本発明は、卵巣癌に関連する新たに発見された核酸分子およびタンパク質に関する。ヒト卵巣癌の検出、特徴づけ、防止、および処置のための組成物、キット、および方法が提供される。本発明は、表１に列挙された癌マーカーに関する。本発明は、上記マーカーにコードされた、または上記マーカーに対応する核酸およびタンパク質を提供する。本発明はさらに、このようなタンパク質および／またはタンパク質の断片に特異的に結合する抗体、抗体誘導体、および抗体断片を提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者が卵巣癌を有するかどうかを評価する方法であって、該方法が以下の工程：
ａ）患者サンプルにおけるマーカーの発現レベルを決定する工程であって、ここで該マーカーが表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、工程；
ｂ）卵巣癌も卵巣腫瘍も有さないコントロール被験体由来のサンプルにおける該マーカーの発現レベルを決定する工程；および
ｃ）該患者サンプルにおける該マーカーの発現レベルと、該コントロール被験体由来のサンプルにおける該マーカーの発現レベルとを比較する工程
を包含し、ここで該患者サンプルにおける該マーカーの発現レベルと、該コントロール被験体由来のサンプルにおける該マーカーの発現レベルとの間の有意な差が、該患者が卵巣癌を有することの指標である、方法。
【請求項２】
前記コントロール被験体由来の発現レベルが、非癌性と思われる前記患者由来の卵巣細胞から決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、ここで前記コントロール被験体由来の発現レベルが、卵巣癌を有さない被験体集団由来の発現レベルの平均値を用いて予め決められる、方法。
【請求項４】
前記マーカーが分泌タンパク質に対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、ここで前記マーカーが転写されたポリヌクレオチドまたはその一部に対応し、ここで該ポリヌクレオチドが該マーカーを含む、方法。
【請求項６】
前記サンプルが、前記患者から得られた細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞が、血液、リンパ液、腹水、婦人科学的液体、嚢胞性液体、尿、および腹膜のリンスにより収集される液体からなる群より選択される液体中にある、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプルにおける前記マーカーの発現レベルが、該マーカーに対応するタンパク質の該サンプルにおける存在を検出する工程により評価される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記タンパク質の存在が、該タンパク質に特異的に結合する試薬を用いて検出される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体、および抗体断片からなる群より選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、ここで前記サンプルにおける前記マーカーの発現レベルが、転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の該サンプルにおける存在を検出する工程により評価され、ここで該転写されたポリヌクレオチドが該マーカーを含む、方法。
【請求項１２】
前記転写されたポリヌクレオチドが、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記検出する工程が、前記転写されたポリヌクレオチドを増幅する工程をさらに包含する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
請求項１に記載の方法であって、ここで前記サンプルにおける前記マーカーの発現レベルが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下において前記マーカーとアニールするかまたはポリヌクレオチドの一部とアニールする、転写されたポリヌクレオチドの該サンプルにおける存在を検出する工程により評価され、ここで該ポリヌクレオチドは該マーカーを含む、方法。
【請求項１５】
前記サンプルにおける前記マーカーの発現レベルが、卵巣癌を有さない患者における該マーカーの正常な発現レベルと、少なくとも約２の因子が異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記サンプルにおける前記マーカーの発現レベルが、卵巣癌を有さない患者における該マーカーの正常な発現レベルと、少なくとも約５の因子が異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
患者が卵巣癌を有するかどうかを評価する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）表１に列挙されるマーカーから独立して選択される複数のマーカーのそれぞれの、サンプルにおける発現レベルを決定する工程；
ｂ）卵巣癌を有さないコントロール被験体由来のサンプルにおける、該複数のマーカーのそれぞれの発現レベルを決定する工程；
ｃ）該患者のサンプルにおける該マーカーの発現レベルと、該コントロール被験体由来のサンプルにおける該マーカーの発現レベルとを比較する工程；
を包含し、ここで、該マーカーの対応するコントロール発現レベルと比較して、該マーカーの１より多い発現レベルが有意に変化されることが、該患者が卵巣癌を有することの指標である、方法。
【請求項１８】
前記コントロール被験体由来の発現レベルが、非癌性と思われる前記患者由来の卵巣細胞から決定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
請求項１７に記載の方法であって、ここで前記コントロール被験体由来の発現レベルが、卵巣癌を有さない被験体集団由来の発現レベルの平均値を用いて予め決められる、方法。
【請求項２０】
前記複数が、前記マーカーのうちの少なくとも３つを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数が、前記マーカーのうちの少なくとも５つを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
転移したかまたは転移しそうな卵巣癌を患者が有するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）該患者由来のサンプルにおける、表１に列挙されるマーカーの発現レベルと、
ｂ）転移しない卵巣癌を有するか、または卵巣癌を有さないコントロール被験体由来のサンプルにおける、該マーカーの発現レベル、
とを比較する工程を包含し、
ｃ）ここで、該コントロール被験体由来のサンプルにおけるレベルと比較して、該患者サンプルにおける有意により高い発現レベルが、該卵巣癌が転移したかまたは転移しそうであることの指標である、方法。
【請求項２３】
試験化合物の、患者における卵巣癌の阻害に関する効力を評価する方法であって、該方法は、以下：
ａ）該患者から得られ、そして該試験化合物に曝露された第一のサンプルにおけるマーカーの発現であって、ここで該マーカーは表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、発現と、
ｂ）該患者から得られた第二のサンプルにおける該マーカーの発現であって、ここで該サンプルは該試験化合物に曝露されない、発現
とを比較する工程を包含し、
ｃ）ここで、該第二のサンプルと比較して、該第一のサンプルにおける該マーカーの有意により低い発現レベルが、該患者における卵巣癌の阻害に、該試験化合物が効果的であることの指標である、方法。
【請求項２４】
前記第一のサンプルおよび第二のサンプルが、前記患者から得られた単一のサンプルの一部である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記第一のサンプルおよび第二のサンプルが、前記患者から得られたプールされたサンプルの一部である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
患者における卵巣癌の阻害のための治療の効力を評価する方法であって、該方法は、以下：
ａ）該患者に該治療の少なくとも一部を施す前の、該患者から得られた第一のサンプルにおけるマーカーの発現であって、ここで該マーカーは、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、発現と、
ｂ）該治療の該一部を施した後に該患者から得られた第二のサンプルにおける該マーカーの発現
とを比較する工程を包含し、
ｃ）ここで、該第一のサンプルと比較して、該第二のサンプルにおける該マーカーの有意に低い発現レベルが、該患者における卵巣癌の阻害に、該治療が効果的であることの指標である、方法。
【請求項２７】
患者における卵巣癌を阻害するための組成物を選択する方法であって、該方法は、以下：
ａ）該患者から癌細胞を含むサンプルを得る工程；
ｂ）複数の試験組成物の存在下において、該サンプルのアリコートを別々に曝露する工程；
ｃ）該アリコートのそれぞれにおけるマーカーの発現を比較する工程であって、ここで該マーカーは、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、工程；および
ｄ）他の試験組成物と比較して、その試験組成物を含むアリコートにおいて該マーカーのより低いレベルの発現を誘導する少なくとも１つの試験組成物を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項２８】
患者における卵巣癌を阻害する方法であって、該方法は、以下：
ａ）該患者から癌細胞を含むサンプルを得る工程；
ｂ）複数の試験組成物の存在下において、該サンプルのアリコートを別々に維持する工程；
ｃ）該アリコートのそれぞれにおけるマーカーの発現を比較する工程であって、ここで該マーカーは、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される工程；および
ｄ）他の試験組成物と比較して、その試験組成物を含むアリコートにおいて該マーカーのより低いレベルの発現を誘導する少なくとも１つの試験組成物を該患者に投与する工程を包含する、方法。
【請求項２９】
試験組成物の卵巣癌細胞の発癌可能性を評価するための方法であって、該方法は、以下；
ａ）該試験組成物の存在下および非存在下における、卵巣癌細胞の別々のアリコートを維持する工程；ならびに
ｂ）該アリコートのそれぞれにおけるマーカーの発現を比較する工程であって、ここで該マーカーは、表１に列挙したマーカーからなる群より選択される、工程、
を包含し、ここで、該試験組成物の存在下において維持した該アリコートにおける該マーカーの有意に高められた発現レベルが、該試験組成物がヒト卵巣癌細胞の発癌可能性を有することの指標である、方法。
【請求項３０】
患者が卵巣癌を有するかどうかを評価するためのキットであって、該キットは、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される複数のマーカーの発現を評価するための試薬を備える、キット。
【請求項３１】
卵巣癌細胞の存在を評価するためのキットであって、該キットは複数の核酸プローブを備え、ここで該プローブは、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される複数のマーカーに対応する転写されたポリヌクレオチドと特異的に結合する、キット。
【請求項３２】
卵巣癌細胞の存在を評価するためのキットであって、該キットは複数の抗体を備え、ここで該抗体は、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される複数のマーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する、キット。
【請求項３３】
複数の化合物のそれぞれの、患者における卵巣癌を阻害するための適合性を評価するためのキットであって、該キットが以下：複数の化合物、および表１に列挙されるマーカーからなる群より選択されたマーカーの発現を評価するための試薬を備える、キット。
【請求項３４】
卵巣癌を発症する危険のある患者において卵巣癌を阻害する方法であって、該方法は、表１に列挙されるマーカーから選択されるマーカーに対応する遺伝子の発現を阻害する工程を包含する、方法。
【請求項３５】
配列番号７、配列番号９、配列番号１７、配列番号３１、配列番号３９または配列番号４１のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項３６】
配列番号１０、配列番号３２、配列番号４０または配列番号４２のアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項３７】
請求項３６に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。

【公表番号】特表２００７−５０７２４２（Ｐ２００７−５０７２４２Ａ）
【公表日】平成１９年３月２９日（２００７．３．２９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５３４３５７（Ｐ２００６−５３４３５７）
【出願日】平成１６年１０月７日（２００４．１０．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３３１６６
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０３４７３２
【国際公開日】平成１７年４月２１日（２００５．４．２１）
【出願人】（５００２８７６３９）ミレニアム・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド (98)
【氏名又は名称原語表記】ＭＩＬＬＥＮＮＩＵＭ　ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，　ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】