXCL2、CXCL6、CXCL1及びIL8はいずれも、CXCモチーフをもつリガンドタンパク質のうち好中球の走化性に関係するもの(ケモカイン)であってCXCR2受容体を標的とするものをコードする遺伝子である。したがって、CXCL2、CXCL6、CXCL1及びIL8以外のCXCR2受容体を標的とするケモカインの遺伝子、例えば、ケモカインCXCL3遺伝子(CXCL3)も本発明に使用することができる。
【0026】
これらの遺伝子の中では、低線量放射線被ばくに応答した発現量の増加が高い点で、CXCL2、IL8、IL6及びCXCL6が好ましく、これらの中ではCXCL2及びIL8が更に好ましく、CXCL2が特に好ましい。
【0027】
発現量を測定する遺伝子の種類は、前記11種類の遺伝子のうちの1つであれば低線量放射線被ばくの検出には足りるが、検出精度をより高める点で1種以上の遺伝子の発現量を測定することが好ましい。
遺伝子発現量の測定手段としては、遺伝子発現を定量的に測定することができるものであれば特に制限なく使用することができる。具体例としては、HiCEP法、リアルタイムRT-PCR法、競合的PCR法、DNAマイクロアレイ法及び遺伝子発現産物に対する抗体を用いて定量する方法等が挙げられる。これらの中では、測定結果の再現性に優れる(適切に管理された解析条件下で、発現が変化しない遺伝子の発現値を±20%以下の実験誤差で再現できることが証明されている(Fukumura, R. et al. A sensitive transcriptome analysis method that can detect unknown transcripts. Nucleic Acids Res. 31, e94 (2003))HiCEP法が好ましい。
【0028】
HiCEP法
HiCEP法は、以下の工程:(1)サンプルのmRNAからcDNAを合成する工程;(2)cDNAを制限酵素で消化し、アダプター(次工程で用いるPCRプライマーとハイブリダイズ可能な配列を有する)を結合させる工程;(3)アダプター結合cDNA断片を鋳型としてPCR反応を行う工程;及び(4)得られたPCR産物を電気泳動により分離する工程を含む遺伝子発現解析方法である(国際公開第02/48352号パンフレット及び国際公開第2004/113526号パンフレット)。
HiCEP法は、本来、不特定多数の遺伝子に対する網羅的な遺伝子発現解析を行うために256種類のプライマーセットを用いて行われるが、特定遺伝子(前記11種類の遺伝子の少なくとも1種)の発現にのみ着目して行うことにより、本発明へ好適に適用することができる。具体的には、通常のHiCEP法ではPCR工程において256種類のPCRプライマーセットを用いるところ、前記11種類の遺伝子のうち測定する遺伝子に対応する種類のPCRプライマーセットを用いることにより、HiCEP法を本発明へ好適に適用することができる。
以下に、HiCEP法で使用する各遺伝子に対応するプライマーセットの例を示す。
【0029】
smamer用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGC-3'(配列番号12)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAAT-3'(配列番号13)
【0030】
CXCL2用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAC-3'(配列番号14)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACC-3'(配列番号15)
【0031】
CXCL6用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAA-3'(配列番号16)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAGG-3'(配列番号17)
【0032】
SCG2用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGTG-3'(配列番号18)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACA-3'(配列番号19)
【0033】
THSD2用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGA-3'(配列番号20)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAAA-3'(配列番号21)
【0034】
AREG用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGTG-3'(配列番号22)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACT-3'(配列番号23)
【0035】
CXCL1用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAC-3'(配列番号24)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACT-3'(配列番号25)
【0036】
spaplaw用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGC-3'(配列番号26)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAGA-3'(配列番号27)
【0037】
IL6用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGA-3'(配列番号28)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAAG-3'(配列番号29)
【0038】
USP49用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAT-3'(配列番号30)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAGA-3'(配列番号31)
【0039】
尚、(前記11種類の遺伝子に対応しないプライマーセットを含む)256種類のプライマーセットを用いてHiCEP法を行った場合でも、特定遺伝子(前記11種類の遺伝子の少なくとも1種)の発現に着目することにより、HiCEP法を本発明に適用することができる。
【0040】
リアルタイムRT-PCR法
RT-PCR法は、当該技術分野で一般的に用いられているものを特に制限なく使用することができる。
RT-PCR法は、例えば、「バイオ実験イラストレイテッド (3)新版 本当にふえるPCR」、中山広樹 著、秀潤社、2002年、第2版、第4刷に記載の方法にしたがい行うことができる。
前記11種類の遺伝子のうち、単一のエキソンのみから構成される遺伝子(smamer及びspaplaw)では、ゲノムDNAとcDNAとが同一配列を有する。そのため、サンプル中にゲノムDNAが混入した場合、mRNAから合成されたcDNAでだけでなく混入ゲノムDNAも鋳型としてPCR反応に関与してしまうため、正確な遺伝子発現の定量が困難になる。したがって、ゲノムDNAの混入を最小限にするために、mRNA精製の過程でDNase(DNA分解酵素)を用いてゲノムDNAを選択的に除去することが好ましい。
その際に用いる11種類の遺伝子に対するプライマーは、11種類の遺伝子の塩基配列に相補的な配列を含んでおり、かつ、PCRプライマーとして一般的に要求される条件(例えば、「バイオ実験イラストレイテッド (3)新版 本当にふえるPCR」、中山広樹 著、秀潤社、2002年、第2版、第4刷に記載される条件)を満たしているものであれば、特に制限なく使用することができる。
尚、前記11種類の遺伝子のうち、複数のエキソンから構成される遺伝子(例えば、CXCL2遺伝子は4つのエキソンから構成される)を用いる場合には、PCRプライマーと混入ゲノムDNAとのハイブリダイズを回避するため、当該プライマーの塩基配列が2つのエキソンにまたがって相補的である(すなわち、スプライシング後に生成するmRNAの塩基配列に対してのみ相補的である)ようにプライマーを設計することが好ましい。
【0041】
具体例としては、下記のカタログ番号に基づいて、アプライドバイオシステムズから入手することができるプライマーが挙げられる。

尚、上記のカタログ番号に基づいて入手できる製品には、各遺伝子用のForwardプライマー、Reverseプライマー及びTaqManプローブが含まれる。
【0042】
smamerについては、以下の配列を有するプライマー及びTaqManプローブを使用することができる。
(Forward)5'-TCCCGTGCACAGCTGACAT-3'(配列番号32)
(Reverse)5'-CCGCTGAGGTTATTCTGGCTACT-3'(配列番号33)
(TaqManプローブ)5'-CCAAGGGAACGTCCGCGGC-3'(配列番号34)
【0043】
競合的PCR法
競合的PCR法では、段階的に希釈した既知量の競合cDNA(測定対象遺伝子(前記11種類の遺伝子の1種類以上)のcDNAを特異的に増幅させるプライマー対によって増幅するが、鎖長等により測定対象遺伝子cDNAとは区別できるように設計されている)を、サンプル(測定対象遺伝子のcDNAを含む)へ添加してPCRを行う。この方法では、測定対象遺伝子cDNAと競合cDNAとの間で同一プライマーの奪い合いが起こるので、両cDNAの量が同じであるときには両PCR産物の量が同じになる。競合cDNAの添加量は既知であるので、測定対象遺伝子のcDNA量(すなわち、発現量)を定量することができる。
具体的には、例えば、「バイオ実験イラストレイテッド (3)新版 本当にふえるPCR」、中山広樹 著、秀潤社、2002年、第2版、第4刷に記載の方法にしたがい行うことができる。
【0044】
DNAマイクロアレイ法
DNAマイクロアレイ法では、前記11種類の遺伝子の1種類以上に対応するプローブをスライドガラス上に固定化させたDNAマイクロアレイを用いて、前述の競合的PCRを行う。
具体的には、例えば「DNAマイクロアレイ」Mark Schena編、加藤郁之進 監訳に記載の方法にしたがい行うことができる。
スライドガラスへ固定化する11種類の遺伝子の1種類以上に対応するプローブは、例えば、前述の配列番号1〜11に記載の塩基配列に基づいて適宜設計することができる。
例えば、Affimetrix社がインターネット上で提供しているサービスNETAFFX ANALYSIS CENTERE(http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx)を利用して、プローブを設計することができる。具体例としては、以下のプローブを使用することができる。
【0045】
CXCL2用のプローブ
GATTTCACAATAATATTGCACTGGG(配列番号35)
TGGGTATATAACTGGTTGCCACCAC(配列番号36)
TGGTTGCCACCACCTATTAGCCATG(配列番号37)
CACCTATTAGCCATGTCACTCAGAG(配列番号38)
TAGCCATGTCACTCAGAGACAATAT(配列番号39)
TTATTTAGTTTATCTGAGACTCAGC(配列番号40)
AATGGTAGCTACATCATGAGGTTGC(配列番号41)
TTTAGCCAGTAAAACAGTGTAGACT(配列番号42)
CCCATTCCTAAAAGAGCATCCCAAG(配列番号43)
AAGAGCATCCCAAGCCTAGAGGTTG(配列番号44)
ATCCCAAGCCTAGAGGTTGCTTTGA(配列番号45)
【0046】
CXCL6用のプローブ
AGGGCTAATATATTCTCTTCCTATG(配列番号46)
ATTCTCTTCCTATGGTTTTAGATGT(配列番号47)
TGTTTGATGTCTTCTTAGTATGGCA(配列番号48)
TGGCATAATGTCATGATTTACTCAT(配列番号49)
CTTTGATTTTGTATGCTATTTTTTC(配列番号50)
AATTCTGGTCACTAAATATACACTT(配列番号51)
TTAACAATGATCTGTGCTCTGCAAA(配列番号52)
TATAAATTCATCATTTAGTCCTCAA(配列番号53)
TTTTTCCTGTGTGTCATGTTGGTTT(配列番号54)
GTGTCATGTTGGTTTTTGGTACTTG(配列番号55)
GGTTTTTGGTACTTGTATTGTCATT(配列番号56)
【0047】
SCG2用のプローブ
CCCGGTGAGCAAAAGGTTCCCTGTG(配列番号57)
TCCCTGTGGGGCCCCCGAAGAATGA(配列番号58)
ATGATACCCCAAATAGGCAGTACTG(配列番号59)
GAAAGTGCTGGAATACCTCAATCAA(配列番号60)
CATTAATTACCCTACTTTCATTCCT(配列番号61)
AGTGTGTTGACTTCTATCCTGTTAA(配列番号62)
CAGGCAGATGAAACCAGGTCACTGG(配列番号63)
CTGAGCTGTTATCTTGTGTATGGAT(配列番号64)
GTGTAAATGTTATGACTCCTTGATA(配列番号65)
GCTGTGGCATTGTTGATGCTCACAT(配列番号66)
GTTACTGTCTGTAGCGTTTTGTGGA(配列番号67)
【0048】
THSD2用のプローブ
GACAGTGTTGTTTTGACCGGGAGAT(配列番号68)
GAGTGCTCAGAATTAGGGCCTGGCA(配列番号69)
TAAGATTAGTTCCATCACTCTCATC(配列番号70)
GCTGGAGACTACTTTTGTGCTTTAC(配列番号71)
ACAGGTCTCCAATCTATGTTAGCAC(配列番号72)
AGCACTATGTGGCTCAGCCTCTGTT(配列番号73)
CCTCTGTTACCCCTTGGATTATATA(配列番号74)
TATCAACCTGTAAACATGTGCCTGT(配列番号75)
CATGTGCCTGTAACTTACTTCCAAA(配列番号76)
TTATTACCTGCTTAATGGTCCACCT(配列番号77)
GTAGGGGAGAAAGCCACCACAATAA(配列番号78)
【0049】
AREG用のプローブ
GCGTGAAGAGGAATATTTCGTTGAT(配列番号79)
TCGTTGATAATGAAAGTGAGCAGCT(配列番号80)
GATAATGAAAGTGAGCAGCTAGGGA(配列番号81)
GGAAATCAAGAACACACTTAAAGTT(配列番号82)
GTTTGTCAGAAGAAGGAACTTTATT(配列番号83)
AGATGATGTCATTTCAGTTATTGAT(配列番号84)
GTCATTTCAGTTATTGATTGTCTAA(配列番号85)
ATTGATTGTCTAACTTCAGTAGGTT(配列番号86)
GATTGTCTAACTTCAGTAGGTTTAA(配列番号87)
GTCTAACTTCAGTAGGTTTAAGAGT(配列番号88)
TAAGAGTTACTTGAGGGCTGGGCAC(配列番号89)
【0050】
CXCL1用のプローブ
TATGATTAACTCTACCTGCACACTG(配列番号90)
CTACCTGCACACTGTCCTATTATAT(配列番号91)
TGTCCTATTATATTCATTCTTTTTG(配列番号92)
AATGTTTTCAAATGTTCTCCAGTCA(配列番号93)
ATGTTCTCCAGTCATTATGTTAATA(配列番号94)
TGTTAATATTTCTGAGGAGCCTGCA(配列番号95)
CTGTGATAGAGGCTGGCGGATCCAA(配列番号96)
GGCTGGCGGATCCAAGCAAATGGCC(配列番号97)
GGCAGGGGAATGTATGTGCACATCT(配列番号98)
GTGCACATCTGTTTTGTAACTGTTT(配列番号99)
TTTACAGTGTTTCTGGCTTAGAACA(配列番号100)
【0051】
IL6用のプローブ
ATGCCAGCCTGCTGACGAAGCTGCA(配列番号101)
CGAAGCTGCAGGCACAGAACCAGTG(配列番号102)
CATGACAACTCATCTCATTCTGCGC(配列番号103)
TTCTGCGCAGCTTTAAGGAGTTCCT(配列番号104)
AGCCTGAGGGCTCTTCGGCAAATGT(配列番号105)
GGCAAATGTAGCATGGGCACCTCAG(配列番号106)
GGGCACCTCAGATTGTTGTTGTTAA(配列番号107)
TGTTAATGGGCATTCCTTCTTCTGG(配列番号108)
AAACCTGTCCACTGGGCACAGAACT(配列番号109)
GAATATCCTTTGTTTCAGAGCCAGA(配列番号110)
GGAAAGTGTAGGCTTACCTCAAATA(配列番号111)
【0052】
USP49用のプローブ
GGTAAACACCGTAACGATTATGTAT(配列番号112)
CAAGGTTGTTGCATGCTTCTATTTT(配列番号113)
GCATGCTTCTATTTTTTCATTCCAA(配列番号114)
ATTGCATTGCAGATTCCCCATCCAC(配列番号115)
TCCCCATCCACCTTTTTAGCTAGAA(配列番号116)
TAGCTAGAAAACTGCCCTGGACTTG(配列番号117)
GCCCTGGACTTGTTATATTCTATGA(配列番号118)
GCAAAATCTGTTTATACCCTCACTA(配列番号119)
AGTATTTTCTCTTTATGTGTGCCTA(配列番号120)
CTAAGTGATATACCAATTTCCCCAT(配列番号121)
ATGATTATTATTGAAACCCTGTCTC(配列番号122)
【0053】
IL8用のプローブ
GTACCCAGTTAAATTTTCATTTCAG(配列番号123)
GTATAAGTACATTATTGTTTATCTG(配列番号124)
AACAATCCTAGTTTGATACTCCCAG(配列番号125)
TCCTAGTTTGATACTCCCAGTCTTG(配列番号126)
CCAGTCTTGTCATTGCCAGCTGTGT(配列番号127)
GCTGTGTTGGTAGTGCTGTGTTGAA(配列番号128)
AACAGCCAAAACTCCACAGTCAATA(配列番号129)
ATATTAGTAATTTCTTGCTGGTTGA(配列番号130)
AAGATGTTTTTATGTGCTCTCCAAA(配列番号131)
TTTTATGTGCTCTCCAAATTTTTTT(配列番号132)
TTTTTTTTACTGTTTCTGATTGTAT(配列番号133)
【0054】
遺伝子発現産物を用いて測定する方法
前記11種類の遺伝子の遺伝子発現産物を指標にして遺伝子発現量を測定することもできる。例えば、遺伝子発現産物であるタンパク質に対する抗体を用いての、酵素免疫定量法(ELISAを含む)、免疫沈降反応法、ゲル内二重拡散法、免疫電気泳動法、定量沈降反応、放射免疫定量法、ウェスタンブロッティング法、プロテインチップ法等の公知の測定方法を用いることができる。
例えば、酵素免疫定量法は、「抗ペプチド抗体実験プロトコール」、細胞工学別冊 大海 忍ら著、秀潤社 に記載の方法にしたがい行うことができる。
測定に使用する抗体は、例えば、前述の配列番号1〜11に記載の塩基配列から推定されるアミノ酸配列に基づいて作成した抗原ペプチドを用いて動物を免疫することにより作成することができる。例えば、以下の抗原ペプチドを認識する抗体を使用することができる。
【0055】
smamer抗体用の抗原ペプチド(予測配列)(読み枠(open reading frame)のずれにより、異なるアミノ酸配列が抗原ペプチドを構成する可能性がある。この場合は、前述のアクセッション番号よりGenBankから入手可能な塩基配列情報から修正後の読み枠に基づいて抗原ペプチド配列を決定することができる。)
LTPSQGPFWAFPEEAPKYLLCHSPSAREGPEARSVLKPHPLLAQLLPAGLIPQDRRCFRTPSLPYTSDMREDTRPGMPTPACLNSPGLPCTADISKGTSAAGLTLTASK
(配列番号134)
【0056】
CXCL2抗体用の抗原ペプチド
MARATLSAAPSNPRLLRVALLLLLLVAASRRAAGAPLATELRCQCLQTLQGIHLKNIQSVKVKSPGPHCAQTEVIATLKNGQKACLNPASPMVKKIIEKMLKNGKSN
(配列番号135)
【0057】
CXCL6抗体用の抗原ペプチド
MSLPSSRAARVPGPSGSLCALLALLLLLTPPGPLASAGPVSAVLTELRCTCLRVTLRVNPKTIGKLQVFPAGPQCSKVEVVASLKNGKQVCLDPEAPFLKKVIQKILDSGNKKN
(配列番号136)
【0058】
SCG2抗体用の抗原ペプチド
MAEAKTHWLGAALSLIPLIFLISGAEAASFQRNQLLQKEPDLRLENVQKFPSPEMIRALEYIENLRQQAHKEESSPDYNPYQGVSVPLQQKENGDESHLPERDSLSEEDWMRIILEALRQAENEPQSAPKENKPYALNSEKNFPMDMSDDYETQQWPERKLKHMQFPPMYEENSRDNPFKRTNEIVEEQYTPQSLATLESVFQELGKLTGPNNQKRERMDEEQKLYTDDEDDIYKANNIAYEDVVGGEDWNPVEEKIESQTQEEVRDSKENIGKNEQINDEMKRSGQLGIQEEDLRKESKDQLSDDVSKVIAYLKRLVNAAGSGRLQNGQNGERATRLFEKPLDSQSIYQLIEISRNLQIPPEDLIEMLKTGEKPNGSVEPERELDLPVDLDDISEADLDHPDLFQNRMLSKSGYPKTPGRAGTEALPDGLSVEDILNLLGMESAANQKTSYFPNPYNQEKVLPRLPYGAGRSRSNQLPKAAWIPHVENRQMAYENLNDKDQELGEYLARMLVKYPEIINSNQVKRVPGQGSSEDDLQEEEQIEQAIKEHLNQGSSQETDKLAPVSKRFPVGPPKNDDTPNRQYWDEDLLMKVLEYLNQEKAEKGREHIAKRAMENM
(配列番号137)
【0059】
THSD2抗体用の抗原ペプチド
MHLRLISWLFIILNFMEYIGSQNASRGRRQRRMHPNVSQGCQGGCATCSDYNGCLSCKPRLFFALERIGMKQIGVCLSSCPSGYYGTRYPDINKCTKCKADCDTCFNKNFCTKCKSGFYLHLGKCLDNCPEGLEANNHTMECVSIVHCEVSEWNPWSPCTKKGKTCGFKRGTETRVREIIQHPSAKGNLCPPTNETRKCTVQRKKCQKGERGKKGRERKRKKPNKGESKEAIPDSKSLESSKEIPEQRENKQQQKKRKVQDKQKSVSVSTVH
(配列番号138)
【0060】
AREG抗体用の抗原ペプチド
MRAPLLPPAPVVLSLLILGSGHYAAGLDLNDTYSGKREPFSGDHSADGFEVTSRSEMSSGSEISPVSEMPSSSEPSSGADYDYSEEYDNEPQIPGYIVDDSVRVEQVVKPPQNKTESENTSDKPKRKKKGGKNGKNRRNRKKKNPCNAEFQNFCIHGECKYIEHLEAVTCKCQQEYFGERCGEKSMKTHSMIDSSLSKIALAAIAAFMSAVILTAVAVITVQLRRQYVRKYEGEAEERKKLRQENGNVHAIA
(配列番号139)
【0061】
CXCL1抗体用の抗原ペプチド
MARAALSAAPSNPRLLRVALLLLLLVAAGRRAAGASVATELRCQCLQTLQGIHPKNIQSVNVKSPGPHCAQTEVIATLKNGRKACLNPASPIVKKIIEKMLNSDKSN
(配列番号140)
【0062】
spaplaw抗体用の抗原ペプチド(予測配列)(読み枠(open reading frame)のずれにより、異なるアミノ酸配列が抗原ペプチドを構成する可能性がある。この場合は、前述のアクセッション番号よりGenBankから入手可能な塩基配列情報から修正後の読み枠に基づいて抗原ペプチド配列を決定することができる。)
KLARVFQESGCLGMQPKAGGKLHLRLNTGTRPIVNKYRKGKLKRTLKREYKRA
(配列番号141)
【0063】
IL6抗体用の抗原ペプチド
MNSFSTSAFGPVAFSLGLLLVLPAAFPAPVPPGEDSKDVAAPHRQPLTSSERIDKQIRYILDGISALRKETCNKSNMCESSKEALAENNLNLPKMAEKDGCFQSGFNEETCLVKIITGLLEFEVYLEYLQNRFESSEEQARAVQMSTKVLIQFLQKKAKNLDAITTPDPTTNASLLTKLQAQNQWLQDMTTHLILRSFKEFLQSSLRALRQM
(配列番号142)
【0064】
USP49抗体用の抗原ペプチド
MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKHFEETGHPLAMEVRDLYVFCYLCKDYVLNDNPEGDLKLLRSSLLAVRGQKQDTPVRRGRTLRSMASGEDVVLPQRAPQGQPQMLTALWYRRQRLLARTLRLWFEKSSRGQAKLEQRRQEEALERKKEEARRRRREVKRRLLEELASTPPRKSARLLLHTPRDAGPAASRPAALPTSRRVPAATLKLRRQPAMAPGVTGLRNLGNTCYMNSILQVLSHLQKFRECFLNLDPSKTEHLFPKATNGKTQLSGKPTNSSATELSLRNDRAEACEREGFCWNGRASISRSLELIQNKEPSSKHISLCRELHTLFRVMWSGKWALVSPFAMLHSVWSLIPAFRGYDQQDAQEFLCELLHKVQQELESEGTTRRILIPFSQRKLTKQVLKVVNTIFHGQLLSQVTCISCNYKSNTIEPFWDLSLEFPERYHCIEKGFVPLNQTECLLTEMLAKFTETEALEGRIYACDQCNSKRRKSNPKPLVLSEARKQLMIYRLPQVLRLHLKRFRWSGRNHREKIGVHVVFDQVLTMEPYCCRDMLSSLDKETFAYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNTEGGACALLCGVGDTERG
(配列番号143)
【0065】
IL8抗体用の抗原ペプチド
MTSKLAVALLAAFLISAALCEGAVLPRSAKELRCQCIKTYSKPFHPKFIKELRVIESGPHCANTEIIVKLSDGRELCLDPKENWVQRVVEKFLKRAENS
(配列番号144)
【0066】
上記の方法はいずれも遺伝子自体の発現事象を直接測定しているが、遺伝子のシスエレメントを利用した測定も可能である。例えば、遺伝子から分離したシスエレメント(例えば、プロモーター)とレポーター遺伝子(例えば、ルシフェラーゼ遺伝子やGFP遺伝子)とを結合した発現ベクターを導入したテスター細胞を用いて、低線量放射線被ばくによるシスエレメントの活性化に起因するレポーター遺伝子の発現(蛍光発光)を測定することにより、当該遺伝子の発現を間接的に評価することもできる。
各遺伝子について、シスエレメントが含まれることが予想される各遺伝子の上流塩基配列(翻訳開始コドンATGから遡って1000bp)を以下に示す。
【0067】
smamerの上流塩基配列
CAGAAGAGTTAAGATTTTATTTCCTCCCTCTGGAATCCATGTCGCTATCATGCATTTATCAACTGACAGTGCAGTGTGGTGAGCCATGAGATTAAAACGATGATGAAATAATGACAGCGAATTGGAGAGGGAGGAAGAGCGGAGCCTGGGGTTCCGACGTGCCTGCGTCCCAGTACTCAGGGAGCCCGGGTCACCATCTGTCACTGTGCCGCTTGTTCTGCGCCAAGGAAAAGGAACGTCAAAGAGGAGATGCTGGTCCGAGGGCAGGAGGATGAGAGGGCTGGGAGCGCCTGGTGGTGCTATTTTCAAACGGCCTCCACCACCGTGCGAAAAGCAAAGGCAGAAGCAGCAGCGGGGCAGGGGTTACGTTAAAAGGCCCGACCGCCACCTTCAGTGAGGAGATGGGGCTGAAAGGAGCGGACACAACAGCCACGTGGAAAGTGGAAAAATGGGCACAGGCTCCCAGCACGGCCTGGGGGGGCTAGCCCACGAAATAGGTCCACTCCCCAGCCCTGGGGAACAGCCGAGCAGCGTGGTCACGTTTCACTCGAAACTAGACGTGTTTTTCCTTTTCCTGCCTGAATCATTTTCTCACACAATAAGGTCAAGAGAGAAATTTCCCCAGGCCTTAATGTCAGGTCTGTATAAAAGGCAGCCCCAGGCCGGGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACTGAGGCAGGCAGATTTTCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAAGTCCGTCTCTCTAAAAATGCAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTTACCTGGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCAGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAACCGAGATTGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGCAAAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAGTAGGCCCTCCCAGTGGACCATGGCCCCCCAGCCCCGAGATGAGCAGAAGGGCCCACCTGGGATGTCTG
(配列番号145)
【0068】
CXCL2の上流塩基配列
CCTTTTCTGGTGGTGTCTATGGCCTTTTCTGCCCAGGGACAGCACTAGAAAAGGCAGACCTCCTGAGCCCAACAGGCCCCTCGCAGCTCCCAGTGACTTCCATGGATCAAAACACAGACTTCCATACAACAAAAAATTGATGCTACTGGAATTACTAGAGTTCGAGATGTTCCAAGATTTCAAAGAGAGAAAGGATGGGGGATTGCAACACTGTTAACTAAAATAAACACTGAATTGACCCTTGGCAATGGTCTGTTCCCGCACCCAACACCTGGCTCCACTACGTTGAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTGATATTTGCTTTTAAGATCATAAAACACCAGGAAGGAGACAAAAGCTCTTATGCGTCATCTGAGATGACACATGTACTGTTAAAGCGTGCGTTTATTTCAAACATTAATGAAATTTGCAGAACCCAAACTAAAGAGAGAGGATAGATAAGACATGCTGCAGTTCTTGCCCTAACTTTCAATCCCAACAACTGAAATGTCTTCCAGAGAAGTAACTCCCCCCGGTAAGGATGTAGCGCGGTCCCTACGTGGGTCTAAGGGATCTGACCCACGACGCACTGCACTGGGTTCACGAAGCGCCTCCTCGCAGGCGGTTATCTCGGTATCTCTGAGAGCGGCGGGCTCTCGCTCCCGCTCCAGGGATTCGGGGCAGAAAGAGAACATCCCACAGTTGGCGGGAGTTACGCAAGACAGTCAGACCCGGACGTCACTCGTGAGTGCCCCGACCCCCCTCCACCCCAGAGGCGGGGCCATCGCCTTCCTTCCGAACTCGGGATCGATCTGGAGCTCCGGGAATTTCCCTGGCCCGGGACTCCGGGCTTTCCAGCCCCAACCATGCATAAAAGGGGTTCGCCGTTCTCGGAGAGCCACAGAGCCCGGGCCACAGGCAGCTCCTTGCCAGCTCTCCTCCTCGCACAGCCGCTCGAACCGCCTGCTGAGCCCCATGGCCCGCGCC
(配列番号146)
【0069】
CXCL6の上流塩基配列
AAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGTATTGAATCTATAAGTTACCTTGGGCAGTATGGCCATATTCACGATATTGATTTTTCCTACCCATGAGCATGGAATATTCTTCCATTTGTTTGTATCCTCTTTTATTTCATTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCATGTCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTTTGTTATTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTGCATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACCATGTCTCTGTTTGTTTGTTATTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTGCATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACCATGGGGTTTTCTAGATATACAATTATGTAATTTGCAAATAGGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTAATTGTCCTGGCCATTGGAGAGGAGGAGCATCTCCCAGACAGCTGCGTGCCTCAGAGAAGCCAGCCTCGCTAACCCCTCAAGCCCAGGGGATGAGACCCTGCTGAATCGCTGCTCTATTTTGGCTGGAGCCACAGCTCCCTCCACCGCGGGGCGGGGCTAAAATGTCCTCCCCCTTAAGGGAGCAGGCAGCTCCTCCCAGCCACCCACCCCACCAATTCCCATCCTCCCGCCCCCCTCCACCAACCCCTTCTTTCCACACTGCCCCCTGAGTTCAGGGAATTTCCCCAGCATCCCAAAGCTTGAGTTTCCTGCCAGTCGGGAGGGATGAATGCAGATAAAGGGAGTGCAGAAGGCACGAGGAAACCAAAGTGCTCTGTATCCTCCAGTCTCCGCGCCTCCACCCAGCTCAGGAACCCGCGAACCCTCTCTTGACCACTATGAGCCTCCCG
(配列番号147)
【0070】
SCG2の上流塩基配列
AATAAAGTTTAAAATTTATATCCATATAAATTATTGAAATATATAATCAGGTTATCTGGTAAGGCAGAGGAATGATTATGAATTATAAATCTGAGAGGTTGAAAGTTAATTGCTGTATTATTCCCTGGATTGTTCACATTCATGGAAGGTATTCAACTCATCTGATTCAACAGGAGAAGGGAAATATTTATAGTACAACTTCCTTTCGATTGCAAATGAATTCTAGTTACGTATGTGTCACATTTTTCCCAAACAGTGAAAAGACTTTTTTTTTAAGTAGATGAAAGTATTTTCATCAGCACTCAACTTCTGAGCTTCCCTTTCTGAGATCAGATATTGTGAAAGACAGTAACAGAGATATAAAGAATTATTAGCTACTAAGCTTGAAGTCTGATAAATACCCATTTAAAAAACTATATAAGCTATTAAAGTTGGCTCTCATATAAAAGAGAGAGAACTCTCTGTTTTATTCAAATAAATATGATTTTAAAAGAATGATGGCTGTGGTCATGATAAGAAATATGGCCTTTCATATTTATAATGTGTCCTCCATTCATCTTGGTTATAACAGGAAATGGTAATGTAATTTCTTTGTGGGCAAAGATGAAAAAATAATCCTTGTCTGTAAAACTTTCTTACAACGACGACAACAATTACAACAGTGACACCAAGAAACTATTATAACAAGTTGCTAGAACATAGATGAGATTGTCTTGCAATTAGCCATGTCTGTCTGACACACATTTCTTTCTTTGTAAGAGAAATCGTGCAGAGCAGTTTATTCCGTCTCAAAGATTTTGATAAAAGAAAAAGGAAAACTGCAATTTTTGCCACAAAAAGACAGGTGGCGTAAGCATGCAACTTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATAAAGTGATTATTTTCTCTTGGTTCTTTGAAAAACCTCGCTTGTGCTGGGGTTTGTGGCTGAACCCGGTGACGTCAGTGTGGCAGTGCGGA
(配列番号148)
【0071】
THSD2の上流塩基配列
GGTGCGCCTAGCTTGAGGCCGCGGAGAGGAGCCGAACTGGGATGGGTGGGGGGTCTTCGGCCTCAACACTGCCTGCCAGCCCCAGTGCGCCCAAGTCTCCCCGCCAGAGCTGCCCTTCTGGAGGGGCTCTTCGCACGCACTGCTTTCCCCATTCTTCTGGCTGGAATTCTCCGGCCGTCACTGCAGTGTCCAGAGATGCTGCGCTGTAGACCCGGGACCCCTTAGGCGCCTCTTCCCGTCCCTCTGCCAAAGCGCAACGCCTGTACTTTTCCAGCTCCCTCTTTCCCTCTTGAAATTGAAAGTTATTGAGGTCGCTCAGGGTTGTTGCTCCAGCAGTTTCCTTCCCCGCCCCCGAGCTCCCCCCCGCCCCCCACAGCCATCCCCCCTCCTCTCCCCCTCCCTGCCCTCCTCTCCCTCCCCCCTCCCTGCCCTCCTCCTCCTCCTCCCCTATGTGGTGCTCCCGGGAGCCCAGCCCAACACTGGAGCGTCTCCTGCTCGCGCACGCCAGAAGCAGCTCGGGGTCTCTCCGCCGCCCCTTGGCCATGGCCGCTGTGCCGACGGCGCCCGCTCCCCTGCGCTCCAGGGGCCCCCGCCGCTGCAGCCGCAGCCGCCGCAGCTTCTGAGCCCAAGGGGCCGCCGCTGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCTCGCCCGCCCGGATCCCGCCTGCGGCAGTTGCCGCACAACATGCTACCTGCGGCCGCCCCGGCGGCTCCTGGAACCCCGGTTCGCGGCGATGCCAGCCACCCCAGCGAAGCCGCCGCAGTTCAGTGCTTGGATAATTTGAAAGTACAATAGTTGGTTTCCCTGTCCACCCGCCCCACTTCGCTTGCCATCACAGCACGCCTATCGGATGTGAGAGGAGAAGTCCCGCTGCTCGGGCACTGTCTATATACGCCTAACACCTACATATATTTTAAAAACATTAAATATAATTAACAATCAAAAGAAAGAGGAGAAAGGAAGGGAAGCATTACTGGGTTACT
(配列番号149)
【0072】
AREGの上流塩基配列
CTTCACCTAAATGCCAGTATGCCACCAGTAGAAATTATCCTTTAGGCTAAATATTGTTCTTCCCAGAAACCCTCTTTTCAAGGATCAGTTTAAACCTAAATTCATCAGAGAGGAAAACAGCAGATTTCAGAGTCAGATGAAGAATTCATATCCACCTGGCTTTGAACATTATCGGCTGTGAGATGGTGTAGGTAAAATTTTAAGTGCATAATTTGGCAATAATAAATCATCAATAAATATTAATGTTGATGAGGCCCCTGGGCCACATAAAGAAATAGGGAGTGAGGGGATTTGAAATTCTGGCCACTTCACAGAAATGGGTGGGAAGGGGCTCTTGATTGAGATAGAAGCCCATCCTACATGAAGCAATTCCTCATTGAGTTCTCTCGTCCTTTATCCTTGTTGGAAACATCAGGCAAAGTCACTCTTGGTCTTAAAGTACTTTTACATCTAAATACGGAACTCTTCTATTTAATCCCTGTCTGTTGTAGATGTTAAGTATACAAAGAGGTTGTCAGAGTTTGAAACATCTGGACTTCTGTCAGGTACTAGCTCCGGAACTCCAGTCCTGCTCGCCCTCAAAAACGGCTTGCAGCTAGAGGTTTAAGTTCCACTTCCTCTCAGCGAATCCTTACGCACGAGGGAGGCGGGGCGTGTGTCCTCCGCGCGTGGTTTTCGGGTAGCACCTTCTGGGGCGCCGCCTGCCTCCACCCACGGCCGGGCCTTGACGTCATGGGCTGCGGCCCCCTCCCGGCTGAGCCTATAAAGCGGCAGGTGCGCGCCGCCCTACAGACGTTCGCACACCTGGGTGCCAGCGCCCCAGAGGTCCCGGGACAGCCCGAGGCGCCGCGCCCGCCGCCCCGAGCTCCCCAAGCCTTCGAGAGCGGCGCACACTCCCGGTCTCCACTCGCTCTTCCAACACCCGCTCGTTTTGGCGGCAGCTCGTGTCCCAGAGACCGAGTTGCCCCAGAGACCGAGACGCCGCCGCTGCGAAGGACCA
(配列番号150)
【0073】
CXCL1の上流塩基配列
GGAATGGTGAGCCCATGAGCCTGCTGGACCCAGCCCCTCCGAGGTCCGGAGTGACAACCAGTGCCGTATTTCTAGATCAAACCTGAACCCCTCCTACAGGGAAAAGATTTCCAGGGGATTTTGAAAGTTCCAACATTTTACAGGGAAGAAGGAAGATAAGCAGGATATGAAAGAAGAGTTCATGTTATACAGCCCTGGCTTCCACTGACGCTAACACTGGATTCAGCTTTTGACACTGATAATCTGTTGCCACCAAATGGAAAACGTAAACAAGATATTCTAAGTGTGGTTAGAGAATATGCAACACAAGGAACAAGCAGAACATTCTTCTCTGGAATCTGACATAATGGACTGTACTTTCACAGACAGCACTGATGTTAGATGTACGTGAAATAGGCTAAACTGAAAATAAGAAAGGCTGAGGCAGAGAGGATAATATAGCTCCAGCCTATCTCCCAGCACCTTGTTAATTTCTCTCAATCTCCAGCCACAAATCCGAGACACAACGCTCTTCCTCCAAAGAGGTCGCGCCTTCTCTGTGGTGGTTCTCAGGGATCCGCCCCAGCTCCTTCTCCGTTCCCAGCCCCACACACTGGGATCACCAGGCACCCAAGATCCCACCTCTCAGGTGGTATCTTCAGCGCAGGCTGCCACTCAGCCCCCCTCCAGGGATCTGGGGCAGAAGGCGAATATCCCAGAGTCTCAGAGTCCACAGGAGTTACTCTGAAGGGCGAGGCGCGGGCTGCATCAGTGGACCCCCACACCCCACCCGCACCCCAAGCGCTCCACCCTGGGGGCGGGGCCGTCGCCTTCCTTCCGGACTCGGGATCGATCTGGAACTCCGGGAATTTCCCTGGCCCGGGGGCTCCGGGCTTTCCAGCCCCAACCATGCATAAAAGGGGTTCGCGGATCTCGGAGAGCCACAGAGCCCGGGCCGCAGGCACCTCCTCGCCAGCTCTTCCGCTCCTCTCACAGCCGCCAGACCCGCCTGCTGAGCCCC
(配列番号151)
【0074】
spaplawの上流塩基配列
ATAGGAAAATATACATATATCTCTCTGATATATAAGATTTCATAAAGGAGAAAAGAAAGAGAAAGACAAAGCGTAGCAGAAAACTTTTCAAATTTGGAGAAAGATATAAATATCCAAGTAGAGGAACAGATACAGGCCTCCAGTCAGATTCAACCCAAACAAGACTACAAAATGACAATATGTCAAAAATCAAGGACAAAGAGAGGATCCTATTAGCAAGAGAAAATTAGCACGAGGATCCTTATTAGTGAGAGAAAATAAGCAAACCATATATGAATAAGTTCCAATAAGGCTAGCAACAAATTTCTCAGCAGGGACGTTACAGGCCAAGAGAGAGTGAGATGATGTATTCAAAGTGCTGAAGTGTAAAAAATTTTTTTTAAAAAATGTGCCAACTAAGAATACTGTATCTAGCAAAGCTGTTTTTCAGAAATGAAAGAGAAATAAAGACTTTCACAGACAAACAAAAGCTAAGGGAGTTTATCACCAACAGCCCTATCTTACAAGAGATGCTAGAGGGAGTATTCAACCTAAAAGAAAAGGATGCTAATTAATAAGTAACGCAAAAACAACTAAAAGCATAAAACTCAATGGTAAAAGAAAGCAGACAATCAAATCCAGAATACTCTAACTGCAATGGTGATATGTAAATCACTTATAACTTTAGTATGAAGGTTAAAAGACAATCTATTAAGAATAATAGGCCAGGCGTGGTGGCTCACACCTATAATCCCAGAACTTTGGGATGCCAAGGCAGGTAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGAGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGATGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAATAATAGCTACAATACTTTATTAAGGTATATACAATATAAAAAGAT
(配列番号152)
【0075】
IL6の上流塩基配列
GTAGTATTCTCCCCCTTTCTGCCCTGAACCAAGTGGGCTTCAGTAATTTCAGGGCTCCAGGAGACCTGGGGCCCATGCAGGTGCCCCAGTGAAACAGTGGTGAAGAGACTCAGTGGCAATGGGGAGAGCACTGGCAGCACAAGGCAAACCTCTGGCACAGAGAGCAAAGTCCTCACTGGGAGGATTCCCAAGGGGTCACTTGGGAGAGGGCAGGGCAGCAGCCAACCTCCTCTAAGTGGGCTGAAGCAGGTGAAGAAAGTGGCAGAAGCCACGCGGTGGCAAAAAGGAGTCACACACTCCACCTGGAGACGCCTTGAAGTAACTGCACGAAATTTGAGGATGGCCAGGCAGTTCTACAACAGCCGCTCACAGGGAGAGCCAGAACACAGAAGAACTCAGATGACTGGTAGTATTACCTTCTTCATAATCCCAGGCTTGGGGGGCTGCGATGGAGTCAGAGGAAACTCAGTTCAGAACATCTTTGGTTTTTACAAATACAAATTAACTGGAACGCTAAATTCTAGCCTGTTAATCTGGTCACTGAAAAAAAATTTTTTTTTTTTCAAAAAACATAGCTTTAGCTTATTTTTTTTCTCTTTGTAAAACTTCGTGCATGACTTCAGCTTTACTCTTTGTCAAGACATGCCAAAGTGCTGAGTCACTAATAAAAGAAAAAAAGAAAGTAAAGGAAGAGTGGTTCTGCTTCTTAGCGCTAGCCTCAATGACGACCTAAGCTGCACTTTTCCCCCTAGTTGTGTCTTGCCATGCTAAAGGACGTCACATTGCACAATCTTAATAAGGTTTCCAATCAGCCCCACCCGCTCTGGCCCCACCCTCACCCTCCAACAAAGATTTATCAAATGTGGGATTTTCCCATGAGTCTCAATATTAGAGTCTCAACCCCCAATAAATATAGGACTGGAGATGTCTGAGGCTCATTCTGCCCTCGAGCCCACCGGGAACGAAAGAGAAGCTCTATCTCCCCTCCAGGAGCCCAGCT
(配列番号153)
【0076】
USP49の上流塩基配列
GTTTACAGGTGTGTAACTTGAGCCACTACTATAGCTAATGTCTGTTTCTTTTACTTGTCCTTATATTTAAATGTAAGTCTTTATCTGCCTTAGCTATGTGTTGGGTGTTGAAATTGTTGATCTTATTTTGGGAGACTCCCATCCCCTCCCCCCACTACCACCCCGCAAGTAGTTTCAAGACAGTGCACCTAGGAGACTGCTTAACCTAAGCCTTTTGTAGCTTAGGTGCTGTTCTGTTTCCCAATGGACCACTACCAAGTCAGTCTGGTTTATTTCCCAAGCCTTACAATCTGCTGAACTTCTTCAGTTCCGGCAGCGATCCTCTAACTTGTGGGGGATTTCCATAAAACAGCTGAATCTCTCTTGGGTCATCTGTGGCAAAAGCCAGACACGTGCTCACCCGCCTGGGAGCCAATAGTAACTTTTGCAAACGCTGCCTCCGGAAACCCCACGGTTTGAGGGCTGCTGCTTTAGGAACAACACAGAAATAACGTCTTTTAACAGAATAAAACAAAACATACGGACGGGATAGTGAGAAAGCCTTTGTCCTTCGCAGTGGGGAGAGGTGTTAAAGGTGAACCGAAAAGAGTATGGGAAACTCATGTAAAATACCTTTACAGTTCCCCGGGAAGAAGGGGGCGGAGATGGGCTCGGGAGCGTCTCTGGCCCTTTAAGGAGGAGGGACAGACATAAGAGTCTGTACCTTTAAGAGTCTCTTTGTCTGGAAACCTTCTTATTTACCCTCCTGTGCTTCAACCAAACTTCGACCAGCTATTCACAACGTCCCCCTACGCCGCCGCCCCTTACGCCAGGCTCAAAGCGGCCGCGCGTTTGTGGCTGACCCTAAACTTTGCGCCTGCGGCGCGAACCCTCGGAACGGGTGCCGGTGCCGGGGTCGCGGCCCAGCGCTGCGCCGTTGGCGCAATGCAGGGCCTGAGGGGCGGGGCTCCAGCGGGCGGGCCAATAGACGGGCAGGGGGCGGGGCCGTGTTCGGTTGTCT
(配列番号154)
【0077】
IL8の上流塩基配列
ATACCTTAACTTTACAACTTGAGTGGCCTTGAATACTGTTCCTATCTGGAATGTGCTGTTCTCTTTCATCTTCCTCTATTGAAGCCCTCCTATTCCTCAATGCCTTGCTCCAACTGCCTTTGGAAGATTCTGCTCTTATGCCTCCACTGGAATTAATGTCTTAGTACCACTTGTCTATTCTGCTATATAGTCAGTCCTTACATTGCTTTCTTCTTCTGATAGACCAAACTCTTTAAGGACAAGTACCTAGTCTTATCTATTTCTAGATCCCCCACATTACTCAGAAAGTTACTCCATAAATGTTTGTGGAACTGATTTCTATGTGAAGCACATGTGCCCCTTCACTCTGTTAACATGCATTAGAAAACTAAATCTTTTGAAAAGTTGTAGTATGCCCCCTAAGAGCAGTAACAGTTCCTAGAAACTCTCTAAAATGCTTAGAAAAAGATTTATTTTAAATTACCTCCCCAATAAAATGATTGGCTGGCTTATCTTCACCATCATGATAGCATCTGTAATTAACTGAAAAAAAATAATTATGCCATTAAAAGAAAATCATCCATGATCTTGTTCTAACACCTGCCACTCTAGTACTATATCTGTCACATGGTACTATGATAAAGTTATCTAGAAATAAAAAAGCATACAATTGATAATTCACCAAATTGTGGAGCTTCAGTATTTTAAATGTATATTAAAATTAAATTATTTTAAAGATCAAAGAAAACTTTCGTCATACTCCGTATTTGATAAGGAACAAATAGGAAGTGTGATGACTCAGGTTTGCCCTGAGGGGATGGGCCATCAGTTGCAAATCGTGGAATTTCCTCTGACATAATGAAAAGATGAGGGTGCATAAGTTCTCTAGTAGGGTGATGATATAAAAAGCCACCGGAGCACTCCATAAGGCACAAACTTTCAGAGACAGCAGAGCACACAAGCTTCTAGGACAAGAGCCAGGAAGAAACCACCGGAAGGAACCATCTCACTGTGTGTAAAC
(配列番号155)
【0078】
工程(2)
工程(2)では、低線量放射線に被ばくしていない対照生物から得た細胞サンプルについて、工程(1)で測定した遺伝子と同一の遺伝子の発現量を測定する。
対照生物とは、工程(1)の低線量放射線に被ばくした可能性のある生物と同種の生物をいう。
工程(1)の細胞サンプルと工程(2)の細胞サンプルとは、由来する生物種(例えば、ヒト由来)だけではなく、由来組織(例えば、胎児肺組織由来)及び形態(例えば、細胞溶解物)において一致している。また、遺伝子発現量の測定手段も工程(1)と同一の手段を用いる。
【0079】
工程(3)
工程(3)では、工程(1)で測定した遺伝子発現量と、工程(2)で測定した遺伝子発現量とを比較する。工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の少なくとも1.2倍以上、好ましくは少なくとも1.5倍以上、特に好ましくは少なくとも2倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す。
【0080】
本発明の生物における低線量放射線被ばくを検出する方法は、工程(1)及び(2)の遺伝子発現量測定方法に用いる試薬を予めキット化しておくことにより、より迅速かつ容易に行うことができる。以下に、工程(1)及び(2)で使用可能な種々の遺伝子発現量測定方法に用いるキットに含まれる試薬を例示する。
【0081】
HiCEP法
11種類の遺伝子のうち少なくとも1種の遺伝子に対応するプライマーセット及び/又はアダプターセット。
【0082】
リアルタイムRT-PCR法
11種類の遺伝子のうち少なくとも1種の遺伝子に対応するプライマーセット。
TaqMan法(ABI社)による場合は、更にTaqManプローブ。
【0083】
競合的PCR法
11種類の遺伝子のうち少なくとも1種の遺伝子に対応するプライマーセット及び/又は競合cDNA。
【0084】
DNAマイクロアレイ法
11種類の遺伝子のうち少なくとも1種の遺伝子のDNAとハイブリダイズするプローブを固定化したマイクロアレイ。
【0085】
遺伝子発現産物に対する抗体を用いる方法(プロテインチップ法の場合)
11種類の遺伝子の遺伝子産物うち少なくとも1種の遺伝子産物と結合する抗体を固定化したプロテインチップ。
【0086】
シスエレメントを用いる方法
11種類の遺伝子のうち少なくとも1種の遺伝子に対応するシスエレメントとレポーター遺伝子とを結合した発現ベクター、又は、当該発現ベクターを導入したテスター細胞。
【0087】
本発明のキットに含まれるプライマー、プローブ、抗体及びシスエレメントとして、前述の配列番号 〜 に示される配列を用いてもよく、その他、前述のアクセッション番号よりGenBankから入手可能な塩基配列情報に基づいて適宜作成してもよい。
また、本発明のキットは、各種の遺伝子発現量測定用キットについて当該技術分野で公知の試薬(例えば、リアルタイムRT-PCR法用のキットでは逆転写酵素及び耐熱性DNAポリメラーゼ等)適宜含むことができる。
【0088】
(実施例)
次に、実施例により本発明の効果を具体的に説明するが、本発明は実施例に限定されるものではない。
【0089】
実施例1:HiCEP法を用いた検出
検出は、国際公開第02/48352号パンフレット及び国際公開第2004/113526号パンフレットの記載に基づいて行った。
被検細胞としてヒト胎児肺由来繊維芽細胞HFLIIIの初期培養系を用いた。
フラスコ中でコンフルエントになった状態(107細胞)の細胞を、X線(線量:0.01Gy、線量率:0.06Gy/分)に被ばくさせることにより、「被ばくした細胞サンプル」を調製した。一方、被ばく処理を施さなかった細胞を「被ばくしていない細胞サンプル」とした。
被ばく処理後1時間及び2時間の時点の「被ばくした細胞サンプル」及び「被ばくしていない細胞サンプル」について、核酸アフィニティーカラム(「RNeasy」キアゲン社)を用いてトータルRNAを抽出した。得られた1μgのトータルRNAを用いて、以下の工程(1)〜(4)を行った。
【0090】
(1)サンプルのmRNAからcDNAを合成する工程
5'-ビオチン標識オリゴdTプライマー(インビトロゲン社)及びSuperscriptII逆転写酵素(インビトロゲン社)を用いて、トータルmRNAから一本鎖cDNAを合成した。続いて、RNaseH、E.Coliリガーゼ(インビトロゲン社)、DNAポリメラーゼI(インビトロゲン社)を用いて、一本鎖cDNAから二本鎖cDNAを合成した。
【0091】
(2)cDNAを制限酵素で消化し、アダプター結合する工程
合成した二本鎖cDNAを、制限酵素MspI(TakaRa社)で消化した。次いで、T4DNAライゲース(NEB社(New England Biolabs))を用いて、消化した二本鎖cDNAへ、MspIの切断配列に相補的な配列を含むMspIアダプター(インビトロゲン社):
5'-AACACGAATGGCTACATGACACTCGGTT -3'(配列番号156)
5'-CGAACCGAGTGTCATGTAGCCATTCGTGTT-3'(配列番号157)
を結合させた。
【0092】
次いで、ビオチンに高親和性を有する物質としてのストレプトアビジンが固定された磁性ビーズ(DYNAL社)を用いて、ビオチンが付加している二本鎖cDNA断片(MspI切断部位を有する)を回収した。
【0093】
回収した二本鎖cDNA断片を制限酵素MseI(NEB社)で消化した後、未消化断片をストレプトアビジン固定磁性ビーズ(DYNAL社)を用いて除去することにより、MseI切断部位を有する二本鎖cDNA断片を回収した。次いで、T4DNAライゲース(NEB社)を用いて、二本鎖cDNA断片へ、MseIの切断配列に相補的な配列を含むMseIアダプター(インビトロゲン社):
5'-AGTCACGAGTATCATACTGCGGGCGTCC-3'(配列番号158)
5'-TAGGACGCCCGCAGTATGATACTCGTGACT-3'(配列番号159)
を結合させた。これにより、両端に2種類のアダプターを有する二本鎖cDNA断片を得た。
【0094】
(3)アダプター結合cDNA断片を鋳型としてPCR反応を行う工程
MspIアダプターとハイブリダイズ可能な配列を含む16種類のMspIプライマー:
5'-ACATGACACTCGGTTCGGN1N2-3'
(式中、N1N2は、CC、CT、CG、CA、TC、TT、TA、TG、AC、AA、AG、AT、GT、GC、GA又はGGである)(配列番号160)、及び、
MseIアダプターとハイブリダイズ可能な配列を含む16種類のMseIプライマー:
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAN3N4-3'
(式中、N3N4は、CC、CT、CG、CA、TC、TT、TA、TG、AC、AA、AG、AT、GT、GC、GA又はGGである)(配列番号161)
を合成した。
尚、MspIプライマーは蛍光標識(FAM)で標識した。
【0095】
得られたMseIプライマー(16種類)及びMspIプライマー(16種類)を組み合わせて全256種類(16×16)のプライマーのペア(プライマーセット)を作成した。
得られた256種類のプライマーセットを用い、工程(2)で得られた二本鎖cDNA断片を鋳型として、TITANIUM Taq DNAポリメラーゼ(クロンテック社)を用い、下記の条件で選択的PCR反応(「選択的」とは、両端にMspIアダプター及びMseIアダプターが結合している鋳型cDNA断片が、その両アダプター配列に挟まれたサンプルのmRNAに由来する塩基配列の最両端の2塩基配列とハイブリダイズする2塩基配列(MseIプライマーではN1N2、MseIプライマーではN3N4)を有するプライマーによって選択的に増幅されることをいう。)を行った。アニーリング温度は、70℃であった。
95℃で1分
(97℃で20秒、70℃で30秒、72℃で1分)×28回
60℃で30分
【0096】
(4)得られたPCR産物を電気泳動により分離する工程
工程(3)で得られたPCR産物を、マルチキャピラリーDNAシーケンサー(アプライドバイオシステムズ社)を用いて電気泳動に付した。電気泳動の結果に基づき、ソフトウェアGeneScan(登録商標)(アプライドバイオシステムズジャパン社)を用いて、横軸にPCR産物の分子量を指標とした移動距離、縦軸にPCR産物を表すピークの蛍光強度を指標とした発現量を示す遺伝子発現プロファイルを作製した。縦軸は増幅PCR産物を表すピークの蛍光強度を示し、これは増幅PCR産物の最終量と相関する。横軸は増幅PCR産物の移動距離を示し、これは各ピークの増幅PCR産物(遺伝子に対応する)を構成するヌクレオチド残基の数と相関する。すなわち、プロファイル中に表れたピークの大きさ(ピークの高さ)は、当該ピークに対応する増幅PCR産物の量、すなわち当該増幅PCR産物に対応する遺伝子の発現量を示している。したがって、特定のピークの大きさの変化を観察することにより、対応する遺伝子の発現頻度を解析することができる。得られた遺伝子発現プロファイルは23000個の遺伝子の発現情報を含んでいた。
次に、「被ばくした細胞サンプル」及び「被ばくしていない細胞サンプル」の各遺伝子発現プロファイルを、最大数のピークプロフィールが一致する条件下で互いに重ね合わせた。その結果、被ばく処理後1時間の時点の「被ばくした細胞サンプル」において、「被ばくしていない細胞サンプル」と比較してピークの大きさが2倍以上高くなったものが10種類特定された。
特定された10種類のピークに対応するPCR産物をポリアクリルアミドゲル電気泳動によって回収し、サンガー法により塩基配列を決定した。決定された塩基配列に基づいて公共のヒトゲノムデータベース(UCSC genome home)を検索したところ、10種類のピークに対応する遺伝子は、smamer、CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、spaplaw、IL6及びUSP49であることが明らかになった。
【0097】
ピークの高さに基づいて評価した、「被ばくしていない細胞サンプル(未被ばく細胞)」を基準とした「被ばくした細胞サンプル(被ばく細胞)」における上記10種類の遺伝子の発現量比を表1及び図1に示す。
図1の縦軸は、未被ばく細胞の発現量を基準(=1)とした発現量比を表す。




表1

*各ピーク高の値は、2回の測定値の平均値である。
【0098】
表1及び図1より、遺伝子smamer、CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、spaplaw、IL6及びUSP49の発現量の変化を指標とすることにより、生物における低線量放射線被ばくを検出することができることが理解される。
【0099】
尚、前記10種類の遺伝子に対応するプライマーセットは下記の配列を有していた。
【0100】
smamer用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGC-3'(配列番号12)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAAT-3'(配列番号13)
【0101】
CXCL2用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAC-3'(配列番号14)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACC-3'(配列番号15)
【0102】
CXCL6用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAA-3'(配列番号16)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAGG-3'(配列番号17)
【0103】
SCG2用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGTG-3'(配列番号18)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACA-3'(配列番号19)
【0104】
THSD2用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGA-3'(配列番号20)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAAA-3'(配列番号21)
【0105】
AREG用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGTG-3'(配列番号22)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACT-3'(配列番号23)
【0106】
CXCL1用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAC-3'(配列番号24)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAACT-3'(配列番号25)
【0107】
spaplaw用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGC-3'(配列番号26)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAGA-3'(配列番号27)
【0108】
IL6用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGGA-3'(配列番号28)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAAG-3'(配列番号29)
【0109】
USP49用のプライマー
5'-ACATGACACTCGGTTCGGAT-3'(配列番号30)
5'-ATACTGCGGGCGTCCTAAGA-3'(配列番号31)
【0110】
実施例2:リアルタイムRT-PCR法を用いた検出
被検細胞としてヒト胎児肺由来繊維芽細胞HFLIIIを用いた。実施例1と同様にして被ばく処理(X線(線量:0.01Gy、線量率:0.06Gy/分))を行った。被ばく処理後1時間及び2時間の時点の「被ばくした細胞サンプル」及び「被ばくしていない細胞サンプル」から、実施例1と同様にしてトータルRNAを抽出し、一本鎖cDNAを合成した。
【0111】
また、下記9種類の遺伝子に対応するプライマー(Forwardプライマー及びReverseプライマー)並びにTaqManプローブを、下記のカタログ番号に基づきアプライドバイオシステムズより入手した。

【0112】
合成した各遺伝子の一本鎖cDNA、並びに、入手したプライマー及びTaqManプローブを、遺伝子発現定量キット(TaqMan(登録商標)Gene Expression Assays、アプライドバイオシステムズ)とともに使用してリアルタイムRT-PCRを行った。遺伝子発現量を算出する検量線を作成のために、標準サンプルとしてGAPDH遺伝子を用いた。次いで、アプライドバイオシステムズ7500リアルタイムPCRシステムを使用して、「被ばくしていない細胞サンプル(未被ばく細胞)」を基準とした「被ばくした細胞サンプル(被ばく細胞)」における上記9種類の遺伝子の発現量比を得た。
【0113】
CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG及びIL8における被ばく処理前後の発現量比は、比較Ct法(Applied Biosystems 7500リアルタイムPCRシステムによるRelative Quantification study 、Sequence Detection Softwareバージョン1.2.1を使用)にしたがい計算した。CXCL1、IL6及びUSP49における被ばく処理前後の発現量比は,標準サンプルの検量線に基づく絶対定量法(Applied Biosystems 7500リアルタイムPCRシステムによるAbsolute Quantification assay、Sequence Detection Softwareバージョン1.2.1を使用)にしたがい計算した。結果を表2に示す。
【0114】
表2

【0115】
表2より、遺伝子CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、IL6、USP49及びIL8の発現量の変化を指標とすることにより、生物における低線量放射線被ばくを検出することができることが理解される。
【0116】
実施例3:遺伝子発現産物を用いた測定
本実施例では、IL8遺伝子の発現産物であるIL8を用いた酵素免疫定量法(ELISA)により、当該遺伝子の発現量の測定行った。
被検細胞としてヒト胎児肺由来繊維芽細胞HFLIIIの初期培養系を用いた。フラスコ中でコンフルエントになった状態(107細胞)の細胞を、X線(線量:0.01Gy、線量率:0.06Gy/分)に被ばくさせることにより、「被ばくした細胞サンプル」を調製した。一方、被ばく処理を施さなかった細胞を「被ばくしていない細胞サンプル」とした。
【0117】
被ばく処理後1時間及び2時間の時点で、「被ばくした細胞サンプル」及び「被ばくしていない細胞サンプル」より培養液を採取した。採取した培養液を遠心処理に付して混入した細胞塊を除去することによって得られた上清サンプルを後述のELISAに用いた。
【0118】
上清サンプルを、抗ヒトIL8モノクローナル抗体を結合させたマイクロプレート(商品名Quantikine human IL-8、R&D systems)へ添加して室温下で2時間インキュベートした。インキュベート後、非結合物を洗浄除去した。次いで、HRP酵素を連結させたポリクローナル抗ヒトIL8抗体を添加して、更に室温下で1時間インキュベートした。インキュベート後、非結合物を洗浄除去した。次いで、HRP酵素の基質溶液を添加し、遮光して室温下で30分間置くことによりHRP酵素と基質とによる発色反応を行った。その後、停止液を添加して発色反応を停止させて、450nmにおける吸光度を測定した。標準IL8を用いて検量線を作成したところ、発色の程度は、抗ヒトIL8モノクローナル抗体がトラップした上清中のIL8量と比例していた(図2)。この検量線を用いて、上清サンプル中のIL8を定量した。結果を表3及び図3に示す。
【0119】
図2は、標準IL8を用いて作成した吸光度とIL8量との関係を示す検量線を示す。図3において、横軸はIL8蛋白質の溶液中の濃度(単位pg/ml)を表し、縦軸は吸光度を表す。
図3は、「被ばくしていない細胞サンプル(未被ばく細胞)」を基準とした「被ばくした細胞サンプル(被ばく細胞)」におけるIL8の産生量比を示している。図3において、縦軸は未被ばく細胞の産生量を基準(=1)とした産生量比を表す。


【0120】
表3

【0121】
「未被ばく細胞」を基準とした「被ばく細胞」におけるIL8の産生量比は、被ばく処理後1時間で1.82倍、被ばく処理後2時間で1.75倍であった。このIL8の産生量はIL8遺伝子の発現量に対応している。
以上より、遺伝子IL8の発現産物であるIL8産生量の変化を指標としても生物における低線量放射線被ばくを検出できることが理解される。
【産業上の利用可能性】
【0122】
本発明は、低線量放射線被ばくに対する生物の分子機構の解明の前提となる、低線量放射線被ばくの事実の検出に利用可能である。
【図面の簡単な説明】
【0123】
【図1】図1は、HiCEP法により測定した、未被ばく細胞を基準とした被ばく細胞における各種遺伝子の発現量比を表す図である。
【図2】図2は、吸光度とIL8量との関係を示す検量線である。
【図3】図3は、未被ばく細胞を基準とした被ばく細胞におけるIL8の産生量比を表す図である。

【特許請求の範囲】
【請求項1】
生物における低線量放射線被ばくを検出する方法であって、
(1)低線量放射線に被ばくした可能性のある生物から、該被ばく後2時間以内に得た細胞サンプルについて、smamer、CXCL2、CXCL6、SCG2、THSD2、AREG、CXCL1、spaplaw、IL6、USP49及びIL8からなる群より選ばれる1以上の遺伝子の発現量を測定する工程、
(2)低線量放射線に被ばくしていない対照生物から得た細胞サンプルについて、工程(1)で測定した遺伝子と同一の遺伝子の発現量を測定する工程、及び
(3)工程(1)で測定した遺伝子発現量と、工程(2)で測定した遺伝子発現量とを比較して、工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の少なくとも1.2倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す工程
を含むことを特徴とする方法。
【請求項2】
smamerが配列番号1で示され、CXCL2が配列番号2で示され、CXCL6が配列番号3で示され、SCG2が配列番号4で示され、THSD2が配列番号5で示され、AREGが配列番号6で示され、CXCL1が配列番号7で示され、spaplawが配列番号8で示され、IL6が配列番号9で示され、USP49が配列番号10で示され、かつ、IL8が配列番号11で示される、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
工程(1)を、被ばく後30分以上1時間30分以内に得た細胞サンプルを用いて行う、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項4】
工程(1)を、被ばく後45分以上1時間15分以内に得た細胞サンプルを用いて行う、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
工程(1)を、被ばく後1時間の時点に得た細胞サンプルを用いて行う、請求項4に記載の方法。
【請求項6】
工程(1)及び(2)において、CXCL2、IL8、IL6及びCXCL6からなる群より選ばれる遺伝子の発現量を測定する、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
【請求項7】
工程(1)及び(2)において、CXCL2及びIL8からなる群より選ばれる遺伝子の発現量を測定する、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
工程(1)及び(2)において、CXCL2の発現量を測定する、請求項7に記載の方法。
【請求項9】
工程(1)及び(2)の遺伝子発現量の測定を、HiCEP法を用いて行う、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項10】
工程(1)及び(2)の遺伝子発現量の測定を、リアルタイムRT-PCR法を用いて行う、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項11】
工程(1)及び(2)の遺伝子発現量の測定を、競合的PCR法を用いて行う、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項12】
工程(1)及び(2)の遺伝子発現量の測定を、DNAマイクロアレイ法を用いて行う、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項13】
工程(1)及び(2)の遺伝子発現量の測定を、遺伝子発現産物に対する抗体を用いて行う、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項14】
工程(1)及び(2)の遺伝子発現量の測定を、遺伝子のシスエレメントを用いて行う、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
【請求項15】
工程(3)において、工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の少なくとも1.5倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す、請求項1〜14のいずれかに記載の方法。
【請求項16】
工程(3)において、工程(1)で測定した遺伝子発現量が、工程(2)で測定した遺伝子発現量の少なくとも2倍以上であるとき、該生物は低線量放射線に被ばくしたという結論を出す、請求項15に記載の方法。
【請求項17】
請求項9記載の方法により生物における低線量放射線被ばくを検出するためのキットであって、発現量の変化を測定する遺伝子用のプライマーセットを含むことを特徴とするキット。
【請求項18】
請求項10記載の方法により生物における低線量放射線被ばくを検出するためのキットであって、発現量の変化を測定する遺伝子用のプライマーセットを含むことを特徴とするキット。
【請求項19】
請求項11記載の方法により生物における低線量放射線被ばくを検出するためのキットであって、発現量の変化を測定する遺伝子用のプライマーセットを含むことを特徴とするキット。
【請求項20】
請求項12記載の方法により生物における低線量放射線被ばくを検出するためのキットであって、発現量の変化を測定する遺伝子用のプローブを固定化したマイクロアレイを含むことを特徴とするキット。
【請求項21】
請求項13記載の方法により生物における低線量放射線被ばくを検出するためのキットであって、発現量の変化を測定する遺伝子の遺伝子発現産物に対する抗体を固定化したプロテインチップを含むことを特徴とするキット。
【請求項22】
請求項14記載の方法により生物における低線量放射線被ばくを検出するためのキットであって、発現量の変化を測定する遺伝子のシスエレメントとレポーター遺伝子とを結合した発現ベクター、又は、該発現ベクターを導入したテスター細胞を含むことを特徴とするキット。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【公開番号】特開2007−93341(P2007−93341A)
【公開日】平成19年4月12日(2007.4.12)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2005−281931(P2005−281931)
【出願日】平成17年9月28日(2005.9.28)
【国等の委託研究の成果に係る記載事項】(出願人による申告)文部科学省、平成17年度公害防止等試験研究費「高精度遺伝子発現プロフィール比較解析に基づく多様な環境有害物質の相対リスク評価手法の開発に関する研究」委託研究、産業活力再生特別措置法第30条の適用を受ける特許出願
【出願人】(301032942)独立行政法人放射線医学総合研究所 (149)
【Fターム(参考)】