説明

癌の処置および検出において有用な191P4D12(b)と称される、核酸および対応タンパク質

新規遺伝子191P4D12(b)およびそのコードタンパク質、ならびにこれらの改変体が記載され、ここで、191P4D12(b)は、正常な成人組織中で組織特異的な発現を示し、表Iに列挙される癌において異常に発現される。結果として、191P4D12(b)は、癌に対する、診断標的、予後標的、予防標的および/または治療標的を提供する。191P4D12(b)遺伝子またはそのフラグメント、あるいはそのコードタンパク質、またはその改変体、またはそのフラグメントは、体液性免疫応答または細胞性免疫応答を誘発するために使用され得;191P4D12(b)と反応性である抗体またはT細胞は、能動免疫または受動免疫において使用され得る。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下:
a)図2のタンパク質の8個、9個、10個、または11個連続するアミノ酸のペプチド;
b)表VIIIからXXIのペプチド;
c)表XXII〜XLVのペプチド;または
d)表XLVI〜XLIXのペプチド
を含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる、組成物。
【請求項2】
図2のタンパク質に関連するタンパク質を含む、請求項1に記載の組成物。
【請求項3】
図2に示される全アミノ酸配列に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%相同である、請求項2に記載のタンパク質。
【請求項4】
前記物質は、図2のタンパク質のアミノ酸配列に由来するCTLポリペプチド、またはそのアナログを含む、請求項1に記載の組成物。
【請求項5】
前記エピトープは、図2の全アミノ酸配列ではないという但し書きによってさらに限定される、請求項4に記載の組成物。
【請求項6】
前記ポリペプチドは、図2のタンパク質の全アミノ酸配列ではないという但し書きによってさらに限定される、請求項1に記載の組成物。
【請求項7】
図2のアミノ酸配列に由来する抗体ポリペプチドエピトープを含む、請求項1に記載の組成物。
【請求項8】
前記エピトープは図2の全アミノ酸配列ではないという但し書きによってさらに限定される、請求項7に記載の組成物。
【請求項9】
前記抗体エピトープは、前記ペプチドの末端までの任意の自然数の増分において図2の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域を含む、請求項7に記載の組成物であって、前記エピトープは、以下:
a)図5の親水性プロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置、
b)図6のヒドロパシープロフィールにおいて0.5未満の値を有するアミノ酸位置、
c)図7の利用可能残基%プロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置、
d)図8の平均可撓性プロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置、
e)図9のβ−ターンプロフィールにおいて0.5を超える値を有するアミノ酸位置、
f)a)〜e)のうちの少なくとも2つの組み合わせ、
g)a)〜e)のうちの少なくとも3つの組み合わせ、
h)a)〜e)のうちの少なくとも4つの組み合わせ、
i)a)〜e)のうちの5つの組み合わせ、
から選択されるアミノ酸位置を含む、組成物。
【請求項10】
請求項1に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項11】
図2に示される核酸分子を含む、請求項10に記載のポリヌクレオチド。
【請求項12】
前記コードされるタンパク質は、図2の全アミノ酸配列ではないという但し書きによってさらに限定される、請求項10に記載のポリヌクレオチド。
【請求項13】
前記物質は、図2の核酸配列にコード配列を含むポリヌクレオチドを含む、請求項11に記載の組成物。
【請求項14】
請求項1に記載のさらなるペプチドをコードスルさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、請求項11に記載のポリヌクレオチド。
【請求項15】
請求項10に記載のポリヌクレオチドに十分に相補的なポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項16】
図2のタンパク質に対する哺乳動物免疫応答を生成する方法であって、該方法は、以下の工程:
a)191P4D12(b)関連タンパク質および/または
b)該タンパク質をコードスルヌクレオチド配列、
の一部に、哺乳動物の免疫系の細胞を曝し;
それによって免疫応答が該タンパク質に対して生成される工程、
を包含する、方法。
【請求項17】
請求項16に記載の免疫応答を生成する方法であって、該方法は、以下の工程:
少なくとも1つのT細胞エピトープまたは少なくとも1つのB細胞エピトープを含む191P4D12(b)関連タンパク質を提供する工程;および
該エピトープを、哺乳動物免疫系T細胞またはB細胞それぞれと接触させ、それによって、該T細胞またはB細胞が、活性化される工程、
を包含する、方法。
【請求項18】
請求項17に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、B細胞であり、それによって前記誘導されたB細胞が、191P4D12(b)関連タンパク質に対して特異的に結合する抗体を産生する、方法。
【請求項19】
請求項17に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、細胞傷害性T細胞(CTL)であるT細胞であって、それによって、前記活性化されたCTLが、191P4D12(b)関連タンパク質を発現する自己細胞を殺傷する、方法。
【請求項20】
請求項17に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、ヘルパーT細胞(HTL)であるT細胞であって、それによって、前記活性化されたHTLが、サイトカインを分泌し、該サイトカインが、細胞傷害性T細胞(CTL)の細胞傷害性またはB細胞の抗体産生活性を助長する、方法。
【請求項21】
サンプル中において、191P4D12(b)関連タンパク質または191P4D12(b)関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は、
該サンプルを、191P4D12(b)関連タンパク質または191P4D12(b)関連ポリヌクレオチドそれぞれに特異的に結合する物質と接触させる工程、および
該物質と、該191P4D12(b)関連タンパク質または該191P4D12(b)関連ポリヌクレオチドそれぞれとの複合体の存在を測定する工程、
を包含する、方法。
【請求項22】
サンプル中の191P4D12(b)関連タンパク質の存在を検出するための、請求項21に記載の方法であって、該方法は、
該サンプルを抗体またはそのフラグメントと接触させる工程であって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、該191P4D12(b)関連タンパク質と特異的に結合する工程;および
該抗体またはそのフラグメントと191P4D12(b)関連タンパク質との複合体の存在を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項23】
癌に罹患している患者または癌に罹患していることが疑われる患者から前記サンプルを採取する工程をさらに包含する、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
サンプル中の図2のmRNAのタンパク質の存在を検出するための請求項21に記載の方法であって、該方法は、
少なくとも1つのプライマーを用いる逆転写によって該サンプルからcDNAを産生する工程;
該産生されたcDNAを、センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして191P4D12(b)ポリヌクレオチドを使用して増幅する工程であって、ここで該センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして使用される191P4D12(b)ポリヌクレオチドが、191P4D12(b) cDNAを増幅するように働く、工程;ならびに
該増幅された191P4D12(b) cDNAの存在を検出する工程
を包含する、方法。
【請求項25】
癌に罹患している患者または癌に罹患していることが疑われる患者に由来する生物学的サンプル中の1つ以上の191P4D12(b)遺伝子産物をモニタリングするための、請求項21に記載の方法であって、該方法は、
個体に由来する組織サンプル中の細胞によって発現される1つ以上の191P4D12(b)遺伝子産物の状態を決定する工程;
該決定された状態を、対応する正常サンプル中の1つ以上の191P4D12(b)遺伝子産物の状態と比較する工程;および
該正常サンプルに比較して、該サンプル中の1つ以上の191P4D12(b)の異常な遺伝子産物の存在を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項26】
請求項25に記載の方法であって、該方法は、191P4D12(b) mRNAの増加した遺伝子産物または191P4D12(b)タンパク質の1つ以上が存在するか否かを決定し、それによって、前記正常組織産物に対する前記試験サンプル中の増加した遺伝子産物の1つ以上の存在が、癌の存在または状態を示す工程をさらに包含する、方法。
【請求項27】
前記癌が、表Iに示される組織に存在する、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
以下:
a)図2のタンパク質の状態を調節する物質か、または
b)図2のタンパク質によって調節され、それによって図2のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する分子、
を含有する、組成物。
【請求項29】
生理学的に受容可能なキャリアをさらに含む、請求項28に記載の組成物。
【請求項30】
ヒト単位投薬形態の請求項28に記載の組成物を含有する、薬学的組成物。
【請求項31】
前記物質が、抗体またはそのフラグメントを含み、該抗体またはそのフラグメントが、図2のタンパク質に特異的に結合する、請求項28に記載の組成物。
【請求項32】
モノクローナルである、請求項31に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項33】
ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、請求項31に記載の抗体。
【請求項34】
請求項31に記載の抗体を産生する、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項35】
請求項32に記載の抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項36】
図2のタンパク質を発現する細胞に対して細胞毒性剤または診断剤を送達する方法であって、該方法は、
請求項4に記載の抗体またはそのフラグメントに結合される、細胞毒性剤または診断剤を提供する工程;および、
該細胞を、抗体−薬剤またはフラグメント−薬剤結合体に曝露する工程、
を包含する、方法。
【請求項37】
前記物質が、抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、図2のタンパク質に免疫特異的に結合する、請求項28に記載の組成物。
【請求項38】
前記物質が、a)191P4D12(b)コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、またはb)該リボザイムをコードする核酸分子;および、生理学的に受容可能なキャリア、を含有する、請求項28に記載の組成物。
【請求項39】
前記物質が、ヒトT細胞を含み、ここで、該T細胞が、特定のHLA分子の状況で、191P4D12(b)ペプチド部分配列を特異的に認識する、請求項28に記載の組成物。
【請求項40】
図2のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法であって、該方法は、請求項28に記載の組成物を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項41】
図2のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項40に記載の方法であって、該方法は、抗体またはそのフラグメントを該細胞に投与する工程を包含し、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、191P4D12(b)関連タンパク質に特異的に結合する、方法。
【請求項42】
図2のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項40に記載の方法であって、該方法は、191P4D12(b)関連タンパク質を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項43】
図2のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項40に記載の方法であって、該方法は、191P4D12(b)関連タンパク質に対するコード配列を含むポリヌクレオチド、または191P4D12(b)関連タンパク質に対するコード配列に相補的であるポリヌクレオチド、を該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項44】
図2のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項40に記載の方法であって、該方法は、図2のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを該細胞に投与する工程を包含する、方法。
【請求項45】
図2のタンパク質および特定のHLA分子を発現する癌細胞の増殖を阻害する請求項40に記載の方法であって、該方法は、
ヒトT細胞を該癌細胞に投与する工程を包含し、ここで、該T細胞が、図2のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識する一方、該部分配列が、特定のHLA分子の状況下に存在する、方法。
【請求項46】
請求項40に記載の方法であって、該方法は、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを投与し、それによって該コードされる単鎖抗体が、図2のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内的に発現される工程を包含する、方法。

【図1】
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【図2A−1】
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【図2B−1】
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【図2C−1】
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【図2D−1】
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【図2E−1】
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【図2F−1】
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【図2G−1】
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【図2H−1】
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【図2I−1】
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【図2J−1】
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【図2K−1】
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【図2L−1】
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【図2M−1】
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【図2N−1】
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【図3−1】
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【図3−2】
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【図3−3】
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【図4−1】
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【図5A】
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【図5B】
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【図5C】
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【図6A】
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【図6B】
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【図6C】
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【図7A】
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【図7B】
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【図7C】
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【図8A】
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【図8B】
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【図8C】
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【図9A】
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【図9B】
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【図9C】
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【図10】
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【図10−2】
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【図11】
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【図11−2】
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【図12】
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【図13−1】
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【図13−2】
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【図13−3】
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【図13−4】
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【図13−5】
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【図13−6】
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【図13−7】
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【図13−8】
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【図14A】
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【図14B】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21A】
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【図21B】
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【図21C】
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【図21D】
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【図21E】
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【図21F】
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【図22】
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【図23】
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【公表番号】特表2006−513724(P2006−513724A)
【公表日】平成18年4月27日(2006.4.27)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2005−502039(P2005−502039)
【出願日】平成15年4月23日(2003.4.23)
【国際出願番号】PCT/US2003/013013
【国際公開番号】WO2004/016799
【国際公開日】平成16年2月26日(2004.2.26)
【出願人】(501398064)アジェンシス, インコーポレイテッド (13)
【Fターム(参考)】